Le document présente les outils et pratiques essentiels pour les chercheurs, y compris les méthodes pour s'informer, publier, archiver et évaluer leur travail. Il souligne l'importance de la veille scientifique, des ressources électroniques, et des alertes de recherche pour rester à jour dans leur domaine. De plus, il aborde la nécessité de publier pour la reconnaissance professionnelle tout en mentionnant les nouvelles pratiques liées à l'accès libre et aux bibliothèques numériques.

1. Les outils du chercheur LARDY Jean-Pierre Université LYON 1

2. Sommaire Le chercheur doit : S’informer Publier Archiver Évaluer et se faire évaluer Gérer son information

3. S’informer S’informer pour explorer un sujet :  état de l’art avant de commencer une thèse ou un nouveau sujet  faire le point pour une publication ou une communication à un congrès Source d’information  les bases de données bibliographiques

4. S’informer Suivre l’actualité scientifique : générale Source d’information  quelques publications peu nombreuses et multidisciplinaires comme La Recherche, Pour la Science, Science, Nature sur un sujet particulier Source d’information  les bases de données. Elles ont maintenant des mises à jour très rapides : quotidiennes et même en temps réel  les serveurs d’archives ouvertes donnent l’accès au texte intégral des articles

5. S’informer Rechercher une information ponctuelle : données numériques propriétés physiques et chimiques techniques réactions chimiques … . Source d’information  séries techniques, handbooks Ex : CRC Handbook of Chemistry and Physics Bases de données factuelles DADI http://dadi.univ-lyon1.fr

6. S’informer Savoir ce que font les autres : par l’information informelle rencontres et discussions aux congrès le collège invisible : réseau de relations entretenu avec des chercheurs dans d'autres laboratoires les outils PUSH (l’info arrive sur son poste de travail) : Les listes de discussion Les fils RSS des blogs

7. S’informer Faire de la veille pour suivre l’évolution des publications : on parle d’ alertes Source d’information  les bases de données bibliographiques et les collections de e-journaux NB : il faut obligatoirement s’enregistrer c’est-à-dire avoir un compte (gratuit) pour chaque ressource Ex SciencDirect : Register or Login--------: Password:------ Pubmed : My NCBI [ Sign In] [ Register ]

8. S’informer Les fonctions d’ alerte des bases de données ou des collections de jounaux électroniques permettent de rester averti des dernières informations dans ses domaines de recherche. Les différents producteurs de ressources électroniques emploient une terminologie variée. Une alerte de recherche est une demande de recherche programmée pour fonctionner automatiquement à une fréquence choisie et fournir un avertissement par mail des résultats. De même, une alerte de table des matières de revue est une notification par mail d’une nouvelle édition d’un journal.

9. S’informer alerte sur profil = elle est basée sur un ou plusieurs termes de recherche Ex ScienceDirect Save Search | Save as Search Alert Pubmed : My Saved Searches alerte basée sur un article particulier = pour être averti de la citation d’un article d’une correction quand un erratum est publié d’une discussion SD : Save as Citation Alert Science : Alert me when new articles cite this article recevoir les tables des matières (ToC) SD : Alert me when new Journal Issues are available Ex : Futuribles http://www.futuribles-revue.com

10. S’informer ticTOCs centralise les sommaires de plus de 12 200 revues scientifiques provenant de 436 éditeurs. http://www.tictocs.ac.uk MyJournals.org http://www.myjournals.org Accès aux tables des matières de 559 revues

11. S’informer De nouvelles sources d’information sont apparues dernièrement Google Scholar http://scholar.google.fr Scirus http://www.scirus.com OAIster http://www.oaister.org BASE http://www.base-search.net In Extenso http://www.in-extenso.org Scitopia http://www.scitopia.org

12. S’informer Le web évolue : blogs et wikis Les blogs Définition : Pages web constituées de textes affichées et archivées automatiquement par ordre ante-chronologique, susceptibles d’être commentées et enrichies de liens externes. Il existe de nombreux moteurs de recherche spécialisés sur les blogs comme Google recherche de blogs http://www.google.fr/blogsearch?hl=fr

