Le document présente une méthodologie de recherche documentaire appliquée à la médecine factuelle, soulignant l'importance de l'utilisation de la littérature médicale pour prendre des décisions cliniques basées sur des preuves. Il aborde les compétences nécessaires en recherche documentaire, les outils et ressources disponibles, ainsi que le rôle des systèmes d'information et des bases de données médicales. Enfin, il insiste sur la nécessité d'une formation continue pour les étudiants en médecine afin de maîtriser ces compétences tout au long de leur carrière.

1. Recherche documentaire F.DAILLAND – Dr C.DANIEL Université Paris Descartes francoise.dailland;christel.daniel@univ-paris5.fr 10 Janvier 2008 DCEM 1

2. Contexte : Méthodologie DCEM1 - Paris Descartes Module « Méthodologie » Biostatistiques Épidémiologie Informatique médicale Recherche documentaire et lecture critique Épreuve rédactionnelle de l’ENC : 3 h Article scientifique original, en français, de revue médicale avec comité de lecture Améliorer sa pratique (soin, recherche) Pratique « factuelle »

3. Contexte : Méthodologie Médecine factuelle ? Evidence Based Medicine “ Médecine factuelle” ou “Médecine basée sur les preuves” ou “Médecine basée sur les faits” 1991 : Gordon Guyatt (McMaster, Canada) « Les décisions médicales reposent sur les données les plus fiables et les plus pertinentes trouvées dans la littérature médicale ». Guyatt GH. Evidence-based medicine. ACP J Club 1991;114:A16

4. Contexte : Médecine factuelle Circonstances et situation clinique Données actuelles de la science Comportement et choix du patient Représentation graphique de l’Evidence-based medicine d’après B Haynes EBM Journal 2002;7:36-8 Compétence du médecin Recherche documentaire Décision

5. Contexte : Médecine factuelle Circonstances et situation clinique, comportement et choix du patient Dossier patient informatisé SYSTEMES D’INFORMATION DOSSIER PATIENT INFORMATISE DMP ANALYSE ACTIVITE MEDICO-ECONOMIQUE (Cours 1,3,4 et 6)

6. Littérature médicale Bases de données de recherche PRESENTATION DE RESULTATS SCIENTIFIQUES (ED n°3) Etudes cliniques « Studies » Contexte : Médecine factuelle Donnés actuelles de la science TRAITEMENT DE DONNEES (ED n°2)

7. Littérature médicale Etudes cliniques « Studies » Terminologies Thesaurus MeSH LANGAGE MEDICAL (Cours 2) Contexte : Médecine factuelle Donnés actuelles de la science

8. Dossier patient informatisé Terminologies Thesaurus MeSH Littérature médicale Etudes cliniques « Studies » Référentiels de connaissances applicables Systèmes d’information «Systems » RECHERCHE DOCUMENTAIRE (ED n°1) SYSTEMES D’AIDE A LA DECISION (Cours 5) LANGAGE MEDICAL (Cours 2)

9. Dossier patient informatisé Terminologies Thesaurus MeSH Littérature médicale Bases de données de recherche TRAITEMENT DE DONNEES (ED n°2) PRESENTATION DE RESULTATS SCIENTIFIQUES (ED n°3) Etudes cliniques « Studies » Référentiels de connaissances applicables Systèmes d’information «Systems » RECHERCHE DOCUMENTAIRE (ED n°1) SYSTEMES D’INFORMATION DOSSIER PATIENT INFORMATISE DMP ANALYSE ACTIVITE MEDICO-ECONOMIQUE (Cours 1,3 ,4 et 6) SYSTEMES D’AIDE A LA DECISION (Cours 5) LANGAGE MEDICAL (Cours 2)

10. Pourquoi ces cours de recherche documentaire ? La pratique factuelle de la médecine nécessite des compétences particulières Recherche documentaire : Trouver les articles d’investigation clinique utiles pour répondre à une question clinique précise Cause d’une maladie (l’hypertension artérielle est elle un facteur favorisant l’apparition de la démence ?) Traitement d’une maladie (quelle est l’efficacité du traitement antibiotique de l’otite moyenne ?) Lecture critique : Évaluer les résultats trouvés (en terme de pertinence et validité) Appliquer les résultats retenus (en tenant compte des particularités)

