Support de cours sur le logiciel de gestion et de mise en forme de références bibliographiques et de documents EndNote, et de son outil en ligne de partage, EndNote Online.
4. Un Logiciel de Gestion de Bibliographie, à quoi ça
sert ? (3)
3-Editer diverses bibliographies (html, traitement de texte)
Rédiger des documents scientifiques (thèse, articles,
chapitres d’ouvrages, communications à congrès,…) en
mettant en forme citations dans le texte et bibliographie finale
Rédiger des articles en respectant la structure et de les
règles de présentation demandées par certains journaux
grâce aux modèles fournis.
Dissociation du contenu des références et de la mise en forme
par le style choisi (5 000 styles disponibles)
=> réutilisation, gain de temps
5. Qu'est‐ce que EndNote ?
• EndNote est un logiciel de gestion de
bibliographie très complet, assez complexe et
payant (219€ en téléchargement ou 234€ avec
CD, MAJ 108 ou 118€)
• Disponible pour Windows et Mac
• Interfaçable avec Microsoft Word®, Apple
Pages et Writer de la suite OpenOffice.org
• Synchronisé avec EndNoteWeb : capacité de
stockage illimité, partage avec jusqu’à 100
collaborateurs
8. Créer et organiser sa bibliothèque
• Créer sa Librairie :
– Cliquer sur File > New
– Donner un nom à la bibliothèque et enregistrez‐là dans 1 nouveau
répertoire dans « Mes documents », pour la sauvegarde
• Créer un Group Set (répertoire de groupes) :
– Groups > Create Groupset
• Créer un Groupe :
– Groups > Create Group ou clic droit sur un GroupSet
– Les groupes peuvent être « tirés d’un GroupSet à un autre,
renommés, supprimés (clic droit),…
11. IMPORTS : Tableaux des sources
1- On line search avec
Connexions depuis EN
2- Import direct depuis le site
de la base
3- Import manuel (via fichier
texte et filtre)
•Catalogues de bibliothèques :
•ABES/SUDOC, Library of Congres,
British Library, NAL (Agricola), Bib Natl
de Fr, ENS…
•Bases sur abonnement IRD :
WoK : Web of Science, Medline (TS)
•Autre base : Pubmed/NLM
•Base sur abonnement:
• WoS : Web of Science Core
collection, Medline
•Sites Editeur : Science Direct,
Springer, Jstor, Ingenta, Wiley,
Cairn,…
•Périodiques : PNAS,…
•Moteur Google Scholar (1 par 1, après
choix des préférences)
•Catalogue Worldcat(1 par 1, ou une liste,
après identification)
Horizon/ IRD (filtre Endnote)
Formats/Filtres à choisir : Endnote,
Medline ou RIS
•Horizon/ IRD (filtre Endnote)
•Pubmed/NLM (send to file, format Medline)
•Agricola/USDA (send to file, format
Medline),
•Repec (1 par 1, copier coller dans un fichier
.txt)
•Science, Nature, PLOS,…
•Echanges entre versions EndNote et
entre différents logiciels
bibliographiques, avec XML,…:
fichier txt
12. 1‐Connection : Recherche depuis EndNote
1. 2 modes de travail :
2. Tools>Online search ou groupset Online Search ou icône
3. Choix du fichier de connexion « base de données (fournisseur) »
4. Interrogation depuis EndNote via la fenêtre de recherche,
dans la base distante (titre de la fenêtre « Online Search »)
