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Bib. Diderot de lyon fév. 2024 - Alain Marois
avancé
avancé ?
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avancé ?
Parce que vous savez déjà...:
●
Installer et paramétrer votre Zotero fonctionnel
●
Importer des références (4 options)
●
Gérer votre bibliothèque (collections, marqueurs, etc)
●
Citer (4 options), choisir des styles
avancé !
...et que vous envisagez, peut être, de :
●
Approfondir le dilemme mots-clés VS collections
●
Utiliser les groupes pour collaborer
●
Explorer des plugins pour optimiser vos pratiques
●
Explorer les styles bibliographiques, les adapter
●
Faire un point sur la synchronisation et la sauvegarde de vos
données
2h
avancé !
...et que vous envisagez, peut être, de :
●
Approfondir le dilemme mots-clés VS collections
●
Utiliser les groupes pour collaborer
●
Explorer des plugins pour optimiser vos pratiques
●
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Faire un point sur la synchronisation et la sauvegarde de vos
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Révisions
Pourquoi Zotero ?
https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software
Pourquoi Zotero ?
• Gratuit
• Multiplateformes (Windows,
Mac, Linux)
• Open Source (développement
open source, standards
interopérables)
• Communauté et support
• Une porte vers les Humanités
Numérique et la science ouverte
https://www.zotero.org/why https://zotero.hypotheses.org/1998
Une question pas si anodine...
Clarivate completes the acquisition of
ProQuestLibrary Technology Newsletter [
January 2022]
Une question pas si anodine...
Chen G, Posada A, Chan L. 2019
« Cette restructuration n'est
pas qu'un enjeu de
gouvernance interne mais
marque une évolution
profonde de la stratégie
d'Elsevier : la convergence
de l'édition scientifique et la
gestion de données et
métriques (business
analytics). »
Analyse I/IST-n°27-Avril 2018
Design inspiré de Dingemanse M. Slides for a hands-on Zotero workshop [Internet]. The Ideophone. 2016 [cited 2018 Jan 23].
Available from: http://ideophone.org/slides-for-a-hands-on-zotero-workshop/
Challenges
https://page.hn/lilzt0
Challenge 1
Documentation :https://www.zotero.org/support/fr/kb/item_types_and_fields
https://www.arthurperret.fr/cours/flux-web.html
Challenge 1
Documentation :https://www.zotero.org/support/fr/kb/item_types_and_fields
Ce que l'on constate
●
le type de document détecté n’est peut être pas le bon (article VS … ?)
●
les métadonnées peuvent être complétée
Ce que l'on peut faire
●
modifier le type de document Zotero pour cette référence
●
ajouter le titre du blog
●
ajouter auteur (astuce : copier-coller forme "prénom nom" dans le champ auteur
après avoir affiché un champ unique puis repasser en "Afficher un champ double")
●
ajouter la date (vérifier bonne détection du format employé)
●
joindre le pdf généré à partir de la page web et/ou le snapshot
Challenge 2
https://books.openedition.org/pum/306?lang=fr
https://www.zotero.org/support/connector_preferences
Challenge 2
https://www.zotero.org/support/connector_preferences
Ce que l'on constate
●
un message "Zotero est-il ouvert ?" apparaît : le connecteur
n'arrive pas à "communiquer" avec l'application (fermée)
Ce que l'on peut faire
●
cliquer sur le lien en fin de message pour "Activer
l'enregistrement dans la bibliothèque en ligne"
=> utile pour travailler en mode full web, sur un autre poste que le
sien
Challenge 3
https://blog.apastyle.org/apastyle/2013/12/how-to-cite-a-data-set-in-apa-style.html
https://www.zotero.org/support/fr/adding_items_to_zotero#enregistrer_des_pages_web
Challenge 3
https://www.zotero.org/support/fr/adding_items_to_zotero#enregistrer_des_pages_web
Ce que l'on constate
●
le connector semble détecter un ou plusieurs "documents" dans la
page (comme une page de résultats de recherche, avec l’icône )
●
si l'on utilise le connector pour l'import, la référence importée n'est pas
la page mais une référence citée dans la page (le connector Zotero
détecte le DOI de cette référence citée !)
Ce que l'on peut faire
●
click-droit sur le connector et choisir l'option de collecte "Enregistrer
dans Zotero > Save to Zotero (web page...)
Challenge 4
https://www.zotero.org/support/fr/kb/importing_standardized_formats
https://dblp.uni-trier.de/search?q=digital%20humanities%20year%3A2022%3A
Challenge 4
https://www.zotero.org/support/fr/kb/importing_standardized_formats
Ce que l'on constate
●
La base propose plusieurs façon d’importer des références
Ce que l'on peut faire
●
opter pour un export (d'une ou de la totalité des références) dans un
format compatible avec Zotero (ex : bibtex « .bib » ; il en existe bien
d’autres, dont le RIS standard de fait)
●
accepter l'import suite au message Zotero détectant le
téléchargement d'un fichier compatible ou importer le fichier
téléchargé (Fichier > Importer...)
Challenge 5
https://journals.openedition.org/cybergeo/25554
Challenge 5
Ce que l'on constate
●
pas d’option d'export des items de la bibliographie dans un format
structuré pour import dans Zotero => saisie manuelle chronophage
en vue ? Doit-on persévérer ?
Ce que l'on peut faire
●
utiliser un "parser" comme le service anystyle.io
●
retrouver l'article sur une base de donnée bibliographique *à index
de citation* (ex : Scopus.com) pour exporter les références citées
dans un format structuré
Importer à partir de .doc, etc.
https://anystyle.io/
https://rintze.zelle.me/ref-extractor/
https://github.com/inukshuk/anystyle
Documentation :https://www.zotero.org/support/fr/kb/importing_formatted_bibliographies
Tenter de récupérer des DOIs
https://apps.crossref.org/SimpleTextQuery
Demander à ChatGPT ?
