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Mars 2017
David Benoist (david.benoist@biusante.parisdescartes.fr)
 Archives ouvertes en médecine...
* PubMed Central
* HAL
* OpenDOAR
* ROAR
* ROAD
* BASE
 Trouver des articles en libre accès
* DOAJ
* Google Scholar
* FreeFullPDF
* The Free Library
* Autres sources...
 Autres moyens pour trouver des articles
Archives ouvertes en médecine :
trouver des articles en texte intégral en libre accès
Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
2
PubMed Central
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
Archive ouverte
États-Unis
National Library of Medicine (2000) - héberge aussi PubMed
Près de 4 millions d’articles médicaux (seule archive purement
dans ce domaine)
2 revues au départ : PNAS: Proceedings of the National Acade-
my of Sciences et Molecular Biology of the Cell.
En 2016, près de 2.000 revues qui déposent tous leurs articles.
Plus de 4.000 qui déposent seulement une partie.
Liste des revues : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/
La plupart des articles ne sont pas libres, même si accessibles librement (Copyright ou Creative Commons).
Obligation anglo-saxonne de déposer les articles émanant d’une recherche financée par le secteur public.
Fonctionne comme PubMed : équation de recherche avec le MeSH.
Formats de lecture plus originaux, adaptés aux petits écrans : PubReader + ePub.
Dans PubMed le filtre par défaut « Free Full Text » permet de trouver les documents PMC et d’autres documents en OA.
Mais dans PMC on trouve des types de documents qui ne sont pas signalés dans PubMed (critiques d’ouvrages par ex.).
Deux petits frères :
 Europe PMC (ex UK PubMed Central jusqu’en 2012),
 PubMed Central Canada (depuis 2009).
Les mêmes articles dans les trois, sauf si restrictions.
Des bonus régionaux en plus de PMC.
Attention, ne pas confondre PubMed Central avec Biomed Central (éditeur OA racheté par Springer).
Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
3
HAL (Hyper articles en ligne)
https://hal.archives-ouvertes.fr
Archive ouverte
France
CCSD (Centre pour la communication scientifique directe—CNRS)(2001)
+ 400.000 articles, thèses, chapitres de livres, communications, posters... (toutes disciplines)
Principe de l’auto-archivage, même si de plus en plus proposé par les BU dans les « services aux chercheurs ».
Certains institutions (Inserm, CNRS…) obligent leurs équipes à déposer les références de leurs publications dans HAL (= pas forcé-
ment de texte intégral).
Nombreuses facettes dans les résultats :
 Type de document
 Auteur
 Discipline
 Structure de rattachement
 Langue
 Type de dépôt
 Année
Nouvelles fonctionnalités (version 3) lancées fin 2014 :
 Possibilité de se créer un CV en ligne avec ses
publications, sa photo,
 Les liens vers ses comptes de réseaux sociaux,
 Ses identifiants scientifiques : Orcid, IdRef…,
 Possibilité de déposer sous Creative Commons,
 Statistiques précises par dépôts
Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
4
OpenDOAR
(Directory of Open Access Repositories)
http://opendoar.org/
Annuaire d’archives ouvertes
Royaume-Uni
Université de Nottingham (2003) - héberge aussi Sherpa / Roméo
Annuaire de serveurs d'archives ouvertes, mais aussi images, sets de données… (toutes disciplines)
On peut chercher :
 Des sites d’archives ouvertes (pour trouver
par exemple toutes les versions de HAL en
France).
 Ou directement dans le texte intégral des
documents contenus dans ces archives (pas
prévu au départ).
Ressemble à Google car… c’est un Google Cus-
tom Search ! (n’importe qui peut en créer un).
