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![– Volet vecteur : environ 10.000 phlébotomes ont été collectés
Les analyses épidémiologiques et biologiques (parasitologique, moléculaire, sérologique) des données et
des spécimens collectés sont en cours.
Projet 2 : La grippe saisonnière
Projet 2.1 : Titre : Connaissances, attitudes et pratiques des groupes à risque sur le vaccin de la grippe
saisonnière.
Les objectifs de ce projet étaient de décrire les connaissances, les attitudes et les pratiques des groupes
cibles envers le vaccin contre la grippe et d’estimer la couverture vaccinale contre la grippe saisonnière
auprès de trois groupes cibles.
Pour répondre à ces objectifs, une enquête nationale type CAP (Connaissances, Attitudes et Pratiques) a
été menée en 2019 auprès de trois groupes cibles de la vaccination antigrippale (femmes enceintes,
professionnels de la santé et sujets âgés de plus de 65 ans et atteints de maladies chroniques)
Au total, 1231 personnels de santé, 1191 sujets âgés et 1157 femmes enceintes ont été inclus dans l’étude.
Ils étaient sélectionnés selon un échantillonnage stratifié à plusieurs degrés auto-pondéré parmi les
consultants et les travailleurs de la santé des structures publiques de santé suivantes : centres de santé
de base, hôpitaux régionaux et hôpitaux de circonscriptions.
Les résultats des analyses préliminaires ont révélé une faible couverture vaccinale contre la grippe, pour
la saison grippale 2018-2019, chez les trois groupes cibles :
− Femmes enceintes: 4,4% (IC : à 95% [3,3-5,7])
− Professionnels de la santé : 15,3% (IC : à 95% [13,3-17,2])
− Patients âgés et atteints de maladies chroniques : 19,4% (IC : à 95% [14,1-21,9])
Le dépouillement des données est en cours pour affiner davantage les analyses afin d’identifier les
obstacles à la vaccination antigrippale.
Projet 2.2 : Titre : Préparation de la pérennité du système national de surveillance électronique de la grippe
en Tunisie.
Ce projet a pour objectif principal d'optimiser le fonctionnement du système de surveillance de la grippe en
Tunisie et d'accompagner l'installation et l'utilisation de l'application IMS (Information management System)
par les différents acteurs impliqués dans la surveillance afin de préparer la pérennité de la surveillance
électronique.
Cette activité se déroule en étroite collaboration avec la DSSB et entre dans le cadre d’un projet de
recherche financé par le CDC d’Atlanta ayant démarré en 2014. Dans ce contexte, l’application
informatique du nouveau système électronique de gestion des données de surveillance de la grippe (IMS) a
été, effectivement, mise en place en 2019.
Les différents acteurs impliqués dans la surveillance ont été formés à son utilisation et son exploitation a
commencé fin 2019. L’année 2020 a essentiellement consisté au recueil du feedback des différents
utilisateurs afin d’améliorer la performance de la plateforme et corriger les défaillances constatées. Par
ailleurs, l’application a été validée par le centre informatique du ministère de la santé (CIMS) qui désormais,
en collaboration avec tous les partenaires, prend en charge la résolution des problèmes rencontrés afin
d’améliorer les performances de la plateforme. Parmi les défaillances notifiées, la génération des rapports
d’analyse des données de surveillance et la qualité de la connexion internet étaient au centre des
préoccupations. Des réflexions sont en cours pour prendre les mesures nécessaires susceptibles de pallier
ces insuffisances, notamment l’installation de la fibre optique dans les différents centres de surveillance.
Projet 3 : La COVID 19
Projet 3.1 : Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 dans la population dans deux zones
caractérisées par un niveau d’incidence différent
L’objectif général de cette étude est d’estimer le niveau de diffusion du SARS-CoV-2 à l’issue de la 2ième
vague épidémique qui a touché le pays dans les zones de fortes incidences et dans les zones de faibles
incidences. Pour cette fin, une étude séro-épidémiologique transversale de porte à porte dans deux zones
d’incidences différentes (Hotspot et faible incidence) de la ville de Tunis sera menée en 2021.
L’étude se basera sur un échantillon de la population générale tiré au sort par sondage en grappe à l’échelle
des quartiers et sera donc constituée par l’ensemble des membres des foyers sélectionnés. Environ 800
personnes seront incluses par zone d’étude. Pour chaque participant un questionnaire sera administré et
un prélèvement de sang sera effectué pour analyse sérologique avec la technique ELISA.
Le protocole de l’étude a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au
comité d’éthique de l’IPT.
Projet 3.2. Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 parmi le personnel de l’Institut Pasteur de
Tunis
On cherche à travers cette étude à estimer le niveau de diffusion du SARS-CoV-2 à l’issue de la saison
grippale 2020-2021 parmi le personnel de l’IPT. Pour cela, une étude séro-épidémiologique transversale](https://image.slidesharecdn.com/rapportpasteurtunis2020-220216085815/85/Rapport-2020-Institut-Pasteur-de-Tunis-26-320.jpg)
![inflammatory cytokine production in human THP-1-derived macrophages". Toxicon. 2020 Sep
10;187:144-150. doi: 10.1016/j.toxicon.2020.09.001.
2- BenAissa R, Othman H, Villard C, Peigneur S, Mlayah-Bellalouna S, Abdelkafi-Koubaa Z, Marrakchi
N, Essafi-Benkhadir K, Tytgat J, Luis J, Srairi-Abid N. "AaHIV a sodium channel scorpion toxin
inhibits the proliferation of DU145 prostate cancer cells”. Biochem Biophys Res Commun. 2020 Jan
8;521(2):340-346. doi: 10.1016/j.bbrc.2019.10.115. Epub 2019 Oct 24.
3- Souid S, Aissaoui D, Srairi-Abid N, Essafi-Benkhadir K. "Trabectedin (Yondelis®) as a Therapeutic
Option in Gynecological Cancers: A Focus on its Mechanisms of Action, Clinical Activity, and
Genomic Predictors of Drug Response". Curr Drug Targets. 2020 Jan 28. 21(10):996-1007. doi:
10.2174/1389450121666200128161733.
4- Haifa Bennour , Asma Bouazizi , Imene Fodha , Mouna Ben Hadj Fredj , Meriam Ben Hamida-
Rebai , Amira Jerbi , Ameni Dhiflaoui , Shada Abdelberi , Fairouz Abbassi , Saoussen
Abroug , Monia Khlifa , Akila Fathallah , Noureddine Boujaafar , Abdelhalim Trabelsi “Un expected
predominance of rotavirus G9P[8] strain in Tunisian adult diarrheal patients”.. P54 J Med Microbiol
2020 Feb;69(2): 280-289.doi: 10.1099/jmm.0.001156. Epub 2020 Jan 31.
5- Zohra Aloui-Zarrouk , Lahcen El Youssfi, Kingsley Badu, Adeniyi Francis Fagbamigbe, Damaris
Matoke-Muhia, Caroline Ngugi, Natisha Dukhi, Grace Mwaura “The wearing of face masks in African
countries under the COVID-19 crisis: luxury or necessity? ; AAS Open Research 2020, 3:36 Last
updated: 05 AUG 2020
6- Sana Rouis, Imen Khammeri, Bechir Achour, Asma Achour, Nesrine Ben Sayed, Haifa Regaieg,
Emna Bouslama, Yosra Dhaha, Alia Yaacoub, Yosra Ben Youssef, Akila Fathallah, Abderrahim
Khelif. “Invasive infection caused by Geotrichum capitatum in three patients with acute myeloid
leukemia”. Pan African Medical Journal- Clinical Medicine; 2020; 4: 4. DOI: 10.11604/pamj-
cm.2020.4.4.41.25656
Chapitre d’ouvrage
1- Abdelkrim YZ, Banroques J, Kyle Tanner N. « Known Inhibitors of RNA Helicases and Their
Therapeutic Potential ». Methods Mol Biol. 2021; 2209:35-52. doi: 10.1007/978-1-0716-0935-4_3.
PMID: 33201461.
VI – Financements obtenus et en cours pendant l’année 2020
1. Contrat Programme de laboratoire / LR16IPT04 - MERST (2020-2023) PIs : Ikram Guizani, Emna
Ennaifer & Habib Karoui. « Épidémiologie moléculaire et pathologie expérimentale » - 90000 TND.
2. Projet fédéré de recherche Covid19 (2020-2021) Coordinatrice : I. Guizani ; PIs : J. Bettaieb, S.
Ben Miled, H. Triki, M. Ben Ahmed, D. Laouini, I. Belhadj Ali, E. Harigua. Lutte Covid19 « Evaluer,
prédire et agir : une stratégie fédérée pour la lutte contre la Covid 19 » (200000 TND/ an)
3. Institut Pasteur - Urgence COVID-19 (2020-2021) PI : E. Harigua « Cov2 Anti-Proteases: Structure-
based drug discovery and repurposing targeting the SARS-CoV-2 proteases »
4. PROMESSE-PAQ (2020-2021) PI : Z. Aloui « Conception, formulation et production de dispositifs
parapharmaceutiques à base d’huiles de plantes aromatiques et médicinales pour le traitement
d’altérations cutanées » - total : 103000TND
5. Programme du Centre d’investigation clinique de l’IPT (2017-2021 PI : I. Guizani «Évaluation
comparée d’outils moléculaires de nouvelle génération pour le diagnostic moléculaire de la
leishmaniose cutanée » projet au sein du programme CIC intitulé : "Maladies transmissibles : Histoire
naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement", Directeur du CIC: Henda
Triki. (CIC2 : 67500 TND)
6. Prg /PCI de l'IPT 2019-2021 PI : Mourad Barhoumi «Evaluation of the immunotherapeutic potential
of Leishmania tarentolae expressing LieIF and/or the salivary protein of Phlebotomus papatasi
PPTSP44, in L. major-infected BALB/c mice» (20 000 DT / An)
7. PEER- Women Mentoring: NAS-USAID 2019-2020 PI : Insaf BelHadj Ali «POC CL Diagnosis:
Handheld Fast PCR assays and Lateral flow detection for Leishmania Parasites Detection and
Identification» (10000 Dollars)
8. PEER- Women Mentoring: NAS-USAID 2019-2020 PI: Emna Harigua «AIR2D: Algorithm for an
Integrative Repurposing & Discover of Drugs against Neglected Tropical Diseases» (10000 Dollars)
9. Programme PCI de l’IPT (2018-2020 PI : Houyem Ouragini, Co-Invest : Essafi-Benkhadir Khadija
«Implication des microARNs dans la Régulation de l’expression de l’Hémoglobine Fœtale». Projet collaboratif
impliquant aussi le LR16IPT07 (20000 DT/ an)
10. Programme PCI de l’IPT (2018-2020) PI : Youmna M’ghribi, Co-PI : Souheila Guerbouj](https://image.slidesharecdn.com/rapportpasteurtunis2020-220216085815/85/Rapport-2020-Institut-Pasteur-de-Tunis-52-320.jpg)
![Ces résultats recommandent l’utilisation de la qPCR pour le diagnostic de la LC et privilégient sa réalisation
directement sur le suc dermique. Aoun K, Tebrouri M, Ben Abdallah R, Bellali H, Souissi O, Bouratbine A.
Contribution de la PCR en temps réel dans le diagnostic biologique de la leishmaniose cutanée : expérience
de l’institut Pasteur de Tunis [Contribution of Real-Time PCR in the Diagnosis of Cutaneous Leishmaniasis:
Experience of the Pasteur Institute of Tunis]. Bull Soc Pathol Exot. 2020;113(5):251-253. French. doi:
10.3166/bspe-2020-0150. PMID: 33881254.
4- Évaluation de six kits commerciaux pour le diagnostic sérologique de la leishmaniose viscérale
méditerranéenne : La leishmaniose viscérale humaine (LV) est une maladie négligée, endémique dans la
région méditerranéenne, causée par Leishmania infantum. Un diagnostic précis de la LV est essentiel pour
une prise en charge rapide et correcte des patients. Divers tests sérologiques sont utilisés, y compris des kits
commerciaux qui nécessitent des qualifications avec des informations spécifiques sur leurs performances.
Dans cette étude, ont été comparées les performances de six kits commerciaux, deux tests
immunochromatographiques (ICT ; IT LEISH et TruQuick LEISH IgG/IgM Meridian) et quatre tests immuno-
enzymatiques (ELISA ; NovaLisa Leishmania infantum IgG, Bordier Leishmania infantum, Ridascreen
Leishmania IgG, et Vircell Leishmania), disponibles en France et utilisés comme tests de dépistage. Les
réactifs ELISA Bordier et Vircell ont affiché la meilleure performance analytique par rapport à tous les autres
kits. Cependant, aucun test n'a affiché une sensibilité de 95 % aux seuils recommandés par les fabricants.
Pour atteindre cette valeur de sensibilité avec la plus grande spécificité possible, de nouveaux seuils sont
proposés pour les réactifs ELISA Bordier, Vircell et NovaLisa. Les résultats positifs et négatifs obtenus avec
les six tests de dépistage ont été confirmés par Western blot (sensibilité de 100%). Globalement, cette étude
présente une analyse comparative des kits disponibles dans le commerce pour le sérodiagnostic du VL
humain et fournit des informations supplémentaires sur la prévalence des porteurs asymptomatiques dans le
bassin méditerranéen. Lévêque MF, Battery É, Delaunay P, Lmimouni BE, Aoun K, L’ollivier C, Bastien P,
Mary C, Pomares C, Fillaux J, Lachaud L. Evaluation of six commercial kits for the serological diagnosis of
Mediterranean visceral leishmaniasis. PLoS neglected tropical diseases. 2020 Mar 25;14(3):e0008139.
5- Séquençage du génome nucléaire et mitochondrial d'isolats nord-africains de Leishmania infantum
collectés chez des patients atteints de leishmaniose viscérale guéris et en rechute et révèlation de
variations en corrélation avec la géographie et le phénotype : Leishmania infantum est un parasite
protozoaire qui provoque des maladies humaines et vétérinaires potentiellement mortelles dans le bassin
méditerranéen et en Amérique du Sud. Une des caractéristiques de cette espèce de parasite est sa capacité
à s'adapter à une variété d'environnements écologiques, ce qui conduit à l'émergence de nouveaux foyers de
leishmaniose viscérale et à des fluctuations phénotypiques imprévisibles chez son hôte humain, notamment
après des interventions médicamenteuses. Notre étude a permis de comprendre les facteurs qui peuvent
conduire à l'adaptation génomique et phénotypique de L. infantum grâce à l'analyse comparative des
génomes nucléaires et mitochondriaux d'isolats tunisiens collectés dans différentes zones géographiques
auprès de patients atteints de leishmaniose viscérale guéris ou en rechute. Elle fournit la première preuve
que les parasites se sont adaptés par une combinaison de changements génomiques nucléaires et
kinétoplastes qui pourraient être utilisés comme biomarqueurs épidémiologiques. Elle met également en
évidence les défis que pose la découverte de biomarqueurs à partir d'isolats de terrain, les loci cliniquement
pertinents étant probablement masqués par l'hétérogénéité génétique et les événements d'hybridation
résultant de l'adaptation locale. D'autre part, aucune variation du nombre de copies de gènes ou de
chromosomes n'a été corrélée à la résistance aux médicaments. En revanche, la résistance (n=1) était
associée à un motif spécifique de minicercles, suggérant que l'ADN mitochondrial de Leishmania est une
nouvelle source potentielle pour la découverte de biomarqueurs. Notre étude établit et valide le cadre
informatique pour de futures analyses génomiques environnementales utilisant de grandes collections
d'échantillons pour la découverte de loci génétiques associés à l'adaptation géographique ou phénotypique
de Leishmania. Bussotti G, Benkahla A, Jeddi F, Souiaï O, Aoun K, Späth GF, Bouratbine A. Nuclear and
mitochondrial genome sequencing of North-African Leishmania infantum isolates from cured and relapsed
visceral leishmaniasis patients reveals variations correlating with geography and phenotype. Microbial
genomics. 2020 Oct;6(10).
6- Conception de peptides multi-épitopes contenant des épitopes restreints aux classes I et II du
système HLA dérivés de protéines immunogènes de Leishmania, et évaluation des réponses des
cellules T CD4+ et CD8+ induites chez des sujets guéris de la leishmaniose cutanée : Il n'existe
actuellement aucun vaccin contre la leishmaniose humaine. Les vaccins à base de peptides constitués
d'épitopes de cellules T identifiés au sein de protéines d'intérêt par des algorithmes de prédiction d'épitopes
constituent une stratégie prometteuse pour le développement de vaccins. Ici, nous avons identifié des
peptides multi-épitopes composés d'épitopes restreints à l’ HLA-I et -II, en utilisant des outils immuno-
informatiques, au sein de protéines de Leishmania précédemment décrites comme des candidats vaccins
potentiels. Nous avons montré que les peptides multi-épitopes utilisés comme pools étaient capables d'activer](https://image.slidesharecdn.com/rapportpasteurtunis2020-220216085815/85/Rapport-2020-Institut-Pasteur-de-Tunis-73-320.jpg)
![les cellules T CD4+ productrices d'IFN-γ ainsi que les cellules T CD8+, toutes deux nécessaires à l'élimination
du parasite. De plus, les cellules T CD4+ productrices de granzyme B, les cellules T CD4+ bifonctionnelles
IFN-γ+/TNF-α+ et/ou TNF-α+/IL-2+ ainsi que les cellules T à mémoire centrale CD4+ et CD8+, toutes
impliquées dans le contrôle de l'infection par Leishmania, étaient significativement augmentées en réponse à
la stimulation des peptides multi-épitopes. À notre connaissance, aucune étude n'a décrit la détection des
populations de cellules T CD4+ et CD8+ en réponse à la stimulation par des peptides restreints à l’HLA-I et
II chez l'homme. Les peptides multi-épitopes immunogènes restreints à l’HLA-I et -II identifiés dans cette
étude pourraient constituer des candidats vaccins potentiels contre la leishmaniose humaine. Hamrouni S,
Bras-Gonçalves R, Kidar A, Aoun K, Chamakh-Ayari R, Petitdidier E, Messaoudi Y, Pagniez J, Lemesre JL,
Meddeb-Garnaoui A. Design of multi-epitope peptides containing HLA class-I and class-II-restricted epitopes
derived from immunogenic Leishmania proteins, and evaluation of CD4+ and CD8+ T cell responses induced
in cured cutaneous leishmaniasis subjects. PLoS neglected tropical diseases. 2020 Mar 16;14(3):e0008093.
7- Identification des polymorphismes mononucléotidiques (SNP) du gène du récepteur de l'IL-12 (IL-
12RB1) dans la population tunisienne : Actuellement, les variations génétiques, en particulier les
polymorphismes mononucléotidiques (SNP), sont de plus en plus étudiées afin de trouver une association
potentielle entre ces mutations et les maladies dans des populations d'ethnies différentes. Par conséquent,
des technologies de génotypage rapides et efficaces sont nécessaires pour détecter et confirmer ces
variations. Ce travail vise à appliquer une méthode HRM (High-resolution melting) pour identifier deux
polymorphismes du gène du récepteur B1 de l'IL-12 dans la population tunisienne saine et à comparer leur
distribution génotypique avec d'autres populations. L'ADN a été extrait de 141 volontaires sains inscrits dans
cette étude et génotypés pour les rs401502 et rs11575934 en utilisant la méthode HRM. Nous avons pu
détecter correctement tous les génotypes des SNP d'intérêt avec une précision similaire à celle du
séquençage de l'ADN, en utilisant la méthode HRM. Les fréquences des allèles mineurs des polymorphismes
rs401502 et rs11575934 dans la population générale tunisienne sont de 23,8 % et 29,8 %, respectivement.
Les distributions alléliques et génotypiques de ces SNP se sont avérées différentes de celles des autres
groupes ethniques. Ce travail a permis d'établir une technique de génotypage rapide, sensible et peu
coûteuse, la qPCR-HRM, pour détecter les variations génétiques dans une grande série d'échantillons. Une
comparaison des résultats du génotypage de ces deux polymorphismes dans notre cohorte avec d'autres
populations reflète la distribution spécifique à l'ethnie. Jelassi R, Ben Salah H, Jouini A, Hedhli A, Mahmoud
W, Ammi R, Ben Sghaier I, Bouratbine A, Aoun K, Chelbi H. High-resolution Melting to Identify Single
Nucleotide Polymorphisms of IL-12 Receptor Gene (IL-12RB1) in the Tunisian Population. INTERNATIONAL
JOURNAL OF HUMAN GENETICS. 2020 Mar 1;20(1):32-40.
Publications
Assessment of Incubation Period of Cutaneous Leishmaniasis due to Leishmania major in Tunisia.
Aoun K, Kalboussi Y, Ben Sghaier I, Souissi O, Hammami H, Bellali H, Bouratbine A.Am J Trop Med
Hyg. 2020 Nov;103(5):1934-1937. doi: 10.4269/ajtmh.20-0439.PMID: 32901597
[Contribution of Real-Time PCR in the Diagnosis of Cutaneous Leishmaniasis: Experience of the Pasteur
Institute of Tunis].
Aoun K, Tebrouri M, Ben Abdallah R, Bellali H, Souissi O, Bouratbine A.Bull Soc Pathol Exot.
2020;113(5):251-253. doi: 10.3166/bspe-2020-0150.
Nuclear and mitochondrial genome sequencing of North-African Leishmania infantum isolates from cured
and relapsed visceral leishmaniasis patients reveals variations correlating with geography and
phenotype.
Bussotti G, Benkahla A, Jeddi F, Souiaï O, Aoun K, Späth GF, Bouratbine A.Microb Genom. 2020
Oct;6(10):mgen000444. doi: 10.1099/mgen.0.000444.
PLoS Negl Trop Dis 2020 Mar 16;14(3):e0008093.
doi: 10.1371/journal.pntd.0008093. eCollection 2020 Mar.
Design of multi-epitope peptides containing HLA class-I and class-II-restricted epitopes derived
from immunogenic Leishmania proteins, and evaluation of CD4+ and CD8+ T cell responses
induced in cured cutaneous leishmaniasis subjects
Sarra Hamrouni 1 2 3, Rachel Bras-Gonçalves 3, Abdelhamid Kidar 4, Karim Aoun 1, Rym Chamakh-
Ayari 1 2, Elodie Petitdidier 3, Yasmine Messaoudi 1 2 3, Julie Pagniez 3, Jean-Loup Lemesre 3, Amel
Meddeb-Garnaoui 1
Epidemiology of Cutaneous Leishmaniasis in West Africa: a Systematic Review].](https://image.slidesharecdn.com/rapportpasteurtunis2020-220216085815/85/Rapport-2020-Institut-Pasteur-de-Tunis-74-320.jpg)
![10
8
ces pathogènes viraux ou bactériens en ciblant les principaux immunogènes virulents (i.e. principalement la
protéine S des virus respiratoires ou les bétalactamases responsables de résistance aux antibiotiques).
3.1-Développement des nanobodies inhibiteurs des bétalactamases
Ce projet a été retenu pour financement par le MERS dans le cadre des projets d’Encouragement des jeunes
chercheurs (PEJC, 2018). Le projet consiste à développer des Nanobodies inhibiteurs de l’activité
enzymatique de NDM-1 et KPC-3, deux Carbapènèmases qui hydrolysent l’activité des carbapénèmes utilisés
dans le traitement des infections à bactéries multirésistantes. A partir d’un dromadaire hyperimmunisé, le
sérum collecté a été fractionné par chromatographie d’affinité. La caractérisation immunobiochimique des
différents sous types d’IgGs purifiées montre que les trois types d’IgGs reconnaissent d’une manière
spécifique l’enzyme NDM-1. D’une manière intéressante, les IgG1, IgG2 et IgG3 sont capables d’inhiber
également l’activité de VIM-1 et L1, deux enzymes métallo béta lactamases présentant moins de 32%
d’homologie de séquences avec NDM-1 (Ki nanomolaire). Ces travaux ont fait l’objet d’une récente publication
(Ben Abderrazek R. et al., 2020, Molecules). Les travaux en cours visent à sélectionner les Nbs « best in
class » sur la base de leur capacité à restaurer la sensibilité du méropénème et de l'imipénème, sur des
souches hospitalières d’entérobactéries productrices de NDM-1. Pareillement, nous avons amorcé une
démarche similaire d’immunisation d’un dromadaire par des doses croissantes de KPC-3 (Thèse en cours de
Emna Hamdi).
3.2-Développement de nano-anticorps neutralisant l’effet de pathogènes infectieux : la protéine S de la
capside virale du MERS-CoV
Ces travaux ont démarré suite à un Research Collaborative Agreement (RCA) qui a été signé entre notre
équipe et l’équipe de Prof Zhang (Tsingua Universty, China). A partir d’une banque de VHHs, le criblage
Phage display a abouti à la sélection de 96 clones capables de reconnaître la forme recombinante du domaine
RBD de la protéine S du MERS-CoV. Les séquences ont été classées en cluster. Les clones exprimant des
Nbs inhibiteurs de l’infectivité du virus ont été retenus et caractérisés (Idoudi et al., en cours). La même
banque a été criblée vis-à-vis de deux autres domaines de surface de la protéine S. Ce travail se poursuit par
la caractérisation des chimères VHH-Fc construits et d’une étude cristallographique.
Programme 3 : Biomolécules Modulatrices de Récepteurs et Canaux Ioniques associés aux pathologies
nerveuses et infectieuses (Dr. Rym BenKhalifa)
Biomolécules actives sur les récepteurs nicotinique
Biomolécules issues de venins de scorpions comme modulateurs allostériques de sous types spécifiques de
récepteurs nicotiniques
Nous avons exploré le venin de scorpion Androctonus australis hector (AaH) pour caractériser de nouvelles
molécules agissant de manière sélective sur les récepteurs nicotiniques. Nous avons obtenu des résultats
prometteurs avec des fractions et sous-fractions de venin d'AaH, d'abord criblées sur les sous-types humains
alpha3beta4 et alpha4beta2, puis sur alpha3beta4 et la chimère Eva-alpha7. La fraction toxique AaHG50 a
été séparée par chromatographie liquide échangeuse d'anions. Dix-huit fractions ont été obtenues et testées
sur des cellules HEK exprimant de manière transitoire les sous-types humains nAChRs alpha3beta4 et Eva-
alpha7 en présence respectivement de [3H] Epibatidine/ [125I] Bungarotoxine. Les fractions F5, F8 et F11
antagonisent la liaison du ligand à alpha3beta4 et Eva-alpha7 de manière puissante. Les fractions actives
inhibent Eva-alpha7 plus efficacement que les sous-types nAChRs a3b4. Ainsi, les fractions F5, F7, F8, F11
et F16 ont été sélectionnés pour un criblage secondaire sur les mêmes sous-types de récepteurs. Le même
protocole a été suivi pour cribler la fraction sélectionnée comme active et nous avons montré que F7 et F8 à
50 g/ml antagonisent Eva-alpha7 de 60 % et 80 %, respectivement. De plus, F16 inhibe 70 % à 25 µg/ml et de
manière dose-dépendante Pour une purification plus poussée, la fraction active sélectionnée a été séparée
selon une méthode HPLC et tous les pics obtenus ont été testés pour leurs effets sur a7-Eva. Les études sont
en cours.
1.2. Exploration du rôle des récepteurs nicotiniques dans le développement des cancers des poumons
Notre objectif étant de déterminer le profil d’expression de certains sous types de récepteurs nicotiniques
(nAChRs) de type a3, a4, a5 et a7 dans les poumons de patients fumeurs et non fumeurs atteints ou pas, d’un
cancer de poumons. Nous avons commencé par colliger les données personnelles des patients (nom, âge et
sexe), les habitudes tabagiques (durée de consommation par années et nombre de cigarettes par jour), ainsi
que leur type de cancer etson stade, après remise d'un dossier au comité d’éthique biomédicale de l'institut
Pasteur de Tunis. Les patients ont été regroupés selon leur type histologique de tumeur, leur sexe, leur âge
et leur habitude tabagique. Pour déterminer l'influence du tabagisme sur la survenue du cancer du poumon,
seuls quarante-huit patients ont été inclus dans une étude statistique. Les données personnelles des patients
(statut et type de cancer, âge et durée de tabagisme) ont été analysées dans le but d'étudier l'impact de la
durée du tabagisme sur le développement du cancer et la corrélation entre l'âge et le sexe sur les pathologies
cancéreuses et non cancéreuses du poumon. A l'issue de cette première étude, nous avons conclu que
l'adénocarcinome est le type le plus dominant de cancer du poumon. Les cancers du poumon touchent plus
les hommes que les femmes. Les hommes sont plus exposés aux pathologies pulmonaires.
Implication et Modulation du canal Kv3.1 dans la différenciation et la dégénérescence neuronal
Le canal Kv3.1 est abondamment exprimé dans les neurones et son dysfonctionnement provoque une perte
de sommeil, des maladies neurodégénératives et la dépression. La fluoxétine, un bloqueur de Kv3.1](https://image.slidesharecdn.com/rapportpasteurtunis2020-220216085815/85/Rapport-2020-Institut-Pasteur-de-Tunis-89-320.jpg)
![parmi les consultants et les travailleurs de la santé des structures publiques de santé suivantes :
centres de santé de base, hôpitaux régionaux et hôpitaux de circonscriptions.
Les résultats des analyses préliminaires ont révélé une faible couverture vaccinale contre la grippe,
pour la saison grippale 2018-2019, chez les trois groupes cibles :
Femmes enceintes : 4,4% (IC : à 95% [3,3-5,7])
Professionnels de la santé : 15,3% (IC : à 95% [13,3-17,2])
Patients âgés et atteints de maladies chroniques : 19,4% (IC : à 95% [14,1-21,9])
Le dépouillement des données est en cours pour affiner davantage les analyses afin d’identifier les
obstacles à la vaccination antigrippale
C. La pandémie COVID19 :
L’équipe d’épidémiologie en coordination avec l’ONMNE et les DR de santé contribue à l’effort
national de lutte contre le Sars-cov2 par la mise en place d’enquêtes transversales visant la mesure
de la diffusion du SARS-COV-2 dans la population générale et parmi le personnel de santé. Pour
cette fin, une étude séro-épidémiologique transversale de porte à porte dans deux zones d’incidences
différentes (Hotspot et faible incidence) de la ville de Tunis sera menée en 2021. L’étude se basera
sur un échantillon de la population générale tiré au sort par sondage en grappe à l’échelle des
quartiers et sera donc constituée par l’ensemble des membres des foyers sélectionnés. Environ 800
personnes seront incluses par zone d’étude. Pour chaque participant un questionnaire sera administré
et un prélèvement de sang sera effectué pour analyse sérologique avec la technique ELISA. Pour le
personnel de santé, une étude séro-épidémiologique transversale exhaustive parmi le personnel de
l’IPT sera menée à la fin de la saison grippale 2020-2021. L’ensemble des agents de l’IPT travaillant
de façon permanente ou temporaire seront invités à participer à l’étude
Le protocole des deux études a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour
approbation au comité d’éthique de l’IPT.
D. L’épidémiologie des hépatites virales
L’Investigation clinique de l’infection par les virus des hépatites dans une région d’hyperendémicité
relative pour l’hépatite C en Tunisie : la Région de Thala. Une étude transversale populationnelle de
porte à porte a été menée dans la région auprès de 3233 individus, âgés de 5 à 75 ans sélectionnés à
travers un échantillon aléatoire stratifié en grappe. Les objectifs spécifiques de cette investigation
sont : i. Estimer la prévalence de l’infection par le VHC dans la population générale de Thala et
identifier les facteurs de risque de contamination et les souches virales circulantes ; ii. Etudier la co-
infection par les autres virus des hépatites notamment VHB, VHA et VHG.
E. L’histoire naturelle de l’infection par les parasites Leishmania dans des foyers mixtes et
émergents de Leishmaniose Cutanée du sud de la Tunisie
La caractérisation des manifestations cliniques des parasites Leishmania et l’incrimination des
réservoirs et des vecteurs impliqués dans le cycle de transmission dans des foyers émergents et
mixtes de leishmaniose cutanée (Leishmania (L.) major et L. killicki (syn. tropica) dans le sud de la
Tunisie (Tataouine). Cette activité se déroule dans le cadre d’un projet financé par le centre
d’investigation clinique (CIC) de l’IPT intitulé «Maladies transmissible : histoire naturelle et outils
innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement ». Ce projet a une structure matricielle
comportant 4 volets scientifiques :
1er volet : humain (l'hôte humain).
2ème volet : rongeurs réservoirs suspects (C. gundi, Meriones spp. et Jaculus spp.).
3ème volet : entomologique, vecteurs (P. papatasi, P. sergenti, ...).
4ème volet : les différents éléments du cycle de transmission (homme, rongeurs, vecteus)
Plus précisément, ce projet vise à :
Décrire le profil épidémiologique et les manifestations cliniques des formes de la LC chez les humains
par détection active des cas et isolement des parasites à partir des lésions pour un typage iso-
enzymatique et moléculaire ;](https://image.slidesharecdn.com/rapportpasteurtunis2020-220216085815/85/Rapport-2020-Institut-Pasteur-de-Tunis-127-320.jpg)
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Rapport 2020 Institut Pasteur de Tunis
L'Institut Pasteur de Tunis (IPT) est un établissement public de santé qui combine recherche, formation, diagnostic et production de vaccins, ayant une place historique dans la médecine tunisienne. En 2020, il a réalisé 164 publications, employé 507 personnes, et produit divers vaccins et sérums thérapeutiques. L'IPT participe activement aux programmes de santé publique et collabore à l'éradication de plusieurs maladies endémiques en Tunisie.
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![Qcm iso 9001_v_2015[1]](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/qcmiso9001v20151-180129165536-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
Rapport 2020 Institut Pasteur de Tunis
- 2. Sommaire L’Institut Pasteur deTunis .......................................................................................... 2 Gouvernance.............................................................................................................. 3 Liste des laboratoires, services, directions et comités en 2020 .................................. 6 Les chiffres clés de l’IPT en 2020............................................................................... 8 Structures de Recherche.......................................................................................... 12 Services d’investigation clinique et de Santé Publique........................................... 109 Production de vaccins et sérums thérapeutiques ................................................... 145 Soutien technique................................................................................................... 161 Soutien logistique ................................................................................................... 189 Comités .................................................................................................................. 207 Administration......................................................................................................... 215
- 3. L’Institut Pasteur deTunis Lutter contre les maladies pour la Santé de Tous Statuts, missions, historique Etablissement Publique de Santé, l’IPT est la seule institution tunisienne réunissant les missions de recherche et formation, diagnostic et santé publique, production de vaccins. Intimement liées, elles ont fait de l’IPT une structure de référence dans le domaine de la recherche biomédicale. Depuis l’époque de Charles Nicolle (directeur de l’IPT de 1903 à 1936 et prix Nobel de médecine en 1928) l’IPT occupe une place prépondérante dans l’histoire de la médecine en Tunisie avec d’importantes découvertes dans le domaine des maladies infectieuses, (cycles de transmission de la toxoplasmose, le vecteur du typhus, la leishmaniose viscérale, ainsi que le développement du concept original des infections inapparentes). L’IPT a participé à l’éradication de plusieurs maladies endémiques en Tunisie comme le paludisme, aux campagnes nationales de vaccination et continue de collaborer activement dans les programmes de santé publique. Diagnostic et Santé Publique La mission du département de santé publique de l’IPT tourne autour de deux activités principales. La première comporte la vaccination (plus d’une quinzaine de vaccins), le conseil aux voyageurs ainsi que le traitement antirabique. La seconde activité est destinée aux prélèvements et aux examens biologiques courants et spécialisés. Ces analyses sont réalisées dans les 18 laboratoires de diagnostic et de santé publique de l’IPT. La plupart de ces laboratoires participent à des programmes de santé publique nationaux et internationaux (enquêtes épidémiologiques, suivi des programmes de vaccination et certains sont des laboratoires de références nationaux ou régionaux OMS. Recherche et Formation L’activité de recherche de l’IPT se déroule dans 9 laboratoires. Ces équipes de recherche sont multidisciplinaires (biologistes, hospitalo-universitaires, médecins de la santé publique, vétérinaires) et réunissent plus d’une centaine de cadres scientifiques et plus de 200 étudiants. Nos domaines de recherche : - Épidémiologie des maladies infectieuses ; - Immunologie des maladies infectieuses de l’homme et de l’animal ; - Etude des maladies causées par un déficit génétique et/ou immunitaire ; - Biochimie/immunologie des venins et toxines ; - Développement biotechnologique. Production L’Institut Pasteur de Tunis produit des vaccins et sérums thérapeutiques pour les besoins du pays. Ses locaux de 700 m² sont conformes aux normes internationales de bonnes pratiques de fabrication. C’est la seule unité de ce type à l’échelle nationale. Actuellement, l’Institut Pasteur de Tunis produit du vaccin BCG intradermique, du vaccin BCG frais pour immunothérapie du cancer de la vessie et des sérums thérapeutiques (anti-vipérin, anti-scorpionique et anti-rabique).
- 4.
- 5. Le conseil d’administration Sesmissions Selon l’article 3 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'Institut Pasteur de Tunis. Le conseil d'administration est investi des pouvoirs les plus étendus pour agir au nom de l'institut conformément à la législation et à la règlementation en vigueur. Il a notamment pour attribution : - La création, suppression et transformation des services médicaux et pharmaceutiques, des laboratoires de recherche, d'analyse, de production et de contrôle et des unités d'enseignement ; - L'organisation des différents services administratifs et techniques de l'institut et l'établissement de son règlement intérieur ; - L'approbation des contrats-programmes et le suivi de leur exécution, conformément à la législation en vigueur ; - La prise des décisions relatives aux emprunts, conformément à la législation en vigueur. - L'approbation, dans le cadre de la règlementation en vigueur, de la passation des marchés par le directeur général. Composition du conseil d’administration Prénom, Nom Affiliation, Représentations Fayçal Ben Salah Président du conseil d'administration/Ministère de la Santé Publique Mohamed Faouzi Kooli Ministère des Finances Ramzi Chnoufi Ministère du Développement Régional et de la Planification Mokhtar El Hammadi Ministère de l'enseignement et de la Recherche Scientifique et des TIC Mohamed Hammami Ministère de l’Enseignement et de la Recherche Scientifique et des TIC Sameh Ben Mbarka Ministère de l'industrie et du commerce Amira El Nechi Ministère de l'Agriculture, des ressources hydrauliques et de la pêche Henda Triki Chef de service Ahlem Amouri Chef de service Nizar Laabidi Chef de service Mehdi M’rad Représentant des médecins Dhafer Laouini Représentant des scientifiques Leïla Barbouche Représentant des pharmaciens Lilia Zribi Représentant des médecins vétérinaires Imen Ferchichi Représentant des ingénieurs Taoufik Jendoubi Représentant du corps para médical
- 6. Le conseil scientifique Sesmissions Selon l’article 10 du décret n°95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'institut Pasteur de Tunis. Il est institué un conseil scientifique de l'institut Pasteur de Tunis qui a pour mission de : - donner son avis sur toutes les questions relatives à la politique scientifique de l'établissement, l'organisation, la programmation et le suivi de la recherche, à la production, à l'enseignement et l'encadrement des résidents, des stagiaires et des étudiants. - donner son avis sur les créations, suppressions et regroupements des laboratoires et sur les propositions de candidature pour les bourses d'étude et de stages à caractère scientifique dans les limites des crédits alloués. - donner son avis sur les propositions de conventions et de coopération scientifique avec les établissements et réseaux scientifiques nationaux, maghrébins, étrangers ou internationaux. - répondre à toute demande d'avis scientifique formulée par le ministre de la santé publique ou le conseil d'administration Composition du conseil scientifique élargi* Prénom, Nom Affiliation Hechmi Louzir Institut Pasteur de Tunis (Président du Conseil) Samia Mnif Institut Pasteur de Tunis Helmi Mardassi Institut Pasteur de Tunis Najet Srairi Institut Pasteur de Tunis Makram Essafi Institut Pasteur de Tunis Slimane Ben Miled Institut Pasteur de Tunis Ahlem Amouri Institut Pasteur de Tunis Kais Ghedira Institut Pasteur de Tunis Nizar Laabidi Institut Pasteur de Tunis Amel El Gaied Ministère de l'enseignement et de la recherche scientifique Marc Bonneville Institut Mérieux Ines Fradi Ministère de la Santé Publique Arnaud Fontanet Institut Pasteur Paris Claude Leclerc Institut Pasteur Paris Lilia Messadi Ministère de l'Agriculture des Ressources Hydrauliques et de la Pêche Salem Chouaib Institut Gustave Roussy *Selon l’article 12 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, le conseil scientifique tient une réunion élargie à l'occasion de la session annuelle d'évaluation des activités scientifiques de l'établissement. A cet effet, le conseil comprendra, outre ses membres prévus à l'article 11 du présent décret, huit autres membres choisis hors de la communauté scientifique de l'institut, reconnus pour leur compétence dans le domaine de la
- 7. Liste des laboratoires,services, directions et comités en 2020 2019 Services d’investigation clinique et de santé publique LABORATOIRE ET SERVICES RESPONSABLE Laboratoire de Bactériologie Clinique et Hormonologie Imen Kraiem imen.kraiem@pasteur.tn Laboratoire de Biochimie Clinique Afef Bahlous afef.bahlous@pasteur.tn Laboratoire d’Immunologie Clinique Mélika Ben Ahmed melika.benahmed@pasteur.tn Laboratoires de recherche LABORATOIRES DE RECHERCHE RESPONSABLE Microbiologie moléculaire, vaccinologie et développement biotechnologique Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.tn Transmission, contrôle et immunobiologie des infections Ridha Barbouche medridha.barbouche@pasteur.tn Epidémiologie et microbiologie vétérinaire Abdejelil Ghram abdeljelil.ghram@pasteur.tn Epidémiologie moléculaire et pathologie expérimentale appliquée aux maladies infectieuses Ikram Guizani ikram.guizani@pasteur.tn Génomique biomédicale et oncogénétique Sonia Abdelhak sonia.abdelhak@pasteur.tn Parasitologie médicale, biotechnologies et biomolécules Aïda Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.tn Hématologie moléculaire et cellulaire Samia Menif samia.menif@pasteur.tn Molécules Venins et Applications théranostiques Najet Srairi najet.srairi@pasteur.tn Bioinformatique, biomathématiques, biostatistiques Alia Benkahla alia.benkahla@pasteur.tn Virus, Vecteurs et Hôtes Ali Bouattour ali.bouattour@pasteur.tn Laboratoire de Cyto-immunologie Ridha Barbouche Ridha.barbouche@pasteur.tn Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires Ridha Ben Aissa ridha.benaissa@pasteur.rns Laboratoire de Virologie Clinique Henda Triki henda.triki@pasteur.tn Laboratoire des Mycobactéries Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.tn Laboratoire d’Anatomo-Patologie Humaine et Expérimentale Samir Boubaker medsamir.boubaker@pasteur.tn Laboratoire de Radio-Immunologie Afef Bahlous afef.bahous@pasteur.tn Laboratoire de la Rage Mariem Handous meriem.handous@pasteur.tn Service des Vaccinations Internationales et Anitrabique Samy Khoufi samy.khoufi@pasteur.tn Services des Consultations Externes Radhia Ammi radhia.ammi@pasteur.tn Laboratoire d’Hématologie Samia Mnif samia.mnif@pasteur.tn Laboratoire des Mycoplasmes Boutheina Mardassi boutheina.mardassi@pasteur.tn Laboratoire de Parasitologie Clinique Aïda Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.tn Laboratoire Histologie et Cytologénetique Ahlem Amouri ahlem.amouri@pasteur.tn Laboratoire des Toxines Alimentaires Riadh Kharrat riadh.kharrat@pasteur.tn Laboratoire de Pathologie Animale Abdeljelil Ghram abdeljelil.ghram@pasteur.tn Laboratoire d’Epidémiologie et d’Ecologie Parasitaire Karim Aoun Karim.aoun@pasteur.tn Laboratoire de Médecine Nucléaire Chokri Maktouf chokri.maktouf@pasteur.tn Service d’Epidémologie Médicale Jihène Bettaieb Jihene.bettaieb@pasteur.tn
- 8. Soutien logistique SERVICE RESPONSABLE Bibliothèquede l’Institut Pasteur de Tunis Habib Karoui habib.karoui@pasteur.tn Unité spécialisé « Comunication, Science et Société » Hichem Ben Hassine hichem.benhassine@pasteur.tn Unité spécialisée « Grants office » Najet Hadhri najet.hadhri@pasteur.tn Unité spécialisée « valorisation et transfert technologique » Oussama Ben Fadhel oussama.benfadhel@pasteur.tn Direction informatique Wassim Ben Salah Wassim.bensalah@pasteur.tn Comités COMITE RESPONSABLE/COORDINATEUR Ethique bio-médicale Samir Boubaker Samir.boubaker@pasteur.tn Qualité Sonia Damak Sonia.damak@pasteur.tn Formation et stages Ali Bouattour Ali.bouattour@pasteur.tn Programmes Collaboratifs Internes Hela Kallel Dhafer.laouini@pasteur.tn Centre Regional de Formation Samir Boubaker Medsamir.boubaker@pasteur.tn Soutien technique SERVICE RESPONSABLE Unités animalières Imen Degrach imen.degrach@pasteur.tn Cytométrie en flux Ridha Barbouche MedRidha.barbouche@pasteur.tn Typage génétique Rym Kéfi rym.kefi@pasteur.tn Direction technique Naceur El Ouni naceur.elouni@pasteur.tn Service de production de milieux de culture et reactifs Ridha Ben Aïssa/Haifa Ben Sedrine Unité d'Ecologie des Systèmes Vectoriels Elyes Zhioua Elyes.Zhioua@pasteur.tn Unité spécialisée Plate-forme Technique Génomique, Protéomique et Imagerie Sinda Zarrouk Sinda.zarrouk@pasteur.tn Administration Administration RESPONSABLE Direction des Ressources humaines Jamel Ben Ammar Jamel.benammar@pasteur.tn Direction Financière et comptable Mahrez Kallel mahrez.kallel@pasteur.tn Direction de l’Approvisionnement Rym Soltani Rym.soltani@pasteur.tn Service du secrétariat permanent de la commission des marchés publics Raja Riahi Hamdi Raja.RiahiHamdi@pasteur.tn Sous-direction commerciale et promotion des activités Amel Abbouz Amel.abbouz@pasteur.tn Sous-direction audit interne Feten Ben Ali Feten.benali@pasteur.tn Service juridique Chadly Tayari Chadli.tayari@pasteur.tn Production de vaccins et sérums thérapeutiques SERVICE RESPONSABLE Direction de la Production Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.tn Service de production du vaccin et Immun BCG Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.tn Service de production des sérums thérapeutiques Sarra Ouahchi Sarra.ouahchi@pasteur.tn Service contrôle de qualité Sana Masmoudi Sana.masmoudi@pasteur.tn Unité de production des plasmas bruts Sana Bachraoui sana.bachraoui@pasteur.tn Service assurance quaité Leila Barbouche Leila.barbouche@pasteur.tn Unité de maintenance Production Hakim Ben Aissa Hakim.benaissa@pasteur.tn
- 9. Les chiffres clésde l’Institut Pasteur de Tunis en 2020 Ressources humaines Effectif global : 507 Scientifiques : 136 Effectif global : 507, dont 95 contractuels Source : Bilan Social de l’Institut Pasteur de Tunis, 2019 Chiffres comprenant le personnel statutaire et contractuel Publications 164 publications en 2020 Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Projets de recherche
- 10. Source : Rapportsdes laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Etudiants Diplômes soutenus Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Diplômes en cours/Nombre d’étudiants Source : Rapports des laboratoires et services et du Comité Formation et stages de l’Institut Pasteur de Tunis Evénements (organisation ou contribution à l’organisation) 26 45 30 3 1 1 3 106 22 39 25 2 2 1 3 91 10 25 24 10 0 0 7 69 Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de médecine Thèses en médecine vétérinaire Thèses de pharmacie HDR TOTAL 2018 2019 2020 139 26 15 7 0 0 187 125 22 13 9 0 0 169 138 29 13 9 3 1 193 Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de médecine Thèses en médecine vétérinaire Thèses de pharmacie TOTAL 2018 2019 2020
- 11. Source : Rapportsdes laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Analyses, tests et services réalisés Les analyses, tests et services sont réalisés par les laboratoires d’analyse de l’Institut. Les services sont réalisés majoritairement par les services communs, le service des vaccinations internationales et antirabiques, le service des consultants externes et certains laboratoires d’analyses. Le chiffre d’affaires de l’activité des analyses, diagnostic et de sante publique, s’élève à 6 700 000 en 2020 enregistrant une hausse de 130℅ par rapport aux réalisations de l'année 2019. Le chiffre d’affaires de la vaccination s’élève à 840 000 dinars. Il a enregistré une régression de 68%, en numéraire, par rapport à ce qui a été réalisé au cours de l'année 2019 (suite aux restrictions des voyages à l'échelle internationale). Source : Rapports des services diagnostic et de santé publique, de soutien technique et de la direction financière de l’Institut Pasteur de Tunis Nombre de doses vendues par l’unité de production de vaccins et sérums Le chiffres d’affaires s’élève à 928 700 dinars avec une diminution de 53% par rapport à ce qui a été enregistré en 2019. Source : Rapports de la direction de la production de vaccins et sérums thérapeutiques et de la direction financière et comptable 14 14 24 16 68 10 17 15 18 60 5 4 25 10 44 Manifestations scientifiques (colloque, congrès) Cours et ateliers pratiques Séminaires de formation (conférences, journées d'information) Culture scientifique et ouverture sur l'environnement TOTAL 2018 2019 2020 7253 1761 7500 50438 11429 78381 6561 2092 190 51985 13058 73886 7863 840 2020 32416 14004 57143 Sérums antiscorpionique Sérums antivipérins Sérums antirabique Vaccin BCG Immun BCG TOTAL 2017 2018 2019
- 12. Autres chiffres 46 conférencesdonnées par les scientifiques de l’Institut Pasteur en Tunisie et à l’étranger 86 vacations et cours rémunérés 87 analyses et tests nouvellement introduits 5 brevets déposés ou reconduits 76 participations à des jurys pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 50 participations à des commissions nationales et internationales 36 communications orales ou affichées (dont 31 internationales) 68 formations continues (dont 15 à l’étranger) Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis
- 13.
