TECHNIQUES DE BIOLOGIE MOLECULAIRE EN PARASITOLOGIE ET MYCOLOGIE
EXTRACTION D'AN
TECHNIQUE PCR
SEQUENCAGE D'AN
GENOTYPAGE
APPORT DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE EN PARASITOLOGIE ET MYCOLOGIE MEDICALE
Les principales techniques sont les réactions de précipitation, les réactions d'agglutination et les réactions de neutralisation.
La plupart de ces techniques utilisent les propriétés des anticorps monoclonaux.
Leur affinité et leur spécificité de liaison à leur cible fait d'eux des outils incontournables de détection.
Ils permettent de déterminer la présence d'un épitope particulier dans un échantillon, permettant ainsi dans les techniques comme le western blot ou l'ELISA de détecter des protéines, ou des modifications particulières de protéine (phosphorylation, acétylation, etc.).
Coloration et examen des frottis sanguinsS/Abdessemed
La coloration des frottis sanguins permet d’identification des leucocytes grâce à leurs caractéristiques propres mises en évidence par un colorant approprié, ainsi que l’observation de la morphologie des érythrocytes et des plaquettes.
PCR : Polymerase chain reaction : classique et en temps réelNadia Terranti
la PCR comme outil en biologie moléculaire .
PCR : Déroulement, optimisation, limites , inconvénients et variantes.
PCR en temps réel et chimies de détéction
PCR quantitative
TECHNIQUES DE BIOLOGIE MOLECULAIRE EN PARASITOLOGIE ET MYCOLOGIE
EXTRACTION D'AN
TECHNIQUE PCR
SEQUENCAGE D'AN
GENOTYPAGE
APPORT DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE EN PARASITOLOGIE ET MYCOLOGIE MEDICALE
Les principales techniques sont les réactions de précipitation, les réactions d'agglutination et les réactions de neutralisation.
La plupart de ces techniques utilisent les propriétés des anticorps monoclonaux.
Leur affinité et leur spécificité de liaison à leur cible fait d'eux des outils incontournables de détection.
Ils permettent de déterminer la présence d'un épitope particulier dans un échantillon, permettant ainsi dans les techniques comme le western blot ou l'ELISA de détecter des protéines, ou des modifications particulières de protéine (phosphorylation, acétylation, etc.).
Coloration et examen des frottis sanguinsS/Abdessemed
La coloration des frottis sanguins permet d’identification des leucocytes grâce à leurs caractéristiques propres mises en évidence par un colorant approprié, ainsi que l’observation de la morphologie des érythrocytes et des plaquettes.
PCR : Polymerase chain reaction : classique et en temps réelNadia Terranti
la PCR comme outil en biologie moléculaire .
PCR : Déroulement, optimisation, limites , inconvénients et variantes.
PCR en temps réel et chimies de détéction
PCR quantitative
Le séquençage haut débit: NGS, une révolution de la biologie moléculaire au s...Pasteur_Tunis
Présentation de MALLEK Ramdane
rmallek@lab-cerba.com
Biologie Moléculaire et génomique, Laboratoire Cerba, Saint-Ouen l'Aumône, France
Institut Pasteur de Tunis 6 Avril 2019
Petit exercice de vulgarisation sur les tenants et aboutissants du séquençage de l'ADN, de ses applications et de l'écosystème entrepreneurial qui l'entoure.
ce cours s'adresse aux étudiants graduant en médecine , en pharmacie et en médecine dentaire et apporte les lignes directrices en matière du pour quoi, quand et comment confirmer l'origine virale d'une infection.
n'oubliez pas d'aimer mes cours si vous trouvez qu'ils vous apportent un plus, soyez libre de laisser un commentaire , une question ou une remarque.
La parasitologie médicale comporte des approches différentes mais complémentaires : - les parasites et champignons microscopiques en tant qu’agents pathogènes avec leurs morphologies et leurs biologies propres.
- le parasitisme forme particulière et dépendante entre deux organismes vivant en relation étroite.
