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A côté de ces 3 axes classiques faisant partie du contrat programme, le laboratoire s’est impliqué depuis 2020 dans la
réponse nationale à la pandémie COVID-19 par ses 3 équipes notamment dans l’épidémiologie, le séquençage de souches
et le diagnostic immunologique de l’infection SARS CoV-2.
THEMATIQUES ESSENTIELLES DE RECHERCHE
1ère équipe : Nom du responsable, grade : Jihène Bettaieb, MD, Professeur Agrégé.
Les axes de recherche du groupe 1 s’articulent autour de l’Epidémiologie, la Surveillance et le Contrôle des maladies
infectieuses qui posent un problème de santé publique en Tunisie. Plus spécifiquement, l’équipe est engagée actuellement
dans les projets de recherche suivants :
Projet 1 : La Leishmaniose Cutanée
Titre du projet : Histoire naturelle de l’infection par les parasites Leishmania dans des foyers mixtes et émergents
de Leishmaniose Cutanée du sud de la Tunisie.
Ce projet de recherche vise à explorer le rôle de Ctenodactylus gundi et Phlebotomus sergenti, respectivement, comme
hôte réservoir et vecteur de L. killicki potentiels et d'étudier l'épidémiologie et l’expression clinique des deux formes de la
LC qui co-circulent dans le foyer de Tataouine.
Le travail de collecte des données sur terrain s’est achevé courant 2020 pour les trois volets de l’étude (humain, réservoir,
vecteurs).
Au total :
Volet humain : 268 patients atteints de LC consultant au centre de santé de base de Ghomrassen-Tataouine ont été inclus,
géo-localisés et suivis jusqu’à guérison des lésions.
Volet réservoir : 240 rongeurs de l’espèce Gundi et 46 rongeurs appartenant au genre Jaculus ont été capturés
Volet vecteur : environ 10.000 phlébotomes ont été collectés
Les analyses épidémiologiques et biologiques (parasitologique, moléculaire, sérologique) des données et des spécimens
collectés sont en cours.
Projet 2 : La grippe saisonnière
Projet 2.1 : Titre : Connaissances, attitudes et pratiques des groupes à risque sur le vaccin de la grippe
saisonnière.
Les objectifs de ce projet étaient de décrire les connaissances, les attitudes et les pratiques des groupes cibles envers le
vaccin contre la grippe et d’estimer la couverture vaccinale contre la grippe saisonnière auprès de trois groupes cibles.
Pour répondre à ces objectifs, une enquête nationale type CAP (Connaissances, Attitudes et Pratiques) a été menée en
2019 auprès de trois groupes cibles de la vaccination antigrippale (femmes enceintes, professionnels de la santé et sujets
âgés de plus de 65 ans et atteints de maladies chroniques)
Au total, 1231 personnels de santé, 1191 sujets âgés et 1157 femmes enceintes ont été inclus dans l’étude. Ils étaient
sélectionnés selon un échantillonnage stratifié à plusieurs degrés auto-pondéré parmi les consultants et les travailleurs de
la santé des structures publiques de santé suivantes : centres de santé de base, hôpitaux régionaux et hôpitaux de
circonscriptions.
Les résultats des analyses préliminaires ont révélé une faible couverture vaccinale contre la grippe, pour la saison grippale
2018-2019, chez les trois groupes cibles :
Femmes enceintes: 4,4% (IC : à 95% [3,3-5,7])
Professionnels de la santé : 15,3% (IC : à 95% [13,3-17,2])
Patients âgés et atteints de maladies chroniques : 19,4% (IC : à 95% [14,1-21,9])
Les résultats de deux études auprès du personnel de santé, les sujets âgés ont été publiés respectivement dans les revues
BMC Public Health, BMC Geriatrics. La soumission de l’article concernant les femmes enceintes est en cours.
Projet 2.2 : Titre : Renforcement du système de surveillance de la grippe saisonnière en Tunisie 2021-2025 :
Ce projet a pour objectif principal d'optimiser le fonctionnement du système de surveillance de la grippe en Tunisie et
d'accompagner l'implémentation et l'utilisation de l'application IMS (Information management System) par les différents
acteurs impliqués dans la surveillance de la grippe afin de préparer la pérennité du système de surveillance.
Cette activité se déroule en étroite collaboration avec la DSSB et entre dans le cadre d’un projet financé par le CDC d’Atlanta
ayant démarré en 2014. Dans ce contexte, l’application informatique du nouveau système électronique de gestion des
données de surveillance de la grippe (IMS) a été, effectivement, mise en place en 2019.
Les différents acteurs impliqués dans la surveillance ont été formés à son utilisation et son exploitation a commencé fin
2019. L’année 2020 a essentiellement consisté au recueil du feedback des différents utilisateurs afin d’améliorer la
performance de la plateforme et corriger les défaillances constatées. Par ailleurs, l’application a été validée par le centre
informatique du ministère de la santé (CIMS) qui désormais, en collaboration avec tous les partenaires, prend en charge la
résolution des problèmes rencontrés afin d’améliorer les performances de la plateforme. Parmi les défaillances notifiées,
la génération des rapports d’analyse des données de surveillance et la qualité de la connexion internet étaient au centre
des préoccupations. Au début de la saison grippale 2021-2022, une nouvelle version de l’application informatique a été
mise en place tout en améliorant deux composantes principales : le contrôle qualité et le reporting. Cette même saison a
été caractérisée par l’implémentation de la surveillance intégrée COVID-19/grippe.](https://image.slidesharecdn.com/rapportipt2021-230123104820-27393035/85/Rapport-2021-Institut-Pasteur-de-Tunis-22-320.jpg)
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Projet 3 : La COVID 19
Projet 3.1 : Titre : Impact sur la santé mentale des mesures de quarantaine imposées aux cas suspects de COVID-
19 en Tunisie
Dans le cadre du Programme R&I COVID-19 (Période 2020-2021) subventionné par le Ministère de l’Enseignement
Supérieur et de la Recherche Scientifique, notre équipe a mené une enquête qui visait à évaluer l’impact à court terme sur
la santé mentale des mesures de quarantaine institutionnelle imposées dans le cadre de la riposte à l’épidémie de la Covid-
19 en Tunisie. Il s’agissait d’une étude transversale par entretien téléphonique auprès d’un échantillon de convenance. Au
total, 506 individus ont été inclus dans cette étude. La majorité des participants (96,2%) étaient des voyageurs et 83,4%
avaient passé toute la période de quarantaine (14 jours) dans des centres de quarantaine. L’analyse statistique des
données a révélé que parmi les participants, 38,3 % avaient présenté des symptômes d'anxiété et/ou de dépression
(anxiété : 15,4 % ; dépression : 37,4 %) et 19,2 % avaient une insomnie clinique.
L’analyse multivariée a révélé que la prévalence des symptômes anxieux et/ou dépressifs et de l'insomnie était plus élevée
chez les femmes, les participants ayant consacré trois heures ou plus par jours pour se renseigner sur l'actualité liée au
COVID-19, ceux qui ont eu des difficultés économiques dues à la pandémie de COVID-19, ceux qui n'étaient pas satisfaites
des conditions d'hébergement dans les centres de quarantaine et ceux qui étaient victimes de stigmatisation. De plus, la
survenue de symptômes dépressifs ou anxieux était plus élevée chez les jeunes adultes, les étudiants et parmi les
participants qui avaient peur de contracter l'infection au COVID-19 dans les centres de quarantaine. L'insomnie clinique
était également plus fréquente chez les participants qui avaient passé une plus longue période dans les centres de
quarantaine.
Les résultats de l’étude ont été publié dans la revue « The Pan African Medical Journal ».
Projet 3.2 : Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 dans la population dans deux zones caractérisées par un
niveau d’incidence différent
L’objectif général de cette étude était d’estimer le niveau de diffusion du SARS-CoV-2 à l’issue de la 2ième vague
épidémique qui a touché le pays dans les zones de fortes incidences et dans les zones de faibles incidences. Pour cette
fin, une étude séro-épidémiologique transversale de porte à porte dans deux zones d’incidences différentes (Hotspot et
faible incidence) de la ville de Tunis a été menée en Mars 2021.
L’étude s’est basée sur un échantillon de la population générale tiré au sort par sondage en grappe à l’échelle des quartiers
et elle était constituée par l’ensemble des membres des foyers sélectionnés qui n’étaient pas encore vaccinés contre la
COVID-19. Pour chaque participant un questionnaire a été administré et un prélèvement de sang a été effectué pour
analyse sérologique avec la technique ELISA. Au total, 1676 individus ont été inclus appartenant à 431 foyers. La
séroprévalence pondérée des anticorps IgG anti-N et/ou anti-S-RBD était estimée à 38,8% [34,6-41,5] à l’issue de la 2ième
vague et avant la vaccination en masse en Tunisie. Le draft de l’article est en cours de préparation.
Projet 3.3. Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 parmi le personnel de l’Institut Pasteur de Tunis
Une étude séro-épidémiologique transversale exhaustive parmi le personnel de l’IPT a été menée au à l’issue de la 2ième
vague épidémique et avant la vaccination en masse contre la COVID-19 en Tunisie (Mars 2021). L’ensemble des agents
de l’IPT travaillant de façon permanente ou temporaire non encore vaccinés contre la COVID-19 étaient invités à participer
à l’étude. Au total, 428 participants étaient inclus dans l’étude. La séroprévalence des anticorps IgG anti-N et/ou anti-S-
RBD était estimée à 32,9% [28,7-37,4]. L’incidence cumulée de l’infection au SARS-CoV-2 (sérologie et/ou test RT-PCR
antérieur positifs) était de 40,0% [35,5-44,9]. Le draft de l’article est en cours de préparation
Projet 3.4 : Titre : Cinétique d’évolution tardive des anticorps du SARS-COV-2
Cette étude vise à définir la cinétique d’évolution des anticorps (Ac Totaux, IgG, IgA) contre le SARS-CoV-2 chez les
personnes ayant eu une confirmation diagnostic d’infection par un test PCR positif. Il s‘agit d’une étude séro-
épidémiologique type cohorte prospective (terme de suivi jusqu’à 12 mois après l’inclusion) auprès d’un échantillon de
convenance de personnes diagnostiquées + par des tests RT-PCR suite à l’apparition de symptômes cliniques
caractéristiques de COVID-19. Les participants à l’étude ont subi des prélèvements de sang selon une cinétique bien établie
dans le temps après apparition des symptômes: (J30, J60, J90, 6 mois et 12 mois, NB : les participants ayant été vaccinés
ne seront plus suivi dans le cadre de cette étude) pour la mise en évidence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 de classes IgG
et IgA. Le suivi des participants a été achevé et l’analyse de la sérothèque est en cour.
2ème équipe : Nom du responsable, grade : Dhafer Laouini, PhD, Biologiste Principal Les axes de recherche du groupe
2 sont essentiellement l’immunobiologie des leishmanioses et plus récemment l’infection par SARS CoV-2.
Projet 1 : Analyse de l’immunogénicité des peptides issus de trois antigènes leishmaniens (projet PL-VAC)
(Thouraya Boussofara, Hechmi Louzir et collaborateurs):
Il s’agit d’un projet en collaboration avec l’IRD (Montpellier, France), financé par la SATT-AxLR. Ce projet avait pour objectif
l’évaluation de l’immunogénicité de 11 peptides issus de trois protéines de Leishmania. Les dits peptides ont été conçus
sous trois formes différentes avec des modifications post-traductionnels (palmitoylation ou acétylation) ou encore la
soustraction du groupe amine, afin d’améliorer leur stabilité et d’augmenter leur immunogénicité. Les résultats des tests :
ELSIPOT spécifique d’IFN-, CBA utilisant le kit LEGENDplex (13 cytokines) et ceux de cytométrie en flux, ont permis la
sélection de quelques peptides qui s’avères prometteurs pour la conception d’un vaccin multi-épitopique contre les
leishmanioses.](https://image.slidesharecdn.com/rapportipt2021-230123104820-27393035/85/Rapport-2021-Institut-Pasteur-de-Tunis-23-320.jpg)
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III.1- Développement des nanobodies inhibiteurs des bétalactamases
Ce projet a été retenu pour financement par le MERS dans le cadre des projets d’Encouragement des jeunes
chercheurs (PEJC, 2018). Le projet consiste à développer des Nanobodies inhibiteurs de l’activité enzymatique
de NDM-1 et KPC-3, deux Carbapènèmases qui hydrolysent l’activité des carbapénèmesutilisés dans le
traitement des infections à bactéries multirésistantes.A partir d’un dromadaire hyperimmunisé, le sérum
collecté a été fractionné parchromatographie d’affinité. La caractérisation immunobiochimique des différents
sous types d’IgGs purifiées montre que les trois types d’IgGs reconnaissent d’une manière spécifique l’enzyme
NDM-1. D’une manière intéressante, les IgG1, IgG2 et IgG3 sont capables d’inhiber également l’activité de
VIM-1 et L1, deux enzymes métallo béta lactamases présentant moins de 32% d’homologie de séquences
avec NDM-1 (Ki de l'orde du nanomolaire). Ces travaux ont fait l’objet d’une récente publication (Ben
Abderrazek R. et al.,2020, Molecules). Les travaux en cours visent à sélectionner les Nbs « best in class » sur
la base de leurcapacité à restaurer la sensibilité du méropénème et de l'imipénème, sur des souches
hospitalières d’entérobactéries productrices de NDM-1. Pareillement, nous avons amorcé une démarche
similaire d’immunisation d’un dromadaire par des doses croissantes de KPC-3,ainsi que le suivi par un test
ELISA de la réponse immune développée. De plus, l’isolation des lymphocytes sur un gradient de ficoll et
l’extraction des ARN totaux par le mélange phénol/chloroforme ont été entrepris.(Thèse en cours de
EmnaHamdi). En effet, une banque combinatoire a été construite avec une taille estimée à 3.106 cfu/ml. Les
travaux en cours concerneront la sélection des nano anticorps doutés d’un fort pouvoir inhibiteur vis-à-vis de
la KPC-3.
III.2- Caractérisation des Nbs inhibiteurs de l’interaction du pseudo virus MERS-CoV avec son récepteur
DPP4 à la surface de cellules qui l’expriment
Ces travaux sont réalisés en collaboration avec l’équipe de Prof Zhang (TsinguaUniversty, China) (Thèse de
Faten Idoudi). Les 96 clones positifs sélectionnés à partir du criblage phage display de 3 banques de VHHs,
sur la base de leur capacité à reconnaître la formerecombinante du domaine RBD et du Trimer de la protéine
S du MERS-CoV, ont été caractérisés in vitro et surtout in vivo. Les séquences ont été classées en cluster. Les
clones exprimant des Nbs inhibiteurs del’infectivité du virus ont été retenus et caractérisés. Leurs formes
chimères VHH-Fcont été construites et purifiées puis utilisées dans une approchecristallographique.Les
cinétiques de binding avec la RBD ont été doublement caractérisées en utilisant la résonnance plasmonique
de surface et l’interférometrie. Ainsi, certains Nbs hautement purifiés ont été cristallographiés en complexe
avec le DPP4. Des mutants du DPP4 sont en cours pour mieux caractériser les résidus aminés les plus
critiques dans l’interaction moléculaire de type Nb/DPP4 (Idoudi et al., en préparation).
Programme 3: Biomolécules Modulatrices de Récepteurs et Canaux Ioniques associés aux pathologies
nerveuses et infectieuses (Dr. Rym BenKhalifa)
I. Biomolécules actives sur les récepteurs nicotiniques
I.1. Biomolécules issues de venins de scorpions comme modulateurs allostériques de sous types
spécifiques de récepteurs nicotiniques
L’exploration du venin de scorpion Androctonus australis hector (AaH) sur les récepteurs nicotiniques a permis
d’identifier des fractions et des sous-fractions actives sur les sous-types humains alpha3 beta4 et alpha4 beta2,
puis sur alpha3 beta4 et un récepteur chimère Eva-alpha7. La fraction toxique AaHG50 a été fractionnéepar
chromatographie liquide échangeuse de cations et a donné dix-huit fractions testées sur des cellules HEK
exprimant de manière transitoire les sous-types humains nAChRs alpha3beta4 et Eva-alpha7 en présence,
respectivement, de [3H]Epibatidine/ [125I]Bungarotoxine. Trois fractions antagonisent la liaison du ligand à
alpha3beta4 et Eva-alpha7 de manière puissante. Deu autres fractions antagonisent spécifiquement le
récepteur chimère Eva-alpha7 de 60 % et 80 %, respectivement. Les études sont en cours pour purifier et tester
les peptides responsables de l’inhibition des récepteurs nicotiniques choisis(Projet Post-doc de Dr Amani
Cheikh).
I.2. Exploration du rôle des récepteurs nicotiniques dans le développement des cancers
des poumons
Notre objectif estde déterminer le profil d’expression de certains sous types de récepteurs nicotiniques (nAChRs)
de type a3, a4, a5 et a7 dans les poumons de patients fumeurs et non fumeurs atteints ou pas, d’un cancer de
poumons. Après remise d'un dossier au comité d’éthique biomédicale de l'institut Pasteur de Tunis, les données
personnelles des patients (nom, âge et sexe), les habitudes tabagiques (durée de consommation par années et
nombre de cigarettes par jour), ainsi que leur type de cancer et son stade ont été colligées.Les données
personnelles des patients (statut et type de cancer, âge et durée de tabagisme) ont été analysées dans le but
d'étudier l'impact de la durée du tabagisme sur le développement du cancer et la corrélation entre l'âge et le sexe
sur les pathologies cancéreuses et non cancéreuses du poumon. A l'issue de cette première étude, nous avons
conclu que l'adénocarcinome est le type le plus dominant de cancer du poumon, que les cancers du poumon
touchent moins les femmes que les hommes, qui sont plus exposés aux pathologies pulmonaires. Par la suite, les
pièces opératoires des malades seront utilisées pour l'extraction d’ARN pour l’évaluation du taux d'expression des
nAChRs de type alpha 3, 4, 5 et 7 et beta comme beta 2 et bêta 4.Cet ARN sert de matrice dans les différents
échantillons des patients enrôlés (atteints ou non de cancer), fumeurs et non-fumeur, en utilisant des amorces
spécifiques et par le biais de la PCR quantitative en temps réel (Projet de Dr Amani Cheikh).](https://image.slidesharecdn.com/rapportipt2021-230123104820-27393035/85/Rapport-2021-Institut-Pasteur-de-Tunis-91-320.jpg)
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mycètes dans ces phénomènes de toxicité a été proposée et a conduit à une large collaboration avec le laboratoire
de valérie fessard ANSES - Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du
travail.en FRANCE Ce projet a pour but de contribuer à l’évaluation du processus de contamination par cest
oxines émergentes
• Potentiel cytotoxique et génotoxique de la C17-sphinganine analogue mycotoxine C17-SAMT
Le potentiel cytotoxique et génotoxique de la C17-sphinganine analogue mycotoxine C17-SAMT a été étudié. Les
résultats obtenus confirment l’existence d’un potentiel cytotoxique à travers le comptage au bleu trypan et les
indicateurs de toxicité RICC et RPD. Encore, un potentiel génotoxique est mis en évidence par la formation des
micronoyaux dans des cellules TK6 et le blocage de la mitose dans des cellules HepaRG non différenciées. La
C17-SAMT provoque aussi une cassure de double brin d’ADN, d’où la nature aneugène et clastogène de la toxine.
L’évaluation de la toxicité subaiguë sur différents organes chez les souris est en cours.
Au cours de ce dernier semestre, nous avons mené une étude qui vise à évaluer la toxicité subaiguë de la C17-
SAMT par administration orale répétée pendant 28 jours. Les résultats ont montré un effet dose-dépendant de la
toxine sur les différents paramètres mesurés. Les taux de l’Aspartate transaminases ASAT ont augmenté
significativement dans les 3 groupes traités. Pour le groupe satellite l’augmentation n’est pas significative. Les
mêmes résultats pour l’ALAT.
Quant à la créatinine, des taux de 2,37±0,26 mg/L chez les souris de groupe 1 ; 2,10±0,02 mg/L chez les souris de
groupe 2 et 2,02±0,01 mg/L chez les souris du groupe 3 sont enregistrés. Alors que nous avons enregistré une
augmentation significative chez le groupe satellite avec une teneur en créatinine de 3,56±0,67 mg/L. Ceci suggère
que la détoxification chez les souris se fait probablement par voie rénale.
D’autre part, le taux du lactate déshydrogénase LDH a augmenté significativement de 1034±24,04 U/L chez le
groupe témoin à 4143,25±554,02 U/L chez le groupe 1 en dépassant les valeurs usuelles pour les souris (1105-
3993 U/L) ; 3128,75±253,84 U/L chez le groupe 2 et 1865±185,28 U/L chez le groupe 3 qui est une augmentation
significative mais qui reste dans la plage des valeurs usuelles. Par contre, chez le groupe satellite une teneur en
LDH de 5944±678,82 U/L est enregistrée. Un taux élevé de LDH peut être observé lorsqu’un grand nombre de
globules rouges se brisent (anémie hémolytique ou pernicieuse) ou en présence d’infections sévères
(mononucléose, méningite, encéphalites, VIH), de septicémie, de maladies.
Pour l’étude histopathologique, nous avons enregistré un effet dose dépendant chez les groupes traités. Les
principaux effets décelés sont : atrophie et nécrose myocardique poussée, nécrose, congestion et infiltrat
macrophages pulmonaire, légère inflammation, atrophie des glomérules, agglomération des noyaux au niveau des
reins.
2) Envenimation par les poissons sur les côtes tunisiennes : Identification et caractérisation des toxines purifiées
à partir du venin de la petite vive ̏ Trachinus vipera˝ pour la mise au point d’un sérum immunothérapeutique.
Projet MOBIDOC Post-Doc : DEVELOPPÉ PAR RYM FESSI
Mots clés :
Envenimations, Trachinus, toxines, purification, électrophysiologie, toxicité, sérum, immunothérapie, récepteurs
nicotiniques.
Notre équipe s’est récemment orientée vers la purification, l’identification et la caractérisation des nouvelles
molécules toxiques issues du venin des poissons Trachinus vipera. Nos travaux déjà entrepris sont confortés par
nos résultats préliminaires mais prometteurs qui ont concerné le criblage du dialysat du venin total dénotant la
présence d’une fraction neurotoxique du venin de poisson Trachinus vipera testée sur des souris par voie
intracérébroventriculaire (i.c.v). De plus, les études électrophysiologiques menées sur des ovocytes de xénope
présentant à leur surface membranaires des récepteurs nicotiniques (nAChR) de l’acétylcholine de Torpille de type
musculaire [(α1)2βγδ)] montrent que la fraction active du dialysat du venin bloque ces récepteurs.
L’ensemble de ces résultats encourageant sera affiné dans le cadre de ce projet MOBIDOC Post-Doc par (i)
l’identification et la caractérisation des molécules responsables de la toxicité du venin via des études biochimique
et pharmacologique et (ii) le développement d’un traitement à base d’anticorps polyclonaux qui pourrait constituer
une alternative potentielle pour une meilleure prise en charge thérapeutique contre l’envenimation du poisson
Trachinus vipera.
Encadrement :
• Thèse
Zeineb MARZOUGUI, 3éme année de thèse en sciences halieutiques à l’INAT.
Sujet : Evaluation du risque pour l'homme lié à la présence de mycotoxines dans les mollusques bivalves en culture
dans la lagune de Bizerte.
• PFE ingénieur
Souhir KHIARI, 5ème année cycle ingénieur, spécialité Génie Biologique à l’ULT.
Sujet : Etude des propriétés toxicologiques de la gymnodimine : effets sur l’appareil digestif de la souris.
Les chiffres clés du laboratoire en 2021](https://image.slidesharecdn.com/rapportipt2021-230123104820-27393035/85/Rapport-2021-Institut-Pasteur-de-Tunis-116-320.jpg)
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surveillance. Ainsi les objectifs, les composantes et l'organisation du dispositif national de surveillance de la grippe
ont été révisés afin de renforcer ses capacités, en utilisant des méthodologies et des procédures normalisées.
Ce nouveau système de la surveillance de la grippe en Tunisie a pour objectifs de:
1. Suivre la tendance de l’infection grippale dans le temps et dans l’espace en Tunisie.
2. Détecter les épidémies saisonnières à leurs débuts.
3. Décrire l’épidémie de grippe dans le temps (= établir la courbe épidémique) et pour différents groupes
d’âge et identifier, éventuellement, les sous-groupes de population à risque.
4. Evaluer la sévérité et l’impact de l’épidémie dans la population : sur les hospitalisations et les décès
en Tunisie par la mise en place des sites de surveillance SARI:" severe acute respiratory infection".
5. Identifier les virus circulants et leurs principales caractéristiques.
6. Détecter précocement les changements dans les virus de la grippe et l’apparition des nouveaux
variants ou sous-types de virus grippal.
7. Détecter des virus respiratoires émergeants
Par ailleurs dans ce contexte, une étude d’évaluation des performances techniques de l’ancien système de
surveillance a été conduite et a couvert la période 2012-2015. L’évaluation a couvert la structure, l’organisation, le
processus et les produits du système de surveillance et de riposte et devra pouvoir implémenter les mesures
correctives permettant d’atteindre les objectifs fixés. Cette étude, dont les résultats ont été publiés dans la revue
BMC Public Health, a permis d’identifier les priorités pour l'amélioration du système de surveillance et a fourni des
indicateurs de référence pour des futures évaluations.
Au début de la saison grippale 2021-2022, une nouvelle version de l’application informatique (implémentée depuis
2019) a été mise en place tout en améliorant deux composantes principales : le contrôle qualité et le reporting.
Cette même saison a été caractérisée par l’implémentation de la surveillance intégrée COVID-19/grippe selon les
recommandations de l’OMS.
C. Le vaccin de la grippe saisonnière
La vaccination antigrippale est considérée comme le moyen le plus efficace pour prévenir la grippe saisonnière et
limiter ses complications. De ce fait, l’OMS recommande la vaccination antigrippale à certains groupes cibles dont
les professionnels de santé, qui de par la nature de leur métier ont un risque important de contracter la grippe et
de la transmettre à leurs patients. Les personnes âgées et les femmes enceintes représentent aussi des groupes
prioritaires pour recevoir le vaccin contre la grippe.
En dépit de ces recommandations, un faible taux d’adhésion au vaccin antigrippal a été observé chez les groupes
cibles de la vaccination dans divers pays, notamment la Tunisie. Dans cette activité menée en étroite collaboration
avec l’ONMNE, on s’intéresse à comprendre ces réticences afin d’essayer d’y pallier en mettant en œuvre les
mesures de sensibilisation adéquates. Plus précisément, à travers des enquêtes descriptives transversales se
basant sur une approche mixte (quantitative et qualitative), on visait à:
- Estimer la couverture vaccinale contre la grippe saisonnière auprès des trois groupes cibles de la vaccination
antigrippale:(Femmes enceintes, Professionnels de la santé, Patients âgés (≥65 ans) et atteints de maladies
chroniques)
• Identifier et décrire les obstacles à la vaccination antigrippale, en étudiant les connaissances, les attitudes
et les pratiques des groupes cibles envers le vaccin contre la grippe saisonnière
Au total, 1231 personnels de santé, 1191 sujets âgés et 1157 femmes enceintes ont été inclus dans l’étude. Ils
étaient sélectionnés selon un échantillonnage stratifié à plusieurs degrés auto-pondéré parmi les consultants et les
travailleurs de la santé des structures publiques de santé suivantes : centres de santé de base, hôpitaux régionaux
et hôpitaux de circonscriptions.
Les résultats ont révélé une faible couverture vaccinale contre la grippe, pour la saison grippale 2018-2019, chez
les trois groupes cibles :
• Femmes enceintes: 4,4% (IC : à 95% [3,3-5,7])
• Professionnels de la santé : 15,3% (IC : à 95% [13,3-17,2])
• Patients âgés et atteints de maladies chroniques : 19,4% (IC : à 95% [14,1-21,9])
Les résultats de deux études auprès du personnel de santé, les sujets âgés ont été publiés respectivement dans
les revues BMC Public Health, BMC Geriatrics. La soumission de l’article concernant les femmes enceintes est en
cours.
D. La pandémie COVID-19 :
Dans le cadre du Programme R&I COVID-19 (Période 2020-2021) subventionné par le Ministère de l’Enseignement
Supérieur et de la Recherche Scientifique, notre équipe a mené une enquête qui visait à évaluer l’impact à court
terme sur la santé mentale des mesures de quarantaine institutionnelle imposées dans le cadre de la riposte à
l’épidémie de la Covid-19 en Tunisie. Il s’agissait d’une étude transversale par entretien téléphonique auprès d’un
échantillon de convenance. Au total, 506 individus ont été inclus dans cette étude. La majorité des participants
(96,2%) étaient des voyageurs et 83,4% avaient passé toute la période de quarantaine (14 jours) dans des centres
de quarantaine. L’analyse statistique des données a révélé que parmi les participants, 38,3 % avaient présenté des
symptômes d'anxiété et/ou de dépression (anxiété : 15,4 % ; dépression : 37,4 %) et 19,2 % avaient une insomnie
clinique.](https://image.slidesharecdn.com/rapportipt2021-230123104820-27393035/85/Rapport-2021-Institut-Pasteur-de-Tunis-121-320.jpg)
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L’analyse multivariée a révélé que la prévalence des symptômes anxieux et/ou dépressifs et de l'insomnie était
plus élevée chez les femmes, les participants ayant consacré trois heures ou plus par jours pour se renseigner
sur l'actualité liée au COVID-19, ceux qui ont eu des difficultés économiques dues à la pandémie de COVID-19,
ceux qui n'étaient pas satisfaites des conditions d'hébergement dans les centres de quarantaine et ceux qui
étaient victimes de stigmatisation. De plus, la survenue de symptômes dépressifs ou anxieux était plus élevée
chez les jeunes adultes, les étudiants et parmi les participants qui avaient peur de contracter l'infection au
COVID-19 dans les centres de quarantaine. L'insomnie clinique était également plus fréquente chez les
participants qui avaient passé une plus longue période dans les centres de quarantaine.
Les résultats de l’étude ont été publié dans la revue « The Pan African Medical Journal ».
L’équipe d’épidémiologie en coordination avec l’ONMNE et les DR de santé a également contribué à l’effort national
de lutte contre le SARS-CoV-2 par la mise en place d’enquêtes transversales visant la mesure de la diffusion du
SARS-CoV-2 dans la population générale et parmi le personnel de santé. Pour cette fin, une étude séro-
épidémiologique transversale de porte à porte dans deux zones d’incidences différentes (Hotspot et faible
incidence) de la ville de Tunis a été menée vers la fin de la deuxième vague en Mars 2021. L’étude s’est basée sur
un échantillon de la population générale tiré au sort par sondage en grappe à l’échelle des quartiers et elle
était constituée par l’ensemble des membres des foyers sélectionnés qui n’étaient pas encore vaccinés contre la
COVID-19. Pour chaque participant un questionnaire a été administré et un prélèvement de sang a été effectué
pour analyse sérologique avec la technique ELISA. Au total, 1676 individus ont été inclus appartenant à 431 foyers.
La séroprévalence pondérée des anticorps IgG anti-N et/ou anti-S-RBD était estimée à 38,8% [34,6-41,5] à l’issue
de la 2ième vague et avant la vaccination en masse en Tunisie. Le draft de l’article est en cours de préparation.
Pour le personnel de santé, une étude séro-épidémiologique transversale exhaustive parmi le personnel de l’IPT a
été menée à l’issue de la 2ième vague épidémique et avant la vaccination en masse des agents de santé contre la
COVID-19 en Tunisie (Mars 2021). L’ensemble des agents de l’IPT travaillant de façon permanente ou temporaire
non encore vaccinés contre la COVID-19 étaient invités à participer à l’étude. Au total, 428 participants étaient
inclus dans l’étude. La séroprévalence des anticorps IgG anti-N et/ou anti-S-RBD était estimée à 32,9% [28,7-37,4].
L’incidence cumulée de l’infection au SARS-CoV-2 (sérologie et/ou test RT-PCR antérieur positifs) était de 40,0%
[35,5-44,9]. Le draft de l’article est en cours de préparation.
E. L’histoire naturelle de l’infection par les parasites Leishmania dans des foyers mixtes et émergents de
Leishmaniose Cutanée du sud de la Tunisie
La caractérisation des manifestations cliniques des parasites Leishmania et l’incrimination des réservoirs et des
vecteurs impliqués dans le cycle de transmission dans des foyers émergents et mixtes de leishmaniose cutanée
(Leishmania (L.) major et L. killicki (syn. tropica) dans le sud de la Tunisie (Tataouine). Cette activité se déroule
dans le cadre d’un projet financé par le centre d’investigation clinique (CIC) de l’IPT intitulé «Maladies
transmissible : histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement ». Ce projet a
une structure matricielle comportant 4 volets scientifiques :
• 1er volet : humain (l'hôte humain).
• 2ième volet : rongeurs réservoirs suspects (C. gundi, Meriones spp. et Jaculus spp.).
• 3ième volet : entomologique, vecteurs (P. papatasi, P. sergenti, ...).
• 4ième volet : les différents éléments du cycle de transmission (homme, rongeurs, vecteurs)
Plus précisément, ce projet vise à :
1. Décrire le profil épidémiologique et les manifestations cliniques des formes de la LC chez les
humains par détection active des cas et isolement des parasites à partir des lésions pour un typage
iso-enzymatique et moléculaire;
2. Estimer la prévalence de l'infection chez les réservoirs suspects (C. gundi);
3. Estimer le taux d’infection de la population phlébotomienne et étudier ses variations dans le temps
par une étude entomologique ;
4. Analyser génétiquement les souches isolées à partir des différents éléments du cycle (humains,
vecteurs et hôtes réservoirs) pour élucider le cycle de transmission et étudier les conséquences de
cette co-existence sur le plan génétique.
F. L’Epidémiologie moléculaire des parasites « Leishmania» isolés de différents hôtes: effet du temps et
de la répartition géographique sur le profil génétique des leishmanies
Le groupe d’Epidémiologie continue à alimenter sa Bio-banque de souches de leishmanies collectées dans le cadre
de ses enquêtes humaines et écologiques afin de tester des hypothèses en rapport avec la variabilité génétique
des souches en fonction du type de rongeur, du vecteur et de l’expression clinique de la maladie chez l’homme.
Des comparaisons entre le profil génétique des souches anciennes (collectées il y a plus de 20 ans) et des souches
récentes a permis déjà d’étudier l’effet du temps et de l’appartenance géographique sur le profil génétique des
souches de leishmanies.](https://image.slidesharecdn.com/rapportipt2021-230123104820-27393035/85/Rapport-2021-Institut-Pasteur-de-Tunis-122-320.jpg)
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Rapport 2021 Institut Pasteur de Tunis
L'Institut Pasteur de Tunis est une institution publique dédiée à la recherche, formation, diagnostic et santé publique, ayant joué un rôle clé dans la lutte contre les maladies infectieuses en Tunisie depuis sa création. Il produit également des vaccins et sérums thérapeutiques tout en offrant des services de diagnostic et d'analyse à l'échelle nationale. En 2021, l'institut a réalisé plus de 243,000 analyses et tests, et a contribué à de nombreuses initiatives de santé publique et scientifiques.
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Rapport 2021 Institut Pasteur de Tunis
- 2. 1 Sommaire L’Institut Pasteur deTunis.......................................................................2 Gouvernance ..........................................................................................3 Les chiffres clés de l’Institut Pasteur de Tunis en 2021...........................8 Structures de Recherche.......................................................................11 Services d’investigation clinique et de Santé Publique........................102 Production de vaccins et sérums thérapeutiques ................................137 Soutien technique ...............................................................................156 Soutien logistique................................................................................171 Administration .....................................................................................194
- 3. 2 L’Institut Pasteur deTunis Lutter contre les maladies pour la Santé de Tous Statuts, missions, historique Etablissement Publique de Santé, l’IPT est la seule institution tunisienne réunissant les missions de recherche et formation, diagnostic et santé publique, production de vaccins. Intimement liées, elles ont fait de l’IPT une structure de référence dans le domaine de la recherche biomédicale. Depuis l’époque de Charles Nicolle (directeur de l’IPT de 1903 à 1936 et prix Nobel de médecine en 1928) l’IPT occupe une place prépondérante dans l’histoire de la médecine en Tunisie avec d’importantes découvertes dans le domaine des maladies infectieuses, (cycles de transmission de la toxoplasmose, le vecteur du typhus, la leishmaniose viscérale, ainsi que le développement du concept original des infections inapparentes). L’IPT a participé à l’éradication de plusieurs maladies endémiques en Tunisie comme le paludisme, aux campagnes nationales de vaccination et continue de collaborer activement dans les programmes de santé publique. Diagnostic et Santé Publique La mission du département de santé publique de l’IPT tourne autour de deux activités principales. La première comporte la vaccination (plus d’une quinzaine de vaccins), le conseil aux voyageurs ainsi que le traitement antirabique. La seconde activité est destinée aux prélèvements et aux examens biologiques courants et spécialisés. Ces analyses sont réalisées dans les 18 laboratoires de diagnostic et de santé publique de l’IPT. La plupart de ces laboratoires participent à des programmes de santé publique nationaux et internationaux (enquêtes épidémiologiques, suivi des programmes de vaccination et certains sont des laboratoires de références nationaux ou régionaux OMS. Recherche et Formation L’activité de recherche de l’IPT se déroule dans 10 laboratoires. Ces équipes de recherche sont multidisciplinaires (biologistes, hospitalo-universitaires, médecins de la santé publique, vétérinaires) et réunissent plus d’une centaine de cadres scientifiques et plus de 120 étudiants. Nos domaines de recherche : - Épidémiologie des maladies infectieuses ; - Immunologie des maladies infectieuses de l’homme et de l’animal ; - Etude des maladies causées par un déficit génétique et/ou immunitaire ; - Biochimie/immunologie des venins et toxines ; - Développement biotechnologique. Production L’Institut Pasteur de Tunis produit des vaccins et sérums thérapeutiques pour les besoins du pays. Ses locaux de 700 m² sont conformes aux normes internationales de bonnes pratiques de fabrication. C’est la seule unité de ce type à l’échelle nationale. Actuellement, l’Institut Pasteur de Tunis produit du vaccin BCG intradermique, du vaccin BCG frais pour immunothérapie du cancer de la vessie et des sérums thérapeutiques (anti-vipérin, anti-scorpionique et anti- rabique).
- 4. 3 Gouvernance Le conseil d’administration...................................................................................... 4 Le conseil scientifique ............................................................................................. 5
- 5. 4 Le conseil d’administration Sesmissions Selon l’article 3 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'Institut Pasteur de Tunis. Le conseil d'administration est investi des pouvoirs les plus étendus pour agir au nom de l'institut conformément à la législation et à la règlementation en vigueur. Il a notamment pour attribution : - La création, suppression et transformation des services médicaux et pharmaceutiques, des laboratoires de recherche, d'analyse, de production et de contrôle et des unités d'enseignement ; - L'organisation des différents services administratifs et techniques de l'institut et l'établissement de son règlement intérieur ; - L'approbation des contrats-programmes et le suivi de leur exécution, conformément à la législation en vigueur ; - La prise des décisions relatives aux emprunts, conformément à la législation en vigueur. - L'approbation, dans le cadre de la règlementation en vigueur, de la passation des marchés par le directeur général. Composition du conseil d’administration Prénom, Nom Affiliation, Représentations Ines Fradi Présidente du conseil d'administration /Ministère de la Santé Med Faouzi Kooli Ministère des finances Sameh Ben Mbarka Ministère de l'industrie et de PME Ramzi Chnouf Ministère de l'économie et de la planification Mohamed Hammami Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche scientifique Mokhtar Hammadi Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche scientifique Chokri Abdmouleh Contrôleur d'Etat Amira Nachim Mkaouer Ministère de l'agriculture Nizar Laabidi Chef de service Henda Triki Chef de service Ahlem Amouri Chef de service Mehdi M'rad Représentant des médecins Rym Benkhalifa Représentant des scientifiques Mariem Gdoura Représentant des pharmaciens Lilia Zribi Représentant des médecines vétérinaires Imen Ferchichi Représentant des ingénieures Taoufik Jendoubi Représentant des paramédicaux
- 6. 5 Le conseil scientifique Sesmissions Selon l’article 10 du décret n°95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'institut Pasteur de Tunis. Il est institué un conseil scientifique de l'institut Pasteur de Tunis qui a pour mission de : - donner son avis sur toutes les questions relatives à la politique scientifique de l'établissement, l'organisation, la programmation et le suivi de la recherche, à la production, à l'enseignement et l'encadrement des résidents, des stagiaires et des étudiants. - donner son avis sur les créations, suppressions et regroupements des laboratoires et sur les propositions de candidature pour les bourses d'étude et de stages à caractère scientifique dans les limites des crédits alloués. - donner son avis sur les propositions de conventions et de coopération scientifique avec les établissements et réseaux scientifiques nationaux, maghrébins, étrangers ou internationaux. - répondre à toute demande d'avis scientifique formulée par le ministre de la santé publique ou le conseil d'administration Composition du conseil scientifique élargi* Prénom, Nom Affiliation Hechmi Louzir Institut Pasteur de Tunis (Président du Conseil) Samia Menif Institut Pasteur de Tunis Ahlem Amouri Institut Pasteur de Tunis Slimane Ben Miled Institut Pasteur de Tunis Najet Srairi Institut Pasteur de Tunis Hanène Chelbi Institut Pasteur de Tunis Ridha Ben Aissa Institut Pasteur de Tunis Makram Essafi Institut Pasteur de Tunis Kais Ghedira Institut Pasteur de Tunis Amel El Gaied Ministère de l'enseignement et de la recherche scientifique Marc Bonneville Institut Mérieux Ines Fradi Ministère de la Santé Arnaud Fontanet Institut Pasteur Paris Claude Leclerc Institut Pasteur Paris Lilia Messadi Ministère de l'Agriculture des Ressources Hydrauliques et de la Pêche Salem Chouaib Institut Gustave Roussy *Selon l’article 12 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, le conseil scientifique tient une réunion élargie à l'occasion de la session annuelle d'évaluation des activités scientifiques de l'établissement. A cet effet, le conseil comprendra, outre ses membres prévus à l'article 11 du présent décret, huit autres membres choisis hors de la communauté scientifique de l'institut, reconnus pour leur compétence dans le domaine de la Santé
- 7. 6 Liste des laboratoires,services, directions et comités en 2021 Services d’investigation clinique et de santé publique LABORATOIRE ET SERVICES RESPONSABLE Laboratoire de Bactériologie Clinique Imen Kraiem imen.kraiem@pasteur.tn Laboratoire de Biochimie Clinique et Hormonologie Afef Bahlous afef.bahlous@pasteur.tn Laboratoire d’Immunologie Clinique Mélika Ben Ahmed melika.benahmed@pasteur.tn Laboratoires de recherche LABORATOIRES DE RECHERCHE RESPONSABLE Microbiologie moléculaire, vaccinologie et développement biotechnologique Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.tn Transmission, contrôle et immunobiologie des infections Ridha Barbouche ridha.barbouche@pasteur.tn Epidémiologie et microbiologie vétérinaire Abderazzak Maaroufi abderazzak.maaroufi@pasteur.tn Epidémiologie moléculaire et pathologie expérimentale appliquée aux maladies infectieuses Ikram Guizani ikram.guizani@pasteur.tn Génomique biomédicale et oncogénétique Sonia Abdelhak sonia.abdelhak@pasteur.tn Parasitologie médicale, biotechnologies et biomolécules Aïda Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.tn Hématologie moléculaire et cellulaire Samia Menif samia.menif@pasteur.tn Bioinformatique, biomathématiques, biostatistiques Slimane Ben Miled slimane.benmiled@pasteur.tn Virus, Vecteurs et Hôes Ali Bouattour ali.bouattour@pasteur.tn Biomolécules, Venins et Applications Théranostiques Riadh Kharrat riadh.kharrat@pasteur.tn Laboratoire de Cyto-immunologie Ridha Barbouche Ridha.barbouche@pasteur.tn Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires Ridha Ben Aissa ridha.benaissa@pasteur.rns Laboratoire de Virologie Clinique Henda Triki henda.triki@pasteur.tn Laboratoire des Mycobactéries Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.tn Laboratoire d’Anatomo-Patologie Humaine et Expérimentale Samir Boubaker medsamir.boubaker@pasteur.tn Laboratoire de Radio-Immunologie Afef Bahlous afef.bahous@pasteur.tn Laboratoire de la Rage Mariem Handous meriem.handous@pasteur.tn Service des Vaccinations Internationales et Anitrabique Samy Khoufi samy.khoufi@pasteur.tn Services des Consultations Externes Radhia Ammi radhia.ammi@pasteur.tn Laboratoire d’Hématologie Samia Mnif samia.mnif@pasteur.tn Laboratoire des Mycoplasmes Boutheina Mardassi boutheina.mardassi@pasteur.tn Laboratoire de Parasitologie Clinique Aïda Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.tn Laboratoire Histologie et Cytologénetique Ahlem Amouri ahlem.amouri@pasteur.tn Laboratoire des Toxines Alimentaires Riadh Kharrat riadh.kharrat@pasteur.tn Laboratoire de Microbiologie Vétarinaire Imen Larbi Imen Larbi@pasteur.tn Laboratoire d’Epidémiologie et d’Ecologie Parasitaire Karim Aoun Karim.aoun@pasteur.tn Laboratoire de Médecine Nucléaire Chokri Maktouf chokri.maktouf@pasteur.tn Service d’Epidémologie Médicale Jihène Bettaieb Jihene.bettaieb@pasteur.tn
- 8. 7 Soutien logistique SERVICE RESPONSABLE Bibliothèquede l’Institut Pasteur de Tunis Habib Karoui habib.karoui@pasteur.tn Cellule de communication, valorisation et transfert technologique Hichem Ben Hassine (communication) hichem.benhassine@pasteur.tn Najet Hadhri (valorisation) najet.hadhri@pasteur.tn Oussama Ben Fadhel (transfert technologique) oussama.benfadhel@pasteur.tn Direction informatique Wassim Ben Salah Wassim.bensalah@pasteur.tn Comités COMITE RESPONSABLE/COORDINATEUR Ethique bio-médicale Samir Boubaker Medsamir.boubaker@pasteur.tn Qualité Sonia Damak Sonia.damak@pasteur.tn Formation et stages Ali Bouattour Ali.bouattour@pasteur.tn Centre Regional de Formation Samir Boubaker Medsamir.boubaker@pasteur.tn Soutien technique SERVICE RESPONSABLE Unités animalières Imen Degrach imen.degrach@pasteur.tn Cytométrie en flux Ridha Barbouche MedRidha.barbouche@pasteur.tn Typage génétique Rym Kéfi rym.kefi@pasteur.tn Direction technique Naceur El Ouni naceur.elouni@pasteur.tn Service de production de milieux de culture et reactifs Ridha Ben Aïssa/Haifa Ben Sedrine Unité d'Ecologie des Systèmes Vectoriels Elyes Zhioua Elyes.Zhioua@pasteur.tn Plate-forme Technique Génomique, Protéomique et Imagerie Sinda Zarrouk Sinda.zarrouk@pasteur.tn Administration Administration RESPONSABLE Direction des Ressources humaines Najet Slimane Najet.slimane@pasteur.tn Direction Financière et comptable Mahrez Kallel mahrez.kallel@pasteur.tn Direction de l’Approvisionnement Rym Soltani Rym.soltani@pasteur.tn Service du secrétariat permanent de la commission des marchés publics Raja Riahi Hamdi Raja.RiahiHamdi@pasteur.tn Sous-direction commerciale et promotion des activités Amel Abbouz Amel.abbouz@pasteur.tn Sous-direction audit interne Feten Ben Ali Feten.benali@pasteur.tn Service juridique Chadly Tayari Chadli.tayari@pasteur.tn Production de vaccins et sérums thérapeutiques SERVICE RESPONSABLE Direction de la Production Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.tn Service de production du vaccin et Immun BCG Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.tn Service de production des sérums thérapeutiques Sarra Ouahchi Sarra.ouahchi@pasteur.tn Service contrôle de qualité Sana Masmoudi Sana.masmoudi@pasteur.tn Unité de production des plasmas bruts Mounir Trifi mounir.trifi@pasteur.tn Service assurance quaité Leila Barbouche Leila.barbouche@pasteur.tn
- 9. 8 Les chiffres clésde l’Institut Pasteur de Tunis en 2021 Effectif global : 538 Scientifiques : 149 Source : Bilan Social de l’Institut Pasteur de Tunis, 2020 Chiffres comprenant le personnel statutaire et contractuel Publications Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Projets de recherche Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Etudiants 37 31 68 68 33 101 79 28 107 En cours Obtenus TOTAL 2019 2020 2021
- 10. 9 Diplômes soutenus Source :Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Diplômes en cours/Nombre d’étudiants Source : Rapports des laboratoires, service et comité Formation et stages de l’Institut Pasteur de Tunis Evénements (organisation ou contribution à l’organisation) Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Analyses, tests et services réalisés 125 22 13 9 0 0 169 138 29 13 9 3 1 193 78 23 11 14 3 0 129 Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de médecine Thèses en médecine vétérinaire Thèses de pharmacie TOTAL 2019 2020 2021 22 39 25 2 2 1 3 94 10 25 24 10 0 0 7 76 11 31 31 6 0 0 3 82 Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de médecine Thèses en médecine vétérinaire Thèses de pharmacie HDR TOTAL 2019 2020 2021 10 17 15 18 60 5 4 25 10 44 12 16 23 15 66 Manifestations scientifiques (colloque, congrès) Cours et ateliers pratiques Séminaires de formation (conférences, journées d'information, wébinaires) Culture scientifique et ouverture sur l'environnement TOTAL 2019 2020 2021
- 11. 10 Les analyses, testset services sont réalisés par les laboratoires d’analyse de l’Institut. Les services sont réalisés majoritairement par les services communs, le service des vaccinations internationales et antirabiques, le service des consultants externes et certains laboratoires d’analyses. En 2021, l’IPT a réalisé 243 429 analyses, tests et services, Source : Rapports des services diagnostic et de santé publique, de soutien technique et de la direction financière de l’Institut Pasteur de Tunis Nombre de doses vendues par l’unité de production de vaccins et sérums Source : Rapports de la direction de la production de vaccins et sérums thérapeutiques et de la direction financière et comptable Autres chiffres 4 brevets déposés ou maintenus 25 analyses et tests nouvellement introduits 59 conférences données par les scientifiques de l’Institut Pasteur en Tunisie et à l’étranger 92 vacations et cours rémunérés 69 participations à des jurys pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 65 participations à des commissions nationales et internationales 102 communications orales ou affichées (dont 116 internationales) 83 formations continues (dont 18 à l’étranger) Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis 23870 14004 7863 840 2020 48597 18420 13050 151 840 1010 33471 19890 10696 5510 1380 3930 41406 Vaccin BCG intradermique BCG frais pour immunothérapie Sérums antiscorpionique Sérums antivipérins Sérums antirabique TOTAL 2019 2020 2021
- 12. 11 Structures de Recherche Laboratoirede Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique................................................................................................... 12 Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections ........... 19 Laboratoire d’Epidémiologie et de Microbiologie Vétérinaire................................. 33 Laboratoire d’Épidémiologie Moléculaire et Pathologie Expérimentale ................. 37 Laboratoire de Génomique Biomédicale et Oncogénétique .................................. 49 Laboratoire de Parasitologie Médicale, Biotechnologies et Biomolécules............. 65 Laboratoire d’Hématologie Moléculaire et Cellulaire ............................................. 71 Laboratoire de BioInformatique bioMathématiques et bioStatistique..................... 77 Laboratoire des Biomolécules, Venins et Applications Théranostiques ................ 85 Laboratoire de recherche en Virus, Vecteurs et Hôtes : Approche « One Health » et innovations technologiques pour une santé meilleure........................................... 94
- 13. 12 Laboratoire de MicrobiologieMoléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique Composition de l’équipe : Nom, Prénom Position/Fonction Affiliation Mardassi Helmi (HM) Biologiste Principal, chef du laboratoire IPT Kallel Héla (KH) Biologiste Principal, chef de groupe IPT Bahloul Chokri Biologiste Principal, chef de groupe IPT Mardassi Ben Abdelmoumen Boutheina (BM) Biologiste Principale/Chef de l’Unité des Mycoplasmes IPT Rourou Samia (SR) Biologiste adjoint IPT Znaidi Sadri (SZ) Biologiste IPT Trabelsi Khaled Ingénieur en chef IPT Dekhil Neira Stagiaire Post-Doctorale (HM) Université Tunis El Manar Yacoub Elhem Stagiaire Post-Doctorale (BM) Université Tunis El Manar Boujemaa Safa Stagiaire Post-Doctorale (BM) IPT Soudani Alya Post doc IPT Abdellaoui Chaima Stagiaire assistante de recherche IPT Mlik Béhija Technienne supérieure surveillante IPT Khathraoui Nadine Technicienne supérieure IPT Akrouti Ines Technicienne supérieure IPT chaabane Amani Technicienne supérieure (sur projet de recherche) IPT Gara Hamza Technicien contractuel IPT Mhenni Besma Technicienne supérieure surveillante IPT Ben Fredj Saloua Technicienne supérieure IPT Mannai Soumaya Assistante Administrative Contractuelle IPT Lahmar Maherzia Ouvrière IPT Belghuil Lobna Ouvrière IPT Bouraoui Maher Ouvrier IPT Aouini Elhem Ouvrier IPT Skhairia Mohamed Amine Etudiant en Thèse es Sciences (HM) Université Tunis El Manar Gharbi Rim Etudiante en Thèse es Sciences (HM) Université Tunis El Manar Mayssa Gnaien Etudiant en Thèse (SZ) Faculté des Sciences de Tunis Choucha Zeineb Etudiante en Thèse (SZ) Université Tunis El Manar Rebai Yasmine Etudiant en Thèse (SZ) Faculté des Sciences de Tunis Chniba Imen Etudiante en Thèse es Sciences (BM) Université Tunis El Manar Sassi Mahfoudh Nessrine Etudiante en Thèse es Sciences (BM) Université Tunis El Manar Kalthoum Sana Etudiante en Thèse es Sciences (CB) Faculté des Sciences de Tunis
- 14. 13 Présentation du laboratoireet réalisations en 2021 Le Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique (MMVDB) fut renouvelé, après son évaluation par le CNEAR, pour un troisième mandat 2020-2023. Les activités de recherche sont structurées en cinq projets conduits par cinq groupes de recherche : 1. Groupe de Microbiologie moléculaire conduit par le Pr Helmi Mardassi 2. Groupe des Mycoplasmes conduit par la Pr Boutheina Mardassi 3. Groupe de Candida conduit par Dr Sadri Zneidi 4. Groupe de Vaccinologie et Veille Sanitaire conduit par le Pr Chokri Bahloul 5. Groupe de Développement Biotechnologique conduit par la Pr Héla Kallel Thématiques principales de recherche A travers son groupe de microbiologie moléculaire, le MMVDB vise à établir la structure populationnelle, ainsi quel’exploration de la structure génomique des isolats cliniques : bacilles tuberculeux et mycobactéries atypiques, mycoplasmes de l’homme et des animaux, et les champignons pathogènes. Le séquençage du génome entier de ces pathogens modèles permettra d’identifier les déterminants génétiques conférant à chaque lignée un pouvoir pathogène particulier et à comprendre la persistence et la dissemination de certains clones au fil du temps. D’autre part, le décryptage de la structure génomique des souches locales aidera à déceler de nouveaux biomarqueurs, ou de nouvelles cibles thérapeutiques afin d’améliorer le diagnostic et le traitement des infections.Quant au groupe, vaccinologie et veille sanitaire, il travaille sur l'établissement d'une veille épidémiologique et sanitaire contre plusieurs pathologies virales animales et d’autres à potentiel zoonotique, et s'implique à les combattre dans leurs régions d'endémicité afin d'empêcher leurs diffusions aux régions autrement indemnes.Enfin le groupe sur le développement biotechnologique vise le développement d’approches novatrices pour la culture de cellules de mammifères, de bactéries et de levures, et œuvre à développer de nouveaux vaccins, soit par approche classique, soit par génie génétique. Résumé des résultats et des activités réalisées en 2021 1 Groupe de la Tuberculose et des Mycobactéries - Analyse à l'échelle du génome de l'origine et de l'adaptation locale d'un spécialiste écologique de Mycobacterium tuberculosis L4.3/LAM (Latin AmecricanMediterrenean) La sous-lignée latino-américaine et méditerranéenne de Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis L4.3/LAM) est la sous-lignée généraliste la plus courante, mais certains génotypes L4.3/LAM se sont avérés prospérer dans des populations particulières, très probablement à la suite d'une évolution adaptative. Nous avons exploré l'histoire évolutive d'un complexe clonal L4.3/LAM (CC), TUN4.3_CC1, qui est particulièrement florissant en Tunisie, et dévoilé les changements génomiques qui sous-tendent son adaptation locale réussie. Nous avons reconstruit la structure biogéographique et l'histoire évolutive de L4.3/LAM sur la base d'un ensemble de données de séquençage du génome entier de 237 isolats représentatifs de la sous-lignée L4.3/LAM dans le monde, disponibles à l'EuropeanNucleotide Archive (ENA), couvrant une large gamme temporelle et géographique et 31 génomes d’origine tunisienne. Les mutations conférant une résistance aux médicaments et les SNP spécifiques à la lignée ont été exclus de cette analyse. Les positions AskriHana Etudiante en Thèse es Sciences (HK) Université Tunis El Manar BoukariIheb Etudiante en Thèse es Sciences (HK) Université Tunis El Manar Chibani Salim Etudiant en Thèse es Sciences (BM) Ouechtati Safa Mastère de recherche (SR) ISSBAT Ben Marzouk Ikram Mastère de recherche (SR) Université Tunis El Manar Fersi Samar Mastère de recherche (SR) ISSBAT Mekni Ourerhani Islem Mastère de recherche (SR) ISSBAT Abassi Sarra Etudiante en Mastère (BM) Université Tunis El Manar Werheni Sarra Etudiante en Mastère (BM) Université Tunis El Manar
- 15. 14 polymorphes dans toutesles souches ont été extraites à l'aide de snpToolkit (https://github.com/Amine- Namouchi/snpToolkit) et un total de 15 575 sites variables ont été sélectionnés pour l'analyse phylogénétique et génétique. Une phylogénie de maximum de vraisemblance (ML) a été reconstruite avec tous les génomes de la lignée 4.3 dans Mega5 à l'aide d'un modèle général réversible dans le temps (GTR) avec quatre classes, et 100 répliques bootstrap ont été réalisées pour évaluer le support statistique. Les arbres ont été visualisés et édités dans Figtree v1.4.2. Les analyses phylogénomiques ont confirmé la différenciation claire entre les deux principaux CC, et ce résultat est cohérent avec le fait qu'ils peuvent être séparés en fonction d’une délétion dans la région RD115 (une caractéristique de L4.3/LAM qui s'est étendue à l'échelle mondiale à travers les migrations coloniales européennes). Les analyses de génomique fonctionnelle des souches tunisiennes ont montré que, Malgré le fait que les souches TUN4.3_CC2 étaient plus divergentes et avaient tendance à afficher une diversité accrue de nucléotides, le rapport moyen des taux dN/dS de la majorité des catégories de gènes était significativement plus élevé dans TUN4.3_CC1. En particulier, la catégorie de gènes « protéines hypothétiques conservées » affichait un dN/dS global > 1, suggérant une sélection positive. Cela nous a incités à rechercher des mutations homoplastiques, qui sont les plus révélatrices d'une sélection positive chez M. tuberculosis, compte tenu de sa nature hautement clonale. De manière remarquable, nous avons identifié une mutation non-sens, 234 477TG, dans Rv0197 (une oxydoréductase probable), dont il a déjà été démontré qu'elle était associée à une transmissibilité améliorée in vivo. Cette mutation s'est produite à plusieurs reprises 14 fois dans TUN4.3_CC1 (53,8 %) et 3 fois dans TUN4.3_CC2 (25 %). Il a été démontré dans la littérature que cette mutation était corrélée à une transmissibilité accrue in vivo. De plus, en appliquant l'algorithme SIFT (SortingIntolerantFromTolerant), nous avons identifié dans les deux CC de nombreuses mutations susceptibles d'affecter la fonction des protéines. Dans cette étude, nous avons soumis au SIFT uniquement les mutations qui se sont produites dans les séquences codantes et qui avaient tendance à être fixées dans la population de souches (observées dans ≥ 80%). Nous avons identifié dans les deux principaux CC 95 et 93 nsSNP dans TUN4.3_CC1 et TUN4.3_CC2, respectivement. Pour les deux CC, il convient de mentionner que les catégories de gènes « conservéshypothétiques» et «métabolisme et respiration intermédiaires» représentaient un grand nombre de mutations ayant un impact fonctionnel (50,42% et 53,76% pour TUN4.3_CC1 et TUN4.3_CC2, respectivement). En résumé, cette étude a exploré l'origine et l'histoire évolutive en Tunisie de L4.3/LAM, la sous-lignée L4 la plus répandue dans le monde de M. tuberculosis, et la plus réussie au Maghreb. Nous avons constaté que le succès de cette sous-lignée en Tunisie provient essentiellement d'un seul clone localement évolué, qui montre des signes évidents d'adaptation locale. L'identification d'un tel écologiste permettra certainement d'approfondir nos connaissances sur le processus conduisant à l'émergence de clones de M. tuberculosis hautement aptes. 1. Groupe des Mycoplasmes Les mycoplasmes sont ubiquitaires, commensaux, ou pathogènes. La plupart sont hôte-spécifiques et sont associés à des infections chroniques et atypiques, aussi bien chez l’homme que chez les animaux. Chez l’homme, elles se traduisent par une atteinte des voies respiratoires et urogénitales. Chez les animaux de rente, les mycoplasmoses engendrent des pertes économiques considérables. En Tunisie, le suivi épidémiologique des infections à mycoplasmes et les moyens de lutte qui les visent se retrouvent dans une impasse par manque d’informations nécessaires sur les profils génétiques des souches virulentes et leur comportement vis-à-vis des agents antibactériens. Des travaux de recherche conduits par notre groupe ont démontré leur association à l’infertilité et au cancer génital chez l’homme, ainsi que leur capacité de changer de tropisme d’hôte et de résister aux antibiotiques. Dans la continuité des travaux menés et au vue des résultats obtenus, nous poursuivons nos études sur la génomique des souches de mycoplasmes circulant en Tunisie afin de comprendre les facteurs génétiques qui orientent leur évolution, leur variation et adaptation à différentes hôtes, ou à enclencher des manifestations cliniques particulières. 1-Pathogénomique de Mycoplasma hominis associé à l’infertilité Le suivi épidémiologique des infections à Mycoplasma hominis a abouti à l’identification de deux pathotypes génétiquement distincts des souches tunisiennes dont la dissémination est clonale. Un clone est associé à l’infertilité et le second est lié aux infections gynécologiques. L’étude de leur sensibilité aux antibiotiques a révélé une résistance élevée à la tétracycline des souches responsables d’infertilité. De tels résultats nous ont orientés vers la détermination des données relatives à leurs structures génomiques et des facteurs responsables de leur évolution et adaptation. Des travaux de séquençage génomique des souches tunisiennes de M. hominis ont été entrepris dans le but decomprendre la variation génétique, la dynamique évolutive des deux pathotypes identifiés et leur adaptation pour enclencher des manifestations cliniques bien particulières. 2-Etude d’une Potentielle Association entre les Mycoplasmes Urogenitaux et le Cancer. L’implication de certains microorganismes, notamment les mycoplasmes, dans le cancer et l’inflammation chronique qui l’accompagne demeure mal définie. Dans un projet de collaboration avec l’Arabie Saoudite, nous avons mis en évidence une relation entre les mycoplasmes urogénitaux et le cancer de la prostate (CP) chez des patients de la région de Aseer au sud-ouest de l’Arabie Saoudite. Par amplification par PCR des gènes codant pour des antigènes de surface spécifiques de chacune des espèces des Mycoplasmes d’intérêt, nous sommes parvenus à identifier Ureaplasmaurealyticum et Ureaplasmaparvum. S’il s’avérait que l’infection par U. parvum et par U. urealyticum est un, parmi les
- 16. 15 facteurs prédisposant auCP, la détection de ces espèces pourrait orienter le diagnostic et par conséquent faciliter la prévention et le traitement. 3-Typage Moléculaire et Susceptibilité Antibacterienne de Mycoplasma gallisepticum Dix huit isolats tunisiens de Mycoplasma synoviae, agent responsable d’une maladie respiratoire chronique chez la poule et de sinusite infectieuse chez la dinde, ont fait l’objet d’une exploration génétique par la méthode GTS (Gene-targetedSequencing). L’analyse des séquences obtenues a permis de distinguer les souches locales en 5 eSTs (expandedsequence type) eST1, eST2, eST3, eST4 et eST5. L’eST1 s’avère le plus dominant, puisqu’il renferme 8/18 isolats. L’étude de la susceptibilité antibactérienne des 18 souches de M. gallisepticum a révélé une sensibilité totale à l’aivlosine, alors que la tylosine présente moins d’éfficacité vue la résistance totale et intermédiare de 4 et 8 isolats, respectivement. Tous les isolats sont sensibles à la famille des tétracyclines représentée par la doxycycline et l’oxytetracycline. Cette efficacité est retrouvée également avec la tiamuline appartenant à la classe de pleuromutiline. L’exploration d’une éventuelle relation entre un profil génétique déterminé et une susceptibilité antibactérienne chez les isolats de M. gallisepticum nous a montré une résistance élevée à l’enrofloxacine et à la spiramycine de la totalité du groupe eST1. Un tel résultat nous incite à explorer d’avantage cette relation et à remonter à la source de dissémination de ce groupe. 4-Développement de tests de diagnostic rapides des infections à Mycoplasmes aviaires (projet PostDoc-MobiDoc) C’est dans un cadre d’une collaboration scientifique-entrepreneuriale que ce projet est en cours de réalisation. Il s’agit d’un transfert biotechnologique des produits biologiques à potentiel diagnostique depuis les étroites paillasses du laboratoire vers des plus larges, dans l’univers socio-économique. Le projet consiste en la conception, le développement et la standardisation de deux tests de diagnostic rapides (TDR) simples et multiplexes pour la détection et l’identification spécifique des trois espèces de mycoplasmes aviaires, Mycoplasma gallisepticum, M. synoviae et M. meleagridis, sous forme de kits prêts à l’emploi. En concevant ces kits, nous voulons en premier lieu garantir la rapidité des résultats. Dans une seconde étape, nous nous consacrerons à assurer la spécificité, ainsi que la sensibilité des tests en utilisant des protéines recombinantes. Ces TDR contribueront considérablement à l’amélioration des moyens de lutte contre les ravages que peuvent causer ces infections mycoplasmiques au sein des élevages intensifs des volailles et par conséquent, chez le consommateur. 2. GroupeCandida (Mycologie Moléculaire) En 2021, les activités autour de la thématique de la mycologie moléculaire se sont principalement axées sur quatre volets : i) le typage et phénotypage d’isolats cliniques de Candida albicans colonisant les voies respiratoires de patients atteints de mucoviscidose ; ii) l’étude des réseaux biologiques qui contrôlent le pouvoir commensal et pathogène de C. albicans, iii) l’identification d’approches thérapeutiques contre les champignons du genre Candida, notamment celles axées sur l’utilisation des bactéries probiotiques et iv) l’étude fonctionnelle des kinases chez le pathogène émergent Candida auris. Dans le cadre du premier volet, le laboratoire LR16IPT01 a obtenu un soutien financier pour la doctorante MayssaGnaien, notamment une bourse doctorale du Réseau International des Instituts Pasteur (Bourses Calmette & Yersin) qui servira à la finalisation de la thèse de doctorat de l’étudiante, intitulée «Étude des déterminants phénotypiques et moléculaires responsables de la colonisation chronique par Candida albicans des voies respiratoires de patients atteints de mucoviscidose», en collaboration avec l’Unité Biologie et Pathogénicité Fongiques à l’Institut Pasteur à Paris. Par ailleurs, le financement par les Programmes d’Encouragement des Jeunes Chercheurs (N°19PEJC06-02) des volets traitant de l’étude des réseaux biologiques du pouvoir commensal et pathogène de C. albicans et des approches thérapeutiques a permis à la doctorante Yasmine Rebai - dont le titre de la thèse s’intitule « Étude des mécanismes d’adaptation du pathobionteCandida albicans à l’environnement de l’hôte » - d’effectuer d’excellents progrès en collaborant avec l’équipe du Dr. SlavenaVylkova de l’Institut Septomics en Allemagne. Yasmine Rebai a notamment obtenu une bourse d’alternance pour effectuer un séjour scientifique de 3 mois en Allemagne. Le Dr. SadriZnaidi, qui dirige les activités de la thématique Candida, s’est vu octroyer le grade de Biologiste suite à sa réussite au concours de promotion des cadres biologistes de l’Institut Pasteur de Tunis. Outre les activités de financement et de progression des travaux de thésards, nous avons obtenu un financement conséquent de la Direction Scientifique de l’Institut Pasteur à Paris dans le cadre des Projects Transversaux de Recherche (PTR) à hauteur de 246,000.00 euros afin d’étudier les kinases du pathogène émergent Candida auris et les proposer pour le développement de nouveaux agents antifongiques. 3. Groupe Vaccinologie I- Mise au point d’un vaccin à base d’ADN contre le Covid-19En Tunisie, depuis le début du mois d'avril 2020, nous avons commencé à développer différents candidats vaccins à base d'ADN contre la Covid-19. Nous avons choisi les modèles murins et lagomorphes pour valider nos candidats vaccins à base d'ADN contre la Covid-19. Dans le modèle Balb/C les résultats sérologiques montrent qu'à J90, nous avons constaté une augmentation significative des titres en anticorps des souris administrées nos différentes constructions plasmidiques comparativement aux souris administrées du PBS. Les plasmides qui codent pour les sous-unités RBD ou S1, semble être plus efficaces que ceux qui codent pour l’intégralité de la « Spike ». En plus, la fusion du domaine transmembranaire
- 17. 16 en particulier avecla construction codant pour la RBD semble pouvoir améliorer les réponses immunitaires humorales. Dans le modèle lagomorphe, comme dans le modèle murin il faut attendre jusqu’à J90 pour commencer à avoir des réponses immunitaires humorales satisfaisantes. II- Mise au point d’une technique ELISA pour le titrage des anticorps contre le Covid-19 et évaluation de la campagne nationale de vaccination Plusieurs kits sérologiques pour la détection d'anticorps spécifiques du SRAS-COV2 ont été développés et validés à travers le monde. Ils sont aujourd'hui largement utilisés malgré leurs performances analytiques différentes, leurs prix de revient élevés et leurs procédures d'achat durables. Afin de dépasser ces limites, nous avons développé un test ELISA pour la détection d'anticorps IgG humains contre la protéine Spike (S) de l'ectodomaine du SARS-CoV-2 avec des performances satisfaisantes (sensibilité 96% et spécificité 97,5%). Ce test ELISA a été utilisé pour le suivie des réponses immunitaires chez les individus vaccinés contre la Covid-19 en Tunisie. Ainsi, nous avons démontré que chez les individus vaccinés qui n'ont pas été précédemment infectés par le SRAS-CoV-2, il semble que le vaccin à base d’ARNm de Pfizer/BioNTech est le plus efficace comparativement aux vaccins à base de virus inactivés. Les personnes convalescentes de la COVID-19 n'ont généré que des titres en anticorps protecteurs plutôt faibles chez près de 90% d'entre eux. Néanmoins, lorsqu'ils sont vaccinés avec n'importe quelle marque de vaccins contre la COVID-19, ils ont montré une augmentation exponentielle des réponses immunitaires humorales. III- Etude de la population canine en Tunisie et implications pour une meilleure lutte contre la rage Durant les 30 dernières années, des ajustements ont été apportés au programme de lutte contre la rage. Cette étude vise à collecter des données qui vont permettre de déterminer les caractéristiques quantitatives (effectifs, structure de la population, reproduction, couvertures vaccinales, proportion des chiens sans propriétaires…) et qualitatives (habitat, ressources alimentaires, degré de confinement, utilisation…) de la population canine dans la délégation de KalâatSenan. 4. Groupe Développement Biotechnologique . Publications 1. 1 Reem Gharbi, Varun Khanna2, Wafa Frigui3 , Besma Mhenni1 , Roland Brosch3 & Helmi Mardassi1* « Phenotypic and Genomic Hallmarks of a Novel, Potentially Pathogenic Rapidly Growing Mycobacterium Species Related to the Mycobacterium Fortuitum Complex », Scientific Reports 11, no 1 (21 juin 2021): 13011, https://doi.org/10.1038/s41598-021-91737-8. 2. Mohamed Amine Skhairia1,Naira Dekhil1,Besma Mhenni,Saloua Ben Fradj,Helmi Mardassi., « Successful Expansion of Mycobacterium Tuberculosis Latin American and Mediterranean Sublineage (L4.3/LAM) in Tunisia Mainly Driven by a Single, Long-Established Clonal Complex », International Journal of Infectious Diseases 103 (1 février 2021): 220‑25, https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.11.195. 3. Rossignol, T.*, Znaidi, S.*, Chauvel, M., Wesgate, R., Decourty, L., Menard-Szczebara, F., Cupferman, S., Dalko- Scisba, M., Barnes, R., Maillard, J-Y., Saveanu, C. et d’Enfert, C. (2021) Ethylzingerone, a novel compound with antifungal activity. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 65(4):e0271120. *, Contributions égales. 4. Messaoud, M., Abbes, S., Gnaien, M., Rebai, Y., Kallel, A., Jemel, S., Cherif, G., Skhairia, M. A., Marouen, S., Fakhfekh, N., Mardassi, H., Belhadj, S., Znaidi, S.*,† et Kallel, K.*,† (2021) High frequency of Enterocytozoonbieneusi genotype WL12 occurrence among immunocompromised patients with intestinal microsporidiosis. Journal of Fungi, 7(3),161. *, Auteur de correspondance, †, Contributions égales. 5. Osama Mohammed Saed Abdul-Wahab, Mishari H. Al-Shyarba, Boutheina Ben AbdelmoumenMardassi, Nessrine Sassi, Majed Saad Shaya Al Fayi, Hassan Hotifi, Abdullah Hassan Al Murea, BéhijaMlik, Elhem Yacoub* Molecular Detection of Urogenital Mollicutes in Prostate Cancer Tissues. Infectious Agents and Cancer Volume 2021, 16(6):1- 11 DOI:10.1186/s13027-021-00344-9. 6. ElhemYacoub, Osama Mohammed Saed Abdul-Wahab, Mishari H. Al-Shyarba, and Boutheina Ben AbdelmoumenMardassi*. The Relationship between Mycoplasmas and Cancer: Is It Fact or Fiction ? Narrative Review and Update on the Situation. Journal of Oncology Volume 2021, Article ID 9986550, 13 pages https://doi.org/10.1155/2021/9986550. 7. Kalthoum S, Guesmi K, Gharbi R, Baccar MN, Seghaier C, Zrelli M, Bahloul C. Temporal and spatial distributions of animal and human rabies cases during 2012 and 2018, in Tunisia. Vet Med Sci. 2021 May;7(3):686-696. doi: 10.1002/vms3.438
- 18. 17 8. Kalthoum S,Ben Salah C, Rzeigui H, Gharbi R, Guesmi K, Ben Salem A, Ferchichi S, Zammel F, Fatnassi N, Bahloul C, Seghaier C. Owned and free-roaming dogs in the North West of Tunisia: estimation, characteristics and application for the control of dog rabies. Heliyon. 2021 Nov 10;7(11):e08347. doi: 10.1016/j.heliyon.2021.e08347. eCollection 2021 Nov. Liste des projets en cours en 2021 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financeme nt (DT) Période PHINDaccess « Strengthening Omics data analysis capacities inpathogen- host interaction Helmi Mardassi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologiqu e (LR16IPT01) et l’ensemble de l’IPT Commission Européenne H2020 2 463 499,4 2 TND Octobre 2018- Septembre 2022 Projet PCI, Étude génotypique et phénotypique de souches cliniques de Candida albicans isolées du tractus respiratoire de patients atteints de mucoviscidose. Sadri Znaidi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologiqu e (LR16IPT01) Programme collaborative interne finance par l’IPT 40 000 DT 2019-2022 PJC09, Cibler la Dysbiose Fongique par les Probiotiques comme Approche Thérapeutique contre les Maladies Inflammatoires de L'intestin ". Sadri Znaidi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologiqu e (LR16IPT01) MERST 20 000 DT 2019-2022 Développement d’une stratégie de réduction de la tuberculose bovine chez l’homme : Concept One Health Helmi Mardassi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologiqu e (LR16IPT01) Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique 40000TND 2021-2022 Projet Valorisation des Résultats de Recherche, VRR : Développement d’une forme recombinante de la gonadotrophine humaine à usage pharmaceutique. Samia Rourou Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologiqu e (LR16IPT01) Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique 2020-2023 A non-replicative adenovirus vaccine platform for poultry disease Samia Rourou LMMVDB IDRC 2018- 2022 ELISA Assays development for SARS- COV2 within IPIN Samia Rourou LMMVDB Liste des projets obtenus en 2021
- 19. 18 Titre du projetInvestigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financemen t (DT) Période VIP16« Une plateforme pour la mise au point d’un vaccin anti- adénovirus non réplicatif contre les maladies aviaires Phase 2 » Samia Rourou Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologiqu e (LR16IPT01 IDRC (Centre de Recherches pour le développement international, Canada) 281,300 dollars canadiens 2021 Projet « Production de la protéine S-RBD du virus SARS Cov2 par la technologie baculovirus/cellules d’insectes », Worpackages de 3 projets : PRF, Easi et REPAIR Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologiqu e (LR16IPT01 MESRS et RIIP 2021 Référence 584/PAQ- PromESsE MOBIDOC Post-Doc BoutheinaBen AbdelmoumenMar dassi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologiqu e (LR16IPT01 Agence Nationale de la Promotion de la Recherche Scientifique (ANPR) et le Laboratoire Pharmaceutique Vétérinaire Médivet et le Laboratoire des Mycoplasmes à l’Institut Pasteur de Tunis 2020-2021 EvoMHest B5057 Whole Genome Sequencing of Mycoplasma hominis isolates from patients with genital infections or infertility (EvoMH) BoutheinaBen AbdelmoumenMar dassi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologiqu e (LR16IPT01 Ce Projet s’insère dans le cadre du Projet International PHINDaccess Les chiffres clés en 2021 8 Publications 7 Projets en cours 4 projets obtenus 11 encadrements pédagogique en cours 09 thèse et 02 mastère 05 encadrements complétés
- 20. 19 Laboratoire de Transmission,Contrôle et Immunobiologie des Infections Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Barbouche Mohamed Ridha Professeur Hospitalo-Universitaire / Chef de Laboratoire et Chef d’Equipe Louzir Hechmi Professeur Hospitalo-Universitaire Laouini Dhafer Biologiste Principal Zhioua Elyes Biologiste Principal Ben Ahmed Malika Professeur Hospitalo-Universitaire Bettaieb Jihène Maitre de conférence agrégé Hospitalo-Universitaire Ben Mustapha Imen Professeur Hospitalo-Universitaire Essafi Makram Biologiste Principal Ben Ali Meriem Biologiste Mekki Nejla Maitre de conférence agrégé Hospitalo-Universitaire Zamali Imen Assistant Hospitalo-Universitaires. Kharroubi Ghassen Assistant Hospitalo-universitaire Ben Hmid Ahlem Assistant Hospitalo-Universitaire Afef Rais Assistant Hospitalo-Universitaire Chelbi Ifhem Biologiste Adjoint Ghawar Wissem Biologiste Adjoint Ben Abdessalem Chaouki Maitre-Assistant Guerfali Fatma Zahra Maitre-Assistant Belghith Meriem Maitre-Assistant Boussoffara Thouraya Biologiste Bali Aymen Ingénieur Principal contractuel Rihab Yazidi Ingénieur contractuel Sana Chaabane Ingénieur contractuel Aicha Boukthir Technicien Sup Major Nebil Bel Haj Hmida Technicien Sup Major Adel Gharbi Technicien Mohamed Ali Snoussi Technicien Vétérinaire Principal Hayet Mhenni Gestionnaire contractuelle Mongi Dellagi Technicien contractuel Sadok Salem Technicien contractuel Saadi Yosra Technicienne Supérieure Contractuelle Amor El Arbi Baccouche Infirmier Atri Chiraz Post-Doc Rania Bouzeyen Post-Doc
- 21. 20 Attia Hanene Post-Doc BenFarhat Khaoula Post-Doc Marzouki Soumaya Post-doc Magherbi Olfa Etudiant en thèse Ben Fadhel Oussema Etudiant en thèse Ben Cheikh Ali Etudiant en thèse Habouria Sara Etudiant en thèse Trimèche Malek Etudiant en thèse Roukaya Yaakoubi Etudiant en thèse Bchiri Soumaya Etudiant en thèse Amal zmmeli Etudiant en thèse Tira Meriam Etudiant en thèse Oumayma Ayed Etudiant en thèse Wejdène Ben Atigue Etudiant en thèse Ines Cherif Etudiant en thèse Cyrine Souissi Etudiant en thèse Cherif Ines Résident en Médecine Ben Hamouda Wafa Etudiant en Mastère Khouloud Tlili Etudiant en Mastère Mariem Aissa Etudiant en Mastère Bouzguenda Yoldoz Etudiant en Mastère Rafika Ben LAAMARi Etudiant en Mastère Mejri Manel Etudiant en Mastère Ben Hamouda Sonia Etudiant en Mastère Imen Zamali Etudiant en Mastère Kratou myriam Etudiant en Mastère Hela Oueslati Etudiant en Mastère Firas Bouzakoura Mémoire de fin d’étude CEC Wissal Hlali PFE de License Rania Farhani PFE de License Ezzeddine Kooli PFE de License Présentation du laboratoire et réalisations en 2021 Introduction Le laboratoire de Recherche LR16IPT02 a fait suite en 2011 à l’ancien Laboratoire de Recherche LR00SP06. Les thématiques de Recherche du Laboratoire sont centrées sur l’étude de la relation hôte-pathogène dans plusieurs modèles de pathologies infectieuses. Les 3 équipes impliquées dans le Laboratoire ont ainsi continué leurs travaux de recherche sur leurs thématiques respectives et ont une production scientifique en progression continue et significative. La première équipe travaille sur l’épidémiologie, la surveillance et le contrôle des maladies infectieuses, la deuxième sur l’immunobiologie des leishmanioses et la troisième sur les situations dysimmunitaires et l’infection avec un intérêt particulier pour les mécanismes d’évasion, les déficits immunitaires innés et l’auto-immunité.
