La recherche en biodiversité en Midi-Pyrénées se concentre sur les processus écologiques et évolutifs qui maintiennent la biodiversité, en s'appuyant sur des sciences fondamentales telles que l'écologie et la génétique. Trois enjeux principaux sont identifiés : la connaissance des concepts, l'application des connaissances à des problèmes concrets, et le transfert de savoir aux acteurs du développement durable. Des initiatives, telles que le labex TULIP, soutiennent cette recherche avec des sites expérimentaux dédiés.