L'atelier présente l'utilisation de PubMed et Medline pour la recherche bibliographique, en se concentrant sur des outils comme le thésaurus MeSH et les différentes fonctionnalités de recherche. Il détaille comment optimiser les requêtes de recherche à l'aide de qualificatifs et d'opérateurs booléens, tout en expliquant l'importance de l'archivage et de la sauvegarde des résultats. Enfin, il aborde les possibilités offertes par le compte My NCBI pour personnaliser les recherches et recevoir des alertes.

1. Atelier
« Recherche bibliographique : fils
RSS, Web of Science et outils
spécialisés par discipline »
PubMed
Dernière mise à jour : 16/02/2015 - Auteur : Frédérique Flamerie

2. Base de données spécialisée : PubMed
1. PubMed et Medline
2. Le thésaurus MeSH
3. Recherche MeSH à
partir de l’interface
NLM
4. Exploitation des
résultats
5. Recherche avancée
6. Le compte MyNCBI
Par Michael Y. Kuhn Source : Flickr

3. PubMed - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/
NLM (National Library of Medecine) et NIH (National
Institutes of Health)
 Sciences biomédicales, santé, sciences de la vie,
sciences chimiques, bio ingénierie, principalement
Medline + autres références (articles non encore indexés par
la NLM, certaines des revues qui déposent dans PubMed
Central)
 Plus de 22 millions de notices
 Remonte à 1946
 Bases liées : Nucleotide, OMIM, Books, Genome Project,
PubChem, etc.
1. PubMed et Medline

4. 1. PubMed et Medline
Jubil >
Ressources en
lignes > Les
bases de
données

5. 1. PubMed-UPMC
PubMed est accessible gratuitement sur
Internet mais PubMed-UPMC, accessible
depuis Jubil et sur
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=ifrbiusjlib,
vous permet d’afficher le
bouton SFX (résolveur de liens) de l’UPMC

6. 1. Liste de résultats PubMed-UPMC
Le mode
d’affichage
Abstract permet
d’afficher dès la
liste de résultats
le bouton SFX

7. 1. Principales fonctionnalités de PubMed
 Interface de recherche
• Recherche depuis l’interface PubMed ou MeSH
• Autres critères de recherche : auteur, titre, périodique, résumé, etc.
• Opérateurs : AND, OR, NOT
• Filters : affiner les résultats par type de publication, tranche d’âge,
humains/animaux, etc.
• Recherche avancée
› Search builder : construire une équation de recherche en combinant
des champs
› Search history : historique des recherches
 Résultats
• Différentes options d’affichage (liste simple, notice détaillée, liens, etc.)
• Clipboard : sélectionner jusqu’à 500 références pour les sauvegarder,
imprimer, etc. - valide 8 heures
• Search details : détails sur la recherche en cours

8. 2. Le thésaurus MESH
Par Iguanasan Source : Flickr

9. 2. Le thésaurus MESH
 Les articles sont indexés avec un système de
mots-clefs hiérarchisés : le MeSH
 MeSH pour Medical Subject Headings
 Intérêt du MeSH :
• gère les synonymes (Trisomy 21 = Down
Syndrome = Mongolism)
• permet de chercher sur le sujet seulement
des articles (ex: revue Cell/docteur Cell)
• permet de réaliser des recherches fines, en
allant du général au particulier

10.  15 branches principales : anatomy, organisms, disease, chemicals
and drugs, etc.
 Chaque branche est identifiée par une lettre : A pour anatomy, B
pour organisms, C pour disease
 Chaque branche se subdivise en branches secondaires identifiées
par la lettre de la branche principale + 1 chiffre
2. Le thésaurus MESH

11. 2. Exemple d’un terme dans
l’arborescence du MeSH
On part du +
général pour
arriver au +
précis

12. 2. Un même terme peut appartenir à plusieurs
arborescences

13. Sans MeSH : Mapping
PubMed cherche automatiquement une
correspondance avec le terme recherché :
• dans le MeSH,
• puis dans l’index des titres de revue,
• puis dans l’index des auteurs.
La recherche est lancée en + dans tous les
champs (résumé, auteur, etc.).
2. En bref, recherche sujet avec/sans le MeSH
Sans utiliser le MeSH
En utilisant le MeSH
Avec MeSH
PubMed cherche uniquement dans les
mots-clé MeSH attribués par les
documentalistes de la NLM.