- 22. 21 A côté deces 3 axes classiques faisant partie du contrat programme, le laboratoire s’est impliqué depuis 2020 dans la réponse nationale à la pandémie COVID-19 par ses 3 équipes notamment dans l’épidémiologie, le séquençage de souches et le diagnostic immunologique de l’infection SARS CoV-2. THEMATIQUES ESSENTIELLES DE RECHERCHE 1ère équipe : Nom du responsable, grade : Jihène Bettaieb, MD, Professeur Agrégé. Les axes de recherche du groupe 1 s’articulent autour de l’Epidémiologie, la Surveillance et le Contrôle des maladies infectieuses qui posent un problème de santé publique en Tunisie. Plus spécifiquement, l’équipe est engagée actuellement dans les projets de recherche suivants : Projet 1 : La Leishmaniose Cutanée Titre du projet : Histoire naturelle de l’infection par les parasites Leishmania dans des foyers mixtes et émergents de Leishmaniose Cutanée du sud de la Tunisie. Ce projet de recherche vise à explorer le rôle de Ctenodactylus gundi et Phlebotomus sergenti, respectivement, comme hôte réservoir et vecteur de L. killicki potentiels et d'étudier l'épidémiologie et l’expression clinique des deux formes de la LC qui co-circulent dans le foyer de Tataouine. Le travail de collecte des données sur terrain s’est achevé courant 2020 pour les trois volets de l’étude (humain, réservoir, vecteurs). Au total : Volet humain : 268 patients atteints de LC consultant au centre de santé de base de Ghomrassen-Tataouine ont été inclus, géo-localisés et suivis jusqu’à guérison des lésions. Volet réservoir : 240 rongeurs de l’espèce Gundi et 46 rongeurs appartenant au genre Jaculus ont été capturés Volet vecteur : environ 10.000 phlébotomes ont été collectés Les analyses épidémiologiques et biologiques (parasitologique, moléculaire, sérologique) des données et des spécimens collectés sont en cours. Projet 2 : La grippe saisonnière Projet 2.1 : Titre : Connaissances, attitudes et pratiques des groupes à risque sur le vaccin de la grippe saisonnière. Les objectifs de ce projet étaient de décrire les connaissances, les attitudes et les pratiques des groupes cibles envers le vaccin contre la grippe et d’estimer la couverture vaccinale contre la grippe saisonnière auprès de trois groupes cibles. Pour répondre à ces objectifs, une enquête nationale type CAP (Connaissances, Attitudes et Pratiques) a été menée en 2019 auprès de trois groupes cibles de la vaccination antigrippale (femmes enceintes, professionnels de la santé et sujets âgés de plus de 65 ans et atteints de maladies chroniques) Au total, 1231 personnels de santé, 1191 sujets âgés et 1157 femmes enceintes ont été inclus dans l’étude. Ils étaient sélectionnés selon un échantillonnage stratifié à plusieurs degrés auto-pondéré parmi les consultants et les travailleurs de la santé des structures publiques de santé suivantes : centres de santé de base, hôpitaux régionaux et hôpitaux de circonscriptions. Les résultats des analyses préliminaires ont révélé une faible couverture vaccinale contre la grippe, pour la saison grippale 2018-2019, chez les trois groupes cibles : Femmes enceintes: 4,4% (IC : à 95% [3,3-5,7]) Professionnels de la santé : 15,3% (IC : à 95% [13,3-17,2]) Patients âgés et atteints de maladies chroniques : 19,4% (IC : à 95% [14,1-21,9]) Les résultats de deux études auprès du personnel de santé, les sujets âgés ont été publiés respectivement dans les revues BMC Public Health, BMC Geriatrics. La soumission de l’article concernant les femmes enceintes est en cours. Projet 2.2 : Titre : Renforcement du système de surveillance de la grippe saisonnière en Tunisie 2021-2025 : Ce projet a pour objectif principal d'optimiser le fonctionnement du système de surveillance de la grippe en Tunisie et d'accompagner l'implémentation et l'utilisation de l'application IMS (Information management System) par les différents acteurs impliqués dans la surveillance de la grippe afin de préparer la pérennité du système de surveillance. Cette activité se déroule en étroite collaboration avec la DSSB et entre dans le cadre d’un projet financé par le CDC d’Atlanta ayant démarré en 2014. Dans ce contexte, l’application informatique du nouveau système électronique de gestion des données de surveillance de la grippe (IMS) a été, effectivement, mise en place en 2019. Les différents acteurs impliqués dans la surveillance ont été formés à son utilisation et son exploitation a commencé fin 2019. L’année 2020 a essentiellement consisté au recueil du feedback des différents utilisateurs afin d’améliorer la performance de la plateforme et corriger les défaillances constatées. Par ailleurs, l’application a été validée par le centre informatique du ministère de la santé (CIMS) qui désormais, en collaboration avec tous les partenaires, prend en charge la résolution des problèmes rencontrés afin d’améliorer les performances de la plateforme. Parmi les défaillances notifiées, la génération des rapports d’analyse des données de surveillance et la qualité de la connexion internet étaient au centre des préoccupations. Au début de la saison grippale 2021-2022, une nouvelle version de l’application informatique a été mise en place tout en améliorant deux composantes principales : le contrôle qualité et le reporting. Cette même saison a été caractérisée par l’implémentation de la surveillance intégrée COVID-19/grippe.
- 23. 22 Projet 3 :La COVID 19 Projet 3.1 : Titre : Impact sur la santé mentale des mesures de quarantaine imposées aux cas suspects de COVID- 19 en Tunisie Dans le cadre du Programme R&I COVID-19 (Période 2020-2021) subventionné par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique, notre équipe a mené une enquête qui visait à évaluer l’impact à court terme sur la santé mentale des mesures de quarantaine institutionnelle imposées dans le cadre de la riposte à l’épidémie de la Covid- 19 en Tunisie. Il s’agissait d’une étude transversale par entretien téléphonique auprès d’un échantillon de convenance. Au total, 506 individus ont été inclus dans cette étude. La majorité des participants (96,2%) étaient des voyageurs et 83,4% avaient passé toute la période de quarantaine (14 jours) dans des centres de quarantaine. L’analyse statistique des données a révélé que parmi les participants, 38,3 % avaient présenté des symptômes d'anxiété et/ou de dépression (anxiété : 15,4 % ; dépression : 37,4 %) et 19,2 % avaient une insomnie clinique. L’analyse multivariée a révélé que la prévalence des symptômes anxieux et/ou dépressifs et de l'insomnie était plus élevée chez les femmes, les participants ayant consacré trois heures ou plus par jours pour se renseigner sur l'actualité liée au COVID-19, ceux qui ont eu des difficultés économiques dues à la pandémie de COVID-19, ceux qui n'étaient pas satisfaites des conditions d'hébergement dans les centres de quarantaine et ceux qui étaient victimes de stigmatisation. De plus, la survenue de symptômes dépressifs ou anxieux était plus élevée chez les jeunes adultes, les étudiants et parmi les participants qui avaient peur de contracter l'infection au COVID-19 dans les centres de quarantaine. L'insomnie clinique était également plus fréquente chez les participants qui avaient passé une plus longue période dans les centres de quarantaine. Les résultats de l’étude ont été publié dans la revue « The Pan African Medical Journal ». Projet 3.2 : Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 dans la population dans deux zones caractérisées par un niveau d’incidence différent L’objectif général de cette étude était d’estimer le niveau de diffusion du SARS-CoV-2 à l’issue de la 2ième vague épidémique qui a touché le pays dans les zones de fortes incidences et dans les zones de faibles incidences. Pour cette fin, une étude séro-épidémiologique transversale de porte à porte dans deux zones d’incidences différentes (Hotspot et faible incidence) de la ville de Tunis a été menée en Mars 2021. L’étude s’est basée sur un échantillon de la population générale tiré au sort par sondage en grappe à l’échelle des quartiers et elle était constituée par l’ensemble des membres des foyers sélectionnés qui n’étaient pas encore vaccinés contre la COVID-19. Pour chaque participant un questionnaire a été administré et un prélèvement de sang a été effectué pour analyse sérologique avec la technique ELISA. Au total, 1676 individus ont été inclus appartenant à 431 foyers. La séroprévalence pondérée des anticorps IgG anti-N et/ou anti-S-RBD était estimée à 38,8% [34,6-41,5] à l’issue de la 2ième vague et avant la vaccination en masse en Tunisie. Le draft de l’article est en cours de préparation. Projet 3.3. Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 parmi le personnel de l’Institut Pasteur de Tunis Une étude séro-épidémiologique transversale exhaustive parmi le personnel de l’IPT a été menée au à l’issue de la 2ième vague épidémique et avant la vaccination en masse contre la COVID-19 en Tunisie (Mars 2021). L’ensemble des agents de l’IPT travaillant de façon permanente ou temporaire non encore vaccinés contre la COVID-19 étaient invités à participer à l’étude. Au total, 428 participants étaient inclus dans l’étude. La séroprévalence des anticorps IgG anti-N et/ou anti-S- RBD était estimée à 32,9% [28,7-37,4]. L’incidence cumulée de l’infection au SARS-CoV-2 (sérologie et/ou test RT-PCR antérieur positifs) était de 40,0% [35,5-44,9]. Le draft de l’article est en cours de préparation Projet 3.4 : Titre : Cinétique d’évolution tardive des anticorps du SARS-COV-2 Cette étude vise à définir la cinétique d’évolution des anticorps (Ac Totaux, IgG, IgA) contre le SARS-CoV-2 chez les personnes ayant eu une confirmation diagnostic d’infection par un test PCR positif. Il s‘agit d’une étude séro- épidémiologique type cohorte prospective (terme de suivi jusqu’à 12 mois après l’inclusion) auprès d’un échantillon de convenance de personnes diagnostiquées + par des tests RT-PCR suite à l’apparition de symptômes cliniques caractéristiques de COVID-19. Les participants à l’étude ont subi des prélèvements de sang selon une cinétique bien établie dans le temps après apparition des symptômes: (J30, J60, J90, 6 mois et 12 mois, NB : les participants ayant été vaccinés ne seront plus suivi dans le cadre de cette étude) pour la mise en évidence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 de classes IgG et IgA. Le suivi des participants a été achevé et l’analyse de la sérothèque est en cour. 2ème équipe : Nom du responsable, grade : Dhafer Laouini, PhD, Biologiste Principal Les axes de recherche du groupe 2 sont essentiellement l’immunobiologie des leishmanioses et plus récemment l’infection par SARS CoV-2. Projet 1 : Analyse de l’immunogénicité des peptides issus de trois antigènes leishmaniens (projet PL-VAC) (Thouraya Boussofara, Hechmi Louzir et collaborateurs): Il s’agit d’un projet en collaboration avec l’IRD (Montpellier, France), financé par la SATT-AxLR. Ce projet avait pour objectif l’évaluation de l’immunogénicité de 11 peptides issus de trois protéines de Leishmania. Les dits peptides ont été conçus sous trois formes différentes avec des modifications post-traductionnels (palmitoylation ou acétylation) ou encore la soustraction du groupe amine, afin d’améliorer leur stabilité et d’augmenter leur immunogénicité. Les résultats des tests : ELSIPOT spécifique d’IFN-, CBA utilisant le kit LEGENDplex (13 cytokines) et ceux de cytométrie en flux, ont permis la sélection de quelques peptides qui s’avères prometteurs pour la conception d’un vaccin multi-épitopique contre les leishmanioses.
- 24. 23 Projet 2 :Caractérisation de la réponse immune chez les individus asymptomatique et ceux ayant développés une LCZ suite à l’infection par L. major. major (Thouraya Boussofara, Hechmi Louzir et Collaborateurs): Cette étude a été entamée dans le cadre du travail de mastère de Mlle. Hela Ouslati. Pour ceci, nous avons utilisé des cellules mononuclées du sang périphérique (CMSP) prélevées chez des individus guéris d’une leishmaniose cutanée zoonotique (LCZ), des individus infectés d’une manière asymptomatiques ainsi que des individus sains (contrôle négatif). Les CMSPs sont incubées en présence de promastigotes métacycliques de L. major à un rapport de 3 parasites/cellule. L’ARNm extraite des CMSP stimulées ou pas par le parasite, est utilisée par la suite pour la quantification des différents marqueurs des cellules effectrices (T-bet, Gata3, FoxP3, IL-4, IL-10, IFN-, IL-17, IL-27, GrzB et granulysin par RT-qPCR. Les résultats de l’analyse statistique obtenus laissent suggérer un potentiel rôle des cellules Treg dans la pathogénie de la LCZ. Projet 3 : Étude fonctionnelle d’une protéine salivaire PpSP32 de Phlebotomus (Ph.) papatasi, vecteur de Leishmania (L.) major (Melika Ben Ahmed Soumaya Marzouki, Hechmi Louzir et collaborateurs): Etude Fonctionelle De La Proteine Salivaire Ppsp32 De Phlebotomus Papatasi, Vecteur De Leishmania Major PpSP32 est une protéine salivaire de Phlebotomus papatasi, vecteur de la leishmaniose cutanée due à Leismania major. Il s’agit de la protéine immunodominante puisqu’elle est la cible de la réponse anticorps chez la majorité des individus vivant en zone d’endémie de leishmaniose cutanée et naturellement exposés à la piqûre de ce vecteur (Marzouki S, 2012, Mondragon-Shem K, 2015). La présence d’anticorps humains dirigés contre cette protéine représente un facteur de risque de la maladie (Marzouki S, 2011, 2012) d’où l’intérêt de l’utiliser comme biomarqueur prédictif de la maladie chez des individus vivant en zone d’endémie de laishmaniose (Marzouki S, 2015). Récemment, nous avons démontré l’implication de la salive de P. papatasi, et plus particulièrement de la PpSP32 dans l’étiopathogénie du pemphigus (Zarra I, 2012 ; Marzouki S, 2020), En effet, nous avons démontré pour la première fois, une interaction entre la protéine PpSP32 et les protéines épidermiques Dsg1 et 3, cibles de la réponse immune au cours du pemphigus. Nos résultats soutiennent ainsi le rôle clé de la PpSP32 dans l’initiation de la réponse auto-immune dans le pemphigus d’autant plus que nous avons démontré que les souris immunisées contre la protéine PpSP32 développent au bout de deux mois des anticorps anti- Dsg1. L’ensemble de ces données soulignent l’importance d’élucider les fonctions et la structure de la PpSP32 qui restent à ce jour méconnues. Ainsi, nous avons initié l’étude fonctionnelle de la PpSP32 en analysant en premier ses effets immunomodulateurs. Nos résultats montrent que la PpSP32 n’a aucun effet sur la prolifération cellulaire des lymphocytes T. La PpSP32 semble, cependant, avoir une action inhibitrice sur l’activation des monocytes. En effet, la PpSP32 inhibe l’expression de CD86 et HLA-DR à la surface des monocytes activés par le LPS. Cette protéine semble aussi moduler négativement la production des cytokines pro-inflammatoires TNF-α, IL-6 et IL1-β aussi bien par les monocytes CD14+ que les monocytes-macrophages dérivés de la lignée THP-1. L’ensemble de nos résultats suggèrent un effet anti- inflammatoire de la protéine PpSP32. La confirmation de cet effet dans un modèle expérimental ainsi que l’identification des voies de signalisation sous-jacentes sont en cours. Le criblage des actions de la PpSP32 dans divers processus cellulaires tels que l’agrégation plaquettaire, la coagulation, l'inflammation, la migration et la prolifération cellulaire sont également en cours. Projet 4 : Persistance de parasites résiduels dans les lésions cicatrisées de leishmaniose cutanée humaine causées par Leishmania major (Dhafer Laouini, Aymen Bali, Fatma Z Guerfali, Hanène Attia, Koussay Dellagi et collaborateurs). Dans la leishmaniose cutanée humaine (LCH) causée par Leishmania (L.) major, les lésions cutanées guérissent spontanément et induisent une immunité de type Th1 qui confère une protection solide contre la réinfection. Il en va de même pour la leishmaniose expérimentale induite par L. major chez la souris C57BL/6 où les parasites résiduels persistent après guérison clinique spontanée et induisent des réponses immunitaires mémoires durables et une résistance à la réinfection. Afin de vérifier la potentielle persistance de parasites résiduels dans les cicatrices guéries de LCH causée par L. major, 53 biopsies de cicatrices cutanées obtenues de chez des volontaires anciennement atteints de LCH causées par L. major et guéris ont été analysés pour la présence de parasites résiduels par quatre méthodes : i) observation par microscopie des amastigotes, ii) culture des parasites par inoculation sur milieu biphasique, iii) inoculation d'extraits tissulaires au niveau du coussinet plantaire de souris BALB/c hautement sensibles à L. major, et iv) amplification de l'ADNk du parasite par un RT- PCR. Nos résultats montrent que les cicatrices des lésions cicatrisées de LCH causées par L. major ne contiennent pas de parasites résiduels détectables, suggérant que cette forme induit probablement une guérison stérile au moins au niveau des cicatrices. Cette caractéristique contraste avec d'autres espèces de Leishmania provoquant des formes chroniques, diffuses ou récidivantes de leishmaniose où les parasites persistent dans les lésions cicatrisées. Ces résultats indiquent que la possibilité que des mécanismes alternatifs à la persistance du parasite soient nécessaires pour renforcer et maintenir l'immunité à long terme contre L. major doit être prise en compte dans le développement d'un vaccin contre l'infection à L. major. Projet 5 :Analyse intégrative de la réponse microARN-ARNm des macrophages humains suite à une infection par Leishmania major (Chiraz Atri, Fatma Z Guerfali, Aymen Bali, Ali Ben Cheikh, Dhafer Laouini et collaborateurs).
- 25. 24 Les micro-ARN sontune classe de petits ARN non codants de 20 à 24 nucléotides de longueur connus pour être impliqués dans la majorité des processus biologiques. Ils sont devenus l'objet d'études portant sur la complexité des stratégies de survie des pathogènes à l'intérieur des cellules de l’hôte. Le cas des parasites Leishmania (L.) est à cet égard édifiant. Dans cette étude, nous avons effectué une analyse intégrée des profils d'expression des miARN et des ARNm de macrophages humains infectés par des parasites Leishmania major afin d'identifier les voies d'échappement parasitaires à la réponse immunitaire. Nos résultats ont révélé que les gènes cibles prédits et validés expérimentalement seraient sous le contrôle de miARN régulés à la hausse ou à la baisse en réponse à une infection par L. major, qui influencent au cours du processus infectieux des voies clés telles que les voies de signalisation MAPK, PI3K-Akt, ainsi que l'endocytose, entre autres. Cette approche globale permettrait l'identification de voies fonctionnelles qui pourraient être ciblées pour lutter contre cette infection parasitaire. Projet 6 : Contribution à la lutte contre la COVID-19 (Fatma Guerfali, Chirza Atri, Aymen Bali, Ali Ben Cheikh, Yosra Saadi, Dhafer Laouini et collaborateurs) : Notre groupe a essayé de contribuer, dans nos domaines d’expertise, à la lutte contre la pandémie COVID-19, et ce en développant des axes divers. Mise en place d’une plateforme de séquençage profond du SARS-CoV-2. Suite à une collaboration avec la Direction du Fogarty International Center (NIH, USA) et le concours de Johns Hopkins University, USA, nous avons mis en place une plateforme de le séquençage par la méthode Oxford Nanopore Technologie (MinION) pour le séquençage profond du SARS-CoV-2. Ont bénéficié de cette plateforme plusieurs structures nationales et/ou institutionnelles (Laboratoire de Virologie Clinique de l’Institut Pasteur de Tunis) pour la surveillance moléculaire. Projet 7 : Contribution dans le projet institutionnel PHINDaccess (Fatma Guerfali, Thouraya Boussofara, Chiraz Atri, Dhafer Laouini). Plusieurs membres de notre équipe sont activement impliqués dans la réalisation des objectifs du projet institutionnel "Strengthening omics data analysis capacities in pathogen-host interaction" (811034- H2020-EU.4.b). Ils sont particulièrement impliqués dans les workpackages Enseignement et formation ; Infrastructure ; Excellence scientifique ; et Recherche Translationnelle. Projet 8 (Projet indépendant du Groupe 2): Immunogénicité et efficacité du vaccin Lmcen-/- dans le modèle canin (Elyes Zhioua, Thouraya Boussoffara, Ifhem Chelbi): Plusieurs groupes suggéraient qu’une infection contrôlée à la leishmanie atténuée, fournissant une gamme complète d'antigènes du parasite, pourrait constituer une alternative pour le développement d'une immunité protectrice. Par conséquent, les parasites vivants atténués, non pathogènes, devraient induire la même immunité protectrice que la leishmanisation et constituer ainsi des vaccins efficaces. Dans ce contexte, des leishmanies génétiquement atténués, tels que Ldcen-/-(L. donovani déficient en gène de la centrine), se sont révélés efficaces dans plusieurs modèles animaux et pourraient constitués ainsi un potentiel candidat-vaccin. Leishmania Centrine est une protéine cytosquelitique se liant au calcium, située dans le centrosome / corps basal et est impliquée dans la duplication ou la ségrégation des leishmanies. Cependant, l'utilisation de L. donovani atténué vivant comme vaccin chez l'homme pourrait soulever des problèmes de sécurité en raison du potentiel de viscéralisation de cette espèce de Leishmania. Par conséquent, une leishmanie dermotrope atténuée, telle que L. major, conférant une protection croisée contre la LV, pourrait être un vaccin plus sûr contre la leishmaniose viscérale, car les événements indésirables (développement d'une lésion au site de vaccination, par exemple) seront faciles à surveiller et à traiter au moyen d'interventions topiques). Notre travail porte sur l’analyse de l’immunogénicité et de l’efficacité du vaccin constitué par le parasite Leishmania atténué (Lmcen-/-) en utilisant un modèle canin d'infection naturelle par le L. infantum. L'objectif est de tester l'innocuité et l'efficacité du vaccin LmCen-/-, formulé sous deux formes différentes (avec ou sans sérum) et produit dans des conditions GLP par notre partenaire Gennova (Inde). Pour ceci nous avons procédé en deux étapes : (1) Analyse de l’immunogénicité du candidat vaccin et (2) Etude de son efficacité pour la protection contre l’infection naturelle par L.infantum. Nous avons commencé tout d’abord par optimiser les conditions d’immunisation des chiens (dose, voie d’injection et nécessité de faire ou pas un rappel). Le système ‘readout’ étant l’analyse de la réponse humorale et cellulaire chez ces chiens immunisés, en plus des différents paramètres clinique, hématologique et biochimique. Cette étape nous a permis de déterminer les conditions optimales d’immunisation et de démontré l’immunogénicité du candidat vaccin. Pour l’étude de l’efficacité du candidat vaccin, des chiens immunisés avec GLP-Lmcen-/-, dans les conditions optimales, ont été transférés dans un foyer endémique pour l’infection par L. infantum, agent causal de Lcan, pendant la saison de transmission (Juillet- Octobre). L’exposition à l’infection naturelle a été faite pendant trois saisons de transmission successives (2019, 2020, et 2021) afin de tester la nécessité de faire un rappel annuel de vaccination. Un examen clinique ainsi qu’une analyse des différents paramètres (hématologique, biochimique, parasitologique et immunologique) . 3- 3ème équipe : Nom du responsable, grade : Mohamed Ridha BARBOUCHE, MD/PhD, Professeur en Immunologie Les axes de recherche de l’équipe s’articulent autour de l’étude de situations dysimmunitaires et l’infection avec un intérêt particulier pour : Projet 1 : Etude de situations dysimmunitaires par échappement et modulation des réponses immunes induites par les mycobactéries, biomarqueurs de l’infection et candidats vaccins et SARS CoV-2(Makram Essafi et collaborateurs; Chaouki Benabdessalem et collaborateurs).
- 26. 25 Nos travaux antérieurs(M Essafi et cloll.) sur le rôle de FOXO3 sur l'apoptose des macrophages humains infectés par le BCG et l’inhibition par FOXO3 de l'expression de l'IL-10 dans ces macrophages, favorisant une réponse immune robuste du type M1/Th1 nous ont conduit à développer une nouvelle stratégie vaccinale au cours de laquelle nous avons activité FOXO3 lors de la vaccination par le BCG, dans un modèle de souris et un autre de cochon d'Inde (Projet de recherche Tuniso-Indien financé par le MES). Nos résultats ont montré une induction d'une réponse M1/Th1/Th17 lorsqu'on active FOXO3 au cours de la vaccination par le BCG, conduisant à une meilleure protection contre l'infection par la souche sauvage Mycobacterium tuberculosis (Bouzeyen et al, Front Immunol 2021 doi: 10.3389/fimmu.2021.645962). Nous continuons à explorer le rôle de FOXO3 dans l'autophagie, un mécanisme de défense cellulaire contre les infections mycobactériennes, dans le cadre de notre projet collaboratif avec des collègues de l'Afrique du Sud (Projet financé par le MESRS session 2019). Nous avons prouvé une régulation directe de l'expression de Sesn1 (facteur autophagique) par FOXO3. Par ailleurs, (M Essafi, C Benabdessalem et leurs coll.) continuent aussi l'exploration de l'impact de la tuberculose bovine sur la santé humaine dans le cadre de notre projet PRF financé par le MESRS. C. Abdessalem a déposé un brevet d’invention qui consiste à l’identification du fragment extracellulaire de la protéine kinase B de Mycobacterium tuberculosis(Mtb), nommé PPM, en tant qu’un nouveau immunogène de Mtb et de son utilisation pour des finalités diagnostique et vaccinale. PPM est un nouveau candidat pour le développement d’un vaccin de post-exposition afin de prévenir la progression vers la tuberculose active ainsi que pour le développement d’un vaccin thérapeutique. Les résultats obtenus montrent pour la première fois que PPM est un antigène qui induit des réponses spécifiques corrélant avec la protection de type CD8 cytotoxique chez l’humain ainsi que des réponses anticorps qui peuvent inhiber la croissance de Mtb dans un modèle in vitro. De ce fait nous proposons le développent d’un vaccin de type ARN de post-exposition pour la tuberculose. En qualité de Sub-award PI et en collaboration avec le Pr. Robert Modlin de UCLA (PI) ainsi que Dr. Brayan Brayson de MIT-Harvard, nous nous sommes proposé d'étudier l'architecture cellulaire et moléculaire du granulome au cours de la tuberculose en utilisant, notamment, des technologies de Cutting-edge (scRNA Seq et Spatial Seq). Ce projet R01AI166313 intitulé « Dynamics of the cellular and molecular architecture of human pulmonary TB granulomas » a été financé par le NIH. Dans le cadre de la réponse à la pandémie COVID-19 C. Abdessalem et coll. ont développé des tests sérologiques fiables et robustes, pour détecter les anticorps anti-SARS-CoV-2, est nécessaire pour des études de séroprévalence qui ont joué un rôle très important pour comprendre la situation épidémiologique de COVID-19. Dans le cadre de l’initiative Taskforce COVID19, lancée par le RIIP, nous avons eu un projet qui consiste en le développement des tests ELISA pour détecter les anticorps IgG dirigés contre la nucléoprotéine N et le domaine S-RBD du virus SARS-CoV-2. Dans ce travail, nous avons réussi la production et la purification d’une forme recombinante de la protéine N dans Escherichia coli ainsi que la production du domaine S-RBD dans le système baculovirus/cellules d’insectes Sf9 qui ont servi pour le développement et l’optimisation des tests ELISA (Benabdessalem et al, BioRxiv 2022). Dans le cadre du WP-3 du projet REPAIR lancé par le RIIP nos tests sérologiques ont servi pour la réalisation d’une enquête de séroprévalence dans deux sites de grand Tunis (Cherif et al, 2022). Nos tests ont également étaient utilisés dans une étude multicentrique de séroprévalence dans neuf pays Africains dans le cadre du projet REPAIR. Projet 2 : Etude des dysfonctionnements du système immunitaire liés à une susceptibilité génétique de l’hôte aux infections, dans des modèles à déterminisme monogénique (Mohamed-Ridha Barbouche, Imen Ben Mustapha, Meriem Ben Ali, Najla Mekki, Afef Rais et collaborateurs): L’ALPS (Autoimmune lymphoproliferative syndrome) et l’IPEX (Immunodysregulation polyendocrinopathy enteropathy X- linked) sont deux erreurs innées de l'immunité associées à une dysrégulation immunitaire et considérées comme deux prototypes de maladies auto-immunes monogéniques et peuvent présenter un certain chevauchement sur le plan clinique. I Ben-Mustapha et coll. Ont rapporté (A Rais et al., Frontiers in Immunology, 2021) un patient qui a présenté les caractéristiques cliniques et les biomarqueurs évocateurs d’ALPS. Un défaut apoptotique sévère a également été confirmé au niveau des lignées cellulaires du patient et les lymphocytes du sang périphérique activés par la PHA. Le séquençage Sanger du gène FAS n'a révélé aucune mutation causale. Un screening NGS a révélé un nouveau variant délétère situé au niveau du domaine répresseur N-terminal de FOXP3. Les cellules TEMRA (cellules mémoire effectrices à différenciation terminale ré-exprimant le CD45RA) et l'expression de PD1 ont été augmentées, plaidant en faveur de l'épuisement des lymphocytes T, qui pourrait être induit par une activation incontrôlée des cellules effectrices T en raison d'un déficit en Treg. De plus, le FOXP3 défectueux observé chez le patient pourrait intrinsèquement induire une prolifération et une résistance accrue à l'apoptose des cellules effectrices T. Cette observation élargit le spectre du déficit en FOXP3 et souligne le rôle du NGS dans la détection des mutations qui induisent des phénotypes chevauchants parmi les erreurs innées de l'immunité avec dérégulation immunitaire. De plus, ces résultats suggèrent un lien potentiel entre les voies FOXP3 et FAS. Les HIES sont responsables d’un déficit immunitaire primitif (DIP) sue lequel nous avons travaillons depuis plusieurs années (M. Ben-Ali et coll.). Nous avons récemment utilisé une stratégie NGS utilisant un panel de plus de 300 gènes de DIPs (Projet Monaco) pour le criblage de 96 patients dont une vingtaine atteinte du HIES. D’autre part et grâce à une collaboration avec l’équipe du Pr Yu-Lung Lau de Hong-Kong, nous avons pu corriger par whole exome sequencing le diagnostic chez trois patients ayant le phénotype clinique du HIES (publication en cours de préparation). Le HIES par anomalie de la glycosylation dûe à des mutations homozygotes au niveau du gène PGM3, associe un eczéma atopique sévère, une augmentation très importante des IgE, une hyper-éosinophilie, des infections récurrentes à Staphylococcus aureus et des
- 27. 26 anomalies du développementneurologique. Après avoir identifié le gène PGM3 responsable de ce syndrome, montré que le chevauchement des signes cliniques entre les patients STAT3 déficients et PGM3 déficients est en réalité dû à un défaut d’expression de la protéine gp-130 (IL6-Signal Transducer, impliquée dans l’activarion de la voie STAT3) suite à son défaut de glycosylation; nous nous sommes proposé par la suite d’investiguer les mécanismes sous-jacents à la production excessive des IgE chez les patients PGM3 déficients. Nous avons alors émis l’hypothèse que l’élévation des IgE chez ces derniers pourrait être due au défaut de signalisation de l’IL-6 qui entrainerait un défaut de production de l’IL-21 par les lymphocytes T CD4+. Afin d’évaluer les conséquences de ce défaut de production en IL-21 sur le switch IgE, les PBMCs d’un patient PGM3 déficient ont été stimulées avec de l'IL-4 uniquement ou avec de l'IL-21 et de l’IL-6 et l’étude de l’expression du gène C a été évaluée par PCR en temps réel. Comme attendu, l'IL-4, cytokine connue pour induire le switch isotypique vers la classe des IgE, induit l’expression de Cε chez les témoins sains ainsi que le patient PGM3 déficient. L'effet de l’IL-21 et de l’IL-6 a inhibé la transcription du gène Cε dans des cultures de cellules provenant de témoins sains avec une inhibition de plus de 90. Le défaut de signalisation de l'IL-6 chez un patient PGM3 déficient conduit à une production défectueuse de l’'IL-21 ce qui engendre une absence de régulation de la commutation de classe vers les IgE (publication en cours de préparation). En collaboration avec l’OMS et la DSSB (N Mekki et coll.), nous avons entamé un programme pilote de surveillance de l’excrétion des poliovirus chez les enfants atteints de cinq types de DIPs avec un déficit en IgG. L’objectif principal de ce programme financé par l’OMS, était d’inclure les DIPs dans le programme de surveillance des PFA puisqu’ils peuvent constituer un véritable problème pour la certification de l'éradication globale de la polio. En effet, ceux qui sont exposés au VPO peuvent excréter de façon prolongée dans les selles les souches poliovirus vaccinales et représenteront ainsi un réservoir pour ces souches qui peuvent muter et potentiellement réacquérir leur pouvoir pathogène neuro-virulent avec apparition de paralysie flasque. Ainsi, nous avons inclus 70 patients. Tous étaient négatifs aux poliovirus et 5 étaient positifs aux NPEV. Par ailleurs, et dans le cadre d’un projet financé par PATH, une organisation à but non lucratif financée par ‘’Bill and Melinda Gates Foundation’’ ayant comme objectif de développer un test rapide de screening de patients ayant un déficit profond en IgG, nous avons dans une première étape, testé 3 prototypes (tests Rapid IgG Screen (RIgGS)) en double aveugle, sur une banque de 118 plasma/sérum (32 témoins sains et 86 patients DIPs (27 AG, 40 CVID, 14 HIGM) (Journal of Clinical Immunology, 2021). Un nouveau prototype a été obtenu après avoir amélioré le seuil de détection et évité les interférences avec l’IgM afin d’améliorer sensibilité dans tous les groupes. Nous avons donc (durant l’année 2021) testés ce prototype, en double aveugle sur 120 échantillons de patients DIPs (27 témoins sains et 93 patients DIPs (14 AG, 49 CVID, 17 HIGM, 11 CID et 2 hyper-gammaglobulinémies). Actuellement, nous sommes entrain de préparer un protocole pour une validation finale de ce test sur sang total auprès des patients DIPs en collaboration avec l’équipe du Centre National de Greffe de Moelle Osseuse (CNGMO). Le développement d’un test rapide de screening afin de dépister les patients ayant un déficit profond en immunoglobulines sera d’un grand apport, particulièrement au niveau des centres de soins de bases des structures périphériques du pays. Projet 3 : Etude des altérations immunologiques notamment cytokiniques, pouvant être liées au stress infectieux, et leur contribution à la rupture de la tolérance au soi dans des pathologies auto-immunes (Melika Ben Ahmed et collaborateurs, Mariem Belghith et collaborateurs): Etude de la population sécrétrice d’IL10 chez les patients atteints de Sclérose en plaques (SEP) et Neuro-Behçet (NBD) en début d’évolution de la maladie (M Belghith et coll) : Les neurologues sont souvent confrontés à un problème de diagnostic différentiel entre les patients SEP et les patients atteints de la forme neurologique de la maladie de Behçet lors des premiers stades de la maladie. Nous avons identifié l'expression de l'IL-10 comme un biomarqueur discriminatoire potentiel entre le NB et la SEP. Afin d'étudier la production d'IL-10, nous démontrons que les cellules B du LCR de patients atteints de NBD sont la principale source d'IL-10 intrathécale par rapport aux cellules T-CD4 (Maghrebi et al, soumis). Nous avons également montré que l'élévation de l'IL-10 n'était associée ni à l'IL-35 ni au TGF-β, ce qui suggère que les LB productrices d'IL-10 n'ont pas de fonction régulatrice. De plus, l'expression de l'ARNm des récepteurs de l'IL6 et de l'IL10 a été évaluée et, la sous-unité du récepteur IL6ST est significativement abaissée dans le LCR du NB, mais pas dans celui de la SEP, tandis que l'IL10Rb est augmenté chez les deux groupes de patients. Dans le but d'identifier d'autres biomarqueurs discriminants, des analyses bivariées et multivariées ont été appliquées à l'expression génétique d'un large panel de gènes sélectionnés dans les cellules du sang et du LCR de patients souffrant de NBD, de SEP et de témoins. La composante d'analyse principale a mis en évidence des profils distincts entre le NBD, la SEP et les témoins. La présence de Foxp3 dans le sang ainsi que l'expression de IL-4, IL-10 et IL-17 sont les paramètres qui contribuent le plus à la ségrégation entre le cluster MS et NBD. Nous avons procédé à une analyse ROC suggérant que l'IL-17, le CD73 dans le sang ainsi que l'IL-1β et l'IL-10 dans le LCR étaient les paramètres les plus discriminants entre la SEP et le NBD (Maghrebi et al , Frontiers in genetics 2021). Le décryptage du rôle de l'augmentation des LB producteurs d'IL-10 et de l'IL-10Rb malgré la maladie récurrente ainsi que l'expression discordante de l'IL-6 et de l'IL-6ST peuvent ouvrir la voie à une meilleure compréhension de la physiopathologie de ces troubles neuro-inflammatoires. Etude de l’effet de l’IL-22 sur la remyélinisation au cours de la sclérose en plaques ( M Ben Ahmed et coll). L'IL-22 joue un rôle important dans la régulation de l'immunité et de l'inflammation au niveau des barrières naturelles. Son rôle en pathologie reste controversé notamment dans le contexte de la sclérose en plaques (SEP). Les résultats préliminaires obtenus par notre groupe ont montré qu’un niveau significativement plus élevé de cellules productrices d’IL-22 était associé à un nombre plus important de poussées de la maladie, mais également à une meilleure réponse au traitement. Le rôle de l'IL-22 dans le processus de myélinisation a donc été suggéré. Dans un premier temps, nous avons procédé à une étude in vitro sur la lignée murine astrocytaire (C8D1A). Les résultats observés grâce à un microscope à contraste de phase ont montré un effet neurotrophique de l’IL-22. De plus, un effet anti-inflammatoire de cette cytokine a été démontré. Nos
- 28. 27 résultats montrent eneffet que L’IL-22 inhibe la production de la cytokine pro- inflammatoire IL-6 par les astrocytes activés par le LPS. Dans un deuxième temps, nous avons essayé de vérifier l’effet myélinisant de l’IL-22 dans un modèle murin qui mime la phase démyélinisante de la SEP utilisant le cuprizone (agent neuro toxique). Les tests comportementaux montrent que l’IL-22 a rétabli les performances motrices des souris traitées par le cuprizone. Cet effet était significativement plus important que celui observé lors de la remyelinisation spontanée. En outre, l’examen histopathologique utilisant un colorant spécifique, le luxol fast blue, a démontré une remyélinisation significativement plus importante chez les souris traitées par l’IL-22 par rapport à celles non traitées. Ces résultats confortent l’hypothèse de l’effet myélinisant de l’IL-22 et nous encourage à décortiquer les mécanismes qui sous-tendent l’effet myélinisant et anti-inflammatoire de l’IL-22 afin d’espérer élargir l’arsenal de la SEP, maladie qui reste à ce jour incurable. Identification des mécanismes sous-tendant le défaut de signalisation du tgf-β au cours du lupus erythémateux systémique ( M Ben Ahmed et coll). Au cours de ce projet, nous nous sommes focalisés à élucider les anomalies de régulation qui favoriseraient la rupture de la tolérance au cours du lupus érythémateux systémique (LES). Dans un travail antérieur, nous avons démontré la présence d’un défaut de la signalisation du TGF-β1 dans les lymphocytes T des patients atteints de LES en phase active de la maladie. Ces données suggèrent un mécanisme secondaire éventuellement causé par une activation excessive des voies inflammatoires en réponse à des facteurs de stress environnementaux. Comme ce défaut se situe en aval de la translocation nucléaire du facteur de transcription Smad3, nous nous sommes proposé de vérifier l’implication éventuelle d’une phosphorylation accrue de c-Jun dans ce défaut. En effet, phospho-c-Jun a été impliqué dans l’inhibition de la liaison de Smad3 aux promoteurs des gènes cibles. Ainsi, nous avons étudié, par cytometrie en flux, le niveau de phosphorylation de c-Jun dans les lymphocytes T périphériques des patients lupiques comparativement à des témoins sains. Nos résultats montrent que le niveau de phosphorylation de c-Jun est significativement augmenté chez les patients lupiques en phase d’activité par rapport aux témoins sains. L’inclusion d’une plus large cohorte est en cours afin de confirmer cette donnée et de décortiquer les mécanismes sous-jacents. MOTS CLES QUI RESUMENT L’ACTIVITE DU LABORATOIRE Infection/Immunité /Epidémiologie/Leishmaniose/Immunodéficience/Mycobactéries/Auto-immunité. RESUME DE L’ACTIVITE DU LABORATOIRE A côté des 3 axes classiques ci-après détaillés et faisant partie du contrat programme, le laboratoire s’est impliqué en 2021 et afin de contribuer à la réponse nationale à la pandémie COVID-19 par ses 3 équipes dans l’épidémiologie, le séquençage de souches et le diagnostic immunologique de l’infection SARS CoV-2. L'équipe 1 contribue à l’amélioration des connaissances sur le profil épidémiologique de maladies transmissibles prioritaires en Tunisie notamment les leishmanioses et les hépatites par la réalisation d'études épidémiologiques afin de proposer des mesures de contrôle et de prévention efficaces et appropriées. De plus, elle participe au renforcement du système national de surveillance épidémiologique par le développement et la mise en place des systèmes d'alerte précoce pour la gestion des maladies transmissibles à potentiel épidémique telles que la grippe. L’équipe 2 s’intéresse à trois axes complémentaires essentiels pour la compréhension de la physiopathologie des leishmanioses à travers l’étude (i) de l’Immunité et corrélats de protection contre l’infection par Leishmania (L.), (ii) de l’interaction hôte-parasite par des approches génomiques, transcriptomiques, protéomiques, régulomiques et métabolomiques et (iii) de l’immunobiologie du phlébotome, vecteur de la leishmaniose. L’équipe 3 a pour objectif de mieux comprendre le rôle que joue l’interaction hôte-pathogène dans l’immunopathologie et l’expression clinique des maladies infectieuses et les manifestations dysimmunitaires qui y sont associées. Cette approche pourrait contribuer à un meilleur contrôle de ces maladies par le développement de stratégies d’intervention innovantes et plus adaptées en matière d’outils diagnostic, d’approches vaccinales et d’immunomodulation. Elles ont été créées en 2011, leur évolution est très satisfaisante comme l’atteste leur production scientifique BILAN GLOBAL DES ACTIVITES DE RECHERCHE 1- Nombre total de Publications : 259 (depuis 2011 date de création du LR) 2- Diplômes soutenus : 122 3-Brevets : 4 Publications 1. Implicating bites from a leishmaniasis sand fly vector in the loss of tolerance in pemphigus. Soumaya Marzouki, Ines Zaraa, Maha Abdeladhim, Chaouki Benabdesselem, Fabiano Oliveira, Shaden Kamhawi, Mourad Mokni, Hechmi Louzir, Jesus G Valenzuela, Melika Ben Ahmed. JCI Insight. 2020 Dec 3;5(23):e123861. IF:8,3
- 29. 28 2. Multiallelic RareVariants in BBS Genes Support an Oligogenic Ciliopathy in a Non-obese Juvenile- Onset Syndromic Diabetic Patient: A Case Report. H Dallali, N Kheriji, W Kammoun, M Mrad, M Soltani, H Trabelsi, W Hamdi, A Bahlous, M Ben Ahmed, F. Mahjoub, H. Jamoussi, S Abdelhak, R Kefi. Frontiers in Genetics. 2021 Oct 6;12:664963. IF:3,7 3. Autoimmune Encephalitis in Tunisia: Report of a Pediatric Cohort. Thouraya Ben Younes , Hanene Benrhouma , Zouhour Miladi , Imen Zamali , Aida Rouissi , Hedia Klaa , Ichraf Kraoua , Melika Ben Ahmed , Ilhem Ben Youssef Turki . Immunol Res. 2021 May 10;2021:6666117. doi: 10.1155/2021/6666117. eCollection 2021. IF:4,8 4. Differential Gene Expression Patterns in Blood and Cerebrospinal Fluid of Multiple Sclerosis and Neuro-Behçet Disease, Olfa Maghrebi, Mariem Hanachi, Khadija Bahrini, Mariem Kchaou, Cyrine Jeridi , Samirr Belal, Samia Ben Sassi, Mohamed-Ridha Barbouche, Oussama Souiai, Meriam Belghith, Frontiers in Genetics. 2021 Feb 26;12:638236. IF:3,8 5. Profound differences in IgE and IgG recognition of micro-arrayed allergens in hyper-IgE syndromes. Garib V, Ben-Ali M, Kundi M, Curin M, Yaakoubi R, Ben-Mustapha I, Mekki N, Froeschl R, Perkmann T, Valenta R, Barbouche MR Allergy. 2021 Oct 15. doi: 10.1111/all.15143. IF:13,146 6. A Novel Point-of-Care Rapid Diagnostic Test for Screening Individuals for Antibody Deficiencies. Israeli S, Golden A, Atalig M, Mekki N, Rais A, Storey H, Barbouche MR, Peck R. J Clin Immunol. 2022 Feb;42(2):394- 403. doi: 10.1007/s10875-021-01179-0. Epub 2021 Nov 27. IF:8,317 7. Case Report: FOXP3 Mutation in a Patient Presenting With ALPS. Rais A, Mekki N, Fedhila F, Alosaimi MF, Ben Khaled M, Zameli A, Agrebi N, Sellami MK, Geha R, Ben-Mustapha I, Barbouche MR. Front Immunol. 2021 Aug 31;12:692107. doi: 10.3389/fimmu.2021.692107. IF:6,42 8. In silico comparative study of SARS-CoV-2 proteins and antigenic proteins in BCG, OPV, MMR and other vaccines: evidence of a possible putative protective effect. Sondes Haddad- Boubaker , Houcemeddine Othman , Rabeb Touati, Kaouther Ayouni , Marwa Lakhal , Imen Ben Mustapha , Kais Ghedira, Maher Kharrat , Henda Triki . BMC Bioinformatics. 2021 Mar 26;22(1):163. doi: 10.1186/s12859-021-04045-3. IF:3,16 9. The Seven STAT3-Related Hyper-IgE Syndromes. Ilham Fadil, Meriem Ben-Ali , Leila Jeddane , Mohamed- Ridha Barbouche , Ahmed Aziz Bousfiha .J Clin Immunol. 2021 Aug;41(6):1384-1389. doi: 10.1007/s10875- 021-01041-3. Epub 2021 Apr 26. IF:8,317 10. Consensus Middle East and North Africa Registry on Inborn Errors of Immunity. Asghar Aghamohammadi , Nima Rezaei , Reza Yazdani , Samaneh Delavari , Necil Kutukculer , Ezgi Topyildiz , Ahmet Ozen , Safa Baris , Elif Karakoc-Aydiner , Sara Sebnem Kilic , Hulya Kose, Nesrin Gulez , Ferah Genel , Ismail Reisli , Kamel Djenouhat , Azzeddine Tahiat , Rachida Boukari , Samir Ladj , Reda Belbouab , Yacine Ferhani , Brahim Belaid , Reda Djidjik , Nadia Kechout , Nabila Attal , Khalissa Saidani , Ridha Barbouche , Aziz Bousfiha , Ali Sobh , Ragheed Rizk , Marwa H Elnagdy , Mona Al- Ahmed , Salem Al-Tamemi , Gulnara Nasrullayeva , Mehdi Adeli, Maryam Al-Nesf , Amel Hassen , Cybel Mehawej , Carla Irani , Andre Megarbane , Jessica Quinn, MENA-I. E. I. Study Group; László Maródi , Vicki Modell, Fred Modell, Waleed Al-Herz , Raif S Geha , Hassan Abolhassani . J Clin Immunol. 2021 Aug;41(6):1339-1351. doi: 10.1007/s10875-021-01053-z. Epub 2021 May 29. IF:6,78 11. Co-Administration of Anticancer Candidate MK-2206 Enhances the Efficacy of BCG Vaccine Against Mycobacterium tuberculosis in Mice and Guinea Pigs. Rania Bouzeyen , Saurabh Chugh , Tannu Priya Gosain, Mohamed-Ridha Barbouche , Meriam Haoues , Kanury V S Rao , Makram Essafi , Ramandeep Singh . Front Immunol. 2021 May 27;12:645962. doi: 10.3389/fimmu.2021.645962. eCollection 2021.IF:7,561 12. Multiplexed Magnetofluorescent Bioplatform for the Sensitive Detection of SARS-CoV-2 Viral RNA without Nucleic Acid Amplification. Riham Zayani , Dorra Rezig , Wasfi Fares , Mouna Marrakchi , Makram Essafi, Noureddine Raouafi . Anal Chem . 2021 Aug 17;93(32):11225-11232. doi: 10.1021/acs.analchem.1c01950. Epub 2021 Aug 2. IF:9,986 13. Tick-borne encephalitis virus in Ixodes ricinus (Acari: Ixodidae) ticks, Tunisia. Fares W., Dachraoui K., Cherni S., Barhoumi W, Ben Slimane T., Younsi H., Zhioua E. Ticks and Tick-Borne Diseases, 12: 101606. Doi: 10.1016/j.ttbdis.2020.101606.IF: 3,48 14. The impact of the illegal waste sites on the transmission of zoonotic cutaneous leishmaniasis in Central Tunisia. Chelbi I, Mathlouthi O, Zhioua S, Fares W., Boujaama A, Cherni S, Barhoumi W, Dachraoui K, Derbali M, Abbass M, Zhioua E. International Journal of Environmental Research and Public Health, 18, 66. https://dx.doi.org/10.3390/ijerph18010066. IF:3,364
- 30. 29 15. Enhanced attractionof sand fly vectors of Leishmania infantum to dogs infected with zoonotic visceral leishmaniasis. Chelbi I, Maghraoui K, Zhioua S, Cherni S, Labidi I, Satoskar A, Hamilton JGC, Zhioua E. PLoS Neglected Tropical Diseases 15(7): e0009647. https://doi.org/10.1371/journal. pntd.0009647.IF:4,411 16. The role of ecotones in emerging zoonotic cutaneous leishmaniasis in Central Tunisia: an assessment of transmission risk and the importance of the One Health approach to reduce infections. Barhoumi W, Fares W, Zhioua S, Chelbi I, Abbass M, Derbali Mohamed, Ramalho-Ortigao M, Zhioua E. International Journal of Environmental Research and Public Health, 18(17), 9274, https://doi.org/10.3390/ijerph18179274.IF:3,364 17. Seroprevalence of hepatitis A virus infection in Central-West of Tunisia. Ayouni K, Kharroubi G, Mallekh R, Hammami W, Marouani R, Mhamdi M, Ben Salah A, Triki H, Bettaieb J. J Med Virol. 2021 Jun; 93(6):3666- 3671. IF: 2.327 18. Knowledge, attitudes and uptake related to influenza vaccine among healthcare workers during the 2018-2019 influenza season in Tunisia. Cherif I, Kharroubi G, Bouabid L, Gharbi A, Boukthir A, Ben Alaya N, Ben Salah A, Bettaieb J. BMC Public Health. 2021 May 13;21(1):907. IF:3.18 19. Mental health status of adults under institutional quarantine: a cross-sectional survey in Tunisia.Kharroubi G, Cherif I, Haj Amor S, Zribi M, Ben Atigue W, Ouali U, Bettaieb J. Pan African Medical Journal. 2021;40:197.IF:0.519 20. Influenza vaccination knowledge, attitudes, and practices among Tunisian elderly with chronic diseases., Kharroubi G, Cherif I, Bouabid L, Gharbi A, Boukthir A, Ben Alaya N, Ben Salah A, Bettaieb J. BMC Geriatr 21, 700 (2021). IF:3.737 21. Identification and characterization of multidrug-resistant ESBL-producing Salmonella enterica serovars Kentucky and Typhimurium isolated in Tunisia CTX-M-61/TEM-34, a novel cefotaxime- hydrolysing β-lactamase of Salmonella. Nazek Al-Gallas , Khouloud Belghouthi , Natalie Alice Barratt , Kais Ghedira, Helmut Hotzel 3, Herbert Tomaso , Hosny El-Adawy , Heinrich Neubauer , Dhafer Laouini , Sinda Zarrouk , Mohamed Salah Abbassi , Ridha Ben Aissa , J Appl Microbiol. 2022 Jan;132(1):279-289. doi: 10.1111/jam.15211. Epub 2021 Jul 27. IF:3.7724 22. Magnetic Separation and Centri-Chronoamperometric Detection of Foodborne Bacteria Using Antibiotic-Coated Metallic Nanoparticles. Mohamed Fethi Diouani , Maher Sayhi Zehaira Romeissa Djafar , Samir Ben Jomaa , Kamel Belgacem , Hayet Gharbi , Mihai Ghita , Laura-Madalina Popescu , Roxana Piticescu, Dhafer Laouini . Biosensors (Basel) . 2021 Jun 23;11(7):205. doi: 10.3390/bios11070205. IF:3.240 23. Quinolone resistance among Salmonella Kentucky and Typhimurium isolates in Tunisia: first report of Salmonella Typhimurium ST34 in Africa and qnrB19 in Tunisia. N Al-Gallas , N Khadraoui , H Hotzel , H Tomaso , H El-Adawy , H Neubauer , K Belghouthi , K Ghedira , H K Gautam , B Kumar , D Laouini , S Zarrouk , M S Abbassi , R B Aissa ,J Appl Microbiol. 2021 Mar;130(3):807-818. doi: 10.1111/jam.14822. Epub 2020 Sep 11. IF:3.772 24. Ten simple rules for organizing a bioinformatics training course in low- and middle-income countries. Benjamin Moore , Patricia Carvajal-López , Paballo Abel Chauke , Marco Cristancho , Victoria Dominguez Del Angel, Selene L Fernandez-Valverde , Amel Ghouila, Piraveen Gopalasingam , Fatma Zahra Guerfali , Alice Matimba , Sarah L Morgan, Guilherme Oliveira , Verena Ras , Alejandro Reyes , Javier De Las Rivas , Nicola Mulder . PLoS Comput Biol. 2021 Aug 19;17(8):e1009218. doi: 10.1371/journal.pcbi.1009218. eCollection 2021 Aug. IF:4.475 25. Challenges and Considerations for Delivering Bioinformatics Training in LMICs: Perspectives From Pan-African and Latin American Bioinformatics Networks. Verena Ras, Patricia Carvajal-López, Piraveen Gopalasingam, Alice Matimba, Paballo Abel Chauke, Nicola Mulder, Fatma Guerfali, Victoria Dominguez Del Angel, Alejandro Reyes, Guilherme Oliveira, Javier De Las Rivas7 and Marco Cristancho. Front. Educ., 27 July 2021 | https://doi.org/10.3389/feduc.2021.710971. IF:1.85 26. Alireza Mahdaviani, Morteza Fallahpour, Farhad Seif, Soheila Alyasin, Hassan Abolhassani, Aziz Bousfiha, Mohamed- Ridha Barbouche, Peter Olbrich. Defects in intrinsic and innate immunity January 2021. In book: Inborn Errors of Immunity: A practical Guide.Imprint: Academic Press.DOI: 10.1016/B978-0-12-821028-4.00002-6. Projets en cours en 2021
- 31. 30 Titre du projetInvestigateu r Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Amélioration de la prise en charge des Déficits Immunitaires Primitifs (DIPs) de l’enfant et de l’adulte dans les régions défavorisées du nord- ouest de la Tunisie. Mohamed Ridha Barbouche LTCII Direction de la Coopération Internationale de la Principauté de Monaco 200 000 Euros ≈ 647682,68 DT 3 ans Début : 1er Novembre 2019 Fin : 31 Octobre 2022 REPAIR Mélika Ben Ahmed (WP1) LTCII Réseau des instituts Pasteur 49000 euros (WP1) Janvier 2021- Juin 2022 PFR-COVID-19 Mélika Ben Ahmed (WP2) LTCII Ministère de la recherche scientifique 80000 dinars Janvier 2021- Mai 2022 Pan-Leishmaniasis prophylactic human VACcine (PL-VAC) Boussoffara Thouraya LTCII SAT-AxLR 73 236,600 2019-2021 PHINDaccess "Pan-Leishmaniasis prophylactic human VACcine" Helmi Merdassi LTCII CE- Twinning of research institutions 2018-2022 "A live attenuated vaccine for leishmaniasis" Elyes Zhioua LTCII Wellcome Trust funding (209336/Z/17/Z) 259 120 2018-2022 "A live attenuated vaccine for leishmaniasis" Elyes Zhioua LTCII NIH- R21 (1R21AI130485- 01A1) 56.157,136 2018-2021 PRF: Evaluer, prédire, Agir: stratégie fédérée pour la lutte contre le COVID19 Ikram Guizani -Service d’Epidémiologie Médicale / LTCII -LR11IPT02 -LR11IPT04 -LR16IPT09 -Service de Virologie Clinique Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique 11.000 2020/2022 REPAIR (WP3): Mesure de la diffusion du SARS COV 2 parmi le personnel de l'institut pasteur de Tunis. Slimane Ben Milade / Jihène Bettaieb Service d’Epidémiologie Médicale / LTCII -LR11IPT02 -LR16IPT09 Réseau Internationale des Instituts Pasteur 165.000 2020/2021 Maladies Transmissibles : Histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la Prévention et le traitement. Henda Triki / Wissem Ghawar -Service d’Epidémiologie Médicale/LTCII -LR11IPT02 -LR11IPT04 -Service de Virologie Clinique Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique 300.000 2016/2021 LeiSHield MATI Project Gerald Spaeth Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 Commission Européenne H2020-MSCA-RISE 2018-2022 Projet RISE "Leishield-MATI" intitulé: « A multi- disciplinary Gérald Spaeth -Service d’Epidémiologie Médicale / Laboratoire ''Horizon 2020 Framework Programme: H2020- MSCA-RISE-2017'' 2018-2022
- 32. 31 international effort to identifyclinical, molecular and social factors impacting cutaneous leishmaniasis» d’Epidémiologie Moléculaire et Pathologie Expérimentale Appliquée aux Maladies Infectieuses LR11IPT04 / Laboratoire de Parasitologie Médicale, Biotechnologies et Biomolécules financé par la Comité Européenne "Incrimination des réservoirs et des vecteurs et caractérisation des manifestations cliniques des parasites Leishmania dans des foyers mixte de leishmaniose cutanée dans le sud de la Tunisie (Tataouine): risque d’urbanisation et implication pour le contrôle." dans le cadre des projets de recherche fédérée Centre d'Investigation Clinique de l'Institut Pasteur de Tunis Wissem Ghawar -Service d’Epidémiologie Médicale / Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique 300.000 2016-2021 Développement d’une stratégie de réduction de l’impact de la tuberculose bovine chez l’homme sur la base du concept «One Health» Makram Essafi PRF2019- D3P4 Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 Ministère d l'Enseignement supérieur 430 MD Trois ans 2019-2022 Macrophage FOXO3/Sesn1 axis as a therapeutic target to control tuberculosis Makram Essafi Tuniso-Sud Africain Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 Ministère d l'Enseignement supérieur 180MD Trois ans 2019-2022 EASI: ELISA Assays development for SARS-COV2 within IPIN Chaouki Benabdessal em Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 RIIP 35 000 € 2020/2021 H2020-MSCA- RISE Identifying clinical, molecular and social factors impacting cutaneous leishmaniasis Fatma Z Guerfali, Dhafer Laouini, Amel Ghouila, Aymen Bali, Chiraz Atri, Ali Ben- Cheikhl Thouraya Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 CE 294050 € 2018-2021
- 33. 32 Boussoffara, Mélika Ben Ahmed, Soumaya Marzouki NIH/NHGRI,USA H3ABioNet: informatics solutions forH3Africa Amel Ghouila, Fatma Z Guerfali et Dhafer Laouini Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 NIH 63 396 $ 2017-2022 H2020-MSCA- RISE Volatolomics test for the diagnosis of bovine tuberculosis Dhafer Laouini, Fatma Guerfali et Aymen Bali Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 CE 9 980 € 2018-2021 Projets obtenus en 2021 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteurienne s impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période «Strengthening the surveillance system of influenza in Tunisia: Phase 2 bridging building capacities and sustainability » 1 Pr. Dhafer Laouini Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologi e des Infections LR16IPT02 US-CDC 737.000 2021-2025 Dynamics of the cellular and molecular architecture of human pulmonary TB granulomas 2 Rober t Modlin (UCLA, Los Angeles) 3 Sub- Award PIs: Chaouki Benabdessale m (IPT) et Bryan Brayson (MIT-Harvard) Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologi e des Infections LR16IPT02 1.920.400 TND 2021 Conduct a pilot study on the integration of poliovirus surveillance in patients with primary immunideficiences within the national program of AFP surveillance omes for women anad neonates infectec with SAR-COV2 Henda Triki Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologi e des Infections LR16IPT02 OMS 49034,602 2021 National Plan for Polio virus Surveillance among Primary Immunodeficiency (PID) patients Henda Triki / Mohamed Ridha Barbouche LTCII/ VIROLOGIE OMS 25.000 USD 2021-2022 Chiffres clé en 2021
- 34. 33 21 conférences données 20vacations et Cours rémunérés donnés 8 diplômes soutenus 28 diplômes en cours 17 formations continues réalisées en Tunisie 4 organisations de Réunions et d’Evènements Scientifiques Nationaux 7 organisations de Réunions et d’Evènements Scientifiques Internationaux 8 participations à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 18 participations à des Commissions Nationales et Internationales 10 communications orales et affichées dans des congrès nationaux 14 communications orales et affichées dans des congrès internationaux 25 publications dans des revues internationale Laboratoire d’Epidémiologie et de Microbiologie Vétérinaire Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Ghram Abdeljelil Biologiste Principal Maaroufi Abderrazek Biologiste Principal/ Chef du LR Ben Hadj Ahmed Sami Maitre de conférences Jelman Sameh Maitre de conférences Houimel Mehdi Biologiste Principal Turki Imed Professeur HU Rejeb Ahmed Professeur HU Hmila Issam Biologiste-Adjoint Jihène Lachheb Biologiste-Adjoint Jouini Ahlem Biologiste-Adjoint Awatef Bejaoui Biologiste-Adjoint Chouihi Emira Maitre-assistant Ferjani Imene Maitre-assistant Aouadhi Chedia Assistant Univ. Contractuel Miled Khaled Méd. Vet Inspecteur Divisionnaire Diouani Med Fethi Médecin Vétérinaire Principal Larbi Imen Médecin Vétérinaire Principal Ben Maîz Samia Ingénieur Principal
- 35. 34 Nsiri Jihène MédecinVétérinaire Handous Meriem Médecin Vétérinaire Gharbi Hayet Technologue Achouri faouzi Post-doc Ben Hamed Said Post-doc Charfi Karama Post-doc JELMAM SAMEH Maître de Conférences BOUZAZI RIDHA Assistant GHARBI MANEL Post Doc GHRAM BOUTHEINA Médecin Vétérinaire KMIHA TURKI SOUHIR Post Doc TRIFI MOUNIR Médecin Vétérinaire TOUJANI-MEKNI MARWA Post Doc ARBI MARWA Etudiante doctorante BADR CHAIMA Etudiante doctorante BARBARIA MOHAMED ELIAS Etudiante doctorante BEN ABDALLAH IBTIHEL Etudiante doctorante BEN JOOMA SAMIR Etudiante doctorante ELCAFSI IMEN Etudiante doctorante HANDOUS MARIEM Etudiante doctorante JAYARI ASMA Etudiante doctorante LARBI IMEN Médecin Vétérinaire Principal/ Chef de Service du Laboratoire de Pathologie Animale MARNISSI BOUTHEINA Etudiante doctorante MILED KHALED Etudiante doctorante NACEF MAYSSA Etudiante doctorante NSIRI JIHENE Etudiante doctorante SAYHI MAHER Etudiant doctorant ZERRIAA NAHAWEND Etudiante doctorante ACHOUR YOSRA Etudiant en Master ALLAYA AHMED Etudiant en Master ARFAOUI IMEN Etudiant en Master BEDCHICH MANEL Etudiant en Master BEN AICHA AMANI Etudiant en Master BEN AMOR MOHAMED AMINE Etudiant en Master DHAOUAFI NARJES Etudiant en Master HRICHI RANIA Etudiant en Master LARAFA WEJDEN Etudiant en Master NASROUI DORSAF Etudiant en Master
- 36. 35 RAOUAFI SABRINE Etudiant enMaster Publications 1. First Detection of Human ST131-CT X-M-15-O25-B2 Clone and High- Risk Clonal Lineages of ESBL/ pAmpC-Producing E. coli Isolates from Diarrheic Poultry in Tunisia. JOUINI A, KLIBI A, LARBI I, GHRAM A, MAAROUFI A.Antibiotics.2021. 2021, 10, 670 2. Accurate detection of Newcastle disease virus using proximity-dependent DNA aptamerligation assays. MARNISSI. B, GHRAM.A, HMILA I. FEBS Open Bio.2021. 11(4):1122-1131 3. Avian metapneumovirus infection in turkeys: a review on turkey rhinotracheitis. KABOUDI K, LACHHEB. The Journal of Applied Poultry Research. 2021. Volume 30, Issue 4, 4. Campylobacter spp. in Eggs and Laying Hens in the North-East of Tunisia: High Prevalence and M ultidrug- Resistance Phenotypes. GHARBI M, BEJAOUI A, GHRAM A, MAAROUFI A. Veterinary Sciences. 2021. 1;9(3):108. 5. Comparison of Essential Oil Composition, Phenolic Compound and Biological Activities ofSalvia microphylla and Teucrium polium (Lamiaceae). AOUADHI C. Journal of renewable materials .2021. Vol.10, no.6 6. Comparison of Synergistic Effect of Nisin and Monolaurin on the Inactivation of Three Heat Resistant Spores Studied by Design of Experiments in Milk. Kmiha Turki S, AOUADHI C, BEJAOUI A, MAAROUFI A. Journal of Food Quality.2021. Article ID 9977646, 13 pages 7. Distrubtion of virulence and antibiotic resistance genes in Campylobacter jejuni and Campylobacter coli isolated from broiler chickens in Tunisia. GHARBI M, BEJAOUI Awatef, GHRAM A, MAAROUFI A. Microbiology, Immunology and Infection.2021. 1684-1182(21)00140-7 8. Essential Oils from Thymus capitatus and Thymus algeriensis as Antimicrobial Agents toControl Pathogenic and SpoilageBacteria in Ground Meat. JAYARI A, JOUINI A, Ben Hadj Ahmed S, MAAROUFI A. Journal of Food Quality.2021. Article ID 5599374, 9 pages 9. Full-length genome sequences of the first H9N2 avian influenza viruses isolated in the Northeast of Algeria. GHRAM Abdeljelil LACHHEB Jihene. Virology Journal. 17:108 10. Green Roccella phycopsis Ach. mediated silver nanoparticles: synthesis, characterization, phenolic content, antioxidant, antibacterial and anti‑acetylcholine sterase capacities. AOUADHI C. Bioprocess and Biosystems Engineering. 44(11):2257-2268 11. Inhibitory effect of high hydrostatic pressure, nisin, and moderate heating on the inactivation of Paenibacillus sp. and Terribacillus aidingensis spores isolated from UHT milk Kmiha Turki S, AOUADHIC, MAAROUFI A. High Pressure Research.2021. DOI: 10.1080/08957959.2021.1946054 12. L’immunité de l’organisme dans le manuel de l’élève au cycle secondaire de l’enseignement en Tunisie : l’actualité des savoirs et les styles d’enseignement. Bouzazi R, MAAROUFI A. Mediterranean Journal of Education. 2021 13. Molecular Epidemiology of Rabies in Wild Canidae in Tunisia. Bouslama Zied GHRAM A, TURKI I. Viruses. 2021. 13(12):2473. doi: 10.3390/v13122473. 14. Mycochemical Contents and Biological Activities of Three Wild Mushrooms from Tunisia. AOUADHI C. International Journal of Medicinal Mushrooms. 2021. Volume 23, Issue 10, 2021, pp. 69-81. DOI: 10.1615/IntJMedMushrooms.2021039982 15. Phenolic content, antioxidant, antibacterial and anti-acetylcholine sterase activities of biosynthesized and characterized silver nanoparticles from three Tunisian lichen species. AOUADHI C. International Journal of Medicinal Mushrooms. 2021. Volume 24, Issue 6, 2022, pp. 79-93. DOI: 10.1615/IntJMedMushrooms.2022043740 16. Ramadan Intermittent Fasting, Physical Activity, and COVID-19 Pandemic in Patients with Chronic Diseases. GHRAM A. American Journal of Medecine. 2021. VOLUME 134, ISSUE 10, P1189- 1191, OCTOBER 01, 2021
- 37. 36 17. Inhibitory activitiesof nisin and potassium sorbate on aerobic spore- forming bacteria isolated from raw milk . AOUADHI C, MAAROUFI. Revue de la Faculté des Sciences de Bizerte. 2021 2 projets obtenus en 2021 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Non invasive volatiles test for canine leishmaniosis diagnosis (CANLEISH) Projet H2020- MASLA-Rise- 2020 Fathi Diouani Laboratoire d’Epidémiologie et Microbiologie Vétérinaire Comité européenne 01/05/2021- 30/04/2024 Projet de Coopération Tuniso- Turquie : Electronano diagnostic Leishmania platforms Fathi Diouani Laboratoire d’Epidémiologie et Microbiologie Vétérinaire Comité européenne (2*30000dt)=60000 2021-2022 Chiifres clé en 2021 5 Participations à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 1 publication dans des revues nationales 16 publications internationales 8 diplômes obtenus 4 diplômes en cours 2 formations continues réalisées à l’étranger
- 38. 37 Laboratoire d’Épidémiologie Moléculaireet Pathologie Expérimentale Liste du personnel de la structure Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Ikram Guizani Biologiste Principal / Chef de Laboratoire LR16IPT04 Habib Karoui Biologiste Principal / Chef d’équipe LR16IPT04 Emna Ennaifer Professeur Hospitalo-Universitaire / Chef d’équipe LR16IPT04/ Laboratoire d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Akila Fathallah-Mili Professeur Hospitalo-Universitaire / Chef de service / Chef de projet Faculté de Médecine de Sousse,Service de Parasitologie-Mycologie, EPS Farhat Hached, Sousse / LR16IPT04 Khadija Benkhadir-Essafi Biologiste Principal / Chef de projet LR16IPT04 Mourad Barhoumi Biologiste Adjoint / Chef de projet LR16IPT04 Insaf BelHadj Ali Biologiste Adjoint / Chef de projet LR16IPT04 Souheila Guerbouj Khedher Maître de conférences / Chef de projet LR16IPT04 Thouraya Mejri Assistante LR16IPT04 Rahima Belhaj Rhouma Ben Houria Maitre-Assistante / Chef de projet LR16IPT04 /Laboratoire d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Alia Yaacoub Assistante Hospitalo-Universitaire Faculté de Médecine de Sousse, Service de Parasitologie-Mycologie, EPS Farhat Hached, Sousse / LR16IPT04 Chouaieb Hamed Assistant Hospitalo-Universitaire Faculté de Médecine de Sousse, Service de Parasitologie-Mycologie, EPS Farhat Hached, Sousse / LR16IPT04 Zohra Aloui Biologiste Adjoint / Chef de projet LR16IPT04 Emna Harigua Biologiste Adjoint/Chef de Projet LR16IPT04 Monia Ardhaoui Biologiste Adjoint / Chef de projet LR16IPT04 / Service d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Yosser Zina Abdelkrim Technologue / chef de projet LR16IPT04 Emna Fehri Maaouia Chercheure post Doc LR16IPT04/ Service d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Imen Bassoumi-Jamoussi Ingénieur Principal en chef / Chef de projet/Doctorante LR16IPT04 Mohamed Ould Maouloud Heinhane Ingénieur Principal Contractuel (jusqu’en Août 2021) LR16IPT04 Mezrani Cyrine Ingénieur Principal Contractuel LR16IPT04 Yusr Saadi Ben Aoun Ingénieur Principal / Chef de projet/Doctorante LR16IPT04 Hejer Souguir Post-doc LR16IPT04 Mariem Ben El Hadj Post-doc LR16IPT04 /Service d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Rafeh Oualha Etudiante en Thèse ès Sciences soutenue en 2021/ Post doc LR16IPT04 Ahmed Chakroun Etudiant en Thèse ès Sciences LR16IPT04 Kaouther Ouerhani-Guermazi Etudiante en Thèse ès Sciences LR16IPT04 / Service d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Mokdadi Molka Etudiante en Thèse ès Sciences LR16IPT04 Moufida Derghal Etudiante en Thèse ès Sciences LR16IPT04 Souissi Sonia Etudiante en mastère LR16IPT04 Firas Akremi Etudiant en Mastère LR16IPT04
- 39. 38 Zeineb Ben JemiaEtudiante en mastère LR16IPT04/ Service d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Zeineb Hammami PFE d’Ingénieur LR16IPT04 Hamdi Lassoued PFE d’Ingénieur LR16IPT04 Lobna Oueslati Etudiante en mastère LR16IPT04 Chaima Werchfeni Etudiante en mastère LR16IPT04 Historique et Thématiques: Le laboratoire LR04, créé en 2010, vise l’innovation, la transversalité, et la valorisation des résultats ; ses programmes capitalisent sur l’expertise de ses équipes, et les acquis. Il se spécialise dans l’épidémiologie moléculaire de pathologies infectieuses, ou autres qui sont associées à un déséquilibre de la vascularisation ou l’inflammation chronique, soit : leishmanioses, cancer du col/ infection HPV, et autres cancers. Face à la crise sanitaire actuelle, le laboratoire s’est engagé dans son domaine d’expertise dans des recherches sur la Covid19, avec des levées de fonds dédiées. Nous travaillons sur 3 grands axes thématiques majeurs : la découverte et la valorisation de bio-marqueurs, le développement de nouveau diagnostic et de pistes (immuno)thérapeutiques en mettant à profit l’étude épidémiologique moléculaire des pathologies d’intérêt et l’utilisation de modèles expérimentaux in-vitro, ex-vivo ou in-vivo. Ce programme est abordé grâce à des approches du domaine de la Génomique, Biotechnologie, et Technologies appliquées en Santé. 1. Programme 1 : Leishmanioses : Génomique et ses applications stratégiques à la lutte 1 : Génomes de Leishmania infantum et identification de biomarqueurs corrélés à la pathologie Guizani I., A.S Chakroun (Thèse en cours), I. Bassoumi – Jamoussi (Thèse initiée en 2019), R. Ouelha (PhD, postdoc), E. Harigua, Kh. Benkhadir- Essafi, M. Barhoumi, S. Guerbouj Objectifs : 1- Recherche et Validation de signatures génomiques nucléaires ou de gènes candidats 2- Analyse phénotypique d’une sélection d’organismes ayant des génomes différents 3- Analyser et annoter le génome kinétoplastique grâce à une approche SMRT-PacBio Financements: AUF-PCSI, AUF thématique intégrée - Santé (Objectif 1); LR16IPT04 (Objectifs 1-3) ; EU-RISE LeiShield MATI & ACIP – LeishMATI (objectifs 1&2) ; Easi-Genomics(objectif 3) Obj1 : Les analyses de 25 génomes de L. infantum sont en cours de finalisation et le manuscript en préparation (Chakroun et al.). Obj2 : L’infection expérimentale de neutrophiles issus du sang humain démontre que des souches de différents génomes (A. Chakroun et al., in prep) et origines cliniques induisent des cytokines de manière différentielle (Ouelha et al., 2019). Les mécanismes de cette activation différentielle en cours d’exploration par la manipulation de la réponse immune des cellules à la suite de leur exposition à un immunomodulateur : la protéine LeIF (Ouelha, Bassoumi, Benkhadir-Essafi, Barhoumi, Guizani).Alors que LieIF n’affecte pas les paramètres de l’infection des neutrophiles, elle induit la résistance des macrophages à l’infection (LV50/cellules THP1 activées). L’effet des souches et de LeIF dans ce modèle est en cours d’exploration (Bassoumi et al, en cours). Obj3 : Nous avons aussi initié l’étude du génome kinétoplastique de deux des souches séquencées en utilisant la technologie SMRT-PacBiogrâce à un financement EasiGenomics (Harigua et al.). Les ADN de qualité contrôlée ont été séquencés à la plateforme de génomique de l’Université de Louvain et leur analyse est en cours. 2 : Elucidation du cycle de transmission de L. infantum au Nord de la Tunisie :Étude des parasites, phlébotomes et réservoirs potentiels dans des sites actifs de transmission S. Guerbouj, J. Chemkhi, Hejer Souguir (Post Doc), Moufida Derghal (Thèse initiée en 2018), Lobna Oueslati (MSc) Objectifs : 1- Identification et explorations moléculaires des espèces Ph. langeroni et Ph. perfiliewi dans la transmission de L. infantum (taux d’infection, identification des parasites, charge parasitaire, préférences trophiques) (Derghal et al, en préparation) 2- Mise au point d’outils PCR-HRM pour la détection et l’identification des espèces Leishmania chez le réservoir. (Derghal et al, soumis en 2021/ accepté en 2022) Financements :LR16IPT04 (Objectifs 1 & 2) ; PCI (LR16 IPT03/LR16 IPT04) (objectifs 1 & 2) 2.1 Mise au point de tests de diagnostic moléculaire de l’infection chez les réservoirs Le cycle de transmission de la LCS n’est pas élucidé en Tunisie. Nous avons identifié un foyer actif de transmission de la leishmaniose cutanée sporadique dans la région du Kef, à Oued Souani et initié sa caractérisation (Guerbouj et al., 2007 ; Chemkhi et al., 2007). Ces travaux sont étendus dans le cadre du projet PCI conduit en collaboration avec Drs. Y. Mghirbi et A. Bouattour (LR20IPT01), initié en septembre 2018. Des PCR HRM ciblant les gènes de l'ARN 7SL et de la HSP70 ont été mises au point dans le cadre de la thèse de M. Derghal, pour la détection et l’identification d’espèces de leishmanies à partir de divers types d’échantillons de réservoirs domestiques et
- 40. 39 sauvages, en utilisantdes ADNs de Leishmania cultivés in vitro. Afin de valider ces tests, des animaux ont été capturés ou échantillonnés dans le gouvernorat d'El Kef, au nord-ouest de la Tunisie. L'ADN a été extrait du foie, de la rate, des reins et du cœur de hérissons (Atelerix algirus) (N=3) et de rongeurs (Meriones shawi) (N=7) et du sang de chiens (N=12) qui ne présentaient aucun symptôme de leishmaniose canine. Au total, 52 échantillons d'ADN ont été étudiés par ces 2 tests PCR-HRM. Les résultats ont montré des courbes de fusion discriminant clairement entre les différentes espèces: L. infantum, L. major et L. tropica et ont été confirmés par séquençage des produits amplifiés selon Sanger. En outre, la sensibilité de ces PCR-HRM a été déterminée en utilisant des dilutions de 10 en 10, de l'ADN de chaque isolat référence. La limite de détection est estimée à 0,1pg d'ADN pour L. tropica avec 7SL et HSP70, tandis que 1pg a été détecté pour L. infantum avec les amorces 7SL et 0,1pg avec HSP70. Dans le cas de L. major, les amorces HSP70 ont permis la détection de 0,1pg d'ADN et 0,01ng avec les amorces 7SL. La validation de ces PCR-HRM sur 52 échantillons de réservoirs (chiens, mérions, hérissons) avec les 2 cibles a montré des courbes de fusion avec des Tm fiables pour chaque échantillon testé, permettant non seulement de démontrer l'infection des organes correspondants par Leishmania, mais aussi d’affecter les espèces appropriées. Au total, 45 des échantillons examinés étaient positifs, tandis que 7 étaient négatifs, sans infection à Leishmania. Les spécimens de Meriones shawi ont été trouvés infectés par L. major tandis que les chiens étaient infectés par L. infantum. Cependant, des co-infections L. major/L. infantum ont été détectées chez 4 spécimens de Meriones ainsi que chez tous les hérissons testés. De plus, une infection multiple avec les 3 espèces de Leishmania a été trouvée dans un spécimen de hérisson. Les analyses de séquences des produits PCR-HRM ont corroboré les espèces de Leishmania trouvées dans les échantillons analysés. Ces résultats confirment l’hypothèse que les hérissons sont des hôtes réservoirs de Leishmania. En outre, ils démontrent l’utilité de ces outils PCR-HRM pour le diagnostic de l’infection, en particulier chez les chiens asymptomatiques, ce qui permettra de mieux évaluer l'étendue de la transmission, améliorant ainsi l'élaboration de programmes de contrôle. Ces méthodes PCR-HRM sont des outils robustes et fiables pour la détection et l'identification moléculaire de Leishmania, qui peuvent être facilement mis en œuvre dans les enquêtes épidémiologiques dans les régions endémiques. 2.2 Abondance de Phlebotomus langeroni dans un foyer du Nord et implication dans des cycles de transmission : Phlebotomus (Ph.)langeroni, espèce supposée impliquée dans l’éclosion épidémique de cas de LCS à Oued Souani en 2004, est toujours abondante dans le foyer de Oued Souani. Des femelles gorgées ont été capturées et stockées pour l’étude de leur repas de sang et de leur infection potentielle pour la Thèse M. Derghal et le mastère de S. Chemkhi. De façon intéressante, l’espèce Ph. langeroni a été retrouvée parmi les espèces les plus abondantes. De plus, la comparaison de l’abondance de l’espèce Ph. langeroni dans deux localités a montré une forte représentation de cette espèce dans la région de Oued Souani (27.67%) par rapport à Dahmani (0.54%), ce qui témoigne que cette espèce jouerait toujours un rôle potentiel dans la transmission de L. infantum, dans ce foyer. L’analyse des repas de sang a montré que l’homme est l’hôte sur lequel les phlébotomes femelles se nourrissent le plus. Les autres mammifères (rongeurs, chien, vache, chèvre, poule et mouton) ont été aussi retrouvés dans des proportions variables. Afin de confirmer le rôle potentiel de l’hérisson dans le cycle de transmission de la leishmaniose en tant que réservoir hôte, nous avons développé une PCR spécifique de l’espèce d’hérisson Atelerix algirus (thèse M. Derghal). A cet effet, l’ADN génomique total a été extrait à partir des repas de sang et a servi à l’amplification du gène codant pour le cytochrome b, de façon spécifique à l’espèce d’hérisson Atelerix algirus. Nos résultats ont montré que sur les 80 repas de sang de phlébotomes analysés, 33 échantillons ont donné une bande à la taille attendue, représentant une positivité de 41,25%. L’identité des produits amplifiés a été vérifiée par séquençage selon Sanger, permettant de montrer pour la première fois la présence de l’ADN d’hérisson dans le repas de sang des phlébotomes femelles gorgés. De plus, une nouvelle collecte de phlébotomes femelles a été réalisée dans la même région d’étude en 2019. Ainsi, le tri des femelles gorgées et leur identification morphologique pour l’identification des espèces a été réalisé. Et l’analyse des repas de sang de ces femelles gorgées par amplification/séquençage des gènes cytb a aussi montré la présence de l’espèce d’hérisson Atelerix algirus. Nos résultats confortent l’hypothèse que ce mammifère est un réservoir hôte de la leishmaniose en Tunisie. 3 : Génération et évaluation comparée de nouveaux outils de diagnostic moléculaire de la leishmaniose cutanée Bel Hadj Ali I, Y. Saadi (Ingénieur, Thèse initiée en 2019), H. Chouaieb,, H. Souguir (Postdoc), E. Harigua (Data management), M. Ould Mouloud (Ingénieur contractuel), A. Yacoub, A. Fathallah Mili, I. Guizani Objectifs : 1. Développement de tests moléculaires de nouvelle génération pour la détection et l’identification sensible et spécifique des parasites Leishmania chez des patients LC 2. Mise en place d'une biobanque de prélèvements de patients de QA 3. Evaluation comparée des outils développés Financements : 2 Contrats IAEA (2006 & 2009)/ objectif 1; LR00SP04, LR11IPT04& LR16IPT04/ Objectifs 1-3; 2 Contrats PEER du NAS-USAID/ objectif 1 ; Projet 2 du CIC-IPT / objectifs 2 & 3; 3.1 Développement de tests moléculaires de nouvelle génération pour la détection et l’identification sensible et spécifique des parasites Leishmania chez des patients atteints de leishmaniose cutanée :
- 41. 40 - Plusieurs ciblesmoléculaires spécifiques d'espèces pour la détection et l'identification des parasites Leishmania par des outils bioinformatiques ont été identifiées, et certaines ont été caractérisées de manière plus approfondie (BelHaldj Ali et al, 2021 ; Mkada et al, en préparation) -Une fast PCR duplexe couplée à une détection sur gel d’agarose pour la détection et l’identification des parasites Leishmania a été mise en place. Cette duplexe a été testée sur des parasites de références (N=38) pour sa reproductibilité et sa stabilité. La limite de détection de cette duplexe testée sur une série de dilution des ADNs parasitaires variait selon les espèces entre 0.02ng et 200fg par réaction (PFE O. Rhouma). Une ultra fast PCR duplexe couplée à une détection sur lateral flow pour la détection et l’identification des parasites Leishmania a été mise en place. Cette duplexe a été testée sur des parasites de références (N=35) pour sa reproductibilité et sa stabilité. La limite de détection de cette duplexe testée sur une série de dilution des ADNs parasitaires était de 4 parasites par réaction (PFE Z. Hammami). -Des tests simplexes spécifiques d’espèces (1 test/espèce) basés sur des amplifications isothermes couplés à une détection sur dipsticks de type lateral flow ont été mis en place et sont en cours d’évaluation sur des prélèvements de patients atteints de leishmaniose cutanée (I. Bel Hadj Ali, Y. Saadi, H. Souguir). -Des tests multiplexes basés sur une amplification isotherme couplée à des dipsticks de type Printed Assay Strip (PAS) (N=2) sont en cours de développement (Thèse Y. Saadi). 3.2 Mise en place d'une biobanque de prélèvement de patients selon les normes éthiques et de bonne pratique : - Une collection de prélèvements de patients atteints de Leishmaniose Cutanée (Cas) ainsi que de patients atteints d'autres pathologies cutanées (non-cas) en plus des données épidémiologiques et cliniques qui leur sont relatives ont été collectées (H. Chouaieb, A. Yacoub, A. Fahtallah Mili). - Les ADNs de ces prélèvements ont été extraits, codés et stockés (H. Chouaieb, H. Souguir, Y. Saadi). - Une plateforme digitale pour la gestion et l’analyse des données cliniques, épidémiologiques et moléculaires a été mise en place (Harigua-Souiai et al., soumis). 3.3 Evaluation comparée des tests moléculaires développés -Un test moléculaire basé sur une PCR-HRM a été évalué sur un échantillon de prélèvements cutanés (N=578) dont des cas de leishmaniose cutanée (N= 278) et des non-cas. Ce test a montré une sensibilité de 70% et une Spécificité de 94% comparé à l’examen direct comme gold standard (Saadi et al., en cours de préparation) -Un test basé sur une PCR multiplexe couplée à des dipsticks de type « Printed Assay Strip » (PAS) a été mis en place et pré-évalué sur un échantillon de N=80 prélèvements de patients suspects de leishmaniose cutanée. Cette pré-évaluation a montré des spécificité et sensibilité de 100% quand l’examen direct et la PCR RFLP ITS1 sont utilisés comme techniques de référence (Thèse Y. Saadi). - Un test spécifique à L. major basé sur une amplification isotherme couplée à des lateral flow de type PCRD a été évalué sur N=80 prélèvements de patients suspects de leishmaniose cutanée. Cette évaluation préliminaire a montré une sensibilité de 100% quand l’examen direct et la PCR RFLP ITS1 sont utilisés comme techniques de référence (BelHadj Ali et al, en préparation) 4 : Protéines de Leishmania : Caractérisation et applications thérapeutiques M. Barhoumi, L. Oueslati (MSc), M. Mokdadi (thèse en finalisation), Y.Z. Abdelkrim (Post doc), I. Guizani Objectifs : 1. Caractérisation moléculaire de la protéine Ded1 putative de l’espèce Leishmania infantum 2. Evaluation du potentiel immuno-thérapeutique du parasite Leishmania tarentolae exprimant la protéine LieIF et/ou la protéine salivaire du Phlebotomus papatasi PPTSP44, chez des souris BALB/c infectées par Leishmania major Financements : LR16IPT04, PHC-UTIQUE (objectif 1), PCI (objectif 2), EU-RISE LeiShield MATI & ACIP – LeishMATI. 4.1Caractérisation moléculaire de la protéine Ded1 putative de l’espèce Leishmania infantum Thèse de M. Mokdadi – encadrée en cotutelle avec NK Tanner, IBPC L’intérêt pour cette protéine découle de nos travaux sur la protéine LeIF, financés par le programme PHC-Utique. Une approche multidisciplinaire a été mise en place alliant bioinformatique, génétique et approches biochimiques afin d’identifier le gène qui code pour cette protéine impliquée dans la traduction chez la levure et l’Homme. Trois gènes identifiés par bioinformatique ont été clonés et exprimés chez la levure à travers des expériences génétiques d’expression et de complémentation. Aucune des protéines n’a complémenté la protéine Ded1 de levure (Mokdadi et al., 2021). Des tentatives de clonages bactériens ont été réalisées chez la bactérie E. coli. Les conditions optimales de l’expression et de la purification de la protéine recombinante codée par le chromosome 8 (Linj08) ont été déterminées. Les conditions optimales de la réaction ATPase ont été déterminées. L’activité enzymatique (la vitesse de l’hydrolyse de l’ATP en présence de l’ARN) de la protéine codée à partir du chromosome 8 a été explorée ; elle exerce une activité ATPase même en absence d’ARN. L’affinité de la protéine recombinante vis-à- vis du substrat ARN a été étudiée. L'étude de l’expression de la protéine Linj08 chez des promastigotes et des amastigotes LV50 est en cours (Z. Abdelkrim, M. Mokdadi, M. Barhoumi, I. Guizani). 4.2 Évaluation du potentiel immuno---thérapeutique du parasite Leishmania tarentolae exprimant la protéine LieIF et/ou la protéine salivaire du Phlebotomus papatasi PPTSP44, chez des souris BALB/c infectées par Leishmania major
- 42. 41 Le gène LieIFa été cloné dans le vecteur pLEXSY-Neo. La construction recombinante pLEXSY-Neo_LieIF a été confirmée par digestion à l'aide de différentes enzymes comme BglII, KpnI et SwaI et par séquençage. Pour la transfection, 5 x 107 parasites L. tarentolae ont été mélangés avec 3 µg de pLEXSY-LieIF linéarisé et électroporés en utilisant Gene Pulser. Le parasite recombinant a été sélectionné en présence de l’antibiotique sélectif G418. L'intégration de LieIF a été confirmée par PCR à l'aide d'amorces spécifiques. D’autre part, l'expression de LieIF a été confirmée par RT-PCR et analyse du Western blot au moyen d'anticorps anti-His. Par la suite, nous avons développé et évalué l’effet thérapeutique du parasite transgénique L. tarentolae exprimant LeIF chez des souris BALB/c infectées par L. major. Les résultats ont montré que le parasite transgénique L. tarentolae-LeIF présente un potentiel immunothérapeutique contre l’infection par L. major. En effet, elle a diminué le développement de la taille des lésions et la charge parasitaire au niveau des ganglions lymphatiques. De plus, le traitement par le parasite transgénique L. tarentolae-LeIF a induit une réponse immune de type Th1 caractérisée par des rapports élevés IgG2a/IgG1 et IFN-g/IL-4. Le parasite transgénique a induit aussi une augmentation de la production du NO et a réduit l’activité arginase. Ces résultats ont fait l’objet de mémoire de master spécialité génétique, immunologie et applications innovantes, élaboré par Lobna Oueslati, soutenu le 07/02/2022. L’évaluation de l’effet thérapeutique du parasite transgénique L. tarentolae-LeIF sur la lésion par des coupes histologiques est en cours. Nous avons aussi évalué l’effet thérapeutique de la protéine salivaire PPTSP44 chez des souris BALB/c infectées par L. major. Les résultats ont montré que le traitement par la protéine recombinante PPTSP44 a diminué le développement de la taille de la lésion et la charge parasitaire au niveau des ganglions lymphatiques. L’analyse de la réponse immune des souris traitées par la protéine recombinante PPTSP44 est en cours. 5: Drug discovery appliquée aux Leishmanioses : Bioinformatique et Intelligence Artificielle pour le repositionnement de médicaments E. Harigua, YZ. Abdelkrim, I. Bassoumi-Jamoussi, R. Oualha, H. Lessoued (PFE) Objectifs : 1. Approches computationnelles basées sur les algorithmes d’apprentissage (Machine learning & Deep Learning) pour l’identification de nouvelles molécules thérapeutiques contre les Leishmanioses Financements: LR16IPT04 ; PEER-WM_AIR2D Une base de données, CidalsDB, a été développée pour fournir un support en termes de données d’entraînement dans les approches de découvertes de médicaments basées sur l’Intelligence Artificielle (Harigua-Souiai et al., en préparation). Ces données ont ainsi permis de développer, entraîner et valider des algorithmes de Machine Learning et de Deep Learning, couplés à des méthodes de bioinformatique et de chemoinformatique, pour le repositionnement de médicaments contre les Leishmanioses (Harigua-Souiai et al., 2022 (soumis en 2021)). La validation expérimentale des effets des médicaments prédits anti-Leishmania sur les différentes formes du parasite sont en cours de finalisation (Oualha & Abdelkrim, en préparation). Cela permettra à la fois de valider l’approche par IA et d’identifier de nouveaux candidats thérapeutiques contre les Leishmanioses. 2. Programme 2 : Stratégies de prévention du cancer du col : Vers le développement de biomarqueurs personnalisés Ennaifer E, R. Bel Haj Rhouma, M. Ardhaoui (post doc), E. Fehri (post doc), K. Ouerhani (thèse en cours), Z. Ben Jemia ( Mastère) Th. Laassili Objectifs : 1. Séquençage du génome complet des HPVs et analyse des variants intra- et inter- patientes 2. Identification des biomarqueurs de progression tumorale par la caractérisation des polymorphismes génétiques des oncogènes et leur caractérisation biologique Financements : LR16IPT04 ; PHINDaccess 1 : Epidémiologie Moléculaire des infections HPV dans la population Tunisienne : Etude de la variabilité génétique et étude phylogénétique de variants HPV issus de la population Tunisienne 1.1 Analyse des données générées du séquençage NGS d’un fragment du gène L1 Une étude épidémiologique nationale a été réalisée pour l’identification des types les plus prévalents des HPV en Tunisie. Le génotypage des échantillons a été effectué par la technologie NGS. L’optimisation et la mise en place de l'analyse NGS sur produits d’amplification et les résultats de l'enquête nationale sur l'infection HPV ont fait l’objet de deux publications: 1-Ardhaoui M, Ennaifer E, De Matos Salim AC, Gomez FM, Laasili T, Boubaker MS, Guizani I. Nested PCR followed by NGS: Validation and application for HPV genotyping of Tunisian cervical samples. PLoS One. 2021 Aug 11;16(8):e0255914. doi: 10.1371/journal.pone.0255914. PMID: 34379683; PMCID: PMC8357094. 2-Ardhaoui M, Ennaifer E, Letaief H, Bougatef S, Laassili T, Bel Haj Rhouma R, Fehri E, Ouerhani K, Guermazi I Mchela M, Chahed K, Chahed MK, Boubaker MS, BenAleya N,. HPV Prevalence, genotype distribution and risk factors in Tunisia: A National-based study (soumis dans le journal Frontier in Medicine-Infectious diseases) 1.2 Evaluation des variant des HPVs Afin de mieux apprécier les génotypes viraux circulant en Tunisie et éventuellement identifier des variants qui seraient spécifiques de la population Tunisienne, nous avons conçu une étude qui vise le séquençage des génomes complets des HPV à haut risque issus de l'enquête nationale par la technologie nanopore.
