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Rapport d'activité 2017 de l'Institut Pasteur de Tunis
1
Sommaire
Edito du Directeur Général ......................................................................................... 2
L’Institut Pasteur de Tunis .......................................................................................... 4
Gouvernance.............................................................................................................. 5
Liste des laboratoires, services, directions et comités en 2017................................. 8
Les chiffres clés de l’Institut Pasteur de Tunis en 2017............................................ 10
Structures de Recherche.......................................................................................... 16
Services d’investigation clinique et de Santé Publique........................................... 124
Production de vaccins et sérums thérapeutiques ................................................... 169
Soutien technique................................................................................................... 189
Soutien logistique ................................................................................................... 208
Comités .................................................................................................................. 219
Administration......................................................................................................... 226
Annexes.................................................................................................................. 258
2
Edito du Directeur Général
L’IPT consolide sa position de leader régional, en attestent les nombreux
succès dans les appels à projets internationaux ainsi que la liste des
publications, brevets, distinctions, prix et autres reconnaissances obtenus
en 2017. Le maintien et l’amélioration des programmes scientifiques et de
santé publique constitue notre objectif principal et notre raison d’être.
Avec ses partenaires nationaux et internationaux, l’IPT doit continuer à
relever les défis sanitaires et contribuer au développement économique
et social de la Tunisie.
Malgré la situation délicate par laquelle passe le pays, marquée
notamment par la baisse des budgets des laboratoires de recherche
financés par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche
Scientifique (MESRS) ainsi que les impayés des structures publiques
(plus de dix millions de DT), l’année 2017 a été excellente, en termes de
production scientifique, de succès dans le programme européen H2020
et d’autres programmes internationaux de recherche et de formation.
Dans le domaine des analyses biomédicales et des activités de santé publique, l’IPT a réalisé plus
de 254 000 analyses, tests, vaccinations et autres services. Le chiffre d’affaire de cette activité s’élève
à 4 820 000 DT, en augmentation par rapport à l’année 2016 de 2,7%. De même, le chiffre d’affaires
de la vente de vaccins et sérums s’élève à 1 846 196 DT, en augmentation de 12% par rapport à
2016.
Concernant la formation et l’encadrement, nous avons organisé ou contribuer à l’organisation de
64 événements (15 manifestations scientifiques, 12 cours et ateliers pratiques, 25 séminaires et
autres conférences ainsi que 18 évènements scientifiques et culturels ouvert sur notre
environnement). Par ailleurs, 136 étudiants de l’IPT ont pu soutenir leur diplôme en 2017. Ce qui a
réduit le nombre d’étudiants de 262 (en 2016) à 176 (en 2017). Cela nous permettra de focaliser sur la
qualité de la formation.
En 2017, nous avons reçu la notification du renouvellement, pour deux ans, de notre Centre Régional
de Formation pour la région Méditerranée orientale financé par le TDR/OMS. Ce Centre, dirigé par
Samir Boubaker (chargé de la Direction de la Santé Publique), œuvre à promouvoir et à coordonner
des cours internationaux et des formations pratiques dans le domaine de l’implémentation de la
recherche et les interventions en santé.
Au niveau des projets de recherche, cette année a été exceptionnelle, en plus des 23 projets
encore actifs (obtenus avant 2017), 37 nouveaux projets à financement spécifique ont été obtenus
au titre de l’année 2017, dont 11 notifications pour des projets qui débutent en 2018. Ils proviennent
de bailleurs de fonds nationaux et internationaux tels que la Commission Européenne (H2020), le
Réseau International des Institut Pasteur, les Instituts Nationaux de Santé (NIH, USA), l’Agence
Universitaire de la Francophonie (AUF), le TWAS, Le Center for Diseases Control (US-CDC), le CRDF
(USA) ainsi que ceux financés dans le cadre de la coopération bilatérale (France, Allemagne, Inde,
autres).
Je souhaite mentionner tout particulièrement le montage du projet «PHINDaccess» qui vient d’être
financé dans le cadre H2020 (Twinning ou jumelage). C’est un travail en synergie pour un projet
institutionnel dont l’Institut Pasteur de Tunis est le coordinateur et le principal bénéficiaire. Grâce à un
effort collectif coordonné par Helmi Mardassi (Chargé de la Direction de la Recherche), ce projet vise
à accroître notre capacité dans le domaine Omique en vue de nous positionner comme un centre
d'excellence dans le domaine de l'interaction pathogène-hôte. Le jumelage implique quatre institutions
européennes de classe mondiale évoluant à l'avant-garde de la recherche sur les maladies
infectieuses: l'Institut Pasteur (France), le Centre de Génomique (CRG, Espagne), l'Institut Max-
Planck de Génétique Moléculaire (MPG, Allemagne) et l'Institut Robert Koch (RKI, Allemagne). Avec
ce projet notre intention est de placer la science omique au centre de la stratégie de recherche et
d'innovation de l’Institut pour favoriser durablement l'excellence scientifique.
3
163 articles ont été publiés en 2017 par les chercheurs de l’IPT. Ce chiffre est en augmentation
(7,8%) par rapport à 2016. L’impact factor médian est de 2.3, il faut l’améliorer. Nos publications ont
été citées environ 2360 fois en 2017.
En termes de valorisation, nous restons engagés avec Bio Venture for Global Health (BVGH). En
2017, 4 nouveaux brevets d’invention ont été enregistrés et plus de trente contrats ont été signés et
gérés par notre Cellule de Communication, Valorisation et Transfert technologique. Il s’agit de
prestations de services, de recherche, dans le cadre de collaborations internationales avec des
industriels et des académiques. De plus, nous avons intégré un projet « TRIFOLD » qui vise à
améliorer l’environnement du transfert technologique et à favoriser la valorisation des résultats de
recherche. Parmi les accords, nous notons celui avec la SATT Lutech en rapport avec notre brevet sur
«Lebecetin, a C-type lectin, as neovascularization inhibitor» en partenariat avec l'Institut de la vision
(UPMC). Nous poursuivons notre engagement avec le « Korean Center of Disease Control » et la
société Coréenne « Green Cross » sur le transfert technologie du vaccin BCG vers la Corée du Sud.
Les partenaires Coréens ont bénéficié, à Tunis, d'une familiarisation aux processus de production du
BCG et au Contrôle Qualité. Une assistance locale et la production des premiers lots en Corée ainsi
qu’un transfert de toutes les procédures ont été réalisés.
L’année 2017 a également vu la naissance de l’Association des Jeunes Chercheurs (AJC) de l’IPT.
Elle est chargée d’assurer la communication entre les jeunes chercheurs, les soutenir et les inciter à
la créativité. L’AJC a contribué à enrichir l’environnement scientifique et socio culturel de l’Institut,
notamment par l’organisation du 2
ème
Colloque des Jeunes Chercheurs en avril 2018.
Enfin, cette année, l’Institut a reçu plusieurs personnalités scientifiques de premier rang, ainsi que
plusieurs visites officielles dont celle du Ministre de la Santé Palestinien, les membres de la
Commission Santé du Bundestag (parlement allemand), la Direction de la Coopération Internationale
Monégasque ainsi que le Directeur accompagné du staff du CDC Afrique, nouvellement créé. Ces
visites étaient l’occasion de discuter des perspectives de développement de la coopération bilatérale
ainsi que des opportunités pour la promotion de l’internationalisation de nos activités.
Dr. Hechmi Louzir,
Directeur Général de l’Institut Pasteur de Tunis
4
L’Institut Pasteur de Tunis
Lutter contre les maladies pour la Santé de Tous
Statuts, missions, historique
Etablissement Publique de Santé, l’IPT est la seule institution
tunisienne réunissant les missions de recherche et formation,
diagnostic et santé publique, production de vaccins. Intimement liées,
elles ont fait de l’IPT une structure de référence dans le domaine de
la recherche biomédicale.
Depuis l’époque de Charles Nicolle (directeur de l’IPT de 1903 à 1936
et prix Nobel de médecine en 1928) l’IPT occupe une place
prépondérante dans l’histoire de la médecine en Tunisie avec d’importantes découvertes dans le
domaine des maladies infectieuses, (cycles de transmission de la toxoplasmose, le vecteur du typhus,
la leishmaniose viscérale, ainsi que le développement du concept original des infections
inapparentes). L’IPT a participé à l’éradication de plusieurs maladies endémiques en Tunisie comme
le paludisme, aux campagnes nationales de vaccination et continue de collaborer activement dans les
programmes de santé publique.
Diagnostic et Santé Publique
La mission du département de santé publique de l’IPT tourne autour
de deux activités principales.
La première comporte la vaccination (plus d’une quinzaine de vaccins),
le conseil aux voyageurs ainsi que le traitement antirabique.
La seconde activité est destinée aux prélèvements et aux examens biologiques
courants et spécialisés. Ces analyses sont réalisées dans les 18 laboratoires de
diagnostic et de santé publique de l’IPT. La plupart de ces laboratoires participent à
des programmes de santé publique nationaux et internationaux (enquêtes
épidémiologiques, suivi des programmes de vaccination et certains sont des
laboratoires de références nationaux ou régionaux OMS.
Recherche et Formation
L’activité de recherche de l’IPT se déroule dans 9 laboratoires. Ces équipes
de recherche sont multidisciplinaires (biologistes, hospitalo-universitaires,
médecins de la santé publique, vétérinaires) et réunissent plus d’une
centaine de cadres scientifiques et plus de 200 étudiants.
Nos domaines de recherche :
- Épidémiologie des maladies infectieuses ;
- Immunologie des maladies infectieuses de l’homme et de l’animal ;
- Etude des maladies causées par un déficit génétique et/ou immunitaire ;
- Biochimie/immunologie des venins et toxines ;
- Développement biotechnologique.
Production
L’Institut Pasteur de Tunis produit des vaccins et sérums thérapeutiques
pour les besoins du pays. Ses locaux de 700 m² sont conformes aux
normes internationales de bonnes pratiques de fabrication. C’est la seule
unité de ce type à l’échelle nationale. Actuellement, l’Institut Pasteur de
Tunis produit du vaccin BCG intradermique, du vaccin BCG frais pour
immunothérapie du cancer de la vessie et des sérums thérapeutiques (anti-
vipérin, anti-scorpionique et anti-rabique).
5
Gouvernance
Le conseil d’administration................................................................................................................... 6
Le conseil scientifique.......................................................................................................................... 7
6
Le conseil d’administration
Ses missions
Selon l’article 3 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et
financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'Institut Pasteur de Tunis. Le conseil
d'administration est investi des pouvoirs les plus étendus pour agir au nom de l'institut conformément
à la législation et à la règlementation en vigueur. Il a notamment pour attribution :
- La création, suppression et transformation des services médicaux et pharmaceutiques, des
laboratoires de recherche, d'analyse, de production et de contrôle et des unités d'enseignement ;
- L'organisation des différents services administratifs et techniques de l'institut et l'établissement de
son règlement intérieur ;
- L'approbation des contrats-programmes et le suivi de leur exécution, conformément à la législation
en vigueur ;
- La prise des décisions relatives aux emprunts, conformément à la législation en vigueur.
- L'approbation, dans le cadre de la règlementation en vigueur, de la passation des marchés par le
directeur général.
Composition du conseil d’administration
Prénom, Nom Affiliation, Représentations
Mohamed Hédi Oueslati Président du conseil d'administration/Ministère de la Santé Publique
Mohamed Faouzi Kooli Ministère des Finances
Saloua Boutej Ministère du Développement Régional et de la Planification
Abdelatif Boudabous Ministère de l'enseignement et de la Recherche Scientifique et des
TIC
Mohamed Hammami Ministère de l’nseignement et de la Recherche Scientifique et des
TIC
Sameh Ben Mbarka Ministère de l'industrie et du commerce
Hafedh Marrakchi Ministère de l'Agriculture, des ressources hydrauliques et de la
pêche
Abdeljelil Ghram Chef de service
Afef Bahlous Chef de service
Aïda Bouratbine Chef de service
Rym Ben Abdallah Représentant des médecins
Dhafer Laouini Représentant des scientifiques
Yousr Galaï Représentant des pharmaciens
Imen Larbi Représentant des médecins vétérinaires
Dorra Ben Abdesselem Représentant des ingénieurs
Samiha Ben Hadj Ali Représentant du corps para médical
Taoufik Jendoubi Représentant du syndicat
7
Le conseil scientifique
Ses missions
Selon l’article 10 du décret n°95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et
financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'institut Pasteur de Tunis. Il est institué un
conseil scientifique de l'institut Pasteur de Tunis qui a pour mission de :
- donner son avis sur toutes les questions relatives à la politique scientifique de l'établissement,
l'organisation, la programmation et le suivi de la recherche, à la production, à l'enseignement et
l'encadrement des résidents, des stagiaires et des étudiants.
- donner son avis sur les créations, suppressions et regroupements des laboratoires et sur les
propositions de candidature pour les bourses d'étude et de stages à caractère scientifique dans les
limites des crédits alloués.
- donner son avis sur les propositions de conventions et de coopération scientifique avec les
établissements et réseaux scientifiques nationaux, maghrébins, étrangers ou internationaux.
- répondre à toute demande d'avis scientifique formulée par le ministre de la santé publique ou le
conseil d'administration
Composition du conseil scientifique élargi*
Prénom, Nom Affiliation
Hechmi Louzir Institut Pasteur de Tunis (Président du Conseil)
Samia Mnif Institut Pasteur de Tunis
Boutheina Mardassi Institut Pasteur de Tunis
Ikram Guizani Institut Pasteur de Tunis
Sonia Abdelhak Institut Pasteur de Tunis
Hanène Chelbi Institut Pasteur de Tunis
Rym Kefi Institut Pasteur de Tunis
Makram Essafi Institut Pasteur de Tunis
Salem Abbes Institut Pasteur de Tunis
Amel El Gaied Ministère de l'enseignement et de la recherche scientifique
Marc Bonneville Institut Mérieux
Ines Fradi Ministère de la Santé Publique
Arnaud Fontanet Institut Pasteur Paris
Claude Leclerc Institut Pasteur Paris
Lilia Messadi Ministère de l'Agriculture des Ressources Hydrauliques et de la Pêche
Salem Chouaib Institut Gustave Roussy
*Selon l’article 12 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, le conseil scientifique tient une réunion
élargie à l'occasion de la session annuelle d'évaluation des activités scientifiques de l'établissement.
A cet effet, le conseil comprendra, outre ses membres prévus à l'article 11 du présent décret, huit
autres membres choisis hors de la communauté scientifique de l'institut, reconnus pour leur
compétence dans l'un des domaines de la recherche scientifique et biologique.
8
Liste des laboratoires, services, directions et comités
en 2017
Services d’investigation clinique et de santé publique
LABORATOIRE ET SERVICES RESPONSABLE
Laboratoire de Bactériologie Clinique
Imen Kraiem
imen.kraiem@pasteur.tn
Laboratoire de Biochimie Clinique
Afef Bahlous
afef.bahlous@pasteur.tn
Laboratoire d’Immunologie Clinique
Mélika Ben Ahmed
melika.benahmed@pasteur.tn
Laboratoires de recherche
LABORATOIRES DE RECHERCHE RESPONSABLE
Microbiologie moléculaire, vaccinologie
et développement biotechnologique
Helmi Mardassi
helmi.merdassi@pasteur.tn
Transmission, contrôle
et immunobiologie des infections
Ridha Barbouche
ridha.barbouche@pasteur.tn
Epidémiologie et microbiologie
vétérinaire
Abdejelil Ghram
abdeljelil.ghram@pasteur.tn
Epidémiologie moléculaire et pathologie
expérimentale appliquée aux maladies
infectieuses
Ikram Guizani
ikram.guizani@pasteur.tn
Génomique biomédicale et
oncogénétique
Sonia Abdelhak
sonia.abdelhak@pasteur.tn
Parasitologie médicale, biotechnologies
et biomolécules
Aïda Bouratbine
aida.bouratbine@pasteur.tn
Hématologie moléculaire et cellulaire
Salem Abbes/Samia Menif
salem.abbes@pasteur.tn/samia.menif@pasteur.tn
Venins et biomolécules
thérapeutiques
Riadh Kharrat
riadh.kharrat@pasteur.tn
Bioinformatique, biomathématiques,
biostatistiques
Alia Benkahla
alia.benkahla@pasteur.tn
Laboratoire de Cyto-immunologie
Ridha Barbouche
Ridha.barbouche@pasteur.tn
Laboratoire de Contrôle des Eaux et
Denrées Alimentaires
Ridha Ben Aissa
ridha.benaissa@pasteur.rns
Laboratoire de Virologie Clinique
Henda Triki
henda.triki@pasteur.tn
Laboratoire des Mycobactéries
Helmi Mardassi
helmi.merdassi@pasteur.tn
Laboratoire d’Anatomo-Patologie Humaine
et Expérimentale
Samir Boubaker
samir.boubaker@pasteur.tn
Laboratoire de Radio-Immunologie
Afef Bahlous
afef.bahous@pasteur.tn
Laboratoire de la Rage
Habib Kharmachi
habib.kharmachi@pasteur.tn
Service des Vaccinations Internationales et
Anitrabique
Samy Khoufi
samy.khoufi@pasteur.tn
Services des Consultations Externes
Radhia Ammi
radhia.ammi@pasteur.tn
Laboratoire d’Hématologie
Samia Mnif
samia.menif@pasteur.tn
Laboratoire des Mycoplasmes
Boutheina Mardassi
boutheina.mardassi@pasteur.tn
Laboratoire de Parasitologie Clinique
Aïda Bouratbine
aida.bouratbine@pasteur.tn
Laboratoire Histologie et Cytologénetique
Ahlem Amouri
ahlem.amouri@pasteur.tn
Laboratoire des Toxines Alimentaires
Riadh Kharrat
riadh.kharrat@pasteur.tn
Laboratoire de Pathologie Animale
Abdeljelil Ghram
abdeljelil.ghram@pasteur.tn
Laboratoire d’Epidémiologie et d’Ecologie
Parasitaire
Karim Aoun
Karim.aoun@pasteur.tn
Laboratoire de Médecine Nucléaire
Chokri Maktouf
chokri.maktouf@pasteur.tn
Service d’Epidémologie Médicale
Jihène Bettaieb
Jihene.bettaieb@pasteur.tn
9
Soutien logistique
SERVICE RESPONSABLE
Bibliothèque de l’Institut Pasteur de Tunis
Habib Karoui
habib.karoui@pasteur.tn
Cellule de communication, valorisation
et transfert technologique
Hichem Ben Hassine (communication)
hichem.benhassine@pasteur.tn
Najet Hadhri (valorisation)
najet.hadhri@pasteur.tn
Oussama Ben Fadhel (transfert technologique)
oussama.benfadhel@pasteur.tn
Direction informatique
Wassim Ben Salah
Wassim.bensalah@pasteur.tn
Comités
COMITE RESPONSABLE/COORDINATEUR
Ethique bio-médicale
Samir Boubaker
Samir.boubaker@pasteur.tn
Qualité
Sonia Damak
Sonia.damak@pasteur.tn
Formation et stages
Ali Bouattour
Ali.bouattour@pasteur.tn
Ressources biologiques
Dhafer Laouini
Dhafer.laouini@pasteur.tn
Programmes Collaboratifs Internes
Dhafer Laouini
Dhafer.laouini@pasteur.tn
Soutien technique
SERVICE RESPONSABLE
Unités animalières
Imen Degrach
imen.degrach@pasteur.tn
Cytométrie en flux
Ridha Barbouche
Ridha.barbouche@pasteur.tn
Typage génétique
Rym Kéfi
rym.kefi@pasteur.tn
Direction technique
Naceur El Ouni
naceur.elouni@pasteur.tn
Service de production de milieux de
culture et reactifs
Ridha Ben Aïssa/Haifa Ben Sedrine
Unité d'Ecologie des Systèmes Vectoriels
Elyes Zhioua
Elyes.Zhioua@pasteur.tn
Plate-forme Technique
Génomique, Protéomique et Imagerie
Sinda Zarrouk
Sinda.zarrouk@pasteur.tn
Administration
Administration RESPONSABLE
Direction des Ressources humaines
Jamel Ben Ammar
Jamel.benammar@pasteur.tn
Direction Financière et comptable
Mahrez Kallel
mahrez.kallel@pasteur.tn
Direction de l’Approvisionnement Rym Soltani
Rym.soltani@pasteur.tn
Service du secrétariat permanent
de la commission des marchés publics
Raja Riahi Hamdi
Raja.RiahiHamdi@pasteur.tn
Sous-direction commerciale et promotion
des activités
Amel Abbouz
Amel.abbouz@pasteur.tn
Sous-direction audit interne
Feten Ben Ali
Feten.benali@pasteur.tn
Service juridique
Chadly Tayari
Chadli.tayari@pasteur.tn
Production de vaccins et sérums thérapeutiques
SERVICE RESPONSABLE
Direction de la Production
Nizar Laabidi
nizar.laabidi@pasteur.tn
Service de production du vaccin et Immun
BCG
Nizar Laabidi
nizar.laabidi@pasteur.tn
Service de production des sérums
thérapeutiques
Sarra Ouahchi
Sarra.ouahchi@pasteur.tn
Service contrôle de qualité
Sana Masmoudi
Sana.masmoudi@pasteur.tn
Unité de production des plasmas bruts
Sana Bachraoui
sana.bachraoui@pasteur.tn
Service assurance quaité
Leila Barbouche
Leila.barbouche@pasteur.tn
Unité de maintenance Production
Hakim Ben Aissa
Hakim.benaissa@pasteur.tn
10
Les chiffres clés de l’Institut Pasteur de Tunis en 2017
Effectif global : 501 Scientifiques : 129
Source : Bilan Social de l’Institut Pasteur de Tunis, 2017
Chiffres comprenant le personnel statutaire et contractuel
Publications
Types de publications de l’IPT 2017, Source Scopus
Publications nationales et internationales indexées
Administr
atif; 66
Ingénieurrs
/Technicie
ns; 95
Paramédi
caux; 105
ouvriers;
104
Scientifiq
ues; 129
Médecins;
32
Biologistes;
59
Pharmacien
s; 10
Vétérinaires
; 10
Enseignants
chercheurs;
18
Nationales Internationales Total
2017 1 164 165
2016 1 153 153
2015 8 102 111
2014 3 111 114
2017 2016 2015 2014 2013
Nombre de
publications
164 168 121 133 106
Nombre
publications
impactées
136 153 101 102 89
IF médian* 2.29 2.46 2.64 2.21 2.27
11
Publications 2017 par disciplines
2017 2016 2015 2014 2013
Article 103 104 109 102 99
Letter 50 34 - 3 -
Review 6 8 - 3 -
Autres 7 7 2 6 1
Mediane IF 2.29 2.59 2.64 2.1
1
2.27
96
103
92
104
103
3
3
11
34
50
0
3
4
8
5
0
3
1
2
6
0 50 100 150
2013
2014
2015
2016
2017
Article
Letter
Review
Autres
32%
20%10%
9%
8%
4%
3% 3% 3% 2%
1%
Biochemistry, Genetics and Molecular Biology Immunology and Microbiology
Agricultural and Biological Sciences Neuroscience
Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics Chemistry
Chemical Engineering Engineering
Computer Science Nursing
12
Evolution des citations et des publications de l’IPT
IF median et publications de l’IPT
165
2359
0
20
40
60
80
100
120
140
160
180
0
500
1000
1500
2000
2500
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
2016
2017
Nombredespublications
Nombredeciattions
Publications
citations
26
17 14 15
26
18 21
28
37 33
44 45
70
61
71 72 76
96 90
102 102
2,296
0
20
40
60
80
100
120
0
0,5
1
1,5
2
2,5
3
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
2016
2017
Articlesimpactés
IF
Nbre A impactés
IF médian
13
Projets de recherche
Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis
Voir l’Annexe du rapport pour plus d’informations
Etudiants
Diplômes soutenus
Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis
43
7
50
36
19
55
23
37
60
En cours Obtenus Total
2015 2016 2017
10
40
33
3 4 3
93
37
46
26
9 9
1
128
44 49
22
8 7 6
136
Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de
médecine
Thèses en
médecine
vétérinaire
Thèses de
pharmacie
TOTAL
2015 2016 2017
14
Diplômes en cours/Nombre d’étudiants
Source : Rapports des laboratoires et services et du Comité Formation et stages de l’Institut Pasteur
de Tunis
Evénements (organisation ou contribution à l’organisation)
Analyses, tests et services réalisés
Les analyses, tests et services sont réalisés par les laboratoires d’analyse de l’Institut. Les services
sont réalisés majoritairement par les services communs, le service des vaccinations internationales et
antirabiques, le service des consultants externes et certains laboratoires d’analyses.
En 2017, l’IPT a réalisé 254 328 analyses, tests et services.
