Le document présente un atelier sur la gestion des références bibliographiques, incluant des outils et logiciels comme EndNote et leurs spécificités. Il aborde l'évolution des normes de citation, des styles bibliographiques et l'importance des identificateurs pour la gestion des sources. Enfin, il explore les nouveaux logiciels de gestion de références, tant open source que propriétaires, tout en comparant leurs fonctionnalités.

1. Gestion des références bibliographiquesIsabelle de Kaenel & Pablo Iriarte, BiUM/CDSP – CHUVMars 2010

2. Plan de l’atelierPrésentation des principales fonctions des logiciels de gestion bibliographique des outils connexesApplications et exercices avec EndNoteles spécificités EndNoteReference Manager vs. EndNotePanorama des nouveaux logiciels de gestion de référencescaractéristiques des nouveaux logiciels diffusion et partage des références ConclusionMétadonnées vs. Texte intégral (ou Bibliothèques vs. Editeurs?)Les identificateurs

3. IntroductionImaginons, un chercheur se présente…avec une liste bibliographique en format Wordavec une liste de références imprimée depuis PubMedavec une clé USB contenant plusieurs fichiers PDF…Et vous demande conseil pour constituer, gérer, modifier un corpus de références élaborer une bibliographieréutiliser ces références pour différents travauxorganiser ses fichiers PDFpartager ses références avec des collègues à distancerendre la base accessible sur le web

4. Travailler depuis un document WordExaminer le document WordListe bibliographique simple = il faut récupérer les métadonnéesExemples :bibliographie d’un document SERVAL : BIB_10313CEAA18DCette liste :Gilbert, M. T. P. et al. Paleo-eskimo mtDNAgenomerevealsmatrilinealdiscontinuity in Greenland. Science 320, 1787–1789 (2008)Pääbo, S. Ancient DNA: extraction, characterization, molecularcloning, and enzymatic amplification. Proc. Natl Acad. Sci. USA 86, 1939–1943 (1989) Brotherton, P. et al. Novelhigh-resolutioncharacterization of ancient DNA reveals C > U-type base modification events as the sole cause of post mortem miscodinglesions. NucleicAcidsRes. 35, 5717–5728 (2007) Fogg, M. J. et al. Structural basis for uracil recognition by archaealfamily b DNA polymerases. Nature Struct. Biol. 9, 922–927 (2002) Willerslev, E. & Cooper, A. Ancient DNA. Proc. Biol. Sci. 272, 3–16 (2005)Handt, O. et al. The retrieval of ancienthuman DNA sequences. Am. J. Hum. Genet. 59, 368–376 (1996)Skaletsky, H. et al. The male-specificregion of the human Y chromosome is a mosaic of discretesequence classes. Nature 423, 825–837 (2003) Outil de CrossRef (taux de réussite élevé, DOI, PMID et PMCID) : http://www.crossref.org/SimpleTextQuery/Outil de HubMed (moins fiable) : http://www.hubmed.org/citation.cgiListe bibliographique générée dynamiquement par un logicielReconstituer la « travelling library » ex. Evidence for acupuncture relevant to primary care

5. Utilisation de EndnoteEléments constitutifs d’un logiciel bibliographique :« Grilles modèles »pour décrire un documentEn utilisant des zones différenciées = champsModules de récupération de références et des pdfs depuis des bases de donnéesfichiers de connexion, filtres d’importfonction glisser/déposer (fichier en format ris, fichier en format pdf)Gestion interne de la baseRecherche dans la base de références, tri, modification, collectionsGestion des pdfs :recherche des pdfs à partir des métadonnées

6. mais pas extraction automatique des métadonnées à partir du pdfModèles d’édition des publications et de diffusion sur le webconformes aux normes de publication : les stylespublication et partage sur le web

7. Evolution des stylesBibliographies, citations, références… le besoin de se référer à une source externe est aussi vieux que l’écriture. Les bibliographies sont apparues en même temps que les premiers catalogues… sur des tablettes d’argile!Les citations sont apparues avec les premières revues : Journal des Scavantset Philosophical Transactions. Première citation (non autocitation) : 1666dans : An Accompt of the Use of the Grain of Kermes for Coloration Philosophical Transactions, Vol. 1, 1666, p. 362-63

