Loinc et jeu de valeurs circuit de la biologie Présentation dans le cadre du Séminaire Interopérabilité - 23 novembre 2017 - Le Generator

1. Loinc et
jeu de valeurs circuit de la biologie
Loinc et jeu de valeurs circuit de la biologie - 23 novembre 2017
Loinc et jeu de valeurs circuit de la biologie - 23 novembre 2017 1
ASIP SANTÉ

2. Contexte de mise en œuvre du décret
de biologie médicale
Loinc et jeu de valeurs circuit de la biologie - 23 novembre 2017 2
 Le décret 2016-46 du 26 janvier 2016 relatif à la biologie médicale exige que les CR de biologie soient :
 structurés conformément au CI-SIS (volet compte-rendu d’examens de biologie médicale ~ IHE XD-LAB)
 transmis au prescripteur par voie électronique en utilisant une messagerie sécurisée de santé, déposés dans le
dossier médical personnel (DMP).
 Demande de la DSSIS à l’ASIP Santé de travailler avec la FEIMA et la SFIL afin de définir à partir de
l’existant une trajectoire de mise en œuvre des exigences définies
BIOLOGIE
20182017
T1
LOINCet
CDAR2
T2 T3 T4 T1 T2 T3 T4
2019
DMPMSS
Palier 1:
IHE XDS au format
CDA R2 niveau 1
Palier 2 / Cible:
IHE XDS au format
CDA R2 niveau 3
(LOINC)
Palier 1: HPRIM
médecin 3.0 + PDF
Palier 2: HPRIM médecin 3.0+
PDF + CDA R2 niveau 3/ LOINC
APPELAPROJETS
DGOS
31/03/2017 Remise des dossiers de candidatures par ARS
Sélection des
projets
12/05/2017 Fin de sélection des projets
Mise en œuvre des projets et évaluation
1) Soutien à l’amorçage:
200K€
2) Atteinte des cibles d’usage :
300K€
14/09/2018 Atteinte des cibles d’usage
Premier jeu de valeurs:
600 codes initiaux
Troisième jeu de valeurs (Cible):
3600 codes enrichis
Deuxième jeu de valeurs:
320 codes enrichis
Structuration du CDA R2
niveau 3 par les SGL et
LGC
T1 T2 T3
Label
MCSV2
Échéance : Tous les éditeurs doivent être
capable d’intégrer du CR d’examen de
biologie structuré conforme au CI-SIS
Structuration du CDA R2
niveau 1 par les SGL et
LGC

3. Terminologie de référence LOINC
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• Codage des analyses de biologie en France à l’aide la terminologie de référence LOINC -
Logical Observation Identifiers Names & Codes
• Premiers travaux par l’AP-HP
• Traduction, implémentation dans les SGL de l’AP-HP  2010: 4388 analyses
• LOINC: terminologie de référence internationale pour le codage des observations et des documents
électroniques, publiée par le Regenstrief Institute
• Traduction, alignement NABM, recueil de besoins, publication deux fois par an via le portail
http://www.bioloinc.fr (2011- en cours)
• 2011: 11 600 codes
• 2013: 41 500 codes
• 2017: 49 500 codes
• Production d’un jeu de valeurs circuit de la biologie  3600 codes
• Dématérialiser les résultats examens de biologie
• Choix du ou des codes LOINC de résultats les plus pertinents
• Préconisation d’une unité du système international comme unité principale
• Préconisation d’un libellé de référence pour un code de résultats d’examen
• Description des informations cliniques indispensables pour certains examens de biologie médicale,
• Anticiper la dématérialisation de la prescription
BIOLOGIE

4. Usages et couverture du jeu de valeurs
« circuit de la biologie »
4
BIOLOGIE
LABORATOIRES DE BIOLOGIE
MEDICALE (LBM)
 Simplification du transcodage entre le
catalogue interne du laboratoire de
biologie et la LOINC pour les codes de
résultats d’examens
 Aide au codage des techniques d’analyse
(nomenclature en cours de construction
par l’ANSM)
MÉDECINS LIBÉRAUX
 Chaîner les résultats d’examen (même code
LOINC et même unité)
 Tracer des courbes de résultats d’examen de
biologie (règles de chaînage et de comparabilité
des résultats d’examens provenant de différents
LBM)
ex : suivi d’une glycémie
 Analyse plus précise de la patientèle d’un cabinet,
d’une Maison de Santé, d’un centre de santé grâce
à une codification homogène des résultats
d’examen de biologie (requêtage sur des données
structurées et homogènes)
 Proposition de libellé d’édition des résultats
d’examens et d’ordre de présentation des
résultats d’examen (tableaux)
COUVERTURE
(remplace le JdV d’amorçage Albiom)
 L’hématologie
 La biochimie
 L’allergie
 La bactériologie
 L’auto-immunité
 La sérologie
CALENDRIER DE PUBLICATION
 V0 : 580 codes (juin 2017)
 V1 : 580 codes enrichis (décembre 2017)
 V2 : 3600 codes enrichis (décembre 2018)
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5. Exemple de la Biologie : la structuration des données
pour proposer des services à valeur ajoutée
5
Exemple du projet ALBIOM
Alsace BIOlogie Médicale
• Au 31 mars 2017 : 39 170 comptes
rendus de biologie structurés ont
été déposés sur 8 550 DMP
• https://www.alsace-esante.fr/nos-
activites/albiom-alsace-biologie-
medicale
BIOLOGIE
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6. Annexes
Mise en œuvre du décret de
biologie médicale
Journée interopérabilité FEIMA - 23 novembre 2017
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 Paliers MSanté et DMP
 Structuration du compte-rendu d’examens de biologie

