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• Les articles sont indexés avec un système de
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• MeSH pour Medical Subject Headings

• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21
  = Down Syndrome= Mongolism)
+ permet de réaliser des recherches fines, en allant
  du général au particulier
Qu’est-ce que le MeSH ?

- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories

- Mise à jour annuelle

- Traduction française
par l’INSERM
Le MeSH est accessible via
       PubMed
Des tutoriels sur le MeSH
Exemple d’un terme dans
l’arborescence du MeSH (on part du
 général pour arriver au plus précis)
Un même terme peut appartenir à
    plusieurs arborescences
Une recherche dans l’idéal :
Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français

• On détermine un mot-clef intéressant en
  français

• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
  MeSH français

• Le site du CISMeF propose la traduction
  française du vocabulaire MeSH
Équivalent du mot-clef dans le MeSH
     français : http://www.cismef.org/

• On se rend sur le site du CISMeF, onglet
  Terminologie
Exemple : moelle épinière
Étape 2 : On utilise le terme MeSH anglais
   dans la rubrique MeSH de PubMed
Étape 3 : On choisit le terme
   MeSH correspondant
Étape 4 : on limite éventuellement la
recherche en cochant des qualificatifs
Les qualificatifs du MeSH
     Le MeSH comprend 83 qualificatifs

     Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé qu’avec certains
     qualificatifs
AB    Abnormalities                EM   Embryology                        PP   Physiopathology
AD    Administration and Dosage    EN   Enzymology                        PO   Poisoning
AE    Adverse Effects              EP   Epidemiology                      PC   Prevention and Control
AG    Agonists                     ES   Ethics                            PX   Psychology
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AN    Analysis                     ET   Etiology                          RA   Radiography
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AI    Antagonists and Inhibitors   GD   Growth and Development            RT   Radiotherapy
BI    Biosynthesis                 HI   History                           RH   Rehabilitation
BS    Blood Supply                 IM   Immunology                        SC   Secondary
BL    Blood                        IN   Injuries                          SE   Secretion
CF    Cerebrospinal Fluid          IR   Innervation                       ST   Standards
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CO    Complications                ME   Metabolism                        TH   Therapy
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CY    Cytology                     MO   Mortality                         TR   Transplantation
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DT    Drug Therapy                 PK   Pharmacokinetics                  VE   Veterinary
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Major topic et explosion
• 2 options




• « Major topic » : limite la recherche aux
  articles ayant pour sujet principal le terme
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  articles indexés avec des termes situés en-
  dessous dans l’arborescence MeSH
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• Recherche dans PubMed
   – Avec « moelle épinière » : 2 articles seulement
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       plus de 130 000 articles
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• Opérateurs booléens (en majuscules)
              AND / OR / NOT

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PubMed : mapping
• Termes recherchés directement, sans
  guillemets et sans passer par le MeSH
= PubMed vérifie, dans l’ordre

  – dans le MeSH
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• Regroupe les onglets suivants (autrefois présents sur
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      Single Citation Matcher »
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• Reprend l’onglet « Limits »
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• On sélectionne les termes et on clique sur « add
  to search box » avec un booléen pour envoyer
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Preview / Index avec MeSH
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              4
Preview / Index avec auteur
   1       2                  3




               4
Enfin les requêtes spécifiques et
  les accès à d’autres bases
Exploiter les résultats
Liste de résultats dans PubMed
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Plus d’infos

• Diaporama réalisé pour partie grâce aux
  documents suivants, à consulter pour plus
  d’infos

• HOSPICES CIVILS DE LYON, Manuel d’utilisa
• MOUILLET, Evelyne, PubMed 2009
À bientôt à la bibliothèque !

