L’ examen du sédiment urinaire, particulièrement important pour mettre en évidence la présence de cristaux et d’éléments cellulaires (hématies, leucocytes, L’ examen du sédiment urinaire, particulièrement important pour mettre en évidence la présence de cristaux et d’éléments cellulaires (hématies, leucocytes, cellules épithéliales, cylindres, bactéries, levures,..) devrait être réalisé sur chaque analyse d’urine, même si aucune anomalie n’est détectée à la bandelette urinaire.
En effet, un certain nombre de prélèvements d’urine sans anomalie à la bandelette peuvent avoir un culot anormal (pyurie, bactériurie, etc).
cylindres, bactéries, levures,..) devrait être réalisé sur chaque analyse d’urine, même si aucune anomalie n’est détectée à la bandelette urinaire.
En effet, un certain nombre de prélèvements d’urine sans anomalie à la bandelette peuvent avoir un culot anormal (pyurie, bactériurie, etc).
Le déficit en C1q , Si le système du complément NE s’active PAS, Si le système du complément s’active TROP,Le déficit en premieres fractions activatrices (qui précedent la molécule C3), La prise en charge des déficits en protéines activatrices du complément , L’exploration du système du complément au laboratoire , angio-œdème récurrent en l'absence de réactions allergiques, Cas clinique
L’ examen du sédiment urinaire, particulièrement important pour mettre en évidence la présence de cristaux et d’éléments cellulaires (hématies, leucocytes, L’ examen du sédiment urinaire, particulièrement important pour mettre en évidence la présence de cristaux et d’éléments cellulaires (hématies, leucocytes, cellules épithéliales, cylindres, bactéries, levures,..) devrait être réalisé sur chaque analyse d’urine, même si aucune anomalie n’est détectée à la bandelette urinaire.
En effet, un certain nombre de prélèvements d’urine sans anomalie à la bandelette peuvent avoir un culot anormal (pyurie, bactériurie, etc).
cylindres, bactéries, levures,..) devrait être réalisé sur chaque analyse d’urine, même si aucune anomalie n’est détectée à la bandelette urinaire.
En effet, un certain nombre de prélèvements d’urine sans anomalie à la bandelette peuvent avoir un culot anormal (pyurie, bactériurie, etc).
Le déficit en C1q , Si le système du complément NE s’active PAS, Si le système du complément s’active TROP,Le déficit en premieres fractions activatrices (qui précedent la molécule C3), La prise en charge des déficits en protéines activatrices du complément , L’exploration du système du complément au laboratoire , angio-œdème récurrent en l'absence de réactions allergiques, Cas clinique
Mécanismes de résistance des plasmodies aux antipaludiques - Présentation de la 5e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - Abdalli Mari MOUHAMADI - Médecin - Ministère de la Santé / PNLP - Moroni, Union des Comores - internetshop2006@yahoo.fr
La PCR est une technique qui a révolutionné la biologie moléculaire et qui a pris rapidement sa place dans les laboratoires. Son énorme succès apparait par le nombre d’articles publiés sur le site PubMed : 438134 articles depuis sa découverte (pubMed, mars 2018) ce qui donne une idée assez claire de l’importance de celle-ci dans le monde scientifique
cytokines, récepteurs de cytokines, chimiokines, caractéristiques des cytokines, mode de fonctionnement des cytokines, maladies liées aux cytokines
antigènes, immunogènes, vaccination, paramétres de l'immunogénicité, réactions croisées
L'ECBU est un examen cytobactériologique des urines, qui permet de détecter la présence de bactéries et de cellules anormales dans les urines. C'est un examen de base couramment utilisé pour diagnostiquer les infections urinaires, qui sont des affections fréquentes touchant des millions de personnes chaque année. Les infections urinaires sont plus fréquentes chez les femmes que chez les hommes et peuvent entraîner des symptômes tels que des douleurs, des brûlures et des envies fréquentes d'uriner. Si elles ne sont pas traitées, elles peuvent causer des complications graves telles que des infections rénales et des lésions rénales irréversibles.
Dans cet exposé, nous allons explorer les aspects cliniques, diagnostiques et thérapeutiques de l'ECBU pour la détection des infections urinaires.
Aspects cliniques
Les infections urinaires sont classées en deux types : les infections urinaires basses et les infections urinaires hautes. Les infections urinaires basses, également appelées cystites, affectent la vessie et l'urètre et peuvent être accompagnées de douleurs, de brûlures et d'une envie fréquente d'uriner. Les infections urinaires hautes, également appelées pyélonéphrites, affectent les reins et peuvent causer de la fièvre, des frissons et des douleurs dorsales.
Les infections urinaires peuvent être causées par différents types de bactéries, mais la bactérie Escherichia coli est le plus souvent impliquée dans les infections urinaires basses. Les infections urinaires hautes peuvent être causées par des bactéries telles que Proteus, Klebsiella et Pseudomonas.
Les facteurs de risque pour les infections urinaires comprennent le sexe féminin, les antécédents d'infections urinaires, la grossesse, le diabète, l'utilisation de cathéters urinaires, une obstruction urinaire et une faible immunité.