Le chiffre d’affaire de l’activité des analyses, diagnostic et de sante publique, s’élève à 4 820 190 DT
en 2017. Ce chiffre est en très légèr augmentation par rapport à l’année 2016 (4 690 870 DT) de près
de 2,7%
Source : Rapports des services diagnostic et de santé publique, de soutien technique et de la
direction financière de l’Institut Pasteur de Tunis
158
53
27
4 3 4
249
177
55
22
4 1 3
262
144
28
3 0 1 3
176
Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de
médecine
Thèses en
médecine
vétérinaire
Thèses de
pharmacie
TOTAL
2015 2016 2017
8 9
27
13
57
9 11
28
16
64
15
12
25
18
71
Manifestations scientifiques
(colloque, congrès)
Cours et ateliers pratiques Séminaires de
formation(conférences,
journées d'information)
Culture scientifique et
ouverture sur
l'environnement
TOTAL
2015 2016 2017
15
Nombre de doses vendues par l’unité de production de vaccins et sérums
Produits issus de l’activité de production de vaccins et sérums thérapeutiques de l’Institut Pasteur de
Tunis
Les chiffres d’affaires globales de la vente de vaccins et sérums s’élève à 1 846 196 DT HT, alors qu’il
s’élevait à 1 642 433 DT HT en 2016, soit une hausse de 12%
Source : Rapports de la direction de la production de vaccins et sérums thérapeutiques
Autres chiffres
4 brevets déposés
15 analyses et tests nouvellement introduits
77conférences données par la scientifiques de l’Institut Pasteur en Tunisie et à l’étranger
37 vacations et cours rémunérés
66 participations à des jurys pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger
31 participations à des commissions nationales et internationales
135 communications orales ou affichées (dont 114 internationales)
100 formations continues (dont 22 à l’étranger)
Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis
4429
1557
4020
59246
9727
69252
6226
2077 0
51276
11364
59579
7253
1761
7500
50438
11429
66952
Sérum
antiscorpionique
Sérum antivipérin Sérum antirabique Vaccin BCG Immun BCG TOTAL
2015 2016 2017
16
Structures de Recherche
Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique ....... 17
Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections........................................ 24
Laboratoire d’Epidémiologie et de Microbiologie Vétérinaire ............................................................ 36
Laboratoire d’Epidémiologie Moléculaire et Pathologie Expérimentale Appliquée aux Maladies
Infectieuses........................................................................................................................................ 55
Laboratoire de Génomique Biomédicale et Oncogénétique.............................................................. 72
Laboratoire de Parasitologie Médicale, Biotechnologies et Biomolécules ........................................ 85
Laboratoire d’Hématologie Moléculaire et Cellulaire ......................................................................... 94
Laboratoire de Venins et Biomolécules Thérapeutiques ................................................................. 100
Laboratoire de Bioinformatique, biomathématiques, biostatistiques ............................................... 116
17
Laboratoire de Microbiologie Moléculaire,
Vaccinologie et Développement Biotechnologique
Composition de l’équipe
Nom, Prénom Position
Mardassi Helmi Biologiste Principal, chef du laboratoire
Kallel Héla Biologiste Principal, chef de groupe
Bahloul Chokri Biologiste Principal, chef de groupe
Ben Abdelmoumen Mardassi Boutheina Biologiste Principale/Chef de l’Unité des Mycoplasmes
Ben Younes Abdelhak Professeur en médecine Vétérinaire
Znaidi Sadri Biologiste adjoint
Ferjani Imène Biologiste adjoint
Rourou Samia Biologiste adjoint
Ayari Fakhfekh Emna Maître-assistante de l’enseignement supérieur
Tombari Wafa Maître-assistante de l’enseignement supérieur
Kaboudi Khaled Maître-assistant hospitalo-Universitaire
Sghaier Sofien Médecin vétérinaire
Ammi Radhia Médecin de la santé publique
Sofiène Chaari Médecin Vétérinaire
Mehdi Jmel Médecin Vétérinaire
Amor Dridi Médecin Vétérinaire
Sihem Sbai Médecin Vétérinaire
Béhija Mlik Technienne supérieure surveillante
Amina Alaya Technicienne supérieure
Sami Majoul Technicien supérieur surveillant
Ines Akrouti Technicienne supérieure
Besma Mhenni Technicienne supérieure surveillante
Saloua Ben Fredj Technicienne supérieure
Maherzia Lahmar Ouvrière
Lobna Belghuil Ouvrière
Maher Bouraoui Ouvrier
Houssem Mejri Ouvrier
Ben Taleb Cyrine Etudiante en Thèse es Sciences
Askri Hana Etudiante en Thèse es Sciences
Boujemaa Safa Etudiante en Thèse es Sciences
Chniba Imen Etudiante en Thèse es Sciences
Nadia Rahali Etudiante en Thèse es Sciences
Skhairia Med Amine Etudiante en Thèse es Sciences
Gharbi Rym Etudiante en Thèse es Sciences
Hadj Slimane Dhouha Etudiante en Thèse es Sciences
Choucha Zeineb Etudiante en Thèse es Sciences
Maha Ben Hamouda Etudiants en mastère de recherche
Ramzi Garbaa Etudiants en mastère de recherche
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Présentation du laboratoire
Le Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique
(MMVDB) est une nouvelle création. Son premier contrat programme est celui de 2011-2014. Quatre
groupes de recherche se sont joints afin de constituer ce nouveau laboratoire:
Groupe des Mycobactéries conduit par le Pr Helmi Mardassi
Groupe des Mycoplasmes conduit par la Pr Boutheina Mardassi
Groupe de Vaccinologie et veille sanitaire conduit par le Pr Chokri Bahloul
Groupe de Développement Biotechnologique conduit par la Pr Héla Kallel
Historiquement, le groupe des Mycobactéries évoluait dans le cadre de l’Unité de recherche « Typage
et Génétique des Mycobactéries » créée en 2007, alors que le groupe des Mycoplasmes faisait partie
intégrante du Laboratoire de Microbiologie Vétérinaire, crée depuis l’année 1998. Quant au groupe de
vaccinologie et de veille sanitaire, il faisait partie du laboratoire d’Immunologie, Vaccinologie et
Génétique Moléculaire (LIVGM), crée en 1998. Enfin, le groupe de Développement Biotechnologique
existait comme unité de recherche indépendante.
Le laboratoire a été évalué par le CNEARS en 2015 et sa reconduction a été recommandée par le
comité d’évaluation pour un second mandat 2016-2019. Pour un démarrage, les résultats du MMVDB
étaient jugés prometteurs.
Thématiques essentielles de recherche
A travers son groupe de microbiologie moléculaire, le MMVDB œuvre à la compréhension des
mécanismes moléculaires qui régissent le succès, la virulence et l’antibiorésistance des bactéries. Il
s’intéresse surtout à la tuberculose et aux mycoplasmoses. Une autre thématique récemment
introduite au laboratoire vise à apporter une meilleure compréhension des traits de pathogénicité et
virulence des champignons pathogènes, principalement des espèces Candida. Quant au 2ième
groupe, vaccinologie et veille sanitaire, il s’intéresse à l’identification des pathologies virales dont les
coûts de santé publique et socio-économiques sont importants et ce, par le développement de
nouvelles approches diagnostiques. Enfin le groupe sur le développement biotechnologique vise le
développement d’approches novatrices pour la culture de cellules de mammifères, de bactéries et de
levures, et œuvre à développer de nouveaux vaccins, soit par approche classique, soit par génie
génétique.
Résumé des résultats et des activités réalisées en 2017
Groupe Microbiologie Moléculaire
- Exploration de la diversité génétique d’isolats Tunisiens d’Ureaplasma spp. et étude de leur
susceptibilité antibactérienne (Safa Boujemaa, Béhija Mlik, Amina Ben Allaya, Boutheina Ben
Abdelmoumen Mardassi)
Ureaplasma parvum (sérovars 1, 3, 6 et 14) et Ureaplasma urealyticum (sérovars 2, 4, 5 ,7-13) sont
responsables d’infections urogénitales et d’infertilité. La prévalence des sérovars d’Ureaplasma
circulants en Tunisie à été évaluée partir d’une collection de 1057 isolats de mycoplasmes
urogénitaux obtenue entre 2005 et 2017. Ainsi, 101 (9.55 %) se sont révélés Ureaplasma spp., dont
84.2 % sont associés à des troubles de fertilité. Le séquençage de la région N-terminale du gène mba
chez les 101 isolats a dévoilé la prédominance d’Ureaplasma parvum (72.28 %) avec un taux de 35 %
pour le sérovar 3. Il a été noté que la totalité des souches d’Ureaplasma urealyticum sont associés à
des troubles de fertilité. L’étude de la sensibilité des Ureaplasma spp. aux antibiotiques, par la
méthode de microdilution en milieu liquide, a montré que 100% des souches sont sensibles à la
doxycycline, la moxifloxacine et la josamycine, mais résistantes à la ciprofloxacine et l’érythromycine.
Les taux de résistance des souches d’Ureaplasma urealyticum à l’ofloxacine et à la tétracycline sont
significativement plus élevés que ceux des souches d’Ureaplasma parvum. En outre, la résistance à la
lévofloxacine est spécifiquement associée à Ureaplasma urealyticum. En conclusion, un taux élevé de
souches multirésistantes (37.62 %) a été noté, dont la majorité appartiennent à U. urealyticum suivi
d’U. parvum sérovar 3. La résistance à la tétracycline a été révélé par l’amplification du déterminant
tet(M), alors que les substitutions S80L et P446S respectivement révélées dans les gènes parC et
parE sont sont associées à la résistance aux fluoroquinolones. La résistance des isolats d’Ureaplasma
spp. aux macrolides serait due probablement aux substitutions A121S et T141I dans le gène de la
protéine ribosomale L22.
- Dynamique de Transmission et évolution du génotype LAM (Latin American Mediterranean) de
Mycobacterium tuberculosis en Tunisie (Mohamed Amine Skhairia, Naira Dekhil, Besma Mhenni, et
Helmi Mardassi)
19
En Tunisie le génotype LAM, majoritaire dans le bassin méditerranéen et la région de l’Amérique
latine, est le génotype le plus prédominant (Mardassi et al., 2005 ; Namouchi et al., 2010; Dekhil et al,
2016). Par conséquent, il est impératif d’étudier sa dynamique de transmission ainsi que son
évolution. Pour ce faire, nous avons sélectionné 145 isolats LAM ayant sévi dans la région de Bizerte
(2001-2011) à partir de 291 souches cliniques de M. tuberculosis. Cette sélection, a été faite par la
méthode PCR « LAM-spécifique », qui consiste en l’amplification d’une région spécifique de ce
génotype correspondant à l’insertion d’un élément IS6110 (Marais et al., 2006). Une analyse basée
sur le polymorphisme des loci génomiques VNTR est en cours de réalisation par la technique MIRU-
VNTR 24, soit le format standardisé le plus discriminant (Supply et al., 2006). Cette démarche
permettra alors de bien décrire l’évolution et l’expansion de ce génotype.
- Identification, caractérisation génotypique, et séquençage génomique de novo d’isolats de
mycobactéries non tuberculeuses isolés chez des patients suspects de tuberculose pulmonaire (Rym
Gharbi, Besma Mhenni, Roland Brosch, et Helmi Mardassi)
La nature des mycobactéries non tuberculeuses (MNT) isolées des patients suspects de tuberculose
pulmonaire est totalement méconnue en Tunisie. Aussi nous avons caractérisé une collection de 30
isolats NTM, soit ~ 60% de l’ensemble d’isolats obtenu depuis 2011. Nous avons d’abord procédé par
une caractérisation phénotypique, notamment la production de pigments et le taux de croissance. Les
MNT peuvent être différenciées sur la base des tests biochimiques (niacine, nitrate réductase, uréase
et l'activité catalytique. Hormis les tests décrits ci-dessus, nous avons réalisé une analyse MLST
(Multi-Locus Sequence Typing), laquelle est basée sur l’analyse des séquences de 4 gènes de
ménages, hsp65, ARNr 16S, rpoB, et sodA, permettant à la fois l'identification et le génotypage. Ce
faisant, nous avons pu classer correctement la majorité des NTM (N= 27), à l’exception de 3 isolats,
lesquels ont fait l’objet d’un séquençage génomique de novo. Celui-ci a été réalisé à la plateforme
Génomique de l'Institut Pasteur et nous a fournit des « reads » PE de 2 x 107 pb en utilisant la
technologie Illumina, HiSeq 2500. En collaborant avec l'équipe de Roland Brosch on a pu assembler
le génome de ces 3 nouvelles espèces en utilisant le logiciel "Spades" et les mapper sur une
référence plus ou moins proche pour pouvoir ordonner et orienter les contigs. Par la suite, on a
procédé à l'annotation des scaffolds obtenus avec le programme Prokka. Nous nous sommes
particulièrement focalisés sur l’analyse du génome de la souche 2388 car les données préliminaires
révèlent des caractéristiques typiques de souches de l’environnement, bien qu’elle ait été isolée à
partir du crachat d’une patiente suspecte de tuberculose pulmonaire. En effet, les résultats montrent
qu'elle est reliée à M. vanbaalenii PYR1 et M.sp JLS avec une identité de similitude de 90 et 85%
respectivement. Ces deux espèces sont isolées à partir du sol contaminé par des produits chimiques
(le pétrole pour M. vanbaalenii PYR1) donc elle a une caractéristique spécifique comme la
biodégradation des produits chimiques toxiques utiles pour la bioremédiation. En plus, L'annotation de
la souche M2388 démontre aussi la présence d'un nombre assez important de systèmes de
catabolisme de composés aromatiques.
- La caractérisation moléculaire et phénotypique d’isolats cliniques de Candida albicans prélevés des
voies respiratoires de patients atteints de mucoviscidose (Mayssa Gnaien, Sadri Znaidi): Dans un
contexte inflammatoire, C. albicans prolifère plus efficacement; allant jusqu’à envahir par exemple le
tractus respiratoire chez les patients atteints de fibrose kystique (CF, aussi appelée mucoviscidose) ou
altérer l’équilibre de la flore intestinale dans le cas de la maladie de Crohn ou la rectocolite
hémorragique. En 2017, le MMVDB a établi un projet de collaboration avec des cliniciens de l’Hôpital
d’Enfants de Tunis visant à mieux comprendre comment C. albicans arrive à s’installer de façon
chronique au niveau du tractus respiratoire des patients CF. Une cohorte de patients a été recrutée et
leur tractus respiratoire séquentiellement échantillonné pour isoler des souches colonisatrices du
tractus respiratoire. Des approches de phénotypage et de typage moléculaire ont été initiées dans
l’optique d’identifier des déterminants moléculaires permettant d’expliquer la chronicité du portage de
C. albicans dans les voies respiratoires de ces patients. Ces approches vont être complémentées par
des analyses du génome de ces souches et entrevoir des associations entre leur génotype et
phénotype. Collectivement, les retombées d’un tel projet permettront d’entrevoir une meilleure prise en
charge des patients CF, surtout que le portage chronique par C. albicans est associé à une sévérité
accrue de la maladie.
- Étude fonctionnelle de facteurs de transcription à doigts de zinc de la famille zinc cluster (ZCF) chez
C. albicans (Yasmine Rebai, Sadri Znaidi). Afin de coloniser avec succès son hôte et/ou causer une
infection, C. albicans active des programmes transcriptionnels complexes faisant intervenir une variété
de régulateurs transcriptionnels. Parmi ces régulateurs, une famille de facteurs de transcription à
20
doigts de zinc que l’on retrouve exclusivement chez le règne fongique, appelée ZCFs (Zinc Cluster
Transcription Factors), opèrent dans divers circuits biologiques importants pour l’expression des traits
de pathogénicité et virulence de C. albicans. Les régulateurs ZCFs constituent une cible de choix pour
le développement d’antifongiques. Nous avons entrepris des études d’analyse de leur
structure/fonction afin de mieux comprendre leur rôle dans la capacité de C. albicans à interagir avec
les tissus/cellules de l’hôte. Nous avons aussi initié des analyses d’amarrage in silico (docking)
permettant de lancer des hypothèses sur leur « druggabilité » et identifier des molécules
potentiellement inhibitrices de leur fonction.
Groupe Vaccinologie
- Epidémiologie moléculaire du virus de la Maladie Hémorragique du Lapin en Tunisie:
La Maladie Hémorragique du Lapin (RHD) est une maladie virale aiguë très contagieuse, qui
touche aussi bien les lapins domestiques que sauvages, dont l’issue est le plus souvent fatale. En
collaboration avec l’IRVT (Institut des Recherches Vétérinaire de Tunisie) nous avons reçu plusieurs
échantillons suspectés d’être infectés par la RHD. L’objectif de ce travail est la mise en évidence de la
présence du génome du RHDV par RT-PCR et la caractérisation de la forme clinique, RHDVa
(classique) ou RHDV2 (variante), qui circule à présent en Tunisie. Nous avons démontré que seule la
forme variante RHDV2 semble être à présent l’unique en circulation chez le lapin en Tunisie. Vu que
cette forme clinique est la plus dangereuse et la plus dévastatrice pour les élevages de lapin, il faut
entreprendre une vaccination préventive extensive et exclusivement à base d’un vaccin qui dérive du
RHDV2. En même temps, il faut continuer à faire régulièrement la caractérisation des variant qui
circulent pour adapter au fur et à mesure le choix du vaccin à utiliser.
- Mise en place d’une plateforme de diagnostic par PCR contre la Maladie de Carré et la parvorise
canines:
La Maladie de Carré (« Canine Distemper »), due à un paramyxovirus, est très contagieuse et elle est
responsable de taux de mortalités très élevés chez les carnivores et plus particulièrement chez le
chien. Très peu de travaux sur la maladie de carré ont été effectués en Tunisie. Nous avons procédé
par l’alignement des séquences de différents varient de virus de la Maladie de Carré qui circulent chez
le chien à travers le monde. Cela nous a permis de choisir différents primers dont les séquences sont
très conservées et serviront pour la mise en place des techniques de diagnostic par RT-PCR contre la
Maladie de Carré chez le chien.
La parvovirose canine est une maladie très contagieuse qui touche plus particulièrement les jeunes
chiots et elle est due au parvovirus canin de type 2. Actuellement dans le monde, ils circulent trois
types antigéniques CPV 2a (asparagine N426), CPV 2b (acide aspartique D426) et CPV 2c (acide
glutamique E426) circulent. En Tunisie, nous avons séquencé 50 isolats de CPV2 circulant dans le
pays après amplifications spécifiques par PCR. Nous avons pu démontrer que les différents types
antigéniques circulent dans le pays, y compris CPV 2c. Le type antigénique CPV 2b est légèrement
plus abondant que les autres. Des analyses phylogénétiques ont montré que les isolats circulant en
Tunisie, semble évoluer à l’intérieur du pays pour une période relativement longue avec des
croisements entre les différents types antigéniques. En plus, les isolats circulants en Tunisie portent
des mutations caractéristiques aussi bien sur le plan génotypique que phénotypique. En collaboration
avec l’Ecole Nationale de Médecine Vétérinaire de Sidi Thabet (Prof Ahmed Chabchoub), nous avons
reçu plusieurs échantillons de chiens atteints de gastroentérites, que nous allons confirmer leurs
diagnostics par PCR (Parvovirose canine ou Maladie de Carré). Les variant des différents échantillons
positifs seront caractérisés et des études phylogénétiques s’en suivront.
- Mise au point de réactifs de diagnostic de la Rage par PCR en temps réel:
Nous avons mis en route la technologie de PCR en temps réel contre la rage. Après l’alignement de
séquences de différents varient du virus de la rage qui circule dans le La matrice ADN utilisée est soit
le plasmide pCMV3ISS-GPV, qui code pour la glycoprotéine du virus rabique, soit du cDNA d’un
extrait d’ARN total de cellules BHK-21, préalablement infectées in vitro avec la souche PV du virus
rabique. Nous avons optimisé les conditions expérimentales pour la PCR en temps réel des différents
échantillons à tester contre la rage. Nous avons aussi mis au point différentes techniques de nested et
semi-nested PCR en temps réel contre la rage. Ces protocoles pourront servir pour le diagnostic de la
rage dans différents prélèvements de terrain par PCR en temps réel. Ainsi, des dilutions du cDNA de
cellules BHK infectées par le virus de la rage, jusqu’à 108, ont été testé par la technique de nested
PCR. Les résultats démontrent que des quantités infiniment petites de matrices cDNA peuvent être
détectées par cette technique.
21
Groupe Développement Biotechnologique
- Amélioration du vaccin contre le virus de l’hépatite E à base d’adéno-virus associé (Héla Kallel,
Khaled Trabelsi, Cyrine Ben Taleb)
Les travaux initiés au laboratoire ont pour objectif de mettre au point un vaccin contre les infections du
virus de l'hépatite E (HEV) en utilisant le virus adéno-associé (AAV) comme vecteur abritant le gène
d’une forme tronquée de la protéine ORF2 de la capside du virus (aa102-660). Les AAV recombinants
sont produits en utilisant la plateforme baculovirus/cellules d’insectes. Rappelons que jusqu’à ce jour,
il existe un seul vaccin contre le virus de l’hépatite E, développé par les Chinois. Ce vaccin a obtenu
son autorisation de mise sur le marché en Décembre 2011, il s’agit d’un vaccin sous forme de VLP
adjuvé et injecté par voie intramusculaire.
Dans le cadre des travaux de thèse de Mr Khaled Trabelsi, nous avons étudié différents sérotypes
d’AAV (2, 5 & 6) et différentes voies d’administration des AAVr (voie intramusculaire et voie nasale).
Les résultats obtenus ont montré que l’administration de l’AAV5r par voie nasale était la plus efficace
en termes de production d’anticorps dirigés contre la protéine de la capside de l’HEV. Les travaux en
cours réalisés dans le cadre de la thèse de Melle Cyrine Ben Taleb ont pour objectif de démontrer que
les anticorps produits peuvent neutraliser le virus in vitro, pour cela la mise en place de ce test de
séroneutralisation par culture cellulaire est en cours. Nous nous sommes aussi intéressés à
l’amélioration du titre viral des AAVr produits par infection des cellules d’insectes Sf9, en testant
différents additifs. La mise en place d’un test ELISA pour le titrage des anticorps dirigés contre la
capside de l’HEV est également en cours. L’antigène qui sera utilisé pour le coating des plaques, a
été produit sous forme de protéine de fusion à la GST chez E.coli puis purifié sur colonne d’affinité
GSTTrapp.
Développement d’un nouveau vaccin antirabique pour les chiens et le bétail, comme exemple de
consolidation du management de l’innovation entre la Tunisie et l’Allemagne (Héla Kallel, Khaled
Trabelsi, Mariem Ben Zakour, Volker Sandig (Probiogen, Allemagne)
Ce projet a été démarré en Novembre 2016, il bénéficie d’un financement du Ministère de
l’Enseignement Supérieur et la Recherche Scientifique Tunisien, dans le cadre de l’appel à projet de
collaboration scientifique entre la Tunisie et l’Allemagne. Nous avons déjà évalué différentes lignées
cellules obtenues à partir de cellules embryonnaires de canard (CR et CR.pIX) pour la production du
virus rabique (souche PV-Paris/BHK-21) et sélectionnée la lignée cellulaire qui sera utilisée pour la
mise au point du procédé de production en bioréacteur de laboratoire, de même les conditions
d’infection optimales ont été définies en erlenmeyer. L’étude de l’effet de la densité cellulaire au
moment de l’infection (10
6
cellules/ml, 2x10
6
cellules/ml et 4x10
6
cellules/ml) a montré que l’infection
des cellules à 2x10
6
a aboutit au titre le plus élevé (5.6x10
8
UFF/ml). L’infection des cellules à une
densité plus élevée au cours des cultures en mode fed-batch, n’a pas améliorée le titre viral d’une
façon significative. Toutefois le mode fed-batch a permis de maintenir le titre viral à un niveau élevé au
cours de la culture, permettant ainsi d’améliorer le rendement global du procédé. Les travaux en cours
ont pour objectif de mettre en œuvre le procédé en bioréacteur de 7L et d’évaluer l’activité du candidat
vaccin chez la souris.
Amélioration du vaccin antirabique à usage humain (Héla Kallel, Khaled Trabelsi, Mariem Ben Zakour)
Au sein de notre laboratoire nous avons déjà mis au point un procédé (upstream et downstream) pour
la production d’un vaccin antirabique à usage humain par culture de cellules Vero sur micorsupports
en bioréacteur agité. Pour améliorer la stabilité du vaccin et optimiser la lyophilisation du produit en
termes d’humidité résiduelle et temps de dissolution, nous avons bénéficié d’un financement de la part
du DMDI (Division of Microbiology & Infection Diseases, NIAID, NIH, USA). Pour cela, nous avons
fournit l’antigène antirabique (virus inactivé) purifié à nos partenaires américains afin de définir une
formulation de produit optimale. Actuellement l’étude de stabilité du produit à 2-8°C, 37°C et 45°C est
en cours.
