se former sur
PubMed
avec un
smartphone
Philippe Eveillard
Version juillet-août 2014
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mode d’emploi
pour télécharger
ce PowerPoint
sur votre
smartphone
• Inscrivez-vous sur Slideshare, le site de
stockage des présentations PowerPoint.
• Téléchargez sur votre smartphone
l’application Slideshare Presentation App
(Google Play) ou devenez béta-testeur de
l’application iOS (si environnement Apple).
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• Téléchargez sur votre smartphone le
PowerPoint « se former sur PubMed… ».
COMMENT TÉLÉCHARGER SUR VOTRE SMARTPHONE LA
PRÉSENTATION « SE FORMER SUR PUBMED… »
C’est l’histoire…
… d’une requête sur le tabagisme passif et les
infections respiratoires du nourrisson.
… d’une présentation PowerPoint qui :
• annonce d’emblée la difficulté
(avertissement, glossaire, deux clés …);
• répond aux quatre questions essentielles ;
• est publiée pour être lisible sur un
smartphone.
Contenu
Attention ! vous êtes « dans le dur »
A la différence de Google, Pubmed est
compliqué. Ce n’est pas tant la navigation que
la formulation qui pose problème.
PubMed, c’est FORMULER UNE REQUÊTE et vos
connaissances médicales sont sollicitées.
PubMed, c’est FORMULER UNE ÉQUATION DE
RECHERCHE et, pour cela, vous devez maitriser
les techniques documentaires de base (champ,
opérateurs) et les spécificités de PubMed
(affiliations descripteur/qualificatif).
Contenu
Glossaire, à lire avant d’aller plus loin (1)
Combinaison (mariage) d’un
descripteur et d’un qualificatif, au cœur
de l’indexation des articles de PubMed.
Ex:Respiratory Tract Infections/etiology
AFFILIATION
CHAMP
DESCRIPTEUR
Contenu
Indication de la nature ou de la
localisation d’un mot clé.
Ex : [pt] champ « type de publication »
Terme appartenant à un thesaurus
Ex : Tobacco Smoke Pollution
Glossaire, à lire avant d’aller plus loin (2)
Medical Subject Headings =
vocabulaire de PubMed = termes du
MeSH ou MeSH Terms.
MESH
NOTICE
QUALIFICATIF
Contenu
Document affiché en cliquant sur le
titre d’une référence de la page de
résultat (notice au format abstract).
Terme qui se combine (s’affilie) à un
descripteur pour préciser son sens.
Les deux laissés pour compte
Les AFFILIATIONS et les CHAMPS
sont les deux clés de
l’interrogation de PubMed.
Très peu de praticiens le
savent et peu s’en servent !
Les responsables de cette
ignorance sont : l’Automatic
Term Mapping et les filtres qui
automatisent la formulation de
l’équation de recherche.
CONSÉQUENCE
Le praticien perd
complètement le
contrôle de sa
requête en
confiant à des
automates le
soin de formuler
l’équation de
recherche à sa
place.
Contenu
La première clé : l’affiliation
Risk Factors
SMOKING/ADVERSE EFFECTS*
SMOKING/PREVENTION & CONTROL
SMOKING/PSYCHOLOGY
Smoking Cessation
En bleu : les affiliations
descripteur/qualificatif.
En noir : les descripteurs
Ci-contre, une
partie de
l’indexation d’un
article de
PubMed
Il est facile de
comprendre que
les équations de
recherche
doivent être
formulées avec
ces termes.
Contenu
La deuxième clé : les champs (1)
La notion de champ repose sur le fait qu’un
même mot-clé peut être à la fois un
descripteur et un titre de journal (Stroke), une
langue et un nom d’auteur (french).
Si vous faites une requête avec le mot-clé
Infant sans indiquer son champ, PubMed va le
rechercher un peu partout, dans le titre, le
résumé, la notice des articles et vous allez
perdre de la précision.
Contenu
La deuxième clé : les champs (2)
LES CHAMPS DE NATURE
[pt] Type de publication
[dp] Date de publication
[mh] Descripteur
[la] Langue de publication
[sb] Sous rubrique
LES CHAMPS DE LOCALISATION
[ti] mot du titre
[tiab] mot du titre/résumé
[tw] mot de la notice
Contenu
Tous les mots-clés doivent être accompagnés d’un
champ sauf les affiliations descripteur/qualificatif.
Contenu
01 Pourquoi ne pas
succomber à la tentation
Google ?
Parce que l’interrogation
« à la Google » conduit à
un résultat décevant.
Les réponses à 4 questions
02 Pourquoi respecter le
langage et la syntaxe de
PubMed ?
Parce que c’est la seule
façon de tenir compte de
l’indexation des articles.
03 Pourquoi faire évoluer
votre requête quel que
soit son résultat ?
Parce que la 1ère équation
doit être remaniée en
fonction de son résultat.
04 Pourquoi ne faut-il pas
formuler la veille comme
la recherche ?
Parce que l’équation de
veille porte sur la partie
non indexée de PubMed.
Ne succombez pas
à la tentation…
Google par super bond1 Licence CC BY
Google ≠ PubMed
La « tentation Google »
consiste à interroger PubMed
comme vous interrogez
Google.
Vous devez oublier cette
« mauvaise habitude » car
Google et PubMed ont 2
modes d’indexation différents,
ce qui justifie de les interroger
différemment.
GOOGLE
Indexation
automatique.
L’index est
constitué par
tous les mots de
la page.
PUBMED
Indexation avec
des mots clés
choisis par des
documentalistes.
La tentation Google
En anglais
PubMed est une banque de
données nord-américaine qui
ne peut pas être interrogée en
français, quoi qu’on en dise !
Pour interroger PubMed « à la
Google », vous devez traduire
les mots clés de la requête en
anglais, en vous aidant
éventuellement d’un
dictionnaire.
Les mots-clés de
l’interrogation
« à la Google »
sont la traduction
en anglais des
mots de la
requête soit :
- Passive
smoking
- Respiratory
infections
- Infant
La tentation Google
« A la Google »
Interroger « à la Google », c’est placer dans la
fenêtre d’interrogation de PubMed des mots
clés séparés par un espace et mettre entre
guillemets les mots composés.
L’espace remplace l’opérateur AND.
