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Publier et valoriser ses travaux de recherche Pourquoi ? Comment ? Par quel moyen ? Du périodique scientifique « classique » aux blogs en passant par les archives ouvertes, wikis et autres médias Pascal AVENTURIER, Véronique GARANDEL-BATIFOL& Patricia VOLLAND-NAIL INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) ADBS Azur-Corse-Monaco  - 26 janvier 2011« Valoriser la rédaction scientifique à l'ère du numérique »
Veiller, surveiller,se tenir régulièrementinformé Lire, Réfléchir, Mettre en place desprotocoles Gérer l’informationcollectée  Chercheur Utilisateur de l’information Evaluerla nouvelleinformation  Collecter del’information scientifique Insérerla nouvelleinformation  dans son processusde recherche Publier,Auto-archiver, pour que la nouvelleinformation devienneconnaissance ChercheurProducteur de l’information Communiquerses résultats Rédiger des articles 2 © D L’Hostis & P Volland-Nail, Groupe MISTeR, Inra
Evolution du contexte de l’édition scientifique
De l’avènement des revues scientifiques en 1665 … 4
… à « l’article du futur » de 2010 … 5
2 éléments de « l’Article du futur »  6
… et les autres modes de communication 7 … sans parler du Web 2.0, des blogs, des réseaux sociaux et autres « Wikis » ou  Symposia en ligne …
Evolution de la communication et de l’édition scientifique 8 Depuis + de 15 ans, profonds changements A l’origine 1990-2000 : 2 phénomènes :  augmentation des tarifs des abonnements aux revues scientifiques majeures émergence et appropriation d’Internet par les chercheurs D’où il a découlé :  le mouvement des archives ouvertes : initié par les physiciens en réaction aux tarifs pratiqués par les éditeurs scientifiques opérations libre accès, axées sur la « gratuité » de l’accès à l’information scientifique  un profond « remaniement » de la communication scientifique et de la manière d’écrire les articles via le Web
Exemple : HAL http://hal.archives-ouvertes.fr/ ED SST – PVN  –  Mai 2008 9 Au niveau mondial 1100 déposants 25 millions de documents L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion d'articles scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, et de thèses, émanant des établissements d'enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés
ED SST – PVN  –  Mai 2008 10  6051 Journaux en libre accès http://www.doaj.org/
Droits des auteurs des articles scientifiquesTransfert de Copyright aux éditeursQuand l’article est il réutilisable par les auteurs ? 11 Publication dans une revue en libre accès (auteur payeur et copyright) laissé aux auteurs, sous licence Creativecommonspar exemple PLOS BIOLOGY Dépôt de la publication dans une archive ouverte institutionnelle :  Si l’éditeur le permet voir le site SHERPA / ROMEO Postprint, version finale mais sans mise en forme de l’éditeur Ecrits dans des blogs sur Internet : Voir la licence du site souvent Creativecommons
Une règle de base : Publier en respectant  l’Ethique des publications
Les grands principes de l’Ethique des publications 13 4 grands principes : Evaluation par les pairs Respect des principes fondamentaux de la démarche scientifique : dont la mise à disposition des cahiers de laboratoire si nécessaire  Respect des règles de bonne conduite scientifique : pas de fraude, de plagiat, etc… Contribution significative de chacun des auteurs des publications : notion « d’authorship »
COPECommittee On Publication Ethics 14     Créé en 1997 par des membres de l’ICMJEPublie : the « Guidelines on good publication practice » http://www.publicationethics.org.uk/
Un psychiatre renommé suspendu pour plagiat « Danger » en augmentation avec les réseaux sociaux et les blogs
Les règles de « l’authorship » 16 Est auteur toute personne ayant suffisamment participé au travail pour en accepter la responsabilité en public Critères à remplir pour être auteur : l'auteur d'un article de recherche doit remplir simultanément 3 conditions : 1) Avoir contribué de façon « substantielle » à la conception et à la mise au point du protocole expérimental ou à l'analyse et à l'interprétation des données 2) Avoir contribué à la rédaction de l'article ou à la révision critique du contenu intellectuel  3) Avoir approuvé la version finale publiée     Cf. Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals    http://www.icmje.org/urm_main.html