- 14. Laboratoire de MicrobiologieMoléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique Composition de l’équipe : Nom, Prénom Position/Fonction Affiliation Mardassi Helmi Biologiste Principal, chef du laboratoire IPT Kallel Héla Biologiste Principal, chef de groupe IPT Bahloul Chokri Biologiste Principal, chef de groupe IPT Mardassi Ben Abdelmoumen Boutheina Biologiste Principale/Chef de l’Unité des Mycoplasmes IPT Ben Younes Abdelhak Professeur en médecine Vétérinaire IRVT/ENMV* Aicha Elloumi Kallel Maitres de conférences Hôpital La Rabta Rourou Samia Biologiste adjoint IPT Znaidi Sadri Biologiste adjoint IPT Trabelsi Khaled Ingénieur en chef IPT Mohamed Boumaiza Post-Doctorale (HK) IPT Wafa Mihoubi Post-Doctorale (HK) IPT Meftahi Nedra Stagiaire Post-Doctorale (HM) Université Tunis El Manar Dekhil Neira Stagiaire Post-Doctorale (HM) Université Tunis El Manar Elhem Yacoub Stagiaire Post-Doctorale Bénévole (BM) Université Tunis El Manar Ammi Radhia Médecin de la santé publique IPT Béhija Mlik Technienne supérieure surveillante IPT Nadine Khathraoui Technicienne supérieure IPT Ines Akrouti Technicienne supérieure IPT Meriem Ben Zakour Technicienne supérieure (sur projet de recherche) IPT Amani chaabane Technicienne supérieure (sur projet de recherche) IPT Besma Mhenni Technicienne supérieure surveillante IPT Saloua Ben Fredj Technicienne supérieure IPT Soumaya Mannai Secrétaire Administrative Contractuelle IPT Maherzia Lahmar Ouvrière IPT Lobna Belghuil Ouvrière IPT Maher Bouraoui Ouvrier IPT Laouini Elhem Ouvrier IPT Mohamed Amine Skhairia Etudiant en Thèse es Sciences (HM) Université Tunis El Manar Rim Gharbi Etudiante en Thèse es Sciences (HM) Université Tunis El Manar Gnaien Mayssa Etudiant en Thèse (SZ) Faculté des Sciences de Tunis Rebai Yasmine Etudiant en Thèse (SZ) Faculté des Sciences de Tunis Imen Chniba Etudiante en Thèse es Sciences (BM) Université Tunis El Manar Sassi Mahfoudh Nessrine Etudiante en Thèse es Sciences (BM) Université Tunis El Manar Rahali Nadia Etudiante en Thèse es Sciences (CB) Université Tunis El Manar Kalthoum Sana Etudiante en Thèse es Sciences (CB) Faculté des Sciences de Tunis Askri Hana Etudiante en Thèse es Sciences (HK) Université Tunis El Manar
- 15. Iheb Boukari Etudiante enThèse es Sciences (HK) Université Tunis El Manar Zeineb Choucha Etudiante en Thèse es Sciences (HK) Université Tunis El Manar Ikram Ben Marzouk Mastère de recherche (SR) Université Tunis El Manar Amira Hammami Etudiante en Mastère (BM) Université Tunis El Manar Rahma Belhédi Etudiante en Mastère (BM) Université Tunis El Manar Nasri Amina Etudiant en Mastère (CB) Faculté des sciences de Bizerte Yasmine Najar Etudiante en PFE (BM) ESSTST Sarra Abassi Etudiante en PFE (BM) ESSTST Ons Ailaoui Etudiante en PFE (BM) ESSTST Arij Bouzaiene Etudiante en PFE (BM) ESSTST Présentation du laboratoire et réalisations en 2020 Le Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique (MMVDB) fut renouvelé, après son évaluation par le CNEAR, pour un troisième mandat 2020-2023. Les activités de recherche sont structurées en cinq projets conduits par cinq groupes de recherche : 1. Groupe de Microbiologie moléculaire conduit par le Pr Helmi Mardassi 2. Groupe des Mycoplasmes conduit par la Pr Boutheina Mardassi 3. Groupe de Candida conduit par Dr Sadri Zneidi 4. Groupe de Vaccinologie et Veille Sanitaire conduit par le Pr Chokri Bahloul 5. Groupe de Développement Biotechnologique conduit par la Pr Héla Kallel Thématiques principales de recherche A travers son groupe de microbiologie moléculaire, le MMVDB vise à établir la structure populationnelle, ainsi que l’exploration de la structure génomique des isolats cliniques : bacilles tuberculeux et mycobactéries atypiques, mycoplasmes de l’homme et des animaux, et les champignons pathogènes. Le séquençage du génome entier de ces pathogens modèles permettra d’identifier les déterminants génétiques conférant à chaque lignée un pouvoir pathogène particulier et à comprendre la persistence et la dissemination de certains clones au fil du temps. D’autre part, le décryptage de la structure génomique des souches locales aidera à déceler de nouveaux biomarqueurs, ou de nouvelles cibles thérapeutiques afin d’améliorer le diagnostic et le traitement des infections. Quant au groupe, vaccinologie et veille sanitaire, il travaille sur l'établissement d'une veille épidémiologique et sanitaire contre plusieurs pathologies virales animales et d’autres à potentiel zoonotique, et s'implique à les combattre dans leurs régions d'endémicité afin d'empêcher leurs diffusions aux régions autrement indemnes. Enfin le groupe sur le développement biotechnologique vise le développement d’approches novatrices pour la culture de cellules de mammifères, de bactéries et de levures, et œuvre à développer de nouveaux vaccins, soit par approche classique, soit par génie génétique. Résumé des résultats et des activités réalisées en 2020 1 Groupe de la tuberculose et des mycobactéries − Expansion réussie de la sous-lignée de Mycobacterium tuberculosis (M. tb) L4.3/LAM (Latin Amecrican Mediterrenean) grâce à un seul complexe clonal En Tunisie, L4.3/LAM est la sous-lignée la plus répandue, représentant plus de 37% de tous les cas de tuberculose (TB). Au sein de cette sous-lignée, le génotype LAM9 s'est avéré le plus courant. Au Maroc, pays voisin du Maghreb, L4.3/LAM a encore plus de succès, représentant près de 50 % de la population de M. tuberculosis. Par conséquent, il est possible de spéculer que L4.3/LAM est particulièrement adapté aux Maghrébins. Afin de mieux comprendre la base moléculaire qui contribue au succès relatif de ce génotype en Tunisie, nous avons procédé à un typage moléculaire MIRU- VNTR de 252 souches et le séquençage de 31 génomes isolées dans les trois régions Tunis, Bizerte et Zaghouan. L’approche Bayésienne implémentée dans le logiciel « STRUCTURE »a permis de
- 16. découvrir deux entitésbien différenciées(65.07% vs 34.92%) : une sous-population très répandue constituée d'un seul Complexe Clonal (TUN4.3_CC1) ; et une seconde sous-population, beaucoup moins répandue, principalement représentée par TUN4.3_CC2. Les analyses phylogénétiques basées sur MIRU-VNTR ont en outre confirmé la séparation génétique claire entre les deux principaux CC (FST= 0,56).TUN4.3_CC1 est clairement en pleine expansion en Tunisie, représentant 61,5% de la sous-lignée L4.3/LAM. La très faible proportion de résistance aux médicaments parmi les isolats de ce CC est indicative de leur capacité intrinsèque à se propager avec succès dans la population hôte. Les analyses génomiques ont montré que ce dernier présentait une richesse allélique moyenne plus élevée que TUN4.3_CC2, indiquant une évolution plus ancienne. Conformément à son expansion réussie, les souches du TUN4.3_CC1 ont présenté une distance génétique moyenne par paire réduite entre les génomes. Les analyses WGS ont aussi confirmé la différenciation claire entre les deux principaux CC, et ce résultat est cohérent avec le fait qu'ils peuvent être séparés en fonction d’une délétion dans la région RD115 (une caractéristique de L4.3/LAM qui s'est étendue à l'échelle mondiale à travers les migrations coloniales européennes). Ce travail est aussi complété par une analyse de croissance In Vitro de deux souches représentatives des deux CCs. Les résultats préliminaires ont montré une croissance plus rapide de la souche du TUN4.3_CC1 par rapport à celle du TUN4.3_CC2. − Génomique comparative des souches épidémique MDR de la région de Bizerte Un total de 74 souches MDR (Multi Drug Resistant) provenant de la région de Bizerte ont été assujetties à un séquençage génomique (Resequencing, HiSeq). L’analyse de génomique comparative entre les isolats de patients ayant un lien épidémiologique évident a montré un nombre important de SNPs(Single NucleotidePolymorphism) de différence, pouvant aller jusqu’à 12 SNPs. Cette différence est considérée élevée pour un clone possédant le même profil MIRU, comparée à d’autres souches épidémiques. Ceci nous laisse suggérer que ce dernier a la capacité de d’acquérir très rapidement des mutations, facilitant son adaptation dans la population tunisienne. 2. Groupe Mycoplasmes Dotés d’une nature distinctive du règne des bactéries au sein de l’empire des procaryotes, les mycoplasmes accostent chez leurs hôtes en mode de parasitisme et opportunisme. Ils sont ubiquitaires, commensaux, ou pathogènes. La plupart sont hôte-spécifiques et sont associés à des infections chroniques et atypiques, aussi bien chez les animaux que chez l’homme. Chez les animaux de rente, les mycoplasmoses engendrent des pertes économiques considérables. Chez l’homme, elles se traduisent par l’atteinte des voies respiratoires et urogénitales. Des travaux réalisés par notre groupe ont démontré l’association de ces bactéries à des problèmes de stérilité, à l’émergence de l’antibiorésistance et au cancer génital chez l’homme. A tous cela, s’ajoutent la dissémination clonale des souches cliniques et le changement du tropisme d’hôte. Dans le souci de mettre à nu l’importance clinique et économique de ces microorganismes et établir la génétique des souches circulantes en Tunisie, différents aspects ont été étudiés : - Pathogénomique de Mycoplasma hominis associé à l’infertilité Safa Boujemaa, Amina Ben Alaya, Béhija Mlik and Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi*An expanded Multilocus Sequence Typing scheme (eMLST) for Mycoplasma hominis Tunisian isolates reveals two population clusters associated with clinical manifestations.Scientific Reports (Octobre 2018) 8 :14854. L’étude phylogénétique a démontré l’appartenance des souches tunisiennes de M. hominis à deux clones distincts. Un clone est associé à l’infertilité et le second est lié aux infections gynécologiques. L’étude de leur sensibilité aux antibiotiques a révélé une résistance élevée des souches responsables d’infertilité à la tétracycline. L’étude de la prévalence et de la distribution des 14 serotypes d’Ureaplasma spp au sein de la population tunisienne a montré l’implication d’Ureaplasma parvum avec le serotype 3 dans l’infertilité du couple. L’analyse de leur sensibilité aux antibiotiques a révélé un taux élevé de souches multi résistantes. Cette multi résistance est plus fréquente chez les souches d’Ureaplasma urealyticum.La détermination de données relatives à leurs structures génomiques et aux facteurs responsables de leur évolution clonale et adaptation pour enclencher des manifestations cliniques particulières constitue nos objectifs prioritaires. - Etude d’une Potentielle Association entre les Mycoplasmes Urogenitaux et le Cancer de la Prostate. Osama Mohammed Saed Abdul-Wahab1, Mishari H. Al-Shyarba2 3, Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi3, Nessrine Sassi3, Majed Saad Shaya Al Fayi4, Hassan Hotifi5 4, Abdullah Hassan Al
- 17. Murea6, Béhija Mlik3,Elhem Yacoub* Molecular Detection of urogenital Mollicutes in Prostate Cancer Tissues. Infectious Agents and Cancer 16(6):1-11(2020)DOI:10.1186/s13027-021-00344- 9. L’implication de certains microorganismes, notamment les mycoplasmes, dans le cancer, d’une façon générale et l’inflammation chronique qui l’accompagne demeure mal définie. Dans un projet de collaboration avec l’Arabie Saoudite, nous avons travaillé sur la mise en évidence d’une relation potentielle entre les mycoplasmes urogénitaux et le cancer de la prostate chez des patients de la région de Aseer au sud-ouest de l’Arabie Saoudite. Par amplification par PCR des gènes spécifiques codant pour des antigènes de surface spécifiques de chacune des espèces des Mycoplasmes d’intérêt, nous sommes parvenus à identifier Ureaplasma urealyticumetUreaplasma parvum. S’il s’avérait que l’infection par U. parvumet par U. urealyticum est un, parmi les facteurs prédisposant au CP, la détection de ces espèces pourrait orienter le diagnostic et par conséquent faciliter la prévention et le traitement. - Typage Moléculaire et Susceptibilité Antibactérienne de Mycoplasma gallisepticum Imen Chniba, Safa Boujemaa, Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi* Clonal dissemination of antibiotic resistance among Tunisian Mycoplasma gallisepticum isolates as revealed by gene-targeted sequencing analyses. Avian Diseases, 65(1):102-112 (2020). https://doi.org/10.1637/aviandiseases-D-20-00080R1 Mycoplasma gallisepticumest responsable d’une maladie respiratoire chronique chez la poule, de la sinusite infectieuse chez la dinde et de la chute des performances chez les deux espèces. Dix huit isolats locaux ont fait l’objet d’une exploration génétique par la méthode eMLST. L’analyse des séquences de ces gènes a permis de distinguer les souches locales en 5 eSTs (expanded sequence type) eST1, eST2, eST3, eST4 et eST5. L’eST1 s’avère le plus dominant, puisqu’il renferme 8/18 isolats. L’étude de la susceptibilité antibactérienne des 18 souches de M. gallisepticum a révélé qu’elles sont toutes sensibles à l’aivlosine, alors que la tylosine présente moins d’efficacité vue la résistance totale et intermédiare de 4 et 8 isolats, respectivement. Tous les isolats sont sensibles à la famille des tétracyclines représentée par la doxycycline et l’oxytetracycline. Cette efficacité est retrouvée également avec la tiamuline appartenant à la classe de pleuromutiline. L’exploration d’une éventuelle relation entre un profil génétique déterminé et une susceptibilité antibactérienne chez les isolats de M. gallisepticum nous a montré une résistance élevée à l’enrofloxacine et à la spiramycine de la totalité du groupe eST1. Un tel résultat nous incite à explorer d’avantage cette relation et à remonter à la source de dissémination de ce groupe. 3. Groupe Candida (Mycologie Moléculaire) En 2020, les activités autour de la thématique de la mycologie moléculaire se sont principalement axées sur trois volets : i) le typage et phénotypage d’isolats cliniques de Candida albicans colonisant les voies respiratoires de patients atteints de mucoviscidose ; ii) l’étude des réseaux biologiques qui contrôlent le pouvoir commensal et pathogène de C. albicans et iii) l’identification d’approches thérapeutiques contre les champignons du genre Candida, notamment celles axées sur l’utilisation des bactéries probiotiques. Dans le cadre du premier volet, le laboratoire LR16IPT01 a obtenu deux soutiens financiers, notamment une bourse doctorale d’alternance du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique (MESRS), ainsi qu’une bourse doctorale du Réseau International des Instituts Pasteur (Bourses Calmette & Yersin). Ces soutiens financiers serviront à l’avancement d’une thèse de doctorat intitulée «Étude des déterminants phénotypiques et moléculaires responsables de la colonisation chronique par Candida albicans des voies respiratoires de patients atteints de mucoviscidose», en collaboration avec l’Unité Biologie et Pathogénicité Fongiques à l’Institut Pasteur à Paris. Par ailleurs, le financement par les Programmes d’Encouragement des Jeunes Chercheurs (N°19PEJC06-02) des volets traitant de l’étude des réseaux biologiques du pouvoir commensal et pathogène de C. albicanset des approches thérapeutiques a permis l’étude d’un sujet de thèse doctorale dont le titre s’intitule « Étude des mécanismes d’adaptation du pathobionteCandida albicans à l’environnement de l’hôte ». A ce stade, nous avons déterminé le profil d’inhibition de C. albicans par la souche probiotique E. coliNissle 1917. D’autre part, nous avons établi une collaboration avec l’équipe du Pr. Kalthoum Kallel (Hôpital la Rabta, UR17SP03), afin de caractériser les génotypes et étudier les mécanismes de transmission potentiels de l’agent majeur responsable des microsporidioses intestinales, Enterocytozoonbieneusi. Les microsporidioses sont des maladies émergentes, provoquant une diarrhée chronique et un syndrome de dépérissement sévère chez les patients immunodéprimés. L'épidémiologie moléculaire et les voies de transmission des infections à E. bieneusi font l'objet de recherches approfondies, surtout en Tunisie où le nombre de cas est en
- 18. augmentation. Nous avonsidentifié une forte prévalence d'un génotype rarement détecté chez E. bieneusi, appelé WL12, parmi les patients immunodéprimés positifs à E. bieneusi, qui sont hospitalisés au complexe hospitalier de BabSaadoun (La Rabta, Institut Salah Azaiez, Hôpital d’Enfants Béchir Hamza et au Centre National de Greffe de la Moelle Osseuse). Le génotype WL12 a été rapporté auparavant chez les animaux sauvages ainsi que dans des échantillons d'eaux usées, ce qui suggère une potentielle transmission zoonotique ou à partir de l’environnement. Cette étude codirigée par les Drs. Sadri Znaidi (LR16IPT01) et Kalthoum Kallel (UR17SP03) a été soumise pour publication dans le journal Journal of Fungi (Facteur d’Impact 5.82). Nos analyses phylogéniques ont permis de cartographier le génotype de toutes les souches d’E. bieneusi qui infectent notre population de patients et suggèrent une source commune de transmission du génotype WL12, soulignant la nécessité de mener une enquête épidémiologique plus large. Ce projet collaboratif d’intérêt majeur pour la santé publique en Tunisie va être soutenu par nos deux laboratoires, en sollicitant des opportunités de financement en 2021 par les organismes nationaux et internationaux. 4. Groupe Vaccinologie - Mise au point d’un vaccin à base d’ADN contre le Covid-19 Avec l'émergence mondiale du Covid19, les scientifiques du monde entier se sont lancés dans une course effrénée pour le développement d’un vaccin efficace. Les premières autorisations pour l’usage humain de ces vaccins ont été issues au mois de décembre 2020. De notre part, depuis le début du mois d'avril 2020, nous avons commencé à développer différents candidats vaccins à base d'ADN contre le Covid-19. Nous avons construit, séquencé, purifié et établi des banques primaires de plusieurs constructions qui codent pour l’intégralité ou une sous unité de la «Spike» du SARS-Cov2 ou pour la nucléocapside ou des constructions bicistroniques des deux valences à la fois. Nous avons commencé par explorer nos différents candidats vaccins à base d'ADN dans le modèle Balb/C. Cinq souris par groupe ont été administrées à chaque fois 100 µg du plasmide correspondant et des prélèvements de sangs ont été effectués aux jours 14, 28 et 90 après l'immunisation. Les résultats des tests ELISA (tapissage avec l'ectodomaine de la protéine recombinante Spike du SRAS Cov-2, produite sur un système Bacculovirus) montrent que jusqu'à J28, la quasi-totalité des groupes n'a pas montré des titres d'anticorps supérieurs à celui du groupe PBS. A J90, nous avons constaté une augmentation significative des titres en anticorps des souris administrées de nos différentes constructions plasmidiques comparativement aux souris administrées du PBS. L'augmentation est quasiment la même lorsque la valence Covid-19 est IRES ou Cap dépendante. Les plasmides qui codent pour le RBD ou la S1, semble être plus efficaces que ceux qui codent pour l’intégralité de la « Spike ». En plus, la fusion du domaine transmembranaire en particulier avec la construction codant pour la RBD semble pouvoir améliorer les réponses immunitaires humorales. Compte tenu des résultats obtenus avec le modèle murin, nous avons adapté l'approche aux lapins avec les différentes constructions. Des prélèvements de sangs ont été effectués aux jours 0, 14, 28, 50,90et 180. Les titrages des anticorps contre le SRAS Cov-2 ont été réalisés par ELISA soit après un tapissage avec l’ectodomaine de la Spike recombinante produite sur un système Bacculovirus, soit avec la Nucleocapsid recombinante produite dans un système procaryote. Ainsi, des faibles taux d'anticorps ont été induits dans tous les groupes jusqu'à J50. Semblable à ce que nous avons obtenu dans le modèle murin, nous devons attendre J90 pour avoir des réponses immunitaires humorales plus élevées. Par conséquent, les souris des groupes 1 (deux doses de 100 µg du pCMV3ISS-S), 2 (une seule dose de 200 µg du pCMV3ISS-S), 3 (deux doses de 400 µg du pCMV3ISS-S), 5 (une dose de 200 µg de pCMV3ISS-S1-TM-IC), 7 (une dose de 200 ug de pCMV3ISS-RBD-TM-IC) et 10 (une dose de 200 µg de pCMV3ISS-S1-IRES-N), ont montré des titres satisfaisants. Parmi eux, des lapins du groupe 10, à qui on a administré une construction multivalente, ont également induit des titres satisfaisants contre la nucléocapside recombinante, même si son expression est IRES dépendante. De plus, 6 mois après la vaccination, il y a toujours une augmentation régulière des réponses immunitaires humorales chez les lapins des groupes 1, 7 et 10. 5. Groupe Développement Biotechnologique - Production de la protéine spike RBD (Receptor Binding Domain) du SARS cov2 par le système baculovirus/cellules d’insectes (SF9) (Mohamed Boumaiza, Khaled Trabelsi, Amani Chaabane, Mariem Ben Zakour, Ines Akrouti, Samia Rourou) Nous avons réussi à produire la protéine spike RBD du SARS cov2 en utilisant le système Baculovirus/cellules d’insectes. Le plasmide a été obtenu de l’Institut Pasteur de Hong Kong. La
- 19. protéine a étéutilisée à échelle nationale (enquête nationale) et internationale (au sein du réseau des instituts Pasteur). - Développement d’une pIateforme à base d’adénovirus non répIicatif pour Ia production de vaccins aviaires Ce projet a été démarré depuis Décembre 2017 pour une durée de 30 mois (avec une extension de 6 mois). Il est mené en collaboration avec le Département de Bioprocédés de l’Université de McGill (Montréal, Canada) et le National Veterinary Institute (NVI, Ethiopie). Il a reçu un financement de la part du Centre de Recherche pour le Développement International (Montréal, Canada) suite à l’appel à propositions intitulé « Global Call for Research Proposals : Innovations to improve livestock vaccines ». L’objectif de ce projet est de développer un vaccin contre la maladie du virus de Newcastle en utilisant un adénovirus non réplicatif comme vecteur. Le procédé mis au point a le potentiel d’être exploité comme une plateforme pour développer d’autres vaccins. L’approbation de cette technologie pour usage humain suite à l’épidémie SARS-COV 2 a ouvert les portes devant la technologie adénovirus non réplicatifs. Au cours de ce projet, différents antigènes du virus ont été testés, en l’occurrence les antigènes de surface F et HN. Divers promoteurs ont été évalués et le CMV a été sélectionné. Nous avons tout d’abord étudié les différents adénovirus recombinants chez les souris (IPT) puis chez les volailles (NVI). Ces études ont permis de conclure que les adénovirus recombinants contenant les antigènes F sont les plus immunogènes. Ces vecteurs étaient plus immunogènes que le vecteur bicistronique contenant les gènes des protéines F & HN. Par la suite, le procédé de production de la protéine F-NDV par les cellules HEK293 a été optimisé en flacon agité (erlenmeyer) puis en bioréacteur. Nous avons étudié les paramètres suivants : milieu de culture, MOI, densité cellulaire à l’infection et stratégie de boost. La phase downstream a été également concernée. Les paramètres optimisés seront par le site utilisé pour produire des vaccins expérimentaux pour les études pré-cliniques (sur poules). Un transfert de technologie à l’IVI a été également proposé comme deuxième phase de ce projet. - Evaluation de la permittivité virale (virus rabique et virus de blue tongue) des cellules Vero adaptées à la culture en suspension Au cours des travaux antérieurs, nous avons développé un milieu sans produit d’origine animale (IPT- AFM) pour la culture de cellules Vero en bioréacteur agité et la production du virus rabique. Ceci a permis d’éviter l’utilisation du sérum et de la trypsine, produits d’origine animale qui peuvent être source de contamination par des agents adventices.Nous avons par la suite réussi à obtenir les cellules VeroS issues de l’adaptation des cellules Vero (ancrage dépendantes) à la culture en suspension. Au cours de ce travail, on s’est intéressé à l’optimisation des conditions de production des virus rabique (souche LP2061) et de blue tongue, sérotype 4 par les cellules VeroS dans le milieu IPT-AFM et autres milieux commerciaux. Les résultats obtenus montrent que le titre maximal du virus rabique était de l’ordre de 107FFU/ml (3 jours post-infection). Quand au virus de blue tongue, des études préliminaires ont permis d’atteindre un titre prometteur, soit : 107 TCDI50/mL (après 5 jours d’infection). Il est donc important de veiller à la caractérisation et la valorisation de la lignée VeroS ainsi établie. - Mise au point d’un vaccin multivalent contre le virus de la fièvre catarrhale ovine Ce projet rentre dans le cadre de notre participation au projet européen PALE-Blu financé par la communauté Européenne dans le cadre de l’appel à propositions H2020. Dans ce cadre, nous contribuons au WP « développement de vaccin contre la fièvre catarrhale ovine », nous travaillons sur la mise au point d’un vaccin multivalent contre les sérotypes 1, 4 & 8 du virus de la fièvre catarrhale ovine isolés en Tunisie. Le virus de la fièvre catarrhale ovine appartient du genre Orbivirus de la famille des Reoviridae, c’est un virus segmenté à ARN double brin, le génome code pour 10 protéines structurales et 4 protéines non structurales. La protéine VP2 est responsable de la synthèse des anticorps neutralisants chez l’hôte. Notre approche consiste à exprimer une protéine chimérique composée de fragments de la protéine VP2 contenant les épitopes neutralisants de chaque sérotype chez la levure Pichia pastoris. Le vecteur recombinant PICZ A a été construit puis linéarisé pour transformer la souche Pichia Pastoris KM71H. Plusieurs clones recombinants ont été sélectionnés, l’insertion de la cassette d’expression a été vérifiée par PCR et séquençage. L’analyse des surnageants de culture des différents clones réalisées en plaque multi-puits sur milieu BMGY puis BMMY, par dot-blot et Western blot, en utilisant des anticorps polyclonaux générés par l’équipe du Pr. Peter Mertens (Université de Nottingham), a montré une réponse par dot blot. Nous sommes en
- 20. train d’optimiser lesconditions de production pour passer aux essais pré-cliniques en collaboration avec l’IRVT. - Amélioration du procédé de production d’un vaccin antirabique à usage humain Au sein de notre laboratoire nous avons déjà mis au point un procédé (upstream et downstream) pour la production d’un vaccin antirabique à usage humain par culture de cellules Vero sur micorsupports en bioréacteur agité dans des conditions ne contenant pas de produits d’origine animale. Pour améliorer la stabilité du vaccin et optimiser la lyophilisation du produit en termes d’humidité résiduelle et temps de dissolution, nous avons bénéficié d’un financement de la part du DMDI (Division of Microbiology &Infection Diseases, NIAID, NIH, USA). Pour cela, nous avons fournit l’antigène antirabique (virus inactivé) purifié à nos partenaires américains afin de définir une formulation du produit optimale. Ainsi une formulation simple du vaccin a été identifiée. Nous avons aussi démarré des travaux pour améliorer le procédé de purification du virus de la rage produit sur cellules Vero. Notre objectif est de trouver une alternative à la purification du virus sur gradient de saccharose par ultracentrifugation continue. En effet cette méthode présente plusieurs inconvénients, notamment sa complexité, une difficulté de mise en œuvre et de standardisation. Pour cela, nous avons évalué de nouveaux supports chromatographiques, il s’agit de membranes monolithiques qui permettent de travailler à un débit élevé et de nouveaux supports de chromatographie d’exclusion. Une société Turque est intéressée par ce vaccin (transfert technologique planifié). - Développement de biosimilaires Deux projets de développement de biosimilaires ont été démarrés au sein de notre groupe Le premier projet a pour objectif de développer une forme recombinante de la gonadotrophine chorionique humaine. Ce projet a été sélectionné pour financement par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et la Recherche Scientifique, MESRS dans e cadre de valorisation des résultats de recherche, VRR. Il est réalisé en partenariat avec les Laboratoires MediS, une entreprise pharmaceutique locale. Le clonage a été réalisé avec succès et la partie transfection/sélection clonale est en cours de réalisation. Une collaboration avec l’université d’Osaka, Japan est également planifiée. Le second projet, également financé par le MESRS dans le cadre de l’appel à projet PAQ-Collabora. Le programme PAQ-Collabora est un nouveau programme pilote lancé par le MERS pour financer selon un mécanisme compétitif des projets collaboratifs au sein des technopoles. Notre projet a pour objectif de développer des clones recombinants de cellules CHO exprimant un anticorps monoclonal biosimilaire pour le traitement des maladies inflammatoires chroniques. Le consortium du projet est composé des laboratoires TERIAK et de Biotechpole Sidi Thabet, en plus de l’Institut Pasteur de Tunis. Le clonage a été réalisé avec succès et la partie transfection/sélection clonale est en cours de réalisation. Publications Hernandez-Cervantes, A., Znaidi, S., van Wijlick, L., Denega, I., Basso, V., Ropars, J., Sertour, N., Sullivan, D., Moran, G., Basmaciyan, L., Bon, F., Dalle, F., Bougnoux, M-E., Boekhout, T., Yang, Y., Li, Z., Bachellier-Bassi, S. and d'Enfert, C. (2020) A conserved regulator controls asexual sporulation in the fungal pathogen Candida albicans. Nature Communications, 11(1):6224.a Delarze, E., Brandt, L., Trachsel, E., Patxot, M., Pralong, C., Maranzano, F., Chauvel, M., Legrand, M., Znaidi, S., Bougnoux, M-E., d'Enfert, C. and Sanglard, D. (2020) Identification and characterization of mediators of fluconazole tolerance in Candida albicans. Frontiers in Microbiology, 11:591140. Znaidi, S. (2020) mSphere of Influence: Decoding transcriptional regulatory networks to illuminate the mechanisms of microbial pathogenicity. mSphere, Volume 5 Issue 1 e00917-19. Ghedira, K., Kouidhi, S., Hamdi, Y., Othman, H., Kechaou, S., Znaidi, S., Sghaier, H. and Rabhi, I. (2020) Pathway Maps of Orphan and Complex Diseases Using an Integrative Computational Approach. BioMed Research International, 2020:4280467. Safa Boujemaa,1 Béhija Mlik,1 Helmi Mardassi,2 Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi1ClonalSpreadTetracyclineResistanceAmong Mycoplasmahominis ClinicalStrains, Tunisia2 July 2020 Volume 2020:13 Pages 2093—2097.Infection and Drug Resistance.DOI https://doi.org/10.2147/IDR.S249630; https://doi.org/10.1186/s13756-020-0681 Imen Chniba, Safa Boujemaa, Boutheina Ben AbdelmoumenMardassi* Clonal dissemination of antibiotic resistance among Tunisian Mycoplasma gallisepticum isolates as revealed by gene-
- 21. targeted sequencing analyses.AvianDiseasesOctober 2020. httpss://doi.org/10.1637/aviandiseases- D-20-00080R1 Boujema S, Mlik B, Ben Allaya A, Mardassi H, Ben Abdelmoumen Mardassi B. Spread of multidrug resistance among Ureaplasma serovars, Tunisia AntimicrobResist Infect Control. 2020 Jan 23;9(1):19. doi: 10.1186/s13756-020-0681-5. eCollection2020.PMID: 31998474 Omar Farnós 1 , Esayas Gelaye 2 , Khaled Trabelsi 3 , Alice Bernier 1 , Kumar Subramani 1 , Héla Kallel 3 , Martha Yami 2 , Amine A Kamen Establishing a Robust Manufacturing Platform for Recombinant Veterinary Vaccines: An Adenovirus-Vector Vaccine to Control Newcastle Disease Virus Infections of Poultry in Sub-Saharan Africa (2020)MDPI PMCID: PMC7350225 DOI: 10.3390/vaccines8020338 Boumaiza, Mohamed, Khaled Trabelsi, Zeineb Choucha, Ines Akrouti, Serena Leone, Delia Picone, et Héla Kallel. « Production and characterization of a fusion form of hepatitis E virus tORF2 capsid protein in Escherichia coli ». Preparative Biochemistry & Biotechnology, 23 octobre 2020, 1‑8. https://doi.org/10.1080/10826068.2020.1836656 Mohamed Boumaiza, Samia Rourou, Paolo Arosio and Mohamed Nejib Marzouki. The Use of Ferritin as a Carrier of Peptides and Its Application for Hepcidi December 4th 2020 DOI: 10.5772/intechopen.94408 From IntechOpen Liste des projets en cours en 2020 Titre du projet Investigate ur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financeme nt (DT) Période PHINDaccess « Strengthening Omics data analysis capacities inpathogen-host interaction Helmi Mardassi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) et l’ensemble de l’IPT Commission Européenne H2020 2 463 499, 42 TND (3 ans) Octobre 2018- Septemb re 2021 Projet PCI, Étude génotypique et phénotypique de souches cliniques de Candida albicans isolées du tractus respiratoire de patients atteints de mucoviscidose. Sadri Znaidi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) Programme collaborative interne finance par l’IPT 40 000 DT (2ans) 2019- 2021 PJC09, Cibler la Dysbiose Fongique par les Probiotiques comme Approche Thérapeutique contre les Maladies Inflammatoires de L'intestin ". Sadri Znaidi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) MERST 20 000 DT (2ans) 2019- 2021 PALE-Blu: Understanding pathogen, livestock, environment interactions involving bluetongue virus. Héla Kallel Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) Commission européenne H2020 420000 DT (3 ans) 2017- 2020 A non-replicative adenovirus vaccine platform for poultry diseases Héla Kallel Laboratoire de MicrobiologieMolécul aire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) IDRC (International Development Research Center, 520000 DT (3 ans) 2018- 2020
- 22. Montreal, Canada) Projet PQ-Collabora : Développementde clones recombinants de cellules CHO exprimant un anticorps monoclonal biosimilaire pour le traitement de maladies inflammatoireschroniq ues Héla Kallel Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) Ministère de l’Enseignem ent Supérieur et de la Recherche Scientifique 300000 DT 2018- 2021 Dos N°584/Mobilisation de Doctorants pour la Réalisation de travaux de Recherche Partenariale dans le Milieu Socio- Economique, MOBIDOC Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01 Ministère de l’Enseignem ent Supérieur et de la Recherche Scientifique 2019- 2021 TOTAL des projets en cours en 2020 07 Liste des projets obtenus en 2020 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Développement d’une stratégie de réduction de la tuberculose bovine chez l’homme : Concept One Health Helmi Mardassi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique 150,000.000 TND 2019- 2021 Projet Valorisation des Résultats de Recherche, VRR: Développement d’une forme recombinante de la gonadotrophine humaine à usage pharmaceutique. Samia Rourou Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique 2020- 2023 Projet « Production de la protéine S- RBD du virus SARS Cov2 par la technologie baculovirus/cellules d’insectes », Worpackages de 3 projets : PRF, Easi et REPAIR MESRS et RIIP TOTAL des projets obtenus en 2020 03
- 23. Les chiffres clésdu laboratoire en 2020 1 Conférence 9 Publications dans des revues internationales 1 autre publication 7 projets en cours et 3 projets obtenus 8 Diplômes soutenus, 1 HDR et 11 diplômes en cours
- 24. Laboratoire de Transmission,Contrôle et Immunobiologie des Infections Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Barbouche Mohamed Ridha Professeurs Hospitalo-Universitaire / Chef de Laboratoire et Chef d’Equipe Louzir Hechmi Professeurs Hospitalo-Universitaire Ben Salah Afif Professeurs Hospitalo-Universitaire Laouini Dhafer Professeur d’enseignement supérieur Zhioua Elyes Biologiste Principal Ben Ahmed Malika Professeurs Hospitalo-Universitaire Bettaieb Jihène Maitre de conférences agrégé / Professeur Agrégé Hospitalo- universitaire Ben Mustapha Imen Professeurs Hospitalo-Universitaire Essafi Makram Maitre de conférences Ben Ali Meriem Maitre de conférences Mekki Nejla Maitre de conférences agrégé Zamali Imen Assistants Hospitalo-Universitaires. Kharroubi Ghassen Assistant Hospitalo-universitaire Ben Hmid Ahlem Assistants Hospitalo-Universitaires Chelbi Ifhem Maitre de conférences Ghawar Wissem Maitre Assistant/Biologiste adjoint Ben Abdessalem Chaouki Maitre-assistant Guerfali Fatma Zahra Maitre-assistant Belghith Meriem Maitre-assistant Boussoffara Thouraya Maitre-assistant Aicha Boukthir Technicien Sup Major Nebil Bel Haj Hmida Technicien Sup Major Adel Gharbi Technicien Mohamed Ali Snoussi Technicien Vétérinaire Principal Hayet Mhenni Gestionnaire contractuelle Mongi Dellagi Technicien contractuel Sadok Salem Technicien contractuel Jaouadi Kaouther Post-doc Atri Chiraz Post-Doc Rania Bouzeyen Post-Doc Attia Hanene Post-Doc Ben Farhat Khaoula Post-Doc Marzouki Soumaya Post-doc Ghouila Amel Post-doc Haoues Mariem Post-doc Rym Ouni Etudiant en thèse Bahrini Khadija Etudiant en thèse Magherbi Olfa Etudiant en thèse Ben Fadhel Oussema Etudiant en thèse Ben Cheikh Ali Etudiant en thèse Habouria Sara Etudiant en thèse Trimèche Malek Etudiant en thèse Rekik Raja Etudiant en thèse Tlili Aymen Etudiant en thèse Sondes beji Etudiant en thèse Hajer Lamari Etudiant en thèse Roukaya Yaakoubi Etudiant en thèse Bchiri Soumaya Etudiant en thèse Marwa khedhiri Etudiant en thèse
- 25. Kaouther ayouni Etudianten thèse Zaraa ines Etudiant en thèse Sondes beji Etudiant en thèse Amal zmmeli Etudiant en thèse Tira Meriam Etudiant en thèse Bali Aymen Ingénieur Principal contractuel Sadok Chlif Ingénieur statutaire Rihab Yazidi Ingénieur contractuel Sana Chaabane Ingénieur contractuel Cherif Ines Résident en Médecine Amal khalfallah PFE d’Ingénieur Bekir Jihène Etudiant en Mastère Ben Hamouda Wafa Etudiant en Mastère Bouzguenda Yoldoz Etudiant en Mastère Raghda Bsibes Etudiant en Mastère Mejri Manel Etudiant en Mastère Oumeima taamallah Etudiant en Mastère Ben Hamouda Sonia Etudiant en Mastère Cyrine Souissi Etudiant en Mastère Khouloud Maghraoui Etudiant en Mastère Hela Oueslati Etudiant en Mastère Présentation du laboratoire et réalisations en 2020 Introduction Le laboratoire de Recherche LR16IPT02 a fait suite en 2011 à l’ancien Laboratoire de Recherche LR00SP06. Les thématiques de Recherche du Laboratoire sont centrées sur l’étude de la relation hôte- pathogène dans plusieurs modèles de pathologies infectieuses. L’évaluation externe du deuxième mandat (2016-2019) par le CNEARS a eu lieu le 15 Décembre 2020. Les 3 équipes impliquées dans le Laboratoire ont ainsi continué leurs travaux de recherche sur leurs thématiques respectives et ont une production scientifique en progression continue et significative. La première équipe travaille sur l’épidémiologie, la surveillance et le contrôle des maladies infectieuses, la deuxième sur l’immunobiologie des leishmanioses et la troisième sur les situations dysimmunitaires et l’infection avec un intérêt particulier pour les mécanismes d’évasion, les déficits immunitaires innés et l’auto-immunité. A côté de ces 3 axes classiques faisant partie du contrat programme, le laboratoire s’est impliqué en 2020 et afin de contribuer à la réponse nationale à la pandémie COVID-19 par ses 3 équipes dans l’épidémiologie, le séquençage de souches et le diagnostic immunologique de l’infection SARS CoV-2. Thematiques essentielles de recherche 1ère équipe : Nom du responsable, grade : Jihène Bettaieb, MD, Professeur Agrégé. Les axes de recherche du groupe 1 s’articulent autour de l’Epidémiologie, la Surveillance et le Contrôle des maladies infectieuses qui posent un problème de santé publique en Tunisie. Plus spécifiquement, l’équipe est engagée actuellement dans les projets de recherche suivants : Projet 1 : La Leishmaniose Cutanée Titre du projet : Histoire naturelle de l’infection par les parasites Leishmania dans des foyers mixtes et émergents de Leishmaniose Cutanée du sud de la Tunisie. Ce projet de recherche vise à explorer le rôle de Ctenodactylus gundi et Phlebotomus sergenti, respectivement, comme hôte réservoir et vecteur de L. killicki potentiels et d'étudier l'épidémiologie et l’expression clinique des deux formes de la LC qui co-circulent dans le foyer de Tataouine. Le travail de collecte des données sur terrain s’est achevé courant 2020 pour les trois volets de l’étude (humain, réservoir, vecteurs). Au total : – Volet humain : 268 patients atteints de LC consultant au centre de santé de base de Ghomrassen- Tataouine ont été inclus, géo-localisés et suivis jusqu’à guérison des lésions. – Volet réservoir : 240 rongeurs de l’espèce Gundi et 46 rongeurs appartenant au genre Jaculus ont été capturés
- 26. – Volet vecteur: environ 10.000 phlébotomes ont été collectés Les analyses épidémiologiques et biologiques (parasitologique, moléculaire, sérologique) des données et des spécimens collectés sont en cours. Projet 2 : La grippe saisonnière Projet 2.1 : Titre : Connaissances, attitudes et pratiques des groupes à risque sur le vaccin de la grippe saisonnière. Les objectifs de ce projet étaient de décrire les connaissances, les attitudes et les pratiques des groupes cibles envers le vaccin contre la grippe et d’estimer la couverture vaccinale contre la grippe saisonnière auprès de trois groupes cibles. Pour répondre à ces objectifs, une enquête nationale type CAP (Connaissances, Attitudes et Pratiques) a été menée en 2019 auprès de trois groupes cibles de la vaccination antigrippale (femmes enceintes, professionnels de la santé et sujets âgés de plus de 65 ans et atteints de maladies chroniques) Au total, 1231 personnels de santé, 1191 sujets âgés et 1157 femmes enceintes ont été inclus dans l’étude. Ils étaient sélectionnés selon un échantillonnage stratifié à plusieurs degrés auto-pondéré parmi les consultants et les travailleurs de la santé des structures publiques de santé suivantes : centres de santé de base, hôpitaux régionaux et hôpitaux de circonscriptions. Les résultats des analyses préliminaires ont révélé une faible couverture vaccinale contre la grippe, pour la saison grippale 2018-2019, chez les trois groupes cibles : − Femmes enceintes: 4,4% (IC : à 95% [3,3-5,7]) − Professionnels de la santé : 15,3% (IC : à 95% [13,3-17,2]) − Patients âgés et atteints de maladies chroniques : 19,4% (IC : à 95% [14,1-21,9]) Le dépouillement des données est en cours pour affiner davantage les analyses afin d’identifier les obstacles à la vaccination antigrippale. Projet 2.2 : Titre : Préparation de la pérennité du système national de surveillance électronique de la grippe en Tunisie. Ce projet a pour objectif principal d'optimiser le fonctionnement du système de surveillance de la grippe en Tunisie et d'accompagner l'installation et l'utilisation de l'application IMS (Information management System) par les différents acteurs impliqués dans la surveillance afin de préparer la pérennité de la surveillance électronique. Cette activité se déroule en étroite collaboration avec la DSSB et entre dans le cadre d’un projet de recherche financé par le CDC d’Atlanta ayant démarré en 2014. Dans ce contexte, l’application informatique du nouveau système électronique de gestion des données de surveillance de la grippe (IMS) a été, effectivement, mise en place en 2019. Les différents acteurs impliqués dans la surveillance ont été formés à son utilisation et son exploitation a commencé fin 2019. L’année 2020 a essentiellement consisté au recueil du feedback des différents utilisateurs afin d’améliorer la performance de la plateforme et corriger les défaillances constatées. Par ailleurs, l’application a été validée par le centre informatique du ministère de la santé (CIMS) qui désormais, en collaboration avec tous les partenaires, prend en charge la résolution des problèmes rencontrés afin d’améliorer les performances de la plateforme. Parmi les défaillances notifiées, la génération des rapports d’analyse des données de surveillance et la qualité de la connexion internet étaient au centre des préoccupations. Des réflexions sont en cours pour prendre les mesures nécessaires susceptibles de pallier ces insuffisances, notamment l’installation de la fibre optique dans les différents centres de surveillance. Projet 3 : La COVID 19 Projet 3.1 : Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 dans la population dans deux zones caractérisées par un niveau d’incidence différent L’objectif général de cette étude est d’estimer le niveau de diffusion du SARS-CoV-2 à l’issue de la 2ième vague épidémique qui a touché le pays dans les zones de fortes incidences et dans les zones de faibles incidences. Pour cette fin, une étude séro-épidémiologique transversale de porte à porte dans deux zones d’incidences différentes (Hotspot et faible incidence) de la ville de Tunis sera menée en 2021. L’étude se basera sur un échantillon de la population générale tiré au sort par sondage en grappe à l’échelle des quartiers et sera donc constituée par l’ensemble des membres des foyers sélectionnés. Environ 800 personnes seront incluses par zone d’étude. Pour chaque participant un questionnaire sera administré et un prélèvement de sang sera effectué pour analyse sérologique avec la technique ELISA. Le protocole de l’étude a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au comité d’éthique de l’IPT. Projet 3.2. Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 parmi le personnel de l’Institut Pasteur de Tunis On cherche à travers cette étude à estimer le niveau de diffusion du SARS-CoV-2 à l’issue de la saison grippale 2020-2021 parmi le personnel de l’IPT. Pour cela, une étude séro-épidémiologique transversale
- 27. exhaustive parmi lepersonnel de l’IPT sera menée à la fin du mois de Mars 2021. L’ensemble des agents de l’IPT travaillant de façon permanente ou temporaire seront invités à participer à l’étude. La collecte des données va comporter un questionnaire et un prélèvement de sang pour analyse sérologique avec la technique ELISA. Le protocole de l’étude a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au comité d’éthique de l’IPT. Projet 3.3 : Titre : Cinétique d’évolution tardive des anticorps du SARS-COV-2 Cette étude vise à définir la cinétique d’évolution des anticorps (Ac Totaux, IgG, IgA) contre le SARS-CoV- 2 chez les personnes ayant eu une confirmation diagnostic d’infection par un test PCR positif. Il s‘agit d’une étude séro-épidémiologique type cohorte prospective (terme de suivi jusqu’à 12 mois après l’inclusion) auprès d’un échantillon de convenance de personnes diagnostiquées + par des tests RT-PCR suite à l’apparition de symptômes cliniques caractéristiques de COVID19. Les participants à l’étude vont subir des prélèvements de sang selon une cinétique bien établie dans le temps après apparition des symptômes : (J30, J60, J90, 6 mois et 12 mois) pour la mise en évidence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 de classes IgG et IgA. Le protocole de l’étude a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au comité d’éthique de l’IPT. 2ème équipe : Nom du responsable, grade : Dhafer Laouini, PhD, Biologiste Principal Les axes de recherche du groupe 2 sont essentiellement l’immunobiologie des leishmanioses et plus récemment l’infection par SARS CoV-2. Projet 1 : Analyse de l’immunogénicité des peptides issus de trois antigènes leishmaniens (Thouraya Boussofara, Hechmi Louzir et collaborateurs): Il s’agit d’un travail réalisé dans le cadre PL-VAC d’un projet en collaboration avec l’IRD (Montpellier, France), financé par la SATT-AxLR. Ce projet avait pour objectif l’évaluation de l’immunogénicité de 11 peptides issus de trois protéines de Leishmania. Lesdits peptides ont été conçus sous trois formes différentes avec des modifications post-traductionnels (palmitoylation ou acétylation) ou encore la soustraction du groupe amine, afin d’améliorer leur stabilité et d’augmenter leur immunogénicité. Les résultats des tests ELSIPOT spécifique d’IFN-, CBA utilisant le kit LEGENDplex (13 cytokines) et ceux par cytométrie en flux, ont permis de sélectionner certains peptides prometteurs pour une potentielle conception d’un vaccin multi-épitopique contre les leishmanioses. Projet 2 : Caractérisation de la réponse immune chez les individus asymptomatiques ou ayant développé une leishmaniose cutanée zoonotique (LCZ) à L. major (Thouraya Boussofara, Hechmi Louzir et Collaborateurs): Cette étude a été entamée dans le cadre du travail de mastère de Mlle. Hela Ouslati. Des cellules mononucléées du sang périphérique (CMSP) prélevées chez des individus guéris d’une LCZ, des individus infectés d’une manière asymptomatiques ainsi que des individus sains (contrôles négatifs). Les CMSPs sont incubées en présence de promastigotes métacycliques de L. major à un rapport de 3 parasites/cellule. L’ARNm extraite des CMSP stimulées ou pas par le parasite, est utilisée par la suite pour la quantification des différents marqueurs des cellules effectrices (T-bet, Gata3, FoxP3, IL-4, IL-10, IL-17, IL-27 et GrzB) par RT-qPCR. Les résultats obtenus laissent suggérer un potentiel rôle des cellules Treg dans la pathogénie de la LCZ. Ce travail est poursuivi actuellement, en augmentant l’effectif de sujets et en élargissant l’analyse à d’autres molécules cible. Projet 3 : Étude fonctionnelle d’une protéine salivaire PpSP32 de Phlebotomus (Ph.) papatasi, vecteur de Leishmania (L.) major (Melika Ben Ahmed Soumaya Marzouki, Hechmi Louzir et collaborateurs): PpSP32 est une protéine salivaire de Ph. papatasi, vecteur de la LCZ due à L. major. Il s’agit de la protéine immunodominante puisqu’elle est la cible des anticorps chez la majorité des individus vivant en zone d’endémie de la LCZ et naturellement exposés à la piqûre de ce vecteur (Marzouki S, 2012, Mondragon- Shem K, 2015). La présence d’anticorps humains dirigés contre cette protéine représente un facteur de risque de la maladie (Marzouki S, 2011, 2012) d’où l’intérêt de l’utiliser comme biomarqueur prédictif de la maladie chez des individus piqués par le phlébotome (Marzouki S, 2015). Récemment, nous avons démontré l’implication de la salive de P. papatasi, et plus particulièrement de la PpSP32 dans l’étiopathogénie du pemphigus (Zarra I, 2012 ; Marzouki S, 2020), En effet, nous avons démontré pour la première fois, une interaction entre la protéine PpSP32 et les protéines épidermiques Dsg1 et 3, cibles de la réponse immune au cours du pemphigus. Nos résultats soutiennent ainsi le rôle clé de la PpSP32 dans l’initiation de la réponse auto-immune dans le pemphigus d’autant plus que nous avons démontré que les souris immunisées contre la protéine PpSP32 développent au bout de deux mois des anticorps anti-Dsg1. L’ensemble de ces données soulignent l’importance d’élucider les fonctions et la structure de la PpSP32
- 28. qui restent àce jour méconnues. Ainsi, nous avons initié l’étude fonctionnelle de la PpSP32 en analysant ses effets immuno-modulateurs (effets sur la prolifération des lymphocytes T et la production des cytokines par les cellules lymphocytaires et monocytaires). Nos résultats montrent que la PpSP32 n’a aucun effet sur la prolifération cellulaire des lymphocytes T. La PpSP32 ne semble pas non plus avoir d’effet sur l’expression de CD86 et HLA-DR à la surface des monocytes. Par contre, cette protéine semble moduler négativement les cytokines pro-inflammatoires TNF-α, IFN-γ, IL-6 et IL1-β et positivement la cytokine anti- inflammatoire IL-10. L’ensemble de nos résultats suggèrent un effet anti-inflammatoire de la protéine PpSP32. L’inclusion d’un nombre plus élevé de donneurs est en cours afin de confirmer ces résultats. Le criblage des actions de la PpSP32 dans divers processus cellulaires tels que l’agrégation plaquettaire, la coagulation, l'inflammation, la migration et la prolifération cellulaire sont également en cours. Projet 4 : Contribution à la lutte contre la COVID-19 (Fatma Guerfali, Chirza Atri, Aymen Bali, Ali Ben Cheikh, Dhafer Laouini et collaborateurs) : Depuis plus d’une année les activités du groupe ont été limitées à l’essentiel suite aux confinements multiples imposés par le gouvernement et la direction de l’Institut. Par ailleurs, nous avons essayé, malgré ces contraintes, à contribuer, dans nos domaines d’expertise, à la lutte contre la pandémie COVID-19, et ce en développant des axes divers. Projet 4.1. Mise en place de tests de diagnostic rapide du SARS-CoV-2. : Parmi les méthodes qu’on développe dans ce cadre, le test LAMP, si bien optimisé montre une sensibilité comparable à celle de la PCR. Les colorants fluorescents intercalaires sont compatibles avec la réaction LAMP ce qui permet d’observer l'amplification en temps réel. De plus, un échantillon non purifié peut être directement utilisé pour LAMP. Ceci indique qu'un test à grande échelle pour la détection du SARS-CoV-2 est possible lorsque l'utilisation d'un échantillon non purifié est combinée à une utilisation non instrumentale (par exemple colorimétrique). Notre travail vise à développer, optimiser et valider un test moléculaire rapide pour la détection du SARS- CoV-2 en ciblant des séquences nucléotidiques spécifiques du virus incluant les gènes codant pour les protéines E, N et RdRp du SARS-CoV-2. Après la conception de plusieurs amorces sur la base du génome complet des différentes souches du SARS-CoV-2. Nous sommes actuellement à tester les amorces en une étape afin de minimiser le temps de la réaction et ce sur une centaine d’échantillons positifs et négatifs. Projet 4.2. Mise en place de formation et de séquençage profond du SARS-CoV-2 : Nous avons entamé des discussions avec la Direction du Fogarty International Center (NIH, USA) qui se sont concrétisées par l’organisation d’un cours en ligne, avec le concours de Johns Hopkins University, USA, pour le séquençage par la méthode commercialisée par Oxford Nanopore Technologie (MinION). Cette formation a bénéficié à une douzaine de jeunes scientifiques de l’IPT dont deux affiliés au Laboratoire de Virologie Clinique, ainsi qu’à d’autres scientifiques appartenant à d’autres structures nationales (Centre de Biotechnologie de Sfax et Centre National de Référence pour les Virus Respiratoires). A la suite de cette action, notre groupe a reçu le nécessaire afin de contribuer à l’effort institutionnel pour la surveillance moléculaire du SARS-CoV-2 et ses variants d’intérêt, et ce en collaboration avec le Laboratoire de Virologie Clinique. Projet 4 : Contribution dans le projet institutionnel PHINDaccess (Fatma Guerfali, Thouraya Boussofara, Chiraz Atri, Dhafer Laouini): Plusieurs membres de notre équipe sont activement impliqués dans la réalisation des objectifs du projet institutionnel "Strengthening omics data analysis capacities in pathogen-host interaction" (811034- H2020- EU.4.b). Ils sont particulièrement impliqués dans les workpackages 2 (enseignement et formation), 3 (infrastructure, 4 (excellence scientifique) et 6 (recherche translationnelle). Projet 5 (Projet indépendant du Groupe 2): Immunogénicité et efficacité du vaccin Lmcen-/- dans le modèle canin (Elyes Zhioua, Thouraya Boussoffara, Ifhem Chelbi): Plusieurs groupes suggéraient qu’une infection contrôlée à la leishmanie atténuée, fournissant une gamme complète d'antigènes du parasite, pourrait constituer une alternative pour le développement d'une immunité protectrice. Par conséquent, les parasites vivants atténués, non pathogènes, devraient induire la même immunité protectrice que la leishmanisation et constituer ainsi des vaccins efficaces. Dans ce contexte, des leishmanies génétiquement atténués, tels que Ldcen-/-(L. donovani déficient en gène de la centrine), se sont révélés efficaces dans plusieurs modèles animaux et pourraient constitués ainsi un potentiel candidat- vaccin. Leishmania Centrine est une protéine cytosquelitique se liant au calcium, située dans le centrosome / corps basal et est impliquée dans la duplication ou la ségrégation des leishmanies. Cependant, l'utilisation de L. donovani atténué vivant comme vaccin chez l'homme pourrait soulever des problèmes de sécurité en raison du potentiel de viscéralisation de cette espèce de Leishmania. Par conséquent, une leishmanie
