Le document présente une approche en cinq étapes pour l'élaboration d'une thèse, mettant en avant des outils et services web gratuits pour faciliter la recherche et la gestion de l'information scientifique. Des recommandations sont faites sur l'utilisation des navigateurs, des extensions, des carnets de notes numériques comme Evernote, ainsi que sur la gestion bibliographique avec Zotero. L'accent est mis sur l'importance de l'organisation, de la veille automatisée et de la captation de ressources pour les doctorants.

1. Logiciels et services web gratuits
utiles à l’élaboration d’une thèse
En 5 étapes …
Corinne Habarou – Sessions 2016

2. Le doctorant et l’IST
2
« L'information scientifique et technique
(IST)
regroupe l'ensemble des informations
produites par la
recherche et nécessaires à l'activité
scientifique comme
à l'industrie ». (Ministère de l’Éducation
nationale et de l'Enseignement supérieur)
Céline Andrieu, Alain Marois, Philippe Eyraud –
Panorama de l'Information Scientifique et Technique
pour le doctorant
2011, pages 8 et 9
Disponible en ligne à l’adresse suivante :
http://fr.slideshare.net/Bibliotheque_CentraleLyon/pa
norama-de-list-pour-le-doctorant-lintgrale

3. Le travail du doctorant
3
Céline Andrieu, Alain Marois, Philippe Eyraud –
Panorama de l'Information Scientifique et Technique pour le doctorant
2011, page 10
Disponible en ligne à l’adresse suivante :
http://fr.slideshare.net/Bibliotheque_CentraleLyon/panorama-de-list-pour-le-doctorant-
lintgrale

4. Les 5 étapes de l’élaboration
4

5. La recherche sur Internet
5

6. La recherche sur Internet
Bien utiliser son moteur de recherche
6

7. La recherche sur Internet
Bien utiliser son moteur de recherche
7

8. La recherche sur Internet
Bien utiliser son moteur de recherche
8

9. La recherche sur Internet
Bien utiliser son moteur de recherche
9

10. La recherche sur Internet
Organiser son bureau numérique : l’importance du navigateur
Collection d’extensions Firefox :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/collections/chabarou/le/?sort=name&page=1
10

11. La recherche sur Internet
Organiser son bureau numérique : l’importance du navigateur
 Tester la configuration de son navigateur
11
 Mycroft : https://panopticlick.eff.org/results?

12. La recherche sur Internet
Organiser son bureau numérique : l’importance du navigateur
 Configurer son navigateur
12
 Page interne Mozilla Fifefox => about:preferences

13.  Trouver et installer des extensions
13
La recherche sur Internet
Organiser son bureau numérique : l’importance du navigateur
 https://addons.mozilla.org/fr/firefox/

14. La recherche sur Internet
Organiser son navigateur : Mieux utiliser les moteurs de
recherche avec Firefox
 Mycroft : http://mycroftproject.com/search-engines.html
 Add to Search Bar :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/add-to-search-
bar/
 Plugins de moteurs de recherche listés sur le site de Firefox :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/search/?atype=4
14

15. La recherche sur Internet
Organiser son navigateur : optimiser sa session de navigation
15
 Adblock + :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/adbl
ock-plus/
 Adblock Plus Pop-up Addon :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/adbl
ock-plus-pop-up-addon/
 Beef Taco :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/beef
-taco-targeted-advertising/
 Better Privacy :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/bett
erprivacy/

16. La recherche sur Internet
Organiser son navigateur : collecter des ressources sur le Web
 Resurrect Pages :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/resurrect-
pages/
 Video Download Helper :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/video-
downloadhelper/
16

17. La recherche sur Internet
Organiser son navigateur : traiter et analyser ses ressources Web
 Print Edit :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/print-edit/
 Dafizilla Table2Clipboard :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/dafizilla-
table2clipboard/
17

18. Signaler, capturer, annoter les
ressources Web
18

19. Signaler, capturer, annoter les ressources Web
Carnets de notes numériques – Evernote
19

20. Signaler, capturer, annoter les ressources Web
Carnets de notes numériques – Evernote
Carnets de notes et pile de carnets (ici = formations)
Etiquettes
sur plusieurs niveaux possibles
20