Adaptation des cellules Vero à la culture en suspension et évaluation de leur permissivité au virus
rabique (Samia Rourou, Mariem Ben Zakour, Héla Kallel)
Les cellules Vero sont approuvées par les instances réglementaires internationales (EMEA, FDA) pour
la production de différents vaccins virologiques à usage humain (rage, poliomyélite, grippe, etc.).
L’adaptation de ces cellules à la culture en suspension aura plusieurs impacts positifs en termes de
bioprocessing : scale up beaucoup plus facile, élimination de la trypsine du procédé, etc. Pour cela
nous nous sommes intéressés à l’adaptation de ces cellules à la culture en suspension. Cet objectif a
été atteint, un clone de cellules Vero se multipliant en suspension a été sélectionné (VeroS). Ce clone
22
a été également adapté à la culture dans le milieu IPT-AFM (milieu sans produit d’origine animale
développé dans notre laboratoire). Le CD (cell division number) était de 2.1+0.7, la densité cellulaire
maximale était de 2.2+0.9x10
6
cellules/ml, la vitesse spécifique moyenne de croissance était de
0.016+0.003 h
-1
. Ces résultats sont comparables aux performances obtenues avec les cellules
adhérentes cultivées dans les mêmes conditions. L’infection des cellules VeroS par la souche rabique
LP-2061 a aboutit à un titre de 6x10
7
UFF/ml. Ces résultats sont très prometteurs, cependant il est
impératif de tester la tumorogénécité des cellules adaptées à la suspension.
Mise au point d’un vaccin multivalent contre le virus de la fièvre catarrhale ovine (Wafa Tombari,
Ines Akrouti, Sofien Sghaier, Héla Kallel)
Ce projet rentre dans le cadre de notre participation au projet européen PALE-Blu financé par la
communauté Européenne dans le cadre de l’appel à propositions H2020. Dans ce projet nous allons
participer au WP « développement de vaccin contre la fièvre catarrhale ovine “. Notre objectif est de
mettre au point de vaccin multivalent contre les sérotypes 1, 4 & 8 du virus de la fièvre catarrhale
ovine isolés en Tunisie. Le virus de la fièvre catarrhale ovine appartient du genre Orbivirus de
la famille des Reoviridae, c’est un virus segmenté à ARN double brin, le génome code pour 10
protéines structurales et 4 protéines non structurales. La protéine VP2 est responsable de la synthèse
des anticorps neutralisants chez l’hôte. Le projet consiste à étudier le clonage et l’expression d’un
fragment de VP2 contenant les épitopes neutralisants de chaque sérotype chez la levure Pichia
pastoris. En terme d’avancement du projet, la levure Pichia Pastoris a été transformée par le vecteur
recombinant PICZA contenant le gène d’intérêt, plusieurs clones recombinants ont été sélectionnés,
l’expression des fragments de la protéine VP2 des différents sérotypes a été évaluée par SDS-PAGE,
toutefois nous sommes entrain de mettre au point des méthodes analytiques spécifiques à la protéine
d’intérêt, en l’occurrence le Western blot et l’ELISA.
Etude des propriétés vaccinales de la glycoprotéine rabique exprimée par la levure methylotrophe
Pichia pastoris (Hana Askri, Ines Akrouti, Héla Kallel)
Au cours de nos travaux antérieurs (Thèse de Mme Safa Ben Azoun), nous nous sommes intéressés
à l’expression de la glycoprotéine dans un système d’expression eucaryote de type Pichia pastoris,
afin d’évaluer son utilisation en tant que vaccin ou pour le serodiagnostic. Ainsi plusieurs facteurs ont
été étudiés pour optimiser l’expression de la glycoprotéine rabique dans ce système. A titre
d’exemple, nous citons, l’effet de biais de codon, la séquence signal, le dosage du gène d’intérêt, le
promoteur et la co-expression de cinq protéines impliquées dans le repliement des protéines et le
stress oxydatif. La stabilité des clones recombinants sélectionnés a été aussi étudiée dans différents
conditions. L’ensemble des ces travaux nous a permis de sélectionner le clone recombinant gap1/P8,
contenant une copie du gène de la RABV-G et 8 copies de la protéine disulfide isomérase 1 (PDI1),
l’expression de la protéine d’intérêt est sous le contrôle du promoteur constitutif GAP. Il est important
de souligner que la glycoprotéine rabique exprimée chez Pichia pastoris était fonctionnelle et
reconnue par les anticorps neutralisants antirabiques, tel que démontré par le test RFFIT, ce qui a
motivé le démarrage de ce projet ayant pour objectif global d’étudier les propriétés vaccinales de la
glycoprotéine recombinante produite chez Pichia pastoris, dans un modèle animale qui est la souris.
Le clone recombinant de Pichia pastoris exprimant la glycoprotéine du virus rabique que nous avons
sélectionné (gap1/P8) a été mis en culture en bioréacteur de 5L, dans l’objectif de développer un
procédé de culture de ce clone à haute densité cellulaire. La protéine obtenue lors des cultures
réalisées en bioréacteur de 5L en milieu synthétique, était sous forme d’agrégats (taille de l’ordre de
180 KDa, tel que observé sur le gel polyacrilamide). La protéine obtenue sous cette forme n’était pas
fonctionnelle tel que démontré par ELISA.
Les chiffres clé du laboratoire en 2017
4 Conférences
7 Participations à des Jury
5 Participation à des Commissions Nationales et Internationales
5 Communications orales et affichées dans des congrès nationaux et 4 dans des congrès
internationaux
4 Publications dans des revues internationales
2 Projets en cours
10 Diplômes soutenus 11 diplômes en cours
23
Liste des publications en 2017
Nadia Rahali, Soufien Sghaier, Rym Chaouch, Amira Zanati, Asma Zahaf, Yosr Zariat & Chokri
Bahloul. Identification des variant de la Maladie Hémorragique du Lapin qui circulent en Tunisie.
Bulletin d’Information Avicole et Cunicole. 59, Mai 2017, 13-16.
Basso, V., Znaidi, S., Lagage, V., Cabral, V., Schoenherr, F., LeibundGut-Landmann, S., d’Enfert, C.
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methylotrophic yeast Pichia pastoris. Biotechnology & Applied Biochemistry 64(1):50-61
Sassi H, Delvigne F, Kallel H, Fickers P (2017) pH and Not Cell Morphology Modulate pLIP2 Induction
in the Dimorphic Yeast Yarrowia lipolytica. Current Microbiology 74(3):413-417
Projets de recherche en 2017
Titre du projet Investigate
ur Principal
Agence de
financement/Program
me
Périod
e
Valeur du
financeme
nt (DT) de
la partie
tunisienne
Collaboratio
n interne
Projet « TUNGER »
Development of a
novel and cost-
effective rabies
vaccine for dog
livestock as an
example to
consolidate
innovation
management and
technology transfer
between a Tunisian
research
organization and a
German private
partner
Héla Kallel Ministère de
l’Enseignement
Supérieur de la
Recherche Scientifique
2016-
2018
25 000
DT/an
-
CIC «Maladies
Transmissibles: Hist
oire naturelle et
outils innovants pour
le diagnostic, la
prévention et le
traitement»
Projet «Evaluation
de l’intérêt potentiel
du test HBHA-IGRA
dans le diagnostic
de la tuberculose
ganglionnaire
Helmi
Mardassi
Ministère de
l’Enseignement
Supérieur de la
Recherche Scientifique
2015-
2018
420 000
DT
Laboratoire
de
Transmission,
Contrôle et
Immunobiolo
gie des
Infections
LR11IPT02
24
Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections
Composition de l’équipe
Nom et prénom Grade
(1)
BARBOUCHE Ridha (Chef de Laboratoire et Chef
d’Equipe)
Professeurs
LOUZIR Hechmi
BEN SALAH Afif (Chef d’Equipe)
DELLAGI Koussay
TRIKI Henda
LAOUINI Dhafer (Chef d’Equipe)
ZHIOUA Elyes
BEN AHMED Malika
BETTAIEB Jihène (Chef d’Equipe par intérim) Biologiste Principal.
BEN MUSTAPHA Imen Maître de conférence Hospitalo-Universitaire
ESSAFI Makram Biologiste
CHOUIKHA Anissa Biologiste adjoint
Ghawar Wissem Biologiste adjoint
Kaouther Jaouadi Biologiste adjoint
BEN ABDESSALEM Chaouki Maitre assistant
GUERFALI Fatma
Zahra
Maitre assistant
MEKKI Nejla
Assistants
Rym Ouni
Doctorants
Nourhene Agrebi
Leila Ben Khemiss
Khadija Bahrini
Olfa Magherbi
Rania Bouzeyen
Rihab Yazidi
Marwa Khedhiri
Kaouther Ayouni
Atri Chiraz
Bali Aymen
Ben Fadhel Oussama
Ben Cheikh Ali
Raja Rekik
Tlili Aymen
Barhoumi Walid
Raies Afef
Khouloud Zayoud
Mastère
Wiem Brahmi
Nesrine Boughzala
Jihène Maati
Marzouki Soumaya Post-doc
Bali Aymen
Ingénieur Principal
contractuel
Ghouila Amel Biologiste Adjointe contractuelle
Ben Dhifallah Imen Biologiste
Sadok Chlif Ingénieur Général
Wissem Zid Ingénieur Principal Contractuel
Rihab Yazidi Ingénieur Principal Contractuel
25
Sana Chaabane Ingénieur Principal Contractuel
Aicha Boukthir Techn. Sup. Major
Nabil Belhaj Hmida Techn. Sup. Major
Ben Yahia Ahlem Techn. Sup. Major
Ben Hassouna Nabiha Techn. Sup. Major
Mohamed Ali Snoussi Technicien sup Principal
Sadraoui Amel Technicien sup Principal
Hammami Walid Technicien sup
Meddeb Zina Technicien sup
Sadak Salem Technicien Sup Contractuel
Mongi Dellagi Technicien Contractuel
Hayet Mhenni Gestionnaire Contractuel
Adel Gharbi Commis Administrateur
Mezni Dhouha Secrétaire Administrative Contractuelle
Présentation du laboratoire
Le Laboratoire de Recherche LR11IPT02 « Transmission, Contrôle et Immunobiologie des
Infections (LTCII) » a fait suite en 2011 à l’ancien Laboratoire de Recherche LR00SP06
« Immunopathologie, Vaccinologie et Génétique Moléculaire (LIVGM) ».
Les thématiques de recherche du Laboratoire restent centrées sur l’étude de la relation hôte-
pathogène dans plusieurs modèles de pathologies infectieuses notamment les leishmanioses et la
tuberculose mais aussi les hépatites virales et la grippe plus récemment.
Depuis son premier mandat le contrat du LR11IPT02 a été intégré dans le contrat-programme
institutionnel de l’Institut Pasteur de Tunis (IPT) avec le Ministère de l’Enseignement Supérieur et la
Recherche Scientifique. La dernière évaluation externe par le Comité National d’Evaluation des
Activités de Recherche (CNEAR) a eu lieu en 2016, a été extrêmement favorable et la reconduction
pour la période 2016-2019 accordée.
Les 3 équipes impliquées dans le Laboratoire ont continué leurs travaux de recherche sur leurs
thématiques respectives et ont une production scientifique en progression continue et significative. La
première équipe travaille sur l’épidémiologie, la surveillance et le contrôle des maladies infectieuses,
la deuxième sur l’immunobiologie des leishmanioses et la troisième sur les situations dysimmunitaires
et l’infection avec un intérêt particulier pour les mécanismes d’évasion, les déficits immunitaires innés
et l’autoimmunité
Thématiques essentielles de recherche
L'équipe 1 contribue à l’amélioration des connaissances sur le profil épidémiologique de maladies
transmissibles prioritaires en Tunisie notamment les leishmanioses et les hépatites par la réalisation
d'études épidémiologiques afin de proposer des mesures de contrôle et de prévention efficaces et
appropriées. De plus, elle participe au renforcement du système national de surveillance
épidémiologique par le développement et la mise en place des systèmes d'alerte précoce pour la
gestion des maladies transmissibles à potentiel épidémique telles que la grippe.
L’équipe 2 s’intéresse à trois axes complémentaires essentiels pour la compréhension de la
physiopathologie des leishmanioses à travers l’étude (i) de l’Immunité et corrélats de protection contre
l’infection par Leishmania (L.), (ii) de l’interaction hôte-parasite par des approches génomiques,
transcriptomiques, protéomiques, régulomiques et métabolomiques et (iii) de l’immunobiologie du
phlébotome, vecteur de la leishmaniose.
L’équipe 3 a pour objectif de mieux comprendre le rôle que joue l’interaction hôte-pathogène dans
l’immunopathologie et l’expression clinique des maladies infectieuses et les manifestations
dysimmunitaires qui y sont associées. Cette approche pourrait contribuer à un meilleur contrôle de ces
maladies par le développement de stratégies d’intervention innovantes et plus adaptées en matière
d’outils diagnostic, d’approches vaccinales et d’immunomodulation.
Résumé des résultats et des activités réalisées en 2017
1 – 1ère équipe : Epidémiologie, Surveillance et Contrôle ( Chef d’équipe: Jihène BETTAIEB, MD, MCA
en Médecine Préventive ; en intérim de Afif Ben Salah MD, Professeur en Médecine Préventive qui
est actuellement en détachement à l’étranger) :
26
Les axes de recherche du groupe 1 s’articulent autour de l’Epidémiologie, la Surveillance et le
Contrôle des maladies infectieuses qui posent un problème de santé publique en Tunisie. Ces
recherches sont conduites dans une double optique : améliorer les connaissances sur le profil
épidémiologique, les facteurs de risque et le mode de transmission de ces maladies et proposer par la
suite des mesures de contrôle et de prévention ciblées et appropriées. La plupart de ces recherches
font par ailleurs l’objet de coopérations scientifiques en s’intégrant à des projets de recherche
régionaux, nationaux et/ou internationaux. Plus spécifiquement, l’équipe est engagée actuellement
dans les activités de recherche suivantes:
A- L’investigation clinique de l’infection par les virus des hépatites dans une région
d’hyperendémicité relative pour l’hépatite C en Tunisie, la Région de Théla (Hinda Triki,
Jihène Bettaieb et Collaborteurs) :
Le travail a porté sur un échantillon de départ de 3233 individus, âgés de 5 à 75ans, tous membres de
935 familles. L’échantillon représente 10% de la population de Théla selon le recensement national de
2014. Les objectifs spécifiques de ce projet sont :
1. Etudier et documenter la prévalence exacte de l’infection par le VHC dans la population
générale de Thala.
2. Identifier les facteurs de risque de contamination par le VHC et évaluer la part des
contaminations qui leur était attribuable.
3. Etudier la co-infection par les autres virus des hépatites ou transmis par le sang notamment
VHB, VHA et VHG.
4. Etudier les taux de réponse à la bithérapie (Interféron pégylé +Ribavirine) et rechercher les
facteurs de non réponse.
5. Etudier les souches virales circulantes à la recherche du génotype et des mutations de
résistance aux nouvelles molécules antivirales.
Les 3 premiers objectifs sont déjà réalisés et la publication des résultats obtenus est en cours.
B- La caractérisation des formes cliniques de leishmaniose cutanée due à des parasites
Leishmania major et Killicki et l’incrimination des réservoirs et des vecteurs impliqués dans le
cycle de transmission dans des foyers mixtes de leishmaniose cutanée (Wissem Ghawar,
Jihène Bettaieb, Kaouther Jaouadi et Collaborateurs) :
(Leishmania (L.) major et L. killicki (syn. tropica) dans le sud de la Tunisie (Tataouine). Plus
précisément, ce projet de recherche vise à explorer le rôle de Ctenodactylus gundi et Phlebotomus
sergenti, respectivement, comme hôte réservoir et vecteur de L. killicki potentiels et d'étudier
l'épidémiologie et l’expression clinique des deux formes de la LC dans ce foyer. L’approbation du
projet par le comité d’éthique Biomédicale de l’institut pasteur de Tunis a été obtenue courant 2017.
Cette année a servi aussi pour préparer la logistique du travail sur le terrain en collaboration avec les
autorités locales (la direction régionale de santé de Tataouine), la formation de l’équipe de terrain et
lancer les commandes nécessaires pour le travail de laboratoire. L’année 2018 sera l’année du
démarrage effectif du projet avec collecte des données sur le terrain (recrutement des patients,
capture des rongeurs et des phlébotomes).
C- Le renforcement du dispositif national de surveillance de la grippe saisonnière par le
développement et la mise en place d’un système de surveillance électronique (Amine Slim,
Rihab Yazidi, Wafa Aissi, Afif Ben Salah et Collaborateurs) :
Cette activité se déroule en étroite collaboration avec la DSSB et entre dans le cadre d’un projet de
recherche financé par le CDC d’Atlanta ayant démarré en 2014. Dans ce contexte une évaluation des
performances de l’ancien système de surveillance a été conduite et a couvert la période 2012-2015.
Cette évaluation a ciblé les indicateurs liés à la qualité des données, l'acceptabilité, la flexibilité, la
représentativité, la simplicité, la stabilité, la réactivité et l'utilité du système. Les résultats ont révélé
que les forces du système résidaient dans sa représentativité et sa flexibilité. Par contre la réactivité et
l'acceptabilité du système ont été considérées comme modérées. Cependant, l'utilité, la stabilité et la
simplicité ont besoin d'amélioration. Le score moyen global du système de surveillance de la grippe en
Tunisie était de 3,2 ; ce qui indique une performance modérée. Cette évaluation a permis d’identifier
les priorités pour l'amélioration du système de surveillance et a fourni des indicateurs de référence
pour des futures évaluations. Par ailleurs, l’installation du nouveau système électronique de gestion
des données de surveillance de la grippe (IMS : Information management System) est en cours de
réalisation. La première itération a été déjà présentée aux différents acteurs impliqués dans la
surveillance. L’application finale sera lancée fin 2018. Elle va relier tous les intervenants dans la
surveillance de la grippe en Tunisie à travers une plateforme en ligne avec un recueil et gestion des
27
données épidémiologiques et virologiques de la surveillance en temps réel. Elle permettra aussi la
génération des rapports.
2 – 2ème équipe : Immunobiologie des Leishmanioses (Chef d’équipe : Dhafer LAOUINI, PhD ,
Biologiste Principal)
A- Exploration de la réponse immune cytotoxique dirigée contre le macrophage infecté par
Leishmania major (Jihène Maati, Thouraya Boussoffara, Hechmi Louzir et collaborateurs).
L’évaluation du rôle d’une éventuelle réponse immune cytotoxique au cours de la leishmaniose
cutanée zoonotique (LCZ) nous a permis de mettre en évidence l’existence de cellules cytotoxiques
activées au niveau des lésions de leishmaniose cutanée, mais aussi au niveau du sang des patients
en phase active de maladie ou encore chez les individus ayant des antécédents de LCZ. Ces cellules
montrent une activité cytotoxique objectivée par la production d’IFN-γ ainsi que le granzyme B,
molécule des granules cytotoxiques. Ceci nous a amené à l’exploration de la voie de présentation des
antigènes leishmaniens par les macrophages. Pour ceci nous avons analysé la réponse immune
cytotoxique dirigée contre les macrophages infectés par le parasite Leishmania major et traités par
différents inhibiteurs métaboliques (Brefeldine A, MG132, chloroquine et cytochalasine). Des cellules
mononucléées du sang périphérique, prélevées chez des individus immuns (ayant des antécédents
de LCZ), sont mise en co-cutlture avec les macrophages autologues pré-traités Nos résultats montrent
que l’activation des cellules T cytotoxiques (CTL) est faite via les deux voies classiques du CMH,
classe I et II. Les cellules TCD8+ et TCD4+ semblent être les deux acteurs de la réponse cytotoxique
dirigée contre le macrophage humain infecté par L. major par la production de la granzyme B et de la
granulysine qui coopèrent dans l’élimination du parasite.
B- Identification de candidats vaccins contre la leishmaniose cutanée à partir des glandes
salivaires de phlebotomus papatasi (Malika Ben Ahmed, Soumaya Marzouki, Hechmi Louzir
et collaborateurs).
Plusieurs données expérimentales montrent que l’exposition préalable des souris à la salive des
phlébotomes est capable de conférer une immunité contre la leishmaniose transmise par une piqûre
infectante ultérieure. Nos travaux réalisés chez l’Homme montrent que les protéines salivaires de
Phlebotomus papatasi, vecteur de Leishmania major, activent principalement des lymphocytes T CD8
producteurs d’IL-10 et à un moindre degré des lymphocytes T CD4+ producteurs d’IFN-γ. La
caractérisation des antigènes salivaires cibles de la réponse immune de type Th1 est d’un grand
intérêt puisqu’elle pourrait définir des candidats vaccins potentiels contre la leishmaniose humaine.
Vue la difficulté d’obtenir les formes recombinantes des protéines salivaires de P. papatasi, nous
avons dans un travail précédent fractionné la salive de P. papatasi selon le poids moléculaires de ses
protéines et montré que les protéines induisant l’activation des lymphocytes CD4+ de type Th1
appartiennent à la fraction> 30KDa. Afin de mieux identifier ces protéines, nous nous sommes
proposé de tester une nouvelle approche mettant en jeu la transfection des cellules mononucléées
humaines par des plasmides recombinants comportant les séquences des protéines ciblées. Les
cellules mononucléées du sang périphériques (PBMC) ont été isolées à partir du sang de 10 donneurs
volontaires naturellement exposés aux piqures de P. papatasi puis transfectées par les six plasmides
d’intérêt (SP15, SP28, SP34, SP36, SP42 et SP44). L’ensemble des données obtenus chez les
donneurs immuns montrent que seules les «yellow protéines» PpSP42 et PpSP44 et l’apyrase
PpSP36 activent une réponse immune cellulaire de type Th1 et constituent ainsi des candidats
vaccins potentiels. Parmi ces dernières, la PpSP44 semble donner les taux les plus élevés d’IFN-g et
ce, chez le plus grand nombre de donneurs. Nous avons ainsi fait produire la forme recombinante de
cette protéine que nous avons utilisé comme stimulant direct des PBMC d’autres donneurs issus de
la même cohorte et sélectionnés comme précédemment sur la base de la présence d’une réponse
immune cellulaire contre la salive de P. papatasi. Nos résultats montrent une prolifération significative
ainsi qu’une forte induction d’IFN-γ sur les PBMC stimulés par la rPpSP44 confirmant l’activation par
cette protéine d’une réponse immune cellulaire spécifique de type Th1. Ces données confortent
l’hypothèse de l’utilisation de la protéine PpSP44 comme candidat vaccin potentiel contre la
leishmaniose cutanée chez l’Homme.
C- Exploration et validation du rôle de gènes de Leishmania dans la virulence parasitaire
(Aymen Bali, Dhafer Laouini, Fatma Z Guerfali et collaborateurs).
La survie du parasite Leishmania dans les cellules de l’hôte se fait, entre autres, grâce à l’expression
différentielle de certains gènes de virulence qui jouent un rôle important dans la résistance aux
activités antimicrobiennes du système immunitaire de l’hôte. L'analyse transcriptomique par la
28
technique de séquençage ARN à haut débit de souches Leishmania de virulence contrastée nous
a permis de retenir plusieurs candidats montrant une expression contrastée entre plusieurs isolats. Un
gène en particulier a retenu notre attention pour son implication dans la régulation de processus post-
transcriptionnels clefs. Ce gène code pour une enzyme dont l’expression est fortement contrastée
entre des parasites peu- et hyper-virulents. Cette activité trouve son importance chez Leishmania en
particulier, à cause de l'absence d'un modèle de régulation transcriptionnelle classique chez ce
parasite. Des parasites L. major transgéniques sur-exprimant ce gène ont été construits. L'exploration
du rôle de ce gène dans un modèle d'infection in vitro et dans un modèle d'infection murin sont en
cours.
D- Etude omique de l’interaction hôte-pathogène (Chiraz Atri, Dhafer Laouini, Fatma Z Guerfali
et collaborateurs).
L’infection par L. major provoque des leishmanioses cutanées qui se traduisent par une forte
inflammation. Ce parasite intracellulaire se multiplie principalement dans les macrophages. Nous
avons exploré l’effet de l’infection leishmanienne sur la réponse immune des différentes populations
macrophagiques humaines afin d’identifier de nouvelles molécules et voies fonctionnelles susceptibles
d’être utilisées dans la lutte contre cette infection. Une analyse hybride du profil transcriptionnel des
micro-ARNs et des m-ARNs des macrophages humains purifiés puis infectés par L. major a été
réalisée et a permis d’identifier des principales voies et fonctions dérégulées. Nos données suggèrent
que les voies identifiées peuvent influencer l’inflammation durant le processus infectieux. Une étude
approfondie de certaines voies a permis de caractériser une famille de gènes impliqués dans les
voies apoptotiques et régulatrices de fonctions annexes lors de l’infection par L. major. Deux gènes de
cette famille sont actuellement explorés par la technique d’invalidation (silencing). L'effet de cette
invalidation sur l'évolution du processus infectieux est analysé en aval, en corrélation avec
l'expression de cytokines clefs pro- et anti-inflammatoires classiquement activées par l'infection
leishmanienne.
