Lecture critique

1. Atelier d’initiation à la recherche
Lecture d’article
Exemple élaboré par
Mariem Khalfaoui
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2. 2
Plan
1. Introduction
2. Choix d’un article de recherche
3. Literature Review Matrix
4. Mind Map de l’article
5. Résumé
6. Gestionnaire de référence

3. 3
1.Introduction
MRBI: Master de Recherche en Bio-Informatique : enfin un programme public
diplômant en Bio-informatique en Tunisie dans sa première version. Intéressant de voir
l’évolution de cette discipline en Afrique qui fait de cette formation, de nos jours, une
nécessité.
Rq: papier plus récent n’est pas le bon candidat pour cette finalité

4. 4
Plan
1. Introduction
2. Choix d’un article de recherche
3. Literature Review Matrix
4. Mind Map de l’article
5. Résumé
6. Gestionnaire de référence

5. 2. Choix d’un article de recherche
Base de données : Science Direct
Thématique choisie: La bio-informatique en Afrique
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6. 6
Plan
1. Introduction
2. Choix d’un article de recherche
3. Literature Review Matrix
4. Mind Map de l’article
5. Résumé
6. Gestionnaire de référence

7. • Auteurs: Thomas K.Karikari, Emmanuel Quansah & Wael M.Y.Mohamed
• Titre: Developing expertise in bioinformatics for biomedical research in Africa
• Détails bibliographiques ou URL Karikari, Thomas K., Emmanuel Quansah, et Wael M. Y.
Mohamed. « Developing Expertise in Bioinformatics for Biomedical Research in Africa ». Applied &
Translational Genomics, What is Translational Bioinformatics, 6 (1 septembre 2015): 31-34.
https://doi.org/10.1016/j.atg.2015.10.002.
• Three pass reading (voir les 6 pages suivantes)
3. Literature Review Matrix
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8. Pass 1 (1/2)
Catégorie
L’article est répertorié article de recherche. Il décrit, en effet, l’état des lieux des
infrastructures et des programmes mis en place pour la recherche en Bioinformatique en Afrique tout en
discutant leurs contributions dans l’avancement de ce domaine dans le continent.
Le contexte
Cet article vient en aval à une série d’articles utilisant des outils de la bioinformatique qui ont
révolutionné la recherche biomédicale. En Afrique, des défaillances sur plusieurs plans ont retardé
l’évolution de ce domaine. Les auteurs de cet article viennent étaler des améliorations progressivement
mises en place.
Exactitude
Chaque constatation ou exemple élucidé par les auteurs, référence à l’appui, consiste réellement
à un avantage en faveur du développement de la recherche bioinformatique en Afrique.
Three pass reading (1/6)
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9. Contributions:
Grâce à un tel article, lancer un projet de recherche, y participer ou y mettre des fonds n’est plus
une décision intuitive pour les acteurs de la recherche biomédicale désirant profiter de la puissance de la
bioinformatique.
Les lacunes dans linfrastructure ou dans les programmes de formations feraient des champs
d’action des gouvernements des pays africains ou des investisseurs .
Clarté:
Des parties bien claires et un traitement synthétiques du contenu dans un tableau témoignent de la clarté
de ce papier.
Ce document est-il utile? Oui / non
Pass 1 (2/2)
Three pass reading (2/6)
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10. 2. Three pass reading (3/6)
Qu'est ce
qu’il a fait
Raisonnement
Bien que la Bioinformatique contribue à une recherche biologique de pointe dans de nombreuses régions d'Afrique, son
introduction sur le continent a été confrontée à des défis tels que la faible disponibilité de programmes de formation,
d’installations de recherche, de scientifiques experts ainsi que de financement. Des amélioration mises en place
progressivement pourront palier à ces défaillances.
Objectifs
Discuter de la manière dont les développements récents contribuent à l'avancement de la Bioinformatique en Afrique et
donc à son exploitation dans la recherche biomédicale.
Hypothèse
Les améliorations récentes telles que sur l’apport de financement de la recherche et les possibilités accrues de formation
ont considérablement contribué au développement de la recherche en Bioinformatique en Afrique.
Comment
l’a-t-il fait
Les participants Thomas K. Karikari , Emmanuel Quansah et Wael M.Y. Mohamed
Méthode
Les auteurs ont énuméré et analysé les améliorations sur 4 plans: “Research infrastructure”,”Research funding”,
“Training programmes, et “Scientific networking and collaborations” tout en focalisant sur l’impact direct de chaque
aspect sur le développement de la recherché en Bioinformatique en Afrique.
Pass 2 (1/2)
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11. Qu'a-t-il
trouvé?
Résultats
• Cloud-based web services, biorepositories d’échantillons pour séquençage H3Africa
• Création de nouveaux centres de recherche intégrant des ressources bioinformatiques
• H3Africa : Cofinancé par les National Institutes of Health (États-Unis) et le Wellcome Trust (Royaume-
Uni):projet de soutien à la recherche biomédicale axés sur l'Afrique de l'histoire
• H3ABioNet: réseau panafricain , comité éducatif / Coursera, Edx -> Formations
• Société Africaine pour la Bioinformatique et la Biologie Computationnelle (ASBCB) Société Internationale
de la Biologie Computationnelle (ISCB), la Société africaine de la génétique humaine et les réseaux
nationaux tels que ceux d'Afrique du Sud et du Nigéria
Implications
Contribution à améliorer la recherche biomédicale à travers l'Afrique
 Développer des lignes directrices pour la formation en Bioinformatique en Afrique
Falsifiable
Tunisie: une formation diplomante en Bioinformatique: Une experience qui, malheureusement, n’a pas aboutit
contrairement à ce qui est cité dans la synthèse élaborée par les auteurs sous forme de tableau.
Limites
Afrique du Sud, Ghana, Nigéria seraient les pays les plus représentatifs du développement de la recherche en
Bioinformatique. L’Egypte, la Tunisie sont en train de gagner de la place par rapport au reste des pays du
continent
Pass 2 (2/2)
Three pass reading (4/6)
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12. Faiblesses
Hypothèses
implicites
L'Afrique reste l'un des continents les plus diversifiés sur le plan génétique mais des études complètes de
génomique et de génétique de haute qualité menées exclusivement sur les populations africaines ont fait
défaut.
 Le développement de la recherche basée sur des outils bio-informatiques résulterait en expansion
importantes des connaissances plus importantes en phylogénie et pharmacogénétique améliorant ainsi la
recherche biomédicale dans le monde entier.
Erreurs
expérimentales /
analytiques
• Expertise en Bioinformatique en Egypte, Maurice, le Mali, Kenya, Nigéria, l'Afrique du Sud = Un
échantillon non représentatif ni par rapport aux nombre de pays du continent ni à par rapport à leur
diversité génétique.
• Exemple de la Tunisie, en 2015 déjà, l’expérience de formation diplômante n’est plus.
Citations
manquantes
• Morton, « Into the Post‐HapMap Era » (2008) [1]
• Lang, « Three Sequencing Companies Join the 1000 Genomes Project » (2008) [2]
• Guerfali et al., « Designing and Running an Advanced Bioinformatics and Genome Analyses Course
in Tunisia »(2019)[3]. Article de date utltérieure mais témoignant de l’erreur citée dans l’article
Pass 3 (1/2)
Three pass reading (5/6)