Ainsi la requête sur « la responsabilité du
tabagisme passif dans les infections… » se
formule « à la Google » de la façon suivante :
« PASSIVE SMOKING » « RESPIRATORY INFECTIONS » INFANT
La tentation Google
Search details (1)
Dans la page de résultats de PubMed figure un
cadre (search details) contenant
l’interprétation de la requête.
Pour cette interprétation, PubMed utilise l’outil
AUTOMATIC TERM MAPPING qui compare les
différents mots clés à des tables de
correspondance (termes MeSH, auteurs,
périodiques…)
La tentation Google
Search details (2)
Dans le cadre de droite figure
l’interprétation de Automatic
Term Mapping.
A l’évidence, l’outil n’a pas
trouvé de correspondance en
dehors du terme Infant.
En conséquence, les mots clés
sont recherchés dans tous les
champs, ce qui élargit l’espace
de recherche démesurément.
"passive
smoking"[All
Fields] AND
"respiratory
infections"[All
Fields] AND
(“infant"[MeSH
Terms] OR
"infant"[All
Fields])
La tentation Google
Le mot de la fin
Vous avez « commandé » des références à
PubMed en l’interrogeant « à la Google ».
Vous avez obtenu un résultat décevant parce
que les références commandées
- ne sont pas toutes là (il en manque)
- et sont disséminées parmi d’autres sans
aucun rapport avec votre commande.
C’est « l’effet Google ». Pour faire mieux, il
suffit de lire les pages suivantes.
La tentation Google
Respectez le langage et
la syntaxe de PubMed
Showing respect (RIP Ku, Sept 19, 2008) par gwaar Licence CC BY
La formulation
L’équation de recherche sur la responsabilité
du tabagisme passif dans les infections
respiratoires du nourrisson s’écrit :
Tobacco Smoke Pollution/adverse effects AND
Respiratory Tract Infections/etiology AND
Infant [mh]
Dans les prochaines pages, vous apprendrez
POURQUOI et COMMENT formuler l’équation de
cette façon.
Le langage et la syntaxe
Pourquoi ?
L’étiquette de la notice (1)
L’indexation faite par les
documentalistes de la National
Library of Medicine n’est pas
« top secret ». Elle figure en
clair dans le bordereau
d’indexation (L’ÉTIQUETTE) de la
notice au format abstract.
On y trouve la liste des termes
du MeSH qui caractérisent le
contenu de l’article.
POUR ACCÉDER À
L’ÉTIQUETTE :
- cliquer sur le
titre de l’article
dans la page de
résultat ;
- cliquer sur
l’intitulé MeSH
terms dans la
notice au format
abstract.
Le langage et la syntaxe
L’étiquette de la notice (2)
Sur l’étiquette des notices d’articles en rapport
avec l’équation de recherche, vous retrouvez
les 3 termes (Tobacco Smoke
Pollution/adverse effects, Respiratory tract
Infections/etiology et Infant).
L’ADÉQUATION ENTRE LA DEMANDE ET LA RÉPONSE est
la meilleure possible car les termes employés
par celui qui interroge (vous) et celui qui
indexe (le documentaliste de la NLM) sont les
mêmes.
Le langage et la syntaxe
L’étiquette de la notice (3)
Ci-contre : une
partie de
l’étiquette (la liste
des termes MeSH)
d’un des articles
affichés dans la
page de résultat.
Relationship of secondhand
smoke and infant lower
respiratory tract infection
severity by familial atopy status
Le langage et la syntaxe
Diseases Susceptibility
INFANT
Infant, Newborn
Male
Mothers
RESPIRATORY TRACT
INFECTIONS/ETIOLOGY*
Risk Factors
Severity of Illness Index
TOBACCO SMOKE
POLLUTION/ADVERSE EFFECTS*
Search details
L’interprétation de la requête
affichée dans le cadre search
details confirme la parfaite
adéquation entre la demande
et la réponse.
Les mêmes termes MeSH sont
employés dans la requête et
dans son interprétation. Un
must !
“tobacco smoke
pollution/adverse
effects” [Mesh
Terms] AND
“respiratory tract
infections/etiology
“ [Mesh Terms]
AND “infant”
[MeSH Terms]
Le langage et la syntaxe
Comment ?
Le langage
Au cœur de l’équation : l’affiliation
L’AFFILIATION DESCRIPTEUR/QUALIFICATIF
est un mariage entre un
descripteur et un qualificatif (v.
slides suivants)
Ainsi, les effets indésirables du
tabagisme passif sont formulés
Tobacco Smoke
Pollution/adverse effects et
non pas Tobacco Smoke
Pollution AND adverse effects.
Le mariage du
descripteur et du
qualificatif se fait
en accolant les 2
termes et en les
séparant par un
slash.
Tobacco Smoke
Pollution/adverse
effects
Le langage
27149 descripteurs (version 2014)
Un descripteur est un terme appartenant à un
thesaurus.
Un thesaurus est une liste de descripteurs
ayant entre eux des relations hiérarchiques.
Ainsi un thesaurus prend l’aspect d’un arbre
avec des branches maitresses donnant
naissance à des branches secondaires puis à
des branches terminales.
Le langage
L’arborescence des descripteurs
Health Care Category
Environmental and Public Health
Public Health
Environmental Pollution
Air Pollution
TOBACCO SMOKE POLLUTION
Le langage
L’arborescence de Tobacco Smoke Pollution.
Health Care est une des 16 branches maitresses du
thesaurus.
83 qualificatifs
Un qualificatif précise le sens
d’un descripteur.
Dans L’ÉTIQUETTE d’une notice,
un qualificatif est toujours
affilié à un descripteur.
Il est habituel (et plus simple)
de formuler un qualificatif sous
son abréviation. Ainsi, peut-on
écrire :
TOBACCO SMOKE POLLUTION/AE
Comme les
descripteurs, les
qualificatifs ont
entre eux des
relations
hiérarchiques.
Ces relations sont
décrites dans les
appendices de la
rubrique « help » à
l’adresse :
http://1.usa.gov/X4
s8p0
Le langage
« L’effet balance » des qualificatifs (1)
Le croisement (opérateur AND) de 2
affiliations descripteur/qualificatif conduit à se
préoccuper de la correspondance entre les 2
qualificatifs.