13. S’informer En français Blog des bactéries et de l’Evolution http://bacterioblog.over-blog.com Climat Sceptique http://www.climat-sceptique.com Inclassables Mathématique http://beverycool.hautetfort.com Science, On Blogue! http://blogue.sciencepresse.info Science pour tous http://science-for-everyone.over-blog.com En anglais Sciencebase http://www.sciencebase.com Cosmic Variance http:// cosmicvariance.com Panda’s Thumb http:// pandasthumb.org RealClimate http://www.realclimate.org ScienceBlogs http://scienceblogs.com

14. S’informer Les wikis Définition : c’est un site web dynamique permettant à tout individu d'en modifier les pages à volonté. Il permet de communiquer et diffuser des informations rapidement, et de structurer cette information pour permettre d'y naviguer commodément. Le meilleur exemple est Wikipedia, l’encyclopédie libre http://fr.wikipedia.org Exemples : Proteopedia http://proteopedia.org Paris 5 http://wiki.univ-paris5.fr Fluwiki http://www.fluwikie.com

15. Publier S’informer Publier Archiver Évaluer et se faire évaluer Gérer son information

16. Publier Tout chercheur doit publier pour la reconnaissance de son travail : C’est le fameux « publish or perish » La carrière des chercheurs s’appuient sur leurs publications avec toutes les dérives liées à ce principe, en particulier le copier/coller, la surabondance …

17. Publier

18. Publier En sciences exactes et biomédicales, l’article de périodique est devenu le média principal de publication, suivi des communications aux congrès et pour les doctorants des posters.

19. Publier Diffuser les connaissances scientifiques, c’est éclairer les décisions des acteurs publics et privés participer aux débats science/société développer la culture scientifique et technique et vulgariser la science en direction du grand public Production  livres, expositions, conférences grand public…

20. Publier Valoriser la recherche en trouvant des partenaires : société de valorisation Ex : EZUS à Lyon 1 http://www.ezus-lyon1.fr créant son entreprise : incubateur Ex : Créalys http://www.crealys.com déposant des brevets Ex : INPI http://www.inpi.fr

21. Publier Les nouveaux moyens de publication  le mouvement Accès Libre Définition de l’Open Access (OA) C’est la disponibilité libre de la littérature validée par les pairs l'Internet public, permettant à tout utilisateur de lire, télécharger, copier, distribuer, imprimer, rechercher ou lier le texte des articles.

22. Publier Archiver Deux voies complémentaires : Open Access : principe d'accès gratuit aux publications scientifiques avec un comité de lecture . Les coûts d’une archive sont négligeables. C'est aussi comme cela qu'on appelle le mouvement, initié à Budapest en 2002 par des scientifiques. Open Archive : stockage des publications scientifiques par les auteurs ou des médiateurs institutionnels (bibliothèques) sans comité de lecture sur des serveurs fonctionnant avec un logiciel « Open Source » (généralement E-prints), permettant une interopérabilité avec d'autres serveurs et offrant un accès totalement gratuit.

23. Publier De nouveaux acteurs : Public Library of Science - PLoS http://www.plos.org Biomed Central (lancé en 2000, > 200 journaux) http://www.biomedcentral.com Hindawi http://www.hindawi.com BioOne http://www.bioone.org

24. Publier DOAJ http://www.doaj.org Répertoire de plus de 3 850 journaux, toutes disciplines et langues, dont 74 pour la France en 2008 HighWire Press http://highwire.stanford.edu Plus de 1 342 000 articles en texte intégral issus de 942 journaux hébergés par HighWire

25. Publier De nouvelles pratiques : on parle de publication hybride EDP Sciences expérimente différentes formules : période de mise en accès libre - actualités ou archives ; modèles économiques comme par exemple le modèle mixte pour lequel le choix est laissé à l’auteur de rendre ou non son article disponible gratuitement à l’intérieur d’une revue. De même on trouve Springer Open Choice, Blackwell Publishing Online Open, Oxford Open (mai 2005)….

