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PubMed en 10 000 signes


                                               Philippe Eveillard
                                               21 février 2013

Library par uberculture Flickr Licence CC BY
1. PubMed ?
PubMed est un outil de recherche qui explore :
- MEDLINE, la banque de données bibliographiques de la National Library of Medicine (NLM) ;
- les articles non encore indexés de cette banque classés PubMed-as supplied by publisher ou
PubMed in process ; une fois indexés, ils intègreront MEDLINE ;
- les articles mis en ligne avant leur publication (Epub ahead of print).
PubMed fait cette exploration par l’intermédiaire d’une interface d’interrogation (le système Entrez
).

Conséquences
•L’interrogation exclusive de MEDLINE sans la partie non indexée et sans le preprint se fait :
- soit en interrogeant PubMed avec des termes appartenant au langage MeSH ;
- soit en le spécifiant dans l’équation de recherche (AND MEDLINE [sb]).
•L’interrogation de la partie non indexée, indispensable quand on fait de la veille bibliographique se
fait en excluant MEDLINE de la recherche (NOT MEDLINE [sb]).

Note 1 : Les opérateurs booléens (AND, OR, NOT) sont gérés comme dans la majorité des autres
outils de recherche.

Note 2 : Des champs (de nature ou de localisation) sont attribués aux mots clés. Ils sont indiqués
entre 2 crochets. Pour MEDLINE, le champ est subset (ou [sb]).

Pour donner une image (qui n’est pas juste, car « c’est juste une image »), MEDLINE est
un sac de billes et PubMed est la main (l’interface Entrez) qui plonge dans le sac pour en
retirer les billes « commandées ».
2. Pour quoi faire ?
PubMed est un outil de recherche bibliographique qui permet de faire :
- une revue bibliographique ;
- la bibliographie d’un article ou d’une thèse.


Conséquence

•Ce n’est pas l’outil de choix pour résoudre le problème clinique d’un patient qui se trouve dans
votre salle d’attente ou dans votre cabinet de consultation.

•Il y a d’autres outils pour cela, en majorité anglophones : Dynamed, UpToDate, ClinicalKey,
Best Practice, MDconsult…

•En langue française, penser à :
- CISMeF, DReFC, résumés Cochrane…
- aux outils qui peuvent être sollicités dans le cours de la consultation (CRAT, Antibioclic, Orphanet
, maladies professionnelles de la CRAMIF…) ;
- …et à Google, sous réserve que vous l’interrogiez avec des mots clés soigneusement choisis et
que vous utilisiez sa syntaxe à bon escient.
3. Comment ?
Pour faire une bibliographie, il faut s’asseoir, si possible dans une bibliothèque
universitaire.


Ce n’est pas parce que des applications pour mobiles autorisent l’interrogation de PubMed dans un
couloir d’hôpital ou entre 2 stations de métro qu’il faut imaginer faire une bibliographie n’importe
où et en toutes circonstances.

Les meilleures conditions pour faire une bibliographie sont remplies quand vous êtes :

•Assis ; c’est mieux pour réfléchir aux mots clés que vous utiliserez et à la stratégie que vous
mettrez en œuvre pour la formulation de votre requête.

•Dans une bibliothèque universitaire. C’est l’endroit idéal où vous trouverez :
- le calme et l’environnement propices à la réalisation d’une bibliographie ;
- l’aide précieuse des bibliothécaires;
- le texte intégral d’un grand nombre d’articles de votre bibliographie.
4. Avec quels mots clés ?
L’interrogation de PubMed se fait de préférence avec des termes (les Medical Subject
headings ou MeSH) appartenant à un thesaurus.

Ce thesaurus comprend 26 853 termes (ou descripteurs). Il évolue chaque année au gré des
modifications du langage médical (les nouveaux termes remplaçant ceux tombés en désuétude).