Par exemple, la relation de cause à effet entre
une maladie (les infections respiratoires) et
une pollution (le tabagisme passif) se traduit
par les qualificatifs ETIOLOGY pour la maladie et
ADVERSE EFFECTS pour la pollution.
Le langage
« L’effet balance » des qualificatifs (2)
MALADIE – MÉDICAMENT
Balance entre drug
therapy (pour la maladie)
et therapeutic use (pour le
médicament)
Exemple :
Respiratory Tract
Infections/drug therapy
AND Antibacterial
Agents/therapeutic use
MALADIE –MALADIE
Balance entre
complications (pour une
des maladies) et etiology
(pour l’autre)
Exemple :
Respiratory Tract
Infections/complications
AND Shock,
Septic/etiology
Le langage
Comment ?
La syntaxe
Les agents de liaison
Les opérateurs booléens sont
les agents de liaison. Ce sont
les mêmes que dans Google :
AND, OR et NOT.
Mais…
… il est conseillé de ne pas
remplacer AND par un espace
et la gestion des OR est
parfois compliquée.
RÈGLE DES OR
Deux mots clés
unis par OR sont
mis entre
parenthèses
(infant OR child).
Les situations
plus complexes
sont évoquées
dans la 4è partie
de ce document.
La syntaxe
Les champs
Les champs précisent la nature (ou la
localisation) d’un mot-clé.
Exemple avec le mot clé infant.
LA NATURE
Le mot-clé infant peut être un descripteur
(champ [mh]).
LA LOCALISATION
Le mot clé infant peut être un mot du titre
(champ [ti]) ; un mot du titre et du résumé
(champ [tiab]) ; un mot de la notice (champ
[tw]).
La syntaxe
Le poids des mots
Sur l’étiquette de la notice,
certains descripteurs et
certaines affiliations sont
suivis d’un astérisque.
C’est l’indication que ces
termes ont été considérés
comme « MAJEURS » par le
documentaliste qui a indexé
l’article.
Pour faire une
recherche
sélective sur les
termes majeurs,
il suffit de
l’indiquer dans
l’équation de
recherche avec
le champ [majr]
Tobacco Smoke
Pollution/adverse
effects [majr]
La syntaxe
L’explosion étend la recherche
L’EXPLOSION D’UN DESCRIPTEUR
correspond à l’extension de sa
recherche aux descripteurs
issus de lui dans
l’arborescence.
Dans une affiliation,
l’explosion concerne à la fois le
descripteur et le qualificatif.
Dans PubMed,
l’explosion se
produit par
défaut, c’est-à-
dire dans tous
les cas, sauf si
vous avez
indiqué le
contraire.
(champ [mh:noexp])
La syntaxe
L’explosion se produit dans l’arbre
Respiratory Tract Diseases
Respiratory Tract Infections
PHARYNGITIS
Nasopharyngitis
Retropharyngeal Abscess
Tonsillitis
Peritonsillar Abscess
Une recherche sur
PHARYNGITIS est
étendue, par défaut à
Nasopharyngitis,
Retropharyngeal
Abscess, Tonsillitis,
Peritonsillar Abscess.
Pour l’éviter :
Pharyngitis [mh:noexp]
La syntaxe
Il n’y a qu’une seule « bonne façon » de
formuler la première équation… mais, il
convient toujours de la faire évoluer.
Evolution ? par Moisturizing Licence CC BY
La « bonne façon »
L’équation de recherche sur la responsabilité
du tabagisme passif dans les infections
respiratoires du nourrisson croise (opérateur
AND) deux affiliations descripteur/qualificatif
(TOBACCO SMOKE POLLUTION/ADVERSE EFFECTS et
RESPIRATORY TRACT INFECTIONS/ETIOLOGY) et une
classe d’âge (INFANT) suivie du champ « MeSH
Terms » ([mh]).
Faire évoluer l’équation
La bonne façon « aidée »
L’entrée du mot-clé (en
anglais) dans la fenêtre
d’interrogation de MeSH
Database affiche une liste de
descripteurs dans laquelle il
suffit de faire le « bon choix ».
Il est parfois intéressant de
décomposer les mots
composés afin d’élargir le
choix des descripteurs.
MESH DATABASE
La banque de
données du
MeSH (MeSH
Database) vous
aide :
- à trouver le
bon descripteur ;
- et à choisir le
bon qualificatif à
affilier au
descripteur.
Faire évoluer l’équation
Autopsie de la « bonne façon »
Rappel de la « bonne façon » :
TOBACCO SMOKE POLLUTION/ADVERSE
EFFECTS AND RESPIRATORY TRACT
INFECTIONS/ETIOLOGY AND INFANT [MH]
Le descripteur Infant est suivi
du champ MeSH Terms
([mh]). S’il ne l’est pas, la
recherche est étendue à tous
les champs (Infant [mh] OR
Infant [all fields]).
Le 28 juillet
2014, l’équation
de recherche
affiche 108
références.
Les titres des 20
références les
plus récentes
confirment la
bonne
adéquation avec
la requête.
Faire évoluer l’équation
Pourquoi la bonne façon doit évoluer ?
Après avoir formulé votre
équation de la bonne façon,
trois possibilités.
C’est parfait : c’est très rare
C’est bruyant : votre équation
doit avoir plus de précision.
C’est silencieux : votre
équation doit évoluer vers plus
de sensibilité.
BRUIT
Les références
adéquates sont
noyées sous les
inadéquates.
SILENCE
Les références
sont en nombre
très restreint
(quelques
unités).
Faire évoluer l’équation
Vers plus de précision
Si vous estimez nécessaire
d’améliorer la précision, vous
pouvez :
- pondérer le tabagisme,
- et éviter l’explosion des
infections respiratoires.
TOBACCO SMOKE POLLUTION/AE [MAJR]
AND RESPIRATORY TRACT INFECTIONS/ET
[MH:NOEXP] AND INFANT [MH]
Résultat : 32 références (28/07)
PRÉCISION
Rapport
documents
adéquats
trouvés/total des
documents
trouvés
Exemple : sur
100 documents
trouvés, 75 sont
adéquats.
Précision : 75%
Faire évoluer l’équation
Vers plus de sensibilité
Pour améliorer la sensibilité
vous pouvez :
- supprimer les qualificatifs ;
- changer les champs [mh] en
champs [tw]
- ajouter des synonymes avec
OR.