E- Analyse de l’effet des glandes salivaires de phlebotomus papatasi lors d’infection naturelle
des souris BALB/c par le parasite Leishmania major (Malek Trimeche, Thouraya Boussoffara,
Hechmi Louzir, Elyès Zhioua et collaborateurs).
Dans le cadre d’une collaboration avec l’Unité d’Ecologie des Systèmes Vectoriels, Institut Pasteur de
Tunis, nous nous sommes proposés d’évaluer l’effet des glandes salivaire de différentes générations
de Phlebotomus (Ph.) papatasi, vecteur responsable de la transmission du parasite L. major sur le
développement de la maladie. Nous avons d’abord optimisé les conditions pour la mise en place d’un
système d’infection naturelle. Brièvement, des phlébotomes nourris sur du sang de lapin mélangé
avec des promastigotes ou amastigotes de L. major à différentes concentrations, sont mis en contact
avec des souris BALB/c, dans des conditions mimant celle de piqûre par le phlébotome dans la nature
(température, humidité et luminosité). Un suivi du développement de lésion de leishmaniose cutanée
est effectué. Ce système sera utilisé par la suite pour l’infection des souris BALB/c immunisées par les
glandes salivaires de différentes générations de Ph. papatasi dans des conditions mimant l’infection
naturelle.
3- 3ème équipe : Dysimmunité et Infection (Chef d’équipe : Mohamed Ridha BARBOUCHE, MD/PhD,
Professeur en Immunologie)
A- Etude de situations dysimmunitaires par échappement et modulation des réponses immunes,
induites par les mycobactéries (Makram Essafi et collaborateurs; Chaouki Benabdessalem et
collaborateurs)
1- Evaluation de l'effet de l'activation de FOXO3 sur l'efficacité du BCG (M. Essafi et coll.): Nous
avons déjà démontré que l'apoptose des macrophages humains infectés par le BCG est assurée par
le facteur FOXO3. Actuellement, le groupe collabore avec des chercheurs Indiens (Projet de
recherche Tuniso-Indien financé par le MES) afin d'évaluer l'effet de l'activation de FOXO3 (utilisant
un inhibiteur d'Akt) sur l'efficacité du BCG dans un modèle animal. Des résultats préliminaires sont
rassurants quant à l'induction d'une réponse Th1 lorsqu'on active FOXO3 au cours de la vaccination
par le BCG. Le groupe a aussi démontré que FOXO3 est un suppresseur de l'IL-10 dans les
macrophages infectés par le BCG. Ces résultats ouvrent la voie vers une approche potentielle
d’immunothérapie de la tuberculose, notamment pour traiter les formes MDR et XDR. Le groupe
essaye de monter un consortium international afin d'entamer une étude clinique au cours de laquelle
29
les patients tuberculeux recevront, en plus des antibiotiques usuels, des activateurs de FOXO3 qui
devraient booster leur réponse immune.
2- Etude des mécanismes, utilisés par l'agent de la tuberculose humaine, Mycobacterium tuberculosis,
afin de détourner la réponse immune de l'hôte (M. Essafi et coll.): l’équipe a démontré que le facteur
de virulence ESAT-6 régule à la fois la différenciation et la polarisation des macrophages humains afin
d'installer une infection chronique.
3- Exploration de la réponse immune dirigée contre les antigènes de latence/réactivation de Mtb en
vue d’identifier des biomarqueurs de discrimination de l’état de l’infection et de prédire la progression
vers la tuberculose active (Chaouki Benabdessalem et coll.): Nous avons décrit que l’antigène de
réactivation Rv0140 induit un niveau élevé de Granzyme B principalement par les PBMCs dérivées
d’individus infectés de façon latente (LTBI). Nos résultats montrent, qu’en réponse à Rv0140,
Granzyme B a permis une meilleure discrimination entre LTBI et TB active par rapport à IFNg. De ce
fait granzyme B en réponse à Rv0140 peut être proposé comme un biomarqueur discriminatif de
l'infection.
4- PPM un nouveau candidat pour le développement d’un vaccin de post-infection afin de prévenir la
progression vers la tuberculose active (Chaouki Benabdessalem et coll.): Nous avons identifié un
nouveau immunogène de Mtb que nous avons désigné PPM, les résultats préliminaires montrent pour
la première fois que PPM est immunogène (brevet d’invention en cours de rédaction) et que cet
antigène induit des réponses spécifiques corrélant probablement avec la protection contre la
réactivation de Mtb. L’abstract intitulé « Towards preventing progression to active tuberculosis : PPM,
a new candidate for vaccine development» a été sélectionné pour la session « Poster discussion » au
cours du 5th Global forum on TB vaccine qui s’est déroulé à New Delhi du 20-23 Février 2018.
B- Etude des dysfonctionnements du système immunitaire liés à une susceptibilité génétique de
l’hôte aux infections, dans des modèles à déterminisme monogénique ou multigénique
(Mohamed-Ridha Barbouche, Imen Ben Mustapha, Meriem Ben Ali, Najla Mekki et
collaborateurs):
1- Les déficits immunitaires primitifs (DIPs) qui sont causés par des défauts monogéniques
prédisposant les patients aux infections, à l'auto-immunité, à l'allergie et aux lymphoproliférations.
Leur étude est particulièrement pertinente dans les populations du Moyen-Orient et de l'Afrique du
Nord qui sont uniques en ce qui concerne la forte prévalence de la consanguinité qui est associée à
une fréquence accrue des formes autosomiques récessives. C’est dans ce cadre que nous avons
mené une étude immunogénétique chez 170 patients atteints de DIPs appartenant à 124 familles
consanguines. Un spectre de 25 gènes a été analysé (Front Immunol. 2017). Nous avons montré que
les formes AR sont clairement les plus fréquentes comparées aux formes liées à l’ X ou autosomique
dominante. De plus, l'étude de familles consanguines informatives a permis l'identification d'un
nouveau syndrome hyper-IgE lié aux mutations de la phosphoglucomutase 3 (PGM3). Nous avons
également rapporté une nouvelle forme de syndrome lymphoprolifératif avec auto-immunité causée
par des mutations homozygotes de FAS associées à une expression protéique normale ou résiduelle.
Ceci a permis de proposer une nouvelle classification de l’ALPS (J Leukoc Biol. 2018 Mar). Ces
résultats démontrent clairement que la présence d'une large zone d’homozygotie permet de révéler
des modèles inhabituels d'hérédité. Nous avons pu également identifier des mécanismes mutationnels
très rares de FAS impliquant le site de branchement ou le site exonique de splicing et nous avons
proposé des mécanismes qui pourraient expliquer les défauts d'épissage de l’exon 6 de FAS qui sous-
tendent l’ALPS associé à l’absence d'expression de la protéine (Clinical Immunology 2017). Enfin,
nous avons identifié plusieurs effets fondateurs pour des mutations AR spécifiques ce qui facilitera la
mise en œuvre d'approches préventives grâce au conseil génétique. Ces résultats mettent en
évidence la spécificité des populations fortement consanguines. De plus, un diagnostic moléculaire
précis et un conseil génétique approprié aideront à modérer les coûts associés aux DIP pour la
communauté.
2- Concernant l’exploration des patients ayant une susceptibilité élective aux infections fongiques,
l’étude moléculaire de deux nouveaux patients ayant une maladie dermatophytique a permis
d’identifier deux nouvelles mutations D43N et K179E au niveau du gène CARD9. Ces deux
mutations sont délétères selon les logiciels de prédictions, es deux résidus sont conservés dans les
30
espèces et l’éventualité d’un polymorphisme du deuxième variant a été éliminée après séquençage de
l’ADN de 50 sujets sains de la population Tunisienne.
3- De façon intéressante, l’étude moléculaire de patients ayant un déficit d’expression des molécules
HLA de classe II et chez qui la mutation fondatrice (c.338-25_338del26) n‘a pas été retrouvée, nous a
permis d’identifier un nouveau variant (c.912+5G>A) au niveau de l’intron 6 qui correspond à un site
de splice (donneur). Ce variant a été retrouvé chez 3 patients issus de 3 familles consanguines
apparemment non apparentées mais originaires toutes de Kasserine. Ce variant n’a pas été retrouvé
chez 50 témoins tunisiens ce qui exclut la possibilité d’un polymorphisme. L’étude de la ségrégation
familiale chez une famille a confirmé une transmission autosomique récessive de cette nouvelle
mutation pouvant etre d’intérêt pour le conseil génétique.
4- Nous avons aussi complété notre travail sur le déficit en PGM3 avec syndrome hyper-IgE que nous
avons découvert chez des patients tunisiens. La confirmation de l'effet fondateur de la mutation
Glu340del du gène PGM3 que nous avons retrouvé chez 12 patients appartenant à trois familles
apparemment non apparentés mais originaires toutes de la région de Kasserine a facilité
l’établissement d’une approche préventive par le conseil génétique et le diagnostic prénatal (Molecular
Immunology 2017). Par ailleurs, les patients PGM3 déficients se caractérisent par la présence de
signes cliniques compatibles avec les patients ayant la forme autosomique dominante dûe à des
mutations du gène STAT3. Ceci suggère qu’il existerait un lien entre un défaut de glycosylation de
protéines impliquées dans la voie de signalisation STAT3 et le déficit observé. L'étude fonctionnelle
de la voie de signalisation IL6-gp130-STAT3 chez les patients PGM3 déficients a montré que le défaut
de glycosylation chez les patients PGM3 déficients est responsable de l'anomalie de signalisation IL-
6, qui est clairement gp130-dépendante ce qui induit l'altération de la phosphorylation de STAT3. Cela
pourrait expliquer en partie le chevauchement des signes cliniques entre le déficit en PGM3 et la
forme autosomique dominante par déficit en STA3. Nos résultats sont appuyés par l'identification très
récente du premier patient déficient en gp130 qui présente les caractéristiques cliniques de l'AD-HIES
en plus des anomalies squelettiques (Schwerd et al., 2017). Ces résultats ont été soumis et sont en
révision dans "Journal of Allergy and Clinical Immunology".
5- Enfin, nous avons poursuivi l’étude du modèle de susceptibilité multigénique de l’hôte à la BCG-
thérapie dans le cancer superficiel de la vessie afin d’identifier d’éventuels marqueurs
immunologiques prédictifs de la réponse à ce traitement. Nous avons ainsi étudié plusieurs profils
cytokiniques induits suiteà la BCG-thérapie. Le problème majeur des tumeurs vésicales superficielles
est d'apprécier leur potentiel agressif, c'est-à-dire leur risque de progression en stade et/ou en grade,
afin d'adapter le traitement. Malgré le succès actuel de la BCG thérapie dans le cancer superficiel de
la vessie, le taux d'échec reste assez importante (40% des cas). Dans 10 à 15% des cas, les tumeurs
récidivantes progressent et infiltrent le muscle ce qui engage le pronostic vital du patient. Ainsi, il
existe un besoin croissant d'identifier des marqueurs immunologiques prédictifs de la réponse ou non
réponse à la BCG thérapie. Nous avons évalué par PCR en temps réel le profil d'expression de l’INF-
γ, du RoRγt, de l'IL-17,de l’IL10 et du facteur de transcription Foxp3. Nous avons pu démontrer que le
traitement du cancer superficiel de la vessie par BCG thérapie, oriente le profil cytokinique vers une
réponse de type TH1. En effet, on note une augmentation de l'INFg chez la majorité des patients. On
observe également une diminution de la réponse TH2 caractérisée par une baisse de l'IL-10.
C- Etude des altérations immunologiques associées au stress infectieux et pouvant contribuer à
la rupture de la tolérance au soi dans des pathologies auto-immunes (Melika Ben Ahmed et
collaborateurs, Mariem Belghith et collaborateurs):
1- Identifier les anomalies sous-jacentes au défaut observé dans les réponses lymphocytaires au
TGF-b qui joue un rôle clé dans le maintien de la tolérance au cours du lupus : Les travaux réalisés
ces dernières années ont permis de mettre en évidence un défaut de signalisation du TGF-b dans les
lymphocytes T des sujets atteints de lupus en phase active de la maladie. Ce défaut semble se
localiser en aval de la translocation de Smad3. Dans le but d’identifier les facteurs responsables de ce
défaut, nous avons testé l’implication de l’axe Ahr/IL22 dont l’activation par divers facteurs
environnementaux au cours des phases actives de la maladie a été bien démontrée. Nos résultats
montrent que la transcription de l’IL-22 est significativement augmentée dans les lymphocytes T des
patients lupiques en activité par rapport à celle retrouvée chez patients en rémission et les contrôles
sains. De façon intéressante, cette augmentation est significativement associée au défaut de la
31
signalisation du TGF-b. Nos résultats suggèrent ainsi l’implication de l’axe Ahr/IL-22 dans le défaut de
la signalisation du TGF-b et permettent ainsi de faire le lien entre les facteurs environnementaux tels
que les infections et les UV et la rupture de la tolérance au cours du lupus. L’ensemble de ces
résultats ont fait l’objet d’un article scientifique paru dans le journal (Cytokine 2018).
2- Implication de l’axe Ahr/IL22 au cours de la sclérose en plaques (SEP) : L’axe Ahr/IL-22 semble
également impliqué au cours d’une autre maladie auto-immune, la SEP. En effet, des modèles
expérimentaux indiquent que l’ITE, ligand non toxique de l’AhR, protège contre la SEP en induisant
une expansion des lymphocytes T régulateurs chez la souris. Nos travaux récents indiquent que, chez
l’homme, l’ITE est capable de potentialiser la génération de novo des lymphocytes T régulateurs
suggérant la possibilité de son utilisation dans le traitement de la SEP. Ces résultats ont fait l’objet
d’un article scientifique soumis à Journal of Leukocyte Biology.
3- Recherche d’un biomarqueur discriminatif entre SEP et Neuro-Behçet (NB) en début d’évolution de
la maladie : Les neurologues sont souvent confrontés à un problème de diagnostic différentiel entre
les patients SEP et les patients ayant d’autres maladies systémiques, essentiellement lors des
premiers stades de la maladie, dont la première manifestation clinique est neurologique comme le NB.
Nous avons montré par RT/PCR quantitative que l’expression de T-bet (facteur de transcription des
TH1) est significativement plus élevée dans le sang des NB comparativement aux SEP et contrôles
alors que l’expression de l’IFN-γ dans les PBMCs ainsi que dans le LCR est élevée chez SEP et NB.
Concernant l’IL-17, nous avons noté une diminution de la population Th17 dans la périphérie des
patients SEP. Dans le LCR, l’expression de IL-17a est significativement plus élevée chez les SEP et
NB versus contrôles. De façon intéressante, l’IL-10 est significativement plus élevée dans le LCR des
NB comparé au groupe et aux contrôles. Nous avons ainsi démontré, lors de cette étude comparative,
que l’IL-10 dans le LCR est un facteur discriminatif entre les sujets SEP et NB. Cette cytokine anti-
inflammatoire ne semble pas être secrétée par les cellules régulatrices car il n’existe aucune
corrélation entre l’IL-10 et foxp3. Ces résultats ont fait l’objet d’une publication (Cytokine 2018).
1 - Epidémiologie, Surveillance et Contrôle des maladies infectieuses incluant :
a- Les systèmes de surveillance épidémiologique.
b- La recherche clinique pour le développement de médicaments anti-leishmaniens et de tests de
diagnostic rapide.
c- L’épidémiologie moléculaire des parasites Leishmania major: effet du temps et de la
répartition géographique sur le profil génétique des leishmanies.
d- La modélisation spatiale de la dynamique des rongeurs (réservoir de leishmanies) et son
impact sur l’émergence de la maladie.
2 - Immunobiologie des Leishmanioses incluant:
a- L’identification de peptides de protéines secrétées/excrétées de L. major induisant une
production de granzyme.
b- L’étude de protéines immuno-dominantes de Phlebotomus papatasi comme marqueur
d’exposition aux piqûres du vecteur .
c- La micro-hétérogénéité de Leishmania major dans les foyers émergeants de la leishmaniose
cutanée zoonotique.
d- La comparaison génomique d’isolats de L. major induisant une expression clinique contrastée
de la leishmaniose cutanée humaine.
3 - Dysimmunité et Infection incluant:
a- L’étude de situations dysimmunitaires par échappement et modulation des réponses
immunes, induites par les mycobactéries.
b- L’étude des dysfonctionnements du système immunitaire liés à une susceptibilité génétique
de l’hôte aux infections, dans des modèles à déterminisme monogénique ou multigénique.
c- L’étude des altérations immunologiques associées au stress infectieux et pouvant contribuer à
la rupture de la tolérance au soi dans des pathologies auto-immunes.
Les chiffres clé du laboratoire en 2017
23 Conférences
12 Participations à des Jury
4 Participation à des Commissions Nationales et Internationales
32
36 Communications orales et affichées dans des congrès nationaux et 4 dans des congrès
internationaux
30 Publications dans des revues internationales
6 Projets en cours
10 Diplômes soutenus
22 Diplômes en cours
Liste des publications en 2017
1 . Autoimmune lymphoproliferative syndrome caused by homozygous FAS mutations with normal or
residual protein expression. Agrebi N, Sfaihi Ben-Mansour L, Medhaffar M, Hadiji S, Fedhila F, Ben-Ali
M, Mekki N, Hachicha M, Barsaoui S, Barbouche MR, Ben-Mustapha I. J Allergy Clin
Immunol.2017Jul;140(1):298301.e3.doi:10.1016/j.jaci.2016.11.033. Epub 2017 Jan 10. No abstract
available. IF=13,081.
2. Homozygous transcription factor 3 gene (TCF3) mutation is associated with severe
hypogammaglobulinemia and B-cell acute lymphoblastic leukemia. Ben-Ali M, Yang J, Chan KW, Ben-
Mustapha I, Mekki N, Benabdesselem C,Mellouli F, Bejaoui M, Yang W, Aissaoui L, Lau YL,
Barbouche MR. J Allergy Clin Immunol. 2017 Oct;140(4):1191-1194.e4. doi:
10.1016/j.jaci.2017.04.037. Epub 2017 May 19. IF=13,081.
3 . Lessons from Genetic Studies of Primary Immunodeficiencies in a Highly Consanguineous
Population. Barbouche MR, Mekki N,
Ben-Ali M, Ben-Mustapha I. Front Immunol. 2017 Jun 27;8:737.
doi: 10.3389/fimmu.2017.00737. eCollection 2017. Review. IF=6,429.
4. Patients with Primary Immunodeficiencies Are a Reservoir of Poliovirus and a Risk to Polio
Eradication. Aghamohammadi A, Abolhassani H, Kutukculer N, Wassilak SG, Pallansch MA, Kluglein
S, Quinn J, Sutter RW, Wang X, Sanal O, Latysheva T, Ikinciogullari A, Bernatowska E, Tuzankina IA,
Costa-Carvalho BT, Franco JL, Somech R, Karakoc-Aydiner E, Singh S, Bezrodnik L, Espinosa-
Rosales FJ, Shcherbina A, Lau YL, Nonoyama S, Modell F, Modell V; JMF Centers Network
Investigators and Study Collaborators, Barbouche MR, McKinlay MA. Front Immunol. 2017 Jun
13;8:685. doi: 10.3389/fimmu.2017.00685. eCollection 2017. IF=6,429.
5. Tlili A, Marzouki S, Chabaane E, Abdeladhim M, Kammoun-Rebai W, Sakkouhi R, Belhadj Hmida
N, Oliveira F, Kamhawi S, Louzir H, Valenzuela JG, Ben Ahmed M. 2017. Phlebotomus papatasi
yellow-related and apyrase salivary proteins are candidates for vaccination against human cutaneous
leishmaniasis. J Invest Dermatol. doi: 10.1016/j.jid.2017.09.043. IF= 6,287.
6. Mohamed Ridha Barbouche, Qubo Chen, Marco Carbone, Imen Ben-Mustapha, Zakera Shums,
Mehdi Trifa, Federica Malinverno, Francesca Bernuzzi, Haiyan Zhang, Nourhen Agrebi, Gary Norman,
Christopher Chang, M. Eric Gershwin, Pietro Invernizzi. Comprehensive review of autoantibodies in
patients with hyper-IgM syndrome. Cellular and molecular immunology (In Press). IF=5,897.
7. Ben-Mustapha I, Agrebi N. And M.-R. Barbouche. Novel insights into FAS defects underlying
Autoimmune Lymphoproliferative Syndrome revealed by studies in consanguineous patients. Journal
of Leukocyte Biology 2017 Dec DOI 10.1002/JLB.5MR0817-332R. IF=4,018.
8. Ghawar, W., Pascalis, H., Bettaieb, J., Mélade, J., Gharbi, A., Snoussi, M.A., Laouini, D., Goodman,
S.M., Salah, A.B. and Dellagi, K. Insight into the global evolution of Rodentia associated Morbilli-
related paramyxoviruses. Scientific Reports, 2017. IF=4,259.
9. Jaouadi, K., Bettaieb, J., Bennour, A., Salem, S., Rjeibi, M.R., Chaabane, S., Yazidi, R., Khabouchi,
N., Gharbi, A. and Salah, A.B. First Report on Natural Infection of Phlebotomus sergenti with
Leishmania tropica in a Classical Focus of Leishmania major in Tunisia. The American journal of
tropical medicine and hygiene, 2017. IF =2,549.
33
10. Beldi, N., Mansouri, R., Bettaieb, J., Yaacoub, A., Souguir Omrani, H., Saadi Ben Aoun, Y.,
Saadni, F., Guizani, I. and Guerbouj, S. Molecular Characterization of Leishmania Parasites in
Giemsa-Stained Slides from Cases of Human Cutaneous and Visceral Leishmaniasis, Eastern Algeria.
Vector-Borne and Zoonotic Diseases, 2017. IF =2,045.
11. Detection of ESAT-6 by a Label Free Miniature Immuno-Electrochemical Biosensor as a
Diagnostic Tool for Tuberculosis" Mohamed fethi Diouani, Oussama Ouerghi, Amira Refai, Kamel
Belgacem, Chker Tlili, Dhafer Laouini and Makram Essafi. Mater Sci Eng C Mater Biol Appl. 2017 May
1;74:465-470 IF = 4,164.
12. Allium Roseum L. Extract Exerts Potent Suppressive Activities on Chronic Myeloid Leukemia K562
Cell Viability Through the Inhibition of BCR-ABL, PI3K/Akt, and ERK1/2 Pathways and the Abrogation
of VEGF Secretion. Souid S, Najjaa H, Riahi-Chebbi I, Haoues M, Neffati M, Arnault I, Auger J, Karoui
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13. Lebetin, a snake venom disintegrin, suppresses human colon cancer cells proliferation and tumor-
induced angiogenesis through cell cycle arrest, apoptosis induction and inhibition of VEGF expression.
Zakraoui O, Marcinkiewicz C, Aloui Z, Othman H, Grépin R, Haoues M, Essafi M, Srairi-Abid N, Gasmi
A, Karoui H, Pagès G, Essafi M, Benkhadir K. Mol Carcinog. 2017 Jan;56(1):18-35. IF = 4,185.
14. Rare splicing defects of FAS underly severe recessive autoimmune lymphoproliferative syndrome.
Agrebi N, Ben-Mustapha I, Matoussi N, Dhouib N, Ben-Ali M, Mekki N, Ben-Ahmed M, Larguèche B,
Ben Becher S, Béjaoui M, Barbouche MR. Clin Immunol. 2017 Oct;183:17-23. doi:
10.1016/j.clim.2017.06.009. Epub 2017 Jun 29. IF =3,990.
15. A founder mutation underlies a severe form of phosphoglutamase 3 (PGM3) deficiency in Tunisian
patients. Ben-Khemis L, Mekki N, Ben-Mustapha I, Rouault K, Mellouli F, Khemiri M, Bejaoui M,
Essaddam L, Ben-Becher S, Boughamoura L, Hassayoun S, Ben-Ali M, Barbouche MR. Mol Immunol.
2017 Oct;90:57-63. doi: 10.1016/j.molimm.2017.06.248. Epub 2017 Jul 10. IF=3,236.
16. Luk Adw, Lee Pp, Mao H, Chan Kw, Chen Xy, Chen Tx, He Jx, Kechout N, Suri D, Tao Yb, Xu Yb,
Jiang Lp, Liew Wk, Jirapongsananuruk O, Daengsuwan T, Gupta A, Singh S, Rawat A, Abdul Latiff
Ah, Lee Acw, Shek Lp, Nguyen Tva, Chin Tj, Chien Yh, Latiff Za, Le Tmh, Le Nnq, Lee Bw, Li Q, Raj
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17. Marzouki S, Bini Dhouib I, Benabdessalem C, Rekik R, Doghri R, Maroueni A, Bellasfar Z, Fazaa
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18. Staphylococcal scalded skin syndrome: An uncommon symptomatology revealing an immune
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human pathogen Leishmania major: Heterologous expression in the yeast Pichia pastoris and
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20. Gurwitz KT, Aron S, Panji S, Maslamoney S, Fernandes PL, Judge DP, Ghouila A, Domelevo
Entfellner JB, Guerfali FZ, Saunders C, Mansour Alzohairy A, Salifu SP, Ahmed R, Cloete R,
Kayondo J, Ssemwanga D, Mulder N; H3ABioNet Consortium's Education Training and Working
Group as members of the H3Africa Consortium. 2017. Designing a course model for distance-based
online bioinformatics training in Africa: The H3ABioNet experience. PLoS Comput Biol.