13. Forces
Technique de
présentation
Les auteurs ont bien répartis leur papier de telle sorte que qu’on peut s’apercevoir de la bonne
organisation à première vue. Chaque paragraphe comporte des exemples à l’échelle de tout le continent
puis des exemples d’efforts locaux de quelques pays. Ils détaillent, par la suite, leurs implications
directes et indirectes dans le développement d’une expertise en Bio-informatique qui sera exploitée dans
la recherche biomédicale.
Soutien aux
conclusions
Tableau : Initiatives favorisant le développement de la bioinformatique en Afrique
Efficacité
interne
Suite à la lecture de cet article, le lecteur a une panoplie de nom de projets, d’institutitions, d’idées sur
les plans de formations ainsi que les programmes de subvention pour la recherche en Bioinformatique.
Etudiant,chercheur, décideur ou investisseur, l’output de cet article répondrerait à votre requête.
Pass 3 (2/2)
Three pass reading (6/6)
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14. 14
Plan
1. Introduction
2. Choix d’un article de recherche
3. Literature Review Matrix
4. Mind Map de l’article
5. Résumé
6. Gestionnaire de référence

15. http://freemind.sf.net/
Mind Map of the article
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16. 16
Plan
1. Introduction
2. Choix d’un article de recherche
3. Literature Review Matrix
4. Mind Map de l’article
5. Résumé
6. Gestionnaire de référence