11. Pourquoi ces cours de recherche documentaire ? La maîtrise des compétences documentaires est indispensable à l’étudiant en médecine dans le cadre de l’apprentissage d’une pratique factuelle de la médecine Tout au long de sa vie professionnelle

12. Objectifs (1) Cours : Identifier les ressources documentaires et les outils de recherche associés Connaître les enjeux de la recherche documentaire pour la pratique médicale basée sur les faits prouvés (pratique factuelle) Utiliser les méthodes de recherche documentaire pour optimiser sa formation hospitalière Connaître les principaux dictionnaires et encyclopédies médicales Connaître les catalogues des bibliothèques (catalogue général, périodiques électroniques A to Z, catalogue national SUDOC) Connaître les ressources documentaires électroniques pour la médecine factuelle Connaître le site de référence CisMef Connaître les manuels médicaux factuels et UpToDate Connaître Medline et l’accès PubMed Connaître et savoir utiliser le vocabulaire MeSH : différents accès au MeSH, opérateurs logiques des requêtes

13. Objectifs (2) Enseignement dirigé : Formaliser les requêtes de recherche Accéder aux manuels médicaux factuels par UpToDate Accéder au Web médical de qualité par le site CisMef Accéder à Medline par PubMed

14. Plan du cours Les différents types de ressources documentaires Ressources documentaires électroniques pour la médecine factuelle Thesaurus MeSH Les accès MeSH

15. Les ressources documentaires (1) Dictionnaires, manuels et encyclopédies : À partir du catalogue général http://www.bu.univ-paris5.fr/ Recherche avancée / recherche sujet / dictionnaire médical (dictionnair* médica*) Voir tutoriel http://www.bu.univ-paris5.fr/spip.php?article712 Comment localiser les ouvrages ? Par la cote Exemple : WT 155 PET WT : indique la discipline : ici gériatrie 155 : indique la subdivision à l’intérieur de la discipline : ici démences séniles PET : indique les 3 premières lettres du nom de l’auteur ou du titre si livre collectif.

16. Les ressources documentaires (2) Encyclopédie médico-chirugicale (EMC) en ligne http://www.bu.univ-paris5.fr/spip.php?article283 Attention : consultation à partir des postes informatiques situés uniquement dans les murs de l’Université

17. Les ressources documentaires (3) Web médical de qualité CISMeF : Catalogue et Index des Sites Médicaux Francophones http://www.cismef.org/

18. Les ressources documentaires (4) « Littérature médicale » via PubMed/MEDLINE désigne les articles publiés dans les revues médicales la source d’information de référence

19. Ressources documentaires électroniques pour la médecine factuelle Etudes cliniques « Studies » Revues systématiques « Synthesis » Résumés d'articles ou revues «Synopsis » Manuels médicaux factuels « Summaries » Systèmes d’information «Systems » Hiérarchie à 5 niveaux (5S) d’après (B. Haynes, 2006) UpToDate PIER ACP Journal Club Evidence-Based Medicine Journal Cochrane Library Pubmed Clinical Queries Articles des revues scientifiques ( PubMed ) Cochrane Central Register of Controlled Trials (CCTR)

20. Langage médical L’usage d’un langage spécialisé est indispensable pour accéder aux ressources Le vocabulaire de référence : MeSH « Medical Subject Headings »

21. Thesaurus MeSH : utilité ? Pourquoi connaître ce vocabulaire contrôlé ? Langage normalisé, utilisé pour décrire le contenu de documents imprimés ou électroniques : Les articles (base de données, exemple MEDLINE) Les ouvrages (catalogues) Les thèses (catalogues) Les documents audiovisuels (catalogues) Les sites web (ex : CHU de Rouen-CISMEF) Les ressources pédagogiques En résumé : Pour accéder efficacement à une multitude de ressources

22. MEDLINE : base de données bibliographiques Exemple d’une référence bibliographique dans Pubmed format « Summary» : Titre de l’Article Auteurs Titre de la revue Année Mois date ;Volume (N°) :pages extrêmes Source