Astuces de recherche de Google fonctionnent
donc :
site:cnrs.fr purpura
Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
5
ROAR
(Registry of Open Access Repositories)
http://roar.eprints.org/
Annuaire d’archives ouvertes
Royaume-Uni
Université de Southampton (2003)
Annuaire de serveurs d'archives ouvertes, mais aussi quelques revues en Open Access… (toutes disciplines)
Différences avec Open DOAR :
 Principe de l’auto-enregistrement
 Pas de possibilité de recherche par langue ou sujet
 Moins de sites répertoriés en médecine (160 contre
325)
Encore un Google Custom Search !
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ROAD
(Directory of Open Access Scholarly Resources)
http://road.issn.org/
Annuaire de ressources en OA possédant un ISSN
France
Centre International d’Enregistrement des Publications en Série (2013)
Près de 2 millions de revues, séries de monographies, réservoirs d’archives ouvertes, actes de congrès, blogs (toutes disciplines)
Annuaire de ressources en OA avec un ISSN…
Un accès par thématiques avec près de 4.000 ressources en
médecine.
Beaucoup d’options dans la recherche avancée et les filtres.
Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
7
BASE (Bielefeld Academic Search Engine)
http://www.base-search.net/
Agrégateur de bibliothèques numériques
Allemagne, Rhénanie du Nord-Westphalie
Université de Bielefeld (2004)
+ 100 millions de documents académiques, dont thèses, articles, images, etc., beaucoup de documents en libre accès (toutes disci-
plines)
BASE effectue l'indexation automatique de bibliothèques numériques utilisant le protocole Open Archives Initiative Protocol for Metada-
ta Harvesting (OAI-PMH) + sélection de ressources.
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 Interface conviviale en français.
 Interrogeable via le KVK - Karlsruhe
Virtual Catalog (comme le DOAJ /
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 Documents du Web profond (non in-
dexés par les moteurs de recherches).
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 Zotero compatible.
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DOAJ
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Base de données bibliographiques
Suède
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Plus de 2 millions d’articles (toutes disciplines)
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Recense les périodiques scientifiques en ligne qui correspondent à des critères de qualité et de libre accès :
 Articles en texte intégral
 En libre accès (accès gratuit)
 Dans des revues dont la qualité est contrôlée ("scholarly journals", avec comité de lecture).
Critères d’acceptation des revues relevés en mars 2015
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Formulaire de recherche un peu rudimentaire rattrapé par de multiples facettes ensuite.
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Google Scholar
scholar.google.fr
Moteur de recherche de documents académiques
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Google (2004)
160 millions d’articles en 2014 ? (toutes disciplines)
Pas de liste de sources (mais indexe des sites personnels de chercheurs)
Astuces de Google fonctionnent : site:cat.inist.fr
 Opérateur AND par défaut, pas de troncature.
 Citations propres à un document.
 [CITATION] : article cité par d’autres articles mais non trouvé en ligne
par Google Scholar .
 Lien vers le PDF / HTML quand disponible.
 Possibilités d’export des références (et compatible Zotero).
Documents gratuits mais aussi parfois des payants !
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 Peu de possibilités d’affinage et d’exploitation des résultats (mais cherche
dans le texte intégral).
 Nombreuses erreurs dans les références.
Nouvelles fonctions lorgnant vers la bibliométrie (utile à montrer à vos lecteurs !)… comme sur HAL… : http://www.bibl.ulaval.ca/aide
-a-la-recherche/formations-et-tutoriels/guide-google-scholar
 Ma bibliothèque (les références que vous choisissez de sauvegarder).
 Mes citations.
 Mes alertes : se créer des alertes sur un sujet ou des alertes quand un article précis est cité.
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FreeFullPDF
http://www.freefullpdf.com
Moteur de recherche de PDF scientifiques
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KnowMade SARL (2011?)
80 millions d’articles, thèses, brevets, posters… (toutes disciplines)
Pas de liste de sources ni de sélection possible sur la santé (beaucoup de pages de chercheurs ?)
Google Custom Search.
Indexerait des documents qui ne sont pas dans Google Scholar.