Diagnostic
L'ECBU est l'examen de choix pour diagnostiquer les infections urinaires. Il est important de prélever un échantillon d'urine avant le traitement antibiotique pour éviter les faux négatifs. Pour effectuer un ECBU, le patient doit fournir un échantillon d'urine propre et stérile dans un récipient spécifique fourni par le laboratoire. L'échantillon doit être prélevé en milieu de jet pour éviter les contaminants de la flore vaginale ou péri-anale.
Le laboratoire analyse l'échantillon d'urine en examinant le nombre de bactéries présentes et en les identifiant par culture bactérienne. Le laboratoire examine également la présence de cellules anormales telles que des globules rouges et des globules blancs.
En plus de l'ECBU, des examens complémentaires tels que l'échographie rénale, la tomodensitométrie et la cystoscopie peuvent être nécessaires pour diagnostiquer les infections urinaires hautes et les complications associées.
Traitement
Le traitement des infections urinaires dépend du type d'infection et de la gravité des symptômes. Les infections urinaires basses peuvent être traitées avec des antibiot
TECHNIQUES DE BIOLOGIE MOLECULAIRE EN PARASITOLOGIE ET MYCOLOGIE
EXTRACTION D'AN
TECHNIQUE PCR
SEQUENCAGE D'AN
GENOTYPAGE
APPORT DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE EN PARASITOLOGIE ET MYCOLOGIE MEDICALE
Le calcium est le constituant minéral le plus abondant chez l'homme, en moyenne de 1 à 1,2 kg, dont 98 % dans le tissu osseux.
En dehors de l'ossification, il joue un rôle extrêmement important dans la conduction
neuromusculaire, la coagulation, la perméabilité des membranes cellulaires, l'activation de certaines enzymes et l'action de nombreuses hormones.
C’est une réaction d’agglutination permettant de mettre en évidence des Anti corps anti brucellique dans le sérum de sujet en présence de l’antigène brucellique qui est obtenu à partir de cultures smooth Brucella abortus inactivées par la chaleur et le phénol.
l'hypersensibilité immédiate ou dite de type I.ALLERGIE A LA PENICILLIN. Exploration de l’Hypersensibilite Immédiate. IMMUNOTHÉRAPIE SPÉCIFIQUE DE L’HS TYPE I. Hypersensibilite Type II (Cytotoxique), Pemphigus vulgaris, Hypersensibilite Type III (Complexes Immuns), Hypersensibilité de type IV ou retardée, le lichen Plan, HS type IV contre le Latex, Test de Transformation Lymphoblastique (TTL), LES ETATS D’HYPERSENSIBILITE de l’Immunité INNÉE
Dont forget that you can make a whole document translation through online translation apps ! do it and share the knowledge !
ce cours est destiné aux étudiants graduant en médecine et en pharmacie. il regroupe les principaux aspect taxonomiques , bactériologiques et cliniques relatifs aux cocci a Gram positif catalase négatifs prinxipalement le Genre Streptococcus.
This course is destined to students graduating in medicine and pharmacy and regroups general data on Gram positive Catalase negative cocci mainly the Genus Streptococcus
Blood is composed of solid particles known as formed elements suspended in fluid plasma. The formed elements are red blood cells, white blood cells, and platelets. Red blood cells carry oxygen and carbon dioxide, white blood cells help fight infection, and platelets help the blood to clot. When blood is centrifuged, it separates into three layers - plasma on top, then a buffy coat containing white blood cells and platelets, and red blood cells packed on the bottom.
The circulatory system consists of the heart, blood vessels, and blood. The heart pumps blood throughout the body in two circulation loops - pulmonary circulation to the lungs and systemic circulation to the rest of the body. Blood carries oxygen, nutrients, hormones, and waste products and circulates in a double circulation through arteries, veins, and capillaries where gas and nutrient exchange occurs. The circulatory system helps transport these materials, fight infections, regulate temperature and pH, and heal injuries through clotting.
Mécanismes de résistance des plasmodies aux antipaludiques - Présentation de la 5e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - Abdalli Mari MOUHAMADI - Médecin - Ministère de la Santé / PNLP - Moroni, Union des Comores - internetshop2006@yahoo.fr
La PCR est une technique qui a révolutionné la biologie moléculaire et qui a pris rapidement sa place dans les laboratoires. Son énorme succès apparait par le nombre d’articles publiés sur le site PubMed : 438134 articles depuis sa découverte (pubMed, mars 2018) ce qui donne une idée assez claire de l’importance de celle-ci dans le monde scientifique
cytokines, récepteurs de cytokines, chimiokines, caractéristiques des cytokines, mode de fonctionnement des cytokines, maladies liées aux cytokines
antigènes, immunogènes, vaccination, paramétres de l'immunogénicité, réactions croisées
L'ECBU est un examen cytobactériologique des urines, qui permet de détecter la présence de bactéries et de cellules anormales dans les urines. C'est un examen de base couramment utilisé pour diagnostiquer les infections urinaires, qui sont des affections fréquentes touchant des millions de personnes chaque année. Les infections urinaires sont plus fréquentes chez les femmes que chez les hommes et peuvent entraîner des symptômes tels que des douleurs, des brûlures et des envies fréquentes d'uriner. Si elles ne sont pas traitées, elles peuvent causer des complications graves telles que des infections rénales et des lésions rénales irréversibles.
Dans cet exposé, nous allons explorer les aspects cliniques, diagnostiques et thérapeutiques de l'ECBU pour la détection des infections urinaires.