Challenge 5’
https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040157
Récap « collecter des références »
1.Utiliser le connector Zotero
2.Importer via un identifiant (ISBN, DOI)
3.Importer un format structuré (RIS, bibtex, etc)
4.Récupérer les métadonnées des PDF
5....ou, sinon...créer la référence à la main
Vidéo : https://youtu.be/aTdOnujiVtc
Documentation :https://www.zotero.org/support/adding_items_to_zotero
Questions/réactions
Aide et support pour Zotero : l’essentiel
https://forums.zotero.org/ https://www.zotero.org/support/ https://zotero.hypotheses.org/
1 2 3
Forum Documentation Blog Zotero fr
Une série de (longs, mais complets !) tutoriels vidéos
récents par la Boîte à outils des historiens :
https://www.youtube.com/channel/UCuBYtIKxZaPKfF081cMDr1A
Un série de (très courts) tutoriels vidéos par la
Bibliothèque Universitaire Lyon 1 :
https://portaildoc.univ-lyon1.fr/se-former/gerer-sa-bibliographie/
Groupes et collaboration
https://www.zotero.org/support/fr/groups
Les groupes Zotero
●
Nécessitent un compte sur zotero.org
●
Permettent de collaborer autour d'un projet
●
Privés OU Public, Participation Restreinte OU Public,
Participation Ouverte
●
Leur propriété peut être transférée
●
Si des fichiers y sont stockés, c'est le quota de stockage (300
Mo) du propriétaire qui est impacté
Documentation : https://www.zotero.org/support/fr/groups
Les groupes Zotero
Documentation : https://www.zotero.org/support/fr/groups#les_types_de_groupes
Les paramètres du groupes pourront
être modifiés à tout moment dans
Settings
« Qui peut ajouter, éditer, enlever des
réf. à la bibliothèque du groupe »
On peut décider qu'un groupe ne
comporte aucun fichier joint
Après synchronisation, la bibliothèque du
groupe apparaît dans Zotero
Exemple de collaboration
https://www.zotero.org/groups/4947154/chatgpt_bote__outils
Exemple de collaboration
https://www.zotero.org/groups/first_world_war_studies_bibliography
Voir => http://www.boiteaoutils.info/2013/01/bibliographie-collaborative-de-la/
Exemple de collaboration
https://www.zotero.org/groups/467561/ztoulouse_-_bibliographie-collective
Collaboration + blog
Simple utilisation des flux RSS des
groupes public Zotero, repris dans le
module rss wordpress d’Hypotheses.org
https://www.zotero.org/groups/2485275/infox_pidmies_et_coronavirus/
Collaboration + usages API
https://fairs-in-history.huma-num.fr/
Exemple de valorisation
http://www.piren-
seine.fr/
https://www.zotero.org/groups/4392851/piren-seine/items/SU27VEKJ/librar
Les groupes Zotero : structurer
●
Que des références propres, sinon utiliser une collection
temporaire ou un marqueur dédié
●
Note méthodologique au sein du groupe (=> expliciter marqueurs,
collection)
●
Si utilisation intensive des tags, penser à décocher l'import
automatique
●
Définir des marqueurs d'actions (ex : Ànettoyer, Àindexer, Àsuivre,
etc)
D'après Jastram I. Best Practices for Groups using Zotero [Internet]. Pegasus Librarian. 2017 [cité 3 mai
2017]. Disponible sur: http://pegasuslibrarian.com/2017/05/best-practices-for-groups-using-zotero.html
Les groupes Zotero : alimenter
●
Utiliser une collection/un marqueur « tampon » pour tracer les
références à retravailler
●
Vérifier les métadonnées
●
Systématiquement joindre les pdf
●
Renommer systématiquement les fichiers joints à partir des
métadonnées des références
●
Utiliser l'onglet « Connexe »
D'après Jastram I. Best Practices for Groups using Zotero [Internet]. Pegasus Librarian. 2017 [cité 3 mai
2017]. Disponible sur: http://pegasuslibrarian.com/2017/05/best-practices-for-groups-using-zotero.html
Collaboration + usages API
Exemple d’organisation et de documents produits
pour le projet ANR CoMOR : schéma pour
formations, dictionnaire de tags, tutoriel, etc
Collaboration + usages API
https://fairs-in-history.huma-num.fr/
Collaboration + édition
Collectif. Intégrations Unpaywall et Google Docs [Internet]. Le blog Zotero francophone. 2018 [cité 9 juin 2022]. Disponible sur:
https://zotero.hypotheses.org/2130
1
2
3
TP : groupes Zotero et collaboration
Rechercher dans
« Groups »
Cliquer sur le nom du
groupe
TP : groupes Zotero et collaboration
1. Formation_Isidoct
2. Collectez dans votre Zotero des références sur le thème de...
Zotero et de la gestion de références bibliographiques ;-)
3.Vérifiez les métadonnées !
4. Reportez-vous à la note libre à la racine de la bibliothèque du
groupe : selon les instructions, attribuez des marqueurs et classez
les références dans le groupe, etc.
5. Contribuez à la note partagée _Done en y ajoutant vos initiales
10'
Rappel : https://page.hn/lilzt0
https://youtu.be/jE83YERuwF
Q
Productivité avec les plugins
Un plugin Zotero est contenu dans un
fichier avec l’extension .xpi
Documentation : https://www.zotero.org/support/plugins
Plugins Zotero ?
Documentation : https://www.zotero.org/support/plugins
Vos plugins Zotero ?
Quels plugins
Zotero utilisez
vous déjà ?
Exemple : installation de Zutilo
https://github.com/willsALMANJ/Zutilo/releases
Parce que les marqueurs...
...ça peut servir
Piled Higher and Deeper" by Jorge Chamwww.phdcomics.com
Rappels & astuces
Clic droit => renommer,
couleur, effacer
Glisser-déposer sur un
marqueur
Saisir à la chaîne des
marqueurs (Shift+Entrée)
A
B
C
Utile pour copier-coller un mini-
thésaurus perso
Parce que les marqueurs...
P. Martinolli, « Optimiser l’organisation de sa bibliothèque », Le blog Zotero francophone.
https://zotero.hypotheses.org/3298(consulté le mai 20, 2021).
Parce que les marqueurs...
P. Martinolli, https://zotero.hypotheses.org/3298
« J’ai remarqué que le système de classement est efficace pour moins de 300 références (ou plus, si les
références sont des séries). Si votre bibliothèque contient plus de 300 références, le classement par collections
va devenir moins efficace »
Zutilo (plugin) et marqueurs
Copiez-collez « marqueurs » , liez plusieurs
références, effacer tous les marqueurs...d’une ou n
références
Zutilo (plugin) et marqueurs
Collections « utilitaires »
Doublons et non-classés
+ 2 : Productivité
Mes publications
+ 2 : Productivité
Mes publications
+ 2 : Productivité
(Mes publications et IdNnum)
+ 2 : Productivité
Nettoyer sa base
+3 : Nettoyer
Johana Daniel (doct. Larhra UMR 5690) propose* de...