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  • 1. Fonctions avancées Contact : david.benoist[at]upmc.fr
  • 2. Fonctions avancées présentées • Le MeSH • Recherche étape par étape • Nouvelle recherche avancée • Exploiter les résultats • Compte personnel MyNCBI
  • 3. PubMed / MedLine : présentation - MEDLINE (Medical Literature Analysis and Retrieval System Online) - Base de données bibliographiques (= références d’articles ≠ texte des articles) en sciences biologiques et biomédicales - Base gérée et mise à jour par la bibliothèque nationale de médecine des États-Unis (
  • 4. PubMed / MedLine : contenu - MedLine = le contenu (base de données) ≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine + autres bases) - 19 millions d’articles, tirés de 5 000 revues, depuis les années 1950 - Une centaine de titres français - Liste des revues : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#J
  • 5. PubMed via JUBIL PubMed est accessible gratuitement sur Internet mais si on passe par JUBIL pour s’y connecter : On garde l’interface classique + lien vers texte intégral si nos bibliothèques sont abonnées
  • 7. PubMed via JUBIL Accès distant possible, quand on se connecte depuis chez soi ou dans son service !
  • 9. Interroger PubMed • Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais • Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH • MeSH pour Medical Subject Headings • Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome= Mongolism) + permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier
  • 10. Qu’est-ce que le MeSH ? - Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux, répartis en 16 grandes catégories - Mise à jour annuelle - Traduction française par l’INSERM
  • 11. Le MeSH est accessible via PubMed
  • 12. Des tutoriels sur le MeSH
  • 13. Exemple d’un terme dans l’arborescence du MeSH (on part du général pour arriver au plus précis)
  • 14. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences
  • 15. Une recherche dans l’idéal : Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français • On détermine un mot-clef intéressant en français • On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le MeSH français • Le site du CISMeF propose la traduction française du vocabulaire MeSH
  • 16. Équivalent du mot-clef dans le MeSH français : http://www.cismef.org/ • On se rend sur le site du CISMeF, onglet Terminologie
  • 17. Exemple : moelle épinière
  • 18. Étape 2 : On utilise le terme MeSH anglais dans la rubrique MeSH de PubMed
  • 19. Étape 3 : On choisit le terme MeSH correspondant
  • 20. Étape 4 : on limite éventuellement la recherche en cochant des qualificatifs
  • 21. Les qualificatifs du MeSH Le MeSH comprend 83 qualificatifs Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé qu’avec certains qualificatifs AB Abnormalities EM Embryology PP Physiopathology AD Administration and Dosage EN Enzymology PO Poisoning AE Adverse Effects EP Epidemiology PC Prevention and Control AG Agonists ES Ethics PX Psychology AA Analogs and Derivatives EH Ethnology RE Radiation Effects AN Analysis ET Etiology RA Radiography AH Anatomy and Histology GE Genetics RI Radionuclide Imaging AI Antagonists and Inhibitors GD Growth and Development RT Radiotherapy BI Biosynthesis HI History RH Rehabilitation BS Blood Supply IM Immunology SC Secondary BL Blood IN Injuries SE Secretion CF Cerebrospinal Fluid IR Innervation ST Standards CS Chemical Synthesis IS Instrumentation SN Statistics and Numerical Data CI Chemically Induced IP Isolation and Purification SD Supply and Distribution CH Chemistry LJ Legislation and Jurisprudence SU Surgery CL Classification MA Manpower TU Therapeutic Use CO Complications ME Metabolism TH Therapy CN Congenital MT Methods TO Toxicity CT Contraindications MI Microbiology TM Transmission CY Cytology MO Mortality TR Transplantation DF Deficiency NU Nursing TD Trends DI Diagnosis OG Organization and Administration US Ultrasonography DU Diagnostic Use PS Parasitology UL Ultrastructure DH Diet Therapy PY Pathogenicity UR Urine DE Drug Effects PA Pathology UT Utilization DT Drug Therapy PK Pharmacokinetics VE Veterinary EC Economics PD Pharmacology VI Virology ED Education PH Physiology