Mais problème de la publicité.
Cherche dans texte intégral des PDF.
Autocomplétion des requêtes en fonction de termes extraits
des documents indexés.
Guillemets, troncatures, AND et OR, synonymes et acronymes
gérés.
Tri possible sur les résultats, avec onglet « thesis » ou
« review » ou « clinical trial ».
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11
The Free Library
Thefreelibrary.com
Moteur de recherche de documents gratuits
États-Unis
Farlex (2003)
30 millions de livres ou articles (toutes disciplines)
Seulement des livres libres de droits au départ.
Puis ajout d’articles (remonte jusqu’en 1983).
Beaucoup d’articles récents, dans tous les domaines.
Surtout des articles orientés business (pharmacie…).
Interface personnalisable (à la NetVibes).
On peut chercher un titre de revue en cochant « title » ou lister les sources par ex. en « Health, general » :
http://www.thefreelibrary.com/Health-p1+Health
Encore un Google Search. Avec aussi le problème de la publicité.
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12
Autres sources à tester
Paperity (http://paperity.org/)
Agrégateur de revues et documents « peer-reviewed » en Open Access sur toutes les sciences y compris SHS.
Presque un million d’articles.
OpenAIRE (https://www.openaire.eu/)
Open Access Infrastructure for Research in Europe.
Portail pour les archives ouvertes de tous les pays européens, toutes langues et toutes disciplines.
Des filtres très complets pour chercher. Prometteur mais résultats encore décevants.
Hindawi (http://www.hindawi.com/journals/)
Éditeur de revues scientifiques à comité de lecture en libre accès, dont médecine, avec notamment toute une série de « case reports »
dans toutes les disciplines médicales.
Liste des articles provenant de France : http://www.hindawi.com/countries/fr/
Science Research (http://scienceresearch.com/scienceresearch/)
Moteur de recherche fédérée de Deep Web Technologies.
Couvre Karger, HighWire, les Center for Disease Control, les NIH, l'OMS, Springer, PubMed et PMC, les PNAS, Mayo Clinic,
BioMedCentral, Cochrane, ClinicalTrials etc.
Recherche avancée avec choix possible des sources d'emblée.
PDF indiqués dans la liste de résultats si disponibles. Tris par facettes.
Excellent moteur MAIS tous les documents ne sont pas libres. Inclut aussi des documents grand public.
Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
13
Trouver des articles… par d’autres moyens...
Contacter les auteurs
 Pages institutionnelles (labo),
 Mails dans PubMed (rubrique « Author Information » dans la référence),
 Sur Google : « Prénom Non » + nom de l’institution,
 Sur Twitter.
Réseaux sociaux académiques
ResearchGate, le plus important.
Mais il y en a d’autres : Academia (demandes de rétractation d’Elsevier), Mendeley, Zotero, Facebook…
ResearchGate est un réseau social académique / pour chercheurs.
Inscription gratuite obligatoire (ou via Facebook, LinkedIn)
Dépôt sauvage d’articles, en OA... ou non.
Permet de trouver des PDF ou de les demander à votre réseau (bouton
request).
Contenu indexé dans Google :
site:researchgate.net tissue culture
Inciter vos chercheurs à déposer sur HAL et à faire simplement des liens
depuis ce type de réseaux.
Extensions pour navigateurs
Open Access Button, Unpaywall, Lazy Scholar… et Google Scholar qui
cherche lui en plus dans ResearchGate et Academia...
Listes de diffusion
Bibliosante.
Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
14
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/fr/
Sont autorisées la diffusion et la réutilisation de ce support sous réserve d’en citer
les auteurs et uniquement à des fins non commerciales.
