Présentation de la plateforme génomique OVIGEN

1. QUELLE GÉNÉTIQUE POUR
UN ÉLEVAGE DURABLE
DES PETITS RUMINANTS ?
Plateforme génomique
OVIGEN
Valérie LOYWYCK (IDELE)

2. PIA3 « OVIGEN »
• Projet PIA3 financé par BPI France et région Occitanie
• Objectif = mise en place de la plateforme génomique OVIGEN
• Ouvert aux ovins (OA/OL)
• Mise en production de travaux de l’UMT GpR développés via des projets
successifs
Action Innovante « PATMOL » (2010-2012) - test 13 microsatellites du panel de
contrôle de filiation, pas assez performant
Action Innovante « OPA » (2013-2015) - choix d’un panel de SNPs
Volet ovin du programme « DEGERAM » - dispositif test
…

3. Démarche
Laboratoire(s)
Plateforme OVIGEN
3. Prélèvements et envoi
de l’échantillon
1. Demande de
génotypages
2. Validation de la
demande
5a. Interprétation
des résultats bruts
7. Consultation des
résultats
8. Appui aux OS 6. Mise à jour des infos
dans le SNIG
9. Appui aux
éleveurs
UMT
Organisme de
Sélection
Eleveur
4. Réalisation des génotypages
et envoi des résultats bruts
5b. Prédictions
5c. Assignation de
paternité
Eleveur Organisme de Sélection
Organisme de
Sélection

4. En production : 2ème sem. 2022 (OA)
labos
Base de
données
Base de données
(perf. & pedigrees)
SNIG « OVALL »
Plateforme OVIGEN
Contrôle filiation
& Assignation
Prédictions
Gènes
d’Intérêt
R&D / INRAe
(UMT)
Interprétation
Gènes d’Intérêt
7
Base de données
génomiques
Génotypages
bruts
• Résultats GI
• Parentés
Organisme de Sélection
(client)
GenEval
Indexation polygénique
Indexation génomique

5. Assignation de paternité
5
Comparaison de
l’information aux 249
SNPs sur le génome

6. Assignation de paternité
6
 Progrès génétique
 Diversité génétique
 Connexion entre les élevages
RACE
ELEVAGE
Je suis ton père *
* Fiabilité de 96%

7. Perspectives
• Massification des génotypages sur puce (AgR_v5 actuellement de 65K)
• Valorisation des gènes d’intérêt  gestion dans les élevages et les schémas de
sélection
• Base de données génomiques pour la R&D au niveau de l’UMT en collaboration
avec les OS/ES
• Effets des gènes sur les caractères
• Nouvelles mutations (màj de la puce)
• Nouvelles valorisations (sexe génétique …)
• Etc.
• Déploiement d’une indexation génomique
(Tests en cours – cf. volet R&D du PIA3)

8. Merci de votre attention !