- la maladie parasitaire ou mycosique et son environnement, résultats pathologiques du contact précédent entre le parasite ou champignon et son hôte. Cette relation entre l’hôte et son parasite se situe dans un environnement influant intervenant dans l’épidémiologie et la lutte contre les grandes endémies parasitaires exotiques.
La PCR est une technique qui a révolutionné la biologie moléculaire et qui a pris rapidement sa place dans les laboratoires. Son énorme succès apparait par le nombre d’articles publiés sur le site PubMed : 438134 articles depuis sa découverte (pubMed, mars 2018) ce qui donne une idée assez claire de l’importance de celle-ci dans le monde scientifique
Test d'EMMEL ou test de falciformation des hématiesS/Abdessemed
La drépanocytose est caractérisée par la forme en faucille que prennent les globules rouges lorsqu’ils sont désoxygénés. l’hémoglobine S se polymérise alors sous forme de cristaux insolubles allongés qui déforment les hématies...
Le diagnostic biologique du paludisme par microscopie - Conférence du 6e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - MENARD Didier - Madagascar - dmenard@pasteur.mg
El paciente de 29 años presenta un dolor abdominal intenso de 2 días en la fosa iliaca derecha, con vómitos, fiebre y diaforesis. El examen físico muestra signos de rebote positivo en el apéndice y contractura abdominal. La impresión diagnóstica es apendicitis aguda, con diagnósticos diferenciales de colecistitis aguda, colico biliar, diverticulitis o volvulo intestinal.
Le séquençage haut débit: NGS, une révolution de la biologie moléculaire au s...Pasteur_Tunis
Présentation de MALLEK Ramdane
rmallek@lab-cerba.com
Biologie Moléculaire et génomique, Laboratoire Cerba, Saint-Ouen l'Aumône, France
Institut Pasteur de Tunis 6 Avril 2019
Petit exercice de vulgarisation sur les tenants et aboutissants du séquençage de l'ADN, de ses applications et de l'écosystème entrepreneurial qui l'entoure.
ce cours s'adresse aux étudiants graduant en médecine , en pharmacie et en médecine dentaire et apporte les lignes directrices en matière du pour quoi, quand et comment confirmer l'origine virale d'une infection.
n'oubliez pas d'aimer mes cours si vous trouvez qu'ils vous apportent un plus, soyez libre de laisser un commentaire , une question ou une remarque.
La parasitologie médicale comporte des approches différentes mais complémentaires : - les parasites et champignons microscopiques en tant qu’agents pathogènes avec leurs morphologies et leurs biologies propres.
- le parasitisme forme particulière et dépendante entre deux organismes vivant en relation étroite.
- la maladie parasitaire ou mycosique et son environnement, résultats pathologiques du contact précédent entre le parasite ou champignon et son hôte. Cette relation entre l’hôte et son parasite se situe dans un environnement influant intervenant dans l’épidémiologie et la lutte contre les grandes endémies parasitaires exotiques.
La PCR est une technique qui a révolutionné la biologie moléculaire et qui a pris rapidement sa place dans les laboratoires. Son énorme succès apparait par le nombre d’articles publiés sur le site PubMed : 438134 articles depuis sa découverte (pubMed, mars 2018) ce qui donne une idée assez claire de l’importance de celle-ci dans le monde scientifique
Test d'EMMEL ou test de falciformation des hématiesS/Abdessemed
La drépanocytose est caractérisée par la forme en faucille que prennent les globules rouges lorsqu’ils sont désoxygénés. l’hémoglobine S se polymérise alors sous forme de cristaux insolubles allongés qui déforment les hématies...
Le diagnostic biologique du paludisme par microscopie - Conférence du 6e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - MENARD Didier - Madagascar - dmenard@pasteur.mg
El paciente de 29 años presenta un dolor abdominal intenso de 2 días en la fosa iliaca derecha, con vómitos, fiebre y diaforesis. El examen físico muestra signos de rebote positivo en el apéndice y contractura abdominal. La impresión diagnóstica es apendicitis aguda, con diagnósticos diferenciales de colecistitis aguda, colico biliar, diverticulitis o volvulo intestinal.