●
Supprimer les marqueurs non désirés,
●
Compléter les champs, homogénéiser Publications, etc
●
Corriger les coquilles,
●
Lier les notices entre elles,
●
Supprimer les pièces jointes surnuméraires,
●
Fusionner les doublons
Nettoyer et ranger ?
*Daniel J. Ranger Zotero, un chantier idéal pour chercheur confiné ! (1) [Internet]. Isidore & Ganesh. 2020 [cité 17 avr
2020]. Disponible sur: https://ig.hypotheses.org/2180
+3 : Nettoyer
Rationaliser ses tags
Daniel J. Ranger Zotero, un chantier idéal pour chercheur confiné ! (2) [Internet]. Isidore & Ganesh. [cité 20 janv 2021].
Disponible sur: https://ig.hypotheses.org/2299
+3 : Nettoyer
Rationaliser son flux de documents
Martinolli P. Optimiser l’organisation de sa bibliothèque [Internet]. Le blog Zotero francophone. 2020 [cité 20 janv 2021].
Disponible sur: https://zotero.hypotheses.org/3298
●
Méthode ZotLog
●
Marqueurs de méthode (_nettoyé, _lu, _urgent, etc)
●
Marqueurs d’évaluation et de description (_majeur, _sans-int,
etc)
●
Thésaurus documentaire
Paywall et proxy
Proxy et connecteur Zotero
La première fois que vous tentez d'accéder à un site
web donné via un proxy, le connecteur Zotero le
détecte et vous propose de conserver ce
paramétrage pour ce site web
Par la suite, lorsque vous tenterez d'accéder à ce
même site sans proxy le connecteur Zotero vous
redirigera vers votre proxy
Proxy et connecteur Zotero
Le comportement du connecteur
vis à vis des proxy est modifiable
Proxy et connecteur Zotero
Chaque ressource (= nom de domaine du site
web) pourra être modifiée, ou ajoutée
manuellement si besoin
https://www.zotero.org/support/connector_preferences#proxies_preferences
Proxy et connecteur Zotero !
Il est possible de forcer la passage par un des
proxys définis pour toute page web via le
connecteur (click-droit sur l’icône > Reload..>
Reaload via...
Doc : https://www.zotero.org/support/connector_preferences#proxies_preferences
Proxy et connecteur Zotero !
Doc : https://www.zotero.org/support/connector_preferences#proxies_preferences
Et ça, c’est super
pratique !
Moteurs de recherche & Zotero
Ajouter des moteurs
Collectif. Les moteurs de recherche intégrés à Zotero [Internet]. Le blog Zotero
francophone. [cité 3 juin 2021]. Disponible sur: https://zotero.hypotheses.org/3388
https://gitlab.huma-num.fr/spouyllau/ISIDORtero
https://bubdxm.wordpress.com/2020/06/19/zotero-babord-et-sudoc/
Récupérer des moteurs supplémentaires : https://github.com/amarois/Formation_Zotero_Advanced/blob/main
/engines.json
Voir aussi :
PDF – métadonnées - extensions
*Zotero V6 !
PDF...& Co
Doc : https://www.zotero.org/support/fr/attaching_files
Métadonnées des PDF
Récupération automatique des Métadonnées
des pdf importés dans Zotero depuis la V
5.0.38 (mi-mars 2018)
●
Renommage automatique
●
Choix du lecteur PDF
+
Récupérer les...PDF...à partir des
métadonnées
https://www.zotero.org/blog/improved-pdf-retrieval-with-unpaywall-integration/
Intégration d’Unpaywall à Zotero
Annoter un PDF
https://www.zotero.org/blog/zotero-6/
Together with Zotero’s powerful saving abilities
and word processor plugins, Zotero can now
help you with the entire path from an interesting
item online to a cited quote in your final
document
TP : Annoter un PDF
1.Importez Wilkinson Mark D., Dumontier Michel, Aalbersberg
IJsbrand Jan et al., « The FAIR Guiding Principles for scientific data
management and stewardship », Scientific Data 3, 15.03.2016. <
https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18>
2.Ouvrez le PDF dans le lecteur Zotero
3. Cf. https://page.hn/lilzt0
5'
ZotFile, l'extension
http://zotfile.com/
ZotFile, l'extension
●
Attacher automatiquement un pdf téléchargé dans un dossier défini
●
Renommer finement les pdf (& co)
●
Extraire des annotations pdf vers des notes zotero (caduque avec la
V6 de Zotero)
●
Extraire les tables de matières pdf
●
(synchroniser les pdf entre tablettes et Zotero)
Voir Flamerie F. ZotFile : un outil pour gérer vos PDF [Internet]. Le blog Zotero francophone. [cité 2 déc
2019]. Disponible sur: https://zotero.hypotheses.org/2838
ZotFile, l'extension
TP : installer ZotFile, importer un fichier
1. Installer ZotFile (rappel : http://zotfile.com/)
2. Définissez une règle de nommage et renomer
3.Importer un pdf
Reagle J, Koerner J. Wikipedia @ 20 : Stories of an Incomplete Revolution [Internet]. The MIT Press; 2020
[cité 20 janv 2021]. Disponible sur: https://library.oapen.org/handle/20.500.12657/43467
4.
5. Tester la table des matières importée
6. Annoter le PDF, enregistrer
7. Importer les notes du pdf via ZotFile
5'
Gérer ses PDF : prendre ses aises
Disposer de plus de stockage
Quels sont vos
besoins ?
Vos contraintes ?
Rappel : la synchronisation
https://www.zotero.org/support/fr/sync
Disposer de plus de stockage
https://www.zotero.org/settings/storage
il manque une colonne : « je dispose d’un
service d’hébergement de fichiers supportant
le protocole webdav »
Disposer de plus de stockage
●
2 stratégies alternatives pour les pièces jointes (hors groupes zotero) :
1)Webdav : utiliser un cloud supportant le protocole webdav et
synchroniser ses pièces jointes
2)Drive + ZotFile : détacher ses pièces jointes (et uniquement ça!) dans un
dossier qu’on :
●
synchronise avec une application dédiée
●
alimente automatiquement via ZotFile (« pièces jointes liées »)
Attention : l’option 2 ne permet pas l’annotation pdf !