26. Publier Les bibliothèques numériques : une bibliothèque numérique est une collection organisée de documents électroniques en accès libre et gratuit sur Internet, associée à une interface permettant la recherche et la consultation de ces documents. NUMDAM http://www.numdam.org numérisation rétrospective des fonds mathématiques publiés en France Persée http://www.persee.fr portail de revues scientifiques en sciences humaines et sociales Bibliothèques numériques en France http://jp.lardy.free.fr/pages/bibnum.html

27. Archiver S’informer Publier Archiver Évaluer et se faire évaluer Gérer son information

28. Archiver Différents types d’archives : Par discipline : arXiv en physique lancé en 1991 arXiv.org PubMed Central lancé en 1999 http://www.pubmedcentral.org/ Par institution : eScholarship - California Digital Library http://repositories.cdlib.org/escholarship/ En France : HAL http://hal.archives-ouvertes.fr La Cellule MathDoc http://mathdoc.emath.fr

29. Réactions des éditeurs Pour convaincre les chercheurs que les éditeurs commerciaux admettent l’auto-archivage, consultez le site : The SHERPA/ROMEO list http://www.sherpa.ac.uk plus de 500 éditeurs

30. Evaluer S’informer Publier Archiver Évaluer et se faire évaluer Gérer son information

31. Evaluer Depuis plus de 40 ans, l’ISI comptabilise les co-citations. Journal Citation Reports ( JCR ) permet la comparaison des périodiques de recherche à partir des citations tirées de plus de 8 400 périodiques de recherche. Il présente : le facteur d'impact annuel par revue l'évolution de l'impact des revues scientifiques des informations statistiques basées sur des données de citations une mesure qualitative des citations entre publications

32. Evaluer Citations Web of Science est composé de 3 bases interrogeables séparément ou simultanément : Arts & Humanities Citation Index Science Citation Index Expanded Social Sciences Citation Index On peut rechercher par référence citée auteur cité ( Cited author ) publication citée ( Cited work )

33. Evaluer Il existe d’autres ressources d’évaluation des articles et journaux. Faculty of 1000, http://www.facultyof1000.com publié dans BMC, est un ensemble d'articles sélectionnés en sciences biologiques. Le classement est effectué par plus de 1000 chercheurs.

34. Evaluer Des bases de données récentes proposent aussi les co-citations  voir http://urfist.univ-lyon1.fr/cocitations.html ex ScienceDirect : http://www.sciencedirect.com pub-date > 1994 and pub-date < 2005 and TITLE-ABSTR-KEY(vioxx) and TITLE-ABSTR-KEY(cardio!) 11 Articles Found That Cited: Risk of cardiovascular events and rofecoxib: cumulative meta-analysis The Lancet, Volume 364, Issue 9450, 4 December 2004-10 December 2004, Pages 2021-2029

35. Evaluer Scholar Google On retrouve le même article : Risk of cardiovascular events and rofecoxib : cumulative meta - analysis P Jueni, L Nartey, S Reichenbach, R Sterchi, PA … - Lancet, 2004 - Peter Jüni, Linda Nartey, Stephan ... Cited by 49 -

36. Evaluer HighWire : certaines références donnent le lien View Citation Map View Citation Map

37. Gérer l’information S’informer Publier Archiver Évaluer et se faire évaluer Gérer son information

38. Gérer l’information Un logiciel de gestion de bibliographie permet : La saisie et l’importation automatique de références La gestion de la base de références L’interrogation de la base de données La liaison entre un document de traitement de texte et la base de données La génération de bibliographie selon le style demandé par la publication

39. Gérer l’information Il existe des solutions commerciales : EndNote est le plus connu http://www.endnote.com RefWorks de CSA est disponible en ligne http://www.refworks.com Mais aussi des solutions Open source gratuites : Zotero plugin de Firefox http://www.zotero.org Bibus multi-plateforme http://bibus-biblio.sourceforge.net Wikindx en ligne http://wikindx.sourceforge.net