Annonce de poste vitadx ingenieur computer vision & machine learning

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OFFRE DE POSTE INGENIEUR
COMPUTER VISION – MACHINE LEARNING
appliqué à la santé
CDI – PARIS
Lieu
VitaDX, 33 avenue du Maine,
Tour Montparnasse, 75015, Paris
Date de début 15/06/2017
Durée Indéterminée (CDI)
Rémunération Selon profil et expérience
I. Présentation de VitaDX :
VitaDX est une jeune start-up du secteur médical qui finalise actuellement une levée de
fond lui permettant de sécuriser son activité pour les deux années à venir. Elle développe
une solution d’aide au diagnostic précoce du cancer de la vessie, VisioCyt, qui repose sur
l’analyse automatisée de lames virtuelles issues de cytologies urinaires numérisées en
transmission et en fluorescence.
Grâce à un essai clinique mené actuellement, VitaDX collecte des échantillons et des
données patients lui permettant de concevoir les algorithmes de décisions qui seront
intégrés dans le dispositif VisioCyt.
II. Descriptif du poste :
A. Contexte
Une lame de cytologie urinaire numérisée est une image de très grande taille (environ
55.10³ x 55.10³ pixels) avec plusieurs canaux (image en lumière blanche et image en
fluorescence).
La méthode employée par VitaDX consiste à analyser la morphologie des cellules sur la voie
en lumière blanche (RGB) et à compléter cette approche par l’analyse de la répartition des

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fluorophores sur les cellules pour améliorer la sensibilité de la méthode classique
concernant la détection des cancers précoces.
Réaliser un diagnostic global sur une image de si grande taille est compliqué.
Dans un premier temps, une analyse des caractéristiques locales de la lame (type de
cellules, présence de fluorescence, …) est effectuée. L’ensemble de ces éléments locaux est
ensuite utilisé pour réaliser le diagnostic global de la lame.
Cette approche a aussi pour avantage de permettre d’inclure plus facilement des a priori
issus de l’expertise de médecins, par-exemple sur des types cellulaires d’intérêt.
B. Le poste
Intégré au sein de l’équipe « Algorithme » de VitaDX, vous participerez à la conception et à
la réalisation des algorithmes d’analyse d’images et d’apprentissage qui seront implémentés
dans le logiciel médical du dispositif VisioCyt de VitaDX.
Ces algorithmes, via une analyse combinée des images en lumière blanche et en
fluorescence, permettront d’aboutir à la classification de la nature saine ou tumorale des
échantillons analysés.
Pour mener à bien votre mission, vous aurez à votre disposition une base de lames
virtuelles documentées par des praticiens et pour lesquelles le diagnostic global est connu.
Vous pourrez ainsi mettre en œuvre des techniques de machine learning pour créer un
classifier capable de classer toute nouvelle lame analysée selon sa nature saine ou
tumorale.
C. Environnement technique
OS : Ubuntu
Langage de programmation : principalement Python mais aussi selon les cas C++ et Cuda
Bibliothèque: OpenCV, Caffe, Numpy, Scipy
IDE : Jupyter-Notebook / Atom
Versioning : Git & GitLab
III. Profil recherché
De formation Bac+5 au minimum, vous justifiez d’une solide expérience en traitement
d’image ainsi qu’en apprentissage statistique d’au moins 3ans.
Vous avez idéalement fait une thèse dans le domaine. Vous pouvez aussi être ingénieur
spécialisé en traitement d’image avec une expérience de à 3 ans en entreprise sur de la
conception d’algorithme de traitement d’image faisant intervenir de l’apprentissage
statistique et l’analyse de donnée.
Une expérience dans une entreprise du logiciel médical sera fortement valorisée.

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Vos compétences et point forts :
 Sérieux, Motivé et autonome,
 Expert en traitement d’image et apprentissage automatique,
 Vous maitrisez le langage Python,
 Vous avez de solide connaissance en C++,
 Intérêt pour un travail sur de « vraies » données biologiques (avec tout ce que ça
implique : grande variabilité, bruits, grandes tailles...)
IV. Contact
Envoyez lettre de motivation et CV à :
Thibaut Troude (CTO) : thibaut@vitadx.com
Florent Couzinié-Devy (Ingénieur CV & ML) : florent@vitadx.com