Deux mises en gardes
https://www.zotero.org/support/sync#alternative_syncing_solutions
1. On ne synchronise jamais tout son répertoir de données
Zotero (risque de corruption de la base de données)
2. Exporter toutes sa bibliothèque, même au format Zotero-RDF
avec notes et pièces jointes, ne constitue pas une vraie
sauvegarde
https://www.zotero.org/support/zotero_data#backing_up_your_zotero_data
Webdav : ex BUL Lyon 2
https://www.zotero.org/support/sync#webdav
Documentation :
Webdav : ex ENS de Lyon
https://www.zotero.org/support/sync#webdav
Documentation :
Webdav : ex ShareDocs
https://documentation.huma-num.fr/content/7/66/fr/sharedocs-_-presentation-fonctionnement-et-utilisation.html
Pas de webdav : l’option ZotFile +
« drive »
Documentation : https://www.zotero.org/support/sync#alternative_syncing_solutions
Sauvegarder
https://www.zotero.org/support/fr/zotero_data#sauvegarder_votre_bibliotheque_zotero
« Ceci n'est pas une sauvegarde »
Nous vous recommandons fortement de sauvegarder régulièrement votre bibliothèque Zotero. La
synchronisation n'est pas un bon substitut à la sauvegarde : les serveurs Zotero ne stockent que la version
la plus récente de votre bibliothèque, et il suffit d'une seule synchronisation (éventuellement automatique)
pour modifier la copie du serveur.
«
»
...ceci non plus d’ailleurs
Exporter notes + fichiers !
Choisir le format « natif » de Zotero
1
2
Prendre soin au nommage du .zip (nom
explicite, date, version)
Règle des 3, 2, 1 :
« 3 copies de fichiers, sur au moins 2
supports différents, dont 1 ailleurs »
3
Vos données...
https://www.zotero.org/support/fr/zotero_data#localiser_vos_donnees_zotero
Vos données...
Tous les documents liés aux
références (pdf, snapshot, etc)
Votre base de références (items,
marqueurs, notes, etc)
Sauvergardez !
Copier l’intégralité de votre dossier de profil
zotero sur un autre support
Si vous souhaitez sauvegarder spécifiquement vos données Zotero, localisez vos données Zotero, fermez
Zotero, et copiez votre répertoire de données (le répertoire entier, incluant storage et les autres sous-
répertoires) sur un emplacement de sauvegarde, de préférence sur un autre périphérique de stockage.
«
En passant……..FAITES VOS SAUVEGARDES !
1
2
4
1. Préférences > Ouvrir le répertoire…
2. Repérez le chemin dans votre Explorateur/Finder
3. Fermez le logiciel Zotero !
4. Remontez d’un niveau pour localiser « Zotero »
5. Copiez tout le répertoire « Zotero » sur un autre support en le nommant
convenablement (et appliquez la « règle des 3-2-1 »)
3
En passant……..FAITES VOS SAUVEGARDES !
https://video.univ-lyon2.fr/videos/sav-zotero-recuperer-ses-donnees-a-partir-dune-sauvegarde
/
Sauvergardez !
Should you save your data – a flow diagram, Matthew (@MCeeP), 2018
Ce qu’il faut retenir
●
Prendre soin de ses données : métadonnées (type de
document/type Zotero/contenu des champs), sauvegardes
●
Utiliser toute la gamme des options d’organisation
(collections/marqueurs/recherches enregistrées)
●
Utiliser les groupes !
●
Explorer les plugins et options avancées de Zotero (Zutilo,
Zotfile, moteurs de recherches, etc)
Ce que l’on a pas vu...
●
Personnaliser les styles bibliographiques (CSL), voir
Apporter de petites modifications à un style bibliographique
●
Citer des types documents problématiques (manuscrits, catalogues
d’exposition, données de la recherche, etc)
●
Utiliser Zotero et rédiger en markdown ou LaTeX
●
Créer des bibliographies commentées & annotées
...mais que vous pouvez explorer en partant de zotero.hypotheses.org
Bonus : the documentation in french !
https://docs.zotero-fr.org/
Aide et support pour Zotero : tutos complets
Supports (pdf, web) très complets
• Univ. Paris Cité : Gérer ses références bibliographiques avec Zotero https
://www.biusante.parisdescartes.fr/ressources/pdf/zotero-tutoriel-biusante.pdf?-1421428989
• FormaDoct : Collecter, gérer et citer ses références bibliographiques avec Zotero: Introduction
https://formadoct.doctorat-bretagneloire.fr/friendly.php?s=zotero
• Univ. Quebec : Carrefour Zotero https://carrefour.uquebec.ca/zotero
• Sélection Univ. Lyon 3 https://bu.univ-lyon3.fr/zotero-outil-de-gestion-bibliographique-libre-et-gratuit-3
Focus :
• Sorbonne Univ. : Gérer ses PDF et ses pièces jointes - Zotero : gérer sa bibliographie et ses pdf
https://paris-sorbonne.libguides.com/zotero-gerer-sa-biblio-et-ses-pdf/gerer-ses-pdf-et-ses-pj
• Univ. Sharebrooke : Guides thématiques: Zotero : Utiliser dans Word
https://libguides.biblio.usherbrooke.ca/zotero/utiliser_dans_word
MERCI !
alain.marois@ens-lyon.fr
@amarois - www.zotero.org/amarois
https://www.bibliotheque-diderot.fr/chercheurs/
Crédits
Doctorow, Cory. Petabox, XS4ALL, Amsterdam, the Netherlands 7.JPG. 4 août 2008. Photo.
https://www.flickr.com/photos/doctorow/2731936359/.
aldisley. Brick wall. 22 mai 2012. Photo. https://www.flickr.com/photos/disley/7266666372/.
el Neato. gear [Internet]. 2009 [cited 2 févr 2018]. Disponible sur:
https://www.flickr.com/photos/neatomang/3519781746/
Perejoanoliver. Català: Pinya dels Castellers de Mallorca [Internet]. [object HTMLTableCellElement]
[cited 2017 Jun 7]. Available from: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Pinyacdm.jpg?uselang=fr
SRI’s first computer mouse prototypeEsperanto: Komputila musoPolski: Mysz komputerowa [Internet].