O documento discute a história dos telhados verdes, desde a pré-história até o Velho Oeste Americano. Ele descreve como os telhados verdes extensivos têm suas origens nos antigos telhados de turfa e como os telhados verdes intensivos evoluíram dos jardins suspensos da Mesopotâmia, com exemplos de cada um ao longo da história.
La iglesia actual se asienta sobre un antiguo monasterio del siglo VIII y es el monumento más importante de Santoña. Data del siglo XVI el retablo mayor situado en la cabecera y la puerta principal está compuesta por tres arquivoltas adornadas con dientes de sierra, arcos y hojas de roble.
El documento proporciona instrucciones en 5 pasos para realizar una búsqueda en la base de datos PubMed. Los pasos incluyen buscar en Google la página de la biblioteca de ciencias de la salud de la Universidad de Sevilla, seleccionar la base de datos PubMed, realizar una búsqueda utilizando palabras clave y operadores lógicos, filtrar los resultados según idioma, tipo de documento y fecha, y acceder al texto completo del documento seleccionado.
Country Club Villa - Análisis Organizacional Lourdes Osores
Realizamos un diagnóstico al área deportiva del Country Club Villa en el 2014 respecto a:
- Análisis interno y externo de la organización
- Análisis de las actividades
- Medición de la carga de trabajo
- Análisis de los procesos
El documento proporciona una explicación del estado de pérdidas y ganancias. Explica que muestra la rentabilidad de una empresa durante un período y presenta los resultados de las operaciones, incluyendo ingresos por ventas y gastos. Detalla las cuentas que deben incluirse como ventas, compras, gastos de venta y administración, e inventario.
The document discusses HIV/AIDS, how HIV attacks and weakens the immune system, the progression to AIDS, signs and symptoms, transmission, risk behaviors, statistics on cases in the Philippines, and prevention strategies. HIV infects and destroys CD4 cells, progressively destroying the immune system and leaving the body vulnerable to opportunistic infections. Without treatment, HIV ultimately develops into AIDS. The A-B-C-D-E method is described as the primary prevention strategy.
Este documento describe los pasos del proceso de selección de personal. Inicia con el análisis del puesto vacante para determinar el perfil requerido. Luego se realiza el reclutamiento interno o externo de candidatos. Se aplican entrevistas iniciales, preliminares y finales a los candidatos. Tras las entrevistas se emite un informe y se procede a la contratación de la persona seleccionada. El control del proceso permite identificar ventajas como una mejor contratación y menor rotación, pero también puede traer desventajas si
Este documento define el estreñimiento crónico y describe su epidemiología, fisiopatología, clasificación, síntomas, diagnóstico y tratamiento. Define el estreñimiento crónico como menos de 3 deposiciones por semana y dificultad para defecar. Afecta a aproximadamente el 3% de los preescolares. Su tratamiento incluye desimpactación, uso de laxantes, dieta rica en fibra y actividad física.
Brochure Sistema de Información para administración de establecimientos comer...Sotosoftco
SOTOSOFT desarrolla software amigable y eficiente para gestionar negocios, ajustándolo a cada empresa y brindando apoyo continuo. Ofrece sistemas de información modulares para comercio, restaurantes, autoservicios, finanzas e información contable, con versiones básica, comercial y empresarial para controlar inventarios, facturación, compras, cartera y contabilidad.
Dirac demo (quantum mechanics with C++). Please note: There is a problem with...Russell Childs
Simple demo of a framework I wrote for doing quantum mechanics in C++. It uses Dirac bras, kets, inner & tensor products, operators and so forth for the linear algebra of QM.
This document provides an overview of MongoDB and examples of CRUD operations. It discusses setting up a MongoDB directory and starting the server and shell. It then demonstrates creating, reading, updating, and deleting documents. Examples show inserting single documents and bulk inserting 1000 documents with random scores. Queries are demonstrated using find() with filters. Updates are shown using update() with $set and $push operators. Hands-on exercises are provided to practice CRUD operations on sample datasets.
