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PubMed / MedLine :
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5 000 revues, depuis les années 1950

- Une centaine de titres français

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•   Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs
    hiérarchisés : le MeSH

•   MeSH pour Medical Subject Headings

•  Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down
   Syndrome = Mongolism)
+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles :
   exemple de la revue Cell ou du docteur Cell
+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général
   au particulier



                              12
Qu’est-ce que le MeSH ?

- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories

- Mise à jour annuelle

- Traduction française
par l’INSERM




                         13
Le MeSH est accessible via PubMed




                14
Des tutoriels sur le MeSH




           15
Exemple d’un terme dans
l’arborescence du MeSH (on part du
 général pour arriver au plus précis)




                 16
Un même terme peut appartenir à
    plusieurs arborescences
Une recherche dans l’idéal :

Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français

• On détermine un mot-clef intéressant en
  français

• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
  MeSH français

• Le site du CISMeF propose la traduction
  française du vocabulaire MeSH


                         18
Équivalent du mot-clef dans le MeSH
  français : http://pts.chu-rouen.fr




                 19
Exemple : moelle épinière




           20
Place du terme dans l’arborescence
              MeSH




                21
Étape 2 : choix des qualificatifs




              22
Les qualificatifs du MeSH
                Le MeSH comprend 83 qualificatifs

                Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé
                qu’avec certains qualificatifs
AB   Abnormalities                EM   Embryology                        PP   Physiopathology
AD   Administration and Dosage    EN   Enzymology                        PO   Poisoning
AE   Adverse Effects              EP   Epidemiology                      PC   Prevention and Control
AG   Agonists                     ES   Ethics                            PX   Psychology
AA   Analogs and Derivatives      EH   Ethnology                         RE   Radiation Effects
AN   Analysis                     ET   Etiology                          RA   Radiography
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CF   Cerebrospinal Fluid          IR   Innervation                       ST   Standards
CS   Chemical Synthesis           IS   Instrumentation                   SN   Statistics and Numerical Data
CI   Chemically Induced           IP   Isolation and Purification        SD   Supply and Distribution
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EC   Economics                    PD   Pharmacology                      VI   Virology
ED   Education                    PH   Physiology




                                                    23
Pourquoi utiliser le MeSH ?
• Recherche dans PubMed
   – Avec « moelle épinière » : 85 articles seulement
   – Avec « moelle spinale » : 1 article seulement
   – Avec « spinal cord » (directement) :
       plus de 145 000 articles
   – Avec « spinal cord [MeSH] » : 73 000 articles
   – Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » :
       2 600 articles




                                  24
Combiner les termes recherchés


• Opérateurs booléens (en majuscules)
              AND / OR / NOT

• (AND) par défaut (en majuscule !)

• Troncature (transpl*) + guillemets
(« kidney allograft »)
                      25
Liste de résultats dans PubMed




             26
Les limites…




     27
Limiter le nombre de résultats (par langue, type de
             document, population…)




                        28
Consulter les articles trouvés

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2011 Master Rim
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Du Soins Palliatifs 2009 2
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2010 Orthophonistes 1re Annee
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End Note Web Orthos4 2010
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Pub Med Apprentissage 2011