5. Validation/modification du nombre de réponse (Cancel=retour à la question).
Même après validation, on peut arrêter le téléchargement par « Echap »
6. Supprimer/corriger les références dans le groupe du nom de la base de
données ouvert automatiquement et transférer dans un autre groupe
Local library :
base locale
uniquement
2-Integrated
Library :
Local + Online1-Temporary Library :
online seulement
13. 13
Les fichiers de connection
On peut sélectionner ses favoris en les cochant dans Edit>Connection
Files>Open Connection Manager
ou en cliquant sur « More… » dans le GroupSet Online search
Nouveaux fichiers de connection ou MAJ sur :
http://endnote.com/downloads/connections
ou via Edit>Connection Files>Open Connection Manager>Get More on the web
Il faut parfois modifier les paramètres de connection :
Edit>Connection Files>Open Connection Manager puis choix de la base, puis Edit
Ex : Mot de passe nécessaire pour des bases sur abonnement
Fichiers .enz situés par défaut dans le répertoire
C:Program filesEndnoteX8Connections
14. 14
2- Import Direct depuis la source en ligne
De nombreuses interfaces web permettent une récupération directe des notices :
1. Interroger la base de données depuis son interface web
2. Sélectionner les notices qui vous intéressent,
3. Exporter/enregistrer/télécharger (Export/Save/Download) au format EndNote,
Logiciel de Bibliographie, Reference Softwares, Reference Manager, RIS,
Medline…
4. Choisir d’ouvrir le fichier importé avec EndNoteX8
(.exe sous C:Program filesEndNoteX8)
Enregistrer dans votre base EndNote sans avoir à sélectionner un filtre :
Si un groupe est ouvert, par défaut les notices iront dedans.
Elles iront toujours aussi dans le groupe «Imported references ».
15. Imports automatiques
Science Direct
Web of knowledge
Pascal et Francis / INIST
Taylor and Francis (1/1)
Wiley
Springer (1/1)
BioOne
JStor
Worldcat (1/1)
Google Scholar (après
paramétrisation, 1/1)
16. 16
3 – Imports par Filtres
A défaut d’autres possibilités…
1. Interroger la base de données depuis son interface,
2. Sélectionner des notices,
3. Exporter/Sauvegarder les références dans un fichier texte
4. Si la fenêtre d’import d’EndNote ne s’ouvre pas : File>Import, ou
icône
5. Choisir le fichier à importer
6. Choisir le filtre correspondant : « Nom de la base (distributeur) »
17. 17
Les Filtres
Fichiers .enf stockés dans le répertoire Filters, sous C:Program FileEndNoteX8
ou ailleurs (à déplacer par Edit > Préférences > Folder Locations).
Gestion des filtres : Edit > Import Filter> Open Filters Manager :
• Rechercher un filtre : Ordre alphabétique + Bouton « Find » : classement par
catégorie,
• cocher vos filtres favoris, ils vous seront présentés dans le menu File>Import
• en décharger d’autres via Get more on the Web ou sur
http://endnote.com/downloads/filters (Relancer le logiciel pour prise en
compte)
18. Créer des notices à partir de vos PDF
Pour 1 PDF/1 dossier de PDF :
• Dans EndNote, cliquez sur le menu File > Import > File/Folder… ou sur
• Dans la fenêtre d’import :
– Import File : sélectionnez le PDF/le dossier.
– Import Option : choisir le filtre « PDF ».
– Duplicates : Discard duplicates pour ne pas importer les références déjà présentes dans
votre bibliothèque.
– Text translation : Unicode (UTF‐8) pour importer correctement les caractères accentués.
– Cliquer sur Import.
• Marche mal… Vérifier que les informations bibliographiques de la/des
référence(s) sont présentes et exactes. Dans le cas contraire, l’import ne
fonctionne pas pour ce PDF; supprimer la référence et la rechercher sur Google
Scholar pour l’importer, puis attachez votre PDF à la référence importée...
19. Saisie manuelle d’une référence
En dernier recours (document introuvable)…
Reference>New Reference ou icône
Choisir un des 50 Masques de saisie ou Reference Types, correspondant
à 47 types de documents* + 3 à définir (Unused)
Saisir les champs avec le minimum de mise en forme (gras, italique,
souligné, …) : EndNote et Word se chargeront des mises en forme
Max : 48 champs (dont 8 libres), 65 000 caractères !