This document provides information about a group called Vancouver Disciplined Trading Hub (VDTH) that meets every Sunday to discuss trading strategies. The group is led by Karim Adatia, Maki Yanagi and other financial educators. They teach about disciplined trading, which involves predefining risk, cutting losses, and using systematic money management. Their inspiration comes from traders like Mark Douglas and Norman Hallet. The group offers content and programs on non-directional and directional trades that utilize options strategies. Non-directional trades focus on range-bound markets using techniques like iron condors that benefit from time decay. The document provides disclaimers about the educational nature of the content and that they are not providing individual recommendations
The asquith group case study some statisticsasalarsson
According to statistics, 21% of young Australians do not complete secondary school, and those who do not finish are far more likely to be unemployed. In 2011, 35% of 20-24 year olds in Victoria whose highest level was Year 11 or below were unemployed or not in the workforce. Youth unemployment rates are at their highest since the 1990s in Australia and Victoria. Disengagement from education and unemployment among youth are costly, estimated to cost Australia $2.6 billion per year in higher social welfare, health, and crime prevention costs as well as lower tax revenue and productivity. Inner metropolitan areas of Melbourne also experience issues, with the Education Engagement Partnership encountering 40% of young people they assisted in 2014
This document introduces NUTAS, a non-invasive ultrasound tumor ablation system developed through a joint venture between an Indian and Chinese company. NUTAS provides a breast-conserving alternative to surgery for treating breast cancer tumors. It uses high-intensity focused ultrasound to coagulatively necrosis tumor cells without damaging surrounding tissue. Over 138 patients in Delhi have been successfully treated with NUTAS, which can treat tumors across stages and offers benefits like no scarring or risk of infection compared to surgery.
This document provides information about purchasing a 3Com 3C13634A router from Launch 3 Telecom. It describes the product, payment and shipping options, warranty, and additional services offered by Launch 3 such as repairs, maintenance contracts, and equipment deinstallation. Customers can purchase the router by phone, email, or online form and receive same-day shipping with tracking for orders placed before 3PM EST.
ADN et génotypage - Présentation de la 5e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - Célestin RAZAFINJATO - Médecin - INSPC - Antananarivo, Madagascar - razafinjatocelestin@yahoo.fr
De l'ADN à la protéine & de l'antigène à l'anticorps - Présentation de la 5e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - Edith Christiane BOUGOUMA - Chercheur - Centre National de Recherche sur le Paludisme / CNRFP - Ouagadougou, Burkina Faso - eddycnrfp@yahoo.fr
Entomologie moléculaire et étude de la structuration génétique des anophèles - Présentation de la 2e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - RANDRIANASOLO Laurence - INSTITUT PASTEUR de MADAGASCAR BP 1274 Antananarivo, Madagascar - laurandrianas@yahoo.fr
Immunoconjugués et diagnostic : Applications et perspectives Mourad FERHAT, PhD
Intervention à la journée Immunoconjugués pour la médecine personnalisée.
Organisé par MabDesign et Atlanpole Biotherapies, cet évènement destiné aux entreprises pharmaceutiques (grands groupes et PME) et laboratoires académiques impliqués dans le domaine des immunothérapies a été l'occasion d'évoquer les dernières innovations dans le développement des immuno-conjugués comme outils de diagnostic, d’immunomonitoring, comme biomarqueurs de tests compagnons ou encore avec une action thérapeutique et leur impact dans la médecine personnalisée. https://www.b2match.eu/immuno-conjugues
1. République Algérienne Démocratique et Populaire
MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERGHE
SCIENTIFIQUE
UNIVERSITE HASSIBA BEN BOUALI CHLEF
Biotechnologie Microbienne L3
Module :Biologie Moléculaire
Présenté par:
-BOUREZAK RABIAA-NAWEL
-HADJ BEN ELEZAAR ASMA
Dirigé par:
-Mm . NAHAL
2015/2016
3. Les étapes de construction
Fonctionnement des puces a ADN
Domaines d’utilisation
Les avantages et les inconvénient
Conclusion
Notre plan de présentation
4. Le concept de puce à ADN repose sur une technologie
multidisciplinaire intégrant la biologie, la nanotechnologie, la
chimie des acides nucléiques, l’analyse d’images et la bio-
informatique. Grace à cet outil, il est possible de mesurer le
niveau d’expression de plusieurs milliers de gènes
simultanément et les applications sont en plein essor dans un
grand nombre de domaines comme la pharmacologie, la
médecine ou l’environnement.