Le thesaurus MeSH est un vocabulaire contrôlé où les descripteurs ont, entre eux, des relations
hiérarchiques. Exemple : l’arborescence du descripteur asthma.

Respiratory Tract Diseases
           Bronchial Diseases
                     Asthma
                                Asthma, Aspirin-Induced
                                Asthma, Exercise-Induced
                                Asthma, Occupational
                                status Asthmaticus

Conséquences

Dans PubMed, l’interrogation avec un descripteur est étendue (par défaut) à tous ses descendants
dans l’arborescence. C’est l’explosion !
Exemple : une requête avec le descripteur asthma est étendue aux 4 descripteurs de niveau
hiérarchique inférieur (Asthma, Aspirin-induced ; Asthma, Exercise-Induced ; Asthma,
Occupational et Status Asthmaticus).

Pour éviter l’explosion, vous devez le spécifier dans la requête.
Exemple : asthma [mh:noexp]
Le champ [mh:noexp] signale que c’est un descripteur qui ne doit pas exploser.
5. Pourquoi le MeSH ?
Sur chaque article est collée une étiquette (le bordereau d’indexation) sur laquelle sont
indiqués les termes MeSH qui caractérisent le contenu de l’article.


Il est judicieux (et logique) que vous utilisiez le même langage que celui des documentalistes qui
ont indexé les articles. Votre intelligence (à travers votre requête) rencontre alors celle du
documentaliste (à travers son indexation).

Si, par exemple, vous interrogez PubMed avec 2 descripteurs, vous afficherez dans vos pages de
résultat les références qui ont ces 2 descripteurs sur leur étiquette. C’est l’assurance que ces
références auront de grandes chances d’être en adéquation avec votre requête. C’est l’atout
majeur de PubMed.

Note : l’étiquette (le bordereau d’indexation) se trouve sous le résumé de la référence au format
abstract. Cliquer sur « MeSH Terms » pour l’afficher.
6. L’affiliation descripteur/qualificatif
L’affiliation descripteur/qualificatif est au cœur de l’équation de recherche.
C’est l’attelage de la locomotive (le descripteur) avec son tender (le qualificatif) qui tire
le convoi de chemin de fer (l’équation de recherche) vers plus de cohérence et plus de
précision.


Une affiliation descripteur/qualificatif établit une relation étroite entre un descripteur et un
qualificatif. L’exemple de l’attelage entre la locomotive et son tender traduit bien cette relation.

Dans une affiliation descripteur/qualificatif, le descripteur et le qualificatif sont « collés » l’un à
l’autre, juste séparés par un slash. Exemple : asthma/diagnosis

Note :
Dans le langage MeSH, il y a des descripteurs (26 853 en 2013) et des qualificatifs (83). Un
qualificatif ne peut s’affilier (se combiner) qu’avec certains descripteurs. Il y a des qualificatifs pour
les maladies. Il y en a d’autres pour les médicaments et d’autres encore pour les investigations
diagnostiques ou pour les protocoles thérapeutiques…

L’analyse de l’étiquette d’un article montre que 80% des termes caractérisant son contenu sont
des affiliations descripteur/qualificatif.

Conséquence
Vous devez formuler vos équations de recherche avec des affiliations descripteur/qualificatif pour
être cohérent avec ce qui est marqué sur l’étiquette.
7. Quelle méthode ?
Pour faciliter la formulation d’une équation de recherche comportant une ou plusieurs
affiliations descripteur/qualificatif, le recours à la banque de données du MeSH (MeSH
Database) est la méthode de choix.


MeSH Database à 4 fonctions :
- traduction du mot clé anglais en descripteur MeSH ;
- sélection et affiliation d’un qualificatif au descripteur ;
- possibilité de pondérer l’affiliation et d’éviter son explosion ;
- envoi de l’affiliation descripteur qualificatif (ou des affiliations descripteur/qualificatif s’il y en a
plusieurs) dans la fenêtre d’interrogation de PubMed.

