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Bibliographie et utilisation de Zotero                          Université Pierre-                          et-Marie-Curie...
Rappel : Jubil, site des bibliothèques de l’UPMC                             Rappel : Jubil, site                         ...
Présentation générale§ Stocker des références sur le disque dur et en ligne         synchronisation§ Partager des référenc...
Fonctionnalités principales§ Établir des liens avec des fichiers stockés sur le disque dur§ Gérer et organiser les référen...
ZOTERO en pratiqueTéléchargement ici : http://www.zotero.org/Création possible d’un compte en ligne et synchronisation de ...
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1) Collecter des références en ligneSélectionner la/les référence(s) souhaitée(s) et                  valider le choix    ...
1) Collecter des références en ligneRéférence importée - attention, laréférence s’enregistre dans lacollection sélectionné...
1) Collecter des références en ligne                 16
Cas particulier : chapitre de livre• Dans Zotero, changer le type de document• Rajouter le titre du chapitre dans le    no...
Zotero fonctionne avec :- Amazon- BIU Santé- Bibliothèque nationale de France (BnF)- Cairn- Google Books- GoogleScholar- R...
Collecter des références en ligne : et quand              ça ne marche pas ?Si l’icône Zotero                n’apparaît pa...
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Collecter des références : 2 import de fichierLes références sont importées dans une collection « Importé  le… » : il faut...
Collecter des références : 3 saisie manuelleÀ réserver aux documents dont les références sont introuvables  dans une base ...
Cas particulier : EM-Premium             24
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Gérer les référencesCollections                  4 Recherches    1      2                                     Affichage   ...
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Gérer les références : collections            clic droit •Créer des dossiers (collections) et des sous-dossiers (glisser-d...
Gérer les références : supprimer des références                           Les références supprimées                       ...
Gérer les références : collections Pour savoir dans quelles collections une référence est classée, lasélectionner et cliqu...
Gérer les références : marqueursListe de tous lesmarqueurs utilisés dans le                     Marqueurs de la référencer...
Gérer les références : marqueursFiltre sur un marqueur :afficher uniquement lesréférences comportantce marqueur           ...
Gérer les références : recherche dans les références                                     1. Définir les critères de       ...
Gérer les références : détecter les doublons                     39
Enrichir les références : liens fichier 1. Ajouter dans la notice un lien vers le     fichier pdf du texte intégral stocké...
Enrichir les références : notes                     1. Créer une note indépendanteClic droit sur l’élément sélectionné « A...
Enrichir les références : 3 commenter des captures                    de page web                   capture de page web   ...
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Création de bibliographie• Sélectionner les références• Clic droit « Créer une bibliographie… »• Choisir le style     – Po...
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Icônes dans Word 2007/2010            47
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Zotero version 2 : création d’un compte               Courriel de validation : cliquer sur le lien                     53
Zotero version 2 : synchronisation (1/3)Configurer les paramètres de synchronisationPréférences > Sync  Il est possible de...
Zotero version 2 : synchronisation (2/3)          Bibliothèque en ligne                                  Lancer la        ...
Zotero version 2 : synchronisation (3/3)§ Les fichiers attachés peuvent aussi être stockés en ligne et     synchronisés… m...
Zotero version 2 : groups (1/4)Créer un groupe                     57
Zotero version 2 : groups (2/4)Types de groupe § Groupes privés •   Seuls les membres du groupe et les invités peuvent voi...
Zotero version 2 : groups (3/4)§ Trois rôles• Administrateur           modifier le statut public/privé du    groupe, les r...
Zotero version 2 : groups (4/4)Page dugroupe          Bibliothèque du groupe : ajout d’un élément par          glisser-dép...
Pour aller plus loin§ Liste complète des styles bibliographiques disponibleshttp://www.zotero.org/styles§ Liste des sites ...
Avant de partir… Un petit questionnaire d’évaluation de la   formation, qui se remplit en 2 minutes :          tinyurl.com...