Affiliations des auteurs 17 L’identification de l’organisme d’appartenance doit être faite avec soin : Université, INRA, CNRS, INSERM, etc… pour la réalisation des études bibliométriques dans le cadre des évaluations diverses de plus en plus nombreuses  L’affiliation figurant sur l’article est celle où a été effectué le travail Les éléments de l’adresse ne doivent pas être traduits dans une autre langue  Une normalisation des adresses est en cours. Cf. Travaux Normadresses de l’OST
Droits des auteurs
Droits des auteurs des articles scientifiques (1) 19 Au regard du droit, l’auteur d’un article scientifique possède des droits de propriété intellectuelle, en tant que créateur du contenu de l’article Mais les articles scientifiques sont publiés dans des revues scientifiques internationales soumises au droit de Copyright Les auteurs doivent accepter les conditions des éditeurs scientifiques avec lesquels ils passent contrat, dont la cession des droits à l’éditeur : le Copyright assignment  : document  de cession ou de transfert du droit de reproduction
Droits des auteurs des articles scientifiquesQuand l’article est il réutilisable par les auteurs ? 20 Publication dans une revue en libre accès (auteur payeur et copyright) laissé aux auteurs, sous licence Creativecommonspar exemple PLOS BIOLOGY Dépôt de la publication dans une archive ouverte institutionnelle :  Si l’éditeur le permet voir le site SHERPA / ROMEO Postprint, version finale mais sans mise en forme de l’éditeur Ecrits dans des blogs sur Internet : Voir la licence du site souvent Creativecommons
Comment publier ses résultats?
Transfert de l’IST au travers des différents types d’articles scientifiques 22     Le transfert de l’IST passe par 2 étapes : L’enregistrement des faits La diffusion des connaissances Plusieurs types de documents ou articles peuvent traiter d’une même information scientifique Ils ne sont cependant pas identiques dans le fond et la forme : chacun joue un rôle spécifique et possède sa propre structure
Transfert de l’IST (1) 23 Etape 1 - Enregistrement des faits Une question préalable : Publication scientifique ou dépôt de brevet ? Brevet d’invention		« Article scientifique »                                            	 Communication à un congrès				  (sous différentes formes) 					       Article de RechercheThèse / Mémoires Si les résultats d’un travail de recherche peuvent avoir une application industrielle, la question du brevet peut et doit se poser quand ondécide de publier
Transfert de l’IST (2) 24 Etape 2 - Diffusion des connaissances Public scientifiquePublic non scientifique  Articles de synthèse	Articles de transfert	et			     	Article de développement Chapitres d’ouvrage spécialisés           Article de vulgarisation Ouvrages de référence            		Ouvrage de vulgarisation EncyclopédieNiveau ultime de la Connaissance
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Exemples de blog Est devenu nature.com Blogs Postegenomic : http://postgenomic.com Annuaire de blogs et de billets scientifiques Classement par disciplines et par tags Sélection d’articles et de livres par les blogueurs 30
Researchblogging http://researchblogging.org/ Un blog pour discuter des articles déjà publiés Une équipe humaine vérifie la qualité des billets
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SciTopics (Elsevier) Un service gratuit de partage de connaissances d’experts destiné à la communauté des chercheurs Seuls les scientifiques invités peuvent déposer Ces scientifiques peuvent en inviter d’autres à déposer des commentaires Offre de fonctions de recherche  Fonctions de « communautés » : évaluations, notes et commentaires publics
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Plos One (http://plosone.org) Lancé en 2006 - IF : 4.351 Coût de dépôt d’une publication : environ 1000 euros , entre 4-5000 publications par an Permettre la percée d’idéesnovatrices : Disséminer des idées sans préjuger de leur bien-fondé et dans des délais très brefs  Favoriser la discussion au sein de la communauté scientifique,  Journal interactif :  « Reviewers » non anonymes Lecteurs : « Notes, Comments, Corrections and Ratings » Source : Colette Pélissier  http://inra-paca-erist.posterous.com/le-journal-plos-one-open-access-open-discussi-0