21. Signaler, capturer, annoter les ressources Web
Carnets de notes numériques – Evernote
21

22. Signaler, capturer, annoter les ressources Web
Carnets de notes numériques – Evernote
1. Indiquer comme
destinataire l’adresse mèl
attribuée à l’ouverture du
compte dans Evernote *
2. Cliquer sur la
fonctionnalité transfert
du logiciel de messagerie
ou du webmail utilisé
3. Procéder comme expliqué
ci-contre pour lui
désigner un carnet et des
tags
4. Vérifier sa présence
dans Evernote au besoin
en déclenchant
manuellement la
synchronisation
* Le compte mèl Evernote doit être
préalablement activé par l’envoi d’un mèl à
partir de l’adresse ayant servi à
l’ouverture du compte Evernote à
destination de l’adresse Evernote attribuée
22

23. Signaler, capturer, annoter les ressources Web
Carnets de notes numériques – Evernote
1. Sélectionner les notes concernées
2. Choisir le bouton « Fusionner »
3. Les trois notes ne font
plus qu’une mises bout à
bout et portent le nom
de la première
4. Pour l’opération inverse,
procéder comme suit :
menu Edition > annuler
Corbeille > restauration
23

24. Signaler, capturer, annoter les ressources Web
Carnets de notes numériques – Evernote
 La recherche par pile et carnet
 La recherche par tag
 La recherche par mot clé
 prise en compte des notes textuelles
et des images, ainsi que des pdf
pour la version Premium
 Possibilité d’enregistrer des recherches
24

25. Signaler, capturer, annoter les ressources Web
Carnets de notes numériques – Evernote
Les points forts et les points faibles de l’offre gratuite
 Le partage réduit à la
lecture seule
 L’absence de
synchronisation avec les
terminaux mobiles Ios
 L’absence de lecteur vidéo
intégré
 Le classement des
notes
 Les fonctionnalités
de recherche
 L ’ergonomie de
l’interface
(glisser/déposer …)
 Les mobiles apps
(Android, Ios …)
25

26. La veille automatisée avec les flux RSS
26

27. La veille automatisée avec les flux RSS
27

28. La veille automatisée avec les flux RSS
Le navigateur est capable de reconnaître si un
site propose un flux de syndication. Il s’agit de la
fonctionnalité « autodiscovery ». Elle est native
au navigateur (Internet Explorer, Safari) ou bien
doit être ajoutée par le biais d’une extension.
Exemple pour Firefox :
« RSS Icon in url bar»
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/rss
-icon-in-url-bar/
28

29. La veille automatisée avec les flux RSS
 Nécessité d’avoir un agrégateur de flux RSS
 Pour récupérer automatiquement les nouveaux contenus des
sites pour lesquels l’utilisateur s’est abonné au(x) flux
 Pour convertir le format XML en HTML
 Les agrégateurs se présentent sous plusieurs formes
 Dans le gestionnaire de messagerie,
 Logiciel autonome sur Windows, Mac et/ou Linux,
 Service en ligne (Inoreader, Feedspot, Netvibes …),
 Extensions Firefox (Sage, Brief,Newsfox, Bamboo Reader …),
 Logiciel serveur. 29

30. 30
La veille automatisée avec les flux RSS
 Quel choix pour quel(s) usage(s) ?
 Volume de flux à suivre
 Posture de l’utilisateur : logique de flux et/ou de stockage des articles
 Veille individuelle ou en équipe
 Problématique de la (re)diffusion et du partage de la veille ?
 Exemples d’outils adaptés à des usages différents
o Extensions au navigateur
- adaptées si peu de flux
- utilisation attachée à un
poste si pas de
synchronisation
- ne favorise pas le partage ni
la (re)diffusion
- question de la durée de vie
de chaque article
- peu de fonctionnalités
annexes
o Logiciel sous
Windows/Mac/Linux
- Fonctionnalités souvent très
riches (en tous cas plus riches
que celles d’une extension de
navigateur)
- fonctionnalités de recherche
- classement par dossier, voire
par tag
- possibilités plus ou moins
grandes de partages sur les
réseaux sociaux
- absence de (re)diffusion de
la veille
- utilisation attachée à un
poste
- Absence d’accès mobile
o Service en ligne
- Adaptation optimale au
mode de fonctionnement
« nomade »
- classement par dossier, voire
par tag
- partage d’articles sur les
réseaux socaux
- personnalisation du partage
- capacités à (re)diffuser la
veille
- suggestion de flux
- accès mobile
- question du maintien de
l’archivage
- question de la pérennité du
service