- 29. dermatotrophique atténuée, telleque L. major, conférant une protection croisée contre la LV, pourrait être un vaccin plus sûr contre la leishmaniose, car les événements indésirables (développement d'une lésion au site de vaccination, par exemple) seront faciles à surveiller et à traiter au moyen d'interventions topiques. Notre travail porte sur l’analyse de l’immunogénicité et de l’efficacité du vaccin constitué par le parasite Leishmania atténué (Lmcen-/-) en utilisant un modèle canin d'infection naturelle par le L. infantum. L'objectif est de tester l'innocuité et l'efficacité du vaccin LmCen-/-, formulé sous deux formes différentes (avec ou sans sérum) et produit dans des conditions GLP par notre partenaire Gennova (Inde). Pour ceci nous avons procédé en deux étapes : 1) Analyse de l’immunogénicité du candidat vaccin et 2) étude de son efficacité pour la protection contre l’infection naturelle par L.infantum. Nous avons commencé tout d’abord par optimiser les conditions d’immunisation des chiens (dose, voie d’injection et nécessité de faire ou pas un rappel). Le système ‘readout’ étant l’analyse de la réponse humorale et cellulaire chez ces chiens immunisés, en plus des différents paramètres clinique, hématologique et biochimique. Cette étape nous a permis de déterminer les conditions optimales d’immunisation et de démontré l’immunogénicité du candidat vaccin. Pour l’étude de l’efficacité du candidat vaccin, des chiens immunisé avec GLP-Lmcen-/-, dans les conditions optimales, ont été transférés dans un foyer endémique pour l’infection par L.infantum, agent causal de Lcan, pendant la saison de transmission (Juillet- Octobre). L’exposition à l’infection naturelle a été faite pendant deux saisons de transmission successives (2019 et 2020) afin de tester la nécessité de faire un rappel annuel de vaccination. Un examen clinique ainsi qu’une analyse des différents paramètres (hématologique, biochimique, parasitologique et immunologique) est réalisée à différentes cinétiques post- challenge. 3- 3ème équipe : Nom du responsable, grade : Mohamed Ridha BARBOUCHE, MD/PhD, Professeur en Immunologie Les axes de recherche de l’équipe s’articulent autour de l’étude de situations dysimmunitaires et l’infection avec un intérêt particulier pour : Projet 1 : Etude de situations dysimmunitaires par échappement et modulation des réponses immunes induites par les mycobactéries, biomarqueurs de l’infection et candidats vaccins et SARS CoV-2(Makram Essafi et collaborateurs ; Chaouki Benabdessalem et collaborateurs). Nous avons poursuivi la caractérisation des effecteurs immunitaires nécessaires à une réponse immune robuste contre la tuberculose. Auparavant, nous avons démontré que l'apoptose des macrophages humains infectés par le BCG est assurée par le facteur FOXO3 (Haoues et al, 2014). Nous avons aussi démontré que FOXO3 inhibe l'expression de l'IL-10 dans les macrophages infectés par le BCG, favorisant une réponse immune robuste du type M1/Th1 (Bouzeyen et al, 2019). Nous collaborons avec des chercheurs Indiens (Projet de recherche Tuniso-Indien financé par le MES) afin d'évaluer l'effet de l'activation de FOXO3 (utilisant un inhibiteur d'Akt) sur l'efficacité du BCG dans un modèle animal. Nos résultats ont montré une induction d'une réponse Th1 lorsqu'on active FOXO3 au cours de la vaccination par le BCG, conduisant à une meilleure protection contre l'infection par la souche sauvage Mycobacterium tuberculosis (Bouzeyen et al, en révision dans Frontiers in Immunology). Nous continuons à explorer le rôle de FOXO3 dans l'autophagie, un mécanisme de défense cellulaire contre les infections mycobactériennes, dans le cadre de notre projet collaboratif avec des collègues de l'Afrique du sud (Projet financé par le MESRS session 2019). Nous avons prouvé une régulation directe de l'expression de Sesn1 (facteur autophagique) par FOXO3. Nous continuons également l'exploration de l'impact de la tuberculose bovine sur la santé humaine dans le cadre de notre projet PRF finacé par le MESRS. Par ailleurs, nous avons déposé un brevet d’invention qui consiste à l’identification du fragment extracellulaire de la protéine kinase B de Mycobacterium tuberculosis(Mtb), que nous avons nommé PPM, en tant qu’un nouveau immunogène de Mtb et de son utilisation pour des finalités diagnostique et vaccinale. PPM est un nouveau candidat pour le développement d’un vaccin de post-exposition afin de prévenir la progression vers la tuberculose active ainsi que pour le développement d’un vaccin thérapeutique. Nos résultats montrent pour la première fois que PPM est un antigène qui induit des réponses spécifiques corrélant avec la protection de type CD8 cytotoxique chez l’humain ainsi que des réponses anticorps qui peuvent inhiber la croissance de Mtb dans un modèle in vitro. De ce fait nous proposons le développent d’un vaccin de type ARN de post-exposition pour la tuberculose. L’investigation de la tuberculose ganglionnaire qui est un problème de santé publique en Tunisie avec une prédominance de la forme cervicale a été poursuivie. Le diagnostic actuel pose un problème puisque les manifestations cliniques de la lymphadénite cervicale tuberculeuse (LCT) imitent le tableau clinique d’autres lymphadénites cervicales infectieuses et non infectieuses. Nous nous sommes intéressés à identifier des biomarqueurs immunologiques potentiels pour améliorer le diagnostic. Les PBMCs de patients suspects pour la LCT ont été stimulés par des antigènes mycobactériens (PPD, ESAT-6 et HBHA). Les sécrétions de diverses cytokines et molécules cytotoxiques (Granzyme B, l’IFNγ, l’IL-1β et TNFα) ont
- 30. été quantifiées parla technique ELISA puis comparées entre deux groupes de patients (LCT vs LCNT). Nos résultats préliminaires suggèrent que les marqueurs Granzyme B et IFNγ spécifiques à l’antigène HBHA peuvent être utiles pour le diagnostic de la LCT Ce programme fait partie des activités du CIC (Centre d’Investigation Clinique) de l’Institut. Le développement de tests sérologiques fiables et robustes, pour détecter les anticorps anti-SARS-CoV-2, est nécessaire pour des études de séroprévalence qui est requis pour mieux lutter contre la pandémie de COVID-19. Dans le cadre de l’initiative Taskforce COVID19, lancée par le RIIP, nous avons eu un projet qui consiste dans le développement des tests ELISA pour détecter les anticorps IgG dirigés contre la nucléoprotéine N et le domaine S-RBD du virus SARS-CoV-2. Dans ce travail, nous avons réussi la production et la purification d’une forme recombinante de la protéine N dans Escherichia coli ainsi que la production du domaine S-RBD dans le système baculovirus/cellules d’insectes Sf9 qui ont servi pour le développement et l’optimisation des tests ELISA. L’analyse par la courbe ROC montre une spécificité et une sensibilité de 92% et 95% respectivement pour la protéine N et de 93.% et 96% pour le domaine S- RBD. Nos résultats montrent également que la forte sécrétion des IgG dirigés contre la nucléoprotéine est associée à la sévérité des symptômes. Par ailleurs, nous avons investigué une éventuelle interférence entre l’infection par Mycobacterium tuberculosis et la réponse anticorps dirigée contre l’antigène N du SARS-CoV-2, nos résultats montrent l’absence d’une réactivité croisée. Les tests ELISA développés au cours de ce travail sont en cours d’être utilisés dans une enquête nationale ainsi que pour une étude multicentrique de séroprévalence dans neuf pays Africains dans le cadre du projet REPAIR lancé par le RIIP. Projet 2 : Etude des dysfonctionnements du système immunitaire liés à une susceptibilité génétique de l’hôte aux infections, dans des modèles à déterminisme monogénique (Mohamed-Ridha Barbouche, Imen Ben Mustapha, Meriem Ben Ali, Najla Mekki et collaborateurs): Investigation des bases immunologiques du syndrome Hyper IgE en Tunisie : Ce syndrome est un déficit immunitaire primaire rare caractérisé par une triade de signes cliniques incluant des taux très élevés d'IgE (> 2000 UI/ml), des abcès cutanés dus à des infections récurrentes à Staphylocoque et des pneumonies récidivantes. Il existe deux formes du syndrome Hyper IgE : une forme autosomique dominante AD-HIES qui représente plus de 70% des cas, elle est due à des mutations hétérozygotes du gène STAT3 (signal transducer and activator of transcription3). La forme récessive la plus répandue est quant à elle due à des mutations du gène PGM3 que notre groupe a contribué à son identification en 2014. Des anomalies des sous-populations lymphocytaires sont observées avec fréquemment une inversion CD4/CD8 et notamment une réponse TH1/TH2 déviée vers TH2. Nous avons observé que les patients PGM3 déficients partagent certains signes cliniques avec les patients déficients en facteur de transcription STAT3. La protéine STAT3 intervient dans la signalisation via le récepteur de l’interleukine-6 (IL6) dont l’une des sous-unités (gp130) est hautement glycosylée. Nous avons pu démontrer que le chevauchement des signes cliniques entre les patients STAT3 déficients et PGM3 déficients est en réalité dû à un défaut d’expression de la protéine gp-130, le corécepteur de l’IL-6 et de l’IL-27, elle-même impliquée dans la voie de signalisation de STAT3. Ce qui nous amène à émettre les hypothèses suivantes : 1) L’élévation des IgE chez les patients PGM3 déficients pourrait être due au défaut de signalisation de l’IL-6 qui entrainerait un défaut de production de l’IL-21 par les lymphocytes T CD4+ qui aura certainement des conséquences sur le développement des lymphocytes B et sur la production des Ig-E par défaut de production de l’IL-4 et 2) Le défaut de signalisation via l’IL-27 chez les patients PGM3 déficients pourrait entraîner un défaut de phosphorylation de STAT1 qui contrôle la population TH1. Ceci pourrait expliquer la réponse immune orientée vers un profil TH2 et par conséquences l’augmentation des IgE. Ces hypothèses font partie d’un travail de thèse. L’ALPS (Autoimmune Lymphoproliferative syndrome) et le syndrome IPEX (Immune Dysregulation, Polyendocrinopathy, Enteropathy, X-linked) sont deux déficits immunitaires primitifs bien caractérisés avec dysregulation immunitaire, considérés comme deux modèles de maladies auto-immunes monogéniques. Ces deux entités peuvent présenter un chevauchement clinique vu que l'auto-immunité constitue leur principale manifestation clinique. Le diagnostic différentiel se base classiquement sur l’utilisation de plusieurs biomarqueurs immunologiques. Dans ce cadre, nous avons rapporté un patient qui présentait des caractéristiques cliniques et des biomarqueurs répondant aux critères diagnostiques de l'ALPS. Un défaut apoptotique sévère a également été observé au niveau des lignées cellulaires du patient et des lymphocytes du sang périphérique activés par la PHA. Le séquençage Sanger du gène FAS n'a révélé aucune mutation causale. Le screening par technologie NGS a révélé une mutation délétère située au niveau du domaine N terminal répresseur de FOXP3 et aucune autre mutation n’a été retrouvée au niveau des gènes impliqués dans la voie FAS. Par ailleurs, les cellules TEMRA (terminally differentiated effector
- 31. memory cells re-expressingCD45RA) et l'expression de PD1 étaient augmentées chez le patient, plaidant en faveur de l'épuisement des cellules T qui pourrait être induit par l'activation effrénée des cellules effectrices T en raison d'un déficit en Treg. De plus, le déficit en FOXP3 observé chez le patient pourrait induire intrinsèquement une prolifération accrue et une résistance à l'apoptose au niveau des cellules effectrices T. Cette observation élargit le spectre des déficits en FOXP3 et souligne le rôle du NGS dans la détection des mutations qui induisent des phénotypes qui se chevauchent parmi les erreurs innées de l'immunité avec dysregulation immunitaire. De plus, ces résultats suggèrent un lien potentiel entre les voies FOXP3 et FAS. Le déficit immunitaire commun variable est le plus fréquent des déficits immunitaires primitifs de l’adulte. Il est caractérisé par un défaut de production d’anticorps responsable d’une hypogammaglobulinémie primitive. Le phénotype clinique est hétérogène mais dominé par un tableau d’infections bactériennes à répétition le plus souvent des voies aériennes. Des manifestations auto-immunes et lymphoprolifératives peuvent être associées à ce tableau infectieux. Les symptômes peuvent débuter dans l’enfance ou à l’âge adulte et le diagnostic est malheureusement souvent retardé d’une dizaine d’années en moyenne. A ce jour, aucune étude clinique et immuno-génétique approfondie n’a été faite chez les patients tunisiens atteints de ce déficit. Une telle étude permettra l’établissement d’un diagnostic précoce en vue d’une prise en charge thérapeutique adaptée. Dans le cadre d’un travail de thèse en cours, nous nous sommes proposés de : 1) Décrire le profil épidémiologique et clinique des patients Tunisiens atteints de déficit immunitaire commun variable, 2) Caractériser leur phénotype immunologique et 3) Etudier les bases moléculaires des patients atteints en fonction des données épidémiologiques et immunologiques en vue d’établir des corrélations génotype-phénotype. Le syndrome de Wiskott-Aldrich est un DIP complexe lié à l’X qui se caractérise par une triade de signes incluant un eczéma, des infections récurrentes et une thrombopénie. Le phénotype clinique est très hétérogène allant de formes modérées aux formes sévères compliquées de manifestations auto-immunes et tumorales et nécessitant une prise en charge rapide et adéquate. Les explorations immunologiques de base (numération formule sanguine, dosage pondéral des immunoglobulines, immunophénotypage lymphocytaire et tests de prolifération lymphocytaire) qui sont habituellement réalisés en cas de suspicion de DIP, montrent des signes qui ne sont ni spécifiques ni constants au cours du WAS et ne sont donc pas suffisantes pour confirmer le diagnostic. Dans le cadre d’un projet de fin d’étude d’Ingénieur, nous avons optimisé des explorations immuno-génétiques plus spécialisées qui sont l’étude par cytométrie de flux de l’expression intra-cellulaire de la protéine WASP et l’étude moléculaire de WAS. L’introduction de ces investigations approfondies dans l’activité de diagnostic de routine au laboratoire de Cyto-Immunologie de l’Institut Pasteur de Tunis, qui est le seul laboratoire de référence à l’échelle nationale en matière d’exploration des DIPs, permettra de poser le diagnostic positif de WAS. Ceci a pour but de proposer une prise en charge rapide et adéquate associée à une approche préventive dans les familles affectées (conseil génétique et diagnostic prénatal). Nous avons ainsi pu confirmer l’absence d’expression dans 3 cas (P1, P2 et P3), la présence d’une expression résiduelle dans un cas (P4) et une expression normale chez les deux restants. L’étude moléculaire du gène WAS nous a permis de confirmer la présence d’une mutation à type de délétion d’un nucléotide au niveau de l’intron 3-4 (c.360 +1 delG). De façon intéressante, une substitution touchant ce même nucléotide a été rapporté chez un patient iranien atteint de WAS avec un phénotype clinique similaire à celui observé chez le patient P1 ici décris. D’autres études fonctionnelles sont nécessaires afin de confirmer l’effet délétère de cette mutation. L’étude moléculaire des patients restants est en cours. Projet 3 : Etude des altérations immunologiques notamment cytokiniques, pouvant être liées au stress infectieux, et leur contribution à la rupture de la tolérance au soi dans des pathologies auto- immunes (Melika Ben Ahmed et collaborateurs, Mariem Belghith et collaborateurs): Dans un travail antérieur du laboratoire, nous avons démontré formellement la présence d’un défaut de la signalisation Smad-dépendante du TGF-β1 dans les lymphocytes T des patients atteints de LES en phase active de la maladie. Ce défaut se situe en aval de la transcription des gènes cibles du TGF-β1. De telles données suggèrent un mécanisme secondaire, éventuellement causé par une activation excessive des voies inflammatoires en réponse à des facteurs de stress environnementaux. Nous tentons actuellement de relier cette anomalie à l’activation accrue de la voie Ahr/IL-22 qui semble en effet hyperactivée au cours du lupus et associée au défaut de la signalisation du TGF-β1 au cours du LES. Cette étude apporterait de nouveaux éléments qui pourraient contribuer à l’amélioration de la compréhension de la pathogénie du LES et ouvrir de nouvelles pistes pour avancer les approches thérapeutiques basées jusque-là essentiellement sur une immunosuppression non spécifique. Un défaut de régulation de la réponse immune a été également évoqué dans la pathogénie du vitiligo. Le vitiligo résulte d’une destruction autoimmune des mélanocytes par des lymphocytes T CD8 cytotoxiques.
- 32. Dans un travailantérieur, nous avons démontré qu’il n’existe pas de défaut in situ des lymphocytes T régulateurs, mécanisme clé du maintien de la tolérance immune. Une autre voie importante de régulation de la réponse immune est la voie PD-1 (Programmed cell death-1). Son implication au cours du vitiligo est très probable du fait que l’apparition cette pathologie semble être un effet indésirable de l’immunothérapie anti-PD1 indiqué pour le traitement de certains cancers comme le mélanome. Ceci nous a amené à vérifier s’il existe un défaut de la voie PD-1 au cours du vitiligo. Pour ce faire, une quantification de l’expression des ARNm de PD-1 a été réalisée à partir des biopsies de peaux lésionnelle, périlésionnelle et saine de patients atteints de différentes formes de vitiligo en comparaison avec la peau de patients sains et de patients atteints d’une autre dermatose, la pelade. L’induction de PD-1 au niveau des cellules mononucléées du sang périphérique après stimulation à travers le TCR a également été réalisée chez des patients atteints vitligo en comparaison par rapport à des sujets sains. .Nos résultats montrent l’absence d’induction de l’expression de PD-1 dans les peaux lésionnelles et périlésionnelles des patients atteints de vitiligo avec une augmentation significative de FOXP3 dans la peau périlésionnelle des mêmes patients contrastant avec une expression significative de PD-1 et de FOXP3 au niveau des peaux lésionnelles et périlésionnelles des patients atteints de pelade. L’étude de l’expression de PD-1 et de FOXP3 in vitro, par cytométrie en flux, chez deux patients atteints de vitiligo et deux témoins sains a montré que PD-1 est normalement induit sur les lymphocytes T CD4+ alors qu’il ne l’est pas sur les lymphocytes T CD8+. Nos résultats montrent un défaut d’induction de PD-1 in vivo et in vitro chez les patients atteints de vitiligo, intéressant particulièrement les lymphocytes T CD8 impliqués dans la pathogénie de cette maladie. Une confirmation de ces résultats chez un plus grand nombre de patients est en cours. Nous avons poursuivi l’étude de la population sécrétrice d’IL10 chez les patients SEP et Neuro-Behçet (NB) en début d’évolution de la maladie, à la recherche d’un biomarqueur discriminatif. Lors de l’étude de différents marqueurs transcriptionnels et cytokiniques des cellules régulatrices et effectrices dans le sang et le liquide céphalo-rachidien des patients, nous avons montré que la différence la plus importante entre ces deux maladies est l’augmentation significative de l'expression de l'IL-10 chez les patients NB par rapport aux patients SEP. Nous avons montré que cette cytokine n’est pas produite par les cellules T reg car aucune corrélation entre l’expression de foxp3 et l’IL-10 n’est apparu. Nous avons mis en évidence que la population sécrétrice d’IL-10 correspond à une population B reg (B10) dont la fréquence est élevée dans le LCR et les PBMCs de patients souffrant de Neuro-Behçet. Mots clés : Infection/Immunité /Epidémiologie/Leishmaniose/Immunodéficience/Mycobactéries/Auto-immunité. A côté des 3 axes classiques ci-après détaillés et faisant partie du contrat programme, le laboratoire s’est impliqué en 2020 et afin de contribuer à la réponse nationale à la pandémie COVID-19 par ses 3 équipes dans l’épidémiologie, le séquençage de souches et le diagnostic immunologique de l’infection SARS CoV- 2. L'équipe 1 contribue à l’amélioration des connaissances sur le profil épidémiologique de maladies transmissibles prioritaires en Tunisie notamment les leishmanioses et les hépatites par la réalisation d'études épidémiologiques afin de proposer des mesures de contrôle et de prévention efficaces et appropriées. De plus, elle participe au renforcement du système national de surveillance épidémiologique par le développement et la mise en place des systèmes d'alerte précoce pour la gestion des maladies transmissibles à potentiel épidémique telles que la grippe. L’équipe 2 s’intéresse à trois axes complémentaires essentiels pour la compréhension de la physiopathologie des leishmanioses à travers l’étude (i) de l’Immunité et corrélats de protection contre l’infection par Leishmania (L.), (ii) de l’interaction hôte-parasite par des approches génomiques, transcriptomiques, protéomiques, régulomiques et métabolomiques et (iii) de l’immunobiologie du phlébotome, vecteur de la leishmaniose. L’équipe 3 a pour objectif de mieux comprendre le rôle que joue l’interaction hôte-pathogène dans l’immunopathologie et l’expression clinique des maladies infectieuses et les manifestations dysimmunitaires qui y sont associées. Cette approche pourrait contribuer à un meilleur contrôle de ces maladies par le développement de stratégies d’intervention innovantes et plus adaptées en matière d’outils diagnostic, d’approches vaccinales et d’immunomodulation. Elles ont été créées en 2011, leur évolution est très satisfaisante comme l’atteste leur production scientifique. BILAN GLOBAL DES ACTIVITES DE RECHERCHE 1- Nombre total de Publications : 237 (depuis 2011 date de création du LR) 2- Diplômes soutenus : 85 3-Brevets : 4
- 33. Publications : 1- Aprospective cohort study of Cutaneous Leishmaniasis due to Leishmania major: Dynamics of the Leishmanin skin test and its predictive value for protection against infection and disease. Jihène Bettaieb 1 2 , Amine Toumi 1 , Wissem Ghawar 1 2 , Sadok Chlif 1 2 , Mariem Nouira 1 , Nabil Belhaj- Hamida 1 2 , Adel Gharbi 1 2 , Nissaf Ben-Alaya 3 , Dhafer Laouini 2 , Hechmi Louzir 2 , Koussay Dellagi 2 , Afif Ben Salah 1 2 4 .PLoS Negl Trop Dis. 2020 Aug 25;14(8):e0008550. doi: 10.1371/journal.pntd.0008550. eCollection 2020 Aug. IF : 3.885 2- Applying the moving epidemic method to determine influenza epidemic and intensity thresholds using influenza-like illness surveillance data 2009-2018 in Tunisia. Hind Bouguerra 1, Elyes Boutouria 1, Mokhtar Zorraga 2, Amal Cherif 1, Rihab Yazidi 3, Naima Abdeddaiem 2, Latifa Maazaoui 2, Awatef ElMoussi 4, Salma Abid 4, Slim Amine 4, Leila Bouabid 1, Souha Bougatef 1, Mohamed Kouni Chahed 5, Afif Ben Salah 3, Jihene Bettaieb 3, Nissaf Bouafif Ben Alaya Influenza Other Respir Viruses. 2020 Sep;14(5):507-514. doi: 10.1111/irv.12748. Epub 2020 May 10. IF : 2.954 3- Attitudes towards plagiarism among academics of the faculty of Medicine of Tunis. Jihène Bettaieb 1 2, Ines Cherif 1 2, Ghassen Kharroubi 1 2, Ali Mrabet 2 Account Res. 2020 Nov; 27(8):521-537. doi: 10.1080/08989621.2020.1780426. Epub 2020 Jun 22. IF : 3.773 4- Co-circulation of Toscana virus and Leishmania infantum in a focus of zoonotic visceral leishmaniasis from Central Tunisia. W Fares 1, K Dachraoui 1, W Barhoumi 1, S Cherni 1, I Chelbi 1, E Zhioua 2,Acta Trop. 2020 Apr;204:105342. doi: 10.1016/j.actatropica.2020.105342. Epub 2020 Jan 15. IF : 2.555 5- Diagnosis and management of autoimmune hemolytic anemia in children. Weli M, Ben Hlima A, Belhadj R, Maalej B, Elleuch A, Mekki N, Gargouri L, Kamoun T, Barbouche MR, Mahfoudh A.Transfus Clin Biol. 2020 Apr;27(2):61-64. doi: 10.1016/j.tracli.2020.03.003. Epub 2020 Mar 30.PMID: 32280062. IF : 2.8 6- Discriminative expression of CD39 and CD73 in Cerebrospinal fluid of patients with Multiple Sclerosis and Neuro-Behçet's disease. Khadija Bahrini 1, Meriam Belghith 2, Olfa Maghrebi 3, Jihène Bekir 4, Mariem Kchaou 5, Cyrine Jeridi 6, Rim Amouri 7, Faycel Hentati 8, Samir Belal 9, Samia Ben Sassi 10, Mohamed-Ridha Barbouche 11. Cytokine. 2020 Mar 6; 130:155054. doi: 10.1016/j.cyto.2020.155054. Online ahead of print. IF : 2.952 7- Editorial: Primary Immunodeficiencies Worldwide. van Zelm MC, Condino-Neto A, Barbouche MR.Front Immunol. 2020 Jan 22;10:3148. doi: 10.3389/fimmu.2019.03148. eCollection 2019.PMID: 32038648 Free PMC article. No abstract available. IF : 5.085 8- Definitive Diagnosis of Agammaglobulinemia in Consanguineous Families. Meriem Ben-Ali 1 2, Nadia Kechout 3 4, Najla Mekki 1 2, Jing Yang 5, Koon Wing Chan 5, Abdelhamid Barakat 6, Zahra Aadam 6, Jouda Gamara 1 2, Lamia Gargouri 7, Beya Largueche 1 2, Nabil BelHadj-Hmida 1 2, Amel Nedri 8, Houcine Ben Ameur 8, Fethi Mellouli 9, Rachida Boukari 10, Mohamed Bejaoui 9, Aziz Bousfiha 11, Imen Ben-Mustapha 1 2, Yu-Lung Lau 5, Mohamed-Ridha Barbouche 12 13 J Clin Immunol 2020 Jan;40(1):96-104. doi: 10.1007/s10875-019-00706-4. Epub 2019 Nov 6. IF : 4.04 9- Hepatitis a virus infection in Central-West Tunisia: an age structured model of transmission and vaccination impact. Kaouther Ayouni 1 2 3, Bechir Naffeti 4 5, Walid Ben Aribi 4 5, Jihène Bettaieb 6 7 8, Walid Hammami 9 6, Afif Ben Salah 6 7 8, Hamadi Ammar 4 10, Slimane Ben Miled 11, Henda Triki 9 6 8. BMC Infect Dis. 2020 Aug 26;20(1):627. IF : 2.864 10- Ichtyosiform Erythroderma Revealing A Severe Combined Immunodeficiency. N Ghariani Fetoui 1, L Boussofara 2, D Hmida 3, S Mokni 2, N Mekki 4, I Ben Mustapha 4, C Belajouza 2, N Ghariani 2, C
- 34. Picard 5, MDenguezli 2 . Ann Dermatol Venereol. 2020 Feb;147(2):131-134. doi: 10.1016/j.annder.2019.09.611. Epub 2020 Jan 20. IF : 0.777 11- Implicating bites from a leishmaniasis sand fly vector in the loss of tolerance in pemphigus. Soumaya Marzouki 1, Ines Zaraa 2 3, Maha Abdeladhim 4, Chaouki Benabdesselem 1, Fabiano Oliveira 4, Shaden Kamhawi 4, Mourad Mokni 2 3, Hechmi Louzir 1 3, Jesus G Valenzuela 4, Melika Ben Ahmed 1 3 JCI Insight 2020 Dec 3;5(23):e123861. doi: 10.1172/jci.insight.123861. IF : 8.315 12- Performance of GeneXpert ultra in the diagnosis of Tuberculous Cervical lymphadenitis in formalin fixed paraffin embedded tissues. Emna Romdhane 1, Amira Arfaoui 2, Chaouki Benabdessalem 3, Meriam Ksentini 2, Asma Ferjani 4, Neira Dekhil 5, Rim Lahiani 6, Soumaya Bchiri 3, Helmi Mardassi 5, Mohamed-Ridha Barbouche 3, Ilhem Boutiba Ben Boubake 4, Mamia Ben Salah 6, Soumaya Rammeh 2 Tuberculosis (Edinb) 2020 Dec;125:102012. doi: 10.1016/j.tube.2020.102012. Epub 2020 Oct 24. IF : 3.131 13- Psycho-social impacts, experiences and perspectives of patients with Cutaneous Leishmaniasis regarding treatment options and case management: An exploratory qualitative study in Tunisia. Aicha Boukthir 1 2, Jihene Bettaieb 1 2, Astrid C Erber 3 4, Hind Bouguerra 5, Rym Mallekh 1, Ikbel Naouar 1, Adel Gharbi 1, Manal Alghamdi 6, Emma Plugge 7, Piero Olliaro 4 8, Afif Ben Salah 1 2 6.PLoS One2020 Dec 1;15(12):e0242494. doi:10.1371/journal.pone.0242494. eCollection 2020. IF : 3.240 14- Quinolone resistance among Salmonella Kentucky and Typhimurium isolates in Tunisia: first report of Salmonella Typhimurium ST34 in Africa and qnrB19 in Tunisia. N Al-Gallas 1 2, N Khadraoui 1 3, H Hotzel 4, H Tomaso 4, H El-Adawy 4 5, H Neubauer 4, K Belghouthi 1 4, K Ghedira 6, H K Gautam 7 8, B Kumar 7 8, D Laouini 9, S Zarrouk 10, M S Abbassi 11, R B Aissa 1.J Appl Microbiol 2021 Mar;130(3):807-818. doi: 10.1111/jam.14822. Epub 2020 Sep 11. IF : 3.772 15- RORC overexpression as a sign of Th17 lymphocytes accumulation in multiple myeloma bone marrow. Ahlem Ben Hmid 1, Oumayma Selmi 2, Raja Rekik 2, Hajer Lamari 3, Imen Zamali 1, Saloua Ladeb 4, Ines Safra 5, Tarek Ben Othman 6, Neila Ben Romdhane 7, Melika Ben Ahmed 8 Cytokine 2020Oct;134:155210. doi:10.1016/j.cyto.2020.155210. Epub 2020 Jul 21. IF : 2.952 16- Seroprevalence of hepatitis A virus infection in Central-West of Tunisia. Kaouther Ayouni 1 2 3, Ghassen Kharroubi 2 4 5, Rym Mallekh 4 5, Walid Hammami 1 2, Ridha Marouani 6, Moncef Mhamdi 7, Afif Ben Salah 2 4 5 8, Henda Triki 1 2 5, Jihène Bettaieb 2 4 5 J Med Virol 2021 Jun;93(6):3666-3671. doi: 10.1002/jmv.26563. Epub 2020 Oct 10. IF : 2.327 17- Toward personalization of asthma treatment according to trigger factors. Katarzyna Niespodziana 1, Kristina Borochova 1, Petra Pazderova 1, Thomas Schlederer 1, Natalia Astafyeva 2, Tatiana Baranovskaya 3, Mohamed-Ridha Barbouche 4, Evgeny Beltyukov 5, Angelika Berger 6, Elena Borzova 7, Jean Bousquet 8, Roxana S Bumbacea 9, Snezhana Bychkovskaya 10, Luis Caraballo 11, Kian Fan Chung 12, Adnan Custovic 12, Guillermo Docena 13, Thomas Eiwegger 14, Irina Evsegneeva 15, Alexander Emelyanov 16, Peter Errhalt 17, Rustem Fassakhov 18, Rezeda Fayzullina 19, Elena Fedenko 20, Daria Fomina 21, Zhongshan Gao 22, Pedro Giavina-Bianchi 23, Maia Gotua 24, Susanne Greber- Platzer 25, Gunilla Hedlin 26, Natalia Ilina 20, Zhanat Ispayeva 27, Marco Idzko 28, Sebastian L Johnston 12, Ömer Kalayci 29, Alexander Karaulov 15, Antonina Karsonova 15, Musa Khaitov 20, Elena Kovzel 30, Marek L Kowalski 31, Dmitry Kudlay 20, Michael Levin 32, Svetlana Makarova 33, Paolo Maria Matricardi 34, Kari C Nadeau 35, Leyla Namazova-Baranova 36, Olga Naumova 37, Oleksandr Nazarenko 38, Paul M O'Byrne 39, Faith Osier 40, Alexander N Pampura 41, Carmen Panaitescu 42, Nikolaos G Papadopoulos 43, Hae-Sim Park 44, Ruby Pawankar 45, Wolfgang Pohl 46, Harald Renz 47, Ksenja Riabova 15, Vanitha Sampath 35, Bülent E Sekerel 29, Elopy Sibanda 48, Valérie Siroux 49, Ludmila P Sizyakina 50, Jin-Lyu Sun 51, Zsolt
- 35. Szepfalusi 25, TetianaUmanets 52, Hugo P S Van Bever 53, Marianne van Hage 54, Margarita Vasileva 55, Erika von Mutius 56, Jiu-Yao Wang 57, Gary W K Wong 58, Sergii Zaikov 59, Mihaela Zidarn 60, Rudolf Valenta 61.J Allergy Clin Immunol2020 Jun;145(6):1529-1534. doi: 10.1016/j.jaci.2020.02.001. Epub 2020 Feb 18. IF : 10.793 Liste des projets en cours en 2020 Titre du projet Investigateu r Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financemen t (DT) Période Projet de la coopération Monégasque Amélioratio n de la prise en charge des Déficits Immunitaires Primitifs de l’enfant et de l’adulte dans les régions défavorisées du nord- ouest tunisien. Mohamed Ridha Barbouche Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 Principauté de Monaco 200 000 € 2019- 2022 Développement d’une stratégie de réduction de l’impact de la tuberculose bovine chez l’homme sur la base du concept «One Health» Makram Essafi PRF2019- D3P4 Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 Ministère d l'Enseigneme nt supérieur 430 MD Trois ans 2019- 2022 Macrophage FOXO3/Sesn1 axis as a therapeutic target to control tuberculosis Makram Essafi Tuniso-Sud Africain Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 Ministère d l'Enseigneme nt supérieur 180MD Trois ans 2019- 2022 Pan-Leishmaniasis prophylactic human VACcine (PL-VAC) Boussoffara Thouraya Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 SAT-AxLR 73 236,600 2019- 2021 "A live attenuated vaccine for leishmaniasis without serum " Elyes Zhioua Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 Wellcome Trust funding (209336/Z/17 /Z) 259 120 2018- 2021 "A live attenuated vaccine for leishmaniasis with serum " Elyes Zhioua Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 NIH- R21 (1R21AI1304 85-01A1) 2018- 2021
- 36. Knowledge, attitudes and practicesof high risk groups regarding the influenza vaccine uptake in Tunisia 2018-2019. Nissaf Ben Alaya / Jihène Bettaieb Service d’Epidémiologie Médicale / Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 Task Force for Global Health 61.250 2019/202 0 Maladies Transmissibles : Histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la Prévention et le traitement. Henda Triki / Wissem Ghawar -Service d’Epidémiologie Médicale/LTCII -LR11IPT02 -LR11IPT04 -Service de Virologie Clinique Ministère de l’Enseigneme nt Supérieur et de la Recherche Scientifique 300.000 2016/202 1 PHINDaccess “Strengthening Omics data analysis capacities in pathogen host interaction” Helmi Merdassi Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 Commission Européene H2020- EU.4.b. - Twinning 989 468 € 2018- 2021 H2020-MSCA- RISE Volatolomics test for the diagnosis of bovine tuberculosis Dhafer Laouini, Fatma Guerfali et Aymen Bali Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 CE 9 980 € 2018- 2021 NIH/NHGRI,USA H3ABioNet: informatics solutions for H3Africa Amel Ghouila, Fatma Z Guerfali et Dhafer Laouini Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 NIH 63 396 $ 2017- 2022 H2020-MSCA- RISE Identifying clinical, molecular and social factors impacting cutaneous leishmaniasis Fatma Z Guerfali, Dhafer Laouini, Amel Ghouila, Aymen Bali, Chiraz Atri, Ali Ben- Cheikhl Thouraya Boussoffara, Mélika Ben Ahmed, Soumaya Marzouki Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 CE 294050 € 2018- 2021 LeiSHield MATI Project Gerald Spaeth Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie Commission Européenne H2020- MSCA-RISE 2018- 2022
- 37. des Infections LR16IPT02 Projet RISE"Leishield- MATI" intitulé: « A multi- disciplinary international effort to identify clinical, molecular and social factors impacting cutaneous leishmaniasis» Gérald Spaeth -Service d’Epidémiologie Médicale / Laboratoire d’Epidémiologie Moléculaire et Pathologie Expérimentale Appliquée aux Maladies Infectieuses LR11IPT04 / Laboratoire de Parasitologie Médicale, Biotechnologies et Biomolécules ''Horizon 2020 Framework Programme : H2020- MSCA-RISE- 2017'' financé par la Comité Européenne 2018- 2022 "Incrimination des réservoirs et des vecteurs et caractérisation des manifestations cliniques des parasites Leishmania dans des foyers mixte de leishmaniose cutanée dans le sud de la Tunisie (Tataouine): risque d’urbanisation et implication pour le contrôle." dans le cadre des projets de recherche fédérée Centre d'Investigation Clinique de l'Institut Pasteur de Tunis Wissem Ghawar -Service d’Epidémiologie Médicale / Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 Ministère de l’Enseigneme nt Supérieur et de la Recherche Scientifique 300.000 2016- 2021 TOTAL des projets en cours en 2020 15 Liste des projets obtenus en 2020 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période REPAIR Slimane Ben Miled/Mélika Ben Ahmed (WP1) Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 IPP 70000 2020/
- 38. PRF: Evaluer, prédire, Agir: stratégiefédérée pour la lutte contre le COVID19 Ikram Guizani -Service d’Epidémiologie Médicale / LTCII -LR11IPT02 -LR11IPT04 -LR16IPT09 -Service de Virologie Clinique Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique 11.000 2020/2022 REPAIR (WP3) : Mesure de la diffusion du SARS COV 2 parmi le personnel de l'institut pasteur de Tunis. Slimane Ben Milade / Jihène Bettaieb Service d’Epidémiologie Médicale / LTCII -LR11IPT02 -LR16IPT09 Réseau Internationale des Instituts Pasteur 165.000 2020/2021 EASI: ELISA Assays development for SARS-COV2 within IPIN Chaouki Benabdessalem Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 RIIP 35 000 € 2020/2021 To participate in WHOmulti-centre laboratory study to determine discriminating concentrations of insecticides for monitoring resistance in sand- fly vectors. Zhioua Elyes Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 OMS 33 770.00 $ 2020/2021 Etude Pré-clinique pour l'obtention de mise en marche d'un médicament biologique similaire contenetenant l'interféron β'-1 en Tunisie Dhafer Laouini Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections LR16IPT02 MESRS 120 000,000 2020/2022 Les chiffres clés du laboratoire en 2020 7 Conférences 8 Vacations et Cours rémunérés 7 Participation à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 2 Participation à des Commissions Nationales et Internationales 3 Communication orales ou affichées dans des congrès internationaux 1 Publications dans une revue nationale et 17 Publications dans des revues internationales 15 projets en cours et 6 projets obtenus
- 39. 1 Demande debrevets ou invention déposée 12 Diplômes soutenus, 2 HDR et 28 diplômes en cours 15 Formations continues en Tunisie et 2 à l’étranger 10 organisations d’événements en Tunisie et 2 à l’étranger
- 40. Laboratoire d’Epidémiologie etde Microbiologie Vétérinaire Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Nom & Prénom PositionlFonction Ghram Abdeljelil Biologiste Principal Maaroufi Abderrazek Biologiste Principal/ Chef du LR Ben Hadj Ahmed Sami Maitre de conférences Jelman Sameh Maitre de conférences Kaabi Belhassen Maitre de conférences Houimel Mehdi Biologiste Principal Turki Imed Professeur HU Rejeb Ahmed Professeur HU Hmila Issam Biologiste-Adjoint Jihène Lachheb Biologiste-Adjoint Jouini Ahlem Biologiste-Adjoint Awatef Bejaoui Biologiste-Adjoint Chouihi Emira Maitre-assistant Ferjani Imene Maitre-assistant Aouadhi Chedia Assistant Univ. Contractuel Miled Khaled Méd. Vet Inspecteur Divisionnaire Diouani Med Fethi Médecin Vétérinaire Principal Larbi Imen Médecin Vétérinaire Principal Ben Maîz Samia Ingénieur Principal Nsiri Jihène Médecin Vétérinaire Bouslama Zied Médecin Vétérinaire Handous Meriem Médecin Vétérinaire Gharbi Hayet Technologue Achouri faouzi Post-doc Ben Hamed Said Post-doc Charfi Karama Post-doc Kbaier Houaida Post-doc Klibi Amira Post-doc Kmiha Turki Souhir Post-doc Handous Mariem Nacef Mayssa Zerriaa Nahawend Ben abdallah Ibtihel Barbaria Med Elias Ben Jomaa Samir Badr Chaima Sayhi Maher Larbi Imen ElCafsi Imen Marnissi Boutheina Arbi Marwa Bouslama Zied Gharbi Manel Etudiants en thèse Es Sciences ; Jayari Asma Mekni Toujani Marwa Achour Yosra Etudiants en Mastère Bedchich Manel Etudiants en Mastère Hrichi Rania Etudiants en Mastère
- 41. Nasroui Dorsaf Etudiantsen Mastère Raouafi Sabrine Etudiants en Mastère Historique : Le laboratoire, dénommé Laboratoire des Sciences Vétérinaires, a été créé en Février 1989 pour le diagnostic des maladies animales puis il a bénéficié, en 2000, d'un financement du MERST et érigé en Laboratoire de recherche de Microbiologie Vétérinaire. Il a été renforcé, en 2009, par d’autres membres et une adaptation des thématiques puis a changé de dénomination et d’équipes pour devenir Laboratoire d’Epidémiologie et de Microbiologie Vétérinaire, en 2012. Présentation du laboratoire Les activités du laboratoire de d’Épidémiologie et de Microbiologie Vétérinaire s’intéressent aux travaux sur les maladies infectieuses d’importance économique et médicale qui touchent aussi bien l’homme que l’animal. En matière d’épidémiologie de maladies virales, les virus respiratoires aviaires (Maladie de Newcastle (MN), l’influenza aviaire (IA), la bronchite infectieuse (BI), la rhinotrachéite infectieuse (LTI), …) représentent un fléau pour le secteur avicole, secteur organisé et assez développé en Tunisie. Ces infections sont à l’origine de pertes économiques importantes liées aux mortalités et aux coûts assez élevés des traitements (médicaments et vaccination). De plus, la persistance de ces pathogènes dans nos élevages constituent un réel handicap au développement de l’aviculture et limitent nos échanges commerciaux (poulet, oeufs, plumes…) avec le reste du monde. L’amélioration des moyens de diagnostic et des mesures prophylactiques, basées sur l’utilisation de souches vaccinales appropriées et de programmes de vaccination adaptés, constituent les principaux objectifs de ce groupe. La rage constitue toujours un problème sanitaire et de santé publique et des études sur les souches virales en circulation ainsi leur évolution, sont en cours de réalisation dans le cadre d’une thèse de doctorat, en préparation par Dr Zied Bouslama. De même, la réussite des compagnes nationales de vaccination des chiens, qui représentent le réservoir et le vecteur de cette infection grave, en Tunisie, constitue une étape primordiale dans la lutte contre la rage. Ainsi, l’étude des étapes d’approvisionnement, de transport et d’administration du vaccin ainsi que l’évaluation de la durée de l’immunité dans les conditions tunisiennes, font l’objet du mémoire de doctorat en préparation par Dr Meriem Handous, et ce dans le but d’améliorer la prise vaccinale et la protection de l’animal vacciné. Dans le domaine de l’élevage industriel de volailles, de bovins et d'ovins, certaines infections souvent liées à l’environnement, nécessitent des études microbiologiques approfondies pour identifier les germes incriminés et mieux connaitre leur épidémiologie. De plus, l’usage excessif des antibiotiques à titre thérapeutique et prophylactique a entrainé l’acquisition des résistances aux antibiotiques d’où l’importance d’étudier l’épidémiologie de ces infections animales ainsi que des mécanismes de résistance afin sensibiliser les éleveurs et dégager des recommandations pratiques quant au choix du traitement approprié. Très souvent, il s’agit simplement de bactéries du tube digestif tels des Enterobacteriacea, qualifiés de marqueurs d’un déséquilibre intestinal qui, dans des conditions de stress, de mauvaise hygiène ou d'antibiothérapie anarchique, prolifèrent, deviennent virulentes et finissent par déstabiliser l’écosystème digestif, ou bien des Campylobacter causant des infections graves ou des Staphylocoques. Plusieurs travaux ont mis en évidence différentes activités biologiques de plantes aromatiques et médicinales, en particulier leurs pouvoirs antifongique, antibactérien et antioxydant. Ainsi, par ces propriétés bioactives, les huiles essentielles ont été utilisées dans le domaine de conservation alimentaire, d’industrie des parfums et des cosmétiques, de la pharmacie, comme alternative à l’antibiothérapie, évitant les problèmes liés à l’antibiorésistance. Le 3ème objectif du laboratoire s’intéresse à l’entomologie et aux maladies vectorielles et vise l’évaluation du risque ainsi que le contrôle effectif des vecteurs et des maladies à transmission vectorielle ayant un impact sur la santé publique et animale dans le pays. Thematique essentielles de recherche : - Surveillance des maladies animales et/ou zoonotiques (Virales, Bactériennes et Parasitaires). -Développement des moyens de diagnostic et de prévention (Nanotechnologie, qPCR, Sérologie...) - Etude de l'émergence de l'antibiorésistance bactérienne - Amélioration des mesures de prophylaxie. Publications : Detection of Extended-Spectrum β-Lactamases (ESBL) Producing Enterobacteriaceae from Fish Trapped in the Lagoon Area of Bizerte, Tunisia Bilel Hassen 1, Ahlem Jouini 2, Monia Elbour 3, Safa Hamrouni 2, Abderrazek Maaroufi 2 Biomed Res Int 2020 Jun 9;2020:7132812. doi: 10.1155/2020/7132812. eCollection 2020. Distribution of seroprevalence and risk factors for bovine tuberculosis in east Algeria
- 42. Zehaira Romeissa Djafar1, Nabil Benazi 2, Sabrina Bounab 3, Maher Sayhi 4, Mohamed Fethi Diouani 5, Farida Benia 1 Prev Vet Med 2020 Oct;183:105127. doi: 10.1016/j.prevetmed.2020.105127. Epub 2020 Aug 23. Full-length genome sequencing of a very virulent infectious bursal disease virus isolated in Tunisia Jihene Lachheb 1, Adam Jbenyeni 2, Jihene Nsiri 3, Imen Larbi 3, Faten Ammouna 3, Imen El Behi 3, Abdeljelil Ghram 3 Poult Sci 2021 Feb;100(2):496-506. doi: 10.1016/j.psj.2020.11.035. Epub 2020 Nov 28. Generation of ssDNA aptamers as diagnostic tool for Newcastle avian virus Boutheina Marnissi 1, Masood Kamali-Moghaddam 2, Abdeljelil Ghram 1, Issam Hmila 1 PLoS One 2020 Aug 13;15(8):e0237253. doi: 10.1371/journal.pone.0237253. eCollection 2020. Historical origins and zoonotic potential of avian influenza virus H9N2 in Tunisia revealed by Bayesian analysis and molecular characterization Marwa Arbi 1, Oussema Souiai 2, Natalia Rego 3, Imen Larbi 1, Hugo Naya 3 4, Abdeljelil Ghram 1, Mehdi Houimel 5Arch Virol 2020 Jul;165(7):1527-1540. doi: 10.1007/s00705-020-04624-4. Epub 2020 Apr 25. Ketamine, at low dose, decrease behavioural alterations in epileptic diseases induced by pilocarpine in mice Fatma Tannich 1 2, Kamel Barhoumi 1, Ahmed Rejeb 3, Mohamed Aouichri 4, Ouajdi Souilem 1 Int J Neurosci 2020 Nov;130(11):1118-1124. doi: 10.1080/00207454.2020.1730363. Epub 2020 Feb 19. Molecular Cha Racterisation Of Antimicrobial Resistance And Virulence Genes In Escherichia Coli Strains Isolated From Diarrhoeic And Healthy Rabbits In Tunisia Newly detected mutations in the Meq oncogene and molecular pathotyping of very virulent Marek's disease herpesvirus in Tunisia Jihene Lachheb 1, Houssem Mastour 2, Jihene Nsiri 2, Khaled Kaboudi 3, Imed Choura 4, Faten Ammouna 2, Abdelkader Amara 3, Abdeljelil Ghram 2 Arch Virol 2020 Nov;165(11):2589-2597. doi: 10.1007/s00705-020-04790-5. Epub 2020 Sep 2. Wound healing effect of Pistacia lentiscus L. seed oil: confirmation of its uses in Mediterranean traditional medicine Spatio-temporal evolution of canine rabies in Tunisia, 2011-2016 Zied Bouslama 1, Jaber A Belkhiria 2, Imed Turki 3, Habib Kharmachi 4 Prev Vet Med 2020 Dec;185:105195.doi: 10.1016/j.prevetmed.2020.105195. Epub 2020 Nov 1. Projets : Titre du projet Investigateur Principal Production d’additifs alimentaires, de désinfectants et d’antiseptiques à base de molécules bioactives au profit du secteur avicole maroua makni toujani Towards Effective Solutions for Combating COVID-19: An interdisciplinary approach olfa messaoud Amélioration et stabilization de la qualité en cours de stockage du lait UHT (et autres dérivés du lait) au sein de la Société Délice à Bousalem par une approche intégrée au niveau de divers maillons de la chaine de valeur de ce produit Abderrazek Maaroufi Développement d’un Bio-capteur d’Affinité pour le diagnostic de la Rage (BADIRA). Dr Houaida Kbaier Hechimi Amélioration et perfectionnement d’un nouveau outil de diagnostic de la tuberculose bovine Dr Faouzi Achouri Electronanodiagnostic Leishmania Platform Fefthi Diouani Evaluer, prédire, agir : stratégie fédérée pour la lutte contre le COVID-19. Fefthi Diouani Non-invasive volatiles test for canine leishmaniasis diagnosis Mohamed Fethi Diouani Les chiffres clés du laboratoire en 2020 1 Publications dans une revue nationale et 17 Publications dans des revues internationales 5 projets en cours et 2 projets obtenus 1 Demande de brevets ou invention déposée 1 Diplôme soutenu (HDR) 26 diplômes en cours
- 43. Laboratoire d’Épidémiologie Moléculaireet Pathologie Expérimentale Liste du personnel de la structure Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Ikram Guizani Biologiste Principal / Chef de Laboratoire LR16IPT04 Habib Karoui Biologiste Principal / Chef d’équipe LR16IPT04 Emna Ennaifer Professeur Hospitalo- Universitaire / Chef d’équipe LR16IPT04/ Laboratoire d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Akila Fathallah-Mili Professeur Hospitalo- Universitaire / Chef de service/ Chef de projet Faculté de Médecine de Sousse, Service de Parasitologie-Mycologie, EPS Farhat Hached, Sousse / LR16IPT04 Khadija Benkhadir-Essafi Biologiste / Chef de projet LR16IPT04 Mourad Barhoumi Biologiste Adjoint / Chef de projet LR16IPT04 Insaf BelHadj Ali Biologiste Adjoint / Chef de projet LR16IPT04 Souheila Guerbouj Khedher Maitre de conférences / Chef de projet LR16IPT04 Thouraya Mejri Maitre Assistant LR16IPT04 Rahima Belhaj Rhouma Ben Houria Maitre Assistant / Chef de projet LR16IPT04 /Laboratoire d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Alia Yaacoub Assistante Hospitalo- Universitaire Faculté de Médecine de Sousse, Service de Parasitologie-Mycologie, EPS Farhat Hached, Sousse / LR16IPT04 Yosser Zina Abdelkrim Technologue LR16IPT04 Hamed Chouaieb Assistant Hospitalo- Universitaire Faculté de Médecine de Sousse, Service de Parasitologie-Mycologie, EPS Farhat Hached, Sousse / LR16IPT04 Zohra Aloui Biologiste Adjoint / Chef de projet LR16IPT04 Emna Harigua Biologiste Adjoint LR16IPT04 Imen Mkada Driss Biologiste Adjoint LR16IPT04 Monia Ardhaoui Biologiste Adjoint LR16IPT04 / Service d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Soumaya Souid Assistante /Biologiste Adjoint LR16IPT04 Emna Fehri Maaouia Post-Doc – contrat Mobidoc - PASRI-EMORI LR16IPT04/ Service d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Thalja Laasili Technicienne Supérieure LR16IPT04/ Service d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Imen Bassoumi-Jamoussi Ingénieur Principal en chef / Doctorante LR16IPT04 Yusr Saadi Ben Aoun Ingénieur Principal / Doctorante LR16IPT04 Chema Zoghlami- Bouchrara Gestionnaire Administrative et Comptable LR16IPT04 Cyrine Mezrani Ingénieur Principal LR16IPT04 Hejer Souguir Post-Doc LR16IPT04
- 44. Rafeh Oualha Étudianteen Thèse ès Sciences (Finalisée) LR16IPT04 Mokdadi Molka Étudiante en Thèse ès Sciences en cotutelle LR16IPT04 Ahmed Chakroun Etudiant en Thèse ès Sciences LR16IPT04 Kaouther Ouerhani- Guermazi Étudiante en Thèse ès Sciences LR16IPT04/ Service d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Moufida Derghal Étudiante en Thèse ès Sciences LR16IPT04 Abir Tebai Etudiante en Mastère (soutenu le 25/1/2020) LR16IPT04 Oumayma Rhouma Etudiante en Projet de Fin d’Etude LR16IPT04 Khouloud Boufahja Etudiante en Projet de Fin d’Etude LR16IPT04/ Service d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Khawla Nawali Etudiante en Projet de Fin d’Etude LR16IPT04/ Service d’anatomie pathologique humaine et expérimentale Sadok Triki Etudiante en Projet de Fin d’Etude d’ingénieur LR16IPT04 Mohamed Ould Mouloud Etudiant en Projet de Fin d’Etude d’ingénieur LR16IPT04 Sonia Souissi Etudiante en Mastère LR16IPT04 Historique et Thématiques: Initié durant la période 2010-2014, le laboratoire vise l’innovation, la transversalité, et la valorisation des résultats. Actuellement, les programmes du LR04 capitalisent sur l’expertise de ses équipes, et les acquis. Le laboratoire se spécialise dans l’épidémiologie moléculaire de pathologies infectieuses, ou autres qui sont associées à un déséquilibre de la vascularisation ou l’inflammation chronique, soit : leishmanioses, cancer du col/ infection HPV, et autres cancers. Face à la crise sanitaire actuelle, le laboratoire s’est engagé dans son domaine d’expertise dans des recherches sur la Covid19, avec des levées de fonds dédiés. Nous travaillons sur 3 grands axes thématiques majeurs : la découverte et la valorisation de bio-marqueurs, le développement de nouveau diagnostic et de pistes (immuno) thérapeutiques en mettant à profit l’étude épidémiologique moléculaire des pathologies d’intérêt et des modèles expérimentaux. Ce programme est abordé grâce à des approches du domaine de la Génomique, Biotechnologie, et Technologies appliquées en Santé. Programme 1 : Leishmanioses : Génomique et ses applications stratégiques à la lutte 1 : Génomes de Leishmania infantum et identification de biomarqueurs corrélés à la pathologie Guizani I., A.S Chakroun (Thèse en cours), I. Bassoumi – Jamoussi (Thèse initiée en 2019), R. Ouelha (pré-postdoc), E. Harigua, Kh. Benkhadir- Essafi, M. Barhoumi, S. Guerbouj Objectifs : 1. Recherche et Validation de signatures génomiques nucléaires ou de gènes candidats 2. Analyse phénotypique d’une sélection d’organismes ayant des génomes (et signatures génomiques) différentes 3. Analyser et annoter le génome kinétoplastique grâce à une approche SMRT-PacBio Financements : AUF-PCSI, AUF thématique intégrée - Santé (Objectif 1); LR16IPT04 (Objectifs 1-3) ; EU- RISE LeiShield MATI & ACIP – LeishMATI (objectifs 1 & 2) ; Easi-Genomics (objectif 3) Obj1 : Les analyses de 25 génomes de L. infantum sont en cours de finalisation et le manuscript en préparation (Chakroun et al.). Obj2 : Nous avons mis au point l’infection expérimentale de neutrophiles issus du sang humain et démontré que des souches présentant des différences génomiques et ayant différentes origines cliniques induisent des
