les outils du chercheur

Les
outils
du
chercheu
rLARDY Jean-Pierre
Université LYON 1

20 juin 2011 LARDY JP 2
Sommaire
Le chercheur doit :
–S’informer
–Publier
–Archiver
–Évaluer et se faire évaluer
–Gérer son information

S’informer
S’informer pour explorer un sujet :
 état de l’art avant de commencer une
thèse
 faire le point à la veille d’une publication
ou d’une communication à un congrès
Source d’information  les bases de données
bibliographiques

S’informer
Suivre l’actualité scientifique :
• générale
Source d’information  quelques publications
peu nombreuses et multidisciplinaires comme
La Recherche, Pour la Science, Science, Nature
• sur un sujet particulier
Elles ont maintenant des mises à jour très
rapides : quotidiennes et même en temps réel
 les serveurs de pré-publications

S’informer
Rechercher une information ponctuelle :
• données numériques
• Propriétés physiques et chimiques
• techniques
• réactions chimiques
• ….
Source d’information  handbooks,
séries techniques …

S’informer
Savoir ce que font les autres :
• par l’information informelle
rencontres et discussions aux congrès
• le collège invisible :
réseau de relations entretenu avec des
chercheurs dans d'autres laboratoires
• les outils PUSH (l’info arrive sur son poste de travail) :
– Les listes de discussion
– Les fils RSS des blogs

S’informer
Faire de la veille
DSI = Diffusion Sélective de l’Information
bibliographiques et les collections de e-journaux
NB : il faut obligatoirement s’enregistre c’est-à-dire avoir un
compte (gratuit) pour chaque ressource
Ex SciencDirect : Register or Login--------: Password:------
Pubmed : My NCBI[Sign In] [Register]

S’informer
Les fonctions d’alerte des bases de données ou des collections de
jounaux électroniques permettent de rester averti des dernières
informations dans ses domaines de recherche.
Les différents producteurs de ressources électroniques emploient une
terminologie variée.
Une alerte de recherche est une demande de recherche programmée
pour fonctionner automatiquement à une fréquence choisie et
fournir un avertissement par mail des résultats.
De même, une alerte de table des matières de revue est une
notification par mail d’une nouvelle édition d’un journal.
Exemple d’aide http://marmaris.ku.edu.tr/sasrequest/alert_page/Alert.htm

S’informer
• alerte sur profil = elle est basée sur un ou plusieurs
termes de recherche
Ex ScienceDirect Save Search | Save as Search Alert
Pubmed : My Saved Searches
• alerte basée sur un article particulier = pour être averti
– de la citation d’un article
– d’une correction
– d’une discussion
SD : Save as Citation Alert
Science : Alert me when new articles cite this article
• recevoir les tables des matières (ToC)
SD : Alert me when new Journal Issues are available

S’informer
De nouvelles sources sont apparues
dernièrement :
– Google Scholar http://scholar.google.com
– Scirus http://www.scirus.com
– Windows Live Academic
http://academic.live.com
– OAIster
http://oaister.umdl.umich.edu
– …

S’informer
Le web évolue : blogs et wikis
Les blogs
Définition : Pages web constituées de textes affichées
et archivées automatiquement par ordre ante-
chronologique, susceptibles d’être commentées et
enrichies de liens externes.
Ex : URFIST.info
http://www.urfist.info
Il existe de nombreux moteurs de recherche spécialisés
sur les blogs comme Technorati
http://www.technorati.com

S’informer
Les wikis
Définition : c’est un site web dynamique permettant à tout individu
d'en modifier les pages à volonté. Il permet de communiquer et
diffuser des informations rapidement, et de structurer cette
information pour permettre d'y naviguer commodément.
Le meilleur exemple est Wikipedia, l’encyclopédie libre
http://fr.wikipedia.org
Exemples : URFIST de Nice http://www.unice.fr/urfist/
LYON 1 : École doctorale
http://biomserv.univ-lyon1.fr/wiki/e2m2vie/moin.cgi
Paris 5 http://wiki.univ-paris5.fr
Fluwiki http://www.fluwikie.com