FINMerci de votre attention                           Présentation réalisée avec          63
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Medecine zotero-2011

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Utilisation de Zotero pour la médecine / le paramédical à l'UPMC

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Medecine zotero-2011

  1. 1. Bibliographie et utilisation de Zotero Université Pierre- et-Marie-Curie Formation_Bu_Medecine (at)scd.upmc.fr www.upmc.fr
  2. 2. Rappel : Jubil, site des bibliothèques de l’UPMC Rappel : Jubil, site des bibliothèques de l’UPMC 2
  3. 3. Présentation générale§ Stocker des références sur le disque dur et en ligne synchronisation§ Partager des références bibliographiques§ Collecter des références bibliographiques depuis des catalogues de bibliothèques et des bases de données en ligne§ Stocker et gérer : • des références bibliographiques • les documents qu’elles décrivent • des captures de pages Web et des annotations de pages Web • des liens vers des pages Web 3
  4. 4. Fonctionnalités principales§ Établir des liens avec des fichiers stockés sur le disque dur§ Gérer et organiser les références par : • dossiers et sous-dossiers (Collections) • marqueurs (Tags) • recherches dans les références§ Importer et exporter des références§ Plug-in d’interface directe avec le traitement de texte Word et LibreOffice (ex OpenOffice) permettant de • créer des citations dans le texte en cours de rédaction • générer une bibliographie 4
  5. 5. ZOTERO en pratiqueTéléchargement ici : http://www.zotero.org/Création possible d’un compte en ligne et synchronisation de plusieurs ordinateursSi nécessaire, autoriser l’installation du programme sous Firefox§ 5
  6. 6. § ZOTERO en pratiquePour aller sur Internet, jutilise :- Firefox : jinstalle le module Zotero pour Firefox et le plugin pour traitement de texte- Chrome ou Safari : jinstalle Zotero Standalone (pour Windows, Linux ou Mac) + le connecteur Chrome ou Safari- Internet Explorer : pas de chance, je suis obligé dinstaller Firefox ou Chrome ou Safari... Fot. NATI HARNIK AP
  7. 7. § Icône Zotero généralement en bas à droite (sous Firefox) : cliquer pour développer 7
  8. 8. Barre 4 zones d’outilsListe des Références du Détails de ladossiers, répertoire, du référencemarqueurs et marqueur ou de la sélectionnéerecherches recherche sélectionné 8
  9. 9. Zotero as a tab Cliquer pour réduire ou agrandir9
  10. 10. Configurer Zotero Personnaliser l’apparence, configurer diverses fonctionnalités Configurer la synchronisation (compte, réinitialisation, etc.) Activer et désactiver l’indexation des fichiers pdf ; statistiquesParamétrer la citation rapideGérer les plug-ins Word/LibreOffice ; ajouter etsupprimer des styles bibliographiques Configurer les raccourcis clavier pour Zotero Localisation du stockage, intégrité de la base, encodage des caractères 10
  11. 11. Configurer Zotero •Cocher ou décocher •« Mettre à jourmaintenant » •« OK » •Relancer FirefoxJoindre automatiquementles fichiers PDF associés…Fonctionne uniquement surles plateformes de revues(ScienceDirect, IEEEXplore,ACS, etc.) et pour lesrevues auxquelles on estabonné 11
  12. 12. Collecter des références (4 méthodes)1 Collecte en ligne (exemple sur le SUDOC) 1 2 3 4 5 4 Création d’un élément : lien2 vers la page Web en coursImport d’un fichier deréférences 5 3 Recherche d’uneSaisie manuelle d’une référence par sonréférence : différents types de identifiant (PMID, DOI,document disponibles ISBN, etc.) 12
  13. 13. 1) Collecter des références en ligneRécupérer des références dans des bases de données en ligne  clic sur l’icône à droite de la barre dadresse 13
  14. 14. 1) Collecter des références en ligneSélectionner la/les référence(s) souhaitée(s) et valider le choix 14
  15. 15. 1) Collecter des références en ligneRéférence importée - attention, laréférence s’enregistre dans lacollection sélectionnée au momentde l’import + Problème avec PubMedaccès distant 15
  16. 16. 1) Collecter des références en ligne 16
  17. 17. Cas particulier : chapitre de livre• Dans Zotero, changer le type de document• Rajouter le titre du chapitre dans le nouveau champ qui apparaît• Rajouter les pages correspondant au chapitre• Dupliquer la référence pour citer plusieurs chapitres du même livre 17