Aspects cliniques
Les infections urinaires sont classées en deux types : les infections urinaires basses et les infections urinaires hautes. Les infections urinaires basses, également appelées cystites, affectent la vessie et l'urètre et peuvent être accompagnées de douleurs, de brûlures et d'une envie fréquente d'uriner. Les infections urinaires hautes, également appelées pyélonéphrites, affectent les reins et peuvent causer de la fièvre, des frissons et des douleurs dorsales.
Les infections urinaires peuvent être causées par différents types de bactéries, mais la bactérie Escherichia coli est le plus souvent impliquée dans les infections urinaires basses. Les infections urinaires hautes peuvent être causées par des bactéries telles que Proteus, Klebsiella et Pseudomonas.
Les facteurs de risque pour les infections urinaires comprennent le sexe féminin, les antécédents d'infections urinaires, la grossesse, le diabète, l'utilisation de cathéters urinaires, une obstruction urinaire et une faible immunité.
Diagnostic
L'ECBU est l'examen de choix pour diagnostiquer les infections urinaires. Il est important de prélever un échantillon d'urine avant le traitement antibiotique pour éviter les faux négatifs. Pour effectuer un ECBU, le patient doit fournir un échantillon d'urine propre et stérile dans un récipient spécifique fourni par le laboratoire. L'échantillon doit être prélevé en milieu de jet pour éviter les contaminants de la flore vaginale ou péri-anale.
Le laboratoire analyse l'échantillon d'urine en examinant le nombre de bactéries présentes et en les identifiant par culture bactérienne. Le laboratoire examine également la présence de cellules anormales telles que des globules rouges et des globules blancs.
En plus de l'ECBU, des examens complémentaires tels que l'échographie rénale, la tomodensitométrie et la cystoscopie peuvent être nécessaires pour diagnostiquer les infections urinaires hautes et les complications associées.
Traitement
Le traitement des infections urinaires dépend du type d'infection et de la gravité des symptômes. Les infections urinaires basses peuvent être traitées avec des antibiot
TECHNIQUES DE BIOLOGIE MOLECULAIRE EN PARASITOLOGIE ET MYCOLOGIE
EXTRACTION D'AN
TECHNIQUE PCR
SEQUENCAGE D'AN
GENOTYPAGE
APPORT DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE EN PARASITOLOGIE ET MYCOLOGIE MEDICALE
Le calcium est le constituant minéral le plus abondant chez l'homme, en moyenne de 1 à 1,2 kg, dont 98 % dans le tissu osseux.
En dehors de l'ossification, il joue un rôle extrêmement important dans la conduction
neuromusculaire, la coagulation, la perméabilité des membranes cellulaires, l'activation de certaines enzymes et l'action de nombreuses hormones.
C’est une réaction d’agglutination permettant de mettre en évidence des Anti corps anti brucellique dans le sérum de sujet en présence de l’antigène brucellique qui est obtenu à partir de cultures smooth Brucella abortus inactivées par la chaleur et le phénol.
l'hypersensibilité immédiate ou dite de type I.ALLERGIE A LA PENICILLIN. Exploration de l’Hypersensibilite Immédiate. IMMUNOTHÉRAPIE SPÉCIFIQUE DE L’HS TYPE I. Hypersensibilite Type II (Cytotoxique), Pemphigus vulgaris, Hypersensibilite Type III (Complexes Immuns), Hypersensibilité de type IV ou retardée, le lichen Plan, HS type IV contre le Latex, Test de Transformation Lymphoblastique (TTL), LES ETATS D’HYPERSENSIBILITE de l’Immunité INNÉE
Dont forget that you can make a whole document translation through online translation apps ! do it and share the knowledge !
ce cours est destiné aux étudiants graduant en médecine et en pharmacie. il regroupe les principaux aspect taxonomiques , bactériologiques et cliniques relatifs aux cocci a Gram positif catalase négatifs prinxipalement le Genre Streptococcus.
This course is destined to students graduating in medicine and pharmacy and regroups general data on Gram positive Catalase negative cocci mainly the Genus Streptococcus
Blood is composed of solid particles known as formed elements suspended in fluid plasma. The formed elements are red blood cells, white blood cells, and platelets. Red blood cells carry oxygen and carbon dioxide, white blood cells help fight infection, and platelets help the blood to clot. When blood is centrifuged, it separates into three layers - plasma on top, then a buffy coat containing white blood cells and platelets, and red blood cells packed on the bottom.
The circulatory system consists of the heart, blood vessels, and blood. The heart pumps blood throughout the body in two circulation loops - pulmonary circulation to the lungs and systemic circulation to the rest of the body. Blood carries oxygen, nutrients, hormones, and waste products and circulates in a double circulation through arteries, veins, and capillaries where gas and nutrient exchange occurs. The circulatory system helps transport these materials, fight infections, regulate temperature and pH, and heal injuries through clotting.
The document outlines chapter 5 of a biology textbook on membrane structure and function. It discusses:
1) The structure of the plasma membrane, including the phospholipid bilayer and embedded proteins.
2) Passive transport mechanisms like diffusion, osmosis, and facilitated transport that allow molecules to cross the membrane down a concentration gradient without cellular energy expenditure.
3) Active transport mechanisms that require cellular energy to move molecules across the membrane against a concentration gradient.