- 45. cytokines de manièredifférentielle (Ouelha et al., 2019). Les mécanismes de cette activation différentielle sont en cours d’exploration incluant la manipulation de la réponse immune des cellules à la suite de leur exposition à un immunomodulateur : la protéine LeIF (Ouelha, Bassoumi, Benkhadir-Essafi, Barhoumi, Guizani). Nous avons aussi mis en place la purification et l’infection de macrophages primaires par ces souches (Bassoumi, Ouelha, et al.). Les observations faites précédemment sur les cellules THP1 infectées par une des souches, LV50, préalablement exposés à LeIF sont confirmées ; LeIF induit la résistance à l’infection (Bassoumi et al.). L’effet des souches dans ce modèle est en cours d’exploration. Obj3 : Nous avons aussi initié l’étude du génome kinétoplastique de deux des souches séquencées en utilisant la technologie SMRT-PacBio grâce à un financement Easi Genomics (Harigua et al.). Les ADN de qualité contrôlée ont été transmis à la plateforme de génomique de l’Université de Louvain. Conformément aux plans, les ADNs sont en cours de séquençage. 2 : Elucidation du cycle de transmission de L. infantum au Nord de la Tunisie : Étude des parasites, phlébotomes et réservoirs potentiels dans des sites actifs de transmission S. Guerbouj, J. Chemkhi, Hejer Souguir (Thèse soutenue), Moufida Derghal (Thèse initiée en 2018), Abir Tebai (Master de Recherche soutenu en janvier 2020), Safa Chemkhi (Master de Recherche soutenu en décembre 2019) Objectifs : 1. Identification et explorations moléculaires des espèces Ph. langeroni et Ph. perfiliewi dans la transmission de L. infantum (taux d’infection, identification des parasites, charge parasitaire, préférences trophiques) 2. Mise au point d’outils PCR-HRM pour la détection et l’identification des espèces Leishmania chez le réservoir. Financements : LR16IPT04 (Objectifs 1 & 2) ; PCI (LR16 IPT03/LR16 IPT04) (objectifs 1 & 2) 2.1 Mise au point de tests de diagnostic moléculaire de l’infection chez les réservoirs Le cycle de transmission de la LCS n’est pas élucidé en Tunisie. Nos travaux précédents ont identifié et initié la caractérisation d’un foyer actif de transmission de la leishmaniose cutanée sporadique dans la région du Kef, à Oued Souani (Guerbouj et al., 2007 ; Chemkhi et al., 2007). Ces travaux sont étendus dans le cadre du projet PCI conduit en collaboration avec Drs. Y. Mghirbi et A. Bouattour (LR20IPT01). Dans le cadre de ce projet PCI qui a été initié en septembre 2018, des PCR HRM ont été mises au point dans le cadre des travaux de thèse de M. Derghal, pour la détection et l’identification d’espèces de leishmanies à partir de divers types d’échantillons de réservoirs domestiques et sauvages. Les résultats des PCR-HRM ont montré des courbes de fusion discriminant clairement entre les différentes espèces L. infantum, L. major et L. tropica et ont été confirmé par séquençage des produits amplifiés selon Sanger. La validation de ces PCR-HRM sur 52 échantillons de réservoirs (chiens, mérions, hérissons) avec les 2 cibles a montré des courbes de fusion avec des Tm fiables pour chaque échantillon testé, permettant non seulement de démontrer l'infection des organes correspondants par Leishmania, mais aussi d’affecter les espèces appropriées. Au total, 45 des échantillons examinés étaient positifs, tandis que 7 étaient négatifs, sans infection à Leishmania. Les spécimens de Meriones shawi ont été trouvés infectés par L. major tandis que les chiens étaient infectés par L. infantum. Cependant, des co-infections avec L. major/L. infantum ont été détectées chez 4 spécimens de Meriones ainsi que chez tous les hérissons testés. De plus, une infection multiple avec les 3 espèces de Leishmania a été trouvée dans un spécimen de hérisson. Les analyses de séquences des produits PCR-HRM ont corroboré les espèces de Leishmania trouvées dans les échantillons analysés. 2.2 Abondance de Phlebotomus langeroni dans un foyer du Nord et implication dans des cycles de transmission : Phlebotomus (Ph.) langeroni, espèce supposée impliquée dans l’éclosion épidémique de cas de LCS à Oued Souani en 2004, est toujours abondante dans le foyer de Oued Souani. Des femelles gorgées ont été capturées et stockées pour l’étude de leur repas de sang et de leur infection potentielle pour la Thèse M. Derghal et le mastère de S. Chemkhi. En effet, 849 phlébotomes femelles gorgées capturées depuis 2011 dans les régions de Oued Souani et Dehmani, au Kef, ont été triées et l’espèce correspondante déterminée. Ainsi, les espèces Ph. perniciosus, Ph. perfiliewi, Ph. langeroni, Ph. longicuspis, Ph. papatasi, Ph. sergenti et Sergentomyia minuta parroti sont les espèces qui ont été trouvées. De façon intéressante, l’espèce Ph. langeroni a été retrouvée parmi les espèces les plus abondantes. De plus, la comparaison de l’abondance de l’espèce Ph. langeroni dans les deux localités a montré une forte représentation de cette espèce à la région de Oued Souani (27.67%) par rapport à Dahmani (0.54%) ce qui témoigne que cette espèce jouerait toujours un rôle potentiel dans la transmission de L. infantum, dans ce foyer. L’analyse des repas de sang a montré que l’homme est l’hôte sur lequel les phlébotomes femelles se nourrissent le plus. Les autres mammifères (rongeurs, chien, vache, chèvre, poule et mouton) ont été aussi retrouvés à des proportions variables. Pour la continuité de ce travail et dans le cadre de la suite des travaux de thèse de M. Derghal, des sorties sur terrain entre juillet et septembre 2020 dans la même région d’étude ont permis de capturer d’autres échantillons de phlébotomes femelles. Le tri des femelles gorgées et leur
- 46. identification morphologique pourl’identification des espèces est en cours de réalisation. Des couples d’amorces spécifiques des espèces d’hérissons Atelerix algirus et Paraechinus aethiopicus ont été conçues pour amplifier les séquences du gène Cytochrome b, pour montrer l’implication du hérisson comme réservoir potentiel de la leishmaniose dans cette région. 3 : Génération et évaluation comparée de nouveaux outils de diagnostic moléculaire de la leishmaniose cutanée. Bel Hadj Ali I, Y. Saadi (Ingénieur, Thèse initiée en 2019), H. Chouaieb, I. Mkada (Post doc ; jusqu’en mars 2020), H. Souguir (post doc), E. Harigua (Data management), M. Ould Mouloud (PFE), A. Yacoub, O. Rhouma (PFE), A. Fathallah Mili, I. Guizani Objectifs : 1. Développement de tests moléculaires de nouvelle génération pour la détection et l’identification sensible et spécifique des parasites Leishmania chez des patients LC 2. Mise en place d'une biobanque de prélèvements de patients de QA 3. Evaluation comparée des outils développés Financements : 2 Contrats IAEA (2006 & 2009) / objectif 1; LR00SP04, LR11IPT04 & LR16IPT04/ Objectifs 1-3; 2 Contrats PEER du NAS-USAID/ objectif 1 ; Projet 2 du CIC-IPT / objectifs 2 & 3; 1.1 Développement de tests moléculaires de nouvelle génération pour la détection et l’identification sensible et spécifique des parasites Leishmania chez des patients atteints de leishmaniose cutanée : - Plusieurs cibles moléculaires spécifiques d'espèces pour la détection et l'identification des parasites Leishmania par des outils bioinformatiques ont été identifiées, et certaines ont été caractérisées de manière plus approfondie (BelHaldj Ali et al, soumis ; Mkada et al, en préparation) - Une ultra fast PCR duplexe couplée à une détection sur lateral flow pour la détection et l’identification des parasites Leishmania a été mise en place. Cette duplexe a été testée sur des parasites de références (N=35) pour sa reproductibilité et sa stabilité. La limite de détection de cette duplexe testée sur une série de dilution des ADNs parasitaires était de 4 parasites par réaction (PFE O. Rhouma). -Des tests simplexes spécifiques d’espèces (1 test/espèce) basés sur des amplifications isothermes couplés à une détection sur dipsticks de type lateral flow ont été mis en place et sont en cours d’évaluation sur des prélèvements de patients atteints de leishmaniose cutanée (I. Bel Hadj Ali, Y. Saadi, H. Souguir). -Des tests multiplexes basés sur une amplification isotherme couplée à des dipsticks de type Printed Assay Strip (PAS) (N=2) sont en cours de développement (Thèse Y. Saadi). 1.2 Mise en place d'une biobanque de prélèvement de patients selon les normes éthiques et de bonne pratique : - Une collection de prélèvements de patients atteints de Leishmaniose Cutanée (Cas) ainsi que de patients atteints d'autres pathologies cutanées (non-cas) en plus des données épidémiologiques et cliniques qui leur sont relatifs ont été collectés (H. Chouaieb, A. Yacoub, A. Fahtallah Mili). - Les ADN de ces prélèvements ont éte extraits, codés et stockés (H. Chouaieb, H. Souguir, Y. Saadi). - Une plateforme digitale pour la gestion et l’analyse des données cliniques, épidémiologiques et moléculaires a été mise en place (Harigua et al., soumis). 1.3 Evaluation comparée des tests moléculaires développés -Un test moléculaire basé sur une PCR-HRM a été évalué sur un échantillon de prélèvements cutanés (N=578) dont des cas de leishmaniose cutanée (N= 278) et des non-cas. Ce test a montré une sensibilité de 70% et une Spécificité de 94% comparé à l’examen direct comme gold standard (Saadi et al., en cours de préparation) -Un test basé sur une PCR multiplexe couplée à des dipsticks de type « Printed Assay Strip » (PAS) a été mis en place et pré-évalué sur un échantillon de N=80 prélèvements de patients suspects de leishmaniose cutanée. Cette pré-évaluation a montré des spécificités et sensibilité de 100% quand l’examen direct et la PCR RFLP ITS1 sont utilisés comme techniques de référence (Thèse Y. Saadi). 4 : Protéines de Leishmania : Caractérisation et applications thérapeutiques M. Barhoumi, M. Mokdadi (thèse en finalisation), Y.Z. Abdelkrim (Post doc), I. Guizani Objectifs : 1. Caractérisation moléculaire de la protéine Ded1 putative de l’espèce Leishmania infantum 2. Evaluation du potentiel immuno-thérapeutique du parasite Leishmania tarentolae exprimant la protéine LieIF et/ou la protéine salivaire du Phlebotomus papatasi PPTSP44, chez des souris BALB/c infectées par Leishmania major
- 47. Financements : LR16IPT04,PHC-UTIQUE (objectif 1), PCI (objectif 2), EU-RISE LeiShield MATI & ACIP – LeishMATI. 4.1 Caractérisation moléculaire de la protéine Ded1 putative de l’espèce Leishmania infantum Thèse de M. Mokdadi – encadrée en cotutelle avec NK Tanner, IBPC L’intérêt pour cette protéine découle de nos travaux sur la protéine LeIF, financé par le programme PHC- Utique. Une approche multidisciplinaire a été mise en place alliant bioinformatique, génétique et approches biochimiques afin d’identifier le gène qui code pour cette protéine impliquée dans la traduction chez la levure et l’Homme. Trois gènes identifiés par bioinformatique ont été clonés et exprimés chez la levure à travers des expériences génétiques d’expression et de complémentation. Aucune des protéines n’a complémenté la protéine Ded1 de levure (Mokdadi et al., soumis). Des tentatives de clonages bactériens ont été réalisées chez la bactérie. L’activité enzymatique (hydrolyse de l’ATP en présence de l’ARN) de la protéine codée à partir du chromosome 8 a été explorée ; elle exerce une activité ATPase même en absence d’ARN (M. Mokdadi, Z. Abdelkrim, M. Barhoumi, I. Guizani). 4.2 Évaluation du potentiel immuno---thérapeutique du parasite Leishmania tarentolae exprimant la protéine LieIF et/ou la protéine salivaire du Phlebotomus papatasi PPTSP44, chez des souris BALB/c infectées par Leishmania major Le gène LieIF a été cloné dans le vecteur pLEXSY-Neo. La construction recombinante pLEXSY-Neo_LieIF a été confirmée par digestion à l'aide de différentes enzymes comme BglII, KpnI et SwaI et par séquençage. Pour la transfection, 5 x 107 parasites L. tarentolae ont été mélangés avec 3 ug de pLEXSY-LieIF linéarisé et électroporés en utilisant Gene Pulser. Le parasite recombinant a été sélectionné en présence de l’antibiotique sélectif G418. L'intégration de LieIF a été confirmée par PCR à l'aide d'amorces spécifiques. D’autre part, l'expression de LieIF a été confirmée par RT-PCR et analyse du Western blot au moyen d'anticorps anti-His. Cette Leishmania recombinante sera utilisée pour évaluer son potentiel thérapeutique dans un modèle expérimental de leishmaniose cutanée chez la souris y compris en présence d’autres protéines recombinantes (exple PPTSP44). 5 : Drug discovery appliquée aux Leishmanioses : Bioinformatique et Intelligence Artificielle pour le repositionnement de médicaments E. Harigua, YZ. Abdelkrim, I. Bassoumi-Jamoussi, R. Oualha, S. Triki (PFE) Objectifs : 1. Approches computationnelles basées sur les algorithmes d’apprentissage (Machine learning & Deep Learning) pour l’identification de nouvelles molécules thérapeutiques contre les Leishmanioses Financements : LR16IPT04 ; PEER-WM_AIR2D Une base de données, CidalsDB, a été développée pour fournir un support en termes de données d’entraînement dans les approches de découvertes de médicaments basées sur l’Intelligence Artificielle (Harigua-Souiai et al., en préparation). Ces données ont ainsi permis de développer, entraîner et valider des algorithmes de Machine Learning et de Deep Learning, couplés à des méthodes de bioinformatique et de chemoinformatique, pour le repositionnement de médicaments contre les Leishmanioses (Harigua-Souiai et al., soumis). La validation expérimentale des effets des médicaments prédit anti-Leishmania sur les différentes formes du parasite sont en cours de finalisation (Oualha & Abdelkrim, en préparation). Cela permettra à la fois de valider l’approche par IA et d’identifier de nouveaux candidats thérapeutiques contre les Leishmanioses. 1. Programme 2 : Stratégies de prévention du cancer du col : Vers le développement de biomarqueurs personnalisés Ennaifer E, R. Belhaj Rhouma, M. Ardhaoui (post doc), E. Fehri (post doc), K. Ouerhani (thèse en cours), Th. Laassili, Kh. Bouhafja (PFE), Kh. Nawali (PFE) Objectifs : 1. Sequençage du génome complet des HPVs et analyse des variants intra- et inter- patientes 2. Identification des biomarqueurs de progression tumorale par la caractérisation des polymorphismes génétiques des oncogènes et leur caractérisation biologique Financements : LR16IPT04 ; PHINDaccess 1 : Epidémiologie Moléculaire des infections HPV dans la population Tunisienne : Etude de la variabilité génétique et étude phylogénétique de variants HPV issus de la population Tunisienne 1.1 Analyse des données générées du séquençage NGS d’un fragment du gène L1 dans cette population d’étude été analysées et identification les variants associés aux génotypes
- 48. La variabilité génétiquedans la région L1 du génome du HPV peut être importante pour discriminer le potentiel infectieux de différents variants, ainsi que pour définir des épitopes pertinents pour la conception de vaccins prophylactiques. La variabilité génétique a été étudiée chez les génotypes les plus prévalents en Tunisie : HPV6, HPV16, HPV31 et HPV 40. Pour le HPV 16, toutes les séquences analysées avaient une insertion de 3 nucléotides entraînant l'insertion de serine dans la séquence de la protéine L1 et 4 séquences avaient au moins un polymorphisme nucléotidique unique (SNP). Pour le HPV 31, 25 SNP ont été détectés comme des mutations silencieuses. Pour le HPV 6, 10 les SNP ont été détectés et aucun d'entre eux n'a produit de changements d'acides aminés. A partir des 16 séquences analysées pour HPV 40, deux SNP silencieux ont été détectés. Des arbres phylogénétiques ont été construits pour HPV 16, HPV 31, HPV 6 et HPV 40. La présence de ces SNP dans la région du gène L1 indique l’existence possible de nouveaux variants du HPV circulant en Tunisie, qui doivent être confirmés par l’analyse du génome complet des HPV6, HPV40, HPV16 et HPV31. Les résultats de cette partie de l’étude ont fait l’objet de deux manuscrits : 1-Ardhaoui M, Laasili T, Letaief H, Ouerhani-Guermazi K, Fehri E, Bougatfa S, Boubaker MS, Ben Aleya N, Ennaifer E. HPV Prevalence, genotype distribution and risk factors in Tunisia: A National-based study (en préparation) 2-Ardhaoui M, De Matos Salim AC, Marcom Gomez F, Dultra J, Volpini A, Oliviera G, Boubaker MS, Ennaifer E, Guizani I. Human Papillomavirus genotyping by Reverse Line Hybridization and Next- Generation Sequencing in cervical samples from Tunisia (article soumis au Plos one) 1.2 Etude la distribution génotypique du HPV dans les néoplasies intra-épithéliaux cervicales chez les femmes tunisiennes Les stratégies de prévention contre le CC reposent sur des vaccins prophylactiques qui n'ont pas encore été mis en œuvre dans le programme national de vaccination de la Tunisie. Par conséquent cette étude permet de prédire l'impact de l'utilisation des vaccins HPV actuels sur la prévention du cancer en Tunisie. Un total de 200 biopsies enrobées de paraffine fixées au formol a été recueillie dans notre étude et l’ADN extrait de qualité contrôlée a été analysé pour la détection du VPH a été effectuée par une PCR nichée en utilisant des amorces PYGMY et GP5+/6+. Le génotypage a été réalisé par hybridation Reverse Line en utilisant 31 sondes. L'âge moyen des participants était de 38,97 ans et 54,5% avaient plus de 40 ans. La distribution des néoplasies cervicales selon l'âge a montré que CINII/CINIII était observée chez les femmes de plus de 30 ans. Tous les échantillons étaient positifs pour la Beta Globin PCR. La prévalence globale du HPV dans les lésions cervicales était de 83 % (166/200). Le HPV était présent dans 65% des CINI, 82% des CINII/CINIII et 85% des CC. Les HR-HPV étaient statistiquement significativement associés à une néoplasie intraépithéliale cervicale (p<10-3). La distribution HR-HPV selon le grade de la lésion et le cancer du col de l'utérus a montré que les HPV16 et HPV18 étaient présents dans toutes les lésions. Pour CINII/CINIII, le HPV 35 (33,33 %) était le type le plus détecté, suivi du VPH18 (28,6 %), du VPH 45 (25 %) et du VPH 16 (21,7 %). Les HPV 45 (62 %), les HPV 18 (47 %) étaient les plus détectés dans les CC. Les HPV58, 59, 66 n'ont été détectés que dans les CC et associés aux HPV45,18 et HPV16. HPV39, 31, 33, 52, 56, 68 et HPV70 n'étaient associés qu'à CINI. Distribution of Human Papillomavirus in precancerous and cancerous cervical neoplasia in Tunisian women. R Bel Haj Rhouma, M Ardhaoui, E Fehri, A Marzougui, T Laassili, I Guizani, MS Boubaker, E Ennaifer (soumis). 2 - Identification des biomarqueurs humains et viraux d’intérêt pronostique impliqués dans la carcinogenèse cervicale La stratégie de prévention du cancer du col se base essentiellement sur une prévention par dépistage. L’objectif actuel est La recherche de biomarqueurs indicatifs sur l’évolutivité des lésions afin d’adapter la prise en charge personnalisée des patientes ayant des infections HPV au potentiel de développement d’un processus cancéreux. Les TLR interviennent dans l’initiation des réponses immunitaires adaptatives. Une activation inappropriée de TLRs sous certaines conditions peut mener à des maladies auto-immunes, inflammatoires chroniques ou infectieuses et surtout à une carcinogenèse et à la progression de tumeurs. Ils peuvent être de bon bio-marqueurs de cancérisation et des cibles thérapeutiques. Objectifs : Ce projet se propose d’identifier sur des séries rétrospectives, des biomarqueurs permettant d’une part, de prédire le risque de progression des infections HPVs du col utérin. Plus spécifiquement ce projet vise à : 1-Etudier le processus de l’intégration du génome des HPV à haut risque dans les lésions épidermoïdes cervicales 2- Etudier les variants des oncoprotéines du HPV et leurs associations avec la progression des lésions épidermoïdes cervicales
- 49. 3- Etudier leseffecteurs de signalisation de l’immunité leurs associations avec la progression des lésions épidermoïdes cervicales et les types HPV 2.1 Évaluation du statut HPV dans les lésions épidermoïdes cervicales Après conception des amorces spécifique au gène E2 et optimisation de l’amplification du gène E2HPV16, la PCR a été effectuée sur 40 prélèvements HPV16+. L’amplification par PCR spécifique de ce gène indique qu’il est intact dans des prélèvements type (ASCUS, LSIL, normal). Ce gène est tronqué au niveau d’autres frottis cervicaux indiquant ainsi son intégration dans le génome de la cellule hôte. Le séquençage des produits amplifiés du gène E2 a été effectué afin d’analyser les variants de ce gène. 2.2 Etude du polymorphisme de l’oncoprotéine E5, E6 et E7 des HPV16 dans des lésions épidermoïdes cervicales Dans nos travaux antérieurs, nous avons déterminé les variants des oncogènes E6, E7 et E5 dans des lésions épidermoïdes cervicales ; ce travail est en cours de finalisation afin de rechercher une corrélation entre les différents variants décrits précédemment dans l’ancien contrat programme et la progression tumorale (Article en cours de rédaction pour soumission) 2.3 Etude du polymorphisme de TLR9 et de l’association de l’expression des TLR 9 et TLR5 et TLR4 avec les grades du cancer du col utérin et HPV16 Cette étude a porté sur des cas témoins (frottis normaux, HPV négatif), frottis HPV positives haut risque et bas risque et des lésions bas grade (Condylome, CIN1), Haut grade (CIN2, CIN3) et cancer invasif du col utérin. Après conception des amorces d’une région ciblé de l’exon 2 du gène TLR9 et optimisations des PCR suivi du séquençage Sanger, nous avons détecté plusieurs types de mutations : la mutation synonyme C2848T est associé au cancer invasif et à la surexpression de TLR9. D’autres mutations pathogènes selon les outils de prédiction réalisés ont été également détectées, telles que I 587 V. cette mutation cause une altération du site d’épissage chez des patientes ayant un cancer invasif. Ces mutations sont associées au grade de lésion (cancer invasif), à la dérégulation de l’expression protéique (corrélation génotype/phénotype) et au type HPV Haut risque. 2. Programme 3 : Molécules bioactives à intérêt thérapeutique : valorisation et application sur des modèles de pathologie expérimentale : Leishmanioses, Cancer et Inflammation L’interaction hôte-pathogène est régie par des processus où le pathogène interfère avec des effecteurs cellulaires et des voies de signalisation contrôlant différentes situations pathologiques. Le groupe s’intéresse particulièrement à des pathologies associées à un déséquilibre de la vascularisation (Cancer et ischémie), ou inflammation chronique ou bien des maladies infectieuses (Leishmanioses) et focalise sur l'importance de substances naturelles bioactives dans la découverte d’agents thérapeutiques. L’objectif général de notre programme se résume essentiellement en deux points : 1- La valorisation de biomolécules naturelles (de diverses origines) sur des modèles pertinents de pathologie expérimentale in vitro et in vivo. 2- La caractérisation fine du mécanisme d’action et l’identification de cibles cellulaires impliquées dans l’action de ces biomolécules qui permettraient d’une part le développement de nouveaux agents thérapeutiques et d’autre part de comprendre un aspect lié à l’échec thérapeutique rencontré avec les molécules actuellement utilisées en thérapie. Financements : LR16IPT04 ; PHC-Utique « venins et molécules bioactives »; PCI 1.1. Problématique associée aux biomolécules et modèles de pathologie (ex cancer, inflammation chronique) Les récepteurs à activité tyrosine kinase (RTK) sont parmi les régulateurs clés des réponses cellulaires critiques. Des mutations et des activations aberrantes des RTK sont liées de manière causale au cancer. Par ailleurs, leur dérégulation est souvent associée à un mauvais pronostic, faisant de ces récepteurs des cibles intéressantes dans le développement de molécules thérapeutiques dans de nombreux essais cliniques. La leucémie Myéloide Chronique (LMC) est un exemple type illustrant cette situation. Cette hémopathie maligne est la conséquence d’une prolifération monoclonale de la cellule souche hématopoïétique suite à une translocation chromosomique entraînant la production d’une protéine chimérique Bcr-Abl à activité tyrosine kinase. Ce qui conduit à l’activation exacerbée de nombreuses voies de signalisation en aval et aux modifications majeures d’un grand nombre de fonctions cellulaires. L’Imatinib Mésylate, un mimétique de l’ATP, en inhibant l’activité de Bcr-Abl, entraîne des rémissions spectaculaires chez des patients atteints de LMC. Cependant, plusieurs cas de résistance ont été rapportés. Donc, la nécessité de contourner cette résistance et proposer d’autres alternatives thérapeutiques s’impose.
- 50. Objectifs : Notreobjectif est d'identifier des biomolécules actives à partir de sources naturelles et de nouveaux effecteurs cellulaires susceptibles de ciblage de médicaments dans les cancers dans la perspective d’aider à développer de nouvelles thérapies et des combinaisons de médicaments pour améliorer l'efficacité et la réponse au traitement. L’identification des mécanismes moléculaires responsables de la résistance à la chimiothérapie est importante pour le traitement et la survie des patients atteints d’un cancer. La compréhension de ces mécanismes permettrait l’identification de marqueurs prédictifs et de cibles thérapeutiques intéressantes. La nature par son impressionnante richesse, sa complexité et sa biodiversité est une source de biomolécules aux propriétés thérapeutiques intéressantes et nos travaux se basent sur l’identification de biomolécules anti- cancéreuses non toxiques modulant différents processus clés de la progression tumorale. - Résultats obtenus en 2020 : Souid et collaborateurs (Souid S, Karoui H, Essafi-Benkhadir K. En préparation) Le fractionnement bioguidé de l’extrait de la plante Ziziphus lotus sur les cellules humaines originaires d’une leucémie myéloïde chronique (LMC), les cellules K562 caractérisées par une activation constitutive de RTK, a abouti à la purification et à l’identification de plusieurs composés dotés d’une activité anti-tumorale comparable à la drogue de référence pour les LMC, l’Imatinib Mésylate. Un des composés identifiés et son analogue (synthétisé dans le cadre d’une collaboration avec le Pr Khalid El-Sayed, Université de Louisiana, Monroe, USA) ont bloqué la viabilité cellulaire par une induction de la différenciation et/ou l’autophagie des cellules K562. Les mécanismes moléculaires impliqués dans l’induction de la différenciation des cellules et la stimulation de l’autophagie ont permis de valider plusieurs effecteurs cellulaires associés à ces processus. De même, certaines biomolécules purifiées ont exercé des activités anti-prolifératives à la fois sur différentes lignées leucémiques sensibles K562, JURL-MK1 et LAMA et résistantes (collaboration scientifique initiée avec le Dr Mary Didier, Centre Méditerranéen de Médecine Moléculaire (C3M), U1065-INSERM-Nice, France, équipe « Cancer, cellules souches leucémiques et inflammation »). Des résultats préliminaires suggèrent que l’effet des biomolécules identifiées impacteraient les activités métabolique, glycolytique et la respiration mitochondriale de ces cellules. Travaux de collaborations avec d’autres Laboratoires de l’Institut Pasteur : Une étroite collaboration, basée sur des compétences complémentaires, avec le Laboratoire des Venins et Biomolécules Thérapeutiques (Dr Najet Srairi-Abid et des membres de son équipe) a capitalisé sur l’expertise de l’équipe (Dr Khadija Essafi-Benkhadir) dans la dissection et l’analyse fine des voies de signalisation et les effecteurs cellulaires impliqués dans certains processus pathologiques notamment les cancers et l’inflammation Chronique. Cette collaboration a formalisé un historique d’interactions scientifiques à travers des projets de recherche (Projet PHC Utique 2017-2019, Projet Collaboratif interne : PCI_2014_04) et/ou des publications scientifiques communes qui ont renforcé les liens existants (articles scientifiques parus (Jebali et al., Toxicon 2020; BenAissa et al., Biochem Biophys Res Commun. 2020) ou en cours (Aissaoui et al., Soumis). 1.2 Biomolécules et modèles de pathologie (ex Leishmanioses) Neffati N, Aloui Z, Guizani I et Karoui H Problématique et Objectifs : En Tunisie, malgré le développement du pays et l’amélioration des conditions sanitaires, les maladies infectieuses sont encore à l’origine de 3,4% de mortalité annuelle. Les zoonoses causées par des parasites protozoaires du genre Leishmania se caractérisent par une morbidité importante et un coût de prise en charge élevé par les structures hospitalières. L’isolement de produits naturels bioactifs offre un parcours unique et efficace à la découverte de nouveaux agents anti- infectieux. Résultats obtenus : Nous avons criblé des espèces médicinales collectées dans plusieurs localités géographiques en Tunisie (collaboration avec l’Unité Ressources Phytogénétiques et Biotechnologie Végétale (INSAT), dirigée par le Professeur Mohamed Boussaid) et testé leur effet contre le parasite Leishmania ssp. Nos études ont montré qu’un ensemble d’extraits sont dotés d’un important pouvoir anti- leishmanien qui se traduit par une interférence avec le cycle vital et prolifératif du parasite (Aloui et al., 2016; Neffati et al., 2017). Actuellement, un fractionnement de ces extraits de plantes est en cours afin d’identifier le ou les composés responsables de leur activité anti-leishmanienne et décrire leur mécanisme d’action à l’échelle moléculaire et cellulaire. 3. Programme 4 : Covid19 : Approches au diagnostic et à la thérapie Guizani I, Harigua E, Bel Hadj Ali I, Souguir H, Ardhaoui M, Y.Z. Abdelkrim, A.S. Chakroun, Y. Saadi, S. Triki (PFE) Objectifs: 1. Aide au diagnostic du Covid 19 par des tests ADN rapides sur prélèvements nasopharyngés et par intelligence artificielle sur imagerie thoracique
- 51. 2. Repositionnement demédicaments ciblant les protéases du virus Sars Cov2 Financements : PRF Lutte Covid19 (D5P1) (objectif 1) ; Urgence Covid19- Covid Antiproteases (objectif 2) 1- Contributions au Projet fédéré de recherche « Lutte Covid19 » : Evaluer, prédire et agir : une stratégie fédérée pour la lutte contre la Covid 19 1.1 Mise au point et évaluation de principe de tests FAST-PCR associés à une détection par chromatographie en flux latéral sur une bandelette incluant une étape d’amplification du signal par Crisp- Cas (H. Souguir, I. Belhaj Ali) Le travail mené dans le cadre de ce workpakage, a porté sur 5 cibles génomiques virales (S, N, E, ORF1ab, RdRP) et 14 couples d’amorces. Le criblage de ces amorces a été effectué de manière séquentielle pour une utilisation en Fast-PCR. Ainsi, quatre paires d’amorces utilisées en qPCR (4/5) ont été expérimentalement retenues et optimisées pour une amplification en Fast-PCR, selon la technique de détection, au moyen d’amorces marquées ou non. Les optimisations relatives à quatre nouveaux couples d’amorces (4/9) sont en cours. Concernant la détection des produits d’amplification, deux approches possibles sont envisagées : la détection directe sur bandelette grâce à des amorces marquées, la révélation de l’activité collatérale de Cas12a, dans le milieu réactionnel, qui est activée par le produit d’amplification sur une bandelette grâce à un reporter marqué. Les deux approches ont été abordées lors de la 1ère année : a- Détection directe des produits amplifiés sur bandelette : Un test Fast PCR, ciblant le gène codant pour la protéine N, a été validé sur 39 ADNc (21 cas positifs et 18 négatifs) avec une sensibilité de 81% sur gel d’agarose et 100% sur bandelette. A l’exception d’un cas, tous les négatifs étaient négatifs avec ce test. Cela valide aussi le principe de l’utilisation de la FAST-PCR couplée à une bandelette comme un test rapide de diagnostic de la covid19 (1h vs 2h30) permettant aussi de l’utiliser sans grand besoin en équipements sophistiqués, et aussi à moindre coût. b- Détection indirecte sur bandelette après activation de la Cas12a : Trois tests Fast-PCR mis en place sont actuellement retenus pour cette détection. Le système de détection Cas12a est en cours de mise en place. 1.2 Mise au point d’un système digital d’aide au diagnostic (E. Harigua) Le travail réalisé dans le cadre de ce workpackage, est exécuté dans le cadre d’un partenariat avec la Startup « Artificial Intelligence for Health Development » (AI4HD), une équipe mixte IPT-AI4HD a développé un algorithme en intelligence artificielle pour détecter une covid19 sur des scans thoraciques. L’évaluation des performances de cet algorithme a été effectuée sur des données publiques chinoises et italiennes ; cela a permis d’estimer la précision de cet algorithme (92%). L’équipe a aussi développé une version alpha d’un système de gestion de données pour patients COVID-19. Le système nécessite une amélioration. Des contacts ont été pris avec des équipes de cliniciens qui seraient intéressées par ces développements en partenariat. Une convention est en cours d’établissement avec l’équipe du Pr. Saoussen Handous à l’hôpital A. Mami pour étendre l’évaluation de l’algorithme sur des données de plus grande taille, d’une part, et Tunisiennes, d’autre part. Le système de gestion des données sera aussi plus élaboré dans le cadre de cette convention. 2- Projet Covid Anti-protéases Le projet est réalisé en collaboration avec plusieurs équipes pastoriennes (IP, Paris) qui maitrisent les aspects relatifs à la validation expérimentale des composés, entre autres. Par des approches computationnelles, nous avons ciblé les deux protéases du sars-cov-2, la Mpro et la PLpro, pour l'identification de nouvelles molécules thérapeutiques. Une fouille extensive de la base de données PDB a permis d'identifier des structures cristallographiques d'intérêt pour les criblages virtuels. Ces structures ont été utilisées comme cibles pour le docking à haut débit de librairies de molécules chimiques. Des méthodes d'analyses développées spécialement pour ce projet et adaptées à la taille des résultats des criblages effectués ont permis d'identifier des molécules potentiellement actives contre les protéases du sars-cov-2 (~300). Des validations expérimentales par un test cellulaire type nano-luc des molécules ciblant la Mpro ont été effectuées. Une dizaine de molécules sont retenues et seront prochainement testées sur la croissance du virus en vue de valider leur effet antiviral (E. Harigua et al.). 4. Publications & Brevets du laboratoire Liste des publications parues dans des revues internationales en 2020 1- Jebali J, Zakraoui O, Aissaoui D, Abdelkafi-Koubaa Z, Srairi-Abid N, Marrakchi N and Essafi- Benkhadir K. " Lebecetin, a snake venom C-type lectin protein, modulates LPS-induced
- 52. inflammatory cytokine productionin human THP-1-derived macrophages". Toxicon. 2020 Sep 10;187:144-150. doi: 10.1016/j.toxicon.2020.09.001. 2- BenAissa R, Othman H, Villard C, Peigneur S, Mlayah-Bellalouna S, Abdelkafi-Koubaa Z, Marrakchi N, Essafi-Benkhadir K, Tytgat J, Luis J, Srairi-Abid N. "AaHIV a sodium channel scorpion toxin inhibits the proliferation of DU145 prostate cancer cells”. Biochem Biophys Res Commun. 2020 Jan 8;521(2):340-346. doi: 10.1016/j.bbrc.2019.10.115. Epub 2019 Oct 24. 3- Souid S, Aissaoui D, Srairi-Abid N, Essafi-Benkhadir K. "Trabectedin (Yondelis®) as a Therapeutic Option in Gynecological Cancers: A Focus on its Mechanisms of Action, Clinical Activity, and Genomic Predictors of Drug Response". Curr Drug Targets. 2020 Jan 28. 21(10):996-1007. doi: 10.2174/1389450121666200128161733. 4- Haifa Bennour , Asma Bouazizi , Imene Fodha , Mouna Ben Hadj Fredj , Meriam Ben Hamida- Rebai , Amira Jerbi , Ameni Dhiflaoui , Shada Abdelberi , Fairouz Abbassi , Saoussen Abroug , Monia Khlifa , Akila Fathallah , Noureddine Boujaafar , Abdelhalim Trabelsi “Un expected predominance of rotavirus G9P[8] strain in Tunisian adult diarrheal patients”.. P54 J Med Microbiol 2020 Feb;69(2): 280-289.doi: 10.1099/jmm.0.001156. Epub 2020 Jan 31. 5- Zohra Aloui-Zarrouk , Lahcen El Youssfi, Kingsley Badu, Adeniyi Francis Fagbamigbe, Damaris Matoke-Muhia, Caroline Ngugi, Natisha Dukhi, Grace Mwaura “The wearing of face masks in African countries under the COVID-19 crisis: luxury or necessity? ; AAS Open Research 2020, 3:36 Last updated: 05 AUG 2020 6- Sana Rouis, Imen Khammeri, Bechir Achour, Asma Achour, Nesrine Ben Sayed, Haifa Regaieg, Emna Bouslama, Yosra Dhaha, Alia Yaacoub, Yosra Ben Youssef, Akila Fathallah, Abderrahim Khelif. “Invasive infection caused by Geotrichum capitatum in three patients with acute myeloid leukemia”. Pan African Medical Journal- Clinical Medicine; 2020; 4: 4. DOI: 10.11604/pamj- cm.2020.4.4.41.25656 Chapitre d’ouvrage 1- Abdelkrim YZ, Banroques J, Kyle Tanner N. « Known Inhibitors of RNA Helicases and Their Therapeutic Potential ». Methods Mol Biol. 2021; 2209:35-52. doi: 10.1007/978-1-0716-0935-4_3. PMID: 33201461. VI – Financements obtenus et en cours pendant l’année 2020 1. Contrat Programme de laboratoire / LR16IPT04 - MERST (2020-2023) PIs : Ikram Guizani, Emna Ennaifer & Habib Karoui. « Épidémiologie moléculaire et pathologie expérimentale » - 90000 TND. 2. Projet fédéré de recherche Covid19 (2020-2021) Coordinatrice : I. Guizani ; PIs : J. Bettaieb, S. Ben Miled, H. Triki, M. Ben Ahmed, D. Laouini, I. Belhadj Ali, E. Harigua. Lutte Covid19 « Evaluer, prédire et agir : une stratégie fédérée pour la lutte contre la Covid 19 » (200000 TND/ an) 3. Institut Pasteur - Urgence COVID-19 (2020-2021) PI : E. Harigua « Cov2 Anti-Proteases: Structure- based drug discovery and repurposing targeting the SARS-CoV-2 proteases » 4. PROMESSE-PAQ (2020-2021) PI : Z. Aloui « Conception, formulation et production de dispositifs parapharmaceutiques à base d’huiles de plantes aromatiques et médicinales pour le traitement d’altérations cutanées » - total : 103000TND 5. Programme du Centre d’investigation clinique de l’IPT (2017-2021 PI : I. Guizani «Évaluation comparée d’outils moléculaires de nouvelle génération pour le diagnostic moléculaire de la leishmaniose cutanée » projet au sein du programme CIC intitulé : "Maladies transmissibles : Histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement", Directeur du CIC: Henda Triki. (CIC2 : 67500 TND) 6. Prg /PCI de l'IPT 2019-2021 PI : Mourad Barhoumi «Evaluation of the immunotherapeutic potential of Leishmania tarentolae expressing LieIF and/or the salivary protein of Phlebotomus papatasi PPTSP44, in L. major-infected BALB/c mice» (20 000 DT / An) 7. PEER- Women Mentoring: NAS-USAID 2019-2020 PI : Insaf BelHadj Ali «POC CL Diagnosis: Handheld Fast PCR assays and Lateral flow detection for Leishmania Parasites Detection and Identification» (10000 Dollars) 8. PEER- Women Mentoring: NAS-USAID 2019-2020 PI: Emna Harigua «AIR2D: Algorithm for an Integrative Repurposing & Discover of Drugs against Neglected Tropical Diseases» (10000 Dollars) 9. Programme PCI de l’IPT (2018-2020 PI : Houyem Ouragini, Co-Invest : Essafi-Benkhadir Khadija «Implication des microARNs dans la Régulation de l’expression de l’Hémoglobine Fœtale». Projet collaboratif impliquant aussi le LR16IPT07 (20000 DT/ an) 10. Programme PCI de l’IPT (2018-2020) PI : Youmna M’ghribi, Co-PI : Souheila Guerbouj
- 53. «Bionomics of zoonoticvector-borne pathogens in wild and domestic mammals in northern west of Tunisia, an endemic area for leishmaniasis: A one health perspective». Projet collaboratif impliquant aussi le LR16IPT03 (20000 DT/ an) 11. Projet ACIP- RIIP LeiSHield-MATI (2019-2020) Co-invest: Ikram Guizani, Mourad Barhoumi «A multi-disciplinary integrative approach toward understanding clinical, molecular and socio-economic factors underlying cutaneous leishmaniasis across Morocco, Algeria, Tunisia and Iran» (3300 euros pour notre groupe) 12. Agence Nationale de la Promotion de la Recherche scientifique – Mobidoc 2018-2020 - Emna Fehri 13. Projet EURISE (2018-2020) PI: H. Louzir Co-invest: I Guizani (Suspendu pour cause de pandémie) 14. PEER/ NAS –USAID (2017-2019 PI : I. Guizani «Diagnosis of Cutaneous Leishmaniasis : Development and Evaluation of Multiplex POC DNA Assays» (projet collaboratif pour un montant total de 296 000 USD) – extension sans frais 15. Agence Universitaire pour la Francophonie (2016 - 2017) PI : I. Guizani «Génomique comparée de Leishmania infantum: Déterminants génétiques impliqués dans la pathogénie ; applications diagnostiques et stratégiques pour la lutte». (30000 euros/ an) – extension sans frais. Les chiffres clés du laboratoire en 2020 2 enseignements non rémunérés 14 vacations ou cours rémunérés. 27 participations à des Jury pour l’obtention de diplôme national ou international. 8 Participation à des Commissions Nationales et Internationales en 2020. 2 communications orales et affichées nationales et internationales. 6 publications internationales. 1 publication internationale chapitre d’ouvrage. 3 demandes de brevet ou contrat de valorisation. 19 projets (15 projets en cours et 4 projets obtenus en 2020). 5 diplômes soutenus (1 Thèse de Médecine, 2 PFE et 2 PFE d’ingénieur). 8 diplômes en cours (7 Thèses de Doctorat et 1 Mastère). 3 Habilitations Universitaires en cours de préparation en 2020 9 formations continues en Tunisie. 1 formation continue à l’étranger. 4 Participation à des évènements scientifiques. 1 Organisation d’évènements scientifiques
- 54. Laboratoire de GénomiqueBiomédicale et Oncogénétique Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction (exemple) Prénom, Nom Titre /Fonction Sonia ABDELHAK Biologiste Principal/ Chef du laboratoire Mohamed Samir BOUBAKER Professeur/ Chef de Service Laboratoire d’Anatomo-Pathologie Humaine et Expérimentale, IPT Ahlem AMOURI Professeur/ Chef de Service de Cytogénétique, IPT Rym KEFI-BEN ATIG Maître de conférences Houda YACOUB Biologiste Principal Olfa MESSAOUD Biologiste adjoint Cherine CHARFEDDINE Maitre-Assistant de l’Enseignement Supérieur Najla MEZGHANI Maître Assistant de l’Enseignement Supérieur Lilia ROMDHANE Maitre-Assistant de l’enseignement Supérieur Haifa TOUNSI GUETITI Assistant Hospitalo- Universitaire en Médecine Hamouda BOUSSEN Professeur/ Chef de Service d’Oncologie Médicale, Hôpital Abderrahmane Mami Abdelmajid ABID Ancien Professeur à la Faculté de Médecine de Tunis, médecin de libre pratique Mohamed Moussadak AZZOUZ Professeur/ Chef de Service de Gastro-entérologie, Hôpital Régional de Nabeul. Meriem JONES Maître de conférences Agrégée en Dermatologie Emna CHELBI Maître de Conférence Agrégée Nesrine MEJRI Maître de conférences Agrégée en Oncologie Médicale Wiem AYED Maitre de conférences Agrégée en Histo-Embryologie Rim ZAININE Maitre de conférences Agrégée Sonia BEN NASER Assistante Hospitalo-Universitaire Houda BELFKI Assistante Hospitalo-Universitaire Hanen BOUAZIZ Assistante Hospitalo-Universitaire Olfa SELMI Assistante Hospitalo-Universitaire Mariem GHARBI Professeur d’enseignement paramédical
- 55. Cadres ayant ungrade équivalent au grade d’assistant de l’enseignement supérieur Maria KABBAGE Chercheur Post doctorant Yosr HAMDI Biologiste adjoint contractuel Nadia ZITOUNA Chercheur Post doctorant Meriem FASSATOUI Chercheur Post doctorant Haifa JMEL Chercheur Post doctorant Asma CHIKHAOUI Chercheur Post doctorant Hamza DALLALI Chercheur Post doctorant Jihene BRAHAM AYARI Médecin Spécialiste Abdelmajid ABID Prof Chercheur associé Chokri NAOUALI Etudiant en Fin de thèse Amira JABALLAH Etudiante en Fin de thèse Ines BEN AYED Etudiante en Fin de thèse Imène NABOULI Etudiante en Fin de thèse Marwa SAYEB Etudiante en Fin de thèse Meriem JONES Etudiante en Fin de thèse Chiraz MEHEMMAI Etudiante en Fin de thèse Hanene BENRHOUMA Etudiante en Fin de thèse Techniciens Safa ROMDHANE Technicien Principal Sihem BEN FADHEL Technicien Principal Imen CHARFI Technicien Supérieur Ouvriers Fatma HABBACHI Ouvrier Etudiants en mastère de recherche
- 56. Wided BOUKHALFA Etudianteen mastère Etudiants en PFE Malek ABDELI Etudiante en PFE Molka MARZOUKI / Afraa ICHAOUI Etudiantes en PFE Doctorants (préparant une thèse de doctorat es-sciences) Nadia BEN JEMII Etudiante en thèse es Sciences Hamza YAICHE Etudiant en thèse es Sciences Abir BELHAJ ALI Etudiante en thèse es Sciences Ghaith ABDESSALEM Etudiant en thèse es Sciences Meriem HECHMI Etudiante en thèse es Sciences Najah MIGHRI Etudiante en thèse es Sciences Nesrine MEJRI Etudiante en thèse es Sciences Ichraf KRAOUA Etudiante en thèse es Sciences Meriem GHARBI Etudiante en thèse es Sciences Maroua BOUJEMAA Etudiante en thèse es Sciences Rahma MKAOUAR Etudiante en thèse es Sciences Jihene MARRAKCHI Etudiante en thèse es Sciences Jihene BEN AISSA Etudiante en thèse es Sciences Haifa TOUNSI Etudiante en thèse es Sciences Wiem AYED Etudiante en thèse es Sciences Geis Omran Abdelsalam IKHLEIF Etudiant en thèse es Sciences Sami BOUCHOUCHA Etudiant en thèse es Sciences Amel SAAIDI Etudiant en thèse es Sciences Khouloud ZAYOUD Etudiante en thèse es Sciences Nesrine MEZZI Etudiante en thèse es Sciences Nadia KHERIJI Etudiante en thèse es Sciences Dorra NAJJAR Etudiante en thèse es Sciences Dorra WIDER Etudiante en thèse es Sciences
- 57. Présentation du laboratoireet réalisations en 2019 Introduction - Notre Laboratoire de recherche a été créé en 2012 en regroupant une partie des activités de recherche du service d’anatomie pathologique et expérimentale et celles du service de cytogénétique ainsi que les activités de l’unité de recherche sur l’investigation moléculaire des maladies orphelines d’origine génétique. Cette dernière a été elle-même créée en 2004 suite à l’évolution du groupe de recherche en génétique humaine mis en place depuis septembre 1997. Ainsi, depuis plus de vingt ans, nos travaux ont eu pour objectif principal l’investigation multi- disciplinaire des maladies génétiques rares dans la population tunisienne. L’évolution de nos activités de recherche nous a conduit à l’étude de maladies non-transmissibles communes, surtout dans leurs formes mendéliennes, en particulier les pathologies prédisposant aux cancers et au diabète. L’impact escompté de nos travaux est un meilleur diagnostic et par conséquent la prévention de ces affections en Tunisie et dans la région. - A la fin du contrat programme 2012-2015, nos travaux ont été évalués positivement et a été reconduit. Le contrat programme 2016-2019 avait pour objectif global d’étudier les maladies non transmissibles avec les nouvelles approches de la post-génomique. Il était subdivisé en 3 axes : - Le premier axe visait à identifier l’étiologie moléculaire des maladies génétiques rares par des approches génomiques et post-génomiques. Les approches post-génomiques font appel à des techniques de séquençage et de génotypage de nouvelle génération (NGS). Compte tenu du grand nombre de variants identifiés, ces approches nécessitent des analyses bioinformatiques assez poussées ainsi qu’une validation à l’échelle des familles de malades et de la population étudiée. Une validation fonctionnelle est également indispensable et nécessite l’utilisation de modèles cellulaires appropriés pour mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques associés. - Le deuxième axe visait à étudier les facteurs génétiques prédisposant aux cancers et affectant leur progression afin d’identifier des biomarqueurs à valeur diagnostique, pronostique et ou théranostique. En plus des techniques classiques d’investigation histo-pathologiques et moléculaires, nous avons étudié le microenvironnement tumoral et nous avons fait appel à des outils NGS, transcriptomique et protéomique. - Enfin, le troisième axe a porté sur l’étude du paysage génétique des populations maghrébines et son influence sur la susceptibilité aux maladies chroniques comme le diabète et ses complications. En mettant à profit la génération de données par des techniques de NGS combinée à la structure familiale particulière de la population tunisienne, nous étudions quels sont les variants responsables de formes monogéniques de ces maladies métaboliques. Nous abordons également l’étude de l’interaction gènes-environnement et l’influence de la nutrition sur la santé en étendant l’investigation génétique à l’étude des facteurs épi-génétiques et du microbiote intestinal. - Nos études ont conduit à l’identification des gènes impliqués dans plusieurs groupes de maladies et à la description du spectre mutationnel dans la population tunisienne. - Nous notons l’évolution suivante de nos axes de recherche et de nos travaux collaboratifs à l’échelle institutionnelle, nationale et internationale : - Une intégration dans des consortiums de recherche translationnelle avec un transfert de savoir-faire sur l’investigation moléculaires des maladies génétiques vers les structures hospitalières (projet du Centre d’Investigation Clinique CIC Neurosciences et maladies mentales et projet d’étude en Cancérologie PEC sur le cancer du sein) et un échange de connaissances et de compétences avec ces structures. - l’engagement dans des projets institutionnels coordonnés par des jeunes chercheurs notamment les projets PCI : PCI-Registre et PCI- MODY, plus récemment le PCI_Ageing (2019-2021) et les projets PEJC (18PJEC07-06: Investigation multidisciplinaire du diabète MODY en Tunisie (2018-2020) et 19PEJC06-07: Développement et mise en place d’un portail d’informations sur les maladies génétiques en Tunisie (2019-2020). - une évolution des travaux d’investigation des maladies génétiques vers des études fonctionnelles (PCI-Melanoma, ACIP-Myopath et PTR-Rejuvenage) - une interaction de plus en plus marquée entre les axes de recherche avec des transferts de connaissances par l’investigation génétique en utilisant les outils de séquençage de nouvelle génération qui s’est généralisée à tous nos programmes de recherche. - l’ouverture à de nouvelles investigations de mécanismes épigénétiques (études des miRNA dans les cancers du système digestif) et études du microbiote intestinal dans les maladies métaboliques ainsi que l’étude du stress oxydatif aussi bien dans le diabète et ses complications (ACIP45-17) que dans les maladies progéroïdes et associées au vieillissement. - l’implication dans l’implémentation des projets H2020 Inspires “Ingenious Science shops to
- 58. promote Participatory Innovation,Research and Equity in Science”, dont le PI tunisien est M. Hichem Ben Hassine et PHINDAccess « Strengthening Omics data analysis capacities in pathogen-host interaction » coordonné par Dr Helmi Mardassi. THEMATIQUES ESSENTIELLES DE RECHERCHE A la fin de l’année 2019, nous avons soumis un nouveau contrat programme du Laboratoire de Recherche (2020-2023) organisé en quatre grands projets de recherche : Projet 1 : Recherche trans- disciplinaire et participative sur les maladies rares et ultra-rares Projet 2 : Oncogénétique, pathologie des cancers et médecine de précision Projet 3 : Génomique des populations maghrébines et maladies métaboliques Projet 4 : Neuro-dégénérescence et maladies du vieillissement : mécanismes et stratégies thérapeutiques. BILAN GLOBAL DES ACTIVITES DE RECHERCHE (depuis la création du LR/UR) (nombre total des publications, diplômes soutenus, brevets, conventions et autres résultats quantitatifs) Articles parus depuis la création du LR : 18 en 2011, 25 en 2012 ; 27 en 2013 ; 20 en 2014 ; 19 en 2015, 13 en 2016, 14 en 2017, 20 en 2018, 22 en 2019 (dont 14 où les auteurs principaux sont membres de notre laboratoire) soit un total de 178 publications, 5 chapitre de livres, et deux ouvrages. Diplômes soutenus depuis la création du LR : 2 habilitations ; 6 Agrégations hospitalo-universitaires ; 27 Thèses de Doctorat en Sciences Biologiques ; 1 thèse de Doctorat en Médecine ; 32 mastères et 36 mémoires de fin d’études. Conventions depuis la création du LR : 17 conventions ont été signées entre le laboratoire LR16IPT/05 et d’autres structures de recherches. 2 conventions de projets de coopération scientifique internationale signées en 2017 pour un démarrage en 2018. Organisation de séminaires et colloques à l’étranger au cours du dernier contrat programme 2016-2019: 4 Organisation de séminaires et colloques en Tunisie au cours du dernier contrat programme 2016-201: 24 MOTS CLES QUI RESUMENT VOTRE ACTIVITE Maladies rares, génomique, oncogénétique, épigénétique, médecine de précision, maladies métaboliques, vieillissement, recherche de mise en œuvre, recherche participative. QUELQUES LIGNES QUI RESUMENT VOTRE ACTIVITE Ligne1 Recherche participative sur les maladies rares Ligne2 Oncogénétique, épigénétique et oncologie de précision Ligne3 Génomique et pharmacogénétique des maladies métaboliques Ligne4 Vieillissement et dégénérescence tissulaire Axe 1 : La génomique structurale et fonctionnelle pour les maladies rares : Chef de Projet : Dr Houda Yacoub-Youssef Dans ce premier axe, nous nous sommes intéressés à (i) l’investigation sur le plan clinique, épidemio- génétique et moléculaire des maladies génétiques rares afin d’identifier leur spectre mutationnel et de proposer un conseil génétique, et pour les formes les plus grave un diagnostic anténatal pour les familles concernées; Il s’agit d’une recherche translationnelle, menée en collaboration avec des structures hospitalières de différentes régions du pays (ii) Investiguer via le modèle du Xeroderma pigmentosum, les conséquences relatives à la défaillance du système de réparation de l’ADN sur la cancérogenèse en explorant tout particulièrement la réponse inflammatoire, (iii) Investiguer le cross-talk entre le processus inflammatoire et la fibrogenèse dans les dystrophies musculaires sous l’effet de corticothérapies et (iiii) les mécanismes communs au vieillissement normal et accéléré via le modèle du syndrome de Cockayne.