  • 1. Apprentissage en français Université Pierre- et-Marie-Curie Formation_Bu_Medecine (at)scd.upmc.fr www.upmc.fr
  • 2. JUBIL, portail des bibliothèques de l’UPMC 2
  • 3. Trouver des revues en ligne : liste AZ 3
  • 4. Accès distant pour accéder de l’extérieur
  • 5. Bases de données bibliographiques • Si on cherche des articles sans savoir dans quelle revue on va les trouver : • ATTENTION : Les catalogues des bibliothèques ne répertorient que des titres de revues, pas des titres d’articles • Il faut passer par des bases de données bibliographiques : PubMed, Web of Science… 5
  • 6. PubMed / MedLine : présentation - MEDLINE (Medical Literature Analysis and Retrieval System Online) - Base de données bibliographiques (= références d’articles ≠ texte des articles) en sciences biologiques et biomédicales - Base gérée et mise à jour par la bibliothèque nationale de médecine des États-Unis (NLM) 6
  • 7. PubMed / MedLine : contenu - MedLine = le contenu (base de données) ≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine + autres bases) - 21 millions de références d’articles, tirés de 5 000 revues, depuis les années 1950 - Une centaine de titres français - Liste des revues : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#JournalLists 7
  • 8. PubMed via JUBIL PubMed est accessible gratuitement sur Internet mais si on passe par JUBIL pour s’y connecter : On garde l’interface classique + lien vers texte intégral si nos bibliothèques sont abonnées 8
  • 10. PubMed via JUBIL Accès distant possible, quand on se connecte depuis chez soi ou dans son service ! 10
  • 12. Interroger PubMed • Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais • Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH • MeSH pour Medical Subject Headings • Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism) + permet de chercher sur le sujet seulement des articles : exemple de la revue Cell ou du docteur Cell + permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier 12
  • 13. Qu’est-ce que le MeSH ? - Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux, répartis en 16 grandes catégories - Mise à jour annuelle - Traduction française par l’INSERM 13
  • 14. Le MeSH est accessible via PubMed 14
  • 15. Des tutoriels sur le MeSH 15
  • 16. Exemple d’un terme dans l’arborescence du MeSH (on part du général pour arriver au plus précis) 16
  • 17. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences
  • 18. Une recherche dans l’idéal : Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français • On détermine un mot-clef intéressant en français • On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le MeSH français • Le site du CISMeF propose la traduction française du vocabulaire MeSH 18
  • 19. Équivalent du mot-clef dans le MeSH français : http://pts.chu-rouen.fr 19
  • 20. Exemple : moelle épinière 20
  • 21. Place du terme dans l’arborescence MeSH 21
  • 22. Étape 2 : choix des qualificatifs 22
  • 23. Les qualificatifs du MeSH Le MeSH comprend 83 qualificatifs Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé qu’avec certains qualificatifs AB Abnormalities EM Embryology PP Physiopathology AD Administration and Dosage EN Enzymology PO Poisoning AE Adverse Effects EP Epidemiology PC Prevention and Control AG Agonists ES Ethics PX Psychology AA Analogs and Derivatives EH Ethnology RE Radiation Effects AN Analysis ET Etiology RA Radiography AH Anatomy and Histology GE Genetics RI Radionuclide Imaging AI Antagonists and Inhibitors GD Growth and Development RT Radiotherapy BI Biosynthesis HI History RH Rehabilitation BS Blood Supply IM Immunology SC Secondary BL Blood IN Injuries SE Secretion CF Cerebrospinal Fluid IR Innervation ST Standards CS Chemical Synthesis IS Instrumentation SN Statistics and Numerical Data CI Chemically Induced IP Isolation and Purification SD Supply and Distribution CH Chemistry LJ Legislation and Jurisprudence SU Surgery CL Classification MA Manpower TU Therapeutic Use CO Complications ME Metabolism TH Therapy CN Congenital MT Methods TO Toxicity CT Contraindications MI Microbiology TM Transmission CY Cytology MO Mortality TR Transplantation DF Deficiency NU Nursing TD Trends DI Diagnosis OG Organization and Administration US Ultrasonography DU Diagnostic Use PS Parasitology UL Ultrastructure DH Diet Therapy PY Pathogenicity UR Urine DE Drug Effects PA Pathology UT Utilization DT Drug Therapy PK Pharmacokinetics VE Veterinary EC Economics PD Pharmacology VI Virology ED Education PH Physiology 23
  • 24. Pourquoi utiliser le MeSH ? • Recherche dans PubMed – Avec « moelle épinière » : 85 articles seulement – Avec « moelle spinale » : 1 article seulement – Avec « spinal cord » (directement) : plus de 145 000 articles – Avec « spinal cord [MeSH] » : 73 000 articles – Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » : 2 600 articles 24
  • 25. Combiner les termes recherchés • Opérateurs booléens (en majuscules) AND / OR / NOT • (AND) par défaut (en majuscule !) • Troncature (transpl*) + guillemets (« kidney allograft ») 25
  • 26. Liste de résultats dans PubMed 26
  • 28. Limiter le nombre de résultats (par langue, type de document, population…) 28
  • 29. Consulter les articles trouvés • Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL) • En ligne, sur les postes des bibliothèques • Et maintenant de chez vous, via l’accès distant 29
  • 30. Lien direct vers le PDF ? • Quand on est sur un ordinateur de l’université • OU connecté en accès distant via JUBIL • ET SI l’université est abonnée aux revues en ligne où est paru l’article recherché • Alors icône pour accès direct au PDF 30
  • 32. FIN Merci de votre attention

Notes de l'éditeur

  1. 8h40 Présentation : David Benoist, conservateur adjoint de la bibliothèque de la Pi tié-Salpêtrière