(TOBACCO SMOKE POLLUTION [TW] OR PASSIVE
SMOKING [TW]) AND (RESPIRATORY TRACT
INFECTIONS [TW] OR RESPIRATORY INFECTIONS
[TW]) AND INFANT [TW]
SENSIBILITÉ
Rapport
documents
adéquats trouvés
sur documents
adéquats de la
banque de
données
La banque contient
100 documents
adéquats et l’outil
en affiche 85.
La sensibilité est :85%
Faire évoluer l’équation
Dans PubMed, veiller ce
n’est pas rechercher…
Festival Aye Aye VO vu par un bénévole : après le festival, la dernière veille de nuit (20h-1h),
le dimanche 9 septembre, sur le site désert par Sylvain Raybaud Licence CC BY.
… parce que
LES RÉFÉRENCES LES PLUS RÉCENTES (celles qui
constituent la veille) appartiennent à deux
catégories :
- les références d’articles indexés dès leur
parution,
- et les références d’articles indexés avec
retard (quelques semaines ou mois).
L’EXPLORATION DES 2 PARTIES (indexées et non
indexées) ne se fait pas de la même façon.
Détails dans les pages suivantes.
La veille
PubMed et MEDLINE
Dans PubMed, vous
trouvez :
- des références indexées
= MEDLINE
- des références en cours
d’indexation ;
- des références de
PubMed Central.
DANS PUBMED, LA VEILLE
CONSISTE À EXPLORER LA
PARTIE INDEXÉE ET LA PARTIE
NON INDEXÉE.
La veille
Les prioritaires et les autres
Les documentalistes de la
NLM indexent en priorité
les articles des dinosaures
de la presse médicale
internationale (NEJM,
Jama, BMJ…).
En revanche, les autres
périodiques souffrent d’un
retard chronique
d’indexation de quelques
semaines ou mois.
La veille
Deux formulations différentes
La veille
L’EXPLORATION DE L’ESPACE
DOCUMENTAIRE NON INDEXÉ
ne peut se faire qu’avec
des termes recherchés
dans les titres et les
résumés des articles.
Le résultat obtenu est
beaucoup moins précis
que dans la partie
indexée
L’INTERROGATION DE LA
PARTIE INDEXÉE DE PUBMED
est faite en formulant
l’équation de recherche
avec le langage et la
syntaxe de la banque de
données.
C’est dans ce cas-la que la
précision de la requête est
la plus grande.
En pratique
Votre objectif est de faire la veille la plus
performante et la plus exhaustive possible.
La plus performante en interrogeant la partie
indexée avec le langage et la syntaxe de
PubMed.
La plus exhaustive en interrogeant la partie
non indexée avec une méthode plus sensible
L’ÉQUATION DE VEILLE UNIT (OPÉRATEUR OR) L’ÉQUATION DE
LA PARTIE INDEXÉE DE PUBMED ET CELLE DE LA PARTIE NON
INDEXÉE.
La veille
Modèle d’équation de veille
(Descripteur1/qualificatif1 AND
Descripteur2/qualificatif2) OR ((descripteur1
[tiab] OR synonymeDES1 [tiab]) AND
(qualificatif1 [tiab] OR synonymeQUAL1
[tiab]) AND (descripteur2 [tiab] OR synonyme
DES2 [tiab]) AND (qualificatif2 [tiab] OR
synonyme QUAL2 [tiab]) NOT MEDLINE [sb])
La veille
Modèle d’équation de veille avec 2 affiliations
descripteur/qualificatif et un synonyme pour chaque
descripteur et chaque qualificatif.
Exemple d’équation de veille
(Tobacco Smoke Pollution/AE AND Respiratory
Tract Infections/ET AND infant [mh]) OR
((tobacco smoke pollution [tiab] OR passive
smoking [tiab]) AND (Adverse effects [tiab]
OR Side effects [tiab]) AND (Respiratory tract
infections [tiab] OR Respiratory infections
[tiab]) AND (etiology [tiab] OR causes [tiab])
AND infant [tiab] NOT MEDLINE [sb])
La veille
Equation sur le tabagisme et les infections
respiratoires (2 affiliations + 1 descripteur) et un
synonyme par descripteur et par qualificatif.
Les synonymes de MeSH Database
La banque de données du
MeSH (MeSH Database)
affiche les synonymes de
chaque descripteur.
Vous faites appel à ces
synonymes chaque fois que
vous souhaitez améliorer la
SENSIBILITÉ d’une équation,
qu’elle soit de veille ou de
recherche.
Smokes, Second
Hand
SECONDHAND SMOKE
SECONDHAND SMOKES
Smoking,
Involuntary
PASSIVE SMOKING
Quelques uns des
synonymes de
Tobacco Smoke
Pollution
Les synonymes avec
une virgule peuvent
être oubliés.
La veille
Le casse-tête des parenthèses
Les parenthèses sont un gros
obstacle à franchir, surtout
quand, dans la même équation
figurent des AND, des OR et
des NOT.
La règle est : les mots-clés
(ou les membres de
l’équation) qui encadrent
l’opérateur OR sont mis entre
parenthèses. (V. ci-contre)
RÈGLES DE BASE
(mot-clé OR
mot-clé)
(équation
indexée) OR
(équation non
indexée NOT
MEDLINE [sb])
Quand le résultat ne
semble pas cohérent,
testez chaque partie
de votre équation.
La veille
Crédits photos
Toutes les photos sont sous licence
Creative Commons Paternité (CC BY)
Google par super bond1 Licence CC BY
https://www.flickr.com/photos/mohmedxpmpa/4627169719/
Showing respect (RIP Ku, Sept 19, 2008) par gwaar Licence CC BY
https://www.flickr.com/photos/paulsynnott/2479478433/
Evolution ? par Moisturizing Licence CC BY
https://www.flickr.com/photos/happy_peanuts/6085181678/
Festival Aye Aye VO vu par un bénévole : après le festival, la dernière
veille de nuit (20h-1h), le dimanche 9 septembre, sur le site désert.
https://www.flickr.com/photos/popiet/8002925982/
Pour vos tablettes
« Se former sur PubMed… » est un document publié
spécialement POUR ÊTRE LISIBLE SUR L’ÉCRAN D’UN
SMARTPHONE.