- 59. Au cours del’année 2019, les travaux de cet axe ont fait l’objet de : (i) 13 publications internationales pour 11 d’entre elles les auteurs principaux sont de notre laboratoire, et pour les 2 autres elles émanent de nos collaborateurs (ii) de 2 Thèses de Doctorat en Sciences Biologiques. Dans ce qui suit nous allons rapporter brièvement une partie des principaux résultats obtenus dans cet axe de recherche. 1- Investigation génétique, clinique et épidémiologique des maladies génétiques rares : Responsables Dr Sonia Abdelhak et Dr Olfa Messaoud Depuis plus de vingt ans, nous effectuons un travail de recensement des maladies génétiques rares et ultra- rares dans la population tunisienne et Nord-Africaine (Lilia Romdhane, HDR en cours, Romdhane et al. 2019 ; Hager Jaouadi, et Saida Lahbib, Doctorat en Sciences Biologiques, 2019). Plus de 540 entités cliniques et génétiques ont été identifiées en Tunisie. Nous avons estimé le nombre de patients pour chacune de ces maladies, plus de 70% d’entre elles touchent moins de 1 individu sur 100.000. Il s’agit donc pour la majorité de ces affections de maladies ultra-rares, ce qui pose un défi pour leur diagnostic qui ne peut être effectué dans des structures de diagnostic de routine. Dans notre laboratoire nous continuons à contribuer à la caractérisation moléculaire de plusieurs maladies génétiques rares et ultra rares en Tunisie et dans la région ce qui a conduit à la confirmation du diagnostic et à un conseil génétique. Ainsi nos travaux publiés en 2020 ont porté sur les affections suivantes caractérisées dans la population tunisienne : les ichtyoses (Zaouak et al, 2019a), le syndrome H (Zaouak et al, 2019b); deux formes syndromiques d’autisme (Lahbib et al. 2019a et b) L’anémie mégaloblastique thiamine responsive (Tinsa et al. 2019) ; le syndrome de Noonan (Jaouadi et al, 2019) ; la glycogénose de type III (Ben Chehida et al. 2019), le Xeroderma pigmentosum (Chikhaoui et al. 2019) ou sur des maladies génétiques rares dans des pays voisins comme la maladie de Fanconi en Libye avec une évidence de de co-occurrence de plusieurs maladies génétiques ultra-rares (Ben Haj Ali et al. 2019). Pour les maladies relativement fréquentes et pour lesquelles des mutations fondatrices ont été identifiées, nous avons transféré le savoir-faire à des structures de diagnostic à l’IPT (Service d’Anatomie Pathologique et Expérimentale et Service de Cytogénétique) ou dans d’autres EPS (Service des Maladies Congénitales et Héréditaires de l’Hôpital Charles Nicolle). Nous focaliserons désormais nos activités de recherche sur les maladies très hétérogènes sur le plan génétique et mutationnel en particulier sur les formes atypiques et/ou les maladies génétiques ultra-rares en particulier celles prédisposant aux cancers. L’année 2019 a été également marquée par la mise en place d’un projet boutique des sciences pour la détection précoce des atteintes auditives et ce en collaboration avec l’association Ichara (communications Zitouna et al. 2019a et b). 2- Investigation multidisciplinaire et fonctionnelle pour les maladies rares : (Responsables Dr Houda Yacoub-Youssef et Dr Sonia Abdelhak) a- Le Xeroderma pigmentosum : L’investigation génétique du XP a démarré depuis 2006 dans notre laboratoire et a permis d’identifier les formes XP-C, XP-A, XP-V, XP-D et XP-E. En 2020 et grâce à la technique de séquençage ciblé une nouvelle forme extrêmement rare avec des atteintes cutanés et neurologiques très modérés a été découverte. Il s’agit de la forme XP-G (Chikhaoui A et al. Frontiers in genetics 2019). Par ailleurs, l’étude de la cancérogenèse chez les patients XP a démarré en 2013 via le projet PCI_Melanoma 2013-2015, dont l’objectif était d’investiguer sur le plan systémique et tissulaire, les phénotypes des sous-groupes de Monocytes/Macrophages et l’expression des gènes inflammatoires. En 2020, nous avons réussi à optimiser la polarisation des monocytes humains en différentes sous-populations de macrophages et évaluer l’effet direct de ces cellules sur la prolifération des cellules de mélanome. Nos résultats montrent que les macrophages pro-inflammatoires ont la capacité d’inhiber la prolifération des cellules tumorales à 43%. Ces résultats sont en cours de valorisation. b- Les maladies dégénératives musculaires d’origine génétique : Cas des dystrophies musculaires (Responsable Dr Houda Yacoub-Youssef) L’étude des maladies dégénératives musculaires a démarré avec le projet Acip_Myopath (2016_2018) financé par le RIIP. Ce projet a réuni 3 équipes : de l’IPT (Tunis), de l’IPM (Maroc) et de l’IP (Paris). Notre équipe a focalisé sur l’étude de la réponse inflammatoire et sur l’impact de la corticothérapie sur la dégénérescence musculaire. A l’issue de ce projet, en 2020, notre équipe a identifié à partir du muscle strié squelettique de patients atteints de la maladie de Duchenne, une série de biomarqueurs impliqués dans la voie de signalisation de la fibrose qui est modulée par la cortico- thérapie. Le rôle de ces biomarqueurs dans le processus de la dégénérescence musculaire est en cours d’évaluation. c- Les maladies neuro-dégénératives prédisposant au vieillissement accéléré : Cas du Cockayne
- 60. Syndrome (Responsable DrHouda Yacoub-Youssef) En 2018 le projet PTR_Rejuvenage, financé par le RIIP a démarré. Le projet est porté par 3 équipes dont deux appartenant à l’IP (Paris) (Coordinateur, Equipe 1, Pr Shahragim Tajbakhsh) & (Equipe 3, Dr Miria Ricchetti) et notre Equipe 2 à l’IPT (Dr Houda Yacoub). Le projet porte sur le « Cockayne Syndrome » (CS), maladie neuro-dégénérative prédisposant au vieillissement accéléré. Son objectif est de comprendre les mécanismes impliqués dans le vieillissement pathologique. Jusqu’en 2020 et grâce à une étroite collaboration entre l’IPT, l’Institut National de Neurologie et l’hôpital d’Enfant Béchir Hamza, nous avons pu colliger 14 patients ayant les signes cliniques de CS. Une investigation génétique a été menée dans le cadre du protocole de soin de ces malades en collaboration avec le laboratoire de diagnostic génétique à Strasbourg (collaborateur associé au projet PTR). Deux publications portant sur ces résultats sont en cours de finalisation. De plus, deux familles ont pu bénéficier d’un diagnostic prénatal grâce aux résultats trouvés dans le cadre de ce projet et qui ont été transmis au service de diagnostic des maladies congénitales et héréditaires de l’hôpital Charles Nicolle à Tunis. De plus, une étude transcriptomique qui cible la voie du stress oxydatif et l’inflammation a été faite chez les patients CS et âgés. Des gènes à effets antioxydant et des gènes de la voie NfKB étaient différentiellement exprimés, ce qui implique leurs implications dans le processus du vieillissement. Le projet PTR_Rejuvenage est en cours de finalisation. Nous avons commencé aussi à mettre en place au sein du laboratoire un nouvel outil de diagnostic non invasif pour le Syndrome de Cockayne qui repose sur des mesures du stress oxydatif. Ce projet est conduit dans le cadre du projet de thèse de Mlle Kouloud Zayoud, Mobidoc (2018-2021) Axe 2 : Pathologie et génomique des cancers dans la population tunisienne : Chef de projet : Pr. Med Samir Boubaker Cet axe vise à étudier les facteurs génétiques prédisposant aux cancers et affectant leur progression afin d’identifier des biomarqueurs à valeur diagnostique, pronostique et ou théranostique. Les formes de tumeurs étudiées font partie des cancers les plus fréquents dans la population tunisienne et également à l’échelle mondiale : le cancer du sein les cancers digestifs et les cancers cutanés non mélanomateux, Les principaux résultats des projets de cet axe ont fait l’objet de (i) 4 publications internationales pour deux d’entre elles les auteurs principaux sont de notre laboratoire et de (ii) 7 communications internationales A- Cancer du sein : Investigation épidémio clinique, génétique et épigénétique du cancer du sein dans la population tunisienne (Dr. Yosr Hamdi, chercheur post doctoral) Le cancer du sein (CS) est le cancer le plus fréquent chez la femme représentant ainsi la première cause de mortalité par cancer chez elles. En Tunisie, le CS n'est pas très bien étudié sur le plan génétique et moléculaire avec environ 75% de la composante génétique de cette maladie reste inconnue. D'où l'intérêt d'étudier de nouveaux loci, autre que BRCA1 et BRCA2 et investiguer leurs association avec ce cancer dans la population tunisienne. Objectif global : -Investigation épidémiologique, génétique, épigénétique et clinique du cancer du sein dans la population Tunisienne afin de développer une stratégie fiable et redevable à l’échelle de la santé publique pour la prise en charge des patient(e)s. Résultats: ● Partie épidémio-clinique (Doctorant : Najah Mighri) Nous avons mis en place une base de données qui regroupe des paramètres épidémiologiques, clinico- pathologiques et thérapeutiques relatives à 602 patientes atteintes de cancer du sein et qui ont consulté au service d’Oncologie médicale de Abderahmane Mami entre 2011 et 2015. Ceci permettra de faciliter la gestion des dossiers et de mener une étude rétrospective en ciblant certaines variables dans le but de déceler les spécificités épidémiologiques et cliniques des patients atteints de cancer du sein en Tunisie. ● Partie génétique (Doctorantes : Najah Mighri, Maroua Boujemaa et Chiraz Mhemmai) Cette partie du projet a été consacrée à l’étude du spectre mutationnel des cancers du sein et de l´ovaire par l´analyse des données issus de séquençage par Sanger ou par NGS (WES et TGS). Parmi les gènes étudiés BRCA1, BRCA2, RAD50 ainsi que d'autres gènes de susceptibilité au cancer du sein. Les résultats obtenus feront l'objet de l´article intitulé : « Identification of novel BRCA1 and RAD50 mutations associated with breast cancer predisposition in Tunisian patients » qui est sous révision dans le journal « Frontiers in Genetics ». Une étude similaire a été faite en Algérie sur l´identification de mutations génétiques associées au cancer du sein et de l´ovaire. Cette étude a été effectuée par une étudiante Algérienne, Mme Chiraz Mehemai inscrite en Thèse dans notre laboratoire et le travail a abouti à la publication suivante : Mehemmai C, Cherbal F, Hamdi Y et al. Pathol Oncol Res. Epub 2019 Feb 4. L´autre étude génétique portait sur l’analyse des variations du nombre de copies (CNVs) et l´évaluation de leur association avec le cancer du sein en Tunisie et leur apport dans le diagnostic génétique et dans les décisions thérapeutiques. Une publication à ce sujet est soumise au journal Human Genetics (Boujemaa M.,
- 61. Hamdi Y., ElBenna H., et al. Germline copy number variations in BRCA1/2 negative families: Role in the molecular etiology of hereditary breast cancer in Tunisia). Ces travaux de recherche sont en train d'être valorisés par la mise en place du diagnostic génétique du cancer du sein et de l´ovaire (les tests BRCA) à l´Institut Pasteur de Tunis. ● Partie épigénétique (Doctorant : Maroua Boujemaa) Nous envisageons de faire l´exploration du microenvironnement tumoral par l’étude du niveau d’expression de certains marqueurs qui ont une valeur prédictive de la réponse histologique du cancer du sein inflammatoire. Pour ce projet, nous avons avancé dans la collecte des microbiopsies mammaires et des prélèvements sanguins ainsi que dans le recueil des données clinico-pathologiques des patients recrutés. ● Etude des formes syndromiques et l'implémentation de l'Oncologie de précision Nouha Jendoubi) Une 4ème thèse a démarré en Septembre 2019 sur l'Investigation des formes syndromiques de cancer du sein et l’implémentation de nouveaux tests de diagnostic génétique des cancers. B- Cancers Digestifs : (Dr Haïfa Tounsi Guettiti, Assistante hospitalo-universitaire, pathologiste, Dr Maria kabbage chercheur postdoc) Les cancers digestifs sont en nette augmentation dans le monde et en Tunisie. Les protocoles thérapeutiques personnalisés reposent sur des thérapies ciblées dont le traitement anti-Epidermal Growth Factor Receptor (anti-EGFR dans le cancer colorectal (CCR) et l’anti-HER2neu dans le cancer gastrique. Le rôle prédictif du statut mutationnel des gènes KRAS et NRAS et l’expression de l’E-cadhérine, impliqués dans les voies de signalisation cellulaire, est primordial. D’autres gènes en cours d’investigation seraient également impliqués dans le pronostic et la réponse au traitement. De plus, l'hétérogénéité histologique et génétiques des cancers digestifs notamment les formes syndromiques actuellement identifiées prédisposant aux CCR et gastriques héréditaires, souligne la nécessité d’une démarche diagnostique adaptée, à proposer aux personnes à haut risque de développer ces cancers. Dans ce contexte, notre objectif général est d’identifier d’une part le profil mutationnel germinal associé aux formes héréditaires de ces cancers et d’autre part identifier des biomarqueurs pronostiques et thérapeutiques permettant une approche thérapeutique personnalisée. 1- Etude épidémio-génétique et histo-moléculaire des carcinomes colorectaux (sporadiques et héréditaires) dans la population Tunisienne : Biomarqueurs d’intérêt pronostique et thérapeutique (Amira Jaballah) : 2- Étude Génétique et immunohistochimique de la voie de signalisation Hedgehog (HH) dans le Cancer Colorectal (Nadia Ben Jemii) 3- Etude génétique et histomoléculaire de l’implication des micro-ARNs dans l’angiogenèse des cancers colorectaux : Intérêt diagnostique, pronostique et thérapeutique (Hamza Yaïche) 4- Etude de l’implication de l’ADN mitochondrial dans le processus d’oncogenèse colorectale. (Dr. Najla Mezghani) 5-Recherche de bio-marqueurs de diagnostic, de pronostic et cibles thérapeutiques potentielles associés au cancer gastrique (CG) en Tunisie : approches génomique et protéomique. (Dr Maria Kabbage, Jihene Ben Aissa) Principaux Résultats Obtenus : 1) Identification de polymorphismes au niveau de l’exon 20 du gène EGFR avec une expression immunohistochimique faible de la protéine dans 50% des CCR et mutation du gène pik3ca dans 34 cas de CCRm (article en cours de rédaction) -L'identification du statut mutationnel du gène KRAS réalisée dans un cadre de recherche a abouti à la mise en place d’une paillasse de diagnostic moléculaire de prédiction à la réponse à la thérapie anti-EGFR. (800 patients atteints de CCR métastatiques testés en 2020). -Identification d’une mutation pathogène au niveau du gène MSH2 chez une famille avec un syndrome de Lynch (Article publié : Identification of novel pathogenic MSH2 mutation and new DNA repair genes variants : investigation of a Tunisian lynch syndrome family with discordant twins. Int J Trans Med.2019”. A Jaballah et al). 2) Investigation du gène PDGFRa, GLi1 et SMO et étude de l’expression IHC faite dans 101 CCR et 30 adénomes. Etude de l’association avec le statut mutationnel RAS faite (Article soumis : Dysregulated PDGFR alpha expression and novel somatic mutations in colorectal cancer : association to RAS wild type status and tumor sidedness).
- 62. 3) Etude del’expression immunohistochimique des protéines : CD34,HOX, P53,VEGF et son récepteur (VEGFR) faite sur 85 pièces de CCR (Article soumis: “New insights to the clinical implication of HOXA5 as prognostic biomarker in patients with colorectal cancer). 4) Les PCR et le séquençage des gènes MT-CO1, MT-ND4L et MT-ND5, ont été réalisés sur une cohorte de 60 CRCm. - les résultats sont à publier (Articles en préparation). 5) Investigation du gène CDH1 pour les patients suspects de syndrome HDGC et des gènes de réparation de l’ADN pour les patients suspects de syndrome de lynch II : Le séquençage de la partie codante des gènes faite (Articles en cours de préparation “J Ben Aissa et al). (Articles en préparation “MSH2 rare variant in a Diffuse Gastric Cancer tunisian family with LS II suspicion”, M Kabbage et al). -Une analyse différentielle par LC-MS-MS de protéome entre le tissu sain et le tissu tumoral a été faite dans le cadre d’une collaboration avec l’IP Paris, utilisant des extraits protéiques totaux, l’analyse des résultats est en cours. -Etude de l’expression IHC de l’E-cadhérine en fonction du type histologique- (Article en cours de préparation) C- Cancers cutanés non mélanomateux (Inès Ben Ayed) : L’étude vise à identifier des biomarqueurs moléculaires d’intérêt pronostique et thérapeutique dans les carcinomes cutanés inopérables. Elle se propose d’étudier l’implication des Papillomavirus humains (HPV) comme cofacteur oncogène et évaluer son rôle dans l’inactivation du gène TP53. Objectifs : -Identifier le spectre mutationnel des gènes EGFR, HRAS et BRAF. -Déterminer le taux d’expression des protéines EGFR et TP53 par méthode immunohistochimique. -Rechercher l’ADN de HPV dans les CCNM et en déterminer les éventuels génotypes. Principaux Résultats obtenus : Tous les objectifs ont été réalisés. Les résultats sont publiés dans l’article : (« Mucosal human papillomavirus detection and TP53 immunohistochemical expression in non-melanoma skin cancer in Tunisian patients ». J Cutan Pathol.2019. Ines Ben Ayed et al) Axe 3 : Paysage génétique de la population maghrébine et Interaction gène-environnement Chef de projet : Dr Rym KEFI L’objectif global de cet axe est de déterminer les facteurs génétiques et environnementaux impliquées dans la physiopathologie des maladies métaboliques monogéniques et multifactorielles tout en tenant compte de la spécificité du patrimoine génétique des populations maghrébines. Au cours de l’année 2019, les travaux de cet axe ont fait l’objet de (i) 2 publications internationales et 4 communications orales dans des congrès scientifiques internationaux. Nous avons également contribué à des travaux collaboratifs avec l’axe 1 et l’axe 2 qui ont abouti à 3 publications internationales (Lahbib et al 2019, Ben Haj Ali et al 2019, Jaballah et 2019) et un chapitre de livre. Ci-dessous un résumé des principaux travaux réalisés. I- Investigation pluridisciplinaire des maladies métaboliques multifactorielles 1- Etude du Syndrome métabolique (Smet) Dans la continuité des travaux décrits dans les précédents rapports, le génotypage du variant rs662799 du gène APOA5 et l’étude haplotypique des trois variants (rs662799-rs3135506-rs651821) ont été réalisés chez 594 tunisiens. De plus une méta-analyse a été effectuée avec la population marocaine pour deux variants (rs662799-rs3135506). Nos résultats ont montré une association positive du rs662799 sous les modèles dominant (p = 0,014) et additif (p = 0,024) en Tunisie. Une forte association a été trouvée sous les modèles dominant (p = 0,016) et additif (p = 0,037) dans le groupe des femmes et non pas dans le groupe des hommes. Parmi les trois haplotypes observés dans la population tunisienne étudiée, seul l’AGT a montré une association significative avec le Smet en diminuant le risque de la maladie. En ce qui concerne la méta-analyse, nous avons trouvé une association significative des variants rs662799 et rs3135506 avec le Smet en Tunisie et au Maroc. En conclusion, nos résultats ont montré une association significative entre les variants du gène APOA5 et le Smet en Afrique du Nord. La distribution des génotypes est influencée par le sexe (article soumis).
- 63. 2- Identification debio-marqueurs pour le diabète de type 2 chez la population tunisienne : DiaBiomark Le projet DiaBiomark que nous coordonnons est financé par le Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP) dans le cadre du programme ACIP (Actions Concertées Interpasteuriennes) pour la période 2018- 2020. Ce projet met en collaboration notre équipe de l’Institut Pasteur de Tunis (IPT, LR16IPT05), une équipe de l’Institut Pasteur de Paris (Unité de pathogénie microbienne moléculaire) en France et une équipe de l’Institut Armand Frappier (Laboratoire de Neuropharmacologie et du stress cellulaire) à Montréal au Canada. L’objectif principal du projet est d’élucider les interactions entre les différents facteurs impliqués dans le développement du DT2 et de ses pathologies associées chez la population tunisienne en vue d’identifier des bio-marqueurs à valeur diagnostique. Les objectifs spécifiques du projet DiaBiomark sont les suivants: ● Caractérisation épidémiologique et clinique des patients tunisiens atteints de diabète de type 2 et des individus contrôles. ● Détermination des profils génétiques, nutritionnels, du stress oxydant et du microbiote intestinal des participants. ● Intégration de toutes les données générées et identification de biomarqueurs impliqués dans le DT2, ses complications cardiovasculaires et ses maladies associées. Après l'obtention de l'approbation du comité d'éthique Biomédicale de l'IPT, nous avons recruté 150 participants volontaires. Nous avons collecté les données épidémiologiques, cliniques et nutritionnelles. Les analyses biochimiques ont été réalisées pour tous les individus. Nous avons extrait l'ADN à partir des prélèvements sanguins et nous avons extrait l'ADN microbien à partir des selles. Pour l'investigation du microbiote intestinal, le séquençage par NGS du gène codant l’ARN ribosomal 16S a été réalisé en collaboration avec l’Unité de pathogénie microbienne moléculaire à l’Institut Pasteur à Paris. Les résultats bruts du NGS ont été analysés avec le pipeline QIIME au laboratoire LR16IPT05 dans le but de déterminer les différences de la composition génétique du microbiote entre les témoins sains et les patients diabétiques. Les analyses statistiques pour chercher des différences significatives sont en cours. En ce qui concerne l’investigation du stress oxydant, les échantillons de plasma des participants ont été envoyés au laboratoire de neuropharmacologie et de stress cellulaire à l’Institut Armand Frappier (Canada). Les mesures des concentrations plasmatiques de quelques marqueurs sélectionnés du stress oxydatif et du système antioxydant ainsi que quelques produits finaux de glycation sont en cours de réalisation. En ce qui concerne l’investigation génétique, le séquençage d’exome a été réalisé pour une cinquantaine de participants. L’analyse bioinformatique des données générées par NGS est en cours de réalisation au laboratoire LR16IPT05 afin d’identifier les variants génétiques associés au DT2 et ses complications. 3- Prospection génétique et phylogénétique de la flore intestinale humaine et son implication dans les maladies métaboliques chez la population tunisienne L’objectif de cette étude est (i) d’identifier des biomarqueurs microbiens associés au diabète (ii) d’étudier l’impact de l’alimentation sur la composition du microbiote intestinal. La première partie de ce travail été réalisée en collaboration avec Institut d’Investigations Biomediques, August Pi I Sunyer (IDIBAPS) et l’université de Girona en Espagne. La composition du microbiote intestinal a été recherchée par PCR quantitative chez 20 patients diabétiques tunisiens de type 1, de type 2 et chez 11 sujets contrôles. Des analyses statistiques multivariées ont été réalisées afin d’étudier les corrélations entre la distribution du bactériome et les paramètres cliniques. Nos résultats ont montré une diminution des proportions des Firmicutes, Akkermansia. muciniphila et Faecalibacterium prausnitzii (p ≤ 0,041) chez les diabétiques de type 1 comparés aux sujets contrôles. Les proportions d’Akkermansia muciniphila et de Faecalibacterium prausnitzii sont plus basses chez les diabétiques de type 2 comparées aux contrôles (p ≤ 0,036). Une réduction du rapport Firmicutes / Bacteroidetes a été observée chez les diabétiques de type 1 comparés aux sujets sains (p = 0,036). Nous avons remarqué que l’abondance d’Akkermansia muciniphila corrèle négativement avec le taux de glycémie à jeun (ρ = -0,424, p = 0,022) et d’hémoglobine glyquée (ρ = -0,451 p = 0,035). En conclusion la composition du microbiote intestinal a été affectée chez les diabétiques de type 1 et chez les diabétiques de type 2 comparée aux sujets sains. De plus, la réduction des proportions d’Akkermansia muciniphila serait corrélée avec une élévation des taux de glycémie à jeun et d’hémoglobine glyquée. Ce travail nous a permis d’identifier un microbiote dysbiotique chez les diabétiques qui pourrait être associé à un dérèglement métabolique et immunitaire. L’identification de ces nouveaux biomarqueurs pourrait aider à développer de nouvelles pistes thérapeutiques pour une meilleure prise en charge de diabète (Fassatoui et al 2019). II-Investigation pluridisciplinaire des formes monogéniques de diabète en Tunisie Etude du diabète de type MODY Le MODY (Maturity Onset Diabetes of the Young) est une forme monogénique du diabète de type 2, due à une défaillance génétique du fonctionnement des cellules β pancréatiques. L’objectif de cette étude est la caractérisation épidémiologique, biologique (biochimique, immunologique et nutritionnelle) et génétique des patients diabétiques de suspicion MODY. Une soixantaine de patients diabétiques avec suspicion de MODY ont été colligés de la file active des médecins collaborateurs à l'Institut de Nutrition de Tunis. Vu l’hétérogénéité clinique et génétique de la maladie,
- 64. nous avons eurecours à des technologies de séquençage à haut débit (NGS) pour la recherche des mutations causales. Dans un premier temps nous avons réalisé un séquençage ciblé des régions codantes de 27 gènes, impliqués dans les diabètes monogéniques incluant le MODY, chez 11 patients tunisiens avec suspicion clinique de MODY. L’analyse bioinformatique des fichiers issus de NGS (Fastq) a permis d’annoter les variants trouvés pour chaque patient et de prédire leurs pathogénicités. Le séquençage Sanger a permis de confirmer ces variations et leurs ségrégations familiales. Cinq variants génétiques hétérozygotes ont été détectés chez quatre patients. Ils comportent deux mutations dans les gènes HNF1A et GCK, responsables des deux sous-types de MODY les plus décrits dans la littérature. Les autres variants, incluant une nouvelle mutation altérant un site d’épissage, ont été détectés dans le gène ABCC8, responsable d’une forme très rare de MODY. Notre étude est la première à tester l'application clinique du séquençage ciblé de nouvelle génération pour le diagnostic de MODY en Afrique. La combinaison de cette approche avec une stratégie de filtration / priorisation a permis un meilleur rendement dans la caractérisation génétique de patients tunisiens avec suspicion clinique de MODY (Dallali et al 2019). Les chiffres clés du laboratoire en 2020 6 conférences 7 vacations ou cours rémunérés. 27 Participations à des Jury pour l’obtention de diplôme national ou international. 5 Participations à des Commissions Nationales et Internationales en 2020. 5 communications orales et affichées nationales et internationales. 27 publications internationales et 1 publications nationale et 1 autre publication 19 projets (12 projets en cours et 9 projets obtenus en 2020). 9 diplômes soutenus 32 diplômes en cours 2 formations continues en Tunisie. 5 formations continues à l’étranger. 4 Organisations d’évènements scientifiques. Publications Multiallelic rare variants support an oligogenic origin of sudden cardiac death in the young. Jaouadi H, Bouyacoub Y, Chabrak S, Kraoua L, Zaroui A, Elouej S, Nagara M, Dallali H, Delague V, Levy N, Benkhalifa R, Mechmeche R, Zaffran S, Abdelhak S. Herz. Doi: 10.1007/s00059-019-04883-1 2020 Jan 22. IF: 1.033 A review of clinical pharmacogenetics Studies in African populations. Radouani F, Zass L, Hamdi Y, Rocha JD, Sallam R, Abdelhak S, Ahmed S, Azzouzi M, Benamri I, Benkahla A, Bouhaouala-Zahar B, Chaouch M, Jmel H, Kefi R, Ksouri A, Kumuthini J, Masilela P, Masimirembwa C, Othman H, Panji S, Romdhane L, Samtal C, Sibira R, Ghedira K, Fadlelmola F, Kassim SK, Mulder N. Per Med. 2020 Mar; 17(2):155- 170. Doi: 10.2217/pme-2019-0110. IF: 2.318 Genetic diversity and functional effect of common polymorphisms in genes involved in the first heterodimeric complex of the Nucleotide Excision Repair pathway. Hamdi Y, Jerbi M, Romdhane L, Ben Rekaya M, El Benna H, Chouchane L, Boubaker MS, Abdelhak S, Yacoub-Youssef H.DNA Repair (Amst). Doi: 10.1016/j.dnarep.2019.102770; 2020 Feb; IF: 3.339 The morbid cutaneous anatomy of the human genome revealed by a bioinformatic approach. Romdhane L, Bouhamed H, Ghedira K, Ben Hamda C, Louhichi A, Jmel H, Romdhane S, Charfeddine C, Mokni M, Abdelhak S, Rebai A. Genomics. Doi: 10.1016/j.ygeno.2020.07.009, 2020 Nov; 112(6):4232-4241. Epub 2020 Jul 7. IF :6.205 High-quality genome sequence assembly of R.A73 Enterococcus faecium isolated from freshwater fish mucus.
- 65. El Jeni R,Ghedira K, El Bour M, Abdelhak S, Benkahla A, Bouhaouala-Zahar B.BMC Microbiol., 2020 Oct 23;20(1):322 doi: 10.1186/s12866-020-01980-8. IF: 2.989 New insights to the clinical implication of HOXA5 as prognostic biomarker in patients with colorectal cancer. Yaiche H, Tounsi-Kettiti H, Ben Jemii N, Jaballah Gabteni A, Mezghanni N, Ardhaoui M, Fehri E, Maaloul A, Abdelhak S, Boubaker S. Cancer Biomark. 2020 Oct 23. Doi:10.3233/CBM-201758 IF :3.436 Identification of Novel BRCA1 and RAD50 Mutations Associated With Breast Cancer Predisposition in Tunisian Patients. Mighri N, Hamdi Y, Boujemaa M, Othman H, Ben Nasr S, El Benna H, Mejri N, Labidi S, Ayari J, Jaidene O, Bouaziz H, Ben Rekaya M, M’rad R, Haddaoui A, Rahal K, Boussen H, Boubaker S, Abdelhak S. Front Genet. 2020 Nov 6; 11:552971. Doi: 10.3389/fgene.2020.552971. IF :3.360 Reproductive Risk Factors of Inflammatory Breast Cancer according to Luminal, HER2-Overexpressing, and Triple-Negative Subtypes: A Case Comparison Study. Mejri N, El Benna H, Rachdi H, Labidi S, Benna M, Daoud N, Hamdi Y, Abdelhak S, Boussen H. Oncol Res Treat. 2020; 43(5):204-210. Doi: 10.1159/000506691.IF : 1.967 Developing a Road Map to Spread Genomic Knowledge in Africa: 10th Conference of the African Society of Human Genetics, Cairo, Egypt. El-Kamah GY, Mohamed AM, Gad YZ, Abdelhak S, Hennig BJ, Ramesar RS, Landouré G, Gaye A, Newport MJ, Williams SM, Ramsay M. Am J Trop Med Hyg. 2020 Apr; 102(4):719-723. Doi: 10.4269/ajtmh.19-0408. IF: 2.126 Dysregulated PDGFR alpha expression and novel somatic mutations in colorectal cancer: association to RAS wild type status and tumor size. Ben Jemii N, Tounsi-Kettiti H, Yaiche H, Mezghanni N, Jaballah Gabteni A, Fehri E, Ben Fayala C, Abdelhak S, Boubaker S.J Transl Med. 2020 Nov 19;18(1):440. Doi: 10.1186/s12967-020-02614-3. IF: 4.124 Clinical and Genetic Heterogeneity in Six Tunisian Families With Horizontal Gaze Palsy With Progressive Scoliosis: A Retrospective Study of 13 Cases. Bouchoucha S, Chikhaoui A, Najjar D, Dallali H, Khammessi M, Abdelhak S, Nessibe N, Shboul M, Kircher SG, Al Kaissi A, Yacoub-Youssef H. Front Pediatr. 2020 Apr 16; 8:172. Doi: 10.3389/fped.2020.00172. IF: 2.460 Identification of a CDH12 potential candidate genetic variant for an autosomal dominant form of transgrediens and progrediens palmoplantar keratoderma in a Tunisian family. Charfeddine C, Dallali H, Abdessalem G, Ghedira K, Hamdi Y, Elouej S, Landoulsi Z, Delague V, Lagarde A, Levy N, El-Amraoui A, Boubaker MS, Abdelhak S, Mokni M.J Hum Genet. 2020 Apr;65(4):397-410. Doi: 10.1038/s10038- 019-0711-4. Epub 2020 Jan 7. IF: 2.831 Correction to: BRCA1 and BRCA2 Germline Mutation Analysis in Hereditary Breast/Ovarian Cancer Families from the Aures Region (Eastern Algeria): First Report. Mehemmai C, Cherbal F, Hamdi Y, Guedioura A, Benbrahim W, Bakour R, Abdelhak S. Pathol Oncol Res. 2020 Jul;26(3):2009-2010. Doi: 10.1007/s12253-019-00625-0. IF: 2.826 A broad survey of DNA sequence data simulation tools. Alosaimi S, Bandiang A, van Biljon N, Awany D, Thami PK, Tchamga MSS, Kiran A, Messaoud O, Hassan RIM, Mugo J, Ahmed A, Bope CD, Allali I, Mazandu GK, Mulder NJ, Chimusa ER. Brief Funct Genomics. 2020 Jan 22;19(1):49-59. Doi: 10.1093/bfgp/elz033. IF:2.941 Interaction of the spike protein RBD from SARS-CoV-2 with ACE2: Similarity with SARS-CoV, hot-spot analysis and effect of the receptor polymorphism.Othman H, Bouslama Z, Brandenburg JT, da Rocha J, Hamdi Y, Ghedira K, Srairi-Abid N, Hazelhurst S.Biochem Biophys Res Commun. 2020 Jun 30;527(3):702-708. Doi: 10.1016/j.bbrc.2020.05.028. Epub 2020 May 14. IF: 2.985 An Integrative Computational Approach for the Prediction of Human-Plasmodium Protein-Protein Interactions. Ghedira K, Hamdi Y, El Béji A, Othman H. Biomed Res Int. 2020 Dec 19;2020:2082540. Doi: 10.1155/2020/2082540. eCollection 2020. IF: 2.276
- 66. Pathway Maps ofOrphan and Complex Diseases Using an Integrative Computational Approach. Ghedira K, Kouidhi S, Hamdi Y, Othman H, Kechaou S, Znaidi S, Haïtham S, Rabhi I. Biomed Res Int. 2020 Nov 27;2020:4280467. Doi: 10.1155/2020/4280467. eCollection 2020. IF: 2.276 A review of the international early recommendations for departments organization and cancer management priorities during the global COVID-19 pandemic: applicability in low- and middle-income countries. Belkacemi Y, Grellier N, Ghith S, Debbi K, Coraggio G, Bounedjar A, Samlali R, Tsoutsou PG, Ozsahin M, Chauvet MP, Turkan S, Boussen H, Kuten A, Tesanovic D, Errihani H, Benna F, Bouzid K, Idbaih A, Mokhtari K, Popovic L, Spano JP, Lotz JP, Cherif A, To H, Kovcin V, Arsovski O, Beslija S, Dzodic R, Markovic I, Vasovic S, Stamatovic L, Radosavljevic D, Radulovic S, Vrbanec D, Sahraoui S, Vasev N, Stojkovski I, Risteski M, Freixa SV, Krengli M, Radosevic N, Mustacchi G, Filipovic M, Kerrou K, Taghian AG, Todorovic V, Geara F, Gligorov J.Eur J Cancer. 2020 Aug;135:130-146. Doi: 10.1016/j.ejca.2020.05.015. Epub 2020 Jun 8. IF: 7.275 Leptin decreases BC cell susceptibility to NK lysis via PGC1A pathway. Bouguerra H, Amal G, Clavel S, Boussen H, Louet JF, Gati A. Endocr Connect. 2020 Jun;9(6):578-586. Doi: 10.1530/EC-20-0109. IF:2.592 Use of complementary and alternative medicine in cancer: A Tunisian single-center experience. Labidi S, Ennouri S, Rachdi H, El Benna H, Mejri N, Daoud N, Berrazaga Y, Boussen H.Bull Cancer. 2020 Feb ; 107(2) :209-214. Doi : 10.1016/j.bulcan.2019.10.007. Epub 2020 Jan 27. IF : 0.912 Objective Clinical and Radiological Response under Sunitinib in a Case of Thigh Hidradenocarcinoma. Korbi S, Rachdi H, El Benna H, Mejri N, Berrazaga Y, Daoud N, Labidi S, Boussen H. Case Rep Oncol Med. 2020 Feb 25;2020:9656475. Doi: 10.1155/2020/9656475. IF: Association of rs662799 variant and APOA5 gene haplotypes with metabolic syndrome and its components: a meta-analysis in North Africa. Hechmi M, Dallali H, Gharbi M, Jmel H, Fassatoui M, Ben Halima Y, Bahri S, Bahlous A, Abid A, Jamoussi H, Barakat A, Kefi R. Biosci Rep. 2020 Aug 28;40(8):BSR20200706. Doi: 10.1042/BSR20200706. IF:2.942 Generation and characterization of dromedary Tenascin-C and Tenascin-W specific antibodies. Dhaouadi S, Murdamoothoo D, Tounsi A, Erne W, Benabderrazek R, Benlasfar Z, Hendaoui L, Chiquet-Ehrismann R, Boubaker S, Orend G, Hendaoui I, Bouhaouala-Zahar B.Biochem Biophys Res Commun. 2020 Sep 17;530(2):471-478. Doi: 10.1016/j.bbrc.2020.05.077. Epub 2020 Jun 24. IF:2.985 Selective expression of KCNA5 and KCNB1 genes in gastric and colorectal carcinoma. Farah A, Kabbage M, Atafi S, Gabteni AJ, Barbirou M, Madhioub M, Hamzaoui L, Mohamed MA, Touinsi H, Kchaou AO, Chelbi E, Boubaker S, Abderrazek RB, Bouhaouala-Zahar B.BMC Cancer. 2020 Dec 2;20(1):1179. Doi: 10.1186/s12885-020-07647-x. IF:3.211 Xanthelasmoid mastocytosis: A rare entity. Chouk C, Souissi A, Raboudi A, Belkahia A, Boubaker S, Mokni M. Australas J Dermatol. 2020 Oct 9. Doi: 10.1111/ajd.13475. Online ahead of print. IF:1.789 Fertilizer effect of composted sewage sludge and cattle manure on Pelargonium growth, Dridi N, Romdhane L, Ferreira R and Sleimi N, Journal of Water, Sanitation and Hygiene for Development (2020) 10 (4): 1019–1025.https ://doi.org/10.2166/washdev.2020.082 IF: 1.022 GYA Women in Science stay and work from home: How might we make Covid-19 lockdown work for us? Alison Flynn, Department of Chemistry and Biomolecular Sciences University of Ottawa, Canada; Arya Shalini Subash, Camila Ortolan Cervone, Flávia Ferreira Pires, Ghada Bassioni, Nova Ahmed, Roula Inglesi-Lotz, Rym Kefi, Sandeep Kaur-Ghumaan, May 2020. Being a mother in science : it is hard but possible!, Rym Kefi, Motherhood in Science – How children change our academic careers, October 2020
- 67. Projets en cours: Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Mobidoc Postdoc-EMORI : Maria Kabbage Mise au point d’un test génétique prédictif spécifique de la population Tunisienne pour évaluer le risque de développer une forme héréditaire syndromique et non syndromique du cancer gastrique de type Diffus Tuteur professionnel : Samir BOUBAKER LR16IPT05 ANPR 2018 - 2020 Mobidoc Doctorant : Marwa BOUJEMAA Signature épigénétique du cancer du sein : développement d’un outil de diagnostic Tuteur professionnel : Hamouda BOUSSEN LR16IPT05 ANPR 2018 - 2020 Mobidoc Doctorant : Rahma MKAOUAR Intitulé du Projet : Les Surdités Syndromiques en Tunisie : Apport des Technologies de Séquençage de Nouvelle Génération pour le Diagnostic Moléculaire. Tuteur Scientifique: Sonia ABDELHAK LR16IPT05 ANPR 2018 - 2020 - Mobidoc Doctorant : Khouloud ZAYOUD Intitulé du Projet : Mise au point d’un nouvel outil de diagnostic non invasif pour le Syndrome de Cockayne, modèle du vieillissement accéléré, et identification de biomarqueurs moléculaires à potentiel thérapeutique Tuteur Scientifique : Houda YACOUB LR16IPT05 ANPR 2018- 2021 Projet ACIP_ DiaBiomark Intitulé : « Identification de bio-marqueurs pour le diabète de type 2 chez la population tunisienne à travers une étude multidisciplinaire » Rym KEFI LR16IPT05 Réseau International des Instituts Pasteur dans le cadre du programme ACIP (Actions Concertées Inter Pasteurienne s) 150.000 2018 - 2020 Projet 18 PJEC07-06 Investigation Rym KEFI LR16IPT05 MESRS 20.000 2018- 2020
- 68. multidisciplinaire du diabète MODYen Tunisie PTR Rejuvenage 2017- 2019 Intitulé: « Mechanisms driving normal and accelerated ageing » PTR 111-2017 Houda YACOUB LR16IPT05 Réseau International des Instituts Pasteur dans le cadre du programme PTR (Programme s Transversau x de Recherche) 2018- 2020 Functional Materials for Health Olfa MESSAOUD LR16IPT05 AGYA 65000 2019- 2020 PCI- Ageing Houda YACOUB - LR16IPT05 (coordinateur) - LR16IPT07 - Plateforme technique de l’IPT IPT 40000 2019- 2021 Projet Etude épidémiologique du diabète de type 2 et de l’hypertension artérielle dans la région de Zaghouan Rym KEFI LR16IPT05 Projet Inspires (H2020) 12000 2019- 2020 Projet 67ompletion67ve interne Implementation of a diagnostic tool for the evaluation of genomic and immunological prognostic factors in colorectal cancer. Haifa TOUNSI LR16IPT05 LEMPA Laboratoire de bioinformatique biostatisyique et biomathématiqu es IPT 2019- 2021 Projets obtenus Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période PRF : Évaluer, prédire, agir : stratégie fédérée pour la lutte contre le COVID-19 Pr. Ikram GUIZANI LR20PT05 LR11IPT04 LR16IPT03 M E S R S 300.000 DT 2020- 2022 International AGYA/BMBF Towards Effective Solutions for Combating COVID-19: Dr. Olfa MESSAOUD LR20IPT05 AGYA 60.000 € 2020- 2021
- 69. An interdisciplinary approach 19PEJC08-06 : Caractérisation cliniqueet génétique de formes atypiques de photogénodermatoses Dr. Olfa MESSAOUD LR20IPT05 M E S R S 10.000 DT 2020- 2021 AGYA/BMBF: For a better SARS-Cov-2 diagnosis Dr. Olfa MESSAOUD LR20IPT05 AGYA 20.000 € 2020- 2021 AGYA/BMBF: Simulation of Genomes from Arab and German Datasets: A Valuable Tool for Variant Detection Prioritisation Dr. Olfa MESSAOUD LR20IPT05 AGYA 20.000 € 2020- 2021 19PEJC06-07 : Développement et mise en place d’un portail d’informations sur les maladies génétiques en Tunisie Dr.Lilia ROMDHANE LR20IPT05 M E S R S 10.000 DT 2020- 2021 Projet Mobidoc-doc : Asma CHIKHAOUI : « Première investigation multidisciplinaire de Maladies Osseuses Constitutionnelles en Tunisie : Impact sur le diagnostic des maladies rares et sur la santé publique Tuteur Scientifique : Pr. Houda YACOUB LR20IPT05 l’Union Européenne 2020- 2023 Investigation génomique et métagénomique de l’interaction SARS- CoV-2-hôte dans la population tunisienne Dr Rym KEFI -LR20IPT05 -LR16IPT09 -Laboratoire de Virologie Clinique M E S R S 300.000DT Projet tuniso- marocain : Caractérisation de l’architecture épidémiogénétique du cancer du sein en Afrique du Nord : Impact thérapeutique et socio-économique Pr.Samir Boubaker LR20IPT05 M E S R S 25000DT 2020- 2022
- 70. Les chiffres clésdu laboratoire en 2020 2 enseignements non rémunérés 14 vacations ou cours rémunérés. 27 participations à des Jury pour l’obtention de diplôme national ou international. 8 Participation à des Commissions Nationales et Internationales en 2020. 2 communications orales et affichées nationales et internationales. 6 publications internationales. 1 publication internationale chapitre d’ouvrage. 3 demandes de brevet ou contrat de valorisation. 19 projets (15 projets en cours et 4 projets obtenus en 2020). 5 diplômes soutenus 8 diplômes en cours 3 Habilitations Universitaires en cours de préparation en 2020 9 formations continues en Tunisie. 1 formation continue à l’étranger. 4 Participation à des évènements scientifiques. 1 Organisation d’évènements scientifiques
- 71. Laboratoire de ParasitologieMédicale, Biotechnologies et Biomolécules Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Aïda Bouratbine PHU, Directeur de Laboratoire Laboratoire de Parasitologie- Mycologie Karim Aoun PHU, Chef de Service Laboratoire d'épidémiologie et d'écologie parasitaire Emna Siala PHU Laboratoire de Parasitologie- Mycologie Rym Ben Abdallah PHU Laboratoire de Parasitologie- Mycologie Yousr Galaï PHU Laboratoire d'immunologie clinique Imen Benabda MCA Laboratoire de Parasitologie- Mycologie Lilia Zribi Veterinaire biologiste, PhD Laboratoire de Parasitologie- Mycologie Lamia Guizani- Biologiste principal Tabbane Mohamed Mousli Biologiste principal Amel Garnaoui Biologiste principal Souha Ben Biologiste principal Abderrazak-Klilib Imen Rabhi Maitre de conférence Jamila Ghrab Maitre assistante Selma Feki Maitre assistante Hanen Chelbi-Ben Biologiste adjoint Amor Meriem Ben-abid Post doctorante Imène Tayachi Doctorant Refka Jelassi Doctorant Emna Hanachi Doctorant Marwa Weslati Doctorant Khouloud Ben- rhouma Doctorant Hamza Ben-salah Doctorant Haifa Bichiou Doctorant Cyrine Bouabid Doctorant Nasreddine Saïdi Doctorant Razika Ben yakhlef Doctorant Historique Le LR 11-IPT-06 « Parasitoses médicales, Biotechnologies et Biomolécules » a été créé en 2011 avec la restructuration des laboratoires de recherche de l’Institut Pasteur de Tunis. Il a été reconduit en 2016 (LR 16- IPT-06) puis en 2020 (LR 20-IPT-06) sous la même dénomination pour continuer sur la même thématique durant une nouvelle période contractuelle de 4 ans. Themathique essentielle de recherche : Les activités de recherche de ce laboratoire sont centrées sur des parasitoses endémiques ou à risque de ré- émergence (leishmaniose, toxoplasmose, paludisme), s’articulent autour de 3 axes « historiques » concernant (i) l’évaluation, analyse et gestion des risques sanitaires, (ii) l’innovation diagnostique, et (iii) la conception de biomolécules vaccinales et l’étude des processus cellulaires au décours de l’infection leishmanienne. Un 4ème axe a été créé récemment autour de l’épidémiologie moléculaire des principales
- 72. parasitoses en Tunisie,l’analyse du microbiote intestinal eucaryotique et l’étude génétique des populations humaines présentant une maladie multifactorielle complexe associée à des perturbations microbiotiques. Bilan global des activités de recherche depuis 2011 - Publications : 131 -Thèses de doctorat de Biologie soutenues : 20 /Thèses de doctorat (Médecine et Pharmacie) : 27 / Mastères de recherche soutenus : 45 - Organisation de manifestations scientifiques internationales : 2èmes Journées Franco-Maghrébines de Parasitologie-Mycologie. Tunis, 28-31 Octobre 2015 : 225 participants - Contrats de recherche : coopération internationale : 7 / Coordination Projet de recherche fédérée : CIC microbiote de l'organisme humain et santé Resumes des articles scientifiques publiés en 2020 1- Évaluation de la période d'incubation de la leishmaniose cutanée due à Leishmania major en Tunisie : La période entre les piqûres infectieuses de phlébotomes et l'apparition des lésions de leishmaniose cutanée (LC) est encore hypothétique et peu étudiée. Ce travail visait à évaluer le temps d'incubation de la CL zoonotique (ZCL) due à Leishmania major en utilisant une méthodologie standardisée. L'analyse rétrospective a utilisé les informations épidémiologiques, cliniques et biologiques disponibles dans la base de données enregistrant tous les cas de CL diagnostiqués au service de parasitologie de l'Institut Pasteur de Tunis durant la période 2015-2019. Elle a permis de sélectionner 92 observations privilégiées 1) de cas de CL confirmés avec une présentation évocatrice de la forme ZCL 2) vivant dans des régions du Nord indemnes de ZCL 3) ayant un seul voyage infectieux de moins d'une semaine dans des foyers de ZCL pendant la saison de transmission et 4) avec des dates précises de voyage et de début des lésions. La durée d'incubation calculée dans cette population allait de 1 à 21 semaines, avec une médiane de 5 semaines (intervalle interquartile : 3-8,5 semaines). Aoun K, Kalboussi Y, Sghaier IB, Souissi O, Hammami H, Bellali H, Bouratbine A. Assessment of incubation period of cutaneous leishmaniasis due to Leishmania major in Tunisia. The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. 2020 Nov 4;103(5):1934-7. 2- Épidémiologie de la leishmaniose cutanée en Afrique de l'Ouest : revue systématique : La leishmaniose cutanée (LC) a été décrite en Afrique de l'Ouest (AO) depuis le début du 20ème siècle. L'incidence des cas a nettement augmenté au cours des dernières décennies dans plusieurs pays de la région. Malgré cela, les données restent rares et fragmentaires. L'incidence actuelle et la distribution géographique de la maladie ainsi que les vecteurs et réservoirs impliqués restent peu documentés. L'objectif de cette revue était de collecter et d'analyser les données disponibles sur la leishmaniose cutanée en Afrique de l'Ouest afin d'améliorer la gestion des cas et le contrôle de la transmission de la maladie. Une revue systématique de la littérature a été réalisée en utilisant les bases de données Pubmed, Google Scholar et Hinari. Les publications portant sur les aspects épidémiologiques de la leishmaniose cutanée, les espèces parasitaires concernées, les phlébotomes et les hôtes réservoirs potentiels ont été recherchées sans aucune restriction. Les études non publiées ont été extraites de Google. Les manuscrits sans texte intégral ou résumé disponible ont été exclus ainsi que ceux dont les résumés ne contenaient aucune donnée exploitable. Cent quinze études ont été enregistrées. Parmi elles, 93 remplissaient les critères de sélection. La LC a été rapportée dans 10 pays d'Afrique de l'Ouest avec des épidémies décrites dans cinq pays. Le Burkina Faso, où l'incidence moyenne de la maladie est d'environ 928 cas par an, et le Ghana semblent être les plus touchés. Les cas ont été confirmés dans la majorité des études par microscopie parfois associée à une culture ou une histologie. Le taux d'exposition à l'infection par Leishmania basé sur le test cutané à la leishmanine était relativement élevé avec une moyenne globale de 30,2%. Leishmania major a été la seule espèce identifiée avec une prédominance des zymodèmes MON-74 (62%) et MON-26 (30,6%). Phlebotomus duboscqi est retenu comme vecteur alors que Sergentomyia darlingi et Sergentomyia ingrami ont été trouvés infectés naturellement. Les rongeurs dont Arvicanthis niloticus, Gerbilliscus gambiana et Mastomys spp. sont signalés comme les principaux hôtes réservoirs. Des études supplémentaires sont nécessaires pour mieux caractériser la LC en WA afin d'optimiser la gestion des cas et d'organiser le contrôle de la transmission de la maladie. Cissé M, Zida A, Diallo AH, Marty P, Aoun K. Epidemiology of Cutaneous Leishmaniasis in West Africa: a Systematic Review. Bulletin de la Societe de Pathologie Exotique (1990). 2020 Jan 1;113(1):24-34. 3- Contribution de la PCR en temps réel dans le diagnostic biologique de la leishmaniose cutanée : L’objectif de ce travail était d’évaluer la place de la PCR en temps réel (qPCR) dans le diagnostic de la leishmaniose cutanée (LC). Des sucs dermiques prélevés chez 235 cas confirmés de LC ont été traités par examen microscopique direct (ED), culture et qPCR, et les résultats analysés. La qPCR s’est révélée plus sensible que les autres techniques diagnostiques permettant de redresser le diagnostic chez 49 patients (20,9 %). Les charges parasitaires (CP) des 49 sucs dermiques correspondants étaient inférieures à celles de prélèvements microscopiquement positifs suggérant que la CP serait un facteur limitant la sensibilité de l’ED. La qPCR a été également pratiquée sur les produits de grattage de 23 des 49 frottis négatifs. Elle a permis d’en détecter 11 positifs avec des CP inférieures à celles dans les sucs dermiques correspondants.