13(10):e1005715. IF=4,259.
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Rapport d'activité 2017 de l'Institut Pasteur de Tunis

  • 2. 1 Sommaire Edito du Directeur Général ......................................................................................... 2 L’Institut Pasteur de Tunis .......................................................................................... 4 Gouvernance.............................................................................................................. 5 Liste des laboratoires, services, directions et comités en 2017................................. 8 Les chiffres clés de l’Institut Pasteur de Tunis en 2017............................................ 10 Structures de Recherche.......................................................................................... 16 Services d’investigation clinique et de Santé Publique........................................... 124 Production de vaccins et sérums thérapeutiques ................................................... 169 Soutien technique................................................................................................... 189 Soutien logistique ................................................................................................... 208 Comités .................................................................................................................. 219 Administration......................................................................................................... 226 Annexes.................................................................................................................. 258
  • 3. 2 Edito du Directeur Général L’IPT consolide sa position de leader régional, en attestent les nombreux succès dans les appels à projets internationaux ainsi que la liste des publications, brevets, distinctions, prix et autres reconnaissances obtenus en 2017. Le maintien et l’amélioration des programmes scientifiques et de santé publique constitue notre objectif principal et notre raison d’être. Avec ses partenaires nationaux et internationaux, l’IPT doit continuer à relever les défis sanitaires et contribuer au développement économique et social de la Tunisie. Malgré la situation délicate par laquelle passe le pays, marquée notamment par la baisse des budgets des laboratoires de recherche financés par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique (MESRS) ainsi que les impayés des structures publiques (plus de dix millions de DT), l’année 2017 a été excellente, en termes de production scientifique, de succès dans le programme européen H2020 et d’autres programmes internationaux de recherche et de formation. Dans le domaine des analyses biomédicales et des activités de santé publique, l’IPT a réalisé plus de 254 000 analyses, tests, vaccinations et autres services. Le chiffre d’affaire de cette activité s’élève à 4 820 000 DT, en augmentation par rapport à l’année 2016 de 2,7%. De même, le chiffre d’affaires de la vente de vaccins et sérums s’élève à 1 846 196 DT, en augmentation de 12% par rapport à 2016. Concernant la formation et l’encadrement, nous avons organisé ou contribuer à l’organisation de 64 événements (15 manifestations scientifiques, 12 cours et ateliers pratiques, 25 séminaires et autres conférences ainsi que 18 évènements scientifiques et culturels ouvert sur notre environnement). Par ailleurs, 136 étudiants de l’IPT ont pu soutenir leur diplôme en 2017. Ce qui a réduit le nombre d’étudiants de 262 (en 2016) à 176 (en 2017). Cela nous permettra de focaliser sur la qualité de la formation. En 2017, nous avons reçu la notification du renouvellement, pour deux ans, de notre Centre Régional de Formation pour la région Méditerranée orientale financé par le TDR/OMS. Ce Centre, dirigé par Samir Boubaker (chargé de la Direction de la Santé Publique), œuvre à promouvoir et à coordonner des cours internationaux et des formations pratiques dans le domaine de l’implémentation de la recherche et les interventions en santé. Au niveau des projets de recherche, cette année a été exceptionnelle, en plus des 23 projets encore actifs (obtenus avant 2017), 37 nouveaux projets à financement spécifique ont été obtenus au titre de l’année 2017, dont 11 notifications pour des projets qui débutent en 2018. Ils proviennent de bailleurs de fonds nationaux et internationaux tels que la Commission Européenne (H2020), le Réseau International des Institut Pasteur, les Instituts Nationaux de Santé (NIH, USA), l’Agence Universitaire de la Francophonie (AUF), le TWAS, Le Center for Diseases Control (US-CDC), le CRDF (USA) ainsi que ceux financés dans le cadre de la coopération bilatérale (France, Allemagne, Inde, autres). Je souhaite mentionner tout particulièrement le montage du projet «PHINDaccess» qui vient d’être financé dans le cadre H2020 (Twinning ou jumelage). C’est un travail en synergie pour un projet institutionnel dont l’Institut Pasteur de Tunis est le coordinateur et le principal bénéficiaire. Grâce à un effort collectif coordonné par Helmi Mardassi (Chargé de la Direction de la Recherche), ce projet vise à accroître notre capacité dans le domaine Omique en vue de nous positionner comme un centre d'excellence dans le domaine de l'interaction pathogène-hôte. Le jumelage implique quatre institutions européennes de classe mondiale évoluant à l'avant-garde de la recherche sur les maladies infectieuses: l'Institut Pasteur (France), le Centre de Génomique (CRG, Espagne), l'Institut Max- Planck de Génétique Moléculaire (MPG, Allemagne) et l'Institut Robert Koch (RKI, Allemagne). Avec ce projet notre intention est de placer la science omique au centre de la stratégie de recherche et d'innovation de l’Institut pour favoriser durablement l'excellence scientifique.
  • 4. 3 163 articles ont été publiés en 2017 par les chercheurs de l’IPT. Ce chiffre est en augmentation (7,8%) par rapport à 2016. L’impact factor médian est de 2.3, il faut l’améliorer. Nos publications ont été citées environ 2360 fois en 2017. En termes de valorisation, nous restons engagés avec Bio Venture for Global Health (BVGH). En 2017, 4 nouveaux brevets d’invention ont été enregistrés et plus de trente contrats ont été signés et gérés par notre Cellule de Communication, Valorisation et Transfert technologique. Il s’agit de prestations de services, de recherche, dans le cadre de collaborations internationales avec des industriels et des académiques. De plus, nous avons intégré un projet « TRIFOLD » qui vise à améliorer l’environnement du transfert technologique et à favoriser la valorisation des résultats de recherche. Parmi les accords, nous notons celui avec la SATT Lutech en rapport avec notre brevet sur «Lebecetin, a C-type lectin, as neovascularization inhibitor» en partenariat avec l'Institut de la vision (UPMC). Nous poursuivons notre engagement avec le « Korean Center of Disease Control » et la société Coréenne « Green Cross » sur le transfert technologie du vaccin BCG vers la Corée du Sud. Les partenaires Coréens ont bénéficié, à Tunis, d'une familiarisation aux processus de production du BCG et au Contrôle Qualité. Une assistance locale et la production des premiers lots en Corée ainsi qu’un transfert de toutes les procédures ont été réalisés. L’année 2017 a également vu la naissance de l’Association des Jeunes Chercheurs (AJC) de l’IPT. Elle est chargée d’assurer la communication entre les jeunes chercheurs, les soutenir et les inciter à la créativité. L’AJC a contribué à enrichir l’environnement scientifique et socio culturel de l’Institut, notamment par l’organisation du 2 ème Colloque des Jeunes Chercheurs en avril 2018. Enfin, cette année, l’Institut a reçu plusieurs personnalités scientifiques de premier rang, ainsi que plusieurs visites officielles dont celle du Ministre de la Santé Palestinien, les membres de la Commission Santé du Bundestag (parlement allemand), la Direction de la Coopération Internationale Monégasque ainsi que le Directeur accompagné du staff du CDC Afrique, nouvellement créé. Ces visites étaient l’occasion de discuter des perspectives de développement de la coopération bilatérale ainsi que des opportunités pour la promotion de l’internationalisation de nos activités. Dr. Hechmi Louzir, Directeur Général de l’Institut Pasteur de Tunis
  • 5. 4 L’Institut Pasteur de Tunis Lutter contre les maladies pour la Santé de Tous Statuts, missions, historique Etablissement Publique de Santé, l’IPT est la seule institution tunisienne réunissant les missions de recherche et formation, diagnostic et santé publique, production de vaccins. Intimement liées, elles ont fait de l’IPT une structure de référence dans le domaine de la recherche biomédicale. Depuis l’époque de Charles Nicolle (directeur de l’IPT de 1903 à 1936 et prix Nobel de médecine en 1928) l’IPT occupe une place prépondérante dans l’histoire de la médecine en Tunisie avec d’importantes découvertes dans le domaine des maladies infectieuses, (cycles de transmission de la toxoplasmose, le vecteur du typhus, la leishmaniose viscérale, ainsi que le développement du concept original des infections inapparentes). L’IPT a participé à l’éradication de plusieurs maladies endémiques en Tunisie comme le paludisme, aux campagnes nationales de vaccination et continue de collaborer activement dans les programmes de santé publique. Diagnostic et Santé Publique La mission du département de santé publique de l’IPT tourne autour de deux activités principales. La première comporte la vaccination (plus d’une quinzaine de vaccins), le conseil aux voyageurs ainsi que le traitement antirabique. La seconde activité est destinée aux prélèvements et aux examens biologiques courants et spécialisés. Ces analyses sont réalisées dans les 18 laboratoires de diagnostic et de santé publique de l’IPT. La plupart de ces laboratoires participent à des programmes de santé publique nationaux et internationaux (enquêtes épidémiologiques, suivi des programmes de vaccination et certains sont des laboratoires de références nationaux ou régionaux OMS. Recherche et Formation L’activité de recherche de l’IPT se déroule dans 9 laboratoires. Ces équipes de recherche sont multidisciplinaires (biologistes, hospitalo-universitaires, médecins de la santé publique, vétérinaires) et réunissent plus d’une centaine de cadres scientifiques et plus de 200 étudiants. Nos domaines de recherche : - Épidémiologie des maladies infectieuses ; - Immunologie des maladies infectieuses de l’homme et de l’animal ; - Etude des maladies causées par un déficit génétique et/ou immunitaire ; - Biochimie/immunologie des venins et toxines ; - Développement biotechnologique. Production L’Institut Pasteur de Tunis produit des vaccins et sérums thérapeutiques pour les besoins du pays. Ses locaux de 700 m² sont conformes aux normes internationales de bonnes pratiques de fabrication. C’est la seule unité de ce type à l’échelle nationale. Actuellement, l’Institut Pasteur de Tunis produit du vaccin BCG intradermique, du vaccin BCG frais pour immunothérapie du cancer de la vessie et des sérums thérapeutiques (anti- vipérin, anti-scorpionique et anti-rabique).
  • 6. 5 Gouvernance Le conseil d’administration................................................................................................................... 6 Le conseil scientifique.......................................................................................................................... 7
  • 7. 6 Le conseil d’administration Ses missions Selon l’article 3 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'Institut Pasteur de Tunis. Le conseil d'administration est investi des pouvoirs les plus étendus pour agir au nom de l'institut conformément à la législation et à la règlementation en vigueur. Il a notamment pour attribution : - La création, suppression et transformation des services médicaux et pharmaceutiques, des laboratoires de recherche, d'analyse, de production et de contrôle et des unités d'enseignement ; - L'organisation des différents services administratifs et techniques de l'institut et l'établissement de son règlement intérieur ; - L'approbation des contrats-programmes et le suivi de leur exécution, conformément à la législation en vigueur ; - La prise des décisions relatives aux emprunts, conformément à la législation en vigueur. - L'approbation, dans le cadre de la règlementation en vigueur, de la passation des marchés par le directeur général. Composition du conseil d’administration Prénom, Nom Affiliation, Représentations Mohamed Hédi Oueslati Président du conseil d'administration/Ministère de la Santé Publique Mohamed Faouzi Kooli Ministère des Finances Saloua Boutej Ministère du Développement Régional et de la Planification Abdelatif Boudabous Ministère de l'enseignement et de la Recherche Scientifique et des TIC Mohamed Hammami Ministère de l’nseignement et de la Recherche Scientifique et des TIC Sameh Ben Mbarka Ministère de l'industrie et du commerce Hafedh Marrakchi Ministère de l'Agriculture, des ressources hydrauliques et de la pêche Abdeljelil Ghram Chef de service Afef Bahlous Chef de service Aïda Bouratbine Chef de service Rym Ben Abdallah Représentant des médecins Dhafer Laouini Représentant des scientifiques Yousr Galaï Représentant des pharmaciens Imen Larbi Représentant des médecins vétérinaires Dorra Ben Abdesselem Représentant des ingénieurs Samiha Ben Hadj Ali Représentant du corps para médical Taoufik Jendoubi Représentant du syndicat
  • 8. 7 Le conseil scientifique Ses missions Selon l’article 10 du décret n°95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'institut Pasteur de Tunis. Il est institué un conseil scientifique de l'institut Pasteur de Tunis qui a pour mission de : - donner son avis sur toutes les questions relatives à la politique scientifique de l'établissement, l'organisation, la programmation et le suivi de la recherche, à la production, à l'enseignement et l'encadrement des résidents, des stagiaires et des étudiants. - donner son avis sur les créations, suppressions et regroupements des laboratoires et sur les propositions de candidature pour les bourses d'étude et de stages à caractère scientifique dans les limites des crédits alloués. - donner son avis sur les propositions de conventions et de coopération scientifique avec les établissements et réseaux scientifiques nationaux, maghrébins, étrangers ou internationaux. - répondre à toute demande d'avis scientifique formulée par le ministre de la santé publique ou le conseil d'administration Composition du conseil scientifique élargi* Prénom, Nom Affiliation Hechmi Louzir Institut Pasteur de Tunis (Président du Conseil) Samia Mnif Institut Pasteur de Tunis Boutheina Mardassi Institut Pasteur de Tunis Ikram Guizani Institut Pasteur de Tunis Sonia Abdelhak Institut Pasteur de Tunis Hanène Chelbi Institut Pasteur de Tunis Rym Kefi Institut Pasteur de Tunis Makram Essafi Institut Pasteur de Tunis Salem Abbes Institut Pasteur de Tunis Amel El Gaied Ministère de l'enseignement et de la recherche scientifique Marc Bonneville Institut Mérieux Ines Fradi Ministère de la Santé Publique Arnaud Fontanet Institut Pasteur Paris Claude Leclerc Institut Pasteur Paris Lilia Messadi Ministère de l'Agriculture des Ressources Hydrauliques et de la Pêche Salem Chouaib Institut Gustave Roussy *Selon l’article 12 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, le conseil scientifique tient une réunion élargie à l'occasion de la session annuelle d'évaluation des activités scientifiques de l'établissement. A cet effet, le conseil comprendra, outre ses membres prévus à l'article 11 du présent décret, huit autres membres choisis hors de la communauté scientifique de l'institut, reconnus pour leur compétence dans l'un des domaines de la recherche scientifique et biologique.
  • 9. 8 Liste des laboratoires, services, directions et comités en 2017 Services d’investigation clinique et de santé publique LABORATOIRE ET SERVICES RESPONSABLE Laboratoire de Bactériologie Clinique Imen Kraiem imen.kraiem@pasteur.tn Laboratoire de Biochimie Clinique Afef Bahlous afef.bahlous@pasteur.tn Laboratoire d’Immunologie Clinique Mélika Ben Ahmed melika.benahmed@pasteur.tn Laboratoires de recherche LABORATOIRES DE RECHERCHE RESPONSABLE Microbiologie moléculaire, vaccinologie et développement biotechnologique Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.tn Transmission, contrôle et immunobiologie des infections Ridha Barbouche ridha.barbouche@pasteur.tn Epidémiologie et microbiologie vétérinaire Abdejelil Ghram abdeljelil.ghram@pasteur.tn Epidémiologie moléculaire et pathologie expérimentale appliquée aux maladies infectieuses Ikram Guizani ikram.guizani@pasteur.tn Génomique biomédicale et oncogénétique Sonia Abdelhak sonia.abdelhak@pasteur.tn Parasitologie médicale, biotechnologies et biomolécules Aïda Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.tn Hématologie moléculaire et cellulaire Salem Abbes/Samia Menif salem.abbes@pasteur.tn/samia.menif@pasteur.tn Venins et biomolécules thérapeutiques Riadh Kharrat riadh.kharrat@pasteur.tn Bioinformatique, biomathématiques, biostatistiques Alia Benkahla alia.benkahla@pasteur.tn Laboratoire de Cyto-immunologie Ridha Barbouche Ridha.barbouche@pasteur.tn Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires Ridha Ben Aissa ridha.benaissa@pasteur.rns Laboratoire de Virologie Clinique Henda Triki henda.triki@pasteur.tn Laboratoire des Mycobactéries Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.tn Laboratoire d’Anatomo-Patologie Humaine et Expérimentale Samir Boubaker samir.boubaker@pasteur.tn Laboratoire de Radio-Immunologie Afef Bahlous afef.bahous@pasteur.tn Laboratoire de la Rage Habib Kharmachi habib.kharmachi@pasteur.tn Service des Vaccinations Internationales et Anitrabique Samy Khoufi samy.khoufi@pasteur.tn Services des Consultations Externes Radhia Ammi radhia.ammi@pasteur.tn Laboratoire d’Hématologie Samia Mnif samia.menif@pasteur.tn Laboratoire des Mycoplasmes Boutheina Mardassi boutheina.mardassi@pasteur.tn Laboratoire de Parasitologie Clinique Aïda Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.tn Laboratoire Histologie et Cytologénetique Ahlem Amouri ahlem.amouri@pasteur.tn Laboratoire des Toxines Alimentaires Riadh Kharrat riadh.kharrat@pasteur.tn Laboratoire de Pathologie Animale Abdeljelil Ghram abdeljelil.ghram@pasteur.tn Laboratoire d’Epidémiologie et d’Ecologie Parasitaire Karim Aoun Karim.aoun@pasteur.tn Laboratoire de Médecine Nucléaire Chokri Maktouf chokri.maktouf@pasteur.tn Service d’Epidémologie Médicale Jihène Bettaieb Jihene.bettaieb@pasteur.tn
  • 10. 9 Soutien logistique SERVICE RESPONSABLE Bibliothèque de l’Institut Pasteur de Tunis Habib Karoui habib.karoui@pasteur.tn Cellule de communication, valorisation et transfert technologique Hichem Ben Hassine (communication) hichem.benhassine@pasteur.tn Najet Hadhri (valorisation) najet.hadhri@pasteur.tn Oussama Ben Fadhel (transfert technologique) oussama.benfadhel@pasteur.tn Direction informatique Wassim Ben Salah Wassim.bensalah@pasteur.tn Comités COMITE RESPONSABLE/COORDINATEUR Ethique bio-médicale Samir Boubaker Samir.boubaker@pasteur.tn Qualité Sonia Damak Sonia.damak@pasteur.tn Formation et stages Ali Bouattour Ali.bouattour@pasteur.tn Ressources biologiques Dhafer Laouini Dhafer.laouini@pasteur.tn Programmes Collaboratifs Internes Dhafer Laouini Dhafer.laouini@pasteur.tn Soutien technique SERVICE RESPONSABLE Unités animalières Imen Degrach imen.degrach@pasteur.tn Cytométrie en flux Ridha Barbouche Ridha.barbouche@pasteur.tn Typage génétique Rym Kéfi rym.kefi@pasteur.tn Direction technique Naceur El Ouni naceur.elouni@pasteur.tn Service de production de milieux de culture et reactifs Ridha Ben Aïssa/Haifa Ben Sedrine Unité d'Ecologie des Systèmes Vectoriels Elyes Zhioua Elyes.Zhioua@pasteur.tn Plate-forme Technique Génomique, Protéomique et Imagerie Sinda Zarrouk Sinda.zarrouk@pasteur.tn Administration Administration RESPONSABLE Direction des Ressources humaines Jamel Ben Ammar Jamel.benammar@pasteur.tn Direction Financière et comptable Mahrez Kallel mahrez.kallel@pasteur.tn Direction de l’Approvisionnement Rym Soltani Rym.soltani@pasteur.tn Service du secrétariat permanent de la commission des marchés publics Raja Riahi Hamdi Raja.RiahiHamdi@pasteur.tn Sous-direction commerciale et promotion des activités Amel Abbouz Amel.abbouz@pasteur.tn Sous-direction audit interne Feten Ben Ali Feten.benali@pasteur.tn Service juridique Chadly Tayari Chadli.tayari@pasteur.tn Production de vaccins et sérums thérapeutiques SERVICE RESPONSABLE Direction de la Production Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.tn Service de production du vaccin et Immun BCG Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.tn Service de production des sérums thérapeutiques Sarra Ouahchi Sarra.ouahchi@pasteur.tn Service contrôle de qualité Sana Masmoudi Sana.masmoudi@pasteur.tn Unité de production des plasmas bruts Sana Bachraoui sana.bachraoui@pasteur.tn Service assurance quaité Leila Barbouche Leila.barbouche@pasteur.tn Unité de maintenance Production Hakim Ben Aissa Hakim.benaissa@pasteur.tn
  • 11. 10 Les chiffres clés de l’Institut Pasteur de Tunis en 2017 Effectif global : 501 Scientifiques : 129 Source : Bilan Social de l’Institut Pasteur de Tunis, 2017 Chiffres comprenant le personnel statutaire et contractuel Publications Types de publications de l’IPT 2017, Source Scopus Publications nationales et internationales indexées Administr atif; 66 Ingénieurrs /Technicie ns; 95 Paramédi caux; 105 ouvriers; 104 Scientifiq ues; 129 Médecins; 32 Biologistes; 59 Pharmacien s; 10 Vétérinaires ; 10 Enseignants chercheurs; 18 Nationales Internationales Total 2017 1 164 165 2016 1 153 153 2015 8 102 111 2014 3 111 114 2017 2016 2015 2014 2013 Nombre de publications 164 168 121 133 106 Nombre publications impactées 136 153 101 102 89 IF médian* 2.29 2.46 2.64 2.21 2.27