Ce n’est pas le cas de « La méthode pour ne plus
haïr PubMed » qui est la référence pour tous les
utilisateurs de TABLETTES 7-10 POUCES. Cet e-book est
disponible, pour un prix modique :
sur Google Play (http://bit.ly/1ngOtV2)
et sur iTunes (http://bit.ly/1mbCLvy).
Beaucoup plus détaillé et moins spartiate dans sa
présentation que le PowerPoint « Se former sur
PubMed… », il devrait satisfaire les détenteurs de
tablettes.
Se former sur pub med

Se former sur pub med

  • 1.
    se former sur PubMed avecun smartphone Philippe Eveillard Version juillet-août 2014 Voir page suivante le mode d’emploi pour télécharger ce PowerPoint sur votre smartphone
  • 2.
    • Inscrivez-vous surSlideshare, le site de stockage des présentations PowerPoint. • Téléchargez sur votre smartphone l’application Slideshare Presentation App (Google Play) ou devenez béta-testeur de l’application iOS (si environnement Apple). http://bit.ly/1uWUS1D • Téléchargez sur votre smartphone le PowerPoint « se former sur PubMed… ». COMMENT TÉLÉCHARGER SUR VOTRE SMARTPHONE LA PRÉSENTATION « SE FORMER SUR PUBMED… »
  • 3.
    C’est l’histoire… … d’unerequête sur le tabagisme passif et les infections respiratoires du nourrisson. … d’une présentation PowerPoint qui : • annonce d’emblée la difficulté (avertissement, glossaire, deux clés …); • répond aux quatre questions essentielles ; • est publiée pour être lisible sur un smartphone. Contenu
  • 4.
    Attention ! vousêtes « dans le dur » A la différence de Google, Pubmed est compliqué. Ce n’est pas tant la navigation que la formulation qui pose problème. PubMed, c’est FORMULER UNE REQUÊTE et vos connaissances médicales sont sollicitées. PubMed, c’est FORMULER UNE ÉQUATION DE RECHERCHE et, pour cela, vous devez maitriser les techniques documentaires de base (champ, opérateurs) et les spécificités de PubMed (affiliations descripteur/qualificatif). Contenu
  • 5.
    Glossaire, à lireavant d’aller plus loin (1) Combinaison (mariage) d’un descripteur et d’un qualificatif, au cœur de l’indexation des articles de PubMed. Ex:Respiratory Tract Infections/etiology AFFILIATION CHAMP DESCRIPTEUR Contenu Indication de la nature ou de la localisation d’un mot clé. Ex : [pt] champ « type de publication » Terme appartenant à un thesaurus Ex : Tobacco Smoke Pollution
  • 6.
    Glossaire, à lireavant d’aller plus loin (2) Medical Subject Headings = vocabulaire de PubMed = termes du MeSH ou MeSH Terms. MESH NOTICE QUALIFICATIF Contenu Document affiché en cliquant sur le titre d’une référence de la page de résultat (notice au format abstract). Terme qui se combine (s’affilie) à un descripteur pour préciser son sens.
  • 7.
    Les deux laisséspour compte Les AFFILIATIONS et les CHAMPS sont les deux clés de l’interrogation de PubMed. Très peu de praticiens le savent et peu s’en servent ! Les responsables de cette ignorance sont : l’Automatic Term Mapping et les filtres qui automatisent la formulation de l’équation de recherche. CONSÉQUENCE Le praticien perd complètement le contrôle de sa requête en confiant à des automates le soin de formuler l’équation de recherche à sa place. Contenu
  • 8.
    La première clé: l’affiliation Risk Factors SMOKING/ADVERSE EFFECTS* SMOKING/PREVENTION & CONTROL SMOKING/PSYCHOLOGY Smoking Cessation En bleu : les affiliations descripteur/qualificatif. En noir : les descripteurs Ci-contre, une partie de l’indexation d’un article de PubMed Il est facile de comprendre que les équations de recherche doivent être formulées avec ces termes. Contenu
  • 9.
    La deuxième clé: les champs (1) La notion de champ repose sur le fait qu’un même mot-clé peut être à la fois un descripteur et un titre de journal (Stroke), une langue et un nom d’auteur (french). Si vous faites une requête avec le mot-clé Infant sans indiquer son champ, PubMed va le rechercher un peu partout, dans le titre, le résumé, la notice des articles et vous allez perdre de la précision. Contenu
  • 10.
    La deuxième clé: les champs (2) LES CHAMPS DE NATURE [pt] Type de publication [dp] Date de publication [mh] Descripteur [la] Langue de publication [sb] Sous rubrique LES CHAMPS DE LOCALISATION [ti] mot du titre [tiab] mot du titre/résumé [tw] mot de la notice Contenu Tous les mots-clés doivent être accompagnés d’un champ sauf les affiliations descripteur/qualificatif.
  • 11.
    Contenu 01 Pourquoi nepas succomber à la tentation Google ? Parce que l’interrogation « à la Google » conduit à un résultat décevant. Les réponses à 4 questions 02 Pourquoi respecter le langage et la syntaxe de PubMed ? Parce que c’est la seule façon de tenir compte de l’indexation des articles. 03 Pourquoi faire évoluer votre requête quel que soit son résultat ? Parce que la 1ère équation doit être remaniée en fonction de son résultat. 04 Pourquoi ne faut-il pas formuler la veille comme la recherche ? Parce que l’équation de veille porte sur la partie non indexée de PubMed.
  • 12.
    Ne succombez pas àla tentation… Google par super bond1 Licence CC BY
  • 13.
    Google ≠ PubMed La« tentation Google » consiste à interroger PubMed comme vous interrogez Google. Vous devez oublier cette « mauvaise habitude » car Google et PubMed ont 2 modes d’indexation différents, ce qui justifie de les interroger différemment. GOOGLE Indexation automatique. L’index est constitué par tous les mots de la page. PUBMED Indexation avec des mots clés choisis par des documentalistes. La tentation Google
  • 14.
    En anglais PubMed estune banque de données nord-américaine qui ne peut pas être interrogée en français, quoi qu’on en dise ! Pour interroger PubMed « à la Google », vous devez traduire les mots clés de la requête en anglais, en vous aidant éventuellement d’un dictionnaire. Les mots-clés de l’interrogation « à la Google » sont la traduction en anglais des mots de la requête soit : - Passive smoking - Respiratory infections - Infant La tentation Google
  • 15.