Plos One (http://plosone.org)
Liens entre la publication,  les outils sociaux et  les blogs Le nombre de citations lié à la reconnaissance de la qualité de l’article par les annotateurs  ou dans la blogosphère Source : What's wrong with scholarly publishing today? BjörnBrembs. 2009. http://slidesha.re/edNlp6
Publication d’un article de recherche dans une revue scientifique
Préparer la publication de ses résultats  42 © V Garandel-Batifol & C Falize, Groupe MISTeR, Inra
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Le facteur d’impact - Rappel JCR Journal Citation Report : environ 9100 périodiques (« Science Edition » + « Social Sciences Edition ») En 2009, le facteur d’impact variait de 0 à plus de 87 Attention : un faible pourcentage de périodiques a un facteur d'impact > 3  En 2008, 6620 périodiques ont été indexés dans le JCR « Science Edition » et 1154 ont un FI > ou =3, soit seulement 17,43 %

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Adbs 2011-publier et valoriser ses travaux de recherche à l'ère du numérique

  • 1. Publier et valoriser ses travaux de recherche Pourquoi ? Comment ? Par quel moyen ? Du périodique scientifique « classique » aux blogs en passant par les archives ouvertes, wikis et autres médias Pascal AVENTURIER, Véronique GARANDEL-BATIFOL& Patricia VOLLAND-NAIL INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) ADBS Azur-Corse-Monaco - 26 janvier 2011« Valoriser la rédaction scientifique à l'ère du numérique »
  • 2. Veiller, surveiller,se tenir régulièrementinformé Lire, Réfléchir, Mettre en place desprotocoles Gérer l’informationcollectée Chercheur Utilisateur de l’information Evaluerla nouvelleinformation Collecter del’information scientifique Insérerla nouvelleinformation dans son processusde recherche Publier,Auto-archiver, pour que la nouvelleinformation devienneconnaissance ChercheurProducteur de l’information Communiquerses résultats Rédiger des articles 2 © D L’Hostis & P Volland-Nail, Groupe MISTeR, Inra
  • 3. Evolution du contexte de l’édition scientifique
  • 4. De l’avènement des revues scientifiques en 1665 … 4
  • 5. … à « l’article du futur » de 2010 … 5
  • 6. 2 éléments de « l’Article du futur » 6
  • 7. … et les autres modes de communication 7 … sans parler du Web 2.0, des blogs, des réseaux sociaux et autres « Wikis » ou Symposia en ligne …
  • 8. Evolution de la communication et de l’édition scientifique 8 Depuis + de 15 ans, profonds changements A l’origine 1990-2000 : 2 phénomènes : augmentation des tarifs des abonnements aux revues scientifiques majeures émergence et appropriation d’Internet par les chercheurs D’où il a découlé : le mouvement des archives ouvertes : initié par les physiciens en réaction aux tarifs pratiqués par les éditeurs scientifiques opérations libre accès, axées sur la « gratuité » de l’accès à l’information scientifique un profond « remaniement » de la communication scientifique et de la manière d’écrire les articles via le Web
  • 9. Exemple : HAL http://hal.archives-ouvertes.fr/ ED SST – PVN – Mai 2008 9 Au niveau mondial 1100 déposants 25 millions de documents L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion d'articles scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, et de thèses, émanant des établissements d'enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés
  • 10. ED SST – PVN – Mai 2008 10 6051 Journaux en libre accès http://www.doaj.org/
  • 11. Droits des auteurs des articles scientifiquesTransfert de Copyright aux éditeursQuand l’article est il réutilisable par les auteurs ? 11 Publication dans une revue en libre accès (auteur payeur et copyright) laissé aux auteurs, sous licence Creativecommonspar exemple PLOS BIOLOGY Dépôt de la publication dans une archive ouverte institutionnelle : Si l’éditeur le permet voir le site SHERPA / ROMEO Postprint, version finale mais sans mise en forme de l’éditeur Ecrits dans des blogs sur Internet : Voir la licence du site souvent Creativecommons
  • 12. Une règle de base : Publier en respectant l’Ethique des publications