31. La veille automatisée avec les flux RSS
Les extensions du navigateur
31
 Lien vers la carte publique :
http://www.mindomo.com/view.htm?m=ca6b22ffe0db4d2aafef64d2ee679d3f

32. La veille automatisée avec les flux RSS
Iogiciels à installer sur son poste
32
 Lien vers la carte publique :
https://www.mindomo.com/fr/mindmap/4871c40d877045b2b347ac14eeb6ee62

33. La veille automatisée avec les flux RSS
Services en ligne
33
 Lien vers la carte publique :
https://www.mindomo.com/fr/mindmap/a093044f72884fce9d6315d6cbfff3ac

34. 34
Les services d’alerte
Par courrier électronique ou par flux rss
 TalkWalker : http://www.talkwalker.com/fr/social-media-intelligence/

35. 35
La surveillance sans flux rss …
Extension à Firefox : Update Scanner
 Update Scanner : https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/update-
scanner/

36. Le Mind mapping
36

37. Le Mind mapping
Roger Sperry,
prix Nobel de
médecine
1981 37

38. Le Mind mapping
38

39. Le Mind mapping
39

40. Le Mind mapping
Xmind - http://www.xmind.net/
Affichage de
la structure +
vue d’ensemble
+ autres options
à cocher dans
le menu « Voir »
Propriétés de l’élément actif
Un onglet par feuille ouverte
Réglage du zoom par curseur
Un onglet par classeur ouvert
Barre de menus et d’outils
40

41. Le Mind mapping
Xmind - http://www.xmind.net/
Exemples de cartes
41

42. Le Mind mapping
Xmind - http://www.xmind.net/
Exemples de cartes
42

43. Le Mind mapping
Xmind - http://www.xmind.net/
Exemples de cartes
43

44. Le Mind mapping
 Rappel des caractéristiques de XMind
 Logiciel à télécharger sur son poste (disponible pour
Windows, Mac, Linux et en version portabilisée)
 Version gratuite et version pro (40 €/an) dont les
possibilités d’import/export et de partage sont élargies
 Nombreux modèles et possibilité de faire des cartes
heuristiques comme des cartes conceptuelles
 Graphisme et possibilités d’enrichissement visuel des
cartes déjà assez satisfaisant dans la version gratuite
 Fonctionnalités de partage et de publication assurée par
la plateforme Xmind, accessible en version gratuite mais
sans possibilité de travail collaboratif réel (nécessité de
télécharger le fichier) et avec une forte limitation de
stockage
 Version gratuite limitée au niveau des marqueurs
disponibles (pas d’accès à la galerie) 44

45. Gestion bibliographique avec zotero
 Logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR)
se présentant comme une extension de Firefox; il
s’ouvre donc via le navigateur. Il permet :
 De stocker des références issues d’une recherche
documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé),
 D’organiser et de gérer ces références dans une base
de données,
 De formater les références selon un style donné,
 De générer automatiquement dans une publication
scientifique les citations et la bibliographie ainsi
formatées.
 Liste des sites compatibles :
http://www.zotero.org/index.php/translators
 Repository pour les styles :
http://www.zotero.org/styles/
 D’autres liens : http://wiki-
urfist.unice.fr/wiki_urfist/index.php/ZOTERO_un_Logicie
l_de_bibliographie_2.0
http://oilq.org/fr/node/4059
http://c2ilettres.u-
45