2005 [cited 2017 Jun 7]. Available from:
https://commons.wikimedia.org/wiki/File:SRI_Computer_Mouse.jpg
Libraries, Christchurch City. Giant « Connect Four » game at Linwood Library. 8 octobre 2016. Photo.
https://www.flickr.com/photos/christchurchcitylibraries/30337750376/.
Bidouiller des styles CSL
https://editor.citationstyles.org/visualEditor/

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Zotero avancé - support de formation doctorants SHS 2024

  • 1. Bib. Diderot de lyon fév. 2024 - Alain Marois avancé
  • 2.
  • 3. avancé ? © La bande de M. Carré. https://monsieurcarre.wordpress.com/
  • 4. avancé ? Parce que vous savez déjà...: ● Installer et paramétrer votre Zotero fonctionnel ● Importer des références (4 options) ● Gérer votre bibliothèque (collections, marqueurs, etc) ● Citer (4 options), choisir des styles
  • 5. avancé ! ...et que vous envisagez, peut être, de : ● Approfondir le dilemme mots-clés VS collections ● Utiliser les groupes pour collaborer ● Explorer des plugins pour optimiser vos pratiques ● Explorer les styles bibliographiques, les adapter ● Faire un point sur la synchronisation et la sauvegarde de vos données 2h
  • 6. avancé ! ...et que vous envisagez, peut être, de : ● Approfondir le dilemme mots-clés VS collections ● Utiliser les groupes pour collaborer ● Explorer des plugins pour optimiser vos pratiques ● Explorer les styles bibliographiques, les adapter ● Faire un point sur la synchronisation et la sauvegarde de vos données 2h
  • 9. Pourquoi Zotero ? • Gratuit • Multiplateformes (Windows, Mac, Linux) • Open Source (développement open source, standards interopérables) • Communauté et support • Une porte vers les Humanités Numérique et la science ouverte https://www.zotero.org/why https://zotero.hypotheses.org/1998
  • 10. Une question pas si anodine... Clarivate completes the acquisition of ProQuestLibrary Technology Newsletter [ January 2022]
  • 11. Une question pas si anodine... Chen G, Posada A, Chan L. 2019 « Cette restructuration n'est pas qu'un enjeu de gouvernance interne mais marque une évolution profonde de la stratégie d'Elsevier : la convergence de l'édition scientifique et la gestion de données et métriques (business analytics). » Analyse I/IST-n°27-Avril 2018
  • 12. Design inspiré de Dingemanse M. Slides for a hands-on Zotero workshop [Internet]. The Ideophone. 2016 [cited 2018 Jan 23]. Available from: http://ideophone.org/slides-for-a-hands-on-zotero-workshop/
  • 15. Challenge 1 Documentation :https://www.zotero.org/support/fr/kb/item_types_and_fields Ce que l'on constate ● le type de document détecté n’est peut être pas le bon (article VS … ?) ● les métadonnées peuvent être complétée Ce que l'on peut faire ● modifier le type de document Zotero pour cette référence ● ajouter le titre du blog ● ajouter auteur (astuce : copier-coller forme "prénom nom" dans le champ auteur après avoir affiché un champ unique puis repasser en "Afficher un champ double") ● ajouter la date (vérifier bonne détection du format employé) ● joindre le pdf généré à partir de la page web et/ou le snapshot
  • 17. Challenge 2 https://www.zotero.org/support/connector_preferences Ce que l'on constate ● un message "Zotero est-il ouvert ?" apparaît : le connecteur n'arrive pas à "communiquer" avec l'application (fermée) Ce que l'on peut faire ● cliquer sur le lien en fin de message pour "Activer l'enregistrement dans la bibliothèque en ligne" => utile pour travailler en mode full web, sur un autre poste que le sien
  • 19. Challenge 3 https://www.zotero.org/support/fr/adding_items_to_zotero#enregistrer_des_pages_web Ce que l'on constate ● le connector semble détecter un ou plusieurs "documents" dans la page (comme une page de résultats de recherche, avec l’icône ) ● si l'on utilise le connector pour l'import, la référence importée n'est pas la page mais une référence citée dans la page (le connector Zotero détecte le DOI de cette référence citée !) Ce que l'on peut faire ● click-droit sur le connector et choisir l'option de collecte "Enregistrer dans Zotero > Save to Zotero (web page...)
  • 21. Challenge 4 https://www.zotero.org/support/fr/kb/importing_standardized_formats Ce que l'on constate ● La base propose plusieurs façon d’importer des références Ce que l'on peut faire ● opter pour un export (d'une ou de la totalité des références) dans un format compatible avec Zotero (ex : bibtex « .bib » ; il en existe bien d’autres, dont le RIS standard de fait) ● accepter l'import suite au message Zotero détectant le téléchargement d'un fichier compatible ou importer le fichier téléchargé (Fichier > Importer...)
  • 23. Challenge 5 Ce que l'on constate ● pas d’option d'export des items de la bibliographie dans un format structuré pour import dans Zotero => saisie manuelle chronophage en vue ? Doit-on persévérer ? Ce que l'on peut faire ● utiliser un "parser" comme le service anystyle.io ● retrouver l'article sur une base de donnée bibliographique *à index de citation* (ex : Scopus.com) pour exporter les références citées dans un format structuré
  • 24. Importer à partir de .doc, etc. https://anystyle.io/ https://rintze.zelle.me/ref-extractor/ https://github.com/inukshuk/anystyle Documentation :https://www.zotero.org/support/fr/kb/importing_formatted_bibliographies
  • 25. Tenter de récupérer des DOIs https://apps.crossref.org/SimpleTextQuery
  • 28. Récap « collecter des références » 1.Utiliser le connector Zotero 2.Importer via un identifiant (ISBN, DOI) 3.Importer un format structuré (RIS, bibtex, etc) 4.Récupérer les métadonnées des PDF 5....ou, sinon...créer la référence à la main Vidéo : https://youtu.be/aTdOnujiVtc Documentation :https://www.zotero.org/support/adding_items_to_zotero
  • 30. Aide et support pour Zotero : l’essentiel https://forums.zotero.org/ https://www.zotero.org/support/ https://zotero.hypotheses.org/ 1 2 3 Forum Documentation Blog Zotero fr Une série de (longs, mais complets !) tutoriels vidéos récents par la Boîte à outils des historiens : https://www.youtube.com/channel/UCuBYtIKxZaPKfF081cMDr1A Un série de (très courts) tutoriels vidéos par la Bibliothèque Universitaire Lyon 1 : https://portaildoc.univ-lyon1.fr/se-former/gerer-sa-bibliographie/
  • 31.
