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Gérer ses références bibliographiques : sortir de RefWorks                            Bibliothèque Michel Serres
   Outils et solutions                                                      Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009




             Gérer ses références bibliographiques

                 Sortir
                         du logiciel
PRESENTATION

       L'Ecole centrale de Lyon va arrêter son abonnement à l'outil de gestion bibliographique Refworks
       car elle juge qu'il ne garantit pas un niveau suffisant de protection des données des chercheurs et
       des informations à caractère personnel. L'arrêt sera effectif à compter du 1er janvier 2010.

       Afin de faciliter la transition vers de nouveaux outils, la bibliothèque vous accompagnera durant
       les mois qui suivent. Ce document liste un ensemble d’outils pertinents utilisables du niveau
       « élève 1ère année » au niveau « Chercheur ».

PRINCIPES :

   La plupart des outils de gestion de références bibliographiques disposent de fonctions d’import-export
   de leur base de données.


   La marche à suivre consistera à :
      1. Identifier un outil compatible avec votre traitement de texte vous servant à rédiger vos
          documents (articles, rapports, thèses,…)
      2. Exporter tout ou partie de sa base de données depuis Refworks sous la forme d’un fichier
          dans un format identifié
      3. Importer le fichier précédemment exporté dans un nouveau logiciel supportant ce format


POINTS CLÉS :

           Identifier les formats compatibles entre l’ancien et le nouvel outil (privilégier RIS)
           Identifier les données non standards (champs personnalisés, tag, notes)
           Penser aux fichiers joints (pdf d’articles,...) qu’il faudra réintroduire dans le nouvel outil
           Procéder si possible à un test sur une partie de sa base avant toute opération globale

OUTILS PROPOSÉS :

           Utilisateurs WORD ou OpenOffice                               Utilisateurs LaTeX
           Zotero                                                 BibTeX
           Bibus                                                  JabRef
           EndNote                                                BibDesk


   Découvrez de nouveaux outils et les comparer avec la base ECLORE (Inist/CNRS) :
   http://eclore.veille.inist.fr/-/Eclore/?Eclore=interro




                   http://bibli.ec-lyon.fr/Formation                                                             1
Gérer ses références bibliographiques : sortir de RefWorks                              Bibliothèque Michel Serres
   Outils et solutions                                                        Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009


UTILISATEURS DE MICROSOFT                                ORD OU

                                                           ZOTERO

           Type d’outil : installation sur poste utilisateur (extension du navigateur Firefox)
           Statut : gratuit et libre
           Plate-forme : tout type de plate-forme supportant le navigateur Firefox
           Version recommandée : 1.0.10
           Fonctions travail collaboratif : Oui ; en test sur version 2.0+ (nombreuses autres
            fonctionnalités)
           Téléchargement : http://www.zotero.org

           Ressources :
               o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/zotero
               o Actualités [fr] : http://zotero.hypotheses.org
               o Tutoriels [fr] :
                                Documentation officielle http://www.zotero.org/support/fr/start
                                Introduction sur le site de l’Urfist PACA : http://tinyurl.com/lqc4mq
                                Manuel des Hôpitaux de Lyon (44 pages) : http://tinyurl.com/cpar95
                                Manuel de formation de Lyon 1 : http://tinyurl.com/yck7gmz
                                Site de l’EHESS : http://lodel.ehess.fr/cerc/document.php?id=259
                                Présentation : http://tinyurl.com/n7ldfx
                                Présentation : http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_fi/Zotero_1_2008.pdf
                                Tutoriels de l’UPMC : http://tinyurl.com/kl8dfz

           Procédure d’import-export :
                 o     Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic
                       Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou
                       « envoyer par email »
                 o     Dans Zotero : Cliquer sur « Actions »     et cliquer sur Importer… ; choisir le
                       fichier. Note : des problèmes d’encodage des caractères accentués peuvent survenir