This document discusses cell structure and specialization. It defines cells as the basic unit of life and identifies their main parts as the nucleus, cytoplasm and cell membrane. The document explains that while all cells share these basic components, they come in many shapes and forms due to specialization. Specialized cells take on specific functions like transporting oxygen (red blood cells), movement (muscle cells), and defense (white blood cells). The adaptive features of different cell types allow organisms to carry out vital processes through systems of specialized cell types working together.
This document summarizes the process of isolating peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from whole blood. It describes that PBMCs contain lymphocytes and monocytes that are important for the immune system. The process involves layering blood on top of ficoll-hypaque, then centrifuging to separate the buffy coat containing PBMCs from other blood components. The PBMCs are then cultured for research applications such as studying HIV infection of CD4+ cells.
Here are the key differences between RBCs and WBCs:
- RBCs are biconcave discs without a nucleus, allowing more space for hemoglobin. WBCs have various shapes and all contain a nucleus.
- RBCs contain hemoglobin which binds oxygen. WBCs do not contain hemoglobin and are responsible for immune defense.
- RBCs have a smaller diameter (8um) and thickness (2um) compared to WBCs (15um).
- There are 5 million RBCs per mm3 of blood, but only 6000-10000 WBCs per mm3.
- RBCs have a lifespan of 120 days before being destroyed and recycled
Blood functions to transport oxygen, nutrients, waste, hormones, and more throughout the body. It is composed of plasma and formed elements including erythrocytes, leukocytes, and thrombocytes. Erythrocytes carry oxygen to tissues via hemoglobin and have a normal lifespan of 100-120 days before being recycled. The erythrocyte sedimentation rate is a common test measuring the rate at which red blood cells sediment in one hour, indicating inflammation.
El documento lista materiales escolares comunes en español como lápices, bolígrafos, cuadernos, diccionarios, carpetas, estuches y otros útiles necesarios para estudiar. Divide la lista en dos secciones de vocabulario que incluyen los nombres en español de útiles populares como bolígrafos, lápices, gomas de borrar, tijeras y libros.
Este documento presenta una breve introducción al arte hispanomusulmán en Al-Ándalus. Explica que el arte musulmán estaba al servicio de la fe y el poder político y era anicónico, sin representaciones humanas. Describe características de la arquitectura como su eclecticismo, uso de materiales naturales y elementos como arcos, columnas y cúpulas. Finalmente, define vocabulario arquitectónico como alcazaba, alfiz y azulejo.
El documento presenta información sobre países y nacionalidades en Europa. Menciona que el autor es español de Zaragoza y pregunta de dónde son otros. Luego lista países europeos junto con sus gentilicios masculinos y femeninos, así como sus nombres en diferentes idiomas. Finalmente incluye una tabla con países, gentilicios y banderas.
Este poema describe el sonido del viento que viene del mar en una noche silenciosa. Se escucha al viento golpear insistentemente los cristales de la ventana, llorando y llamando como si estuviera perdido. Sin embargo, el que mantiene despierto al poeta no es el viento, sino el alma, que aunque ahora está encerrada en el cuerpo, alguna vez fue libre como el viento y aún recuerda.
El documento hace varias comparaciones entre las quejas y problemas de la persona y la situación de otros que la tienen peor. En 3 oraciones resume que debemos sentirnos agradecidos por lo que tenemos en vez de quejarnos, que hay personas con menos suerte que nosotros, y que debemos intentar ayudar a los demás en vez de quejarnos.
Este documento lista el vocabulario relacionado con el material escolar en español, incluyendo artículos como bolígrafos, lápices, cuadernos, diccionarios, carpetas, estuches, gomas de borrar, tijeras y más. También incluye herramientas como reglas, compases y grapadoras.
Le traitement en primo-infection à VIH - Christine Rouzioux - Rencontre du Cr...Vih.org
Traitement en Primo-infection à VIH: Intérêt individuel et/ou collectif ?, par Pr Christine Rouzioux, Virologie, CHU Necker, EA 3620, Université Paris Descartes, Paris (France)
Cette présentation a eu lieu dans le cadre de la Rencontre du Crips, organisée avec Vih.org : «La primo-infection VIH: Actualités 2009 et impact sur la prévention»
Cette vidéo présente les avancées récentes dans le domaine des connaissances fondamentales en génomique. Le pangénome apporte des clés de compréhension nouvelle.