- 73. Ces résultats recommandentl’utilisation de la qPCR pour le diagnostic de la LC et privilégient sa réalisation directement sur le suc dermique. Aoun K, Tebrouri M, Ben Abdallah R, Bellali H, Souissi O, Bouratbine A. Contribution de la PCR en temps réel dans le diagnostic biologique de la leishmaniose cutanée : expérience de l’institut Pasteur de Tunis [Contribution of Real-Time PCR in the Diagnosis of Cutaneous Leishmaniasis: Experience of the Pasteur Institute of Tunis]. Bull Soc Pathol Exot. 2020;113(5):251-253. French. doi: 10.3166/bspe-2020-0150. PMID: 33881254. 4- Évaluation de six kits commerciaux pour le diagnostic sérologique de la leishmaniose viscérale méditerranéenne : La leishmaniose viscérale humaine (LV) est une maladie négligée, endémique dans la région méditerranéenne, causée par Leishmania infantum. Un diagnostic précis de la LV est essentiel pour une prise en charge rapide et correcte des patients. Divers tests sérologiques sont utilisés, y compris des kits commerciaux qui nécessitent des qualifications avec des informations spécifiques sur leurs performances. Dans cette étude, ont été comparées les performances de six kits commerciaux, deux tests immunochromatographiques (ICT ; IT LEISH et TruQuick LEISH IgG/IgM Meridian) et quatre tests immuno- enzymatiques (ELISA ; NovaLisa Leishmania infantum IgG, Bordier Leishmania infantum, Ridascreen Leishmania IgG, et Vircell Leishmania), disponibles en France et utilisés comme tests de dépistage. Les réactifs ELISA Bordier et Vircell ont affiché la meilleure performance analytique par rapport à tous les autres kits. Cependant, aucun test n'a affiché une sensibilité de 95 % aux seuils recommandés par les fabricants. Pour atteindre cette valeur de sensibilité avec la plus grande spécificité possible, de nouveaux seuils sont proposés pour les réactifs ELISA Bordier, Vircell et NovaLisa. Les résultats positifs et négatifs obtenus avec les six tests de dépistage ont été confirmés par Western blot (sensibilité de 100%). Globalement, cette étude présente une analyse comparative des kits disponibles dans le commerce pour le sérodiagnostic du VL humain et fournit des informations supplémentaires sur la prévalence des porteurs asymptomatiques dans le bassin méditerranéen. Lévêque MF, Battery É, Delaunay P, Lmimouni BE, Aoun K, L’ollivier C, Bastien P, Mary C, Pomares C, Fillaux J, Lachaud L. Evaluation of six commercial kits for the serological diagnosis of Mediterranean visceral leishmaniasis. PLoS neglected tropical diseases. 2020 Mar 25;14(3):e0008139. 5- Séquençage du génome nucléaire et mitochondrial d'isolats nord-africains de Leishmania infantum collectés chez des patients atteints de leishmaniose viscérale guéris et en rechute et révèlation de variations en corrélation avec la géographie et le phénotype : Leishmania infantum est un parasite protozoaire qui provoque des maladies humaines et vétérinaires potentiellement mortelles dans le bassin méditerranéen et en Amérique du Sud. Une des caractéristiques de cette espèce de parasite est sa capacité à s'adapter à une variété d'environnements écologiques, ce qui conduit à l'émergence de nouveaux foyers de leishmaniose viscérale et à des fluctuations phénotypiques imprévisibles chez son hôte humain, notamment après des interventions médicamenteuses. Notre étude a permis de comprendre les facteurs qui peuvent conduire à l'adaptation génomique et phénotypique de L. infantum grâce à l'analyse comparative des génomes nucléaires et mitochondriaux d'isolats tunisiens collectés dans différentes zones géographiques auprès de patients atteints de leishmaniose viscérale guéris ou en rechute. Elle fournit la première preuve que les parasites se sont adaptés par une combinaison de changements génomiques nucléaires et kinétoplastes qui pourraient être utilisés comme biomarqueurs épidémiologiques. Elle met également en évidence les défis que pose la découverte de biomarqueurs à partir d'isolats de terrain, les loci cliniquement pertinents étant probablement masqués par l'hétérogénéité génétique et les événements d'hybridation résultant de l'adaptation locale. D'autre part, aucune variation du nombre de copies de gènes ou de chromosomes n'a été corrélée à la résistance aux médicaments. En revanche, la résistance (n=1) était associée à un motif spécifique de minicercles, suggérant que l'ADN mitochondrial de Leishmania est une nouvelle source potentielle pour la découverte de biomarqueurs. Notre étude établit et valide le cadre informatique pour de futures analyses génomiques environnementales utilisant de grandes collections d'échantillons pour la découverte de loci génétiques associés à l'adaptation géographique ou phénotypique de Leishmania. Bussotti G, Benkahla A, Jeddi F, Souiaï O, Aoun K, Späth GF, Bouratbine A. Nuclear and mitochondrial genome sequencing of North-African Leishmania infantum isolates from cured and relapsed visceral leishmaniasis patients reveals variations correlating with geography and phenotype. Microbial genomics. 2020 Oct;6(10). 6- Conception de peptides multi-épitopes contenant des épitopes restreints aux classes I et II du système HLA dérivés de protéines immunogènes de Leishmania, et évaluation des réponses des cellules T CD4+ et CD8+ induites chez des sujets guéris de la leishmaniose cutanée : Il n'existe actuellement aucun vaccin contre la leishmaniose humaine. Les vaccins à base de peptides constitués d'épitopes de cellules T identifiés au sein de protéines d'intérêt par des algorithmes de prédiction d'épitopes constituent une stratégie prometteuse pour le développement de vaccins. Ici, nous avons identifié des peptides multi-épitopes composés d'épitopes restreints à l’ HLA-I et -II, en utilisant des outils immuno- informatiques, au sein de protéines de Leishmania précédemment décrites comme des candidats vaccins potentiels. Nous avons montré que les peptides multi-épitopes utilisés comme pools étaient capables d'activer
- 74. les cellules TCD4+ productrices d'IFN-γ ainsi que les cellules T CD8+, toutes deux nécessaires à l'élimination du parasite. De plus, les cellules T CD4+ productrices de granzyme B, les cellules T CD4+ bifonctionnelles IFN-γ+/TNF-α+ et/ou TNF-α+/IL-2+ ainsi que les cellules T à mémoire centrale CD4+ et CD8+, toutes impliquées dans le contrôle de l'infection par Leishmania, étaient significativement augmentées en réponse à la stimulation des peptides multi-épitopes. À notre connaissance, aucune étude n'a décrit la détection des populations de cellules T CD4+ et CD8+ en réponse à la stimulation par des peptides restreints à l’HLA-I et II chez l'homme. Les peptides multi-épitopes immunogènes restreints à l’HLA-I et -II identifiés dans cette étude pourraient constituer des candidats vaccins potentiels contre la leishmaniose humaine. Hamrouni S, Bras-Gonçalves R, Kidar A, Aoun K, Chamakh-Ayari R, Petitdidier E, Messaoudi Y, Pagniez J, Lemesre JL, Meddeb-Garnaoui A. Design of multi-epitope peptides containing HLA class-I and class-II-restricted epitopes derived from immunogenic Leishmania proteins, and evaluation of CD4+ and CD8+ T cell responses induced in cured cutaneous leishmaniasis subjects. PLoS neglected tropical diseases. 2020 Mar 16;14(3):e0008093. 7- Identification des polymorphismes mononucléotidiques (SNP) du gène du récepteur de l'IL-12 (IL- 12RB1) dans la population tunisienne : Actuellement, les variations génétiques, en particulier les polymorphismes mononucléotidiques (SNP), sont de plus en plus étudiées afin de trouver une association potentielle entre ces mutations et les maladies dans des populations d'ethnies différentes. Par conséquent, des technologies de génotypage rapides et efficaces sont nécessaires pour détecter et confirmer ces variations. Ce travail vise à appliquer une méthode HRM (High-resolution melting) pour identifier deux polymorphismes du gène du récepteur B1 de l'IL-12 dans la population tunisienne saine et à comparer leur distribution génotypique avec d'autres populations. L'ADN a été extrait de 141 volontaires sains inscrits dans cette étude et génotypés pour les rs401502 et rs11575934 en utilisant la méthode HRM. Nous avons pu détecter correctement tous les génotypes des SNP d'intérêt avec une précision similaire à celle du séquençage de l'ADN, en utilisant la méthode HRM. Les fréquences des allèles mineurs des polymorphismes rs401502 et rs11575934 dans la population générale tunisienne sont de 23,8 % et 29,8 %, respectivement. Les distributions alléliques et génotypiques de ces SNP se sont avérées différentes de celles des autres groupes ethniques. Ce travail a permis d'établir une technique de génotypage rapide, sensible et peu coûteuse, la qPCR-HRM, pour détecter les variations génétiques dans une grande série d'échantillons. Une comparaison des résultats du génotypage de ces deux polymorphismes dans notre cohorte avec d'autres populations reflète la distribution spécifique à l'ethnie. Jelassi R, Ben Salah H, Jouini A, Hedhli A, Mahmoud W, Ammi R, Ben Sghaier I, Bouratbine A, Aoun K, Chelbi H. High-resolution Melting to Identify Single Nucleotide Polymorphisms of IL-12 Receptor Gene (IL-12RB1) in the Tunisian Population. INTERNATIONAL JOURNAL OF HUMAN GENETICS. 2020 Mar 1;20(1):32-40. Publications Assessment of Incubation Period of Cutaneous Leishmaniasis due to Leishmania major in Tunisia. Aoun K, Kalboussi Y, Ben Sghaier I, Souissi O, Hammami H, Bellali H, Bouratbine A.Am J Trop Med Hyg. 2020 Nov;103(5):1934-1937. doi: 10.4269/ajtmh.20-0439.PMID: 32901597 [Contribution of Real-Time PCR in the Diagnosis of Cutaneous Leishmaniasis: Experience of the Pasteur Institute of Tunis]. Aoun K, Tebrouri M, Ben Abdallah R, Bellali H, Souissi O, Bouratbine A.Bull Soc Pathol Exot. 2020;113(5):251-253. doi: 10.3166/bspe-2020-0150. Nuclear and mitochondrial genome sequencing of North-African Leishmania infantum isolates from cured and relapsed visceral leishmaniasis patients reveals variations correlating with geography and phenotype. Bussotti G, Benkahla A, Jeddi F, Souiaï O, Aoun K, Späth GF, Bouratbine A.Microb Genom. 2020 Oct;6(10):mgen000444. doi: 10.1099/mgen.0.000444. PLoS Negl Trop Dis 2020 Mar 16;14(3):e0008093. doi: 10.1371/journal.pntd.0008093. eCollection 2020 Mar. Design of multi-epitope peptides containing HLA class-I and class-II-restricted epitopes derived from immunogenic Leishmania proteins, and evaluation of CD4+ and CD8+ T cell responses induced in cured cutaneous leishmaniasis subjects Sarra Hamrouni 1 2 3, Rachel Bras-Gonçalves 3, Abdelhamid Kidar 4, Karim Aoun 1, Rym Chamakh- Ayari 1 2, Elodie Petitdidier 3, Yasmine Messaoudi 1 2 3, Julie Pagniez 3, Jean-Loup Lemesre 3, Amel Meddeb-Garnaoui 1 Epidemiology of Cutaneous Leishmaniasis in West Africa: a Systematic Review].
- 75. Cissé M, ZidaA, Diallo AH, Marty P, Aoun K.Bull Soc Pathol Exot. 2020;113(1):24-34. doi: 10.3166/bspe-2020-0115. Evaluation of six commercial kits for the serological diagnosis of Mediterranean visceral leishmaniasis Maude F Lévêque 1, Emilie Battery 2, Pascal Delaunay 3, Badre Eddine Lmimouni 4, Karim Aoun 5, Coralie L'Ollivier 6, Patrick Bastien 1, Charles Mary 6, Christelle Pomares 3, Judith Fillaux 7, Laurence Lachaud 1 PLoS Negl Trop Dis 2020 Mar 25;14(3):e0008139. doi: 10.1371/journal.pntd.0008139. eCollection 2020 Mar. Jelassi R, Ben Salah H, Jouini A, Hedhli A, Mahmoud W, Ammi R, Ben Sghaier I, Bouratbine A, Aoun K, Chelbi H. High-resolution Melting to Identify Single Nucleotide Polymorphisms of IL-12 Receptor Gene (IL-12RB1) in the Tunisian Population. INTERNATIONAL JOURNAL OF HUMAN GENETICS. 2020 Mar 1;20(1):32-40. Interleukin IL-1B gene polymorphism in Tunisian patients with chronic hepatitis B infection: Association with replication levels Imen Ben Dhifallah 1, Kaouther Ayouni 1 2, Ghofrane Najjar 1, Hanene Chelbi 3, Amel Sadraoui 1, Walid Hammami 1, Henda Touzi 1, Henda Triki 1 Microbiol Immunol 2020 Jul;64(7):512-519. doi: 10.1111/1348-0421.12774. Epub 2020 Jun 3. Liste des projets en cours Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Studio degli aspetti epidemilogici et fattori di rischio della Leishmaniosi nel bacino del mediterraneo : sistema di sorveglianza Italia-Tunisia Karim Aoun LR 20-IPT06 Instituto Zooprofilatico Sperimentale de Palermes-Sicile 2019-20 Clinical Parasitology Lilia Zribi LR 20-IPT-06 Université de Naples, Federico II 2019-20 Projet de Recherche Fédérée "PRF": "CIC-P: Microbiote de l'organisme humain et Santé » Aïda Bouratbine LR 20-IPT06 Ministère de l’enseignement superieur et de la recherche scientifique 2017-2020 LeiSHield-MATI, H2020-MSCA- RISE-2017 Hechmi Louzir Karim Aoun pour le LR 20-IPT-06 projet: Horizon 2020 2017-2020 TOTAL des projets en cours en 2020 4
- 76. Les chiffres clésdu laboratoire en 2020 8 publications internationales. 1 publication internationale chapitre d’ouvrage. 3 demandes de brevet ou contrat de valorisation. 4 projets cours 2 diplômes soutenus 13 diplômes en cours
- 77. Laboratoire d’hématologie moléculaireet cellulaire Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Menif Samia Professeur hospitalo- Universitaire/Chef de laboratoire Dhouib Nawel Professeur hospitalo- Universitaire Ines Safra Professeur agrégé Fethi mellouli Professeur hospitalo-universitaire Monia ben khaled Professeur agrégé Imen kraiem Professeur agrégé Maaoui Foued Professeur d’enseignement Houyem ouragini Biologiste Adjoint Imen moumni Biologiste Adjoint Leila chaouech Maitre assistante Barouni Manel Maitre assistante Nouira Sonia Assistante Dorra chaouachi Technicien Supérieur Principal Ghada bouguerra Etudiant en thèse es Sciences Naouel trabelsi Etudiant en thèse es Sciences Marwa abdelghani Etudiant en thèse es Sciences Faten hadded Etudiant en thèse es Sciences Sana zitouni Etudiant en thèse es Sciences Arwa tagoug Etudiant en thèse es Sciences Kalai Miniar Chercheur post doctorat Mechaal Amel Chercheur post doctorat Bouatrous Emna Etudiant en these Khalfaoui Khouloud Etudiant en these Melliti Chaima Etudiant en Master Ounalli Asma Etudiant en these Chebbi Maryem Etudiant en Master HISTORIQUE Le laboratoire d’hématologie moléculaire et cellulaire LR16IPT07 a été créé en 2011 et fait suite à son équivalent qui a fonctionné durant la période 2005- 2008. Il a fait l’objet d’une évaluation positive par le CNEAR et a été reconduit 2 fois avec les mêmes axes de recherche portant sur la biologie des anomalies héréditaires du globule rouge et les hémopathies malignes. Les résultats des travaux menés ont contribué à affiner le diagnostic et le pronostic de ces pathologies. THEMATIQUES essentielles de recherche : Nous avons caractérisé les anomalies héréditaires du globule rouge ce qui a aidé à établir des corrélations phénotype/génotype. Pour les leucémies l’identification des anomalies génomiques associées à ces pathologies a permis de comprendre les mécanismes d’oncogenèse et de résistance au traitement. Le laboratoire d’hématologie moléculaire et cellulaire fut crée en 2005 suite à une évaluation positive par le CNEAR .le même laboratoire a été reconduit avec les mêmes tâches de diagnostic et de recherche EN 2009 puis EN 2015.
- 78. Les thématiques derecherche du laboratoire d’hématologie moléculaire et cellulaire s’articulent autour de deux grands axes : • la biologie et la physiopathologie des anomalies héréditaires du globule rouge • la biologie et la physiopathologie des hémopathies malignes. Qu’il s’agisse de la première ou de la deuxième composante un volet diagnostique important est développé servant les thématiques de recherche pour trouver les bases moléculaires, génétiques et épi-génétiques à l’origine des deux groupes de pathologies. C’est ainsi que le laboratoire recrute un grand nombre d’étudiants et de stagiaires pour développer la recherche qui a été conçue dans les deux programmes. Les membres du laboratoire sont subdivisés en 7 équipes qui œuvrent sur 2 programmes : Le premier programme, composé de 5 équipes qui s’intéressent aux pathologies héréditaires du globule rouge incluant les hémoglobinopathies, les enzymopathies et les membranopathies. Le deuxième programme, composé de deux équipes, s’intéresse aux hémopathies malignes incluant les leucémies aigues, la leucémie myéloïde chronique et le myélome multiple. Programme 1 : Pathologies héréditaires du globule rouge Les pathologies héréditaires du globule rouge regroupent un ensemble d’anomalies génétiques touchant les gènes de l’hémoglobine, des enzymes érythrocytaires et des protéines de la membrane du globule rouge responsables respectivement des hémoglobinopathies ,des enzymopathies et des membranopathies et qui se traduisent par une anémie hémolytique constitutionnelle de sévérité variable Objectifs : • Affiner le diagnostic de ces pathologies afin d’aider les cliniciens et autoriser un diagnostic anténatal chez les couples a risque • Identifier le maximum de porteur afin d'établir une prise en charge précoce et offrir la prévention adéquate pour les familles à risque. • Connaitre les fréquences réelles et les comparer à celle déjà décrite il y a30 ans afin de valoriser les 30 années de travail dans ce domaine. • Changement de politique de santé et de prise en charge, mise en place de nouvelles structures en adéquation avec les conclusions tirées des résultats obtenus. • Créer un registre national des maladies héréditaires du globule rouge, • aider à la mise en place des budgets alloués à la santé. Mise en place des structures de premières lignes et des centres spécialisés pour lutter contre ce fléau. HEMOGLOBINOPATHIES Les hémoglobinopathies (thalassémies et drépanocytose) sont des pathologies héréditaires mono géniques fréquentes dans notre pays et sont caractérisées par une grande variabilité phénotypique. le taux d’expression de l’hémoglobine fœtale (HbF) est reconnu comme facteur déterminant dans la modulation du phénotype de ces maladies. Plusieurs facteurs génétiques en Cis et en trans du gène beta globine ont été incriminés dans la variation du taux de l’HbF.des études antérieures ont permis d’identifier trois principaux loci régulateurs de l’expression de l’HbF, il s’agit du polymorphisme Xmnl (rs7482144) du promoteur du gène HBG2, le gène BCL11Aen 2p15 et la région inter génique HMIP-2 en 6q23. A coté des loci modificateurs, des études ont rapporté que la variabilité du taux d’HbF peut être soumise à une régulation post transcriptionnelle des gènes gamma globine par des micros ARN. Le travail de thèse de Melle faten hadded consiste à identifier à travers une étude in silico, les micros ARN potentiellement impliqués dans la régulation des gènes gamma et beta globine Ce projet représente un grand intérêt thérapeutique pour les patients atteints d’hémoglobinopathies. En effet, la réactivation de l’expression de l’HbF est le traitement de choix pour ces malades. Même si l’hydroxyurée, un traitement de la drépanocytose qui fonctionne en augmentant l’expression fœtale Hb (HbF), profite à certains adultes atteints d’une forme modérée à grave de drépanocytose, elle ne convient pas à tous les individus, puisque son administration est associée à une myélosuppression.
- 79. L’identification des facteursgénétiques et épigénétiques, et la compréhension des voies de régulation impliquées dans l’expression de l’HbF est une étape nécessaire et primordiale afin de mettre en place des traitements alternatifs à l´hydroxyurée, impliquant des molécules qui auraient une action plus spécifique sur l'augmentation de l'HbF. De plus, chaque population possède une spécificité génétique. La connaissance des différents gènes modificateurs impliqués dans la variabilité phénotypique que présentent les patients tunisiens nous permettra d’identifier les cibles thérapeutiques vers des approches adaptées selon le type de patient en question, ce qui améliorera leur prise en charge. La thèse de Melle Zitouni Sana a pour objectif de faire un depistage neonatal des hemoglobinopathies et des enzymopathies sur sang du cordon ,ce travail qui a demarré avec le centre de maternité de l’hopital de bizerte a permis de faire un depistage neonatal des hemoglobinopathies afin d’assurer une prise en charge precoce appropriée pour eviter un retard de croissance et reduire la mortalité principalement chez les drepanocytaires. Profitant des échantillons de sang de cordon recueillis nous avons réussi à établir pour la première fois pour la population tunisienne les normes nationales des paramètres hematimetriques du sang du cordon en fonction de l’age gestationnel qui a été publié « Tunisian newborn’s cord blood : Reference Values of Complete Blood Count and Hemoglobin Fractions » dans la revue American journal of Perinatalogy 2020 LES ENZYMOPATHIES La glucose 6 phosphate déshydrogénase (G6PD) et la pyruvate kinase (PK) sont deux enzymes qui interviennent dans deux voies métaboliques essentielles à la survie des globules rouges, qui sont respectivement la voie des pentoses phosphates et la voie de la glycolyse. Le déficit d’une de ces enzymes peut etre à l’origine d’anémies hémolytiques. Le déficit en G6PD est l’enzymopathie érythrocytaire la plus répandue dans le monde. Le gène localisé sur le chromosome X fait que cette pathologie est nettement plus fréquente chez l’homme, les femmes hétérozygotes, normalement saines, présentent parfois un phénotype déficitaire ce phénotype est tributaire du phénomène de lyonnisation du chromosome X dés la vie embryonnaire. A l’echelle moléculaire on dénombre plus de 160 mutations répertoriées qui ont une répartition géographique différentes ; il est actuellement établi que la nature de la mutation et sa localisation sur la protéine conditionne la gravité du déficit et donc la severité des manifestations cliniques. Le déficit en pyruvate kinase (PK) est une anomalie génétique qui touche le gène PKLR, et se transmet selon le mode autosomique récessif. La thèse de Mme Mouna Jaouani a porté sur l’exploration moléculaire du gène PKLR chez 18 patients diagnostiqués avec deficit en PK .Les résultats ont objectivé 7 mutations différentes touchant les régions codantes et non codantes (c966-1G>T ;c965+1G>A ;c721G>T ;c1079G>A ;c1163C>c1456C<T ;c1537T>A) ,4 de ces mutations sont décrites pour la première fois. L’étude in silico, qui a reposé sur l’utilisation de différents logiciels bio informatiques, nous a permis d’effectuer une corrélation phénotype /génotype, qui a conclu que les mutations c1163C>c et c1537T>A affectent respectivement l’interface entre les domaines A de deux sous unités différentes et l’interface des domaines A/C de la protéine. Ce travail a été poursuivi par l’étude du gène codant pour le facteur de transcription GATA-1, à la recherche de facteurs modificateurs du déficit en PK puisque ce déficit a été observé chez des patients sans mutations du gène PKLR. Nous avons détecté Une mutation c+47 T>C touchant la région 3’UTR du gène GATA-1, qui pourrait affecter l’expression du gène PKLR et provoquer le déficit enzymatique. La these de melle zitouni s’interesse aussi au Dépistage Néonatal des enzymopathies pour identifier les porteurs et les couples à risque. Etablir un registre national et asurer une prise en charge précoce et une prévention personnalisée. LES MEMBRANOPATHIES La membrane du globule rouge comporte des protéines insérées dans la bicouche lipidique : l’ankyrine, l’actine, les bandes 4,1 et 4,2 qui interagissent avec le cytosquelette pour maintenir la forme biconcave du globule rouge essentielle à l’exercice de sa fonction. Des anomalies héréditaires de ces protéines membranaires sont à l’origine de pathologies érythrocytaires hétérogènes qui se manifestent par des anomalies morphologiques des hématies et qui se traduisent par des anémies hémolytiques d’expression clinique variable on cite la spherocytose héréditaire, l’elliptocytose, la stomatocytose …
- 80. A l’échelle moléculaire,ces pathologies sont générées par des mutations au niveau de plusieurs gènes codant ces protéines membranaires. Dans la population tunisienne ces maladies ont été peu explorées : en 1988 morle et al ont identifié une nouvelle variation dans le domaine α1 de la spectrine associé à une elliptocytose chez un patient tunisien .en 1990 Ghanem et al ont rapporté l’absence totale de la proteine 42 chez 2 patients tunisiens atteints d’anémie hémolytique ; en 1992 baklouti et al ont rapporté la présence d’un nouvel allèle de la spectrine dans une famille tunisienne présentant une elliptocytose héréditaire. En 2009 Mahfoudhi et al de notre laboratoire ont identifié une nouvelle mutation intronique au niveau du gène EPB42 chez une famille tunisienne atteinte d’une spherocytose héréditaire. La thèse de Melle Nawel trabelsi, actuellement en cours, a pour objectifs l’identification des anomalies moléculaires qui sous tendent ces pathologies ; plusieurs mutations ont été répertoriées et ont fait l’objet de publications « Biochemical, Cellular, and Proteomic Characterization of Hereditary Spherocytosis Among Tunisians » paru dans la revue cellular physiology and biochemistry 2020 Programme 2 : Hémopathies malignes Les hémopathies malignes constituent un groupe hétérogène de pathologies néoplasiques des cellules hématopoïétiques. En fonction de la lignée atteinte on distingue les leucémies lymphoides et les leucémies myeloides et en fonction de leurs profils evolutifs on distingue les leucémies aigues et les leucémies chroniques. Ainsi 4 groupes d’hémopathies malignes peuvent être individualisés : • La leucemie myeloide chronique • La leucemie lymphoide chronique • La leucemie aigue lymphoide • La leucemie aigue myeloide Les objectifs généraux de ce programme étaient d’identifier les anomalies moléculaires acquises au niveau des cellules tumorales afin d’identifier les mécanismes d’oncogenèse d’une part et de corréler ces résultats avec le pronostic et l’évolution des patients d’autre part. Le traitement des hémopathies malignes repose sur l’administration de différents protocoles de chimiothérapies, il existe une hétérogénéité de réponse des patients au traitement. Nous avons cherché à retrouver les anomalies moléculaires et épigénétiques susceptibles de moduler la réponse des patients au traitement à travers une étude comparative impliquant des patients en réponse optimale et d’autres en échec thérapeutique en vue d’identifier des marqueurs prédictifs de la réponse au traitement qui pourraient guider l’attitude thérapeutique des medecins des le diagnostic initial. LA LEUCEMIE MYELOIDE CHRONIQUE La leucemie myeloide chronique est une hemopathie maligne secondaire à la transformation neoplasique d’une cellule souche hematopoietique suivie d’une proliferation de la lignée granuleuse. Cette hemopathie touche toutes les tranches d’age et constitue un modele en onco-hematologie puisqu’elle fut le premier processus neoplasique associé à une alteration genetique acquise le gene hybride bcr-abl issu de la translocation reciproque entre les chromosomes 9 et 22 t(9 ;22)(q34 ;q11) ce gène hybride est traduit en une proteine a activite tyrosine kinase dérégulée responsable d’une proliferation accrue et un defaut d’apoptose à l’origine des manifestations cliniques de la maladie. Les connaissances accumulées au sujet de sa physiopathologie moleculaire ont permis de faire beneficier cette hemopathie d’une therapie ciblée : les inhibiteurs de tyrosine kinase (ITK) qui ont montré une efficacité sans precedent transformant son pronostic et son evolution. Compte tenu de l’efficacité spectaculaire des ITK la réponse des patients LMC aux ITK est appreciée par la quantification du transcrit bcr-abl utilisé comme marqueur des cellules tumorales et permet ainsi de tracer pour chaque patient la cinetique de decroissance du clone tumoral et depister précocement une éventuelle rechute.
- 81. En depit del’efficacité des ITK une minorité de patients LMC resistent ou échappent à cette therapie. Plusieurs équipes à travers le monde ont cherché à élucider les mécanismes de résistance au traitement mais les résultats n’ont pas permis de dévoiler tous les mécanismes. Étant donné que notre laboratoire fut pionnier dans le diagnostic et le suivi de la leucémie myéloïde chronique (LMC) à l’échelle nationale, nous nous sommes intéressés à l’identification de facteurs génétiques responsable d’une résistance primaire ou secondaire aux ITK. Notre équipe s’est intéressée aux transporteurs membranaires des ITK, les pompes d’influx et les pompes d’efflux qui déterminent la concentration intracellulaire du médicament .A travers une étude comparative entre 2 populations de malades : en réponse optimale ou en échec thérapeutique, nous avons démontré que certains polymorphismes des gènes de ces pompes pouvaient modifier leurs niveaux d’expression et serait à l’origine d’une baisse de la concentration intracellulaire des ITK responsable de la résistance au traitement. Ces résultats ont fait l’objet de deux publications parues dans des revues internationales « hOCt1 gene expression predict for optimal response to imatinib in Tunisian patients with chronic myeloid leukemia” Cancer chemother. Pharmacol. “Molecular study of ABCB1 gene and its correlation with imatinib response in chronic myeloid leukemia” Cancer chemother pharmacol . Par ailleurs, compte tenu de l’implication des facteurs épi génétiques dans la cancérogénèse nous nous sommes intéressées aux micros ARN comme facteurs de modulation de la réponse au traitement dans la Leucémie myéloïde chronique. Au décours d’une étude bioinformatique qui a montré le rôle de mir 451 dans la LMC nous avons comparé son niveau d’expression chez les patients atteints de LMC et nos résultats ont conclu que mir451 était sous exprimé chez les patients résistants au traitement comparés à ceux qui sont en réponse optimale. « Downregulation of miR-451 in Tunisian chronic myeloid leukemia patients: potential implication in imatinib resistance » Hematology LES LEUCEMIES AIGUES MYELOIDES Les leucémies aigues myéloïdes (LAM) constituent un groupe hétérogène d’hémopathies malignes résultant de la transformation maligne d’un précurseur hematopoietique myéloïde. Comme tous les cancers, Les LAM sont associées à des anomalies acquises du génome Le caryotype médullaire est un outil fiable dans la stratification pronostique des patients, toutefois 50% des LAM ont un caryotype normal nécessitant le recours aux marqueurs moléculaires infra cytogénétiques pour orienter l’attitude thérapeutique des médecins. Plusieurs études ont mis en évidence des mutations récurrentes de certains facteurs de transcription (GATA1, GATA2), d’enzymes impliquées dans les voies de méthylation de l’ADN (DNMT3A, IDH1/2, TET2) et de certaines enzymes modificatrices des histones (EZH2, ASXL1). La thèse de Melle AMAL Mechaal avait pour objectifs de rechercher ces marqueurs moléculaires chez les patients atteints de LAM à caryotype normal puis de corréler ces résultats avec le pronostic et l’évolution des patients en vue de dégager des marqueurs pronostiques.ces résultats ont fait l’objet d’une publication « EZH2, new diagnosis and prognosis marker in acute myeloid leukemia » parue dans : Adv med Scien 2019 ;jul 20(64) 2 :395-401. Nos travaux ont permis de répertorier les anomalies moléculaires acquises au cours des leucémies et de corréler ces anomalies au pronostic et à l’évolution des patients en vue d’adapter l’intensité du traitement. En effet les leucémies de mauvais pronostic seront traitées par des protocoles intensifs seuls garants de la meilleure survie sans rechute, à l’opposé les formes de bon pronostic seront traitées par des protocoles moins agressifs épargnant les malades des effets secondaires à court et long termes. Nous envisageons de mettre en place le sequençage haut debit dans le diagnostic et le suivi des LAM qui permet l’analyse concomittante de plusieurs gènes à la fois avec une sensibilité supérieure aux techniques standards.
- 82. MYELOME MULTIPLE Le myelomemultiple est une proliferation clonale de plasmocytes malins avec sécrétion d’une Ig monoclonale. Cette hémopathie demeure incurable et au pronostic redoutable. Plusieurs facteurs ont été incriminés dans la résistance aux traitements tels que la forte expression de Bcl2 et Mcl1. Dans le cadre d’une collaboration avec l’equipe INSERM de Nantes nous envisageons d’étudier l’effet des inhibiteurs de HDAC sur l’apoptose des plasmocytes malins après une étape de culture cellulaire. BILAN GLOBAL DES ACTIVITES DE RECHERCHE Nous avons caractérisé sur les plans phénotypiques, biochimique et moléculaire les hémoglobinopathies, les déficits en G6PD et en PK et les anomalies de la membrane du globule rouge en Tunisie. Les facteurs modificateurs génétiques et épi-génétiques ont été explorés pour certaines pathologies. Pour les leucémies, nous avons pu identifier les mutations acquises afin de mieux comprendre les mécanismes d’oncogenèse et de corréler ces résultats avec le pronostic et l’évolution des patients. Publications Triggering of eryptosis and releasing circulating blood cells microparticules in sickle cell diseases. Moumni I,Khalfaoui K, Safra I, Barmat M, Chaouechi D, Ben khaled M, Ouderni Monia, Mellouli F and Menif S. 15th Annual Sickle Cell and Thalassaemia, Hemaspher 2020, 1st EHA European Sickle Cell Conference, and 60th Anniversary of BSH Abstract Book. Empowering Tunisians Youth to seasonal influenza: Auto medication versus empathy. Foued Maaoui et Moumni Imen. EUROPEAN JOURNAL OF PUBLIC HEALTH 2020 Eryptosis and circulating blood cells microparticules in sickle cell diseases. Moumni I,Khalfaoui K, Safra I, Barmat M, Chaouechi D, Ben khaled M, Ouderni Monia, Mellouli F and Menif S. EUROPEAN JOURNAL OF PUBLIC HEALTH 2020 Tunisian Newborn's Cord Blood: Reference Values of Complete Blood Count and Hemoglobin Fractions. Zitouni S, Bouatrous E, Laabidi O, Boudrigua I, Chaouachi D, Saidani N, Kraiem I, Ayachi A, Abbes S, Mourali M, Menif S, Ouragini H.Am J Perinatol. 2020 Dec 29. doi: 10.1055/s-0040-1722199. Online ahead of print.PMID: 33374024 Identification of genes and miRNA associated with idiopathic recurrent pregnancy loss: an exploratory data mining study. Bahia W, Soltani I, Abidi A, Haddad A, Ferchichi S, Menif S, Almawi WY.BMC Med Genomics. 2020 Jun 1;13(1):75. doi: 10.1186/s12920-020-00730-z. In Ph+BCR-ABL1P210+ acute lymphoblastic leukemia the e13a2 (B2A2) transcript is prevalent. Baccarani M, Iacobucci I, Chiaretti S, Foà' R, Balasubramanian P, Paietta E, Foroni L, Jeromin S, Izzo B, Spinelli O, Varma N, Menif S, Terragna C, Seth T, Bidet A, Coriu D, Lunghi F, Mayer J, Scappini B, Langabeer S, Maier J, Burt E, Candoni A, Albano F, Luppi M, Zupan I, Lion T, Zadro R, di Raimondo F, Poopak B, Rege-Cambrin G, Annunziata M, Ayala A, Salinas-Viedma V, Ines Prado A, Milner B, Galimberti S, Janssen J, Polli V, Comba L, Borsellino B, Annibali O, Crugnola M, Passamonti F.Leukemia. 2020 Mar;34(3):929-931. doi: 10.1038/s41375-019-0591-9. Epub 2019 Oct 8. Genetic Approaches for Definitive Diagnosis of Agammaglobulinemia in Consanguineous Families Meriem Ben-Ali1 2 , Nadia Kechout3 4 , Najla Mekki1 2 , Jing Yang5 , Koon Wing Chan5 , Abdelhamid Barakat6 , Zahra Aadam6 , Jouda Gamara1 2 , Lamia Gargouri7 , Beya Largueche1 2 , Nabil BelHadj- Hmida1 2 , Amel Nedri8 , Houcine Ben Ameur8 , Fethi Mellouli9 , Rachida Boukari10 , Mohamed Bejaoui9 , Aziz Bousfiha11 , Imen Ben-Mustapha1 2 , Yu-Lung Lau5 , Mohamed-Ridha Barbouche12 13 J Clin Immunol 2020 Jan;40(1):96-104. doi: 10.1007/s10875-019-00706-4. Epub 2019 Nov 6. For a Better Literacy of Tunisians in Ecohealth: Leishmaniasis Case: Maaoui Foued , Moumni Imen Recent Advances in Environmental Science from the EuroMediterranean and Surrounding Regions (2nd Edition) 2020
- 83. Liste des projetsen cours en 2020 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période PEJC : Caractérisation phénotypique et moléculaire de la méthémoglobinémie en Tunisie" Houyem ouragini LR16IPT07 MERS 10000 dt/an 2 ans PCI : implication des micro – ARN dans la régulation de l’expression de l’hémoglobine fœtale Houyem ouragini LR16IPT07 IPT 20 000 dt/an 2ans PCI 26 : Effet des mécanismes moléculaire et cellulaire de l'éryptose et des microparticules dans la drépanocytose en Tunisie Imen Moumni LR16IPT07 IPT 20 000 dt/an 2ans Mobidoc –Post doc : Mise au point de l'oncogramme, une nouvelle méthode de test de réponse tumorale individualisée : essai pilote sur la leucémie. Zeineb abdelkefi /samia Menif LR16IPT07 ANPR 2 ans Liste des projets obtenus en 2020 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Mobidoc –post doc : Caractérisation moléculaire des alpha-thalassémies en Tunisie en vue d’un conseil génétique et d’une prévention Miniar Kalai/Samia Menif LR16IPT07 ANPR 2 ans Les chiffres clés du laboratoire en 2020 1 conférence donnée 3 vacations ou cours rémunérés. 1 participation à des Jury pour l’obtention de diplôme national ou international. 8 Participation à des Commissions Nationales et Internationales en 2020. 2 communications orales et affichées nationales et internationales. 12 publications internationales. 1 autre (chapitre d’ouvrage). 5 projets (4 projets en cours et 1 projets obtenus en 2020). 4 diplômes soutenus 20 diplômes en cours 8 formations continues en Tunisie. 3 formations continues à l’étranger. 4 Participation à des évènements scientifiques. 1 Organisation d’évènements scientifiques
- 84. Laboratoire des Biomolécules,Venins et Applications Théranostiques Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Srairi Abid Najet Professeur D'enseignement Supérieur / Chef du LR Benkhalifa Rym Maître De Conférences Bouhaouala ZaharBalkiss Professeur D'enseignementSupérieur Marrakchi Naziha Professeur D'enseignement Supérieur Messadi Erij Maître de Conférences Abdelkefi Zaineb Assistant Ben Abderrazek Rahma Maître Assistant Daoud Salma Maître Assistant El Bini Ines Maître Assistant Jebali Jed Maître Assistant Saada Chiheb Maître Assistant Afli Khouloud Etudiant en thèse Allaoui Hinda Etudiant en thèse Dhaouadi Sayda Etudiant en thèse Farah Azer Etudiant en thèse Hmaidi Riadh Etudiant en thèse Mami Wael Etudiant en thèse Maatoug Sonia Etudiant en thèse Mejri Hiba Etudiant en thèse Moslah Wassim Etudiant en thèse Omrani Yosra Etudiant en thèse Tabka Hager Etudiant en thèse Barbirou Mouadh Post Doc Aissaoui Dorra Post Doc Bellalouna Saoussen Post Doc Cheikh Amani Post Doc El Jeni Rim Post Doc Ellijimi Chedly Post Doc Hassiki Rym Post Doc Kraiem Hazar Post Doc Ksouri Ayoub Post Doc HISTORIQUE Le laboratoire a été créé avec comme premier objectif l’amélioration de l'immunothérapie antiscorpionique. Des anatoxines à base de Nanoanticorps de dromadaires à potentiel vaccinal ont été développées. Cet axe a été élargi pour d'autres applications biomédicales. Parallèlement, des peptides de venins de vipères et scorpions ont été identifiés comme des modèles de médicaments ciblant diverses pathologies. Le laboratoire aspire à élargir le portfolio des biomolécules à potentiel thérapeutique.
