Le document fournit un guide détaillé sur l'utilisation de PubMed et d'autres outils de recherche en santé, y compris des bases de données, des revues et des techniques de recherche. Il explique l'importance du vocabulaire MeSH pour affiner les recherches et présente des exemples de requêtes ainsi que des stratégies pour accéder aux articles. Enfin, il souligne la possibilité de créer des comptes pour une utilisation optimale et la sauvegarde des recherches.

1. Orthophonistes 3e année
PubMed
Université Pierre-
et-Marie-Curie
Formation_Bu_Medecine
(at)scd.upmc.fr
www.upmc.fr

2. • Élaborer une stratégie de recherche
• Les outils de recherche
– Recherche sur Internet
– Catalogues de bibliothèques
– Ebooks et revues en ligne
– Bases de données : EM-Premium, banque de
données de l’UNADREO, base Saphir,
SantéPsy, PsycINFO + Pascal (aperçu),
Science Direct, Web of Science
– PubMed 2

3. PubMed / MedLine :
présentation
- MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographiques
(= références d’articles ≠ texte des articles) en
sciences biologiques et biomédicales
- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis (NLM)
3

4. PubMed / MedLine : contenu
- MedLine = le contenu (base de données)
≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine
+ autres bases)
- 20 millions de références d’articles, tirés de
5 000 revues, depuis les années 1950
- Une centaine de titres français
4

5. Liste des revues
5

6. Chercher une revue
6

7. Trouver le titre abrégé
7

8. PubMed via JUBIL
PubMed est accessible gratuitement sur
Internet mais si on passe par JUBIL pour
s’y connecter :
On garde l’interface classique
+ lien vers texte intégral si nos
bibliothèques sont abonnées
8

9. PubMed via JUBIL
9

10. PubMed via JUBIL
Accès distant possible, quand on se connecte
depuis chez soi ou dans son service !
10

11. Interroger PubMed
• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais
• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs
hiérarchisés : le MeSH
• MeSH pour Medical Subject Headings
• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down
Syndrome = Mongolism)
+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles : exemple de
la revue Cell ou du docteur Cell
+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au
particulier
11

12. Qu’est-ce que le MeSH ?
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
- Traduction française
par l’INSERM
12

13. Exemple d’un terme dans
l’arborescence du MeSH (on part du
général pour arriver au plus précis)
13

14. Un même terme peut appartenir à
plusieurs arborescences

15. Le MeSH est accessible via PubMed
15

16. Recherche en anglais
Ex. de recherche sur le troubles de la
parole
En anglais : Speech Disorders
16

17. On cherche le terme dans le MeSH
17

18. Détail d’un terme MeSH
18

19. Choix du qualificatif et
construction de la requête
19

20. Termes majeurs / Explosion
20

21. Les qualificatifs du MeSH
Le MeSH comprend 83 qualificatifs
Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé
qu’avec certains qualificatifs
AB Abnormalities EM Embryology PP Physiopathology
AD Administration and Dosage EN Enzymology PO Poisoning
AE Adverse Effects EP Epidemiology PC Prevention and Control
AG Agonists ES Ethics PX Psychology
AA Analogs and Derivatives EH Ethnology RE Radiation Effects
AN Analysis ET Etiology RA Radiography
AH Anatomy and Histology GE Genetics RI Radionuclide Imaging
AI Antagonists and Inhibitors GD Growth and Development RT Radiotherapy
BI Biosynthesis HI History RH Rehabilitation
BS Blood Supply IM Immunology SC Secondary
BL Blood IN Injuries SE Secretion
CF Cerebrospinal Fluid IR Innervation ST Standards
CS Chemical Synthesis IS Instrumentation SN Statistics and Numerical Data
CI Chemically Induced IP Isolation and Purification SD Supply and Distribution
CH Chemistry LJ Legislation and Jurisprudence SU Surgery
CL Classification MA Manpower TU Therapeutic Use
CO Complications ME Metabolism TH Therapy
CN Congenital MT Methods TO Toxicity
CT Contraindications MI Microbiology TM Transmission
CY Cytology MO Mortality TR Transplantation
DF Deficiency NU Nursing TD Trends
DI Diagnosis OG Organization and Administration US Ultrasonography
DU Diagnostic Use PS Parasitology UL Ultrastructure
DH Diet Therapy PY Pathogenicity UR Urine
DE Drug Effects PA Pathology UT Utilization
DT Drug Therapy PK Pharmacokinetics VE Veterinary
EC Economics PD Pharmacology VI Virology
ED Education PH Physiology
21

22. Combinaison avec un autre terme
22

23. Combinaison avec un autre terme
23

24. 24

25. Chercher à partir du français
Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français
• On détermine un mot-clef intéressant en
français
• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
MeSH français
• Le site du CISMeF propose la traduction
française du vocabulaire MeSH
25