- 43. 42 1.3 Étude ladistribution génotypique du HPV dans les néoplasies intra-épithéliales cervicales chez les femmes Tunisiennes Les stratégies de prévention contre le CC reposent sur des vaccins prophylactiques qui n'ont pas encore été mis en œuvre dans le programme national de vaccination de la Tunisie. Par conséquent, cette étude permet de prédire l'impact de l'utilisation des vaccins HPV actuels sur la prévention du cancer en Tunisie. Un total de 200 biopsies enrobées de paraffine fixées au formol a été recueillie dans notre étude et l’ADN extrait de qualité contrôlée a été analysé pour la détection du VPH a été effectuée par une PCR nichée en utilisant des amorces PYGMY et GP5+/6+. Le génotypage a été réalisé par hybridation Reverse Line en utilisant 31 sondes.L'âge moyen des participants était de 38,97 ans et 54,5% avaient plus de 40 ans. La distribution des néoplasies cervicales selon l'âge a montré que CINII/CINIII était observée chez les femmes de plus de 30 ans. Tous les échantillons étaient positifs pour la Beta Globin PCR. La prévalence globale du HPV dans les lésions cervicales était de 83 % (166/200). Le HPV était présent dans 65% des CINI, 82% des CINII/CINIII et 85% des CC. Les HR-HPV étaient statistiquement significativement associés à une néoplasie intraépithéliale cervicale (p<10-3). La distribution HR-HPV selon le grade de la lésion et le cancer du col de l'utérus a été déterminée et a fait l’objet d’une publication. Distribution of Human Papillomavirus in precancerous and cancerous cervical neoplasia in Tunisian women. R Bel Haj Rhouma, M Ardhaoui, E Fehri, A Marzougui, T Laassili, I Guizani, MS Boubaker, E Ennaifer ( Infect Agent Cancer. 2021 Jul 16;16(1):52. doi: 10.1186/s13027-021-00392-1 ). 2 - Identification des biomarqueurs humains et viraux d’intérêt pronostique impliqués dans la carcinogenèse cervicale La stratégie de prévention du cancer du col se base essentiellement sur une prévention par dépistage. L’objectif actuel est la recherche de biomarqueurs indicatifs sur l’évolutivité des lésions afin d’adapter la prise en charge personnalisée des patientes ayant des infections HPV au potentiel de développement d’un processus cancéreux. Les TLR interviennent dans l’initiation des réponses immunitaires adaptatives. Une activation inappropriée de TLRs sous certaines conditions peut mener à des maladies auto-immunes, inflammatoires chroniques ou infectieuses et surtout à une carcinogenèse et à la progression de tumeurs. Ils peuvent être de bon bio-marqueurs de cancérisation et des cibles thérapeutiques. Objectifs : Ce projet se propose d’identifier sur des séries rétrospectives, des biomarqueurs permettant d’une part, de prédire le risque de progression des infections HPVs du col utérin. Plus spécifiquement ce projet vise à: 1- Étudier la mutation “rs1042522” du gène TP53 chez les femmes tunisiennes ayant le Papillomavirus. 2-Etudier le processus de l’intégration du génome des HPV à haut risque dans les lésions épidermoïdes cervicales 3- Etudier les variants des oncoprotéines du HPV et leurs associations avec la progression des lésions épidermoïdes cervicales 4- Etudier les effecteurs de signalisation de l’immunité et leur association avec la progression des lésions épidermoïdes cervicales et les types HPV 2.1 Etude du polymorphisme de TP53: Le HPV cible la p53 et d'autres protéines pour favoriser la réplication virale, tandis que la perturbation du contrôle du cycle cellulaire peut induire la persistance du HPV et la carcinogenèse cervicale. Les polymorphismes du gène TP53 modifient la conformation de la protéine p53, ce qui entraîne sa dégradation et donc la persistance du Papillomavirus. Dans la plupart des cas, le gène p53 est muté, donnant naissance à une protéine mutante stable dont l'accumulation est considérée comme une caractéristique des cellules cancéreuses. La mutation de la TP53 la plus associée au cancer du col de l’utérus est l’rs1042522 qui une mutation d’un seul nucléotide qui code pour l’acide aminé en position 72. Ce travail a été au départ initié par une étude bioinformatique pour la conception et le choix des amorces spécifiques, qui cadrent cette mutation sur l’exon 4 du gène TP53. L’étude a porté sur 125 échantillons conservés dans le Laboratoire d’Anatomie Pathologique de l’Institut Pasteur de Tunis, et qui ont été collectés pendant la période 2018- 2021. Notre cohorte comprend 105 lésions précancéreuses sous forme de frottis prélevés du col de l’utérus et 20 cas du cancer du col sous forme de biopsies fixées en paraffine. Les résultats de notre étude ont montré une association entre le polymorphisme du TP53 (Pro72 Arg) et la progression tumorale. En fait, le mutant dans sa forme homozygote (GG) et hétérozygote (CG) est fortement associé au développement malin probablement l’acide aminé Arginine 72 codé par le génotype muté code pour une P53 plus susceptible à la dégradation par les oncoprotéines. Nos résultats montrent que le mutant en ses différentes formes est en faveur de la progression tumorale (mastère soutenu par Zeineb Ben Jemia). Cette étude sera complétée par une étude fonctionnelle de l'interaction entre les différents variants de E6 et le mutant de p53. 2.2 Évaluation du statut HPV dans les lésions épidermoïdes cervicales Après conception des amorces spécifiques au gène E2 et optimisation de l’amplification du gène E2HPV16, la PCR a été effectuée sur 40 prélèvements HPV16+. L’amplification par PCR spécifique de ce gène indique qu’il est intact dans des prélèvements type (ASCUS, LSIL, normal). Ce gène est tronqué au niveau d’autres frottis cervicaux indiquant ainsi son intégration dans le génome de la cellule hôte. Le séquençage des produits amplifiés du gène E2 a été effectué afin d’analyser les variants de ce gène.
- 44. 43 2.3 Etude dupolymorphisme de l’oncoprotéine E5, E6 et E7 des HPV16 dans des lésions épidermoïdes cervicales Dans nos travaux antérieurs, nous avons commencé l’étude du polymorphisme des oncogènes E6, E7 et E5 dans des lésions épidermoïdes cervicales . Les différents variants de l’oncogène E- 6 ont été déterminés suite à l’alignement multiple de 32 séquences de E6 qui sont maintenues pour cette étude. L’alignement a été réalisé par le logiciel Mega X et les différentes séquences ont été par la suite comparées à la séquence de référence (Genbank accession No. K02718). Le travail décrivant les variations est en préparation pour publication (Genetic variations in E6 of Human Papillomavirus 16 among Tunisian women with cervical lesions ). L’étude de la polymorphisme du gène E5 a porté sur 100 échantillons répartis en biopsie et frottis dont 62 cas HPV16 positifs. Le gène E5 a été amplifié dans seulement 14 cas par une PCR simple (22.5%). Les mutations les plus fréquentes étaient la T3812G, la A3880C et la A4043G qui ont été réparties sur toutes les lésions précancéreuses et cancéreuses. Ces résultats nous permettent de suivre une étude fonctionnelle pour bien élucider le rôle de l’oncogène E5 et des mutations détectées dans le processus de cancérisation. Cette étude est en cours de finalisation par l’augmentation de nombre d’échantillons et une éventuelle étude de modélisation sur les variants étudiées. 2.4 Etude du polymorphisme de TLR9 et de l’association de l’expression des TLR 9 et TLR5 et TLR4 avec les grades du cancer du col utérin et HPV16 Cette étude a porté sur des cas témoins (frottis normaux, HPV négatif), frottis HPV positifs haut risque et bas risque et des lésions bas grade (Condylome, CIN1), Haut grade (CIN2, CIN3) et cancer invasif du col utérin. Après conception des amorces d’une région ciblée de l’exon 2 du gène TLR9 et optimisation des PCR suivie du séquençage Sanger, nous avons détecté plusieurs types de mutations: la mutation synonyme C2848T est associée au cancer invasif et à la surexpression de TLR9. D’autres mutations pathogènes selon les outils de prédiction réalisés ont été également détectées, telles que I 587 V. Cette mutation cause une altération du site d’épissage chez des patientes ayant un cancer invasif. Ces mutations sont associées au grade de lésion (cancer invasif), à la dérégulation de l’expression protéique (corrélation génotype/phénotype) et au type HPV Haut risque. 3. Programme 3 : Molécules bioactives à intérêt thérapeutique : valorisation et application sur des modèles de pathologie expérimentale : Leishmanioses, Cancer et Inflammation L’interaction hôte-pathogène est régie par des processus où le pathogène interfère avec des effecteurs cellulaires et des voies de signalisation contrôlant différentes situations pathologiques. Le groupe s’intéresse particulièrement à des pathologies associées à un déséquilibre de la vascularisation (Cancer et ischémie), ou inflammation chronique ou bien des maladies infectieuses (Leishmanioses) et focalise sur l'importance de substances naturelles bioactives dans la découverte d’agents thérapeutiques. L’objectif général de notre programme se résume essentiellement en deux points: 1- La valorisation de biomolécules naturelles (de diverses origines) sur des modèles pertinents de pathologie expérimentale in vitro et in vivo. 2- La caractérisation fine du mécanisme d’action et l’identification de cibles cellulaires impliquées dans l’action de ces biomolécules qui permettraient d’une part le développement de nouveaux agents thérapeutiques et d’autre part de comprendre un aspect lié à l’échec thérapeutique rencontré avec les molécules actuellement utilisées en thérapie. Financements : LR16IPT04; PCI 1. Problématique associée aux biomolécules et modèles de pathologie (ex cancer, inflammation chronique) K. Essafi-Benkhadir, H. Karoui, S. Souid, S. Souissi (Mastère) Notre objectif est d'identifier des biomolécules actives à partir de sources naturelles et de nouveaux effecteurs cellulaires susceptibles de ciblage de médicaments dans certains cancers dans la perspective d’aider à développer de nouvelles thérapies et des combinaisons de médicaments pour améliorer l'efficacité et la réponse au traitement. L’identification des mécanismes moléculaires responsables de la résistance à la chimiothérapie est importante pour le traitement et la survie des patients atteints d’un cancer. La compréhension de ces mécanismes permettrait l’identification de marqueurs prédictifs et de cibles thérapeutiques intéressantes. - Les biomolécules comme outils de choix: La nature par son impressionnante richesse, sa complexité et sa biodiversité est une source de biomolécules aux propriétés thérapeutiques intéressantes et nos travaux se basent sur l’identification de biomolécules anti-tumorales non toxiques modulant différents processus clés de la progression tumorale. - Le Modèle de pathologie expérimentale in cellulo : des cellules saines (fibroblastes, cellules endothéliales…etc) et des lignées tumorales originaires de différents types de cancer. Chaque cancer possède une spécificité particulière. Ainsi, notre choix a été orienté vers des cancers se caractérisant par : 1/ Des mutations du gène suppresseur de tumeurs codant pour la protéine p53 responsables de l’inactivation fonctionnelle de la protéine p53 et par conséquent associées à un échec thérapeutique lié à la résistance des tumeurs P53 (mut) ou (-/-) aux traitements (ex : cancer colorectal).
- 45. 44 2/ Des mutationset des activations aberrantes de récepteurs à activité tyrosine kinase (RTK) qui sont liées de manière causale au cancer et dont la dérégulation a souvent été associée à un mauvais pronostic, faisant de ces récepteurs des cibles intéressantes dans le développement de molécules thérapeutiques dans de nombreux essais cliniques (ex : Leucémie Myéloïde Chronique et cancer du sein). 3/ L'interaction dynamique entre les cellules néoplasiques et le microenvironnement immunitaire régule chaque étape du processus métastatique avec une contribution majeure des cellules immunitaires dans l'invasion et la dissémination métastatique via la sécrétion de facteurs inflammatoires qui favorisent la transition épithélio-mésenchymateuse et le remodelage du stroma Résultats obtenus (R): Essafi-Benkhadir K. et collaborateurs R1-R3/Les macrophages du microenvironnement tumoral «les macrophages associés aux tumeurs (TAM)» jouent un rôle primordial dans la progression des cancers et se caractérisent par des différences phénotypiques et une diversité fonctionnelle en réponse aux facteurs tumoraux sécrétés (cytokines, chimiokines et facteurs de croissance). Afin de mieux comprendre l’interaction du macrophage-cellule tumorale et proposer un composé qui cible non seulement la cellule cancéreuse mais également les TAM, nous avons mimé in vitro ce qui se passe dans le microenvironnement tumoral moyennant des co-cultures de cellules tumorales et des cellules THP1 différenciées en macrophages comme modèle en absence et en présence des biomolécules d’intérêt. Nos résultats ont permis la sélection d’une biomolécule active réduisant la viabilité de la cellule tumorale colorectale indépendamment de son statut p53 et capable de moduler différents effecteurs cellulaires impliqués dans l’interaction cellule tumorale-macrophage. Une analyse fine du mécanisme d’action régissant ces activités pharmacologiques est en cours. R2/ Le fractionnement bioguidé de l’extrait de la plante Ziziphus lotus sur les cellules humaines originaires d’une leucémie myéloïde chronique (LMC), les cellules K562 caractérisées par une activation constitutive de RTK, a abouti à la purification et à l’identification de plusieurs composés dotés d’une activité anti-tumorale comparable à la drogue de référence pour les LMC, l’Imatinib Mésylate. Un des composés validé et son analogue (synthétisé dans le cadre d’une collaboration avec le Pr Khalid El-Sayed, Université de Louisiana, Monroe, USA) ont bloqué la viabilité cellulaire par une induction de la différenciation et/ou l’autophagie des cellules K562. Les mécanismes moléculaires impliqués dans l’induction de la différenciation des cellules et la stimulation de l’autophagie ont permis de valider plusieurs effecteurs cellulaires associés à ces processus. De même, certaines molécules purifiées ont exercé des activités anti-prolifératives à la fois sur différentes lignées leucémiques K562, JURL-MK1 et LAMA sensibles et résistantes (collaboration scientifique avec le Dr Mary Didier, Centre Méditerranéen de Médecine Moléculaire (C3M), U1065-INSERM-Nice, France, équipe «Cancer, cellules souches leucémiques et inflammation»). Les résultats obtenus suggèrent que les biomolécules identifiées exercent leurs effets via la modulation de la respiration mitochondriale et les activités métabolique, glycolytique de ces cellules. L’analyse des acteurs cellulaires régissant ces activités pharmacologiques est en cours. Travaux de collaborations avec d’autres Laboratoires de l’Institut Pasteur : Une étroite collaboration, basée sur des compétences complémentaires, avec le Laboratoire de Biomolécules, Venins et Applications Théranostiques (Najet Srairi-Abid et des membres de son équipe) a capitalisé sur l’expertise de l’équipe (Khadija Essafi-Benkhadir) dans la dissection et l’analyse fine des voies de signalisation et les effecteurs cellulaires impliqués dans certains processus pathologiques notamment les cancers et l’inflammation Chronique. Cette collaboration a formalisé un historique d’interactions scientifiques à travers des projets de recherche et/ou des publications scientifiques communes qui ont renforcé les liens existants (Aissaoui et al., Molecules 2021; Abdelkefi-Koubaa et al., Toxins 2021 ; Jebali et al., en préparation). De même, l’équipe (Khadija Essafi-Benkhadir) est engagée dans une collaboration scientifique dans le cadre d’un projet collaboratif interne avec Houyem Ouragini du Laboratoire d’hématologie cellulaire. Ce projet vise 1/ l’identification de nouveaux réseaux d’interaction de micro-ARNs (miRs) qui seraient impliqués dans la régulation de l’expression de l’Hémoglobine foetale (Haddad et al., soumis pour publication) et 2/ La caractérisation du mécanisme d’action de miRs identifiés dans des modèles cellulaires. 2. Biomolécules et modèles de pathologie (ex Leishmanioses) Aloui Z, Neffati N, Guizani I et Karoui H Problématique et Objectifs : En Tunisie, malgré le développement du pays et l’amélioration des conditions sanitaires, les maladies infectieuses sont encore à l’origine de 3,4% de mortalité annuelle. Les zoonoses causées par des parasites protozoaires du genre Leishmania se caractérisent par une morbidité importante et un coût de prise en charge élevé par les structures hospitalières. L’isolement de produits naturels bioactifs offre un parcours unique efficace à la découverte de nouveaux agents anti-infectieux. Résultats obtenus : Nous avons criblé des espèces médicinales collectées dans plusieurs localités géographiques en Tunisie (collaboration avec l’Unité Ressources Phytogénétiques et Biotechnologie Végétale (INSAT), dirigée par le Professeur Mohamed Boussaid) et testé leur effet contre le parasite Leishmania ssp. Nos études ont montré qu’un ensemble d’extraits est doté d’un important pouvoir anti-leishmanien qui se traduit par une interférence avec le cycle vital et prolifératif du parasite (Aloui et al., 2016; Neffati et al., 2017). Un fractionnement bioguidé de ces extraits de plantes est envisagé afin d’identifier le ou les composés responsables de leur activité anti-leishmanienne et décrire leur mécanisme d’action à l’échelle moléculaire et cellulaire. Pour les huiles essentielles de l’espèce Artemisia, leurs caractérisations par GC-MS (Aloui et al., 2016) ont montré une analyse qualitative et quantitative des différents composés. Certains de ces composés ont été
- 46. 45 criblés et testéscontre la souche de Leishmania (L. major E29) qui cause la maladie cutanée et ce afin d’identifier le ou les composés responsables de l’activité ainsi que le synergisme entre ces différents composés (Tableau 1). Le choix de ces composés est basé sur leurs pourcentages (ordre décroissant) dans l’huile essentielle totale. Ils ont présenté diverses IC50; certains de ses composés sont prometteurs (Aloui et al., in preparation). 3. Conception, formulation et production de dispositifs parapharmaceutiques à base d’huiles de plantes aromatiques et médicinales pour le traitement d’altérations cutanées Zohra Aloui est bénéficiaire (PI) d’un projet PAQ-PAES (MES & ANPR), Financement Banque Mondiale. Ce projet a pour objectif l’innovation et la valorisation des résultats de la recherche. Il capitalise sur les compétences en recherche acquises durant la carrière scientifique des chercheurs financés. Il consiste au montage et à la création d’une spin-off universitaire spécialisée dans la fabrication de dispositifs parapharmaceutiques et ayant comme effet la réparation et/ou la prévention des altérations cutanées. Cette Spin-off est incubée à l’Institut Pasteur de Tunis, et opère dans le secteur: “Biotechnologie / Santé et bien être”. Les produits de cette Spin-off sont des produits parapharmaceutiques innovants en terme d’activité et en système de vectorisation, présentés sous différentes formes galéniques contenant des principes actifs naturels issus de plantes aromatiques et médicinales (huiles essentielles, extraits de plantes médicinales) et véhiculés dans des systèmes de vectorisation naturels qui les rendent pénétrants et exempts de toxicité (en utilisant notamment des bio-polymères, des huiles végétales et de l’argile). Le choix des principes actifs émane de nos résultats de recherche sur des substances naturelles bioactives à partir des plantes aromatiques et médicinales originaires de la Tunisie, ainsi que sur des données de la phytothérapie/aromathérapie. Notre objectif est la mise sur le marché d’une nouvelle marque de produits d’origine naturelle innovants et bioactifs, capables de prendre une part de marché National et International en particulier Africain. A travers ce projet qui vise la promotion du transfert des connaissances et des technologies des milieux universitaires vers le monde professionnel ainsi que l’appui à la création et au fonctionnement des Spin-Offs, nous avons bénéficié de fonds pour le pré-amorçage de notre entreprise innovante et par la suite la création d’emplois qualifiés. C’est une opportunité également pour valoriser les résultats de recherche et pour aspirer les jeunes chercheurs dans le monde de l’entreprenariat et bénéficier de leurs compétences. Le projet est à 73% de sa réalisation avec 85% de son budget consommé. 4. Programme 4 : Covid19 : Approches au diagnostic et à la thérapie Guizani I, Harigua E, Bel Hadj Ali I, Souguir H, Ardhaoui M, Y.Z. Abdelkrim, A.S. Chakroun, Y. Saadi, F. Akermi (Mastère) Objectifs: 1. Aide au diagnostic du Covid 19 par des tests ADN rapides sur prélèvements nasopharyngés et par intelligence artificielle sur imagerie thoracique 2. Repositionnement de médicaments ciblant les protéases du virus Sars Cov2 Financements : PRF Lutte Covid19 (D5P1) (objectif 1) ; Urgence Covid19- Covid Antiproteases (objectif 2) 1- Contributions au Projet fédéré de recherche « Lutte Covid19 » : Evaluer, prédire et agir : stratégie fédérée pour la lutte contre la Covid 19 1.1 Mise au point et évaluation de principe de tests FAST-PCR associés à une détection par chromatographie en flux latéral sur une bandelette incluant une étape d’amplification du signal par Crisp-Cas (H. Souguir,I. Belhaj Ali, C. Werchfeni (MSc)) Le travail mené dans le cadre de ce workpackage a porté sur 5 cibles génomiques virales (S, N, E, ORF1ab, RdRP) et 14 couples d’amorces. Le criblage de ces amorces a été effectué de manière séquentielle pour une utilisation en Fast-PCR. Ainsi, quatre paires d’amorces utilisées en qPCR (4/5) ont été expérimentalement retenues et optimisées pour une amplification en Fast-PCR, selon la technique de détection, au moyen d’amorces marquées ou non. Les optimisations relatives à quatre nouveaux couples d’amorces (4/9) sont en cours. Concernant la détection des produits d’amplification, deux approches possibles sont envisagées : la détection directe sur bandelette grâce à des amorces marquées, la révélation de l’activité collatérale de Cas12a, dans le milieu réactionnel, qui est activée par le produit d’amplification sur une bandelette grâce à un reporter marqué. Les deux approches ont été abordées lors de la 1ère année : a- Détection directe des produits amplifiés sur bandelette : Un test Fast PCR, ciblant le gène codant pour la protéine N, a été développé et validé sur 39 ADNc (21 cas positifs et 18 négatifs) avec une sensibilité de 81% sur gel d’agarose et 100% sur bandelette. A l’exception d’un cas, tous les négatifs étaient négatifs avec ce test. Cela valide aussi le principe de l’utilisation de la FAST-PCR couplée à une bandelette comme un test rapide de diagnostic de la covid19 (1h vs 2h30) permettant aussi de l’utiliser sans grand besoin en équipements sophistiqués, et aussi à moindre coût. b- Détection visuelle après activation de la Cas12a : Trois tests Fast-PCR ciblant trois différents gènes codant pour des protéines structurales du virus ont été mis en place et sont actuellement retenus pour cette détection. Le système de détection CRISPR Cas12a a été également mis en place. Testé sur une sélection d’échantillons d’ADNc extraits de prélèvements nasopharyngés de patients SARS-CoV+ (N=15) et SARS-CoV- (N=13), ce système a montré une sensibilité de 73,3% et une spécificité de 92,3% comparé à la RT-q-PCR considérée comme technique de référence (Mastère C. Werchfeni). Ce système est en cours d’optimisation afin d’améliorer ses performances. Une substitution de la fast-PCR par une amplification isotherme est également en cours de réalisation.
- 47. 46 1.2 Mise aupoint d’un système digital d’aide au diagnostic (E.Harigua) Le travail réalisé dans le cadre de ce workpackage, est exécuté dans le cadre d’un partenariat avec la Startup « Artificial Intelligence for Health Development » (AI4HD), une équipe mixte IPT-AI4HD a développé un algorithme en intelligence artificielle pour détecter une covid19 sur des scans thoraciques. L’évaluation des performances de cet algorithme a été effectuée sur des données publiques chinoises et italiennes ; cela a permis d’estimer la précision de cet algorithme (92%). L’équipe a aussi développé une version alpha d’un système de gestion de données pour patients COVID-19. Le système nécessite une amélioration. Des contacts ont été pris avec des équipes de cliniciens qui seraient intéressées par ces développements en partenariat. Des difficultés à implémenter la collaboration et le transfert des données cliniques ont été rencontrées, et un manque de personnel dédié à l’amélioration des algorithmes d’IA a constitué un obstacle majeur devant la finalisation des objectifs du projet. 2-Projet Covid Anti-protéases Le projet est réalisé en collaboration avec plusieurs équipes pasteuriennes (IP, Paris) qui maîtrisent les aspects relatifs à la validation expérimentale des composés, entre autres. Par des approches computationnelles, nous avons ciblé les deux protéases du sars-cov-2, la Mpro et la PLpro, pour l'identification de nouvelles molécules thérapeutiques. Une fouille extensive de la base de données PDB a permis d'identifier des structures cristallographiques d'intérêt pour les criblages virtuels. Ces structures ont été utilisées comme cibles pour le docking à haut débit de librairies de molécules chimiques. Des méthodes d'analyses développées spécialement pour ce projet et adaptées à la taille des résultats des criblages effectués ont permis d'identifier des molécules potentiellement actives contre les protéases du sars-cov-2 (~300). Des validations expérimentales par un test cellulaire type nano-luc des molécules ciblant la Mpro ont été effectuées. Une dizaine de molécules sont retenues et seront prochainement testées sur la croissance du virus en vue de valider leur effet antiviral (Chen at al., soumis en 2021, accepté en 2022). Une approche similaire a été implémentée dans le cadre d’un projet de mastère (F. Akermi) ciblant la deuxième cible PLpro. Un criblage d’une collection de 5903 médicaments approuvés par plusieurs organismes internationaux a été effectué in silico avec une sélection de 38 molécules ayant un potentiel inhibiteur de la PLpro du SARS-Cov- 2. Publications 1. “Multilocus sequence analysis provides new insight into population structure and genetic diversity of Leishmania tropica in Morocco”.El Kacem S, Kbaich MA, Daoui O, Charoute H, Mhaidi I, Ejghal R, Barhoumi M, Guizani I, Bennani H, Lemrani M. Infect Genet Evol. 2021 Sep;93:104932. 2. “Dipeptidyl peptidase III as a DNA marker to investigate epidemiology and taxonomy of Old World Leishmania species” Insaf Bel Hadj Ali, Hamed Chouaieb, Yusr Saadi Ben Aoun, Emna Harigua- Souiai, Hejer Souguir, Alia Yaacoub, Oussaïma El Dbouni, Zoubir Harrat, Maowia M. Mukhtar, Moncef Ben Said, Nabil Haddad, Akila Fathallah-Mili, Ikram Guizani. 2021, PLoS Negl Trop Dis 15(7): e0009530. 3. “The In Silico Identification of Potential Members of the Ded1/DDX3 Subfamily of DEAD-Box RNA Helicases from the Protozoan Parasite Leishmania infantum and Their Analyses in Yeast”. Mokdadi M, Abdelkrim YZ, Banroques J, Huvelle E, Oualha R, Yeter-Alat H, Guizani I, Barhoumi M, Tanner NK.Genes (Basel). 2021 Feb 1;12(2):212. 4. “Deep Learning Algorithms Achieved Satisfactory Predictions When Trained on a Novel Collection of Anticoronavirus Molecules». Emna Harigua-Souiai, Mohamed Mahmoud Heinhane, Yosser Zina Abdelkrim, Oussama Souiai, Ines Abdeljaoued-Tej and Ikram Guizani. Front. Genet., 29 November 2021 https://doi.org/10.3389/fgene.2021.744170 5. “AaTs-1: A Tetrapeptide from Androctonus australis Scorpion Venom, “Inhibiting U87 Glioblastoma Cells Proliferation by p53 and FPRL-1 Up-Regulations “; Dorra Aissaoui-Zid, Mohamed-Chiheb Saada, Wassim Moslah, Marie Potier-Cartereau, Aude Lemettre, Houcemeddine Othman, Marc Gaysinski, Zaineb Abdelkafi-Koubaa, Soumaya Souid, Naziha Marrakchi, Christophe Vandier, Khadija Essafi-Benkhadir, Najet Srairi-Abid; Academic Editors: Magdalena Ligor and Aleksandra Szydłowska-Czerniak: Molecules 2021, 26(24), 7610; 6. “Pharmacological Investigation of CC-LAAO, an L-Amino Acid Oxidase from Cerastes cerastes Snake Venom” ; Zaineb Abdelkafi-Koubaa, Ines ELBini-Dhouib, Soumaya Souid,Jed Jebali, Raoudha Doghri, Najet Srairi-Abid, Khadija Essafi-Benkhadir, Olivier Micheau,Naziha Marrakchi ; Toxins 2021, 13(12), 904; 7. “Nested PCR followed by NGS: Validation and application for HPV genotyping of Tunisian cervical samples”. Monia Ardhaoui, Emna Ennaifer, Anna Christina De Matos Salim, Flavio Marcom Gomez,
- 48. 47 Thalja Laassili, MedSamir Boubaker, Ikram Guizani. PLOS ONE | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0255914 August 11, 2021 8. “Atelerix algirus, the North African Hedgehog: Suitable Wild Host for Infected Ticks and Fleas and Reservoir of Vector-Borne Pathogens in Tunisia”. Ghofrane Balti, Clemence Galon, Moufida Derghal, Hejer Souguir, Souheila Guerbouj, Adel Rhim, Jomâa Chemkhi, Ikram Guizani, Ali Bouattour, Sara Moutailler and Youmna M’ghirbi ; Pathogens 2021, 10, 953. https://doi.org/10.3390/pathogens10080953 9. “Distribution of human papillomavirus in precancerous and cancerous cervical neoplasia in Tunisian women”; Rahima Bel Haj Rhouma , Monia Ardhaoui, Emna El Fehri, Asma Marzougui, Thalja Laassili, Ikram Guizani, Med Samir Boubaker and Emna Ennaifer; Infectious Agents and Cancer (16 juillet 2021) 16:52 https://doi.org/10.1186/s13027-021-00392-1 Chapitre d’ouvrage 1- Abdelkrim YZ, Banroques J, Kyle Tanner N. « Known Inhibitors of RNA Helicases and Their Therapeutic Potential ». Methods Mol Biol. 2021;2209:35-52. doi: 10.1007/978-1-0716-0935-4_3. PMID: 33201461. 6. Financements obtenus et en cours pendant l’année 2021 1. Contrat Programme de laboratoire / LR16IPT04 - MERST(2020-2023) PIs : Ikram Guizani, Emna Ennaifer & Habib Karoui. « Épidémiologie moléculaire et pathologie expérimentale» - 90000 TND. 2. Projet fédéré de recherche Covid19 (2020-2021) Coordinatrice : I. Guizani ; PIs : J. Bettaieb, S. Ben Miled, H. Triki, M. Ben Ahmed, D. Laouini, I. Belhadj Ali, E. Harigua. Lutte Covid19 « Evaluer, prédire et agir : une stratégie fédérée pour la lutte contre la Covid 19 » (200000 TND/ an) 3. Institut Pasteur - Urgence COVID-19 (2020-2021) PI: E. Harigua. « Cov2 Anti-Proteases: Structure-based drug discovery and repurposing targeting the SARS-CoV-2 proteases » 4. PROMESSE-PAQ (2020-2021) PI : Z. Aloui. « Conception, formulation et production de dispositifs para pharmaceutiques à base d’huiles de plantes aromatiques et médicinales pour le traitement d’altérations cutanées » - total : 103000 TND 5. Programme du Centre d’investigation clinique de l’IPT (2017-2021) PI : I. Guizani. «Évaluation comparée d’outils moléculaires de nouvelle génération pour le diagnostic moléculaire de la leishmaniose cutanée » projet au sein du programme CIC intitulé: "Maladies transmissibles : Histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement", Directeur du CIC: Henda Triki. CIC2 :67500DT 6. Prg /PCI de l'IPT 2019-2021 PI:Mourad Barhoumi. «Evaluation of the immunotherapeutic potential of Leishmania tarentolae expressing LieIF and/or the salivary protein of Phlebotomus papatasi PPTSP44, in L. major-infected BALB/c mice» (20000 DT/ An) 7. PEER- Women Mentoring: NAS-USAID 2019-2020 PI:Insaf BelHadj Ali. «POC CL Diagnosis: Handheld Fast PCR assays and Lateral flow detection for Leishmania Parasites Detection and Identification», 10000$ 8. PEER- Women Mentoring: NAS-USAID 2019-2021 PI: Emna Harigua. «AIR2D: Algorithm for an Integrative Repurposing & Discover of Drugs against Neglected Tropical Diseases» (10000 Dollars) 9. Programme PCI de l’IPT (2018-2020)PI:Houyem Ouragini, Co-Invest : Essafi-Benkhadir Khadija. «Implication des microARNs dans la Régulation de l’expression de l’Hémoglobine Fœtale». Projet collaboratif impliquant aussi le LR16IPT07 (20000 DT/ an) 10. Programme PCI de l’IPT (2018-2020) PI: Youmna M’ghribi, Co-PI : Souheila Guerbouj. «Bionomics of zoonotic vector-borne pathogens in wild and domestic mammals in northern west of Tunisia, an endemic area for leishmaniasis: A one health perspective». Projet collaboratif impliquant aussi le LR20IPT02,20000DT/ an 11. Projet ACIP- RIIP LeiSHield-MATI (2019-2020) Co-invest: Ikram Guizani, Mourad Barhoumi. «A multi- disciplinary integrative approach toward understanding clinical, molecular and socio-economic factors underlying cutaneous leishmaniasis across Morocco, Algeria, Tunisia and Iran» 12. Contrat consultante COVID –OMS - 2020-2022- Emna Fehri 13. Projet EURISE(2018-2020) PI: H. Louzir Co-invest: I Guizani (Extension jusqu'en fin 2023) 14. PEER/ NAS –USAID (2017-2020 prolongation sans incidence financière jusqu’à fin 2022) PI : I. Guizani. «Diagnosis of Cutaneous Leishmaniasis: Development and Evaluation of Multiplex POC DNA Assays» (projet collaboratif pour un montant total de 296 000 USD)– extension sans frais fin 2022 15. Agence Universitaire pour la Francophonie (2016 - 2017) PI : I. Guizani. «Génomique comparée de Leishmania infantum: Déterminants génétiques impliqués dans la pathogénie ; applications diagnostiques et stratégiques pour la lutte». (60000 euros) Les chiffres clés du laboratoire en 2021 5 enseignements non rémunérés 29 vacations ou cours rémunérés. 32 participations à des Jury pour l’obtention de diplôme national ou international.
- 49. 48 18 Participations àdes Commissions Nationales et Internationales 12 communications orales et affichées nationales et internationales. 9 publications internationales (2021) 1 publication internationale chapitre d’ouvrage. 3 demandes de brevet ou contrat de valorisation. 15 projets (15 projets en cours ) 8 diplômes soutenus (1 Thèse en sciences, 4 Mastères de recherches, 1 PFE et 2 PFE d’ingénieur ). 8 diplômes en cours (6 Thèses de Doctorat et 2 Mastères). 3 Habilitations Universitaires en cours de préparation 12 formations continues en Tunisie
- 50. 49 Laboratoire de GénomiqueBiomédicale et Oncogénétique Prénom, Nom Titre /Fonction Sonia ABDELHAK Biologiste Principal/ Chef du laboratoire Mohamed Samir BOUBAKER Professeur/ Chef de Service Laboratoire d’Anatomo-Pathologie Humaine et Expérimentale, IPT Ahlem AMOURI Professeur/ Chef de Service de Cytogénétique, IPT Rym KEFI-BEN ATIG Maître de conférences Houda YACOUB Biologiste Principal Olfa MESSAOUD Biologiste adjoint Cherine CHARFEDDINE Maître-Assistant de l’Enseignement Supérieur Najla MEZGHANI Maître Assistant de l’Enseignement Supérieur Lilia ROMDHANE Maître-Assistant de l’enseignement Supérieur Haifa TOUNSI GUETITI Maître de Conférence Agrégé en Histologie Pathologie Hamouda BOUSSEN Professeur/ Chef de Service d’Oncologie Médicale, Hôpital Abderrahmane Mami Mohamed Moussadak AZZOUZ Professeur/ Chef de Service de Gastro-entérologie, Hôpital Régional de Nabeul. Meriem JONES Maître de conférences Agrégée en Dermatologie Emna CHELBI Professeur Agrégé Nesrine MEJRI Maître de conférences Agrégée en Oncologie Médicale Wiem AYED Maître de conférences Agrégée en Histo-Embryologie Jihene MARRAKCHI Maître de conférences Agrégée en ORL Rim ZAININE Maître de conférences Agrégée en ORL Sonia BEN NASER Assistante Hospitalo-Universitaire en Oncologie Médicale Houda BELFKI Assistante Hospitalo-Universitaire Hanen BOUAZIZ Maître de conférences Agrégée en Chirurgie Oncologique Olfa SELMI Assistante Hospitalo-Universitaire en Histo-Embryologie
- 51. 50 Cadres ayant ungrade équivalent au grade d’assistant de l’enseignement supérieur Maria KABBAGE Chercheur Post doctorant Yosr HAMDI Biologiste adjoint contractuel Nadia ZITOUNA Chercheur Post doctorant Meriem FASSATOUI Chercheur Post doctorant Haifa JMEL Chercheur Post doctorant Asma CHIKHAOUI Chercheur Post doctorant Hamza DALLALI Chercheur Post doctorant Jihene BRAHAM AYARI Médecin Spécialiste Abdelmajid ABID Prof Chercheur associé Chokri NAOUALI Etudiant en Fin de thèse Amira JABALLAH Assistante Universitaire Contractuelle Ines BEN AYED Assistante Universitaire Contractuelle Hamza YAICHE Assistant universitaire contractuel Imène NABOULI Etudiante en Fin de thèse Marwa SAYEB Etudiante en Fin de thèse Chiraz MEHEMMAI Etudiante en Fin de thèse Techniciens Safa ROMDHANE Technicien Principal Sihem BEN FADHEL Technicien Principal Imen CHARFI Technicien Supérieur Ouvriers Fatma HABBACHI Ouvrier Etudiants en mastère de recherche
- 52. 51 Wided BOUKHALFA Etudianteen mastère Ismail GOUIZA Etudiant en mastère Etudiants en PFE Nour Elhouda Karoui PFE Zeinab FRIDHI PFE Sameh KEFI PFE Meriem CHAKCHOUK PFE Dorra KLIBI et Yasmine BELHAJALI PFE Doctorants (préparant une thèse de doctorat es-sciences) Nadia BEN JEMII Etudiante en thèse es Sciences Abir BELHAJ ALI Etudiante en thèse es Sciences Ghaith ABDESSALEM Etudiant en thèse es Sciences Meriem HECHMI Etudiante en thèse es Sciences Najah MIGHRI Etudiante en thèse es Sciences Nesrine MEJRI Etudiante en thèse es Sciences Ichraf KRAOUA Etudiante en thèse es Sciences Maroua BOUJEMAA Etudiante en thèse es Sciences Rahma MKAOUAR Etudiante en thèse es Sciences Jihene BEN AISSA Etudiante en thèse es Sciences Haifa TOUNSI Etudiante en thèse es Sciences Wiem AYED Etudiante en thèse es Sciences Sami BOUCHOUCHA Etudiant en thèse es Sciences Amel SAAIDI Etudiant en thèse es Sciences Khouloud ZAYOUD Etudiante en thèse es Sciences Nesrine MEZZI Etudiante en thèse es Sciences
- 53. 52 Nadia KHERIJI Etudianteen thèse es Sciences Dorra NAJJAR Etudiante en thèse es Sciences Dorra WIDER Etudiante en thèse es Sciences Rim JENNI Etudiante en thèse es Sciences Présentation du laboratoire et réalisations en 2021 Introduction Notre Laboratoire de recherche a été créé en 2012 en regroupant une partie des activités de recherche du service d’anatomie pathologique et expérimentale et celles du service de cytogénétique ainsi que les activités de l’unité de recherche sur l’investigation moléculaire des maladies orphelines d’origine génétique. Cette dernière a été elle-même créée en 2004 suite à l’évolution du groupe de recherche en génétique humaine mis en place depuis septembre 1997. Ainsi, depuis plus de vingt ans, nos travaux ont eu pour objectif principal l’investigation multi-disciplinaire des maladies génétiques rares dans la population tunisienne. L’évolution de nos activités de recherche nous a conduits à l’étude de maladies non-transmissibles communes, surtout dans leurs formes mendéliennes, en particulier les pathologies prédisposant aux cancers et au diabète. A la fin du contrat programme 2016-2019, nos travaux ont été évalués positivement et le laboratoire a été reconduit. Le nouveau contrat programme 2021-2023 a pour objectif global d’étudier l’étiologie génétique et l’épigénétique des maladies non transmissibles (maladies génétiques rares, maladies dégénératives associées au vieillissement, cancers et diabètes). Il s’agit d’une recherche translationnelle qui vise à répondre à la priorité nationale de prévention des maladies non transmissibles. Il a été subdivisé en 4 projets de recherche : - Le premier projet visait à identifier l’étiologie moléculaire des maladies génétiques rares par des approches génomiques et post-génomiques. Les approches post-génomiques font appel à des techniques de séquençage et de génotypage de nouvelle génération (NGS). Compte tenu du grand nombre de variants identifiés, ces approches nécessitent des analyses bioinformatiques assez poussées ainsi qu’une validation à l’échelle des familles de malades et de la population étudiée. Une validation fonctionnelle est également indispensable et nécessite l’utilisation de modèles cellulaires appropriés pour mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques associés. - Le deuxième projet visait à étudier les facteurs génétiques prédisposant aux cancers et affectant leur progression afin d’identifier des biomarqueurs à valeur diagnostique, pronostique et ou théranostique. En plus des techniques classiques d’investigation histo-pathologiques et moléculaires, nous avons étudié le microenvironnement tumoral et nous avons fait appel à des outils NGS, transcriptomique et protéomique. - Le troisième projet porte sur l’étude de la variabilité génomique des populations maghrébines et son impact sur la susceptibilité aux maladies métaboliques monogéniques et multifactorielles. L'intégration de données multidisciplinaires et l’utilisation des techniques de séquençage et de génotypage de nouvelle génération permettront d'identifier les mutations causales et des biomarqueurs à valeur diagnostique, de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques des maladies métaboliques et de mettre en place une médecine de précision en faveur des patients diabétiques en Tunisie. - Le quatrième projet vise à étudier de manière pluridisciplinaire un groupe de maladies rares d’origine génétique qui prédisposent au vieillissement pathologique qui engendre les cancers et les troubles neurodégénératives et/ou musculaires. Ce projet se base sur : (i) l’identification de l’étiologie génétique pour confirmer le diagnostic clinique (ii) l’exploration des mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués, (iii) l’investigation de nouveaux outils de diagnostic et (iv) et la proposition de nouvelles voies thérapeutiques. Les travaux de l’axe 4 se reposent sur l’utilisation de modèles cellulaires ultra-rares comme les cellules souches musculaires et les cultures primaires génotypées spécifiques à ces pathologies. - Nos études ont conduit à l’identification des gènes impliqués dans plusieurs groupes de maladies et à la description du spectre mutationnel dans la population tunisienne. - Nous notons l’évolution suivante de nos axes de recherche et de nos travaux collaboratifs à l’échelle institutionnelle, nationale et internationale : - Une intégration dans des consortiums de recherche translationnelle avec un transfert de savoir-faire sur l’investigation moléculaires des maladies génétiques vers les structures hospitalières (projet du Centre d’Investigation Clinique CIC Neurosciences et maladies mentales) et un échange de connaissances et de compétences avec ces structures. - l’engagement dans des projets institutionnels coordonnés par des jeunes chercheurs notamment le projet PEJC: “Développement et mise en place d’un portail d’informations sur les maladies génétiques en Tunisie (2019-2021)”, le projet PCI- Aging (2019-2021), et le projet InSPIRES:”Boutique des sciences”: Etude épidémiologique du diabète de type 2 et de l’hypertension artérielle dans la région de Zaghouan (2020-2022) - Une évolution des travaux d’investigation des maladies génétiques vers des études fonctionnelles qui ont été initiés via des projets pilotes financés par le Réseau International des Instituts Pasteurs RIIP (ACIP-Myopath (2015-2017) et PTR- Rejuvenage (2017-2020)) et qui visent à préciser les mécanismes physiopathologiques impliquant l’inflammation et le stress oxydatif incriminés dans les pathologies progéroides, neuro-musculaires et dans le vieillissement pathologique. Ces projets sont reconduits dans le cadre du contrat programme 2020-2023. - une interaction de plus en plus marquée entre les axes de recherche avec des transferts de connaissances par l’investigation génétique en utilisant les outils de séquençage de nouvelle génération qui s’est généralisée à tous nos
- 54. 53 programmes de recherche. -l’ouverture à de nouvelles investigations de mécanismes épigénétiques (études des miRNA dans les cancers du système digestif), études du microbiote intestinal dans les maladies métaboliques ainsi que l’étude du stress oxydatif aussi bien dans le diabète et ses complications (ACIP45-17,2018-2021), et un projet sur la caractérisation génétique des diabètes monogéniques (PID15518 –GenDiabet, financement Easi-Genomics, 2021-2023) - l’implication dans l’implémentation des projets H2020 Inspires “Ingenious Science shops to promote Participatory Innovation, Research and Equity in Science”, dont le PI tunisien est M. Hichem Ben Hassine et PHINDAccess « Strengthening Omics data analysis capacities in pathogen-host interaction » coordonné par Dr Helmi Mardassi. THEMATIQUES ESSENTIELLES DE RECHERCHE : Projet 1 : Recherche trans- disciplinaire et participative sur les maladies rares et ultra-rares Projet 2 : Oncogénétique, pathologie des cancers et médecine de précision Projet 3 : Génomique des populations maghrébines et maladies métaboliques Projet 4 : Neuro-dégénérescence et maladies du vieillissement : mécanismes et stratégies thérapeutiques. Projet 1 : Recherche trans- disciplinaire et participative sur les maladies rares et ultra-rares Chef de projet : Pr Sonia ABDELHAK WP 1-1 : Développement de stratégies pour le diagnostic des maladies rares et ultra-rares avec des technologies innovantes (NGS, Bioinformatique, Graphène) Pour ce WP, nous ne rapportons que les résultats obtenus et valorisés pour une partie des sous-projets 1 et 3. Sous-Projet 1 : Utilisation du NGS pour le diagnostic des maladies rares et ultra-rares : Investigation de formes atypiques de maladies génétiques rares et ultra-rares Ce projet fait partie des travaux d’habilitation universitaire du Dr Lilia Romdhane du Dr Cherine Charfeddine et du Dr Olfa Messaoud ainsi que de la thèse de Mme Rahma Mkaouar, de Mme Nessrine Mezzi et du Dr Ichraf Kraoua Dans notre laboratoire nous continuons à contribuer à la caractérisation moléculaire de plusieurs maladies génétiques rares et ultra rares en Tunisie et dans la région. Ainsi nos travaux publiés en 2021 ont porté sur les affections suivantes caractérisées dans la population tunisienne : des formes particulières d’ichthyoses (Charfeddine et al, 2021), l’hypogonadisme hypogonadotrope (Mkaouar et al, 2021a) ; la maladie de Fanconi (Belhaj Ali et al. 2021), des maladies métaboliques qui s’accompagnent d’une atteinte auditive telles que l’alpha-mannosidose (Mkaouar et al. 2021b) ainsi que les leucodystrophies (Kraoua et al. 2021). Avec la réduction du coût du séquençage NGS et l’amélioration de nos capacités d’analyses bioinformatiques des données, le recours au séquençage d’exome entier se révèle comme un outil puissant et incontournable pour le diagnostic des maladies rares et ultra-rares dans la région. Sous projet 3 : identification de variants potentiellement délétères par analyse bioinformatique pan-génomique • Carte génomique des CNVs dans la population tunisienne : Ce projet fait partie des travaux d’habilitation universitaire du Dr Lilia Romdhane. Comme aucune étude à présent ne porte sur la distribution des CNVs dans le génome d’individus d’origine Tunisienne, ni sur leurs propriétés fonctionnelles, nous nous nous sommes proposés dans ce projet, de réaliser la première carte génomique des CNV dans la population Tunisienne à partir des données de génotypage à haut débit de la puce Affymetrix 6.0. Deux logiciels ont été utilisés, PennCNV et Birdsuite pour fournir des données validées. Ainsi, 1083 CNVs ont été identifiés répartis comme suit : 57.43% délétions, 27.79 % duplications et 20.77% des loci mixtes. La taille des CNVs était comprise entre 1.017 kb et 2.074 Mb avec une moyenne de 56.7 Kb. La couverture du génome par ces CNVs était évaluée à 61.433 Mb. Approximativement 50 % des CNVs chevauchent avec 1081 gènes RefSeq dont 597 sont des gènes codants pour des protéines. Parmi ces gènes 103 sont connus pour causer 155 maladies/phénotypes Mendéliens. Leur répartition par catégorie selon la classification internationale de l’OMS des maladies a révélé 3 groupes pathologiques majeurs. Ce résultat suggère que la population Tunisienne est à risque de développer ces maladies si on prend en considération nos résultats précédents sur les maladies génétiques en Tunisie (Romdhane and Abdelhak, 2011). Nous avons aussi étudié pour la première fois la taggabilité des CNVs par les SNPs avoisinants pour fournir un moyen de génotypage facile des délétions bi-alléliques fréquentes dans notre population. Nous avons montré que seules 147 délétions sont en déséquilibre de liaison (r2 >= 0.5) que seules 47 délétions étudiées étaient en fort déséquilibre de liaison (r2 >= 0.8), suggérant que la puce Affymetrix 6.0 n’est pas bien adaptée pour détecter les CNVs. Notre étude a fourni un préalable pour la construction d’une base de données sur les variations structurales en Tunisie en particulier et en Afrique du Nord et Moyen Orient en général. Cette base pourra servir pour de futures études d’associations et comprendre le risque de développer des maladies génomiques et complexes. Cette étude a été valorisée par une publication (Romdhane et al. 2021) : Romdhane L, Mezzi N, Dallali H, Messaoud O, Shan J, Fakhro KA, Kefi R, Chouchane L, Abdelhak S. A map of copy number variations in the Tunisian population: a valuable tool for medical genomics in North Africa. NPJ Genom Med. 2021 Jan 8;6(1):3. doi: 10.1038/s41525-020-00166-5. PMID: 33420067. (IF:8.617) WP 1- 2: Construction d’une base de données et d’un prototype de registre pour les maladies rares Ce WP est mené par Dr Lilia Romdhane et Mme Nessrine Mezzi Conception et développement d’une base de données pour les maladies génétiques en Tunisie : Ce projet fait partie du projet d’habilitation de Dr Lilia Romdhane et du projet de thèse de Madame Nessrine Mezzi.
- 55. 54 Depuis plus devingt ans, nous effectuons un travail de recensement des maladies génétiques rares et ultra-rares dans la population tunisienne et Nord-Africaine. En 2021, nous avons publié une mise à jour du spectre des maladies rares et ultra- rares dans la population Tunisienne avec plus de 580 entités cliniques recensées. La classification selon le mode de transmission a révélé qu’environ 60 % sont transmises selon le mode autosomique récessif suivi par les pathologies autosomiques dominantes (24,5 %). La répartition des entités cliniques selon la classification internationale des maladies de l’OMS du nouveau spectre a montré que les trois groupes pathologiques les plus rapportés dans la littérature scientifique sont les suivants : les malformations congénitales, déformations et anomalies chromosomiques (29,1%), les maladies endocriniennes, nutritionnelles et métaboliques (22,47%) suivis par les maladies du système nerveux (15,8 %). Soixante pour cent (60%) des 574 maladies génétiques ont une étiologie moléculaire connue. Sur le plan épidémiologique, très peu de données sont disponibles. En effet, seules 26 maladies possèdent de telles données dont 7 dépassent le seuil de 1/2000. Ainsi 99% des maladies génétiques en Tunisie sont rares voire même ultra-rares. L’utilisation des techniques de séquençage de haut débit (Next Generation Sequencing : NGS) depuis 2013 est considérée comme un tournant pour l’investigation moléculaire des maladies rares. Cette nouvelle technologie a aidé l’élucidation de l’étiologie moléculaire de 45 entités pathologiques. Une particularité phénotypique des maladies génétiques dans la population Tunisienne est la co-occurrence de plusieurs maladies chez le même individu ou différents membres de la même famille. En termes de stratégies de prévention, nous avons noté que le dépistage à la naissance et des porteurs est limité qu’à des projets pilotes. Plusieurs obstacles constituent des défis face à la mise en place d’une prise en charge adéquate des maladies génétiques en Afrique du Nord. En effet, les services de génétiques font défaut dans la région, de même que des programmes adéquats d’éducation qui pourraient attirer l’attention du grand public quant aux impacts négatifs de la consanguinité (Mezzi et al. 2021). De plus, le NGS n’est pas accessible à tous les services de recherche ou de diagnostic comme le témoigne le nombre restreint d’études révélé lors d’une analyse effectuée par le groupe de travail « Precision Medicine » du projet H3ABioNet (Hamdi et al. 2021). Ces résultats ont été valorisés les publications suivantes : Nessrine Mezzi, Olfa Messaoud, Rahma Mkaouar, Nadia Zitouna, Cherine Charfeddine, Faouzi Maazoul, Ines Ouerteni,Ridha Mrad, Anissa Zaouak, Sonia Abdelhak, Lilia Romdhane. Spectrum of genetic diseases in Tunisia: current situation and main milestones achieved. Genes 2021, 12, 1820. https://doi.org/10.3390/genes12111820 (IF:4.09) Hamdi Y, Zass L, Othman H, Radouani F, Allali I, Hanachi M, Okeke CJ, Chaouch M, Tendwa MB, Samtal C, Mohamed Sallam R, Alsayed N, Turkson M, Ahmed S, Benkahla A, Romdhane L, Souiai O, Tastan Bishop Ö, Ghedira K, Mohamed Fadlelmola F, Mulder N, Kamal Kassim S. Human OMICs and Computational Biology Research in Africa: Current Challenges and Prospects. OMICS. 2021 Apr;25(4):213-233. doi: 10.1089/omi.2021.0004. Epub 2021 Apr 1. PMID: 33794662 . (IF:3.374) Projet 2: Oncogénétique, pathologie des cancers et médecine de précision Chef de projet : Pr Samir BOUBAKER, Co responsable : Dr Haifa Tounsi 1-Groupe Cancer du sein : Plusieurs études ont été menées par notre équipe afin d’élucider la composante génétique du cancer du sein en Tunisie et en Afrique du Nord. Une large étude sur le spectre mutationnel du cancer du sein en Tunisie a été réalisée (Hamdi, Y ; Frontiers in Oncology, 2021). Elle a permis l’identification de 16 mutations au niveau des gènes BRCA1 et BRCA2 dont 11 sont décrites pour la première fois dans la population tunisienne. Les résultats obtenus aideront à développer une stratégie de diagnostic génétique plus efficace qui aura un impact important sur la prise en charge des patients et de leurs familles. Les mutations identifiées dans ce travail ont été partagées dans la base de données ClinVar afin de mieux orienter les études menées sur le cancer du sein héréditaire notamment dans les pays avoisinants. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/submitters/507986/ Une deuxième étude sur les particularités génétiques du cancer du sein en Tunisie a été menée (Hamdi,Y ; Frontiers in genetics, 2021). Ce travail décrit un génotype inhabituel au niveau du gène BRCA2, la présence de deux mutations pathogènes chez la même patiente. Ce génotype semble être associé à un jeune âge au moment du diagnostic (âge moyen = 35,33 ans) et à un phénotype sévère de la maladie, avec un grade tumoral élevé et une lourde histoire familiale de cancer. Afin d’explorer davantage la composante génétique du cancer du sein, une troisième étude a été menée investiguant les variations de nombre de copies ou CNVs chez les patientes pour lesquelles aucune mutation dans les gènes majeurs de prédisposition au cancer du sein, BRCA1 et BRCA2, n’a été identifiée (Boujemaa et al,2021). Les résultats ont révélé des CNVs rares et fréquentes qui peuvent augmenter le risque du cancer du sein. Nous avons également identifié des CNVs qui semblent être corrélées avec la réponse clinique à la chimiothérapie et au traitement hormonale par Tamoxifène. Les CNVs que nous avons identifiées dans cette étude sont accessibles dans la base de données dbVar (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar/studies/nstd197/). Ceci permettra à d’autres chercheurs de consulter les données et de les comparer à leurs propres résultats. 2- Cancers Digestifs : (Dr Haïfa Tounsi Guettiti, Maître de conférences agrégé, pathologiste, Dr Maria kabbage chercheur postdoc) Les cancers digestifs sont en nette augmentation dans le monde et en Tunisie. Les protocoles thérapeutiques personnalisés changent rapidement et on assiste à une révolution dans le panel thérapeutique de ces cancers. De plus, l'hétérogénéité histologique et génétiques des cancers digestifs notamment les formes syndromiques actuellement identifiées prédisposant aux CCR et gastriques héréditaires, souligne la nécessité d’une démarche diagnostique adaptée, à proposer aux personnes à haut risque de développer ces cancers. Dans ce contexte, notre objectif général est d’identifier d’une part le profil mutationnel germinal associé aux formes héréditaires de ces cancers et d’autre part identifier des biomarqueurs pronostiques et thérapeutiques permettant une approche thérapeutique personnalisée.