Passage au champ suivant : Tab / au champs précédent : Maj+Tab
Enregistrer : File>Save ou fermer => fenêtre d’enregistrement
20. 20
Saisie des champs Auteurs
Champs Author et Editor (éditeur moral) : séparateur entre 2 noms : « Entrée »,
Séparateur nom‐prénom : « , »
Ecriture recommandée : Nom, Prénom1 Prénom2 (pas de perte d’information,
les styles abrégeront les prénoms si nécessaire). A défaut : Nom, P1 P2 ou Nom,
P1.P2.
Ecrire tous les auteurs (pas de perte d’information), un style génèrera le « et al. »
si nécessaire
Collectivité‐auteur : ajouter une virgule à la fin du nom, compléter
éventuellement par une subdivision (ex. Ministère de l ’Agriculture, Direction de l’Elevage)
Document anonyme : laisser le champ vide
21. Eviter les fautes de saisie
• Respecter des règles de saisie :
cf. http://www.mpl.ird.fr/documentation/ download/FormCatalog.pdf
• Correction orthographique (anglaise) : Tools > Spell check ou
icône de la fenêtre de saisie
• Relecture régulière : recherche « is greater than » sur le
champs « Last update »,
puis impression style « Show all fields »
• Utiliser les listes de terme, en particulier pour les champs
« Journal » et « Keyword »
22. Utiliser les Listes de Termes
Facilitent la saisie, la recherche des données et la cohérence de la base.
Pour chaque base de données, 3 listes générées automatiquement : authors,
journals, keywords.
Saisie rouge = nouveau terme (alerte)
Suggestion automatique du terme le plus proche à la saisie (paramétré dans
Edit > Preferences > Term Lists)
Choix manuel de termes à la saisie :
1. (Open Term ListMAJ) CTRL+1 dans le champ affiche la liste liée au champ (ou
clic droit,),
2. double clic sur le terme ou sélection + bouton « Insert term »
24. Corriger / supprimer des références
Pourquoi ?
• Les notices déchargées/importées sont parfois à retoucher
/compléter
• A force d’importations, vous pouvez accumuler des doublons…
à supprimer
26. 1. Edit > Select All, puis References > Find duplicates
2. Comparaison des doublons 2 à 2 (du groupe temporaire
Duplicate Références) :
différences surlignées
3. Modification éventuelle de la meilleure référence (copier/coller…)
4. Keep this record => Suppression de l’autre
Suppression des doublons
27. Lier un fichier texte à sa notice
• Tout format (pdf, doc, xls,…)
• Copie du fichier dans le dossier .data
(=> à déplacer avec la base EndNote !)
• Clic droit ou References > File Attachments > Attach File ou
ou via l’onglet Attached PDFs :
1.Sélectionner le fichier à attacher
2.Cocher « Copy this file to the default file… »
28. Lier une illustration à une référence
Pour la réutiliser dans une publication :
Champ Figure, une seule illustration par notice (graphique, tableau,
photo, …) :
Clic droit ou References > Figure
Le fichier lié est copié dans le répertoire « nom de la base.DATA »
Champ Caption : légende de la figure (pour la retrouver et éditer la
liste des figures automatiquement)
Ou Type de document Figure ou Chart /Table ou autre…
29. De la référence au fichier
Visualiser/ouvrir/imprimer/modifier un PDF lié : dans
l’onglet « Attached PDF » de la colonne de droite (3) :
• Ouvrir le PDF dans une fenêtre dédiée :
• Puis annoter, surligner, souligner, barrer :
Ouvrir un fichier lié :
Clic droit > File Attachments > Open File
Ouvrir une URL : Clic droit > URL > Open URL
Rechercher PDF et URL sur internet (si on n’en a pas) :
Find Full text
31. Rechercher
• Recherche simple : « Google Like », dans tous les champs
• Recherche avancée (Search Pannel : Hide/Show ou
Tools > Search Library)
Choix de
l’Opérateur
Booléen :
AND/OR/
NOT
Choix
du champs
interrogé
(dont PDF)
Choix du
connecteur
(en fonction
du type
de champs
Pour ajouter
(après)
ou supprimer
une ligne
Pour les champs
Auteur, Journal, Keyword :
(MAJ) CTRL+1
permet d’afficher l’index associé
pour choisir le terme
recherché
32. A savoir pour mieux chercher
Champs interrogés : ceux du type Generic
(cf. Edit >Preferences > Reference Types > Modify)
Plusieurs mots dans une fenêtre = une expression
Supporte les accents : appauvris
Opérateurs booléens entre les champs :
AND (ET, +)
Tous les termes de la
recherche doivent
être présents dans
tous les résultats.