7. 7
 Les paliers MSSanté
 Les paliers du DMP
 Ces jalons de mise en œuvre ont été définis avec la SFIL et la FEIMA et correspondent à la
capacité d’évolution de leurs adhérents
Paliers MSSanté et DMP
Palier 1
Un courriel pour un même patient, 2 pièces jointes distinctes :
- le compte rendu d’examens de biologie au format HPRIM Médecin 3.0,
- le compte rendu au format PDF.
30/06/2017
Palier 2
Un courriel pour un même patient, 3 pièces jointes distinctes :
- le compte rendu d’examens de biologie au format HPRIM Médecin 3.0,
- le compte rendu au format PDF,
- le compte rendu conforme au volet compte rendu d’examens de biologie du
CI-SIS (conforme au volet échange de document de santé).
31/12/2018
Cible
Un courriel pour un même patient, 2 pièces jointes distinctes :
- le compte rendu au format PDF,
- le compte rendu conforme au volet compte rendu d’examens de biologie du
CI-SIS (conforme au volet échange de document de santé).
2021
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Palier 1
- Consultation et Alimentation du DMP du patient avec le compte rendu
d’examens de biologie conforme au CI-SIS au format CDA R2 non structuré. 30/06/2018
Cible
- Consultation et Alimentation du DMP du patient avec le compte rendu
d’examens de biologie conforme au volet compte rendu d’examens de
biologie médicale du CI-SIS.
31/12/2018