  • 13. Les grands principes de l’Ethique des publications 13 4 grands principes : Evaluation par les pairs Respect des principes fondamentaux de la démarche scientifique : dont la mise à disposition des cahiers de laboratoire si nécessaire Respect des règles de bonne conduite scientifique : pas de fraude, de plagiat, etc… Contribution significative de chacun des auteurs des publications : notion « d’authorship »
  • 14. COPECommittee On Publication Ethics 14 Créé en 1997 par des membres de l’ICMJEPublie : the « Guidelines on good publication practice » http://www.publicationethics.org.uk/
  • 15. Un psychiatre renommé suspendu pour plagiat « Danger » en augmentation avec les réseaux sociaux et les blogs
  • 16. Les règles de « l’authorship » 16 Est auteur toute personne ayant suffisamment participé au travail pour en accepter la responsabilité en public Critères à remplir pour être auteur : l'auteur d'un article de recherche doit remplir simultanément 3 conditions : 1) Avoir contribué de façon « substantielle » à la conception et à la mise au point du protocole expérimental ou à l'analyse et à l'interprétation des données 2) Avoir contribué à la rédaction de l'article ou à la révision critique du contenu intellectuel 3) Avoir approuvé la version finale publiée Cf. Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals http://www.icmje.org/urm_main.html
  • 17. Affiliations des auteurs 17 L’identification de l’organisme d’appartenance doit être faite avec soin : Université, INRA, CNRS, INSERM, etc… pour la réalisation des études bibliométriques dans le cadre des évaluations diverses de plus en plus nombreuses L’affiliation figurant sur l’article est celle où a été effectué le travail Les éléments de l’adresse ne doivent pas être traduits dans une autre langue  Une normalisation des adresses est en cours. Cf. Travaux Normadresses de l’OST
  • 19. Droits des auteurs des articles scientifiques (1) 19 Au regard du droit, l’auteur d’un article scientifique possède des droits de propriété intellectuelle, en tant que créateur du contenu de l’article Mais les articles scientifiques sont publiés dans des revues scientifiques internationales soumises au droit de Copyright Les auteurs doivent accepter les conditions des éditeurs scientifiques avec lesquels ils passent contrat, dont la cession des droits à l’éditeur : le Copyright assignment : document de cession ou de transfert du droit de reproduction
  • 20. Droits des auteurs des articles scientifiquesQuand l’article est il réutilisable par les auteurs ? 20 Publication dans une revue en libre accès (auteur payeur et copyright) laissé aux auteurs, sous licence Creativecommonspar exemple PLOS BIOLOGY Dépôt de la publication dans une archive ouverte institutionnelle : Si l’éditeur le permet voir le site SHERPA / ROMEO Postprint, version finale mais sans mise en forme de l’éditeur Ecrits dans des blogs sur Internet : Voir la licence du site souvent Creativecommons
  • 21. Comment publier ses résultats?
  • 22. Transfert de l’IST au travers des différents types d’articles scientifiques 22 Le transfert de l’IST passe par 2 étapes : L’enregistrement des faits La diffusion des connaissances Plusieurs types de documents ou articles peuvent traiter d’une même information scientifique Ils ne sont cependant pas identiques dans le fond et la forme : chacun joue un rôle spécifique et possède sa propre structure
  • 23. Transfert de l’IST (1) 23 Etape 1 - Enregistrement des faits Une question préalable : Publication scientifique ou dépôt de brevet ? Brevet d’invention « Article scientifique » Communication à un congrès (sous différentes formes) Article de RechercheThèse / Mémoires Si les résultats d’un travail de recherche peuvent avoir une application industrielle, la question du brevet peut et doit se poser quand ondécide de publier
  • 24. Transfert de l’IST (2) 24 Etape 2 - Diffusion des connaissances Public scientifiquePublic non scientifique Articles de synthèse Articles de transfert et Article de développement Chapitres d’ouvrage spécialisés Article de vulgarisation Ouvrages de référence Ouvrage de vulgarisation EncyclopédieNiveau ultime de la Connaissance
  • 25. Transfert de l’IST à l’ère du Web Nouvelles formes de diffusion des connaissances Sites de partagesde signets entre scientifiques Blogs scientifiques Réseaux sociaux : Facebook Wikipedia : encyclopédiecollective
  • 26.