  • 33. Les groupes Zotero ● Nécessitent un compte sur zotero.org ● Permettent de collaborer autour d'un projet ● Privés OU Public, Participation Restreinte OU Public, Participation Ouverte ● Leur propriété peut être transférée ● Si des fichiers y sont stockés, c'est le quota de stockage (300 Mo) du propriétaire qui est impacté Documentation : https://www.zotero.org/support/fr/groups
  • 34. Les groupes Zotero Documentation : https://www.zotero.org/support/fr/groups#les_types_de_groupes
  • 35. Les paramètres du groupes pourront être modifiés à tout moment dans Settings « Qui peut ajouter, éditer, enlever des réf. à la bibliothèque du groupe » On peut décider qu'un groupe ne comporte aucun fichier joint
  • 36.
  • 37.
  • 38. Après synchronisation, la bibliothèque du groupe apparaît dans Zotero
  • 40. Exemple de collaboration https://www.zotero.org/groups/first_world_war_studies_bibliography Voir => http://www.boiteaoutils.info/2013/01/bibliographie-collaborative-de-la/
  • 42. Collaboration + blog Simple utilisation des flux RSS des groupes public Zotero, repris dans le module rss wordpress d’Hypotheses.org https://www.zotero.org/groups/2485275/infox_pidmies_et_coronavirus/
  • 43. Collaboration + usages API https://fairs-in-history.huma-num.fr/
  • 45. Les groupes Zotero : structurer ● Que des références propres, sinon utiliser une collection temporaire ou un marqueur dédié ● Note méthodologique au sein du groupe (=> expliciter marqueurs, collection) ● Si utilisation intensive des tags, penser à décocher l'import automatique ● Définir des marqueurs d'actions (ex : Ànettoyer, Àindexer, Àsuivre, etc) D'après Jastram I. Best Practices for Groups using Zotero [Internet]. Pegasus Librarian. 2017 [cité 3 mai 2017]. Disponible sur: http://pegasuslibrarian.com/2017/05/best-practices-for-groups-using-zotero.html
  • 46. Les groupes Zotero : alimenter ● Utiliser une collection/un marqueur « tampon » pour tracer les références à retravailler ● Vérifier les métadonnées ● Systématiquement joindre les pdf ● Renommer systématiquement les fichiers joints à partir des métadonnées des références ● Utiliser l'onglet « Connexe » D'après Jastram I. Best Practices for Groups using Zotero [Internet]. Pegasus Librarian. 2017 [cité 3 mai 2017]. Disponible sur: http://pegasuslibrarian.com/2017/05/best-practices-for-groups-using-zotero.html
  • 47. Collaboration + usages API Exemple d’organisation et de documents produits pour le projet ANR CoMOR : schéma pour formations, dictionnaire de tags, tutoriel, etc
  • 48. Collaboration + usages API https://fairs-in-history.huma-num.fr/
  • 49. Collaboration + édition Collectif. Intégrations Unpaywall et Google Docs [Internet]. Le blog Zotero francophone. 2018 [cité 9 juin 2022]. Disponible sur: https://zotero.hypotheses.org/2130 1 2 3
  • 50. TP : groupes Zotero et collaboration Rechercher dans « Groups » Cliquer sur le nom du groupe
  • 51. TP : groupes Zotero et collaboration 1. Formation_Isidoct 2. Collectez dans votre Zotero des références sur le thème de... Zotero et de la gestion de références bibliographiques ;-) 3.Vérifiez les métadonnées ! 4. Reportez-vous à la note libre à la racine de la bibliothèque du groupe : selon les instructions, attribuez des marqueurs et classez les références dans le groupe, etc. 5. Contribuez à la note partagée _Done en y ajoutant vos initiales 10' Rappel : https://page.hn/lilzt0
  • 53.
  • 55. Un plugin Zotero est contenu dans un fichier avec l’extension .xpi Documentation : https://www.zotero.org/support/plugins Plugins Zotero ?
  • 56. Documentation : https://www.zotero.org/support/plugins Vos plugins Zotero ? Quels plugins Zotero utilisez vous déjà ?
  • 57. Exemple : installation de Zutilo https://github.com/willsALMANJ/Zutilo/releases
  • 58. Parce que les marqueurs... ...ça peut servir Piled Higher and Deeper" by Jorge Chamwww.phdcomics.com
  • 59. Rappels & astuces Clic droit => renommer, couleur, effacer Glisser-déposer sur un marqueur Saisir à la chaîne des marqueurs (Shift+Entrée) A B C Utile pour copier-coller un mini- thésaurus perso
  • 60. Parce que les marqueurs... P. Martinolli, « Optimiser l’organisation de sa bibliothèque », Le blog Zotero francophone. https://zotero.hypotheses.org/3298(consulté le mai 20, 2021).