8. CDA Entête
Organisation des résultats
Les éléments de l’en-tête
8
Identification de l’occurrence du compte rendu (id)
Horodatage de la version courante du compte rendu (effectiveTime)
Le niveau de confidentialité du compte rendu (confidentialityCode)
La langue principale du compte rendu (languageCode)
Auteur(s) du compte rendu (author)
Le biologiste médical signataire légal du compte rendu (legalAuthenticator)
Organisation chargée de conservation du compte rendu (custodian)
La prise en charge du patient (componentOf/encompassingEncounter)
Titre du compte rendu (title)
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9. CDA Entête
Organisation des résultats
Les éléments de l’en-tête précisés ou contraints
9
Préleveur / temps de participation (Participant) [@typeCode=DIST] (0..n)
PS consultés pour avis (Participant) (0..n)
PS du parcours de soins (Participant) (0..n)
Prescription (inFulfillmentOf) (0..n)
Destinataires en copie du CR (informationRecipient) (0..n)
Demandes d’examens et chapitres du CR (documentationOf/serviceEvent) (1..n)
Biologiste valideur (authentificator) (0..n)
Biologiste signataire légal du CR (legalAuthentificator) (1..1)
Prescripteur / date (Participant) [@typeCode=REF] (0..n)
Déclaration de conformité (templateId) (3..n)
Le type de document (code) (1..1)
Le patient (recordTarget) (1..1)
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10. Section de premier niveau
ou chapitre
10
Section (1.3.6.1.4.1.19376.1.3.3.2.1)
Section (1.3.6.1.4.1.19376.1.3.3.2.1)
CODE du chap. de biologie LOINC (Balise code) (1..1)
Titre (Balise title) (0..1)
Texte (Balise text XHTML) (1..1)
Résultat structuré (Balise entry) (1..1)
CODE du chap. de biologie LOINC (Balise code) (1..1)
Titre (Balise title) (0..1)
Sous section (1.3.6.1.4.1.19376.1.3.3.2.2)
Sous section (1.3.6.1.4.1.19376.1.3.3.2.2)
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11. Sections de second niveau
11
Section de second niveau (1.3.6.1.4.1.19376.1.3.3.2.2)
CODE représentant une section ou un panel de biologie LOINC (Balise code)
(0..1)
Titre (Balise title) (0..1)
Texte (Balise text XHTML) (1..1)
Résultat structuré (Balise entry) (1..1)
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12. Résultat structuré (Entry)
1.3.6.1.4.1.19376.1.3.1
12
Résultat structuré (1.3.6.1.4.1.19376.1.3.1)
Act (1..1)
CODE LOINC dérivé de la section (Balise code) (1..1)
Niveau de complétude <statusCode> (1..1)
Date heure rendu (Balise effectiveTime/high) (0..1)
Laboratoire sous-traitant (performer) (0..1)
Auteur (Author) (0..n)
Participant du laboratoire (participant) (0..n)
Composition du résultat (entryRelationship[@typeCode=’COMP’ ]) (1..n)
Commentaire (entryRelationship[@typeCode='SUBJ’]) (0..n)
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13. 5 types de compositions du résultat <entryRelationship>
13
1. Prélèvements: <procedure>
Ce modèle identifie et caractérise un acte de prélèvement et l’échantillon biologique (le matériel) qui en résulte.
2. Examens biologiques: <organizer>
Ce modèle décrit un examen de biologie médicale comprenant ou plusieurs éléments porteurs de résultats, et
d’éventuels commentaires interprétant cet ensemble de résultat.
L’examen de biologie médicale peut préciser des participants qui lui sont propres (valideur, auteur, responsable,
laboratoire sous-traitant, automate …), et peut aussi décrire sont échantillon biologique.
3. Résultats d’élément : <observation>
Ce modèle décrit un résultat d’un élément d’un examen de biologie médicale ou un élément clinique pertinent
fourni par le prescripteur ou le préleveur dans le contexte clinique de la demande d’examens biologiques.
4. Images ou graphes: <observationMedia>
Ce modèle décrit une image illustrative ou un graphe encapsulé et encodés en base 64 dans une entrée et
positionnés depuis le bloc narratif d’une section.
5. Isolats microbiologiques: <organizer>
Ce modèle est utilisé pour les comptes rendus comprenant des résultats de microbiologie. Il décrit un isolat et
les résultats d’examens obtenus sur cet isolat (antibiogramme, antifongigramme, sérotype, génotype, …)
Composition du résultat (entryRelationship[@typeCode=’COMP’ ]) (1..n)
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14. Composition 1 : Prélèvement
14
Prélèvement: procedure[@classCode=’PROC’ and @moodCode=’EVN’ ]
1.3.6.1.4.1.19376.1.3.1.2
CODE NABM du prélèvement (code) (0..1)
Période de prélèvement (effectiveTime) (0..1)
Site de prélèvement (targetSiteCode) (0..1)
Préleveur (performer/assignedEntity) (0..1)
Produit de l’acte (participant[@typeCode=’PRD’ ]) (1..1)
Reçu au labo (entryRelationship[@typeCode=’COMP’ ]) (0..1)
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15. Composition 2: Examen biologique
15
Identifiant de l’occurrence (id) (0..n)
Code examen (code) (0..1)
Niveau de complétude (statusCode/@code) (1..1)
Date/heure des résultats (effectiveTime/high) (0..1)
Laboratoire sous-traitant (performer) (0..1)
Auteur (author) (0..n)
Participant laboratoire (participant[@typeCode]) (0..n)
Composition (0..n)
Commentaire d’examen (0..n)
Examen biologique: organizer[@classCode="BATTERY"]
1.3.6.1.4.1.19376.1.3.1.4
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16. Composition 3 : Résultat d’élément
16
Identifiant de l’occurrence (id) (0..n)
Code examen (code) (1..1)
Niveau de complétude (statusCode/@code) (1..1)
Date/heure des résultats (effectiveTime/high) (0..1)
Interprétation (interpretationCode) (0..n)
Valeur (value) (0..n)
Méthode ou technique employée (methodCode) (0..1)
Laboratoire sous-traitant (performer) (0..1)
Auteur (author) (0..n)
Participant laboratoire (participant[@typeCode]) (0..n)
Résultat d’élément: observation[@moodCode=’EVN’ ]
1.3.6.1.4.1.19376.1.3.1.6
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17. Composition 3 : Résultat d’élément
17
Résultat antérieur (0..n)
Prélèvement associé (0..1)
Commentaire sur l’interprétation du résultat (0..n)
Intervalles de référence (0..n)
Résultat d’élément (suite) observation[@moodCode=’EVN’ ]
1.3.6.1.4.1.19376.1.3.1.6
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18. Composition 4 : Images / Graphes
observationMedia
18
Contenu multimédia
Type de média
Représentation en base64
Images / Graphes: observationMedia[@ID @classCode=’OBS’ moodCode=’EVN’]
1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.4.10
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19. Composition 5 : Isolat microbiologique
19
Isolat microbiologique: organizer[@classCode="CLUSTER"]
1.3.6.1.4.1.19376.1.3.1.5
Ce modèle est utilisé pour les comptes rendus comprenant des résultats de
microbiologie. Il décrit un isolat (milieu de culture sur lequel a poussé un
microorganisme) et les résultats d'examens obtenus sur cet isolat (antibiogramme,
antifongigramme, sérotype, génotype ...)
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