14. Comment ça marche?
Par zigazou76 Source Flickr

15. 3. Recherche MeSH à partir de l’interface NLM
OU

16. 3. Détail d’un terme MeSH
Terme et champ
d’application
Qualificatifs
possibles
Explosion et pondération
Synonymes
Termes associés
Hiérarchie
Permettent
de préciser
la
recherche

17.  Il existe + de 80 qualificatifs, utilisables pour définir certains
aspects de votre sujet (ex. Aspect chimique, Aspect
microbiologique, Aspect radiographique).
 En fonction du terme, il y a un nombre déterminé de
qualificatifs attachés. Par exemple : Nucleoproteins peut être
qualifié par 26 termes alors que Lung neoplasms peut l’être
par + de 45 termes.
 Appliquer des qualificatifs
• à partir du MeSH
• syntaxe descripteur/qualificatif
ex : Nucleoproteins/antagonists and inhibitors [mh]
• code [sh] pour utiliser un qualificatif seul et le combiner
avec un ou plusieurs descripteurs (qualifiés ou non)
ex : hypertension [mh] AND toxicity [sh]
3. Détail d’un terme MeSH : les qualificatifs

18.  Par défaut, PubMed vous ramène l’ensemble des résultats
inclus dans le terme que vous entrez dans la fenêtre de
recherche
 Autrement dit, l’explosion permet d’avoir tous les résultats
rattachés à toutes les branches inférieures de l’arborescence
 Désactiver l’explosion
• à partir du MeSH
• en utilisant le utiliser le code [mh:noexp]
3. Détail d’un terme MeSH : l’explosion

19.  La pondération permet de restreindre la recherche aux références
dans lesquelles le terme est le sujet majeur de l’article
 Appliquer la pondération
• à partir du MeSH
• en utilisant le code [majr]
• en combinaison avec la suppression de l’explosion - utiliser le
code [majr:noexp]
3. Détail d’un terme MeSH : la pondération

20. 3. Recherche MeSH - interface NLM
2
1
1
2
Search builder : ajouter des qualificatifs, la non-explosion,
combiner des termes
Liens directs vers les résultats dans PubMed, sans ou
avec pondération

21. 3. Recherche MeSH - interface NLM

22. 4. Exploitation des résultats
Par DrJohnBullas Source Flickr

23. 4. Changer d’affichage
• Par défaut : Summary
= auteurs + titre +
PMID + niveau
d’indexation
• Abstract : résumé +
bouton SFX

24. 4. Affiner les résultats avec les filtres
• Seuls les filtres
pertinents (i. e.
s’appliquant aux
résultats de la liste) sont
proposés.
• Les filtres sont actifs
pour toutes les
recherches tant qu’ils
n’ont pas été supprimés
Le filtre Full text available ne correspond pas aux articles
disponibles par les abonnements de l’UPMC, mais aux articles
pour lesquels une version en ligne existe

25. 4. Sauvegarder les résultats de sa
recherche dans PubMed : RSS
Créer un flux RSS
sur une requête

26. 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans
PubMed : export d’un fichier de références

27. 5. Recherche
avancée
5.1 Search builder et
Search history
5.2 La recherche par sujet
au-delà du MeSH : le
langage naturel pour une
recherche exhaustive
5.3 L’interface Cismef pour
construire une requête en
MeSH et en langage
naturel
Par : AdvancedPhotonSource - BY-NC-SA - http://flic.kr/p/a3ZPPQ

28. 5.1 Recherche avancée

29. 5.1 Search builder
choix du critère de recherche
choix de
l’opérateur
booléen
1
3
2
envoi
automatique
vers la
fenêtre de
recherche accès aux
index
Search = lancer la recherche
Add to history = ajouter à l’historique de recherche,
pour combiner la requête avec une autre

30. 5.1 Search history
Historique automatique, conservé 8 heures
Modifier l’équation de recherche créée dans le Search builder
Clic gauche : combiner, supprimer, etc. les requêtes

31. 5.2 Pourquoi le langage naturel?
• Tous les articles référencés dans PubMed ne sont pas indexés
en MeSH, notamment les articles les plus récents
• Tous vos mots-clé n’ont pas d’équivalent MeSH
en cours d’indexation
Pas encore paru en
imprimé