  • 12. 11 Publications 2017 par disciplines 2017 2016 2015 2014 2013 Article 103 104 109 102 99 Letter 50 34 - 3 - Review 6 8 - 3 - Autres 7 7 2 6 1 Mediane IF 2.29 2.59 2.64 2.1 1 2.27 96 103 92 104 103 3 3 11 34 50 0 3 4 8 5 0 3 1 2 6 0 50 100 150 2013 2014 2015 2016 2017 Article Letter Review Autres 32% 20%10% 9% 8% 4% 3% 3% 3% 2% 1% Biochemistry, Genetics and Molecular Biology Immunology and Microbiology Agricultural and Biological Sciences Neuroscience Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics Chemistry Chemical Engineering Engineering Computer Science Nursing
  • 13. 12 Evolution des citations et des publications de l’IPT IF median et publications de l’IPT 165 2359 0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 0 500 1000 1500 2000 2500 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 Nombredespublications Nombredeciattions Publications citations 26 17 14 15 26 18 21 28 37 33 44 45 70 61 71 72 76 96 90 102 102 2,296 0 20 40 60 80 100 120 0 0,5 1 1,5 2 2,5 3 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 Articlesimpactés IF Nbre A impactés IF médian
  • 14. 13 Projets de recherche Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Voir l’Annexe du rapport pour plus d’informations Etudiants Diplômes soutenus Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis 43 7 50 36 19 55 23 37 60 En cours Obtenus Total 2015 2016 2017 10 40 33 3 4 3 93 37 46 26 9 9 1 128 44 49 22 8 7 6 136 Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de médecine Thèses en médecine vétérinaire Thèses de pharmacie TOTAL 2015 2016 2017
  • 15. 14 Diplômes en cours/Nombre d’étudiants Source : Rapports des laboratoires et services et du Comité Formation et stages de l’Institut Pasteur de Tunis Evénements (organisation ou contribution à l’organisation) Analyses, tests et services réalisés Les analyses, tests et services sont réalisés par les laboratoires d’analyse de l’Institut. Les services sont réalisés majoritairement par les services communs, le service des vaccinations internationales et antirabiques, le service des consultants externes et certains laboratoires d’analyses. En 2017, l’IPT a réalisé 254 328 analyses, tests et services. Le chiffre d’affaire de l’activité des analyses, diagnostic et de sante publique, s’élève à 4 820 190 DT en 2017. Ce chiffre est en très légèr augmentation par rapport à l’année 2016 (4 690 870 DT) de près de 2,7% Source : Rapports des services diagnostic et de santé publique, de soutien technique et de la direction financière de l’Institut Pasteur de Tunis 158 53 27 4 3 4 249 177 55 22 4 1 3 262 144 28 3 0 1 3 176 Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de médecine Thèses en médecine vétérinaire Thèses de pharmacie TOTAL 2015 2016 2017 8 9 27 13 57 9 11 28 16 64 15 12 25 18 71 Manifestations scientifiques (colloque, congrès) Cours et ateliers pratiques Séminaires de formation(conférences, journées d'information) Culture scientifique et ouverture sur l'environnement TOTAL 2015 2016 2017
  • 16. 15 Nombre de doses vendues par l’unité de production de vaccins et sérums Produits issus de l’activité de production de vaccins et sérums thérapeutiques de l’Institut Pasteur de Tunis Les chiffres d’affaires globales de la vente de vaccins et sérums s’élève à 1 846 196 DT HT, alors qu’il s’élevait à 1 642 433 DT HT en 2016, soit une hausse de 12% Source : Rapports de la direction de la production de vaccins et sérums thérapeutiques Autres chiffres 4 brevets déposés 15 analyses et tests nouvellement introduits 77conférences données par la scientifiques de l’Institut Pasteur en Tunisie et à l’étranger 37 vacations et cours rémunérés 66 participations à des jurys pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 31 participations à des commissions nationales et internationales 135 communications orales ou affichées (dont 114 internationales) 100 formations continues (dont 22 à l’étranger) Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis 4429 1557 4020 59246 9727 69252 6226 2077 0 51276 11364 59579 7253 1761 7500 50438 11429 66952 Sérum antiscorpionique Sérum antivipérin Sérum antirabique Vaccin BCG Immun BCG TOTAL 2015 2016 2017
  • 17. 16 Structures de Recherche Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique ....... 17 Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections........................................ 24 Laboratoire d’Epidémiologie et de Microbiologie Vétérinaire ............................................................ 36 Laboratoire d’Epidémiologie Moléculaire et Pathologie Expérimentale Appliquée aux Maladies Infectieuses........................................................................................................................................ 55 Laboratoire de Génomique Biomédicale et Oncogénétique.............................................................. 72 Laboratoire de Parasitologie Médicale, Biotechnologies et Biomolécules ........................................ 85 Laboratoire d’Hématologie Moléculaire et Cellulaire ......................................................................... 94 Laboratoire de Venins et Biomolécules Thérapeutiques ................................................................. 100 Laboratoire de Bioinformatique, biomathématiques, biostatistiques ............................................... 116
  • 18. 17 Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique Composition de l’équipe Nom, Prénom Position Mardassi Helmi Biologiste Principal, chef du laboratoire Kallel Héla Biologiste Principal, chef de groupe Bahloul Chokri Biologiste Principal, chef de groupe Ben Abdelmoumen Mardassi Boutheina Biologiste Principale/Chef de l’Unité des Mycoplasmes Ben Younes Abdelhak Professeur en médecine Vétérinaire Znaidi Sadri Biologiste adjoint Ferjani Imène Biologiste adjoint Rourou Samia Biologiste adjoint Ayari Fakhfekh Emna Maître-assistante de l’enseignement supérieur Tombari Wafa Maître-assistante de l’enseignement supérieur Kaboudi Khaled Maître-assistant hospitalo-Universitaire Sghaier Sofien Médecin vétérinaire Ammi Radhia Médecin de la santé publique Sofiène Chaari Médecin Vétérinaire Mehdi Jmel Médecin Vétérinaire Amor Dridi Médecin Vétérinaire Sihem Sbai Médecin Vétérinaire Béhija Mlik Technienne supérieure surveillante Amina Alaya Technicienne supérieure Sami Majoul Technicien supérieur surveillant Ines Akrouti Technicienne supérieure Besma Mhenni Technicienne supérieure surveillante Saloua Ben Fredj Technicienne supérieure Maherzia Lahmar Ouvrière Lobna Belghuil Ouvrière Maher Bouraoui Ouvrier Houssem Mejri Ouvrier Ben Taleb Cyrine Etudiante en Thèse es Sciences Askri Hana Etudiante en Thèse es Sciences Boujemaa Safa Etudiante en Thèse es Sciences Chniba Imen Etudiante en Thèse es Sciences Nadia Rahali Etudiante en Thèse es Sciences Skhairia Med Amine Etudiante en Thèse es Sciences Gharbi Rym Etudiante en Thèse es Sciences Hadj Slimane Dhouha Etudiante en Thèse es Sciences Choucha Zeineb Etudiante en Thèse es Sciences Maha Ben Hamouda Etudiants en mastère de recherche Ramzi Garbaa Etudiants en mastère de recherche
  • 19. 18 Présentation du laboratoire Le Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique (MMVDB) est une nouvelle création. Son premier contrat programme est celui de 2011-2014. Quatre groupes de recherche se sont joints afin de constituer ce nouveau laboratoire: Groupe des Mycobactéries conduit par le Pr Helmi Mardassi Groupe des Mycoplasmes conduit par la Pr Boutheina Mardassi Groupe de Vaccinologie et veille sanitaire conduit par le Pr Chokri Bahloul Groupe de Développement Biotechnologique conduit par la Pr Héla Kallel Historiquement, le groupe des Mycobactéries évoluait dans le cadre de l’Unité de recherche « Typage et Génétique des Mycobactéries » créée en 2007, alors que le groupe des Mycoplasmes faisait partie intégrante du Laboratoire de Microbiologie Vétérinaire, crée depuis l’année 1998. Quant au groupe de vaccinologie et de veille sanitaire, il faisait partie du laboratoire d’Immunologie, Vaccinologie et Génétique Moléculaire (LIVGM), crée en 1998. Enfin, le groupe de Développement Biotechnologique existait comme unité de recherche indépendante. Le laboratoire a été évalué par le CNEARS en 2015 et sa reconduction a été recommandée par le comité d’évaluation pour un second mandat 2016-2019. Pour un démarrage, les résultats du MMVDB étaient jugés prometteurs. Thématiques essentielles de recherche A travers son groupe de microbiologie moléculaire, le MMVDB œuvre à la compréhension des mécanismes moléculaires qui régissent le succès, la virulence et l’antibiorésistance des bactéries. Il s’intéresse surtout à la tuberculose et aux mycoplasmoses. Une autre thématique récemment introduite au laboratoire vise à apporter une meilleure compréhension des traits de pathogénicité et virulence des champignons pathogènes, principalement des espèces Candida. Quant au 2ième groupe, vaccinologie et veille sanitaire, il s’intéresse à l’identification des pathologies virales dont les coûts de santé publique et socio-économiques sont importants et ce, par le développement de nouvelles approches diagnostiques. Enfin le groupe sur le développement biotechnologique vise le développement d’approches novatrices pour la culture de cellules de mammifères, de bactéries et de levures, et œuvre à développer de nouveaux vaccins, soit par approche classique, soit par génie génétique. Résumé des résultats et des activités réalisées en 2017 Groupe Microbiologie Moléculaire - Exploration de la diversité génétique d’isolats Tunisiens d’Ureaplasma spp. et étude de leur susceptibilité antibactérienne (Safa Boujemaa, Béhija Mlik, Amina Ben Allaya, Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi) Ureaplasma parvum (sérovars 1, 3, 6 et 14) et Ureaplasma urealyticum (sérovars 2, 4, 5 ,7-13) sont responsables d’infections urogénitales et d’infertilité. La prévalence des sérovars d’Ureaplasma circulants en Tunisie à été évaluée partir d’une collection de 1057 isolats de mycoplasmes urogénitaux obtenue entre 2005 et 2017. Ainsi, 101 (9.55 %) se sont révélés Ureaplasma spp., dont 84.2 % sont associés à des troubles de fertilité. Le séquençage de la région N-terminale du gène mba chez les 101 isolats a dévoilé la prédominance d’Ureaplasma parvum (72.28 %) avec un taux de 35 % pour le sérovar 3. Il a été noté que la totalité des souches d’Ureaplasma urealyticum sont associés à des troubles de fertilité. L’étude de la sensibilité des Ureaplasma spp. aux antibiotiques, par la méthode de microdilution en milieu liquide, a montré que 100% des souches sont sensibles à la doxycycline, la moxifloxacine et la josamycine, mais résistantes à la ciprofloxacine et l’érythromycine. Les taux de résistance des souches d’Ureaplasma urealyticum à l’ofloxacine et à la tétracycline sont significativement plus élevés que ceux des souches d’Ureaplasma parvum. En outre, la résistance à la lévofloxacine est spécifiquement associée à Ureaplasma urealyticum. En conclusion, un taux élevé de souches multirésistantes (37.62 %) a été noté, dont la majorité appartiennent à U. urealyticum suivi d’U. parvum sérovar 3. La résistance à la tétracycline a été révélé par l’amplification du déterminant tet(M), alors que les substitutions S80L et P446S respectivement révélées dans les gènes parC et parE sont sont associées à la résistance aux fluoroquinolones. La résistance des isolats d’Ureaplasma spp. aux macrolides serait due probablement aux substitutions A121S et T141I dans le gène de la protéine ribosomale L22. - Dynamique de Transmission et évolution du génotype LAM (Latin American Mediterranean) de Mycobacterium tuberculosis en Tunisie (Mohamed Amine Skhairia, Naira Dekhil, Besma Mhenni, et Helmi Mardassi)
  • 20. 19 En Tunisie le génotype LAM, majoritaire dans le bassin méditerranéen et la région de l’Amérique latine, est le génotype le plus prédominant (Mardassi et al., 2005 ; Namouchi et al., 2010; Dekhil et al, 2016). Par conséquent, il est impératif d’étudier sa dynamique de transmission ainsi que son évolution. Pour ce faire, nous avons sélectionné 145 isolats LAM ayant sévi dans la région de Bizerte (2001-2011) à partir de 291 souches cliniques de M. tuberculosis. Cette sélection, a été faite par la méthode PCR « LAM-spécifique », qui consiste en l’amplification d’une région spécifique de ce génotype correspondant à l’insertion d’un élément IS6110 (Marais et al., 2006). Une analyse basée sur le polymorphisme des loci génomiques VNTR est en cours de réalisation par la technique MIRU- VNTR 24, soit le format standardisé le plus discriminant (Supply et al., 2006). Cette démarche permettra alors de bien décrire l’évolution et l’expansion de ce génotype. - Identification, caractérisation génotypique, et séquençage génomique de novo d’isolats de mycobactéries non tuberculeuses isolés chez des patients suspects de tuberculose pulmonaire (Rym Gharbi, Besma Mhenni, Roland Brosch, et Helmi Mardassi) La nature des mycobactéries non tuberculeuses (MNT) isolées des patients suspects de tuberculose pulmonaire est totalement méconnue en Tunisie. Aussi nous avons caractérisé une collection de 30 isolats NTM, soit ~ 60% de l’ensemble d’isolats obtenu depuis 2011. Nous avons d’abord procédé par une caractérisation phénotypique, notamment la production de pigments et le taux de croissance. Les MNT peuvent être différenciées sur la base des tests biochimiques (niacine, nitrate réductase, uréase et l'activité catalytique. Hormis les tests décrits ci-dessus, nous avons réalisé une analyse MLST (Multi-Locus Sequence Typing), laquelle est basée sur l’analyse des séquences de 4 gènes de ménages, hsp65, ARNr 16S, rpoB, et sodA, permettant à la fois l'identification et le génotypage. Ce faisant, nous avons pu classer correctement la majorité des NTM (N= 27), à l’exception de 3 isolats, lesquels ont fait l’objet d’un séquençage génomique de novo. Celui-ci a été réalisé à la plateforme Génomique de l'Institut Pasteur et nous a fournit des « reads » PE de 2 x 107 pb en utilisant la technologie Illumina, HiSeq 2500. En collaborant avec l'équipe de Roland Brosch on a pu assembler le génome de ces 3 nouvelles espèces en utilisant le logiciel "Spades" et les mapper sur une référence plus ou moins proche pour pouvoir ordonner et orienter les contigs. Par la suite, on a procédé à l'annotation des scaffolds obtenus avec le programme Prokka. Nous nous sommes particulièrement focalisés sur l’analyse du génome de la souche 2388 car les données préliminaires révèlent des caractéristiques typiques de souches de l’environnement, bien qu’elle ait été isolée à partir du crachat d’une patiente suspecte de tuberculose pulmonaire. En effet, les résultats montrent qu'elle est reliée à M. vanbaalenii PYR1 et M.sp JLS avec une identité de similitude de 90 et 85% respectivement. Ces deux espèces sont isolées à partir du sol contaminé par des produits chimiques (le pétrole pour M. vanbaalenii PYR1) donc elle a une caractéristique spécifique comme la biodégradation des produits chimiques toxiques utiles pour la bioremédiation. En plus, L'annotation de la souche M2388 démontre aussi la présence d'un nombre assez important de systèmes de catabolisme de composés aromatiques. - La caractérisation moléculaire et phénotypique d’isolats cliniques de Candida albicans prélevés des voies respiratoires de patients atteints de mucoviscidose (Mayssa Gnaien, Sadri Znaidi): Dans un contexte inflammatoire, C. albicans prolifère plus efficacement; allant jusqu’à envahir par exemple le tractus respiratoire chez les patients atteints de fibrose kystique (CF, aussi appelée mucoviscidose) ou altérer l’équilibre de la flore intestinale dans le cas de la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique. En 2017, le MMVDB a établi un projet de collaboration avec des cliniciens de l’Hôpital d’Enfants de Tunis visant à mieux comprendre comment C. albicans arrive à s’installer de façon chronique au niveau du tractus respiratoire des patients CF. Une cohorte de patients a été recrutée et leur tractus respiratoire séquentiellement échantillonné pour isoler des souches colonisatrices du tractus respiratoire. Des approches de phénotypage et de typage moléculaire ont été initiées dans l’optique d’identifier des déterminants moléculaires permettant d’expliquer la chronicité du portage de C. albicans dans les voies respiratoires de ces patients. Ces approches vont être complémentées par des analyses du génome de ces souches et entrevoir des associations entre leur génotype et phénotype. Collectivement, les retombées d’un tel projet permettront d’entrevoir une meilleure prise en charge des patients CF, surtout que le portage chronique par C. albicans est associé à une sévérité accrue de la maladie. - Étude fonctionnelle de facteurs de transcription à doigts de zinc de la famille zinc cluster (ZCF) chez C. albicans (Yasmine Rebai, Sadri Znaidi). Afin de coloniser avec succès son hôte et/ou causer une infection, C. albicans active des programmes transcriptionnels complexes faisant intervenir une variété de régulateurs transcriptionnels. Parmi ces régulateurs, une famille de facteurs de transcription à
  • 21. 20 doigts de zinc que l’on retrouve exclusivement chez le règne fongique, appelée ZCFs (Zinc Cluster Transcription Factors), opèrent dans divers circuits biologiques importants pour l’expression des traits de pathogénicité et virulence de C. albicans. Les régulateurs ZCFs constituent une cible de choix pour le développement d’antifongiques. Nous avons entrepris des études d’analyse de leur structure/fonction afin de mieux comprendre leur rôle dans la capacité de C. albicans à interagir avec les tissus/cellules de l’hôte. Nous avons aussi initié des analyses d’amarrage in silico (docking) permettant de lancer des hypothèses sur leur « druggabilité » et identifier des molécules potentiellement inhibitrices de leur fonction. Groupe Vaccinologie - Epidémiologie moléculaire du virus de la Maladie Hémorragique du Lapin en Tunisie: La Maladie Hémorragique du Lapin (RHD) est une maladie virale aiguë très contagieuse, qui touche aussi bien les lapins domestiques que sauvages, dont l’issue est le plus souvent fatale. En collaboration avec l’IRVT (Institut des Recherches Vétérinaire de Tunisie) nous avons reçu plusieurs échantillons suspectés d’être infectés par la RHD. L’objectif de ce travail est la mise en évidence de la présence du génome du RHDV par RT-PCR et la caractérisation de la forme clinique, RHDVa (classique) ou RHDV2 (variante), qui circule à présent en Tunisie. Nous avons démontré que seule la forme variante RHDV2 semble être à présent l’unique en circulation chez le lapin en Tunisie. Vu que cette forme clinique est la plus dangereuse et la plus dévastatrice pour les élevages de lapin, il faut entreprendre une vaccination préventive extensive et exclusivement à base d’un vaccin qui dérive du RHDV2. En même temps, il faut continuer à faire régulièrement la caractérisation des variant qui circulent pour adapter au fur et à mesure le choix du vaccin à utiliser. - Mise en place d’une plateforme de diagnostic par PCR contre la Maladie de Carré et la parvorise canines: La Maladie de Carré (« Canine Distemper »), due à un paramyxovirus, est très contagieuse et elle est responsable de taux de mortalités très élevés chez les carnivores et plus particulièrement chez le chien. Très peu de travaux sur la maladie de carré ont été effectués en Tunisie. Nous avons procédé par l’alignement des séquences de différents varient de virus de la Maladie de Carré qui circulent chez le chien à travers le monde. Cela nous a permis de choisir différents primers dont les séquences sont très conservées et serviront pour la mise en place des techniques de diagnostic par RT-PCR contre la Maladie de Carré chez le chien. La parvovirose canine est une maladie très contagieuse qui touche plus particulièrement les jeunes chiots et elle est due au parvovirus canin de type 2. Actuellement dans le monde, ils circulent trois types antigéniques CPV 2a (asparagine N426), CPV 2b (acide aspartique D426) et CPV 2c (acide glutamique E426) circulent. En Tunisie, nous avons séquencé 50 isolats de CPV2 circulant dans le pays après amplifications spécifiques par PCR. Nous avons pu démontrer que les différents types antigéniques circulent dans le pays, y compris CPV 2c. Le type antigénique CPV 2b est légèrement plus abondant que les autres. Des analyses phylogénétiques ont montré que les isolats circulant en Tunisie, semble évoluer à l’intérieur du pays pour une période relativement longue avec des croisements entre les différents types antigéniques. En plus, les isolats circulants en Tunisie portent des mutations caractéristiques aussi bien sur le plan génotypique que phénotypique. En collaboration avec l’Ecole Nationale de Médecine Vétérinaire de Sidi Thabet (Prof Ahmed Chabchoub), nous avons reçu plusieurs échantillons de chiens atteints de gastroentérites, que nous allons confirmer leurs diagnostics par PCR (Parvovirose canine ou Maladie de Carré). Les variant des différents échantillons positifs seront caractérisés et des études phylogénétiques s’en suivront. - Mise au point de réactifs de diagnostic de la Rage par PCR en temps réel: Nous avons mis en route la technologie de PCR en temps réel contre la rage. Après l’alignement de séquences de différents varient du virus de la rage qui circule dans le La matrice ADN utilisée est soit le plasmide pCMV3ISS-GPV, qui code pour la glycoprotéine du virus rabique, soit du cDNA d’un extrait d’ARN total de cellules BHK-21, préalablement infectées in vitro avec la souche PV du virus rabique. Nous avons optimisé les conditions expérimentales pour la PCR en temps réel des différents échantillons à tester contre la rage. Nous avons aussi mis au point différentes techniques de nested et semi-nested PCR en temps réel contre la rage. Ces protocoles pourront servir pour le diagnostic de la rage dans différents prélèvements de terrain par PCR en temps réel. Ainsi, des dilutions du cDNA de cellules BHK infectées par le virus de la rage, jusqu’à 108, ont été testé par la technique de nested PCR. Les résultats démontrent que des quantités infiniment petites de matrices cDNA peuvent être détectées par cette technique.