Note 1
Dans PubMed, le documentaliste qui indexe un article distingue (par un astérisque) certaines
affiliations descripteur/qualificatif. Ce sont les affiliations « majeures », celles qui caractérisent le
mieux l’article. En cochant la case « Restrict to MeSH Major Topic » dans MeSH Database, vous
limitez votre recherche à ces affiliations « pondérées ».

Note 2
Dans MeSH Database, vous pouvez éviter l’explosion d’un descripteur ou d’une affiliation en
cochant la case « Do not include MeSH Terms… ».
8. Et les filtres ?
Dans l’équation de recherche (le convoi de chemin de fer), les filtres sont les wagons.
Les filtres limitent le champ de la requête comme les wagons freinent le convoi.


Les filtres sont situés dans le cadre de gauche de la page de résultat.
Vous pouvez les sélectionner dès que l’équation de recherche est passée de la banque de données
du MeSH (MeSH Database) à la fenêtre d’interrogation de PubMed.

Les filtres les plus courants sont :
- les types d’articles (review, guidelines, randomized controlled trial…) ;
- les accès (free full text, full text, abstract) ;
- les dates de publication ;
- les langues de publication (french, english, german…) ;
- les classes d’âge (child, adolescent, adult, aged…).

La sélection d’un filtre se fait en cliquant sur son intitulé.

Conséquence
A la fin d’une requête où vous avez sélectionné 2 ou 3 filtres, n’oubliez pas de les retirer avant la
requête suivante.
9. Quel résultat ?
La première équation est rarement la bonne. Vous devez souvent la faire évoluer vers
plus de sensibilité ou vers plus de précision.

•La précision, c’est :
- comme la valeur prédictive positive d’un test diagnostic ;
- le rapport des documents adéquats trouvés par l’outil de recherche sur la totalité des documents
trouvés par l’outil.

•La sensibilité, c’est :
- comme la sensibilité d’un test diagnostique ;
- le rapport des documents adéquats trouvés par l’outil de recherche sur les documents adéquats
hébergés dans l’espace interrogé.

Conséquences

•Le premier résultat montre trop peu de références.
Pour élargir le champ de la requête, il faut supprimer :
- un qualificatif, voire une affiliation descripteur/qualificatif, s’il y en a plusieurs ;
- une pondération ;
- une limite (de date ou de type d’articles).

•Le premier résultat montre un trop grand nombre de références
Pour restreindre le champ de la requête, il faut ajouter :
- une affiliation descripteur/qualificatif ou un descripteur ou un qualificatif à un descripteur ;
- une limite (de date, de type de publication…) ;
- une pondération à une affiliation descripteur/qualificatif.
 
10. …et la veille bibliographique ?
Une équation de veille bibliographique se distingue d’une équation de recherche par la
prise en compte de la partie non indexée de PubMed.


Seuls les articles des dinosaures de la presse médicale internationale (les 120 Core Clinical
Journals ?) sont indexés dans les jours qui suivent leur parution. Le délai d’indexation pour les
autres périodiques varie de quelques semaines à quelques mois.

Conséquence

Si vous voulez faire de la veille bibliographique, vous devez explorer cette partie non indexée.

Dans PubMed, l’équation de veille est formulée selon le schéma suivant :
Recherche dans la partie indexée OR recherche dans la partie non indexée

La recherche dans la partie indexée est faite en langage MeSH. Celle dans la partie non indexée
consiste à rechercher les synonymes des descripteurs et des qualificatifs dans les titres et les
résumés des articles qui ne sont pas encore intégrés dans MEDLINE (NOT MEDLINE).