S’informer
Les fils RSS ou Atom permettent de récupérer
automatiquement :
• les tables des matières des derniers numéros de
revues électroniques
ex : Fils RSS des revues du groupe Nature
http://www.nature.com/nphys/newsfeeds.html
American Institute of Physics RSS Feeds
http://www.aip.org/rss.html
EDP Sciences
http://www.edpsciences.org/index.cfm?id_langue=1&niv1=rss

S’informer
Les fils RSS ou Atom permettent de récupérer
automatiquement :
• les résultats d'une recherche bibliographique
dans une base de données par un fil RSS
ex : dans Pubmed,
Proquest avec Dissertations & Theses,
Engineering Village 2,
ou XPLORE d'IEEE

Publier
Tout chercheur doit publier pour la
reconnaissance de son travail :
C’est le fameux « publish or perish »
La carrière des chercheurs s’appuient sur
leurs publications avec toutes les dérives
liées à ce principe, en particulier le
copier/coller, la surabondance …

Publier

Publier
En sciences exactes et
biomédicales, l’article de
périodique est devenu le
média principal de publication,
suivi des communications aux
congrès et pour les doctorants
des posters.

Publier
Diffuser les connaissances scientifiques, c’est
– éclairer les décisions des acteurs publics et
privés
- participer aux débats science/société
- développer la culture scientifique et technique
et vulgariser la science en direction du grand
public
Production  livres, expositions,
conférences grand public…

Publier
Valoriser la recherche en
– trouvant des partenaires : société de
valorisation
Ex : EZUS à Lyon 1 http://www.ezus-lyon1.fr
– créant son entreprise : incubateur
Ex : Créalys http://www.crealys.com
– déposant des brevets
Ex : INPI http://www.inpi.fr

Publier
Les nouveaux moyens de publication
 le mouvement Accès Libre
• Définition de l’Open Access (OA)
C’est la disponibilité libre de la littérature
validée par les pairs l'Internet public,
permettant à tout utilisateur de lire,
télécharger, copier, distribuer, imprimer,
rechercher ou lier le texte des articles.

Publier Archiver
• Open Access : principe d'accès gratuit aux publications
scientifiques avec un comité de lecture. Les coûts d’une
archive sont négligeables. C'est aussi comme cela qu'on
appelle le mouvement, initié à Budapest en 2002 par des
scientifiques.
• Open Archive : stockage des publications scientifiques
par les auteurs ou des médiateurs institutionnels
(bibliothèques) sans comité de lecture sur des serveurs
fonctionnant avec un logiciel « Open Source »
(généralement E-prints), permettant une interopérabilité
avec d'autres serveurs et offrant un accès totalement
gratuit.

Publier
De nouveaux acteurs :
• Public Library of Science - PLoS
http://www.plos.org
• Biomed Central
http://www.biomedcentral.com/
• BioOne
http://www.bioone.org

Publier
De nouvelles pratiques :
EDP Sciences expérimente différentes formules :
• période de mise en accès libre - actualités ou archives ;
• modèles économiques comme par exemple le modèle
mixte pour lequel le choix est laissé à l’auteur de rendre
ou non son article disponible gratuitement à l’intérieur
d’une revue.
De même on trouve Springer Open Choice,
Blackwell Publishing Online Open, Oxford Open
(mai 2005)….