- 56. 55 Aux cours del’année 2021 nos principaux résultats sur l’étude des cancers digestifs sont les suivants: Cancer Colorectal (Dr Haifa Tounsi Guettiti, Amira Jaballah, Ines Ben Ayed, Hamza Yaiche, Nadia Ben Jemii, Dorra Wider) ● Étude épidémio-génétique et histo-moléculaire des carcinomes colorectaux (sporadiques et héréditaires) dans la population Tunisienne : Biomarqueurs d’intérêt pronostique et thérapeutique Sur 64 cas de CCR, nous avons effectué une analyse immunohistochimique et moléculaire, sur les gènes EGFR, BRAF et PIK3CA ainsi que des gènes de prédisposition à quelques formes familiales de CCR. Les résultats obtenus dans cette étude rétrospective mettent en évidence l’impact des anomalies génétiques somatiques sur le fonctionnement des voies de signalisation RAS/RAF/MAPK et PI3K/AKT et sur l’éventuelle réponse au Cétuximab pour les patients atteints d’un CCRm. Ils permettent de souligner l’importance d’intégrer la recherche de mutations des gènes PIK3CA et EGFR ainsi que les données de l’expression immunohistochimique d’EGFR et de la densité microvasculaire au sein de la tumeur, dans la liste des paramètres conduisant à la sélection des patients avec un CCRm pour une thérapie anti-EGFR ou anti-angiogénique. De plus, pour les cas héréditaires, nos résultats démontrent l’importance des enquêtes et des investigations oncogénétiques qui permettent une meilleure compréhension de la corrélation génotype – phénotype associée aux formes familiale de ce cancer, qui peuvent conduire à la mise en place d'un conseil oncogénétique personnalisé. ● Étude génétique et histo-moléculaire de l’implication des micro-ARNs dans l’angiogenèse des cancers colorectaux : Intérêt diagnostique, pronostique et thérapeutique : Sur 100 cas de CCR, nous avons évalué l’expression des protéines VEGFA, VEGFR2 et HOXA5, P53 et CD34 et procédé à la quantification par RT-qPCR de l’expression de 2 mRs angiogéniques ; miR-16 et miR-130a. Les tissus sains adjacents aux tumeurs (54 cas) et des muqueuses coliques saines non tumorales (30 cas) ont été utilisés comme groupes témoins. Les résultats de cette étude ont fait l’objet de la publication de (Yaiche et al. 2021). ● Étude des marqueurs tumoraux tissulaires ayant un intérêt dans l’évaluation du pronostic et la réponse thérapeutique des patients atteints de cancers colorectaux métastatiques : Le traitement actuel des patients atteints de cancer colorectal métastatique inclut une chimiothérapie et une thérapie bloquant le récepteur EGFR (cétuximab ou panitumumab) pour les patients ayant un statut RAS sauvage. Cependant 25% de ces patients ne répondent pas à la thérapie ciblée et ce en raison d’une activation des voies de prolifération alternatives ou à des anomalies au niveau du récepteur ou de l’un de ces effecteurs. Dans ce but, nous avons étudié l’expression immunohistochimique de l’EGFR et évalué son association aux facteurs pronostiques ainsi qu’au statut mutationnel RAS et TGF-βRII. 43 prélèvements tumoraux colorectaux métastatiques fixés au formol et inclus en paraffine dont 16 ont été traités par cétuximab ont été analysés. Les résultats obtenus ont fait l’objet d’un Mastère de recherche soutenu le 30 juin 2021 ● Etude de la composition de l’infiltrat inflammatoire chez des patients ayant un cancer colorectal CCR Le microenvironnement tumoral est devenu une cible privilégiée pour étudier de nouvelles approches pour le traitement des cancers. Il devient alors important d’en étudier les différents éléments et leurs implications dans la survie et le développement de la tumeur. Cette étude a porté sur 22 prélèvements tissulaires de patients atteints de cancer colorectal. Nous avons caractérisé l’infiltrat inflammatoires en analysant sa densité selon un score d’expression de 4 composantes essentielles du système immunitaire (les cellules NK (CD56), des cellules T helper (CD4) et cytotoxique (CD8) et les macrophages (CD68)) par immunohistochimie. Ce travail a fait l’objet d’un mémoire de PFE ● Investigation moléculaire de biomarqueurs moléculaires d'intérêt théranostique chez des patients Tunisiens atteints de cancer colorectal métastatique Chez 341 patients atteints de CCR métastatique : Les mutations des gènes KRAS et NRAS (exon 2, 3 et 4) ont été identifiées dans 57,37% des cas. De plus, une étude d’association avec les paramètres histopathologiques a été réalisée. Sur une série de 50 patients, outre des gènes KRAS et NRAS, les gènes PIK3CA, BRAF et EGFR ont été investigués. Les mutations de l’exon 15 du gène BRAF étaient présentes dans 15,38% des cas (p.V600E, p.D594G et p.R603Q). Les mutations au niveau du gène PIK3CA ont été retrouvées dans 24,6% des CCR investigués, 86,7% des patients possédaient des mutations dans l’exon 9 (E542K ou I543N), tandis que 13,3% possédaient des mutations dans l’exon 20. Le séquençage des exons 18, 19 et 21 de l’EGFR n’a pas révélé d’altérations génomiques. Cependant au niveau de l’exon 20 du gène une mutation synonyme a été identifiée. Il s’agit du polymorphisme rs1050171 du gène EGFR, qui est un polymorphisme nucléotidique unique. L'analyse du polymorphisme a donné les génotypes suivants : Le génotype GG (sauvage) a été trouvé chez 22,5% des patients, le génotype AG a été détecté chez 47,5% des cas et le génotype AA chez 30% des cas. 3-Cancer cutané Cancers cutanés non mélanomateux (Inès Ben Ayed) : L’étude vise à identifier des biomarqueurs moléculaires d’intérêt pronostique et thérapeutique dans les carcinomes cutanés inopérables. Elle se propose d’étudier l’implication des Papillomavirus humains (HPV) comme cofacteur oncogène et évaluer son rôle dans l’inactivation du gène TP53. Tous les objectifs ont été réalisés. La mémoire de thèse a été soutenue au mois de Mars 2021. Projet 3 : Génomique des populations maghrébines et maladies métaboliques Chef de projet : Dr Rym KEFI
- 57. 56 L’objectif global dece projet est de déterminer les facteurs génétiques et environnementaux impliqués dans la physiopathologie des maladies métaboliques monogéniques et multifactorielles tout en tenant compte de la spécificité du patrimoine génétique des populations maghrébines. Au cours de l’année 2021, nos résultats ont fait l’objet d’une publication internationale. Nous avons également contribué à des travaux collaboratifs avec les autres équipes du laboratoire. Ces travaux ont abouti à 2 publications internationales. Ci-dessous, un résumé des principaux travaux réalisés. 1- Caractérisation génomique des populations maghrébines Le projet en cours vise à étudier des SNP nucléaires impliqués dans la détermination des caractères visibles externes (couleur des yeux, des cheveux et de la peau) qui pourraient être utilisés pour l’identification humaine en médecine légale chez les populations méditerranéennes. Nos résultats ont permis d’identifier 276 SNP localisés au niveau de 162 gènes impliqués dans les traits phénotypiques chez une dizaine de pays méditerranéens. Une publication est en cours de préparation. 2-Investigation pluridisciplinaire des formes monogéniques de diabète en Tunisie Les formes monogéniques du diabète de type 2 (MD) sont mal connues et sont souvent confondus avec le diabète de type 1 ou le diabète de type 2 ce qui entraîne une mauvaise prise en charge du patient. Les objectifs de cette étude sont (i) caractérisation épidémiologique, biologique (biochimique, immunologique et nutritionnelle) génétique et épigénétique des patients diabétiques avec suspicion de MD (ii) mise en place d’outils innovants pour le diagnostic. Ce travail s’inscrit également dans le cadre du projet international que nous coordonnons : « Genomic characterization of monogenic diabetes for a better diagnosis and care of patients (PID15518 –GenDiabet, financement Easi-Genomics). Durant l’année 2021, nous avons continué le recrutement des patients en collaboration avec les cliniciens de l’Institut de Nutrition de Tunis. Nous avons réalisé le séquençage de l’exome entier (WES) auprès de six patients. Parmi nos résultats, nous avons mis en évidence cinq variants génétiques rares au niveau des gènes associés au syndrome de Bardet-Biedl : BBS1, BBS4, TTC8, MKS1 et CEP290 chez une patiente diabétique avec suspicion de diabète de type MODY. L’analyse des interactions entre les variants génétiques au moyen de l'outil ORVAL, a montré que les combinaisons entre les deux variants au niveau des gènes MKS1 et CEP290 et les trois autres variants sont prédites pathogènes. A la base de nos résultats, une investigation clinique plus approfondie a été réalisée sur la patiente et a révélé certaines composantes cliniques du syndrome de Bardet-Biedl (des troubles d'apprentissage et de communication, une petite taille et une brachydactylie). Tenant compte de ces résultats génétiques, bioinformatiques, cliniques et des études fonctionnelles rapportées dans la littérature, nous avons conclu à un diagnostic génétique du syndrome de Bardet-Biedl avec une étiologie oligogénique. Bien qu'il n'existe pas à l'heure actuelle de traitement curatif de cette ciliopathie, ce diagnostic génétique peut servir à la prévention d'autres manifestations cliniques possibles de ce syndrome, principalement les anomalies rénales, l'obésité, la fibrose hépatique et l'hypertension, ainsi qu’au conseil génétique pour les membres de la famille (Dallali et al 2021,IF:4.772). 3- Identification de bio-marqueurs pour le diabète de type 2 chez la population tunisienne Cette étude s’inscrit également dans le cadre du projet DiaBiomark que nous coordonnons et qui est financé par le Réseau International des Instituts Pasteur dans le cadre du programme ACIP pour la période 2018-2021. L’objectif principal du projet est d’élucider les interactions entre les différents facteurs impliqués dans le développement du DT2 et de ses pathologies associées chez la population tunisienne en vue d’identifier des bio-marqueurs à valeur diagnostique. Cette étude porte sur (i) la détermination des profils génétiques, nutritionnels, du stress oxydant et du microbiote intestinal des participants (ii) l’intégration de toutes les données générées et l’identification de biomarqueurs impliqués dans le DT2, ses complications cardiovasculaires et ses maladies associées. Les données épidémiologiques et cliniques ont été collectées pour 150 participants volontaires (patients diabétiques et témoins). Les analyses biochimiques ont été réalisées pour tous les individus. L'investigation du microbiote intestinal par séquençage NGS du gène codant l’ARN ribosomal 16S et analyse bioinformatique avec le pipeline QIIME a permis de détecter un déséquilibre de la flore intestinale entre les patients diabétiques et les contrôles. Nous avons mis en évidence des bactéries associées à l’obésité et qui peuvent être considérées comme des biomarqueurs. L’investigation génétique par séquençage d’exome et analyse bioinformatique a mis en évidence des variants génétiques ayant un effet protecteur contre le DT2 et d’autres variants génétiques associés aux complications cardiovasculaires. Une publication a été soumise et une autre est en préparation. 4-Etude épidémiologique du diabète de type 2 et de l'hypertension artérielle dans la région de Zaghouan Dans le cadre du projet « InSPIRES » Science ensemble, la boutique des sciences, une collaboration a été établie entre notre équipe et l’association des diabétiques de Zaghouan. L’objectif du projet est d’évaluer la situation épidémiologique de DT2 et de HTA dans la région de Zaghouan dans le but de mettre en place une stratégie de prévention et de prise en charge de ces maladies. Un total de 420 participants ont été colligés dans cette étude. Les analyses biochimiques ont été effectuées pour tous les participants. Les analyses statistiques, ont permis de décrire la situation épidémiologique dans la région de Zaghouan qui se caractérise par des prévalences élevées de DT2 (25%), d’HTA (33%) et d’obésité (50%) avec une différence statistiquement significative entre les différentes délégations de Zaghouan. En effet, la délégation de Bir Mchergua est la plus touchée par le diabète et l’hypertension. Les enquêtes nutritionnelles sont en cours d’analyse avec le logiciel Nutrilog pour élucider le rôle de l’apport nutritionnel dans l’homéostasie du glucose. Deux publications sont en préparation. 5- Investigation moléculaire des cytopathies mitochondriales L’objectif principal de cette étude est de faire une caractérisation épidémiologique, clinique et généalogique des patients tunisiens atteints de cytopathies mitochondriales. Cette étude implique le service de neuropédiatrie à l'Institut de Neurologie de Tunis et le Pôle de Recherche et d'Enseignement en Médecine Mitochondriale à l’Université d’Angers en France (PREMMI)
- 58. 57 avec qui nouscollaborons dans le cadre de deux projets internationaux. Un projet que nous coordonnons PHC-Utique MitoRare (CMCU : 22G0808) et un projet Tuniso-Marocain (Investigations Cliniques, Biochimiques et Moléculaires des Cytopathies Mitochondriales chez l’enfant) dans lequel nous sommes responsable de work package « Analyse moléculaire ». Nous avons commencé par l’étude du Syndrome de Leigh (SL) qui est une cytopathie mitochondriale caractérisée par une perte progressive des capacités mentales et une régression psychomotrice. Le SL est causé par un dysfonctionnement de la phosphorylation oxydative au niveau de la mitochondrie qui est dû à des mutations au niveau du génome nucléaire ou mitochondrial. Ce qui explique la grande hétérogénéité clinique et génétique de ce syndrome. Une étude des dossiers cliniques des patients atteints de cytopathies mitochondriales a permis d’identifier 14 patients avec suspicion de SL. L’ADN a été extrait à partir des prélèvements sanguins de ces patients ainsi que de leurs parents. Le séquençage NGS de la totalité de l’ADN mitochondrial et d’un panel de plus de 300 gènes nucléaires impliqués dans la synthèse des divers complexes de la chaine respiratoire a été réalisé pour 6 patients. Les analyses bioinformatiques des données de séquençage ont permis d’identifier une mutation mitochondriale pour un patient. Des variants homozygotes autosomiques ont été observés pour cinq autres patients au niveau des gènes SLC19A3, SLC25A19 et ETHE. Parmi ces variations, des mutations nouvellement décrites. Une publication a été soumise : « Next generation sequencing of Tunisian Leigh syndrome patients revealed novel variations : impact for diagnosis and treatment» (Hechmi et al). Projet 4 : Neuro-dégénérescence et maladies du vieillissement : mécanismes et stratégies thérapeutiques Chef de projet : Pr Houda Yacoub-Youssef Le vieillissement est un processus physiologique qui est à l’origine de la dégénérescence tissulaire. C’est le principal facteur de risque de maladies neuro-dégénératives, de maladies cardiovasculaires, de sarcopénie, d’ostéoporose, de cancers etc… Dans cet axe de recherche, nous nous sommes intéressés à des maladies rares qui prédisposent à différents types de vieillissement. Il s’agit des : (i) Maladies de réparations de l’ADN (Syndrome de Cockayne, Xeroderma pigmentosum); (ii) Maladies Osseuses Constitutionnelles (maladies prédisposant à des malformations sévères de l’os); (iii) Les Dystrophies Musculaires (maladies dégénératives du muscle strié squelettique) et (iv) Le Cancer cutané (qui est une conséquence du vieillissement de la peau). L’objectif global de cet axe est d’identifier l’étiologie génétique, les biomarqueurs moléculaires et cellulaires et leurs rôles dans le vieillissement pathologique. Au cours de l’année 2021, les travaux de cet axe ont fait l’objet : (i) de 3 publications internationales pour 2 d’entre elles, les auteurs principaux sont de notre laboratoire, et pour 1 autre émanant de nos collaborateurs dans le projet 4, (ii) 5 communications orales dans des congrès scientifiques et de 5 communications affichées. Ci-dessous, un résumé des principaux travaux réalisés. 1. Le Syndrome de Cockayne: Le Syndrome de Cockayne (CS) est une maladie neurodégénérative prédisposant au vieillissement accéléré. L’investigation de ce syndrome a commencé dans notre laboratoire, dans le cadre du Projet PTR_Rejuvenage (2017-2020) et a continué dans le cadre du projet PCI_Ageing (2019-2021). L’objectif de ce projet est de déterminer les mécanismes communs au vieillissement normal (personnes âgées) et accéléré (Syndrome de Cockayne). Nous avons mené une étude clinique et génétique pour le CS, et investigué les biomarqueurs de la sénescence cellulaire. Ceci a comme but de proposer un nouvel outil de diagnostic non invasif pour le CS qui repose sur la détection de défauts enzymatiques mitochondriaux et la détermination des gènes cibles impliqués dans le stress oxydatif. Jusqu’en 2021, 18 patients avec une suspicion clinique de CS ont été recrutés. Grace à notre collaboration avec le service de diagnostic génétique de l’hôpital de Strasbourg, nous avons pu identifier des variants dans les gènes CSA (ERCC8) et CSB (ERCC6). Trois patients étaient porteurs d'une nouvelle mutation homozygote, c.3156dup, située dans l'exon 18 d'ERCC6/CSB et affectant la région C-terminale de la protéine. Le séquençage Sanger a confirmé la mutation et la ségrégation parentale dans les trois familles, et les Western blots ont montré une absence de la protéine. La déficience fonctionnelle du système NER a été mise en évidence par des tests RRS/UDS après l'exposition des cellules de patients aux rayons UV-C. Ce travail a fait l’objet d’une publication (Zayoud K et al 2021. IF 4.14). Un autre travail englobant une cohorte de 8 patients atteints de la forme modéré CS-A fera l’objet d’une deuxième publication en révision (Chikhaoui A et al, under revision) De plus, un nouvel outil de diagnostic non invasif pour le Syndrome de Cockayne qui repose sur la détection de défauts enzymatiques mitochondriaux, fait dans le cadre d’un projet Mobidoc-doctorant (2018-2021) confirme les défauts mitochondriaux dans l’expression de certains gènes codant pour les enzymes mitochondriales (HTRA3, HTRA2 et le POLG1) chez les patients porteurs de la forme CS-B tout particulièrement. Pour ce qui est des mécanismes impliqués dans le vieillissement accéléré chez les patients CS et dans le vieillissement pathologique chez des personnes âgés, nous avons constaté qu’une immunosenescence du système immunitaire et hematopiétique est partagée (Zayoud K et al, in préparation). 2. La dégénérescence musculaire chez les personnes âgées et dans les dystrophies musculaires L’étude des maladies dégénératives musculaires a démarré avec le projet Acip_Myopath (2016_2018) financé par le RIIP. Notre équipe s'est focalisée sur l’étude de la réponse inflammatoire et sur l’impact de la corticothérapie sur la dégénérescence musculaire. En continuité avec ce projet, notre équipe a identifié à partir du muscle strié squelettique de patients atteints de la maladie de Duchenne et de LGMD2C, une série de biomarqueurs impliqués qui explique l’inflammation chronique chez les patients, induisant la nécrose et la dégénérescence des fibres musculaires. De plus, durant l’année 2021 nous avons réussi la culture des cellules souches musculaires chez des donneurs jeunes et âgées, le rôle de certains biomarqueurs impliqués dans le processus de sarcopénie a été étudié à l’étape de fusion des cellules musculaires. D’autres manipulations sont en cours de validation, afin de déterminer ceux qui pourraient être des cibles thérapeutiques pour prévenir la dégénérescence musculaire. 3. Les maladies osseuses constitutionnelles : étiologie des malformations sévères Les maladies osseuses constitutionnelles (MOCs) sont des maladies rares d’origine génétique. Elles sont dues à des altérations de gènes codant pour des protéines impliquées dans le développement du squelette. Certaines MOCs sont difficiles à diagnostiquer vu leur rareté individuelle et le chevauchement des signes cliniques. En collaboration avec l’hôpital d’enfant « Bechir Hamza » à Tunis, nous avons identifié les causes génétiques à l’origine d’un syndrome très rare chez 13 patients. Il
- 59. 58 s’agit du syndrome“Gaze Palsy with Progressive Scoliosis” et ceci via des analyses NGS (Whole Exopme Sequencing) (Bouchoucha S, Front in Pediatrics, 2020). En 2021, dans le cadre d’un travail Mobidoc-doctorant (2020-2023) intitulé : “Première Investigation multidisciplinaire de Maladies Osseuses Constitutionnelles en Tunisie : Impact sur le diagnostic des maladies rares et sur la santé publique, d’autres MOCS, extrement rares, sont en cours d’investigation comme le syndrome Escobar. Il s’agit d’un syndrome difficile à prendre en charge si le diagnostic se fait tardivement. Nous avons pu recruter 4 patients dont l’investigation génétique par WES a permis d’identifier la présence de mutations décrites dans d’autres populations Nord-Africaines au niveau des gènes (TPM2, et CHRNG). Ce travail fait l’objet d’un article en préparation (Najjar. D et al, in préparation). Un autre syndrome rare “ostéolyse multicarpo-tarsienne” est en cours d'investigation, l’étiologie génétique a été élucidée et la caractérisation immunitaire est en cours étant donné que ces patients présentent des similarités cliniques avec des maladies auto-immunes comme la polyarthrite rhumatoïde. 4. Vieillissement de la peau, facteurs génétiques et microenvironnement inflammatoire : Impact sur le développement du mélanome cutané Le Mélanome cutané (MC) est un cancer rare en Tunisie, c’est une conséquence de l’association de plusieurs facteurs (génétiques, environnementales etc…) qui prédisposent la peau à un vieillissement pathologique et par conséquent à un cancer. Le Xeroderma pigmentosum (XP) est une maladie de réparation de l’ADN qui prédispose à des cancers cutanés de manière exacerbée. L’étude du microenvironnement tumoral du mélanome cutané chez des patients XP a démarré en 2013 via le projet PCI_Melanoma 2013-2015. Ce projet a été reconduit dans le laboratoire. En 2021 et grâce à la technique de séquençage ciblé deux nouvelles formes modérées de XP, avec des cancers cutanés tardifs, ont été identifiées. Il s’agit de la forme XP-F et XPE : Ils étaient porteurs de nouvelles variations. Une variation homozygote dans le gène ERCC4 c.1762G>T, p. V588F, détectée chez un patient, et deux autres variations homozygotes dans le gène DDB2 c.613T>C, p.C205R et c.618C>A, p.S206R chez un second patient. La modélisation structurale de la protéine a permis de prédire que le variant dans ERCC4 affectait modérément la stabilité de la protéine sans affecter ses domaines fonctionnels. Quant au cas du double mutant DDB2, la deuxième variation semble causer un léger effet sur la structure de la protéine. Ce travail a fait l’objet d’une publication dans frontiers in genetics (Nabouli et al. 2021. IF 4.37). Pour les formes les plus sévères, comme le XPC et XPA, une étude transcriptomique a été faite pour déterminer les biomarqueurs moléculaires qui seraient impliqués dans la mélanogenèse. Un ensemble de gènes cibles a été identifié et qui reflétait une différence d’expression notamment ceux impliqués dans la réponse immunitaire (Chikhaoui et al, Under révision). Publications : 1. Cancer in Africa: The Untold Story. Hamdi Y, Abdeljaoued-Tej I, Zatchi AA, Abdelhak S, Boubaker S, Brown JS, Benkahla A.Front Oncol. 2021 Apr 15;11:650117. doi: 10.3389/fonc.2021.650117. eCollection 2021. IF:6.244 2. FANCA Gene Mutations in North African Fanconi Anemia Patients. Ben Haj Ali A, Messaoud O, Elouej S, Talmoudi F, Ayed W, Mellouli F, Ouederni M, Hadiji S, De Sandre-Giovannoli A, Delague V, Lévy N, Bogliolo M, Surrallés J, Abdelhak S, Amouri A. Front Genet. 2021 Feb 19;12:610050. doi: 10.3389/fgene.2021.610050. eCollection 2021.IF:4.599 3. Spectrum of Genetic Diseases in Tunisia: Current Situation and Main Milestones Achieved. Mezzi N, Messaoud O, Mkaouar R, Zitouna N, Romdhane S, Abdessalem G, Charfeddine C, Maazoul F, Ouerteni I, Hamdi Y, Zaouak A, Mrad R, Abdelhak S, Romdhane L. Genes (Basel). 2021;12:1820. IF:4.096 4. Oligogenic Inheritance Underlying Incomplete Penetrance of PROKR2 Mutations in Hypogonadotropic Hypogonadism.Mkaouar R, Abdallah LCB, Naouali C, Lahbib S, Turki Z, Elouej S, Bouyacoub Y, Somai M, Mcelreavey K, Bashamboo A, Abdelhak S, Messaoud O. Front Genet. 2021a 12:665174. IF:4.599 5. Hypomyelination and Congenital Cataract: Clinical, Imaging, and Genetic Findings in Three Tunisian Families and Literature Review.Kraoua I, Bouyacoub Y, Drissi C, Chargui M, Rebai I, Chebil A, Klaa H, Benrhouma H, Hassen A, Gouider-Khouja N, Abdelhak S, Boespflug-Tanguy O, Youssef-Turki IB, Dorboz I. Neuropediatrics. 2021 Aug;52(4):302-309. doi: 10.1055/s-0041-1728654. Epub 2021 Jun 30. IF:1.25 6. New insights in the clinical implication of HOXA5 as prognostic biomarker in patients with colorectal cancer. Yaiche H, Tounsi-Kettiti H, Ben Jemii N, Jaballah Gabteni A, Mezghanni N, Ardhaoui M, Fehri E, Maaloul A, Abdelhak S, Boubaker S.Cancer Biomark.2021;30(2):213-221. doi: 10.3233/CBM- 201758.PMID: 33136093 IF:4.388
- 60. 59 7. Identification ofEleven Novel BRCA Mutations in Tunisia: Impact on the Clinical Management of BRCA Related Cancers. Hamdi Y, Mighri N, Boujemaa M, Mejri N, Ben Nasr S, Ben Rekaya M, Messaoud O, Bouaziz H, Berrazega Y, Rachdi H, Jaidane O, Daoud N, Zribi A, Ayari J, El Benna H, Labidi S, Ben Hassouna J, Haddaoui A, Rahal K, Benna F, Mrad R, Ben Ahmed S, Boussen H, Boubaker S, Abdelhak S.Front Oncol. 2021 Aug 20;11:674965. doi: 10.3389/fonc.2021.674965.eCollection 2021.PMID: 34490083 IF:6.244 8. Germline copy number variations in BRCA1/2 negative families: Role in the molecular etiology of hereditary breast cancer in Tunisia. Boujemaa M, Hamdi Y, Mejri N, Romdhane L, Ghedira K, Bouaziz H, El Benna H, Labidi S, Dallali H, Jaidane O, Ben Nasr S, Haddaoui A, Rahal K, Abdelhak S, Boussen H, Boubaker MS.PLoS One. 2021 Jan 27;16(1):e0245362. doi: 10.1371/journal.pone.0245362. eCollection 2021.PMID: 33503040 IF:3.24 9. A map of copy number variations in the Tunisian population: a valuable tool for medical genomics in North Africa.Romdhane L, Mezzi N, Dallali H, Messaoud O, Shan J, Fakhro KA, Kefi R, Chouchane L, Abdelhak S.NPJ Genom Med. 2021 Jan 8;6(1):3. doi: 10.1038/s41525-020-00166-5.PMID: 33420067 IF:7.227 10. Alpha-mannosidosis in Tunisian consanguineous families: Potential involvement of variants in GHR and SLC19A3 genes in the variable expressivity of cognitive impairment. Mkaouar R, Riahi Z, Charfeddine C, Chelly I, Boudabbous H, Dallali H, Bonnet C, Hechmi M, Bekri S, Zitouna N, Zekri L, Tounsi A, Kefi R, Marrakchi J, Messaoud O, Kraoua I, Maalej S, Turki Ben Youssef I, Ben Hmid A, Giraudet F, Bouchoucha S, Tebib N, Besbes G, Petit C, Mrad R, Abdelhak S, Trabelsi M. PLoS One. 2021b;16(10):e0258202.doi: 10.1371/journal.pone.0258202. eCollection 2021.PMID: 34614013 IF:3.24 11. Expanding the clinical phenotype associated with NIPAL4 mutation: Study of a Tunisian consanguineous family with erythrokeratodermia variabilis-Like Autosomal Recessive Congenital Ichthyosis. Charfeddine C, Laroussi N, Mkaouar R, Jouini R, Khayat O, Redissi A, Mosbah A, Dallali H, Chedly Debbiche A, Zaouak A, Fenniche S, Abdelhak S, Hammami-Ghorbel H.PLoS One. 2021 Oct 20;16(10):e0258777. doi: 10.1371/journal.pone.0258777. eCollection 2021.PMID: 34669720. IF:3.24 12. Distribution of HCV Genotypes Among People Who Inject Drugs in Tunisia: New Evidence for Scaling Up Prevention and Treatment Toward National Elimination Goal. Chouikha A, Ghrabi A, Ghodbane A, Hammemi W, Khedhiri M, Sadraoui A, Touzi H, Hassine HB, Maatoug S, Bensaoud C, Abdelhak S, Bouarrouj S, Gdoura M, Chaouachi H, Triki H.Front Microbiol. 2021 Jul 27;12:697859. doi: 10.3389/fmicb.2021.697859. eCollection 2021.PMID: 34385988 IF:5.640 13. Multiallelic Rare Variants in BBS Genes Support an Oligogenic Ciliopathy in a Non-obese Juvenile-Onset Syndromic Diabetic Patient: A Case Report. Dallali H, Kheriji N, Kammoun W, Mrad M, Soltani M, Trabelsi H, Hamdi W, Bahlous A, Ben Ahmed M, Mahjoub F, Jamoussi H, Abdelhak S, Kefi R.Front Genet. 2021 Oct 6;12:664963. doi: 10.3389/fgene.2021.664963. eCollection 2021. IF:4.599 14. Case Report: Identification of Novel Variants in ERCC4 and DDB2 Genes in Two Tunisian Patients With Atypical Xeroderma Pigmentosum Phenotype. Nabouli I, Chikhaoui A, Othman H, Elouej S, Jones M, Lagarde A, Rekaya MB, Messaoud O, Zghal M, Delague V, Levy N, De Sandre-Giovannoli A, Abdelhak S, Yacoub-Youssef H.Front Genet. 2021 May 31;12:650639. doi: 10.3389/fgene.2021.650639. eCollection 2021. IF:4.599 15. Identification of BRCA2 Cis Double Heterozygous Breast Cancer Cases Using Whole Exome Sequencing: Phenotypic Expression and Impact on Personalized Oncology. Hamdi Y, Boujemaa M, Mighri N, Mejri N, Jaidane O, Ben Nasr S, Bouaziz H, Hassouna JB, Zribi A, Berrazaga Y, Rachdi H, Daoud N, El Benna H, Labidi S, Haddaoui A, Rahal K, Benna F, Boussen H, Abdelhak S, Boubaker S.Front Genet. 2021 Aug 12;12:674990. doi: 10.3389/fgene.2021.674990. eCollection 2021. IF:4.599
- 61. 60 16. Assessing thefinancial toxicity in Tunisian cancer patients using the Comprehensive Score for Financial Toxicity (COST). Mejri N, Berrazega Y, Boujnah R, Rachdi H, El Benna H, Labidi S, Boussen H.Support Care Cancer. 2021 Jul;29(7):4105-4111. doi: 10.1007/s00520-020-05944-6. Epub 2021 Jan 6. IF:3.603 17. Understanding COVID-19 vaccine hesitancy and resistance: another challenge in cancer patients. Mejri N, Berrazega Y, Ouertani E, Rachdi H, Bohli M, Kochbati L, Boussen H. Support Care Cancer. 2022 Jan;30(1):289-293. doi: 10.1007/s00520-021-06419-y. Epub 2021 Jul 19. IF:3.603 18. Response to Induction Neoadjuvant Hormonal Therapy Using Upfront 21-Gene Breast Recurrence Score Assay-Results From the SAFIA Phase III Trial. AlSaleh K, Al Zahwahry H, Bounedjar A, Oukkal M, Saadeddine A, Mahfouf H, Bouzid K, Bensalem A, Filali T, Abdel-Razeq H, Larbaoui B, Kandil A, Abulkhair O, Al Foheidi M, Errihani H, Ghosn M, Abdel-Aziz N, Arafah M, Boussen H, Dabouz F, Rasool H, Bahadoor M, Ayari J, Kullab S, Nabholtz JM.JCO Glob Oncol. 2021 Jun;7:811-819. doi: 10.1200/GO.20.00575. IF:1.77 19. Amenorrhea and elevated βhuman chorionic gonadotropin of unknown origin: An unexpected location of choriocarcinoma. Ben Abdallah I, Mlika M, Berrazega Y, Mejri N, Rachdi H, El Benna H, Daoud N, Laabidi S, Mezni F, Boussen H.Gynecol Oncol Rep. 2021 Mar 13;36:100746. doi: 10.1016/j.gore.2021.100746. eCollection 2021 May. IF:1.141 20. Distribution of human papillomavirus in precancerous and cancerous cervical neoplasia in Tunisian women. Bel Haj Rhouma R, Ardhaoui M, El Fehri E, Marzougui A, Laassili T, Guizani I, Boubaker MS, Ennaifer E.Infect Agent Cancer. 2021 Jul 16;16(1):52. doi: 10.1186/s13027-021-00392-1. IF:2.965 21. Nested PCR followed by NGS: Validation and application for HPV genotyping of Tunisian cervical samples.Ardhaoui M, Ennaifer E, De Matos Salim AC, Gomez FM, Laasili T, Boubaker MS, Guizani I.PLoS One. 2021 Aug 11;16(8):e0255914. doi: 10.1371/journal.pone.0255914. eCollection 2021. IF:3.24 22. Identification and Characterization of a Novel Recurrent ERCC6 Variant in Patients with a Severe Form of Cockayne Syndrome B. Zayoud K, Kraoua I, Chikhaoui A, Calmels N, Bouchoucha S, Obringer C, Crochemore C, Najjar D, Zarrouk S, Miladi N, Laugel V, Ricchetti M, Turki I, Yacoub-Youssef H. Case Reports Genes (Basel) 2021 Nov 29;12(12):1922. doi:10.3390/genes12121922. IF:4.096 23. Editorial: Monogenic vs. Oligogenic Reclassification. Messaoud O, Dutta AK, Cornejo-Olivas MR, Bhuiyan ZA. Front Genet. 2021 Dec 13;12:821591. doi:10.3389/fgene.2021.821591. eCollection 2021. IF: IF:4.599 24. H3ABioNet genomic medicine and microbiome data portals hackathon proceedings. Fadlelmola FM, Ghedira K, Hamdi Y, Hanachi M, Radouani F, Allali I, Kiran A, Zass L, Alsayed N, Fassatoui M, Samtal C, Ahmed S, Da Rocha J, Chaqsare S, Sallam RM, Chaouch M, Farahat M, Ssekagiri A, Parker Z, Adil M, Turkson M, Benchaalia A, Benkahla A, Panji S, Kassim S, Souiai O, Mulder N.Database (Oxford). 2021 Apr 17;2021:baab016. doi: 10.1093/database/baab016. IF:3.451 25. Human OMICs and Computational Biology Research in Africa: Current Challenges and Prospects. Hamdi Y, Zass L, Othman H, Radouani F, Allali I, Hanachi M, Okeke CJ, Chaouch M, Tendwa MB, Samtal C, Mohamed Sallam R, Alsayed N, Turkson M, Ahmed S, Benkahla A, Romdhane L, Souiai O, Tastan Bishop Ö, Ghedira K, Mohamed Fadlelmola F, Mulder N, Kamal Kassim S.OMICS. 2021 Apr;25(4):213- 233. doi: 10.1089/omi.2021.0004. Epub 2021 Apr 1. IF:3.374 26. Infantile systemic hyalinosis: Variable grades of severity. Al Kaissi A, Hilmi M, Betadolova Z, Bouchoucha S, Trofimova S, Shboul M, Rustamov G, Dwera W, Sigl K, Kenis V, Kircher SG.Afr J Paediatr Surg. 2021 Oct-Dec;18(4):224-230. doi: 10.4103/ajps.AJPS_162_20. IF:0.245 27. Prognostic impact of tumor-infiltrating lymphocytes in non-small cell lung carcinomas. Mlika M, Saidi A, Mejri N, Abdennadher M, Haddouchi C, Labidi S, Khiari H, Boussen H, Hsairi M, Mezni F.Asian
- 62. 61 Cardiovasc Thorac Ann.2021 Sep 24:2184923211042129. doi: 10.1177/02184923211042129. Online ahead of print.PMID: 34558296 IF:0.48 28. Translation and Validation of the Comprehensive Score of Financial Toxicity for Cancer Patients Into Arabic. Mejri N, Rachdi H, Mnif A, Berrazega Y, Benna HE, Labidi S, Boussen H.J Nurs Meas. 2021 Sep 13:JNM-D-20-00140. doi: 10.1891/JNM-D-20-00140. Online ahead of print. IF: 0.38 29. African Global Representation in Biomedical Sciences. Mulder N, Zass L, Hamdi Y, Othman H, Panji S, Allali I, Fakim YJ.Annu Rev Biomed Data Sci. 2021 Jul 20;4:57-81. doi: 10.1146/annurev-biodatasci- 102920-112550. 30. Women in Science: What Are the Barriers for Women in Senior Career Positions , Messaoud O, Dajani R, Advances in Applied Sociology, 2021, 11, 492-499 https://www.scirp.org/journal/aasoci ISSN Online: 2165-4336 ISSN Print: 2165-4328 31. African Genomic Medicine Portal: A Web Portal for Biomedical Applications. Othman H, Zass L, da Rocha JEB, Radouani F, Samtal C, Benamri I, Kumuthini J, Fakim YJ, Hamdi Y, Mezzi N, Boujemaa M, Okeke CJ, Tendwa MB, Sanak K, Chaouch M, Panji S, Kefi R, Sallam RM, Ghoorah AW, Romdhane L, Kiran A, Meintjes AP, Maturure P, Jmel H, Ksouri A, Azzouzi M, Farahat MA, Ahmed S, Sibira R, Turkson MEE, Ssekagiri A, Parker Z, Fadlelmola FM, Ghedira K, Mulder N, Kamal Kassim S. Accepté en 2021 J Pers Med. 2022 Feb 11;12(2):265. doi: 10.3390/jpm12020265. Projets en cours en 2021 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période - Mobidoc Doctorant : Khouloud ZAYOUD Intitulé du Projet : Mise au point d’un nouvel outil de diagnostic non invasif pour le Syndrome de Cockayne, modèle du vieillissement accéléré, et identification de biomarqueurs moléculaires à potentiel thérapeutique Tuteur Scientifique : Pr Houda YACOUB LR16IPT05 ANPR 2018-2021 PCI- Ageing Pr.Houda YACOUB - LR16IPT05 (coordinateur) - LR16IPT07 - Plateforme technique de l’IPT IPT 40000DT 2019- 2021 Projet Etude épidémiologique du diabète de type 2 et de l’hypertension artérielle dans la région de Zaghouan Dr Rym KEFI LR16IPT05 Boutique des sciences -Projet Inspires (H2020) 20000 DT 2019-2021
- 63. 62 Projet Collaboratif interne Implementationof a diagnostic tool for the evaluation of genomic and immunological prognostic factors in colorectal cancer. Pr.Haifa TOUNSI LR16IPT05 LEMPA Laboratoire de bioinformatique biostatisyique et biomathématiques IPT 40000 DT 2019- 2021 PRF : Évaluer, prédire, agir : stratégie fédérée pour la lutte contre le COVID-19 Pr. Ikram GUIZANI LR20PT05 LR11IPT04 LR16IPT03 M E S R S 300.000 DT 2020-2022 International AGYA/BMBF Towards Effective Solutions for Combating COVID-19: An interdisciplinary approach Dr. Olfa MESSAOUD LR16IPT05 AGYA 60.000 € 2020-2021 19PEJC08-06 : Caractérisation clinique et génétique de formes atypiques de photogénodermatoses Dr. Olfa MESSAOUD LR16IPT05 M E S R S 10.000 DT 2020-2021 AGYA/BMBF: For a better SARS-Cov-2 diagnosis Dr. Olfa MESSAOUD LR16IPT05 AGYA 20.000 € 2020-2021 AGYA/BMBF: Simulation of Genomes from Arab and German Datasets: A Valuable Tool for Variant Detection Prioritisation Dr. Olfa MESSAOUD LR16IPT05 AGYA 20.000 € 2020-2021 19PEJC06-07 : Développement et mise en place d’un portail d’informations sur les maladies génétiques en Tunisie Dr.Lilia ROMDHANE LR16IPT05 M E S R S 10.000 DT 2020-2021 Projet Mobidoc-doc : Dorra Najjar : « Première investigation multidisciplinaire de Maladies Osseuses Constitutionnelles en Tunisie : Impact sur le diagnostic des maladies rares et sur la santé publique Tuteur Scientifique : Pr. Houda YACOUB LR16IPT05 l’Union Européenne 2020-2023
- 64. 63 Projet Post-doc UTM: Asma Chikhaoui « Syndrome de Cockayne : Optimisation d’un nouvel outil de diagnostic et étude d’une nouvelle stratégie thérapeutique » Tuteur Scientifique : Pr. Houda YACOUB LR16IPT05 Université Tunis ElManar 2021 Projet PRF:Investigation génomique et métagénomique de l’interaction SARS-CoV-2- hôte dans la population tunisienne Dr Rym KEFI -LR16IPT05 -LR16IPT09 -Laboratoire de Virologie Clinique M E S R S 296.000DT 2020-2022 Projet tuniso- marocain : Caractérisation de l’architecture épidémiogénétique du cancer du sein en Afrique du Nord : Impact thérapeutique et socio- économique Pr.Samir Boubaker LR16IPT05 M E S R S 25000DT 2020-2022 Projet Mobidoc-doc :Nadia KHRIJI :Développement de nouvel outil de diagnostic pour les formes monogéniques de diabète chez la population tunisienne. Tuteur Scientifique : Dr Rym KEFI LR16IPT05 l’Union Européenne 2020-2023 Projets obtenus en 2021 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Metatranscriptomic Characterization of COVID-19 Patients with Mild, Moderate and Severe Clinical Outcomes: A Pilot Study from Tunisia” Dr Lilia ROMDHANE LR16IPT05 AGYA 12.375,75 EUR 2021 Electrochemical Biosensors for Controlled Sensing of Biomolecules Receptors' To Dr Olfa MESSAOUD LR16IPT05 AGYA 24.745,29 EUR 2021
- 65. 64 Genomic characterization of monogenic diabetesfor a better diagnosis and care of patients Dr Rym KEFI LR16IPT05 Easi-Genomics Union Européenne 50 000 EUR 2021-2022 Etude Multidisciplinaire Des Cytopathies Mitochondriales "Mitorare" Dr Rym KEFI LR16IPT05 Franco-tunisien PHC-Utique 40 000 DT 2022-2024 Projet MOBIDOC- PostDOC Développement d’un test pharmacogénétique pour la réponse aux antidiabétiques oraux Dr Haifa Jmel/ Responsable scientifique et professionnel Dr Rym Kefi LR16IPT05 ANPR et IPT 47 000 DT 2022-2023 Projet MOBIDOC- PostDOC Mise au point d’un test génétique pour le diagnostic des formes monogéniques de diabète chez la population tunisienne. Dr Hamza Dallali/ Responsable scientifique et professionnel Dr Rym Kefi LR16IPT05 ANPR et IPT 49 000 DT 2022-2023 PRF : Projets de Recherche Fédérée PEJC : Programme d’Encouragement des Jeunes Chercheurs. AGYA/BMBF : La Jeune Académie Arabo-Allemande des Sciences et des Sciences Humaines / Ministère Fédéral Allemand de l’Éducation et de la Recherche. Les chiffres clés du laboratoire en 2021 6 Conférences données 12 Vacations et Cours rémunérés 7 Participation à des Jury 5 Participation à des Commissions Nationales et Internationales 3 Communications orales et affichées dans des congrès nationaux 17 Communications orales et affichées dans des congrès internationaux 32 Publications 6 Projets obtenus 15 Projets en cours 17 Diplômes soutenus, 22 en cours 7 Formation continue réalisée à l’étranger 7 Formation continue réalisée en Tunisie 22 Événements Scientifiques nationaux et Internationaux
- 66. 65 Laboratoire de ParasitologieMédicale, Biotechnologies et Biomolécules Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Aïda Bouratbine PHU, Directeur de Laboratoire Laboratoire de Parasitologie- Mycologie Karim Aoun PHU, Chef de Service Laboratoire d'épidémiologie et d'écologie parasitaire Emna Siala PHU Laboratoire de Parasitologie- Mycologie Rym Ben Abdallah PHU Laboratoire de Parasitologie- Mycologie Yousr Galaï PHU Laboratoire d'immunologie clinique Lilia Zribi Veterinaire biologiste, PhD Laboratoire de Parasitologie- Mycologie Lamia Guizani- Biologiste principal Tabbane Mohamed Mousli Biologiste principal Amel Garnaoui Biologiste principal Souha Ben Biologiste principal Abderrazak-Klilib Imen Rabhi Maitre de conférence Jamila Ghrab Maitre assistante Selma Feki Maitre assistante Hanen Chelbi-Ben Biologiste adjoint Amor Meriem Ben-abid Post doctorante Imène Tayachi Doctorant Refka Jelassi Doctorant Emna Hanachi Doctorant Marwa Weslati Doctorant Khouloud Ben-rhouma Doctorant Hamza Ben-salah Doctorant Haifa Bichiou Doctorant Cyrine Bouabid Doctorant Nasreddine Saïdi Doctorant Razika Ben yakhlef Doctorant HISTORIQUE DU LR
- 67. 66 Le LR 11-IPT-06« Parasitoses médicales, Biotechnologies et Biomolécules » a été créé en 2011 avec la restructuration des laboratoires de recherche de l’Institut Pasteur de Tunis. Il a été reconduit en 2016 (LR 16-IPT- 06) puis en 2020 (LR 20-IPT-06) sous la même dénomination pour continuer sur la même thématique durant une nouvelle période contractuelle de 4 ans. THEMATIQUE ESSENTIELLES DE RECHERCHE : Les activités de recherche de ce laboratoire sont centrées sur des parasitoses endémiques ou à risque de ré- émergence (leishmaniose, toxoplasmose, paludisme), s’articulent autour de 3 axes « historiques » concernant (i) l’évaluation, analyse et gestion des risques sanitaires, (ii) l’innovation diagnostique, et (iii) la conception de biomolécules vaccinales et l’étude des processus cellulaires au décours de l’infection leishmanienne. Un 4ème axe a été créé récemment autour de l’épidémiologie moléculaire des principales parasitoses en Tunisie, l’analyse du microbiote intestinal eucaryotique et l’étude génétique des populations humaines présentant une maladie multifactorielle complexe associée à des perturbations microbiotiques. BILAN GLOBAL DES ACTIVITES DE RECHERCHE DEPUIS 2011 - Publications : 131 -Thèses de doctorat de Biologie soutenues : 20 /Thèses de doctorat (Médecine et Pharmacie) : 27 / Mastères de recherche soutenus : 45 - Organisation de manifestations scientifiques internationales : 2èmes Journées Franco-Maghrébines de Parasitologie-Mycologie. Tunis, 28-31 Octobre 2015 : 225 participants - Contrats de recherche : coopération internationale : 7 / Coordination Projet de recherche fédérée : CIC microbiote de l'organisme humain et santé RESUMES DES TRAVAUX publiés en 2021 (i) Evaluation, analyse et gestion des risques sanitaires (Leishmanioses) Chaouch, M., Chaabane, A., Ayari, C., Othman, S.B., Sereno, D., Chemkhi, J. and BenAbderrazak, S., 2021. Investigation of natural infection of Phlebotomine (Diptera: Psychodidae) by Leishmania in Tunisian endemic regions. Parasite epidemiology and control, 14, p.e00212. Nous étudions ici l'infection naturelle des phlébotomes dans les régions tunisiennes à foyers mixtes de leishmanioses. Les specimens de phlébotomes femelles ont été collectés pendant la saison de transmission de Leishmania dans les régions du centre-est et du nord du pays. Linfection par Leishmania a été étudiée en utilisant la PCR-RFLP ciblant l'ADN ribosomal ITS1, suivie d'une digestion enzymatique avec HaeIII ; L’identification des espèces de phlébotomes infectée a utilisé des méthodologies moléculaires. Par cette étude, nous confirmons la présence de Phlebotomus papatasi et Phlebotomus perniciosus infectés par les parasites L. major et L. infantum en Tunisie. Benikhlef R, Aoun K, Boudrissa K, Ben Abid M, Cherif K, Aissi W, Benrekta S, Boubidi SC, Späth GF, Bouratbine A, Sereno D, Harrat Z. Cutaneous Leishmaniasis in Algeria; Highlight on the Focus of M'Sila. Microorganisms. 2021 Apr 29;9(5):962. doi: 10.3390/microorganisms9050962. PMID: 33947003; PMCID: PMC8146893. Ce travail a été réalisé dans le cadre du programme de coopération LeisHied, en collaboration avec l’Institut Pasteur d’Algerie. Il s’agit d’une analyse rétrospective sur 34 ans portant sur la leishmaniose cutané (LC) en Algérie et plus particulièrement sur la LC dans une des régions le plus touchée, la province de M'Sila. Les isolats parasitaires collectés à partir de lésions cutanés correspondaient tous à Leishmania (L.) major. L’étude de la faune phlébotomienne a mis en évidence la forte densité de Phlebotomus papatasi. Les rongeurs sauvages appartenaient à neuf espèces ; Psammomys obesus et Meriones shawi ayant été trouvés infectés par L. major. Mots-clés : Algérie ; Leishmania major ; M'Sila ; leishmaniose cutanée ; épidémiologie ; rongeurs ; phlébotomes. (ii) lnnovation diagnostique (Leishmanioses, Toxoplasmose) Tayachi I, Galai Y, Ben-Abid M, Saidi N, Ben-Sghaier I, Aoun K, Bouratbine A. Use of Immunomagnetic Separation tool in Leishmania promastigotes capture. Acta Trop. 2021 Mar;215:105804. doi: 10.1016/j.actatropica.2020.105804. Epub 2020 Dec 29. PMID: 33385362. La technique de séparation immunomagnétique (IMS) est utilisée pour isoler des organismes entiers viables. L'objectif de notre travail était de produire des billes magnétiques anti-Leishmania et d'évaluer leur efficacité dans la capture des promastigotes de Leishmania dans les milieux de culture. Des anticorps polyclonaux anti-Leishmania ont été produits par injection intraveineuse de promastigotes métacycliques vivants de Leishmania (L.) major à des lapins. Les IgG anti-Leishmania purifiées ont été conjuguées de manière covalente à des billes magnétiques et utilisées pour l'IMS. Cette dernière a été appliquée soit sur des cultures de promastigotes de L. major de concentrations connues, soit sur des cultures de suc dermiques (prélevés de lésions de leishmaniose cutané) sur mileu Novy-MacNeal-Nicolle (NNN) aux stades précoces (24h, 48h, 72h). La capture des promastigotes a été évaluée soit par microscopie soit par qPCR après ébullition de l'échantillon.
- 68. 67 Les anticorps polyclonauxréagissaient à la fois contre les promastigotes de L. major et de L. infantum. Dans une solution de 50 µL, les billes immunomagnétiques ont été capables de capturer 5 promastigotes vivants sur 20 et 1050 sur 2500, ce qui donne une efficacité estimée de 25-42%. L'efficacité de l'IMS était plus faible pour un nombre inférieur de parasites mais restait reproductible. D'autre part, l'IMS-qPCR appliquée à 14 cultures sur milieu NNN de lésions confirmées de Leishmania a montré une plus grande sensibilité pour détecter les parasites vivants que l'observation microscopique des cultures (93% de positivité à 72h contre 50% de positivité dans les 2-4 semaines d'incubation). Le nombre estimé de parasites capturés à 72h variait de 1 à plus de 100 parasites / 50 µL de phase liquide de culture. Ces résultats préliminaires ouvrent la voie à des perspectives intéressantes dans l'utilisation des cultures pour le diagnostic de la leishmaniose et également pour d'autres applications telles que la détection de Leishmania dans les cultures à partir des animaux réservoirs ou des phlébotomes. Mots-clés : Séparation immunomagnétique ; Leishmania ; milieu NNN ; culture ; promastigotes ; qPCR. Ben-Abdallah R, Kalboussi Y, Bellali H, Issaoui N, Souissi O, Maatoug R, Aoun K, Bouratbine. Contribution of the Toxoplasma ICT IgG IgM® test in determining the immune status of pregnant women against toxoplasmosis. Journal of Clinical Laboratory Analysis. 2021 May;35(5):e23749. Un test de diagnostic rapide basé sur la technologie d'immunochromatographie (ICT), le Toxoplasma ICT IgG- IgM®, a été récemment développé et mis sur le marché. Notre objectif était d'étudier sa contribution à l'établissement précis du statut immunitaire vis-à-vis du Toxoplasme chez les femmes enceintes en utilisant le Western blot (WB) Toxo II IgG® comme technique de référence. Trente-neuf sérums ont été sélectionnés pour l'étude parmi 2.615 sérums déjà testés par ELISA IgG et IgM. Ils présentaient des titres d'IgG équivoques (4,4-9 UI/ml) en l'absence d'IgM (19 sérums) ou des anticorps anti-Toxoplasma IgM en l'absence d'IgG (titre <4,4 UI/ml) (20 sérums). Tous ces sérums ont été testés en plus par WB Toxo II IgG®. La sensibilité de la technologie d'immunochromatographie dans la détection de faibles titres d'IgG en l'absence d'IgM ou d'IgM anti-Toxoplasma spécifiques était de 100 %. Un seul sérum présentant un titre d'IgG équivoque par ELISA et négatif avec le test Toxo II IgG® s'est révélé positif par l'ICT. Cependant, ce sérum a montré une bande P30 dans l'analyse WB. D'autre part, trois sérums positifs en IgM par ELISA et négatifs en IgG par ELISA se sont révélés positifs en ICT et négatifs dans l'analyse WB Toxo II IgG®, le test de référence. Conclusion : Les résultats confirment la haute sensibilité du Toxoplasma ICT IgG-IgM® dans la détection des IgG et IgM spécifiques anti-Toxoplasma, et soulignent l'utilité de ce test rapide comme test de première ou de deuxième ligne chez les femmes enceintes. Production et évaluation de l’activité biologique d’un fragment variable d’anticorps recombinant homo- dimèrique (scFv-diabody) à visée Immunothérapeutique de la toxoplasmose, Laribi sinda, MASTERE DE RECHERCHE EN BIOLOGIE MOLECULAIRE, CELLULAIRE ET BIOTECHNOLOGIE Grâce à l’émergence de l’ingénierie moléculaire, de nombreux formats d’anticorps ont été construits, possédant tous le domaine de reconnaissance spécifiquement à l’antigène avec une délétion partielle ou totale de la région Fc. En effet, le scFv (single-chain Fragment variable) multimérique est le format d’anticorps, le plus utilisé dans les domaines de la thérapie et de l’immunodiagnostique in vitro ou in vivo en raison de ses avantages. Dans ce contexte, afin d’améliorer l’affinité du scFvSG15 monomèrique dirigé contre l’antigène de surface majeur SAG1 du parasite Toxoplasma gondii, vis-à-vis de son antigène, nous avons cherché à concevoir un nouveau format de fragment d’anticorps multimérique. Le choix s’est porté sur la forme homo-dimérique « diabody » en réduisant la taille du linker qui associe les domaines VH/VL de 15 résidus sur la forme monomèrique à 5 résidus sur la forme dimérique. Cette construction a été clonée dans un vecteur d’expression procaryotique pET22b(+) et produite dans 2 souches d’E. coli Origami(DE3) et BL21(DE3). Afin de favoriser la sécrétion de la protéine sous forme soluble dans le périplasme de la bactérie que d’extraire sous forme de corps d’inclusion dans son cytoplasme, nous avons décidé d’utiliser la bactérie Origami (DE3) pour la production du scFvSG5. Grâce à cette bactérie et après optimisation des conditions de culture, nous avons réussi à produire le scFvSG5 sous la forme dimérique et soluble. Après purification par chromatographie d’affinité sur des résines NI-NTA et vérification de la présence de notre scFvSG5 sous forme dimérique, l’évaluation de son activité de reconnaissance vis-à-vis de son antigène SAG1 a été effectué par immuno-empreint dans les conditions non réductrices. Les premiers tests effectués confirment que le scFvSG5-dim reconnait spécifiquement l’antigène de surface majeur SAG1 du parasite. Le prolongement de cette recherche serait de confirmer ces résultats préliminaires, et de démontrer le potentiel usage du scFvSG5-dim dans le domaine de l’immunothérapie in vitro et/ou in vivo anti-toxoplasmique. Mots-clés : scFv / Diabody / Souche bactérienne / Périplasme / SAG1 / Toxoplasmagondii. (iii) Etude des processus cellulaires au décours de l’infection leishmanienne Bichiou H, Rabhi S, Ben Hamda C, Bouabid C, Belghith M, Piquemal D, Trentin B, Rabhi I, Guizani-Tabbane L. Leishmania Parasites Differently Regulate Antioxidant Genes in Macrophages Derived From Resistant and Susceptible Mice. Front Cell Infect Microbiol. 2021 Oct 15;11:748738. doi: 10.3389/fcimb.2021.748738. PMID: 34722338; PMCID: PMC8554229. Les interactions entre Macrophages et Leishmania sont essentielles à la croissance du parasite et à l'issue de la maladie. Les macrophages ont mis au point diverses stratégies pour combattre les envahisseurs, notamment la
- 69. 68 salve oxydative. Alorsque certains micro-organismes semblent survivre et même prospérer dans un environnement oxydatif, d'autres sont sensibles et sont tués. Pour contrer le stress oxydatif, les macrophages modifient l'expression des enzymes cytoprotectrices et détoxifiantes, qui sont des cibles en aval du facteur nucléaire Nrf2 (nuclear factor erythroid 2-related factor 2), afin d'améliorer la survie cellulaire. Nous avons exploré la transcription de NRF2 et de ses gènes cibles et comparé l'effet du parasite sur leur transcription dans les macrophages dérivés de la moelle osseuse (BMdM) de souris résistantes et sensibles à Leishmania. Alors que la transcription de l'hème oxygénase 1 (HO-1) est indépendante du fond génétique, la transcription de la glutathion réductase (Gsr) et du transporteur d'échange cystéine/glutamate (Slc7a11), impliqués dans l'accumulation de glutathion, était régulée de manière différentielle dans les BMdMs des deux souches de souris. Nous montrons également que, à l'exception de HO-1, connu pour favoriser la survie du parasite, la transcription des gènes sélectionnés, y compris Gsr, CD36 et catalase (CAT), a été activement réprimée par le parasite, si ce n'est à tous les points de temps, du moins aux plus tardifs, en particulier dans les BMdMs Balb/c. En accord avec ces résultats, nous avons constaté que l'extinction de NRF2 dans cette étude augmente la survie et la multiplication du parasite. Mots clés : Leishmania ; NRF2 ; antioxydants ; macrophage ; résistance ; susceptibilité. (iv) Analyse du microbiote intestinal eucaryotique et Etude génétique des populations humaines présentant une maladie multifactorielle complexe Ben-Rhouma K, Ben-Salah SF, Boulehmi N, Bouratbine A. Phenotypic and Genotypic Characterization of Intestinal Candida spp. in Tunisia. Jundishapur Journal of Microbiology. 2021 Jun 1;14(6):1-9. Les levures colonisent naturellement le tube digestif des mammifères et jouent un rôle important dans la santé et la maladie. Cette communauté est composée de levures commensales, principalement Candida et Saccharomyces, décrites comme faisant partie du mycobiome intestinal et pouvant être associée à une flore résidente ou transitoire. Le but de notre étude était d'effectuer la caractérisation phénotypique et génotypique des isolats de Candida cultivables présents dans les échantillons de selles d'individus tunisiens sains et d'évaluer leur sensibilité aux antifongiques. Les levures ont été isolées à partir de 46 échantillons de selles cultivés sur de la gélose Sabouraud dextrose à 37°C. Les espèces ont été identifiées en utilisant méthodes conventionnelles et le séquençage ITS-PCR. Les isolats de Candida ont été testés en explorant leur tolérance au stress oxydatif et aux conditions acides extrêmes. En outre, leur capacité à former des biofilms et leur résistance in vitro aux antifongiques ont été déterminées par le système VITEK 2. L'identification par séquençage de la région ITS1-5.8S-ITS2 des 56 souches de levure isolées de 37 échantillons de selles a révélé que Candida était le genre dominant et était représenté par Candida albicans (n = 21), C. parapsilosis (n = 10), C. glabrata (n = 9) et C. krusei (n = 9). En revanche, les autres genres, dont Trichosporon, Geotrichum et Rhodotorula, étaient présents de manière sporadique. Nous avons constaté que la plupart des isolats de Candida étaient capables de former des biofilms dans des conditions de stress oxydatif et d'humidité extrême. En ce qui concerne la sensibilité aux antifongiques un taux de résistance plus élevé au fluconazole a été révélé par rapport à la caspofungine et à la micafungine. Cependant, aucune résistance n'a été révélée contre le voriconazole, l'amphotéricine B et la 5-flucytosine. Conclusions : Il s'agit des premières données générées par le travail sur les levures cultivables à partir d'échantillons de selles d'individus sains en Tunisie. D'autres études métagénomiques avec un échantillon plus important sont nécessaires pour mieux caractériser le mycobiote intestinal. Mots-clés : Microbiote intestinal, genre Candida, séquençage ITS-PCR, variabilité génétique, caractérisation phénotypique, résistance antifongique. résistance antifongique Ben Salah H, Jelassi R, Zidi I, Ben Amor A, Bizid S, Ammi R, Guizani L, Bouratbine A, Aoun K, Chelbi H. Rapid high-resolution melting method to identify human leukocyte antigen-G (HLA-G) 3' untranslated region polymorphism +3142C/G (rs1063320). Mol Genet Genomic Med. 2021 Nov;9(11):e1817. doi: 10.1002/mgg3.1817. Epub 2021 Oct 3. PMID: 34605219; PMCID: PMC8606219. HLA-G est un gène non classique de l'histocompatibilité majeure humaine de classe I codant pour des molécules ayant des propriétés immunomodulatrices. L'expression de HLA-G est largement étudiée dans des conditions pathologiques, telles que les tumeurs, les infections virales, l'inflammation et les maladies auto-immunes, les tissus greffés, entre autres. Le polymorphisme HLA-G +3142C/G ((rs1063320: dbSNP database) est situé dans l'UTR 3' de HAL-G et joue un rôle clé dans la détermination de l'ampleur de l'expression des gènes et des protéines. La détection du polymorphisme HLA-G +3142C/G dans la plupart des rapports publiés se fait par PCR suivie d'une digestion enzymatique. Il est donc intéressant de développer un test rapide et sensible pour le génotypage du polymorphisme HLA-G +3142C/G. L'analyse (HRM) est une technologie basée sur l'analyse du profil de fusion des produits PCR par augmentation progressive de la température. L'objectif de ce travail est d'appliquer la méthode HRM pour le génotypage du polymorphisme HLA-G +3142C/G. L'ADN de 118 individus a été extrait du sang total avec le kit QIAamp® DNA blood mini (Qiagen, Allemagne). Le couple d'amorces a été conçu à l'aide des outils en ligne Primer 3 de manière à n'avoir qu'un seul SNP dans la séquence cible pour une efficacité élevée de la HRM. Les contrôles positifs ont été identifiés à l'aide du séquençage de l'ADN et utilisés comme référence lors de l'attribution des génotypes pour les échantillons d'essai. Nous avons pu reconnaître les trois génotypes avec une précision similaire à celle du séquençage de l'ADN en utilisant la méthode HRM. Le test d'équilibre de Hardy- Weinberg montre que notre population est en équilibre pour le SNP étudié. Les fréquences des génotypes du polymorphisme +3142C/G dans la population générale tunisienne sont de 0,475 pour l'hétérozygote G/C, 0,186 pour l'homozygote G/G et 0,339 pour l'homozygote C/C. En conclusion : La méthode HRM est rentable et adaptée au génotypage des SNP.
- 70. 69 Publications : 1. Investigationof natural infection of Phlebotomine (Diptera: Psychodidae) by Leishmania in Tunisian endemic regions. Chaouch, M., Chaabane, A., Ayari, C., Othman, S.B., Sereno, D., Chemkhi, J. and BenAbderrazak, S., 2021. Parasite epidemiology and control, 14, p.e00212. 2. Cutaneous Leishmaniasis in Algeria; Highlight on the Focus of M'Sila. Benikhlef R, Aoun K, Boudrissa K, Ben Abid M, Cherif K, Aissi W, Benrekta S, Boubidi SC, Späth GF, Bouratbine A, Sereno D, Harrat Z. Microorganisms. 2021 Apr 29;9(5):962. doi: 10.3390/microorganisms9050962. PMID: 33947003; PMCID: PMC8146893. 3. Use of Immunomagnetic Separation tool in Leishmania promastigotes capture. Tayachi I, Galai Y, Ben-Abid M, Saidi N, Ben-Sghaier I, Aoun K, Bouratbine A. Acta Trop. 2021 Mar;215:105804. doi: 10.1016/j.actatropica.2020.105804. Epub 2020 Dec 29. PMID: 33385362. 4. Ben-Abdallah R, Kalboussi Y, Bellali H, Issaoui N, Souissi O, Maatoug R, Aoun K, Bouratbine. Contribution of the Toxoplasma ICT IgG IgM® test in determining the immune status of pregnant women against toxoplasmosis. Journal of Clinical Laboratory Analysis. 2021 May;35(5):e23749. 5. Leishmania Parasites Differently Regulate Antioxidant Genes in Macrophages Derived From Resistant and Susceptible Mice. Bichiou H, Rabhi S, Ben Hamda C, Bouabid C, Belghith M, Piquemal D, Trentin B, Rabhi I, Guizani-Tabbane L. Front Cell Infect Microbiol. 2021 Oct 15;11:748738. doi: 10.3389/fcimb.2021.748738. PMID: 34722338; PMCID: PMC8554229. 6. Phenotypic and Genotypic Characterization of Intestinal Candida spp. in Tunisia. Ben-Rhouma K, Ben- Salah SF, Boulehmi N, Bouratbine A. Jundishapur Journal of Microbiology. 2021 Jun 1;14(6):1-9. 7. Rapid high-resolution melting method to identify human leukocyte antigen-G (HLA-G) 3' untranslated region polymorphism +3142C/G (rs1063320). Ben Salah H, Jelassi R, Zidi I, Ben Amor A, Bizid S, Ammi R, Guizani L, Bouratbine A, Aoun K, Chelbi H. Mol Genet Genomic Med. 2021 Nov;9(11):e1817. doi: 10.1002/mgg3.1817. Epub 2021 Oct 3. PMID: 34605219; PMCID: PMC8606219. 8. Transcription Factors Interplay Orchestrates the Immune-Metabolic Response of Leishmania Infected Macrophages. Bichiou H, Bouabid C, Rabhi I, Guizani-Tabbane L. Front Cell Infect Microbiol. 2021 Apr 7;11:660415. doi: 10.3389/fcimb.2021.660415. PMID: 33898331; PMCID: PMC8058464. 9. Association of CCR5Δ32 Deletion and Human Cytomegalovirus Infection With Colorectal Cancer in Tunisia.Chelbi H, Jelassi R, Belfkih S, Ben Amor A, Saidi N, Ben Salah H, Mzoughi N, Ben Dhifallah I, Boujelben N, Ammi R, Bouratbine A, Zidi I, Aoun K. Front Genet. 2021 Dec 17;12:598635. doi: 10.3389/fgene.2021.598635. PMID: 34976001; PMCID: PMC8719653. Projets en cours en 2021 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financemen t (DT) Période Studio degli aspetti epidemilogici et fattori di rischio della Leishmaniosi nel bacino del mediterraneo : sistema di sorveglianza Italia- Tunisia Karim Aoun LR 20-IPT06 Instituto Zooprofilatico Sperimentale de Palermes-Sicile 2019-21 Clinical Parasitology Lilia Zribi LR 20-IPT-06 Université de Naples, Federico II 2019-21 Projet de Recherche Fédérée "PRF": "CIC-P: Microbiote de l'organisme humain et Santé » Aïda Bouratbine LR 20-IPT06 Ministère de l’enseignement superieur et de la recherche scientifique 2017-2022 LeiSHield-MATI, H2020-MSCA-RISE-2017 Hechmi Louzir Karim Aoun pour le LR 20-IPT-06 projet: Horizon 2020 2017-2022 Chiffres clé en 2021 4 projets en cours
- 71. 70 9 publications dansdes revues internationales 3 dipômes obtenus 12 diplômes en cours
- 72. 71 Laboratoire d’Hématologie Moléculaireet Cellulaire Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Menif Samia Professeur hospitalo- Universitaire/Chef de laboratoire Laboratoire Hematologie /LR16IPT07 Dhouib Nawel Professeur hospitalo- Universitaire Ines Safra Professeur agrégé Laboratoire Hematologie /LR16IPT07 Fethi mellouli Professeur hospitalo-universitaire CNGMO Monia ben khaled Professeur agrégé CNGMO Imen kraiem Professeur hospitalo-universitaire Laboratoire Hématologie /LR16IPT07 Maaoui Foued Etudiant en these Houyem ouragini Biologiste Adjoint Laboratoire Hématologie /LR16IPT07 Imen moumni Biologiste Adjoint Laboratoire Hématologie /LR16IPT07 Leila chaouech Maitre assistante Faculté de médecine de Sousse Barouni Manel Maitre assistante Nouira Sonia Assistante Dorra chaouachi Technicien Supérieur Principal Laboratoire Hématologie /LR16IPT07 Naouel trabelsi Etudiant en thèse es Sciences Laboratoire Hématologie /LR16IPT07 Marwa abdelghani Etudiant en thèse es Sciences Laboratoire Hématologie /LR16IPT07 Faten hadded Etudiant en thèse es Sciences Laboratoire Hématologie /LR16IPT07 Sana zitouni Etudiant en thèse es Sciences Laboratoire Hématologie /LR16IPT07 Kalai Miniar Chercheur post doctorat Mechaal Amel Chercheur post doctorat Bouatrous Emna Etudiant en these Laboratoire Hématologie /LR16IPT07 Khalfaoui Khouloud Etudiant en these Ounalli Asma Etudiant en these Chebbi Maryem Etudiante en these Laboratoire Hematologie /LR16IPT07 Le laboratoire d’hématologie moléculaire et cellulaire a été crée en 2005 suite à une évaluation positive par le CNEAR .le même laboratoire a été reconduit avec les mêmes tâches de recherche EN 2009 puis EN 2015. Les thématiques de recherche du laboratoire d’hématologie moléculaire et cellulaire s’articulent autour de deux grands axes : ▪ la biologie et la physiopathologie des anomalies héréditaires du globule rouge ▪ la biologie et la physiopathologie des hémopathies malignes. Qu’il s’agisse de la première ou de la deuxième composante un volet diagnostique important est développé servant les thématiques de recherche pour identifier les bases moléculaires, génétiques et épi-génétiques à l’origine des deux groupes de pathologies. C’est ainsi que le laboratoire recrute un grand nombre d’étudiants et de stagiaires pour développer la recherche qui a été conçue dans les deux programmes. Les membres du laboratoire sont subdivisés en 7 équipes qui œuvrent sur 2 programmes :
- 73. 72 Le premier programme,composé de 5 équipes qui s’intéressent aux pathologies héréditaires du globule rouge incluant les hémoglobinopathies, les enzymopathies erythrocytaires et les anomalies de la membrane des globules rouges. Le deuxième programme, composé de deux équipes, s’intéresse aux hémopathies malignes incluant la leucémie myéloïde chronique, les leucémies aigues, et le myélome multiple. Programme 1 : Pathologies héréditaires du globule rouge Les pathologies héréditaires du globule rouge regroupent un ensemble d’anomalies génétiques touchant les gènes de l’hémoglobine, des enzymes érythrocytaires et des protéines de la membrane du globule rouge responsables respectivement des hémoglobinopathies ,des enzymopathies et des membranopathies et qui se traduisent par une anémie hémolytique constitutionnelle de sévérité variable . Le but de nos travaux de recherche est d’affiner le diagnostic, identifier le maximum de porteurs en vue d’assurer une meilleure prise en charge Hémoglobinopathies et enzymopathies Les hémoglobinopathies (thalassémies et drépanocytose) sont des pathologies héréditaires mono géniques fréquentes dans notre pays et sont caractérisées par une grande variabilité phénotypique. le taux d’expression de l’hémoglobine fœtale (HbF) est reconnu comme facteur déterminant dans la modulation du phénotype de ces maladies. Une meilleure compréhension des mécanismes de production de l’HbF chez l’adulte pourrait donc conduire à de nouvelles approches thérapeutiques des hémoglobinopathies. Cette synthèse d’HbF est due à l’induction de l’expression des gènes γ-globine (HBG). Plusieurs facteurs génétiques en Cis et en trans du gène beta globine ont été incriminés dans la variation du taux de l’HbF.des études antérieures ont permis d’identifier trois principaux loci régulateurs de l’expression de l’HbF, il s’agit du polymorphisme Xmnl (rs7482144) du promoteur du gène HBG2, le gène BCL11Aen 2p15 et la région inter génique HMIP-2 en 6q23. A coté des loci modificateurs, des études ont rapporté que la variabilité du taux d’HbF peut être soumise à une régulation post transcriptionnelle des gènes gamma globine par des micro ARN. C’est dans ce contexte que s’inscrit notre étude qui a été entamée en 2018 et s’est poursuivie au cours de l’année 2021. Ce travail a permis d’identifier in silico plusieurs réseaux de miRs et facteurs de transcription impliqués, dont certains non encore rapportés dans la littérature (publication en cours de révision). Une partie de ces résultats a été confirmée expérimentalement. Cette étude entre dans le cadre de la thèse de Faten Haddad et a bénéficié d’un financement par le Programme Collaboratif Interne (IPT). Ce projet représente un grand intérêt thérapeutique pour les patients atteints d’hémoglobinopathies. En effet, la réactivation de l’expression de l’HbF est le traitement de choix pour ces malades. L’identification des facteurs génétiques et épigénétiques, et la compréhension des voies de régulation impliquées dans l’expression de l’HbF est une étape nécessaire et primordiale afin de mettre en place des traitements alternatifs à l´hydroxyurée, impliquant des molécules qui auraient une action plus spécifique sur l'augmentation de l'HbF. De plus, chaque population possède une spécificité génétique. La connaissance des différents gènes modificateurs impliqués dans la variabilité phénotypique que présentent les patients tunisiens nous permettra d’identifier les cibles thérapeutiques vers des approches adaptées selon le type de patient en question, ce qui améliorera leur prise en charge. Depuis 2002, notre groupe s’intéresse à l’épidémiologie moléculaire en relation avec les anomalies de l’hémoglobine (Hb), de la G6PD et de la pyruvate kinase. Au cours de ces études, nous avons pu et continuons d’identifier jusqu’à ce jour de nouveaux variants de l’Hb (Ghaber et al., 2018). En 2018, un projet portant sur le dépistage des hémoglobinopathies et du déficit en G6PD (enzymopathie la plus fréquente en Tunisie) a été entamé en collaboration avec l’équipe du service de néonatologie de l’hôpital régional Habib Bougatfa Bizerte. Ce travail entre dans le cadre de la thèse de Sana Zitouni. Il a pour objectif de mettre à jour les fréquences de l’α thalassémies, la β thalassémie, la drépanocytose, et le déficit en G6PD, et de déterminer les profils phénotypiques et moléculaires de la population tunisienne pour ces pathologies. Ceci permettra d’évaluer l’impact des connaissances sur le plan physiopathologique et moléculaires (notamment la mise en place du diagnostic prénatal) des dernières décennies sur l’incidence de ces pathologies héréditaires. Ce travail a été poursuivi en 2021 et a permis d’établir entre autres les valeurs de références des indices hématimétriques et des différentes hémoglobines au niveau du sang du cordon pour la première fois dans la population tunisienne. Ces résultats ont abouti à la parution d’une publication (Zitouni et al., 2020) et à la finalisation de la thèse de la doctorante. EXPLORATION DE LA Méthémoglobinémie La méthémoglobinémie, est due à un excès d’Hb oxydée, qui devient incapable de transporter l’oxygène, et qui se traduit par une cyanose, et dans les cas les plus sévères se complique d’un retard mental et peut aboutir au décès. Le traitement de la methemoglobinemie diffère selon l’étiologie qui peut être acquise ou héréditaire de transmission dominante ou récessive. La caractérisation de cette pathologie entre dans le cadre de la thèse de Emna Bouatrous
- 74. 73 et a bénéficiéd’un financement du programme d’encadrement des jeunes chercheurs du ministère de l’enseignement supérieur jusqu’en 2021. Ce travail a abouti à l’identification de mutations pour la première fois dans la population tunisienne que ce soit pour la forme dominante (Bouatrous et al., 2021) ou récessive (publication en cours). Parallèlement à ce travail moléculaire, une analyse in silico des différents SNPs non synonymes du gène CYB5R3 (gène impliqué dans la forme récessive de la méthémoglobine) a été entreprise et a permis d’identifier les SNPs les plus délétères (publication en cours). Les Membranopathies Les maladies héréditaires de la membrane érythrocytaire sont un groupe de pathologies très hétérogènes au niveau phénotypique et moléculaire. On peut citer la sphérocytose, la pyropoikilocytose, l’elliptocytose et la stomatocytose. La spécificité et la sensibilité de différentes méthodes de diagnostic de ces pathologies, comme le test EMA, le test Pink, l’électrophorèse SDS-PAGE des protéines membranaires, et les tests standards, tel que la fragilité osmotique et la cryohémolyse, ont été évaluées. Des valeurs seuils, notamment pour l’électrophorèse SDS PAGE et le test EMA, ont été établies pour les patients atteints de sphérocytose. L’exploration de ces différentes formes héréditaires fait l’objet d’une publication (Trabelsi et al. 2021 cellular physiology and biochemistry 2021: 55:117- 129 dans le cadre de la thèse de Nawel Trabelsi (en cours) Aspects cellulaires des maladies héréditaires du globule rouge: Etude de l'éryptose et des microparticules L’éryptose constitue la mort programmée des érythrocytes. Elle est caractérisée par plusieurs phénomènes biochimiques cellulaires comme le rétrécissement de la cellule, le brouillage cytoplasmique avec externalisation de la phosphatidyl serine (PS) sur le feuillet externe de la membrane et l’émission des microparticules (Mps) dans le plasma. L’éryptose est stimulée par le stress oxydatif, la déplétion énergétique, le choc hyperosmotique, l’augmentation de la concentration cytosolique en Ca2+, la formation des céramides ainsi qu’une variété de xénobiotiques. L’accélération de l’éryptose et une émission accrue des MPs plasmatiques sont observée dans plusieurs pathologies comme les maladies héréditaires du globule rouge, et peut expliquer la diminution de la durée de vie des GR qui est à l’origine de l’hyperhémolyse et l’installation de l’anémie. Ce programme de recherche a fait l’objet de deux projets nationaux : le projet PCI 2018-2021 intitulé : « Effet des mécanismes moléculaires et cellulaire de l'éryptose et des microparticules dans la drépanocytose en Tunisie » et le projet PEJC 2021-2023 intitulé «Innovation et gestion des maladies héréditaires du globule rouge en Tunisie ». La mutation drépanocytaire est à l'origine de la déformation en faucille du globule rouge, une conséquence cellulaire associée à plusieurs complications vasculaires. Les membranes des cellules falciformes perdent progressivement leur élasticité et des microparticules (Mps) plasmatiques peuvent s'en détacher. De telles microvésicules contribuent à augmenter les risques thrombotiques chez les malades drépanocytaires. L'étude de ces microvésicules et la recherche des causes physiologiques de l’éryptose dans la compréhension et la prévention des accidents vasculaires dans la drépanocytose constituent une nouvelle approche de recherche que nous développons dans notre laboratoire. Ce travail est en cours et la mise au point des techniques a fait l’objet d’un sujet de mastère et de thèse, à travers lesquels on a montré que l’éryptose est déclenchée plus rapidement par l’exposition du PS et le rétrécissement des GRs, chez les malades. Ceci suggère le rôle potentiel de l’éryptose dans l’instauration de l’anémie hémolytique dans la drépanocytose. Dans le cadre de chercher les stimulateurs de l’éryptose, on a trouvé que l’accumulation des céramides peut être considérée comme un activateur de l’éryptose chez les drépanocytaires. Concernant l’émission des MPs et suite à la quantification des MPs érythrocytaires et les MPs plaquettaires par triple marquage à l’Annexine V/ Ac anti CD41 / Ac anti CD235a, nous avons confirmé que les MPs des deux origines sont clairement augmentées avec une prédominance des MPs plaquettaires qui peuvent être à l’origine des complications vasculaires en augmentant le risque des crises vaso occlusives chez les patients. En effet, les MPs jouent un rôle indispensable pour la prévention de la maladie, donc on peut les considérer comme des biomarqueurs de diagnostic de la drépanocytose. Programme 2: Hémopathies malignes Les hémopathies malignes constituent un groupe hétérogène de pathologies néoplasiques des cellules hématopoïétiques. En fonction de la lignée atteinte on distingue les leucémies lymphoides et les leucémies myeloides et en fonction de leurs profils evolutifs on distingue les leucémies aigues et les leucémies chroniques. Ainsi 4 groupes d’hémopathies malignes peuvent être individualisés : ▪ La leucemie myeloide chronique ▪ La leucemie lymphoide chronique ▪ La leucemie aigue lymphoide ▪ La leucemie aigue myeloide
- 75. 74 Les objectifs générauxde ce programme étaient d’identifier les anomalies moléculaires acquises au niveau des cellules tumorales afin d’identifier les mécanismes d’oncogenèse d’une part et de corréler ces résultats avec le pronostic et l’évolution des patients d’autre part. Le traitement des hémopathies malignes repose sur l’administration de différents protocoles de chimiothérapies, il existe une hétérogénéité de réponse des patients au traitement. Nous avons cherché à retrouver les anomalies moléculaires et épigénétiques susceptibles de moduler la réponse des patients au traitement à travers une étude comparative impliquant des patients en réponse optimale et d’autres en échec thérapeutique en vue d’identifier des marqueurs prédictifs de la réponse au traitement qui pourraient guider l’attitude thérapeutique des medecins des le diagnostic initial. LES NEOPLASIES MYELOPROLIFERATIVES Les neoplasies myeloproliferatives (NMP) regroupent differentes entités neoplasiques secondaires à la transformation d’une cellule souche hematopietique il en resulte une hyperplasie de la lignée granulomonocytaire qui se traduit au niveau du sang peripherique par l’augmentation d’une des 3 lignées .En fonction de la lignée atteinte 3 entités peuvent etre individualisées : ▪ La thrombocythemie essentielle lorsque la proliferation predomine sur la lignée megacaryocytaire ▪ La polyglobulie lorsque la proloiferation predomine sur la lignée erythrocytaire ▪ La myelofibrose primitive caracterisée par une fibrose collagène de la moelle osseuse qui aboutit à une pancytopenie. Toutes les NMP sont associées à une hyperviscosité sanguine qui se complique par un risque accru de thromboses vasculaires .le diagnostic positif des NMP repose sur l’analyse des parametres de l’hemogramme et doit etre complété par une etude moleculaire pour rechercher des anomalies acquises du genome à l’origine de la physiopathologie et de la transformation maligne. La mutation JAK2V617F identifiée en 2005 est un marqueur diagnostique reconnu dans les NMP retrouvé dans 97% des polyglobulies primitives et 50 à 60% des thrombocythemies essentielles. La these de Melle Marwa abdelghani avait pour objectifs l’exploration moleculaire des NMP afin de decrypter les anomalies moleculaires autres que JAK2V617F qui sous tendent ces pathologies. Au cours de ce travail nous nous sommes interessés à 3 marqueurs moleculaires (les mutations des gènes de la CALRETICULINE, les mutations MPL et ASXl1) en vue d’evaluer leurs prevalences et d’etablir des correlations avec le pronostic et le risque de thromboses. Les resultats on fait l’object d’un premier article accepté dans la revue : Journal of Clinical Laboratory Analysis Nous envisageons de poursuivre les explorations d’autres marqueurs impliqués dans l’activation de la voie JAK/STAT. LE MYELOME MULTIPLE Le myelome multiple est une proliferation clonale de plasmocytes malins avec sécrétion d’une Ig monoclonale. Cette hémopathie demeure incurable et au pronostic redoutable. Plusieurs facteurs ont été incriminés dans la résistance aux traitements tels que la forte expression de Bcl2 et Mcl1. Dans le cadre d’une collaboration avec l’equipe INSERM de Nantes nous avons étudié l’effet des inhibiteurs de HDAC sur l’apoptose des plasmocytes malins après une étape de culture cellulaire. Notre équipe s’interesse à un autre volet se rapportant à l’habilitation sociale vis-à-vis des hemoglobinopathies et des leucemies.Ce projet vise l’implementation de nouveaux dispositifs educatifs et promotionnels de type TICE pour assurer une meilleure receptivité psychologique des patients pour la maladie et une education pour une meilleure prise en charge .Dans son travail de thèse, Mr. Foued Maaoui explore les concepts de : littératie en santé, perception des risques en santé, la prévention primaire des hémoglobinopathies et la réduction des risques d’exposition aux facteurs environnementaux associés à la leucémie infantile. Des investigations transversales sont menées auprès de lycéens tunisiens afin d’estimer leurs niveaux de littératie en santé, leurs perceptions des risques de transmission héréditaires et d’exposition aux facteurs environnementaux ainsi que leurs attitudes affectives et comportementales. Une analyse didactique des contenus SVT, aura pour objectifs ; d’une part, l’identification de l’approche éducative utilisée pour l’apprentissage des hémoglobinopathies et de la leucémie et chercher d’autre part, la corrélation avec les niveaux de littératie en santé. Publications : 1. First observation of HbM-saskatoon at the origin of neonatal cyanosisin a tunisian baby : emna Bouatrous ;sonia Nouira ;Monia ben khaled ;monia ouederni ;salem abbes ;samia menif ; houyem ouragini .J pediatr hematolo oncol ; 2021
- 76. 75 2. Enhanced eryptosisin glucose 6 phosphate desyhdrogenase deficiency :Ghada Bouguerra ; khaoula talbi;Nawel trabelsi ;dorra chaouechi ; imen boudriga ;salem abbes ;samia menif. Cell physiol biochem :2021 :55:761-567 3. Biochemical ,cellular and proteomic characterization of hereditary spherocytosis among Tunisians : Nawel trabelsi ;Ghada Bouguerra;faten haddad ; monia ouederni;imen boudriga;dorra chaouechi;mbarka barmet; mohamed bejaoui;samia menif;imen kraiem; salem abbes. Cell physiol biochem :2021 :55 :117-129 4. Potential functions of hsa mirs155-5p and core genes in chronic myeloid leukemia and emerging role of human cancer: a joint bioinformatic analysis. Soltani; wael bahia;ahlem Farrah &al Genomics 113:2021: 1647-1658 5. Containment of Local COVID-19 Outbreak Among Hematopoietic Stem Cell Transplant Recipients and Healthcare Workers in a Pediatric Stem Cell Unit. Ouederni M, Rekaya S, Bouabdallah O, Ben Fradj I, Kouki R, Chebbi Y, Ammar SB, Lamouchi T, Lachiheb A, Zekri N, Laajili S, Zaiter I, Hamzaoui A, Bejaoui M, Mellouli F, Achour W, Ben Khaled M. J Clin Immunol. 2021 Oct;41(7):1523-1526. doi: 10.1007/s10875- 021-01094-4. 6. Case Report: FOXP3 Mutation in a Patient Presenting With ALPS. Rais A, Mekki N, Fedhila F, Alosaimi MF, Ben Khaled M, Zameli A, Agrebi N, Sellami MK, Geha R, Ben-Mustapha I, Barbouche MR. Front Immunol. 2021 Aug 31;12:692107. doi: 10.3389/fimmu.2021.692107 7. FANCA Gene Mutations in North African Fanconi Anemia Patients. Ben Haj Ali A, Messaoud O, Elouej S, Talmoudi F, Ayed W, Mellouli F, Ouederni M, Hadiji S, De Sandre-Giovannoli A, Delague V, Lévy N, Bogliolo M, Surrallés J, Abdelhak S, Amouri A. Front Genet. 2021 Feb 19;12:610050. doi: 10.3389/fgene.2021.610050. 8. Biochemical, Cellular, and Proteomic Characterization of Hereditary Spherocytosis Among Tunisians. Trabelsi N, Bouguerra G, Haddad F, Ouederni M, Darragi I, Boudrigua I, Chaouachi D, Barmat M, Fouzai C, Bejaoui M, Menif S, Kraiem I, Abbes S. Cell Physiol Biochem. 2021 Mar 6;55(1):117-129. doi: 10.33594/000000333. 9. Novel mutations in Uridyl-diphosphate-glucuronosyl-transferase 1A1 (UGT1A1) gene in Tunisian patients with unconjugated hyperbilirubinemia. Trabelsi N, Chaouch L, Haddad F, Jaouani M, Barkaoui E, Darragi I, Chaouachi D, Boudrigua I, Menif S, Abbes S. Eur J Med Genet. 2021 Feb;64(2):104139. doi: 10.1016/j.ejmg.2021.104139. 10. Enhanced Eryptosis in Glucose-6-Phosphate Dehydrogenase Deficiency. Bouguerra G, Talbi K, Trabelsi N, Chaouachi D, Boudriga I, Abbès S, Menif S. Cell Physiol Biochem. 2021 Dec 11;55(6):761-772. doi: 10.33594/000000474.
- 77. 76 1 autre publication(ouvrages, chapitres d’ouvrages) en 2021 1. Eco-health Literacy Of Tunisian Youths: Leukemia Case. Foued Maaoui, Imen Moumni, France Arboix-calas, Ines Safra, Semia Mnif. Chapitre publié à « the Euro-Mediterranean Journal for Environmental Integration ». Octobre 2021 Projets en cours en 2021 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Effet des mécanismes moléculaires et cellulaire de l'éryptose et des microparticules dans la drépanocytose en Tunisie Moumni Imen LR11IPT07 PCI 40000dt 2018- 2021 Caractérisation moléculaire des alpha- thalassémies en Tunisie en vue d’un conseil génétique et d’une prévention. Mobidoc post doc de Miniar Kalai Samia Menif LR16IPT07 ANPR 2020- 2022 Caractérisation biochimique et moléculaire de la méthémoglobinémie en Tunisie : implication pour le diagnostic Houyem OURAGINI Laboratoire d’Hématologie Moléculaire et Cellulaire. LR 16 IPT 07 PEJC (MES) 20 000 DT 2018- 2021 Implication des microARNs dans la Régulation de l’expression de l’Hemoglobine Fœtale Ouragini H Laboratoire d’Hématologie Moléculaire et Cellulaire. LR 16 IPT 07 ; et Laboratoire d’Epidémiologie Moléculaire et Pathologie Expérimentale Appliquée aux Maladies Infectieuses LR16IPT04; et Laboratoire de Bioinformatique, Biomathématique et Biostatistique LR16IPT09 PCI (RIIP) 40 000DT 2018- 2021
- 78. 77 Projet obtenu en2021 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Innovation et gestion des maladies héréditaires du globule rouge en Tunisie Moumni Imen LR16IPT07 PEJC DPNR 20 000 dt 2021-2023 Chiffres clé en 2021 1 Conférence données 2 Vacations et Cours rémunérés donnés 1 Participation à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 2 communications orales et affichées dans des congrès internationaux 10 publications dans des revues internationales 4 projets en cours 1 projet obtenu 1 diplôme obtenu 8 diplômes en cours Laboratoire de BioInformatique bioMathématiques et bioStatistique Composition de l’équipe Prénom, Nom Position/Fonction Ben Miled Slimane Professeur /Chef de laboratoire Semmar Nabil Professeur Benkahla Alia Biologiste Sassi Atfa Biologiste Abdeljaoued Ines Maître assistante Kebir Amira Maître assistante
- 79. 78 Ghedira Kais Biologisteadjoint Souiai Oussema Maître assistant Louati Dorra Maître Assistant Harrabi Myriam Assistante Ben Chaalia Aymen Technicien Ghanmi Nidhal Technicien Dhafer Ferchichi Technicien Benali Ilhem Administrateur Tnani Hedia Post-Doc Ben Aribi Walid Post-Doc Chaouch Melek Post-Doc Bechir Neffeti Post-Doc Zaatour Wajdi Etudiant en thèse Zouaoui Sana Etudiant en thèse Soumare Harouna Etudiant en thèse Bouhali Amira Etudiant en thèse Hannachi Mariem Etudiant en thèse Cyrine Chenaoui Etudiant en thèse Kechaou-Cherif Sonia Médecin de la santé publique Kechaou Amine Médecin de la santé publique Introduction Bien que la modélisation ait envahi le langage scientifique depuis bien longtemps, elle demeure une notion relativement récente en biologie et dans le domaine biomédical. La complexité et la masse de données générées ont érigé la modélisation en approche privilégiée pour intégrer les connaissances issues de différentes branches de la biologie dans un cadre fortement et ouvertement pluridisciplinaire. La modélisation et l’analyse de données en biologie représentent de formidables outils de communication entre chercheurs de disciplines différentes. Il en résulte une puissance d’approche permettant d’explorer et d’intégrer différents niveaux d’organisation des systèmes complexes. Du gène à la population en passant par la cellule et l’individu et son environnement, l’analyse de données permet de structurer la complexité en composantes fondamentales aidant à mieux comprendre les facteurs interactifs et les voies fonctionnelles responsables de la diversité et des états d’équilibre des systèmes étudiés. La modélisation quant à elle permet de formaliser les interactions aidant par la suite à appréhender les mécanismes à l’origine des phénomènes biologiques observés. C’est autour de ces soucis de structuration et d’intégration de l’ensemble des niveaux d’organisation du vivant que continuent à s’articuler les principaux axes de recherche de ce laboratoire. La mise en place de structures pluridisciplinaires en Tunisie telle que celle du laboratoire BIMS (Laboratoire de BioInformatique, bioMathématiques et bioStatistiques) reste timide et se limite à des actions de recherche ou de coopération éparses. Le laboratoire BIMS est un laboratoire pluridisciplinaire avec des compétences en biologie, informatique, mathématique et statistique, ayant pour objectif de développer une activité de recherche à l’interface entre ces quatre disciplines pour une maîtrise approfondie des systèmes biologiques complexes, avec des intérêts d’application et des perspectives dans le domaine de la santé publique. Le laboratoire est structuré en trois équipes de recherche : bioinformatique, biostatistique et biomathématique. Ces équipes soudées disposent de compétences dans le domaine du traitement de données, du développement d’algorithmes et de la modélisation. La complémentarité des compétences entre les membres des différentes équipes a permis la mise en place d’un programme de recherche autour de certaines thématiques prioritaires. Nos trois équipes ont la particularité d’être à l’interface des disciplines numériques et des sciences de la vie et de s’intéresser à des problèmes de santé publique. Ceci offre à la fois un aspect intégratif à la recherche en biologie et une multidisciplinarité technique essentielle pour la maîtrise des processus multifactoriels, multidirectionnels et multi-échelles des biosystèmes complexes. Nos équipes visent à développer des protocoles permettant la transformation des données biologiques brutes (disponibles) en informations structurées et compréhensibles. Ils visent également à développer des systèmes d’aide à la décision pour une meilleure gestion et contrôlabilité des systèmes/problèmes biologiques étudiés/abordés. La diversité des approches présentées fournit une multitude de méthodes d’abstraction permettant de parvenir à une meilleure compréhension des phénomènes biologiques. Ces procédures aident fortement à trouver des composantes fondamentales (complémentaires et interactives) et des dénominateurs communs intégrant plusieurs aspects, problématiques et hypothèses biologiques que la modélisation se charge de formaliser et de maîtriser. La diversité des problèmes biologiques est maîtrisée ici grâce à une multitude de techniques mathématiques, statistiques ou informatiques sélectivement appliquées ou développées selon l’orientation des questions soulevées. La stratégie du laboratoire lors de ce contrat programme est d’utiliser la cohésion et le caractère intégratif du laboratoire afin de créer un contexte favorable qui permettrait aux trois équipes (bioinfo, biomath, biostat) de faire émerger un ensemble de thématiques fédératrices. Renforcer la synergie du laboratoire nécessite de trouver un terrain qui permettrait de joindre la bioinformatique qui s’intéresse à l’aspect moléculaire du vivant à la dynamique des populations s’intéressant à l’aspect individuel et populationnel. Bien que proches, au point de vue méthodologie (informatique, statistique et mathématiques), ces deux thématiques sont biologiquement lointaines. Elles se rejoignent dans l’intérêt qu’elles portent à l’étude de l’évolution d’un phénotype dans des populations d’individus.