Exemple : veille bibliographique sur le diagnostic de l’asthme.
L’équation de veille s’écrit :
asthma/diagnosis OR ((asthma [tiab] OR bronchial asthma [tiab]) AND (diagnosis [tiab]
OR screening [tiab] OR signs [tiab]) NOT MEDLINE [sb])
(en maigre l’équation de la partie indexée, en gras celle de la partie non indexée)
 

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  • 1. PubMed en 10 000 signes Philippe Eveillard 21 février 2013 Library par uberculture Flickr Licence CC BY
  • 2. 1. PubMed ? PubMed est un outil de recherche qui explore : - MEDLINE, la banque de données bibliographiques de la National Library of Medicine (NLM) ; - les articles non encore indexés de cette banque classés PubMed-as supplied by publisher ou PubMed in process ; une fois indexés, ils intègreront MEDLINE ; - les articles mis en ligne avant leur publication (Epub ahead of print). PubMed fait cette exploration par l’intermédiaire d’une interface d’interrogation (le système Entrez ). Conséquences •L’interrogation exclusive de MEDLINE sans la partie non indexée et sans le preprint se fait : - soit en interrogeant PubMed avec des termes appartenant au langage MeSH ; - soit en le spécifiant dans l’équation de recherche (AND MEDLINE [sb]). •L’interrogation de la partie non indexée, indispensable quand on fait de la veille bibliographique se fait en excluant MEDLINE de la recherche (NOT MEDLINE [sb]). Note 1 : Les opérateurs booléens (AND, OR, NOT) sont gérés comme dans la majorité des autres outils de recherche. Note 2 : Des champs (de nature ou de localisation) sont attribués aux mots clés. Ils sont indiqués entre 2 crochets. Pour MEDLINE, le champ est subset (ou [sb]). Pour donner une image (qui n’est pas juste, car « c’est juste une image »), MEDLINE est un sac de billes et PubMed est la main (l’interface Entrez) qui plonge dans le sac pour en retirer les billes « commandées ».
  • 3. 2. Pour quoi faire ? PubMed est un outil de recherche bibliographique qui permet de faire : - une revue bibliographique ; - la bibliographie d’un article ou d’une thèse. Conséquence •Ce n’est pas l’outil de choix pour résoudre le problème clinique d’un patient qui se trouve dans votre salle d’attente ou dans votre cabinet de consultation. •Il y a d’autres outils pour cela, en majorité anglophones : Dynamed, UpToDate, ClinicalKey, Best Practice, MDconsult… •En langue française, penser à : - CISMeF, DReFC, résumés Cochrane… - aux outils qui peuvent être sollicités dans le cours de la consultation (CRAT, Antibioclic, Orphanet , maladies professionnelles de la CRAMIF…) ; - …et à Google, sous réserve que vous l’interrogiez avec des mots clés soigneusement choisis et que vous utilisiez sa syntaxe à bon escient.
  • 4. 3. Comment ? Pour faire une bibliographie, il faut s’asseoir, si possible dans une bibliothèque universitaire. Ce n’est pas parce que des applications pour mobiles autorisent l’interrogation de PubMed dans un couloir d’hôpital ou entre 2 stations de métro qu’il faut imaginer faire une bibliographie n’importe où et en toutes circonstances. Les meilleures conditions pour faire une bibliographie sont remplies quand vous êtes : •Assis ; c’est mieux pour réfléchir aux mots clés que vous utiliserez et à la stratégie que vous mettrez en œuvre pour la formulation de votre requête. •Dans une bibliothèque universitaire. C’est l’endroit idéal où vous trouverez : - le calme et l’environnement propices à la réalisation d’une bibliographie ; - l’aide précieuse des bibliothécaires; - le texte intégral d’un grand nombre d’articles de votre bibliographie.