46. Gestion bibliographique avec zotero
Bibliothèque
Noticesbibliographiques
DocumentsPDF
PagesWeb
Styles bibliographiques et
export par défaut
Autres styles disponibles :
http://www.zotero.org/styles
Liste des sites
Compatibles
Zotero
pour un import
automatisé
http://www.zotero.org/support/fr/translators
46

47. Gestion bibliographique avec zotero
 Le cycle de fonctionnalités de Zotero
Bibliographie
1__________
2__________
3__________
4__________
5__________
Article avec
citations et
bibliographie
Pages web
Base Zotero
de références
Les références
traitées par Zotero :
d’où viennent-elle ?
Vers quels usages ?
… Etc. biblio en ligne,
groupes
47

48. Gestion bibliographique avec zotero
Racine de l’arborescence = bibliothèque
Etapes en 3 captures de la création d’une collection
48
Arborescence
de la bibliothèque
Liste des notices :
1 icône par type de documents Fiche de la
notice
Nouvea
u
groupe
Fermetu
re
de
Zotero
Sync svr Zotero
48

49. Gestion bibliographique avec zotero
 Régler les préférences (1)
C’est selon …
1 2
49

50. Gestion bibliographique avec zotero
 Régler les préférences (2)
Par défaut, l’indexation des PDF n’est pas
activée et
il faut installer deux utilitaires en cliquant
simplement
sur « Contrôle de l’installateur »
2
50

51. Gestion bibliographique avec zotero
 Importer des références manuellement
 Recherche par ISBN, DOI, PMID
 Ajout de références de pages Web
51

52. Gestion bibliographique avec zotero
 Importer des références manuellement
 Ajouter une référence manuellement
1 - Cliquer sur l’icône verte Nouvel élément
2 - Choisir le type de document
3 – Compléter la fiche de la notice
52

53. Gestion bibliographique avec zotero
 Importer des références manuellement
 Importer des références à partir d’un autre logiciel
bibliographique
 Ex : formats RIS, bibteX
 Utiliser le menu Actions > Importer, après avoir fait une
procédure d’export de fichier sous l’autre outil
bibliographique
Zotero propose 34
types de
références différentes
53

54. Gestion bibliographique avec zotero
 Identifier les références automatiquement proposées
En cas de références multiples,
ouverture d’une boîte de dialogue pour
sélectionner les éléments
à ajouter.
54

55. Gestion bibliographique avec zotero
 Gérer sa base : Insérer des fichiers joints (pdf,
doc, images, ...) et des captures d'écran
 Gérer ses collections
 Dans la partie gauche, cliquer droit sur « Ma
bibliothèque » pour créer une collection.
 Pour créer une sous-collection, se placer sur la
collection parente et cliquer droit pour activer
Ajouter une copie ou un lien
vers un fichier joint à une
référence déjà présente
Ajouter une copie ou un lien
vers un fichier
Sélectionner la référence
Les fichiers joints sont listés sous la
référence en cliquant sur le + devant le
titre.
Ajouter une copie stockée du fichier
: lien plus pérenne (stockage dans un
sous-répertoire du dossier système de
zotero)
Ajouter un lien vers un fichier : lien
vers un fichier stocké en local (dans
« Mes documents », sur le « bureau » ou
autre …)
55

56. Gestion bibliographique avec zotero
 Exportation de bibliographies avec mise à jour
automatique dans Libre Office
 Installer le plugin Libre Office pour Zotero *
http://www.zotero.org/support/word_processor_
plugin_installation
* Toutes les
applications du
bureau, en
dehors de
Firefox, doivent
être
préalablement
fermées
56

57. Gestion bibliographique avec zotero
 Exportation de bibliographies avec mise à jour
automatique dans Libre Office
 Installer le plugin Libre Office pour Zotero *
57

58. Gestion bibliographique avec zotero
 Exportation de bibliographies avec mise à jour
automatique dans Libre Office
 Vérifier que l’extension Zotero dans Libre Office
Writer
est activée
Menu Outils > Extension Zotero pour
l’intégration dans Libre Office >> Préférences
58