       Cas des fichiers joints : sélectionner une référence dans Zotero, cliquer sur    , choisir « Attach
       Stored Copy of File… » et sélectionner le fichier. Ou procéder par glisser-déposer de
       l’explorateur de fichiers vers Zotero

                                                            BIBUS

           Type d’outil : installation sur poste utilisateur
           Statut : gratuit et libre
           Plate-forme : UNIX-like, Windows, MacOS X
           Version recommandée : 1.5rc1
           Fonctions travail collaboratif : partage de la base de données possible sur un réseau
           Téléchargement : http://sourceforge.net/projects/bibus-biblio/
           Ressources :
               o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/bibus
               o Tutoriels [fr] :
                                Documentation officielle : http://tinyurl.com/3o3anl


                     http://bibli.ec-lyon.fr/Formation                                                             2
Gérer ses références bibliographiques : sortir de RefWorks                           Bibliothèque Michel Serres
     Outils et solutions                                                     Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009


                                  Diaporama : http://www.projet-plume.org/files/Bibus_journee_PLUME.pdf
             Procédure d’import-export :
                   o     Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic
                         Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou
                         « envoyer par email »
                   o     Dans Bibus : Fichier > Importer > choisir “RIS” et UTF-8 en encodage de fichier

          Cas des fichiers joints : Sélectionnez une référence. Menu « Référence » > Editer la référence.
          Dans la fenêtre d’édition > onglet « Fulltext files » > chercher le fichier via        pour le
          champ « File/URL ». Note : la procédure peut être automatisée via les noms de fichiers

                                                           EndNote

             Type d’outil : installation sur poste utilisateur
             Statut : payant et propriétaire
             Plate-forme : Windows, MacOS X
             Version recommandée : EndNote X+
             Fonctions travail collaboratif : possibilité de couplage avec un compte EndNote Web qui
              dispose de fonctions de travail collaboratif
             Téléchargement : http://www.endnote.com
             Ressources :
                 o FAQ [en] : http://www.endnote.com/support/faqs/index.asp
                 o Tutoriel [fr] de l’Université de Laval : http://tinyurl.com/kjlh8a
                 o Présentations des Urfist [fr] :
                          http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_fi/EndNote_1_2008.pdf
                          http://tinyurl.com/l7txdp (plusieurs supports pour EndNote X, X1, X2)

             Procédure d’import-export :
                   o     Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic
                         Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou
                         « envoyer par email »
                         Voir : http://www.endnote.com/support/Faqs/Import/faq13.asp
                   o     Dans EndNote : Ouvrir une base existante ou créer une nouvelle base.
                         Puis Fichier > Import… > choisir le fichier d’import et « Reference Manager (RIS) »
                         dans les options d’import. Note : les doublons peuvent être supprimés ou signalés et
                         l’encodage modifié à l’import
          Cas des fichiers joints : Sélectionnez une référence. Puis menu Références > PDF > « Lier à un
          PDF… »

UTILISATEURS DU LOGICIEL

                                                   Format et outils BibTeX

BibTeX est un puissant outil logiciel permettant aux auteurs utilisant LaTeX de gérer leurs références
bibliographiques lors de la rédaction d’un document. Par extension, BibTeX désigne aussi le format de
fichier contenant les références bibliographiques dans l’environnement LaTeX.
Il existe des logiciels facilitant la saisie, la recherche et la gestion des références, basés sur BibTeX. Ces
logiciels disposent de fonctions avancées comme l’interrogation de bases de données distantes (ArXiv,
Pubmed, etc.) ou la recherche dans des fichiers attachés (pdf d’articles, etc.). Plus d’information :
           http://www.projet-plume.org/fr/fiche/bibtex
           http://www.eleves.ens.fr/home/peyre/BibTeX.pdf



                       http://bibli.ec-lyon.fr/Formation                                                          3
Gérer ses références bibliographiques : sortir de RefWorks                              Bibliothèque Michel Serres
Outils et solutions                                                        Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009