  • 61. Parce que les marqueurs... P. Martinolli, https://zotero.hypotheses.org/3298 « J’ai remarqué que le système de classement est efficace pour moins de 300 références (ou plus, si les références sont des séries). Si votre bibliothèque contient plus de 300 références, le classement par collections va devenir moins efficace »
  • 62. Zutilo (plugin) et marqueurs Copiez-collez « marqueurs » , liez plusieurs références, effacer tous les marqueurs...d’une ou n références
  • 63. Zutilo (plugin) et marqueurs
  • 65. Doublons et non-classés + 2 : Productivité
  • 66. Mes publications + 2 : Productivité
  • 67. Mes publications + 2 : Productivité
  • 68. (Mes publications et IdNnum) + 2 : Productivité
  • 70. +3 : Nettoyer Johana Daniel (doct. Larhra UMR 5690) propose* de... ● Supprimer les marqueurs non désirés, ● Compléter les champs, homogénéiser Publications, etc ● Corriger les coquilles, ● Lier les notices entre elles, ● Supprimer les pièces jointes surnuméraires, ● Fusionner les doublons Nettoyer et ranger ? *Daniel J. Ranger Zotero, un chantier idéal pour chercheur confiné ! (1) [Internet]. Isidore & Ganesh. 2020 [cité 17 avr 2020]. Disponible sur: https://ig.hypotheses.org/2180
  • 71. +3 : Nettoyer Rationaliser ses tags Daniel J. Ranger Zotero, un chantier idéal pour chercheur confiné ! (2) [Internet]. Isidore & Ganesh. [cité 20 janv 2021]. Disponible sur: https://ig.hypotheses.org/2299
  • 72. +3 : Nettoyer Rationaliser son flux de documents Martinolli P. Optimiser l’organisation de sa bibliothèque [Internet]. Le blog Zotero francophone. 2020 [cité 20 janv 2021]. Disponible sur: https://zotero.hypotheses.org/3298 ● Méthode ZotLog ● Marqueurs de méthode (_nettoyé, _lu, _urgent, etc) ● Marqueurs d’évaluation et de description (_majeur, _sans-int, etc) ● Thésaurus documentaire
  • 74. Proxy et connecteur Zotero La première fois que vous tentez d'accéder à un site web donné via un proxy, le connecteur Zotero le détecte et vous propose de conserver ce paramétrage pour ce site web Par la suite, lorsque vous tenterez d'accéder à ce même site sans proxy le connecteur Zotero vous redirigera vers votre proxy
  • 75. Proxy et connecteur Zotero Le comportement du connecteur vis à vis des proxy est modifiable
  • 76. Proxy et connecteur Zotero Chaque ressource (= nom de domaine du site web) pourra être modifiée, ou ajoutée manuellement si besoin https://www.zotero.org/support/connector_preferences#proxies_preferences
  • 77. Proxy et connecteur Zotero ! Il est possible de forcer la passage par un des proxys définis pour toute page web via le connecteur (click-droit sur l’icône > Reload..> Reaload via... Doc : https://www.zotero.org/support/connector_preferences#proxies_preferences
  • 78. Proxy et connecteur Zotero ! Doc : https://www.zotero.org/support/connector_preferences#proxies_preferences Et ça, c’est super pratique !
  • 80. Ajouter des moteurs Collectif. Les moteurs de recherche intégrés à Zotero [Internet]. Le blog Zotero francophone. [cité 3 juin 2021]. Disponible sur: https://zotero.hypotheses.org/3388 https://gitlab.huma-num.fr/spouyllau/ISIDORtero https://bubdxm.wordpress.com/2020/06/19/zotero-babord-et-sudoc/ Récupérer des moteurs supplémentaires : https://github.com/amarois/Formation_Zotero_Advanced/blob/main /engines.json Voir aussi :
  • 81. PDF – métadonnées - extensions *Zotero V6 !
  • 82. PDF...& Co Doc : https://www.zotero.org/support/fr/attaching_files
  • 83. Métadonnées des PDF Récupération automatique des Métadonnées des pdf importés dans Zotero depuis la V 5.0.38 (mi-mars 2018) ● Renommage automatique ● Choix du lecteur PDF +
  • 84. Récupérer les...PDF...à partir des métadonnées https://www.zotero.org/blog/improved-pdf-retrieval-with-unpaywall-integration/ Intégration d’Unpaywall à Zotero
  • 85. Annoter un PDF https://www.zotero.org/blog/zotero-6/ Together with Zotero’s powerful saving abilities and word processor plugins, Zotero can now help you with the entire path from an interesting item online to a cited quote in your final document
  • 86. TP : Annoter un PDF 1.Importez Wilkinson Mark D., Dumontier Michel, Aalbersberg IJsbrand Jan et al., « The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship », Scientific Data 3, 15.03.2016. < https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18> 2.Ouvrez le PDF dans le lecteur Zotero 3. Cf. https://page.hn/lilzt0 5'
  • 88. ZotFile, l'extension ● Attacher automatiquement un pdf téléchargé dans un dossier défini ● Renommer finement les pdf (& co) ● Extraire des annotations pdf vers des notes zotero (caduque avec la V6 de Zotero) ● Extraire les tables de matières pdf ● (synchroniser les pdf entre tablettes et Zotero) Voir Flamerie F. ZotFile : un outil pour gérer vos PDF [Internet]. Le blog Zotero francophone. [cité 2 déc 2019]. Disponible sur: https://zotero.hypotheses.org/2838
  • 90. TP : installer ZotFile, importer un fichier 1. Installer ZotFile (rappel : http://zotfile.com/) 2. Définissez une règle de nommage et renomer 3.Importer un pdf Reagle J, Koerner J. Wikipedia @ 20 : Stories of an Incomplete Revolution [Internet]. The MIT Press; 2020 [cité 20 janv 2021]. Disponible sur: https://library.oapen.org/handle/20.500.12657/43467 4. 5. Tester la table des matières importée 6. Annoter le PDF, enregistrer 7. Importer les notes du pdf via ZotFile 5'
  • 91. Gérer ses PDF : prendre ses aises
  • 92. Disposer de plus de stockage Quels sont vos besoins ? Vos contraintes ?
  • 93. Rappel : la synchronisation https://www.zotero.org/support/fr/sync
  • 94. Disposer de plus de stockage https://www.zotero.org/settings/storage
  • 95. il manque une colonne : « je dispose d’un service d’hébergement de fichiers supportant le protocole webdav »
  • 96. Disposer de plus de stockage ● 2 stratégies alternatives pour les pièces jointes (hors groupes zotero) : 1)Webdav : utiliser un cloud supportant le protocole webdav et synchroniser ses pièces jointes 2)Drive + ZotFile : détacher ses pièces jointes (et uniquement ça!) dans un dossier qu’on : ● synchronise avec une application dédiée ● alimente automatiquement via ZotFile (« pièces jointes liées ») Attention : l’option 2 ne permet pas l’annotation pdf !