59. Gestion bibliographique avec zotero
 Exportation de bibliographies avec mise à jour
automatique dans Libre Office et Open Office
Après avoir défini
les Préférences
du Document …
1. Cliquer sur
l’icône d’insertion
2. Sélectionner la
référence pour
insérer la citation
1
2
59

60. Zotero face à la concurrence …
60
Frédérique Cohen-Adad –
Panorama des logiciels de gestion des références bibliographiques
2013, page 26
Disponible en ligne à l’adresse suivante :
http://fr.slideshare.net/URFISTParis/panorama-des-logiciels-de-gestion-de-rfrences-
bibliographiques

61. Zotero face à la concurrence …
61
Frédérique Cohen-Adad –
Panorama des logiciels de gestion des références bibliographiques
2013, page 28
Disponible en ligne à l’adresse suivante :
http://fr.slideshare.net/URFISTParis/panorama-des-logiciels-de-gestion-de-rfrences-
bibliographiques

62. Zotero face à la concurrence …
62
Frédérique Cohen-Adad –
Panorama des logiciels de gestion des références bibliographiques
2013, page 30
Disponible en ligne à l’adresse suivante :
http://fr.slideshare.net/URFISTParis/panorama-des-logiciels-de-gestion-de-rfrences-
bibliographiques

63. Zotero face à la concurrence …
63
Frédérique Cohen-Adad –
Panorama des logiciels de gestion des références bibliographiques
2013, page 32
Disponible en ligne à l’adresse suivante :
http://fr.slideshare.net/URFISTParis/panorama-des-logiciels-de-gestion-de-rfrences-
bibliographiques

64. Gestion bibliographique avec zotero
 Webographie
 Liste des sites compatibles :
http://www.zotero.org/support/fr/translators
 Repository pour les styles : http://www.zotero.org/styles
 Téléchargements disponibles :
http://www.zotero.org/download/
 Article Urfist Paca : http://wiki-
urfist.unice.fr/wiki_urfist/index.php/ZOTERO_un_Logiciel
_de_bibliographie_2.0
 Blog Zotero francophone sur la plateforme Hypothèse :
http://zotero.hypotheses.org/
 Autre lien :
http://oilq.org/fr/node/4059
http://zoteromusings.wordpress.com/ (the Zoteroist)
64

65. Ressources
 Aline Bouchard -
Social bookmarking et réseaux académiques
Date de création : 2013
Date de mise à jour : 2014
Disponible en ligne à l’adresse suivante :
http://fr.slideshare.net/URFISTParis/rseaux-sociaux-acadmiques
 Marie-Laure Malingre -
Gérer ses références bibliographiques avec Zotero
2010
Disponible en ligne à l’adresse suivante :
http://fr.slideshare.net/UrfistRennes/grer-ses-rfrences-avec-zotero
65
 Céline Andrieu, Alain Marois, Philippe Eyraud –
Panorama de l'Information Scientifique et Technique pour le doctorant
2011
Disponible en ligne à l’adresse suivante :
http://fr.slideshare.net/Bibliotheque_CentraleLyon/panorama-de-list-pour-le-
doctorant-lintgrale
 Frédérique Cohen-Adad -
Panorama des logiciels de gestion des références bibliographiques
2013
Disponible en ligne à l’adresse suivante :
http://fr.slideshare.net/URFISTParis/panorama-des-logiciels-de-gestion-de-
rfrences-bibliographiques

66. Liens complémentaires
 Aline Bouchard (URFIST de Paris) :
https://www.mindmeister.com/fr/162751003/recherche-d-
informations-sur-internet
 Aline Bouchard (URFIST de Paris) :
https://www.mindmeister.com/fr/328760734/pratiques-et-enjeux-
des-r-seaux-sociaux
66

67. C’est fini, merci de votre attention …
… me contacter ?
corinne.habarou@enc.sorbonne.fr
… consulter la liste des extensions au navigateur
proposée :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/collections/chabar
ou/freesoftservices/
67