    « A laGoogle » Interroger « à la Google », c’est placer dans la fenêtre d’interrogation de PubMed des mots clés séparés par un espace et mettre entre guillemets les mots composés. L’espace remplace l’opérateur AND. Ainsi la requête sur « la responsabilité du tabagisme passif dans les infections… » se formule « à la Google » de la façon suivante : « PASSIVE SMOKING » « RESPIRATORY INFECTIONS » INFANT La tentation Google
  • 16.
    Search details (1) Dansla page de résultats de PubMed figure un cadre (search details) contenant l’interprétation de la requête. Pour cette interprétation, PubMed utilise l’outil AUTOMATIC TERM MAPPING qui compare les différents mots clés à des tables de correspondance (termes MeSH, auteurs, périodiques…) La tentation Google
  • 17.
    Search details (2) Dansle cadre de droite figure l’interprétation de Automatic Term Mapping. A l’évidence, l’outil n’a pas trouvé de correspondance en dehors du terme Infant. En conséquence, les mots clés sont recherchés dans tous les champs, ce qui élargit l’espace de recherche démesurément. "passive smoking"[All Fields] AND "respiratory infections"[All Fields] AND (“infant"[MeSH Terms] OR "infant"[All Fields]) La tentation Google
  • 18.
    Le mot dela fin Vous avez « commandé » des références à PubMed en l’interrogeant « à la Google ». Vous avez obtenu un résultat décevant parce que les références commandées - ne sont pas toutes là (il en manque) - et sont disséminées parmi d’autres sans aucun rapport avec votre commande. C’est « l’effet Google ». Pour faire mieux, il suffit de lire les pages suivantes. La tentation Google
  • 19.
    Respectez le langageet la syntaxe de PubMed Showing respect (RIP Ku, Sept 19, 2008) par gwaar Licence CC BY
  • 20.
    La formulation L’équation derecherche sur la responsabilité du tabagisme passif dans les infections respiratoires du nourrisson s’écrit : Tobacco Smoke Pollution/adverse effects AND Respiratory Tract Infections/etiology AND Infant [mh] Dans les prochaines pages, vous apprendrez POURQUOI et COMMENT formuler l’équation de cette façon. Le langage et la syntaxe
  • 21.
  • 22.
    L’étiquette de lanotice (1) L’indexation faite par les documentalistes de la National Library of Medicine n’est pas « top secret ». Elle figure en clair dans le bordereau d’indexation (L’ÉTIQUETTE) de la notice au format abstract. On y trouve la liste des termes du MeSH qui caractérisent le contenu de l’article. POUR ACCÉDER À L’ÉTIQUETTE : - cliquer sur le titre de l’article dans la page de résultat ; - cliquer sur l’intitulé MeSH terms dans la notice au format abstract. Le langage et la syntaxe
  • 23.
    L’étiquette de lanotice (2) Sur l’étiquette des notices d’articles en rapport avec l’équation de recherche, vous retrouvez les 3 termes (Tobacco Smoke Pollution/adverse effects, Respiratory tract Infections/etiology et Infant). L’ADÉQUATION ENTRE LA DEMANDE ET LA RÉPONSE est la meilleure possible car les termes employés par celui qui interroge (vous) et celui qui indexe (le documentaliste de la NLM) sont les mêmes. Le langage et la syntaxe
  • 24.
    L’étiquette de lanotice (3) Ci-contre : une partie de l’étiquette (la liste des termes MeSH) d’un des articles affichés dans la page de résultat. Relationship of secondhand smoke and infant lower respiratory tract infection severity by familial atopy status Le langage et la syntaxe Diseases Susceptibility INFANT Infant, Newborn Male Mothers RESPIRATORY TRACT INFECTIONS/ETIOLOGY* Risk Factors Severity of Illness Index TOBACCO SMOKE POLLUTION/ADVERSE EFFECTS*
  • 25.
    Search details L’interprétation dela requête affichée dans le cadre search details confirme la parfaite adéquation entre la demande et la réponse. Les mêmes termes MeSH sont employés dans la requête et dans son interprétation. Un must ! “tobacco smoke pollution/adverse effects” [Mesh Terms] AND “respiratory tract infections/etiology “ [Mesh Terms] AND “infant” [MeSH Terms] Le langage et la syntaxe
  • 26.
  • 27.
    Au cœur del’équation : l’affiliation L’AFFILIATION DESCRIPTEUR/QUALIFICATIF est un mariage entre un descripteur et un qualificatif (v. slides suivants) Ainsi, les effets indésirables du tabagisme passif sont formulés Tobacco Smoke Pollution/adverse effects et non pas Tobacco Smoke Pollution AND adverse effects. Le mariage du descripteur et du qualificatif se fait en accolant les 2 termes et en les séparant par un slash. Tobacco Smoke Pollution/adverse effects Le langage
  • 28.
    27149 descripteurs (version2014) Un descripteur est un terme appartenant à un thesaurus. Un thesaurus est une liste de descripteurs ayant entre eux des relations hiérarchiques. Ainsi un thesaurus prend l’aspect d’un arbre avec des branches maitresses donnant naissance à des branches secondaires puis à des branches terminales. Le langage
  • 29.
    L’arborescence des descripteurs HealthCare Category Environmental and Public Health Public Health Environmental Pollution Air Pollution TOBACCO SMOKE POLLUTION Le langage L’arborescence de Tobacco Smoke Pollution. Health Care est une des 16 branches maitresses du thesaurus.
  • 30.
    83 qualificatifs Un qualificatifprécise le sens d’un descripteur. Dans L’ÉTIQUETTE d’une notice, un qualificatif est toujours affilié à un descripteur. Il est habituel (et plus simple) de formuler un qualificatif sous son abréviation. Ainsi, peut-on écrire : TOBACCO SMOKE POLLUTION/AE Comme les descripteurs, les qualificatifs ont entre eux des relations hiérarchiques. Ces relations sont décrites dans les appendices de la rubrique « help » à l’adresse : http://1.usa.gov/X4 s8p0 Le langage
  • 31.