Détection des allèles polymorphiques ou allèles antigènes variants par PCR - Présentation de la 2e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - OULD BRAHIM Hamoud, INSTITUT PASTEUR de DAKAR - Unité d’épidémiologie, BP :220, Dakar - SENEGAL - Etudiant en Thèse - hamoudey@yahoo.com
Outils moléculaires disponibles pour surveiller la résistance aux antipaludiques - Présentation de la 5e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - Claude GIRY - Biologiste - Centre Hospitalier - Mamoudzou, Mayotte - c.giry@chmayotte.fr
4. Analyse cytométrie en fluxAnalyse cytométrie en fluxAnalyse cytométrie en fluxAnalyse cytométrie en flux
• DotBlot (graphe en 2 dimensions)
• Histogramme (1 seul marquage représenté, MFI:
intensité moyenne de fluorescence)intensité moyenne de fluorescence)
• Multimarquages
• Marquage intracellulaire
(perméabilisation/fixation des cellules)(perméabilisation/fixation des cellules)
• Technique des « tétramères »Technique des tétramères
5. Détection de T spécifiques:
d é è d
Détection de T spécifiques:
d é è d
p q
Principe des tétramères‐MHC peptide
p q
Principe des tétramères‐MHC peptide
•Production de molécule MHC classe I ou 2
biotinylée chez E. coliy
•Dénaturation
•Renaturation en présence de peptide
•Tétramérisation par ajout de streptavidineTétramérisation par ajout de streptavidine
(couplée à un fluorochrome) => forte affinité
« fonctionnelle »
E Mi é id d’ é T CD8Ex: Mise en évidence d’une réponse T CD8
spécifique du cytomégalovirus chez un
patient HLA‐A2
Préparation des PBMC (peripheral blood
mononuclear cells) par gradient de Ficoll
Co‐marquage anticorps anti‐CD8/tétramère q g p
de molécule HLA‐A2‐peptide CMV)
7. stratégies de tristratégies de tri
• Cytomètre associé à un système de tri
L i i di bl d é i d l i l èLong mais indispensable pour des séparations sur de multiples paramètres,
possibilité de tri sur un marqueur biochimique. Possibilité d’analyse couplée au tri
de 70 000 cellules/s.
• Séparation par phase solide
(fond en plastique des boîtes de Pétri ou de culture cellulaire, billes de taille et de nature diverse )
– Les cellules sont retenues soit par adhérence spontanée, soit par affinité par
l’intermédiaire d’anticorps monoclonaux ou de lectines.
– « sélection positive » : population d’intérêt retenue par la phase solide
– « sélection négative » : population non retenue ( séparation plus « neutre »
fonctionnellement)
Plus simple, moins couteux, pureté inférieure au tri par cytométrie, pas toujours
applicable
8. Technique MACS (« Magnetic activated cell sorting ») Technique MACS (« Magnetic activated cell sorting »)
Billes d’oxyde de fer et de polysaccharide, diamètre de 50 nm y p y
couplées à des anticorps
Colonne de séparation magnétique placée dans un aimant de
très forte puissance.
Le tri est simple, rapide, pureté 50> > 95%, rendement > 90%, tri
rapide de 109 cellules (1 étape; 10 min.). Présence des billes
compatible avec un tri ultérieur en cytométrie de flux.
Ex: Tri négatif: élimination des cellules T dans le cadre des
ll ff d ll ( l lé à tiallogreffes de moelle (sur colonne couplée à un anticorps
monoclonal pan T.
9. Combinaison tri magnétique/Cytométrie pour lesCombinaison tri magnétique/Cytométrie pour lesCombinaison tri magnétique/Cytométrie pour les
populations rares
Combinaison tri magnétique/Cytométrie pour les
populations rares
Trier à partir de109 cellules totales, une sous‐population qui représente 0,5 %
d l ll l ( 6 ll l à b )de la suspension cellulaire (soit 5,106 cellules à obtenir) :
Enrichissement; moins de 10 minutes de tri avec l’Automacs pour avoir 107
cellules, pures à 50 %, puis 30 minutes pour amener cette pureté à 98 % par
cytométrie en flux sur un trieur à haute vitesse (70 000 cellules).
=> Obtention en 40 min. de 5,106 cellules de la population cible pure à 98 % à
partir d’une population où elle est peu représentée (0,5 %).
Un cytomètre très rapide (70.000 cellules/seconde) demanderait tout de
même environ ........ h de travail...
11. Histochimie: Tissue micro‐array‐TAMHistochimie: Tissue micro‐array‐TAMHistochimie: Tissue micro‐array‐TAMHistochimie: Tissue micro‐array‐TAM
• Tissue micro array TMA: immunohistochimie à haut débit; fragments
(carottage) de tissus d’environ 0,6 mm de diamètre obtenus de tissus
inclus en paraffine, disposition dans un bloc de paraffine en espacement
réguliersréguliers
• Coupes/microtome, montage sur lame pour analyse
12. Détection de T mémoires CD45R0 dans des biopsies
Biopsies de patients diagnostiqués avec un cancer colorectal de stade I et II (HEGP)Biopsies de patients diagnostiqués avec un cancer colorectal de stade I et II (HEGP)
13. Analyse des répertoires BcR ou TcRAnalyse des répertoires BcR ou TcRy py p
Amplification PCR
- amorce V spécifique/amorce C spécifique
Electrophorèse capillaireExtraction ARN
- précurseurs nucléotidiques fluorescents
Profil gaussien;
répertoire
poyclonalp y
Amplification d’unp
clone
14. Répertoire anti‐Flu1 Répertoire anti‐Flu1 pp
... we expand CD4+ T cells from the influenza‐specific memory pool of two HLA‐DR1+
donors (known responders to peptide HA305−320). Ten‐day cultures of 106 peripheral
blood mononuclear cells (PBMCs) with the peptides Flu1 gave ≥5×104 CD4+ HLA‐
DR1/HA305−320 tetramer‐positive cells. We investigated TCR usage by the amplified
populations (FLu1) to establish the repertoire deployed against Flu1 peptide....p p ( ) p p y g p p
N b i di h % f T ll i h TRBVNumbers indicate the % of T cells with TRBV usage
15. Fl t C ll B diFl t C ll B diFluorescent Cell Bar codingFluorescent Cell Bar coding
Code barre fluorescent
‐ Multi marquage et analyse dans un seul
tube de plusieurs populations:tube de plusieurs populations:
‐Comparaison normalisée des intensités
de signaux
Si li ité idité
Nature Methods 3, 361 ‐ 368 (2006)
‐Simplicité, rapidité
16. Fl t C ll B diFl t C ll B diFluorescent Cell Bar coding Fluorescent Cell Bar coding
Analyse dans un même tube de plusieurs populations (marquées avec un code barre
d’intensité variable selon le traitement)
C i d i t ité d i d i d h h STAT1 t h h STAT6
Nature Methods 3, 361 ‐ 368 (2006)
Comparaison des intensités de signaux de signaux de phospho‐STAT1 et phospho‐STAT6
17. Production de cytokinesProduction de cytokines
D d ki d d l• Dosage de cytokines dans un surnageant de culture:
– ELISA
– Cytometric Beads Array (dosage de plusieurs cytokines
possible: analyse multiple)p y p )
• Mesure du nombre de cellules produisant un type de• Mesure du nombre de cellules produisant un type de
cytokines
– ELISPOT
– Marquage intracellulaire de cytokines/FACS (possibilité de
détecter plusieurs cytokines à la fois)
18. Cytometric Beads Array ImmunoassayCytometric Beads Array Immunoassay
Lecture possible de 100 analytes à la fois
19. Technique ELISPOT:« Enzyme‐linked immunospot »Technique ELISPOT:« Enzyme‐linked immunospot »
1983, à l’origine, utilisée pour l’activation des cellules B (mesure de la
sécrétion des Ig), en 1996, adaptée pour l’analyse de l’activation des
lymphocytes T.