  • 22. 21 Groupe Développement Biotechnologique - Amélioration du vaccin contre le virus de l’hépatite E à base d’adéno-virus associé (Héla Kallel, Khaled Trabelsi, Cyrine Ben Taleb) Les travaux initiés au laboratoire ont pour objectif de mettre au point un vaccin contre les infections du virus de l'hépatite E (HEV) en utilisant le virus adéno-associé (AAV) comme vecteur abritant le gène d’une forme tronquée de la protéine ORF2 de la capside du virus (aa102-660). Les AAV recombinants sont produits en utilisant la plateforme baculovirus/cellules d’insectes. Rappelons que jusqu’à ce jour, il existe un seul vaccin contre le virus de l’hépatite E, développé par les Chinois. Ce vaccin a obtenu son autorisation de mise sur le marché en Décembre 2011, il s’agit d’un vaccin sous forme de VLP adjuvé et injecté par voie intramusculaire. Dans le cadre des travaux de thèse de Mr Khaled Trabelsi, nous avons étudié différents sérotypes d’AAV (2, 5 & 6) et différentes voies d’administration des AAVr (voie intramusculaire et voie nasale). Les résultats obtenus ont montré que l’administration de l’AAV5r par voie nasale était la plus efficace en termes de production d’anticorps dirigés contre la protéine de la capside de l’HEV. Les travaux en cours réalisés dans le cadre de la thèse de Melle Cyrine Ben Taleb ont pour objectif de démontrer que les anticorps produits peuvent neutraliser le virus in vitro, pour cela la mise en place de ce test de séroneutralisation par culture cellulaire est en cours. Nous nous sommes aussi intéressés à l’amélioration du titre viral des AAVr produits par infection des cellules d’insectes Sf9, en testant différents additifs. La mise en place d’un test ELISA pour le titrage des anticorps dirigés contre la capside de l’HEV est également en cours. L’antigène qui sera utilisé pour le coating des plaques, a été produit sous forme de protéine de fusion à la GST chez E.coli puis purifié sur colonne d’affinité GSTTrapp. Développement d’un nouveau vaccin antirabique pour les chiens et le bétail, comme exemple de consolidation du management de l’innovation entre la Tunisie et l’Allemagne (Héla Kallel, Khaled Trabelsi, Mariem Ben Zakour, Volker Sandig (Probiogen, Allemagne) Ce projet a été démarré en Novembre 2016, il bénéficie d’un financement du Ministère de l’Enseignement Supérieur et la Recherche Scientifique Tunisien, dans le cadre de l’appel à projet de collaboration scientifique entre la Tunisie et l’Allemagne. Nous avons déjà évalué différentes lignées cellules obtenues à partir de cellules embryonnaires de canard (CR et CR.pIX) pour la production du virus rabique (souche PV-Paris/BHK-21) et sélectionnée la lignée cellulaire qui sera utilisée pour la mise au point du procédé de production en bioréacteur de laboratoire, de même les conditions d’infection optimales ont été définies en erlenmeyer. L’étude de l’effet de la densité cellulaire au moment de l’infection (10 6 cellules/ml, 2x10 6 cellules/ml et 4x10 6 cellules/ml) a montré que l’infection des cellules à 2x10 6 a aboutit au titre le plus élevé (5.6x10 8 UFF/ml). L’infection des cellules à une densité plus élevée au cours des cultures en mode fed-batch, n’a pas améliorée le titre viral d’une façon significative. Toutefois le mode fed-batch a permis de maintenir le titre viral à un niveau élevé au cours de la culture, permettant ainsi d’améliorer le rendement global du procédé. Les travaux en cours ont pour objectif de mettre en œuvre le procédé en bioréacteur de 7L et d’évaluer l’activité du candidat vaccin chez la souris. Amélioration du vaccin antirabique à usage humain (Héla Kallel, Khaled Trabelsi, Mariem Ben Zakour) Au sein de notre laboratoire nous avons déjà mis au point un procédé (upstream et downstream) pour la production d’un vaccin antirabique à usage humain par culture de cellules Vero sur micorsupports en bioréacteur agité. Pour améliorer la stabilité du vaccin et optimiser la lyophilisation du produit en termes d’humidité résiduelle et temps de dissolution, nous avons bénéficié d’un financement de la part du DMDI (Division of Microbiology & Infection Diseases, NIAID, NIH, USA). Pour cela, nous avons fournit l’antigène antirabique (virus inactivé) purifié à nos partenaires américains afin de définir une formulation de produit optimale. Actuellement l’étude de stabilité du produit à 2-8°C, 37°C et 45°C est en cours. Adaptation des cellules Vero à la culture en suspension et évaluation de leur permissivité au virus rabique (Samia Rourou, Mariem Ben Zakour, Héla Kallel) Les cellules Vero sont approuvées par les instances réglementaires internationales (EMEA, FDA) pour la production de différents vaccins virologiques à usage humain (rage, poliomyélite, grippe, etc.). L’adaptation de ces cellules à la culture en suspension aura plusieurs impacts positifs en termes de bioprocessing : scale up beaucoup plus facile, élimination de la trypsine du procédé, etc. Pour cela nous nous sommes intéressés à l’adaptation de ces cellules à la culture en suspension. Cet objectif a été atteint, un clone de cellules Vero se multipliant en suspension a été sélectionné (VeroS). Ce clone
  • 23. 22 a été également adapté à la culture dans le milieu IPT-AFM (milieu sans produit d’origine animale développé dans notre laboratoire). Le CD (cell division number) était de 2.1+0.7, la densité cellulaire maximale était de 2.2+0.9x10 6 cellules/ml, la vitesse spécifique moyenne de croissance était de 0.016+0.003 h -1 . Ces résultats sont comparables aux performances obtenues avec les cellules adhérentes cultivées dans les mêmes conditions. L’infection des cellules VeroS par la souche rabique LP-2061 a aboutit à un titre de 6x10 7 UFF/ml. Ces résultats sont très prometteurs, cependant il est impératif de tester la tumorogénécité des cellules adaptées à la suspension. Mise au point d’un vaccin multivalent contre le virus de la fièvre catarrhale ovine (Wafa Tombari, Ines Akrouti, Sofien Sghaier, Héla Kallel) Ce projet rentre dans le cadre de notre participation au projet européen PALE-Blu financé par la communauté Européenne dans le cadre de l’appel à propositions H2020. Dans ce projet nous allons participer au WP « développement de vaccin contre la fièvre catarrhale ovine “. Notre objectif est de mettre au point de vaccin multivalent contre les sérotypes 1, 4 & 8 du virus de la fièvre catarrhale ovine isolés en Tunisie. Le virus de la fièvre catarrhale ovine appartient du genre Orbivirus de la famille des Reoviridae, c’est un virus segmenté à ARN double brin, le génome code pour 10 protéines structurales et 4 protéines non structurales. La protéine VP2 est responsable de la synthèse des anticorps neutralisants chez l’hôte. Le projet consiste à étudier le clonage et l’expression d’un fragment de VP2 contenant les épitopes neutralisants de chaque sérotype chez la levure Pichia pastoris. En terme d’avancement du projet, la levure Pichia Pastoris a été transformée par le vecteur recombinant PICZA contenant le gène d’intérêt, plusieurs clones recombinants ont été sélectionnés, l’expression des fragments de la protéine VP2 des différents sérotypes a été évaluée par SDS-PAGE, toutefois nous sommes entrain de mettre au point des méthodes analytiques spécifiques à la protéine d’intérêt, en l’occurrence le Western blot et l’ELISA. Etude des propriétés vaccinales de la glycoprotéine rabique exprimée par la levure methylotrophe Pichia pastoris (Hana Askri, Ines Akrouti, Héla Kallel) Au cours de nos travaux antérieurs (Thèse de Mme Safa Ben Azoun), nous nous sommes intéressés à l’expression de la glycoprotéine dans un système d’expression eucaryote de type Pichia pastoris, afin d’évaluer son utilisation en tant que vaccin ou pour le serodiagnostic. Ainsi plusieurs facteurs ont été étudiés pour optimiser l’expression de la glycoprotéine rabique dans ce système. A titre d’exemple, nous citons, l’effet de biais de codon, la séquence signal, le dosage du gène d’intérêt, le promoteur et la co-expression de cinq protéines impliquées dans le repliement des protéines et le stress oxydatif. La stabilité des clones recombinants sélectionnés a été aussi étudiée dans différents conditions. L’ensemble des ces travaux nous a permis de sélectionner le clone recombinant gap1/P8, contenant une copie du gène de la RABV-G et 8 copies de la protéine disulfide isomérase 1 (PDI1), l’expression de la protéine d’intérêt est sous le contrôle du promoteur constitutif GAP. Il est important de souligner que la glycoprotéine rabique exprimée chez Pichia pastoris était fonctionnelle et reconnue par les anticorps neutralisants antirabiques, tel que démontré par le test RFFIT, ce qui a motivé le démarrage de ce projet ayant pour objectif global d’étudier les propriétés vaccinales de la glycoprotéine recombinante produite chez Pichia pastoris, dans un modèle animale qui est la souris. Le clone recombinant de Pichia pastoris exprimant la glycoprotéine du virus rabique que nous avons sélectionné (gap1/P8) a été mis en culture en bioréacteur de 5L, dans l’objectif de développer un procédé de culture de ce clone à haute densité cellulaire. La protéine obtenue lors des cultures réalisées en bioréacteur de 5L en milieu synthétique, était sous forme d’agrégats (taille de l’ordre de 180 KDa, tel que observé sur le gel polyacrilamide). La protéine obtenue sous cette forme n’était pas fonctionnelle tel que démontré par ELISA. Les chiffres clé du laboratoire en 2017 4 Conférences 7 Participations à des Jury 5 Participation à des Commissions Nationales et Internationales 5 Communications orales et affichées dans des congrès nationaux et 4 dans des congrès internationaux 4 Publications dans des revues internationales 2 Projets en cours 10 Diplômes soutenus 11 diplômes en cours
  • 24. 23 Liste des publications en 2017 Nadia Rahali, Soufien Sghaier, Rym Chaouch, Amira Zanati, Asma Zahaf, Yosr Zariat & Chokri Bahloul. Identification des variant de la Maladie Hémorragique du Lapin qui circulent en Tunisie. Bulletin d’Information Avicole et Cunicole. 59, Mai 2017, 13-16. Basso, V., Znaidi, S., Lagage, V., Cabral, V., Schoenherr, F., LeibundGut-Landmann, S., d’Enfert, C. et Bachellier-Bassi, S. (2017) The two-component response regulator Skn7 belongs to a network of transcription factors regulating morphogenesis in Candida albicans and independently limits morphogenesis-induced ROS accumulation. Mol. Microbiol. 106(1):157-182. Ben Azoun S, Kallel H (2017) Investigating the effect of carbon source on rabies virus glycoprotein production in Pichia pastoris by a transcriptomic approach. Microbiology Open, 6(4). doi: 10.1002/mbo3.489. Ben Azoun S, Ben Zakour M, Sghaier S, Kallel H (2017) Expression of rabies virus glycoprotein in the methylotrophic yeast Pichia pastoris. Biotechnology & Applied Biochemistry 64(1):50-61 Sassi H, Delvigne F, Kallel H, Fickers P (2017) pH and Not Cell Morphology Modulate pLIP2 Induction in the Dimorphic Yeast Yarrowia lipolytica. Current Microbiology 74(3):413-417 Projets de recherche en 2017 Titre du projet Investigate ur Principal Agence de financement/Program me Périod e Valeur du financeme nt (DT) de la partie tunisienne Collaboratio n interne Projet « TUNGER » Development of a novel and cost- effective rabies vaccine for dog livestock as an example to consolidate innovation management and technology transfer between a Tunisian research organization and a German private partner Héla Kallel Ministère de l’Enseignement Supérieur de la Recherche Scientifique 2016- 2018 25 000 DT/an - CIC «Maladies Transmissibles: Hist oire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement» Projet «Evaluation de l’intérêt potentiel du test HBHA-IGRA dans le diagnostic de la tuberculose ganglionnaire Helmi Mardassi Ministère de l’Enseignement Supérieur de la Recherche Scientifique 2015- 2018 420 000 DT Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiolo gie des Infections LR11IPT02
  • 25. 24 Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections Composition de l’équipe Nom et prénom Grade (1) BARBOUCHE Ridha (Chef de Laboratoire et Chef d’Equipe) Professeurs LOUZIR Hechmi BEN SALAH Afif (Chef d’Equipe) DELLAGI Koussay TRIKI Henda LAOUINI Dhafer (Chef d’Equipe) ZHIOUA Elyes BEN AHMED Malika BETTAIEB Jihène (Chef d’Equipe par intérim) Biologiste Principal. BEN MUSTAPHA Imen Maître de conférence Hospitalo-Universitaire ESSAFI Makram Biologiste CHOUIKHA Anissa Biologiste adjoint Ghawar Wissem Biologiste adjoint Kaouther Jaouadi Biologiste adjoint BEN ABDESSALEM Chaouki Maitre assistant GUERFALI Fatma Zahra Maitre assistant MEKKI Nejla Assistants Rym Ouni Doctorants Nourhene Agrebi Leila Ben Khemiss Khadija Bahrini Olfa Magherbi Rania Bouzeyen Rihab Yazidi Marwa Khedhiri Kaouther Ayouni Atri Chiraz Bali Aymen Ben Fadhel Oussama Ben Cheikh Ali Raja Rekik Tlili Aymen Barhoumi Walid Raies Afef Khouloud Zayoud Mastère Wiem Brahmi Nesrine Boughzala Jihène Maati Marzouki Soumaya Post-doc Bali Aymen Ingénieur Principal contractuel Ghouila Amel Biologiste Adjointe contractuelle Ben Dhifallah Imen Biologiste Sadok Chlif Ingénieur Général Wissem Zid Ingénieur Principal Contractuel Rihab Yazidi Ingénieur Principal Contractuel
  • 26. 25 Sana Chaabane Ingénieur Principal Contractuel Aicha Boukthir Techn. Sup. Major Nabil Belhaj Hmida Techn. Sup. Major Ben Yahia Ahlem Techn. Sup. Major Ben Hassouna Nabiha Techn. Sup. Major Mohamed Ali Snoussi Technicien sup Principal Sadraoui Amel Technicien sup Principal Hammami Walid Technicien sup Meddeb Zina Technicien sup Sadak Salem Technicien Sup Contractuel Mongi Dellagi Technicien Contractuel Hayet Mhenni Gestionnaire Contractuel Adel Gharbi Commis Administrateur Mezni Dhouha Secrétaire Administrative Contractuelle Présentation du laboratoire Le Laboratoire de Recherche LR11IPT02 « Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections (LTCII) » a fait suite en 2011 à l’ancien Laboratoire de Recherche LR00SP06 « Immunopathologie, Vaccinologie et Génétique Moléculaire (LIVGM) ». Les thématiques de recherche du Laboratoire restent centrées sur l’étude de la relation hôte- pathogène dans plusieurs modèles de pathologies infectieuses notamment les leishmanioses et la tuberculose mais aussi les hépatites virales et la grippe plus récemment. Depuis son premier mandat le contrat du LR11IPT02 a été intégré dans le contrat-programme institutionnel de l’Institut Pasteur de Tunis (IPT) avec le Ministère de l’Enseignement Supérieur et la Recherche Scientifique. La dernière évaluation externe par le Comité National d’Evaluation des Activités de Recherche (CNEAR) a eu lieu en 2016, a été extrêmement favorable et la reconduction pour la période 2016-2019 accordée. Les 3 équipes impliquées dans le Laboratoire ont continué leurs travaux de recherche sur leurs thématiques respectives et ont une production scientifique en progression continue et significative. La première équipe travaille sur l’épidémiologie, la surveillance et le contrôle des maladies infectieuses, la deuxième sur l’immunobiologie des leishmanioses et la troisième sur les situations dysimmunitaires et l’infection avec un intérêt particulier pour les mécanismes d’évasion, les déficits immunitaires innés et l’autoimmunité Thématiques essentielles de recherche L'équipe 1 contribue à l’amélioration des connaissances sur le profil épidémiologique de maladies transmissibles prioritaires en Tunisie notamment les leishmanioses et les hépatites par la réalisation d'études épidémiologiques afin de proposer des mesures de contrôle et de prévention efficaces et appropriées. De plus, elle participe au renforcement du système national de surveillance épidémiologique par le développement et la mise en place des systèmes d'alerte précoce pour la gestion des maladies transmissibles à potentiel épidémique telles que la grippe. L’équipe 2 s’intéresse à trois axes complémentaires essentiels pour la compréhension de la physiopathologie des leishmanioses à travers l’étude (i) de l’Immunité et corrélats de protection contre l’infection par Leishmania (L.), (ii) de l’interaction hôte-parasite par des approches génomiques, transcriptomiques, protéomiques, régulomiques et métabolomiques et (iii) de l’immunobiologie du phlébotome, vecteur de la leishmaniose. L’équipe 3 a pour objectif de mieux comprendre le rôle que joue l’interaction hôte-pathogène dans l’immunopathologie et l’expression clinique des maladies infectieuses et les manifestations dysimmunitaires qui y sont associées. Cette approche pourrait contribuer à un meilleur contrôle de ces maladies par le développement de stratégies d’intervention innovantes et plus adaptées en matière d’outils diagnostic, d’approches vaccinales et d’immunomodulation. Résumé des résultats et des activités réalisées en 2017 1 – 1ère équipe : Epidémiologie, Surveillance et Contrôle ( Chef d’équipe: Jihène BETTAIEB, MD, MCA en Médecine Préventive ; en intérim de Afif Ben Salah MD, Professeur en Médecine Préventive qui est actuellement en détachement à l’étranger) :
  • 27. 26 Les axes de recherche du groupe 1 s’articulent autour de l’Epidémiologie, la Surveillance et le Contrôle des maladies infectieuses qui posent un problème de santé publique en Tunisie. Ces recherches sont conduites dans une double optique : améliorer les connaissances sur le profil épidémiologique, les facteurs de risque et le mode de transmission de ces maladies et proposer par la suite des mesures de contrôle et de prévention ciblées et appropriées. La plupart de ces recherches font par ailleurs l’objet de coopérations scientifiques en s’intégrant à des projets de recherche régionaux, nationaux et/ou internationaux. Plus spécifiquement, l’équipe est engagée actuellement dans les activités de recherche suivantes: A- L’investigation clinique de l’infection par les virus des hépatites dans une région d’hyperendémicité relative pour l’hépatite C en Tunisie, la Région de Théla (Hinda Triki, Jihène Bettaieb et Collaborteurs) : Le travail a porté sur un échantillon de départ de 3233 individus, âgés de 5 à 75ans, tous membres de 935 familles. L’échantillon représente 10% de la population de Théla selon le recensement national de 2014. Les objectifs spécifiques de ce projet sont : 1. Etudier et documenter la prévalence exacte de l’infection par le VHC dans la population générale de Thala. 2. Identifier les facteurs de risque de contamination par le VHC et évaluer la part des contaminations qui leur était attribuable. 3. Etudier la co-infection par les autres virus des hépatites ou transmis par le sang notamment VHB, VHA et VHG. 4. Etudier les taux de réponse à la bithérapie (Interféron pégylé +Ribavirine) et rechercher les facteurs de non réponse. 5. Etudier les souches virales circulantes à la recherche du génotype et des mutations de résistance aux nouvelles molécules antivirales. Les 3 premiers objectifs sont déjà réalisés et la publication des résultats obtenus est en cours. B- La caractérisation des formes cliniques de leishmaniose cutanée due à des parasites Leishmania major et Killicki et l’incrimination des réservoirs et des vecteurs impliqués dans le cycle de transmission dans des foyers mixtes de leishmaniose cutanée (Wissem Ghawar, Jihène Bettaieb, Kaouther Jaouadi et Collaborateurs) : (Leishmania (L.) major et L. killicki (syn. tropica) dans le sud de la Tunisie (Tataouine). Plus précisément, ce projet de recherche vise à explorer le rôle de Ctenodactylus gundi et Phlebotomus sergenti, respectivement, comme hôte réservoir et vecteur de L. killicki potentiels et d'étudier l'épidémiologie et l’expression clinique des deux formes de la LC dans ce foyer. L’approbation du projet par le comité d’éthique Biomédicale de l’institut pasteur de Tunis a été obtenue courant 2017. Cette année a servi aussi pour préparer la logistique du travail sur le terrain en collaboration avec les autorités locales (la direction régionale de santé de Tataouine), la formation de l’équipe de terrain et lancer les commandes nécessaires pour le travail de laboratoire. L’année 2018 sera l’année du démarrage effectif du projet avec collecte des données sur le terrain (recrutement des patients, capture des rongeurs et des phlébotomes). C- Le renforcement du dispositif national de surveillance de la grippe saisonnière par le développement et la mise en place d’un système de surveillance électronique (Amine Slim, Rihab Yazidi, Wafa Aissi, Afif Ben Salah et Collaborateurs) : Cette activité se déroule en étroite collaboration avec la DSSB et entre dans le cadre d’un projet de recherche financé par le CDC d’Atlanta ayant démarré en 2014. Dans ce contexte une évaluation des performances de l’ancien système de surveillance a été conduite et a couvert la période 2012-2015. Cette évaluation a ciblé les indicateurs liés à la qualité des données, l'acceptabilité, la flexibilité, la représentativité, la simplicité, la stabilité, la réactivité et l'utilité du système. Les résultats ont révélé que les forces du système résidaient dans sa représentativité et sa flexibilité. Par contre la réactivité et l'acceptabilité du système ont été considérées comme modérées. Cependant, l'utilité, la stabilité et la simplicité ont besoin d'amélioration. Le score moyen global du système de surveillance de la grippe en Tunisie était de 3,2 ; ce qui indique une performance modérée. Cette évaluation a permis d’identifier les priorités pour l'amélioration du système de surveillance et a fourni des indicateurs de référence pour des futures évaluations. Par ailleurs, l’installation du nouveau système électronique de gestion des données de surveillance de la grippe (IMS : Information management System) est en cours de réalisation. La première itération a été déjà présentée aux différents acteurs impliqués dans la surveillance. L’application finale sera lancée fin 2018. Elle va relier tous les intervenants dans la surveillance de la grippe en Tunisie à travers une plateforme en ligne avec un recueil et gestion des
  • 28. 27 données épidémiologiques et virologiques de la surveillance en temps réel. Elle permettra aussi la génération des rapports. 2 – 2ème équipe : Immunobiologie des Leishmanioses (Chef d’équipe : Dhafer LAOUINI, PhD , Biologiste Principal) A- Exploration de la réponse immune cytotoxique dirigée contre le macrophage infecté par Leishmania major (Jihène Maati, Thouraya Boussoffara, Hechmi Louzir et collaborateurs). L’évaluation du rôle d’une éventuelle réponse immune cytotoxique au cours de la leishmaniose cutanée zoonotique (LCZ) nous a permis de mettre en évidence l’existence de cellules cytotoxiques activées au niveau des lésions de leishmaniose cutanée, mais aussi au niveau du sang des patients en phase active de maladie ou encore chez les individus ayant des antécédents de LCZ. Ces cellules montrent une activité cytotoxique objectivée par la production d’IFN-γ ainsi que le granzyme B, molécule des granules cytotoxiques. Ceci nous a amené à l’exploration de la voie de présentation des antigènes leishmaniens par les macrophages. Pour ceci nous avons analysé la réponse immune cytotoxique dirigée contre les macrophages infectés par le parasite Leishmania major et traités par différents inhibiteurs métaboliques (Brefeldine A, MG132, chloroquine et cytochalasine). Des cellules mononucléées du sang périphérique, prélevées chez des individus immuns (ayant des antécédents de LCZ), sont mise en co-cutlture avec les macrophages autologues pré-traités Nos résultats montrent que l’activation des cellules T cytotoxiques (CTL) est faite via les deux voies classiques du CMH, classe I et II. Les cellules TCD8+ et TCD4+ semblent être les deux acteurs de la réponse cytotoxique dirigée contre le macrophage humain infecté par L. major par la production de la granzyme B et de la granulysine qui coopèrent dans l’élimination du parasite. B- Identification de candidats vaccins contre la leishmaniose cutanée à partir des glandes salivaires de phlebotomus papatasi (Malika Ben Ahmed, Soumaya Marzouki, Hechmi Louzir et collaborateurs). Plusieurs données expérimentales montrent que l’exposition préalable des souris à la salive des phlébotomes est capable de conférer une immunité contre la leishmaniose transmise par une piqûre infectante ultérieure. Nos travaux réalisés chez l’Homme montrent que les protéines salivaires de Phlebotomus papatasi, vecteur de Leishmania major, activent principalement des lymphocytes T CD8 producteurs d’IL-10 et à un moindre degré des lymphocytes T CD4+ producteurs d’IFN-γ. La caractérisation des antigènes salivaires cibles de la réponse immune de type Th1 est d’un grand intérêt puisqu’elle pourrait définir des candidats vaccins potentiels contre la leishmaniose humaine. Vue la difficulté d’obtenir les formes recombinantes des protéines salivaires de P. papatasi, nous avons dans un travail précédent fractionné la salive de P. papatasi selon le poids moléculaires de ses protéines et montré que les protéines induisant l’activation des lymphocytes CD4+ de type Th1 appartiennent à la fraction> 30KDa. Afin de mieux identifier ces protéines, nous nous sommes proposé de tester une nouvelle approche mettant en jeu la transfection des cellules mononucléées humaines par des plasmides recombinants comportant les séquences des protéines ciblées. Les cellules mononucléées du sang périphériques (PBMC) ont été isolées à partir du sang de 10 donneurs volontaires naturellement exposés aux piqures de P. papatasi puis transfectées par les six plasmides d’intérêt (SP15, SP28, SP34, SP36, SP42 et SP44). L’ensemble des données obtenus chez les donneurs immuns montrent que seules les «yellow protéines» PpSP42 et PpSP44 et l’apyrase PpSP36 activent une réponse immune cellulaire de type Th1 et constituent ainsi des candidats vaccins potentiels. Parmi ces dernières, la PpSP44 semble donner les taux les plus élevés d’IFN-g et ce, chez le plus grand nombre de donneurs. Nous avons ainsi fait produire la forme recombinante de cette protéine que nous avons utilisé comme stimulant direct des PBMC d’autres donneurs issus de la même cohorte et sélectionnés comme précédemment sur la base de la présence d’une réponse immune cellulaire contre la salive de P. papatasi. Nos résultats montrent une prolifération significative ainsi qu’une forte induction d’IFN-γ sur les PBMC stimulés par la rPpSP44 confirmant l’activation par cette protéine d’une réponse immune cellulaire spécifique de type Th1. Ces données confortent l’hypothèse de l’utilisation de la protéine PpSP44 comme candidat vaccin potentiel contre la leishmaniose cutanée chez l’Homme. C- Exploration et validation du rôle de gènes de Leishmania dans la virulence parasitaire (Aymen Bali, Dhafer Laouini, Fatma Z Guerfali et collaborateurs). La survie du parasite Leishmania dans les cellules de l’hôte se fait, entre autres, grâce à l’expression différentielle de certains gènes de virulence qui jouent un rôle important dans la résistance aux activités antimicrobiennes du système immunitaire de l’hôte. L'analyse transcriptomique par la