- 80. 79 Ce phénotype estdans notre cas en relation avec des problèmes de santé publique. En cohérence avec les priorités nationales et dans la suite du contrat programme 2016-2019, nous avons choisi de nous investir de manière plus importante sur trois thématiques centrales qui sont : le cancer, les maladies infectieuses et la médecine personnalisée. La puissance d’impact que générera ces expertises facilitera à moyen terme le développement de projets d’essais cliniques où seraient collectés - à partir de cohortes importantes de patients - des données de génomique, de suivi cliniques et épidémiologiques. Le savoir-faire en médecine personnalisée permettra de fédérer ces connaissances afin de mettre en place un ensemble d’outils d’aide à la décision pour la mise en place de traitements précis et/ou innovants. Bien qu'elle sera facilitée, cette interaction reste néanmoins tributaire d’investissements conséquents pour générer des données sur des cohortes importantes de patients. Ces priorités n’excluent pas un investissement sur d’autres thématiques que nous jugeons importantes et porteuses, comme l’étude et la modélisation du microbiote. Nos trois équipes ont la particularité d’être à l’interface des disciplines numériques et des sciences de la vie et de s’intéresser à des problèmes de santé publique. Ceci offre à la fois un aspect intégratif à la recherche en biologie et une multidisciplinarité technique essentielle pour la maîtrise des processus multifactoriels, multidirectionnels et multi-échelles des biosystèmes complexes. Nos équipes visent à développer des protocoles permettant la transformation des données biologiques brutes disponibles en informations structurées et compréhensibles. Ils visent également à développer des systèmes d’aide à la décision pour une meilleure gestion et contrôlabilité des systèmes/problèmes biologiques étudiés/abordés. La diversité des approches présentées fournit une multitude de méthodes d’abstraction permettant de parvenir à une meilleure compréhension des phénomènes biologiques. Ces procédures aident fortement à trouver des composantes fondamentales (complémentaires et interactives) et des dénominateurs communs intégrant plusieurs aspects, problématiques et hypothèses biologiques que la modélisation se charge de formaliser et de maîtriser. La diversité des problèmes biologiques est maîtrisée ici grâce à une multitude de techniques mathématiques, statistiques ou informatiques sélectivement appliquées ou développées selon l’orientation des questions soulevées. Au-delà des questions cliniques, les analyses calculatoires, formelles et algorithmiques dans le domaine de santé s’étendent à des thématiques en rapport avec la pharmacologie, la nutrition et l’environnement. Quatre (4) mots clés spécifiques du LR bioinformatique, biomathématiques, biostatistique, Modélisation, génie biomédical PROJET 1 Titre du projet : Bioinformatique en santé publique (LR20IPT09) (Responsable : Alia Benkahla) Les activités scientifiques associées au projet « Bioinformatique en Santé Publique » sont divisées en 3 sous- projets qui ont fait l'objet de 20 publications acceptées dans des revues indexées dans pubmed et impactées selon le "Journal Citation Reports (JCR)". Nous détaillons ci-dessous les résultats obtenus dans le cadre de chacun de ces sous-projets. A. SOUS-PROJET 1.1: Biologie intégrative appliquée aux maladies infectieuses (responsable: Kais Ghedira) Ce projet vise à développer des outils/approches permettant l'intégration des données multi-omiques à haut débit (génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique, lipidomique, etc.), qui serviraient à long terme à construire des modèles prédictifs pour : (i) comprendre les mécanismes d'interactions hôtes-pathogènes et prédire les gènes pouvant être impliqués dans ces interactions, (ii) utiliser les approches de bioinformatique structurale pour modéliser ces interactions prédites (iii) identifier une signature moléculaire spécifique à chaque pathogène qui aide au diagnostic et (iv) identifier des cibles thérapeutiques et améliorer les résultats cliniques. Dans le cadre de ce projet, des approches génomiques poussées nous ont permis d’identifier des variants génétiques de types CNVs rares et courants comme variants héréditaires pour le cancer du sein BRCA négatifs. Une analyse métabolomique de patients receveurs d'allogreffes rénales stables à permis d’identifier une signature métabolique fécale différente entre les greffes de rein et le groupe témoin. Nous avons aussi développé des pipelines bioinformatiques permettant d'effectuer des analyses génomiques afin d’identifier des gènes impliqués dans la multi-résistance de souches bactériennes (Salmonella et Campylobacter) aux médicaments. Ces approches ont fait l’objet de trois publications. D’autres analyses génomiques du virus SARS-CoV-2 nous ont permis la détection de variants VOCs et VOIs circulants en Tunisie et le développement d’une approche de séquençage en 2 étapes pour une détection rapide et à moindre coût des variants SARS-CoV-2 en Tunisie. 3 publications sont en rapport avec cette approche. Par ailleurs des études phylogénétiques et phylogéographiques nous ont permis en premier lieu d’identifier deux nouveaux sous types 2v et 2w du virus de l’hépatite C, génotype 2 et une analyse phylogéographique des rhinovirus et le développement de pipelines pour l’étude de la transmission des virus géographiquement au cours du temps. 1. Boujemaa M, Hamdi Y, Mejri N, Romdhane L, Ghedira K, Bouaziz H, El Benna H, Labidi S, Dallali H, Jaidane O, Ben Nasr S, Haddaoui A, Rahal K, Abdelhak S, Boussen H, Boubaker MS. Germline copy number variations in BRCA1/2 negative families: Role in the molecular etiology of hereditary breast cancer in Tunisia. PLoS One. 2021 Jan 27;16(1):e0245362. doi: 10.1371/journal.pone.0245362. PMID: 33503040; PMCID: PMC7840007.
- 81. 80 2. Kouidhi S,Zidi O, Alhujaily M, Souai N, Mosbah A, Belali TM, Ghedira K, El Kossai I, El Manaa J, Mnif W, Cherif A. Fecal Metabolomics Reveals Distinct Profiles of Kidney Transplant Recipients and Healthy Controls. Diagnostics (Basel). 2021 Apr 29;11(5):807. doi: 10.3390/diagnostics11050807. PMID: 33946812; PMCID: PMC8145417. 3. Ksibi B, Ktari S, Othman H, Ghedira K, Maalej S, Mnif B, Abbassi MS, Fabre L, Rhimi F, Le Hello S, Hammami A. Comparison of conventional molecular and whole-genome sequencing methods for subtyping Salmonella enterica serovar Enteritidis strains from Tunisia. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2021 Mar;40(3):597-606. doi: 10.1007/s10096-020-04055-8. Epub 2020 Oct 8. PMID: 33030625. 4. Gharbi M, Béjaoui A, Ben Hamda C, Ghedira K, Ghram A, Maaroufi A. Distribution of virulence and antibiotic resistance genes in Campylobacter jejuni and Campylobacter coli isolated from broiler chickens in Tunisia. J Microbiol Immunol Infect. 2021 Jul 17:S1684-1182(21)00140-7. doi: 10.1016/j.jmii.2021.07.001. Epub ahead of print. PMID: 34340908. 5. Al-Gallas N, Belghouthi K, Barratt NA, Ghedira K, Hotzel H, Tomaso H, El-Adawy H, Neubauer H, Laouini D, Zarrouk S, Abbassi MS, Aissa RB. Identification and characterization of multidrug-resistant ESBL- producing Salmonella enterica serovars Kentucky and Typhimurium isolated in Tunisia CTX-M-61/TEM- 34, a novel cefotaxime-hydrolysing β-lactamase of Salmonella. J Appl Microbiol. 2022 Jan;132(1):279- 289. doi: 10.1111/jam.15211. Epub 2021 Jul 27. PMID: 34252258. 6. Rajhi M, Haddad-Boubaker S, Chouikha A, Bourquain D, Michel J, Hammami W, Sadraoui A, Touzi H, Ghedira K, Triki H. Identification of two novel hepatitis C virus subtype 2 from Tunisia (2v and 2w). PLoS One. 2021 Mar 11;16(3):e0248249. doi: 10.1371/journal.pone.0248249. PMID: 33705445; PMCID: PMC7951806. 7. Haddad-Boubaker S, Ben Hamda C, Ghedira K, Mefteh K, Bouafsoun A, Boutiba-Ben Boubaker I, Slim A, Menif K, Triki H, Ben Hadj Kacem MA, Smaoui H. Phylogeography and phylogeny of Rhinoviruses collected from Severe Acute Respiratory Infection (SARI) cases over successive epidemic periods in Tunisia. PLoS One. 2021 Nov 22;16(11):e0259859. doi: 10.1371/journal.pone.0259859. PMID: 34807924; PMCID: PMC8608298. 8. Fares W, Chouikha A, Ghedira K, Gdoura M, Rezig D, Boubaker SH, Dhifallah IB, Touzi H, Hammami W, Meddeb Z, Sadraoui A, Hogga N, Abouda I, Kwasiborski A, Hourdel V, Mikaty G, Caro V, Manuguerra JC, Alaya NB, Triki H. Whole genome sequencing and phylogenetic analysis of six SARS-CoV-2 strains isolated during COVID-19 pandemic in Tunisia, North Africa. BMC Genomics. 2021 Jul 14;22(1):540. doi: 10.1186/s12864-021-07870-1. PMID: 34261445; PMCID: PMC8278182. 9. Fares W, Ghedira K, Gdoura M, Chouikha A, Haddad-Boubaker S, Khedhiri M, Ayouni K, Lamari A, Touzi H, Hammemi W, Medeb Z, Sadraoui A, Hogga N, Ben Alaya N, Triki H. Sequencing Using a Two-Step Strategy Reveals High Genetic Diversity in the S Gene of SARS-CoV-2 after a High-Transmission Period in Tunis, Tunisia. Microbiol Spectr. 2021 Dec 22;9(3):e0063921. doi: 10.1128/Spectrum.00639-21. Epub 2021 Nov 10. PMID: 34756072; PMCID: PMC8579926. 10. Haddad-Boubaker S, Othman H, Touati R, Ayouni K, Lakhal M, Ben Mustapha I, Ghedira K, Kharrat M, Triki H. In silico comparative study of SARS-CoV-2 proteins and antigenic proteins in BCG, OPV, MMR and other vaccines: evidence of a possible putative protective effect. BMC Bioinformatics. 2021 Mar 26;22(1):163. doi: 10.1186/s12859-021-04045-3. PMID: 33771096; PMCID: PMC7995392. 11. Fadlelmola FM, Ghedira K, Hamdi Y, Hanachi M, Radouani F, Allali I, Kiran A, Zass L, Alsayed N, Fassatoui M, Samtal C, Ahmed S, Da Rocha J, Chaqsare S, Sallam RM, Chaouch M, Farahat M, Ssekagiri A, Parker Z, Adil M, Turkson M, Benchaalia A, Benkahla A, Panji S, Kassim S, Souiai O, Mulder N. H3ABioNet genomic medicine and microbiome data portals hackathon proceedings. Database (Oxford). 2021 Apr 17;2021:baab016. doi: 10.1093/database/baab016. PMID: 33864455; PMCID: PMC8052916. 12. Ghazal H, Adam Y, Azami AI, Sehli S, Nyarko HN, Chaouni B, Olasehinde G, Isewon I, Adebiyi M, Ajani O, Matovu E, Obembe O, Ajamma Y, Kuzamunu G, Samson Pandam S, Kayondo J, Benkahla A, Adebiyi E. (2021) Plant Genomics in Africa: Present and prospects. Plant J. Apr 10. doi: 10.1111/tpj.15272. Online ahead of print. PMID: 33837593. B. SOUS-PROJET 1.2: Analyses bioinformatiques d’écosystèmes microbiologiques (responsable: Oussema Souiai) Ce projet s’inscrit dans le cadre de la stratégie de diversification du laboratoire BIMS vers l’application de la bioinformatique à la microbiologie. Plusieurs volets importants ont été abordés dans le cadre de ce projet à savoir des analyses de microbiotes intestinaux et les analyses comparatives et phylogénétiques de divers virus pathogènes (H9N2, Sarscov2). Nous nous sommes également intéressés aux facteurs d’antibiorésistance et de virulences pour certaines bactéries pathgogènes (Streptococcus pneumoniaie, E coli, ...). 1. Jouini A, Klibi A, Elarbi I, Chaabene MB, Hamrouni S, Souiai O, Hanachi M, Ghram A, Maaroufi A. (2021) First Detection of Human ST131-CTX-M-15-O25-B2 Clone and High-Risk Clonal Lineages of ESBL/pAmpC-Producing E. coli Isolates from Diarrheic Poultry in Tunisia. Antibiotics (Basel). 2021 Jun 4;10(6):670. doi: 10.3390/antibiotics10060670. PMID: 34199696 Free PMC article. 2. Ben Hamed S, Elargoubi A, Harrabi M, Srihi H, Souiai O, Mastouri M, Almalki MA, Gharbi J, Ben M'hadheb M. (2021) Phylogenetic analysis of the neuraminidase segment gene of Influenza A/H1N1 strains isolated from Monastir Region (Tunisia) during the 2017-2018 outbreak. Biologia (Bratisl). 2021;76(6):1797-1806. doi: 10.1007/s11756-021-00723-y. Epub 2021 Mar 12. PMID: 33727729
- 82. 81 3. Fadlelmola FM,Ghedira K, Hamdi Y, Hanachi M, Radouani F, Allali I, Kiran A, Zass L, Alsayed N, Fassatoui M, Samtal C, Ahmed S, Da Rocha J, Chaqsare S, Sallam RM, Chaouch M, Farahat M, Ssekagiri A, Parker Z, Adil M, Turkson M, Benchaalia A, Benkahla A, Panji S, Kassim S, Souiai O, Mulder N. Database (Oxford). 2021 Apr 17;2021:baab016. doi: 10.1093/database/baab016. PMID: 33864455 C. SOUS-PROJET 1.3: Médecine de précision pour la santé publique (responsable: Alia Benkahla) Ce projet permettra d’ouvrir la voie pour la mise en place en Tunisie d’outils d’aide à la décision pour aider au choix du traitement notamment en oncologie. Dans le but de travailler sur le développement d’un outil d’aide à la décision pour les traitement des cancer nous avons abordé le traitement du cancer sur deux angles: l’identification des cancer d'intérêt pour l’afrique et les données pouvant être fournies en entrée pour permettre le développement d’une expertises en développement de classificateurs, pouvant regrouper les individus selon leur profils génétiques. Cinq publications sont parues dans ce cadre, deux se rapportant à la mise en place d’un modèle permettant de classifier les individus selon leurs profiles génétiques, deux autre faisant le point sur les données omiques en Afrique pouvant être utilisées pour des projets de médecines de précision et la cinquième relatant un compte rendu sur le développement des cancers en Afrique. Dans la première, nous décrivons l’architecture d'algorithmes de Deep Learning de type FNN (généralisation de la régression linéaire), nous expliquons leur optimisation et nous établissons une relation entre la régularisation L2 et la Dropout. Nous comparons expérimentalement l'effet de ces techniques de régularisation sur le modèle d'apprentissage utilisant des données génomiques. Dans la deuxième publication, nous proposons d’utiliser une nouvelle méthode de classification des réseaux de neurones, nous l’évaluons sur des données provenant d'individus d'ascendance différente et nous montrons son efficacité (une précision de classification de 96,23%). Dans les trois qui ont suivi, nous avons étudié l’épidémiologie du cancer en Afrique et nous avons décrit les sources de données omiques ou autres pouvant être données en entrée aux classificateurs. 1. Soumare H, Benkahla A, N Gmati. (2021) Deep learning regularization techniques to genomics data. Array. Vol. 11, September 2021. doi: 10.1016/j.array.2021.100068. 2. Soumare H, Rezgui S, Gmati N, Benkahla A. (2021) New neural network classification method for individuals ancestry prediction from SNPs data. BioData Min. Jun 28;14(1):30. doi: 10.1186/s13040-021- 00258-7. PMID: 34183066; PMCID: PMC8240223. 3. Hamdi Y, Abdeljaoued-Tej I, Zatchi A, Abdelhak S, Boubaker S, Brown JS and A Benkahla. (2021) Cancer in Africa: The Untold Story. Front. Oncol. 15 April doi: 10.3389/fonc.2021.650117. 4. Hamdi Y, Zass L, Othman H, Radouani F, Allali I, Hanachi M, Okeke CJ, Chaouch M, Tendwa MB, Samtal C, Mohamed Sallam R, Alsayed N, Turkson M, Ahmed S, Benkahla A, Romdhane L, Souiai O, Tastan Bishop Ö, Ghedira K, Mohamed Fadlelmola F, Mulder N, Kamal Kassim S. (2021) Human OMICs and Computational Biology Research in Africa: Current Challenges and Prospects. OMICS. Apr 1. doi:10.1089/omi.2021.0004. Epub ahead of print. PMID: 33794662. 5. Fadlelmola FM, Ghedira K, Hamdi Y, Hanachi M, Radouani F, Allali I, Kiran A, Zass L, Alsayed N, Fassatoui M, Samtal C, Ahmed S, Da Rocha J, Chaqsare S, Sallam RM, Chaouch M, Farahat M, Ssekagiri A, Parker Z, Adil M, Turkson M, Benchaalia A, Benkahla A, Panji S, Kassim S, Souiai O, Mulder N. H3ABioNet genomic medicine and microbiome data portals hackathon proceedings. Database (Oxford). 2021 Apr 17;2021:baab016. doi: 10.1093/database/baab016. PMID: 33864455; PMCID: PMC8052916. 4 PROJET 2 Titre du projet : Modélisation et analyse mathématique et informatique des interactions Individu-Population. Responsable : Slimane Ben miled Les systèmes complexes sont des systèmes présentant un grand nombre d’entités en interaction. Ils recouvrent aussi bien les systèmes naturels de la cellule jusqu’à l’écosphère, que les systèmes artificiels sophistiqués dont l’homme s’entoure. Ces systèmes résultent souvent de processus d’évolution et d’adaptation. Ils présentent de plus des propriétés émergentes : le niveau microscopique sous -jacent fait émerger des formes organisées au niveau macroscopique, qui à son tour influence le niveau microscopique. Les interactions locales et globales peuvent ainsi se conjuguer dans la description de leurs dynamiques. La compréhension des systèmes complexes passe par leur modélisation. Leurs modèles sont doublement contraints par les règles habituelles de la science : ils doivent fournir une reconstruction des données observées tout en étant aussi parcimonieux que possible. La science des systèmes complexes peut donc faire intervenir différents types de modélisation, comme par exemple, les systèmes multi-agent, les systèmes dynamiques, les équations aux dérivées ordinaires et partielles des mathématiques, les systèmes discrets et les automates cellulaires de l’informatique, etc. Notre but est de proposer un cadre mathématique et informatique pour la conception et la simulation de systèmes complexes issus de l’écologie et de l’épidémiologie en utilisant une approche multi-échelle : au moins deux modèles, l'un au niveau microscopique (individuel) et l'autre macroscopique (population) définis à des échelles d'espace et de temps différents. SOUS-PROJET 2.1: Cancer comme un exemple interaction individu-population. Responsable : Dr. Amira Kebir
- 83. 82 Ce projet concernela mise en place d’une plate-forme d’aide à la décision pour le choix des traitements du cancer. On s’intéresse surtout à la compréhension, la lutte et le contrôle du cancer dans son environnement par modélisation mathématique. Notre objectif a été de cherchere des strategie optimale de traitement du cancer en considérant des phénomènes biologiques telle que la dédifférenciation des CSC, ce qui nous a permis de modéliser la résistance au traitement et l’adaptation de la tumeur. Pour ce modèle on a travaillé essentiellement sur l’analyse mathématique. Ce travail fait l’objet de la thèse de Melle. Amira Bouhali. Cette thèse concerne la modélisation et l’analyse mathématique de l’évolution du cancer dans le contexte du modèle hiérarchique et optimisation des traitements. Ce travail rentre dans le cadre d’une collaboration avec Pr. Med Samir Boubaker du Laboratoire d’Anatomie Pathologique Humaine et Expérimentale de l’IPT et Pr. Joel S. Brown de Moffitt Cancer Center de l’Université de Florida. Encadrement : Amira Bouhali (Etudiante en thèse), Zeineb Ounissi (Etudiante en thèse). 1. Haddad, G., Kebir, A., Raissi, N., Bouhali, A., & Miled, S. ben. (2022). Optimal control model of tumor treatment in the context of cancer stem cell. Mathematical Biosciences and Engineering, 19(5), 4627– 4642. https://doi.org/10.3934/mbe.2022214 SOUS-PROJET 2.2:Les modèles multi-agent pour la santé. Responsable : Dr. Dorra Louati Les maladies infectieuses constituent un problème de santé publique dans le monde. On estime que 75% des maladies infectieuses humaines proviennent d’un réservoir animal, la majorité étant causée par des virus ou des parasites (Taylor et al., 2001). Parmi ces maladies, on trouve par exemple la leishmaniose avec 350 millions de personnes exposées au risque de contracter la leishmaniose et quelques 2 millions de nouveaux cas déclarés chaque année (OMS, 2010). En Tunisie, les formes viscérales et cutanées de la leishmaniose sont les plus fréquentes (Ben Salah et al., 2007). Le Psammomys obesus et le Meriones shawi sont deux espèces locales de rongeurs connues pour en être les réservoirs principaux. Les comportements, les mobilités et les caractéristiques physiologiques de ces rongeurs influent sur la diffusion spatiale et temporelle de l’épidémie (Ghawar et al., 2011). Dans ce sous-projet, notre objectif est l'étude de l'effet de la dynamique des individus sur l'émergence des caractéristiques au niveau de la population en nous plaçant au niveau de l'échelle individuelle. Dans ce contexte, les modèles mathématiques et informatiques (principalement multi-agent spatialisé) présentent un intérêt majeur pour la compréhension des phénomènes spatio-temporels observés d’une part, et la constitution d’outils d’aide à la décision permettant, par exemple, l’évaluation de scénarios opérationnels d’autre part. Le but est la construction d’une plateforme de modélisation conceptuelle et réelle qui permettra, d’un côté, de comprendre et de prédire la propagation de ces deux maladies. Cette plateforme sera appuyée par un système de gestion des données géographique (GIS) qui permettra de centraliser et de visualiser les données disponibles collectées par les différents intervenants, et aidera à la prise de décision en matière de prévention et à l’orientation des politiques de lutte. Encadrement : Wajdy Zaatour (Thèse soutenue en juillet 2021), Cyrine Chenaoui (Etudiante en thèse) , Dhafer Ferchichi 1. Ndongo, M. S., Ibrahima, P., Gharbi, M., & Rekik, M. (2022). A Climate-based Model for Tick Life Cycle : Positive Semigroup Theory on Cauchy Problem Approach . Journal of Mathematical Biology. 2. Aribi, W. ben, Naffeti, B., Ayouni, K., Ammar, H., Triki, H., ben Miled, S., & Kebir, A. (2022). Global stability and numerical analysis of a compartmental model of the transmission of the Hepatitis A virus (HAV): a case study in Tunisia. International Journal of Applied and Computational Mathematics. 3. Abbas, M. A. S., Lachheb, J., Chelbi, I., Louati, D., Dachraoui, K., ben Miled, S., & Zhioua, E. (2022). Independent Circulation of Leishmania major and Leishmania tropica in Their Respective Sandfly Vectors for Transmission of Zoonotic and Chronic Cutaneous Leishmaniasis Co-Existing in a Mixed Focus of Central Tunisia. Pathogens, 11(8). https://doi.org/10.3390/pathogens11080855 4. Zaatour, W., Marilleau, N., Giraudoux, P., Martiny, N., Amara, A. B. H., & Miled, S. ben. (2021). An agent- based model of a cutaneous leishmaniasis reservoir host, Meriones shawi. Ecological Modelling, 443, 109455. https://doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2021.109455 SOUS-PROJET 2.3 : interaction physio-écologie. Responsable : Pr. Slimane Ben Miled La pandémie de COVID-19 a touché tous les pays du monde et la Tunisie ne fait pas exception. En outre, le fait d'être un pays à revenu intermédiaire a rendu la situation encore plus délicate, car la stratégie de confinement s'est révélée totalement inopportune en raison de la pression économique. Il était donc impératif d'opter pour d'autres stratégies telles que la distanciation sociale, le dépistage et le port de masques. Cela a également mis en évidence la nécessité de mieux comprendre la dynamique de la maladie. Les ressources limitées ont également motivé la recherche de solutions optimales. En 2021, on a travaillé essentiellement sur les défis suivants : 1. Évaluer les politiques de contrôle du COVID-19 en Tunisie et comprendre l'effet des différentes stratégies de détection, de quarantaine et de confinement et de la règle des patients asymptomatiques sur la propagation du virus dans la population tunisienne. Pour cela, nous avons développé et analysé un modèle mathématique et épidémiologique pour le COVID- 19 en Tunisie. Dans ce travail on a calibré les différents paramètres du modèle à partir des données tunisiennes, on a calculé l'expression du nombre de reproductions de base R0 en fonction des paramètres du modèle et, enfin, on a effectué des simulations d'interventions et comparé différentes stratégies de suppression et de contrôle de l'épidémie. Comme résultat on prouve que durant la première vague, les politiques de contrôle de la Tunisie sont efficaces pour le dépistage des personnes infectées et asymptomatiques. Ce travail a été soumis en 2020 au journal
- 84. 83 of Public healthin Africa et accepté en 2021: “Slimane BenMiled and Amira Kebir, Simulations of the spread of COVID-19 and control policies in Tunisia, The Journal of Public Health in Africa, Under press”. 2. Fournir des valeurs optimales de port de masque et de dépistage afin de contenir la maladie. À cette fin, un modèle contrôlé Susceptible, Infectieux, Récupéré et Décédé (SIRD) a été développé. La première partie a été consacrée à l'étude de la dynamique de la maladie via l'étude du modèle SIR. Cela a permis de mieux comprendre la façon dont elle se propage. La seconde partie comportait l'étude du contrôle optimal réalisé pour minimiser les coûts, tant économiques qu'humains.L'objectif est de minimiser le nombre de décès induits par la maladie avec des coûts de dépistage et de port de masques minimaux dans deux cas : coût de masque variable et constant. La troisième partie est consacrée aux simulations numériques et à leur discussion. Les simulations ont été réalisées pour le cas du port de masque constant puisque c'est la stratégie choisie par la Tunisie dont les données ont été utilisées. Cette dernière partie a permis de visualiser les résultats fournis par l'étude de contrôle optimal ainsi que de tester l'effet de différents seuils maximaux de dépistage sur le nombre de décès. Les résultats encouragent à fixer une valeur de dépistage maximale un peu plus élevée, surtout que combinée à un port de masque élevé, cela présente une possibilité de contenir complètement la maladie. Les résultats sont très pratiques et pourraient être d'une très bonne utilité pour les pays à revenus moyens et faibles. Post Doc: Walid BenAribi, Bechir Neffeti. 1. BenMiled, S., & Kebir, A. (2021). Simulations of the spread of COVID-19 and control policies in Tunisia. Journal of Pubic Health in Africa: Research and Practice, 2020.05.02.20088492. https://doi.org/10.4081/jphia.2021.1420 2. Kostoulas, P., Meletis, E., Pateras, K., Eusebi, P., Kostoulas, T., Furuya-Kanamori, L., Speybroeck, N., Denwood, M., Doi, S. A. R., Althaus, C. L., Kirkeby, C., Rohani, P., Dhand, N. K., Peñalvo, J. L., Thabane, L., BenMiled, S., Sharifi, H., & Walter, S. D. (2021). The epidemic volatility index, a novel early warning tool for identifying new waves in an epidemic. Scientific Reports, 11(1), 1–10. https://doi.org/10.1038/s41598-021-02622-3 3. Bourdin, S., ben Miled, S., & Salhi, J. (2022). The Drivers of Policies to Limit the Spread of COVID-19 in Europe. Journal of Risk and Financial Management, 15(2), 67. https://doi.org/10.3390/jrfm15020067 4. Diarra, M., Kebir, A., Talla, C., Barry, A., Faye, J., Louati, D., Opatowski, L., Diop, M., White, L. J., Loucoubar, C., & Miled, S. ben. (2022). Non-pharmaceutical interventions and COVID-19 vaccination strategies in Senegal: a modelling study. BMJ Global Health, 7(2), e007236. https://doi.org/10.1136/bmjgh-2021-007236
- 85. 84 5 PROJET 3 Titredu projet: Biostatistique & Métabolomique Computationnelle : analyses et modélisations statistiques des systèmes métaboliques. Rapport d’activités scientifiques de l’année 2021 relatif au projet « Biostatistique & Métabolomique Computationnelle » (LR20IPT09) (Responsable : Nabil Semmar) Lors de l’année 2020-2021, les activités scientifiques associées au projet « Biostatistiques & Métabolomique computationnelle » ont fait l’objet de deux publications internationales acceptées, trois autres soumises, d’une formation doctorale et d’une conférence donnée par M. Nabil Semmar. Les différentes publications se rapportent à différents volets du projet 2020-2024 dont la Métabolomique, la Pharmacologie, la Nutrition, la protéomique et l’Immunologie. Les deux publications acceptées en 2021 concernent deux volets du projet 2020-2024 : (1) En « Métabolomique » : Métabolisme des saponines (triterpènes anti-inflammatoires) chez les Carypophyllaceae; Current Topics in Medicinal Chemistry 2021, 21, 628-648. (1ère page ci-jointe) (2) En « Pharmacologie » : Tendances structures-activités des flavonoides ; Curr. Top. Med. Chem 2021, 21, 612-627. (1ère page ci-jointe) Parmi les trois publications soumises en 2021, deux se rapportent aux volets « Protéomique » et « Nutrition » dont : - Volet « Protéomique » : Tendances structures-activités des peptides antimicrobiens (anti-P. aeruginosa). Article soumis au journal Chemical Biology & Drug Design. - Volet « Nutrition »: Optimisation de caractéristiques organoleptiques du Lben. Article soumis au journal LWT-Food Science and Technology. La troisième publication soumise se rapporte au domaine de l’évaluation statistique de la recherche scientifique (la Scientométrie). Article soumis au journal Scientometrics. Les activités pédagogiques ont concerné diverses conférences de formation donnée par le professeur Nabil Semmar : (1) Cinq conférences en biostatistique dans le cadre d’une formation doctorale donnée aux doctorants de l’Ecole Doctorale EDSTVT en avril 2021 (Faculté des Sciences de Tunis). (Attestation ci-jointe). (2) Une conférence sur les outils d’analyse statistique les méthodes de détection d’outliers à l’Ecole Polytechnique de Tunis en octobre 2021. 1. Zouaoui, S., Farman, M. M., & Semmar, N. (2021). Review on Structural Trends and Chemotaxonomical Aspects of Pharmacologically Evaluated Flavonoids. Current Topics in Medicinal Chemistry, 21(7), 628– 648. https://doi.org/10.2174/1568026621666210113165007 2. Hammami, A., Farman, M., & Semmar, N. (2021). Highlighting Aglycone-dependent Glycosylation Aspects in Caryophyllaceae Saponins by a Simplex Simulation Approach. Current Topics in Medicinal Chemistry, 21(7), 612–627. https://doi.org/10.2174/1568026621666210114153216
- 86. 85 Laboratoire des Biomolécules,Venins et Applications Théranostiques Liste du personnel de la structure désignée et saposition/fonction Prénom,Nom Position/Fonction Srairi Abid Najet Biologiste Principal/Chef du LR Benkhalifa Rym Biologiste Bouhaouala Zahar Balkiss Professeur d'enseignement supérieur Marrakchi Naziha Professeur d'enseignement supérieur Messadi Erij Biologiste Ben Abderrazek Rahma Biologiste Adjoint Daoud Salma Maître Assistant ElBini Ines Maître Assistant JebaliJ ed Biologiste Adjoint Saada Chiheb Maître Assistant Sonia Fekih-Zaghbib Pharmacienne Abdelkefi Zaineb Assistant contractuel Aissaoui Dorra Post-Doc contractuel Bellalouna Saoussen Post-Doc Cheikh Amani Post-Doc contractuel ElJeni Rim Post-Doc Ellijimi Chedly Post-Doc Ksouri Ayoub PostDoc contractuel Sana Riabi Post-Doc Rym Hassiki Post-doc Mouadh Barbirou Post-Doc Dhaouadi Sayda Post-doc Allaoui Hinda Etudiant en thèse Farah Azer Etudiant en thèse Hmaidi Riadh Etudiant en thèse Mami Wael Etudiant en thèse Maatoug Sonia Etudiant en thèse Emna Hamdi Etudiante en thèse Mejri Hiba Etudiant en thèse Moslah Wassim Etudiant en thèse Amine Essid Etudiant en thèse Omrani Yosra Etudiant en thèse
- 87. 86 Tabka Hager Etudianten thèse Nour El Houda Neily Etudiant en thèse FatenIdoudi Etudiant en thèse Sarra Ben Sattela Etudiante en Mastère Sameh Njahi Etudiante en Mastère HISTORIQUE DU LABORATOIRE: Le laboratoire a été créé avec comme premier objectif l’amélioration de l'immunothérapie antiscorpionique. Des anatoxines naturelles ainsi que d’autres à base de Nanoanticorps de dromadaires à potentiel vaccinal ont été développées. Cet axe a été élargi pour d'autres applications biomédicales. Parallèlement, des peptides de venins devipères et scorpions ont été identifiés comme des modèles de médicaments ciblant diverses pathologies. Le laboratoire aspire à élargir le portfolio desbiomoléculesàpotentielthérapeutique et approfondir l’étude de leurs modes d’action. THEMATIQUES ESSENTIELLES DE RECHERCHE : Biomolécules, Venins e tApplications Théranostiques Leprogrammederecherchedulaboratoirefaitl’objetdetroisprojetsderechercheconduitspar3équipes: ● I/Biomolécules contre le cancer etl esmaladies inflammatoires chroniques ● II/Biomolécules & Nano-anticorps: applications théranostiques et vectorisation par les nanoparticules (NanoBioMedika) ● III/Biomolécules Modulatrices de Récepteurs et Canaux Ioniques associésaux pathologies nerveuses et infectieuses Programme 1: Biomolécules contre le cancer et les maladies inflammatoires chroniques (Dr.NajetSrairi-Abid) Plusieurs mécanismes déclenchent des processus physiopathologiques complexes impliquant, entre autres, une réponse immunitaire etinflammatoire dont les conséquences peuvent impliquer des transformations d’ordre tumoral, neurodégénératif ou encore ischémique. Les mécanismesrégulateurs de la croissance, la différenciation et de la prolifération cellulaire sont ainsi perturbés et demandent une exploration approfondie. A ce jour, lesthérapies utilisées présentent deux problèmes majeurs : la toxicité et le développement d’une résistance. Notre but et de rechercher de potentielles alternatives thérapeutiques qui pourraient contourner ces problèmes et réduire les effets délétères liés au traitement de ces différentes pathologies. Nous avons ciblé les protéines membranaires impliquées dans des pathologies à composante inflammatoire et/ou tumorale tels que les intégrines et les canaux ioniques. En effet, l'expression de ces protéines s'est révélée dérégulée dans les maladies à composante inflammatoire, apparaissant ainsi comme des biomarqueurs et des cibles pharmacologiques appropriées pour une thérapie ciblée. Nous disposons actuellement d’une banque de molécules des venins animaux (vipères, scorpions et abeille), des molécules végétales, ainsi que des molécules synthétiques (organiques et inorganiques). I. Molécules actives sur l'inflammation tumorale et la tumorogenèse I.1 Molécules contre la Leucémie Myéloïde Chronique (LMC) La LMC est un syndrome myélo-prolifératif caractérisé par la translocation du chromosome t(9;22), qui conduit à la formation du gène de fusion BCR-ABL. Le traitement de la LMC a été radicalement modifié depuis l’introduction des inhibiteurs de tyrosine kinase (ITK) dans l’arsenal thérapeutique de cette maladie. Néanmoins, de nouveaux problèmes apparaissent, tels que les réponses sub-optimales et les résistances aux ITK, nécessitant le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques. Dans ce contexte nous avons évalué l’effet de différentes biomolécules issues du venin de vipère de la faune Tunisienne ainsi que des molécules synthétiques, sur des cellules de leucémie myéloïde chronique. Les résultats ont montré que certaines molécules inhibent la prolifération, d’une manière dose dépendante, des cellules K562 ainsi que les cellules mononuclées primaires issues des patients leucémiques, même les résistants aux ITK (projet post-Doc de Dr. Zaineb Abdelkafi). Les effets anti-cancéreux des molécules les plus actives en combinaison avec les inhibiteurs de tyrosine kinase (ITK) seront évalués. Les combinaisons qui pourraient provoquer une mort synergique apoptotique dans les cellules sensibles et résistantes seront sélectionnées. Ces combinaisons pourraient représenter une approche thérapeutique prometteuse pour les patients atteints de LMC. En se basant sur cette étude, les molécules les plus actives seront étudiées, d’une manière plus approfondie, afin de déterminer leur mécanisme d’action. I.2 Molécules contre le glioblastome (GBM) Le GBM est la forme la plus agressive et la plus invasive des tumeurs du système nerveux central, contre laquelle les professionnels de la santé sont encore démunis, en raison de sa résistance aux traitements actuels.
- 88. 87 I.2.1 Molécules devenins de scorpion Les toxines de scorpion ont été proposées comme une alternative prometteuse pour le développement d'une thérapie et d'un diagnostic efficace du glioblastome. En particulier la chlorotoxine et ses homologues (Chlorotoxin-like), qui ont montré une efficacité et spécifique contre les cellules de GBM. Cependant, l'exploitation de ces longs peptides de 35 à 40 acides aminés avec 4 ponts disulfures, présentent parfois des limites pour leur synthèse dans une forme aussi active que la molécule native. Dans notre laboratoire, nous avons identifié AaTs-1, le premier tétrapeptide du venin de scorpion Androctonus australis (Aa), qui présente un effet antiprolifératif spécifiquement contre les cellules U87 de glioblastome humain avec, une IC50 de 0,56 mM. AaTs-1 est environ deux fois plus actif que le témozolomide (TMZ), utilisé actuellement en chimiothérapie conventionnelle anti-glioblastome. L’étude de la structure, et du mécanisme d’action de l’AaTs-1, ont montré qu'il est le premier antagoniste du récepteur FPRL-1 (Formyl Peptide Receptor Like-1). Ce récepteur est exprimé spécifiquement dans les cellules de glioblastome et il es impliqué responsable de leur prolifération cellulaire. Nous avons trouvé aussi que AaTs-1 agit via la déphosphorylation des kinases ERK, p38 et JNK, l’activation de l'expression de p53 et l'inhibition du flux calcique (Aissaoui-Zid et al., 2021). La synthèse chimique en quantité non limitante et à faible coût d’AaTs-1 a permis de concevoir et développer différents analogues. En particulier, les analogues de type dendrimères avec des multi-branches (dibranchés (AaTs-1- 2B), tétrabranchés (AaTs-1-4B) et octabranchés (AaTs-1-8B)) de la séquence d’AaTs-1, ont montré des effets 10 à 25 fois plus important que AaTs-1, sur la prolifération des cellules U87. Nous avons également constaté que les effets des nouvelles molécules conçues sont médiés par l’activation de l'expression de p53, la phosphorylation des protéines ERK1/2 et AKT et la modulation du flux calcique entrant (Moslah et al;, 2022). Ainsi, la découverte de l'AaTs-1 ainsi que ses dendrimères multibranchés pourraient aboutir au développement d'une nouvelle génération d'agents innovants utilisés seuls ou en combinaison avec le TMZ pour améliorer la réponse au traitement du glioblastome. I.2.2 Un inhibiteur de protéases Kunitz-like de venin de vipère Plusieurs molécules, de faibles masses moléculaires, identifiées à partir du venin de serpents, se sont révélées de puissants inhibiteurs des différentes étapes de la tumorogenèse. Dans ce contexte, les résultats prometteurs obtenus avec le PIVL, un inhibiteur de protéases Kunitz-like nous ont conduit à exprimer la protéine recombinante (rPIVL) à partir d’un système d’expression E. coli BL21 en utilisant le vecteur d’expression pET22b(+). Afin d'exprimer une protéine recombinante (rPIVL) une amplification PCR de l’ADNc total, à partir des glandes à venin de Macrovipera lebetina, a été effectuée. Le fragment d’intérêt à été cloné dans le vecteur d’expression bactérien pET22b(+). Une étape de purification de la protéine recombinante a été réalisée par affinité sur une colonne Nickel. L'étude de l'effet et l’activité biologique du rPIVL a montré qu’elle possède des activités similaires à celles de la protéine native (nPIVL) en inhibant les étapes essentielles de la progression du glioblastomatogénèse, comme l’adhésion, la migration et l’invasion, d’une manière dose-dépendante avec des valeurs d'IC50 entre 250-300 nM. D’autre part, les résultats obtenus montrent qu'aussi bien rPIVL que nPIVL induisent la modulation des niveaux de phosphorylation d’AKT et P38 impliqués dans les voies PI3Kinase-Akt et MAPK, probablement via leur interaction avec l’intégrine αvβ3 au niveau des cellules U87 (Morjen et al. 2022). I.2.3 Molécules d'origines végétales, actives sur la prolifération tumorale Plusieurs travaux ont mis en évidence différentes activités biologiques de plusieurs variétés des plantes médicinales en Tunisie. Parmi ces plantes on distinguer l’espèce de menthe Mentha pulegium L (famille des Lamiacées) qui a été utilisée comme remède traditionnel pour le traitement de plusieurs maladies. Dans notre laboratoire, nous avons identifié des activités antioxydante et antibactérienne (sur plusieurs souches pathogènes) ainsi qu'un pouvoir antiprolifératif sur les cellules U87 de glioblastome, des extraits méthanoliques de cette variété. Sept composés phénoliques (deux acides phénoliques et cinq composés flavonoïdes), tels que l'ériocitrine, l'hespéridine, la narirutine, la lutéoline, et Isorhoifoline ont été identifiées comme responsable de l'effet inhibiteur de la prolifération des cellules U87 (Jebali et al., 2022). Le mécanisme d’action qui régit cette activité biologique est en cours d'étude. II. Molécule active sur la neuro-inflammation et la myélinisation dans la sclérose en plaques La sclérose en plaques est une maladie auto-immune inflammatoire chronique qui touche le système nerveux central. Des stratégies thérapeutiques conventionnelles ont été développées afin de moduler l’inflammation dans la SEP. Cependant, la thérapie actuelle basée sur l’utilisation des immunomodulateurs et des immunosuppresseurs montre divers effets indésirables et une efficacité limitée. Ainsi, l’identification d’une alternative thérapeutique plus efficace et sans effets indésirables représente un sérieux défi pour la recherche biomédicale. Dans ce contexte, le principal objectif du travail en 2021 était d’évaluer l’effet immunomodulateur et myélinisant des biomolécules naturelles d’origine animale (lebecetine purifiée à partir de venin de la vipère Cerastes cerastes) et végétale (curcumine), chez l’animal. Pour atteindre cet objectif, nous avons développé des modèles murins de la SEP. Le 1er modèle consiste en une encéphalomyélite auto-immune expérimentale (EAE), qui mime la phase inflammatoire de la SEP et le 2ème modèle consiste en une induction d’une démyélinisation totale, mimant ainsi la phase progressive de la maladie. Notre étude s’est basée sur des approches comportementale, biochimique, moléculaire et histologique. Nous avons montré que la curcumine présente un pouvoir anti-inflammatoire évalué par l’expression des LCD3, LCD4 et LCD8 et du profil cytokinique (Th1/Th2/Th17) au niveau de la moelle épinière, associé à une amélioration du comportement des animaux EAE. D’autre part, la lebecetine a induit une remyélinisation au niveau du cerveau des souris suite à l’augmentation de l’expression de la protéine basique de la myéline (MBP). En conclusion, notre étude montre que ces biomolécules
- 89. 88 pourraient être unealternative/complément thérapeutique envisageable dans la SEP. Des études supplémentaires sont nécessaires pour comprendre les mécanismes d’action de l’activité neuroprotectrice et immunomodulatrice de ces biomolécules. III. Molécules de venins actives dans l'ischémie cardiaque et sur les maladies inflammatoires sous-jacentes Les maladies cardiovasculaires et plus particulièrement les cardiopathies ischémiques constituent la première cause de mortalité dans le monde. L'ischémiedu myocarde est à l'origine de modifications du métabolisme cellulaire qui sont responsables de dysfonctions cardiaques multiples : infarctus, dysfonction endothéliale, arythmies et sidération myocardique. Au cours de ces manifestations physiopathologiques, l’inflammation joue un rôle central en tant qu’élément initiateur de l’ischémie tel que c’est le cas lors d’athérosclérose. Inversement, l’ischémie peut avoir des conséquences aggravantes sur l’inflammation. Par ailleurs, certaines pathologies sous-jacentes induisant une inflammation systémique peuvent également avoir des répercussions néfastessur la fonction cardiaque et sur la survenue d’incidents thrombotiques dans un contexte ischémique, c’est le cas lors des maladies inflammatoires del’intestin (MII). L'avènement des thérapies thrombolytiques et de l'angioplastie a significativement amélioré la prise en charge de la maladie ischémique. Toutefois, la recherche de stratégies alternatives aux traitements actuels s’impose en raison de l’efficacité partielle des classes pharmacologiques actuellement disponibles pour le traitement de l’infarctus du myocarde (IDM) et de l’insuffisance coronaire. Notre travail au Laboratoire durant 2021 s’est articulé autour de la lébétine2 (L2), peptide natriurétique issu de venin de serpent qui possède des propriétés cardioprotectrices additionnelles comparativement au BNP, telles que la préservation de la fonction endothéliale et, de façon intéressante, la modulation de la réponse inflammatoire, en faveur des macrophages M2 à profil anti-inflammatoire en post- infarctus. Nous avons développé par conception in silico et synthèse chimique, des dérivésciblés de la L2, en visant une meilleure activité cardioprotectrice et moins d’effets adverses, pour la mise au point de puissants candidats médicamentscapables de traiter efficacement l’IDM. Le haut potentiel cardioprotecteur de ces dérivés de synthèse est entrain d’être validé au plan pré-clinique via uncriblage pharmacologique sur des modèles expérimentaux d’ischémie in vivo et sur cardiomyocytes (Thèse Hinda Allaoui). Courant 2021, des analogues de la L2 conçus, cette fois ci, sur la base d’une meilleure activité anti-inflammatoire, ont été également développés (Master 2 Dorsaf Bouzazi). Notre travail aégalement concerné la validation d’un modèle expérimental de MII et son impact sur la sévérité de l’ischémie lors d’IDM (Thèse Wael Mami). L’étape suivante de ce travail concerne l’identification et le développement de biomolécules originales issues de venin dont le potentiel anti-inflammatoire pourrait pallier aux conséquences délétères du MII sur le cœur. Programme 2: Biomolécules & Nano-anticorps: applications théranostiques et vectorisation par les nanoparticules (Pr Balkiss Bouhaouala-Zahar) L’équipe NanoBioMedika du LBVAT a, depuis 2016, pu asseoir 3 axes de recherche en parfaite adéquation avec les perspectives d’orientation scientifique de l’IPT visant le renforcement des capacités dans le domaine de la recherche translationnelle. Ces axes visent le développement de fragments d’anticorps de type Nanobodies modulateurs et/ou neutralisants des toxines de venins, des récepteurs de surfaces membranaires (canaux ioniques, etc.), capsides virales (MERS-CoV et Nodavirus, etc.) ainsi que des enzymes (KPC-3 et NDM-1 metallo-betalactamases) et glycoprotéines plus complexes (TNs, etc.) pour lesquelles une modulation par un anticorps hautement spécifique constituent la meilleure alternative en thérapeutique et/ou diagnostic voire pronostic. En 2021 certains antigènes et /ou anticorps ont été utilisés pour développer un biocapteur ou une nanoparticule fonctionnalisée biocompatibles pour le développement de tests rapides de détection. I. Conception et développement d’antivenins à base de nanoanticorps I.1- Un antivenin de scorpions de nouvelle génération Le procédé de production et de purification de Nbs antivenin de scorpion (candidats NbF12-10 et CH10-12) a été développé en collaboration avec l’équipe de Dr Luc Fillaudeau, LIPS, INSA Toulouse, l’étude des bioprocédés de production (Batch, Fed-Batch et production) avec suividesparamètresonline(i.e.PO2,pH, Température analyse GRAS) et offline (DO, concentration en Glucose, etc.) a permis de suivre les transitionsmorphologiques en lien avec la production des Nbs et d’étudier par modélisation mathématique des cinétiques de croissance (MATLab) et de production desclones recombinants. Les résultats ont fait l’objet de deux publications dans des revues spécialisées et d’une thèse soutenue en 2020.En 2021, un manuscrit a été élaboré et rapporte les résultats en lien avec le métabolisme de maintenance élevé qui a été observé pendant la phase d'induction, et la consommation de citrate (Alonso et al., en cours de soumission). Par ailleurs, un nouveau programme de collaboration autour de la modélisation mathématique de bioprocédé de production de protéines hétérologues a été amorcé. I.2-Capacité du NbAahII10 à reverser l’effet de AahII sur l’activité du canal Nav1.5 En 2021, le travailpharmacologique et structural de l’interaction de la toxine AahII avec la sous-unité alpha du canal Nav1.5 exprimé à la surface des cellules HEK293, en présence et en absence du NbAahII10 hautement neutralisant a été fort intéressant (sous-type cardiaque chez l’adulte). En particulier, les enregistrements Patch Clamp sur cellules intacte ont permis de démontrer la dynamique de l’interaction au niveau du complexe AahII/Nb10. De manière plus interessante, nous avons montré la capacité du Nb10 à reverser l’effet de la AahII sur la prolongation de la phase d’inactivation du potentiel d’action. L’approche computationnelle in silico, de l’interaction du canal Nav1.5 avec AahII, a permis de visualiser l’interface d’interaction
- 90. 89 et d’identifier lesrésidus clés impliquées dans la dynamique d’interaction. Ce travail électrophysiologiqueet structural est réalisé en collaboration avec l’équipe de Pr Halima Ahidouch, Université Jules Verne, Amiens, France (Hmaidietal.,en cours d’acceptation dans le journal Frontiers in Pharmacology). La soutenance de thèse de Riadh Hmaidi est prévu en 2022. Un travail similaire qui concerne l’interaction AahI/NbF12 est en cours. I.3-Caractérisation de deux Nbs anti-BotI Nous travaillons actuellement sur les perspectives de développement d'une nouvelle génération d’antivenin des corpions(Bouhaouala-ZaharB.,et al., en cours). En 2021, le travail a concerné la toxine de scorpion BotI la plus représenté dans le venin du scorpion Buthus occitanus tunetanus qui sévit dans le Nord de l’Afrique et le Machrek. Nous avons développé deux Nbs capables de neutraliser l’effet toxique des analogues de BotI, selon des stratégies optimisées au sein de l’équipe. Ces Nbs ont été caractérisés sur le plan structural et fonctionnel en collaboration avec l’équipe de Pr Serge Muyldermans, VUB Bruxelles. (1) le NbBotI-17 neutralise 50% de l’effet létal de 5 DL50 de BotI. (2) le NbBotI-04 neutralise10DL50 de BotI (ratio molaire ½). D’une manière intéressante, nous avons montré que la combinaison du NbF12-10 avec le NbBotI-01 est capable de neutraliser à l'effet létal de 7LD50 de BotG50 (Ben Abderrazek et al., soumis pour publication dans le journal Frontiers in Immunology). Les formes conjuguées par des polymères biocompatibles, pour une meileure vectorisation, ont été caractérisées et les manuscrits sont en cours de soumission (Riabi-Ayari et al, en préparation). II. Immunomodulation de canaux potassium et glycoprotéines du MET par les Nanoanticorps II.1- Immunomodulation de canaux potassium Cet axe de recherche est développé en collaboration avec des confrères et consoeurs cliniciens (équipes du Pr Samir Boubaker, Pr Leila Mouelhi, Pr Safta et Pr Melika Ben Ahmed) et chercheurs de Belgique (Pr Alain Labro), du Canada (Pr Jonathan Perreault) et des USA (Pr Peter Tonelatto). L’implication des canaux ioniques dans les processus tumoraux a été largement démontrée mais leur immunomodulation par des fragments d’anticorps a été développée au sein de l’équipe. Deux canaux (Kv2.1 et Kv1.5) souvent dérégulés dans certaines pathologies non infectieuses ont été ciblés. Ces travaux sont réalisé en collaboration avec l’équipe électrophysiologiste de Pr. AlainLabro, Belgique, pour les investigations en Patch Clamp de l’activité de ces canaux exprimés de manière stable dans des cellules Ltk- . En 2020, les études de la dérégulation de l’expressiondes gènes codant pour les canaux Kv2.1 et Kv1.5 (en collaborationavecl’équipe de Pr Sami Boubaker), nous ont permis de montrer le différentiel d’expression et la localisation de ces canaux dans les tissus tumoraux (versus dans les tissus sains adjacents) chez une cohortes de patients atteints d’une tumeur digestive (Cancer colorectal ou gastrique) (Farah et al., 2020, BMC cancer). L’étude cas-témoins de genotyping sur 300 patients CCR et 300 donneurs sains, nous a permis de démontrer l'implication de certains facteurs environnementaux et de mode de vie sur la survenue et le risque de développer un Cancer Colorectal chez la population tunisienne (Barbirou et al.,2020, BMC cancer). En 2021, et faisant suite à l’immunophénotypage par FACS des TILs infiltrants et les biopsies tumorales, les investigations se sont poursuivies à l’échelle transcriptomique par RNAseq. Les résultats obtenus sont en cours d’interprétation (Thèse de Yosra Omrani). Par ailleurs, des nanobodies anti-Kv1.2 et anti-Kv1.5 ont été sélectionnés par criblage phage display de la banque de VHHs dont nous disposons. Il s’agit d’un criblage soustractif sur cellules Ltk- versus celles exprimant de manière stable les canaux Kv2.1 et Kv1.5 (i.e. AF43 et HK2Bn12). Leur caractérisation in vitro fait l’objet d’un Mastère d’immunologie (Sarra Ben Sattela). Leur capacité à moduler l’activité des canaux est en cours de caractérisation par des investigations fonctionnelles en Patch Clamp en collaboration avec l’équipe de Pr Alain Labro. II.2- Développement de nano-anticorps spécifiques de biomarqueurs pro-tumoraux En 2020, les IgG1 conventionnels, IgG2 et IgG3 monochaînes, issus de sérums de dromadaires hyperimmunisés par des TNC et TNW, ont été caractérisés vitro et in situ (Dhaouadi et al., 2020, BBRC) (en étroite collaboration avec l’équipe de DrOrend,INSERMStrasbourg),Des Nbs hautement spécifique des TNs d’origine humaine, ont été sélectionnés, produits et testés par IHC et IF sur des coupes histologiques de tumeurs, permettant ainsi leur détection insitu. Ces immunomarquages ont été réalisés sur des coupes histologiques issues des modèles de xenogreffes (Dhaouadi et al., 2020, Frontiers in Immunology). Ces résultats ont fait l’objet d’un dépôt prioritaire de brevet auprès de l’office européen (OEB) (Thèse de Sayda Dhaouadi). Ce travail s'est poursuit en 2021 par la caractérisation par des investigations immuno- histochimiques, sur différentes coupes de biopsies tumorales, en utilisant les Nbs anti-TNW. Ce travail fait l’objet du sujet de Mastère de Sameh Njahi (Immunologie, FST). III. Caractérisation de Nbs spécifiques de capsides virales et de bétalactamases Les infections virales et bactériennes sont à l’origine des complications de l’hospitalisation des patients. Actuellement, lesaspects de transmission virale d’une part et de résistance aux antibiotiques d’autres parts sont au cœur des investigations biomédicales. En 2020, nous avons construit des banques de VHHs à partir de l’hyperimmunisation de dromadaires par des immunogènes viraux ciblés (protéine S du MERSCoV, du Nodavirus) et de deux béta lactamases responsables de résistance aux antibiotiques (NDM-1 et KPC-3).
- 91. 90 III.1- Développement desnanobodies inhibiteurs des bétalactamases Ce projet a été retenu pour financement par le MERS dans le cadre des projets d’Encouragement des jeunes chercheurs (PEJC, 2018). Le projet consiste à développer des Nanobodies inhibiteurs de l’activité enzymatique de NDM-1 et KPC-3, deux Carbapènèmases qui hydrolysent l’activité des carbapénèmesutilisés dans le traitement des infections à bactéries multirésistantes.A partir d’un dromadaire hyperimmunisé, le sérum collecté a été fractionné parchromatographie d’affinité. La caractérisation immunobiochimique des différents sous types d’IgGs purifiées montre que les trois types d’IgGs reconnaissent d’une manière spécifique l’enzyme NDM-1. D’une manière intéressante, les IgG1, IgG2 et IgG3 sont capables d’inhiber également l’activité de VIM-1 et L1, deux enzymes métallo béta lactamases présentant moins de 32% d’homologie de séquences avec NDM-1 (Ki de l'orde du nanomolaire). Ces travaux ont fait l’objet d’une récente publication (Ben Abderrazek R. et al.,2020, Molecules). Les travaux en cours visent à sélectionner les Nbs « best in class » sur la base de leurcapacité à restaurer la sensibilité du méropénème et de l'imipénème, sur des souches hospitalières d’entérobactéries productrices de NDM-1. Pareillement, nous avons amorcé une démarche similaire d’immunisation d’un dromadaire par des doses croissantes de KPC-3,ainsi que le suivi par un test ELISA de la réponse immune développée. De plus, l’isolation des lymphocytes sur un gradient de ficoll et l’extraction des ARN totaux par le mélange phénol/chloroforme ont été entrepris.(Thèse en cours de EmnaHamdi). En effet, une banque combinatoire a été construite avec une taille estimée à 3.106 cfu/ml. Les travaux en cours concerneront la sélection des nano anticorps doutés d’un fort pouvoir inhibiteur vis-à-vis de la KPC-3. III.2- Caractérisation des Nbs inhibiteurs de l’interaction du pseudo virus MERS-CoV avec son récepteur DPP4 à la surface de cellules qui l’expriment Ces travaux sont réalisés en collaboration avec l’équipe de Prof Zhang (TsinguaUniversty, China) (Thèse de Faten Idoudi). Les 96 clones positifs sélectionnés à partir du criblage phage display de 3 banques de VHHs, sur la base de leur capacité à reconnaître la formerecombinante du domaine RBD et du Trimer de la protéine S du MERS-CoV, ont été caractérisés in vitro et surtout in vivo. Les séquences ont été classées en cluster. Les clones exprimant des Nbs inhibiteurs del’infectivité du virus ont été retenus et caractérisés. Leurs formes chimères VHH-Fcont été construites et purifiées puis utilisées dans une approchecristallographique.Les cinétiques de binding avec la RBD ont été doublement caractérisées en utilisant la résonnance plasmonique de surface et l’interférometrie. Ainsi, certains Nbs hautement purifiés ont été cristallographiés en complexe avec le DPP4. Des mutants du DPP4 sont en cours pour mieux caractériser les résidus aminés les plus critiques dans l’interaction moléculaire de type Nb/DPP4 (Idoudi et al., en préparation). Programme 3: Biomolécules Modulatrices de Récepteurs et Canaux Ioniques associés aux pathologies nerveuses et infectieuses (Dr. Rym BenKhalifa) I. Biomolécules actives sur les récepteurs nicotiniques I.1. Biomolécules issues de venins de scorpions comme modulateurs allostériques de sous types spécifiques de récepteurs nicotiniques L’exploration du venin de scorpion Androctonus australis hector (AaH) sur les récepteurs nicotiniques a permis d’identifier des fractions et des sous-fractions actives sur les sous-types humains alpha3 beta4 et alpha4 beta2, puis sur alpha3 beta4 et un récepteur chimère Eva-alpha7. La fraction toxique AaHG50 a été fractionnéepar chromatographie liquide échangeuse de cations et a donné dix-huit fractions testées sur des cellules HEK exprimant de manière transitoire les sous-types humains nAChRs alpha3beta4 et Eva-alpha7 en présence, respectivement, de [3H]Epibatidine/ [125I]Bungarotoxine. Trois fractions antagonisent la liaison du ligand à alpha3beta4 et Eva-alpha7 de manière puissante. Deu autres fractions antagonisent spécifiquement le récepteur chimère Eva-alpha7 de 60 % et 80 %, respectivement. Les études sont en cours pour purifier et tester les peptides responsables de l’inhibition des récepteurs nicotiniques choisis(Projet Post-doc de Dr Amani Cheikh). I.2. Exploration du rôle des récepteurs nicotiniques dans le développement des cancers des poumons Notre objectif estde déterminer le profil d’expression de certains sous types de récepteurs nicotiniques (nAChRs) de type a3, a4, a5 et a7 dans les poumons de patients fumeurs et non fumeurs atteints ou pas, d’un cancer de poumons. Après remise d'un dossier au comité d’éthique biomédicale de l'institut Pasteur de Tunis, les données personnelles des patients (nom, âge et sexe), les habitudes tabagiques (durée de consommation par années et nombre de cigarettes par jour), ainsi que leur type de cancer et son stade ont été colligées.Les données personnelles des patients (statut et type de cancer, âge et durée de tabagisme) ont été analysées dans le but d'étudier l'impact de la durée du tabagisme sur le développement du cancer et la corrélation entre l'âge et le sexe sur les pathologies cancéreuses et non cancéreuses du poumon. A l'issue de cette première étude, nous avons conclu que l'adénocarcinome est le type le plus dominant de cancer du poumon, que les cancers du poumon touchent moins les femmes que les hommes, qui sont plus exposés aux pathologies pulmonaires. Par la suite, les pièces opératoires des malades seront utilisées pour l'extraction d’ARN pour l’évaluation du taux d'expression des nAChRs de type alpha 3, 4, 5 et 7 et beta comme beta 2 et bêta 4.Cet ARN sert de matrice dans les différents échantillons des patients enrôlés (atteints ou non de cancer), fumeurs et non-fumeur, en utilisant des amorces spécifiques et par le biais de la PCR quantitative en temps réel (Projet de Dr Amani Cheikh).
- 92. 91 II. Implication etModulation du canal Kv3.1 dans la différenciation et la dégénérescence neuronal Le canal Kv3.1 est abondamment exprimé dans les neurones et son dysfonctionnement provoque une perte de sommeil, des maladies neurodégénératives et la dépression. Ces canaux ont des cinétiques d'activation et de désactivation rapides et sont connus pour avoir une contribution cruciale au phénotype de haute fréquence de certains neurones. La fraction AahG50, extraite du venin de scorpion Androctonus australis hector, a montré une inhibition sélective du canal Kv3.1 (Cheikh et al., 2013). Nous nous sommes concentrés sur l'identification et la caractérisation de la molécule responsable de cet effet, via plusieurs étapes de purification et de criblage par patch-clamp. Ainsi, nous avons identifié le premier peptide de venin de scorpion responsable de l'inhibition de Kv3.1. Nous avons pu décrire son effet inhibiteur sur le courant unitaire Kv3.1 dans les bicouches lipidiques, enregistré par la technologie Nanion. In silico,des expériences de docking ont permis d’étudier les détails moléculaires de son intéraction avec le canal Kv1.3 montrant que cette toxine obstrue le pore du canal au moyen de la chaîne latérale du résidu K27. Cette toxine représente le premier membre de la famille alpha-KTx15 ( -Ktx15.1). Elle inhibe 51 ± 0,2 % de l'IKv3.1 à une concentration de 1 µg/mL (Maatoug et al., 2021). D'autres investigations incluant la génération de mutants Kv3.1 au niveau des résidus interactifs, sont en cours pour valider la forte interaction de l'alpha-KTx 15.1 avec le site de liaison du canal Kv3.1. Nous prévoyons aussi de réaliser des études sur l'affinité spécifique de ces analogues sur les autres canaux de la famille Kv.3 (Kv3.2 à Kv3.4) par rapport à Kv3.1 et aux canaux K+ de type A, notamment Kv4.2 et Kv4. 3, qui sont abondamment exprimés dans le cerveau. Ces études permettront de mieux comprendre la spécificité de l'alpha-KTX 15.1 en tant qu'outil peptidique pour une étude de la relation structure-fonction de Kv3.1 et pour développer un modèle de biomolécules thérapeutiques contre les maladies impliquant ce canal (Thèse de Sonia Maatoug). III. Toxines de scorpion à activité antimicrobienne III.1 Effet antiviral de toxine de scorpion Le virus de Newcastle (NDV) induit l'une des infections les plus graves qui affectent la volaille domestique et d'autres espèces aviaires. Il provoque une morbidité et une mortalité élevées, entraînant d'énormes pertes économiques pour l'industrie avicole, dans le monde entier. Malgré la vaccination, les épidémies de NDV ont accru le besoin de moyens alternatifs de prévention et de contrôle. Les chercheurs ont étudié des substances issues de ressources naturelles en tant que nouveaux candidats antimicrobiens. De nos jours, de nombreux peptides antimicrobiens (AMP) ont été identifiés et caractérisés à partir du venin de scorpion. Dans cette étude, nous avons criblé des fractions de venin de scorpion Buthus occitanus tunetanus contre le NDV pour isoler le peptide le plus actif montrant une inactivation directe dose-dépendante de la croissance du NDV in vitro, avec une CI50 de 69 µM, et une faible cytotoxicité sur les cellules Vero (CC50 > 55 µM). Nous avons nommé ce peptide BotCl car il présentait des similitudes structurelles élevées avec les peptides de type chlorotoxine de venin de scorpions. Des tests effectués sur des œufs de poule SPF ont démontré que BotCl avait un effet protecteur sur les embryons de poulet contre le NDV et réduisait la multiplication du virus dans le liquide allantoïdien, avec un ED50 de 106,2 µM. Dans l'ensemble, nos résultats ont montré que BotCl est le premier peptide de scorpion présentant un puissant effet antiviral contre le NDV et peut être exploré davantage comme outil pour développer un nouveau médicament pour mieux contrôler le NDV (Abir Jlassi,et al.2022 Article soumis). III.2 Effet antibactérien des decavanadates Nous avons testé six molécules synthétiques de type décavanadate, sur plusieurs bactéries G- et G+ . Seulement deux molécules ont montré un effet sur Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 de manière dose-dépendante. Ces molécules sont non toxiques sur les cellules Vero en culture comme le témoigne le test MTT. Le mode d'action de ces molécules sont en cours (Salma Daoud et al. en préparation). BILAN GLOBAL DES ACTIVITÉS DE RECHERCHE 2020 (depuis la création du LR/UR) Publications : 1. Pharmacological investigation of CC-LAAO, an L-Amino Acid Oxidase from Cerastes cerastes Snake Venom. Abdelkafi-Koubaa Z, ELBini-Dhouib I, Souid S, Jebali J, Doghri R, Srairi-Abid N, Essafi-Benkhadir K, Micheau O, MarrakchiN.Toxins (Basel). 2021 Dec16;13(12):904. 2. AaTs-1:ATetrapeptidefromAndroctonus australis Scorpion Venom, Inhibiting U87 GlioblastomaCellsProliferation by p53 and FPRL-1 Up-Regulations.Aissaoui-Zid D, Saada MC, Moslah W, Potier-Cartereau M. Lemettre A, Othman H, Gaysinski M, Abdelkafi-Koubaa Z, Souid S, Marrakchi. N, Vandier C, Essafi-Benkhadir K, Srairi-Abid N. Molecules. 2021 Dec15;26(24):7610. 3. Curcumin Attenuated Neurotoxicity in Sporadic Animal Model of Alzheimer's Disease. ELBini-Dhouib I, Doghri R, Ellefi A, Degrach I, Srairi-Abid N, GatiA.Molecules. 2021 May 18;26(10):3011. 4. Does coronaviruses induce neurodegenerative diseases? A systematic review on the neurotropism and neuroinvasion of SARS-CoV-2. Ines ELBini. 2021. Drug Discoveries& Therapeutics.14(6):262-272.
- 93. 92 5. Glioblastoma-specific anticanceractivity of newly synthetized 3,5-disubstituted isoxazole and 1,4- disubstituted triazole-linked tyrosol conjugates.Aissa I, Abdelkafi-Koubaa Z, Chouaïb K, Jalouli M, Assel A, Romdhane A, Harrath AH, Marrakchi N, Ben JannetH.Bioorg Chem. 2021 Sep;114:105071. 6. Anti-Cancer Effect of Moroccan Cobra Najahaje Venom and Its Fractions against Hepatocellular Carcinoma in 3D Cell Culture.Lafnoune A, Lee SY, Heo JY, Gourja I, Darkaoui B, Abdelkafi-Koubaa Z, Chgoury F, Daoudi K, Chakir S, Cadi R, Mounaji K, Srairi-Abid N, Marrakchi N, Shum D, Seo HR, OukkacheN.Toxins (Basel). 2021 Jun 4;13(6):402. 7. Phylogeography of betanodavirus genotypes circulating in Tunisian aquaculture sites, 2012-2019.Chérif N, El Jeni R, Amdouni F, Zreilli S, Djabou H, Khemiri S, Tliba I, Bouhaouala-Zahar B, Maatoug K, Zaafran S, GromanD.DisAquat Organ. 2021 Sep 23;146:53-63 8. Effect of temperature on the production of a recombinant antivenom in fed-batch mode. Alonso Villela SM, Ghezal-Kraïem H, Bouhaouala-Zahar B, Bideaux C, Aceves Lara CA, FillaudeauL.ApplMicrobiolBiotechnol. 2021 Feb;105(3):1017-1030 9. Novel Human Tenascin-C Function-Blocking Camel Single Domain Nanobodies. Dhaouadi S, Ben Abderrazek R, Loustau T, Abou-Faycal C, Ksouri A, Erne W, Murdamoothoo D, Mörgelin M, Kungl A, Jung A, Ledrappier S, Benlasfar Z, Bichet S, Chiquet-Ehrismann R, Hendaoui I, Orend G, Bouhaouala- ZaharB.Front Immunol. 2021 Mar 15;12:635166. 10. 7-Ketocholesterol: Effects on viral infections and hypothetical contribution in COVID-19. Ghzaiel I, Sassi K, Zarrouk A, Nury T, Ksila M, Leoni V, Bouhaouala-Zahar B, Hammami S, Hammami M, Mackrill JJ, Samadi M, Ghrairi T, Vejux A, Lizard G.J Steroid Biochem Mol Biol. 2021 Sep;212:105939. 11. Direct Amperometric Sensing of Fish Nodavirus RNA Using Gold Nanoparticle/DNA-Based Bioconjugates.Chérif N, Zouari M, Amdouni F, Mefteh M, Ksouri A, Bouhaouala-Zahar B, Raouafi N.Pathogens. 2021 Jul 23;10(8):932 12. Multiallelic rare variants support an oligogenic origin of sudden cardiac death in the young. Jaouadi H, Bouyacoub Y, Chabrak S, Kraoua L, Zaroui A, Elouej S, Nagara M, Dallali H, Delague V, Levy N, Benkhalifa R, Mechmeche R, Zaffran S, Abdelhak S. Herz. 2021 Apr;46(Suppl 1):94-102. 13. Cross Pharmacological, Biochemical and Computational Studies of a Human Kv3.1b Inhibitor from Androctonus australis Venom.Maatoug S, Cheikh A, KhamesH, Lasi O, Tabkandoulsi Z, Guigonis JM, Diochot S, Bendahhou S, Benkhalifa R. Int J Mol Sci. 2021 Nov 13;22(22):12290. 14. Synthesis, structural characterization and antitumoral activity of (NH4)4Li2V10O28.10H2O compound. RegayaKsiksi, ZainebAbdelkafi-Koubaa, SaoussenMlayah-Bellalouna, DorraAissaoui, NazihaMarrakchi, Najet Srairi-Abid, Mohamed FaouziZid, Mohsen Graia Journal of Molecular Structure Volume 1229, 2021 April 5, doi: 10.1016/j.molstruc.2020.129492. Projets en cours en 2021 Titreduprojet Investigateur Principal Structurespasteur iennesimpliquées Agence definancement Valeur dufina nceme nt(DT) Période PCI :“Etude fonctionnelle et structurale de la protéine salivaire de Phlebotomus papatasi,PpSP32”. Ines ELBINI LR20IPT01/LR16IP T02 Institut Pasteur de Tunis 40.000 2019-2021 PEJC07-08 19 : Activité anti- inflammatoire de CC5 et CC8 du venin de vipère cerastes JedJebali LR20IPT01 MES 20.000 2019-2021
- 94. 93 PRF:Titre du projet:Synthèse,Etudestr ucturale,caractérisation et étudedesactivités anticancéreusesdes composésdécavanadate s. Najet Srairi-Abid LR20IPT01 ANPR 240.000 2019-2021 Wellcome Trust Balkiss Bouhaouala/Rym BenKhalifa LR20IPT01 TheranoS-TN PAQ COLLABORA Balkiss Bouhaouala LR20IPT01 ANPR Projets obtenus en 2021 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financemen t (DT) Période Les biomolécules du venin contre la Sclérose en plaques Najet Srairi-Abid Ines ELBINI LBVAT Projet tuniso- algérien (MES) 110.000 2021-2023 Searching for a Parkinson’s disease cure in animal venom Ines ELBINI LBVAT EPFL 2.000.000 2021-2024 La démyelinisation neur- inflammatoire dans la Sclérose en plaques Ines ELBINI LBVAT PEJC-MES 20.000 2021-2022 Projet CMCU-PHC UTIQUE intitulé « caractérisation des altérations génomiques et post-génomiques, étude préclinique des cancers épithéliaux de l'ovaire » en collaboration avec le laboratoire d’anatomo- pathologie clinique à l’Institut Salah Azaeiz. Najet Srairi-Abid Ines ELBINI LR20IPT01 DGRST 10.000 2021-2023 Projet PHC Utique (PHCU21G0819):“Peptides natriurétiquesde synthèse à visée cardioprotectrice : de la conception in silico à la validation fonctionnelle”. Erij MESSADI LR20IPT01 DGRST 2021-2023 Chiffres clé en 2021 14 Publications indexées parues dans des journaux à IF 1 Vacations et Cours rémunérés donnés 3 Participation à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 9 Participation à des Commissions Nationales et Internationales 6 des projets en cours 5 des projets obtenus 10 Conférences données 1 communication orale et affiché dans des congrès nationaux 7 diplômes obtenus 13 diplômes en cours
- 95. 94 Laboratoire de rechercheen Virus, Vecteurs et Hôtes : Approche « One Health » et innovations technologiques pour une santé meilleure Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures Pasteuriennes d’affiliation Ali Bouattour Biologiste principal, directeur du Laboratoire Henda Triki Professeur Hospitalo-universitaire , chef service Virologie clinique IPT Azouz Ahmed Msadek Professeur Hospitalo-universitaire, chef service Gastrologie Hôpital Maamouri Nabeul, Fac Med Tunis Lamia Ammari Professeur Hospitalo-universitaire Hôpital la Rabta, Tunis, Fac Med Tunis Ahmed Chabchoub Professeur Hospitalo-universitaire Ecole Nationale deMédecine. Vétérinaire Sidi Thabet Lamine Hamzaoui Professeur Agrégé Hôpital Maamouri Nabeul, Fac Med Tunis Youmna M'ghirbi Maître de Conférences universitaire Dorra Rezig Maître de Conférences universitaire ISSBAT Zeyneb Gharbi Assistant HU Ecole Nationale de Médecine. Vétérinaire Sidi Thabet Meriem Gdoura Assistant HU Sondes Haddad- Boubaker Maître Assistant Habilité Ben Dhifallah Imen Biologiste adjoint Anissa Chouikha Maitre-Assistant de l’enseignement Supérieur Fares Wasfi Biologiste adjoint Zied Bouslama Vétérinaire spécialiste Naouel Fatnassi Vétérinaire spécialiste Centre Nle de Veille Zoosanitaire Sana Masmoudi Pharmacienne en chef Hajer Aounallah Etudiante en Thèse Khaouther Ayouni Etudiante en Thèse Ghofrane Balti Etudiante en Thèse Wiem Ben Ayed Etudiante en Thèse Marwa Khedhiri Etudiante en Thèse Asma Lamari Etudiante en Thèse Khadija Tebibi Etudiante en Thèse Khaoula Zouaghi Etudiante en Thèse Haifa Khemiri Etudiante en Thèse HISTORIQUE Le laboratoire Virus, Vecteurs et Hôtes : Approche One Health a été créé en novembre 2019, suite à l'appel émis par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique, Direction Générale de la Recherche Scientifique. Nous avons été évalués par le CNEAR le 1er décembre 2020 puis nous avons signé le contrat de création en mi-décembre 2020. THEMATIQUE ESSENTIELLES DE RECHERCHE Le programme de recherche de notre laboratoire s’inscrit dans le cadre des activités menées à l’Institut Pasteur de Tunis depuis plusieurs années sur les maladies infectieuses d’importance majeure en santé humaine et animale, notamment les maladies vectorielles et les viroses. Ces dernières figurent déjà parmi les principales causes de
- 96. 95 morbidité et demortalité pour l’homme et les animaux. Le cycle de transmission des virus qui seront étudiés est souvent très complexe en raison de l’intervention de plusieurs acteurs (l’Homme, les animaux, les insectes…), mais également l’influence de facteurs environnementaux. La compréhension du fonctionnement de ces systèmes biologiques nécessite des études pluridisciplinaires approfondies de ce fait, notre laboratoire regroupe des biologistes, médecins, vétérinaires, entomologistes, pharmaciens, épidémiologistes…, ayant chacun ses propres objectifs spécifiques, mais qui se rejoignent pour une même vision. LES OBJECTIFS PRINCIPAUX DU LABORATOIRE • La surveillance épidémiologique des maladies virales (notamment émergentes). • L’étude des sources d’infection (vecteurs, animaux réservoirs et au niveau de l’environnement) selon le concept « One Health » ou ''une seule santé''. • Les projets inscrits dans notre laboratoire ont pour thématiques principales : • Surveillance épidémiologique et phylogénétiques des virus (notamment émergents) : virus de la poliomyélite, de la rougeole, de l’hépatite C et de l’hépatite B. Les virus émergents notamment celui de l’hépatite A, de l’hépatite E, de l’Entérovirus non poliomyélitiques (dont Entérovirus A-71), du Cosavirus humains, de Adénovirus 31, du SARS-Cov2. • Analyse génétique poussée des virus détectés afin de suivre de manière attentive la circulation des variants viraux et leur résistance aux antiviraux. • Étude éco-biologique des arthropodes vecteurs potentiels de ces virus : moustiques, tiques puces et phlébotomes. • Etude des arbovirus : virus West Nile, virus de la fièvre de la vallée de Rift, virus Toscna, virus de la fièvre Crimée-Congo. • Étude des sources d’infection (animaux réservoirs et environnement) selon le concept « One Health » • Étude des sources d’infection (animaux réservoirs et environnement) selon le concept « One Health ». TRAVAUX REALISES EN 2021. Projet 1 : surveillance des arbovirus et pathogènes émergents vectorisés, dirigé par Dr Youmna M’GHIRBI Et Projet 2: Surveillance des arthropodes vecteurs dans les écosystèmes en évolution par Dr Ali Bouattour L’objectif principal de ce projet est la surveillance et le contrôle de la circulation des arbovirus et autres pathogènes à transmission vectorielles (bactéries et parasites), aussi bien chez les arthropodes vecteurs que chez les hôtes, et ce pour une alerte précoce. Cette surveillance est réalisée selon une approche pluridisciplinaire qui s’inscrit dans la perspective du concept « Une seule santé » (One Health). Ce projet traite essentiellement l’épidémiologie de la fièvre hémorragique de Crimée Congo (CCHF) et de la fièvre de la Vallée du Rift (RVF), l’étude épidémiologique des cas de méningites estivales à étiologie inconnue et potentiellement associés à des virus à transmission vectorielle : WNV, TBEV, UsutuV, TOSV. Nous avons mené une étude exploratrice pour détecter les bactéries et les parasites qui infectent les hérissons Atelerix algirus et leurs tiques et puces infestantes et ce par le biais de la PCR microfluidique en temps réel à haut débit. Les biopsies d’hérissons testées se sont avérées naturellement infectées par Theileria youngi, Hepatozoon sp., Ehrlichia ewingii, Coxiella burnetii et Candidatus Ehrlichia shimanensis. De même, les espèces de tiques Haemaphysalis erinacei et Rhipicephalus sanguineus se sont révélées infectées par Ehrlichia ewingii, Rickettsia spp., Rickettsia massiliae, Borrelia sp., Coxiellaburnetii, Rickettsia lusitaniae et Anaplasma sp. Les puces Archaeopsyllaerinacei ont été infectées par Rickettsia asembonensis, Coxiella burnetii et Rickettsia massiliae. Des co-infections par deux et trois agents pathogènes à la fois ont été détectées chez les hérissons et les tiques et les puces qui les infestent. Le système de PCR microfluidique en temps réel nous a permis non seulement de détecter des agents pathogènes nouveaux et inattendus, mais également d'identifier des co-infections chez les hérissons, les tiques et les puces. Nous suggérons que les hérissons pourraient jouer un rôle de réservoir pour les pathogènes à transmission vectorielle en Tunisie et contribuer au maintien des cycles pathogènes enzootiques par des vecteurs arthropodes. Dans un autre travail, nous avons déterminé les séroprévalences des virus CCHF et RVF et les facteurs de risque potentiel chez les bovins, ovins et caprins. Les sérums de ces animaux ont été testés pour les anticorps dirigés contre le CCHFV (n = 879) et le RVFV (n = 699) à l'aide de deux tests : immuno-enzymatiques (ELISA) et le test d'immunofluorescence indirecte (IIFA). La séroprévalence globale des anticorps IgG était de 8,6 % (76/879) et de 2,3 % (16/699) contre le CCHFV et le RVFV, respectivement. Nos résultats confirment la circulation du CCHFV et du RVFV en Tunisie et identifient les principaux facteurs de risque chez les ruminants. Ces connaissances pourraient contribuer à atténuer le risque d'infections des ruminants et, par la suite, les infections humaines.
- 97. 96 Une enquête épidémiologiquetransversale sur le leishmaniose canine a été réalisée dans 8 localités appartenant à 8 zones bioclimatiques de la Tunisie. Des échantillons de sang ont été prélevés sur 317 chiens après examen clinique. Les sérums collectés ont été testés par un test d'anticorps fluorescent indirect (IFAT; 1:80) pour la présence d'anticorps anti-Leishmania infantum. La séroprévalence globale était de 58,3 % (185/317). Parmi les chiens positifs, seuls 16,7 % présentaient des signes cliniques évocateurs de leishmaniose. Les taux de séroprévalence variaient de 6,8 % à 84,6 % et de 28 % à 66 % selon la zone bioclimatique et le groupe d'âge, respectivement. La présence d'ADN de Leishmania dans le sang, (21,2 %) chez le chien, variait selon la zone bioclimatique (7,3 % à 31 %) et le groupe d'âge (7 % à 25 %). Le présent travail suggère une augmentation significative de la leishmaniose canine dans toutes les zones bioclimatiques en Tunisie et confirme la propagation continue de l'infection des chiens vers la zone aride du pays. Une telle expansion de l'infection dans la population canine pourrait être attribuée à des facteurs écologiques, agronomiques, sociaux et climatiques qui affectent la présence et la densité des vecteurs phlébotomes. Notre enquête entomologique relative aux phlébotomes a montré la présence de 2 genres Phlebotomus et Sergentomyia parmi lesquels 16 espèces dont les plus dominantes étaient P. perniciosus, P. perfiliewi et P. papatasi. Les deux premiers sont des vecteurs reconnus de L. infantum. Dans une autre étude, nous avons étudié la présence d’hémoparasites chez le chien en Tunisie. Au total, 99 chiens présentant des symptômes cliniques tels que fièvre, anorexie et dépression ont été présentés pour traitement à l'hôpital de l'école vétérinaire de Sidi Thabet. Parmi les chiens dépistés par PCR, 5% se sont révélés infectés par un hémoprotozoaire. L'analyse de toutes les séquences obtenues nous a permis d'identifier deux protozoaires : Babesia vogeli et Hepatozoon canis. C'est la première fois qu'une infection de chiens par Hepatozoon canis en Tunisie est signalée. Surveillance du moustique tigre Au cours de cette année 2021, dans le cadre de ces projets, nous avons continué notre surveillance de l’évolution spatiale du moustique tigre (Aedesalbopictus) en Tunisie. Ce moustique a été observé pour la première fois en octobre 2018 dans la région de la Marsa. Puis en 2019, ce moustique a été capturé dans cette même région ce qui démontre que cette espèce est bien installé dans cette région, en plus 2019, nous l’avons retrouvée à Tazarka (Nabeul). Au cours de cette année 2021, nous avons également capturé ce moustique dans la région de Bizerte. Pour le suivi de la densité larvaire des moustiques du genre Culex, trois sites : Echkeul (Bizerte), oued el Maleh (Monastir) et El Mabtouh (Kairouen) ont été sélectionnés. Ces sites ont fait l’objet de prospection pour sélectionner les gîtes potentiels à moustiques puis un monitoring.
