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Philippe Eveillard
10 février 2012


                             Seattle_public_library_7 par man pikin Licence CC BY
1. PubMed ?
  PubMed est l’interface d’interrogation de la
  banque de données bibliographiques MEDLINE




                                Marbles par gurdonark Licence CC BY
Marbles par gurdonark Licence CC BY




MEDLINE est un sac de billes contenant 22 millions de billes

PubMed est la main qui plonge dans le sac de billes pour en extraire les billes
en verre, de couleur rouge, de 25g et de 1,24cm de diamètre ou celles en
terre, de couleur verte, de 41g et de 2,11cm de diamètre

PubMed le fait de façon précise parce que chaque bille est étiquetée quant à
sa nature, son poids, sa couleur, sa grosseur…
2. Pour quoi faire ?
PubMed sert à faire la bibliographie d’un article   Q
PubMed ne doit pas servir à résoudre le problème clinique d’un patient.

Il y a d’autres outils plus performants pour cela : UpToDate, Dynamed ou
(plus simple et francophone) CISMeF ou la DReFC
3. Comment ?
Pour faire une bibliographie, il faut s’asseoir, si
possible dans une bibliothèque universitaire




Bibliothèqsue de l’Ifpo, Damas, Abou Roumanech par innovation en bibliothèque Licence CC BY
Bibliothèqsue de l’Ifpo, Damas, Abou Roumanech par innovation en bibliothèque Licence CC BY




S’asseoir, parce qu’il faut « se poser » pour faire une bibliographie

Dans une bibliothèque universitaire pour :
- ne pas être « tout seul » (les bibliothécaires sont là pour vous aider)
- bénéficier de l’environnement et de l’accès aux périodiques de la BU
4. Avec quels mots clés ?
Avec les mots clés du thesaurus MeSH




Au Marché De LA Butte par Jon Gos Licence CC BY
Au Marché De LA Butte par Jon Gos Licence CC BY




Quand vous allez chez le primeur pour acheter un kg de pommes :
- si l’on vous sert 1 kg de fruits, vous avez fait une requête « à la Google »;
- si l’on vous sert 1kg de pommes vous avez fait une requête en langage
MeSH.
5. Pourquoi ?
Parce que ce sont les mots clés (les descripteurs)
du thesaurus MeSH qui sont inscrits sur l’étiquette




                              Barolo par Blue moon in her eyes Licence CC BY
Barolo par Blue moon in her eyes Licence CC BY




A chaque article est « accrochée » une étiquette sur laquelle sont inscrits les
termes du MeSH qui ont servi à caractériser (indexer) le contenu de l’article.

Cette étiquette se trouve sous le résumé dans la notice au format abstract
6. L’affiliation
descripteur/qualificatif
La combinaison entre le descripteur et le qualificatif
(l’attelage entre la locomotive et son tender) est à
la base de toute recherche dans PubMed




                        Denver et Rio Grande Western N°346 par David Jones Licence CC BY
Denver et Rio Grande Western N° 346 par David Jones Licence CC BY




La locomotive (le descripteur) et son tender (le qualificatif ) tirent le convoi
de chemin de fer (l’équation de recherche) vers plus de cohérence et plus de
précision qu’une équation de recherche en langage courant « à la Google ».
7. Quelle méthode ?
La méthode MeSH Database est celle qui permet de
formuler de façon simple des affiliations




Le catalogue à roue de la BIUM par marlenedd Licence CC BY
Le catalogue à roue de la BIUM par marlenedd Licence CC BY




Un mot clé (en anglais) est entré dans la fenêtre d’interrogation de la banque
de données du MeSH (MeSH Database)

MeSH Database propose une liste de descripteurs et vous faites votre choix

Vous prenez connaissance de la liste de qualificatifs qui peuvent être affiliés à
ce descripteur et vous en sélectionnez un.
8. Et les filtres ?
Les filtres limitent le champ de la requête et…
freinent la vitesse du convoi




Baldwin 2-6-6-2 Steam Locomotive par puukibeach Licence CC BY
Baldwin 2-6-6-2 Steam Locomotive par puukibeach Licence CC BY




La locomotive (le descripteur) et son tender (le qualificatif), attelés ensemble
(affiliation descripteur/qualificatif) tirent les wagons (les filtres).