26. Équivalent du mot-clef dans le MeSH
français : http://pts.chu-rouen.fr
26

27. Exemple : troubles de la parole
27

28. Place du terme dans l’arborescence MeSH
28

29. Étape 2 : choix des qualificatifs
29

30. Étape 3 : on lance la recherche depuis CISMeF
30

31. Intérêt du CISMeF : les articles récents
• Ex. de recherche sur les thérapies pour l’écholalie
31

32. Intérêt du CISMeF : les articles récents
• Ex. de recherche sur les thérapies pour l’écholalie
• Terme Mesh : Echolalia
• Formule de recherche standard :
• "echolalia/therapy"[MH]
• CISMeF : "echolalia/therapy"[MH] OR ((("mixed dysarthrias"[TIAB] OR "mixed
dysarthria"[TIAB] OR "stutter"[TIAB] OR "stammering"[TIAB] OR "echo reaction"[TIAB] OR
"logorrhoea"[TIAB] OR "slurring"[TIAB] OR "aprosodia"[TIAB] OR "dysarthrias"[TIAB] OR
"developmental stuttering"[TIAB] OR "verbal fluency disorders"[TIAB] OR "flaccid
dysarthria"[TIAB] OR "slurred speech"[TIAB] OR "speech disorder"[TIAB] OR "stuttering"[TIAB]
OR "dyslalias"[TIAB] OR "childhood stuttering"[TIAB] OR "aprosodias"[TIAB] OR "scanning
dysarthria"[TIAB] OR "dyslalia"[TIAB] OR "dysglossia"[TIAB] OR "cluttering"[TIAB] OR
"aprosodic speech"[TIAB] OR "dysarthria"[TIAB] OR "speech disorders"[TIAB] OR "acquired
stuttering"[TIAB] OR "echolalia"[TIAB] OR "rhinolalia"[TIAB] OR "spastic dysarthria"[TIAB] OR
"adult stuttering"[TIAB] OR "rhinolalias"[TIAB] OR "volubility"[TIAB]) AND ("therapy"[TIAB] OR
"disease management"[TIAB] OR "therapeutic"[TIAB] OR "treatments"[TIAB] OR
"treatment"[TIAB] OR "therapeutic procedure"[TIAB] OR "th"[TIAB] OR "therapeutics"[TIAB]))
NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb]))
32

33. Sans CISMeF
33

34. Avec CISMeF
34

35. Recherches très spécifiques avec
des termes absents du MeSH
• Utiliser [TIAB] = recherche du terme dans
les titres et résumés des articles
• Ex. : dose intégrale en radiothérapie :
« integral dose »
– "integral dose" [TIAB] : 312 résultats
– "integral dose" [TIAB] AND radiosurgery [MH]
: 23 résultats
35

36. Les limites…
36

37. Limiter le nombre de résultats (par langue, type de
document, population…)
37

38. Pourquoi utiliser le MeSH ?
• Recherche dans PubMed
– Avec « moelle épinière » : 56 articles seulement
– Avec « moelle spinale » : 2 articles seulement
– Avec « spinal cord » (directement) :
plus de 142 000 articles
– Avec « spinal cord [MeSH] » : 72 000 articles
– Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » :
2 600 articles
38

39. Combiner les termes recherchés
• Opérateurs booléens (en majuscules)
AND / OR / NOT
• (AND) par défaut (en majuscule !)
• Troncature (transpl*) + guillemets
(« kidney allograft »)
39

40. Consulter les articles trouvés
• Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)
• En ligne, sur les postes des bibliothèques
• Et maintenant de chez vous, via l’accès
distant
40

41. Exemple d’article accessible
41

42. Chercher un auteur
• Rentrer son nom et l’initiale de son prénom
• PubMed comprend qu’on cherche une personne
42

43. Alertes et historiques
• Fil RSS sur une recherche
• Historique automatique, conservé 8 heures,
accessible via la recherche avancée
43

44. « Single Citation Matcher »
• Recherche par auteur / revue / date
• Pour retrouver une référence d’article précise
44
Utilisation optimale documentation médicale

45. Création de compte gratuit : My NCBI
Intérêts :
– Sauvegarder ses résultats
– Sauvegarder ses recherches habituelles
– Créer des alertes (RSS ou courriel)
– Appliquer des filtres automatiques sur les
résultats
45

46. Création de compte gratuit : My NCBI
46

47. Création de compte gratuit : My NCBI
47

48. Création de filtres pour les recherches
48

49. Création de filtres pour les recherches
49

50. On cherche le filtre JUBIL
50

51. Les résultats sont triés
51
Utilisation optimale documentation médicale

52. Les résultats sont triés
• JUBIL : articles parus dans des revues
accessibles en ligne via JUBIL (5 500 revues)
• ifrhplib : articles parus dans des revues
accessibles via l’APHP (300 revues)
• ifrbinslib : articles parus dans des articles
accessibles sur biblioInserm
52

53. Liens vers les PDF
Ne fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’université
ou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL)
53

54. Avant de partir…
Un petit questionnaire d’évaluation de la
formation, qui se remplit en 2 minutes :
www.tinyurl.com/formmedupmc
Merci d’avance
54

55. FIN
Merci de votre attention