- 98. 97 Projet 3 :Virus ciblés par des programmes d’élimination/contrôle ✓ Poliovirus Durant l’année 2021, le projet « Poliovirus Surveillance among Primary Immunodeficiency (PID) patients », financé par l’Organisation Mondiale de la Santé, a été poursuivi : ainsi nous avons réalisé un screening des souches virales dérivées de souches vaccinales chez les Immunodéprimés et ce dans le but d’évaluer le risque de persistance après l’éradication. Nous avons aussi identifié et caractérisé génétiquement des souches excrétées par cette population. Le travail est encours de finalisation. ✓ Rougeole L’étude de la rougeole a été réalisée dans le cadre du projet STAMINA ‘‘Demonstration of intelligent decision support for pandemic crisis prediction and management within and across European borders, par l’optimisation d’une technologie loop lamp pour la détection rapide « au lit du malade » du virus de la Rougeole, mais également des virus West Nile et SARS-CoV-2. Ces résultats de ces travaux ont fait l’objet 7 publications. ✓ Hépatites C et B • Dans le cadre de Caractérisation moléculaire fine des souches virales et suivi du programme national d’élimination et de contrôle, finalisation du projet InSpires : Génotypage des souches de l’hépatite C (HCV) chez les usagers de drogue par injection, par la publication d’un article (Publication2). • Dans le cadre de l’étude des relations « Hôtes-virus », finalisation d’un travail sur l’hépatite B par la publication d’un article (Publication15) • Finalisation de deux travaux sur l’hépatite C (en collaboration avec le CIC et le RKI respectivement). Projet 4: Virus nouveaux et ré-émergents ✓ Virus de l’hépatite A • Finalisation du projet InSpires- Boutique des Sciences de l’IPT- Etude des marqueurs des virus entériques chez des enfants scolarisés en milieu rural. Dans le cadre de ce projet, nous avons recherché les marqueurs sérologiques (IgM et IgG) du virus de l’hépatite A dans une population d’enfants scolarisés dans des établissements présentant de mauvaises conditions sanitaires. Le travail a été finalisé par la soutenance d’un master en mars 2021. • Poursuite de l’étude de l’épidémiologie de l’infection à VHA dans la population du Centre-Ouest Tunisien avec l’étude de la séroprévalence dans cette population, la mise place d’un modèle de transmission et l’étude de l’impact de la vaccination. Ce travail a fait l’objet de deux publications en collaboration avec le CIC (Publications 8 et 9). ✓ Entérovirus non poliomyélitiques • Finalisation d’un travail sur l’épidémiologie des Entérovirus non poliomyélitiques en Tunisie par la publication d’un article. • Recherche et epidemiologie moléculaire des entérovirus non polio chez les immunodéprimés dans le cadre d’un travail de Master • Recherche d’entérovirus chez des patients atteints d’encéphalites dans le cadre d’un travail de thèse de doctorat ✓ SARS-CoV-2 • Continuation de 3 projets PRF pour la Lutte contre la COVID-19, l’investigation génomique et métagénomique de l'interaction SARS-CoV-2-hôte dans la population Tunisienne et la mise en place de nanobioplateformes modulaires pour le diagnostic rapide du SARS-CoV2. • Continuation du Travail dans le cadre d’un projet financé par l’Organisation mondiale de la santé sur les femmes enceintes/infection SARS-CoV-2. • Finalisation de trois travaux sur le virus SARS-CoV-2. • Initiation en 2021 d’un projet Human Reliability in Biological Research - Global South » en collaboration avec Gryphon Scientific sur la Covid-19 (Virus SARS-CoV-2) • Recherche de SARS-CoV-2 chez les Immunodéprimés ainsi que chez des patients atteints d’encéphalites, dans le cadre de deux thèses de doctorat. Publications : 1. Canine leishmaniosis in Tunisia: Growing prevalence, larger zones of infection. Bouattour A, Amri A, Belkhiria JA, Rhim A, Fezaa O, Gantier JC, M'ghirbi Y. PLoS Negl Trop Dis. 2021 Dec 10;15(12):e0009990. doi: 10.1371/journal.pntd.0009990. eCollection 2021 Dec. PMID: 34890393 2. Hepatozoon canis and Babesia vogeli infections of dogs in Tunisia. Bouattour A, Chabchoub A, Hajjaji I, M'ghirbi Y. Vet Parasitol Reg Stud Reports. 2021 Jan;23:100512. doi: 10.1016/j.vprsr.2020.100512. Epub 2020 Dec 7. PMID: 33678367.
- 99. 98 3. Atelerix algirus,the North African Hedgehog: Suitable Wild Host for Infected Ticks and Fleas and Reservoir of Vector-Borne Pathogens in Tunisia. Balti G, Galon C, Derghal M, Souguir H, Guerbouj S, Rhim A, Chemkhi J, Guizani I, Bouattour A, Moutailler S, M'ghirbi Y. Pathogens. 2021 Jul 29;10(8):953. doi: 10.3390/pathogens10080953. PMID: 34451417 4. First Serological Evidence of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus and Rift Valley Fever Virus in Ruminants in Tunisia. Zouaghi K, Bouattour A, Aounallah H, Surtees R, Krause E, Michel J, Mamlouk A, Nitsche A, M'ghirbi Y. Pathogens. 2021 Jun 18;10(6):769. doi: 10.3390/pathogens10060769. 5. Circulation and Molecular Epidemiology of Enteroviruses in Paralyzed, Immunodeficient and Healthy Individuals in Tunisia, a Country with a Polio-Free Status for Decades. Anissa Chouikha, DorraRezig, Nadia Driss, IchrakAbdelkhalek, Ahlem Ben Yahia, HendaTouzi, ZinaMeddeb, Essia Ben Farhat, MahrezYahyaoui, HendaTriki. Viruses. 2021 Mar; 13(3): 380. PMCID: PMC7997211 6. Human cytomegalovirus (HCMV) infection and colorectal cancer in Tunisia. Hanen Chelbi, Sarra Belfkhih :RefkaJ elassi, Amor Ben Amor, Hamza Ben Salah , NabihaMzoughi, , Imen Ben Dhifallah ,Nadia Boujelben, RadhiaAmmi, , Aida Bouratbine, Ines Zidi, Karim Aoun Eur.J.Immunology.2021.S1:1-448 7. Association of CCR5Δ32 deletion and Human cytomegalovirus (HCMV) infection with colorectal cancer in Tunisia. Hanen Chelbi, Sarra Belfkhih Refka Jelassi, Amor Ben Amor, Nabiha Mzoughi, Hamza Ben Salah, Imen Ben Dhifallah, Nadia Boujelben, Radhia Ammi, Ines Zidi, Aida Bouratbine, Karim Aoun. Frontiers in Genetics.2021 nov.ID: 598635 8. Strong association of functional polymorphism in IL-12B with susceptibility to chronic hepatitis B in Tunisia. Ben Dhifallah I, Ayouni K, Jmel H, Kammoun W, Hamzaoui K, Sadraoui A, Triki H J Med Virol. 2021 Aug;93(8):4949-4956 9. Risk Assessment of the Role of the Ecotones in the Transmission of Zoonotic. Cutaneous Leishmaniasis in Central Tunisia. Barhoumi W, Chelbi I, Fares W, Zhioua S, Abbas M, Derbali M, Ramalho-Ortigao M, ZhiouaE. International Journal of Environmental. Research and Public Health, 2021-09-02 | journal-article, DOI: 10.3390/ijerph18179274 10. Distribution of HCV Genotypes Among People Who Inject Drugs in Tunisia: New Evidence for Scaling Up Prevention and Treatment Toward National Elimination Goal. Marwa Khedhiri, Amel Sadraoui, Henda Touzi, Hichem Ben Hassine, Sonia Maatoug, ChaimaBensaoud, Sonia Abdelhak, Samir Bouarrouj, Mariem Gdoura, Hedia Chaouachi and Henda Triki. Front. Microbiol., 27 July 2021 | https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.697859 11. Tick-borne encephalitis virus in Ixodesricinus (Acari: Ixodidae) ticks, Tunisia Fares W, Dachraoui K, Cherni S, Barhoumi W, Slimane TB, Younsi H, Zhioua E. Ticks, and Tick-borne Diseases, 2021-01 | journal-article, DOI: 10.1016/j.ttbdis.2020.101606, 12. Focus on hepatitis C virus genotype distribution in Tunisia prior to elimination: a 16‑year retrospective study. Anissa Chouikha, Marwa Khedhiri, Hatem Triki, Walid Hammemi, Amel Sadraoui, Henda Touzi, Ahlem Ben Yahia, Amel Chtourou, Saba Gargouri, Lamia Feki Ben Rajah, Hela Hakim Karray, Henda Triki. Archives of Virology. 2021 (166):501–510 https://doi.org/10.1007/s00705-020-04918-7 13. Identification of two novel hepatitis C virus subtype 2 from Tunisia (2v and 2w). Mouna Rajhi, Sondes Haddad- Boubaker, Anissa Chouikha, Daniel Bourquain, Janine Michel, Walid Hammami, Amel Sadraoui, Hinda Touzi, Kais Ghedira, HendaTriki PLoS One. 2021; 16(3): e0248249. PMCID: PMC7951806. 14. In silico comparative study of SARS-CoV-2 proteins and antigenic proteins in BCG, OPV, MMR and other vaccines: evidence of a possible putative protective effect. Sondes Haddad-Boubaker, Houcemeddine Othman, RabebTouati, KaoutherAyouni, MarwaLakhal, Imen Ben Mustapha, Kais Ghedira, Maher Kharrat, HendaTriki BMC Bioinformatics. 2021; 22: 163. PMCID: PMC7995392 15. rDromaserpin: A Novel Anti-Hemostatic Serpin, from the Salivary Glands of the Hard Tick Hyalomma dromedarii. Aounallah H, Fessel MR, Goldfeder MB, Carvalho E, Bensaoud C, Chudzinski-Tavassi AM, Bouattour A, M'ghirbi Y, Faria F. Toxins (Basel). 2021 Dec 20;13(12):913. doi: 10.3390/toxins13120913. PMID: 34941750 16. Insights into the Role of Tick Salivary Protease Inhibitors during Ectoparasite-Host Crosstalk. Jmel MA, Aounallah H, Bensaoud C, Mekki I, Chmelař J, Faria F, M'ghirbi Y, Kotsyfakis M. Int J Mol Sci. 2021 Jan 17;22(2):892. doi: 10.3390/ijms22020892. PMID: 33477394 17. Whole genome sequencing and phylogenetic analysis of six SARS-CoV-2 strains isolated during COVID-19 pandemic in Tunisia, North Africa. Wasfi Fares, Anissa Chouikha, KaisGhedira, MeriamGdoura, DorraRezig, Sondes Haddad Boubaker, Imen Ben Dhifallah, HendaTouzi, Walid Hammami, Zina Meddeb, Amel Sadraoui, NahedHogga, Imen Abouda, Aurélia Kwasiborski, Véronique Hourdel, Guillain Mikaty, Valérie
- 100. 99 Caro, Jean-Claude Manuguerra,Nissaf Ben Alaya, HendaTriki. BMC Genomics. 2021(22):540 https://doi.org/10.1186/s12864-021-07870-1 18. Sequencing Using a Two-Step Strategy Reveals High Genetic Diversity in the S Gene of SARS-CoV-2 after a High-Transmission Period in Tunis, Tunisia. Wasfi Fares, KaisGhedira, MariemGdoura, Anissa Chouikha, Sondes Haddad-Boubaker, MarwaKhedhiri, KaoutharAyouni, Asma Lamari, HendaTouzi, Walid Hammemi, Zina Medeb, Amel Sadraoui, NahedHogga, Nissaf ben Alaya, HendaTriki. Microbiology Spectrum2021 (9) Issue3 e00639-21. DOI: 10.1128/spectrum.00639-21. 19. Evidence of Circulation of Several HAV Genetic Variants and Emergence of Potential Antigenic Variants in an Endemo-Epidemic Country before Vaccine Introduction. Kaouther Ayouni , Anissa Chouikha, Oussema Khamessi, HendaTouzi, Walid Hammemi and Henda Triki. Viruses2021, 13, 1056 20. Seroprevalence of hepatitis A virus infection in Central-West of Tunisia. Ayouni K, Kharroubi G, Mallekh R, Hammami W, Marouani R, Mhamdi M, Ben Salah A, Triki H, Bettaieb J. J Med Virol.2021 Jun;93(6):3666- 3671. doi: 10.1002/jmv.26563. Epub 2020 Oct 10. PMID: 32986240. 21. Phylogeography and phylogeny of Rhinoviruses collected from Severe Acute Respiratory Infection (SARI) cases over successive epidemic periods in Tunisia. Haddad-Boubaker S, Ben Hamda C, Ghedira K, Mefteh K, Bouafsoun A, Boutiba-Ben Boubaker I, Slim A, Menif K, Triki H, Ben HadjKacem MA, Smaoui H. PLoS One.2021. Nov 22;16(11):e0259859. doi: 10.1371/journal.pone.0259859. PMID: 34807924; PMCID: PMC8608298. 22. High genotypic diversity of Rhinoviruses obtained from Tunisian children with severe acute respiratory infection. Haddad-Boubaker S, Mefteh K, Mejri C, Bouaffsoun A, El Moussi A, BoutibaI,Mnif K, Slim A, Kechrid A, Smaoui H. J Infect Dev Ctries. 2021 May 31;15(5):726-735. doi: 10.3855/jidc.12880. PMID: 34106898. 23. Multiplexed Magnetofluorescent Bioplatform for the Sensitive Detection of SARS-CoV-2 Viral RNA without Nucleic Acid Amplification. Riham Zayani, DorraRezig, Wasfi Fares, Mouna Marrakchi, Makram Essafi, Noureddine Raouafi. AnalyticalChemistry 2021, 93, 32, 11225-DOI:10.1021/acs.analchem.1c01950. 24. The Value of West Nile Virus RNA Detection by Realtime PCR in Urine Samples From Patients With Neuroinvasive FormsThe Value of West Nile Virus RNA Detection by Realtime PCR in Urine Samples From Patients With Neuroinvasive Forms. Mariem Gdoura, Wasfi Fares, Souha Bougatef, Amine Inoubli, HendaTouzi, Nahed Hogga, Imen Ben Dhifallah, Naila Hannachi, Aida Argoubi, Saoussen Kacem, Hela Karray, Nissaf Ben Alaya, HendaTriki. Archives of Microbiology. https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-660398/v1 25. SARS-CoV2 serology assays: utility and limits of different antigen based tests through the evaluation and the comparison of four commercial tests. Mariem Gdoura, Habib Halouani, Mehdi Mrad, Sahli Donia, WafaChamsa, Manel Mabrouk, Kamel Ben Salem, NahedHogga, HendaTriki. Archives of Microbiology. doi: https://doi.org/10.1101/2021.11.19.21266615: 26. Clinical and laboratory features of brucellosis in a university hospital in Tunisia. Battikh, H., Berriche, A., Zayoud, R, Ammari, L. ,Abdelmalek, R., Kilani, B, Tiouiri Ben Aissa, H., Zribi, M. Infectious DiseasesNow. 2021, 51 (6), pp. 547-551. DOI: 10.1016/j.idnow.2021.03.005 27. Cerebral-rhino-orbital mucormycosis and aspergillosis coinfection in a patient with diabetes mellitus : A case report. Souheil Zayet, Aida Zaghdoudi, Lamia Ammari, BadreddineKilani, HaneneTiouiri Ben Aissa. Infectious Diseases Cases. 2021, 23, e01022. DOI: 10.1016/j.idcr.2020.e01022. 28. Ocular manifestations of people living with HIV infection. Saadouli D., Ammari L., Ben Mansour K., Yahyaoui Y., Aissa S., El Afrit M A., Yahyaoui S., Tiouiri H. South African Journal HIV Medecine.2021, 22(1), pp. 547- 551. (Médecine et maladies infectieuses). DOI: 10.4102/j.sajhivmed.v22i1.1193 29. A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa. Eduan Wilkinson et al (239 co-auteurs, Fares Wasfi from VVH,) Science2021. 374 : 423–431 1,2 Publication dans des revues nationales A propos de quatre vecteurs potentiels de la transmission de la Fièvre à virus West Nile dans la région d’Ichkeul (Tunisie). M Amara, A Bouattour, Y Mghirbi, A chabchoub. Journal EL BAYTARY N ° 7 9 - 8 0. J a n v i e r 2 0 2 1 pp 10-13.
- 101. 100 2 autres publications(ouvrages, chapitres d’ouvrages) en 2021 Chapitre 3: Imaging of fungul Spondylodiscitis Auteur N° 4 Lamia Ammari Titre Livre: Imaging of spinal infection Diagnostic Imaging Series Editors: Hans-Ulrich Kauczor · Paul M. Parizel · Wilfred C. G. Peh ISSN 0942-5373 ISSN 2197-4187 (electronic) Medical Radiology ISBN 978-3-030-70458-2 ISBN 978-3-030-70459-9 (eBook) https://doi.org/10.1007/978-3-030-70459- chapitre : Epidemiology of spinal infection Auteur N°1 : Lamia Ammari Imaging of Spinal Brucellosis Auteur: N°6 Lamia Ammari Medical radiology ;Pages:pp. 183-197.DOI: 10.1007/978-3-030-70459-9_10 Projets en cours en 2021 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de finance ment Valeur du finance ment (DT) Période Lutte COVID-19: Evaluer, prédire, agir: stratégie fédérée pour la lutte contre le COVID-19 Ikram GHIZANI Epid. moléculaire et pathologie exp. appliquée maladies infectieuses ;LR 16 IPT 03. & Labo Virus, Vecteurs et Hôtes, LR20- IPT02 Ministère de l'Ensei Sup. Rech. Scientifiq ue de juillet 2020-Fin Juin 2022 TriOMICS-CoV Investigation génomique et métagénomique de l'interaction SARS-CoV-2-hôte dans la population Tunisienne Rym Kefi Génomique biomédicale et oncogénétique (LR 16 IPT 05) et Labo Virus, Vecteurs et Hôtes, LR20- IPT02 Ministère de l'Ensei Sup. Rech. Scientifiq ue de juillet 2020-Fin Juin 2022 SmartBioSens: Smart nanobioplateformes modulaires pour le diagnostic rapide du SARS-CoV2 Noureddine Reouatbi Départ Biochimie FST et Labo Virus, Vecteurs et Hôtes, LR20- IPT02 Ministère de l'Ensei Sup. Rech. Scientifiq ue de juillet 2020-Fin Juin 2022 STAMINA - Demonstration of intelligent decision support for pandemic crisis prediction and management within and across European borders. Henda Triki Labo Virus, Vecteurs et Hôtes, LR20- IPT02 Union Europée nne septembre 2020- Fin Août 2022 PREG-COV - Prospective cohort study investigating maternal, pregnancy and neonatal outcomes for women and neonates infected with SARS-CoV-2 Henda Triki et Mariem Gdoura Labo Virus, Vecteurs et Hôtes, LR20- IPT02 Organisa tion Mondiale de la Santé Septembre 2020- Août 2022 Investigation multidisciplinaire de la pandémie COVID-19 en Afrique. Melika Ben Ahmed Transmission, contrôle et Coopérat ion 2020-2022
- 102. 101 Programme de «Recherche PasteurienneInternationale en Réponse au Coronavirus en Afrique» (REPAIR) immunobiologie des infections (LR 16 IPT 02) et Labo Virus, Vecteurs et Hôtes, LR20- IPT02 Et plusieurs labo du RIIP Français e Projets obtenus en 2021 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financemen t Valeur du financement (DT) Période Poliovirus Surveillance among Primary Immunodeficiency (PID) patients Henda Triki LVVH. LR20IPT02 Organisation Mondiale de la Santé- 2021-2022 PROJETS Laboratoire Mixte d’Excellence Scientifique Algéro- Tunisien LABEX-TA 2019 Youmna M’Ghirbi LVVH. LR20IPT02 et Institut Pasteur d’Alger Coopération Tuniso- algérienne 2021-2022 Human Reliability in Biological Research - Global South » en collaboration avec Gryphon Scientific Anissa Chouikha LVVH. LR20IPT02 GRYPHON Scientific- USA 2021-2022 Chiffres clé en 2021 7 diplômes obtenus 3 diplômes en cours 3 Conférences données 29 Publications revues internationales 7 Vacations et Cours rémunérés donnés 1 Participation à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 3 Participations à des Commissions Nationales et Internationales 5 communications orales et affichées dans des congrès nationaux 7 communications orales et affichées dans des congrès internationaux 3 projets obtenus 6 projets en cours 1 Organisation ou contribution à l’organisation de Réunions et d’Evènements Scientifiques Nationaux
- 103. 102 Services d’investigation cliniqueet de Santé Publique Laboratoire d’Immunologie Clinique................................................................................103 Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires............................................108 Laboratoire de la Rage ...................................................................................................110 Laboratoire des Toxines Alimentaires .............................................................................114 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie ..........................................................................116 Laboratoire d’Epidémiologie Médicale ............................................................................119 Laboratoire des Mycobactéries.......................................................................................122 Service de Vaccinations Antirabiques et Internationales .................................................124 Laboratoire d’Hématologie..............................................................................................126 Laboratoire de Bactériologie Clinique .............................................................................128 Laboratoire d’Histologie et de Cytogénétique Médicale...................................................129 Laboratoire de Cyto-Immunologie...................................................................................130 Laboratoire d’Epidémiologie et d’Ecologie Parasitaire.....................................................132 Unité Spécialisée des Mycoplasmes...............................................................................134 Laboratoire de Microbiologie Vétérinaire............................................................. 135
- 104. 103 Laboratoire d’Immunologie Clinique COMPOSITIONDE L’EQUIPE RESPONSABLE / CHEF DE SERVICE PAR INTERIM : Pr Mélika Ben Ahmed CADRES COLLABORATEURS: Yousr Galai, Professeur hospitalo-universitaire en Pharmacie Samar Samoud, Maitre de conférences hospitalo-universitaire en Médecine Ahlem Ben Hmid, Maitre de conférences hospitalo-universitaire en Médecine Imen Zamali, Assitante hospitalo-universitaire en Médecine COLLABORATEURS TECHNIQUES : • Mme Hayet Kebaier, Technicienne supérieure et surveillante • Mme Soumaya Marzouki, Technicienne supérieure • Mme Ines Ben Sghaier, Technicienne supérieure contractuelle • Melle Yousra Nasri, Technicienne supérieure • Mr Walid Hamdi, Technicien supérieur • Mr Mouldi Hidri, Technicien supérieur contractuel • ETUDIANTS / STAGIAIRES: • Résidents: • Melle Khouloud Ben Dhaou (1er semestre) • Mme Sonia Ben Béhi (1er semestre) • Melle Cyrine Boussetta (1er semestre) • Melle Hana Saadi (2ème semestre) • Melle Emna Hammami (2ème semestre) • Mr Karim Mechri (2ème semestre) • Mr Mohamed Béjaoui (2ème semestre) • Mr Amine Bouzid (2ème semestre) • Etudiants inscrits en Thèse de Médecine : • Mr Ahmed Amine Ben Khelil • Mr Chafik Tilikete • Etudiants inscrits en Mastère de recherche : • Mme Imen Zamali • AUTRES • Mr Mehdi Maghraoui, personnel ouvrier INTRODUCTION / OBJECTIFS L’activité du laboratoire d’immunologie clinique est orientée principalement vers le diagnostic immunologique de deux grands groupes de pathologies, les gammapathies monoclonales et les maladies auto- immunes. Récemment, l’arsenal des explorations des maladies auto-immunes a été complété par les explorations des atteintes neurologiques auto-immunes. Le laboratoire d’immunologie clinique assure également la détermination du taux des lymphocytes T CD4+ et T CD8+ chez les patients infectés par le VIH et les patients atteints de SEP sous biothérapie par ainsi que le contrôle de qualité de certains vaccins et sérums thérapeutiques.
- 105. 104 Une nouvelle paillassed’allergologie a vu le jour en 2020. Elle se distingue par l’utilisation d'un système d’analyse unique et automatisé basé sur la technologie ImmunoCAP, technologie plus performante que les tests semi-quantitatifs utilisés dans la plupart des laboratoires en Tunisie. Grace à ce système, la quantification des IgE spécifiques des allergènes moléculaires a été intégrée. Cette approche est d’un grand apport pour dépister les réactions croisées entre les différents allergènes, de mieux prédire les symptômes cliniques ainsi que le pronostic de la maladie allergique et d’aider à l'interprétation des polysensiblisations permettant ainsi de porter le diagnostic de certitude et personnaliser la prise en charge thérapeutique, en particulier l'immunothérapie spécifique. Le laboratoire d’Immunologie clinique assure de façon régulière l’encadrement : • des résidents en Médecine et en Pharmacie ainsi que des internes en Pharmacie en les initiant aux différents aspects théoriques que pratiques de la spécialité et en les impliquant dans les différentes activités du laboratoire et dans la réalisation de travaux scientifiques, • des étudiants (externes) de DCEM3 de la Faculté de Médecine de Tunis dans le cadre du stage d’externat en immunologie, • des étudiants stagiaires techniciens de 2ème et de 3ème année biologie dans le cadre du stage en Immunologie, • des étudiants en troisième cycle de formation à la Faculté des Sciences de Tunis ou autres institutions (INSAT, etc.) dans le cadre de mémoire de thèses ou de mastères • des étudiants en fin de cycle de formation d’ingénieurs de l’INSAT ou de techniciens d’autres institutions (ISTMT, ISSBAT, etc.) dans le cadre de mémoire de fin d’étude (PFE). REALISATIONS DANS LE CADRE DES ACTIVITES DE RECHERCHE (EN DEHORS DU CADRE DES LABORATOIRES DE RECHERCHE): Dix communications orales et affichées ainsi que quatre conférences ont été présentées dans des congrès nationaux et internationaux. Quatre articles impactés, fruits de collaborations internes ou externes à l’IPT, ont été publiés dans J Immunol Res, Frontiers in Genetics, Plos One et Acta Tropica, respectivement. ACTIVITES PEDAGOGIQUES Outre les activités d’enseignement à la Faculté de Médecine de Tunis, à la Faculté de Pharmacie de Monastir et à l’école de santé, les cadres scientifiques du laboratoire ont coordonné et animé : • Trois ateliers et journées sous l’égide de la Société Tunisienne de la Biologie Clinique • Les journées scientifiques de la Société Tunisienne d’Immunologie ainsi qu’un Cours Africain d’Immunologie • Des enseignements post-universitaires et formations médicales continues (n=5) REALISATIONS DANS LE CADRE DES ACTIVITES DE DIAGNOSTIC : Durant l’année 2021, 19935 analyses immunologiques ont été réalisées dans le laboratoire d’immunologie clinique correspondant à un chiffre d’affaire d’environ 639736 dinars tunisiens avec une croissance de 145% par rapport à l’année 2020. Les chiffres clés du laboratoire en 2021 10 Conférences 12 Vacations et Cours rémunérés 5 Participations à des Jury 3 Commissions Nationales et Internationales 8 Communications orales et affichées dans des congrès internationaux 4 Publications dans des revues internationales 1 Diplômes soutenus 4 Organisation de Réunions et d’Evènements Scientifiques Nationaux 1 Organisation de Réunions et d’Evènements Scientifiques Internationaux 19935 Analyses immunologiques 3 Services Nouvellement Introduits
- 106.
- 107. 106 Laboratoire de VirologieClinique Nom et Prénom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Henda TRIKI Professeur Hospitalo-Universitaire / Chef de Service Laboratoire de Recherche : Virus, Vecteur et Hôte : Approche « One Health » pour une santé meilleure Anissa Chouikha Maître Assistant Universitaire Imène Ben Dhifallah Biologiste Adjoint Dorra Rezig Maître de conférences/Chercheur Associé Institut Supérieur des Sciences Biologiques Appliquées de Tunis (ISSBAT) - Laboratoire de Recherche : Virus, Vecteur et Hôte : Approche « One Health » pour une santé meilleure Mariem Gdoura Pharmacienne – Maître de Conférence Agrégé Hospitalo-Universitaire Laboratoire de Recherche : Virus, Vecteur et Hôte : Approche « One Health » pour une santé meilleure Sondes Haddad-Boubaker Maître Assistant Universitaire Habilité Wasfi Fares Biologiste Adjoint Nahed Hogga Technicien Supérieur Majeur Principal Walid Hammami Technicien Supérieur Principal Amel Sadraoui Technicien Supérieur Majeur Henda Touzi Technicien Supérieur Principal Zina Meddeb Technicien Supérieur Principal Sana Rajhi Secrétaire - Technicien Supérieur Principal Taher Taboubi Ouvrier Sihem Ben Fadhel Technicien Supérieur – Jusqu’à Août 2021 Samar Ben Halima Docteur en Sciences Biologique – Contrat OMS Emna Fehri Docteur en Sciences Biologique – Contrat OMS Henda Krichen Docteur en Sciences Biologique – Contrat OMS Mariem Belhaj Docteur en Sciences Biologique – Contrat OMS Wafa Chamsa Technicien Supérieur en Biologie – Contrat MSP Manel Gharbi Technicien Supérieur en Biologie – Contrat MSP Mariem ben Hamida Résident en Médecine (Janvier-Juin 2021) Eya Smaali Résident en Pharmacie (Juin-Decembre 2021) Présentation du service Le Laboratoire de Virologie Clinique assure des activités de diagnostic de routine en virologie clinique, des activités de santé publique et des activités de recherche. Les activités de diagnostic comportent des analyses de biologie médicale réalisées pour des patients, 1. la demande de leur médecin traitant. Les techniques utilisées sont sérologiques et moléculaires (recherche, dosage et/ou caractérisation des génomes viraux). Les activités de santé publique rentrent essentiellement dans le cadre des programmes internationaux d'éradication de la poliomyélite et d'élimination de la rougeole, le laboratoire étant laboratoire de référence OMS dans la région de la Méditerranée orientale pour la surveillance des poliovirus depuis 1991 et la surveillance de la rougeole depuis 2002. Il répond aussi à la demande du ministère de la santé et des directions régionales de la santé pour l'investigation virologique des hépatites virales et des maladies à allure épidémique notamment méningites virales, fièvres inexpliquées, conjonctivites virales. Depuis 2020, le laboratoire de virologie est aux avant-postes des activités en lien avec l’étude et le suivi du Covid-19 en Tunsie et dans sa région Les chiffres clés du laboratoire 2021 19631 Analyses et Tests réalisés en 2021 56064 Services réalisés dans le cadre de la surveillance du SARS-CoV2
- 108. 107 398 Services réalisésdans le cadre des activités de référence OMS pour la surveillance des poliovirus 3 Commissions Nationales et Internationales
- 109. 108 Laboratoire de Contrôledes Eaux et Denrées Alimentaires PROF. BEN AISSA Ridha Chef de Service (Professeur H.U. de Microbiologie) - COLLABORATEURS TECHNIQUES Mme BEN HAMIDA TROUDI Henda Infirmière Majore « Surveillante » Mme JEDIDI Ines Technicienne Supérieure Majore Melle Ben OMRANE Hela Technicienne Supérieure Majore Mr GHARBI Becher Technicien Supérieur Majore Mme FRAYOU Imen Technicien Supérieur Principal Melle MEGDICH Besma Technicienne Supérieure Principal Melle CHAIBI Khaoula Technicienne Supérieure Majore Mme ZERGUINI Fatma Infirmière Majore - SECRETAIRE Mme ABDELHAK ép. GHOUILA Amel - ENTRETIEN Mr CHAALIA Samir Ouvrier Mr OUNI Khaled Ouvrier RESUME Le Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires est spécialisé dans l’analyse Bactériologique des Eaux, des Aliments et dans l’étude des Bactéries entéropathogénes. Le Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires contribue aux activités de Santé Publique suivantes : • Diagnostic de l’étiologie et Prévention des maladies diarrhéiques par la recherche et l’étude des entéropathogénes. • Epidémiosurveillance des entéropathogénes par l’identification des marqueurs épidémiques des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholerae, (Centre de Référence). • Surveillance de la qualité sanitaire des eaux de boisson, de baignade et de l’environnement dans les gouvernorats de Tunis, Ben Arous, Ariana et Manouba par l’analyse bactériologique des eaux. • Surveillance de la qualité sanitaire des produits alimentaires et Prévention des Toxi-infections alimentaire par l’analyse bactériologique des produits alimentaires desservis et commercialisés dans les gouvernorats de Tunis, Ben Arous, Ariana et Manouba et/ou destinés à l’exportation. RAPPORT D’ACTIVITE – ANNEE 2021 Au cours de l’année 2021, le laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires, a poursuivi sa mission de Santé Publique regroupant les activités suivantes : • Recherche des Bactéries entéropathogènes (Tableau I) • Centre National des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholerae (Tableau IIa, IIb, IIc, IId, IIe, IIf) • Contrôle de la Qualité Bactériologique des Eaux et Denrées Alimentaires (Tableaux III, IV et V) Dans le cadre de ces activités, le Laboratoire a répertorié en qualité de Centre National des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholérae : 399 souches ont été reçu. Au niveau du Contrôle de la qualité bactériologique des Eaux et Denrées Alimentaires, le Laboratoire a poursuivi sa collaboration aux programmes du Ministère de la Santé Publique de Surveillance Sanitaire des Eaux et Consommation (eaux de distribution publique, eaux de puits) des eaux de baignade (eaux de mer, piscine …) et des denrées alimentaires (desservies dans les régions de Tunis, Ben Arous, Manouba et Ariana). Le Laboratoire répond aussi aux besoins du secteur privé (industrie agroalimentaire, importateurs et exportateurs de produits alimentaires, producteurs d’eaux minérales et bureaux d’études …). Les chiffres clés du laboratoire en 2021 2 Participation à des Jury 1 Commission Nationale et Internationale
- 110. 109 2 Diplôme soutenu 1Formation continue réalisée en Tunisie 12 876 Analyses et Tests réalisés
- 111. 110 Laboratoire de laRage Nom et Prénom Position Mariem HANDOUS Médecin Vétérinaire Sanitaire Samia Ben MAÏZ Ingénieur En Chef Jihène BEN SALEM Infirmière principale Farah BASSALAH Technicienne supérieure occasionnelle Mohamed SOLTANI Ouvrier Khaled GHOUILI Ouvrier Présentation générale du laboratoire Les activités du Laboratoire de la Rage sont les suivantes : • Activités de Biologie Clinique et de Santé Publique : les analyses de diagnostic spécialisé de la rage animale et humaine y sont assurées. Cette activité constitue une des composantes essentielles du Programme National de Lutte contre la Rage, où le Laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis constitue actuellement le seul laboratoire de référence pour le diagnostic de la rage en Tunisie. Le laboratoire participe également aux activités de la Commission Nationale de Lutte Antirabique (formations, enquêtes, consultations…). • Activités de recherche sur la rage : Les activités de recherche entreprises dans le cadre du Laboratoire de Recherche financé par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique, figurent dans le rapport des activités du Laboratoire de Microbiologie et d’Epidémiologie Vétérinaire. • Activités de contrôle • Activités de formation et d’encadrement Activités de diagnostic et de santé publique : - Durant l’année 2021 toutes les analyses pour diagnostic de la rage animale ont été effectuées au Laboratoire de la Rage de l’IPT ; par conséquent tous les cas de rage animale ont été confirmés dans notre laboratoire. De ce fait, l’analyse des résultats du diagnostic de la rage effectué à l’IPT permet d’évaluer la situation épidémiologique de cette enzootie et d’effectuer le suivi de son évolution dans le temps et dans l’espace chez les différentes espèces animales sensibles au virus. Les techniques utilisées sont les techniques de référence, recommandées par l’Organisation Mondiale de la Santé et l’Office International des Epizooties (Organisation Mondiale de la Santé Animale), à savoir l’immunofluorescence directe (IFD) et l’isolement viral par inoculation aux cultures cellulaires de neuroblastomes murins N2a, (IVCC). A. Résultats du diagnostic de la rage animale à l’I.P.T. : Tous les prélèvements d’animaux (têtes ou cadavres entiers) envoyés à notre Laboratoire pour diagnostic de rage suite à une suspicion de rage ou dans le cadre d’une surveillance épidémiologique, subissent en premier lieu, après autopsie et prélèvement des échantillons appropriés, le test d’IFD. S’ils se révèlent négatifs en IFD, les échantillons font l’objet d’une épreuve d’isolement viral sur culture cellulaire (IVCC) par recours à l’inoculation aux cultures de neuroblastomes murins N2a. Au total 935 prélèvements ont été analysés en 2021 (issus de tous les gouvernorats de la Tunisie sauf gouvernorat de Kebili), 296 se sont révélés positifs (soit 33% des prélèvements animaux ou en moyenne 1 animal révélé positif chaque jour), 604 étaient négatifs (en IFD et IVCC) et les résultats de 35 prélèvements reçus en état de putréfaction étaient non interprétables. Concernant les espèces, 190 chiens se sont révélés positifs soit 48% des prélèvements de chiens reçus et 64.2% des cas de rage animale. La deuxième espèce la plus touchée est l’espèce bovine (42 bovins positifs) suivie de l’espèce équine (28 équins positifs). Durant le deuxième semestre 2021, 22 prélèvements issus de chiens errants ont été reçus dont 17 se sont avérés positifs dont 3 au gouvernorat de Ben arous, 2 au gouvernorat de l’Ariana, 2 au gouvernorat de Tunis, 2 au gouvernorat de Manouba et 2 au gouvernorat de Gabes. La carte de répartition des cas de rage animale enregistrés en 2021 est représentée dans la Figure n°1. Les gouvernorats comptant le plus grand nombre de cas de rage animale sont Ariana (34 cas), Manouba (27 cas), Mahdia (26 cas) et Jendouba (25 cas). Les gouvernorats qui n’ont pas compté de cas de rage animale sont Tozeur et Tataouine.
- 112. 111 La figure n°2représente l’évolution mensuelle des cas de rage animale pour l’année 2021 Figure n°1 : Répartition Géographique des gouvernorats comptant des cas de rage animale enregistrés en Tunisie durant l’année 2021 Figure n°2 : Evolution mensuelle des cas de rage animale enregistrés en Tunisie durant l’année 2021 B. Résultats du diagnostic de la rage chez l’Homme à l’I.P.T. : Le diagnostic de la rage chez l’Homme en Tunisie étant exclusivement réalisé dans notre Laboratoire, toutes les suspicions de rage établies par les différents services hospitaliers sont suivies d’envoi d’échantillons appropriés (matière cérébrale pour le diagnostic en post-mortem et LCR, appositions cornéennes et salive pour le diagnostic en intra-vitam). Les autopsies sont réalisées par les services de Médecine Légale Régionaux et les prélèvements en intra-vitam sont réalisés par les services médicaux des hôpitaux où ont été hospitalisés les patients ayant fait l’objet d’une suspicion de rage. Les échantillons biologiques sont adressés à l’Institut Pasteur de Tunis et sont analysés pour confirmer ou infirmer l’étiologie rabique. Les techniques utilisées sont les techniques de référence, recommandées par l’OMS, à savoir l’immunofluorescence directe, l’isolement viral sur culture cellulaire et le titrage des anticorps neutralisants.
- 113. 112 Durant l’année 2021,sept (07) prélèvements pour diagnostic de rage humaine (deux en intra-vitam et cinq en post- mortem) ont été reçus dont 2 négatifs. Le nombre de cas de rage humaine en 2021 est de cinq cas. Le premier cas date du 15/03/2021, répertorié à Om lagsab, gouvernorat de Gafsa chez un enfant de 13 ans ayant été mordu par un chien errant au mois de février 2021 sans recours au traitement. Le chien n’a pas été reçu pour diagnostic. L’enfant a présenté une détresse neurologique, un changement de comportement, une dysphagie, de l’hypersalivation et de l’hydrophobie. Le cas a été confirmé positif par le laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis le 15/03/2021. La mort est survenue 16 jours après l’apparition des symptômes. Le deuxième cas date du 18/03/2021, répertorié à Monastir ville, chez une femme de 60 ans ayant été en contact avec un chat errant sans recours au traitement. Le chat n’a pas été reçu pour diagnostic. Cette femme a présenté une dyspnée, de l’hypersalivation, de l’agitaton, une dysphagie et de l’insomnie avec sonophobie. Le cas a été confirmé positif par le laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis le 18/03/2021. La mort est survenue 10 jours après l’apparition des symptômes. Le troisième cas date du 03/05/2021, répertorié à El alia, gouvernorat de Bizerte chez un homme de 44 ans ayant été en contact probablement avec un chien errant sans recours au traitement. Cet homme a présenté une sciatalgie, de l’hypersalivation, de l’hydrophobie et des troubles anxieux. Le cas a été confirmé positif par le laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis le 03/05/2021. La mort est survenue 10 jours après l’apparition des symptômes. Le quatrième cas date du 20/05/2021, répertorié à Gargour, gouvernorat de Sfax chez un homme de 76 ans ayant été en mordu par un chien errant sans recours au traitement. Cet homme a présenté une dyspnée et une dysphagie. Le cas a été confirmé positif par le laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis le 20/05/2021. Le cinquième cas date du 25/06/2021, répertorié à Mhamdia, gouvernorat de Ben arous chez un enfant de 10 ans ayant été mordu par un chien errant sans recours au traitement. Cet enfant a présenté des douleurs au niveau de la gorge, une détresse neurologique avec agitation, confusion, fièvre et hydrophobie. Le cas a été confirmé positif par le laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis le 25/06/2021. La mort est survenue 19 jours après l’apparition des symptômes. Nous réitérions que la rage est une maladie à déclaration obligatoire et qu’il est impératif d’effectuer une autopsie et d’envoyer les prélèvements d’hippocampe, de moelle allongée, de cervelet et de cortex cérébral au laboratoire pour le diagnostic de certitude en cas de mort du patient suspect de rage et d’envoyer les prélèvements de salive (au moins 3 prélèvements à 4 heures d’intervalles), de LCR et d’apposition cornéenne en cas de suspicion de rage en intra-vitam. Sérologie : En 2021, le Laboratoire de la Rage de l’IPT a été reconnu par la Commission Européenne comme laboratoire agréé à réaliser les titrages d’anticorps neutralisants antirabiques pour les animaux voyageant à l’étranger. 812 prélèvements ont été analysés du 08/04/2021 au 31/12/2021. Activités de contrôle : Dans le cadre de la collaboration avec le Service des Vaccinations anti-rabiques et internationales, un contrôle systématique de la réponse en anticorps neutralisants chez les personnes vaccinées en préventif (personnel des laboratoires de l’IPT exposés à la rage et qui sont pris en charge par le Service des Vaccinations antirabique et internationale de l’IPT) est effectué, ainsi que pour certains cas particuliers pris en charge pour un traitement antirabique en post-exposition. Ces contrôles sont effectués par des titrages des anticorps neutralisants en utilisant la technique de séro-neutralisation sur cellules (RFFIT). Au total 88 sérums ont été titrés par la technique RFFIT en 2021. Le virus CVS produit sur souris est produit au laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis. 01 tube a été remis pour l’unité de production de l’Institut Pasteur de Tunis et 50 tubes pour le Laboratoire National de Contrôle des Médicaments. Activités de formation et d’encadrement : - Une étude sur la séroépidémiologique de la rage chez les chiens en Tunisie est en cours. - Dix étudiants de l’Ecole Nationale de Médecine Vétérinaire ont été reçus pour un stage de courte durée pour initiation aux techniques de diagnostic de la rage. - Encadrement d’un PFE portant sur le titrage des anticorps antirabiques chez des chiens du terrain au gouvernorat de Kairouan, effectué par Mme Amani BEN AICHA, étudiante à l’ISSBAT.
- 114. 113 Articles publiés : 1.Bouslama Z, Kharmachi H, Basdouri N, Ben Salem J, Ben Maiez S, Handous M, Saadi M, Ghram A, Turki I. Molecular Epidemiology of Rabies in Wild Canidae in Tunisia. Viruses. 2021 Dec 10;13(12):2473. doi: 10.3390/v13122473. PMID: 34960742; PMCID: PMC8703460. Conférence : 1. Une conférence sur l’importance du laboratoire pour le diagnostic de la rage a été donnée le 02/10/2021 dans le cadre d’une journée One health à l’Ecole Nationale de Médecine Vétérinaire de Sidi thabet. Workshop : Un workshop régional sur l’épidémiosurveillance de la rage et la vaccination antirabique des chiens a été organisé en ligne du 16 au 17 février 2021 par le Laboratoire de la Rage de l'Institut Pasteur de Tunis et le Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de l'ANSES-Nancy. Il a réuni 55 participants venant de plus de 15 pays de 4 continents pour discuter de la surveillance de la rage et de la vaccination des chiens. Cet événement a réuni des représentants de l'OIE, de l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS), de l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) et du Global Alliance for Rabies Control (GARC) ainsi que des experts internationaux. Remarque : Le laboratoire de la Rage est le seul laboratoire national de référence en Tunisie et ne compte aucun technicien titulaire. Le manque important de personnel pourrait affecter les activités du laboratoire et empêcher son évolution à l’avenir. Les chiffres clés du laboratoire en 2021 935 analyses pour le diagnostic de la rage animale dont 296 positifs 812 analyses pour sérologie antirabique 05 cas clinique de rage humaine 88 sérums humains titrés 1 Publication 1 conférence 1 Evènement scientifique 1 Diplôme
- 115. 114 Laboratoire des ToxinesAlimentaires Responsable du laboratoire : KHARRAT Riadh Titre : Biologiste Principal Téléphone : 71 783 022 Télécopie : 71 791 833 Email : riadh.kharrat@pasteur.rns.tn 1-COMPOSITION DE L’EQUIPE Personnel scientifique Marrouchi Riadh biologiste adjoint Rym fessi Mobidoc Personnel technique : Dziri faten : Surveillante du laboratoire Mohamed Kamel Ferchichi : Personnels ouvriers : Houki hassen Houki hassen 1. DIAGNOSTIC ET SANTE PUBLIQUE Contrôle de la qualité et de la salubrité des coquillages afin de permettre aux conchyliculteurs l'écoulement de leurs marchandises sur le marché tunisien avec une garantie d'absence de biotoxines ..Trois groupes de phycotoxines sont contrôlés. ; liposolubles. , paralysantes et amnésiantes Méthode de référence d’analyse Le dépistage sur souris des toxines liposolubles à partir des glandes digestives de coquillages sont effectués selon la méthode d’analyse dite de Yasumoto et al. 1984 modifiée, reconnue au plan international. Les coquillages sont considérés contaminés si on observe, sur une période de 24 heures, la mort d'au moins deux souris sur les trois inoculées avec des extraits de glandes digestives (ou de chair totale) des échantillons à tester. Ceci signe la présence, dans des proportions supérieures aux limites fixées, d’une ou de plusieurs toxines (acideokadaïque, dinophysistoxines, pecténotoxines, yessotoxines et azaspiracides). La méthode de référence pour l’analyse des phycotoxines paralysantes est un bio-essai sur souris selon la méthode validée par l’AOAC (Association of Official Analytical Chemist) référencée 959-08 (AOAC, 1990).Les coquillages sont considérés impropres à la consommation lorsque l’échantillon analysé contient plus de 80 μg équivalent saxitoxine pour 100 g de chair totale La méthode d’analyse des phycotoxines amnésiantes est une analyse chimique en chromatographie liquide haute performance couplée à une détection par UV. Un résultat est considéré comme positif lorsque l’échantillon contient plus de 20 μg d’acide domoïque/g de chair. 2. RESUMES DES RESULTATS DE RECHERCHE OBTENUS LORS DE L’ANNEE Les thèmes de recherche peuvent être regroupés sous deux thématiques : - Biotoxines et Molécules et cibles thérapeutiques extraits à partir d’algues marines et de poisson venimeux - Biomolécules d’intérêt thérapeutique, diagnostique et développement biotechnologique • Molécules et cibles thérapeutiques extraits à partir d’algues marines • Phycotoxines produites par des micro-organismes Le Laboratoire des Toxines alimentaires de l’Institut Pasteur de Tunis (IPT) étudie depuis quelques années l'impact potentiel des toxines phytoplanctoniques et fongiques d'origine marine au niveau des parcs conchylicoles de la lagune de Bizerte (Tunisie). Cette lagune a une production estimée à 2.000 tonnes d’huîtres et de moules par an, avec une importance économique considérable pour la région. De même, la France est un pays européen pour lequel la production conchylicole représente une force économique non négligeable et qui bénéficie d’un dispositif sanitaire performant mis en place depuis 1984 pour le suivi des contaminations par toxines phytoplanctoniques. Cependant, d’autres composés que ces phycotoxines peuvent être à l’origine de la toxicité des coquillages comme cela est régulièrement observé en France et en Tunisie. De plus, ces dernières années, les responsables de certains parcs de la lagune de Bizerte constatent une croissance plus faible et une mortalité plus importante des coquillages. Les analyses effectuées sur des prélèvements de zones touchées ont prouvé, notamment, l’absence de phytoplancton toxique, de bactéries toxinogènes, de phycotoxines et de contaminants chimiques (métaux lourds, hydrocarbures …). Nos résultats révèlent que les épisodes de toxicité sont associés à la présence de champignons microscopiques marins (Fusarium sp., Aspergillus sp. et Trichoderma sp.). De plus, grâce à des méthodes de séparation chromatographique et de spectrométrie de masse, la présence de sphinganine-C17 (C17-SAMT, pour C17 Sphinganine Analogue MycoToxin), une mycotoxine de faible masse moléculaire, a été détectée dans la fraction toxique des coquillages. La C17-SAMT provoque principalement, chez la souris in vivo, des effets sur le système neuromusculaire, sur le muscle cardiaque .A partir de ces éléments, l’hypothèse de l’implication des micro-
- 116. 115 mycètes dans cesphénomènes de toxicité a été proposée et a conduit à une large collaboration avec le laboratoire de valérie fessard ANSES - Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail.en FRANCE Ce projet a pour but de contribuer à l’évaluation du processus de contamination par cest oxines émergentes • Potentiel cytotoxique et génotoxique de la C17-sphinganine analogue mycotoxine C17-SAMT Le potentiel cytotoxique et génotoxique de la C17-sphinganine analogue mycotoxine C17-SAMT a été étudié. Les résultats obtenus confirment l’existence d’un potentiel cytotoxique à travers le comptage au bleu trypan et les indicateurs de toxicité RICC et RPD. Encore, un potentiel génotoxique est mis en évidence par la formation des micronoyaux dans des cellules TK6 et le blocage de la mitose dans des cellules HepaRG non différenciées. La C17-SAMT provoque aussi une cassure de double brin d’ADN, d’où la nature aneugène et clastogène de la toxine. L’évaluation de la toxicité subaiguë sur différents organes chez les souris est en cours. Au cours de ce dernier semestre, nous avons mené une étude qui vise à évaluer la toxicité subaiguë de la C17- SAMT par administration orale répétée pendant 28 jours. Les résultats ont montré un effet dose-dépendant de la toxine sur les différents paramètres mesurés. Les taux de l’Aspartate transaminases ASAT ont augmenté significativement dans les 3 groupes traités. Pour le groupe satellite l’augmentation n’est pas significative. Les mêmes résultats pour l’ALAT. Quant à la créatinine, des taux de 2,37±0,26 mg/L chez les souris de groupe 1 ; 2,10±0,02 mg/L chez les souris de groupe 2 et 2,02±0,01 mg/L chez les souris du groupe 3 sont enregistrés. Alors que nous avons enregistré une augmentation significative chez le groupe satellite avec une teneur en créatinine de 3,56±0,67 mg/L. Ceci suggère que la détoxification chez les souris se fait probablement par voie rénale. D’autre part, le taux du lactate déshydrogénase LDH a augmenté significativement de 1034±24,04 U/L chez le groupe témoin à 4143,25±554,02 U/L chez le groupe 1 en dépassant les valeurs usuelles pour les souris (1105- 3993 U/L) ; 3128,75±253,84 U/L chez le groupe 2 et 1865±185,28 U/L chez le groupe 3 qui est une augmentation significative mais qui reste dans la plage des valeurs usuelles. Par contre, chez le groupe satellite une teneur en LDH de 5944±678,82 U/L est enregistrée. Un taux élevé de LDH peut être observé lorsqu’un grand nombre de globules rouges se brisent (anémie hémolytique ou pernicieuse) ou en présence d’infections sévères (mononucléose, méningite, encéphalites, VIH), de septicémie, de maladies. Pour l’étude histopathologique, nous avons enregistré un effet dose dépendant chez les groupes traités. Les principaux effets décelés sont : atrophie et nécrose myocardique poussée, nécrose, congestion et infiltrat macrophages pulmonaire, légère inflammation, atrophie des glomérules, agglomération des noyaux au niveau des reins. 2) Envenimation par les poissons sur les côtes tunisiennes : Identification et caractérisation des toxines purifiées à partir du venin de la petite vive ̏ Trachinus vipera˝ pour la mise au point d’un sérum immunothérapeutique. Projet MOBIDOC Post-Doc : DEVELOPPÉ PAR RYM FESSI Mots clés : Envenimations, Trachinus, toxines, purification, électrophysiologie, toxicité, sérum, immunothérapie, récepteurs nicotiniques. Notre équipe s’est récemment orientée vers la purification, l’identification et la caractérisation des nouvelles molécules toxiques issues du venin des poissons Trachinus vipera. Nos travaux déjà entrepris sont confortés par nos résultats préliminaires mais prometteurs qui ont concerné le criblage du dialysat du venin total dénotant la présence d’une fraction neurotoxique du venin de poisson Trachinus vipera testée sur des souris par voie intracérébroventriculaire (i.c.v). De plus, les études électrophysiologiques menées sur des ovocytes de xénope présentant à leur surface membranaires des récepteurs nicotiniques (nAChR) de l’acétylcholine de Torpille de type musculaire [(α1)2βγδ)] montrent que la fraction active du dialysat du venin bloque ces récepteurs. L’ensemble de ces résultats encourageant sera affiné dans le cadre de ce projet MOBIDOC Post-Doc par (i) l’identification et la caractérisation des molécules responsables de la toxicité du venin via des études biochimique et pharmacologique et (ii) le développement d’un traitement à base d’anticorps polyclonaux qui pourrait constituer une alternative potentielle pour une meilleure prise en charge thérapeutique contre l’envenimation du poisson Trachinus vipera. Encadrement : • Thèse Zeineb MARZOUGUI, 3éme année de thèse en sciences halieutiques à l’INAT. Sujet : Evaluation du risque pour l'homme lié à la présence de mycotoxines dans les mollusques bivalves en culture dans la lagune de Bizerte. • PFE ingénieur Souhir KHIARI, 5ème année cycle ingénieur, spécialité Génie Biologique à l’ULT. Sujet : Etude des propriétés toxicologiques de la gymnodimine : effets sur l’appareil digestif de la souris. Les chiffres clés du laboratoire en 2021
- 117. 116 2 Diplômes encours Laboratoire de Parasitologie-Mycologie Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Bouratbine Aïda Professeur hospitalo-Universitaire : Chef de Service LR 11-IPT-06 Aoun Karim Professeur hospitalo-Universitaire LR 11-IPT-06 Siala Emna Professeur hospitalo-Universitaire LR 11-IPT-06 Ben Abdallah Rym Professeur hospitalo-Universitaire LR 11-IPT-06 Zribi-Saadi Lilia Vétérinaire Biologiste LR 11-IPT-06 Zallaga Najette Infirmière principale (Surveillante) Souissi olfa Technicienne supérieure Maatoug Rania Technicienne supérieure Boulahmi Nada Technicienne supérieure Ghazouani Habib Ouvrier INTRODUCTION / OBJECTIFS Le Service de Parasitologie-Mycologie est un laboratoire hospitalo-universitaire spécialisé en Parasitologie- Mycologie qui a des activités de diagnostic biologique et d’encadrement. Il est également le laboratoire de référence national pour le paludisme et travaille en étroite collaboration avec certaines directions du ministère de la santé publique (DSSB, DHMPE, DMSU) dans le cadre de programmes nationaux de contrôle des maladies parasitaires en Tunisie (Paludisme, bilharziose et leishmaniose). Il reçoit des prélèvements du secteur privé (médecins et vétérinaires de libre pratique) mais également du secteur public (hôpitaux universitaires et régionaux, CRDA). A coté de l’activité de diagnostic biologique, l’encadrement est l’une des missions principales du service. Elle consiste en l’initiation à la parasitologie, l’acquisition de techniques parasitologiques et au perfectionnement en biologie de stagiaires originaires de diverses structures universitaires. En particulier, le service de Parasitologie-Mycologie encadre régulièrement chaque année des résidents en Médecine et en pharmacie. Il encadre également des étudiants en 3ème année Médecine et des étudiants en biologie de l’Ecole Supérieure des Sciences et techniques de la Santé de Tunis. Il est organisé en 5 sous unités :
- 118. 117 1- Unité dediagnostic parasitologique direct : Cette unité assure dans son activité routinière la recherche de parasite dans les selles (coprologie parasitaire), dans les urines, le sang (hématozoires), la peau et et la moelle osseuse (leishmanies). Il s’agit essentiellement d’examens microscopiques (directs ou après concentration et/ou coloration), de cultures de parasites (sur milieux spécifiques in vitro) et de tests rapides (paludisme). 2- Unité de Mycologie : Cette unité assure dans son activité routinière la recherche des champignons et des ectoparasites dans les prélèvements de la peau et des phanères. 3- Unité de Sérologie : Cette unité assure dans son activité routinière les examens de sérologie parasitaire. Il s’agit essentiellement de sérologies toxoplasmiques mais également de sérologies à la recherche d’anticorps anti- hydatique, anti-leishmaniens (chez l’homme et le chien), anti-plasmodium, anti-aspergillaires, anti Toxocara canis ou anti-amibiens. 4- Unité de Biologie moléculaire : La PCR quantitative est actuellement pratiquée dans le diagnostic anténatal de la toxoplasmose congénitale et le diagnostic de la leishmaniose viscérale et cutanée. Les techniques moléculaires de diagnostic d’Entamoeba histolytica, d’Entamoeba dispar, des microsporidies, des cryptosporidies et des 3 espèces de leishmanies présentes en Tunisie sont également entreprises en pratique courante. La PCR quantitative est également pratiquée pour le diagnostic de la leishmaniose canine. 5- Unité de recherche de parasites dans les eaux usées traitées : Elle assure la recherche des œufs d’helminthes dans les eaux usées traitées. Parmi les points forts du laboratoire on cite : Le diagnostic de la toxoplasmose materno-fœtale, des leishmanioses humaines et canine, du paludisme, des parasitoses digestives et des mycoses superficielles. En effet, le laboratoire propose de nombreux tests sérologiques et moléculaire permettant de diagnostiquer et de dater une toxoplasmose maternelle (ELISA IgG, ELISA IgM, Avidité IgG) et de faire le diagnostic d’une toxoplasmose congénitale en période anténatale (PCR) et/ou en période néonatale et postnatale (ISAGA IgM, profils comparés mère-enfant en WB). Pour la leishmaniose cutanée, le laboratoire propose des tests classiques (prélèvement, examen direct et culture) et des tests moléculaires (PCR quantitative, PCR-RFLP et PCR-séquençage). Une prise en charge personnalisée de la leishmaniose canine est proposée par un vétérinaire biologiste. Le diagnostic biologique du paludisme repose sur un panel de tests rapide et classiques. Le diagnostic des parasitoses digestives repose sur des techniques classiques mais également sur des techniques moléculaires pour l'identification des espèces. Enfin, pour les mycoses superficielles et les leishmanioses cutanées les prélèvements sont effectués par un personnel expérimenté et formé à ces taches. REALISATIONS DANS LE CADRE DES ACTIVITES DE DIAGNOSTIC : Les réalisations entreprises dans le cadre des différentes unités sont rapportés par les tableaux ci-dessous. 1- Unité de diagnostic parasitologique direct : Nombre d’analyses/an 2017 2018 2019 2020 2021 Recherche de parasites dans les selles (payants) 1399 1413 1474 1073 1189 B50 Recherche de parasites dans les selles (convention) 449 500 598 380 446 B25 Scotch test anal 22 22 27 20 11 B10 Examens parasitologiques des urines 702 745 994 726 943 B15 Recherche d’hématozoaires (Plasmodium) par goutte épaisse 901 892 1141 765 974 B30 Recherche d’hématozoaires (Plasmodium):par test rapide 182 117 771 765 974 B40 Recherche des leishmanies par examen direct et culture (leishmaniose cutanée) 115 119 197 88 63 B70 2- Unité de Mycologie : Nombre d’analyses/an 2017 2018 2019 2020 2021 Prélèvements mycologiques 450 257 527 290 332 B70 Scotch test cutané 48 22 52 22 11 B10 Recherche d’ectoparasites 34 14 46 22 39 B50 Activité de contrôle mycologique 16 15 09 06 09 B70 3- Unité de Sérologie : Nombre d’analyses/an 2017 2018 2019 2020 2021 Toxoplasmose : recherche d’IgG + IgM 1417 1120 1177 1157 961 B120 Toxoplasmose : avidité des IgG 47 45 39 41 40 B120 Toxoplasmose : profils comparés par western blot 83 32 56 38 39 B300 Leishmaniose viscérale : sérologie 40 49 44 26 22 B60 Leishmaniose canine : sérologie 410 456 706 768 862 B60 Kyste hydatique : sérologie 138 102 119 65 73 B80
- 119. 118 Aspergillose : sérologie72 66 67 21 - B120 Amibiase : sérologie 03 04 4 05 - B60 Larva migrans : sérologie 47 44 48 52 60 B120 Paludisme : sérologie 01 04 - - - B120 Sous traitance (Cerba) Bilharziose, anguillulose, distomatose, ascaridiase, filariose 45 39 12 09 10 4- Unité de Biologie moléculaire : Nombre d’analyses/an 2017 2018 2019 2020 2021 B Recherche d’ADN toxoplasmique dans le liquide amniotique 36 31 33 23 13 B400 Recherche d’ADN toxoplasmique dans le sang + LCR - - 4 03 5 B400 Recherche d’ADN de Leishmania par PCR (LV + LC) 56 49 91 33 25 B400 Recherche d’ADN de Leishmania par PCR (L canine) 32 31 54 72 38 B400 identification moléculaire des espèces E. histolytica/E.dispar 1 2 02 02 3 B400 identification moléculaire des espèces de microsporidies - - - - - B400 identification moléculaire des espèces de cryptosporidies - - - - - B400 5- Unité de recherche de parasites dans l’eau : Nombre d’analyses/an 2017 2018 2019 2020 2021 B Analyse parasitologique des eaux usées 08 0 0 0 0 B50 ACTIVITES D’ENCADREMENT ET DE FORMATION : Le service de Parasitologie-Mycologie encadre régulièrement chaque année des résidents en Médecine et en pharmacie (6 par semestre). Il encadre également des étudiants en 3ème année Médecine et des étudiants en biologie de l’Ecole Supérieure des Sciences et techniques de la Santé de Tunis. Les chiffres clés du laboratoire en 2021 7132 Analyses effectuées
- 120. 119 Laboratoire d’Epidémiologie Médicale Prénom,Nom Position Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Jihène Bettaieb Maître de conférences Agrégé Hospitalo-Universitaire Chef de service LTCII Ghassen Kharroubi Assistant hospitalo-Universitaire LTCII Wissem Ghawar Biologiste adjoint LTCII Aicha Boukthir Technicien Sup Major Surveillant LTCII Nebil Bel Haj Hmida Technicien Sup Major LTCII Amor El Arbi Baccouche Infirmier LTCII Adel Gharbi Technicien LTCII Mongi Dellagi Technicien contractuel LTCII Mohamed Ali Snoussi Technicien Vétérinaire Principal LTCII Sana Chaâbène Ingénieur contractuel LTCII Rihab Yazidi Ingénieur contractuel LTCII Hayet Mhenni Gestionnaire contractuelle LTCII Sadok Salem Technicien supérieur contractuel LTCII Oumayma Kourache Technicien supérieur contractuel LTCII Imen Darragi Technicien supérieur contractuel LTCII Inès Chérif Résidente en médecine LTCII Moncef Louhichi Ouvrier contractuel LTCII 1. LES ACTIVITES DE RECHERCHE MENÉES AU SEIN DU SERVICE Le service d’Epidémiologie Médicale à l’Institut Pasteur de Tunis est une structure hospitalo-universitaire qui assure les activités suivantes : i) Participation à l’amélioration des connaissances sur le profil épidémiologique des maladies transmissibles prioritaires en Tunisie par la réalisation d'études épidémiologiques populationnelles dans le but de proposer des mesures de contrôle et de prévention efficaces et appropriées. ii) Renforcement du système national de surveillance épidémiologique par le développement et la mise en place des systèmes d’alerte précoce pour la gestion des maladies transmissibles à potentiel épidémique. iii) Promotion des bonnes pratiques, cliniques et de laboratoires dans la recherche biomédicale et en épidémiologie du terrain par la formation universitaire et post-universitaire aux niveaux régional, national, et international. Nos principales activités concernent : A. Les systèmes de surveillance épidémiologique L'équipe d’Epidémiologie participe à l'élaboration et la mise en place des nouveaux systèmes de surveillance et de veille sanitaire qui incorpore en plus des données temporelles sur les maladies (essentiellement celles à déclaration obligatoire, les maladies émergentes et ré-émergentes et les maladies à potentiel épidémique), des informations démographiques, écologiques et géographiques superposées dans des cartes électroniques à plusieurs couches. Ces outils permettraient la modernisation et l'amélioration de la performance des systèmes d'informations sanitaires actuels pour une meilleure gestion des risques sanitaires B. La grippe Un projet intitulé "Renforcement du système de la surveillance de la grippe en Tunisie", financé par le CDC d’Atlanta, USA a été mis en place en 2014. Ce projet vise à améliorer les performances du système de surveillance sentinelle et d'accompagner l'implémentation et l'utilisation de l'application IMS (Information management System) par les différents acteurs impliqués dans la surveillance de la grippe afin de garantir la pérennité du système de
- 121. 120 surveillance. Ainsi lesobjectifs, les composantes et l'organisation du dispositif national de surveillance de la grippe ont été révisés afin de renforcer ses capacités, en utilisant des méthodologies et des procédures normalisées. Ce nouveau système de la surveillance de la grippe en Tunisie a pour objectifs de: 1. Suivre la tendance de l’infection grippale dans le temps et dans l’espace en Tunisie. 2. Détecter les épidémies saisonnières à leurs débuts. 3. Décrire l’épidémie de grippe dans le temps (= établir la courbe épidémique) et pour différents groupes d’âge et identifier, éventuellement, les sous-groupes de population à risque. 4. Evaluer la sévérité et l’impact de l’épidémie dans la population : sur les hospitalisations et les décès en Tunisie par la mise en place des sites de surveillance SARI:" severe acute respiratory infection". 5. Identifier les virus circulants et leurs principales caractéristiques. 6. Détecter précocement les changements dans les virus de la grippe et l’apparition des nouveaux variants ou sous-types de virus grippal. 7. Détecter des virus respiratoires émergeants Par ailleurs dans ce contexte, une étude d’évaluation des performances techniques de l’ancien système de surveillance a été conduite et a couvert la période 2012-2015. L’évaluation a couvert la structure, l’organisation, le processus et les produits du système de surveillance et de riposte et devra pouvoir implémenter les mesures correctives permettant d’atteindre les objectifs fixés. Cette étude, dont les résultats ont été publiés dans la revue BMC Public Health, a permis d’identifier les priorités pour l'amélioration du système de surveillance et a fourni des indicateurs de référence pour des futures évaluations. Au début de la saison grippale 2021-2022, une nouvelle version de l’application informatique (implémentée depuis 2019) a été mise en place tout en améliorant deux composantes principales : le contrôle qualité et le reporting. Cette même saison a été caractérisée par l’implémentation de la surveillance intégrée COVID-19/grippe selon les recommandations de l’OMS. C. Le vaccin de la grippe saisonnière La vaccination antigrippale est considérée comme le moyen le plus efficace pour prévenir la grippe saisonnière et limiter ses complications. De ce fait, l’OMS recommande la vaccination antigrippale à certains groupes cibles dont les professionnels de santé, qui de par la nature de leur métier ont un risque important de contracter la grippe et de la transmettre à leurs patients. Les personnes âgées et les femmes enceintes représentent aussi des groupes prioritaires pour recevoir le vaccin contre la grippe. En dépit de ces recommandations, un faible taux d’adhésion au vaccin antigrippal a été observé chez les groupes cibles de la vaccination dans divers pays, notamment la Tunisie. Dans cette activité menée en étroite collaboration avec l’ONMNE, on s’intéresse à comprendre ces réticences afin d’essayer d’y pallier en mettant en œuvre les mesures de sensibilisation adéquates. Plus précisément, à travers des enquêtes descriptives transversales se basant sur une approche mixte (quantitative et qualitative), on visait à: - Estimer la couverture vaccinale contre la grippe saisonnière auprès des trois groupes cibles de la vaccination antigrippale:(Femmes enceintes, Professionnels de la santé, Patients âgés (≥65 ans) et atteints de maladies chroniques) • Identifier et décrire les obstacles à la vaccination antigrippale, en étudiant les connaissances, les attitudes et les pratiques des groupes cibles envers le vaccin contre la grippe saisonnière Au total, 1231 personnels de santé, 1191 sujets âgés et 1157 femmes enceintes ont été inclus dans l’étude. Ils étaient sélectionnés selon un échantillonnage stratifié à plusieurs degrés auto-pondéré parmi les consultants et les travailleurs de la santé des structures publiques de santé suivantes : centres de santé de base, hôpitaux régionaux et hôpitaux de circonscriptions. Les résultats ont révélé une faible couverture vaccinale contre la grippe, pour la saison grippale 2018-2019, chez les trois groupes cibles : • Femmes enceintes: 4,4% (IC : à 95% [3,3-5,7]) • Professionnels de la santé : 15,3% (IC : à 95% [13,3-17,2]) • Patients âgés et atteints de maladies chroniques : 19,4% (IC : à 95% [14,1-21,9]) Les résultats de deux études auprès du personnel de santé, les sujets âgés ont été publiés respectivement dans les revues BMC Public Health, BMC Geriatrics. La soumission de l’article concernant les femmes enceintes est en cours. D. La pandémie COVID-19 : Dans le cadre du Programme R&I COVID-19 (Période 2020-2021) subventionné par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique, notre équipe a mené une enquête qui visait à évaluer l’impact à court terme sur la santé mentale des mesures de quarantaine institutionnelle imposées dans le cadre de la riposte à l’épidémie de la Covid-19 en Tunisie. Il s’agissait d’une étude transversale par entretien téléphonique auprès d’un échantillon de convenance. Au total, 506 individus ont été inclus dans cette étude. La majorité des participants (96,2%) étaient des voyageurs et 83,4% avaient passé toute la période de quarantaine (14 jours) dans des centres de quarantaine. L’analyse statistique des données a révélé que parmi les participants, 38,3 % avaient présenté des symptômes d'anxiété et/ou de dépression (anxiété : 15,4 % ; dépression : 37,4 %) et 19,2 % avaient une insomnie clinique.
- 122. 121 L’analyse multivariée arévélé que la prévalence des symptômes anxieux et/ou dépressifs et de l'insomnie était plus élevée chez les femmes, les participants ayant consacré trois heures ou plus par jours pour se renseigner sur l'actualité liée au COVID-19, ceux qui ont eu des difficultés économiques dues à la pandémie de COVID-19, ceux qui n'étaient pas satisfaites des conditions d'hébergement dans les centres de quarantaine et ceux qui étaient victimes de stigmatisation. De plus, la survenue de symptômes dépressifs ou anxieux était plus élevée chez les jeunes adultes, les étudiants et parmi les participants qui avaient peur de contracter l'infection au COVID-19 dans les centres de quarantaine. L'insomnie clinique était également plus fréquente chez les participants qui avaient passé une plus longue période dans les centres de quarantaine. Les résultats de l’étude ont été publié dans la revue « The Pan African Medical Journal ». L’équipe d’épidémiologie en coordination avec l’ONMNE et les DR de santé a également contribué à l’effort national de lutte contre le SARS-CoV-2 par la mise en place d’enquêtes transversales visant la mesure de la diffusion du SARS-CoV-2 dans la population générale et parmi le personnel de santé. Pour cette fin, une étude séro- épidémiologique transversale de porte à porte dans deux zones d’incidences différentes (Hotspot et faible incidence) de la ville de Tunis a été menée vers la fin de la deuxième vague en Mars 2021. L’étude s’est basée sur un échantillon de la population générale tiré au sort par sondage en grappe à l’échelle des quartiers et elle était constituée par l’ensemble des membres des foyers sélectionnés qui n’étaient pas encore vaccinés contre la COVID-19. Pour chaque participant un questionnaire a été administré et un prélèvement de sang a été effectué pour analyse sérologique avec la technique ELISA. Au total, 1676 individus ont été inclus appartenant à 431 foyers. La séroprévalence pondérée des anticorps IgG anti-N et/ou anti-S-RBD était estimée à 38,8% [34,6-41,5] à l’issue de la 2ième vague et avant la vaccination en masse en Tunisie. Le draft de l’article est en cours de préparation. Pour le personnel de santé, une étude séro-épidémiologique transversale exhaustive parmi le personnel de l’IPT a été menée à l’issue de la 2ième vague épidémique et avant la vaccination en masse des agents de santé contre la COVID-19 en Tunisie (Mars 2021). L’ensemble des agents de l’IPT travaillant de façon permanente ou temporaire non encore vaccinés contre la COVID-19 étaient invités à participer à l’étude. Au total, 428 participants étaient inclus dans l’étude. La séroprévalence des anticorps IgG anti-N et/ou anti-S-RBD était estimée à 32,9% [28,7-37,4]. L’incidence cumulée de l’infection au SARS-CoV-2 (sérologie et/ou test RT-PCR antérieur positifs) était de 40,0% [35,5-44,9]. Le draft de l’article est en cours de préparation. E. L’histoire naturelle de l’infection par les parasites Leishmania dans des foyers mixtes et émergents de Leishmaniose Cutanée du sud de la Tunisie La caractérisation des manifestations cliniques des parasites Leishmania et l’incrimination des réservoirs et des vecteurs impliqués dans le cycle de transmission dans des foyers émergents et mixtes de leishmaniose cutanée (Leishmania (L.) major et L. killicki (syn. tropica) dans le sud de la Tunisie (Tataouine). Cette activité se déroule dans le cadre d’un projet financé par le centre d’investigation clinique (CIC) de l’IPT intitulé «Maladies transmissible : histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement ». Ce projet a une structure matricielle comportant 4 volets scientifiques : • 1er volet : humain (l'hôte humain). • 2ième volet : rongeurs réservoirs suspects (C. gundi, Meriones spp. et Jaculus spp.). • 3ième volet : entomologique, vecteurs (P. papatasi, P. sergenti, ...). • 4ième volet : les différents éléments du cycle de transmission (homme, rongeurs, vecteurs) Plus précisément, ce projet vise à : 1. Décrire le profil épidémiologique et les manifestations cliniques des formes de la LC chez les humains par détection active des cas et isolement des parasites à partir des lésions pour un typage iso-enzymatique et moléculaire; 2. Estimer la prévalence de l'infection chez les réservoirs suspects (C. gundi); 3. Estimer le taux d’infection de la population phlébotomienne et étudier ses variations dans le temps par une étude entomologique ; 4. Analyser génétiquement les souches isolées à partir des différents éléments du cycle (humains, vecteurs et hôtes réservoirs) pour élucider le cycle de transmission et étudier les conséquences de cette co-existence sur le plan génétique. F. L’Epidémiologie moléculaire des parasites « Leishmania» isolés de différents hôtes: effet du temps et de la répartition géographique sur le profil génétique des leishmanies Le groupe d’Epidémiologie continue à alimenter sa Bio-banque de souches de leishmanies collectées dans le cadre de ses enquêtes humaines et écologiques afin de tester des hypothèses en rapport avec la variabilité génétique des souches en fonction du type de rongeur, du vecteur et de l’expression clinique de la maladie chez l’homme. Des comparaisons entre le profil génétique des souches anciennes (collectées il y a plus de 20 ans) et des souches récentes a permis déjà d’étudier l’effet du temps et de l’appartenance géographique sur le profil génétique des souches de leishmanies.
- 123. 122 Les chiffres clésdu laboratoire 2021 9 Conférences 9 Vacations et Cours rémunérés donnés 2 Participations à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie 6 Participation à des Commissions Nationales et Internationales 4 Communications orales et affichées dans des congrès internationaux 4 Publications dans des revues internationales 2 Diplômes soutenus 16 Formation continue réalisée en Tunisie 6 Organisation ou contribution à l’organisation de Réunions et d’Evènements Scientifiques Laboratoire des Mycobactéries Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Helmi Mardassi Médecin Vétérinaire, Biologiste Principal/Chargé du Service Besma Mhenni Technicienne supérieure majeure/Surveillante Saloua Ben Fredj Technicienne supérieure Maherzia Lahmar Ouvrière Présentation générale du laboratoire Le laboratoire des mycobactéries assure une activité de biologie clinique qui consiste à isoler et identifier les cas d’infections aux mycobactéries. En tant que laboratoire central, les tests de susceptibilité aux anti-tuberculeux de première et seconde ligne sont assurés. Le laboratoire reçoit des échantillons de la part de différents hôpitaux et instituts de la capitale ainsi que certains hôpitaux régionaux. Le laboratoire traite aussi les demandes d’analyse du secteur privé qui sont soient acheminées par différents laboratoires et cliniques privés, soit suite à la présentation du patient au centre de prélèvement de l’Institut Pasteur. Hormis les tests de diagnostic classiques (examen direct, culture en milieu solide et milieu liquide MGIT, identification et antibiogramme), nous avons introduit depuis 2002 plusieurs tests moléculaires dont : • La technique PCR en complément à l’examen direct. Il s’agit d’une PCR « in house » qui cible la séquence d’insertion IS6110 • La technique PCR ciblant le gène RecA pour la confirmation des mycobactéries atypiques • La technique PRA pour l’identification des mycobactéries atypiques • Le séquençage du gène rpoB (à la demande des cliniciens) lors d’une forte suspicion d’une transmission d’une souche MDR (multirésistante) • Le séquençage du gène HSP65 pour l’identification des mycobactéries atypiques Les chiffres clés du laboratoire 2021 2 894 Analyses effectuées
- 124. 123 Laboratoire de BiochimieClinique et d’Hormonologie Pr Afef BAHLOUS HADJ SALAH Professeur hospitalo-Universitaire - Chef de service Equipe de biochimie clinique Equipe d’hormonologie Prénom, Nom Position/Fonction Prénom, Nom Position/Fonction Sonia BAHRI Médecin biologiste major Mehdi MRAD Assistant hospitalo- universitaire Mouna BOUKSILA chercheuse postdoctoral Amel HMIDA Technicien Major Principal- Surveillante Amel BAYOUDH Technicien Générale - Surveillante Henda RASAA Technicien Major Principal Aouatef TRABELSI Technicien major Ilhem MABROUK Technicien Major Marouen TAOUEB Technicien major Mounira SAYEDI Technicien Major – Secrétaire médicale Hanen LAMOUCHI Technicien principal Salma OUALHA Technicien Major Hejer TRABELSI Technicien principal Nadia MEDDEB Technicien principal Manel SOLTANI Technicien principal Manel MABROUK Technicien principal Fathia YAHYAOUI Ouvrière Ikram DRISS Technicien principal Présentation du Laboratoire : Activité de diagnostic : Le laboratoire de Biochimie Clinique et d’Hormonologie reçoit quotidiennement les prélèvements des malades de l’Institut Pasteur de Tunis ainsi que les prélèvements de sang provenant des différents hôpitaux pour des analyses sous-traités dans notre laboratoire. Les activités du laboratoire de Biochimie Clinique et d’Hormonologie comprennent : • Dosages de routine en biochimie • Diagnostic et surveillance du phéochromocytome et le neuroblastome : quantification de dérivés méthoxylés urinaires par HPLC. • Séparation des protéines dans les liquides biologiques par électrophorèse • Hormonologie : axe hypothalamo-hypophyso-thyroïdien ; axe hypothalamo-hypophyso- gonadique ; axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien ; axe hypothalamo-hypophyso- somatotrope • Oncologie : dépistage, diagnostic et surveillance de certains cancers ainsi que la surveillance de la toxicité des antimitotiques (dépistage phénotypique du déficit en dihydropyrimidine déshydrogénase) • Prénatalogie : le laboratoire réalise le dépistage des trisomies 13.18 et 21 et des défauts de fermeture du tube neural ainsi que la surveillance des complications de la grossesse • Vitaminologie : vitamines A, B1, B9, B12, C, D, E Activité d’encadrement : Le laboratoire de Biochimie Clinique et d’Hormonologie assure l’encadrement de nombreux étudiants provenant de divers établissements : • Des résidents en médecine et pharmacie pour un stage de formation de 6 mois • Des élèves ingénieurs pour des stages d’initiation ou des projets de fin d’étude • Des techniciens biologistes de l’école supérieure des sciences et techniques de la santé de Tunis pour un stage de formation • Des étudiants de la faculté des sciences de Tunis et de plusieurs instituts en Tunisie pour un stage d’initiation et de formation ainsi que des projets de fin d’étude et des mémoires de master ou de thèses.
