1. Projet de fin d’études
pour l’obtention d’une licence en sciences et techniques filière génie biologique
Soutenu par :
LGUENSAT Asmae
SAYAH Kaoutar
Prof encadrant:
Pr. B.D Rossi Hassani
Membres de Jury :
Pr.ESSALMANI Haiat
Pr.BARRIJAL Said

2. Plan:
I-La bioinformatique
II-Les bases de données bibliographique
III- Outil de gestion bibliographique: EndNote
VI- Créer une mini base de données bibliographique

3. Terme crée en 1979 par Paulien Hogeweg
I-La bioinformatique
• Ensemble de techniques informatiques et statistiques
qui permettent de:
Gérer
Organiser
Comparer
Manipuler
Analyser
les données biologiques afin de produire des nouvelles
connaissances biologiques.
Définition
De la génomique à
la bioinformatique
Historique
Base et les banque
de données

4. Situation :
La génomique : Étude exhaustive des
génomes et de leur fonction.
=> Produire des données brutes
Problématique : une énorme
quantité de données
Solution :
Approches bioinformatiques
pour l’organisation et
l’exploitation des données
biologiques
I-La bioinformatique
Définition
De la génomique
à la
bioinformatique
Historique
Base et les
banque de
données

5. 1970
•Programme d’alignement global de séquences
1977
•Séquençage d'ADN et Première suite logicielle bio-informatique
1978
•Bases de données: PIR, EMBL, GenBank
1985
•Programme d'alignement local de séquences "FASTA"
1986
•Création de SwissProt : banque de séquences protéiques
1991 •prédiction de gènes
2001
•Séquençage complèt du génome humain
I-La bioinformatique
Définition
De la
génomique à la
bioinformatique
Historique
Base et les
banque de
données

6. •Nature des
données:
hétérogènes et
diverses
• Taille des données
: énorme
Banque de données
Transition
banque-base
• Accumulation de
données
spécifiques à une
espèce ou à une
branche
•Nature de
données
organisées et
spécifiques
• Model de données
: conceptuel et
logique
Base de données
I-La bioinformatique
Définition
De la génomique
à la
bioinformatique
Historique
Base et les
banque de
données

7. structurelles
- banques des
séquences
nucléiques et
protéique
fonctionnelles
-transcriptome
-protéome
-métabolome…
-Banques de
structure 2D et
3D
-Banques
immunologiques
Bases donnant des
informations ayant
relation avec :
Revues
Livres
Articles
Symposium
etc.
I-La bioinformatique
Définition
De la génomique
à la
bioinformatique
Historique
Base et les
banque de
données

9. Appartient à INIST
Base de données multidisciplinaire et
multilingue
Nombre de données à ce jour là : 20 millions
de références depuis 1973.
Historique:
1971 : création
1973 : début d’interrogation
par Questel (interface payante)
1984: début d’interrogation
par Ovidsp
Taille des données ajoutés : 480 000
référence par an.
II-Les bases de
données
bibliographique
Pascal
Généralité
Mode de recherche
Sauvegarder des
résultats de
recherche

10. Accéder
aux modes
de
recherche
II-Les bases de
données
bibliographique
Pascal
Généralité
Mode de recherche
Sauvegarder des
résultats de
recherche
Interface d’accès a pascal

11. Effectuée a partir de la page d’accueil en cliquant sur
« base documentaire »
II-Les bases de
données
bibliographique
Pascal
Généralité
Mode de recherche
Sauvegarder des
résultats de
recherche
Saisir le mot clé

12. Exemple :
II-Les bases de
données
bibliographique
Pascal
Généralité
Mode de recherche
Sauvegarder des
résultats de
recherche

13. II-Les bases de
données
bibliographique
Pascal
Généralité
Mode de recherche
Sauvegarder des
résultats de
recherche

14. Exemple :
II-Les bases de
données
bibliographique
Pascal
Généralité
Mode de recherche
Sauvegarder des
résultats de
recherche

15. Toutes les bases de données abordées ici,
donnent deux modes de sauvegarde des
résultats.
Avec connexion préalable
Sans connexion préalable
II-Les bases de
données
bibliographique
Pascal
Généralité
Mode de recherche
Sauvegarder des
résultats de
recherche

16. II-Les bases de
données
bibliographique
Pascal
Généralité
Mode de recherche
Sauvegarder des
résultats de
recherche

17. II-Les bases de
données
bibliographique
Worldcat
Généralités
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats
 Appartient à OCLC
 Source de données : 72 000 bibliothèques publiques et
privées du monde.
 Nombre de données à ce jours là :
• 1 941 395 374 documents
• 740 164 notices bibliographiques générale
 Taille des données ajoutées : une notice toute des 10
secondes.
 Historique:
1971 : lancement
2005: Englober 73 %
du ’national union
catalogue ’
2006 : accès libre sur web

18. II-Les bases de
données
bibliographique
Worldcat
Généralités  Etape 1 : saisie du
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats
mot clé
 Etape 2 : affichage
des Résultats