  • 97. Deux mises en gardes https://www.zotero.org/support/sync#alternative_syncing_solutions 1. On ne synchronise jamais tout son répertoir de données Zotero (risque de corruption de la base de données) 2. Exporter toutes sa bibliothèque, même au format Zotero-RDF avec notes et pièces jointes, ne constitue pas une vraie sauvegarde https://www.zotero.org/support/zotero_data#backing_up_your_zotero_data
  • 98. Webdav : ex BUL Lyon 2 https://www.zotero.org/support/sync#webdav Documentation :
  • 99. Webdav : ex ENS de Lyon https://www.zotero.org/support/sync#webdav Documentation :
  • 100. Webdav : ex ShareDocs https://documentation.huma-num.fr/content/7/66/fr/sharedocs-_-presentation-fonctionnement-et-utilisation.html
  • 101. Pas de webdav : l’option ZotFile + « drive » Documentation : https://www.zotero.org/support/sync#alternative_syncing_solutions
  • 103. « Ceci n'est pas une sauvegarde » Nous vous recommandons fortement de sauvegarder régulièrement votre bibliothèque Zotero. La synchronisation n'est pas un bon substitut à la sauvegarde : les serveurs Zotero ne stockent que la version la plus récente de votre bibliothèque, et il suffit d'une seule synchronisation (éventuellement automatique) pour modifier la copie du serveur. « »
  • 104. ...ceci non plus d’ailleurs Exporter notes + fichiers ! Choisir le format « natif » de Zotero 1 2 Prendre soin au nommage du .zip (nom explicite, date, version) Règle des 3, 2, 1 : « 3 copies de fichiers, sur au moins 2 supports différents, dont 1 ailleurs » 3
  • 106. Vos données... Tous les documents liés aux références (pdf, snapshot, etc) Votre base de références (items, marqueurs, notes, etc)
  • 107. Sauvergardez ! Copier l’intégralité de votre dossier de profil zotero sur un autre support Si vous souhaitez sauvegarder spécifiquement vos données Zotero, localisez vos données Zotero, fermez Zotero, et copiez votre répertoire de données (le répertoire entier, incluant storage et les autres sous- répertoires) sur un emplacement de sauvegarde, de préférence sur un autre périphérique de stockage. «
  • 108. En passant……..FAITES VOS SAUVEGARDES ! 1 2 4 1. Préférences > Ouvrir le répertoire… 2. Repérez le chemin dans votre Explorateur/Finder 3. Fermez le logiciel Zotero ! 4. Remontez d’un niveau pour localiser « Zotero » 5. Copiez tout le répertoire « Zotero » sur un autre support en le nommant convenablement (et appliquez la « règle des 3-2-1 ») 3
  • 109. En passant……..FAITES VOS SAUVEGARDES ! https://video.univ-lyon2.fr/videos/sav-zotero-recuperer-ses-donnees-a-partir-dune-sauvegarde /
  • 110. Sauvergardez ! Should you save your data – a flow diagram, Matthew (@MCeeP), 2018
  • 111. Ce qu’il faut retenir ● Prendre soin de ses données : métadonnées (type de document/type Zotero/contenu des champs), sauvegardes ● Utiliser toute la gamme des options d’organisation (collections/marqueurs/recherches enregistrées) ● Utiliser les groupes ! ● Explorer les plugins et options avancées de Zotero (Zutilo, Zotfile, moteurs de recherches, etc)
  • 112. Ce que l’on a pas vu... ● Personnaliser les styles bibliographiques (CSL), voir Apporter de petites modifications à un style bibliographique ● Citer des types documents problématiques (manuscrits, catalogues d’exposition, données de la recherche, etc) ● Utiliser Zotero et rédiger en markdown ou LaTeX ● Créer des bibliographies commentées & annotées ...mais que vous pouvez explorer en partant de zotero.hypotheses.org
  • 113. Bonus : the documentation in french ! https://docs.zotero-fr.org/
  • 114. Aide et support pour Zotero : tutos complets Supports (pdf, web) très complets • Univ. Paris Cité : Gérer ses références bibliographiques avec Zotero https ://www.biusante.parisdescartes.fr/ressources/pdf/zotero-tutoriel-biusante.pdf?-1421428989 • FormaDoct : Collecter, gérer et citer ses références bibliographiques avec Zotero: Introduction https://formadoct.doctorat-bretagneloire.fr/friendly.php?s=zotero • Univ. Quebec : Carrefour Zotero https://carrefour.uquebec.ca/zotero • Sélection Univ. Lyon 3 https://bu.univ-lyon3.fr/zotero-outil-de-gestion-bibliographique-libre-et-gratuit-3 Focus : • Sorbonne Univ. : Gérer ses PDF et ses pièces jointes - Zotero : gérer sa bibliographie et ses pdf https://paris-sorbonne.libguides.com/zotero-gerer-sa-biblio-et-ses-pdf/gerer-ses-pdf-et-ses-pj • Univ. Sharebrooke : Guides thématiques: Zotero : Utiliser dans Word https://libguides.biblio.usherbrooke.ca/zotero/utiliser_dans_word
  • 115. MERCI ! alain.marois@ens-lyon.fr @amarois - www.zotero.org/amarois https://www.bibliotheque-diderot.fr/chercheurs/
  • 116. Crédits Doctorow, Cory. Petabox, XS4ALL, Amsterdam, the Netherlands 7.JPG. 4 août 2008. Photo. https://www.flickr.com/photos/doctorow/2731936359/. aldisley. Brick wall. 22 mai 2012. Photo. https://www.flickr.com/photos/disley/7266666372/. el Neato. gear [Internet]. 2009 [cited 2 févr 2018]. Disponible sur: https://www.flickr.com/photos/neatomang/3519781746/ Perejoanoliver. Català: Pinya dels Castellers de Mallorca [Internet]. [object HTMLTableCellElement] [cited 2017 Jun 7]. Available from: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Pinyacdm.jpg?uselang=fr SRI’s first computer mouse prototypeEsperanto: Komputila musoPolski: Mysz komputerowa [Internet]. 2005 [cited 2017 Jun 7]. Available from: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:SRI_Computer_Mouse.jpg Libraries, Christchurch City. Giant « Connect Four » game at Linwood Library. 8 octobre 2016. Photo. https://www.flickr.com/photos/christchurchcitylibraries/30337750376/.
  • 117. Bidouiller des styles CSL https://editor.citationstyles.org/visualEditor/