  18. 18. Zotero fonctionne avec :- Amazon- BIU Santé- Bibliothèque nationale de France (BnF)- Cairn- Google Books- GoogleScholar- Refdoc- Science Direct- SUDOC (inclus la BIU Santé et l’UPMC)Liste des sites compatibles : http://www.zotero.org/translators/
  19. 19. Collecter des références en ligne : et quand ça ne marche pas ?Si l’icône Zotero n’apparaît pas dans la barred’adresse ou si l’enregistrement échoue (pb avecScienceDirect par exemple),il reste toujours possible d’exporter un fichier de références auformat RIS ou BibTex, que l’on importera ensuite dans Zotero Si l’on a choisi dans les Préférences « Utiliser Zotero pour les fichiers RIS/Refer  téléchargés », l’import dans Zotero se fera automatiquement Pour le Web of Science, si le format d’export Bib Tex n’est pas proposé, importer les références dans EndNote Web, puis les exporter au format RIS et les importer dans Zotero 19
  20. 20. Collecter des références en ligne : et quand ça ne marche pas ? ScienceDirect 1 3 Import automatique dans Zotero 2 20
  21. 21. Collecter des références : 2 import de fichierFichier de références dans un format spécifique, obtenu par export d’EndNote ou d’une base de données non compatible Zotero 21
  22. 22. Collecter des références : 2 import de fichierLes références sont importées dans une collection « Importé le… » : il faut donc les reclasser ou renommer la collection Pour connaître le nbre de références dans une collection, il suffit de toutes les sélectionner (Ctrl+a), le nbre s’affiche dans le volet de droite 22
  23. 23. Collecter des références : 3 saisie manuelleÀ réserver aux documents dont les références sont introuvables dans une base de données (ex : EM-Premium, ex EM-Consulte (EMC))Choisir le type de doc. à décrire Compléter les champs, variables en fonction du type de document 23
  24. 24. Cas particulier : EM-Premium 24
  25. 25. Collecter des références : 4 créer un élément à partir d’une page webPossibilité d’ajouter : un lien vers la page web (gestion des favoris) et une capture de la page web 25
  26. 26. Collecter des références : 5 recherche d’une référence par son identifiant 26
  27. 27. Collecter des références : 5 recherche d’une référence par son identifiant Sources utilisées : WorldCat pour les ISBNs (livres), CrossRef pour les DOIs et bien sûr PubMed pour les PMID. NB Zotero parvient à importer seulement le premier auteur d’une oeuvre depuis WorldCat 27
  28. 28. Collecter des références : 6 récupérer une collection d’articles en PDF• Ouvrir la fenêtre Zotero• Ouvrir le répertoire avec vos PDF• Glisser/déposer les PDF dans la fenêtre Zotero• Clic droit sur les fichiers : « récupérer les métadonnées du PDF »• Si échec : créer une notice à la main et y rattacher le PDF 28
  29. 29. Collecter des références : 6 récupérer les métadonnées du PDF Ajouter les PDF à la Bibliothèque Zotero en les faisant glisser depuis leur emplacement d’origine 29
  30. 30. Collecter des références : 6 récupérer les métadonnées du PDFclic droit, installer pdftotext et pdfinfola 1ère fois • Recherche du pdf dans Google Scholar, • s’il est trouvé, Zotero télécharge ses métadonnées et crée un nouvel élément, • auquel il rattache le pdf 30
  31. 31. Gérer les référencesCollections 4 Recherches 1 2 Affichage et tri 3 Marqueurs 31
  32. 32. Gérer les références : affichage et tri des références Définir les champs d’affichage (i. e. les critères de tri) des références 32
  33. 33. Gérer les références : collections clic droit •Créer des dossiers (collections) et des sous-dossiers (glisser-déplacer les dossierspour créer une arborescence) •Une référence peut être classée dans plusieurs dossiers, mais elle existe en unseul exemplaire dans la bibliothèque (i. e. les dossiers sont comme des vuesdifférentes sur une référence unique) glisser ≠ copier •Pour modifier le classement d’une référence, il faut la faire glisser dans sondossier de destination ET la retirer de son dossier d’origine glisser ≠ déplacer 33
  34. 34. Gérer les références : supprimer des références Les références supprimées sont conservées dans la poubelle 34