  • 22. Major topic et explosion • 2 options • « Major topic » : limite la recherche aux articles ayant pour sujet principal le terme recherché • « Ne pas exploser » : ne pas récupérer les articles indexés avec des termes situés en- dessous dans l’arborescence MeSH
  • 23. Étape 5 : on envoie dans la fenêtre de recherche…
  • 24. Étape 6 : on lance la recherche
  • 25. Pourquoi utiliser le MeSH ? • Recherche dans PubMed – Avec « moelle épinière » : 2 articles seulement – Avec « moelle spinale » : 1 article seulement – Avec « spinal cord » (directement) : plus de 130 000 articles – Avec « spinal cord [MeSH] » : 67 000 articles – Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » : 2 300 articles
  • 26. Combiner les termes recherchés • Opérateurs booléens (en majuscules) AND / OR / NOT • (AND) par défaut (en majuscule !) • Troncature (transpl*) + guillemets (« kidney allograft ») + parenthèses
  • 27. PubMed : stopwords • Mots courants non indexés :
  • 28. PubMed : mapping • Termes recherchés directement, sans guillemets et sans passer par le MeSH = PubMed vérifie, dans l’ordre – dans le MeSH – dans les revues – dans les auteurs Correspondance automatique des termes (ATM = Automatic Term Mapping)
  • 29. Chercher un auteur • Rentrer son nom et l’initiale de son prénom • PubMed comprend qu’on cherche une personne
  • 32. Nouvelle recherche avancée • Regroupe les onglets suivants (autrefois présents sur la page principale)
  • 34. D’abord, une fenêtre de recherche
  • 35. Puis l’historique • Équivalent de l’onglet « history » • Historique automatique, conservé 8 heures
  • 36. Puis l’équivalent de l’ancien « Single Citation Matcher » • Recherche par auteur / revue / date • Pour retrouver une référence d’article précise • D’autres champs disponibles en cliquant sur le bouton jaune
  • 37. Recherche d’un article précis • Champs titre de l’article / vol. / n° / pages
  • 38. Puis les limites • Reprend l’onglet « Limits » • Limiter le nombre de résultats (par langue, type de document, population, etc.)
  • 39. Puis la recherche par clefs d’index • Reprend l’onglet « Preview / index »
  • 40. Preview / Index • On choisit le champ de recherche à gauche • L’index s’affiche avec le nombre de références correspondantes • On sélectionne les termes et on clique sur « add to search box » avec un booléen pour envoyer vers la fenêtre de recherche
  • 41. Preview / Index avec MeSH 1 2 3 4
  • 42. Preview / Index avec auteur 1 2 3 4
  • 43. Enfin les requêtes spécifiques et les accès à d’autres bases
  • 45. Liste de résultats dans PubMed
  • 46. Changer d’affichage • Par défaut : Summary = auteurs + titre + PMID + niveau d’indexation • Abstract : résumé + lien vers PDF • Citation : voir indexation MeSH • MEDLINE : export vers bibliographie ( EndNote, Zotero…)
  • 47. Affichage Abstract : liens vers PDF
  • 49. Création de compte gratuit : My NCBI • Intérêts : – Sauvegarder ses résultats – Sauvegarder ses recherches habituelles – Créer des alertes (RSS ou courriel) – Appliquer des filtres automatiques sur les résultats
  • 50. Création de compte gratuit : My NCBI
  • 51. Création de compte gratuit : My NCBI
  • 52. Création de filtres pour les recherches
  • 53. On choisit PubMed dans la liste…
  • 54. On cherche le filtre JUBIL
  • 56. Les résultats sont triés • JUBIL : articles parus dans des revues accessibles en ligne via JUBIL (5 000 revues) • ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP (300 revues) • ifrbinslib: articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm
  • 57. Liens vers les PDF Ne fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’université ou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL)
  • 58. Plus d’infos • Diaporama réalisé pour partie grâce aux documents suivants, à consulter pour plus d’infos • HOSPICES CIVILS DE LYON, Manuel d’utilisa • MOUILLET, Evelyne, PubMed 2009
  • 59. À bientôt à la bibliothèque !