23. Thesaurus MeSH : Généralités Créé en 1960 par la National Library of Medicine (NLM) - US Liste de termes normalisés dans le domaine biomédical, appelés descripteurs Caractérisé par son organisation hiérarchique appelée « MeSH Tree Structure »

24. Thesaurus MeSH : outil évolutif Mise à jour annuelle par la NLM tenant compte des avancées scientifiques Chiffres 2008 : 24767 descripteurs dont 456 nouveaux 288 terminologies révisées 46 supprimés

25. Thesaurus MeSH : 4 types de descripteurs Descripteurs principaux (24767) Ex : Alzheimer Disease Qualificatifs (83) Ex : Drug therapy Concepts supplémentaires (172451 termes chimiques) Ex : Efferalgan Types de publication (environ 50 / PubMed) Ex : Review

26. Thesaurus MeSH : Descripteurs(1) 16 domaines principaux : A : Anatomie B : Organismes C : Maladies etc… Classement hiérarchique

27. Thesaurus MeSH : Descripteurs(2) Les maladies

28. Thesaurus MeSH : Descripteurs(3) Exemple : Alzheimer Disease 1er Principe du MeSH : la spécificité

29. Thesaurus MeSH : Descripteurs(4) Notion d’explosion = descripteur générique + descripteurs spécifiques L’explosion est automatique dans PubMed Exemple : Dementia Terme générique Termes spécifiques

30. Thesaurus MeSH : Descripteurs(5) Un descripteur peut se situer dans plusieurs arborescences Exemple : pain

31. Thesaurus MeSH : Qualificatifs(1) 83 qualificatifs représentent des concepts généraux, ils sont employés pour préciser le sens des descripteurs Exemple : diagnostic /diagnosis s'applique aux maladies pour désigner tous les aspects du diagnostic, y compris l'examen, le diagnostic différentiel et le pronostic. Il exclut le dépistage de masse pour lequel le qualificatif "prévention et contrôle" est employé. Il exclut les diagnostics radiographique, scintigraphique, échographique pour lesquels les qualificatifs "radiographie", "scintigraphie" et "échographie" sont respectivement employés. Liste disponible : http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv08.html# Lien en bas de page : les Qualificatifs 2ème Principe du MeSH : la coordination

32. Thesaurus MeSH : Qualificatifs(2) Classement hiérarchique http://www.nlm.nih.gov/mesh/subhierarchy2008.html

33. Thesaurus MeSH : Concepts chimiques supplémentaires Appartiennent à un index de vocabulaire chimique, lié au MeSH Exemples :

34. Thesaurus MeSH : Types de publication Ils décrivent la nature de l’information ou la manière dont elle est transmise Exemples : Revue (Review) Essai clinique (Clinical Trial) Méta-analyse (Meta-Analysis) Lettre (Letter) PubMed Publication Type : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubmed.table.pubmedhelp.T42

35. Types de publication/Médecine factuelle Revue systématique (Systematic Review) : Evaluation critique de l’ensemble des données de la littérature (publiées et non publiées) en réponse à une question clinique précise, utilisant des méthodes permettant de réduire la probabilité de biais Méta analyse (Meta analysis) : Revue systématique qui comprend une stratégie d’analyse quantitative permettant d’agréger les résultats provenant de plusieurs études en un seul résultat

36. Thesaurus MeSH : Les accès Module Terminologie de CISMEF http://www.chu-rouen.fr/terminologiecismef/ MeSH Database de Pubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=mesh ou www.pubmed.gov puis MeSH Database MeSH bilingue de l’INSERM http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv07.html# Important utiliser la troncature * avant et après le terme saisi Exemple : *grossesse*

37. Les notions à connaître pour utiliser Le MeSH Database : L’explosion (diapo 29) Les opérateurs logiques La pondération

38. Les opérateurs logiques (1) : AND = ET Permet de chercher les références où les mots du concept A, du concept B et du concept C apparaissent

39. AND = ET Exemple : Traitement Démence Sujet âgé

40. Les opérateurs logiques (2) : OR = OU Permet de chercher les références où l’un ou l’autre des mots exprimant un même concept apparaissent