  35. 35. Gérer les références : collections Pour savoir dans quelles collections une référence est classée, lasélectionner et cliquer sur Ctrl (ou Cmd pour Mac), les collectionsdans lesquelles elle est classée apparaîtront en sur-brillance 35
  36. 36. Gérer les références : marqueursListe de tous lesmarqueurs utilisés dans le Marqueurs de la référencerépertoire sélectionné sélectionnée, récupérés automatiquement et/ou ajoutés manuellement Un marqueur ne peut exister indépendamment de références : • il doit être créé dans au moins une référence ; • si toutes les références comportant un marqueur sont supprimées, ce dernier l’est aussi. Utiliser les tags (= marqueurs) 36
  37. 37. Gérer les références : marqueursFiltre sur un marqueur :afficher uniquement lesréférences comportantce marqueur +: Appliquer un marqueur à un ensemble de références (glisser- déplacer les références sur le marqueur) Renommer un marqueur (mise à jour automatique dans les références) 37
  38. 38. Gérer les références : recherche dans les références 1. Définir les critères de recherche NB Recherche avancée • Chaque champ ne doit contenir qu’une chaîne de caractères • Si la recherche porte sur un seul critère, afficher un seul champ et ne pas laisser de champ vide 2. Enregistrer et nommer la recherche3. Relancer la recherche 38
  39. 39. Gérer les références : détecter les doublons 39
  40. 40. Enrichir les références : liens fichier 1. Ajouter dans la notice un lien vers le fichier pdf du texte intégral stocké sur le disque dur 2. Copie le fichier pdf sélectionné dans un répertoire du dossier système de Zotero (possibilité de définir ce répertoire dans les Préférences): fichier moins facilement accessible, mais lien plus pérenne3. Autre possibilité : créer un lien vers le fichier directement dansla liste des éléments de la bibliothèque 40
  41. 41. Enrichir les références : notes 1. Créer une note indépendanteClic droit sur l’élément sélectionné « Ajouter une note »ou 2. Créer une note liée à un élément 41
  42. 42. Enrichir les références : 3 commenter des captures de page web capture de page web surligner annoter • surligner • supprimer le surlignage• ajouter une annotation• réduire les annotations 42
  43. 43. Exploiter les références• Exporter des références (au format RIS, BibTex, Zotero RDF, etc.)• Créer une bibliographie : choisir un style bibliographique et enregistrer un fichier au format .html ou .rtf ou imprimer la bibliographie• Choisir la langue dans laquelle la bibliographie est générée : https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/14442• Générer un rapport : liste des références (avec historique : marqueurs, date d’ajout, etc.) 43
  44. 44. Création de bibliographie• Sélectionner les références• Clic droit « Créer une bibliographie… »• Choisir le style – Pour rajouter un style bibliographique : Actions / Préférences / Styles / Obtenir des styles supplémentaires• Choisir le format de sortie (plutôt RTF) 44
  45. 45. Exploiter les références : plug-in Word/LibreOffice (1/4) Insérer des références et créer des bibliographies dans un document Word ou LibreOffice 45
  46. 46. Exploiter les références : plug-in Word/LibreOffice (2/4) § Insérer et modifier des références § Insérer et modifier une bibliographie § Choisir le style bibliographique et la place des notes (bas de page et/ou fin du document, en fonction des styles) liste à définir dans les Préférences de ZoteroWord ≥ 2007, onglet« Compléments » 46
  47. 47. Icônes dans Word 2007/2010 47
  48. 48. Exploiter les références : plug-in Word/LibreOffice (3/4)Insérer uneréférence Choix du style Choix de la référence et prévisualisation 48
  49. 49. Normes possibles pour vos mémoires- The Journal of Neuroscience (Master RIM)- Système Harvard (auteur – année dans le texte)(orthoptie)- Système Vancouver (par ordre d’apparition dans le texte,avec numérotation)(orthophonie & orthoptie)- Système alphabétique numérique (orthoptie)- ASA (American Statistical Association) (livres –psychomotricité)- Numbered (articles – psychomotricité)-- Vancouver souvent utilisé en médecine 49
  50. 50. Rajouter un style dans ZoteroCliquer sur l’icône « Actions » (engrenage) pouraccéder aux préférences de Zotero :-- 50