A utiliser pour limiter
le nombre de
résultats
OR (OU)
Au moins un des termes
recherché doit être
présent dans les
résultats.
A utiliser pour rechercher
des synonymes, et
obtenir plus de résultats
NOT (SAUF, –)
Le 1er terme doit être
présent dans tous les
résultats; le 2ème ne doit
jamais l’être.
A utiliser pour limiter le
nombre de résultats
33. Construire une équation de recherche complexe
L’équation de recherche, qui se construit du haut vers le bas : (111 OR 222) AND 333
=> ajouter une ligne au bon endroit avec le +
Pour rebondir sur un résultat insatisfaisant :
« Add to showing ref. »=OR,
« Search showing ref. »=AND,
« Omit from Showing ref. »=NOT
Pour tronquer un mot (ou pas), jouer sur les connecteurs :
à gauche uniquement : recherche « Word begins with »
à droite et à gauche : recherche « Contains »
le mots tel quel : cocher match words, ou recherche « Is »
Sauvegarder/réutiliser une recherche : Option > Save search ou Load search
(sauvegardée dans le répertoire Program Files/EndNoteX8/Searches)
34. Sauvegarder/réutiliser une recherche
• Une recherche :
Option > Save search/Load search
• Les résultats de la recherche (actualisés) :
Option > Convert to Smart Group
36. 1-Groupes permanents : créés par EndNote ,
ne peuvent être renommés ni détruits
2-Groupset : répertoire de groupes
3-Custom Groups : mes groupes
4-Smartgroups : à partir d’une recherche,
mis à jour automatiquement, dynamiquement
Classer : Les Groupes
Sous-ensembles de références de 4 types :
Pour éviter la multiplication des bases (facilite les
liens externes avec Word, ENW…)
38. Alimenter ses Groupes
avec des références sélectionnées
• En « tirant » les références vers le groupe (drag and drop de la
colonne 2 à la colonne 1)
• Avec un clic droit sur les références
• Par le menu :
– Groups > Add to Groups
39. Combiner ses groupes
Groups > Create from groups
EndNote X8/EndNote Web - juin 2018 – IST
IRD Occitanie - H. Hensens
Groupes à combiner avec And, Or, Not
40. Création de smartgroupe via une recherche
Menu Groups>Create smart groups
OU à partir d’une recherche : Option > Convert to Smart Group
43. Choisir un style dans EndNote
Fenêtre des styles de la barre d’icônes : Select
another style
ou Menu Edit > Output Style > Open Style
Manager :
ordre alphabétique ou catégories par bouton
« Find » ou fenêtre de recherche Quick search
Style preview : ex. de références mises en
forme
// Onglet Preview de la colonne de droite:
référence sélectionnée mise en forme dans le
style choisi dans la barre d’outil
Les favoris cochés se retrouvent dans la fenêtre
de styles de la barre d’icônes
44. Choisir un style sur le Web
Nouveaux styles et MAJ récupérables sur :
Edit > Output Style > Open Style Manager > Get More on the Web
ou http://endnote.com/downloads/styles
Relancer EndNote après import d’un style
Si non trouvé, on peut modifier un style proche :
L’ouvrir avec Edit > Output Styles > Open Style Manager > Edit
Le sauvegarder sous un autre nom File>Save as
Le personnaliser à la marge : Citations ou Bibliography > Templates
48. Barre d’outil EN dans Word 2013 :
Barre d’outils EN dans les version de Word antérieures :
Barre d’outil Word dans EndNote :
Lien Word EndNote
49. 49
Citation de références
1. Ouvrir la base de données de références ou la sélection dans EndNote
2. Ouvrir un document dans Word
3. Positionner le curseur à l’endroit où la citation doit être insérée
4. Dans la barre d’outils EndNote de Word
‐ « Go to EndNote » : sélectionner la (ou les) référence,
puis « insert citation(s) », dans EndNote
‐ ou « Insert citation(s) » : taper un(des) mot(s) pour rechercher la référence
(dans tous les champs), puis sélectionner la (les) référence(s) et insérer
(« insert »)
La bibliographie de fin d’article se construit au fur et à mesure des citations.