  • 5. 4. Avec quels mots clés ? L’interrogation de PubMed se fait de préférence avec des termes (les Medical Subject headings ou MeSH) appartenant à un thesaurus. Ce thesaurus comprend 26 853 termes (ou descripteurs). Il évolue chaque année au gré des modifications du langage médical (les nouveaux termes remplaçant ceux tombés en désuétude). Le thesaurus MeSH est un vocabulaire contrôlé où les descripteurs ont, entre eux, des relations hiérarchiques. Exemple : l’arborescence du descripteur asthma. Respiratory Tract Diseases  Bronchial Diseases  Asthma  Asthma, Aspirin-Induced  Asthma, Exercise-Induced  Asthma, Occupational  status Asthmaticus Conséquences Dans PubMed, l’interrogation avec un descripteur est étendue (par défaut) à tous ses descendants dans l’arborescence. C’est l’explosion ! Exemple : une requête avec le descripteur asthma est étendue aux 4 descripteurs de niveau hiérarchique inférieur (Asthma, Aspirin-induced ; Asthma, Exercise-Induced ; Asthma, Occupational et Status Asthmaticus). Pour éviter l’explosion, vous devez le spécifier dans la requête. Exemple : asthma [mh:noexp] Le champ [mh:noexp] signale que c’est un descripteur qui ne doit pas exploser.
  • 6. 5. Pourquoi le MeSH ? Sur chaque article est collée une étiquette (le bordereau d’indexation) sur laquelle sont indiqués les termes MeSH qui caractérisent le contenu de l’article. Il est judicieux (et logique) que vous utilisiez le même langage que celui des documentalistes qui ont indexé les articles. Votre intelligence (à travers votre requête) rencontre alors celle du documentaliste (à travers son indexation). Si, par exemple, vous interrogez PubMed avec 2 descripteurs, vous afficherez dans vos pages de résultat les références qui ont ces 2 descripteurs sur leur étiquette. C’est l’assurance que ces références auront de grandes chances d’être en adéquation avec votre requête. C’est l’atout majeur de PubMed. Note : l’étiquette (le bordereau d’indexation) se trouve sous le résumé de la référence au format abstract. Cliquer sur « MeSH Terms » pour l’afficher.
  • 7. 6. L’affiliation descripteur/qualificatif L’affiliation descripteur/qualificatif est au cœur de l’équation de recherche. C’est l’attelage de la locomotive (le descripteur) avec son tender (le qualificatif) qui tire le convoi de chemin de fer (l’équation de recherche) vers plus de cohérence et plus de précision. Une affiliation descripteur/qualificatif établit une relation étroite entre un descripteur et un qualificatif. L’exemple de l’attelage entre la locomotive et son tender traduit bien cette relation. Dans une affiliation descripteur/qualificatif, le descripteur et le qualificatif sont « collés » l’un à l’autre, juste séparés par un slash. Exemple : asthma/diagnosis Note : Dans le langage MeSH, il y a des descripteurs (26 853 en 2013) et des qualificatifs (83). Un qualificatif ne peut s’affilier (se combiner) qu’avec certains descripteurs. Il y a des qualificatifs pour les maladies. Il y en a d’autres pour les médicaments et d’autres encore pour les investigations diagnostiques ou pour les protocoles thérapeutiques… L’analyse de l’étiquette d’un article montre que 80% des termes caractérisant son contenu sont des affiliations descripteur/qualificatif. Conséquence Vous devez formuler vos équations de recherche avec des affiliations descripteur/qualificatif pour être cohérent avec ce qui est marqué sur l’étiquette.
  • 8. 7. Quelle méthode ? Pour faciliter la formulation d’une équation de recherche comportant une ou plusieurs affiliations descripteur/qualificatif, le recours à la banque de données du MeSH (MeSH Database) est la méthode de choix. MeSH Database à 4 fonctions : - traduction du mot clé anglais en descripteur MeSH ; - sélection et affiliation d’un qualificatif au descripteur ; - possibilité de pondérer l’affiliation et d’éviter son explosion ; - envoi de l’affiliation descripteur qualificatif (ou des affiliations descripteur/qualificatif s’il y en a plusieurs) dans la fenêtre d’interrogation de PubMed. Note 1 Dans PubMed, le documentaliste qui indexe un article distingue (par un astérisque) certaines affiliations descripteur/qualificatif. Ce sont les affiliations « majeures », celles qui caractérisent le mieux l’article. En cochant la case « Restrict to MeSH Major Topic » dans MeSH Database, vous limitez votre recherche à ces affiliations « pondérées ». Note 2 Dans MeSH Database, vous pouvez éviter l’explosion d’un descripteur ou d’une affiliation en cochant la case « Do not include MeSH Terms… ».
