Le document présente les fonctionnalités avancées de PubMed et Medline, y compris l'utilisation du MESH pour des recherches ciblées et efficaces. Il aborde également la création de comptes MyNCBI pour sauvegarder des résultats et personnaliser des recherches. Enfin, il décrit les étapes et les outils nécessaires pour interroger efficacement la base de données et accéder à des articles scientifiques.

1. Fonctions avancées
Contact : david.benoist[at]upmc.fr

2. Fonctions avancées présentées
• Le MeSH
• Recherche étape par étape
• Nouvelle recherche avancée
• Exploiter les résultats
• Compte personnel MyNCBI

3. PubMed / MedLine :
présentation
- MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographiques
(= références d’articles ≠ texte des articles) en
sciences biologiques et biomédicales
- Base gérée et mise à jour par la
bibliothèque nationale de médecine des États-Unis (

4. PubMed / MedLine : contenu
- MedLine = le contenu (base de données)
≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine +
autres bases)
- 19 millions d’articles, tirés de 5 000 revues, depuis
les années 1950
- Une centaine de titres français
- Liste des revues :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#J

5. PubMed via JUBIL
PubMed est accessible gratuitement sur
Internet mais si on passe par JUBIL pour
s’y connecter :
On garde l’interface classique
+ lien vers texte intégral si nos
bibliothèques sont abonnées

6. PubMed via JUBIL

7. PubMed via JUBIL
Accès distant possible, quand on se connecte
depuis chez soi ou dans son service !

8. Exemple d’article accessible

9. Interroger PubMed
• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en
anglais
• Les articles sont indexés avec un système de
mots-clefs hiérarchisés : le MeSH
• MeSH pour Medical Subject Headings
• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21
= Down Syndrome= Mongolism)
+ permet de réaliser des recherches fines, en allant
du général au particulier

10. Qu’est-ce que le MeSH ?
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
- Traduction française
par l’INSERM

11. Le MeSH est accessible via
PubMed

12. Des tutoriels sur le MeSH

13. Exemple d’un terme dans
l’arborescence du MeSH (on part du
général pour arriver au plus précis)

14. Un même terme peut appartenir à
plusieurs arborescences

15. Une recherche dans l’idéal :
Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français
• On détermine un mot-clef intéressant en
français
• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
MeSH français
• Le site du CISMeF propose la traduction
française du vocabulaire MeSH

16. Équivalent du mot-clef dans le MeSH
français : http://www.cismef.org/
• On se rend sur le site du CISMeF, onglet
Terminologie

17. Exemple : moelle épinière

18. Étape 2 : On utilise le terme MeSH anglais
dans la rubrique MeSH de PubMed

19. Étape 3 : On choisit le terme
MeSH correspondant

20. Étape 4 : on limite éventuellement la
recherche en cochant des qualificatifs

21. Les qualificatifs du MeSH
Le MeSH comprend 83 qualificatifs
Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé qu’avec certains
qualificatifs
AB Abnormalities EM Embryology PP Physiopathology
AD Administration and Dosage EN Enzymology PO Poisoning
AE Adverse Effects EP Epidemiology PC Prevention and Control
AG Agonists ES Ethics PX Psychology
AA Analogs and Derivatives EH Ethnology RE Radiation Effects
AN Analysis ET Etiology RA Radiography
AH Anatomy and Histology GE Genetics RI Radionuclide Imaging
AI Antagonists and Inhibitors GD Growth and Development RT Radiotherapy
BI Biosynthesis HI History RH Rehabilitation
BS Blood Supply IM Immunology SC Secondary
BL Blood IN Injuries SE Secretion
CF Cerebrospinal Fluid IR Innervation ST Standards
CS Chemical Synthesis IS Instrumentation SN Statistics and Numerical Data
CI Chemically Induced IP Isolation and Purification SD Supply and Distribution
CH Chemistry LJ Legislation and Jurisprudence SU Surgery
CL Classification MA Manpower TU Therapeutic Use
CO Complications ME Metabolism TH Therapy
CN Congenital MT Methods TO Toxicity
CT Contraindications MI Microbiology TM Transmission
CY Cytology MO Mortality TR Transplantation
DF Deficiency NU Nursing TD Trends
DI Diagnosis OG Organization and Administration US Ultrasonography
DU Diagnostic Use PS Parasitology UL Ultrastructure
DH Diet Therapy PY Pathogenicity UR Urine
DE Drug Effects PA Pathology UT Utilization
DT Drug Therapy PK Pharmacokinetics VE Veterinary
EC Economics PD Pharmacology VI Virology
ED Education PH Physiology