On peut changer de style à tout moment dans la fenêtre.
50. Citation de références (2)
• En cas de problème de mise en forme, déformater/reformater :
Convert citations and bibliography > Convert to unformated citations
puis Instant formating is On
• Ajouter un détail dans les citations (« in »…, pages,…):
Edit & Manage citations
• Créer des sous‐groupes dans la bibliographie :
Categorize references
• Exporter toutes les références citées (pour les transmettre avec l’article) :
Export to EndNote > Export travelling library
• Toujours sauvegarder une version active (pour corriger)
et une version sans les codes (à envoyer), à créer par :
Convert citations and bibliography > Convert to Plain Text
50
51. 51
Rédaction d’articles à l’aide de Modèles
Word
1. Ouvrir les deux logiciels : Word et EndNote
2. Dans Endnote : Tools > Manuscript templates,
choisir un modèle = un titre de revue
3. Le document Word s’ouvre avec la mise en forme demandée aux
auteurs par la revue.
4. Les citations dans le texte et l’édition de la bibliographie se font
comme précédemment.
54. 54
EndNote Web, pourquoi ?
• EndNote allégé en ligne
• Avantages :
– Sauvegarde aisée : Imports/Exports (Synchronisation) avec EndNote local immédiats
– Possibilité de partage de ses fichiers avec d’autres (ex) utilisateurs du WoS, de researcher ID ou de EN v.X
et >
– Accès à ses références depuis n’importe quel ordinateur dans le monde
– Accès à son EndNote Web même quand on n’a plus d’accès au WoS ni à EN (1 an après dernier clic via le
WoS, 2 ans via licence EN Xn)
– Facilité d’import direct à partir du WoS (intégré, signale ce qui a déjà été importé, met à jour les
données)
• Inconvénients :
– Parfois difficile d’utiliser le lien avec word si la connexion est lente
– Pas d’ajouts/modifications de styles, filtres, fichiers de connexion
– Options de recherche limitées
– Vos références sont sur un serveur distant …
56. Partager ses références
À des partenaires :
• Sa bibliothèque, en local, via EndNoteX8 : ou File>Share
• Un groupe, en ligne, via EndNoteWeb
1. Organize > Manage My Groups
2. Cocher Share, puis cliquer sur Manage Sharing
3. Indiquer les adresses mails des collègues que vous authorisez à lire/décharger vos
références (Read only) ou à compléter votre groupe (Read and Write)
57. 57
Import d’une autre base
Import d’une base EndNote compatible (depuis EndNote X) :
• Utilisation du copier/coller et du glisser/déposer
• ou Copie de la base .enl dans vos répertoires
• ou Filtre EndNote Library
Import d’une base EndNote antérieure à EndNote X :
Export EndNote Export, puis import : Filtre EndNote Import (catégorie Generic)
Import d’un autre logiciel de gestion de bibliographies, Voir catégorie « Generic »
: Procite RIS, RefMan RIS (également pour Zotero), ReferBibX
Import d’un autre fichier structuré : XML, bases de données (Excell, Access,
4D,…)
• Dans le logiciel de départ : utiliser l’export ASCII tabulé
• Import dans EndNote avec le filtre Tab_delimited
60. Paramétrer son affichage
Choisir et/ou traduire les champs de la fenêtre principale : Edit >
Preferences > Display Fields
Changer l’ordre et redimensionner les colonnes à la souris
Changer le format bibliographique d’affichage des notices de l’onglet
Preview : Select another style dans la fenêtre de style de la barre
d’outils
Créer des sous‐ensembles de références : les groupes
61. Paramétrer ses masques de saisie
Via Edit > Preferences > Reference Types
– Définir un masque de saisie par défaut : Default reference type (« Journal article »)
– « Modify reference types ... » permet de :
• Masquer certains types inutiles : mettre « . » devant leurs noms
• Traduire en français les noms de champs, les types de document
• Créer de nouveaux types à partir d’un type « Unused »
• Ajouter des champs (à partir d’un champ « custom » ou autre jamais utilisé). ex : Equipe, Type
d’article,…
• Supprimer des champs inutilisés
– Echanger des « Reference Types » modifiés : Export…Import écrase les anciens !