  • 9. 8. Et les filtres ? Dans l’équation de recherche (le convoi de chemin de fer), les filtres sont les wagons. Les filtres limitent le champ de la requête comme les wagons freinent le convoi. Les filtres sont situés dans le cadre de gauche de la page de résultat. Vous pouvez les sélectionner dès que l’équation de recherche est passée de la banque de données du MeSH (MeSH Database) à la fenêtre d’interrogation de PubMed. Les filtres les plus courants sont : - les types d’articles (review, guidelines, randomized controlled trial…) ; - les accès (free full text, full text, abstract) ; - les dates de publication ; - les langues de publication (french, english, german…) ; - les classes d’âge (child, adolescent, adult, aged…). La sélection d’un filtre se fait en cliquant sur son intitulé. Conséquence A la fin d’une requête où vous avez sélectionné 2 ou 3 filtres, n’oubliez pas de les retirer avant la requête suivante.
  • 10. 9. Quel résultat ? La première équation est rarement la bonne. Vous devez souvent la faire évoluer vers plus de sensibilité ou vers plus de précision. •La précision, c’est : - comme la valeur prédictive positive d’un test diagnostic ; - le rapport des documents adéquats trouvés par l’outil de recherche sur la totalité des documents trouvés par l’outil. •La sensibilité, c’est : - comme la sensibilité d’un test diagnostique ; - le rapport des documents adéquats trouvés par l’outil de recherche sur les documents adéquats hébergés dans l’espace interrogé. Conséquences •Le premier résultat montre trop peu de références. Pour élargir le champ de la requête, il faut supprimer : - un qualificatif, voire une affiliation descripteur/qualificatif, s’il y en a plusieurs ; - une pondération ; - une limite (de date ou de type d’articles). •Le premier résultat montre un trop grand nombre de références Pour restreindre le champ de la requête, il faut ajouter : - une affiliation descripteur/qualificatif ou un descripteur ou un qualificatif à un descripteur ; - une limite (de date, de type de publication…) ; - une pondération à une affiliation descripteur/qualificatif.  
  • 11. 10. …et la veille bibliographique ? Une équation de veille bibliographique se distingue d’une équation de recherche par la prise en compte de la partie non indexée de PubMed. Seuls les articles des dinosaures de la presse médicale internationale (les 120 Core Clinical Journals ?) sont indexés dans les jours qui suivent leur parution. Le délai d’indexation pour les autres périodiques varie de quelques semaines à quelques mois. Conséquence Si vous voulez faire de la veille bibliographique, vous devez explorer cette partie non indexée. Dans PubMed, l’équation de veille est formulée selon le schéma suivant : Recherche dans la partie indexée OR recherche dans la partie non indexée La recherche dans la partie indexée est faite en langage MeSH. Celle dans la partie non indexée consiste à rechercher les synonymes des descripteurs et des qualificatifs dans les titres et les résumés des articles qui ne sont pas encore intégrés dans MEDLINE (NOT MEDLINE). Exemple : veille bibliographique sur le diagnostic de l’asthme. L’équation de veille s’écrit : asthma/diagnosis OR ((asthma [tiab] OR bronchial asthma [tiab]) AND (diagnosis [tiab] OR screening [tiab] OR signs [tiab]) NOT MEDLINE [sb]) (en maigre l’équation de la partie indexée, en gras celle de la partie non indexée)