- 125. 124 Activité de recherche: Le laboratoire de Biochimie Clinique et d’Hormonologie réalise des travaux de recherche portant essentiellement sur le métabolisme osseux et celui de la vitamine D. L’introduction du dosage de la 25 OH vitamine D et des marqueurs osseux a permis d’enrichir l’activité du service de Biochimie Clinique et d’Hormonologie et ce, dans le but d’intégrer ces dosages prochainement dans le cadre d’activité de routine et de rendre le laboratoire de référence en Tunisie responsable de l’exploration du métabolisme osseux Dans ce sens, une collaboration avec le Laboratoire de Recherche Immuno-Rhumatologie LR05SP01 dans des projets de recherche axés sur l’étude de l’ostéoporose et le remodelage osseux Mise en place de l’accréditation ISO 15 189 v 2012 du laboratoire de Biochimie Clinique et Hormonologie Suite à l’état des lieux réalisé dans le laboratoire de Biochimie Clinique et d’Hormonologie, un plan d’action a été dressé pour remédier aux principaux écarts constatés par rapport à la norme ISO 15189 v 2012 plusieurs axes prioritaires ont été dégagé : • Elaboration du manuel de prélèvement en collaboration avec les différentes structures de diagnostic et le service des consultants externes • La méthode 5S : Le projet fait suite à une réorganisation de l’espace de travail dans le but d’améliorer et de faciliter le fonctionnement du laboratoire. Cette réorganisation de l’espace de travail est faite dans le but d’améliorer les conditions de travail et de sécurité. • Mise en place de la stratégie de contrôle qualité interne basée sur la méthode Six Sigma • Renforcement de la stratégie d’évaluation externe de la qualité par la participation à des programmes internationaux d’évaluation externe de la qualité • Suivi des performances pré analytiques du laboratoire et mise en place d’une stratégie d’amélioration continue Les chiffres clés du laboratoire 2021 5 Conférences 2 Participations à des Jury 9 Vacations et Cours rémunérés 1 Commission Nationales et Internationales 4 Publications dans des revues internationales 11 Communications orales et affichées nationaux et internationaux 4 Formations continue 3 Diplômes soutenus 2 Organisation ou contribution à l’organisation de Réunions et d’Evènements Scientifiques 69352 Analyses effectuées Service de Vaccinations Antirabiques et Internationales Liste du personnel du Service des Vaccinations Internationale et Antirabique Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Sonia Kechaou-Cherif Médecin Principal de La Santé Publique, responsable du service des vaccinations Anis Riahi Infirmier Major Anissa Khlifi Infirmière Principal Ayoub Raddadi Infirmier Major Principal
- 126. 125 Chaima Zitouni InfirmièreMajor Fathia Sedki Infirmière Major Principale Hanène Dabboussi Infirmière Major Kaouther El Ouni Infirmière Principale Maroua Ben Ali Infirmière Major Principale Mourad Selmi Infirmier Major Principal Rahma Jemai Infirmière Major Imène Mannai Technicienne de gestion contractuelle Rym Taabouri Préparatrice de pharmacie contractuelle Naceur Slimani Ouvrier Présentation Générale du Service : Le service des vaccinations internationales et antirabique est un service de santé publique. Il assure principalement deux activités, la vaccination des voyageurs et la prise en charge antirabique en post exposition. En effet, étant le seul centre agréé par l’OMS pour la vaccination contre la fièvre jaune, il couvre la vaccination de tous les voyageurs en partance vers les pays d’endémie amarile où la vaccination est obligatoire ou recommandé. Il couvre également la vaccination des pélerins lors des saisons de La Omra et partiellement lors de la saison d’EL Haj. Il assure aussi la vaccination des voyageurs souhaitant avoir des vaccins spécifiques et/ou des vaccins recommandés pour leurs voyages. Ces vaccins sont administrés suite à une consultation médicale dédiée à cet effet. Durant cette consultation, les voyageurs vont bénéficier de conseils appropriés pour leur voyage et la prescription de médicaments si nécessaire, notamment une chimioprophylaxie adaptée pour la prévention du paludisme. Le service des vaccinations est, par ailleurs, le centre de référence pour la prise en charge antirabique en post exposition. Il assure, dans le cadre du programme national de la lutte contre la rage, la prise en charge du traitement antirabique des personnes exposées au virus de la rage provenant essentiellement du grand Tunis mais également des personnes provenant d’une autre région ou même d’un autre pays. Il participe, dans le cadre du programme national, à la formation du personnel de santé humaine impliqué dans la lutte contre la rage et les actions de sensibilisation du grand public à la nécessité du recours aux soins dans la prévention de la rage. La vaccination internationale des voyageurs : Durant l’année 2021, au total 9955, actes de vaccination ont été faits. Il y a eu une baisse de 6% par rapport à l’année 2020 (10619). Néanmoins, la vaccination des voyageurs en partance vers les pays d’Afrique subsaharienne, de l’Amérique du sud, du sud-est asiatique et certains pays d’Europe a nettement augmenté. Le nombre d’actes de vaccination pour ces pays est passé de 6501 en 2020 à 9935 en 2021, soit une augmentation de 42%. Dans le cadre du petit pèlerinage (El OMRA), l’activité du service a nettement diminué. Elle est passé de 4119 actes de vaccination contre la méningite A/C/Y/W135 en 2020 à seulement 20 actes en 2021. En effet, l’activité de vaccination des pèlerins pour El Omra s’est arrêtée depuis le mois d’avril de l’année 2020 et n’a quasiment pas repris depuis. Vaccinations Nombre d’actes Méningite ACYW135 (OMRA) 20 Méningite ACYW135 (vaccination internationale) 2847 Fièvre jaune 4197 Hépatite virale B 506 Hépatite virale A 550 Poliomyélite 164 Diphtérie-Tétanos 164 Diphtérie-Tétanos-Polio 263 Diphtérie-Tétanos-Polio-Coqueluche 29 Fièvre Typhoïde 533 Rougeole-Oreillons-Rubéole 278 Intradermoréaction à la tuberculine 180 Antirabique préventive 222 Antipneumococcique 2 Total 9955 Près de 700 voyageurs ont bénéficié d’une consultation pré-voyage et ont eu un programme de vaccination recommandée plus au moins complet. La Prise en charge antirabique La prise en charge antirabique en post exposition est une activité en rapport avec le programme national de la lutte antirabique. Il s’agit d’un service gratuit rendu à toute personne exposée au virus rabique par une morsure, griffure ou léchage sur une peau lésée par un animal qui peut transmettre la rage ou même ayant eu un contact avec un animal enragé. Durant l’année 2021, le service a pris en charge 9681 personnes exposées, soit une augmentation de 21% par rapport à l’année 2020. Nombre de vaccines Total
- 127. 126 Avec sérum Sanssérum Traitement d'observation 1193 5079 6272 Traitement complet 772 2437 3209 Traitement de contact 6 194 200 Total 1971 7710 9681 La plupart des personnes agressées (82,6%) se sont présentées dans les 24 premières heures de l’agression pour la prise en charge antirabique. Cela dit, 11,8% des personnes se sont présentées entre 24 et 72h après l’agression et 5,5% après 3 jours de l’agression. Lorsque la sérothérapie est indiquée, le délai d’administration du sérum n’a pas dépassé les 24h dans 96% des cas et a été administré à J0 dans 92% des cas. Délai entre l’agression et la prise en charge Nombre de personnes 0 – 24h 7999 24 – 48h 860 48 – 72h 285 3j – 14j 450 > 14j 102 Délai d’administration de la sérothérapie Personnes prises en charge 0 - 24h 1890 24h – 72h 27 > 72h 54 Parmi les personnes agressées, 65% ont été agressées par un animal connu et observable. Un peu plus d’un tiers (35%) d’entre eux ont fait la déclaration à J7 sur l’état de santé de l’animal mis sous observation. Parmi l’ensemble des personnes prises en charge, il y a eu 213 personnes qui ont été exposés au virus par un animal confirmé enragé. Près de 68% (145) ont reçu un traitement de contact car ils n’avaient pas de lésion. Les 32% restants (68) ont présenté des lésions causées par des morsures et/ou des griffures et ont reçu une vaccination complète associée à une sérothérapie. Les chiffres clés du laboratoire en 2021 2 Conférences 1 Communication orale dans des congrès internationaux 1 Evènements Scientifiques Nationaux 9935 Vaccination internationale 20 Vaccination de la OMRA 9681 Vaccination antirabique Laboratoire d’Hématologie Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation MENIF SAMIA Professeur hospitalo-universitaire Chef de service LR16IPT07 Imen kraiem Professeur hospitalo-universitaire Ines safra Professeur hospitalo-universitaire LR16IPT07 Amina Dhahak Technicien Supérieur Major (surveillante) Rym el elj Rhaiem Technicien Supérieur major Monia Kacem Technicien supérieur major Mongia BRAHAM Technicien Supérieur major Dorra Chaouachi Technicien supérieur principal Teber Mouheb Technicien supérieur principal Parti en coopération technique depuis 1er septembre 2020 Farrah Ahlem Technicien supérieur principal Hassiba Amouri Technicien supérieur major Hind Ben Hadj othmen Technicien supérieur major Chaker Fouzai Technicien supérieur major Mbarka Barmett Technicien supérieur major
- 128. 127 Manel KHAMMESSI TechnicienSupérieur Mise en disponibilité depuis AOUT 2018 Considérations générales et pratiques : Le laboratoire d’hématologie de l’institut pasteur de Tunis assure des activités diagnostiques dans le domaine de l’hématologie et comporte 4 secteurs d’activité : Un secteur de diagnostic moléculaire des leucémies Un secteur d’immunophenotypage des leucémies Un secteur d’exploration du globule rouge et des enzymes érythrocytaires Un secteur de cytologie sanguine et exploration des troubles de l’hémostase Le diagnostic moléculaire des leucémies consiste à rechercher par RT-PCR les transcrits chimériques générés par les remaniements chromosomiques acquis au niveau du clone tumoral et ce dans un but diagnostique, pronostique et de suivi post thérapeutique. A ce jour le diagnostic moléculaire des leucémies très utile pour la prise en charge des patients atteints d’hémopathies malignes n’est effectué qu’à l’institut pasteur qui draine de ce fait tous les malades du territoire national ainsi que des patients venant des pays voisins.Ces analyses sont effectuées au diagnostic dans un but pronostique puisque certaines anomalies sont de bon pronostic et autorisent de ce fait d’alléger les protocoles de chimiothérapie ,d’autres anomalies sont au contraire de mauvais pronostic et imposent des protocoles thérapeutiques plus lourds pouvant aller jusqu’à la greffe de moelle osseuse. En cours de suivi des patients les anomalies moléculaires identifiées au diagnostic serviront de marqueur du clone tumoral et vont permettre un suivi fiable de la maladie résiduelle qui permet d’apprécier la réponse des malades au traitement et dépister précocement une éventuelle rechute. L’activité diagnostique au niveau de l’unité de l’immunophénotypage des leucémies couvre l’ensemble des applications hématologiques de la cytométrie en flux au diagnostic et au suivi de la maladie résiduelle des hémopathies malignes (les leucémies aigues, les syndromes lymphoprolifératifs, le myélome multiple et la recherche du clone HPN : hémoglobinurie paroxystique nocturne) L’exploration du globule rouge comporte l’étude des anomalies de l’hémoglobine, l’exploration des enzymes érythrocytaires ainsi que les anomalies de la membrane des globules rouges dans les anémies hémolytiques constitutionnelles. Nous assurons donc l’electrophorese de l’hemoglobine pour identifier les différentes fractions constituant la molecule d’hemoglobine en vue d’établir le diagnostic d’une anomalie qualitative ou quantitative de l’hemoglobine. Une activité de diagnostic prénatal des hemoglobinopathies est assurée en collaboration avec le service de génétique de l’hôpital Charles Nicolle qui se charge de l’extraction de l’ADN fœtal à partir de villosités choriales puis nous adresse ce prélèvement pour criblage mutationnel. Nous effectuons le dosage des enzymes érythrocytaires par spectrophotométrie pour établir le diagnostic d’un déficit en G6PD ou en pyruvate kinase qui se manifestent par des anémies hémolytiques. Les anomalies de la membrane érythrocytaire regroupent un ensemble de pathologies héréditaires secondaires à une anomalie qualitative ou quantitative des protéines constituant la membrane du globule rouge. Une analyse morphologique des globules rouges sur frottis coloré au MGG couplée à Une exploration de la fragilité osmotique des hématies permet de faire le diagnostic de ces membranopathies. Le secteur Cytologie & Hémostase assure les analyses de numération et formule sanguine, L’étude des troubles de l’hémostase est assurée pour explorer des pathologies thrombotiques ou hémorragiques. A côté de cette activité diagnostique, nous réalisons des travaux de recherche dans le laboratoire d’hématologie moléculaire et cellulaire LR16IPT07 Ces travaux consistent à une exploration fonctionnelle et moléculaire des mécanismes d’oncogenèse dans les hémopathies malignes (leucemie myeloide chronique, myélome multiple et Leucémie aigue myéloblastique) et une étude des anomalies moléculaires en rapport avec les pathologies du globule rouge. Par ailleurs nous accueillons et nous encadrons des étudiants stagiaires de la faculté de médecine et des autres institutions universitaires. Les chiffres clés du laboratoire en 2021 2 Vacations et Cours rémunérés 5 Participations à des Jury 3 Communications orales et affichées dans des congrès nationaux et internationaux 1 Publications dans des revues internationales 5 Formations continue réalisée en Tunisie
- 129. 128 3 Evènements ScientifiquesNationaux 13 421 Analyse effectuées Laboratoire de Bactériologie Clinique Composition du service Nom et Prénom Position/Fonction Imen KRAIEM imen.kraiem@pasteur.tn Tel : +21671 783 022 Poste 410 Professeur Hospitalo Universitaire en Médecine / Biologiste /Spécialité Hématologie Responsable Sonia BAHRI +21671783022 Poste 441 Médecin Biologiste Major/ Biologiste/ (Spécialité Biochimie) Samiha BEN HADJ ALI Tel : +21671783022 Poste 623 Technicienne Supérieure Major Principale / Mastère de Microbiologie et Epidémiologie Moléculaire/ Surveillante Anissa ZARROUK Tel : +21671783022 Poste 319 Technicienne supérieure Major / Surveillante du Labo de Bactériologie Sihem BOURAS Technicienne Supérieure Major Hedia HABOUBI Technicienne Supérieure principale Le laboratoire de Bactériologie Clinique assure les activités suivantes: - Les analyses de bactériologie médicale - Les analyses de sérologie bactérienne - L’analyse du sperme (spermogramme) - Les analyses de bactériologie de l’environnement (services de production de l’IPT et les centres hospitaliers externes) - Les tests de contrôles des milieux de culture (services de l’IPT et le Laboratoire National de Contrôle des Médicaments) Nous attendons toujours l’arrivée d’un biologiste spécialisé en Bactériologie pour prendre en main et développer les activités de diagnostic et de recherche. Clinical Bacteriology Laboratory provides the following medical services: - Bacteriology analysis - Bacterial serology analysis - Semen analysis (sperm) - Environment bacteriology analysis (for IPT production services and hospitals) - Quality control of culture media (for services of IPT and the National Laboratory of Drug Control) We are still waiting for a biologist specialized in microbiology to develop diagnosis and research activities. Les chiffres clés du laboratoire en 2021 3479 analyses effectuées 3 communications orales
- 130. 129 Laboratoire d’Histologie etde Cytogénétique Médicale Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Ahlem AMOURI Professeur Hospitalo-Universitaire/Chef de service Laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique (LR 11 IPT 05) Wiem AYED MCA Hospitalo-Universitaire Laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique (LR 11 IPT 05) Hend CHAKER Assistant Hospitalo-Universitaire (Pharmacienne en coopération à Abou Dhabi) Olfa SELMI Assistant Hospitalo-Universitaire Laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique (LR 11 IPT 05) Helmi GUERMANI Technicien Supérieur Principal - Surveillant Nabila ABIDLI Technicien Supérieur Principal Hédia CHERNI Technicienne Supérieure de la Santé Imen CHARFI Technicienne contractuelle sur le LR. Laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique (LR 11 IPT 05) Rym OBAY Technicien Supérieur Principal (Congé longue durée, absente depuis Décembre 2017) ACTIVITES DE DIAGNOSTIC : Notre service reste le laboratoire de référence pour le diagnostic de l’Anémie de Fanconi et représente l’unique laboratoire étatique réalisant tous les caryotypes médullaires du grand Tunis et du Nord de la Tunisie La répartition des examens pratiqués en 2021 s’établit comme suit : ♦ Caryotypes onco-hématologiques : Caryotypes sur moelle osseuse..............657 (B900) Caryotypes avec recherche d’instabilité chromosomique ..............45 (B900) Caryotypes sur sang de contrôle du chimérisme post greffe de Moelle osseuse ................... 0.(B450) (Suspendus depuis Février 2018) ♦ Caryotypes constitutionnels post natals (après consultation) :…… …….. 12 (B450) Les chiffres clés du laboratoire en 2021 1 Vacation 2 Communications orales et affichées dans des congrès nationaux et internationaux 1 Diplôme obtenu 3 Formations continue réalisée en Tunisie et à l’étranger 714 Analyses et Tests réalisés
- 131. 130 Laboratoire de Cyto-Immunologie Prénom,Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Mohamed Ridha Barbouche Professeur hospitalo- Universitaire/Chef de service Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections (LR11IPT02)/Unité de Cytométrie Imen Ben Mustapha Professeur Hospitalo- Universitaire Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections (LR11IPT02) Najla Mekki Pr. Agrégée Hospitalo- Universitaire Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections (LR11IPT02) Afef Rais Assistante Hospitalo- Universitaire Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections (LR11IPT02) Meriem Tira Résidente en Immunologie - Firas Bouzakoura Résidente en Immunologie - Beya Largueche Technicienne Supérieure Major/Surveillante Unité de Cytométrie Amira Safi Technicienne Supérieure Unité de Cytométrie Souad Hnena Technicienne Supérieure Unité de Cytométrie Jaweher Naoui Ouvrière - Au cours de l’année 2021 et en réponse à la pandémie COVID-19 le laboratoire à poursuivi son engagement, à côté de ses activités habituelles, dans l’investigation des enfants immunodéficients et immunocompétents infectés par SARS CoV-2 par l’investigation de leurs réponses immunes humorales et cellulaires. En 2021, le laboratoire a aussi entamé dans le cadre d’une collaboration avec la plateforme Biomics à l’Institut Pasteur à Paris une activité de screening sur panel de gènes de Déficits Immunitaires Primitifs (DIPs) pour le diagnostic moléculaire de ces maladies. Cette activité repose actuellement sur un financement sur projet de recherche mais sera dans le futur une activité de routine du laboratoire. Le Laboratoire de Cyto-Immunologie a, par ailleurs, poursuivi au cours de l’année 2021 et en étroite collaboration avec les Pédiatres de tous les CHU de Tunis, Sousse, Sfax, Kairouan, Mahdia, Bizerte, Nabeul et Monastir, son activité de biologie clinique spécialisée orientée notamment vers l’exploration immunologique, cellulaire et moléculaire des enfants suspects de DIPs. Cet effort a été étendu à la recherche de DIPs de l’adulte, en collaboration notamment avec les services de Médecine Interne du pays. L'exploration de ces patients est particulièrement intéressante dans notre population Maghrébine caractérisée par une forte endogamie. En effet, l'incidence de ces déficits immunitaires est beaucoup plus élevée que dans d'autres régions du monde, en raison de la fréquence des formes à transmission autosomale récessive favorisées par la consanguinité. L'exploration immuno-génétique de ces déficits permet de porter un diagnostic précis nécessaire à la prise en charge appropriée de ces patients à la fois curative (greffe de moelle osseuse, IVIg, IFNg…) et préventive (conseil génétique et diagnostic prénatal). En effet, à côté de la greffe de moelle osseuse lancée depuis quelques années au Centre National de Greffe de Moelle Osseuse pour des enfants atteints de DIPs, nous avons commencé à proposer un diagnostic prénatal aux familles affectées présentant un déficit en LFA1, en molécules HLA de Classe II ou un syndrome d’Omenn; ces pathologies sont caractérisées par l’existence d’un effet fondateur dans notre population avec une mutation unique responsable de la majorité des cas observés. En chiffres, l’activité du laboratoire en 2021 et malgré la situation sanitaire exceptionnelle du pays a atteint un chiffre total en équivalents B de 562950 en nette progression par rapport à l’année 2020. Nous avons ainsi effectué plus de 3500 explorations pour des patients suspects de DIPs incluant l’étude des sous populations lymphocytaires après immunomarquage et lecture au cytomètre en flux sur PBMCs avec plusieurs marqueurs étudiés (CD3, CD4,
- 132. 131 CD8, CD19 etéventuellement DR, LFA1/CD18, NK, RIFNg, Fas...) et sur lymphoblastes après stimulation PHA (DR, RIL12) ou PMA-IONO (Ligand du CD40), les tests de prolifération aux mitogènes et aux antigènes vaccinants et l’étude des fonctions des cellules phagocytaires (test semi-quantitatif NBT au LPS et au PMA et test quantitatif avec lecture en cytométrie en flux maintenant instauré en routine). Le dosage pondéral des immunoglobulines a été demandé pour tous les patients et effectué en sous-traitance à l'Institut. Les sérologies pré et post-vaccinales sont également pratiquées. En 2021 le laboratoire a introduit le phénotypage RTE (Recent Thymic Emigrant cells) et délivre maintenant les résultats en chiffres absolus en utilisant le phénotypage IMK sur le nouveau cytomètre de paillasse BD-Lyric. Nous poursuivons également la recherche de mutations récurrentes. Les chiffres clés du laboratoire en 2021 • 402 Analyses effectuées • 2 Analyse et Test Nouvellement Introduit
- 133. 132 Laboratoire d’Epidémiologie etd’Ecologie Parasitaire Composition de l’équipe Professeur Karim AOUN, MD, PHU/ Chef de Service - Présentation générale Le service de laboratoire d’épidémiologie et d’écologie parasitaires (LEEP) est une structure hospitalo- universitaire de santé publique spécialisée en Parasitologie médicale et plus particulièrement les aspects épidémiologiques, environnementaux, écologiques et sociaux des maladies parasitaires endémiques ou d’intérêt en Tunisie. C’est une structure de veille, d’analyse, de soutien, d’investigation et d’intervention sur la circulation des parasites et les risques sanitaires qui leurs sont associés en Tunisie. Les activités et les objectifs actuels du service sont axés sur : - la surveillance des maladies parasitaires d’intérêt en Tunisie - l’étude des facteurs de risque et des modalités de transmission des maladies en question - l’analyse des données épidémiologiques, écologiques et environnementales impactant la transmission des maladies en question - l’investigation et la réponse à toute émergence voir alerte en rapport avec des parasitoses à potentiel épidémique - la participation à la stratégie nationale contre ces maladies - la formation et l’encadrement des intervenants (médicaux, paramédicaux et autres) à tous les niveaux d’intervention (diagnostic, surveillance et contrôle) Les axes suscités dénotent de la multiplicité et de la multidisciplinarité des champs d’actions et par conséquent des nombreuses interactions et collaborations du service aussi bien au sein de l’Institut Pasteur de Tunis (IPT) qu’en dehors particulièrement avec les structures du Ministère de la Santé. Les principaux échanges se faisant avec : - Le laboratoire de Parasitologie-Mycologie (LPM) d’IPT dont la plateforme et l’expertise dans le diagnostic biologique sont fondamentales actuellement pour le fonctionnement du service - Le laboratoire de recherche « Parasitoses médicales, Biotechnologies et Biomolécules » LR 20-IPT-06 avec lequel s’organisent les activités de recherche et les investigations sur le terrain - La Direction des Soins de Santé de Base (DSSB) et ses différents départements particulièrement ceux en charge de l’épidémiologie et de la surveillance des maladies transmissibles et des zoonoses - Les Directions régionales de la Santé - Certains Commissariats Régionaux au Développement Agricoles avec lesquels s’organisent les activités sur les réservoirs zoonotiques de certaines parasitoses - La Direction de l’Hygiène du Milieu et de la Protection de l’Environnement (DHMPE) du Ministère de la Santé (MS) avec laquelle s’organisent les activités écologiques et celles sur les arthropodes vecteurs - Les services hospitaliers particulièrement certains de Dermatologie, de Pédiatrie, de Maladies infectieuses et de Chirurgie. - L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) via ses bureaux à Tunis et au Caire (EMRO) ainsi que certains programmes à Genève Le service est également en contact avec les structures de veille sanitaire du Ministère de la Santé qui nous contactent en cas de besoin (DGS, Shoc room, ONMNE). Ces dernières années les activités ont surtout concerné les zoonoses endémiques et prioritaires en Tunisie à savoir la leishmaniose viscérale, l’hydatidose et particulièrement la leishmaniose cutanée responsable de foyers émergents dans plusieurs gouvernorats du centre et du sud. Le service est également régulièrement impliqué sur le Paludisme qui reste à risque de réintroduction en Tunisie malgré son élimination et pour lequel un programme national actif est dédié. Nous répondons également régulièrement à des interrogations et craintes devant certaines mycoses ou ectoparasitoses. - Principales activités réalisées en 2021 - Le maintien et le renforcement de la mise en place de la circulaire 19/2018 du MS consacrée à la prise en charge de la leishmaniose viscérale. Il est ainsi constaté une satisfaction des médecins traitant et une baisse manifeste de la morbidité et de la mortalité de la maladie depuis l’instauration des nouvelles dispositions. - La sensibilisation et la formation autour de la leishmaniose cutanée en Tunisie en collaboration avec des sociétés savantes et les directions régionales de certains gouvernorats particulièrement touchés et ce en attendant la révision de la stratégie nationale contre les leishmanioses en Tunisie dans laquelle le service est grandement impliqué - La Participation aux activités de diagnostic des maladies parasitaires particulièrement la leishmaniose viscérale, la leishmaniose cutanée et le paludisme au sein du Laboratoire de Parasitologie-Mycologie de l’IPT - Suivi de l’évolution de l’incidence des cas de LC ainsi que leur distribution géographique dans le cadre du dépistage précoce d’éventuelles émergences en vue de riposte appropriée si besoin - Gestion d’enquêtes épidémiologiques suite à quelques alertes (heureusement non avérées après investigation) en rapport avec des cas cas groupés de lésions cutanées suspectes de leishmaniose cutanée. - Surveillance de la densité et de la répartition des espèces de phlébotomes dans les zones limirophes des foyers de transmission de la LC zoonotique en vue d’anticiper des conditions à la transmission de la LCZ dont potentiel épidémique est à craindre
- 134. 133 - Identification d’espècesresponsables de LC en Tunisie dans le cadre de la surveillance épidémiologique des différentes formes de LC en Tunisie et afin d’optimiser le contrôle de la maladie - L’analyse et la diffusion en partenariat avec le service des vaccinations internationales de l’IPT, des résultats de l’enquête commune sur les connaissances et attitudes vis-à-vis du Paludisme et sa prévention auprès des voyageurs tunisiens en partance vers les zones d’endémie palustre. Nous ferons la promotion de nouvelles recommandations nationales à la lumière des résultats obtenus. - Des activités de recherche diverses sur les leishmanioses humaines, la leishmaniose canine et le Microbiote dans le cadre de protocoles et de projets nationaux et internationaux particulièrement avec le LR 20-IPT-06, l’IP de Paris- France, l’IP d’Algérie, l’Instituto Zooprofilattico Sperimentale della Sicilia-Italie et l’Université Fédérico II de Naples- Italie. - Soutien et conseil auprès de médecins de santé publique ou de libre pratique suite à des cas récurrents à certains champignons sub sahariens ou des ectopoarasites. .. - L’encadrement et la formation de nombreux stagiaires tunisiens et étrangers sur des thématiques de santé publiques faisant partie des expertises disponibles et développées Les chiffres clés du laboratoire 2021 2 Conférences 1 Participations à des Jury 7 Communication orale et affichées dans des congrès internationaux 5 Publications dans des revues internationales 1 Evènements Scientifiques Internationaux 3 Diplômes en cours
- 135. 134 Unité Spécialisée desMycoplasmes Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi Biologiste Principale, Responsable de l’Unité Spécialisée des Mycoplasmes Laboratoire de Recherche en Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique Nadine Khadhraoui Technicienne Supérieure Principale idem Béhija Mlik Technicienne Supérieure, Principale/Surveillante idem Elhem Laouini Agents ouvrier idem Mycoplasmes Humains et Covid-19 Compte tenu des circonstances particulières engendrées par la pandémie due au Coronavirus, SARS-Cov-2, responsable de la Maladie Infectieuse Respiratoire appelée Covid-19, il y’a eu une baisse notable des analyses des mycoplasmes. Toutefois, nous avons noté une demande accrue des analyses de Mycoplasma pneumoniae, un pathogène des voies respiratoires supérieures, chez des patients atteints du Covid-19. Les prélèvements ont émanés de différents centres hospitaliers du Grand-Tunis. Les résultats sérologiques obtenus ont montré des titres significatifs des anticorps dirigés contre Mycoplasma pneumoniae chez les patients positifs en Coronavirus. Réactivité, par western blot, des sérums des patients positifs en SARS-COV-2 avec l’antigène de Mycoplasma pneumoniae Puits1 : Témoin négatif Puits 2 : Témoin positif (Acs humains dirigés contre M. pneumoniae) Puits 3-9, 13 et 15 : Sérums des patients positifs en SARS-COV-2 réagissant avec l’antigène de M. pneumoniae. Puits 10, 11,12 et 14 : Sérums des patients positifs en SARS-COV-2 présentant une réaction négative avec l’antigène de M. pneumoniae. Puits 16 : Témoin positif ; Acs polyclonaux dirigés contre M. pneumoniae. Les chiffres clés du laboratoire 2021 729 Analyses réalisées
- 136. 135 Laboratoire de MicrobiologieVétérinaire Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Dr Imen Larbi Médecin Vétérinaire Principal / Chef de Service Dr Jihène Nsiri Médecin Vétérinaire Imen El Béhi Technicien Supérieur Principal Major / Surveillante du Laboratoire FatenAmmouna Technicien Supérieur Principal Major Souad Ettiriki Technicien Supérieur Principal Major Faouzi Frihi Ouvrier Présentation générale du laboratoire Les activités du laboratoire de Microbiologie Vétérinaire s’intéressent au diagnostic virologique, sérologique et moléculaire des principales maladies animales, en particulier les maladies virales des volailles, ainsi qu’à la surveillance de certaines maladies virales à intérêt économique dont la clavelée, la maladie de Newcastle, l’influenza aviaire. En matière d’aviculture, un secteur assez développé et organisé en Tunisie, des maladies infectieuses pour lesquelles un programme de vaccination est adopté et révisé régulièrement par la Commission de Pathologies Aviaires du Ministère de l’Agriculture, sont toujours à l’origine de pertes économiques importantes et leur persistance dans nos élevages limite les échanges commerciaux avec les autres pays. La clavelée, qui est toujours déclarée dans certaines régions du pays, causant des pertes assez importantes en particulier en agneaux, et ce malgré les compagnes de vaccination annuelles, une surveillance passive est toujours pratiquée et le laboratoire est souvent appelé à confirmer le diagnostic clinique. I/ ACTIVITE DE DIAGNOSTIC 1. Analyses Virologiques : Au total, 155 prélèvements (écouvillons ou organes internes) ont été analysés pour la recherche de divers agents viraux.(Tableau I) Tableau I : Analyses virologiques réalisés en 2021 IA NDV BI LTI IBDV REO CAV ENCE CLV ORT Nombre de prélèvements Analysés 1 1 9 8 8 1 1 1 1 29 2 2 2 4 0 2 2 2 2 2 10 2 2 2 3 1 1 2 25 25 25 75 3 3 3 3 12 4 4 8 2 2 4 Total/Analyse demandée 48 49 40 4 4 3 2 1 3 1 155 IA : Influenza aviaire ; NDV : Maladie de Newcastle ; BI : Bronchite Infectieuse Aviaire ; Réo : Réovirose ; CAV : Anémie infectieuse aviaire ; IBDV : Maladie de Gumboro , ENCE : Encéphalomyémlite ; CLV : Clavelée Ovine 2. Analyses sérologiques : Les sérums sont reçus dans trois cadres, soit pour contrôler l’efficacité d’une vaccination (cinétique sérologique) ou bien dans le cadre d’une démarche diagnosticlors de suspicion d’un passage viral entrainant des pertes (mortalité, retard de croissance, chute de ponte….), ou bien dans le cadre d’un essai clinique d’un traitement et
- 137. 136 voir son effetsur la réponse immunitaire à médiation humorale.Les résultats de ces analyses ne peuvent pas être interprétés en termes de prévalence (Tableau II et Tableau III). Tableau II : Analyses Sérologiques effectuées durant 2021 IA NDV BI IBDV Réo Nombre de sérums Testés 14 14 229 130 159 20 538 50 50 15 115 30 30 15 75 130 131 131 20 412 114 114 114 342 15 15 15 15 60 Total/Analyse demandée 553 470 449 35 49 1556 IA : Influenza aviaire ; NDV : Maladie de Newcastle ; BI : Bronchite Infectieuse Aviaire ; Réo : Réovirose ; IBDV : Maladie de Gumboro. Tableau III : Analyses sérologiques effectuées durant 2021 dans le cadre d’Essais Cliniques et/ou Evaluation de la Vaccination IA MN BI IBDV Réo SHS Total sérums Objectif de l’analyse 769 769 581 769 405 60 3353 Evaluation de la vaccination 498 500 500 1498 421 421 421 331 1594 70 104 90 104 368 32 32 32 96 Essai clinique Total/Analyse demandée 1790 1826 1624 1204 405 60 6909 En 2021 il y a eu une forte sollicitation pour les analyses sérologiques en comparaison avec l'année 2020 (Tableau IV). Les chiffres clés du laboratoire 2021 27 Stagiaires 3 Diplômes obtenus 8620 Analyses réalisées
- 138. 137 Production de vaccinset sérums thérapeutiques Direction de la Production ................................................................................... 138 Service de Production du Vaccin et Immun BCG................................................ 140 Unité de Production des sérums thérapeutiques................................................. 142 Service Contrôle qualité ...................................................................................... 144 Service Assurance Qualité de Production ........................................................... 149 Unité de Production des plasmas bruts............................................................... 153
- 139. 138 Direction de laProduction Liste du personnel Nom/Prénom Position / Fonction Nizar LAABIDI Docteur en Pharmacie Chef de service Pharmacien Responsable et directeur technique de l’unité Liste des services de l’unité DT : Direction technique PPB : Service de production des plasmas bruts ST : Service de purification des sérums thérapeutiques BCG : Service de production des vaccins BCG AQ : Service Assurance Qualité MN : Unité de Maintenance Production RD : Unité de recherche et développement production Liste du personnel de l’unité Fonction/nombre PPB ST BCG CQ AQ MN DT TOTAL Pharmacien 1 1 1* 1 4 Vétérinaire 1 1 Ingénieur 1 1 1 3 Administrateur 0 0 Technicien supérieur 1 5 5 8 3 22 Infirmier 1 1 2 4 Secrétaire 1 1 2 Ouvrier 4 4 3 3 14 Total 8 12 11 13 3 5 2 50 • Le pharmacien Responsable du service Assurance Qualité a démissionné en Décembre 2021 Liste des produits de l’unité Vaccin BCG : vaccin utilisé à la naissance pour immunisation contre la tuberculose. Immun BCG Frais : traitement curatif des cancers primitifs de la vessie.
- 140. 139 SAR : Sérumantirabique : Médicament à administrer en cas d’exposition (morsure ou griffure) à un animal potentiellement enragé. SAS : Sérum antiscorpionique : Médicament à administrer en cas de piqure de scorpion. SAV : Sérum antivipérin : Médicament à administrer en cas de morsure de vipère. Indicateurs de Performance Nombre d’unités vendues en 2021 Type de produit Nombre de doses vendues en 2019 Nombre de doses vendues en 2020 Nombre de doses vendues en 2021 Chiffre d’affaire en DT en 2019 Chiffre d’affaire en DT en 2020 Chiffre d’affaire en DT en 2021 Vaccin BCG intradermique 23870 18420 19890 214830 165780 179010 BCG frais pour immunothérapie 14004 13050 10696 910260 848250 711284 Sérums antiscorpionique 7863 151 5510 275.670 6110 192 500 Sérums antivipérins 840 840 1380 34.070 35.697 55 480 Sérums antirabique 2020 1010 3930 60.600 32.100 117 900 TOTAL en DT 1125460,3 102020,7 1256174 NB : Moyenne prix 1 flacon Immun BCG Frais = 66.5 DT Figure 1 : Chiffre d'affaire unité de production
- 141. 140 Service de Productiondu Vaccin et Immun BCG Liste du personnel Prénom, Nom Position Fonction Nizar Laabidi Pharmacien Responsable Technique Pharmacien Responsable de Fabrication (par interim) Imen Ferchichi Ingénieur Principal Rachid Khzémi Infirmier Principal Surveillant du laboratoire Abir Agoubi Technicien Supérieur _ Mariem Lahyéni Technicien Supérieur _ Soufiène Dhiflaoui Technicien Supérieur Contrat sur projet depuis le 2009 Kamel Abidi Aide soignant _ Saida Rouahi Infirmière _ Mohamed Ali Salhi Technicien Supérieur Contrat sur projet depuis le 2013 Ibtissem Helal Ouvrier Recruté au mois de 07/ 2013 Saida Helal Ouvrier _ Latifa Jlassi Ouvrier _ Wassim Ben Aziza Technicien Supérieur Contractuel occasionnel 0 200000 400000 600000 800000 1000000 1200000 1400000 2019 2020 2021 Chiffre d'affaire Chiffre d'affaire
- 142. 141 Indicateurs de Performance Nombred’unités fabriquées/an : 0 5000 10000 15000 20000 2019 2020 2021 Fabrication ImmunBCG 0 5000 10000 15000 20000 25000 30000 2019 2020 2021 Fabrication VaccinBCG 0 5000 10000 15000 20000 25000 30000 35000 2019 2020 2021 Fabrication Solvant
- 143. 142 Unité de Productiondes sérums thérapeutiques SAR : Sérum antiscorpionique Boite unitaire de 10 ml Boite de 10 ampoules de 10 ml SAV : Sérums antivipérin Boite unitaire de 10 ml Boite de 10 ampoules de 10 ml SAR : Sérum antirabique Boite de 10 ampoules de 10ml Liste du personnel du service Sérums Thérapeutiques : Prénom, Nom Position/Fonction Sarra Ouahchi Pharmacien Responsable du service Thouraya Hamza Technicienne supérieure principale Meherzia Mahjoub Technicienne supérieure principale Omrane Ben Mansour Technicien supérieure principal Imen Hazemi Technicienne supérieure principale Amira Zrig Infirmière Majdi Turki Technicien supérieur Nada Fourati Technicienne supérieure Ahmed Taib Ouvrier Mohamed Yacoubi Ouvrier Walid Ben Saida Ouvrier
- 144. 143 Indicateurs de Performance Nombrede doses vendues Type de produit Nombre de doses vendues en 2019 Nombre de doses vendues en 2020 Nombre de doses vendues en 2021 Chiffres d’affaire en DT en 2019 Chiffres d’affaire en DT en 2020 Chiffres d’affaire en DT en 2021 Sérums antiscorpionique 7863 151 5 510 275.670 6.110 192 500 Sérums antivipérins 840 840 1 380 34.070 35.697 55 480 Sérums antirabique 2020 1010 3 930 60.600 32.100 117 900 TOTAL 10723 2001 10 820 370.340 73.900 365 880
- 145. 144 Service Contrôle qualité A-Liste du personnel Prénom, Nom Position Fonction Remarques Sana MASMOUDI Pharmacien Responsable Emna SIOUD Technicien Supérieur Major Surveillante Surveillante du service depuis 2018 Emna GHRIBI Technicien Supérieur _ Olfa SASSI Technicien Supérieur _ Safia HAMDA Technicien Supérieur _ Maroua BEN KHEDER Technicien Supérieur _ Occasionnelle depuis octobre 2012 Mariem AOUADI Occasionnelle recrutée en Décembre 2018 Abdeljalil AMERI Ouvrier _ Ahmed AYARI Ouvrier _ Description des tâches : - Assurer le contrôle des matières premières et utilités entrant dans la fabrication des produits pharmaceutiques. - Assurer le prélèvement et le contrôle des produits à différents stade de la fabrication. - Contrôle microbiologique de l’environnement. - Rédaction des rapports d’évaluation périodique de la qualité de l’eau et de l’environnement. - Validation des méthodes d’analyse utilisées. - Rédaction des procédures relatives au laboratoire de microbiologie. B- Nombre d'analyses du laboratoire de contrôle qualité 1- Contrôles Invivo : Analyse Produit Stade Nombre d’analyse Total Titrage par seroneutralisation PAR Cheval 0 2 Clarifié 1 Vrac 1 PSF 0 PAS Cheval 0 7 Clarifié 2 Vrac 2 PSF 3 PAV Cheval 0 13 Clarifié 3 Vrac 3 PSF 7 Toxicité PAR Vrac 0 0 PSF 0 PAS Vrac 2 4 PSF 2 PAV Vrac 2 4 PSF 2 Solvant PSF 3 3 Recherche de mycobactéries virulentes immunBCG PSF 15 18 BCGid PSF 3 Hypersensibilité retardée du vaccin BCG BCGid PSF 0 0 Réactivité cutanée du vaccin BCG BCGid PSF 0 0 Hypersensibilité à la réception 12 12 Titrage du Venin BOT 0 0 AaH 0 Cc 0 VL 0 Titrage du CVS 0 0 * problème disponibilité cobayes
- 146. 145 Préparation Solution Désignation Nombre BSA1% 01 Eau physiologique 01 PBS 01
- 147. 146 2- Contrôle NUV: Produit Analyse Stade Nombre immunBCG Test de numération des unîtes viables Vrac 12 PSF 12 BCGid Test de numération des unîtes viables Vrac 3 PSF 7 Thermostabilité PSF 6 Préparation Solution et milieux de culture Désignation Nombre 7H10 16 Sauton 1/4 7 3- Contrôle microbiologique Type d’analyse Produit Stade Nombre Total Stérilité PAR Poche 1 2 Vrac 1 PSF 0 PAS Poche 62 69 Vrac 3 PSF 4 PAV Poche 35 41 Vrac 2 PSF 4 BCGid SM 4 14 Filtrat 4 Vrac 2 PSF 4 immunBCG SM 20 59 Filtrat 20 Vrac 7 PSF 12 Solvant Vrac 3 8 PSF 5
- 148. 147 Préparation des milieuxde culture : Désignation Nombre TCS bouillon 6 TG bouillon 6 R2A gélose 6 TCS gélose 0 Sabouraud gélose 1 4- Contrôle Physicochimique Type d’analyse Service Nombre Total Contrôle des matières premières ST 4 12 BCG 8 Contrôle des articles de conditionnement ST 0 0 BCG 0 Contrôle des protides ST 2 2 Electrophorèse des protides ST 6 6 Volume extractible ST 0 0 BCG immunBCG 9 10 Solvant 1 Teneur en eau des BCG id BCG 2 2 Préparation des solutions : Désignation Nombre Solutions non titrées 54 Solution titrées 25 Solutions tampons 23 Analyse Produit Type Nombre Contrôle de l’environnement (par boite) ST Aerobiocontamination 166 Sédimentation 141 Surface 90 Personnel emprunte 108 Personnel tenue 330 BCG Aerobiocontamination 242 Sédimentation 537 Surface 927 Personnel empreinte 1366 Personnel tenue 2680 Contrôle de l’eau EPPI Contrôle microbiologique 42 Endotoxines 42 Contrôle physicochimique 42 Eau purifiée Contrôle microbiologique 42 Contrôle physicochimique 42 Eau osmosée Contrôle microbiologique 42 Contrôle physicochimique 42 Eau potable Contrôle microbiologique 42
- 149. 148 5. dossiers analytiquesémis : Désignation Nombre Dossier analytique BCG-id 4 Dossier analytique solvant BCG-id 3 Dossier analytique Immun BCG 9 Dossier analytique PAS 6 Dossier analytique PAV 2 Dossier analytique PAR 0
- 150. 149 Service Assurance Qualitéde Production Liste du personnel Prénom, Nom Position Fonction Mr Nizar LAABIDI Directeur de Prodcuction Pharmacien Responsable Technique Mme Leila BARBOUCHE Pharmacien Responsable du service Responsable du service Mme Dorra Ben Abdessalem Ingénieur Principal - Mme Soumaya BEN AMOR Secrétaire - I. Gestion Documentaire I.1 Procédures et enregistrements Procédures et enregistrements révisées et mise en application 2021 • Laboratoire Contrôle qualité - Révision de 19 procédures • Service Assurance Qualité - Révision de 3 procédures • Service de production des Sérums thérapeutiques - Révision de 7 procédures : 1.2 Fiches d’incidents : Nombre total des fiches d’incidents reçues en 2021 : 162 fiches d’incidents Service BCG : 14 fiches d’incidents Service ST : 52 fiches d’incidents Contrôle qualité : 94 fiches d’incidents Service de la maintenance : 01 fiche d’incidents Service de production des plasmas bruts : 01 fiche d’incidents II. Libération des lots en interne 2021 5 lots d’Immun BCG Frais 1 lot Vaccin BCG Lyophilisé Intradermique III. Etalonnages et vérification IV. Etalonnages et vérification • 1-Etalonnage en interne L’étalonnage et la caractérisation des équipements du service de production des vaccins BCG et des sérums thérapeutiques se fait annuellement pendant la période d’arrêt de production c’est à dire le mois de Juin/Juillet 2021. Le tableau ci-dessous mentionne tous les équipements étalonnés en interne par le service métrologie de l’IPT.
- 151. 150 Laboratoire Equipement MarqueIdentification Étendue/plage d’utilisation BCG Autoclave LEQUEUX 1-11/019 121°C et 134°C Balance ADAM PW 214 1-11/082 0.01g à 210g Balance SARTORIUS 1-16/023 50g à 6100g Congélateur HETO 1-26/047 -80°C Congélateur REVCO 1-26/015 -80°C Congélateur SANYO 1-26/027 -25°C Congélateur THERMO 1-26/080 -80°C Congélateur KW 1-26/083 -30°C Enceinte Réfrigérée FIRLABO 1-16/032 4°C Enceinte Réfrigérée REVCO 1-26/042 4°C Enceinte Réfrigérée REVCO 1-02/078 4°C Etuve BINDER 1-02/011 32°C Etuve HERAEUS 1-16/045 37°C Etuve JOUAN 1-15/020 37°C Etuve MEMMERT 1-11/041 80°C Lyophilisateur EDWARDS 1-16/023 121°C Sérums Thérapeutique s Autoclave TELESTAR 2-02/035 134°C Etuve Réfrigérée REVCO 2-05/044 4°C Etuve Réfrigérée REVCO 2-05/043 4°C Etuve Réfrigérée REVCO 2-04/036 4°C Chambre Froide FRIGA BOHN 2-28/072 4°C Balance SARTORIUS 2-20/007 50g à 6100g Balance METTLER 2-20/008 0.5g à 1500g CQ Autoclave LEQUEUX LC 033 121°C Autoclave SYSTEC LC087 121°C Etuve MEMMERT LC 005 22.5°C Etuve MEMMERT LC 006 32.5°C Balance ADAM PW 214 LC093 0.01g à 210g Etuve MEMMERT LC 007 56°C Etuve MEMMERT LC 008 32.5°C Etuve MEMMERT LC 009 37°C Enceinte ALMIA LC 073 2 à 8°C Enceinte Réfrigérée FAGOR LC 074 2 à 8°C Congélateur THERMO LC095 -80°C Baine Marie MEMMERT LC002 37°C Baine Marie MEMMERT LC039 37°C Réfrigérateur SABA LC 068 4°C
- 152. 151 Production des plasmas bruts Four poupinelMEMMERT PPB003 80°C Bain marie MEMMERT PPB004 37°C Chambre froide SABA PPB005 4°C Congélateur FAGOR PPB007 -20°C • 2-Etalonnage en externe Compte tenue du manque de matériel approprié, certaines opérations d’étalonnage sont effectuées en sous traitance. Une consultation externe est lancée chaque année pour le réétalonnage annuel des équipements mentionnés dans le tableau ci-dessous. Cette prestation a été effectuée en mois de Décembre 2020. N° Test à effectuer Qté 1 Caractérisation métrologique des cycles de dépyrogénisation de 3 fours : ST à240°C, BCG à 230°C et CQ à 250°C. 3 2 Caractérisation métrologique d’un four à moufle (0 à 1200°C ) 1 4 Etalonnage des manomètres de pression inclinés des ZAC 30 5 Etalonnage des manomètres numériques des centrales de traitement d’air 12 6 Validation physique et biologique des autoclaves 3 7 Validation physique et biologique des fours de dépyrogénisation. 3 3- Etalonnage des équipements de contrôle de l’environnement Les équipements de contrôle d’environnement de l’unité de production des vaccins BCG et des sérums thérapeutiques sont étalonnés chez les sociétés sont suivants : • Compteur metone • Compteur light house • Les 2 biocollecteurs MAS et MAS 100 V. Qualification des locaux Les systèmes à qualifier sont : Système Périodicité Centrales de traitement d’air 1 fois / ans (Mois de Juin/juillet 2021 pour les 2 services de production de BCG, Sérums thérapeutiques et le laboratoire contrôle qualité) Une requalification du service de production des sérums thérapeutiques sera effectuée en Février 2022 III- Habilitation à l’habillage : Année Personnes habilités Date 2021 MK 29/09/2021 BA 29/09/2021 RT 29/09/2021 ZG 29/09/2021 SD 29/09/2021 III. Approbation des protocoles : • Révision de la liste des équipements de service BCG novembre 2021 • Révision de la liste des équipements de service CQ décembre 2021
- 153. 152 • Révision deplan directeur de validation en décembre 2021 • Révision de protocole de qualification de traitement d'air QP-D1 du service BCG en octobre 2021 • Révision de protocole de validation de nettoyage de la zone classe B en novembre 2021 • Révision de protocole de qualification de traitement d'air QP-D2 du service Sérum en juin 2021
- 154. 153 Unité de Productiondes plasmas bruts Composition de l'équipe Nom/Prénom Position/Fonction Trifi Mounir Vétérinaire/Responsable de l'unité Kochbati Saber Technicien d'élevage Mabrouk Mohamed Ouvrier Nefzi Slim Ouvrier Hamrouni Kais Ouvrier occasionnel Laabidi Mohamed Omar Ouvrier saisonnier Omrane Ben Neya Ouvrier saisonnier Mohamed Hamrouni Ouvrier saisonnier Présentation des activités de l'unité I/ Plasma antiscorpionique 417,5 litres de sérum antiscorpionique brut ont été livrés au laboratoire de purification de sérums thérapeutiques. Ils correspondent à la production de 09 chevaux hyperimmunisés par le venin d'Androctonus australis et Buthus occitanus II/ Plasma antivipérin 217,5 litres de sérum antivipérin brut ont été livrés au laboratoire de purification de sérums thérapeutiques. Ils correspondent à la production de 03 chevaux hyperimmunisés par le venin de vipères Cerastes cerastes et Vipera lebetina III/ Plasma antirabique Pour cette rubrique, il faut bien noter qu'après concertation avec Monsieur le directeur de production, et en attente de la purification du stock considérable existant de plasma brut antirabique, on a bien opté pour l'arrêt provisoire de la saignée des 04 chevaux producteurs de sérum antirabique brut et ce à partir du 12 juin 2019. Objectifs • Principal et stratégique: satisfaire le besoin national en sérums thérapeutiques antiscorpionique, antirabique et antivipérin • Afin d'améliorer les conditions et la qualité du travail, il est important de renouveler les contrats des ouvriers saisonniers, renforcement des capacités. Service recherche et développement de l’Unité de production de vaccin et sérum Liste du personnel Prénom, Nom Position Nizar LAABIDI Pharmacien Responsable Technique Emna BEN SNOUSSI Ingénieur Principal Description des tâches : - Définir les méthodes, les moyens d’études et conception et leur mise en œuvre - Réaliser des tests et essais, analyser les résultats et déterminer les mises au point des procédés - Analyser les dysfonctionnements du procédé de fabrication des sérums thérapeutiques et participer à la mise en place d'une démarche d'amélioration continue. - Validation des méthodes d’analyse utilisées - Titrage des sérums thérapeutiques brut (PAV, PAS et PAR) par ELISA - Contrôler la Numération des unités viables des vaccins BCG au stade PSF - Contrôler la thermostabilité du BCG intradermique - Contrôler la stabilité des vaccins BCG en post marketing - Participer à la validation du procédé stérile (Média Fill Test) - Participer aux investigations en cas de résultats non conformes ou déviation - Veiller au respect des règles d’hygiène et de sécurité du laboratoire Indicateurs de Performance Nombre d'analyses de l’unité de recherche et développement Type d’analyse Nombre Titrage des anticorps anti-scorpionique 10 Titrage des anticorps anti-rabique 1 Titrage des anticorps anti-vipérin 10 Numération des unités viables dans le vaccin BCG intradermique 6 TOTAL 27
- 155. 154 1- Titrage deschevaux producteurs de sérums : Le contrôle mensuel des titres des poches de plasma brut PAS, PAR et PAV a été réalisé par test ELISA. Ce suivi est indispensable pour évaluer l’impact d’un éventuel changement de lot d’antigène et aussi en cas de survenue d’un incident quelconque (baisse du titre, changement de protocole, état de santé de l’animal…). En cas de non-conformité, participer en collaboration avec le service producteur aux investigations et proposer des solutions pour essayer de maintenir un taux d’anticorps satisfaisant. 2- Contrôle de la Numération des unités viables dans le vaccin BCG intradermique : Mise au point d’une méthode de numération des unités viables (NUV) du vaccin BCG intradermique alternatives à la méthode de référence spécifiée par l’OMS et qui est basée sur la NUV par culture sur milieu solide. Des optimisations sont en cours de réalisation et les nouveaux résultats sont plus concordants avec la technique conventionnelle CFU.
- 156. 155 1. Gestion documentaire Assurerle reporting (tableau de bord, rapport d’activité…) pour son activité. Rédaction de procédures : • Procédure d’immunisation des chevaux producteurs de plasma anti vipérin Perspectives pour l’année 2022 • Analyser les dysfonctionnements du procédé de fabrication des sérums thérapeutiques et participer à la mise en place d'une démarche d'amélioration continue • Participer aux investigations en cas de résultats non conformes ou déviation • Participer à l’amélioration du système de management de la qualité. • Développer un test de numération des unités viables de l’immun BCG par XTT en deux temps : o Mettre en œuvre et développer des expériences de numération de l’immun BCG par XTT et établir les meilleurs conditions (temps d’incubation, concentration optimale de travaille) en s’appuyant sur la littérature existante. o Déterminer la stabilité de l’immun BCG par test XTT à différentes température (+4°, 22°C et 37°C) 0,00 1,00 2,00 3,00 4,00 5,00 6,00 7,00 NUV par XTT(10exp6) NUV par comptage
- 157. 156 Soutien technique Service detypage génétique............................................................................... 157 Unité spécialisée Plateforme Technologique IPTOMICS .................................... 162 Service Métrologie............................................................................................... 165 Unités Animalières .............................................................................................. 168 Unité de Cytométrie en Flux................................................................................ 170
- 158. 157 Service de typagegénétique Rapport élaboré par : Rym KEFI, Safa ROMDHANE et Sihem BEN FADHEL. Liste du personnel de la structure désignée, son titre et sa fonction Nom et Prénom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Rym KEFI Maître de conférences universitaire/Responsable du Service LR16IPT05 Safa ROMDHANE Technicienne Principale LR16IPT05 Sihem BEN FADHEL Technicienne Principale LR16IPT05 Considérations générales et pratiques : Le service de typage génétique a été créé en 1998, il a pour mission de vérifier la filiation par analyse de l'empreinte génétique. Ce service répond aux demandes de recherche de paternité dans le cadre de la loi n°98-75 du 28 octobre 1998, relative à l’attribution d’un nom patronymique aux enfants abandonnés ou de filiation inconnue. Cette loi institue pour la première fois en droit tunisien, la possibilité pour l’enfant naturel ou abandonné, d’intenter une action pour la recherche de paternité par le biais de l’analyse génétique. Les laboratoires où sont exécutées les tests de paternités doivent répondre à des exigences très strictes, en infrastructure et équipement adaptés aux techniques de biologie moléculaire, une garantie d’absence de toute contamination, des locaux assurant une confidentialité absolue, un personnel compétent tels que défini dans la circulaire n° 52/99 relative à la réalisation de la recherche de paternité par analyse d’empreintes génétiques et justifiant de travaux ou d’expérience d’un niveau suffisant dans les activités d’application de la biologie moléculaire. En plus de la vérification de la filiation par analyse de l'empreinte génétique, le service de typage génétique fourni les analyses suivantes : ➢ Le contrôle de qualité des contaminations fœto-maternelle pour le diagnostic anténatal des maladies génétiques ➢ Confirmation de l’identité des personnes vivantes ➢ L’identification de reste humain sur du matériel biologique post-mortem dégradé. Le service de typage génétique de l’IPT est le seul service à Tunis qui fournit des résultats de test de paternité renforcés par un calcul statistique de probabilité de paternité/maternité. De plus, nous continuons à enrichir le service de typage génétique par de nouvelles analyses en réponse aux demandes des juges. Ainsi, nous avons introduit la vérification de liens de parenté entre la fratrie (test de fraternité) par analyse de l'empreinte génétique et en appliquant les probabilités de fraternité utilisées à l’échelle internationale. Notre expertise scientifique est sollicitée par les autres services de typage génétiques à Tunis (Hôpital Charles Nicolle et Hôpital Habib Thameur) et le laboratoire de police scientifique de Tunis avec qui nous avons des collaborations solides. Cependant malgré l’excellence scientifique de l’équipe du service de typage génétique de l’IPT et le rayonnement de ce service à l’échelle nationale et internationale nous sommes confrontés à des difficultés que nous reprenons à chaque rapport annuel et qui ne sont pas encore surmontées : 1-Problème de locaux: Le service de typage génétique utilise en commun avec le Laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique (LR16IPT05) trois salles : ➢ Un bureau pour la technicienne et le secrétariat où sont maintenus les archives du service de typage et celles du laboratoire LR16IPT05. ➢ Une salle de Pré-PCR où s’effectuent les extractions d’ADN et PCR pour le typage génétique et les PCR pour le laboratoire LGBMO. Cette salle héberge également la banque de matériel biologique du laboratoire. ➢ Une salle de Post-PCR qui héberge le séquenceur automatique ABI3130, un serveur et 4 réfrigérateurs/congélateurs ce qui représente une surcharge en appareil électrique et une augmentation de la température de la salle. Les deux climatiseurs, qui fonctionnent continuellement pour maintenir une basse température de la salle, tombent souvent en panne ce qui nuit au bon fonctionnement du séquenceur automatique
- 159. 158 ABI3130 et conduità des pannes fréquentes et des profils génétiques non interprétables. Ce qui nous oblige à refaire les réactions et engendre un surcout pour les réactions de génotypage. La salle qui nous a été accordée depuis 2012 (au rez de chaussée du bâtiment Etienne Burnet) pour installer le service de typage, n’a été libérée qu’en septembre 2019. L’aménagement de la salle avance très lentement. Les paillasses ont été installées. Le revêtement a été refait ainsi que la peinture. Depuis 2021, nous attendons l’installation des cloisons pour séparer les différentes activités Pré-PCR et Post-PCR. 2-Problème d’équipement : L’utilisation de locaux et des équipements en commun avec le laboratoire LR16IPT05 entraine des difficultés de gestion et une surcharge de l’utilisation de l’équipement. Le séquençeur ABI3130 obtenu en 2006 suite à un don du ministère de la femme a vieilli est arrivé en fin de vie. Le séquençeur a connu une série de panne depuis octobre 2017. Pour assurer la continuité de l’activité du service, nous avons utilisé le séquenceur du laboratoire de la police scientifique pour la période de Novembre 2017 au décembre 2019. Nous signalons que le service de typage génétique de Sfax et de l’hôpital Habib Thameur ont arrêté leurs activités en 2019 à cause de la panne de leurs séquenceurs (achetés par le ministère de la santé en 2006). Une partie de leurs dossiers ont été transférés à notre service. L’activité du service de typage de l’IPT s’est arrêtée durant le confinement sanitaire en mars 2020. Après la reprise de l’activité, le séquençage est tombé en panne en octobre 2020. Une demande d’achat d’un nouveau séquenceur accompagné d’un dossier scientifique a été adressée au ministère de la santé depuis le 5 janvier 2020. Nous attendons toujours l’achat du séquenceur. Nous avons voulu finaliser les 11 dossiers en attente de réalisation, en utilisant le séquenceur de la police scientifique comme nous l’avons fait auparavant. Sauf que malheureusement le séquenceur de la police scientifique est tombé aussi en panne et à cause de la pandémie du COVID-19, il y a un grand retard dans l’achat des pièces de rechange et des réactifs. Par ailleurs, nous avons pris contact avec l’hôpital Habib Thameur, pour trouver un accord pour l’utilisation de leur séquenceur. En effet, le ministère de la santé a acheté un nouveau séquenceur pour l’hôpital Habib Thameur en 2020 sauf qu’il n’a pas été utilisé et leur activité de typage génétique n’a pas été reprise jusqu’à aujourd’hui à cause du manque de personnel. 3-Problème de ressource humaine : ➢ La responsable du service assure cette activité, bénévolement, en plus de son activité de recherche, d’encadrement et d’enseignement universitaire. ➢ La partie analytique est assurée par une seule technicienne Madame Sihem Benfadhel. Il est indispensable d'avoir une deuxième technicienne pour assurer la continuité de travail en cas d'absence de la première et pour la double lecture des allèles. En effet, la double lecture est assurée par la responsable du service, des doctorants sous la supervision de la responsable du service ou par les techniciennes du laboratoire de la police scientifique quand le typage génétique est réalisé au laboratoire de la police scientifique. Durant la pandémie COVID-19, la technicienne du service de typage génétique Madame Sihem Ben fadhel a renforcé l’équipe du service de virologie clinique de l’IPT depuis novembre 2020 jusqu’à novembre 2021. Elle a assuré l’organisation et la coordination entre la salle de prélèvements de l’IPT et l’équipe COVID-19 au niveau du service de virologie clinique pour tout ce qui concerne les tests PCR-COVID 19 destinés aux voyageurs. Elle a contribué également à l’organisation de la base des résultats entre le laboratoire de virologie clinique et l’observatoire des maladies nouvelles et émergentes. Elle a aussi participé activement aux activités de diagnostic et de surveillance du SARS-CoV2 et la gestion de la phase pré-analytique d’enregistrement des analyses de RT- PCR en temps réel des femmes enceintes et des nouveaux nés dans le projet « Infection au SARS-CoV2 chez la femme enceinte : étude prospective pour l’investigation clinico-biologique de l’impact de l’infection sur la santé de la mère et sur l’issu de la grossesse ». En attendant, l’achat du séquenceur est la reprise de la réalisation des tests de paternité : *Madame Ben fadhel s’occupe du rangement des congélateurs et l’aliquotage des échantillons du sang relatifs aux demandes de test de paternité afin d’assurer un meilleur archivage de la banque du matériel biologique et une meilleure gestion des espaces au niveau des congélateurs surtout que nous attendons depuis au moins deux années l’achat d’un nouveau congélateur. *Nous développons de nouveaux tests de typage génétique comme le test pharmacogénétique pour la réponse aux antidiabétiques oraux et le test génétique pour le diagnostic des formes monogéniques du diabète. En effet, suite à l’appel à propositions lancé en 2021 par l’Agence Nationale de la Promotion de la Recherche scientifique (ANPR) nous avons eu l’acceptation de deux projets MOBIDOC-Postdoc : Projet 1 : Mise au point d’un test génétique pour le diagnostic des formes monogéniques de diabète chez la population tunisienne. (Postdoctorant Dr Hamza Dallali).
- 160. 159 Projet 2 :Développement d’un test pharmacogénétique pour la réponse aux antidiabétiques oraux (Postdoctorante Dr Haifa Jmel). Le Service de typage génétique à l’Institut Pasteur de Tunis est le service bénéficiaire de ces projets dont Dr Rym Kefi est la responsable scientifique. L'activité du service est également renforcée par le conseil scientifique et juridique composé par Prof Samir Boubaker et Mr Chedly Tayari. Mme Nesrine Ghanem, Mme Fatma Khardani, Mr Sahbi Miraoui Mme Amira Ammar et M. Amor El Arbi Baccouche assurent les prélèvements sanguins. Chiffres clés du service en 2021 3 profils génétiques réalisés (équivalent à 1 dossier) A cause de la panne du séquenceur, nous étions dans l’obligation de rembourser les dossiers non analysés en 2020 et d’informer par courrier les autorités judiciaires demandeuses de ces tests (un total de 11 dossiers).
- 161. 160 Unité d'Ecologie desSystèmes Vectoriels Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Elyes Zhioua Biologiste Principal LTCII Ifhem Chelbi Biologiste Adjointe LTCII Imen Labidi Vétérinaire Saifedine Cherni Technicien Supérieur Mehdi Jemâai Ouvrier Mohamed Ouslati Ouvrier Malek Trimèche Etudiante en thèse es Sciences Mohamed Abbas Etudiant en thèse es Sciences Khouloud Maghraoui Etudiante en thèse es Sciences Oumaima Jelassi Etudiante en thèse es Sciences Depuis sa création en 2002, l’Unité d’Ecologie des Systèmes Vectoriels (UESV) joue le rôle d’une plateforme d’élevage à l’Institut Pasteur de Tunis. Cette unité est une plateforme de production de phlébotomes destinés à la recherche. Elle a également la spécificité de produire des phlébotomes infectés artificiellement par des leishmanies à savoir Phlebotomus papatasi/Leishmania major et Phlebotomus perniciosus/leishmania infantum. En parallèle à la production de phlébotomes, cette unité possède également une activité de recherche sur l’écologie des phlébotomes et participe à des projets de recherche en collaboration avec des laboratoires au sein de l’IPT et avec d’autres laboratoires à l’étranger. Pourquoi les phlébotomes ? Les phlébotomes sont les vecteurs principaux des leishmanioses. En Tunisie, la leishmaniose sous ses différentes formes cliniques est la maladie à transmission vectorielle la plus importante et de ce fait elle représente un problème majeur de santé publique. Les parasites Leishmania infectant les mammifères dont l’homme sont transmis uniquement par la piqûre de femelles. But de la plateforme d’élevage Permettre aux collaborateurs scientifiques d’étudier les interactions entre les parasites Leishmania responsables des leishmanioses et leurs hôtes phlébotomes et mammifères. L’UESV produit en masse des phlébotomes du genre Phlebotomus en particulier Phlebotomus papatasi et Phlebotomus perniciosus vecteur principal respectivement de Leishmania major et Leishmania infantum. Les élevages de la plateforme répondent à différents objectifs scientifiques : 1. Certaines protéines de glandes salivaires de P. papatasi sont considérées comme vaccin contre L. major. Elles sont également utilisées comme indicateur d’exposition dans des enquêtes immuno- épidémiologiques qui tendent à montrer le degré de contact entre Homme-Vecteur et sa corrélation avec la protection. 2. L’utilisation du système P. papatasi/L. major dans les expériences de pré-immunisation et de challenge contre L. major dans le modèle murin. Cette méthodologie est nouvellement adoptée à travers le monde comme méthode de choix dans les expérimentations de pré-immunisations et de challenges pour des essais vaccinaux. 3. L’utilisation du système P. perniciosus/L. infantum dans les expériences de pré-immunisation et de challenge contre L. infantum dans le modèle canin. 4. Le développement de pièges à bases de phéromones sexuelles de P. papatasi et de P. pernicious. 5. L’étude des interactions leishmanies/phlébovirus au niveau du vecteur et du réservoir. 6. L’impact des changements environnementaux sur l’émergence de la leishmaniose viscérale zoonotique. 7. L’étude du microbiome 8. Tester la résistance des phlébotomes aux insecticides Infection artificielle des phlébotomes
- 162. 161 Projet de recherchéfinance Live attenuated vaccine against Leishmania infantum. 2018-2021. The Wellcome Trust, UK. WHO multi-centre laboratory study to determine discriminating concentrations of insecticides for monitoring resistance in sand-fly vectors. 2020-2021. The World Health Organization. Indicateurs de Performance 2021 1600 services réalisés 1500 services réalisés pour les structures de l’IPT 18000 services réalisés pour les structures hors IPT 4 Publications dans des revues internationals
- 163. 162 Unité spécialisée PlateformeTechnologique IPTOMICS PERSONNEL DE LA PLT-IPTOMICS Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Sinda Zarrouk Biologiste Chef de la PLT-IPTOMICS/auditeur interne Qualité Neila Khabouchi Technicienne Sup. Major Surveillante/ Répondant Qualité Mohamed Zouari Ingénieur Principal Ingénieur / Répondant Communication Saifeddine Azouz Ingénieur En chef Ingénieur / Répondant Informatique STRATEGIE DE LA PLT-IPTOMICS ✓ Déploiement de la norme ISO-9001 en vue de la certification de la PLT ✓ Être opérationnel en NGS (DNAseq, RNAseq, Métagénomique) ✓ Renforcement en Ressources Humaines ✓ Habilitation du personnel de la PLT (Qualité, analyses, bioinformatique) ✓ Intégration de nouvelles Technologies de pointe ✓ Valorisation de PLT- IPTOMICS LISTE DES EQUIPEMENTS DE LA PLT-IPTOMICS ✓ Séquençeur Sanger 3500 (Applied Biosystems) ✓ LightCycler 480 II (Roche) ✓ Iseq100 Illumina ✓ Bionalyseur 2100 Agilent ✓ Spectrophotomètre « QIAxpert» (QIAGEN) ✓ Automate d’électrophorèse capillaire « QIAxcel Advanced » (QIAGEN) ✓ Fluoromètre « Qubit » (Thermofisher) ✓ Thermocycleur à gradient « SureCycler 8800 » (Agilent) ✓ Sonicateur «bioruptor UCD-200» (Diagenode) ✓ Cytomètre en flux compact « Muse Cell Analyzer » (Merck) ✓ Gel documentation (libre-service) PRESTATION/ CONVENTION/ COLLABORATION 1.Prestations internes réalisées : Séquenceur « Genetic Analyzer 3500 ABI» Désignation de l’Analyse Valeur en B du test Nombre de tests réalisés Structures Pasteurienne d’Affiliation Injection Séq capillaire 59,406 8 LR16 IPT 01 Injection Séq capillaire 1 544,556 208 LR16 IPT 02 Injection Séq capillaire 7 485,156 1006 LR16 IPT 03 Injection Séq capillaire 4 514,856 608 LR16 IPT 04 Injection Séq capillaire 11 346,546 1524 LR16 IPT 05 Injection Séq capillaire 594,06 80 LR16IPT 06 Injection Séq capillaire 3 920,796 528 LR16 IPT 07 Injection Séq capillaire 1 544,556 208 LR20 IPT 02
- 164. 163 Injection Séq capillaire3 148,518 420 Laboratoire de Virologie Clinique Total Analyses et Tests Total tests 4590/ Total Valeurs en B: 34 159,45 2. Prestations externes réalisées : Séquenceur « Genetic Analyzer 3500ABI» Désignation de l’Analyse Nombre de tests réalisés Structures Génotypage capillaire ADN 3500 300 Structure hors Pasteur Total Analyses et Tests 300 Nombre total des services réalisés en 2021 Nombre total des services réalisés pour les structures de l’IPT en 2021 Nombre total des services réalisés pour les structures hors IPT/2021 Chiffre d’affaires réalisé en 2021 (DT) 4890 4590 300 Structures IPT : Gratuit Structures hors IPT : achat consommables 3. Prestations internes réalisées : « LightCycler 480 II » Désignation de l’Analyse Valeur en B du test Nombre d’heures des tests réalisés Structures Pasteurienne d’Affiliation Injection RT-PCR LC480 0 20 LR16 IPT 01 Injection RT-PCR LC480 0 14 LR16 IPT 02 Injection RT-PCR LC480 0 34 LR16 IPT 03 Injection RT-PCR LC480 0 46 LR16 IPT 04 Injection RT-PCR LC480 0 50 LR16 IPT 05 Injection RT-PCR LC480 0 26 LR16 IPT 06 Injection RT-PCR LC480 0 70 LR20 IPT 02 Total d'heures des runs effecutés au LightCycler 480 260 4. Prestations internes en cours de réalisation : Séquenceur NGS Désignation de l’Analyse Séq Structures Préparation de librairie ADN-seq 3 génomes COBRA-DNA LR 20 IPT 01 / LR 16 IPT 09 Préparation de librairie ARN-seq 6 CANDIDA-RNA LR 16 IPT 01 Préparation de librairie Métagénomique 82 Dia Biomark_Shotgun LR 16 IPT 05 Total Analyses en cours de realisation 91 échantillons NGS PARTICIPATION ET COLLABORATION DANS DES PROJETS NATIONAUX ET INTERNATIONAUX : - Projet PAQ CR2S - Project CIC-2017-HT04 - EU project LeiShiledMati - H2020-MSCA-RISE-2017 - Project PHINDaccess H2020 WIDESPREAD-05-2017-Twinning - Project WELLCOME TRUST The COBRA-NGaV FORMATION, ANIMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNOLOGIQUE
- 165. 164 La PLT-IPTOMICS participeet organise des formations théoriques, pratiques, individuel ou en groupe, des stages de perfectionnement et d’encadrement de collégiens, lycéens et étudiants sur le séquençage et génotypage avec traitement des données. VEILLE TECHNOLOGIQUE Organisation de réunions et de rencontres avec les fournisseurs en vue de répondre aux besoins institutionnels : ✓ En technologie NGS HT ✓ En technologie SPECTRO ✓ En technologie CONFOCAL Chiffres clés du service en 2021 91 échantillons NGS 6 participations et collaboration dans des projets nationaux et internationaux
- 166. 165 Service Métrologie Liste dupersonnel : Nom et Prénom Position Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Wafa AGREBI Technicien principal Technicien principal Lassaad AYADI Technicien principal Technicien principal Riadh AJILI Technicien principal Technicien principal I - Présentation : Le service Métrologie a été créé pour répondre aux exigences des différents référentiels de diverses activités de recherche, de production, de contrôle et de diagnostic des laboratoires de l’Institut. Chacun de ces référentiels (BPF,BPL,GBEA, ISO 17025,…) possède un nombre d’exigences en matière de caractérisation des équipements et de l’étalonnage des instruments de mesures, de contrôle et d’essai ayant un caractère critique. Le service comprend une équipe de trois techniciens polyvalents travaillant sous la responsabilité du, chef service Métrologie ,Mme Dorra BEN ABDESSALEM. Vous trouverez ci-dessous les détails de notre activité durant l’année 2020 avec un plan d’action prévisionnel pour l’année 2021. II - Principales réalisations en 2021: 1. La grandeur Température : 1. Raccordement en température de notre chaîne de travail par rapport à la chaîne de référence - Campagne 1 en juin 2021 : Raccordement de 10 étalons de travail - Campagne 2 en juin 2021 : Raccordement de 10 étalons (presse étoupes). 2. Vérification métrologique des équipements sur site des différents laboratoires de l’IPT: cette vérification se fait en se basant sur la norme NFX 15 140 pour les « Enceintes thermiques et climatiques», la norme EN 285 pour la « validations de routine » des stérilisateurs et la norme EN 554 « grands stérilisateurs ». 3. Etalonnages des thermomètres et des enregistreurs de températures des différents laboratoires de l’IPT. 4. Pour les équipements caractérisés, des rapports de vérification métrologique et des certificats d’étalonnages ont été établis et ils sont transmis aux responsables des laboratoires (Voir Annexe 1 et Annexe 2). 2. La grandeur Masse : Dans le cadre de notre activité métrologique au sein de l’IPT, nous continuons à élaborer, en collaboration avec tous les laboratoires, un programme d’étalonnage annuel pour toutes les balances et à définir l’organisation de notre intervention dans ce cadre. Les balances, signalées ci-dessous ont été caractérisées et ce, selon un planning, une périodicité de réétalonnage fixée à une fois par an. Laboratoire / Service Marque BCG ADAM-PW214 SARTORIUS BP6100 Sérums Thérapeutiques SARTORIUS BP6100 METTLER. PB 1502 Contrôle Qualité ADAM.PW214 EU-C 2002-20
- 167. 166 Toxines Alimentaires OHAUS Unitéde la Rage OHOUS AP214C-20 Tableau 1 : Réalisations en Masse 3. La grandeur volume : ▪ La solution actuellement adoptée, consiste à intervenir sur demande sur les pipettes pour les vérifier, les calibrer, les entretenir et les réparer, en utilisant la méthode gravimétrique. III – Réalisations à entreprendre en 2022 : Les actions prévisionnelles à entreprendre en 2022 sont : • Raccordement de nos étalons de référence (chaîne de référence de température et masses étalons).Ce raccordement aura lieu à l’LNE (Laboratoire National de métrologie et essai français). • Réétalonnage de la chaîne de travail par rapport à la chaîne de référence. • Recaractérisation des enceintes thermiques selon les dates préétablies. • Vérification périodique des micropipettes. • Amélioration des pratiques. • Etablissement d’un parc d’activité qui assurera la traçabilité de nos résultats de mesure. Annexe -1- : Conformité en Température 2021 Nombre Conforme 107 Non Conforme 9 Total 116
- 168. 167 Annexe -2- :Conformité en Température des équipements caractérisés des Différents laboratoires en 2021
- 169. 168 Unités Animalières Composition del’équipe Personnel Scientifique Degrach Imen ,Responsable Issam Ayari ,Technicien Personnel ouvrier CHIHI Adel, Faouzi Okbi, Hezzi Moncef Yassine Ben Laffa Bechir Ben Saad Missions Le Service des Unités Animalières a continué à assurer ses missions classiques : • Elevage des animaux de laboratoire dans les conditions requises, en fonction des particularités de l'espèce et de la souche, dans la limite des moyens mis à la disposition. • Fourniture aux utilisateurs internes des animaux de laboratoire (souris, rats ,lapins) dont ils ont besoin selon les caractéristiques d'espèce, de souche, de lignée, de sexe, d’âge ou de poids. • Vente des animaux pour les institutions de recherche et d’enseignement (universités, hôpitaux, lycées ,laboratoires). • Hébergements et soins apportés aux animaux en cours d’expérimentation. • Assistance technique aux utilisateurs internes pour ce qui est de la manipulation des animaux au cours de la réalisation de leurs protocoles expérimentaux. • Assistance scientifique aux intervenants externes et internes pour la conception et la réalisation de certains protocoles expérimentaux sur leur demande. • Formation des utilisateurs en vue de leur habilitation à la manipulation des animaux. • Accueil de stagiaires dans le cadre de leur cursus universitaire (stages ouvriers, stages de fin d’études). 1 :Fourniture d’animaux : La répartition fine par espèce, souches et domaine d’utilisation est résumée dans le tableau suivant. Tableau : utilisation des rongeurs de laboratoire : Espèces Souches Destination Quantités S /Totaux Totaux Souris Swiss Utilisation interne 6200 6200 11150 vente LNCM 3500 4250 Autres 750 Balb/C Utilisation interne 450 550 Vente 100 C57BL/6 Utilisation interne 150 150 Vente 0 Rats Wistar Utilisation interne 1400 2600 2600 Vente 1200 2 :Encadrement et stages : *Les stages ont concerné : Des étudiants de la Faculté de science. *L’unité Animalière a reçu des stagiaires de 3ème (14-15 ans) du collège International School de Carthage. Ces stages ont pour objectif de leur faire découvrir le monde professionnel. 3 :Formation pratique à la manipulation des animaux de laboratoire : Formation en interne : sur demande de leurs services d’accueil, Mme Degrach Imen, a assuré la formation d’ouvriers, techniciens et étudiants à la manipulation et la prise de sang sur des animaux de laboratoire. 4 :Travaux réalisés à L’unite : *Projet géré par les Drs Erij Messadi et Sadri Znaidi :
- 170. 169 déterminer la relationde causalité entre le développement des Maladies Inflammatoires de l’Intestin (MII) et la sévérité de l’infarctus du myocarde (IDM), en utilisant un modèle animal de MII chez la souris, soumis par la suite à des expériences d’ischémie-reperfusion (IR). L’impact des déterminants pathogéniques de la MII (colite, dysbiose, prolifération fongique) sur l'IR est actuellement à l’étude. Les aspects mécanistiques associant MII et sévérité de l’IDM seront par la suite explorés, avec pour corollaire une meilleure prévention de l’IDM induit dans un contexte pathologique de MII. *projet géré par Dr Ines Bini Dhouib : Etablir et valider des modèles expérimentaux murins de la sclérose en plaques en appliquant des produits chimiques par divers tests comportementaux, histologique et biochimique. *projet géré par Dr CHOKRI BAHLOUL : Déterminer les pouvoirs immunogènes de ces différents candidats vaccins à base d’ADN chez la souris BALB/c et chez le lapin. Chiffres clés du service en 2021 1 formation interne 3 projets
- 171. 170 Unité de Cytométrieen Flux Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction (exemple) Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Mohamed Ridha Barbouche Professeur hospitalo- Universitaire/Chef de service Laboratoire de Cyto-Immunologie Laboratoire de Recherche LR11IPT02 Beya Largueche Technicienne Supérieure Major/Surveillante Laboratoire de Cyto-Immunologie Amira Safi Technicienne Supérieure Laboratoire de Cyto-Immunologie Souad Hnena Technicienne Supérieure Laboratoire de Cyto-Immunologie En 2021, l’Unité a poursuivi son activité de service en cytométrie, utilisant le cytomètre 6 couleurs BD FACS Canto II. Le fonctionnement du matériel est optimal et la nouvelle organisation du travail sur ce matériel plus compact continue de faciliter l’accès à de plus en plus d’utilisateurs avec un choix de paramètres d’analyses plus large. Les interventions d’entretien régulier ont été effectuées comme prévu dans le contrat de maintenance. Les analyses de cytométrie en flux sont effectuées au profit des différents laboratoires de l’Institut incluant: - Tous les groupes du Laboratoire d’Immunologie pour les activités de diagnostic (DIPs, HIV…) et de recherche (DIPs, leishmaniose, adhésion leucocytaire…). - Laboratoire d’Anatomie pathologique et de Cytologie (cycle cellulaire et cytologie des LBA). - Laboratoire d’Hématologie (Phénotypage des leucémies, Etude de l’Hb fœtale intra-erythrocytaire). Plus de 10000 échantillons ont été analysés sur le cytomètre en 2021, incluant les activités de diagnostic et de recherche. Chiffres clés du service en 2021 10 000 services 31 services nouvellement introduits
- 172. 171 Soutien logistique Direction informatique......................................................................................................................172 Bibliothèque de l’Institut Pasteur de Tunis ...................................................................................... 183 Unité Spécialisée Valorisation et de Transfert Technologique........................................................ 190 Unité spécialisée Communication, Science et Société ................................................................... 192
- 173. 172 Direction informatique Composition del’équipe Prénom, Nom Position/Fonction Wassim Ben Salah Analyste Principal en informatique/Responsable informatique Kamel Daassi Analyste Principal en informatique Mouna Maaroufi Technicienne en informatique 1 Missions de la Direction Informatique La Direction Informatique met en œuvre la politique de l’évolution du système d’Information pour répondre aux objectifs liés à la stratégie de l’institut. Elle met à la disposition de tous les acteurs de l'institut les moyens informatiques d'intérêt général permettant de développer la recherche et d'accroître l'efficacité de la gestion de l'institut. Dans ce cadre, la Direction Informatique est chargée de gérer les ressources informatiques, d'être un pôle de compétences relatif aux nouvelles technologies de l'information et de la communication et d’offrir les services associés pour l’ensemble des usagers de l’institut. La Direction Informatique a pour principales missions : • Mise en œuvre du système d’information global. • Mise en œuvre des projets informatiques de l’institut. • Maintenir et faire évoluer le système d'information, • Elaborer et mettre en œuvre la politique de sécurité des systèmes d’information, et assurer la veille sur l'évolution des risques, • Prendre en charge l’intégration des applications informatiques. • Administrer et exploiter les serveurs administratifs et communs • Gérer les serveurs d'annuaires et fournir des services numériques aux usagers (messagerie électronique, réseau sans fil, ...) • Maintenir le parc informatique, planifier les interventions d'installation, de configuration et de dépannage de matériels mis à la disposition de l'administration et des chercheurs scientifiques, et gérer les priorités, • Etablir l'inventaire du parc informatique et des logiciels en service dans tout l’institut • Gérer le réseau informatique et faire évoluer l'infrastructure matérielle dans tous les bâtiments de l’institut. • Etablir les schémas du réseau informatique. • Gérer les équipements audiovisuels et les systèmes de visioconférence (IP et RNIS), • Mettre en place une politique de sauvegarde et d'archivage des données, • Assistance des utilisateurs dans tout ce qui touche à l'informatique au sens large. Réalisations en 2021/2022 Système d’Information : 1- Application de Gestion de la vaccination: Depuis des années l'IPT trouve des difficultés à gérer et à maintenir l'application "Gestion de la vaccination" qui a été développée par la société "Simac" depuis 2002 et qui refuse de faire le support technique, a cet effet l'IPT a lancé une consultation en novembre 2018 pour la mise en place d'une nouvelle solution pour la gestion de la vaccination, cette application sera intégrée avec l'application la gestion des Analyses Médicale "prolab", cette intégration nous garantit l'optimisation des processus de gestion et la cohérence et l'homogénéité des informations. L’implémentation et l’exploitation de cette solution a été réalisée depuis le mois de mars 2021. 2- Mise en production des Applications de CIMS (Centre Informatique de Ministère de la Santé) Suite aux recommandations de la Direction Générale, pour la mise en production des applications de CIMS qui ne sont pas exploitées à l’IPT à fin d’avoir un système d’information intégré et ce pour garantir la transparence des processus, le plan d’action suivant a été mis en place pour aboutir cet objectif : Mois d’Avril
- 174.