Chaque wagon est une limite (de date, de type de publication, de langue de
publication, de classe d’âge…).
9. Quel résultat
La première équation n’est jamais la bonne
                             Sensibilité
La sensibilité d’une requête est :
•assimilée à la sensibilité d’un test diagnostique
•égale au rapport :
références adéquates trouvées par l’outil de recherche
références adéquates hébergées par la banque de données


                             Précision
La précision d’une requête est :
•assimilée à la valeur prédictive positive d’un test
diagnostique
•égale au rapport :
références adéquates trouvées par l’outil de recherche
totalité des références trouvées par l’outil de recherche
Sensibilité
La sensibilité d’une requête est :
•assimilée à la sensibilité d’un test diagnostique
•égale au rapport :
références adéquates trouvées par l’outil de recherche
références adéquates hébergées par la banque de données


                             Précision
La précision d’une requête est :
•assimilée à la valeur prédictive positive d’un test
diagnostique
•égale au rapport :
références adéquates trouvées par l’outil de recherche
totalité des références trouvées par l’outil de recherche

Il convient de faire évoluer la première équation (qui n’est pas la bonne) :
- soit vers plus de sensibilité (en supprimant des membres de l’équation)
-soit vers plus de précision (en ajoutant des membres à l’équation)
10. …et la veille bibliographique ?
L’équation de veille est différente de celle de recherche




                                        Veille St Girons par Le Xav’ Licence CC BY
Veille St Girons par Le Xav’ Licence CC BY




L’équation de veille est composée de deux parties :
- une équation qui explore la partie indexée de MEDLINE
- et une équation qui explore la partie non indexée (in process)