Détecter et dénombrer les cellules T activés chez un patient, en détectant la
sécrétion de cytokines (l’INFγ notamment).
21. P lif ti /di i i ll l i / t ll l iP lif ti /di i i ll l i / t ll l iProliferation/division cellulaire/mort cellulaire
(apoptose)
Proliferation/division cellulaire/mort cellulaire
(apoptose)
• Cytometrie de flux:
iodure de propidium (cellules mortes répartition dans les phases du cycle) 7‐AADiodure de propidium (cellules mortes, répartition dans les phases du cycle), 7‐AAD
BrdU, EdU: cellules en phase S
CFSE; carboxyfluorescein diacetate succinimidyl ester: colorant fluorescent permettant de suivre
la division des cellules (diminution des intensités de fluorescence selon les divisions), in vitro
t i i (i j ti i élè t)et in vivo (injection puis prélèvement).
Annexin‐V: affinité pour la phosphatidyl serine , externalisée pendant l’apoptose
• Microscopie: DAPI Hoechsht• Microscopie: DAPI, Hoechsht
• Thymidine tritiée ou BrdU: quantification de l’incorporation dans l’ADN au cours de
la phase Sla phase S
29. Différences SI homme/sourisDifférences SI homme/sourisDifférences SI homme/sourisDifférences SI homme/souris
• La souris est un modèle pour étudier les réponses
immunitaires et l’immunopathologie de tester desimmunitaires et l immunopathologie, de tester des
médicaments mais pas forcément transposable à
l’hl’homme
• Les souris à lignée hématopoïétique g p q
humaine permettent d’étudier le SI humain et ses
interactionsinteractions
– avec des virus infectant les cellules immunitaires à tropime
strictement humainstrictement humain
– vis à vis de tumeurs humaines
31. Démarche expérimentale canoniqueDémarche expérimentale canoniqueDémarche expérimentale canoniqueDémarche expérimentale canonique
Question dans un contexte:
Est‐ce que l’interaction de la protéine A avec B est impliquée
dans le processus P?
Synthèse des conclusions
Questions ciblées:
Est‐ce que A interagit avec B?
y
q g
Est‐ce que A est impliquée dans le processus P?
Est‐ce que B est impliquée dans le processus P?
Est‐ce que le processus P est affecté si on abolit l’interaction
t A t B?
Conclusions pour chaque
question ciblée
entre A et B?
P h ti ibléPour chaque question ciblée:
Choix d’une stratégie expérimentale permettant de répondre:
Ex: Est‐ce que A interagit avec B?
Interaction de 2 protéines recombinantes in vitro?
Pour chaque expérience:
1) réalisation, 2) description
)
Interaction de 2 protéines recombinantes in vitro?
Interaction in vivo (co‐immunoprécipitation, double hybride...)?
Est‐ce que des mutations dans le gène A peuvent compenser
des mutations dans le gène B?
3) interprétation
32. Le choix de l’articleLe choix de l’articleLe choix de l articleLe choix de l article
Site PubMEd: http://www ncbi nlm nih gov/pubmed
Titre
Site PubMEd: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Titre
Auteurs et nom du(des) laboratoire(s)
lé (k d )Mots clés (keywords)
Résumé (abstract)
Introduction
Résultats Tableaux (tables) et figures
Discussion
Matériel et Méthodes
Autres items variables
Données supplémentaires disponibles en ligne (supplementary information ou supplemental data)Données supplémentaires disponibles en ligne (supplementary information ou supplemental data)
33. Le facteur d’impact d’un articleLe facteur d’impact d’un articleLe facteur d impact d un articleLe facteur d impact d un article
Il d t d l’i t d l té i tifi d’ ( tIl rend compte de l’impact dans la communauté scientifique d’un revue (et
attention, en aucun cas d’un article).