41. OR = OU Exemple : Diabète Régimes diabétiques

42. Les opérateurs logiques (3) : NOT = SAUF Permet d’exclure un ensemble de références du sujet recherché

43. NOT = SAUF Exemple : Adolescent Enfant

44. La pondération MeSH « Major Topic » Cette option permet de limiter la recherche aux articles dont le sujet recherché est le thème principal de l’article

45. Thesaurus MeSH : Les accès Module Terminologie de CISMEF http://www.chu-rouen.fr/terminologiecismef/ MeSH Database de Pubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=mesh ou www.pubmed.gov puis MeSH Database MeSH bilingue de l’INSERM http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv07.html# Important utiliser la troncature * avant et après le terme saisi Exemple : *grossesse*

46. Terminologie de CISMEF C atalogue et I ndex des S ites M édicaux F rancophones www.cismef.org

47. Exemple : démence Saisir le terme

48. Description

49. Navigation 44 documents dans CISMEF sur la maladie de Creutzfeldt-Jacob

50. Accès aux ressources Documents pédagogiques Documents pour les patients Validez votre choix

51. Mesh Database (1) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=mesh www.pubmed.gov Saisir un terme ou expression en anglais Validez avec Go dementia

52. Mesh Database (2) Résultat = 11 descripteurs Cliquez sur le terme pour un affichage complet

53. Mesh Database (3) Qualificatifs Entry Terms = Synonymes Si cette option est cochée, la pondération sera appliquée à la recherche  Haut de page Définition

54. Mesh Database (4) Bas de page Voir aussi Arborescences Classement hiérarchique Termes plus spécifiques inclus par défaut dans la recherche

55. Mesh Database (5) Exemple : sélection d’un descripteur sans qualificatif 2-Validez votre choix « Search Box with AND » 1-Sélectionnez

56. Mesh Database (6) Exemple : sélection d’un descripteur avec 2 qualificatifs 1- Sélectionnez 1 ou x qualificatifs 2-Validez votre choix « Search Box with AND »

57. Mesh Database (7) Le système affiche la sélection Envoi de la requête dans Pubmed

58. Mesh Database (8) Exemple : sélection de 2 descripteurs le premier descripteur est déjà sélectionné 1-Saisissez le deuxième descripteur et validez (Go) 2- Sélectionnez le deuxième descripteur 3- Validez le choix

59. Mesh Database (9) Les deux descripteurs sont associés par l’opérateur AND

60. MeSH bilingue de l’INSERM(1) http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv08.html

61. MeSH bilingue de l’INSERM(2) *alzheimer* Important : saisir le terme encadré de troncatures * Validez

62. MeSH bilingue de l’INSERM(3) 3 descripteurs pour le concept Alzheimer

63. MeSH : Outils d’autoformation Tutorial de PubMed Database Searching with the MeSH Database : http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/mesh/searching/mesh1.html Combining MeSH Terms : http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/mesh/combining/mesh2.html Applying Subheadings and other features of the MeSH Database : http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/mesh/subheadings/mesh3.html

64. Besoin d’aide ? Un service de référence disponible pour vous A la bibliothèque des Saints-Pères (Bât. Jacob) Chaque après-midi, une équipe de bibliothécaires assurent une permanence pour répondre à vos questions A la bibliothèque universitaire HEGP

65. Le site de référence pour votre documentation : http://www.bu.univ-paris5.fr/

66. Bibliographie/Webographie Haynes RB. Of studies, syntheses, synopses, summaries, and systems: the "5S" evolution of information services for evidence-based healthcare decisions. Evid Based Med 2006;11:162-4. http://ebm.bmj.com/cgi/content/full/11/6/162-a PIER http://pier.acponline.org UpToDate www.uptodate.com

67. Mentions légales L'ensemble de ce document relève des législations française et internationale sur le droit d'auteur et la propriété intellectuelle. Tous les droits de reproduction de tout ou partie sont réservés pour les textes ainsi que pour l'ensemble des documents iconographiques, photographiques, vidéos et sonores. Ce document est interdit à la vente ou à la location.