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- 176. 175 Aménagement d’une nouvellesalle de formation : L’Institut Pasteur de Tunis a transformé l’ancienne salle de TP du rez-de-chaussée du bâtiment du recherche en salle de formation à cet effet des travaux de câblage réseaux informatiques ont été réalisés et une solution interactive a été mise place. Plan de la salle de formation 1- Câblage informatique Les travaux de câblage réseaux informatiques qui ont été réalisés sont constitués des éléments suivants : Produit Description Quantité Armoire informatique Armoire Réseau informatique 19'' 12 U 1 Switch Switch d’accés niveau 2 1 Bandeau électrique Bandeau électrique 2 8 port (2P+T) 1 Prise informatique Prise RJ45 UTP cat 6 (complet) 32 PLATINE-24P-CAT6-E Platines de brassage 19" 24 ports RJ45 Cat 6 (équipées) 2 GUIDE CORDON Guide cordon de brassage horizontal au format 19"- 1U 1 CORDON-UTP-CAT6-1M Cordon de brassage surmoulé RJ45, UTP, CAT6, 1m 32 CABLE-UTP-CAT6 Câble Informatique UTP, CAT6, PVC 800m Molure Molure 25/16 40 m
- 177. 176 Tube gorge Tubegorge diamètre 16 100 m MAIN D'ŒUVRE Tirage de câble, câblage de connectiques, installation des prises, brassage, esthétique , étiquetage, 32 TEST Test et certification des prises et remise de rapport de test 32 2- Soltution interactive La solution interactive qui a été mise en place est constituée des éléments suivants : Produit Description Quantité Tableau blanc Tableau Blanc interactif avec support Murale 1 Vidéo Projecteur Vidéo Projecteur avec support Murale 1 Licence Licence pour Logiciel interactif 1 Câblage Câble HDMI 10 m, Câble HDMI 3 m, prise HDMI, molure pour prise HDMI 1 Installation et Mise en service Installation et mise en service y compris câble électrique 1 Formation Formation 2 x 1/2 journée sur l'utilisation du tableau 1 Renouvèlement abonnement Cluster Firewall Avec remplacement des boitiers : L'Institut Pasteur de Tunis a acquis en octobre 2017 deux Firewalls UTM de marque Cyberoam CR200iNG qui fonctionnent en mode Passif/Actif avec un abonnement de 3 ans qui à été renouvelé pour une année en décembre 2020, les boitiers sont devenus obsolètes et qui devraient être remplacés. A cet effet l’Institut Pasteur de Tunis a lancé une consultation en décembre 2021 pour renouveler l'abonnement pour une année avec remplacement des deux boitiers. Descriptif de l'existant : Deux Firewalls UTM de marque Cyberoam CR200iNG ayant comme numéros des séries respectivement C35316263107-E8D5PW et C35316263166-ZASOI7
- 178. 177 Le soumissionnaire doitfournir une offre financière de renouvèlement de l'abonnement pour une année avec remplacement des deux boitiers Renouvèlement abonnement WAF (Web Application FireWall) : L'Institut Pasteur de Tunis possède depuis avril 014 un WAF de marque Barracuda Web Application Firewall 360, ayant comme numéro de série BAR-WF-489311 et que son abonnement sera expiré le 05 avril 2021 A cet effet l’Institut Pasteur de Tunis a lancé une consultation en avril 2021 pour le renouvèlement de l'abonnement de son WAF pour une période de 3 ans. Descriptif de l'existant : WAF de marque Barracuda Web Application Firewall 360 et ayant comme numéro de série BAR-WF- 489311
- 179. 178 Le soumissionnaire doitfournir une offre financière de renouvèlement de l'abonnement pour une période de 3ans. Mise en place de deux liaisons Fibre Optique : L'Institut Pasteur de Tunis a lancé une consultation en Avril 2022 pour l’acquisition de deux liaisons fibre optique, une liaison de débit de 100 Mo pour l’Institut Pasteur de Tunis (en remplacement de la liaison existante laquelle son abonnement est expiré) et l’autre de débit 20 Mo avec service de Firewall managé et sécurisé pour notre annexe de la Soukra pour remplacer la liaison Frame Relay qui est en panne est irréparable. Description du besoin : L’Institut Pasteur de Tunis a choisis de recourir à deux liaisons internet sur fibre optique entreprise (deux lots). Il est demandé aux entreprises de faire une proposition de contrat pour une durée de 3 ans pour chaque lot. Lot 1 : Solution pour l’IPT à son siège sociale : La solution de base comprend : ➢ Liaison Fibre Optique de 100 Mo avec 32 adresses IP publiques. ➢ Un routeur ➢ La redirection automatique des E-mails sera assurée par le fournisseur (relais SMTP). ➢ Réservation de trois noms de domaines ➢ Coordonnées GPS : 36.823680, 10.178885 Lot 2 : Solution pour l’IPT à son annexe de la Soukra : La solution de base comprend : ➢ Liaison Fibre Optique de 20 Mo avec 1 adresse IP publiques. ➢ Un routeur
- 180. 179 ➢ Un FireWallmanagé en haute disponibilité actif/passif. ➢ Coordonnées GPS : 36.873374, 10.236159 Les Prestations et les services : ➢ Le prestataire installera la liaison fibre optique et ses équipements pour délivrer le service auprès des occupants dans le local technique de l’IPT. ➢ Le prestataire doit minimiser toute coupure réseau préjudiciable, et le délai d’exécution ne devrait pas dépasser 30 jours à compter de la notification du marché. ➢ Le prestataire disposera de la licence d’opérateur de télécommunications permettant de délivrer des accès internet sur le domaine public et de respecter la réglementation applicable aux fournisseurs d’accès à internet. ➢ Le prestataire sera l’unique interlocuteur de l’IPT, tant pour l’accès internet que pour les prestations sous -jacentes (GUICHET UNIQUE). La Maintenance et les garanties: Le prestataire fournira un service de hotline accessible du lundi au vendredi de 8h00 à 18h00. Il assurera les prestations de maintenance corrective sur la même plage horaire. La maintenance corrective pourra être effectuée à distance, si les moyens du prestataire le lui permettra. Engagements de service: Le prestataire est expressément soumis à une obligation de résultat pour l’ensemble des prestations objet de la présente consultation. A minima, il est demandé l’engagement de service suivant, sur les liaisons haut débit : ➢ GTR (Garantie de Temps de Rétablissement) : sous 4h00, du lundi au vendredi de 8h à 18h, intervention à distance et/ou sur site ➢ La fourniture des pièces de rechange et de tous matériels nécessaires au bon fonctionnement du service est à la charge du prestataire. Acquisition d’un nouveau serveur Rack : L’Institut Pasteur de Tunis a acquis en mois de mai 2022 un nouveau serveur Rack pour héberger nos applications métiers (application de gestion des analyses médicales Prolab, application gestion de la vaccination internationale…etc.) avec les spécifications techniques suivantes : - 2 processeurs Intel Xeon Silver 4208 (8 cœurs, 2.1 Ghz, 11 Mo de mémoire cache). - 64 Go de Mémoire Vive - 2 Ports réseau 10GB, 2 Ports réseau 1GB - Contrôleur Raid (0.1.5.6.10) - 4 Disques dur de 900GB SAS 15K - Alimentation redondante hot swap - Windows 2019 Standard. Acquisition d’un nouveau Serveur NAS : L’Institut Pasteur de Tunis a acquis en mois de mai 2022 un nouveau serveur NAS (serveur de Backup), qui est un serveur de stockage pour assurer une protection des données en continu, il permet une sauvegarde incrémentale des données et assure une copie intégrale du serveur initial, tout en réduisant le risque de perte des données à quelques secondes ou quelques minutes au maximum. Il peut aussi servir comme un serveur de fichier qui offre aux utilisateurs un lieu de stockage centralisé, qui permet à chaque utilisateur de l’IPT d’accéder aux fichiers qui y sont partagés ainsi que chacun dispose d’un espace de stockage libre sécurisé pour déposer ses propres fichiers. Ce serveur NAS est acquis avec les spécifications techniques suivantes : - Un processeur Intel Xeon E-2124 (4 cœurs, 3.3 Ghz, 8 Mo de mémoire cache) - 8 Go de Mémoire Vive - 2 Ports réseau 1GB - Contrôleur Raid (0.1.5.6.10) - 4 Disques dur de 4To SATA
- 181. 180 - Alimentation redondante. 3-Résolution des incidents : La solution GLPI, accessible via l’adresse : www.support.pasteur.tn/glpi nous a permis de gérer les incidents,les demandes d’intervention des utilisateurs et aussi nous avons pu extraire les statistiques suivantes : 1- Statistique des tickets par technicien du 01/01/2021 au 31/12/2021 :
- 182.
- 183. 182 2- Statistique destickets par demandeur du 01/01/2021 au 31/12/2021 : 3- Statistique des tickets par lieu du 01/01/2021 au 31/12/2021 :
- 184. 183 Bibliothèque de l’InstitutPasteur de Tunis Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Habib Karoui Biologiste Principal / Responsable du Service d'Information Scientifique et Publications Imène Ferjani Biologiste adjoint/chargée de mission au Service Information Scientifique et Publication et Responsable de la rédaction de la revue « Les archives de L’Institut Pasteur de Tunis» Abdelhakim Ben Hassine Gestionnaire Conseiller des documents et des archives Rim Souissi Secrétaire Khaled Hamlaoui Ouvrier La Bibliothèque de l’Institut Pasteur de Tunis est un service chargé de rassembler, organiser, conserver et mettre à la disposition des utilisateurs les outils de recherche et les documents apportant une réponse à leur demande d’information. C’est une bibliothèque scientifique spécialisée, elle renferme les documents scientifiques se rapportant essentiellement à la biologie et à la médecine. Ces publications se déclinent sur plusieurs langues (Anglais, Français, Arabe, et même en chinois,…). Les domaines d’intérêt touchent l’enseignement et la recherche en Microbiologie, Immunologie, Parasitologie, Biologie, etc. …. La Bibliothèque de l’IPT est en relation d’une part avec d’autres bibliothèques universitaires et hospitalières et d’autres centres nationaux tels que la bibliothèque de la Faculté de médecine et le Centre Nationale Universitaire de Documentation Scientifique et Technique (CNUDST). Son public est constitué de médecins, pharmaciens, biologistes, chercheurs, étudiants, et occasionnellement des élèves du secondaire à la recherche de documents didactiques, etc. ... Fond documentaire La Bibliothèque de L’IPT contient un fond documentaire, constitué des monographies (ouvrages/livres), de périodiques, de thèses et de mémoires (DEA, Masters, Projet de fin d’études, etc.…). a. Les monographies Les monographies sont des documents qui comptent actuellement 970 ouvrages qui sont portés sur un registre manuel et répertoriés au sein d’une base de données (PMB).
- 185. 184 b. Les périodiques Cesont des publications en séries, datés et dotés d’un titre unique, dont les livraisons comprennent généralement plusieurs articles, rapportés dans un sommaire et se succédant chronologiquement à des intervalles de temps généralement réguliers. Actuellement la Bibliothèque de L’IPT compte une vingtaine de titres de périodiques qui parviennent à l’IPT grâce à des abonnements (des commandes passées directement auprès des éditeurs ou bien par l’intermédiaire d’un diffuseur qui se charge de l’ensemble des opérations techniques et financières). Une centaine de titres nous parviennent sous la forme de don (remise d’un document à titre gratuit ou irrévocable) ou d’échange avec les «Archives de l’Institut Pasteur de Tunis» (cession réciproque de document estimés de valeurs équivalentes). La présence de l’IPT au sein réseau du CNUDST a contribué à la baisse du nombre de périodiques (version papier) acquis par abonnement. Nombre d’ouvrages (année 2021)
- 186. 185 c. Thèses etMémoires Ce sont des documents exposant une recherche scientifique originale et ses résultats qui sont présentés à un jury dans un établissement d’enseignement supérieur officiellement habilité, dans le cadre d’une soutenance publique en vue de l’obtention d’un grade ou d’un titre universitaire. La bibliothèque de L’IPT recense 116 mémoires et 101 Thèses. Un effort supplémentaire devrait être déployé en vue d’inciter nos étudiants à déposer leurs Thèses et mémoires, du moins la version numérique de leurs documents. d. Norme ou journal officiel de la Tunisie Ce sont des documents techniquement spécifiques approuvés par un organisme qualifié sur le plan national, qui sont accessibles au public depuis 1933 jusqu’à 2008. Depuis 2008, le JORT est disponible en ligne. A cet effet l’abonnement à la version papier a été annulé. e. Documents électroniques Ce sont des documents numérisés utilisables grâce à l’outil informatique. Il s’agit de documents capables de stocker des textes et des informations sous forme numérique ou analogique tels que des programmes sous forme de logiciels, des fichiers de donnée (documents de travail) … • Les accès aux documents électroniques : La Bibliothèque de L’IPT dispose quelques accès en ligne avec des éditeurs commerciaux comme ceux négociés avec des prix préférentiels. On cite comme exemple : _ L’éditeur springer (http : //www.springerlink.com) _ Les chercheurs de L’IPT peuvent bénéficier à travers la bibliothèque par des accès aux revues gérés par la plateforme (HINARI) affiliée à l’Organisation Mondiale de la Santé OMS : (www.who.int/hinari/fr/), dédiée à la documentation liée à la recherche en santé. _ Grâce à la présence de la Bibliothèque de L’IPT au sein du réseau du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique par l’intermédiaire du Centre Nationale Universitaire de Documentation Scientifique et Technique (CNUDST) nous avons pu bénéficier pour les chercheurs d’un accès par reconnaissance de l’adresse IP aux périodiques gérés par ce centre tels que Springer, Elsevier, Oxford … Nombre de Périodiques
- 187. 186 • Avantage etinconvénients des accès en ligne : ✓ Avantage L’avantage des accès en ligne se résume essentiellement dans le gain d’espace. ✓ Inconvénients Un accès en ligne n’est pas un document qui fait partie du fond propre de la bibliothèque. Le coût élevé des accès électronique est limité seulement pour quelques années. Pour cette raison l’IPT a adhéré au mouvement de l’open Access en rejoignant la plateforme HAL-RIIP). Base de données PMB Afin de mieux gérer le fond documentaire de la bibliothèque et dans le cadre du lancement de projet de rénovation logistique, nous avons réalisé en 2017 la mise en place et l’installation d’une application de gestion documentaire (le PMB). Avant l’introduction de la gestion informatique, la Bibliothèque de l’Institut Pasteur de Tunis utilise des notices cartonnées afin de répertorier notre fond documentaire. Les traitements documentaires étaient manuels et fastidieux. En effet, grâce à une formation effectuée à L’INSAT, on a installé le logiciel (PMB) un système de gestion intégré de bibliothèque, permettant d’informatiser les fonctions effectuées au sein de notre bibliothèque à savoir : l’acquisition, le catalogage, le contrôle d’autorité, le prêt, la recherche documentaire, la gestion du mouvement du chemin de livres (entrées, prêt, circulation…) et l’autorisation des tâches annexes (gestion des lecteurs…). De ce fait, nous pouvons dire que le PMB vise à faciliter la gestion informatique des tâches bibliothécaires, améliorer le fonctionnement interne de la bibliothèque et les services utilisateurs. L’open Access (HAL-RIIP)
- 188. 187 L’open Access (ouaussi « libre accès », ou encore «accès ouvert») à la littérature scientifique est un mode de diffusion des articles de recherche sous forme numérique et dans le respect du droit d’auteurs. Les établissements d’enseignement supérieur et de recherche sont, après les chercheurs, le second acteur clé du développement de l’open Access. Ils ont la possibilité de prendre toute une série de mesures allant dans le sens d’une diffusion ouverte du savoir scientifique. Dans le cadre de l’adhésion de l’Institut Pasteur de Tunis au mouvement de l’Open Access et vu l’importance de l’archive ouverte qui est destiné au dépôt et à la diffusion d’articles scientifiques émanant des établissements d’enseignement et de recherche Français ou étranger, La Bibliothèque de L’IPT a pris la charge de déposer des articles rédigés par les auteurs de notre Institution sur la plateforme Hal-RIIP (Plateforme qui permet le dépôt en ligne des travaux scientifiques réalisés par les chercheurs de l’Institut Pasteur de Tunis et leur consultation par la communauté Pasteurienne). A chaque enregistrement de document 3 chaines sont réalisées : - Choix du type de publications - Saisir les métadonnées décrivant le document - Saisir les métadonnées auteur Grâce à l’adhésion de L’IPT au mouvement de l’open Access nous avons alimentés la plateforme HAL-RIIP jusqu’au l’année 2022 par 1545 publications dont : - 419 documents qui sont en lignes. - 994 références bibliographiques en lignes - 1027 notices bibliographiques 518 articles
- 189. 188 Evolution de dépôtspendant les 6 dernières années. Coordination en information scientifique et technique avec le (CNUDST) : Dans le but de faciliter la communication entre la communauté scientifique et le CNUDST, des coordinateurs en Information Scientifique et Technique ont été désignés au niveau des institutions universitaires et de recherche. Ces coordinateurs jouent le rôle d’un trait d’union tant entre les chercheurs et le CNUDST qu’entre ces mêmes chercheurs et les informaticiens et/ou bibliothécaires de leurs institutions. Le rôle de la Bibliothèque consiste à : - S’informer et informer les utilisateurs relevant de notre institution de toutes les nouveautés qui nous parviennent du CNUDST à travers son site cnudst.rnrt.tn, ou par e-mail (nouveaux abonnement, période de tests, événement …) - Répondre aux e-mails et informer le CNUDST en cas de changement d’identification. - Collecter les réclamations et les suggestions des utilisateurs et les transmettre au service du CNUDST (problèmes d’accès, propositions de nouveaux abonnements, etc.…). Procédures : Mise au point d’une procédure de fonctionnement de la Bibliothèque de l’IPT en collaboration avec le service d’Assurance Qualité et la Sous Direction de l’Audit Interne. L’objet de cette procédure est d’identifier les mesures déployées par l’Institut Pasteur de Tunis, au niveau de la gestion de la bibliothèque, pour réaliser la consultation sur place et l’emprunt des documents ; l’acquisition de nouveaux documents pour la bibliothèque. Cette procédure s’applique à tous les utilisateurs des documents de la bibliothèque de l’IPT. Personnel de la bibliothèque Le personnel de la bibliothèque est constitué comme suit : - Un responsable de la bibliothèque : un Biologiste Principal qui supervise toutes les activités de la bibliothèque (acquisition, conservation, gestion du fonds documentaire, des ouvrages ou documents qui enrichissent le stock). Assurant la mise en place de nouveaux outils, informatiques et électroniques pour permettre à la bibliothèque et à ses utilisateurs de rendre le flux d’information, en croissance continue, et d’être un des moteurs indispensables au progrès de la recherche à l’Institut et au pays dans le domaine des sciences et de la santé. -Une Biologiste adjoint : chargée de mission du Service Information Scientifique et Publication et responsable de la rédaction de la revue : «Les Archives de l’Institut Pasteur de Tunis». - Un gestionnaire conseillé des documents et des archives qui est un spécialiste en bibliothéconomie. Il répertorie et indexe les livres et le produit documentaire selon les dernières technologies disponibles et maîtrise (bases de données, logiciels de classement et de recherche), répond au besoin du public, conseille et guide les utilisateurs dans leurs recherches, éveille la sensibilité et donne le goût de la découverte de lecture et des livres. Et chargée de la gestion quotidienne de la Bibliothèque, collabore aux tâches de conservation des documents. - Une secrétaire : Chargée de la gestion quotidienne de la Bibliothèque, collabore aux tâches de conservation des documents. Notices :22 totale :90 articles :68
- 190. 189 - Un ouvrier Locaux: La bibliothèque de L’I.P.T est constituée de deux parties : - La bibliothèque centrale est formée d’une grande salle subdivisée en trois parties. - Une salle de lecture est réservée au public, aux utilisateurs et aux revues de l’année en cours, ceux-ci sont disposés sur des présentoirs. - Une salle pour les ouvrages où sont aussi classés les monographies, les thèses et les mémoires. - Une salle pour les périodiques reliés où les titres sont rangés par ordre alphabétique. - La bibliothèque annexe de la Soukra où sont conservées les anciennes revues ainsi que les Archives de l’Institut Pasteur de Tunis
- 191. 190 Unité Spécialisée Valorisationet de Transfert Technologique Oussama Ben Fadhel : Chef de l’Unité Spécialisée de Valorisation et de Transfert Technologique/ Chargé d’Affaires en Sciences de la Vie La valorisation des résultats de la recherche est le processus mis en œuvre pour que la recherche académique ait un réel impact économique et débouche, directement ou indirectement, sur des produits ou des procédés améliorés ou nouveaux, qui pourront être exploités par des entreprises existantes ou créées à cet effet. Cette valorisation permet ainsi de mettre en relation le monde de la recherche avec le monde socioéconomique. En 2020 nous avons eu suite à des échanges prolifiques avec le Ministère de la Recherche et de l’Enseignement Supérieur et plus spécifiquement avec la Direction Générale de Valorisation de la Recherche (DGVR), il s’agit là d’un grand pas vers la reconnaissance de nos métiers de soutien à la recherche dans les structures publiques. L’IPT a bénéficié de la création de 4 Unités Spécialisées : Technological Platform (IPTOMICS) Knowledge Transfer Office (KTO, US20IPT02) Grants Office (PMO) Sciences & Society Unit (UNISS) Cette vision est en concordance entre les missions des unités spécialisées mentionnées dans le Décret n° 2008- 416 du 11 février 2008, qui englobent notamment « le développement de relations avec les organismes économiques, l’exploitation des résultats de recherche, l’institution de partenariats scientifiques et technologiques avec les établissements d’enseignement supérieur et de recherche, et les entreprises de production ». Activités menées par le KTO en 2020-2021 - Coordination et gestion des échanges de l'IPT avec la Direction des Applications de la Recherche et des Relations Industrielles de l'Institut Pasteur Paris, concernant les actifs de PI de l’IPT, ainsi que des projets de valorisation des résultats de recherche de l’IPT. - l’IPT est partenaire de l’initiative, WIPO Re Search, lancée depuis 2013, par l’Organisation Mondiale de la Propriété Intellectuelle (OMPI). Il s’agit d’un consortium dans lequel des organismes publics et privés partagent de précieux actifs de propriété intellectuelle et de précieuses compétences avec les milieux mondiaux de la recherche en santé dans le but d’encourager la mise au point de nouveaux médicaments, vaccins et diagnostics pour traiter les maladies tropicales négligées, le paludisme et la tuberculose. Cette initiative est coordonnée à l’IPT par le KTO, est a permis, à travers le réseau de l’initiative, à travers nos chercheurs de démarcher plusieurs bailleurs de fonds et notamment (US/ NIH pour réaliser une étape de développement d’une technologie issue des résultats de recherche à l’IPT, ainsi que des projets pour lutter contre la tuberculose). Plusieurs propositions de collaboration ont été émises grâce à des échanges constants avec le KTO avec le senior Manager Katy Graef de la Bio Venture for Global Health (BVGH), coordinateur de l’initiative WIPO Re Search ainsi que son équipe. - Gestion et négociation de contrats de prestation de services, de recherche dans le cadre de collaborations internationales avec des industriels et des académiques (CDA, MOU, MTA etc.). Plus d’une 40aine de contrats ont été gérés par le KTO en 2021. -Le fait de devenir membre de l’ASTP en 2021, présente de nombreux avantages, tout d’abord l’accès aux ressources disponibles en ligne sur le site de l’ASTP, Manuel de Transfert Technologique, Contrats types, etc. https://www.astp4kt.eu -Participation à la rédaction d’un projet européen Twining pour un coût total d’1 M d’euros : STRENGTHENING OMICS DATA ANALYSIS CAPACITIES IN PATHOGEN-HOST INTERACTION ; PHINDaccess (Pathogen-Host INteraction Data access) (impact, mise en œuvre et Work Package, WP) concernant le volet transfert technologique. Le projet qui a été accepté et dont le CATT est responsable du WP 6 UNLEASHING IPT’S FULL POTENTIAL FOR AN EFFICIENT TRANSLATIONAL RESEARCH.
- 192. 191 • Webinar series Networkingactivities and exchange of best practices with TTOs, KTO (IPT) DARRI (IP) and TBDO (CRG): *Accelerator of TT: Experiences from IP and CRG *Spin off / Start up creation: learning from concrete success stories -En 2021 un premier draft de la politique institutionnelle de propriété intellectuelle a été challengé par la WIPO et ses experts. Projet IPT/IRD avec la SATT AXLR, situé à Montpellier, Dépôt PCT en mai 2019, sous le numéro PCT/EP2019/064088., et portant sur des compositions pharmaceutiques et des vaccins destinés à être utilisés contre une ou plusieurs espèces de Leishmanies. ✓ En décembre 2018 signature d’une CMI (Convention de Maturation Initiale) SATT AxLR/IRD/IPT. Perspectives : financement plus important / Partenariat industriel ✓ En 2021 La première phase du projet a été finalisée Un financement pour la phase standard est prévue pour 2022-2023 Projet IPT/ Institut de la Vision à Paris (France) avec la SATT Lutech Dépôt EP intitulée « Lebecetin, a C-type lectin, as neovascularization inhibitor », en décembre 2016 sous le n° EP16306661 / publiée le 21 juin 2018 sous le numéro WO/2018/108945. ✓ En 2018, et 2019, nous avons signé le projet de maturation, ainsi que l’accord de licence et d’un accord de copropriété avec la SATT Lutech lié au brevet. Perspectives : Développement d’un traitement contre les maladies néovasculaires et notamment dans le cas de la DMLA (Dégénérescence maculaire liée à l’âge) ✓ En 2021, suivi et coordination avec la SATT Lutech des phases nationales (US, Italie, Suisse, Japon, Ireland, etc.).
- 193. 192 Unité spécialisée Communication,Science et Société Composition de l’équipe : Hichem Ben Hassine Assistant de l’enseignement supérieur, Chef de l’Unité Spécialisée Meriam Belghith Maître assistante Sonia Abdelhak Biologiste principale Maria-Kabbage Post-doctorante Sonia Maatoug Assistante de l’enseignement supérieur Asma Ferchichi Assistante de l’enseignement supérieur Cyrine Bouabid Assistante de l’enseignement supérieur Sonia Maatoug Assistante de l’enseignement supérieur Safa Romdhane Technicienne Rym Benkhalifa Biologiste Nadia Zitouna Post-doctorante Meriem Ben Ali Biologiste Hayet Moussa Socio-anthropologue, Assistante de L’enseignement supérieur/ Youmna M’ghirbi Maître de Conférence Rym Soltani Sous-directrice, chargée de la Direction de ’approvisionnement Raja Riahi Sous-directrice, Chargée des marchés publics et de contrôle de gestion Mahrez Kallel Directeur Financier Olfa Bennour Administratrice Piliers et Objectifs de l’UnISS : • Guider et généraliser les bonnes pratiques de communication institutionnelle et scientifique • Initier des projets de recherche scientifique à partir de besoins sociétaux • Former aux standards de la recherche scientifique et responsable • Promouvoir la culture Scientifique • Former à l'éthique de la recherche et accompagner les chercheurs dans leur démarche éthique • Analyser les pratiques et proposer de nouveaux modes de gouvernance participative Pilier Communication institutionnelle et scientifique: ● Le projet InSPIRES a été clôturé en Juin 2021, les projets ont été finalisé et les résultats ont été restitué aux associations. Une Journée scientifique de la BdS de l’IPT a été organisé afin de présenter les dix projets de la BdS et d’annoncer le lancement de l'Unité "Communication, Science et Société" UniSS. lien vers la vidéo ● Des projets européens ont été soumis (GREENATHON, Permedina), le projet Permedina a été accepté par contre le GREENATHON a malheureusement pas été accepté. ● La communication de l’IPT continue de soutenir la communication des différents projets nationaux (PRF, laboratoires), internationaux (H2020, ACIP, PTR, etc.), de l’IPT ● L’actualisation continue du site web de l’IPT et des réseaux sociaux sur toutes les missions de l’IPT et réponses aux demandes d’information par mail et par réponses aux messages sur les réseaux, ● Concernant la communication digitale de l’IPT qui est un aspect fondamental de notre communication, celle-ci est en constant développement et nécessite de plus en plus d’investissement. En effet, la communication via les réseaux sociaux évolue et assure une bonne interaction entre le public et l’IPT, à en juger par le nombre de messages reçus, soit sur le contact du site web, soit sur les réseaux sociaux. Les comptes sociaux de l’IPT se répartissent de la manière suivante. Facebook : 29 804 abonnés, Twitter : 4192, Linkedin (groupe+compagnie) : 10 998. L’IPT a également enrichi sa chaîne Youtube (711 abonnés) avec plusieurs vidéos, en accès libre. ● Une enquête sur l’évaluation de la communication institutionnelle de l’IPT a été lancé aux pasteuriens, en décembre 2021, afin de recueillir leur évaluation et leurs besoins en communication interne et externe de l'IPT dans le but d'enrichir la stratégie de communication de l'IPT en interne et en externe. Les résultats ont été présenté en Mars 2022. ● L'identification des référents communication a été lancée en novembre via un formulaire afin de mettre en place un réseau de référents « information-communication » dans lequel toutes les structures de l’IPT seront représentées. Les référents assureront le relai de la communication de leurs structures avec l’Unité. Ces personnes
- 194. 193 seront, notamment, encharge de recueillir les informations et les actualités des structures pasteuriennes afin de les promouvoir à travers les supports de communication interne et externe qui seront mis à leur disposition (site web, réseaux sociaux, newsletter, etc.). Ce réseau de référents a été officiellement lancé lors d’une première réunion/formation en Mars 2022. Pilier Engagement sociétal à travers : ● La finalisation du projet InSPIRES et une restitution scientifique ● L’organisation d’un hub (série de 3 webinaires) en collaboration avec l’Université de Lyon, l'Université Cheikh Anta Diop et l'Université de Parakou. Ces webinaires ont eu pour objectif d’accompagner les communautés intéressées par la recherche participative à développer des structures du type “Boutiques des Sciences” (BdS), mais également à établir ou à renforcer un réseau entre ces différentes structures. ● La contribution à la rédaction d’un article Scientifique relatif au projet pilote de la BdS entre le laboratoire de virologie clinique et l’association ATIOST a été publié dans Frontiers in Microbiology (impact factor : 5.640) (https://bit.ly/3arCxWr) ● La participation en ligne de L’équipe InSPIRES à la conférence du living knowledge 2021 (posters, panel débat, vidéos) Pilier Éducation scientifique, Formation à la Recherche et à l'innovation Responsable à travers : ● La réalisation des vidéos des projets BdS IPT comportant les témoignages des différents acteurs des projets de la BdS ● La réalisation des animations 2D qui ont été utilisé dans le projet BdS ATP+ comme outils de formation pour le personnel de la santé vis-à-vis des patients atteints de VIH (https://www.youtube.com/playlist?list=PLVrvl5x1ZcZlVXVggf37nK1AKrUEUnPzK) ● La réalisation des vidéos de formation pour le WP5 du projet InSPIRES (https://www.youtube.com/playlist?list=PLVrvl5x1ZcZlVXVggf37nK1AKrUEUnPzK) dans le domaine de la recherche participative, la communication scientifique et l’éthique. Pilier Formation et accompagnement Ethique à travers: ● Le lancement du formulaire pour le recueil des besoins en formations en Ethique de la Recherche Biomédicale ● La mise en place d’un groupe de travail entre UniSS et le Comité d’Ethique Biomédicale ● Le groupe de travail est en charge de la mise en place de formations commune au niveau institutionnelle et ouverte aux différents publics Gouvernance • Analyse des pratiques de gouvernance de projets à l’IPT et proposition d’impliquer la société civile et d’autres parties prenantes dans les instances de l’IPT UniSS fonctionne et maintient ses activités grâce aux investissements de pasteuriens qui donnent de leur temps, car ils s’engagent pour leur institution. Cependant, UniSS est trop dépendante de leur disponibilité variable et nécessite d’avoir une équipe dédiée enrichie.
- 195. 194 Administration Direction Financière etComptable .................................................................................................................. 195 Direction des approvisionnements .................................................................................................................. 197 Sous-Direction Commerciale........................................................................................................................... 208 Sous-direction de l’audit interne ...................................................................................................................... 214 Service des affaires juridiques et du contentieux ............................................................................................ 216
- 196. 195 Direction Financière etComptable Responsable de service : Mahrez Kallel Cadres : 09 Agents de maitrise: 3 Agents d'exécution: 11 Organigramme: Principales missions: - Assurer la tenue de la comptabilité selon les conditions réglementaires - Assurer les règlements des fournisseurs - Assurer le suivi de la trésorerie - Assurer le suivi et le recouvrement des créances clients - Assurer la tenue et le suivi des comptabilités des projets de recherche Situation de la trésorerie: la trésorerie est arrêtées, au 31/12/2021, à un montant de 4 278 000 dinars. Toutefois, les dettes de l'IPT s'élèvent à 4.5 millions de dinars. Le disponible des projets de recherche (crédit affectés) est de 8 .5 millions de dinars, dépassant la trésorerie de 4 millions. Ainsi, le déficit de trésorerie est de 8.5 millions de dinars. Tableau des impayés par catégorie d'établissement (créances): Catégorie d'établissement Montant au 31/12/2021 Structures sanitaires (autre que PCT) 7 millions de dinars PCT 40 millions de dinars Autres 1 millions de dinars TOTAL 48 MILLIONS DE DT Mesures entreprises: - Création depuis 2017 de la cellule de recouvrement pour renforcer les efforts de l'unité de recouvrement; - Renforcement de l'unité de recouvrement par un cadre pour les relances et la tenue de PV de reconnaissance de dettes (qui n'a pas trouvé de réactivité par les clients hôpitaux). - Suivis et relances par courriers et par des visites périodiques des clients; - Transmissions périodiques de courriers au Ministère de la Santé; - Contact direct à haut niveau (DG IPT-PDG PCT-MINISTRE DE LA SANTE) Données comptables(2020 avant certification): Le tableau suivant mentionne les principaux indicateurs comptables (en DT): indicateur valeur Total bilan 61 250 315 Charges d'exploitation 35 332 895 Produits d'exploitation 40 882 340 Résultat d'exploitation 5 549 445 Résultat comptable 4 780 607 Gestion des projets de recherche Principale mission: Assurer la gestion financière de tous les programmes de recherche financés soit, par l'Institut Pasteur de Tunis (PCI), soit des tierces parties, qu'elles soient nationales ou internationales. DIRECTION FINANCIERE ET COMPTABLE SOUS DIRECTION FINANCIERE SOUS DIRECTION COMPTABLE SERVICE DE GESTION DES PROJETS SERVICE DE LA COMPTABILTE GENERALE SERVICE DE LA COMPTABILTE ANALITIQUE UNITE RECOUVREMENT
- 197. 196 Il S'agit dela gestion documentaire de tous les programmes de recherche dans leurs aspects de création, d'encaissement, de financement d'achat, de réalisation de stage, de mission de contrat ainsi que l'établissement des rapports financiers intermédiaires et des rapports finaux. Projets signés en 2021; Nombre des projets: 24 Bailleur de fond durée montant IDRC 2021-2022 589 060 CAD MERS 2021-2023 40 000 TND TASK FORCE FOR GLOBAL HEALTH 2021 9807 TND COMMISSION EUROPENNE 2021-2025 273 541 € MERS 2021-2023 220 000 TND MERS 2021-2023 40 000 TND MERS 2021-2023 11 000 TND ECOLE PLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE 2021-2025 354 518 € MERS 2021-2022 20 000 TND MERS 2021-2022 20 000 TND MERS 2021-2022 21 000 $ GRYPHON SCIENTIFIC 2021-2022 24 000 $ HUMAN REPRODUCTION PROGRAMME 2021-2022 224 178 € OMS 2021 24 965 € WELLCOME TRUST 2021-2024 1 340 491 € MERS 2020-2023 30 000 TND MERS 2020-2023 30 000 TND MERS 2020-2023 30 000 TND MERS 2020-2023 10 000 TND MINISTERE DE LA SANTE 2021 103 642 TND IMM147 2021 201 986 $ UNIVERSITE FEDERICO II NAPLES 2021-2024 10 000 €
- 198. 197 Direction des approvisionnements I.Introduction La gestion de l’approvisionnement au sein d’une entreprise est une composante centrale de son activité. Elle est considérée en deux flux distinct administratif et physique. La meilleure méthode d’approvisionnement est celle qui tient compte des spécificités du secteur d’activité de l’entreprise et de ses besoins. L’approvisionnement a pour but de répondre aux besoins de l’entreprise en matière de produits ou de services ou de matériels nécessaires à son fonctionnement. En d’autres termes, l’approvisionnement consiste en l’achat des marchandises, des services et des travaux. Elle est géré essentiellement par cinq principes qui sont exemplarité, gouvernance, équité et efficience, intégrité environnementale et développement socioéconomique. L’Institut Pasteur de Tunis est un établissement public de santé. Il assure la continuité d’un service ce qui implique qu’il gère les deniers publics. Donc il est invité obligatoirement de part la loi d’appliquer pour ses achats tout les textes réglementaire .En outre ; le décret 1039 du 13 mars 2014 régissant les marchés publics et autres textes réglementaires liés à l’achat public pour assurer la bonne gouvernance de ses achats. L’approvisionnement est classée dans le monde entier et surtout par les organismes internationaux tel que l’OCDE une zone à haut risque de corruption et de fraudes : c’est pour cette raison l’Institut pasteur de Tunis traite ses achats depuis 2019 à travers l’application nationale d’achat en ligne TUNEPS. Ce si lui permet d’assurer les principes fondamentaux de tout achat qui sont essentiellement la mise en concurrence ; la liberté d’accès à la commande publique ; l’égalité devant la commande public et la transparence et l’intégrité des procédures. II. Mission de l’approvisionnement Un approvisionneur a pour responsabilité de commander ce qui est nécessaire (Fourniture ; services et travaux) à son entreprise, et veille à respecter le plan qualité/Prix. Il vérifie ce qui a été commandé sur le plan qualitatif et les quantitatif en se référant aux offres reçues et veuille à ce que les dates de livraisons souhaitables soient respectées. L’approvisionnement comporte donc un élément d’achat et un élément de gestion de stock. Les missions universelles de l’approvisionnement sont les suivantes : 1. Pilotage et supervision des opérations d'achat et d'approvisionnement 2. Choix des prestataires et négociation 3. Gestion des stocks 4. Suivi/Contrôle des opérations d'achats et d'approvisionnement 5. Organisation et management du service approvisionnement 6. Définition des besoins 7. Pilotage des processus et des prestataires 8. Suivi des opérations d'approvisionnement III. La formation et les qualités d’un approvisionneur La formation requise pour être approvisionneur est généralement une fonction des métiers de la logistique. L'utilisation de l'informatique de gestion et de communication est impérative, il est nécessaire de connaitre la réglementation en vigueur régissant l’achat hors marché et les marchés publique. Pour exercer et réussir sa mission au sein de la direction d’approvisionnement ; le personnel doit être doté des qualités suivantes : ➢ Un solide bon sens, ➢ Facilité de communication, ➢ Un être autoritaire, ➢ Un commerçant, ➢ Un résistant au stress ; ➢ Organisé ; ➢ Un savoir faire preuve de sang-froid et de recul ; ➢ Un bon relationnel ; ➢ Esprit d'équipes ; ➢ Un bon négociateur IV. Les objectifs de l’approvisionnement : L’approvisionnement a deux grands objectifs : ✓ des objectifs de coûts : réduire les coûts d’achat et les coûts de stockage. Il faut faire une pression sur les fournisseurs pour obtenir les meilleurs prix et des délais de paiement importants. ✓ des objectifs de qualité : privilégier la qualité de l’approvisionnement. ✓ Il est aussi primordiale de nos jours d’ajouter un troisième objectif qui est la maitrise des risques par l’établissement d’une cartographie des risques. V. Présentation de La Direction La direction d’approvisionnement est liée directement à la direction générale et se compose d’ : ➢ une sous direction d’achat divisée en quatre unités qui sont : *Unité consultation *Unité achats locaux *Unité Transit
- 199. 198 *Unité achats locauxet étrangers sur projet de recherche ➢ Un service de gestion de stock Responsable de la Direction : Mme Rym SOLTANI AYADI Cadres administratifs : *Mme Sana KOUDHAI *Mme Mouna HELAL *Mlle Wided BOUGHANMI Nombre de personnel de la sous direction des achats est huit (08) répartis comme suit : ➢ Service Achats Locaux : • Mme Sana Koudhai ; Cadre administratif contractuel • Mr Issam Ferchichi • Mme Sonia Ghouili (contractuel) • Mme Imen Chikhaoui • Mme Sana Sléma ➢ Unité Achats Locaux sur Projet et Etranger : • Mme Mouna Helal ; Cadre administratif contractuel • Mme Zeineb Boubaker(contractuel) ➢ Unité Transit : • Mme Mouna Helal ; Cadre administratif • Mr Riadh Ouakad • Mr Raouf El Ouni ➢ Unité de Consultation • Mme Sonia Douagi Nombre de personnel du service gestion de stock est six (06) répartis comme suit : ➢ Mlle Wided Boughanmi (chef de service) ➢ Mr Belgacem Djelassi ➢ Mr Nourredine amara ➢ Mr mohamed Khelaifi ➢ Mr Meher Ben Aissa ➢ Mr sofien Yousfi VI. Les tâches Les principales activités de la Direction des Approvisionnements sont : * Lancer la procédure d’achat, * Assurer la livraison et le dédouanement de la marchandise dans les délais prévus, * La gestion du stock qui permet d’éviter la rupture de stock et de satisfaire les différentes structures demandeurs de l’Institut est ceux dans le but de leur éviter le chômage technique et les conséquences néfastes qui se découlent. Elle est tenue de : ➢ établir un tableau de bord ou un rapport d’activité annuel (ci-joint le rapport). ➢ Enregistrer les demandes reçues des différents laboratoires et services. ➢ Consulter les fournisseurs pour faire jouer la concurrence (demande de prix/ consultation ou appel d’offre) ➢ Etablir les bons de commandes. ➢ Suivi des bons de commandes non satisfait dans les délais prévus (par mois). ➢ Etablir les contrats. ➢ Assurer le traitement et le suivi des dossiers d’importation et d’exportation. ➢ Eviter la rupture des articles stockables. A/ La Sous Direction Des Achats VII. Présentation du rapport d’activité de la sous direction des achats en 2018 ❖ Réalisations 2021 Les réalisations sont les suivantes : *Etablir un planning des achats communs. *Regroupement des achats étrangers. *Minimiser le nombre des bons de commande. *Organisation de la réception et transmission des Bons de Prélèvements par un planning mensuel.
- 200. 199 *Les réalisations figurentdans les tableaux ci-joints. B/Le service gestion des stocks Définition de la gestion des stocks : Le stock est la marchandise nécessaire au bon fonctionnement des activités des différentes structures de l’Institut .Il est géré dés la réception au magasin de gestion de stock jusqu‘au point de sortie dudit magasin que ce soit pour consommation au niveau des structures sus visée soit pour être détruit ou vendu selon des procédures spécifiques(cas de stock rossignol). Quant aux consommables tels que les fournitures de bureau, les produits de nettoyages, les fournitures d'entretien et autres articles qui sont consommables rapidement, ils sont stockés au magasin. Dans le service de gestion de stock Le chef de famille concerné des matériaux doit fournir régulièrement les différents services et départements, et cela doit être le résultat d'une demande présentée « bon de prélèvement » par le service concerné, avec stipulation de la nature des matériaux et de la quantité requise, et il sera signé par le responsable du service ou du département. Quant aux machines, équipements et tout ce qui concerne le mobilier de bureau, dès leur réception par le réceptionniste, ils sont livrés au service ou département concerné après avoir préparé une demande « bon de prélèvement » à cet effet, telle que celle indiquée ci-dessus. Le service de gestion de stock est lié à la direction d’approvisionnement et il est divisé en unités réparties comme suit : *Unité de dispatching des achats groupés à l’étranger : Mr Nourreddine Amara Mr Maher ben aissa *Unité de Récéption locale : Mr Belgacem Jlassi Mr Maher ben aissa(remplaçant) *Unité de vérification et de validation : Mlle Wided boughanmi *Unité de gestion des familles : Mlle Wided boughanmi : gère les bons de carburants et famille (17) Mr Nourreddine Amara : famille (10;15) Mr Mohamed khleifi: famille (13;34;36;37) Mr Maher ben aissa: famille (32) Mr soufiene youssfi : famille (30 ;11 ;12) Mr Belgacem Jlassi joue le rôle de médiateur c'est-à-dire comme un pivot pour les familles non stockables au magasin et qui sont acquises en quantité et nature bien déterminé pour le besoin d’une des structure de l’Institut et qui sont généralement des articles non prévisible et non permanent ( exp familles 20;51;50,33……). Mr Nourreddine Amara gère la famille : produits chimiques et réactifs de laboratoires a savoir Chiffres de ces réactifs par rapport aux achats des articless 3 085 068MDT ce qui représente approximativement 54% La famille 10 « produits chimiques et réactifs de laboratoires » contient plus que 8000 articles spécifiques selon la chaine de froid et les diverses compositions. D’ où Mr Nourreddine Amara élabore plus que 1500 bon de sortie local par an. Les tâches du service de gestion de stock : Les taches effectuées dans le magasin sont comme le suit : -Réception, stockage et préparation des produits destinés à être livrés à des services donnés (entrepôt, ou chambre réfrigéré). - Réception des produits dans le magasin de stockage de l’institut. -Etablissement d’un tableau de bord pour budget de carburant tout les 3 mois. - Contrôle de la conformité des livraisons avec le bon de livraison et le bon de commande. - Suivi logistique de gestion des stocks (introduire les quantités à l’arrivée(les réceptionnées) puis valider par le responsable). - Contrôle de la rotation des produits (premier entre premier sorti) FIFO - Vérification de leur disponibilité et passer les demandes d’achat au service achat.
- 201. 200 -Distribution et établissementdes bons de sorties. - Le suivi du logiciel de stocks de produits réceptionnés ou sortis. - le service affecté est responsable de la gestion des stocks en tenant des livres qui sont prêts à suivre l'état des biens mobiliers, en notant la date de réception du fournisseur et la date de livraison à l'intéressé ou au service concerné en plus de la nature du transfert et la quantité. -La préparation au préalable de l’inventaire Les compétences requises dans un magasin : -Une bonne connaissance de tous les produits référenciés dans les stocks de l’institut. -La maîtrise de l’informatique et du logiciel des gestions des stocks. Les qualités: -Une bonne mémoire pour se rappeler de l’emplacement. -Un sens de l’organisation et de l’ordre. -Une bonne condition physique (pour assurer les travaux liés aux rangements et aux déplacements des articles). -Ne redoute pas les taches répétitives. contraintes : -Souffrance d’un logiciel des stocks présentant des anomalies excessives. -Les sorties manuelles émanant d’un prélèvement d’urgence toujours existantes. -inexistence d’une commission permanente de l’inventaire. -Absence de l’Inventaire tournant. C/Observations du responsable de la direction d’approvisionnement 1/ Contraintes • Mise en place d’une nouvelle application qui contient certaines anomalies. • La gestion des demandes d’achat urgentes. • 50% du nombre du personnel de la sous direction des achats sont des contractuels et 100% des cadres sont des contractuels. • 80% du personnels de l’approvisionnement sont soit des ouvriers soit été un ouvrier. • Le personnel de gestion des stocks et non qualifiés et insubordonnés. • Le local de gestion de stock est non conforme et étroit. 2/ Propositions d’amélioration • Mettre à jour le manuel des procédures des achats qui permettra une meilleure organisation des commandes. • Mettre une application de gestion d’approvisionnements intégrés avec d’autres applications et qui répond aux spécificités de l’Institut. 3/Objectifs a réalisés en 2022 • Mettre à jour la procédure d’achat et de gestion de stock ; • Mettre à jour la liste des articles stockables et la liste de leur quantité min et max ; • Rédiger la politique d’achat ; • Etablir le stock min des articles stockables au niveau du magasin ; • Etablir les fiches fonctions du personnel du service gestion du stock ;
- 202. 201 RAPPORT D'ACTIVITE /DEPENSES / ACHAT LOCAUX & ETRANGERS 2021 Dépenses 2020 Dépenses 2021 Dépenses / LOCAL 2020 Dépenses / ETRANGER 2020 Dépenses / LOCAL 2021 Dépenses / ETRANGER 2021 Articles/ famille MONTANT DES ACHATS NBRE DE COMMANDE MONTANT DES ACHATS NBRE DE COMMANDE MONTANT DES ACHATS NBRE DE COMMANDE MONTANT DES ACHATS NBRE DE COMMANDE 10 1 934 857,818 492 869 749,270 83 2 128 343,600 956 724,197 11 32 081,396 31 24 620,627 4 35 289,536 27 082,690 12 51 038,866 42 10 225,314 8 56 142,753 11 247,845 13 434 347,484 171 24 640,722 11 477 782,232 27 104,794 14 12 610,814 4 30 902,400 1 13 871,895 33 992,640 15 58 396,276 21 38 638,727 10 64 235,904 42 502,600 16 0,000 32 795,836 2 0,000 36 075,420 17 26 424,048 98 0,000 0 29 066,453 0,000 18 60 859,956 32 14 117,557 5 66 945,952 15 529,313 19 161 882,700 4 0,000 0 178 070,970 0,000 20 2 610,000 4 53 458,500 12 2 871,000 58 804,350 30 159 453,307 89 109,327 1 175 398,638 120,260 31 20 143,088 25 0,000 0 22 157,397 0,000 32 40 604,821 22 0,000 0 44 665,303 0,000 33 22 258,401 24 0,000 0 24 484,241 0,000 34 33 466,922 18 0,000 0 36 813,614 0,000 35 0,000 0,000 0 0,000 0,000 36 62 512,000 13 0,000 0 68 763,200 0,000
- 203. 202 37 10 938,86222 0,000 0 12 032,748 0,000 50 686 474,049 54 0,000 0 755 121,454 0,000 51 15 197,391 1 0,000 0 16 717,130 0,000 52 0,000 0 0,000 0 0,000 0,000 53 1 271,160 1 0,000 0 1 398,276 0,000 54 0,000 0 0,000 0 0,000 0,000 55 0,000 1 0,000 0 0,000 0,000 56 35 900,762 15 0,000 0 39 490,838 0,000 57 0,000 0 0,000 0 0,000 0,000 58 0,000 0 0,000 0 0,000 0,000 Sous Total 1 3 863 330,121 1 184 1 099 258,280 137 4 249 663,133 1 209 184,108 PARC AUTO 18 825,358 92 799,031 0,000 FORMATION 4 547,400 84 263,800 0,000 BILLET D'AVION 0,000 0,000 0,000 PRODUCTION 0,000 0,000 TECHNIQUE +AMENAGEMENT 83 916,306 92 307,937 0,000 DIVERS 104 0,000 0,000 Sous total 2 107 289,064 104 0,000 0 269 370,768 0,000 Total Général 3 970 619,185 1 288 1 099 258,280 137 4 519 033,901 1 209 184,108 5 069 877,465 5 728 218,009 Le montant des dépenses à augmenté de 10% par rapport à 2020,
- 204. 203 TABLEAU DE SYNTHESE DESCOMMANDES ETRANGERES ET LOCALES SUR PROJET DE RECHERCHE 2018 / 2019 / 2020 & 2021 ANNEE 2018 2019 2020 2021 RAPPORT 2021/2020 Nbre % Nbre % Nbre % MONTANT Nbre % MONTANT COMMANDES ETRANGERES SUR BUGET IPT 110 12,13 % 100 11,81 % 79 14,16 % 8 341,000 82 11,31% 317 875,000 3,80% COMMANDES ETRANGERES SUR PROJET 104 11,47 % 105 12,40 % 66 11,83 % 505 568,000 59 8,14% 427 523,000 -10,61% COMMANDES LOCALE SUR PROJET 693 76,41 % 642 75,80 % 413 74,01 % 1 943 305,000 584 80,55% 1 310 940,000 41,40% COMMANDES ANNULEES 10 1,10% 13 1,53% 8 1,43% / 9 1,24% / 12,50% TOTAL DES COMMANDES 907 100% 847 100% 558 100% 2 457 214,000 725 100% 2 056 338,000 29,93% FORMATIONS 88 9,70% 83 9,80% 31 5,56% 76 055,000 53 7,31% 52 176,000 70,97% BILLETS D'AVIONS 114 12,57 % 112 13,22 % 19 3,41% 37 790,000 26 3,59% 38 585,000 36,84% PARC AUTO 2 0,22% 5 0,59% 1 0,18% 5 230,000 3 0,41% 3 529,000 200,00% AUTRES PRESTATIONS 58 6,39% 132 15,58 % 102 18,28 % 332 977,000 117 16,14% 550 770,000 14,71% COMMANDES GROUPEES 145 15,99 % 186 21,96 % 162 29,03 % 1 516 056,000 91 12,55% 598 923,000 -43,83% (1) NOMBRE TOTAL DES COMMANDES ETRANGERES EN 2021 EST DE 141 SOIT 19 % DU NOMBRE TOTAL DES COMMANDES ETRANGERES ET LOCALES SUR PROJET DE RECHERCHE.
- 205. 204 (2) POUR LESFORMATIONS, SUR LES 53 BONS DE COMMANDES, 5 COMMANDES ONT ÉTÉ ASSUREE AUPRES DE FOURNISSEURS ETRANGERS. (3) QUANT AUX AUTRES PRESTATIONS, ELLES COMPRENNENT LES REPARATIONS, LES FRAIS D'HEBERGEMENT, PAUSES CAFES ET RESTAURATIONS AINSI QUE LES FRAIS DE PUBLICATION DES ARTICLES DANS DES JOURNAUX INTERNATIONAUX (47 BC ETRANGERS ET UN SEUL LOCAL) LES HEBERGEMENTS ET PASES CAFES ONT FAIT L'OBJET DE 22 BONS DE COMMANDES, SOIT UN MONTANT TOTAL DE 122585 DINARS. LES BONS DE COMMANDES DE REGULARISATION TRAITES EN 2021 SONT AU NOMBRE DE 16, MONTANT APPROXIMATIF 16000 DINARS.
- 206. 205 ARRIVAGE DOSSIERS OBJETDES COMMANDES ETRANGERES / ANNEE 2021 N° D'ORDRE FOURNISSEURS NUMERO FACTURE DATE FACTURE MONTANT FACTURE DEVISE DATE RETRAIT COURS MOYEN 2021 MONTANT EN TND 1 VWR 4005024274 / 4005024187 / 4005024186 / 4005024273 09/12/2020 7 659,65 EUR 12/01/2021 3,2964 25 249,270 2 APTAR STELMI CD2020003080 07/08/2020 14 820,62 EUR 19/01/2021 3,2964 48 854,692 3 IPP 30001194 11/01/2021 10 351,19 EUR 01/02/2021 3,2964 34 121,663 4 VALO 73202 18/01/2021 1 398,00 EUR 02/02/2021 3,2964 4 608,367 5 HTDS (CONTRE DOC) FMV210031 15/01/2021 27 795,00 EUR 04/02/2021 3,2964 91 623,438 6 NEURO PROBE (PA) 40478 15/01/2021 385,00 EUR 11/02/2021 3,2964 1 269,114 7 NOVIDIA (PA) 210100135 28/01/2021 530,50 EUR 18/02/2021 3,2964 1 748,740 8 VALO 73613 15/02/2021 1 470,00 EUR 11/03/2021 3,2964 4 845,708 9 BIO RAD 9558096951 05/02/2021 2 538,95 EUR 15/03/2021 3,2964 8 369,395 10 HVD SO24917/1 02/03/2021 8 350,00 EUR 23/03/2021 3,2964 27 524,940 11 DUTSCHER 2911741 / 2911739 / 2911746 / 2911742 / 2911744 21/12/2020 11 840,60 EUR 25/03/2021 3,2964 39 031,354 12 OZYME FA774811 14/01/2021 2 975,15 EUR 25/03/2021 3,2964 9 807,284 13 IPP 30001238 08/03/2021 12 566,62 EUR 02/04/2021 3,2964 41 424,606 14 GENO TECHNOLOGIE (PA) 245307 05/03/2021 764,14 USD 02/04/2021 2,7963 2 136,765 15 VALO 74013 15/03/2021 1 448,00 EUR 08/04/2021 3,2964 4 773,187 16 AHRAM BIOSYSTEMS A1324152 24/11/2020 840,00 USD 15/04/2021 2,7963 2 348,892 17 XELL (PA) 2123 14/01/2021 1 745,00 EUR 23/04/2021 3,2964 5 752,218 18 VALO 74389 12/04/2021 1 298,00 EUR 23/04/2021 3,2964 4 278,727 19 BIOSEB (PA) 40210095 05/02/2021 972,00 EUR 07/05/2021 3,2964 3 204,101 20 BIO RAD 9558100988 / 9558096696 / 9558096695 / 9558101602 / 9558101601 / 9558101756 15/04/2021 11 143,75 EUR 10/05/2021 3,2964 36 734,258 21 WEGENER INTERNATIONAL (PA) 478529 15/03/2021 8 174,60 EUR 18/05/2021 3,2964 26 946,751 22 VALO 74775 10/05/2021 1 472,00 EUR 21/05/2021 3,2964 4 852,301 23 TBA 20210423-4200 23/04/2021 236 000,00 YEN 21/05/2021 0,0253 5 970,540 24 STERIGENE (CONTRE DOC) 40041565 02/03/2021 24 901,80 EUR 25/05/2021 3,2964 82 086,294 25 IPP 30001241 08/03/2021 7 400,12 EUR 31/05/2021 3,2964 24 393,756
- 207. 206 26 HVD SO25775/117/05/2021 11 620,00 EUR 31/05/2021 3,2964 38 304,168 27 IPP 30001195 11/01/2021 6 702,65 EUR 01/06/2021 3,2964 22 094,615 28 RD BIOTECH 21050455 04/05/2021 2 086,00 EUR 09/06/2021 3,2964 6 876,290 29 MERCK 27501959-US 04/05/2021 618,00 EUR 11/06/2021 3,2964 2 037,175 30 VWR 4005025823 / 4005025824 / 4005025825 02/04/2021 8 443,85 EUR 14/06/2021 3,2964 27 834,307 31 HVD SO25510/1 10/05/2021 13 469,45 EUR 17/06/2021 3,2964 44 400,695 32 BD (CONTRE DOC) 217016061 07/06/2021 2 626,86 EUR 23/06/2021 3,2964 8 659,181 33 IPP 30001318 07/06/2021 16 371,67 EUR 28/06/2021 3,2964 53 967,573 34 FISHER 62896 10/03/2021 118,85 EUR 29/06/2021 3,2964 391,777 35 CLINISCIENCES 310551 / 310552 / 310553 16/03/2021 2 028,00 EUR 06/07/2021 3,2964 6 685,099 36 BIO RAD 9558102969 18/05/2021 2 474,28 EUR 09/07/2021 3,2964 8 156,217 37 SANTA CRUZ 92629301 28/05/2021 1 878,00 EUR 09/07/2021 3,2964 6 190,639 38 STERIGENE (CONTRE DOC) 40042894 05/05/2021 4 600,00 EUR 13/07/2021 3,2964 15 163,440 39 DUTSCHER 3063834 / 3063835 / 3063837 / 3063839 07/06/2021 3 128,88 EUR 14/07/2021 3,2964 10 314,040 40 IPP 30001322 07/06/2021 16 558,64 EUR 23/07/2021 3,2964 54 583,901 41 VALO 75512 05/07/2021 1 448,00 EUR 27/07/2021 3,2964 4 773,187 42 VALO 72759 07/12/2020 1 223,00 EUR 03/08/2021 3,2964 4 031,497 43 IPP 30001349 12/07/2021 12 888,26 EUR 11/08/2021 3,2964 42 484,860 44 FISHER MN0017045 11/03/2021 109,95 EUR 11/08/2021 3,2964 362,439 45 HTDS (CONTRE DOC) FMV2100567 07/06/2021 2 736,00 EUR 16/08/2021 3,2964 9 018,950 46 VALO 75849 02/08/2021 1 448,00 EUR 24/08/2021 3,2964 4 773,187 47 IPP 30001357 12/07/2021 66 314,81 EUR 24/08/2021 3,2964 218 600,140 48 ESCO (PA) SO-215873 08/06/2021 733,00 USD 25/08/2021 2,7963 2 049,688 49 BIO RAD 9558103913 / 9558105567 09/06/2021 1 077,42 EUR 31/08/2021 3,2964 3 551,607 50 MABTECH (PA) 18238 / 18234 06/07/2021 1 195,60 EUR 01/09/2021 3,2964 3 941,176 51 OXFORD NANOPORE 11273 12/07/2021 1 095,00 EUR 08/09/2021 3,2964 3 609,558 52 VALO 76196 30/08/2021 1 448,00 EUR 15/09/2021 3,2964 4 773,187 53 SICSA (PA) FA2103027 11/03/2021 5 273,25 EUR 05/10/2021 3,2964 17 382,741 54 VWR 4005027000 / 4005026999 14/06/2021 9 494,95 EUR 08/10/2021 3,2964 31 299,153 55 VALO 76567 27/09/2021 1 445,00 EUR 11/10/2021 3,2964 4 763,298 56 CLINISCIENCES 314424 / 314425 / 314426 / 314427 / 314759 / 314720 26/08/2021 7 460,20 EUR 19/10/2021 3,2964 24 591,803
- 208. 207 57 HVD SO27165/130/09/2021 13 240,00 EUR 19/10/2021 3,2964 43 644,336 58 SIGMA (CONTRE DOC) 8081216988 / 8081225607 / 8081225608 / 80812256 / 8081225609 / 8081225610 / 8081225611 / 8081225612 / 8081225613 / 8081225614 / 8081225615 04/03/2021 12 561,68 EUR 19/10/2021 3,2964 41 408,322 59 GENSCRIPT U722ZGF020C1 21/09/2021 191,00 EUR 02/11/2021 3,2964 629,612 60 MERCK 9517948880 22/10/2021 1 619,00 EUR 10/11/2021 3,2964 5 336,872 61 VALO 76959 25/10/2021 1 448,00 EUR 11/11/2021 3,2964 4 773,187 62 SIGMA (CONTRE DOC) 8081483802 / 808148803 / 8081483804 / 8081483805 / 8081483806 / 8081483807 08/09/2021 10 989,76 EUR 12/11/2021 3,2964 36 226,645 63 IPP 30001428 / 2 12/10/2021 23 376,66 EUR 12/11/2021 3,2964 77 058,822 64 BEMICRON (PA) 200116/0 BIS - 6 004,22 EUR 12/11/2021 3,2964 19 792,311 65 IPP 30001429 12/10/2021 9 626,40 EUR 01/12/2021 3,2964 31 732,465 66 VALO 77357 22/11/2021 1 448,00 EUR 10/12/2021 3,2964 4 773,187 67 MERCK 9518001314 25/11/2021 1 332,96 EUR 10/12/2021 3,2964 4 393,969 68 HTDS FMV2101067 10/11/2021 3 720,00 EUR 22/12/2021 3,2964 12 262,608 MONTANT TOTAL DES ARRIVAGES 2021 1 509 654,289 NB/ Le montant total des arrivages 2021 est de 1 509 654,289 dinars n'inclut pas les frais de transit, de magasinage, de transport ainsi que les droits de douanes. Ce montant a augmenté de 28,57% par rapport aux arrivages relatifs à l'année 2020 alors que le nombre a diminué de 18,39%. Les 25 arrivages relatifs aux "dons" ne sont pas inclus dans les 68 dossiers d'importations.
- 209. 208 Sous-Direction Commerciale Responsable :AmelAbbouz Cadre : 01 Nombre de personnel : 04 Agents I. Missions de la sous direction commerciale : La sous direction commerciale assure la vente des sérums et vaccins fabriqués par la Nouvelle Unité de Production (NUP) de l’IPT, sous la supervision d’un pharmacien responsable. Par ailleurs, cette unité assure la vente d’autres produits de l’unité d’élevage de l’IPT : les petits animaux comme les cobayes et souris, sous la supervision d’un vétérinaire, qui serviront notamment pour les expérimentions et le contrôle des vaccins par le Laboratoire National de Contrôle des Médicaments. D’autres produits animaliers, fabriqués par d’autres laboratoires de l’IPT, comme le sang de cheval, le sang de mouton et le sang de poule sont également vendus par cette sous-direction. La sous direction commerciale s’occupe également de l’établissement des marchés, conventions et devis, la centralisation et la facturation des bons de commandes d’analyses à terme, le suivi de toutes les réclamations clients. Elle assure aussi la mise à jour et le contrôle des prix sur l’application PROLAB. L’élaboration des procédures de ventes et de gestion des analyses sont aussi de son ressort. Elle assiste aussi le médecin responsable du service vaccination dans ses responsabilités : le contrôle et la mise à jour des prix de vaccins acquis auprès de la Pharmacie Centrale, le suivi des réclamations clients et enfin la centralisation et l’envoie des factures aux clients. A côté de toutes ces activités, vient s’ajouter l’activité de recouvrement des impayés des clients ayant de grandes créances avec l’IPT. Le personnel affecté à cette sous direction est composé d’un directeur, d’un cadre gestionnaire et de quatre agents. II. Organisation et répartition des tâches des agents de la sous direction commerciale : a. Le Responsable de la Sous direction : Amel ABBOUZ Elle assiste, encadre, oriente et supervise tout le personnel qui est sous sa responsabilité dans l’accomplissement de ses tâches. Ses Principales tâches : • Elaboration des procédures de ventes des sérums, vaccins et petits animaux et des prestations d’analyses ; • Calcul et mise à jour des prix des prestations de vaccins • Mise à jour du coût de la charge vaccinale • Vérification des prix des prestations de vaccins sur les factures • Calcul et mise à jour des prix des prestations d’analyses sous traitées à l’étranger ; • Suivi et Correction des prix d’analyses sur le système « PROLAB » ; • Etablissement des marchés et conventions avec les clients de l’IPT ; • Elaboration des tableaux de bords, rédaction des rapports d’activités et des courriers en rapport avec les activités de la sous direction commerciale (ventes, analyses et recouvrement) ; • Recouvrement des grandes créances • Répond aux réclamations clients et aux différents courriers émanant du Ministère de la Santé et de ses différentes structures ( DSSB etc….); • Répond aux différentes réclamations internes émanant des structures administratives (Comptabilité Finances et Recouvrement) du service vaccination de l’Unité de Production et des Laboratoires de l’I.P.T • Formation, encadrement et supervision du personnel affecté sous sa responsabilité. . b. Les Subordonnés : ➢ Sameh Taghouti ( grade : Administrateur ) : Recouvrement des grandes créances / facturation de bons d’analyses / Assiste le responsable commercial dans l’établissement des marchés et conventions / Assure le suivi des réclamations clients et fourniture des résultats d’analyses en cas de besoin / Assure les réclamations émanant des services comptabilité et recouvrement / Fait les suivi des bons de commandes manquants au niveau du service des consultants externes / Vérification des montants des factures d’analyses générées par le système PROLAB / Etablit les tableaux de bords
- 210. 209 annuels des différentesactivités de la sous direction / Assiste le responsable de la sous direction dans l’encadrement du personnel qui est sous sa responsabilité. ➢ Sabrine Baghouri (grade: Technicien) : Facturation des ventes à terme de vaccins et sérums / Vente au comptant de vaccins et sérums / Elaboration des tableaux de bord mensuel de la vente à terme et au comptant / Acheminement des factures de ventes de vaccins et sérums, des prestations d’analyses et de vaccins vers les services de comptabilité et recouvrement accompagnés des tableaux de ventes pour décharge / Envoi des factures de ventes à terme et de vaccination aux clients/ Rapprochement mensuel et vérification des factures fournis et des informations mentionnés sur les tableaux de ventes avec le service de comptabilité après saisie des factures / Classement des factures de ventes à terme et de vaccination ➢ Anis Nefzi (grade : ouvrier catégorie 6) : Recouvrement des grandes créances / Facturation de bons d’analyses / Elaboration des devis des clients / Suivi des réclamations clients / Fourniture des résultats d’analyses manquants /. Vérification des factures d’analyses générées par le système PROLAB. ➢ Sihem Daly (grade : secrétaire de bureau) : Dispatching, pointage et envoi des factures d’analyses / Vente des sérums et vaccins en cas de besoin. ➢ Ali Ben Abdelhamid (grade : Programmeur): Etablissement de tableaux de bords pour les produits vendues / Elabore Fiches de suivi du marché de la DSSB/ assure la vente des sérums et vaccins en cas de besoin. III. Réalisations 2017 -2021 : a. Les Analyses Biologiques : De 2017 à 2020, le chiffre d’affaires des analyses a plus que doublé pour passer de 3 289 548,200 D à 7 061 804,759 D ; soit une augmentation de 115%. Entre 2020 et 2021, le chiffre d’affaires des analyses a accusé une baisse de l’ordre de 26,9% mais sa valeur reste élevée par rapport aux années antérieures à 2020 ; soit 5 155 582,022 D. L’accroissement du chiffre d’affaires des analyses entre 2017 et 2021 s’explique par plusieurs facteurs : • Des réunions périodiques ont été organisées avec le développeur de l’application « PROLAB» en vue d’optimiser l’utilisation de l’application en question en la généralisant à tous les laboratoires à l’exception de deux (Le laboratoire des eaux et denrées alimentaires et celui de bio toxines) ; • La mise en application, à tous les niveaux, du manuel de procédures Commerciales et Financières. Ceci, depuis la salle des consultants externes en passant par les laboratoires d’analyses jusqu’à la facturation et l’encaissement ; • La mise à jour des prix des analyses envoyés à l’étranger a permis de maintenir une croissance continue de l’activité. • L’augmentation de l’activité des analyses due à l’introduction du test PCR pendant les deux années de Covid 2020-2021 Evolution du C.A Global 2017-2021 Année 2017 2018 2019 2020 2021 Analyses au Comptant 1 341 263,140 1 510 749,904 1 805 087,254 5 497 930,10 3 789 941,746 Nombre de factures 14 044 17 764 19 775 35 215 29 225 Analyses à Terme 1 951 218,380 2 017 271,215 2 055 544,001 1 578 979,193 1 400 137,615 Nombre de factures 1 587 1 178 1 095 861 1 220 Avoirs 2 933,320 104 200,506 71 872,753 42 007,556 34 497,339 Total Net 3 289 548,200 3 423 820,613 3 788 758,502 7 034 901,735 5 155 582,022
- 211. 210 Il est àremarquer que le chiffre d’affaires au comptant a évolué progressivement de 2017 jusqu'à 2019 et a augmenté en exponentielle en 2020 pour occuper 78,02% du chiffre d’affaires global et s’est maintenu à 73 % en 2021. Ceci s’explique par le nombre élevé de tests PCR du Covid 19 réalisés pendant la période de pandémie (2020-2021) Part du C.A au Comptant dans le C.A Global 2017 2018 2019 2020 2021 40,77% 44,12% 47,64% 78,02% 73,00% La vaccination : Selon le graphe ci-dessous, nous constatons qu’entre 2017 et 2018, le chiffre d’affaires des prestations de vaccins a augmenté d’une manière vertigineuse et atteint son maximum en 2019 ; soit 2 515 133D , 320. Entre 2017 et 2019 le taux d’accroissement est de 96,5 %. Cet accroissement important s’explique par plusieurs facteurs : • En 2018 le vaccin contre la Méningite en flacons monodose ( Menveo) acquis auprès de la PCT à 90D ,952 HT, a remplacé le vaccin multidoses ( Mencevac ACWY (8 doses réelles)) acquis à 237D ,060 soit le coût de la dose est à 29D ,632 HT. Par conséquent, le prix de la dose a été augmenté de 200%. • L’application du nouveau coût de la charge vaccinale qui passe à 15 D en 2018 au lieu de 8D ,629 en 2017. • Le troisième facteur qui a été déterminant dans cet accroissement est l’augmentation du nombre de pèlerins à partir de 2018. Entre 2018 et 2019, l’augmentation du chiffre d’affaires n’est que de 11%. Elle s’explique par l’augmentation, en 2019, des prix d’achat des vaccins acquis auprès de la Pharmacie Centrale tels que, à titre d’exemple, le prix du vaccin Méningococcique conjugué ( Prevenar ) qui est passé de 106D ,760 HT à 144 D ,510 D HT, le prix du vaccin Pneumococcique Polyosidique (Pneumo 23) qui est passé de 36 D ,076 à 97 D ,642 enfin, le prix du vaccin polio injectable qui est passé de 18D ,318 ( Poliorix ) à 20D ,310 ( Imovax Polio). Analyses au Comptant Analyses à Terme Total Net Série1; 2017; 40,77%; 14% Série1; 2018; 44,12%; 16% Série1; 2019; 47,64%; 17% Série1; 2020; 78,02%; 27% Série1; 2021; 73,00%; 26% Part du C.A au Comptant dans le C.A Global 2017 2018 2019 2020 2021
- 212. 211 En 2020, onconstate une chute notable du chiffre d’affaires des prestations de vaccins passant de 2 515 133D ,320 en 2019 à 842 833D ,610 en 2020 puis en 2021 à 570 885,551 D, Le taux de décroissement est de 66,48% entre 2019 et 2020 et de 32,26 % entre 2020 et 2021. L’arrêt du pèlerinage est la cause majeure de cette chute pendant les années 2020 et 2021 ajouté à la fermeture des aéroports à cause de la pandémie du Covid 19. CA Vaccination Année 2017 2018 2019 2020 2021 C.A Vaccins 1 280 000,000 2 266 612,131 2 515 133,320 842 833,610 570 885,551 b. Vente des sérums et vaccins : Entre 2017 et 2020, le chiffre d’affaires des sérums et vaccins est en baisse, il passe de 1 999 419,107 D à 936 358,269 D. Le taux de décroissance est d’environ 53,16 %. En 2021, on constate que le chiffre d’affaires (1 254 691,272 D) commence à remonter et dépasse le niveau de 2019 mais il n’a pas encore atteint le niveau de 2017. Conclusion : Il n’y a pas eu de décollage dans la production. Toutes ces fluctuations enregistrées, dans les ventes des sérums et vaccins entre 2017 et 2021, sont dues aux problèmes rencontrés dans la production de vaccins. En 2019, deux facteurs majeurs ont fait chuter le chiffre d’affaires: • Le vieillissement des chevaux de l’Institut Pasteur pour la fourniture de quantité suffisante de Plasma pour la production de sérums ; • Les pannes répétitives des machines de production de vaccins et sérums. Durant ces cinq dernières années, d’autres facteurs ont contribué à toutes ces variations tels que le départ de certains techniciens vu leur situation administrative précaire puisqu’ils ont été recrutés sur contrat. Par conséquent, la régularisation de leur situation administrative est une des solutions pouvant assurer une même cadence de production et l’augmenter. A cet effet, plusieurs écrits ont été envoyés au Ministère de la Santé demeurant jusqu’à ce jour sans suite. En résumé, les facteurs qui sont à maitriser pour augmenter la production sont: • Le renouvellement des machines est primordial vu le nombre de pannes limitant ainsi la production ; • L’achat de nouveaux chevaux pour augmenter la production de plasma ; • Le recrutement de ressources humaines qualifiées (vétérinaire, ingénieur, technicien supérieur) ; • La motivation du personnel de production pour éviter leur départ car le processus de production est lent et demande beaucoup d’heures de travail supplémentaires. Il est à noter aussi que la crise sanitaire du Covid 19 a accentué la crise économique pendant les années 2020-2021. Ce qui a impacté négativement le budget du Ministère de la Santé. CA Vente des Sérums et Vaccins C.A Vaccins 2017 2018 2019 2020 2021
- 213. 212 Année 2017 20182019 2020 2021 Immun BCG 741 911,457 632 132,990 763 789,490 653 013,254 831 356,057 BCG Intradermique 601 107,650 475 558,240 286 078,593 208 585,800 94 759,200 Sérums Thérapeutiques 658 150,000 617 406,925 111 794,842 74 759,215 395 532,320 Total 2 001 169,107 1 725 098,155 1 161 662,925 936 358,269 1 328 244,072 Nombre de factures 2 049 1 770 2 325 1 771 1 963 Avoirs 1 750,000 0,000 854,514 0,000 73 552,800 Total Net 1 999 419,107 1 725 098,155 1 160 808,411 936 358 ,269 1 254 691,272 c. Vente de petits animaux de sang de cheval et globules rouges: De 2017 à 2021, le chiffre d’affaires de l’animalerie a connu des fluctuations importantes qui sont dues essentiellement aux variations des besoins du LNCM en petits animaux pour le contrôle des vaccins et des laboratoires de recherche pour les expérimentations. Le sang de cheval et les globules rouges sont produits suite aux besoins exprimés par les hôpitaux. Année 2017 2018 2019 2020 2021 Petits Animaux 26 624,340 13 250,180 20 521,820 14 480,620 26 222,880 Sang de Cheval 896,754 207,786 2 418,430 2 811,219 6 596,483 Globules Rouges 160,000 0,000 0,000 0,000 0,000 Total 29 698,094 15 475,966 24 959,250 19 311,839 34 840,363 Immun BCG BCG Intradermique Sérums Thérapeutiques
- 214. 213 IV. Autres missions: Recouvrement des impayés relatifs aux Prestations d’Analyses et à la Vente de Sérums et Vaccins La dette des grands hôpitaux a connu de petites variations entre 2016 et2019, la moyenne est de 5 860 234,926 D. Entre 2020 et 2021, elle est restée stable, soit 5 715 784,089 D en 2020 et de 5 774 900,549 D en 2021. Pendant ces deux années de crise sanitaire 2020 et 2021, le montant annuel recouvré a beaucoup diminué par rapport aux années antérieures. Alors qu’en 2018 et 2019 il a atteint successivement 1 851 914,702 D et 2 515 133,320 D, en 2020 et 2021 il n’est plus successivement que de 842 833,610 D et 950 103,419 D. Cette situation peut être expliquée par le fait que les hôpitaux font moins d’analyses et n’arrivent plus à payer leurs factures d’analyses et de vaccins envers l’Institut Pasteur à cause de la crise sanitaire. Les structures sanitaires publiques : • Le montant des factures impayées au 31/12/2021 de la DSSB s’élève à 460 000 D, hormis le montant des commandes hors marché des années 2013-2014 qui n’a pas été encore régularisé, soit 372 000,000 D. • Le montant des impayés de la PCT au 31/12/2021 s’élève à seulement 2 228,477 D dont 668,845 D relatif à la vente de vaccins de la part de l’IPT.. Petits Animaux Sang de Cheval Globules Rouges
- 215. 214 Sous-direction de l’auditinterne Responsable: Feten BEN ALI Cadres : 02 Nombre de personnel : 04 I- PRESENTATION DE LA SOUS DIRECTION: 1- Organisation : La sous direction d’audit interne est créée par le décret n° 2010-287 du 15-12-2010 portant organigramme de l’IPT. Elle est rattachée à la Direction Générale de l’IPT. La Sous Direction Audit est supervisée par un cadre ayant la fonction de Sous Directeur d’Administration Centrale. 2- Effectif : II- POLITIQUE ET OBJECTIFS DE L’AUDIT INTERNE L’audit interne permet de donner à la Direction Générale une assurance sur le degré de maîtrise de ses opérations, et lui apporte ses conseils pour les améliorer, et contribue à créer de la valeur ajoutée. A cette fin titre, de La sous Direction d’ Audit Interne évalue le système de contrôle interne de l’IPT et de la gouvernance en s’assurant de : - la conformité aux lois et règlements. - l’application des instructions et des orientations fixées par la Direction Générale. - le bon fonctionnement des processus internes de l’IPT, notamment ceux concourant à la sauvegarde des actifs. - la fiabilité des informations financières publiées. III- MISSIONS • Evaluer l’activité des différentes structures de l’IPT conformément aux manuels des procédures et à la réglementation en vigueur. • Collecter les informations et les données, préparer les analyses selon une approche méthodique, et proposer les conseils et les recommandations concernant l’efficacité du système de contrôle interne appliqué dans les différentes structures de l’IPT. • Elaborer les rapports de missions d’audit qui lui sont confiées par la Direction Générale de l’IPT. • Suivre les plans d’action engagés par les audités quant à la levée des insuffisances relevées dans les rapports d’audit ainsi que les instructions de la Direction générale y relatives. • Coordonner les travaux entre l’auditeur externe et les différentes structures internes de l’IPT dans le cadre de la mission du commissaire aux comptes relative à l’évaluation du système de contrôle interne. • La sous direction d’audit interne se détache de certaines taches supplémentaires telles que : o Assurer les réunions du conseil d’administration : o Préparation de l’ordre du jour o Rédaction du pv o Suivi des recommandations du conseil o La centralisation des données statistiques annuelles émanant des différentes structures administratives et financières de l’IPT afin de les transmettre aux ministères de tutelle. o La centralisation des rapports d’activités des structures administratives et financières. o Assurer les réunions directoires. o Mise à jour de l’organigramme de l’IPT. IV- ACTIVITES DURANT L’ANNEE 2021 1- Programme de l’Audit interne : • Missions d’Assurance : o Finalisation de la mission de la gestion des ressources humaines. o Finalisation inventaire de la caisse. o Gestion des carburants. Catégories professionnelles Grades Nombre Personnel administratif Administrateur en chef 02 Attaché de la Santé Publique 01 Agent occasionnel 01 TOTAL 04
- 216. 215 • Missions desuivi : o Gestion de la maintenance des équipements et des bâtiments. o Gestion des quittances de paiement des actes de la vaccination. o Inventaire de la caisse. • Mission de coordination : o Avec le commissaire aux comptes pour préparer le rapport de contrôle interne au titre de l’année 2019. • Mission d’accompagnement : o Inventaire annuel des stocks de l’année 2020. • Contribution à l’élaboration : o Manuel de procédures de l’IPT o Mise ne place MQ 2- Réalisations : • Mission de suivi audit caisse • Mission de gestion des ressources humaines • Mission de coordination avec le réviseur des comptes : rapport d’appréciation du contrôle interne au titre de l’année 2019 • Mission d’accompagnement inventaire physique au titre de l’année 2021 V- OBSERVATIONS la sous direction de l’audit interne a été marquée par le renforcement par un cadre Administrateur en Chef (août 2021) et un agent occasionnel (juillet 2021) . 1- Recommandations : - la mise en place d’un manuel de procédure regroupant l’ensemble des processus et des procédures des différentes activités de l’IPT ainsi que les responsabilités de chaque intervenant. - la mise en place un système d’information permettant d’évaluer le dispositif de contrôle interne via la fonction informatique. - le renforcement des ressources humaines dans la sous direction d’audit interne
- 217. 216 Service des affairesjuridiques et du contentieux Responsable: Chedly TAYARI Cadres : 01 Nombre de personnel : 00 I- PRESENTATION DU SERVICE: 1- Organisation : Le Service des Affaires juridiques et du contentieux est créé par le décret n° 2010-287 du 15-12-2010 portant organigramme de l’IPT. Il est rattaché à la Direction Générale de l’IPT. 2- Effectif : II- II- MISSIONS Selon l’organigramme annoté visé par le Ministre de la santé, le service juridique est chargé notamment de : • l’étude des différents dossiers juridiques ; • La gestion et le suivi des dossiers du contentieux. III- ACTIVITES DURANT L’ANNEE 2021 1- Gestion et le suivi des dossiers du contentieux : Le Service Juridique a été chargé de gérer et de suivre des affaires judiciaires au niveau des juridictions compétentes. Il s’agit notamment de suivre : - 13 affaires judiciaires devant le juge administratif ;( appel de certaines décisions préliminaires). - 2 affaires judiciaires devant le juge du Droit commun.(décisions judiciaire rendue pour l’IPT) Le service des affaires juridiques a examiné aussi 4 plaintes auprès du Procureur de la république. 2- Gestion et suivi des dossiers juridiques : Il s’agit notamment de : - Représenter l’institut auprès des instances administratives et juridictionnelles par une lettre de procuration de la Direction Générale ; - Faire des consultations juridiques demandées par le personnel de l’IPT afin de protéger leurs droits. - Suivre les dossiers fonciers à travers la régularisation de la situation foncière de 5 biens immeubles de l’IPT auprès de l’administration de la propriété foncière de l’Etat. 3- Autres missions : - Gérer et suivre le dossier de l’octroi de voiture de service à usage personnel suite à la mission de contrôle effectuée par l’Instance de Contrôle Général du Domaine de l’Etat. - Gérer et suivre les dossiers relatifs à la cession des biens meubles de l’IPT conformément aux dispositions règlementaires en vigueur. - Elaborer une note de procédure pour décrire les différentes étapes de la gestion des analyses génétiques ; - Suivi de tous les dossiers liés à l’instance nationale de lutte contre la corruption. - Suivi de tous les dossiers liés à l’instance nationale de l’accès à l’information. Catégories professionnelles Grades Nombre Personnel administratif Administrateur en chef 01 TOTAL 01