22. Major topic et explosion
• 2 options
• « Major topic » : limite la recherche aux
articles ayant pour sujet principal le terme
recherché
• « Ne pas exploser » : ne pas récupérer les
articles indexés avec des termes situés en-
dessous dans l’arborescence MeSH

23. Étape 5 : on envoie dans la fenêtre
de recherche…

24. Étape 6 : on lance la recherche

25. Pourquoi utiliser le MeSH ?
• Recherche dans PubMed
– Avec « moelle épinière » : 2 articles seulement
– Avec « moelle spinale » : 1 article seulement
– Avec « spinal cord » (directement) :
plus de 130 000 articles
– Avec « spinal cord [MeSH] » : 67 000 articles
– Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » :
2 300 articles

26. Combiner les termes recherchés
• Opérateurs booléens (en majuscules)
AND / OR / NOT
• (AND) par défaut (en majuscule !)
• Troncature (transpl*) + guillemets
(« kidney allograft ») + parenthèses

27. PubMed : stopwords
• Mots courants non indexés :

28. PubMed : mapping
• Termes recherchés directement, sans
guillemets et sans passer par le MeSH
= PubMed vérifie, dans l’ordre
– dans le MeSH
– dans les revues
– dans les auteurs
Correspondance automatique des termes
(ATM = Automatic Term Mapping)

29. Chercher un auteur
• Rentrer son nom et l’initiale de son prénom
• PubMed comprend qu’on cherche une personne

30. Nouvelle recherche avancée

31. Nouvelle recherche avancée

32. Nouvelle recherche avancée
• Regroupe les onglets suivants (autrefois présents sur
la page principale)

33. Nouvelle recherche avancée

34. D’abord, une fenêtre de recherche

35. Puis l’historique
• Équivalent de l’onglet « history »
• Historique automatique, conservé 8 heures

36. Puis l’équivalent de l’ancien «
Single Citation Matcher »
• Recherche par auteur / revue / date
• Pour retrouver une référence d’article précise
• D’autres champs disponibles en cliquant sur le
bouton jaune

37. Recherche d’un article précis
• Champs titre de l’article / vol. / n° / pages

38. Puis les limites
• Reprend l’onglet « Limits »
• Limiter le nombre de résultats (par langue,
type de document, population, etc.)

39. Puis la recherche par clefs
d’index
• Reprend l’onglet « Preview / index »

40. Preview / Index
• On choisit le champ de recherche à gauche
• L’index s’affiche avec le nombre de références
correspondantes
• On sélectionne les termes et on clique sur « add
to search box » avec un booléen pour envoyer
vers la fenêtre de recherche

41. Preview / Index avec MeSH
1 2 3
4

42. Preview / Index avec auteur
1 2 3
4

43. Enfin les requêtes spécifiques et
les accès à d’autres bases

44. Exploiter les résultats

45. Liste de résultats dans PubMed

46. Changer d’affichage
• Par défaut : Summary
= auteurs + titre +
PMID + niveau
d’indexation
• Abstract : résumé +
lien vers PDF
• Citation : voir
indexation MeSH
• MEDLINE : export
vers bibliographie (
EndNote, Zotero…)

47. Affichage Abstract : liens vers PDF

48. Compte personnel MyNCBI

49. Création de compte gratuit : My NCBI
• Intérêts :
– Sauvegarder ses résultats
– Sauvegarder ses recherches habituelles
– Créer des alertes (RSS ou courriel)
– Appliquer des filtres automatiques sur les
résultats

50. Création de compte gratuit : My NCBI

51. Création de compte gratuit : My NCBI

52. Création de filtres pour les
recherches

53. On choisit PubMed dans la liste…

54. On cherche le filtre JUBIL

55. Les résultats sont triés

56. Les résultats sont triés
• JUBIL : articles parus dans des revues
accessibles en ligne via JUBIL (5 000 revues)
• ifrhplib : articles parus dans des revues
accessibles via l’APHP (300 revues)
• ifrbinslib: articles parus dans des articles
accessibles sur biblioInserm

57. Liens vers les PDF
Ne fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’université
ou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL)

58. Plus d’infos
• Diaporama réalisé pour partie grâce aux
documents suivants, à consulter pour plus
d’infos
• HOSPICES CIVILS DE LYON, Manuel d’utilisa
• MOUILLET, Evelyne, PubMed 2009

59. À bientôt à la bibliothèque !