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Archives ouvertes en médecine : Trouver des articles en texte intégral en libre accès

  • 1. 1 Mars 2017 David Benoist (david.benoist@biusante.parisdescartes.fr)  Archives ouvertes en médecine... * PubMed Central * HAL * OpenDOAR * ROAR * ROAD * BASE  Trouver des articles en libre accès * DOAJ * Google Scholar * FreeFullPDF * The Free Library * Autres sources...  Autres moyens pour trouver des articles Archives ouvertes en médecine : trouver des articles en texte intégral en libre accès Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 2. 2 PubMed Central http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ Archive ouverte États-Unis National Library of Medicine (2000) - héberge aussi PubMed Près de 4 millions d’articles médicaux (seule archive purement dans ce domaine) 2 revues au départ : PNAS: Proceedings of the National Acade- my of Sciences et Molecular Biology of the Cell. En 2016, près de 2.000 revues qui déposent tous leurs articles. Plus de 4.000 qui déposent seulement une partie. Liste des revues : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/ La plupart des articles ne sont pas libres, même si accessibles librement (Copyright ou Creative Commons). Obligation anglo-saxonne de déposer les articles émanant d’une recherche financée par le secteur public. Fonctionne comme PubMed : équation de recherche avec le MeSH. Formats de lecture plus originaux, adaptés aux petits écrans : PubReader + ePub. Dans PubMed le filtre par défaut « Free Full Text » permet de trouver les documents PMC et d’autres documents en OA. Mais dans PMC on trouve des types de documents qui ne sont pas signalés dans PubMed (critiques d’ouvrages par ex.). Deux petits frères :  Europe PMC (ex UK PubMed Central jusqu’en 2012),  PubMed Central Canada (depuis 2009). Les mêmes articles dans les trois, sauf si restrictions. Des bonus régionaux en plus de PMC. Attention, ne pas confondre PubMed Central avec Biomed Central (éditeur OA racheté par Springer). Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 3. 3 HAL (Hyper articles en ligne) https://hal.archives-ouvertes.fr Archive ouverte France CCSD (Centre pour la communication scientifique directe—CNRS)(2001) + 400.000 articles, thèses, chapitres de livres, communications, posters... (toutes disciplines) Principe de l’auto-archivage, même si de plus en plus proposé par les BU dans les « services aux chercheurs ». Certains institutions (Inserm, CNRS…) obligent leurs équipes à déposer les références de leurs publications dans HAL (= pas forcé- ment de texte intégral). Nombreuses facettes dans les résultats :  Type de document  Auteur  Discipline  Structure de rattachement  Langue  Type de dépôt  Année Nouvelles fonctionnalités (version 3) lancées fin 2014 :  Possibilité de se créer un CV en ligne avec ses publications, sa photo,  Les liens vers ses comptes de réseaux sociaux,  Ses identifiants scientifiques : Orcid, IdRef…,  Possibilité de déposer sous Creative Commons,  Statistiques précises par dépôts Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 4. 4 OpenDOAR (Directory of Open Access Repositories) http://opendoar.org/ Annuaire d’archives ouvertes Royaume-Uni Université de Nottingham (2003) - héberge aussi Sherpa / Roméo Annuaire de serveurs d'archives ouvertes, mais aussi images, sets de données… (toutes disciplines) On peut chercher :  Des sites d’archives ouvertes (pour trouver par exemple toutes les versions de HAL en France).  Ou directement dans le texte intégral des documents contenus dans ces archives (pas prévu au départ). Ressemble à Google car… c’est un Google Cus- tom Search ! (n’importe qui peut en créer un). Astuces de recherche de Google fonctionnent donc : site:cnrs.fr purpura Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 5. 5 ROAR (Registry of Open Access Repositories) http://roar.eprints.org/ Annuaire d’archives ouvertes Royaume-Uni Université de Southampton (2003) Annuaire de serveurs d'archives ouvertes, mais aussi quelques revues en Open Access… (toutes disciplines) Différences avec Open DOAR :  Principe de l’auto-enregistrement  Pas de possibilité de recherche par langue ou sujet  Moins de sites répertoriés en médecine (160 contre 325) Encore un Google Custom Search ! Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 6. 6 ROAD (Directory of Open Access Scholarly Resources) http://road.issn.org/ Annuaire de ressources en OA possédant un ISSN France Centre International d’Enregistrement des Publications en Série (2013) Près de 2 millions de revues, séries de monographies, réservoirs d’archives ouvertes, actes de congrès, blogs (toutes disciplines) Annuaire de ressources en OA avec un ISSN… Un accès par thématiques avec près de 4.000 ressources en médecine. Beaucoup d’options dans la recherche avancée et les filtres. Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 7. 7 BASE (Bielefeld Academic Search Engine) http://www.base-search.net/ Agrégateur de bibliothèques numériques Allemagne, Rhénanie du Nord-Westphalie Université de Bielefeld (2004) + 100 millions de documents académiques, dont thèses, articles, images, etc., beaucoup de documents en libre accès (toutes disci- plines) BASE effectue l'indexation automatique de bibliothèques numériques utilisant le protocole Open Archives Initiative Protocol for Metada- ta Harvesting (OAI-PMH) + sélection de ressources. Voir la liste des sources (6 français, dont Gallica).  Interface conviviale en français.  Interrogeable via le KVK - Karlsruhe Virtual Catalog (comme le DOAJ / DOAB).  Documents du Web profond (non in- dexés par les moteurs de recherches).  Recherche plein texte.  Facettes de tri.  Envoi par courriel.  Export dans tous formats.  Zotero compatible. Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 8. 8 DOAJ (Directory of Open Access Journals) http://doaj.org/ Base de données bibliographiques Suède Université de Lund (2002) Plus de 2 millions d’articles (toutes disciplines) + 9.000 revues + près de 7.000 pour lesquelles on peut chercher au niveau de l’article Presque 130 pays (toutes les langues) Projet associé à OpenDOAR. Pendant pour les ebooks : DOAB. Recense les périodiques scientifiques en ligne qui correspondent à des critères de qualité et de libre accès :  Articles en texte intégral  En libre accès (accès gratuit)  Dans des revues dont la qualité est contrôlée ("scholarly journals", avec comité de lecture). Critères d’acceptation des revues relevés en mars 2015 On peut cocher seulement « journals » et obtenir une liste de revues par sujets, par ex « pharmacology », « implant* ». Moteur de recherche qui indexe les sites signalés selon le protocole OAI-PMH. Formulaire de recherche un peu rudimentaire rattrapé par de multiples facettes ensuite. Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 9. 9 Google Scholar scholar.google.fr Moteur de recherche de documents académiques États-Unis Google (2004) 160 millions d’articles en 2014 ? (toutes disciplines) Pas de liste de sources (mais indexe des sites personnels de chercheurs) Astuces de Google fonctionnent : site:cat.inist.fr  Opérateur AND par défaut, pas de troncature.  Citations propres à un document.  [CITATION] : article cité par d’autres articles mais non trouvé en ligne par Google Scholar .  Lien vers le PDF / HTML quand disponible.  Possibilités d’export des références (et compatible Zotero). Documents gratuits mais aussi parfois des payants !  Indexation automatique et hétérogène, pas de thesaurus.  Peu de possibilités d’affinage et d’exploitation des résultats (mais cherche dans le texte intégral).  Nombreuses erreurs dans les références. Nouvelles fonctions lorgnant vers la bibliométrie (utile à montrer à vos lecteurs !)… comme sur HAL… : http://www.bibl.ulaval.ca/aide -a-la-recherche/formations-et-tutoriels/guide-google-scholar  Ma bibliothèque (les références que vous choisissez de sauvegarder).  Mes citations.  Mes alertes : se créer des alertes sur un sujet ou des alertes quand un article précis est cité.  Statistiques (h5-index). Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 10. 