Les modifications s’appliquent à toutes les bases EndNote de l’ordinateur.
Le contenu des nouveaux champs doivent être du même type que les champs
« Generic » correspondant
62. Gérer les Listes de Termes
Importer 1 liste (ex. les auteurs du labo)
= 1 fichiers texte (.txt) comportant un élément par ligne :
Tools > Define Term Lists > Import List
NB : Les Term Lists Journals permettent de gérer les différentes formes des titres de
revues (abréviations) sans avoir besoin de remplir Alternate Journal.
Endnote en fournit 14 thématiques dans :
C:Program FilesEndNote X8Term Lists.
D’autres listes sont récupérables sur internet voir :
http://www.mpl.ird.fr/documentation/liens_endnote.html
Exporter en fichier texte, pour appliquer à une autre base ou pour imprimer
(pour relire et corriger) : Tools > Define Term Lists > Export List
Les corriger : Tools > Open Term Lists > Edit Term ou Delete Term, New Term
Modifier une Term List, ne modifie pas les références correspondantes !
63. Répertoires et fichiers EN
Par défaut sous C:Program filesEndnoteX8 :
Fichier exécutable (endnote.exe) pour lancer le programme :
Connections (répertoire) = ~3000 fichiers de connexions, pour l’interrogation de bases via
EndNote : fichiers .enz (6000 en ligne)
Filters (répertoire) = ~800 filtres, pour l’importation : fichiers .enf (+ en ligne)
Styles (répertoire), pour l’affichage, l’exportation : ~4000 fichiers .ens (6000 en ligne)
Templates (répertoire), pour la mise en forme d’articles selon les instructions de la revue :
~200 modèles microsoft word (+ en ligne)
Term Lists (répertoire), index/vocabulaire de référence : fichiers .txt
Libraries = Bibliothèques = Bases de données : fichiers .enl + répertoire .data associé
(fichiers pdf, images,…liés=à ne pas séparer) : dans 1 répertoire à créer dans « Mes
documents », pour la sauvegarde
Searches (répertoire), recherches enregistrées : fichiers .enq, sauvegardée dans
C:…UsersnomAppDataRoamingEndNoteSearches
(Re)localisation des répertoires Filters, Connections et Styles (pour ajout/modification si non
administrateur, sauvegarde): Menu Edit / Option Preferences / Folder Locations
64. 64
Assistance
Site de la documentation IRD :
http://www.mpl.ird.fr/documentation :
Menu « Aides » > Guide Endnote :
http://www.mpl.ird.fr/documentation/Faq_Endnote.html
Menu « Aides » > Nos formations pour en savoir plus :
https://www.mpl.ird.fr/documentation/formation_historique.html
Site du support d’EndNote, via menu Help ou sur :
http://endnote.com/
Les auteurs/formateurs IRD :
Elisabeth Ambert, elisabeth.ambert@ird.fr
Hanka Hensens, hanka.hensens@ird.fr