    « L’effet balance» des qualificatifs (1) Le croisement (opérateur AND) de 2 affiliations descripteur/qualificatif conduit à se préoccuper de la correspondance entre les 2 qualificatifs. Par exemple, la relation de cause à effet entre une maladie (les infections respiratoires) et une pollution (le tabagisme passif) se traduit par les qualificatifs ETIOLOGY pour la maladie et ADVERSE EFFECTS pour la pollution. Le langage
  • 32.
    « L’effet balance» des qualificatifs (2) MALADIE – MÉDICAMENT Balance entre drug therapy (pour la maladie) et therapeutic use (pour le médicament) Exemple : Respiratory Tract Infections/drug therapy AND Antibacterial Agents/therapeutic use MALADIE –MALADIE Balance entre complications (pour une des maladies) et etiology (pour l’autre) Exemple : Respiratory Tract Infections/complications AND Shock, Septic/etiology Le langage
  • 33.
  • 34.
    Les agents deliaison Les opérateurs booléens sont les agents de liaison. Ce sont les mêmes que dans Google : AND, OR et NOT. Mais… … il est conseillé de ne pas remplacer AND par un espace et la gestion des OR est parfois compliquée. RÈGLE DES OR Deux mots clés unis par OR sont mis entre parenthèses (infant OR child). Les situations plus complexes sont évoquées dans la 4è partie de ce document. La syntaxe
  • 35.
    Les champs Les champsprécisent la nature (ou la localisation) d’un mot-clé. Exemple avec le mot clé infant. LA NATURE Le mot-clé infant peut être un descripteur (champ [mh]). LA LOCALISATION Le mot clé infant peut être un mot du titre (champ [ti]) ; un mot du titre et du résumé (champ [tiab]) ; un mot de la notice (champ [tw]). La syntaxe
  • 36.
    Le poids desmots Sur l’étiquette de la notice, certains descripteurs et certaines affiliations sont suivis d’un astérisque. C’est l’indication que ces termes ont été considérés comme « MAJEURS » par le documentaliste qui a indexé l’article. Pour faire une recherche sélective sur les termes majeurs, il suffit de l’indiquer dans l’équation de recherche avec le champ [majr] Tobacco Smoke Pollution/adverse effects [majr] La syntaxe
  • 37.
    L’explosion étend larecherche L’EXPLOSION D’UN DESCRIPTEUR correspond à l’extension de sa recherche aux descripteurs issus de lui dans l’arborescence. Dans une affiliation, l’explosion concerne à la fois le descripteur et le qualificatif. Dans PubMed, l’explosion se produit par défaut, c’est-à- dire dans tous les cas, sauf si vous avez indiqué le contraire. (champ [mh:noexp]) La syntaxe
  • 38.
    L’explosion se produitdans l’arbre Respiratory Tract Diseases Respiratory Tract Infections PHARYNGITIS Nasopharyngitis Retropharyngeal Abscess Tonsillitis Peritonsillar Abscess Une recherche sur PHARYNGITIS est étendue, par défaut à Nasopharyngitis, Retropharyngeal Abscess, Tonsillitis, Peritonsillar Abscess. Pour l’éviter : Pharyngitis [mh:noexp] La syntaxe
  • 39.
    Il n’y aqu’une seule « bonne façon » de formuler la première équation… mais, il convient toujours de la faire évoluer. Evolution ? par Moisturizing Licence CC BY
  • 40.
    La « bonnefaçon » L’équation de recherche sur la responsabilité du tabagisme passif dans les infections respiratoires du nourrisson croise (opérateur AND) deux affiliations descripteur/qualificatif (TOBACCO SMOKE POLLUTION/ADVERSE EFFECTS et RESPIRATORY TRACT INFECTIONS/ETIOLOGY) et une classe d’âge (INFANT) suivie du champ « MeSH Terms » ([mh]). Faire évoluer l’équation
  • 41.
    La bonne façon« aidée » L’entrée du mot-clé (en anglais) dans la fenêtre d’interrogation de MeSH Database affiche une liste de descripteurs dans laquelle il suffit de faire le « bon choix ». Il est parfois intéressant de décomposer les mots composés afin d’élargir le choix des descripteurs. MESH DATABASE La banque de données du MeSH (MeSH Database) vous aide : - à trouver le bon descripteur ; - et à choisir le bon qualificatif à affilier au descripteur. Faire évoluer l’équation
  • 42.
    Autopsie de la« bonne façon » Rappel de la « bonne façon » : TOBACCO SMOKE POLLUTION/ADVERSE EFFECTS AND RESPIRATORY TRACT INFECTIONS/ETIOLOGY AND INFANT [MH] Le descripteur Infant est suivi du champ MeSH Terms ([mh]). S’il ne l’est pas, la recherche est étendue à tous les champs (Infant [mh] OR Infant [all fields]). Le 28 juillet 2014, l’équation de recherche affiche 108 références. Les titres des 20 références les plus récentes confirment la bonne adéquation avec la requête. Faire évoluer l’équation
  • 43.
    Pourquoi la bonnefaçon doit évoluer ? Après avoir formulé votre équation de la bonne façon, trois possibilités. C’est parfait : c’est très rare C’est bruyant : votre équation doit avoir plus de précision. C’est silencieux : votre équation doit évoluer vers plus de sensibilité. BRUIT Les références adéquates sont noyées sous les inadéquates. SILENCE Les références sont en nombre très restreint (quelques unités). Faire évoluer l’équation
  • 44.
    Vers plus deprécision Si vous estimez nécessaire d’améliorer la précision, vous pouvez : - pondérer le tabagisme, - et éviter l’explosion des infections respiratoires. TOBACCO SMOKE POLLUTION/AE [MAJR] AND RESPIRATORY TRACT INFECTIONS/ET [MH:NOEXP] AND INFANT [MH] Résultat : 32 références (28/07) PRÉCISION Rapport documents adéquats trouvés/total des documents trouvés Exemple : sur 100 documents trouvés, 75 sont adéquats. Précision : 75% Faire évoluer l’équation
  • 45.
    Vers plus desensibilité Pour améliorer la sensibilité vous pouvez : - supprimer les qualificatifs ; - changer les champs [mh] en champs [tw] - ajouter des synonymes avec OR. (TOBACCO SMOKE POLLUTION [TW] OR PASSIVE SMOKING [TW]) AND (RESPIRATORY TRACT INFECTIONS [TW] OR RESPIRATORY INFECTIONS [TW]) AND INFANT [TW] SENSIBILITÉ Rapport documents adéquats trouvés sur documents adéquats de la banque de données La banque contient 100 documents adéquats et l’outil en affiche 85. La sensibilité est :85% Faire évoluer l’équation
  • 46.
