Le livre, disponible sur Amazon, est une méthode originale d'exploration de la banque de données PubMed

2. Présentation du livre « PubMed : soyez le maitre à bord »
01 Méthode • Prenez les commandes
• Respectez le langage et la
grammaire
02 Impératifs • Oubliez les gadgets !
• Fuyez comme la peste l’ATM !
• Formulez dans la fenêtre !
03 Principes • Une équation sans affiliation
n’a aucun sens
• Un mot clé sans champ, c’est
n’importe quoi ou n’importe où
• Deux opérateurs différents
justifient de mettre en place
des parenthèses

3. Méthode

4. Méthode
Prenez les commandes
Naviguer n’est pas
formuler
Les tutoriels, vidéos et autres
copies d’écran disséminés sur
le Web sont une aide à la
navigation.
Mais vous n’avez nul besoin
d’aide pour naviguer dans
l’interface car votre objectif
se limite à formuler une
équation de recherche dans
la fenêtre d’interrogation
(facilement accessible).
Soyez le maître à bord est une
méthode d’exploration de la
banques de données PubMed.
Pour explorer PubMed vous
devez repérer l’espace dans
lequel vous formulerez votre
équation de recherche.
Cet espace est UNIQUE : c’est la
fenêtre d’interrogation située
dans la page d’accueil.

5. Méthode
Respectez le langage et
la grammaire
La grammaire
La grammaire de PubMed se résume
à :
- la combinaison (ou affiliation) entre
un descripteur et un qualificatif;
- l’attribution d’un champ à chaque
terme pour désigner sa nature ou sa
localisation (seule l’affiliation en est
dispensée).
- la liaison entre les membres de
l’équation grâce aux opérateurs
logiques (ou opérateurs booléens)
AND, OR ou NOT.
Le langage
Le langage de PubMed est celui
qui sert à INDEXER les articles.
Ce langage appartient à un
thesaurus qui rassemble des
termes (descripteurs) qui ont
entre eux des relations
hiérarchiques.
Conséquence : le thésaurus se
présente sous la forme d’une
arborescence de termes (v. page
suivante une des branches de
« l’arbre »).

7. Impératifs

8. Impératifs
Oubliez les gadgets !
Inutiles !
Oubliez les automates et les
algorithmes.
Ils ne vous servent à rien.
Vous êtes plus aptes qu’eux à
faire évoluer votre équation,
car c’est vous :
- qui analysez la page de
résultat de votre première
équation
- et qui savez ce que vous
attendez de votre requête.
L’interface de PubMed ne
manque ni de fonctions
automatiques ni d’algorithmes.
La liste est longue.
Par ordre décroissant de
nuisance :
• Automatic Term Mapping
• Best Match
• Clinical Queries
• Similar Articles
• Advanced Search Builder

9. Impératifs
Fuyez comme la peste l’ATM
L’ATM
L’ATM compare chaque
membre de votre équation à
des tables de correspondance
(termes du thesaurus, auteurs,
titres de périodique).
L’ATM est sollicité
principalement quand vous
formulez une équation « à la
Google » (mots clés du
langage courant séparés par
des espaces).
L’automatic term mapping
mouline votre équation et la
transforme en bouillie.
Résultat de la moulinette :
les champs « all fields » et les
opérateurs « OR » constituent
l’essentiel de la bouillie.
Conséquence : sensibilité+++
et tri+++

10. Impératifs
Formulez dans la fenêtre
Les automates sont
partout…
… et plus particulièrement
dans les fenêtres des
fonctions automatiques de
l’interface :
- PubMed search Builder
- Advanced search Builder
- Clinical Queries
Inconvénient+++ : lorsque la
fonction a été activée, il est
difficile de corriger le contenu
de la fenêtre.
Dans la fenêtre d’interrogation
de PubMed, le formulation de
l’équation est linéaire.
Tous les composants
(membres de l’équation et
agents de liaison) sont en
ligne.
Avantage+++ : la nécessaire
re-formulation de l’équation
est simple à mettre en œuvre.

11. Principes

12. Principes
Une équation de recherche sans
affiliation n’a aucun sens
Tout est dans l’index
L’index de chaque article
référencé s’affiche en
activant le lien MeSH Terms
(sous le résumé de la notice
au format abstract).
L’index fournit la liste :
- des types de publication ;
- des descripteurs en rapport
avec le contenu de l’article;
- des substances (en cas
d’article « thérapeutique »).
Dans PubMed, 90% du
contenu de l’index d’un article
référencé est constitué de
combinaisons entre un
descripteur et un qualificatif
(ou affiliation).
C’est la raison pour laquelle
l’absence d’affiliation au cœur
d’une équation de recherche
n’a aucun sens.

13. Principes
Un mot-clé sans champ, c’est
n’importe quoi ou n’importe où
Les champs indiquent
• La nature d’un mot clé:
descripteur, auteur, langue
de publication, titre de
périodique, type de
publication…
• ou sa localisation : mot du
titre, mot du titre ou du
résumé, mot de la notice.
Le champ suit le mot-clé sous
sa forme abrégée placée
entre crochets ([mh] ; [ti]…)
L’entrée d’un mot clé sans
champ active l’automatic term
mapping (ATM) et une
recherche dans tous les
champs (all fields).
Conséquences : sensibilité+++
et tri +++
Seule l’affiliation entre un
descripteur et un qualificatif
n’a nul besoin d’un champ.

14. Principes
Deux opérateurs différents justifient
la mise en place de parenthèses
Les opérateurs
Les opérateurs booléens
(George Boole,
mathématicien anglais du
XIXe siècle) obéissent à
certaines règles.
Peu utilisés dans les
équations de recherche, les
opéreteurs sont, en
revanche, constamment
présents dans les équations
de veille.
Quand un seul opérateur (AND,
OR ou NOT) figure dans
l’équation de recherche, aucune
parenthèse n’est justifiée.
En revanche, quand 2
opérateurs différents figurent
dans la même équation, vous
devez placer des parenthèses
aux bons endroits et seulement
quand elles sont nécessaires.

15. Toutes les notions
évoquées dans ce
slidedoc sont largement
développées (avec 50
exemples d’équations)
dans le livre broché
disponible sur Amazon
(9,50 euros) à l’adresse
http://urlz.fr/6cUm

16. MERCI
à Nancy Duarte
qui a inspiré les maquettes
de ce slidedoc