  • 27. Commentaires sur les publications acceptées
  • 28. Participation à des groupes de discussion
  • 29. Réseau de connaissances « amies »
  • 31.
  • 32. Les nouveaux modes de communication scientifiques
  • 33. Les blogs scientifiques Page Web dans laquelle l’auteur (ou les auteurs) note, au fur et à mesure de ses réflexions sur un sujet, des avis, impressions etc… pour les diffuser et susciter des réactions, commentaires et discussions Connexions avec les réseaux sociaux Indexés par les moteurs de recherche Des plateformes pour créer son blog : Wordpress, Blogger, Le Monde, Nature etc… Source : fr.wiktionary.org/wiki/blog
  • 34. Exemples de blog Est devenu nature.com Blogs Postegenomic : http://postgenomic.com Annuaire de blogs et de billets scientifiques Classement par disciplines et par tags Sélection d’articles et de livres par les blogueurs 30
  • 35. Researchblogging http://researchblogging.org/ Un blog pour discuter des articles déjà publiés Une équipe humaine vérifie la qualité des billets
  • 36. Liste des blogs adhérents Agrégation des billets des différents blogs Commentaire de scientifiques invités Commentaires sur les billets
  • 37. NatureNetworks Les meilleurs billets sont publiés dans Nature
  • 38. SciTopics (Elsevier) Un service gratuit de partage de connaissances d’experts destiné à la communauté des chercheurs Seuls les scientifiques invités peuvent déposer Ces scientifiques peuvent en inviter d’autres à déposer des commentaires Offre de fonctions de recherche Fonctions de « communautés » : évaluations, notes et commentaires publics
  • 40. Science en vidéo : SciVee(http://scivee.tv) Une vidéo d’un article publié (Avec DOI pour citation) Différents produits (congrès = papercast) etc… Voir aussi : Journal of Visualized Experiments (JoVE) http://www.jove.com
  • 41. Les réseaux sociaux « scientifiques » pour … Créer des communautés d’intérêts Participer à des groupes « scientifiques » Partager des questions Repérer les experts, les équipes Se faire connaître à travers un réseau …Trouver un travail
  • 42. Plos One (http://plosone.org) Lancé en 2006 - IF : 4.351 Coût de dépôt d’une publication : environ 1000 euros , entre 4-5000 publications par an Permettre la percée d’idéesnovatrices : Disséminer des idées sans préjuger de leur bien-fondé et dans des délais très brefs Favoriser la discussion au sein de la communauté scientifique, Journal interactif : « Reviewers » non anonymes Lecteurs : « Notes, Comments, Corrections and Ratings » Source : Colette Pélissier http://inra-paca-erist.posterous.com/le-journal-plos-one-open-access-open-discussi-0
  • 44. Liens entre la publication, les outils sociaux et les blogs Le nombre de citations lié à la reconnaissance de la qualité de l’article par les annotateurs ou dans la blogosphère Source : What's wrong with scholarly publishing today? BjörnBrembs. 2009. http://slidesha.re/edNlp6
  • 45. Publication d’un article de recherche dans une revue scientifique
  • 46. Préparer la publication de ses résultats 42 © V Garandel-Batifol & C Falize, Groupe MISTeR, Inra
  • 47. MISTeR 3 Toulouse – 03.02.2011 43 Choix du périodique © V Garandel-Batifol & C Falize, Groupe MISTeR, Inra