INTRODUCTION
5. Historique
leur concept date de 1987 « suite logique aux
anciennes méthodes de northern blotting.
La technologie des puces à ADN est basée sur le principe
d’hybridation développé par southern (1974).
Les premières puces à ADN sont apparues en 1993.
Schena et al 1995
6. Définition des puces à ADN
Une biopuce, puce à ADN, est un ensemble de molécules
d'ADN fixées en rangées ordonnées sur une petite surface
qui peut être du verre, du silicium ou du plastique.
puces à
gènes
micromatrice
d'ADN
puce à
ADN
Une
biopuce
biochip
Cette biotechnologie récente permet d'analyser le niveau
d'expression des gènes (transcrits) dans une cellule, un
tissu, un organe, un organisme ou encore un mélange
complexe, à un moment donné et dans un état donné par
rapport à un échantillon de référence.
7. Microarray:
lame en verre
-plus miniaturisé
-utilise les produit
PCR
-200-400 microns
-cibles marquées
par fluorescence
Macroarray:
-utilise des clones
d’ ADNc .
-disposés sur une
membrane de
nylon.
-associés avec des
cibles
Radioactives.
Oligonucléotides:
Affimetrix
-synthèse chimique
d’oligonucléotides
In-situ
-sur surface solide
- un procédé de
photolithographie
http://www.lsp.ups-tlse.fr/Journee_Biopuce_03_2003/jjd.pdf
Les différents types de puces
à ADN
8. Source : The Samuel Roberts
Noble Foundation, Inc
10. Microarrays
Macroarrays
Puces à
oligonucléotides
http://www.lsp.ups-tlse.fr/Journee_Biopuce_03_2003/jjd.pdf
La Fabrication
Les fragments d'ADNc amplifiés par la
technique de PCR sont déposés sur
une lame de verre par adressage
mécanique.
L’accrochage de la molécule d’ADNc se
fait grâce à (la poly-lysine).
L’ADN est lié de manière covalente au
support par une exposition aux UV.
Un Support idéal, c’est lui qui permet :
L’immobilisation efficace des sondes
sur la surface.
L’hybridation robuste de la sonde
avec la cible.
11. Microarrays
Macroarrays
Puces à
oligonucléotides
http://www.lsp.ups-tlse.fr/Journee_Biopuce_03_2003/jjd.pdf
Préparation de la
cible
-Les ARNm sont extraits des deux
cultures dont on veut comparer leurs
expressions.
-Les ARNm sont ensuite transformés en
ADNc monocaténaires par
transcription inverse RT-PCR.
-L’ADN de la première culture est
marqué avec un fluorochrome vert, et
l'ADN de la seconde culture est
marqué en rouge.
-Mélange des deux ADNc (vert et
rouge) : c’est la cible.
13. MODE DE FIXATION des sondes:
séchage 12H /fixation des ADN par
cuisson à 80c° / lavage
14. Microarrays
Macroarrays
Puces à
oligonucléotides
http://www.lsp.ups-tlse.fr/Journee_Biopuce_03_2003/jjd.pdf
La lecture
1-La puce est
placée sous un
scanner
éléctronique.