Réactions des éditeurs
Pour convaincre les
chercheurs que les éditeurs
commerciaux admettent
l’auto-archivage, consultez
le site :
The SHERPA/ROMEO list
http://www.sherpa.ac.uk

Publier
• HighWire Press
http://highwire.stanford.edu
Plus de 1 342 000 articles en texte intégral issus
de 942 journaux hébergés par HighWire
• DOAJ
http://www.doaj.org
Répertoire de plus de 2 230 journaux, toutes
disciplines et langues

Publier
Les bibliothèques numériques : une bibliothèque
numérique est une collection organisée de
documents électroniques en accès libre et
gratuit sur Internet, associée à une interface
permettant la recherche et la consultation de ces
documents.
– NUMDAM http://www.numdam.org
numérisation rétrospective des fonds mathématiques
publiés en France
– Persée http://www.persee.fr
portail de revues scientifiques en sciences humaines et
sociales

Archiver
Différents types d’archives :
Par discipline :
• arXiv en physique lancé en 1991 arXiv.org
• PubMed Central lancé en 1999 http://www.pubmedcentral.org/
Par institution :
eScholarship - California Digital Library http://repositories.cdlib.org/
escholarship/
En France :
• CDST http://hal.ccsd.cnrs.fr/
• La Cellule MathDoc http://mathdoc.emath.fr/

Evaluer
Depuis plus de 40 ans, l’ISI comptabilise les co-
citations.
– Journal Citation Reports (JCR) permet la
comparaison des périodiques de recherche à partir
des citations tirées de plus de 8 400 périodiques de
recherche.
Il présente :
– le facteur d'impact annuel par revue
– l'évolution de l'impact des revues scientifiques
– des informations statistiques basées sur des données
de citations
– une mesure qualitative des citations entre
publications

Evaluer
• Citations
Web of Science est composé de 3 bases
interrogeables séparément ou simultanément :
– Arts & Humanities Citation Index
– Science Citation Index Expanded
– Social Sciences Citation Index
On peut rechercher par référence citée
– auteur cité (Cited author)
– publication citée (Cited work)

Evaluer
Il existe d’autres ressources d’évaluation
des articles et journaux.
Faculty of 1000,
http://www.facultyof1000.com
publié dans BMC, est un ensemble d'articles
sélectionnés en sciences biologiques.
Le classement est effectué par plus de 1000
chercheurs.

Evaluer
Des bases de données récentes proposent aussi les co-
citations  voir http://urfist.univ-lyon1.fr/cocitations.html
ex ScienceDirect :
http://www.sciencedirect.com
pub-date > 1994 and pub-date < 2005 and TITLE-ABSTR-KEY(vioxx)
and TITLE-ABSTR-KEY(cardio!)
11 Articles Found That Cited:
Risk of cardiovascular events and rofecoxib: cumulative meta-
analysis
The Lancet, Volume 364, Issue 9450, 4 December 2004-10
December 2004, Pages 2021-2029

Evaluer
Scholar Google
On retrouve le même article :
Risk of cardiovascular events and rofecoxib
: cumulative meta-analysis
P Jueni, L Nartey, S Reichenbach, R Sterchi, PA
… - Lancet, 2004 - Peter Jüni, Linda Nartey,
Stephan ...
Cited by 49 -

Evaluer
HighWire : certaines références donnent le lien
View Citation Map View Citation Map

Gérer l’information
Un logiciel de gestion de bibliographie permet :
• La saisie et l’importation de références
• L’interrogation de la base de données
• La maintenance de la base de références
• La liaison entre un document de traitement de
texte et la base de données
• La génération de bibliographie selon le style
demandé par la publication

Gérer l’information
Il existe des solutions commerciales :
• EndNote est le plus connu
http://www.endnote.com
• RefWorks de CSA est disponible en ligne
http://www.refworks.com
Mais aussi des solutions Open source gratuites :
• Bibus multi-plateforme
http://bibus-biblio.sourceforge.net
• Wikindx en ligne
http://wikindx.sourceforge.net

Pour approfondir
Mouvement Accès Ouvert :
• http://www.inist.fr/openaccess/
• http://snhs-plin.barry.edu/Open_Access.htm
Blogs, RSS
• http://www.ccr.jussieu.fr/urfist/rss/index.htm
Serveurs de pré-publications
• http://bmiu.univ-bpclermont.fr/DOC_ELECTR/PageEnCours/PREPRINTS.
Gérer sa bibliographie
• http://urfist.univ-lyon1.fr/logiciels_gestion_doc.html

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