Calcul :
Soit IFn(R) le coefficient d’impact d’une revue « R » (ou « impact factor ») de l’année n.( ) p ( p )
Nombre de citations année n‐2+ année n‐1
IF année n d’une revue:
Nombre d’articles publiés année n‐2 + année n‐1
IF année n d’une revue:
d d b d l él é l lcorrespond donc un nombre moyen de citations court terme. Plus est élevé, plus les
articles publiés par la revue considérée sont cités (à court terme).
35. Etape de l’analyse d’articleEtape de l’analyse d’articleEtape de l analyse d articleEtape de l analyse d article
1) Compréhension
nécessité d’informations complémentaires
2) Analyse critique
3) Restitution
36. 1‐Phase de compréhension de l’article1‐Phase de compréhension de l’article1‐Phase de compréhension de l article1‐Phase de compréhension de l article
C d l dé h l i d dComprendre la démarche et le point de vue des auteurs
Comprendre la problématiquep p q
Comprendre la démarche expérimentale
Comprendre les résultats de chaque expérience
C d l i t ét ti d tComprendre les interprétations des auteurs
Faire une synthèse
37. 1‐Phase de compréhension de l’article1‐Phase de compréhension de l’article1‐Phase de compréhension de l article1‐Phase de compréhension de l article
1‐1‐ Comprendre la problématique :
Les objectifs :
‐ identifier la (les) question(s) posée(s)
‐ connaître le contexte : qu’est‐ce qui est connu sur le sujet au moment deconnaître le contexte : qu est ce qui est connu sur le sujet au moment de
la publication ?
‐ identifier les principales conclusions
Les sources d’information :
dans l’article : Titre, résumé, introduction, parfois le début de la discussion
h h l dChercher un article de revue
Chercher un autre article de recherche
Choisir un autre article si la question q
posée ne vous paraît pas intéressante
ou pertinente
38. 1‐Phase de compréhension de l’article1‐Phase de compréhension de l’article1‐Phase de compréhension de l article1‐Phase de compréhension de l article
1‐2‐ Comprendre la démarche expérimentale :
Les objectifsLes objectifs :
pour chaque méthode employée,
connaître le principe (c.a.d. les grandes étapes du protocole),
comprendre sa finalité, si possible, s’interroger sur ses limites
Les sources d’information :
dans l’article : Matériel et méthodes, résultats
vos cours
certains ouvragescertains ouvrages
articles de recherche cités
articles de la série des Methods in…
39. 1‐Phase de compréhension de l’article1‐Phase de compréhension de l’article1‐Phase de compréhension de l article1‐Phase de compréhension de l article
1‐3‐ Comprendre les résultats de chaque expérience :
Les objectifs : pour chaque figure ou tableau de résultat présenté
‐ identifier les « témoins » et analyser les résultats leur
correspondantcorrespondant,
‐ identifier les « essais » et analyser les résultats leur correspondant,
‐ comprendre les conclusions tirées de l’expérience par les auteurs.
Les sources d’information :
dans l’article uniquement : Matériel Méthodes, Résultats
‐ Distinguer témoins positif et négatif
‐Distinguer témoin positif (négatif) biologique ou témoin positif g p ( g ) g q p
(négatif) d’analyse.
‐Repérer la significativité des résultats
40. 1‐Phase de compréhension de l’article1‐Phase de compréhension de l’article
1‐4‐ Comprendre les interprétations formulées par les auteurs :
1‐Phase de compréhension de l article1‐Phase de compréhension de l article
L’objectif: expérience par expérience, comprendre les interprétations proposées par les
auteurs.auteurs.
Les sources d’information :
Dans l’article uniquement : partie RésultatsDans l article uniquement : partie Résultats.
1 5 Eff hè1‐5‐ Effectuer une synthèse :
L’objectif :
Recenser les différentes conclusions, et s’efforcer de les rassembler
Hiérarchiser les conclusions.
Les sources d’information :
dans l’article uniquement : Résultats, Discussion, Titre, Résumé
41. 2‐Phase d’analyse critique2‐Phase d’analyse critique
« procéder à une analyse critique » signifie « s’interroger »
2‐Phase d analyse critique2‐Phase d analyse critique
procéder à une analyse critique signifie s interroger
1 Questionnement méthodologique
Pour chaque expérience décrite dans l’article :
‐La stratégie expérimentale utilisée permet‐elle de bien répondre à
l ti é ?la question posée ?
‐ Les témoins sont‐ils selon vous suffisants ?
‐Les témoins donnent‐ils bien les résultats attendus ?
2‐ Questionnement sur l’analyse des résultats par les auteurs
Pour chaque expérience décrite dans l’article :
‐Les résultats obtenus vous paraissent‐ils convaincants ?
‐Êtes‐vous convaincu par les interprétations proposées ?Êtes vous convaincu par les interprétations proposées ?
42. 2‐Phase d’analyse critique2‐Phase d’analyse critique
3‐ Questionnement sur les conclusions formulées par les auteurs
2‐Phase d analyse critique2‐Phase d analyse critique
3 Questionnement sur les conclusions formulées par les auteurs
‐Les différentes expériences vous paraissent‐elles cohérentes ou
voyez vous des contradictionsvoyez‐vous des contradictions
‐ Les conclusions tirées sont‐elles cohérentes avec les données de la
litté t d t i ?littérature dont vous avez connaissance ?