17. La recherche en Bioinformatique a un rôle central à jouer dans la progression de la recherche biomédicale. Cependant, son introduction en
Afrique s'est heurtée à certains défis concernant les infrastructures, les opportunités de formation, les financements de recherche, les ressources humaines
, les banques et les bases de données. Ces défis ont attardé le développement de la Bioinformatique en Afrique. Heureusement, des améliorations
récemment mises en place, contribueraient à mieux exploiter la puissance de cette discipline. L’article discute la manière de ces contributions à définir le
futur de la Bioinformatique en Afrique.
D’abord, sur le plan infrastructurel, la Bioinformatique nécessite des systèmes informatiques puissants, un Internet haut débit, l'accès aux
bases de données et aux logiciels essentiels et un approvisionnement électrique fiable. De ce fait, la création de nouveaux centres de recherche intégrant
les ressources nécessaires ainsi que de nouveaux départements de bioinforatique dans les instituts existants contribue à accroître la participation à la
bioinformatique et offre la possibilité à plus de personnes d'être formées à cette discipline. En outre, le projet de soutien à la recherche biomédicale
H3Africa contribue à la création de référentiels biologiques pour soutenir la recherche génomique. Ces améliorations constantes de la qualité des
infrastructures de recherche ont permis, désormais, la réalisations d’expériences plus avancées en Afrique, éliminant ainsi le fardeau précédent consistant
à envoyer des échantillons à l'étranger pour analyse et donc économisant du temps et de l'argent.
Sur le plan financement, le projet H3Africa vient soutenir la recherche biomédicale en génomique et génétique en Afrique. C’est un projet
cofinancé par les National Institutes of Health (États-Unis) et le Wellcome Trust (Royaume-Uni), H3Africa. Les projets financés au titre de H3Africa et
des programmes similaires ont été mis en évidence. A l’échelle locale, plusieurs pays telle que l’Afrique du Sud ont alloué plus de fonds publics pour
soutenir la recherche en Bio-informatique. Ceci contribuerait au développement de cette discipline dans tout le continent.
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Résumé (1/2)

18. En outre, des programmes de formation qui en manquait, sont de plus en plus implémentés pour palier au manque d’expertise en
Bioinformatique. En effet des organisations telles ASBCB, ISCB, H3ABioNet organisent régulièrement des cours et des ateliers en Bioinformatique.
Des programmes d'études en bioinformatique ont été introduits dans différents pays, dont l'Égypte, Maurice, le Mali, le Kenya, le Nigéria et
l'Afrique du Sud. Le Wellcome Trust soutien aussit la formation en médecine tropicale grâce à des bourses en santé publique et en médecine
tropicale (pour les chercheurs de maîtrise, de doctorat, intermédiaires et seniors) et offre des aides à la mobilité académique de troisième cycle pour
les médecins africains outre le e programme PAMAPS (Scientists) qui vient renforcer les capacités de recherche médicale.
Le création de réseaux entre scientifiques implique la recherche collaborative et offre la possibilité de formations aux étudiants par des
échanges. H3Africa finance l'expansion du réseau H3ABioNet qui, entre autres, vise à créer des cadres interactifs entre les chercheurs en bio-
informatique en Afrique. Ressources et idées sont mis en commun pour aborder des questions de recherche plus efficacement . Dans le cadre de ces
réseaux, H3ABionet et similaires, des conférences, des séminaires et des plates-formes dans les pays africains sont de plus en plus fréquents. Les
progrès récents de la recherche seraient ainsi partagés ce qui contribue à élargir la culture de la collaboration et développer donc la recherche en
bioinformatique en Afrique.
Les améliorations récentes des ressources essentielles, les possibilités de formation, du financement de la recherche et les réseaux
scientifique apportent une contribution importante au développement de la bioinformatique. Bien que bon nombre de ces efforts en soient encore à
leurs débuts, ils devraient finalement aboutir à de nombreuses implications positives pour la recherche biomédicale. Les gouvernements africains, les
organisations parapubliques et privées sont appelées à accorder plus d'attention et à investir dans la bioinformatique et dans la recherche scientifique
en général.
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Résumé (2/2)

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Plan
1. Introduction
2. Choix d’un article de recherche
3. Literature Review Matrix
4. Mind Map de l’article
5. Résumé
6. Gestionnaire de référence

20. • Exemple Zotero
https://www.zotero.org/download/

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• Installing plugin for Zotero (1/6)

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• Installing plugin for Zotero (2/6)

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• Installing plugin for Zotero (3/6)

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• Installing plugin for Zotero (4/6)

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• Installing plugin for Zotero (5/6)

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• Installing plugin for Zotero (6/6)

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Références
[1] Morton, Newton E. « Into the Post‐HapMap Era ». In Advances in Genetics, 60:727-42. Genetic Dissection
of Complex Traits. Academic Press, 2008. https://doi.org/10.1016/S0065-2660(07)00425-7.
[2] Lang, Les. « Three Sequencing Companies Join the 1000 Genomes Project ». Gastroenterology 135, no 2
(1 août 2008): 336-37. https://doi.org/10.1053/j.gastro.2008.06.053.
[3] Guerfali, Fatma Z., Dhafer Laouini, Abdellatif Boudabous, et Fredj Tekaia. « Designing and Running an
Advanced Bioinformatics and Genome Analyses Course in Tunisia ». PLOS Computational Biology 15, no 1
(28 janvier 2019): e1006373. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006373.