Le chapitre 3 aborde l'impact des polluants sur les écosystèmes, soulignant des effets sur la richesse spécifique, la dominance d'espèces et la succession écologique, avec des exemples concrets tels que l'acidification des lacs et la pollution par endosulfane. Les polluants modifient également la productivité primaire et secondaire, perturbant les cycles biogéochimiques des éléments essentiels comme le carbone et l'azote. Enfin, un monitoring efficace est nécessaire pour évaluer la contamination et ses effets écotoxicologiques sur les biotopes et biocénoses.