Les 2 équations sont unies par l’opérateur OR

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PubMed en 10 images

  • 1. PubMed en 10 images Philippe Eveillard 10 février 2012 Seattle_public_library_7 par man pikin Licence CC BY
  • 2. 1. PubMed ? PubMed est l’interface d’interrogation de la banque de données bibliographiques MEDLINE Marbles par gurdonark Licence CC BY
  • 3. Marbles par gurdonark Licence CC BY MEDLINE est un sac de billes contenant 22 millions de billes PubMed est la main qui plonge dans le sac de billes pour en extraire les billes en verre, de couleur rouge, de 25g et de 1,24cm de diamètre ou celles en terre, de couleur verte, de 41g et de 2,11cm de diamètre PubMed le fait de façon précise parce que chaque bille est étiquetée quant à sa nature, son poids, sa couleur, sa grosseur…
  • 4. 2. Pour quoi faire ? PubMed sert à faire la bibliographie d’un article Q
  • 5. PubMed ne doit pas servir à résoudre le problème clinique d’un patient. Il y a d’autres outils plus performants pour cela : UpToDate, Dynamed ou (plus simple et francophone) CISMeF ou la DReFC
  • 6. 3. Comment ? Pour faire une bibliographie, il faut s’asseoir, si possible dans une bibliothèque universitaire Bibliothèqsue de l’Ifpo, Damas, Abou Roumanech par innovation en bibliothèque Licence CC BY
  • 7. Bibliothèqsue de l’Ifpo, Damas, Abou Roumanech par innovation en bibliothèque Licence CC BY S’asseoir, parce qu’il faut « se poser » pour faire une bibliographie Dans une bibliothèque universitaire pour : - ne pas être « tout seul » (les bibliothécaires sont là pour vous aider) - bénéficier de l’environnement et de l’accès aux périodiques de la BU
  • 8. 4. Avec quels mots clés ? Avec les mots clés du thesaurus MeSH Au Marché De LA Butte par Jon Gos Licence CC BY
  • 9. Au Marché De LA Butte par Jon Gos Licence CC BY Quand vous allez chez le primeur pour acheter un kg de pommes : - si l’on vous sert 1 kg de fruits, vous avez fait une requête « à la Google »; - si l’on vous sert 1kg de pommes vous avez fait une requête en langage MeSH.
  • 10. 5. Pourquoi ? Parce que ce sont les mots clés (les descripteurs) du thesaurus MeSH qui sont inscrits sur l’étiquette Barolo par Blue moon in her eyes Licence CC BY
  • 11. Barolo par Blue moon in her eyes Licence CC BY A chaque article est « accrochée » une étiquette sur laquelle sont inscrits les termes du MeSH qui ont servi à caractériser (indexer) le contenu de l’article. Cette étiquette se trouve sous le résumé dans la notice au format abstract
  • 12. 6. L’affiliation descripteur/qualificatif La combinaison entre le descripteur et le qualificatif (l’attelage entre la locomotive et son tender) est à la base de toute recherche dans PubMed Denver et Rio Grande Western N°346 par David Jones Licence CC BY
  • 13. Denver et Rio Grande Western N° 346 par David Jones Licence CC BY La locomotive (le descripteur) et son tender (le qualificatif ) tirent le convoi de chemin de fer (l’équation de recherche) vers plus de cohérence et plus de précision qu’une équation de recherche en langage courant « à la Google ».
  • 14. 7. Quelle méthode ? La méthode MeSH Database est celle qui permet de formuler de façon simple des affiliations Le catalogue à roue de la BIUM par marlenedd Licence CC BY
  • 15. Le catalogue à roue de la BIUM par marlenedd Licence CC BY Un mot clé (en anglais) est entré dans la fenêtre d’interrogation de la banque de données du MeSH (MeSH Database) MeSH Database propose une liste de descripteurs et vous faites votre choix Vous prenez connaissance de la liste de qualificatifs qui peuvent être affiliés à ce descripteur et vous en sélectionnez un.
  • 16. 8. Et les filtres ? Les filtres limitent le champ de la requête et… freinent la vitesse du convoi Baldwin 2-6-6-2 Steam Locomotive par puukibeach Licence CC BY
  • 17. Baldwin 2-6-6-2 Steam Locomotive par puukibeach Licence CC BY La locomotive (le descripteur) et son tender (le qualificatif), attelés ensemble (affiliation descripteur/qualificatif) tirent les wagons (les filtres). Chaque wagon est une limite (de date, de type de publication, de langue de publication, de classe d’âge…).
  • 18. 9. Quel résultat La première équation n’est jamais la bonne Sensibilité La sensibilité d’une requête est : •assimilée à la sensibilité d’un test diagnostique •égale au rapport : références adéquates trouvées par l’outil de recherche références adéquates hébergées par la banque de données Précision La précision d’une requête est : •assimilée à la valeur prédictive positive d’un test diagnostique •égale au rapport : références adéquates trouvées par l’outil de recherche totalité des références trouvées par l’outil de recherche
  • 19. Sensibilité La sensibilité d’une requête est : •assimilée à la sensibilité d’un test diagnostique •égale au rapport : références adéquates trouvées par l’outil de recherche références adéquates hébergées par la banque de données Précision La précision d’une requête est : •assimilée à la valeur prédictive positive d’un test diagnostique •égale au rapport : références adéquates trouvées par l’outil de recherche totalité des références trouvées par l’outil de recherche Il convient de faire évoluer la première équation (qui n’est pas la bonne) : - soit vers plus de sensibilité (en supprimant des membres de l’équation) -soit vers plus de précision (en ajoutant des membres à l’équation)
  • 20. 10. …et la veille bibliographique ? L’équation de veille est différente de celle de recherche Veille St Girons par Le Xav’ Licence CC BY
  • 21. Veille St Girons par Le Xav’ Licence CC BY L’équation de veille est composée de deux parties : - une équation qui explore la partie indexée de MEDLINE - et une équation qui explore la partie non indexée (in process) Les 2 équations sont unies par l’opérateur OR