2-Des résultats
obtenus par
des logiciels
informatiques
3-Superposition des images vertes et rouges :
le vert , c’est seulement l'ADN de la
première condition qui est fixé ; le rouge
c’est seulement l'ADN de la seconde
condition qui est fixé)
*Schena M. et al, TIBTECH. 1998, July; vol 16: pages 301-306
Microarrays: biotechnology’s discovery platform for
functional genomics
17. Microarrays
Macroarrays
Puces à
oligonucléotides
http://www.lsp.ups-tlse.fr/Journee_Biopuce_03_2003/jjd.pdf
Analyse des
données
*On calcule le ratio des intensités=
fluorescence rouge / fluorescence verte.
Si ce ratio > 1 (la couleur est
rouge), le gène est plus exprimé, si ce
ratio < 1 (la couleur est verte), le gène
est moins exprimé.
*On suppose alors que la quantité d'ADN
fluorescent fixée est proportionnelle à la
quantité d’ARNm correspondante dans la
cellule de départ
*On mesure la quantité de signal dans la
longueur d'onde d'émission du
fluorochrome (vert et rouge)
pour chacun des spots
20. On réalise une synthèse chimique
d’oligonucléotides représentative des
génes de l’organisme étudié,
directement sur une lame de verre, par
un procédé photolithographique .
1- Les lames sont activées (traitées par des espaceurs) de manière à
fixer des nucléotides.
2- Les extrémités libres des espaceurs sont protégées par des groupements
photholabiles pour empêcher la fixation des nucléotides au hasard.
3-Nous utilisons ensuite un jeu de masque photolithografique (protection
contre les rayons « UV »).Comme ,dans le cas de notre ADN, l’adénine doit
apparaître à la 4eme et la 6eme place sur la lame , le masque doit protéger
toutes les places à l’exception de la 4ème et la 6ème .
4-On procède à l’Insolation par des rayons « UV » qui vont détruire les
groupememts photolabiles de la 4ème et la 6ème place.
5- Puis la lame est trempée dans une solution contenant un nucléotide protégé
portant la base « A »Adénine. Ce nucléotide va se fixer à la 4ème et à la 6ème
place.
3-Réseaux d’oligonucléotides :
synthèse d’oligonucléotides in
situ (sur une surfase)
21. Généralement, quand la limite
d’un ratio est > 2 ou <0,5 » on
considère qu’un gène est
respectivement sur exprimé ou
sous- exprimé, dans une des
cibles par rapport à l’autre.
Source : Le principe des puces à ADN (Cours ENS)
Figure 03:(Intensité dans le rougeCY5) =
f(intensités dans le vertCY3).
22. Domaine d’utilisation
parallèlement à l’analyse des profils d’expression, les puces à
ADN offrent la possibilité de réaliser des études très diverses.
- La cancérologie :l’approche de puce à ADN a permis d’améliorer
la classification des tumeurs.
-Le criblage médicamenteux : les puces à ADN permettent de
découvrir de nouveaux médicaments plus rapidement et d’en
réduire le coût grâce a leur vitesse d’analyser des milliers de
molécules.
-L’environnement: L’applications des puces à ADN, notamment
pour la détection rapide et à bas coût de substances organiques,
principalement des agents pathogènes dilués dans
l’environnement.
-Les applications dans le domaine de la guerre
bactériologique ou chimique: En déterminant par avance les
modifications du fonctionnement génétique des cellules
immunitaires occasionnées par des agents toxiques.
23. Domaine d’utilisation
Avantages Inconvénients
Étude simultanée des profils
d’expression de plusieurs millier
de gènes.
Les données sont
cumulables.
Les groupes de gènes
affichent des comportements
identiques dans une situation
biologique donnée.
La technique est assez
lourde à mettre en place.
L’équipement de départ
est d’un coût relativement
élevé.
Le grand nombre de
résultats obtenu très
rapidement nécessite un
traitement informatique et
statistique non négligeable.
24. conclusion
-Les biopuces se présentent comme une réelle révolution
autant au point de vue technologique qu’applicatif. En
effet, les procédés de fabrication et d’exploitation
nécessitent la participation de sciences à vocations
différentes qui deviennent ici complémentaires : d’un
côté des technologies relevant des télécommunications
telles que l’électronique, l’optique et l’informatique, et
d’autre la biologie.