- 85. THEMATIQUE essentielles derecherche : Biomolécules, Venins et Applications Théranostiques Le programme de recherche du laboratoire fait l’objet de trois projets de recherche conduits par 3 équipes : I/Biomolécules contre le cancer et les maladies inflammatoires chroniques II/Biomolécules & Nano-anticorps : applications théranostiques et vectorisation par les nanoparticules (NanoBioMedika) III/ Biomolécules Modulatrices de Récepteurs et Canaux Ioniques associés aux pathologies nerveuses et infectieuses Programme 1 : Biomolécules contre le cancer et les maladies inflammatoires chroniques (Dr. Najet Srairi- Abid) Plusieurs dysfonctionnements déclenchent des processus physiopathologiques complexes impliquant, entre autres, une réponse immunitaire et inflammatoire dont les conséquences peuvent impliquer des transformations d’ordre tumoral, neurodégénératif ou encore ischémique. Les mécanismes régulateurs de la croissance, de la différenciation et de la prolifération cellulaire sont perturbés et demandent une exploration approfondie. A ce jour, les thérapies utilisées présentent deux problèmes majeurs : le développement d’une résistance et la toxicité non spécifique. Le développement d’alternatives thérapeutiques nouvelles pourrait contourner ces problèmes et réduire les effets délétères liés au traitement de ces différentes pathologies. Nous avons ciblé les molécules impliquées dans des pathologies à composante inflammatoire et/ou tumorale en utilisant des ligands spécifiques de certains récepteurs membranaires tels que les intégrines et les canaux ioniques. En effet, l'expression de ces protéines membranaires s'est révélée dérégulée dans certaines de ces maladies, apparaissant ainsi comme des biomarqueurs et des cibles pharmacologiques appropriées pour une thérapie cible Nous avons étudié l'effet et le mode d'action des molécules des venins animaux (vipères, scorpions) et végétales, ainsi que des molécules synthétiques, organiques et inorganiques. I. Molécules actives sur l'inflammation tumorale et la tumorogenèse I.1 Toxines de scorpion qui inhibent la prolifération des cellules DU145 du cancer de la prostate Le cancer de la prostate se caractérise par une prolifération élevée, une invasion importante et un potentiel métastatique. Des sous-types de canaux sodiques ont été identifiés comme étant fortement exprimés dans différentes lignées de cellules cancéreuses de la prostate, indiquant que ces canaux sont impliqués directement dans le processus néoplasique de ces cellules. Nous avons criblé les fractions chargées négativement du venin du scorpion Androctonus australis (Aa) pour identifier des peptides capables d'inhiber la prolifération des cellules DU145 du cancer de la prostate. Le composé le plus actif a été identifié comme étant la toxine AaHIV connue pour son activation des canaux sodiques. L'effet de la toxine AaHIV et dose dépendant avec une IC50 de 15 μM. À cette concentration, l’AaHIV a un faible effet sur l’adhésion des cellules DU145 à la matrice extracellulaire, la fibronectine. Comparée aux autres toxines du même venin, l’AaHIV était 2 fois plus active que l’AaHI et l’AaHII sur la prolifération des cellules DU145 et légèrement moins active que l’AaHII sur leur adhérence (BenAissa et al., 2020). Les trois peptides sont inactifs sur la migration des cellules DU145. Fait intéressant, l’AaHIV était 16 fois plus active que la vératridine, un alcaloïde astéroïdien provenant de plantes de la famille des lis, largement utilisée comme activateur de canal sodique. Des expériences électrophysiologiques ont montré que la toxine AaHIV active le canal Nav1.6, ce qui suggère que ce sous-type de canal sodique est impliqué dans la prolifération des cellules cancéreuses de la prostate DU145. I.2 Une lectine de type C de venin vipère qui inhibent l’inflammation tumorale Le cancer et l’inflammation sont deux processus pathologiques fortement liés. Par ailleurs, la réaction inflammatoire est une réponse locale mise en place suite à une lésion. La lebecetin, une lectine de type C isolée du venin de la vipère Macrovipera lebetina, présente un puissant effet anti-tumoral (Sarray et al., 2003; 2004). Nous nous sommes donc intéressés à étudier son effet sur l'inflammation. L’activité de cette protéine a été évaluée sur des cellules myélomonocytaires humaines, les THP-1 (ATTC TIB-202) provenant du sang d’un patient atteint d’une leucémie monocytaire aiguë (Tsuchiya et al., 1980). Ces monocytes sont différenciés en macrophages par traitement à l’acétate myristate de phorbol (PMA) pendant 48 h à 37 °C, 5 % de CO2. Ainsi, les cellules THP1 différenciées en macrophages est un modèle pertinent pour évaluer le rôle des protéines isolées du venin sur la modulation de l’inflammation induite par le LPS. Une quantification des cytokines pro- et anti-inflammatoires (IL-6, IL-8, TNFa, IL10) sécrétées dans le surnageant de culture des cellules traitées par le LPS en présence ou en absence de la lebecetin a été réalisée. La lebecetin était capable de moduler la sécrétion des cytokines dans les surnageants de la culture après stimulation par le LPS (Jebali et al 2020). Également, la quantification des effecteurs impliqués dans la réponse inflammatoire a montré une diminution de l’activation de ERK1/2, p38, AKT kinases et NF-κB ainsi que d’une réduction de l'expression de l’intégrine αvβ3 (Jebali et al 2020). L’étude in silico de la structure de la lebecetin a permis de
- 86. mettre en évidencedeux nouveaux motifs WED et WSD. Ces derniers pourraient jouer un rôle potentiel dans la modulation de la production de cytokines inflammatoires induites par le LPS dans les cellules THP-1 (Jebali et al 2020). I.3 Molécules synthétiques actives sur la tumorogenèse Dans l’objectif de valoriser des composés chimiques nouvellement synthétisés de différentes structures qui peuvent être douées d’activités thérapeutiques, de nouveaux dérivés 1,2,3-triazoles 1,4-disubstitués, isoxazoles 3,5-disubstitués du tyrosol et des dérivés de décavanadates ont été évalué pour leurs activités anti-tumorales in vitro sur des lignées cellulaires cancéreuses. Deux séries de dérivés d'isoxazoles 3,5-disubstitués (6a-e) et de triazoles 1,4-disubstitués (8a-e) ont été synthétisés à partir du tyrosol (1), un composé phénolique naturel, détecté dans plusieurs sources naturelles telles que l'huile d'olive et bien connu par son large spectre d'activités biologiques. L’étude de l’activité anti- tumorale de ces composés a montré que la plupart des dérivés présentaient une activité antiproliférative significative contre les cellules cancéreuses du glioblastome humain (U87) de manière dose-dépendante. Les composés 6d (IC50 = 15,2 ± 1,0 g/mL) et 8e (IC50 = 21,0 ± 0,9 g/mL) ont présenté une activité anticancéreuse plus puissante. De plus, la plupart des dérivés présentent une faible activité hémolytique, même à des concentrations très élevées, ce qui suggère que ces classes de composés sont des candidats appropriés pour d'autres investigations in vivo. Pour déterminer la nature de cette activité anti-proliférative nous avons utilisé la technique de cytométrie en flux. Le marquage par l'annexine V / iodure de propidium (PI) a montré une augmentation significative de l’indice apoptotique dans les cellules U87 traitées par les dérivés triazoles 8d et 8e et les dérivés isoxazoles 6a et 6d du tyrosol.Les résultats obtenus nous permettent de considérer ces dérivés comme des charpentes prometteurs pour le développement d'agents anticancéreux efficaces. Dans le même contexte, un composé decavanadate avec deux cations inorganiques monovalents, (NH4)4Li2V10O28 .10H2O, a été caractérisé pour ses activités cytotoxiques et antiproliférative sur des cellules cancéreuses humaines de glioblastome (U87), de mélanome (IGR39) et de sein (MDA-MB-231). Ce composé a démontré une activité antiproliférative dose-dépendante sur U87, MDA-MB-231 et IGR39 avec des valeurs de IC50 de 1 µM, 9 µM et 11 µM, respectivement. LE composé (NH4)4Li2V10O28. 10H2O était 1000 fois plus actif, sur les cellules U87, que le temozolomide (TMZ : IC50 de 1mM), utilisé dans la chimiothérapie conventionnelle et pour lequel les cellules de glioblastome développent souvent une résistance. Cette étude met en évidence l'importance des dérivés décavanadates dans la découverte et le développement de nouveaux agents anti-cancéreux. II. Molécule active sur la neuroinflammation dans la maladie d’Alzheimer La maladie d’Alzheimer (MA) est une maladie neurodégénérative du système nerveux central (SNC). Elle commence par un déficit de la mémoire d'apprentissage et, en progressant, atteint toutes les fonctions intellectuelles notamment celles du jugement, du calcul mental et du langage. Curieusement, le cerveau des personnes atteintes de la maladie d'Alzheimer contient une concentration élevée d'aluminium à l’autopsie. En effet, différentes études expérimentales ont prouvé que l'aluminium est un agent neurotoxique et inflammatoire. Dans notre étude réalisée en 2020, nous avons montré que le chlorure d’Aluminium altère les performances cognitives et induit le stress oxydatif et l’inflammation au niveau cérébral chez le rat et que cet effet se prolongemême en arrêtant l’exposition au métal. Ainsi, nos résultats plaident en faveur de l’apport de ce métal lourd dans le développement des maladies neurodégénératives et essentiellement la maladie d’Alzheimer. Parallèlement, cette étude vise à présenter la curcumine comme une thérapie alternative et/ou complémentaire de la MA. En effet, le potentiel anti- inflammatoire et neuroprotecteur de la curcumine a été étudié dans ce modèle expérimental de neurotoxicité. En effet, la curcumine a restauré l’activité de l’Acétylcholinestérase cérébrale, les marqueurs du stress oxydatif et les acteurs de l’inflammation en faveur des cytokines anti-inflammatoires. L'évaluation histopathologique a montré une amélioration induite par la curcumine de la densité neuronale du cerveau. Ainsi, la curcumine a normalisé tous les marqueurs apoptotiques et rétabli la neurochimie du cerveau après détérioration à l’aluminium. En conclusion, cette étude basée sur des approches comportementales, biochimiques et histologiques a montré que la curcumine pourrait être une alternative/complément thérapeutique envisageable dans la MA. Ce travail a été publié dans le journal Molecules (IF=4.421) et paru en 2021. III. Molécules de venins actives dans l'ischémie cardiaque et sur les maladies inflammatoires sous-jacentes Les maladies cardiovasculaires et plus particulièrement les cardiopathies ischémiques constituent la première cause de mortalité dans le monde. L'ischémie du myocarde est à l'origine de modifications du métabolisme cellulaire qui sont responsables de dysfonctions cardiaques multiples : infarctus, dysfonction endothéliale, arythmies et sidération myocardique. Au cours de ces manifestations physiopathologiques, l’inflammation joue un rôle central en tant qu’élément initiateur de l’ischémie tel que c’est le cas lors d’athérosclérose. Inversement, l’ischémie peut avoir des conséquences aggravantes sur l’inflammation. Par ailleurs, certaines pathologies sous-jacentes induisant une inflammation systémique peuvent également avoir des répercussions néfastes sur la fonction cardiaque et sur la survenue d’incidents thrombotiques dans un contexte ischémique, c’est le cas lors des maladies inflammatoires de l’intestin (MII). L'avènement des
- 87. thérapies thrombolytiques etde l'angioplastie a significativement amélioré la prise en charge de la maladie ischémique. Toutefois, la recherche de stratégies alternatives aux traitements actuels s’impose en raison de l’efficacité partielle des classes pharmacologiques actuellement disponibles pour le traitement de l’infarctus du myocarde (IDM) et de l’insuffisance coronaire. Notre travail au Laboratoire durant 2020 s’est articulé autour de la lébétine 2 (L2), peptide natriurétique issu de venin de serpent qui possède des propriétés cardioprotectrices additionnelles comparativement au BNP, telles que la préservation de la fonction endothéliale et, de façon intéressante, la modulation de la réponse inflammatoire, en faveur des macrophages M2 à profil anti-inflammatoire en post-infarctus. Nous avons développé par conception in silico et synthèse chimique, des dérivés ciblés de la L2, en visant une meilleure activité cardioprotectrice et moins d’effets adverses, pour la mise au point de puissants candidats médicaments capables de traiter efficacement l’IDM. Le haut potentiel cardioprotecteur de ces dérivés de synthèse est entrain d’être validé au plan pré- clinique via un criblage pharmacologique sur des modèles expérimentaux d’ischémie in vivo et sur cardiomyocytes (Thèse Hinda Allaoui). Notre travail durant 2020 a également concerné la validation d’un modèle expérimental de MII/IDM afin d’étudier l’impact d’un contexte inflammatoire systémique sur la tolérance à l’ischémie cardiaque. Le modèle MII implémenté est actuellement validé et reproductible avec une expression sérique satisfaisante des médiateurs inflammatoires, ce qui permet son utilisation (en cours) dans nos expériences cardiaques (Thèse Wael Mami). L’étape suivante de ce travail concerne l’identification de molécules originales dont le potentiel anti-inflammatoire pourrait s’opposer aux conséquences délétères du MII sur le cœur. Programme 2 : Biomolécules & Nano-anticorps : applications théranostiques et vectorisation par les nanoparticules (Pr Balkiss Bouhaouala-Zahar) L’équipe NanoBioMedika du LBVAT s’intéresse à l’étude des toxines de venins, de certains biomarqueurs de cancers comme les canaux ioniques dérégulés dans certaines pathologies, de metallo beta lactamases responsables de résistance aux antibiotiques et de protéines de capsides virales (MERS-CoV et Nodavirus) pour lesquels le développement de Nanoanticorps spécifiques (Nbs) et de leur vectorisation par les nanoparticules (NPs) constitue une solution théranostique prometteuse en santé publique. En 2020, l’expertise de l’équipe dans la technologie des Nbs a permis d’asseoir la thématique pour cibler de nouveaux antigènes, en l’occurrence les toxines de venins de Cobras. Ces orientations s’inscrivent parfaitement dans les missions de l’IPT visant le renforcement des capacités dans le domaine de la recherche translationnelle. Axe 1 : Conception et développement d’antivenins à base de nanoanticorps et vectorisation par les nanoparticules (Pr Balkiss Bouhaouala-Zahar) 1.1-Optimisation du procédé de bioproduction de NbF12-10 et CH10-12 Toujours dans le cadre du développement de procédé de production et de purification de Nbs antivenin de scorpion (candidats NbF12-10 et CH10-12) et en collaboration avec l’équipe de Dr Luc Fillaudeau, LIPS, INSA Toulouse, l’étude des bioprocédés de production (Batch, Fed-Batch et production) avec suivi des paramètres online (i.e. PO2, pH, Température analyse GRAS) et offline (DO, concentration en Glucose, etc.) a permis de suivre les transitions morphologiques en lien avec la production des Nbs et d’étudier par modélisation mathématique des cinétiques de croissance (MATLab) et de production des clones recombinants. Un nouveau protocole de quantification des Nbs produits a été développé sur la base d’une approche densitométrique (Alonso et al., 2020). Des observations morphologiques, granulométriques laser ont été analysées et combinées aux paramètres standards de suivi de croissance cellulaireet de la biomasse. Ces travaux ont fait l’objet d’une thèse en co-direction (Thèse de Susana Alonso S., soutenue le 19 Juin 2020). Un métabolisme de maintenance élevé a été constaté pendant la phase d'induction, et la consommation de citrate, objet des investigations en cours. 1.2- Étude de l’interaction de AahII avec le Nav1.5 et sa modulation par le NbAahII10 Sur le plan structural et tridimensionnel, l’interaction de la toxine AahII avec le NbAahII10 a permis d’identifier les résidus clés impliquées dans le complexe dynamique AahII/NbAahII10. L’étude in silico de l’interaction de AahII avec la boucle S3-S4 du canal sodium voltage-dépendant Nav1.4 est en cours de publication (Ksouri et al., en soumission). L'inactivation rapide des canaux sodiques voltage-dépendants (Nav) est essentielle pour limiter la prolongation de la durée du potentiel d'action dans les cellules excitables. En collaboration avec l’équipe de Pr Halima Ahidouch, Université Jules Verne, Amiens, nous avons entrepris une étude électrophysiologique (thèse en cotutelle de Riadh Hmaidi) et nous avons en premier vérifié que AahII ralentit l'inactivation rapide des canaux Nav1.5 cardiaques adultes, exprimés de manière transitoire dans les cellules HEK293, et ceci de manière dose-dépendante sans affecter l'amplitudedu courant. Nous avons ensuite démontré que NbAahII10 est capable d'inverser l'effet de la toxine AahII (Hmaidi et al., en préparation). 1.3-Développement de nanoanticorps anti-BotI de Buthus occitanus tunetanus Dans la région MENA, le scorpion Buthus occitanus tunetanus sévit également. Dans l’optique de développer un antivenin de scorpion unique pour couvrir larégion MENA, il devient important de disposer de Nbs anti- BotI et analogues de BotI, des toxines alpha antigéniquement distincte de AahI et AahII. Selon une démarche bien maîtrisée d’immunisation d’un dromadaire, de construction d’une banque de VHHs et d’un criblage
- 88. Phage Display, deuxNbs, dont les épitopes sur la toxine BotI sont chevauchant, ont été sélectionnés et caractérisés dont les affinités en pM ont été mesurées par SPR, avec la collaboration del’équipe de Pr Serge Muyldermans, VUB Bruxelles : (1) le NbBotI-17 qui neutralise 50% de l’effet létal de 5 DL50 de BotI. (2) le NbBotI-04 qui neutralise 10DL50 de BotI (ratio molaire ½). D’une manière intéressante, nous avons montré que le mix du NbF12-10 avec le NbBotI-01 est capable de neutraliser à 100% l'effet létal de 7LD50 de BotG50 (Ben Abderrazek et al., en préparation). Ces résultats prometteurs ouvrent les perspectives de développement d'une nouvelle génération d’antivenin de scorpion (Bouhaouala-Zahar B., et al., en cours). Axe 2 : Développement et caractérisation de Nanoanticorps (Nbs) ciblant des canaux potassium ou des biomarqueurs du MET tumoral L’implication des canaux ioniques dans les processus tumoraux a été largement démontrée mais leur immunomodulation par des fragments d’anticorps non toxiques (contrairement aux molécules toxiques issues de venins) constitue un nouvel axe de recherche scientifique prometteur. Dans ce contexte scientifique, nous avions pu asseoir la démarche scientifique en ciblant notamment deux canaux (Kv2.1 et Kv1.5) souvent dérégulés dans certaines pathologies non infectieuses. Pour les besoins des travaux de recherche, ces canaux ont été exprimés de manière stable dans des cellules Ltk- et fournis par Dr Alain Labro, Université d’Anvers, Belgique. Étude de l’implication des gènes KCNA5 et KCNB1 dans les cancers du tubes digestifs L’étude de la dérégulation de l’expression des gènes codant pour les canaux Kv2.1 et Kv1.5 est un préalable indispensable avant d’entamer une stratégie d’immuno-modulation à travers l’usage des Nanoanticorps. En collaboration avec l’équipe de Pr Sami Boubaker, nous avons déterminé (à l’échelle somatique) les niveaux d’expression de ces gènes chez des patients colligés atteints d’un cancer colorectal ou gastrique. Par immunohistochimie, nous avons observé la localisation de ces canaux dans les tissus sains et les tissus tumoraux adjacents, pour les cas de cancers gastriques. L’analyse statistique des résultats a été réalisée en tenant compte des paramètres clinico-pathologiques (Farah et al.,2020, BMC cancer). En collaboration avec Dr Melika Ben Ahmed et Dr Ines Safra, nous avons par FACS, caractérisé les TILs infiltrants les biopsies tumorales et estimé les pourcentages d’infiltration ainsi que leurs localisations (immunophenotypage). A l’échelle génomique, une étude du polymorphisme des deux gènes KCNB1 codant pour Kv2.1, sur une cohorte de 300 patients et 300 donneurs sains colligés, a porté sur l’impact de ces 3 SNPs sur la réponse du traitement et suggère l’association de certains génotypes dans l’occurrence du cancer colorectal et dans la réponse au traitement, chez des patients atteints d’un cancer colorectal (Barbirou et al., 2020 ; Tumor Biology). En collaboration l’équipe de Prof. Peter J. Tonellato, CBMI, Université de Missouri, nous avons analyser les résultats du génotypage et l'implication de certains facteurs environnementaux et de mode de vie sur la survenue et le risque de développer un Cancer Colorectal chez la population tunisienne (Barbirou et al., 2020, BMC cancer). Développement de nanobodies modulateurs de canaux ioniques de type Kv Suite à l’immunisation d’un dromadaire, la banque de VHHs construite a été criblée vis-à-vis cellules cellules Ltk exprimant de manière stable les canaux Kv2.1 et Kv1.5 (i.e. AF43 et HK2Bn12). En collaboration avec les Laboratoires MediS, le biopanning soustractif a permis de sélectionner une douzaine de Nbs spécifiques qui font l’objet d’une caractérisation pharmacologique et fonctionnelle. Par digestion enzymatique des VHHs, cinq profils distincts spécifiques des cellules HK2BN12 et 5 autres spécifiques des cellules AF43, ont été identifiés. Ces différents Nbs candidats feront l’objet d’une caractérisation pharmacologique et fonctionnelle (Ben Abderrazek et al., Rym Hassiki et aL, en cours). Développement de nano-anticorps spécifiques de biomarqueurs protumoraux Nous avons ciblé les TNs qui sont des glycoprotéines pro-tumorales pour développer des Nbs spécifiques. A partir de deux dromadaires hyperimmunisés, les sérums ont été collectés et les sous-types d’IgGs purifiés (i.e. IgG1 conventionnels, IgG2 et IgG3 monochaines). En collaboration avec l’équipe de Dr Orend, INSERM Strasbourg, nous avons démontré la haute spécificité des sérums de dromadaires et des isoptypes IgGs et HC-IgGs polyclonaux purifiés, in vitro et in situ (Dhaouadi et al., 2020, BBRC). A partir des lymphocytes circulants, une première banque de VHHs a été construite et criblée. Les Nbs, présentant une forte spécificité vis-à-vis des TNs d’origine humaine, ont été produits et testés par IHC et IF sur des coupes histologiques de tumeurs, permettant ainsi leur détection in situ. Ces immunomarquages ont été réalisés sur des coupes histologiques issues des modèles de xenogreffes (Dhaouadi et al., 2020, Frontiers in Immunology). Ces résultats ont fait l’objet d’un dépôt prioritaire de brevet auprès de l’office européen (OEB) (Thèse de Sayda Dhaouadi). Axe 3 : Développement de nano-anticorps neutralisant l’effet de pathogènes infectieux : protéines de capsides virales et de bétalactamases Les infections virales et bactériennes sont à l’origine des complications de l’hospitalisation des patients sur tout le continent africain. Actuellement, les aspects de transmission virale d’une part et de résistance aux antibiotiques d’autres parts sont au cœur de nos investigations biomédicales. L’une des solutions innovantes les plus tangibles consiste à développer des nanoanticorps (Nbs) à façon capables de neutraliser l’effet de
- 89. 10 8 ces pathogènes virauxou bactériens en ciblant les principaux immunogènes virulents (i.e. principalement la protéine S des virus respiratoires ou les bétalactamases responsables de résistance aux antibiotiques). 3.1-Développement des nanobodies inhibiteurs des bétalactamases Ce projet a été retenu pour financement par le MERS dans le cadre des projets d’Encouragement des jeunes chercheurs (PEJC, 2018). Le projet consiste à développer des Nanobodies inhibiteurs de l’activité enzymatique de NDM-1 et KPC-3, deux Carbapènèmases qui hydrolysent l’activité des carbapénèmes utilisés dans le traitement des infections à bactéries multirésistantes. A partir d’un dromadaire hyperimmunisé, le sérum collecté a été fractionné par chromatographie d’affinité. La caractérisation immunobiochimique des différents sous types d’IgGs purifiées montre que les trois types d’IgGs reconnaissent d’une manière spécifique l’enzyme NDM-1. D’une manière intéressante, les IgG1, IgG2 et IgG3 sont capables d’inhiber également l’activité de VIM-1 et L1, deux enzymes métallo béta lactamases présentant moins de 32% d’homologie de séquences avec NDM-1 (Ki nanomolaire). Ces travaux ont fait l’objet d’une récente publication (Ben Abderrazek R. et al., 2020, Molecules). Les travaux en cours visent à sélectionner les Nbs « best in class » sur la base de leur capacité à restaurer la sensibilité du méropénème et de l'imipénème, sur des souches hospitalières d’entérobactéries productrices de NDM-1. Pareillement, nous avons amorcé une démarche similaire d’immunisation d’un dromadaire par des doses croissantes de KPC-3 (Thèse en cours de Emna Hamdi). 3.2-Développement de nano-anticorps neutralisant l’effet de pathogènes infectieux : la protéine S de la capside virale du MERS-CoV Ces travaux ont démarré suite à un Research Collaborative Agreement (RCA) qui a été signé entre notre équipe et l’équipe de Prof Zhang (Tsingua Universty, China). A partir d’une banque de VHHs, le criblage Phage display a abouti à la sélection de 96 clones capables de reconnaître la forme recombinante du domaine RBD de la protéine S du MERS-CoV. Les séquences ont été classées en cluster. Les clones exprimant des Nbs inhibiteurs de l’infectivité du virus ont été retenus et caractérisés (Idoudi et al., en cours). La même banque a été criblée vis-à-vis de deux autres domaines de surface de la protéine S. Ce travail se poursuit par la caractérisation des chimères VHH-Fc construits et d’une étude cristallographique. Programme 3 : Biomolécules Modulatrices de Récepteurs et Canaux Ioniques associés aux pathologies nerveuses et infectieuses (Dr. Rym BenKhalifa) Biomolécules actives sur les récepteurs nicotinique Biomolécules issues de venins de scorpions comme modulateurs allostériques de sous types spécifiques de récepteurs nicotiniques Nous avons exploré le venin de scorpion Androctonus australis hector (AaH) pour caractériser de nouvelles molécules agissant de manière sélective sur les récepteurs nicotiniques. Nous avons obtenu des résultats prometteurs avec des fractions et sous-fractions de venin d'AaH, d'abord criblées sur les sous-types humains alpha3beta4 et alpha4beta2, puis sur alpha3beta4 et la chimère Eva-alpha7. La fraction toxique AaHG50 a été séparée par chromatographie liquide échangeuse d'anions. Dix-huit fractions ont été obtenues et testées sur des cellules HEK exprimant de manière transitoire les sous-types humains nAChRs alpha3beta4 et Eva- alpha7 en présence respectivement de [3H] Epibatidine/ [125I] Bungarotoxine. Les fractions F5, F8 et F11 antagonisent la liaison du ligand à alpha3beta4 et Eva-alpha7 de manière puissante. Les fractions actives inhibent Eva-alpha7 plus efficacement que les sous-types nAChRs a3b4. Ainsi, les fractions F5, F7, F8, F11 et F16 ont été sélectionnés pour un criblage secondaire sur les mêmes sous-types de récepteurs. Le même protocole a été suivi pour cribler la fraction sélectionnée comme active et nous avons montré que F7 et F8 à 50 g/ml antagonisent Eva-alpha7 de 60 % et 80 %, respectivement. De plus, F16 inhibe 70 % à 25 µg/ml et de manière dose-dépendante Pour une purification plus poussée, la fraction active sélectionnée a été séparée selon une méthode HPLC et tous les pics obtenus ont été testés pour leurs effets sur a7-Eva. Les études sont en cours. 1.2. Exploration du rôle des récepteurs nicotiniques dans le développement des cancers des poumons Notre objectif étant de déterminer le profil d’expression de certains sous types de récepteurs nicotiniques (nAChRs) de type a3, a4, a5 et a7 dans les poumons de patients fumeurs et non fumeurs atteints ou pas, d’un cancer de poumons. Nous avons commencé par colliger les données personnelles des patients (nom, âge et sexe), les habitudes tabagiques (durée de consommation par années et nombre de cigarettes par jour), ainsi que leur type de cancer etson stade, après remise d'un dossier au comité d’éthique biomédicale de l'institut Pasteur de Tunis. Les patients ont été regroupés selon leur type histologique de tumeur, leur sexe, leur âge et leur habitude tabagique. Pour déterminer l'influence du tabagisme sur la survenue du cancer du poumon, seuls quarante-huit patients ont été inclus dans une étude statistique. Les données personnelles des patients (statut et type de cancer, âge et durée de tabagisme) ont été analysées dans le but d'étudier l'impact de la durée du tabagisme sur le développement du cancer et la corrélation entre l'âge et le sexe sur les pathologies cancéreuses et non cancéreuses du poumon. A l'issue de cette première étude, nous avons conclu que l'adénocarcinome est le type le plus dominant de cancer du poumon. Les cancers du poumon touchent plus les hommes que les femmes. Les hommes sont plus exposés aux pathologies pulmonaires. Implication et Modulation du canal Kv3.1 dans la différenciation et la dégénérescence neuronal Le canal Kv3.1 est abondamment exprimé dans les neurones et son dysfonctionnement provoque une perte de sommeil, des maladies neurodégénératives et la dépression. La fluoxétine, un bloqueur de Kv3.1
- 90. 20 couramment utilisé pourtraiter la dépression, agit sur la recapture sélective de la sérotonine. Pour définir la relation entre Kv3.1 et la modulation pharmacologique des récepteurs de la sérotonine (SR), nous avons montré que 1C11, une lignée cellulaire sérotoninergique, exprime différents sous-types de canaux potassiques voltage-dépendants (VGK) dans les cellules en prolifération (PC) et différenciées (DC). Seuls les transcrits Kv1.2 et Kv3.1 augmentent même si le taux de transcrits Kv3.1b est plus élevé dans les DC et, après fluoxétine, dans les PC mais diminue dans les DC. La protéine du canal Kv3.1 est exprimée dans les PC et les DC mais n'est renforcée par la fluoxétine que dans les DC. Les mesures decellules entières confirment que les cellules 1C11 expriment des courants VGK, augmentant séquentiellement en fonction du développement cellulaire. De plus, SR 5HT1b est fortement exprimé dans les DC mais la fluoxétine augmente le niveau de transcrits dans les PC et le diminue significativement dans les DC. Le dosage de la sérotonine montre que la fluoxétine améliore la libération de sérotonine dans le PC mais la réduit dans les DC. Nous montrons ainsi la première preuve expérimentale que 1C11 exprime les canaux Kv3.1, ce qui confirme son rôle majeur au cours de la neurogenèse, tandis que les cellules répondent à l'effet inhibiteur de la fluoxétine par une augmentation de la densité des canaux Kv3.1 pour rétablir l'homéostasie cellulaire, ce qui pourrait favoriser la synthèse de la sérotonine (Tabka et al., 2020). D’autre part, les canaux Kv3.1 ont des cinétiques d'activation et de désactivation rapides et sont connus pour avoir une contribution cruciale au phénotype à pic rapide de certains neurones. AahG50, en tant que produit naturel extrait du venin d'Androctonus australis hector, inhibe sélectivement le canal Kv3.1. Nous nous sommes concentrés sur la caractérisation biochimique et pharmacologique de la molécule issue du venin de scorpion AahG50, qui bloque de manière puissante et sélective le canal Kv3.1. Nous avons utilisé une optimisation combinée via des étapes avancées de purification biochimique et de criblage par patch-clamp pour caractériser le peptide actif dans AaHG50 actif sur les canaux Kv3.1. Nous avons pu décrire l'effet inhibiteur d'une toxine sur lecourant unitaire Kv3.1 dans les bicouches lipidiques. In silico, des expériences de docking ont permis d’étudier les détails moléculaires de la liaison peptide-canal. Nous avons identifié le premier peptide de venin de scorpion responsable de l'inhibition de Kv3.1. Cette toxine obstrue le pore du canal Kv3.1 au moyen de la chaîne latérale K27. Ainsi nous avons pu mettre en évidence, pour la première fois, la modulation du Kv3.1 par un peptide issu de AAh, qui pourrait être un outil intéressant pour développer des biomolécules thérapeutiques contre les maladies associées au Kv3.1. (Maatoug et al., article en soumission). Toxine de scorpion à activité antimicrobienne Le virus de la maladie de Newcastle (NDV) est l'une des infections les plus graves qui affectent la volaille domestique et d'autres espèces aviaires. Il provoque une morbidité et une mortalité élevées entraînant d'énormes pertes économiques pour l'industrie avicole, dans le monde entier. Malgré la vaccination, les épidémies de NDV ont accru le besoin de moyens alternatifs de prévention et de contrôle. Les chercheurs ont étudié des substances issues de ressources naturelles en tant que nouveaux candidats antimicrobiens. De nos jours, de nombreux peptides antimicrobiens (AMP) ont été identifiés et caractérisés à partir du venin de scorpion. Dans cette étude, nous avons criblé des fractions de venin de scorpion Buthus occitanus tunetanus contre le NDV.Nous avons isolé le peptide le plus actif montrant une inactivation directe dose-dépendante de la croissance du NDV in vitro, avec une CI50 de 0,69 µM, et une faible cytotoxicité sur les cellules Vero (CC50 > 55 µM). Nous avons nommé ce peptide BotCl car il présentait des similitudes structurelles élevées avec les peptides de type chlorotoxine de venin de scorpion. Il est intéressant de noter que des tests in ovo effectués sur des œufs de poule exempts d'agents pathogènes spécifiques (SPF) ont démontré que BotCl avait un effet protecteur sur les embryons de poulet contre le NDV et réduisait la multiplication duvirus dans le liquide allantoïdien, avec un EID50 de 106,2. Dans l'ensemble, nos résultats ont montré que BotCl est le premier peptide de scorpion antiviral puissant contre le NDV et peut être exploré davantage comme outil pour développer un nouveau médicament pour mieux contrôler le NDV (Jlassi et al. en révision). Publications A protocol for recombinant protein quantification by densitometry.Alonso Villela SM, Kraïem H, Bouhaouala-Zahar B, Bideaux C, Aceves LaraCA, Fillaudeau L.Microbiologyopen. 2020 Jun;9(6):1175- 1182. doi: 10.1002/mbo3.1027. Epub 2020 Apr 7.PMID: 32255275 AaHIV a sodium channel scorpion toxin inhibits the proliferation of DU145 prostate cancer cells. Rym BenAissa , Houcemeddine Othman , Claude Villard , Steve Peigneur , Saoussen Mlayah-Bellalouna , Zaineb Abdelkafi-Koubaa , Naziha Marrakchi , Khadija Essafi-Benkhadir , Jan Tytgat , José Luis , Najet Srairi-Abid Biochem Biophys Res Commun 2020 Jan 8;521(2):340-346.doi: 10.1016/j.bbrc.2019.10.115. Epub 2019 Oct 24. High-quality genome sequence assembly of R.A73 Enterococcus faeciumisolated from freshwater fish mucus. Rim El Jeni , Kais Ghedira , Monia El Bour , Sonia Abdelhak , Alia Benkahla , Balkiss Bouhaouala-Zahar BMC Microbiol 2020 Oct 23;20(1):322.doi: 10.1186/s12866-020-01980-8. First Evidence of Kv3.1b Potassium Channel Subtype Expression during Neuronal Serotonergic 1C11 Cell Line Development. Hager Tabka , Amani Cheikh , Sonia Maatoug , Mohamed El Ayeb , SaïdBendahhou , Rym Benkhalifa Int J Mol Sci 2020 Sep 29;21(19):7175. doi: 10.3390/ijms21197175.
- 91. 20 Identification of noveladvanced glycation end products receptor gene variants associated with colorectal cancer in Tunisians: A case-control study. Sinda A Bedoui , Mouadh Barbirou , Mouna Stayoussef , Meriem Dallel , Amina Mokrani , Lamia Makni , Amel Mezlini , Balkiss Bouhaouala-Zahar , Besma Yacoubi- Loueslati , Wassim Y Almawi. Gene 2020 Sep 5;754:144893.. doi: 10.1016/j.gene.2020.144893. Epub 2020 Jun 13 Inhibitory Potential of Polyclonal Camel Antibodies against New DelhiMetallo-β-lactamase-1 (NDM-1) Rahma Ben Abderrazek , Sarra Chammam , Ayoub Ksouri , MariagraziaPerilli , Sayda Dhaouadi , Ines Mdini , Zakaria Benlasfar , Gianfranco Amicosante , Balkiss Bouhaouala-Zahar , Alessandra Piccirilli Molecules 2020 Sep 28;25(19):4453.doi: 10.3390/molecules25194453. Interaction of the spike protein RBD from SARS-CoV-2 with ACE2: Similarity with SARS-CoV, hot-spot analysis and effect of the receptor polymorphism Houcemeddine Othman , Zied Bouslama , Jean-Tristan Brandenburg , Jorge da Rocha , Yosr Hamdi , Kais Ghedira , Najet Srairi-Abid , Scott Hazelhurst 7 Biochem Biophys Res Commun 2020 Jun 30;527(3):702-708.doi: 10.1016/j.bbrc.2020.05.028. Epub 2020 May 14. KCNB1 gene polymorphisms and related indel as predictor biomarkers of treatment response for colorectal cancer - toward a personalized medicine. Mouadh Barbirou , Ikram Sghaier , Sinda Bedoui , Rahma Ben Abderrazek , Hazar Kraiem , Azer Farah , Rym Hassiki , Amina Mokrani , Amel Mezlini , Wassim Y Almawi , Besma Loueslati-Yacoubi , Balkiss Bouhaouala-Zahar Tumour Biol2020 Jun;42(6):1010428320925237. doi: 10.1177/1010428320925237 Lebecetin, a snake venom C-type lectin protein, modulates LPS-induced inflammatory cytokine production in human THP-1-derived macrophages Jed Jebali , Ons Zakraoui , Dorra Aissaoui , Zaineb Abdelkafi- Koubaa , Najet Srairi-Abid , Naziha Marrakchi , Khadija Essafi-Benkhadir .Toxicon 2020 Nov;187:144- 150.doi: 10.1016/j.toxicon.2020.09.001. Epub 2020 Sep 10. Multiallelic rare variants support an oligogenic origin of sudden cardiac death in the young. Hager Jaouadi , Yosra Bouyacoub , Sonia Chabrak , Lilia Kraoua , Amira Zaroui , Sahar Elouej , Majdi Nagara , Hamza Dallali , Valérie Delague , Nicolas Levy , Rym Benkhalifa , Rachid Mechmeche , Stéphane Zaffran , Sonia Abdelhak . Herz 2021 Apr;46(Suppl 1):94-102.doi: 10.1007/s00059-019-04883-1. Epub 2020 Jan 22 Selective expression of KCNA5 and KCNB1 genes in gastric and colorectal carcinoma. Azer Farah , Maria Kabbage , Salsabil Atafi , Amira Jaballah, Gabteni , Mouadh Barbirou , Mouna Madhioub , Lamine Hamzaoui Mousadak Azzouz Mohamed, Hassen Touinsi , Asma Ouakaa Kchaou, Emna Chelbi , Samir Boubaker , Rahma Ben Abderrazek , Balkiss Bouhaouala-Zahar .BMC Cancer 2020 Dec 2;20(1):1179. doi: 10.1186/s12885-020-07647-x. Trabectedin (Yondelis®) as a Therapeutic Option in Gynecological Cancers: A Focus on its Mechanisms of Action, Clinical Activity and Genomic Predictors ofDrug Response Soumaya Souid , Dorra Aissaoui , Najet Srairi-Abid , Khadija Essafi-BenkhadirCurr Drug Targets 2020;21(10):996-1007.doi: 10.2174/1389450121666200128161733 Synthesis, structural characterization and antitumoral activity of (NH 4 ) 4 Li 2 V 10O28.10H2O.10H2O compound. Regaya Ksiksi, Zaineb Abdelkafi-Koubaa,Saoussen Mlayah-Bellalouna, Dorra Aissaoui, Naziha Marrakchi, Najet Srairi-Abid, Mohamed Faouzi Zid , Mohsen Graia. Journal of Molecular Structure 1229 (2020) 129492 Western influenced lifestyle and Kv2.1 association as predicted biomarkers for Tunisian colorectal cancer. Barbirou M, Woldu HG, Sghaier I, Bedoui SA, Mokrani A, Aami R, Mezlini A, Yacoubi-Loueslati B, Tonellato PJ, Bouhaouala-Zahar B.BMC Cancer. 2020Nov 10;20(1):1086. doi: 10.1186/s12885-020- 07605-7. Liste des projets en cours en 2020 Titre du projet Investigate urPrincipal Structures pasteurienn es impliquées Agence de financement Valeur du financem ent (DT) Période Projet PTR03/17: Toxinsand nanobodies as subtype-specific ligands and allosteric modulators Rym Benkhalifa LR20IPT01, IPT Lab. Canaux récepteurs, Institut Pasteur Paris (IPP) Lab. Antibody Engineering Platform, IPP RIIP 120000 2018- 2020 Lab. Integrative
- 92. 20 Neurobiology of Cholinergic Systems, IPP ProjetPCI intitulé “Etude fonctionnelle et structurale de la protéine salivaire de Phlebotomus papatasi, PpSP32”. Ines ELBINI Pr Melika Ben Ahmed (LTCII,IPT) Institut Pasteur deTunis 40000 2019- 2021 Projet Actions Concertées Inter Pasteuriennes (ACIP):Titre du projet : Animal venom biomolecules: Tools for oncogenesis study and targeted therapy against Hepatocellular carcinoma (HCC). Najet Srairi-Abid LR20IPT01 RIIP 48 000 euros 2017- 2019 Projet PRF: Titre du projet: Synthèse, Etude structurale, caractérisation et étude des activités anticancéreuses des composés décavanadates. Najet Srairi-Abid LR20IPT01 240 000 DT 2019- 2021 Projet PEJC: Activité anti inflammatoire de CC5 et CC8 du venin de vipère cerastes Jed Jebali LR20IPT01 DGRST 20000 DT 2018- 2020 PCI: “Inflammatory Bowel Disease and Ischemic Heart Disease: Deciphering the Link through Animal Experimentation”. Erij MESSADI LR20IPT01 Sadri ZNAIDI Institut Pasteur de Tunis 40 000 DT septembre 2018- sept em bre 202 0 1- Liste des projets en cours en 2020 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financeme nt Valeur du financement (DT) Période Projet PTR03/17: Toxinsand nanobodies as subtype-specific ligands andallosteric modulators Rym Benkhalifa LR20IPT01, IPT Lab. Canaux récepteurs, InstitutPasteur Paris (IPP) Lab. Antibody Engineering Platform, IPP RIIP 120000 2018-2020 Lab. Integrative Neurobiology of
- 93. 20 Cholinergic Systems, IPP projetPCI intitulé “Etude fonctionnelle et structurale de la protéinesalivaire de Phlebotomus papatasi, PpSP32”. Ines ELBINI Pr Melika Ben Ahmed (LTCII, IPT) Institut Pasteu r de Tunis 40000 2019-2021 Projet Actions Concertées Inter Pasteuriennes (ACIP):Titre du projet : Animal venom biomolecules: Tools for oncogenesis study and targeted therapy against Hepatocellular carcinoma (HCC). Najet Srairi-Abid LR20IPT01 RIIP 48 000 euros 2017-2019 Projet PRF: Titre du projet: Synthèse, Etude structurale, caractérisation et étude des activités anticancéreuses des composés décavanadates. Najet Srairi-Abid LR20IPT01 240 000 DT 2019-2021 Projet PEJC: Activité anti inflammatoire de CC5 et CC8 du venin de vipère cerastes Jed Jebali LR20IPT01 DGRST 20000 DT 2018-2020 PCI: “Inflammatory Bowel Disease and Ischemic Heart Disease: Deciphering the Link through Animal Experimentation”. Erij MESSADI LR20IPT01 Sadri ZNAIDI Institut Pasteur de Tunis 40 000 DT septembre 2018- septe mbre 2020 Liste des projets obtenus en 2020 Titre du projet Investigate urPrincipal Structures pasteurienn es impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Projet PHC Utique : “Peptides natriurétiquesde synthèse à visée xardioprotectrice : de la conception in silico à la validation fonctionnelle”. Erij MESSADI LR20IPT01 DGRST 2020-2023 Les chiffres clés de l’année 2020
- 94. 1 93 1 conférence donnée 2vacations ou cours rémunérés. 6 participations à des Jury pour l’obtention de diplôme national ou international. 8 Participation à des Commissions Nationales et Internationales en 2020. 2 communications orales et affichées nationales et internationales. 14 publications internationales. 1 autre (chapitre d’ouvrage). 5 projets (4 projets en cours et 1 projets obtenus en 2020). 4 diplômes soutenus 20 diplômes en cours 8 formations continues en Tunisie. 3 formations continues à l’étranger. 4 Participation à des évènements scientifiques. 1 Organisation d’évènements scientifiques
- 95. Laboratoire de BioInformatiquebioMathématiques et bioStatistique Composition de l’équipe Prénom, Nom Position/Fonction Ben Miled Slimane Professeur /Chef de laboratoire Semmar Nabil Professeur Benkahla Alia Biologiste Sassi Atfa Biologiste Abdeljaoued Ines Maître assistante Kebir Amira Maître assistante Ghedira Kais Biologiste adjoint Souiai Oussema Maître assistant Louati Dorra Maître Assistant Harrabi Myriam Assistante Ben Chaalia Aymen Technicien Ghanmi Nidhal Technicien Dhafer Ferchichi Technicien Benali Ilhem Administrateur Tnani Hedia Post-Doc Ben Aribi Walid Post-Doc Chaouch Melek Post-Doc Bechir Neffeti Post-Doc Zaatour Wajdi Etudiant en thèse Zouaoui Sana Etudiant en thèse Soumare Harouna Etudiant en thèse Bouhali Amira Etudiant en thèse Hannachi Mariem Etudiant en thèse Cyrine Chenaoui Etudiant en thèse Kechaou-Cherif Sonia Médecin de la santé publique Kechaou Amine Médecin de la santé publique Présentation du laboratoire Bien que la modélisation ait envahi le langage scientifique depuis bien longtemps, elle demeure une notion relativement récente en biologie et dans le domaine biomédical. La complexité et la masse de données générées ont érigé la modélisation en approche privilégiée pour intégrer les connaissances issues de différentes branches de la biologie dans un cadre fortement et ouvertement pluridisciplinaire. La modélisation et l’analyse de données en biologie représentent de formidables outils de communication entre chercheurs de disciplines différentes. Il en résulte une puissance d’approche permettant d’explorer et d’intégrer différents niveaux d’organisation des systèmes complexes. Du gène à la population en passant par la cellule et l’individu et son environnement, l’analyse de données permet de structurer la complexité en composantes fondamentales aidant à mieux comprendre les facteurs interactifs et les voies fonctionnelles responsables de la diversité et des états d’équilibre des systèmes étudiés. La modélisation quant à elle permet de formaliser les interactions aidant par la suite à appréhender les mécanismes à l’origine des phénomènes biologiques observés. C’est autour de ces soucis de structuration et d’intégration de l’ensemble des niveaux d’organisation du vivant que continuent à s’articuler les principaux axes de recherche de ce laboratoire.