                                                       JabRef
         Type d’outil : interface graphique de gestion de références bibliographiques ; installation sur
          poste utilisateur
         Statut : gratuit et libre
         Plate-forme : UNIX-like, Windows, MacOS X (nécessite une machine JAVA)
         Version recommandée : 2.5
         Fonctions travail collaboratif : partage du fichier de base de données (BibTeX) possible
         Téléchargement : http://jabref.sourceforge.net/download.php

         Ressources :
             o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/jabref
             o Tutoriel [fr] :
                      Documentation officielle : http://jabref.sourceforge.net/help/fr/Contents.php
                      Court tutoriel : http://stephlefevre.free.fr/logiciels/JabRef.php
                      Diaporama : http://www.projet-plume.org/files/jabref.pdf

         Procédure d’import-export :
              o     Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic
                    Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou
                    « envoyer par email »
              o     Dans JabRef : Fichier > Importer dans une nouvelle base. Les clés BibTeX sont
                    générées automatiquement. Les doublons sont identifiés pour suppression éventuelle

    Cas des fichiers joints : double-cliquer sur une référence > dans l’onglet                 , puis cliquer
    sur        au niveau de l’entrée « File » et choisir le fichier (pdf,….) à lier à la référence

                                                      BibDesk
         Type d’outil : interface graphique de gestion de références bibliographiques ; installation sur
          poste utilisateur
         Statut : gratuit et libre
         Plate-forme : MacOs X
         Version recommandée : v1.3.21
         Fonctions travail collaboratif : partage du fichier de base de données (BibTeX) possible
         Téléchargement : http://bibdesk.sourceforge.net

         Ressources :
             o Descriptif [fr] : http://www.framasoft.net/article4272.html
             o Documentation [en] : http://bibdesk.sourceforge.net/manual/
             o Support [en] : http://sourceforge.net/apps/mediawiki/bibdesk/index.php
             o BibDesk + CiteUlike : http://www.academicproductivity.com/2009/citeulike-bibdesk-
                 sync-your-references-and-live-smarter/
         Procédure d’import-export :
              o     Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « BibTeX –
                    Refworks ID » ou « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager,
                    ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email »
              o     Dans BibDesk : Fichier > Ouvrir (choisir l’encodage UTF-8). Dans le cas d’un fichier
                    RIS, l’extension doit être « .ris ». Sauvegarder ce fichier avant son ouverture.

    Cas des fichiers joints : Double-cliquer sur une référence pour ouvrir la fenêtre d’édition.
    Sélectionnez le fichier à joindre dans l’explorateur et le déposer dans la zone « Drop Files Here »


                  http://bibli.ec-lyon.fr/Formation                                                             4

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Gestion de références bibliographiques : Sortir De Refworks