    Dans PubMed, veillerce n’est pas rechercher… Festival Aye Aye VO vu par un bénévole : après le festival, la dernière veille de nuit (20h-1h), le dimanche 9 septembre, sur le site désert par Sylvain Raybaud Licence CC BY.
  • 47.
    … parce que LESRÉFÉRENCES LES PLUS RÉCENTES (celles qui constituent la veille) appartiennent à deux catégories : - les références d’articles indexés dès leur parution, - et les références d’articles indexés avec retard (quelques semaines ou mois). L’EXPLORATION DES 2 PARTIES (indexées et non indexées) ne se fait pas de la même façon. Détails dans les pages suivantes. La veille
  • 48.
    PubMed et MEDLINE DansPubMed, vous trouvez : - des références indexées = MEDLINE - des références en cours d’indexation ; - des références de PubMed Central. DANS PUBMED, LA VEILLE CONSISTE À EXPLORER LA PARTIE INDEXÉE ET LA PARTIE NON INDEXÉE. La veille
  • 49.
    Les prioritaires etles autres Les documentalistes de la NLM indexent en priorité les articles des dinosaures de la presse médicale internationale (NEJM, Jama, BMJ…). En revanche, les autres périodiques souffrent d’un retard chronique d’indexation de quelques semaines ou mois. La veille
  • 50.
    Deux formulations différentes Laveille L’EXPLORATION DE L’ESPACE DOCUMENTAIRE NON INDEXÉ ne peut se faire qu’avec des termes recherchés dans les titres et les résumés des articles. Le résultat obtenu est beaucoup moins précis que dans la partie indexée L’INTERROGATION DE LA PARTIE INDEXÉE DE PUBMED est faite en formulant l’équation de recherche avec le langage et la syntaxe de la banque de données. C’est dans ce cas-la que la précision de la requête est la plus grande.
  • 51.
    En pratique Votre objectifest de faire la veille la plus performante et la plus exhaustive possible. La plus performante en interrogeant la partie indexée avec le langage et la syntaxe de PubMed. La plus exhaustive en interrogeant la partie non indexée avec une méthode plus sensible L’ÉQUATION DE VEILLE UNIT (OPÉRATEUR OR) L’ÉQUATION DE LA PARTIE INDEXÉE DE PUBMED ET CELLE DE LA PARTIE NON INDEXÉE. La veille
  • 52.
    Modèle d’équation deveille (Descripteur1/qualificatif1 AND Descripteur2/qualificatif2) OR ((descripteur1 [tiab] OR synonymeDES1 [tiab]) AND (qualificatif1 [tiab] OR synonymeQUAL1 [tiab]) AND (descripteur2 [tiab] OR synonyme DES2 [tiab]) AND (qualificatif2 [tiab] OR synonyme QUAL2 [tiab]) NOT MEDLINE [sb]) La veille Modèle d’équation de veille avec 2 affiliations descripteur/qualificatif et un synonyme pour chaque descripteur et chaque qualificatif.
  • 53.
    Exemple d’équation deveille (Tobacco Smoke Pollution/AE AND Respiratory Tract Infections/ET AND infant [mh]) OR ((tobacco smoke pollution [tiab] OR passive smoking [tiab]) AND (Adverse effects [tiab] OR Side effects [tiab]) AND (Respiratory tract infections [tiab] OR Respiratory infections [tiab]) AND (etiology [tiab] OR causes [tiab]) AND infant [tiab] NOT MEDLINE [sb]) La veille Equation sur le tabagisme et les infections respiratoires (2 affiliations + 1 descripteur) et un synonyme par descripteur et par qualificatif.
  • 54.
    Les synonymes deMeSH Database La banque de données du MeSH (MeSH Database) affiche les synonymes de chaque descripteur. Vous faites appel à ces synonymes chaque fois que vous souhaitez améliorer la SENSIBILITÉ d’une équation, qu’elle soit de veille ou de recherche. Smokes, Second Hand SECONDHAND SMOKE SECONDHAND SMOKES Smoking, Involuntary PASSIVE SMOKING Quelques uns des synonymes de Tobacco Smoke Pollution Les synonymes avec une virgule peuvent être oubliés. La veille
  • 55.
    Le casse-tête desparenthèses Les parenthèses sont un gros obstacle à franchir, surtout quand, dans la même équation figurent des AND, des OR et des NOT. La règle est : les mots-clés (ou les membres de l’équation) qui encadrent l’opérateur OR sont mis entre parenthèses. (V. ci-contre) RÈGLES DE BASE (mot-clé OR mot-clé) (équation indexée) OR (équation non indexée NOT MEDLINE [sb]) Quand le résultat ne semble pas cohérent, testez chaque partie de votre équation. La veille
  • 56.
    Crédits photos Toutes lesphotos sont sous licence Creative Commons Paternité (CC BY) Google par super bond1 Licence CC BY https://www.flickr.com/photos/mohmedxpmpa/4627169719/ Showing respect (RIP Ku, Sept 19, 2008) par gwaar Licence CC BY https://www.flickr.com/photos/paulsynnott/2479478433/ Evolution ? par Moisturizing Licence CC BY https://www.flickr.com/photos/happy_peanuts/6085181678/ Festival Aye Aye VO vu par un bénévole : après le festival, la dernière veille de nuit (20h-1h), le dimanche 9 septembre, sur le site désert. https://www.flickr.com/photos/popiet/8002925982/
  • 57.
    Pour vos tablettes «Se former sur PubMed… » est un document publié spécialement POUR ÊTRE LISIBLE SUR L’ÉCRAN D’UN SMARTPHONE. Ce n’est pas le cas de « La méthode pour ne plus haïr PubMed » qui est la référence pour tous les utilisateurs de TABLETTES 7-10 POUCES. Cet e-book est disponible, pour un prix modique : sur Google Play (http://bit.ly/1ngOtV2) et sur iTunes (http://bit.ly/1mbCLvy). Beaucoup plus détaillé et moins spartiate dans sa présentation que le PowerPoint « Se former sur PubMed… », il devrait satisfaire les détenteurs de tablettes.