10 FreeFullPDF http://www.freefullpdf.com Moteur de recherche de PDF scientifiques France KnowMade SARL (2011?) 80 millions d’articles, thèses, brevets, posters… (toutes disciplines) Pas de liste de sources ni de sélection possible sur la santé (beaucoup de pages de chercheurs ?) Google Custom Search. Indexerait des documents qui ne sont pas dans Google Scholar. Mais problème de la publicité. Cherche dans texte intégral des PDF. Autocomplétion des requêtes en fonction de termes extraits des documents indexés. Guillemets, troncatures, AND et OR, synonymes et acronymes gérés. Tri possible sur les résultats, avec onglet « thesis » ou « review » ou « clinical trial ». Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 11. 11 The Free Library Thefreelibrary.com Moteur de recherche de documents gratuits États-Unis Farlex (2003) 30 millions de livres ou articles (toutes disciplines) Seulement des livres libres de droits au départ. Puis ajout d’articles (remonte jusqu’en 1983). Beaucoup d’articles récents, dans tous les domaines. Surtout des articles orientés business (pharmacie…). Interface personnalisable (à la NetVibes). On peut chercher un titre de revue en cochant « title » ou lister les sources par ex. en « Health, general » : http://www.thefreelibrary.com/Health-p1+Health Encore un Google Search. Avec aussi le problème de la publicité. Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 12. 12 Autres sources à tester Paperity (http://paperity.org/) Agrégateur de revues et documents « peer-reviewed » en Open Access sur toutes les sciences y compris SHS. Presque un million d’articles. OpenAIRE (https://www.openaire.eu/) Open Access Infrastructure for Research in Europe. Portail pour les archives ouvertes de tous les pays européens, toutes langues et toutes disciplines. Des filtres très complets pour chercher. Prometteur mais résultats encore décevants. Hindawi (http://www.hindawi.com/journals/) Éditeur de revues scientifiques à comité de lecture en libre accès, dont médecine, avec notamment toute une série de « case reports » dans toutes les disciplines médicales. Liste des articles provenant de France : http://www.hindawi.com/countries/fr/ Science Research (http://scienceresearch.com/scienceresearch/) Moteur de recherche fédérée de Deep Web Technologies. Couvre Karger, HighWire, les Center for Disease Control, les NIH, l'OMS, Springer, PubMed et PMC, les PNAS, Mayo Clinic, BioMedCentral, Cochrane, ClinicalTrials etc. Recherche avancée avec choix possible des sources d'emblée. PDF indiqués dans la liste de résultats si disponibles. Tris par facettes. Excellent moteur MAIS tous les documents ne sont pas libres. Inclut aussi des documents grand public. Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 13. 13 Trouver des articles… par d’autres moyens... Contacter les auteurs  Pages institutionnelles (labo),  Mails dans PubMed (rubrique « Author Information » dans la référence),  Sur Google : « Prénom Non » + nom de l’institution,  Sur Twitter. Réseaux sociaux académiques ResearchGate, le plus important. Mais il y en a d’autres : Academia (demandes de rétractation d’Elsevier), Mendeley, Zotero, Facebook… ResearchGate est un réseau social académique / pour chercheurs. Inscription gratuite obligatoire (ou via Facebook, LinkedIn) Dépôt sauvage d’articles, en OA... ou non. Permet de trouver des PDF ou de les demander à votre réseau (bouton request). Contenu indexé dans Google : site:researchgate.net tissue culture Inciter vos chercheurs à déposer sur HAL et à faire simplement des liens depuis ce type de réseaux. Extensions pour navigateurs Open Access Button, Unpaywall, Lazy Scholar… et Google Scholar qui cherche lui en plus dans ResearchGate et Academia... Listes de diffusion Bibliosante. Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017
  • 14. 14 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/fr/ Sont autorisées la diffusion et la réutilisation de ce support sous réserve d’en citer les auteurs et uniquement à des fins non commerciales. Bibliothèque interuniversitaire de Santé— URFIST de Paris — Mars 2017