32. 5.2 Interroger PubMed en langage naturel
 2 vidéos de la Bibliothèque de médecine de Yale
• Systematic Approaches to Searching the Health Science Literature #4:
Building Search Strategies (Part I) : interroger PubMed en MeSH
• Systematic Approaches to Searching the Health Science Literature #5:
Building Search Strategies (Part II) : interroger PubMed en langage naturel
 Recourir aux opérateurs de recherche
• Opérateurs booléens et parenthèses
• Seul caractère de remplacement = troncature = *
• Guillemets « » pour rechercher une chaîne de caractère
• NB les guillemets désactivent le mapping (i. e. recherche de
correspondances dans le MeSH
 Penser aux synonymes et aux variantes (graphies
alternatives)

33. 5.2 Interroger PubMed en langage naturel
Sur quels champs faire porter la requête?
Title/Abstract [TIAB]
Words and numbers included in a citation's title, collection title, abstract, and other abstract. English
language abstracts are taken directly from the published article. If an article does not have a published
abstract, NLM does not create one.
Text Words [TW]
Includes all words and
numbers in the title, abstract,
other abstract, MeSH terms,
MeSH Subheadings,
Publication Types, Substance
Names, Personal Name as
Subject, Corporate Author,
Secondary Source,
Comment/Correction Notes,
and Other Terms (see Other
Term [OT] above) typically
non-MeSH subject terms
(keywords), including NASA
Space Flight Mission, assigned
by an organization other than
NLM.

34. [TIAB] = champs titre et résumé
NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[SB]) =
exclut ce qui est déjà dans MedLine, donc
indexé en MeSH, et les articles les + anciens,
non indexés en MesH
5.2 Exemple de recherche en langage naturel
Construire une équation de recherche, en
utilisant tous les synonymes (Entry terms)
du terme MeSH retenu
Objectif :
rechercher
uniquement
les articles
les plus
récents

35. 5.3 L’interface CISMEF
http://www.cismef.org/

36. 5.3 L’interface CISMEF : pourquoi?
L’interface du CISMEF
permet d’interroger la
traduction française du
Mesh et de lancer
directement dans
PubMed une requête
combinant interrogation
en MeSH et en langage
naturel.

37. 5.3 Du CISMEF à PubMed

38. 5 Exemple de stratégie de recherche
Source : PhD on track - CC BY-NC-SA

39. 6. Compte My NCBI
 Sauvegarder ses recherches et ses résultats de recherche
 Personnaliser l’interface
 Définir des filtres sur les résultats de recherche
Par Edwård Source Flickr

40. 6. Compte My NCBI : requêtes sauvegardées
Alerte par courriel
Nouveaux
résultats
correspondant à la
requête

41. 6. Compte My NCBI : filtrer les résultats
LinkOut : liens à d’autres bases, au
texte intégral, etc.
Properties : dates, limites PubMed,
etc.
Links : liens vers PubMed Central et
ressources NCBI, etc.
Create custom filter : créer un filtre à
partir d’une requête

42.  ifrhplib : articles
parus dans des
revues accessibles
via l’APHP
 ifrbinslib :
articles parus dans
des articles
accessibles sur
biblioInserm
6. Compte My NCBI : filtres d’accès

43. JUBIL : articles parus dans des revues accessibles via
les abonnements de la BUPMC
6. Compte My NCBI : filtres d’accès
Revues en ligne signalées
dans PubMed et faisant
partie des abonnements
de la BUPMC :
Revues imprimées signalées
dans PubMed et faisant
partie des abonnements
de la BUPMC :
Ces filtres sont moins fiables que le bouton SFX :
privilégiez ce dernier pour l’accès au texte
intégral (et aux autres services qu’il propose)

44. 6. Compte My NCBI : filtres Properties
Possibilité
d’utiliser
simultanément
15 filtres
maximum sur
PubMed

45. 6. Compte My NCBI : paramétrer l’interface
Affichage des résultats de recherche
Auto-
complétion

46. Interroger PubMed autrement?
LigerCat - http://ligercat.ubio.org/articles
Interrogation par recherche simple et nuage de mots MeSH