  • 1. Gérer ses références bibliographiques : sortir de RefWorks Bibliothèque Michel Serres Outils et solutions Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009 Gérer ses références bibliographiques Sortir du logiciel PRESENTATION L'Ecole centrale de Lyon va arrêter son abonnement à l'outil de gestion bibliographique Refworks car elle juge qu'il ne garantit pas un niveau suffisant de protection des données des chercheurs et des informations à caractère personnel. L'arrêt sera effectif à compter du 1er janvier 2010. Afin de faciliter la transition vers de nouveaux outils, la bibliothèque vous accompagnera durant les mois qui suivent. Ce document liste un ensemble d’outils pertinents utilisables du niveau « élève 1ère année » au niveau « Chercheur ». PRINCIPES : La plupart des outils de gestion de références bibliographiques disposent de fonctions d’import-export de leur base de données. La marche à suivre consistera à : 1. Identifier un outil compatible avec votre traitement de texte vous servant à rédiger vos documents (articles, rapports, thèses,…) 2. Exporter tout ou partie de sa base de données depuis Refworks sous la forme d’un fichier dans un format identifié 3. Importer le fichier précédemment exporté dans un nouveau logiciel supportant ce format POINTS CLÉS :  Identifier les formats compatibles entre l’ancien et le nouvel outil (privilégier RIS)  Identifier les données non standards (champs personnalisés, tag, notes)  Penser aux fichiers joints (pdf d’articles,...) qu’il faudra réintroduire dans le nouvel outil  Procéder si possible à un test sur une partie de sa base avant toute opération globale OUTILS PROPOSÉS : Utilisateurs WORD ou OpenOffice Utilisateurs LaTeX  Zotero  BibTeX  Bibus  JabRef  EndNote  BibDesk Découvrez de nouveaux outils et les comparer avec la base ECLORE (Inist/CNRS) : http://eclore.veille.inist.fr/-/Eclore/?Eclore=interro http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 1
  • 2. Gérer ses références bibliographiques : sortir de RefWorks Bibliothèque Michel Serres Outils et solutions Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009 UTILISATEURS DE MICROSOFT ORD OU ZOTERO  Type d’outil : installation sur poste utilisateur (extension du navigateur Firefox)  Statut : gratuit et libre  Plate-forme : tout type de plate-forme supportant le navigateur Firefox  Version recommandée : 1.0.10  Fonctions travail collaboratif : Oui ; en test sur version 2.0+ (nombreuses autres fonctionnalités)  Téléchargement : http://www.zotero.org  Ressources : o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/zotero o Actualités [fr] : http://zotero.hypotheses.org o Tutoriels [fr] :  Documentation officielle http://www.zotero.org/support/fr/start  Introduction sur le site de l’Urfist PACA : http://tinyurl.com/lqc4mq  Manuel des Hôpitaux de Lyon (44 pages) : http://tinyurl.com/cpar95  Manuel de formation de Lyon 1 : http://tinyurl.com/yck7gmz  Site de l’EHESS : http://lodel.ehess.fr/cerc/document.php?id=259  Présentation : http://tinyurl.com/n7ldfx  Présentation : http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_fi/Zotero_1_2008.pdf  Tutoriels de l’UPMC : http://tinyurl.com/kl8dfz  Procédure d’import-export : o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email » o Dans Zotero : Cliquer sur « Actions » et cliquer sur Importer… ; choisir le fichier. Note : des problèmes d’encodage des caractères accentués peuvent survenir Cas des fichiers joints : sélectionner une référence dans Zotero, cliquer sur , choisir « Attach Stored Copy of File… » et sélectionner le fichier. Ou procéder par glisser-déposer de l’explorateur de fichiers vers Zotero BIBUS  Type d’outil : installation sur poste utilisateur  Statut : gratuit et libre  Plate-forme : UNIX-like, Windows, MacOS X  Version recommandée : 1.5rc1  Fonctions travail collaboratif : partage de la base de données possible sur un réseau  Téléchargement : http://sourceforge.net/projects/bibus-biblio/  Ressources : o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/bibus o Tutoriels [fr] :  Documentation officielle : http://tinyurl.com/3o3anl http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 2
