Ce document présente les principes fondamentaux de l'utilisation de la base de données Medline via PubMed, y compris la recherche avancée, l'utilisation du thésaurus MeSH et la formulation des requêtes pertinentes. Il décrit également comment mettre en place des alertes et personnaliser son expérience sur PubMed avec My NCBI. Des exemples d'exercices pratiques sont fournis pour illustrer la recherche d'articles biomédicaux.

1. Perrine Helly - Service Commun de Documentation - UBO
BU Santé
Medline via l’interface
Pubmed
SF4 – octobre 2012
Octobre 2012 1

2. Objectifs de la séance
 Connaître les principes de constitution de la
base Medline
 Se repérer dans Pubmed
 Savoir effectuer une requête pertinente dans
la base
 Savoir mettre en place des alertes sur un
thème

3. Ne pas confondre
Medline ≠ Pubmed
Le contenu L'interface
(la base de données) d'interrogation

4. Bases de données
 Un éditeur privé ou un
organisme institutionnel
 Un référencement humain
 Un thésaurus organisé
 Une interface d'interrogation

5. Medline
 Qui? National Library of Medicine
Etats-Unis)
20 M de références
 Quoi? d'articles biomédicaux,
issues de 5200
périodiques
depuis 1948
 Thésaurus MESH
 Interface PUBMED
(il en existe d'autres)

6. A la découverte de
Pubmed - 3 étapes
 L'interface d'interrogation
 La recherche avancée et le MESH
 Les services personnalisés

7. Vos premiers pas dans
Pubmed
 Recherche libre sur la grippe H1N1
chez les femmes enceintes
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

8. Présentation de la liste des
résultats
 Par références courtes (summary)
 Avec le résumé (abstract)
 Possibilité de varier le nombre de
résultats affichés par page

9. Les filtres
 Liés au document cherché : date
de publication, disponibilité du texte
intégral, type d'article, langue
d'écriture...
 Liés à la population étudiée :
espèce, âge, genre...

10. Filtre par langue
 Triez vos résultats pour n'afficher que
les articles écrits en anglais ou en
français

11. Types d'articles
 Précisez votre recherche en ne
sélectionnant que les revues de la
littérature

12. Types d'articles : rappel
 Case report / étude de cas
 Clinical Trial / essai clinique
 Randomized Controlled Trial / essai clinique
en aveugle avec groupe contrôle
 Practice guideline / recommandation de
bonne pratique
 Review / revue de la littérature
 Systematic Review / revue systématique
 Meta-analysis / méta-analyse (Cochrane)

13. S'il te plaît, dessine-moi...
Vocabulaire normalisé
Descripteurs
Hiérarchie
...un thésaurus

14. Le thésaurus de Medline :
le MeSH
Medical Subject Headings
Mots-clefs uniquement en anglais
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh

15. Le MESH : MEdical Subject Headings
 liste de termes normalisés dans le
domaine biomédical
 outil à utiliser en priorité pour une
recherche pertinente

16. Le MESH
 Descripteurs (>25 000)
 Qualificatifs (83)
 « L'affiliation Descripteur / Qualificatif est la clé
de l'interrogation de Medline »*
*(citation de Philippe Eveillard dans « Comment faire ses premiers pas sur
Pubmed » La Revue du praticien. Médecine générale A. 2007, n° 766-67,
pp. 411-412)

17. Formulation de la question
 Déterminer les termes à retenir pour
la formulation de la question
 Distinguer ce qui relève du mot
MESH, du qualificatif ou de l’option
de limitation
 Traduire ces termes en mots clés
MESH

18. Un exemple de recherche
Articles en français et en anglais sur le
toucher dans la relation soignant-soigné
publiés les 10 dernières années

19. Un exemple de recherche
Articles en français et en anglais sur le
toucher dans la relation soignant-
soigné publiés les 10 dernières années
"Touch"[Mesh] AND "Professional-Patient
Relations"[Mesh]
+ Limits activated : English, French,
published in the last 10 years

20. Les opérateurs booléens
.

21. Chercher dans Medline,
c'est compliqué...
 On cherche les mots-clefs Mesh les
plus pertinents
 On les associe entre eux pour faire
une recherche sur PUBMED >
« équation de recherche »

22. Correspondances Mesh français –
Mesh anglais
=> « Mesh bilingue de l’INSERM » :
http://mesh.inserm.fr/mesh/
ou
=> « Portail terminologique de santé »
(CISMEF)
http://pts.chu-rouen.fr/

23. Exercice
1- Les troubles des comportements alimentaires
chez la femme enceinte
(Limiter aux 5 dernières années de parution)

24. Exercice
2 – Les effets indésirables du déclenchement du
travail obstétrical
Limiter aux essais cliniques

25. My NCBI : votre Pubmed
personnalisé
 Ouvrir un compte sur My NCBI
 « Sign in »
 « Register for an account »

26. My NCBI
 Paramétrer dans votre compte les
filtres suivants
 Anglais
 Français
 Texte intégral gratuit
 Texte intégral

27. Exercice
3 – Le traitement du diabète gestationnel. Exclure les
traitements médicamenteux .
Limiter aux recommandations de bonnes pratiques
Mettre en place une veille mensuelle dans MY NCBI

28. Des mots MESH ?
.
Ne contient pas de
mots MESH
Contient des mots MESH

29. Exercice
4 - Trouvez les articles les plus récents
sur le diagnostic de la
mucoviscidose

30. Solution : le champ
Title/abstract ou [tiab]
« cystic fibrosis/diagnosis »[Mesh]
Devient
(« cystic fibrosis »[tiab] OR
« mucoviscidosis »[tiab]OR
« fibrosistic disease »[tiab]) AND
diagnos*[tiab]

31. Exercice de synthèse
5- La prévention des grossesses chez les
adolescentes
> limiter aux revues systématiques et aux méta-
analyses
> formuler la requête sans utiliser le MESH pour
mettre en place une veille sur les articles récents

32. Retrouvez le support en
ligne sur
http://formation.scd.univ-brest.fr/sf4

33. Prochaine séance
 Organiser vos références
bibliographiques avec le logiciel
Zotero
 Possibilité de venir avec votre propre
ordinateur (connecté au wifi UBO et
équipé du logiciel Firefox)