19. II-Les bases de
données
bibliographique
Worldcat
Généralités
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats
 Etape 3 : affichage de la notice voulue

20. II-Les bases de
données
bibliographique
Worldcat
Généralités
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats
Les termes de recherche : multicritères (titre,auteur,sujet … )
Limiter la recherche : par année, langue, public concerné …

21. Exemple :
II-Les bases de
données
bibliographique
Worldcat
Généralités
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

22. II-Les bases de
données
bibliographique
Worldcat
Généralités
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

23. Appartient à NLM.
C’est une interface d’accès gratuit à MedLine.
Donne accès à: plus de 21 millions de références
bibliographiques des articles contenus dans Medline et
OldMedline.
OldMedline MedLine
De 1946 à 1965 De1966 à nos jours.
2 millions de références
bibliographiques.
Plus de 19 millions d'articles
C’est une base de données de référence pour les sciences
biomédicales (contrairement à Pascal et WorldCat).
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

24. Historique:
De1971à 1997:
Accès à MedLine via des
Library médicales.
Juin 1997 : PubMed est
rendu publique
1996 : démarrage de
PubMed.
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

25. II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

26. Exemple :
Saisir le mot clé
Affichage de
résultats
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

27. Affichage de la notice
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

28. Interface :
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

29. Exemple :
Insérer les mots clé dans les
champs adéquats
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats
Affichage des
résultats

30. Le MeSH (Medical Subject Heading) est le vocabulaire contrôlé de la NLM
C'est un thesaurus hiérarchisé du concept le plus large au concept le plus étroit
Résultat de recherche MeSH pour :
lymphoma
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

31. Sujet de recherche: l’organogenèse d’une plante in vitro
Etape 1 : Rechercher un premier mot‐clé et le sélectionner
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

32. Etape 2 : Sélectionner les éléments voulus de la recherche
et cliquer sur ‘Add to search builder’
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

33. Etape 3 : Recommencer ce processus pour chaque mot clé de
l’équation
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

34. II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

35. Etape 4 : Lancer la recherche en cliquant sur Search PubMed.
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

36. II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

37. Notice ajoutée à la bibliographie
II-Les bases de
données
bibliographique
Pubmed
Généralités et
historique
Modes de
recherche
Sauvegarder des
résultats

38. EndNote?
• logiciel de gestion bibliographique
• Développé par : Thomson Reuters company.
• disponible pour: Windows; Mac…..
Fonction:
logiciel multitâches qui permet:
Gestion des références provenant de différentes sources
Interrogation de bases de données bibliographiques
Insertion des références dans un document texte
Intérêt :
Création des « Library »: des mini bases de données.
III- Outil de
gestion
bibliographique
Définition
Comment
utiliser
EndNote?
Collecter des
références
Organiser les
références

39. Fenêtre
des
groupes
Fenêtre des
références
ajoutées
Barre d’outils
principale
Fenêtre
d’affichage
de la notice
III- Outil de
gestion
bibliographique:
EndNote
Définition
Comment
utiliser
EndNote?
Collecter des
références
Organiser les
références

40. III- Outil de
gestion
bibliographique:
EndNote
Définition
Comment
utiliser
EndNote?
Collecter des
références
Saisie manuel
Online search mode
Organiser les
références

41. Cliquer sur :
Puis, dans le menu : Tools choisir « online search »
III- Outil de
gestion
bibliographique:
EndNote
Définition
Comment
utiliser
EndNote?
Collecter des
références
Saisie manuel
Online search mode
Organiser les
références

42. III- Outil de
gestion
bibliographique:
EndNote
Définition
Comment
utiliser
EndNote?
Collecter des
références
Saisie manuel
Online search mode
Organiser les
références

43. Commencer en cliquant sur :
III- Outil de
gestion
bibliographique:
EndNote
Définition
Comment
utiliser
EndNote?
Collecter des
références
Saisie manuel
Online search mode
Organiser les
références

44.  Group set et group :
 Un group set est un « groupe titre », un groupe « en-tête».
 Un group est placé sous un group set.
III- Outil de
gestion
bibliographique:
EndNote
Définition
Comment
utiliser
EndNote?
Collecter des
références
Organiser les
références
Group set et group
Smart group

45. III- Outil de
gestion
bibliographique:
EndNote
Définition
Comment
utiliser
EndNote?
Collecter des
références
Organiser les
références
Group set et group
Smart group

46. VI- Créer une mini
base de données
bibliographique
La recherche dans
les bases de
données
Importation de
données dans
EndNote
Organisation de
données

47. VI- Créer une mini
base de données
bibliographique
La recherche dans
les bases de
données
Importation de
données dans
EndNote
Organisation de
données

48. VI- Créer une mini
base de données
bibliographique
La recherche dans
les bases de
données
Importation de
données dans
EndNote
Organisation de
données

50. AVEZ-VOUS DES
QUESTIONS ?