  • 3. Gérer ses références bibliographiques : sortir de RefWorks Bibliothèque Michel Serres Outils et solutions Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009  Diaporama : http://www.projet-plume.org/files/Bibus_journee_PLUME.pdf  Procédure d’import-export : o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email » o Dans Bibus : Fichier > Importer > choisir “RIS” et UTF-8 en encodage de fichier Cas des fichiers joints : Sélectionnez une référence. Menu « Référence » > Editer la référence. Dans la fenêtre d’édition > onglet « Fulltext files » > chercher le fichier via pour le champ « File/URL ». Note : la procédure peut être automatisée via les noms de fichiers EndNote  Type d’outil : installation sur poste utilisateur  Statut : payant et propriétaire  Plate-forme : Windows, MacOS X  Version recommandée : EndNote X+  Fonctions travail collaboratif : possibilité de couplage avec un compte EndNote Web qui dispose de fonctions de travail collaboratif  Téléchargement : http://www.endnote.com  Ressources : o FAQ [en] : http://www.endnote.com/support/faqs/index.asp o Tutoriel [fr] de l’Université de Laval : http://tinyurl.com/kjlh8a o Présentations des Urfist [fr] :  http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_fi/EndNote_1_2008.pdf  http://tinyurl.com/l7txdp (plusieurs supports pour EndNote X, X1, X2)  Procédure d’import-export : o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email » Voir : http://www.endnote.com/support/Faqs/Import/faq13.asp o Dans EndNote : Ouvrir une base existante ou créer une nouvelle base. Puis Fichier > Import… > choisir le fichier d’import et « Reference Manager (RIS) » dans les options d’import. Note : les doublons peuvent être supprimés ou signalés et l’encodage modifié à l’import Cas des fichiers joints : Sélectionnez une référence. Puis menu Références > PDF > « Lier à un PDF… » UTILISATEURS DU LOGICIEL Format et outils BibTeX BibTeX est un puissant outil logiciel permettant aux auteurs utilisant LaTeX de gérer leurs références bibliographiques lors de la rédaction d’un document. Par extension, BibTeX désigne aussi le format de fichier contenant les références bibliographiques dans l’environnement LaTeX. Il existe des logiciels facilitant la saisie, la recherche et la gestion des références, basés sur BibTeX. Ces logiciels disposent de fonctions avancées comme l’interrogation de bases de données distantes (ArXiv, Pubmed, etc.) ou la recherche dans des fichiers attachés (pdf d’articles, etc.). Plus d’information :  http://www.projet-plume.org/fr/fiche/bibtex  http://www.eleves.ens.fr/home/peyre/BibTeX.pdf http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 3
  • 4. Gérer ses références bibliographiques : sortir de RefWorks Bibliothèque Michel Serres Outils et solutions Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009 JabRef  Type d’outil : interface graphique de gestion de références bibliographiques ; installation sur poste utilisateur  Statut : gratuit et libre  Plate-forme : UNIX-like, Windows, MacOS X (nécessite une machine JAVA)  Version recommandée : 2.5  Fonctions travail collaboratif : partage du fichier de base de données (BibTeX) possible  Téléchargement : http://jabref.sourceforge.net/download.php  Ressources : o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/jabref o Tutoriel [fr] :  Documentation officielle : http://jabref.sourceforge.net/help/fr/Contents.php  Court tutoriel : http://stephlefevre.free.fr/logiciels/JabRef.php  Diaporama : http://www.projet-plume.org/files/jabref.pdf  Procédure d’import-export : o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email » o Dans JabRef : Fichier > Importer dans une nouvelle base. Les clés BibTeX sont générées automatiquement. Les doublons sont identifiés pour suppression éventuelle Cas des fichiers joints : double-cliquer sur une référence > dans l’onglet , puis cliquer sur au niveau de l’entrée « File » et choisir le fichier (pdf,….) à lier à la référence BibDesk  Type d’outil : interface graphique de gestion de références bibliographiques ; installation sur poste utilisateur  Statut : gratuit et libre  Plate-forme : MacOs X  Version recommandée : v1.3.21  Fonctions travail collaboratif : partage du fichier de base de données (BibTeX) possible  Téléchargement : http://bibdesk.sourceforge.net  Ressources : o Descriptif [fr] : http://www.framasoft.net/article4272.html o Documentation [en] : http://bibdesk.sourceforge.net/manual/ o Support [en] : http://sourceforge.net/apps/mediawiki/bibdesk/index.php o BibDesk + CiteUlike : http://www.academicproductivity.com/2009/citeulike-bibdesk- sync-your-references-and-live-smarter/  Procédure d’import-export : o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « BibTeX – Refworks ID » ou « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email » o Dans BibDesk : Fichier > Ouvrir (choisir l’encodage UTF-8). Dans le cas d’un fichier RIS, l’extension doit être « .ris ». Sauvegarder ce fichier avant son ouverture. Cas des fichiers joints : Double-cliquer sur une référence pour ouvrir la fenêtre d’édition. Sélectionnez le fichier à joindre dans l’explorateur et le déposer dans la zone « Drop Files Here » http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 4