8. Evolution des stylesLes normes :Normes ISO 690, ISO 690-2 (1997), ISO 690:2010norme AFNOR NF Z 44-005 et AFNOR Z 44-005-2 de 1987 et 1998 Styles liés aux associations professionnellesMLA (Modern Language Association of America)APA (American Psychological Association)Pratiques mises en œuvre par les universités (Chicago Style)Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revuesPanorama fait par Véronique Pierrehttp://revues.refer.org/redaction_scientifique/fiche_bibliographie.pdfaussi sur Scrib : http://www.scribd.com/doc/25441304/Fiche-BibliographieDe plus en plus de styles demandent un identificateurSoit le DOIex. http://my.unil.ch/serval/document/BIB_9A47A2222AF1.pdfSoit le PMIDex. Annals of internalmedicine

9. Evolution des stylesEndNote / Reference Manager : 2900 styles mais toujours les mêmes éléments textuels avec identificateurs (ISBN, DOI, PMCID, URL)Des nouveaux formats « augmentés » arriventAvec des liens actifs pour l’édition électronique : format HTML ou « PDF plus »Avec des informations cachées ou codées : type de citation, liens rétroactifs…

10. Reference Manager vs. EndNoteA vos tests!Tableau comparatif : http://wiki.bium.ch/doku.php?id=aides:comparatif_rm_en

11. Panorama des nouveaux logicielsOpen source / propriétairesPayants / gratuitsEn ligne / sur le disque durIntégrés avec le navigateur / avec le traitement de texteOrientés gestion locale / orientés partageLimités à la gestion des références / ouverts à la gestion des fichiers associésSpécialisés sur l’importation directe / indirecte depuis les bases de donnéesSupportant un nombre de formats limités / illimités pour l’import et la mise en page

12. Comparatifs : logicielsECLORE : http://eclore.veille.inist.fr

13. Comparatifs : formatsMicroformats : http://microformats.org/wiki/citation-formats

14. Nouveaux acteurs : Zotero et MendeleyZotero : http://www.zotero.org/

15. Nouveaux acteurs : Zotero et MendeleyZotero : http://www.zotero.org/Extension FireFoxImportation des référencesArchivage des pages Synchronisation entre postesAttachement de fichiersImport/export RISPlugin WordGrand choix de stylesOpen SourceEvolue très bien

16. Nouveaux acteurs : Zotero et MendeleyMendeley : http://www.mendeley.com/

17. Nouveaux acteurs : Zotero et MendeleyMendeley : http://www.mendeley.com/Logiciel indépendantImportation des références par bookmarkletExtraction des métadonnées du PDF et des référencesAttachement de fichiersSynchronisation entre postes y compris des fichiers attachéImport/export RISPlugin WordPetit choix de stylesLogiciel propiétaireStatistiques des tendances de rechercher

18. Nouveaux acteurs : Word, OpenOfficeSpécification : http://www.schemacentral.com/sc/ooxml/s-shared-bibliography.xsd.html

19. Diffusion et partage des référencesOutils de diffusion sur le web : RefBase : http://www.refbase.net/EndNote Web : http://www.endnoteweb.comWikindx : http://retourexpcafel.metawiki.com/WikindexOutils web de partage des références et de catalogage socialConnotea : http://www.connotea.org/CiteUlike : http://www.citeulike.org/2Collab : http://www.2collab.com/Babelio : http://www.babelio.com/Library Thing : http://www.librarything.fr/Libfly : http://www.libfly.com/

20. Métadonnées vs. Texte intégralFormats pour tous les goûts et besoins :MARC, MARCXML, FRBR, RDADublin Core, ONIX, PRISMRIS, BibTexPubMedXML, Web of Science XML…

21. Texte intégral + Métadonnées!Cohabitation depuis longtemps dans les fichiers image, audio et vidéo (EXIF, ID3, etc.)Généralisation aux PDF et e-books : XMP, Epub

22. Les identificateurs Les classiques : ISBN : 10 / 13 (EAN)La famille des revues :ISSN : p-ISSN, e-ISSN, l-ISSNs,Gerés par une instance garante : DOI, URNPermaliens : PURLDatabasecentric : ASIN, PMID, UT, REROID, SAPHIRIDAuteurs : Researcher-ID, Open-IDIdentificateurs vs. liens, les identificateurs comme ciment du web sémantique