4‐Questionnement sur les perspectives ouvertes par l’article
‐ Quelle stratégie expérimentale pourriez‐vous proposer pour
confirmer ou infirmer les conclusions importantes de l’article ?p
‐ Quelle « nouvelle » question suscitent les conclusions de l’article ?
43. 3‐ Restitution (présentation orale)3‐ Restitution (présentation orale)3‐ Restitution (présentation orale)3‐ Restitution (présentation orale)
1‐ Situer la problématique (5 min max)
‐ Donner les connaissances (contemporaines de la publication) essentielles la ( p p )
compréhension (il faut être concis) ;
‐ Formuler de manière explicite la(les) question(s) posée(s) par l’article.
2‐ Présenter et interpréter des résultats choisis
Faut il présenter tous les résultats? Ce n’est pas obligatoire et c’est rarementFaut‐il présenter tous les résultats? Ce n est pas obligatoire, et c est rarement
possible dans le temps qui vous est imparti. Cela implique :
‐ de choisir judicieusement les expériences que vous allez présenter ;
d’ê é i bl d é d à d i‐ d’être néanmoins capable de répondre à des questions concernant
les expériences que vous n’avez pas présentées.
Faut‐il présenter les résultats dans l’ordre de l’article ? Ce n’est pas
obligatoire, il est parfois plus facile de présenter les données dans un
ordre différent de celui de la publication.p
44. Comment présenter une expérience (et donc d’uneComment présenter une expérience (et donc d’uneComment présenter une expérience (et donc d une
figure)
Comment présenter une expérience (et donc d une
figure)
1‐ Indiquer précisément la question posée.
2‐ Présenter la méthode expérimentale utilisée pour répondre à la question. Si
nécessaire, élaborer un schéma présentant son principe.
3‐ Projeter le résultat de l’expérience (tableau ou figure) ; il doit être accompagné :
‐ d’un titre (qui ne doit pas donner la conclusion de l’expérience) mais faire référence à la
t té i é i t l tili éstratégie expérimentale utilisée ;
‐ d’une légende. Si la légende de l’article est trop sommaire ou difficile à comprendre sur
la publication ne pas hésiter à refaire une légende didactiquela publication, ne pas hésiter à refaire une légende didactique.
4‐ Décrire les résultats obtenus sans les interpréter.
5 C l é l b l é i5‐ Commenter les résultats obtenus pour les témoins.
6‐ Présenter les interprétations des auteurs.
7‐ Effectuer une analyse critique des résultats et de leurs interprétations.
48. 2015
FMBS215 Immunopathologie 2014-15 première série d'articles
date
présentation
intervenant
superviseur Etudiants
article 1 A germinal center–independent
pathway generates unswitched Justin J J Exp Med Vol 209pathway generates unswitched
memory B cells early in the primary
response
Justin J.
Taylor, et al.
J. Exp. Med. Vol. 209
No. 3 597-606, 2012
12-févr LG/MAP
article 2 Selective depletion of Foxp3+
regulatory T cells induces a scurfy-like Lahl K et al.
J exp MedVol. 204, No.
1 January 22 2007
19-févr LG/MAPg y y
disease
1, January 22, 2007
article 3 Sodium Chloride Drives Autoimmune
Disease by the Induction
of Pathogenic Th17 Cells
Markus
Kleinewietfeld
Nature. 2013 April 25;
496(7446): 518–522.
19-févr TV
article 4
Down-Regulation of Interferon
Signature in Systemic Lupus
Erythematosus Patients by Active
Immunization With Interferon –Kinoid
Bernard R.
Lauwerys,
ARTHRITIS &
RHEUMATISM, Vol. 65,
No. 2, February 2013,
pp 447–456
26-févr TV
Immunization With Interferon Kinoid pp 447 456
article 5 Expression Profiles of MYC Protein
and MYC Gene Rearrangement in
Lymphomas
Karen M.
Chisholm,
Am J Surg Pathol
Volume 00, Number 00,
’’ 2015
05-mars CR
article 6 Exhaustion of bacteria-specific CD4 Ta c e 6 Exhaustion of bacteria specific CD4 T
cells and microbial translocation in
common variable immunodeficiency
disorders
Perreau, M
J. Exp. Med. 2014 Vol.
211 No. 10 2033-2045
19-mars PC
article 7
T helper 17 cells play a critical Seon Hee
5664–5669 | PNAS |
A il 15 2014 | l 111 | 19 MAP
T helper 17 cells play a critical
pathogenic role in lung cancer
Seon Hee
Chang
April 15, 2014 | vol. 111 |
no. 15
19-mars MAP
article 8 Gut Microbiota Elicits a Protective
Immune Response
against Malaria Transmission
Bahtiyar
Yilmaz,
Cell 159, 1277–1289,
December 4, 2014
26-mars PC
against Malaria Transmission
, ,
article 9
Functional expression cloning
identifies COX-2 as a suppressor of
antigen specific cancer immunity Göbel C
Cell Death and Disease(
2014) 5, e1568;
doi:10.1038/cddis.2014.
531
02-avr MAP
antigen-specific cancer immunity Göbel-C 531
article 10
Changes in antigen-specific T-cell
number and function during oral
desensitization in cow ’ s milk allergy
MucosalImmunology |
VOLUME 5 NUMBER 3
09-avr FC