  51. 51. Exploiter les références : plug-in Word/LibreOffice (4/4)Autres fonctionnalités Générer une bibliographie à partir de tous les éléments référencés (NB : si le style l’autorise) Éditer une citation insérée dans le document Éditer une bibliographie insérée dans le document (ajouter une référence non citée dans le texte par ex.) Refresh : mise à jour des citations et de la bibliographie pour répercuter les modifications faites dans la bibliothèque Afficher les préférences du document pour changer le style 51
  52. 52. Zotero version 2 : création d’un compte Le compte Zotero permet de : • Sauvegarder en ligne sa bibliothèque, et de travailler depuis plusieurs ordinateurs • Partager des références avec des groupes publics ou privés 52
  53. 53. Zotero version 2 : création d’un compte Courriel de validation : cliquer sur le lien 53
  54. 54. Zotero version 2 : synchronisation (1/3)Configurer les paramètres de synchronisationPréférences > Sync Il est possible de stocker en ligne sur le site de Zotero les fichiers (pdf par exemple) attachés aux références (max. 100 Mo) 54
  55. 55. Zotero version 2 : synchronisation (2/3) Bibliothèque en ligne Lancer la synchronisation, consulter son état 55
  56. 56. Zotero version 2 : synchronisation (3/3)§ Les fichiers attachés peuvent aussi être stockés en ligne et synchronisés… mais nos accords avec les éditeurs interdisent ce type d’usage.§ Synchronisation de 2 postes sur lesquels existent une bibliothèque : poste A (bureau - bibliothèque à partir de laquelle vous créez votre bibliothèque en ligne) et poste B (chez vous - autres références).• Lorsque vous synchroniserez le poste B avec votre bibliothèque en ligne, les références de la bibliothèque du poste A s’ajouteront à celles du poste B.• Par prudence, faire une sauvegarde de la bibliothèque du poste B (export en format Zotero RDF).• Par prudence, désactiver la synchronisation automatique et privilégier les restaurations totales 56
  57. 57. Zotero version 2 : groups (1/4)Créer un groupe 57
  58. 58. Zotero version 2 : groups (2/4)Types de groupe § Groupes privés • Seuls les membres du groupe et les invités peuvent voir la page du groupe • Ces groupes n’apparaissent pas dans la recherche de groupe § Groupes publics, adhésion restreinte • La page du groupe est visible, mais il faut une invitation pour le rejoindre • Si le groupe a une bibliothèque, les administrateurs du groupe peuvent l’afficher ou la cacher complètement ou en partie § Groupes publics, adhésion ouverte • La page du groupe est visible, et tout le monde peut le rejoindre • Si le groupe a une bibliothèque, les administrateurs du groupe peuvent l’afficher ou la cacher complètement ou en partie 58
  59. 59. Zotero version 2 : groups (3/4)§ Trois rôles• Administrateur modifier le statut public/privé du groupe, les rôles des membres et le paramétrage de la bibliothèque du groupe• Propriétaire du groupe idem + supprimer le groupe ou en transférer la propriété à un autre membre• Membre§ Paramétrage des droits sur la bibliothèque• Library readingAutoriser la consultation de la bibliothèque à n’importe qui, seulement aux membres du groupe ou seulement aux administrateurs• Library editingAutoriser la modification de la bibliothèque seulement aux membres du groupe ou seulement aux administrateurs 59
  60. 60. Zotero version 2 : groups (4/4)Page dugroupe Bibliothèque du groupe : ajout d’un élément par glisser-déplacer depuis sa propre bibliothèque NB : l’élément est copié, un nouvel élément est créé 60
  61. 61. Pour aller plus loin§ Liste complète des styles bibliographiques disponibleshttp://www.zotero.org/styles§ Liste des sites compatibleshttp://www.zotero.org/translators§ Trucs et astuceshttp://www.zotero.org/support/tips_and_tricks§ Tutoriels videohttp://www.zotero.org/support/screencast_tutorials§ Créer son propre style bibliographiquehttp://www.zotero.org/support/dev/creating_citation_styles§ Zotero francophone (blog)http://zotero.hypotheses.org/ 61
  62. 62. Avant de partir… Un petit questionnaire d’évaluation de la formation, qui se remplit en 2 minutes : tinyurl.com/formupmc Merci d’avance(+ effacez vos références et vos identifiants dans Zotero!) 62
  63. 63. FINMerci de votre attention Présentation réalisée avec 63

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