  • 48. Le facteur d’impact - Rappel JCR Journal Citation Report : environ 9100 périodiques (« Science Edition » + « Social Sciences Edition ») En 2009, le facteur d’impact variait de 0 à plus de 87 Attention : un faible pourcentage de périodiques a un facteur d'impact > 3 En 2008, 6620 périodiques ont été indexés dans le JCR « Science Edition » et 1154 ont un FI > ou =3, soit seulement 17,43 %
  • 49. Le facteur d’impact - Rappel Introduitdans les années 60 par Eugene Garfield (ISI) citations articles 2006 et 2007 2008 Exemple : BIOELECTROCHEMISTRY Citations en 2009 des articles publiés en 2008 (177) et en 2007 (364) : soit au total 541 citations Nombred’articlespubliés en 2008 (88) et en 2007 (116) : soit au total 204 articles  Impact Factor =   541 / 204 = 2.652  IF=5 Articles publiés en 06/07 citésen moyenne 5 fois en 08. D’après : Michael Habib (2009). From Academic Library 2.0 to (Literature) http://slidesha.re/11hfpU
  • 50. Facteur impact et SubjectCategories BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY BIOPHYSICS MEDICINE, RESEARCH & EXPERIMENTAL FI Max : 31.152 CELL Nb revues : 283 FI Median : 2.582 FI Max : 27.136 NATL MED Nb revues : 93 FI Median : 2.020 FI Max : 19.304 ANNU REV BIOPHYS Nb revues : 74 FI Median : 2.628
  • 51. 47 Pour comparer : voir le positionnement des revues dans une catégorie (données CREBI - Inra) D’après les travaux de MH Magri (Inra, Jouy-en-Josas) : algorithme implémenté dans le JCR depuis 2008
  • 53. Valoriser ses recherches en 2011 En amont : la réflexion Blogs Wiki Nature Networks Scitopic Réseaux sociaux Article accepté/Conférence etc.. Blog Réseau Vidéo Dépôt dans une archive ouverte
  • 54. Publier et diffuser ses résultats Le système « classique » de publications : Pérenne Reconnu Critères d’évaluation « établis » Les nouveaux modes de communication : Apparition de nouveaux indicateurs : Scimago (Elsevier), Faculty of 1000 Valorisation des articles déjà acceptés ou moyen de réflexions scientifiques via les blogs En perpétuelle évolution
  • 55. Former les jeunes chercheurs Une nécessité face à l’évolution rapide du contexte scientifique Processus de publication et règles d’éthique peu ou mal connus Mise en place des formationsà l’Inra Cf. Journée d’étude ADBS « La formation des utilisateurs chercheurs » - 20 mai 2008, Paris« MISTeR » : Maîtriser l'Information Scientifique et Technique en Recherche : une offre de formation pour les doctorants de l'Inra - Patricia Volland-Nailhttp://www.adbs.fr/la-formation-des-utilisateurs-chercheurs-28699.htm?RH=AGENDA_JETUDE
  • 56. © Inra, Plaquette de présentation des formations MISTeR
  • 57. pascal.aventurier@avignon.inra.frveronique.garandel@toulouse.inra.fr patricia.volland@tours.inra.fr Inra : http://www.inra.fr/ Merci de votre attention Questions ?
  • 58.
  • 59. Pourquoi citer des références et lesquelles citer ? En vidéo par Hervé Maisonneuve : http://bit.ly/hGQrud
  • 60. Magri M.-H. & Solari A. 1996. The SCI Journal Citation Reports : a potential tool for studying journals ? I. Description of the JCR journal population based on the number of citations received, number of source items, impact factor, immediacy index and cited half-life. Scientometrics, vol. 35, no. 1, p. 93-117
  • 61. Solari A. & Magri M.-H. 2000. A new approach to the SCI Journal Citation Reports, a system for evaluating scientific journals. Scientometrics, vol. 47, no. 3, p.  605-625
  • 62. Eric Lichtfouse. Rédiger pour être Publié. Springer. 2009