  • 29. 28 technique de séquençage ARN à haut débit de souches Leishmania de virulence contrastée nous a permis de retenir plusieurs candidats montrant une expression contrastée entre plusieurs isolats. Un gène en particulier a retenu notre attention pour son implication dans la régulation de processus post- transcriptionnels clefs. Ce gène code pour une enzyme dont l’expression est fortement contrastée entre des parasites peu- et hyper-virulents. Cette activité trouve son importance chez Leishmania en particulier, à cause de l'absence d'un modèle de régulation transcriptionnelle classique chez ce parasite. Des parasites L. major transgéniques sur-exprimant ce gène ont été construits. L'exploration du rôle de ce gène dans un modèle d'infection in vitro et dans un modèle d'infection murin sont en cours. D- Etude omique de l’interaction hôte-pathogène (Chiraz Atri, Dhafer Laouini, Fatma Z Guerfali et collaborateurs). L’infection par L. major provoque des leishmanioses cutanées qui se traduisent par une forte inflammation. Ce parasite intracellulaire se multiplie principalement dans les macrophages. Nous avons exploré l’effet de l’infection leishmanienne sur la réponse immune des différentes populations macrophagiques humaines afin d’identifier de nouvelles molécules et voies fonctionnelles susceptibles d’être utilisées dans la lutte contre cette infection. Une analyse hybride du profil transcriptionnel des micro-ARNs et des m-ARNs des macrophages humains purifiés puis infectés par L. major a été réalisée et a permis d’identifier des principales voies et fonctions dérégulées. Nos données suggèrent que les voies identifiées peuvent influencer l’inflammation durant le processus infectieux. Une étude approfondie de certaines voies a permis de caractériser une famille de gènes impliqués dans les voies apoptotiques et régulatrices de fonctions annexes lors de l’infection par L. major. Deux gènes de cette famille sont actuellement explorés par la technique d’invalidation (silencing). L'effet de cette invalidation sur l'évolution du processus infectieux est analysé en aval, en corrélation avec l'expression de cytokines clefs pro- et anti-inflammatoires classiquement activées par l'infection leishmanienne. E- Analyse de l’effet des glandes salivaires de phlebotomus papatasi lors d’infection naturelle des souris BALB/c par le parasite Leishmania major (Malek Trimeche, Thouraya Boussoffara, Hechmi Louzir, Elyès Zhioua et collaborateurs). Dans le cadre d’une collaboration avec l’Unité d’Ecologie des Systèmes Vectoriels, Institut Pasteur de Tunis, nous nous sommes proposés d’évaluer l’effet des glandes salivaire de différentes générations de Phlebotomus (Ph.) papatasi, vecteur responsable de la transmission du parasite L. major sur le développement de la maladie. Nous avons d’abord optimisé les conditions pour la mise en place d’un système d’infection naturelle. Brièvement, des phlébotomes nourris sur du sang de lapin mélangé avec des promastigotes ou amastigotes de L. major à différentes concentrations, sont mis en contact avec des souris BALB/c, dans des conditions mimant celle de piqûre par le phlébotome dans la nature (température, humidité et luminosité). Un suivi du développement de lésion de leishmaniose cutanée est effectué. Ce système sera utilisé par la suite pour l’infection des souris BALB/c immunisées par les glandes salivaires de différentes générations de Ph. papatasi dans des conditions mimant l’infection naturelle. 3- 3ème équipe : Dysimmunité et Infection (Chef d’équipe : Mohamed Ridha BARBOUCHE, MD/PhD, Professeur en Immunologie) A- Etude de situations dysimmunitaires par échappement et modulation des réponses immunes, induites par les mycobactéries (Makram Essafi et collaborateurs; Chaouki Benabdessalem et collaborateurs) 1- Evaluation de l'effet de l'activation de FOXO3 sur l'efficacité du BCG (M. Essafi et coll.): Nous avons déjà démontré que l'apoptose des macrophages humains infectés par le BCG est assurée par le facteur FOXO3. Actuellement, le groupe collabore avec des chercheurs Indiens (Projet de recherche Tuniso-Indien financé par le MES) afin d'évaluer l'effet de l'activation de FOXO3 (utilisant un inhibiteur d'Akt) sur l'efficacité du BCG dans un modèle animal. Des résultats préliminaires sont rassurants quant à l'induction d'une réponse Th1 lorsqu'on active FOXO3 au cours de la vaccination par le BCG. Le groupe a aussi démontré que FOXO3 est un suppresseur de l'IL-10 dans les macrophages infectés par le BCG. Ces résultats ouvrent la voie vers une approche potentielle d’immunothérapie de la tuberculose, notamment pour traiter les formes MDR et XDR. Le groupe essaye de monter un consortium international afin d'entamer une étude clinique au cours de laquelle
  • 30. 29 les patients tuberculeux recevront, en plus des antibiotiques usuels, des activateurs de FOXO3 qui devraient booster leur réponse immune. 2- Etude des mécanismes, utilisés par l'agent de la tuberculose humaine, Mycobacterium tuberculosis, afin de détourner la réponse immune de l'hôte (M. Essafi et coll.): l’équipe a démontré que le facteur de virulence ESAT-6 régule à la fois la différenciation et la polarisation des macrophages humains afin d'installer une infection chronique. 3- Exploration de la réponse immune dirigée contre les antigènes de latence/réactivation de Mtb en vue d’identifier des biomarqueurs de discrimination de l’état de l’infection et de prédire la progression vers la tuberculose active (Chaouki Benabdessalem et coll.): Nous avons décrit que l’antigène de réactivation Rv0140 induit un niveau élevé de Granzyme B principalement par les PBMCs dérivées d’individus infectés de façon latente (LTBI). Nos résultats montrent, qu’en réponse à Rv0140, Granzyme B a permis une meilleure discrimination entre LTBI et TB active par rapport à IFNg. De ce fait granzyme B en réponse à Rv0140 peut être proposé comme un biomarqueur discriminatif de l'infection. 4- PPM un nouveau candidat pour le développement d’un vaccin de post-infection afin de prévenir la progression vers la tuberculose active (Chaouki Benabdessalem et coll.): Nous avons identifié un nouveau immunogène de Mtb que nous avons désigné PPM, les résultats préliminaires montrent pour la première fois que PPM est immunogène (brevet d’invention en cours de rédaction) et que cet antigène induit des réponses spécifiques corrélant probablement avec la protection contre la réactivation de Mtb. L’abstract intitulé « Towards preventing progression to active tuberculosis : PPM, a new candidate for vaccine development» a été sélectionné pour la session « Poster discussion » au cours du 5th Global forum on TB vaccine qui s’est déroulé à New Delhi du 20-23 Février 2018. B- Etude des dysfonctionnements du système immunitaire liés à une susceptibilité génétique de l’hôte aux infections, dans des modèles à déterminisme monogénique ou multigénique (Mohamed-Ridha Barbouche, Imen Ben Mustapha, Meriem Ben Ali, Najla Mekki et collaborateurs): 1- Les déficits immunitaires primitifs (DIPs) qui sont causés par des défauts monogéniques prédisposant les patients aux infections, à l'auto-immunité, à l'allergie et aux lymphoproliférations. Leur étude est particulièrement pertinente dans les populations du Moyen-Orient et de l'Afrique du Nord qui sont uniques en ce qui concerne la forte prévalence de la consanguinité qui est associée à une fréquence accrue des formes autosomiques récessives. C’est dans ce cadre que nous avons mené une étude immunogénétique chez 170 patients atteints de DIPs appartenant à 124 familles consanguines. Un spectre de 25 gènes a été analysé (Front Immunol. 2017). Nous avons montré que les formes AR sont clairement les plus fréquentes comparées aux formes liées à l’ X ou autosomique dominante. De plus, l'étude de familles consanguines informatives a permis l'identification d'un nouveau syndrome hyper-IgE lié aux mutations de la phosphoglucomutase 3 (PGM3). Nous avons également rapporté une nouvelle forme de syndrome lymphoprolifératif avec auto-immunité causée par des mutations homozygotes de FAS associées à une expression protéique normale ou résiduelle. Ceci a permis de proposer une nouvelle classification de l’ALPS (J Leukoc Biol. 2018 Mar). Ces résultats démontrent clairement que la présence d'une large zone d’homozygotie permet de révéler des modèles inhabituels d'hérédité. Nous avons pu également identifier des mécanismes mutationnels très rares de FAS impliquant le site de branchement ou le site exonique de splicing et nous avons proposé des mécanismes qui pourraient expliquer les défauts d'épissage de l’exon 6 de FAS qui sous- tendent l’ALPS associé à l’absence d'expression de la protéine (Clinical Immunology 2017). Enfin, nous avons identifié plusieurs effets fondateurs pour des mutations AR spécifiques ce qui facilitera la mise en œuvre d'approches préventives grâce au conseil génétique. Ces résultats mettent en évidence la spécificité des populations fortement consanguines. De plus, un diagnostic moléculaire précis et un conseil génétique approprié aideront à modérer les coûts associés aux DIP pour la communauté. 2- Concernant l’exploration des patients ayant une susceptibilité élective aux infections fongiques, l’étude moléculaire de deux nouveaux patients ayant une maladie dermatophytique a permis d’identifier deux nouvelles mutations D43N et K179E au niveau du gène CARD9. Ces deux mutations sont délétères selon les logiciels de prédictions, es deux résidus sont conservés dans les
  • 31. 30 espèces et l’éventualité d’un polymorphisme du deuxième variant a été éliminée après séquençage de l’ADN de 50 sujets sains de la population Tunisienne. 3- De façon intéressante, l’étude moléculaire de patients ayant un déficit d’expression des molécules HLA de classe II et chez qui la mutation fondatrice (c.338-25_338del26) n‘a pas été retrouvée, nous a permis d’identifier un nouveau variant (c.912+5G>A) au niveau de l’intron 6 qui correspond à un site de splice (donneur). Ce variant a été retrouvé chez 3 patients issus de 3 familles consanguines apparemment non apparentées mais originaires toutes de Kasserine. Ce variant n’a pas été retrouvé chez 50 témoins tunisiens ce qui exclut la possibilité d’un polymorphisme. L’étude de la ségrégation familiale chez une famille a confirmé une transmission autosomique récessive de cette nouvelle mutation pouvant etre d’intérêt pour le conseil génétique. 4- Nous avons aussi complété notre travail sur le déficit en PGM3 avec syndrome hyper-IgE que nous avons découvert chez des patients tunisiens. La confirmation de l'effet fondateur de la mutation Glu340del du gène PGM3 que nous avons retrouvé chez 12 patients appartenant à trois familles apparemment non apparentés mais originaires toutes de la région de Kasserine a facilité l’établissement d’une approche préventive par le conseil génétique et le diagnostic prénatal (Molecular Immunology 2017). Par ailleurs, les patients PGM3 déficients se caractérisent par la présence de signes cliniques compatibles avec les patients ayant la forme autosomique dominante dûe à des mutations du gène STAT3. Ceci suggère qu’il existerait un lien entre un défaut de glycosylation de protéines impliquées dans la voie de signalisation STAT3 et le déficit observé. L'étude fonctionnelle de la voie de signalisation IL6-gp130-STAT3 chez les patients PGM3 déficients a montré que le défaut de glycosylation chez les patients PGM3 déficients est responsable de l'anomalie de signalisation IL- 6, qui est clairement gp130-dépendante ce qui induit l'altération de la phosphorylation de STAT3. Cela pourrait expliquer en partie le chevauchement des signes cliniques entre le déficit en PGM3 et la forme autosomique dominante par déficit en STA3. Nos résultats sont appuyés par l'identification très récente du premier patient déficient en gp130 qui présente les caractéristiques cliniques de l'AD-HIES en plus des anomalies squelettiques (Schwerd et al., 2017). Ces résultats ont été soumis et sont en révision dans "Journal of Allergy and Clinical Immunology". 5- Enfin, nous avons poursuivi l’étude du modèle de susceptibilité multigénique de l’hôte à la BCG- thérapie dans le cancer superficiel de la vessie afin d’identifier d’éventuels marqueurs immunologiques prédictifs de la réponse à ce traitement. Nous avons ainsi étudié plusieurs profils cytokiniques induits suiteà la BCG-thérapie. Le problème majeur des tumeurs vésicales superficielles est d'apprécier leur potentiel agressif, c'est-à-dire leur risque de progression en stade et/ou en grade, afin d'adapter le traitement. Malgré le succès actuel de la BCG thérapie dans le cancer superficiel de la vessie, le taux d'échec reste assez importante (40% des cas). Dans 10 à 15% des cas, les tumeurs récidivantes progressent et infiltrent le muscle ce qui engage le pronostic vital du patient. Ainsi, il existe un besoin croissant d'identifier des marqueurs immunologiques prédictifs de la réponse ou non réponse à la BCG thérapie. Nous avons évalué par PCR en temps réel le profil d'expression de l’INF- γ, du RoRγt, de l'IL-17,de l’IL10 et du facteur de transcription Foxp3. Nous avons pu démontrer que le traitement du cancer superficiel de la vessie par BCG thérapie, oriente le profil cytokinique vers une réponse de type TH1. En effet, on note une augmentation de l'INFg chez la majorité des patients. On observe également une diminution de la réponse TH2 caractérisée par une baisse de l'IL-10. C- Etude des altérations immunologiques associées au stress infectieux et pouvant contribuer à la rupture de la tolérance au soi dans des pathologies auto-immunes (Melika Ben Ahmed et collaborateurs, Mariem Belghith et collaborateurs): 1- Identifier les anomalies sous-jacentes au défaut observé dans les réponses lymphocytaires au TGF-b qui joue un rôle clé dans le maintien de la tolérance au cours du lupus : Les travaux réalisés ces dernières années ont permis de mettre en évidence un défaut de signalisation du TGF-b dans les lymphocytes T des sujets atteints de lupus en phase active de la maladie. Ce défaut semble se localiser en aval de la translocation de Smad3. Dans le but d’identifier les facteurs responsables de ce défaut, nous avons testé l’implication de l’axe Ahr/IL22 dont l’activation par divers facteurs environnementaux au cours des phases actives de la maladie a été bien démontrée. Nos résultats montrent que la transcription de l’IL-22 est significativement augmentée dans les lymphocytes T des patients lupiques en activité par rapport à celle retrouvée chez patients en rémission et les contrôles sains. De façon intéressante, cette augmentation est significativement associée au défaut de la
  • 32. 31 signalisation du TGF-b. Nos résultats suggèrent ainsi l’implication de l’axe Ahr/IL-22 dans le défaut de la signalisation du TGF-b et permettent ainsi de faire le lien entre les facteurs environnementaux tels que les infections et les UV et la rupture de la tolérance au cours du lupus. L’ensemble de ces résultats ont fait l’objet d’un article scientifique paru dans le journal (Cytokine 2018). 2- Implication de l’axe Ahr/IL22 au cours de la sclérose en plaques (SEP) : L’axe Ahr/IL-22 semble également impliqué au cours d’une autre maladie auto-immune, la SEP. En effet, des modèles expérimentaux indiquent que l’ITE, ligand non toxique de l’AhR, protège contre la SEP en induisant une expansion des lymphocytes T régulateurs chez la souris. Nos travaux récents indiquent que, chez l’homme, l’ITE est capable de potentialiser la génération de novo des lymphocytes T régulateurs suggérant la possibilité de son utilisation dans le traitement de la SEP. Ces résultats ont fait l’objet d’un article scientifique soumis à Journal of Leukocyte Biology. 3- Recherche d’un biomarqueur discriminatif entre SEP et Neuro-Behçet (NB) en début d’évolution de la maladie : Les neurologues sont souvent confrontés à un problème de diagnostic différentiel entre les patients SEP et les patients ayant d’autres maladies systémiques, essentiellement lors des premiers stades de la maladie, dont la première manifestation clinique est neurologique comme le NB. Nous avons montré par RT/PCR quantitative que l’expression de T-bet (facteur de transcription des TH1) est significativement plus élevée dans le sang des NB comparativement aux SEP et contrôles alors que l’expression de l’IFN-γ dans les PBMCs ainsi que dans le LCR est élevée chez SEP et NB. Concernant l’IL-17, nous avons noté une diminution de la population Th17 dans la périphérie des patients SEP. Dans le LCR, l’expression de IL-17a est significativement plus élevée chez les SEP et NB versus contrôles. De façon intéressante, l’IL-10 est significativement plus élevée dans le LCR des NB comparé au groupe et aux contrôles. Nous avons ainsi démontré, lors de cette étude comparative, que l’IL-10 dans le LCR est un facteur discriminatif entre les sujets SEP et NB. Cette cytokine anti- inflammatoire ne semble pas être secrétée par les cellules régulatrices car il n’existe aucune corrélation entre l’IL-10 et foxp3. Ces résultats ont fait l’objet d’une publication (Cytokine 2018). 1 - Epidémiologie, Surveillance et Contrôle des maladies infectieuses incluant : a- Les systèmes de surveillance épidémiologique. b- La recherche clinique pour le développement de médicaments anti-leishmaniens et de tests de diagnostic rapide. c- L’épidémiologie moléculaire des parasites Leishmania major: effet du temps et de la répartition géographique sur le profil génétique des leishmanies. d- La modélisation spatiale de la dynamique des rongeurs (réservoir de leishmanies) et son impact sur l’émergence de la maladie. 2 - Immunobiologie des Leishmanioses incluant: a- L’identification de peptides de protéines secrétées/excrétées de L. major induisant une production de granzyme. b- L’étude de protéines immuno-dominantes de Phlebotomus papatasi comme marqueur d’exposition aux piqûres du vecteur . c- La micro-hétérogénéité de Leishmania major dans les foyers émergeants de la leishmaniose cutanée zoonotique. d- La comparaison génomique d’isolats de L. major induisant une expression clinique contrastée de la leishmaniose cutanée humaine. 3 - Dysimmunité et Infection incluant: a- L’étude de situations dysimmunitaires par échappement et modulation des réponses immunes, induites par les mycobactéries. b- L’étude des dysfonctionnements du système immunitaire liés à une susceptibilité génétique de l’hôte aux infections, dans des modèles à déterminisme monogénique ou multigénique. c- L’étude des altérations immunologiques associées au stress infectieux et pouvant contribuer à la rupture de la tolérance au soi dans des pathologies auto-immunes. Les chiffres clé du laboratoire en 2017 23 Conférences 12 Participations à des Jury 4 Participation à des Commissions Nationales et Internationales
  • 33. 32 36 Communications orales et affichées dans des congrès nationaux et 4 dans des congrès internationaux 30 Publications dans des revues internationales 6 Projets en cours 10 Diplômes soutenus 22 Diplômes en cours Liste des publications en 2017 1 . Autoimmune lymphoproliferative syndrome caused by homozygous FAS mutations with normal or residual protein expression. Agrebi N, Sfaihi Ben-Mansour L, Medhaffar M, Hadiji S, Fedhila F, Ben-Ali M, Mekki N, Hachicha M, Barsaoui S, Barbouche MR, Ben-Mustapha I. J Allergy Clin Immunol.2017Jul;140(1):298301.e3.doi:10.1016/j.jaci.2016.11.033. Epub 2017 Jan 10. No abstract available. IF=13,081. 2. Homozygous transcription factor 3 gene (TCF3) mutation is associated with severe hypogammaglobulinemia and B-cell acute lymphoblastic leukemia. Ben-Ali M, Yang J, Chan KW, Ben- Mustapha I, Mekki N, Benabdesselem C,Mellouli F, Bejaoui M, Yang W, Aissaoui L, Lau YL, Barbouche MR. J Allergy Clin Immunol. 2017 Oct;140(4):1191-1194.e4. doi: 10.1016/j.jaci.2017.04.037. Epub 2017 May 19. IF=13,081. 3 . Lessons from Genetic Studies of Primary Immunodeficiencies in a Highly Consanguineous Population. Barbouche MR, Mekki N, Ben-Ali M, Ben-Mustapha I. Front Immunol. 2017 Jun 27;8:737. doi: 10.3389/fimmu.2017.00737. eCollection 2017. Review. IF=6,429. 4. Patients with Primary Immunodeficiencies Are a Reservoir of Poliovirus and a Risk to Polio Eradication. Aghamohammadi A, Abolhassani H, Kutukculer N, Wassilak SG, Pallansch MA, Kluglein S, Quinn J, Sutter RW, Wang X, Sanal O, Latysheva T, Ikinciogullari A, Bernatowska E, Tuzankina IA, Costa-Carvalho BT, Franco JL, Somech R, Karakoc-Aydiner E, Singh S, Bezrodnik L, Espinosa- Rosales FJ, Shcherbina A, Lau YL, Nonoyama S, Modell F, Modell V; JMF Centers Network Investigators and Study Collaborators, Barbouche MR, McKinlay MA. Front Immunol. 2017 Jun 13;8:685. doi: 10.3389/fimmu.2017.00685. eCollection 2017. IF=6,429. 5. Tlili A, Marzouki S, Chabaane E, Abdeladhim M, Kammoun-Rebai W, Sakkouhi R, Belhadj Hmida N, Oliveira F, Kamhawi S, Louzir H, Valenzuela JG, Ben Ahmed M. 2017. Phlebotomus papatasi yellow-related and apyrase salivary proteins are candidates for vaccination against human cutaneous leishmaniasis. J Invest Dermatol. doi: 10.1016/j.jid.2017.09.043. IF= 6,287. 6. Mohamed Ridha Barbouche, Qubo Chen, Marco Carbone, Imen Ben-Mustapha, Zakera Shums, Mehdi Trifa, Federica Malinverno, Francesca Bernuzzi, Haiyan Zhang, Nourhen Agrebi, Gary Norman, Christopher Chang, M. Eric Gershwin, Pietro Invernizzi. Comprehensive review of autoantibodies in patients with hyper-IgM syndrome. Cellular and molecular immunology (In Press). IF=5,897. 7. Ben-Mustapha I, Agrebi N. And M.-R. Barbouche. Novel insights into FAS defects underlying Autoimmune Lymphoproliferative Syndrome revealed by studies in consanguineous patients. Journal of Leukocyte Biology 2017 Dec DOI 10.1002/JLB.5MR0817-332R. IF=4,018. 8. Ghawar, W., Pascalis, H., Bettaieb, J., Mélade, J., Gharbi, A., Snoussi, M.A., Laouini, D., Goodman, S.M., Salah, A.B. and Dellagi, K. Insight into the global evolution of Rodentia associated Morbilli- related paramyxoviruses. Scientific Reports, 2017. IF=4,259. 9. Jaouadi, K., Bettaieb, J., Bennour, A., Salem, S., Rjeibi, M.R., Chaabane, S., Yazidi, R., Khabouchi, N., Gharbi, A. and Salah, A.B. First Report on Natural Infection of Phlebotomus sergenti with Leishmania tropica in a Classical Focus of Leishmania major in Tunisia. The American journal of tropical medicine and hygiene, 2017. IF =2,549.
  • 34. 33 10. Beldi, N., Mansouri, R., Bettaieb, J., Yaacoub, A., Souguir Omrani, H., Saadi Ben Aoun, Y., Saadni, F., Guizani, I. and Guerbouj, S. Molecular Characterization of Leishmania Parasites in Giemsa-Stained Slides from Cases of Human Cutaneous and Visceral Leishmaniasis, Eastern Algeria. Vector-Borne and Zoonotic Diseases, 2017. IF =2,045. 11. Detection of ESAT-6 by a Label Free Miniature Immuno-Electrochemical Biosensor as a Diagnostic Tool for Tuberculosis" Mohamed fethi Diouani, Oussama Ouerghi, Amira Refai, Kamel Belgacem, Chker Tlili, Dhafer Laouini and Makram Essafi. Mater Sci Eng C Mater Biol Appl. 2017 May 1;74:465-470 IF = 4,164. 12. Allium Roseum L. Extract Exerts Potent Suppressive Activities on Chronic Myeloid Leukemia K562 Cell Viability Through the Inhibition of BCR-ABL, PI3K/Akt, and ERK1/2 Pathways and the Abrogation of VEGF Secretion. Souid S, Najjaa H, Riahi-Chebbi I, Haoues M, Neffati M, Arnault I, Auger J, Karoui H, Essafi M, Essafi-Benkhadir K. Nutr Cancer. 2017 Jan;69(1):117-130. IF= 2,44. 13. Lebetin, a snake venom disintegrin, suppresses human colon cancer cells proliferation and tumor- induced angiogenesis through cell cycle arrest, apoptosis induction and inhibition of VEGF expression. Zakraoui O, Marcinkiewicz C, Aloui Z, Othman H, Grépin R, Haoues M, Essafi M, Srairi-Abid N, Gasmi A, Karoui H, Pagès G, Essafi M, Benkhadir K. Mol Carcinog. 2017 Jan;56(1):18-35. IF = 4,185. 14. Rare splicing defects of FAS underly severe recessive autoimmune lymphoproliferative syndrome. Agrebi N, Ben-Mustapha I, Matoussi N, Dhouib N, Ben-Ali M, Mekki N, Ben-Ahmed M, Larguèche B, Ben Becher S, Béjaoui M, Barbouche MR. Clin Immunol. 2017 Oct;183:17-23. doi: 10.1016/j.clim.2017.06.009. Epub 2017 Jun 29. IF =3,990. 15. A founder mutation underlies a severe form of phosphoglutamase 3 (PGM3) deficiency in Tunisian patients. Ben-Khemis L, Mekki N, Ben-Mustapha I, Rouault K, Mellouli F, Khemiri M, Bejaoui M, Essaddam L, Ben-Becher S, Boughamoura L, Hassayoun S, Ben-Ali M, Barbouche MR. Mol Immunol. 2017 Oct;90:57-63. doi: 10.1016/j.molimm.2017.06.248. Epub 2017 Jul 10. IF=3,236. 16. Luk Adw, Lee Pp, Mao H, Chan Kw, Chen Xy, Chen Tx, He Jx, Kechout N, Suri D, Tao Yb, Xu Yb, Jiang Lp, Liew Wk, Jirapongsananuruk O, Daengsuwan T, Gupta A, Singh S, Rawat A, Abdul Latiff Ah, Lee Acw, Shek Lp, Nguyen Tva, Chin Tj, Chien Yh, Latiff Za, Le Tmh, Le Nnq, Lee Bw, Li Q, Raj D, Barbouche Mr, Thong Mk, Ang Mcd, Wang Xc, Xu Cg, Yu Hg, Yu Hh, Lee Tl, Yau Fys, Wong Wh, Tu W, Yang W, Chong Pcy, Ho Mhk, Lau Yl. Family History of Early Infant Death Correlates with Earlier Age at Diagnosis But Not Shorter Time to Diagnosis for Severe Combined Immunodeficiency. Front Immunol. 2017 Jul 12;8: Article 808. IF=6,429. 17. Marzouki S, Bini Dhouib I, Benabdessalem C, Rekik R, Doghri R, Maroueni A, Bellasfar Z, Fazaa S, Bettaieb J, Barbouche Mr, Ben Ahmed M. Specific immune responses in mice following subchronic exposure to acetamiprid. Life Sci. 2017 Nov 1;188:10-16. IF =2,936 18. Staphylococcal scalded skin syndrome: An uncommon symptomatology revealing an immune deficiency. Ajmi H, Jemmali N, Mabrouk S, Hassayoun S, Ben-Ali M, Barbouche MR, Mokni M, Abroug S.Arch Pediatr. 2017 Dec 13. pii: S0929-693X(17)30465-7. doi: 10.1016/j.arcped.2017.11.008. IF=0,372. 19. Ben Ayed S, Ali MB, Bali A, Gargouri Y, Laouini D, Ben Ali Y. 2017. Secretory lipase from the human pathogen Leishmania major: Heterologous expression in the yeast Pichia pastoris and biochemical characterization. Biochimie. doi: 10.1016/j.biochi.2017.12.002. IF=3,112. 20. Gurwitz KT, Aron S, Panji S, Maslamoney S, Fernandes PL, Judge DP, Ghouila A, Domelevo Entfellner JB, Guerfali FZ, Saunders C, Mansour Alzohairy A, Salifu SP, Ahmed R, Cloete R, Kayondo J, Ssemwanga D, Mulder N; H3ABioNet Consortium's Education Training and Working Group as members of the H3Africa Consortium. 2017. Designing a course model for distance-based online bioinformatics training in Africa: The H3ABioNet experience. PLoS Comput Biol. 13(10):e1005715. IF=4,259.