- 96. La mise enplace de structures pluridisciplinaires en Tunisie telle que celle du laboratoire BIMS (Laboratoire de BioInformatique, bioMathématiques et bioStatistiques) reste timide et se limite à des actions de recherche ou de coopération éparses. Le laboratoire BIMS est un laboratoire pluridisciplinaire avec des compétences en biologie, informatique, mathématique et statistique, ayant pour objectif de développer une activité de recherche à l’interface entre ces quatre disciplines pour une maîtrise approfondie des systèmes biologiques complexes, avec des intérêts d’application et des perspectives dans le domaine de la santé publique. Le laboratoire est structuré en trois équipes de recherche : bioinformatique, biostatistique et biomathématique. Ces équipes soudées disposent de compétences dans le domaine du traitement de données, du développement d’algorithmes et de la modélisation. La complémentarité des compétences entre les membres des différentes équipes a permis la mise en place d’un programme de recherche autour de certaines thématiques prioritaires. Nos trois équipes ont la particularité d’être à l’interface des disciplines numériques et des sciences de la vie et de s’intéresser à des problèmes de santé publique. Ceci offre à la fois un aspect intégratif à la recherche en biologie et une multidisciplinarité technique essentielle pour la maîtrise des processus multifactoriels, multidirectionnels et multi-échelles des biosystèmes complexes. Nos équipes visent à développer des protocoles permettant la transformation des données biologiques brutes (disponibles) en informations structurées et compréhensibles. Ils visent également à développer des systèmes d’aide à la décision pour une meilleure gestion et contrôlabilité des systèmes/problèmes biologiques étudiés/abordés. La diversité des approches présentées fournit une multitude de méthodes d’abstraction permettant de parvenir à une meilleure compréhension des phénomènes biologiques. Ces procédures aident fortement à trouver des composantes fondamentales (complémentaires et interactives) et des dénominateurs communs intégrant plusieurs aspects, problématiques et hypothèses biologiques que la modélisation se charge de formaliser et de maîtriser. La diversité des problèmes biologiques est maîtrisée ici grâce à une multitude de techniques mathématiques, statistiques ou informatiques sélectivement appliquées ou développées selon l’orientation des questions soulevées. La stratégie du laboratoire lors de ce contrat programme est d’utiliser la cohésion et le caractère intégratif du laboratoire afin de créer un contexte favorable qui permettrait aux trois équipes (bioinfo, biomath, biostat) de faire émerger un ensemble de thématiques fédératrices. Renforcer la synergie du laboratoire nécessite de trouver un terrain qui permettrait de joindre la bioinformatique qui s’intéresse à l’aspect moléculaire du vivant à la dynamique des populations s’intéressant à l’aspect individuel et populationnel. Bien que proches, au point de vue méthodologie (informatique, statistique et mathématiques), ces deux thématiques sont biologiquement lointaines. Elles se rejoignent dans l’intérêt qu’elles portent à l’étude de l’évolution d’un phénotype dans des populations d’individus. Ce phénotype est dans notre cas en relation avec des problèmes de santé publique. En cohérence avec les priorités nationales et dans la suite du contrat programme 2016-2019, nous avons choisi de nous investir de manière plus importante sur trois thématiques centrales qui sont : le cancer, les maladies infectieuses et la médecine personnalisée. La puissance d’impact que généreront ces expertises facilitera à moyen terme le développement de projets d’essais cliniques où seraient collectés - à partir de cohortes importantes de patients - des données de génomique, de suivi cliniques et épidémiologiques. Le savoir-faire en médecine personnalisée permettra de fédérer ces connaissances afin de mettre en place un ensemble d’outils d’aide à la décision pour la mise en place de traitements précis et/ou innovants. Bien qu'elle sera facilitée, cette interaction reste néanmoins tributaire d’investissements conséquents pour générer des données sur des cohortes importantes de patients. Ces priorités n’excluent pas un investissement sur d’autres thématiques que nous jugeons importantes et porteuses, comme l’étude et la modélisation du microbiote. Nos trois équipes ont la particularité d’être à l’interface des disciplines numériques et des sciences de la vie et de s’intéresser à des problèmes de santé publique. Ceci offre à la fois un aspect intégratif à la recherche en biologie et une multidisciplinarité technique essentielle pour la maîtrise des processus multifactoriels, multidirectionnels et multi-échelles des biosystèmes complexes. Nos équipes visent à développer des protocoles permettant la transformation des données biologiques brutes disponibles en informations structurées et compréhensibles. Ils visent également à développer des systèmes d’aide à la décision pour une meilleure gestion et contrôlabilité des systèmes/problèmes biologiques étudiés/abordés. La diversité des approches présentées fournit une multitude de méthodes d’abstraction permettant de parvenir à une meilleure compréhension des phénomènes biologiques. Ces procédures aident fortement à trouver des composantes fondamentales (complémentaires et interactives) et des dénominateurs communs intégrant plusieurs aspects, problématiques et hypothèses biologiques que la modélisation se charge de formaliser et de maîtriser. La diversité des problèmes biologiques est maîtrisée ici grâce à une multitude de techniques mathématiques, statistiques ou informatiques sélectivement appliquées ou développées
- 97. selon l’orientation desquestions soulevées. Au-delà des questions cliniques, les analyses calculatoires, formelles et algorithmiques dans le domaine de santé s’étendent à des thématiques en rapport avec la pharmacologie, la nutrition et l’environnement. Afin de créer des conditions qui favorisent la pérennité du laboratoire, nous avons mis en application les décisions prises lors du premier contrat programme à savoir (1) une alternance dans la direction du laboratoire et (2) une gestion des dépenses basée sur le rendement des chercheurs de l’année précédente. Quatre (4) mots clés spécifiques du LR : bioinformatique, biomathématiques, biostatistique, génie biomédical PROJET 1 : Bioinformatique en santé publique Responsable : Alia Benkahla Durant les 20 à 30 dernières années, partout dans le monde ont été générées une quantité croissante de nouvelles connaissances et de nouvelles données complexes portant sur les organismes, leurs génomes, leurs biomolécules, leurs microbes, leurs interactions et leur évolution. Cette situation particulière a créé un besoin croissant en approches informatiques pour la manipulation, le stockage, la visualisation, l’organisation, la comparaison et la diffusion de connaissances relatives à ces données. La bioinformatique est à l’interface des sciences de l'ingénieur (l’informatique et les mathématiques) et des sciences de la vie (biochimie, biologie, microbiologie, écologie, épidémiologie). Elle joue notamment un rôle central dans la recherche biomédicale que cela soit dans le cadre des maladies transmissibles que dans le cadre des maladies non transmissibles. Actuellement, le développement d’approches bioinformatiques visant à améliorer la santé humaine révolutionnent la médecine aussi bien au niveau des maladies transmissibles qu’au niveau des maladies non transmissibles. Ce développement a donné plus d’ampleur à l’engouement autour de la bioinformatique et le nombre de maladies traitées grâce à la digestion des données citées ci-dessus est en explosion. Les approches de séquençage de nouvelle génération (NGS) sont massivement utilisées pour identifier les polymorphismes génétiques qui contribuent à la susceptibilité à des maladies multifactorielles représentant un problème de santé publique (ie: maladies infectieuses, maladies métaboliques, cancers). Le séquençage et l'interprétation des génomes dans le cadre d'études visant à améliorer la prise en charge des malades sont de plus en plus courants. L’Afrique du Nord en général (et la Tunisie en particulier) abrite un patrimoine génétique, un microbiote, ainsi qu'une flore, et une faune qui lui sont propres et qui sont malheureusement encore mal connus, du moins pas de manière systématique. Le développement d’outils permettant une meilleure compréhension et l’exploration de la diversité génétique et microbiologique offre une opportunité incontestable pour une compréhension plus approfondie de la susceptibilité et de la résistance aux maladies transmissibles et non-transmissibles. Ces outils permettent aussi de rendre plus accessible des diagnostics plus précis, de nouveaux médicaments et des médicaments de précision. C’est dans ce cadre que s’inscrit le projet 1” du laboratoire BIMS. Lors du contrat programme présenté par le laboratoire BIMS durant la période 2016-2019, le projet 1 intitulé « Génomique fonctionnelle » a permis d’apporter de nouvelles connaissances en terme d’identification de gènes candidats et biomarqueurs associés à certains phénotypes étudiés incluant la drépanocytose, le cancer, la résistance aux radiations ionisantes et à la dessiccation chez des microorganismes mais aussi l’analyse de l’annotation de nouveaux génomes bactériens à potentiel biotechnologique et industriel ainsi que l’étude épidémiologique et phylogéographique de virus (example : HCV2 et HCV-1b). Durant cette période, ce projet a permis la publication d’une quinzaine d’articles scientifiques dans des journaux impactés, l’encadrement de plusieurs étudiants en mastères et thèses de doctorat (2 soutenances de mastères et une soutenance de thèse) ainsi que l’élaboration d’un brevet national en collaboration avec le CBS (Centre de Biotechnologie de Sfax) et l'Édition d’un livre intitulé « Transcriptional and post-transcriptional regulation». Dans cette optique, on propose de changer l’intitulé de ce projet par le SOUS-PROJET 1.1 intitulé « La biologie intégrative appliquée aux maladies infectieuses » pour le contrat programme 2020-2023 pour se focaliser essentiellement sur l’étude des maladies infectieuses. Le SOUS-PROJET 1.2 est une nouvelle thématique qui s’est développée au laboratoire durant le contrat programme 2016-2019 et qui a découlé directement des financements obtenus par le groupe et par des collaborateurs du groupe (projet Mérieux et projet CIC Microbiome coordonné par le Laboratoire de Parasitologie de l’IPT). On notera que les membres du SOUS-PROJET 1.2 ont étés accrédités “H3ABioNet 16S rRNA diversity node assessment exercise”, ce qui implique qu’ils ont effectué un exercice d’analyse de données 16S, qu’ils ont soumis le rapport de l'exercice à un comité d’expert et que ce dernier a validé leurs exercise. Le SOUS-PROJET 1.3 de « Médecine Personnalisée » est la continuité du 3ème projet du contrat programme 2016-2019. Durant
- 98. cette période, nousavons déblayé les différentes techniques existantes et chercher les données nécessaires pour faire de la médecine de précision. Les résultats obtenus ont soulevé beaucoup d'enthousiasme et bénéficié de beaucoup d’encouragement de la part des différents membres du Conseil Scientifique Externe de l’IPT lors de la dernière réunion (Avril 2019). SOUS-PROJET 1.1 : Biologie intégrative appliquée aux maladies infectieuses. Responsable : Kais Ghedira Ce projet vise à utiliser une approche intégrative des données omiques disponibles publiquement ou générés par nos collaborateurs afin de : (i) comprendre les mécanismes d'interactions hôtes- pathogènes et prédire les gènes pouvant être impliqués dans ces interactions, (ii) utiliser les approches de bioinformatique structurale pour modéliser ces interactions prédites (iii) identifier une signature moléculaire spécifique à chaque pathogène qui aidera au diagnostic et (iv) identifier des cibles thérapeutiques et améliorer les résultats cliniques. Dans ce cadre le groupe a travaillé sur la prédiction des interactions hôte humain - Plasmodium falciparum 3D7 pour prédire les intéractions protéines protéines et des marqueurs chez le parasite pouvant faire l’objet de cibles thérapeutiques (Travail publié dans le journal Biomed Research International). Un projet de mastère portant sur la prédiction des interactions hôte - Mycobacterium tuberculosis a été soutenu en Décembre 2020 par l’étudiante Chaima HKIMI. Un article relatif à ce travail a été soumis. Le groupe a pu décrocher un financement dans le cadre du “Projet d’Encouragement Jeunes Chercheurs (PEJC)” sur un projet relatif à l’étude de la theilériose bovine et l’identification de nouvelle molécule mimant la buparvaquone et active contre les parasites T. annulata résistantes. Ce projet se fait en collaboration avec l’école nationale de médecine vétérinaire de Sidi Thabet et le partenaire Biomics de l’Institut Pasteur Paris et le Centre de Régulation Génomique de Barcelone (CRG). Un projet PRF (Projet de recherche Fédéré) portant sur l’interaction hôte humain SARS-CoV-2 (Virus de la COVID-19) a été obtenu et nous a permis de séquencer plusieurs génomes de SARS-CoV-2 et identifier les variants circulant en Tunisie dans le cadre de l’effort national contre la pandémie. Le groupe a aussi participé au développement de primers qui ciblent une région du gène S codant pour la protéine Spike permettant de détecter très rapidement les nouveaux variants qui circulent en Tunisie avant de les valider par séquençage de génomes complets utilisant la technologie NGS. Plusieurs travaux sur le SARS-CoV-2 impliquant les membres du groupe ont été publiés. SOUS-PROJET 1.2 : Analyses bioinformatiques d’écosystèmes microbiologiques Responsable : Oussema Souiai Au cours de l’année universitaire 2020, des progrès substantiels ont été réalisés dans le du projet. En effet, les travaux de thèse de l’étudiante Mariem Hanachi autour la caractérisation génomique de souches de streptocoques ont été valorisés et publiés dans la revue à comité de lecture Bioinformatics and biology insights. Par ailleurs, une collaboration avec le laboratoire LR20IPT03 a permis de mettre en évidence les Origines historiques et potentiel zoonotique du virus de l'influenza aviaire H9N2 en Tunisie révélés par une analyse bayésienne et une caractérisation moléculaire. Une publication dans la revue “Archive in virology”a marqué cette collaboration pasteurienne. SOUS-PROJET 1.3 : Médecine de précision pour la santé publique Responsables : Alia Benkahla, Sonia Kechaou-Cherif, Ines Abdeljaoued-Tej Trois livrables avaient été proposés pour atteindre les objectifs de ce projet : Livrable 1: Développer des outils d’aide à la décision pour le traitement du cancer. Nous avons développé deux approches de classification utilisant l'intelligence artificielle pour prédire des maladies complexes à partir de données SNP. Les méthodes développées ont été évaluées sur des données provenant d'individus ayant des origines ancestrales différentes et des données provenant d’individus ayant divers cancers, nos résultats expérimentaux ont montré l'efficacité de ces méthodes. Trois articles ont été soumis dans ce contexte. Par ailleurs, en rassemblant et en analysant les taux d'incidence et de mortalité des 10 cancers les plus fréquents et les plus meurtriers en Afrique sur une période de 16 ans (2002-2018) nous avons montré que: (1) le continent africain souffre d'un manque d'équipements médicaux, de ressources de recherche et d'expertise épidémiologique; et (2) permis d'identifier des options préventives et thérapeutiques spécifiques en Afrique qui doivent être mises en œuvre pour lutter contre cette maladie. Les méthodes développées et les informations acquises pourront ensemble permettre d’atteindre les objectifs de ce livrable. Livrable 2 : Prédiction des cibles thérapeutiques et in silico drug repurposing. Dans le cadre de H3ABioNet, une revue des études de pharmacogénétique clinique réalisées dans les populations africaines a permis de répertorier les associations pharmacogénétiques ayant émergé des études africaines, et de lister les lacunes existantes dans les connaissances. Cette revue a été soumise et acceptée pour publication (PMID : 32125935). Par ailleurs, une approche intégrative pour le repositionnement de médicaments contre des protéines de la bactérie Mycobacterium tuberculosis et
- 99. le parasite Plasmodiumfalciparum identifiés dans le cadre du SOUS-PROJET 1.1 ont été initiées. Une publication en cours de finalisation est en cours et sera soumise très prochainement. Livrable 3 : Développer outil d’aide à la décision pour le traitement de la rage. Dans ce cadre, un hackathon en ligne a été organisé pour le développement de solutions digitales pour la gestion des chiens errants et la sensibilisation à la lutte contre la rage. Une des solutions élaborées a été sélectionnée pour un développement ultérieur. Projet 2 : Modélisation et analyse mathématique et informatique des interactions Individu- Population Responsable : Slimane Ben miled Les systèmes complexes sont des systèmes présentant un grand nombre d’entités en interaction. Ils recouvrent aussi bien les systèmes naturels de la cellule jusqu’à l’écosphère, que les systèmes artificiels sophistiqués dont l’homme s’entoure. Ces systèmes résultent souvent de processus d’évolution et d’adaptation. Ils présentent de plus des propriétés émergentes : le niveau microscopique sous -jacent fait émerger des formes organisées au niveau macroscopique, qui à son tour influence le niveau microscopique. Les interactions locales et globales peuvent ainsi se conjuguer dans la description de leurs dynamiques. La compréhension des systèmes complexes passe par leur modélisation. Leurs modèles sont doublement contraints par les règles habituelles de la science : ils doivent fournir une reconstruction des données observées tout en étant aussi parcimonieux que possible. La science des systèmes complexes peut donc faire intervenir différents types de modélisation, comme par exemple, les systèmes multi-agent, les systèmes dynamiques, les équations aux dérivées ordinaires et partielles des mathématiques, les systèmes discrets et les automates cellulaires de l’informatique, etc. Notre but est de proposer un cadre mathématique et informatique pour la conception et la simulation de systèmes complexes issus de l’écologie et de l’épidémiologie en utilisant une approche multi-échelle : au moins deux modèles, l'un au niveau microscopique (individuel) et l'autre macroscopique (population) définis à des échelles d'espace et de temps différents. SOUS-PROJET 2.1 : Cancer comme un exemple interaction individu-population : Responsable : Dr. Amira Kebir Equipe : Slimane Ben miled, Amira Bouhali, Ghassen Hadded. Ce projet concerne la mise en place d’une plate-forme d’aide à la décision pour le choix des traitements du cancer. On s’intéresse surtout à la compréhension, la lutte et le contrôle du cancer dans son environnement par modélisation mathématique. Durant l’année universitaire 2020, on a travaillé essentiellement sur : Défis 1 : La finalisation d’un travail intitulé “Optimal control model of tumor treatment in the context of cancer stem cell”. Ce travail rentre dans le cadre des nouvelles tendances thérapeutiques, où nous qualifions le cancer comme une maladie chronique qui doit être traitée comme toute autre maladie chronique. L’objectif majeur est d’identifier un calendrier optimal pour l’administration des agents thérapeutiques en utilisant la théorie du contrôle optimal. Durant cette année, on a travaillé́ essentiellement sur l’étude du contrôle singulier de ce modèle. Ce travail a été́ resoumis au journal Mathematical Biosciences and Engineering après une demande de révision majeure. Défis 2 : Ce travail s’inscrit dans la continuité́ du défi précédent dans la mesure où le modèle a été étendu de manière à ce qu’il prend en considération d’autres phénomènes biologiques telle que la dédifférenciation des CSC, ce qui nous a permis de modéliser la résistance au traitement et l’adaptation de la tumeur. Pour ce modèle on a travaillé essentiellement sur l’analyse mathématique . Les différentes étapes de ces deux défis sont respectivement conçues dans le cadre de la thèse de : Melle. Amira Bouhali doctorante en première année de thèse de doctorat à l’Université́ de Tunis El Manar, Tunisie (sous la direction de Pr. Slimane Ben Miled et Dr. Amira Kebir). Cette thèse concerne la modélisation et l’analyse mathématique de l’évolution du cancer dans le contexte du modèle hiérarchique et optimisation des traitements. Ce travail rentre dans le cadre d’une collaboration entre Dr. Amira Kebir et Pr. Slimane Ben Miled du laboratoire BIMS de l’Institut Pasteur de Tunis (IPT), Pr. Med Samir Boubaker du Laboratoire d’Anatomie Pathologique Humaine et Expérimentale de l’IPT et Pr. Joel S. Brown de Moffitt Cancer Center de l’Université de Florida. SOUS-PROJET 2.2 : Les modèles multi-agent pour la santé : Responsable : Dr. Dorra Louati Equipe : Slimane Ben miled, Cyrine Chenaoui, Wajdy Zaatour, Dhafer Ferchichi. Les maladies infectieuses constituent un problème de santé publique dans le monde. On estime que 75% des maladies infectieuses humaines proviennent d’un réservoir animal, la majorité étant causée par des virus ou des parasites (Taylor et al., 2001). Parmi ces maladies, on trouve par exemple la leishmaniose et la rage avec 350 millions de personnes exposées au risque de contracter la
- 100. leishmaniose et quelques2 millions de nouveaux cas déclarés chaque année (OMS, 2010). La rage cause 59000 décès chaque année dans la majorité en moins de 15 ans, pour la plupart en Afrique et en Asie. En Tunisie, les formes viscérales et cutanées de la leishmaniose sont les plus fréquentes (Ben Salah et al., 2007). Le Psammomys obesus et le Meriones shawi sont deux espèces locales de rongeurs connues pour en être les réservoirs principaux. Les comportements, les mobilités et les caractéristiques physiologiques de ces rongeurs influent sur la diffusion spatiale et temporelle de l’épidémie (Ghawar et al., 2011). D’un autre côté, la rage animale sévit en Tunisie de façon azootiques. Malheureusement, le nombre de cas a nettement augmenté pendant les 8 dernières années (de 121 cas confirmés positifs en 2010 à 380 cas en 2018). Malgré les efforts déployés pour éliminer cette maladie, des cas de rage humaine continuent à être recensés à raison de 6 cas par an en moyenne. Dans ces deux pathologies, la dynamique spatiale des animaux est extrêmement importante pour la compréhension de la transmission de ces maladies. De par la nature du mode de transmission, le paradigme multi-agent s’adapte parfaitement à la modélisation de la dynamique des hôtes afin d’étudier la transmission de la maladie. Un agent peut être perçu comme un système dynamique possédant sa propre dynamique interne, ayant un ensemble de perceptions et qui possède un ensemble d'actions. Ses actions influencent et sont influencées par son environnement. Dans ce sous-projet, notre objectif est l'étude de l'effet de la dynamique des individus sur l'émergence des caractéristiques au niveau de la population en nous plaçant au niveau de l'échelle individuelle. Dans ce contexte, les modèles mathématiques et informatiques (principalement multi-agent spatialisé) présentent un intérêt majeur pour la compréhension des phénomènes spatio-temporels observés d’une part, et la constitution d’outils d’aide à la décision permettant, par exemple, l’évaluation de scénarios opérationnels d’autre part. Le but est la construction d’une plateforme de modélisation conceptuelle et réelle qui permettra, d’un côté, de comprendre et de prédire la propagation de ces deux maladies. Cette plateforme sera appuyée par un système de gestion des données géographique (GIS) qui permettra de centraliser et de visualiser les données disponibles collectées par les différents intervenants, et aidera à la prise de décision en matière de prévention et à l’orientation des politiques de lutte. SOUS-PROJET 2.3 : interaction physio-écologie : Responsable : Pr. Slimane Ben Miled Equipe : Amira Kebir, Amira Bouhali, Walid Ben Aribi, Bachir Neffeti Covid : La pandémie de COVID-19 a touché tous les pays du monde et la Tunisie ne fait pas exception. En outre, le fait d'être un pays à revenu intermédiaire a rendu la situation encore plus délicate, car la stratégie de confinement s'est révélée totalement inopportune en raison de la pression économique. Il était donc impératif d'opter pour d'autres stratégies telles que la distanciation sociale, le dépistage et le port de masques. Cela a également mis en évidence la nécessité de mieux comprendre la dynamique de la maladie. Les ressources limitées ont également motivé la recherche de solutions optimales. En 2020, on a travaillé essentiellement sur les défis suivants : Défis 1 Évaluer les politiques de contrôle du COVID-19 en Tunisie et comprendre l'effet des différentes stratégies de détection, de quarantaine et de confinement et de la règle des patients asymptomatiques sur la propagation du virus dans la population tunisienne. Pour cela, nous avons développé et analysé un modèle mathématique et épidémiologique pour le COVID- 19 en Tunisie. Dans ce travail on a calibré les différents paramètres du modèle à partir des données tunisiennes, on a calculé l'expression du nombre de reproductions de base R0 en fonction des paramètres du modèle et, enfin, on a effectué des simulations d'interventions et comparé différentes stratégies de suppression et de contrôle de l'épidémie. Comme résultat on prouve que durant la première vague, les politiques de contrôle de la Tunisie sont efficaces pour le dépistage des personnes infectées et asymptomatiques. Ce travail a été soumis en 2020 au journal of Public health in Africa et accepté en 2021: “Slimane BenMiled and Amira Kebir, Simulations of the spread of COVID-19 and control policies in Tunisia, The Journal of Public Health in Africa, Under press”. Défis 2 fournir des valeurs optimales de port de masque et de dépistage afin de contenir la maladie. À cette fin, un modèle contrôlé Susceptible, Infectieux, Récupéré et Décédé (SIRD) a été développé. La première partie a été consacrée à l'étude de la dynamique de la maladie via l'étude du modèle SIR. Cela a permis de mieux comprendre la façon dont elle se propage. La seconde partie comportait l'étude du contrôle optimal réalisé pour minimiser les coûts, tant économiques qu’humains. L’objectif est de minimiser le nombre de décès induits par la maladie avec des coûts de dépistage et de port de masques minimaux dans deux cas : coût de masque variable et constant. La troisième partie est consacrée aux simulations numériques et à leur discussion. Les simulations ont été réalisées pour le cas du port de
- 101. masque constant puisquec'est la stratégie choisie par la Tunisie dont les données ont été utilisées. Cette dernière partie a permis de visualiser les résultats fournis par l'étude de contrôle optimal ainsi que de tester l'effet de différents seuils maximaux de dépistage sur le nombre de décès. Les résultats encouragent à fixer une valeur de dépistage maximale un peu plus élevée, surtout que combinée à un port de masque élevé, cela présente une possibilité de contenir complètement la maladie. Les résultats sont très pratiques et pourraient être d'une très bonne utilité pour les pays à revenus moyens et faibles. PROJET 3 : Métabolomique Computationnelle Responsable : Nabil Semmar Durant l’année 2020-2021, et dans le cadre du projet "Métabolomique Computationnelle", les recherches en biostatistique dirigées par Pr. Nabil Semmar se sont focalisées sur des analyses de tendances structurelles et fonctionnelles de molécules végétales caractérisées par diverses activités pharmacologiques. Trois travaux de recherche (1-3) ont été réalisés dont deux acceptés en fin 2020 et un en cours de révision :(1) Analyses des effets de génines et des groupements chimiques de substitution chez les flavonoïdes sur plusieurs activités pharmacologiques, et plus particulièrement antidiabétique et anti-inflammatoire (travail publié en 2021). (2) Simulations des tendances séquentielles de substitutions chimiques des atomes de carbones chez les saponines (métabolites apparentés aux stéroïdes) de Caryophyllaceae (travail publié en 2021). (3) Analyse de tendances structures-activités chez les peptides antimicrobiens (AMPs) mettant en évidence des effets fonctionnels d’acides aminés constitutifs d’AMPs sur l'activité anti-Pseudomonas aeruginosa (travail en cours de révision après soumission). Au niveau pédagogique, M. Nabil Semmar a organisé des cours de biostatistique en avril-mai 2021 à l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Terre (EDSVT) à la Faculté des Sciences de Tunis attirant plus de 150 doctorants de la 1ère à la 5ème année. Liste des travaux de recherche réalisés en 2020 et publiés en 2021 (en coopération avec le Département de Chimie de l’Université d’Islamabad, Pakistan) : 1. Zouaoui, S., Farman, M., Semmar, N., 2021. Review on structural trends and chemotaxonomical aspects of pharmacologically evaluated flavonoids. Current Topics in Medicinal Chemistry 21, 628-648. 2. Hammami, A., Farman, M., Semmar, N., 2021. Highlighting aglycone dependent glycosylation aspects in Caryophyllaceae saponins by a simplex simulation approach. Current Topics in Medicinal Chemistry 21, 612-627. Liste des publications : Publications indexées et impactées : 1 Charfeddine, C., Dallali, H., Abdessalem, G., Ghedira, K., Hamdi, Y., Elouej, S., … Mokni, M. (2020). Identification of a CDH12 potential candidate genetic variant for an autosomal dominant form of transgrediens and progrediens palmoplantar keratoderma in a Tunisian family. Journal of Human Genetics, 65(4), 397–410. https://doi.org/10.1038/s10038-019-0711-4 2 Othman, H., Bouslama, Z., Brandenburg, J. T., da Rocha, J., Hamdi, Y., Ghedira, K., … Hazelhurst, S. (2020). Interaction of the spike protein RBD from SARS-CoV-2 with ACE2: Similarity with SARS-CoV, hot-spot analysis and effect of the receptor polymorphism. Biochemical and Biophysical Research Communications, 527(3), 702–708. https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2020.05.028 3 Ktari, S., Ksibi, B., Ghedira, K., Fabre, L., Bertrand, S., Maalej, S., … Hammami, A. (2020). Genetic diversity of clinical Salmonella enterica serovar Typhimurium in a university hospital of south Tunisia, 2000–2013. Infection, Genetics and Evolution, 85. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104436 4 Guesmi, S., Nouioui, I., Pujic, P., Dubost, A., Najjari, A., Ghedira, K., Normand, P. (2020). Draft genome sequence of Promicromonospora panici sp. nov., a novel ionizing-radiation-resistant actinobacterium isolated from roots of the desert plant Panicum turgidum. Extremophiles. https://doi.org/10.1007/s00792-020-01207-8 5 Al-Gallas, N., Khadraoui, N., Hotzel, H., Tomaso, H., El-Adawy, H., Neubauer, H., Aissa, R. B. (2020). Quinolone resistance among Salmonella Kentucky and Typhimurium isolates in Tunisia: first report of Salmonella Typhimurium ST34 in Africa and qnrB19 in Tunisia. Journal of Applied Microbiology. https://doi.org/10.1111/jam.14822 6 Trifi, H., Najjari, A., Achouak, W., Barakat, M., Ghedira, K., Mrad, F., Sghaier, H. (2020). Metataxonomics of Tunisian phosphogypsum based on five bioinformatics pipelines: Insights for bioremediation. Genomics, 112(1), 981–989. https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2019.06.014 7 Ksibi, B., Ktari, S., Othman, H., Ghedira, K., Maalej, S., Mnif, B., Hammami, A. (2020). Comparison of conventional molecular and whole-genome sequencing methods for subtyping Salmonella enterica serovar Enteritidis strains from Tunisia. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. https://doi.org/10.1007/s10096-020-04055-8
- 102. 8 Mhadhbi, M.,& Sassi, A. (2020). Infection of the equine population by Leishmania parasites. Equine Veterinary Journal, 52(1), 28–33. https://doi.org/10.1111/evj.13178 9 Ayouni, K., Naffeti, B., Ben Aribi, W., Bettaieb, J., Hammami, W., Ben Salah, A., Triki, H. (2020). Hepatitis a virus infection in Central-West Tunisia: An age structured model of transmission and vaccination impact. BMC Infectious Diseases. https://doi.org/10.1186/s12879-020-05318-7 10 Romdhane, L., Bouhamed, H., Ghedira, K., Ben Hamda, C., Louhichi, A., Jmel, H., Rebai, A. (2020). The morbid cutaneous anatomy of the human genome revealed by a bioinformatic approach. Genomics, 112(6), 4232–4241. https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2020.07.009 11 Choudhury, A., Aron, S., Botigué, L. R., Sengupta, D., Botha, G., Bensellak, T., Hanchard, N. A. (2020). High-depth African genomes inform human migration and health. Nature, 586(7831), 741–748. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2859-7 12 Louati, D., BenMiled, S., & Saoud, N. B. Ben. (2020). HermaDEB: An evolutionary IBM for energy allocation in hermaphrodites. Ecological Modelling, 424(August 2019). https://doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2020.109008 13 Arbi, M., Souiai, O., Rego, N., Larbi, I., Naya, H., Ghram, A., & Houimel, M. (2020). Historical origins and zoonotic potential of avian influenza virus H9N2 in Tunisia revealed by Bayesian analysis and molecular characterization. Archives of Virology, 165(7), 1527–1540. https://doi.org/10.1007/s00705- 020-04624-4 14 Ghedira, K., Hamdi, Y., El Béji, A., & Othman, H. (2020). An Integrative Computational Approach for the Prediction of Human- Plasmodium Protein-Protein Interactions. BioMed Research International, 2020. https://doi.org/10.1155/2020/2082540 15 Ghedira, K., Kouidhi, S., Hamdi, Y., Othman, H., Kechaou, S., Znaidi, S., Rabhi, I. (2020). Pathway maps of orphan and complex diseases using an integrative computational approach. BioMed Research International, 2020. https://doi.org/10.1155/2020/4280467 16 Bussotti, G., Benkahla, A., Jeddi, F., Souiaï, O., Aoun, K., Späth, G. F., & Bouratbine, A. (2020). Nuclear and mitochondrial genome sequencing of north-african leishmania infantum isolates from cured and relapsed visceral leishmaniasis patients reveals variations correlating with geography and phenotype. Microbial Genomics, 6(10), 1–12. https://doi.org/10.1099/mgen.0.000444 17 Radouani, F., Zass, L., Hamdi, Y., Rocha, J. Da, Sallam, R., Abdelhak, S., Mulder, N. (2020). A review of clinical pharmacogenetics Studies in African populations. Personalized Medicine, 17(2), 155– 170. https://doi.org/10.2217/pme-2019-0110 Hanachi, M., Kiran, A., Cornick, J., Harigua-Souiai, E., Everett, D., Benkahla, 18 A., & Souiai, O. (2020). Genomic Characteristics of Invasive Streptococcus pneumoniae Serotype 1 in New Caledonia Prior to the Introduction of PCV13. Bioinformatics and Biology Insights, 14, 1177932220962106. https://doi.org/10.1177/1177932220962106 19 El Jeni, R., Ghedira, K., El Bour, M., Abdelhak, S., Benkahla, A., & Bouhaouala-Zahar, B. (2020). High-quality genome sequence assembly of R.A73 Enterococcus faecium isolated from freshwater fish mucus. BMC Microbiology, 20(1), 1–21. https://doi.org/10.1186/s12866-020-01980-8 20 Ben Miled, S., Kebir, A., BenMiled, S., & Kebir, A. (2020). Simulations of the spread of COVID-19 and control policies in Tunisia. Journal of Public Health in Africa, 2020.05.02.20088492. https://doi.org/10.4081/jphia.2021.1420 Autres publications- 1 Abdeljaoued-Tej Ines. (2020). COVID-19 data analysis and modeling in Palestine. MedRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.04.24.20078279 2. Abdeljaoued-Tej I., Houichi M., Jannadi M., & Bendriss K. (2020).Application of KPI forecasting methods for engineering recruitment. In International, Academic Conference on Contemporary Discussions and Social Science Studies (pp. 29–38). Retrieved from www.mirdec.com 3 Abdeljaoued-tej, I., & Dhenain, M. (2020). Estimation of Tunisia COVID-19 infected cases based on mortality rate. MedRxiv, 744, 2020.04.15.20065532. https://doi.org/10.1101/2020.04.15.20065532 4 Abdeljaoued-Tej Ines. (2020). Mathematical modelling of reported and unreported COVID-19 infected cases. MedRxiv. Retrieved from https://doi.org/10.1101/2020.05.21.20108621 5 Abdeljaoued-Tej, I. (2020). Contribution De L’apprentissage Automatique Et De La Fouille De Textes À La Construction De Systèmes D’information Pour Exploitants Agricoles. European Scientific Journal ESJ, 16(12). https://doi.org/10.19044/esj.2020.v16n12p83 Liste des projets obtenus en 2020 -RIIP, REPAIR, PI: PR.Slimane Ben Miled -MERST (PRF), TriOMICS-CoV : Etude de la susceptibilité génétique au SARS-CoV-2 dans la population Tunisienne et étude des intéractions hôtes pathogènes, CO-PI.Dr. Kais Ghedira.
- 103. -MERST(PEJC), Identification d’unemolécule pour vaincre la théileriose bovine, PI : Dr. Kais Ghedira. Les chiffres clés en 2020 4 Conférences 12 Vacations et Cours rémunérés donnés en 2020 4 Participation à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger en 2020 5 Participation à des Commissions Nationales et Internationales en 2020 2 communications orales et affichées dans des congrès internationaux en 2020 21 Publications dans des revues internationals 6 Projets en cours 5 Projets obtenus en 2020 1 Organisation ou contribution à l’organisation de Réunions et d'Événements Scientifiques Nationaux en 2020 6 Diplômes soutenus 6 en cours Laboratoire de recherche en Virus, Vecteurs et Hôtes : Approche « One Health » et innovations technologiques pour une santé meilleure Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Ali Bouattour Biologiste principal Hinda Triki Professeur Hospitalo- universitaire Azouz Ahmed Msadek Professeur Hospitalo- universitaire Hôpital Maamouri Nabeul, Fac Med Tunis Lamia Ammari Professeur Hospitalo- universitaire Hôpital la Rabta, Tunis, Fac Med Tunis Ahmed Chabchoub Professeur Hospitalo- universitaire Ecole Nle Med. Vétérinaire Sidi Thabet Lamine Hamzaoui Professeur Agrégé Hôpital Maamouri Nabeul, Fac Med Tunis Youmna M'ghirbi Maître de Conférences universitaire Dorra Rezig Maître de Conférences universitaire ISSBAT Zeyneb Gharbi Assistant HU Ecole Nle Med. Vétérinaire Sidi Thabet Meriem Gdoura Assistant HU Sondes Haddad Maître Assistant Habilité Ben Dhifallah Imen Biologiste adjoint Anissa Chouikha Biologiste adjoint Fares Wasfi Biologiste adejoint Zied Bouslama Vétérinaire spécialiste Naouel Fatnassi Vétérinaire spécialiste Centre Nle de Veille Zoosanitaire Sana Masmoudi Pharmacienne en chef Hajer Aounallah Etudiante en Thèse Khaouther Ayouni Etudiante en Thèse Ghofrane Balti Etudiante en Thèse Wiem Ben Ayed Etudiante en Thèse Marwa Khedhiri Etudiante en Thèse
- 104. Asma Lamari Etudianteen Thèse Khadija Tebibi Etudiante en Thèse Khaoula Zouaghi Etudiante en Thèse Zeineb Belaiba Etudiant en Mastère Haifa Dhrif Etudiant en Mastère Rania El Haj Etudiant en Mastère Wiem Gasri Etudiant en Mastère Eya Hamdi Etudiant en Mastère HISTORIQUE Le laboratoire Virus, vecteurs et Hôtes : Approche One Health a été créé en novembre 2019, suite à l'appel émis par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique, Direction Générale de la Recherche Scientifique. Nous avons été évalués par le CNEAR le 1er décembre 2020 puis nous avons signé le contrat de création en mi-décembre 2020. THEMATIQUE ESSENTIELLES DE RECHERCHE Le programme de recherche de notre laboratoire s’inscrit dans le cadre des activités menées à l’Institut Pasteur de Tunis depuis plusieurs années sur les maladies infectieuses d’importance majeure en santé publique, notamment les maladies vectorielles et les viroses. Ces dernières figurent déjà parmi les principales causes de morbidité et de mortalité pour l’homme et les animaux. Le cycle de transmission des virus qui seront étudiés est souvent très complexe en raison de l’intervention de plusieurs acteurs (l’Homme, les animaux, les insectes…), mais également l’influence de facteurs environnementaux. La compréhension du fonctionnement de ces systèmes biologiques nécessite des études pluridisciplinaires approfondies de ce fait, notre laboratoire regroupe des biologistes, médecins, vétérinaires, entomologistes, pharmaciens, épidémiologistes…, ayant chacun ses propres objectifs spécifiques, mais qui se rejoignent pour une même vision. LES OBJECTIFS PRINCIPAUX • La surveillance épidémiologique des maladies virales (notamment émergentes). • L’étude des sources d’infection (vecteurs, animaux réservoirs et au niveau de l’environnement) selon le concept « One Health » ou ''une seule santé. Les projets inscrits dans notre laboratoire ont pour thématiques principales : • Surveillance épidémiologique et phylogénétiques des virus (notamment émergents) : virus de la poliomyélite, de la rougeole, de l’hépatite C et de l’hépatite B. Les virus émergents notamment celui de l’hépatite A, de l’hépatite E, de l’Entérovirus non poliomyélitiques (dont Entérovirus A-71), du Cosavirus humains, d’Adénovirus 31, du SARS-Cov2. • Analyse génétique poussée des virus détectés afin de suivre de manière attentive la circulation des variants viraux et leur résistance aux antiviraux. • Étude éco-biologique des arthropodes vecteurs potentiels de ces virus : moustiques, tiques puces et phlébotomes. • Etude des arbovirus : virus West Nile, virus de la fièvre de la vallée de Rift, virus Toscna, virus de la fièvre Crimée-Congo. • Étude des sources d’infection (animaux réservoirs et environnement) selon le concept « One Health » • Étude des sources d’infection (animaux réservoirs et environnement) selon le concept « One Health ». TRAVAUX RÉALISÉS EN 2020. Projet 1 : Surveillance des Arbovirus et pathogènes émergents vectorisés • Etude épidémiologique de la fièvre hémorragique de Crimée Congo (CCHF) et de la fièvre de la Vallée du Rift (RVF). Le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (CCHFV) et le virus de la fièvre de la Vallée du Rift (RVFV) sont à transmission vectorielle et répartis dans plusieurs régions du monde. En raison du
- 105. caractère émergeant deces deux virus, nous avons mené des investigations pour déterminer leur séroprévalence chez les bovins, les ovins et les caprins. Les sérums ont été analysés pour rechercher les anticorps dirigés contre le CCHFV (n=879 têtes) et le RVFV (n=699 têtes) en utilisant des tests immuno-enzymatiques compétitifs (cELISA) et des tests d'immunofluorescence indirecte (IIFA). La séroprévalence globale des anticorps IgG était de 8,6 % (76/879) et de 2,3 % (16/699) contre le CCHFV et le RVFV, respectivement. Les zones bioclimatiques, l'infestation par les tiques et la race étaient des L'âge et la saison étaient significativement associés à la séropositivité pour le RVFV chez les moutons. • Etude du rôle du hérisson comme réservoir de pathogènes. Nous avons mené des investigations pour détecter les pathogènes chez les hérissons Atelerix algirus et aussi chez les tiques et les puces qui les infestent et ce à l'aide d'un système de PCR en temps réel microfluidique à haut débit. Les biopsies prises sur des hérissons se sont révélées naturellement infectées par Theileria youngi, Hepatozoon sp., Ehrlichia ewingii, Coxiella burnetii et Candidatus Ehrlichia shimanensis. De même, les tiques Haemaphysalis erinacei et Rhipicephalus sanguineus, prélevées sur les hérissons, ont été infectées par Ehrlichia, Rickettsia, Borrelia, Coxiella et Anaplasma alors que les puces se sont révélées infectées par Rickettsia et Coxiella. • Caractérisation in silico et in vitro de la serpine isolée de la salive de la tique Hyalomma dromedarii. En raison de la spécificité unique des anticoagulants extraits des arthropodes hématophages, nous nous sommes intéressés à la salive de la tique Hyalomma dromedarii. Nous avons ainsi procédé par combiné des analyses in silico et in vitro pour caractériser la première serpine, issue du sialotranscriptome de cette tique. Les données in silico ont décrit la serpine comme une protéine sécrétée d'environ 43 kDa avec des propriétés inhibitrices prédites. La protéine recombinante a été exprimée chez E. coli, rigoureusement purifiée, et a été obtenue sous forme de monomère bien structuré puis testé à l'aide de tests de coagulation sanguine globale et d'agrégation plaquettaire. Avec cette approche, nous avons confirmé l'activité inhibitrice de la rDromaserpine sur la cascade de la coagulation, car elle retardait considérablement la coagulation du plasma dans un dosage du temps de céphaline activée. De plus, le profilage de l'activité protéolytique montre sa capacité à inhiber la thrombine dans une plage micromolaire, sans effet significatif sur le facteur Xa et le facteur XIIa. Projet 2 : Surveillance des arthropodes vecteurs dans les écosystèmes en évolutio • Surveillance du moustique tigre Le cycle de transmission des arbovirus est souvent très complexe et conditionné par le cycle des arthropodes vecteurs qui lui-même est intimement lié aux facteurs environnementaux notamment climatiques. Les changements globaux ont été à l’origine de la modification de la faune des arthropodes vecteurs. Au cours de cette année, nous avons mené des enquêtes entomologiques pour suivre l’évolution du moustique tigre (Aedes albopictus) qui a été observé dans la région de la Marsa pour la première fois en octobre 2018. Ce moustique est encore installé dans cette région mais nous l’avons également retrouvé à Tazarka (Nabeul). En collaboration avec l’Institut Pasteur de Paris, nous avons étudié la compétence vectorielle de ce moustique afin d'évaluer son rôle potentiel dans la transmission des virus de la Dengue, du virus Chikungunya et le virus Zika. Les résultats de cette étude on fait l’objet d’une publication dans le journal Plos Neglected Tropical Diseases, octobre 2020 (ci-joint une copie de la première page). • Le séroprévalence du virus West Nile chez les chevaux Parmi les mammifères domestiques, le cheval est le seul animal qui constitue l'hôte accidentel du Virus West Nile (VWN) et qui manifeste une atteinte neurologique. C'est pour cette raison que nous nous sommes intéressés à l'étude de la circulation du VWN chez les équidés au Sahel (M'saken, Monastir, Beni Hassen et Tebolba (85 équins prélevés) et dans la région de Ichkeul (86 équins prélevés). Le sérum prélevé a fait l’objet de recherche des anticorps anti-VWN qui sont les témoins d'un contact entre le VWN et l'équidé.La détection des IgG a été effectuée par le kit ELISA (ID Screen West Nile IgG). La séroprévalence retrouvée est de 44,7% chez les équins du Sahel et 55,8% chez ceux de la région de l’Ichkeul. Ces investigations ont été menées dans le cadre du mémoire de mastère de Mlle Rania El Hajj et la thèse de doctorat vétérinaire de Mlle Mariem Amara. Projet 3 : Etude des virus ciblés par des programmes national d’élimination
- 106. • Poliovirus. • Durantl’année 2020, le projet « Poliovirus Surveillance among Primary Immunodeficiency (PID) patients » financé par l’Organisation Mondiale de la Santé a été initié : Screening des souches virales dérivées de souches vaccinales chez les Immunodéprimés dans le but d’évaluer le risque de persistance après l’éradication. Identification et caractérisation génétique des souches excrétées par cette population. • Rougeole. • Lancement du projet STAMINA - Demonstration of intelligent decision support for pandemic crisis prediction and management within and across European borders, par l’optimisation d’une technologie loop lamp pour la détection rapide « au lit du malade » des virus de la Rougeole. • Hépatites C et B. • Dans le cadre de Caractérisation moléculaire fine des souches virales et suivi du programme national d’élimination et de contrôle, finalisation du projet InSpires : Génotypage des souches de l’hépatite C (HCV) chez les usagers de drogue par injection, par la rédaction d’un article. • Dans le cadre de l’étude du polymorphisme génétique des patients atteints d’hépatite chronique B avant et en cours de traitement, finalisation du projet du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique sur l’hépatite B (séquençage du génome complet) par la soutenance d’un master et rédaction d’un article. Projet 4 : Etude des virus nouveaux et ré-émergents • Virus de l’hépatite A • Lancement du projet InSpires- Boutique des Sciences de l’IPT- Etude des marqueurs des virus entériques chez des enfants scolarisés en milieu rural. Dans le cadre de ce projet, nous nous sommes proposés de rechercher les marqueurs sérologiques (IgM et IgG) du virus de l’hépatite A dans une population d’enfants scolarisés dans des établissements présentant de mauvaises conditions sanitaires. L’objectif spécifique étant de déterminer le statut immunitaire vis-à-vis du virus de l’hépatite A (VHA) par des tests immunoenzymatiques de type ELISA. Un dossier d’éthique a été soumis au Comité d’éthique de l’Institut Pasteur de Tunis. • Etude de l’épidémiologie de l’infection à VHA dans la population du Centre-Ouest Tunisien avec l’étude de la séroprévalence dans cette population, la mise place d’un modèle de transmission et l’étude de l’impact de la vaccination. Ce travail a fait l’objet d’une publication (Ayouni et al., 2020) et fait partie de la thèse de Melle Kaouther Ayouni récemment déposée. • Entérovirus non poliomyélitiques (dont Entérovirus A-71) Finalisation du projet PTR « Human Enterovirus A71 circulation and epidemic risk in Africa : characterisation and pathogenicity of new viral genogroups » par une publication parue en 2020. Ce travail collaboratif décrit le développement d’une nouvelle technique de PCR en temps réel en une seule étape pour la détection moléculaire des entérovirus A71. • Cosavirus humains • Finalisation de la mise ne place au laboratoire d’une technique PCR ciblant la région VP1 du génome viral pour l’identification et la caractérisation moléculaire des Cosavirus humains (HCoSVs). Dans ce travail, 27 séquences complètes de HCoSVs ont été obtenues à partir de prélèvements de selles issus de patients atteints de paralysie flasque aiguë et de leurs contacts sains. Ce travail a fait l’objet d’une publication parue en 2020 (Rezig et al., 2020) et a fait partie de la thèse de Doctorat de Melle Asma Lamari, intitulée « Détection et épidémiologie des Cosavirus humains » soutenue en novembre 2020. • Mise au point d’une technique de PCR en temps réel moyennant la méthode SYBR Green pour la détection des Cosavirus humains ; cette mise au point a fait l’objet d’un master soutenu en juillet 2020. • Adénovirus 31 Etude de la prévalence des Adénovirus chez les cas de Paralysie Flasque Aiguë et leurs contacts sain en Tunisie. Ce travail a fait l’objet d’un master soutenu en septembre 2020 • SARS-CoV-2 • Mise en place au laboratoire d’une paillasse de détection moléculaire du SARS-CoV-2 pandémique ; pour cela, le nouveau laboratoire de niveau de sécurité BSL3 a été aménagé
- 107. pour l’extraction dugénome viral à partir des prélèvements cliniques, principalement des écouvillons nasopharyngés. • Initiation de 3 projets PRF pour la Lutte contre la COVID-19, l’investigation génomique et métagénomique de l'interaction SARS-CoV-2-hôte dans la population Tunisienne et la mise en place de nanobioplateformes modulaires pour le diagnostic rapide du SAR S-CoV2. • Initiation d’un projet de prédiction et de prise en charge de la crise pandémique (STAMINA). • Démarrage d’un Projet RIIP visant à utiliser la technologie Crispr-Cas pour le diagnostic rapide de la COVID-19 Publications : Comparative genomic signature representations of the emerging COVID-19 coronavirus and other coronaviruses: High identity and possible recombination between Bat and Pangolin coronaviruses Rabeb Touati, Sondes Haddad-Boubaker2, Imen Ferchichi3, Imen Messaoudi, Afef Elloumi Ouesleti , Henda Triki, Zied Lachiri , Maher Kharrat Genomics 2020 Nov;112(6):4189-4202. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.07.003. Epub 2020 Jul 6. Development of a New Internally Controlled One-Step Real-Time RT-PCR for the Molecular Detection of Enterovirus A71 in Africa and Madagascar R. Volle, M.L Joffret , K. Ndiaye, M. D. Fernandez-Garcia, R. Razafindratsimandresy, J.M. Heraud, D.Rezig, et al. Front Microbiol 2020 Aug 14 ; 11:1907. doi: 10.3389/fmicb.2020.01907. eCollection 2020 Hepatitis a virus infection in Central-West Tunisia: an age structured model of transmission and vaccination impact Kaouther Ayouni, Bechir Naffeti , Walid Ben Aribi, Jihène Bettaieb, Walid Hammami, Afif Ben Salah, Hamadi Ammar, Slimane Ben Miled, Henda Triki BMC Infect Dis 2020 Aug 26;20(1):627. doi: 10.1186/s12879-020-05318-7. Hepatitis viruses take advantage of traditional practices to increase the burden of hepatocellular carcinoma in Tunisia Ines Dhifallah, Marwa Khedhiri, Anissa Chouikha, Ghassen Kharroubi, Walid Hammami , Amel Sadraoui , Mohamed Msaddek Azzouz, Nadia Maamouri , Tahar Khalfallah, Henda Triki , Pascal Pineau , Olfa Bahri . Arch Virol 2020 Jan;165(1):33-42. doi: 10.1007/s00705-019-04440-5. Epub 2019 Oct 19. Interaction of the spike protein RBD from SARS-CoV-2 with ACE2: Similarity with SARS-CoV, hot- spot analysis and effect of the receptor polymorphism. Othman H, Bouslama Z, Brandenburg JT, da Rocha J, Hamdi Y, Ghedira K, Srairi-Abid N, Hazelhurst S.Biochem Biophys Res Commun. 2020 Jun 30;527(3):702-708. doi: 10.1016/j.bbrc.2020.05.028. Epub 2020 May 14. Interleukin IL-1B gene polymorphism in Tunisian patients with chronic hepatitis B infection: Association with replication levels Imen Ben Dhifallah, Kaouther Ayouni, Ghofrane Najjar, Hanene Chelbi, Amel Sadraoui, Walid Hammami, Henda Touzi, Henda Triki . Microbiol Immunol 2020 Jul;64(7):512-519. doi: 10.1111/1348-0421.12774. Epub 2020 Jun 3. Les particularités de la néonatalogie chez l’ânon et le muleton. Chabchoub A. ; Le nouveau Praticien vétérinaire Equine, Vol 14, n°52,. Novembre 2020, 179, 51-56. Troubles cutanés chez 34 chevaux pur-sang arabes. Chabchoub A. ; El Gouli A. ; Lasfar F. Le nouveau praticien vétérinaire équine vol (15) hors-série dermatologie équine 2020.89-96. The recently introduced Aedes albopictus in Tunisia has the potential to transmit chikungunya, dengue and Zika viruses Chloé Bohers, Laurence Mousson, Yoann Madec, Marie Vazeille, Adel Rhim , Youmna M'ghirbi3, Ali Bouattour, Anna-Bella Failloux. PLoS Negl Trop Dis 2020 Oct 2;14(10):e0008475. doi: 10.1371/journal.pntd.0008475. eCollection 2020 Oct. Tick Salivary Compounds for Targeted Immunomodulatory Therapy Hajer Aounallah , Chaima Bensaoud, Youmna M'ghirbi, Fernanda Faria, Jindr Ich Chmelar, Michail Kotsyfakis. Front Immunol2020 Sep 23;11:583845. doi: 10.3389/fimmu.2020.583845. eCollection 2020. Typing of Human Cosaviruses by sequencing of full VP1: Update on global genetic diversity and identification of possible new genotypes circulating in Tunisia, North Africa
- 108. Dorra Rezig, AsmaLamari , Henda Touzi, Zina Meddeb, Henda Triki . Infect Genet Evol 2020 Mar ; 78 :104115. doi: 10.1016/j.meegid.2019.104115. Epub 2019 Nov 9. Spatio-temporal evolution of canine rabies in Tunisia, 2011-2016. Bouslama Z, Belkhiria JA, Turki I, Kharmachi H. Prev Vet Med. 2020 Dec;185:105195. doi: 10.1016/j.prevetmed.2020.105195. Epub 2020 Nov 1. PMID : 3321233 Liste des projets en cours en 2020 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Bionomics of zoonotic vector- borne pathogens in wild and domestic mammals in northwestern Tunisia, an endemic area for leishmaniasis: a perspective unique in health Youmna M'GHIRBI Projet collaborative interne IPT 40 000 D 2019- 2020 Projet InSpires- Boutique des Sciences de l’IPTEtude des marqueurs des virus entériques chez des enfants scolarisés en milieu rural. Hichem Ben Hssine Dorra Rezig du Laboratoire de recherche en Virus, Vecteurs et Hôtes : Approche « One Health » et innovations technologiques pour une santé meilleure. H2020- CE Environ-Mos ; ENVironmental changes and mosquito-borne diseases: the example of West Nile Bouattour Ali Projet financé par le réseau des Instituts Pasteur (IPT) 60 000 D Metagenomic investigation of arboviruses related to accute central nervous system Infections in Tunisian patients (MANSIT). Fares Wasfi PCI 40 000<D Liste des projets obtenus en 2020 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période STAMINA - Demonstration of intelligent Henda TRIKI Laboratoire de recherche en Virus, Vecteurs et Union Européenne 364 375 D 2020- 2021
- 109. decision support for pandemic crisisprediction and management within and across European borders. Hôtes : Approche « One Health » et innovations technologiques pour une santé meilleure. Les chiffres clés en 2020 5 Conférences 12 Vacations et Cours rémunérés donnés en 2020 1 Participation à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger en 2020 2 Participation à des Commissions Nationales et Internationales en 2020 3 communications orales et affichées dans des congrès internationaux en 2020 21 Publications (1 dans une revue Nationale et 12 dans des revues Internationales) 4 Projets en cours 1Projet obtenu en 2020 5 Diplômes soutenus, 6 en cours et 1 HDR 3 Formations continues en Tunisie ou à l’étranger 1 Organisation ou contribution à l’organisation de Réunions et d'Événements Scientifiques Nationaux
- 110. Services d’investigation cliniqueet de Santé Publique
- 111. Laboratoire d’Immunologie Clinique COMPOSITIONDE L’EQUIPE RESPONSABLE / CHEF DE SERVICE PAR INTERIM : Pr Mélika Ben Ahmed CADRES COLLABORATEURS: Yousr Galai, Professeur hospitalo-universitaire en Pharmacie Samar Samoud, Maitre de conférences hospitalo-universitaire en Médecine Ahlem Ben Hmid, Maitre de conférences hospitalo-universitaire en Médecine Imen Zamali, Assitante hospitalo-universitaire en Médecine COLLABORATEURS TECHNIQUES : Mme Hayet Kebaier, Technicienne supérieure et surveillante Mme Soumaya Marzouki, Technicienne supérieure Mme Ons Kammoun Technicienne supérieure Mme Ines Ben Sghaier, Technicienne supérieure contractuelle Melle Yousra Nasri, Technicienne supérieure Mr Walid Hamdi, Technicien supérieur Mr Mouldi Hidri, Technicien supérieur contractuel ETUDIANTS / STAGIAIRES: Résidents: Mr Dhiaeddine Edriss (1er semestre) Mr Mohamed Ali aroui (1er semestre) Melle Ines Chaibi (1er semestre) Melle Fatma Korbi (2ème semestre) Mme Maroua (2ème semestre) Mme Imtinène Ben Jha (2ème semestre) Mr Kahled Megdiche (2ème semestre) Mr Yassine Rekik (2ème semestre) Etudiants inscrits en Thèse de Médecine : Melle Hajer Lamari Etudiants inscrits en Mastère de recherche : Melle Oumayma Selmi AUTRES Mr Mehdi Maghraoui, personnel ouvrier INTRODUCTION / OBJECTIFS L’activité du laboratoire d’immunologie clinique est orientée principalement vers le diagnostic immunologique de deux grands groupes de pathologies, d’une part, les gammapathies monoclonales et d’autre part, les maladies auto-immunes systémiques et certaines maladies auto-immunes spécifiques d’organes telles que les hépatopathies auto-immunes, le diabète auto-immun et la maladie cœliaque. Récemment, l’arsenal des explorations des maladies auto-immunes a été complété par les explorations des atteintes neurologiques auto-immunes. Le laboratoire d’immunologie clinique assure également le suivi des patients infectés par le VIH et les patients atteints de SEP sous biothérapie par la détermination du taux des lymphocytes T CD4+ ainsi que le contrôle de qualité de certains vaccins et sérums thérapeutiques. Une nouvelle paillasse d’allergologie a vu le jour en 2020. Elle se distingue par l’utilisation d'un système d’analyse unique et automatisé basé sur la technologie ImmunoCAP, technologie plus performante que les tests semi-quantitatifs utilisés dans la plupart des laboratoires en Tunisie. Grace à ce système, la quantification des IgE spécifiques des allergènes moléculaires a été intégrée. Cette approche sera d’un grand apport pour dépister les réactions croisées entre les différents allergènes, de mieux prédire les symptômes cliniques ainsi que le pronostic de la maladie allergique, d’aider à l'interprétation des
- 112. polysensiblisations permettant ainside porter le diagnostic de certitude et personnaliser la prise en charge thérapeutique, en particulier l'immunothérapie spécifique. Le laboratoire d’Immunologie clinique assure de façon régulière l’encadrement : des résidents en Médecine et en Pharmacie ainsi que des internes en Pharmacie en les initiant aux différents aspects théoriques que pratiques de la spécialité et en les impliquant dans les différentes activités du laboratoire et dans la réalisation de travaux scientifiques, des étudiants (externes) de DCEM1 et DCEM3 de la Faculté de Médecine de Tunis dans le cadre du stage d’externat en immunologie, des étudiants stagiaires techniciens de 2ème et de 3ème année biologie dans le cadre du stage en Immunologie, des étudiants en troisième cycle de formation à la Faculté des Sciences de Tunis ou autres institutions (INSAT, etc.) dans le cadre de mémoire de thèses ou de mastères des étudiants en fin de cycle de formation d’ingénieurs de l’INSAT ou de techniciens d’autres institutions (ISTMT, ISSBAT, etc.) dans le cadre de mémoire de fin d’étude (PFE). REALISATIONS DANS LE CADRE DES ACTIVITES DE RECHERCHE (EN DEHORS DU CADRE DES LABORATOIRES DE RECHERCHE): En 2020, une thèse de médecine intitulée «La voie Th17 dans le myélome multiple : Etude de l’expression médullaire de l’interleukine-17 et de son récepteur» a été soutenue par Hajer Lamari à la Faculté de Médecine de Tunis. Un mémoire de Biologie Clinique intitulé « Syndrome des anti- synthétases : corrélations clinico-biologiques » a également été soutenu par Mariem Ben Ahmed à la Faculté de Médecine de Sousse. Cinq conférences ont été présentées dans des évènements scientifiques nationaux. Trois communications orales et affichées ont été présentées dans des congrès internationaux. Trois articles impactés, fruits de collaborations internes ou externes à l’IPT, ont été publiés (dans Cytokine, Revue de neurologie et Tunisie médicale, respectivement). ACTIVITES PEDAGOGIQUES Outre les activités d’enseignement à la Faculté de Médecine de Tunis, à la Faculté de Pharmacie de Monastir et à l’école de santé, les cadres scientifiques du laboratoire ont coordonné et animé : deux enseignements post-universitaires à la Faculté de Médecine de Tunis (au sein du département de sciences B) Un Webinaire intitulé « Que sait-on de l'immunité dans la Covid-19 » REALISATIONS DANS LE CADRE DES ACTIVITES DE DIAGNOSTIC : Durant l’année 2020, 14918 analyses immunologiques ont été réalisées dans le laboratoire d’immunologie clinique correspondant à un chiffre d’affaire d’environ 479938 dinars tunisiens. Le chiffre d’affaire du service a certes baissé en 2020 du à l’exceptionnelle situation sanitaire du pays mais grâce aux efforts conjoints du personnel technique et scientifique, cette baisse était minime. Les chiffres clés du laboratoire en 2020 5 Conférences 13 Vacations et Cours rémunérés 7 Participations à des Jury 3 Commissions Nationales et Internationales 3 Communications orales et affichées dans des congrès internationaux 3 Publications dans des revues internationales 2 Diplômes soutenus 1 Organisation de Réunions et d’Evènements Scientifiques Nationaux 14918 Analyses immunologiques 84 Analyses et Tests nouvellement Introduits 480 Services réalisés 1 Service Nouvellement Introduit
- 113. Laboratoire de Contrôledes Eaux et Denrées Alimentaires COMPOSITION DE L’EQUIPE RESPONSABLE / CHEF DE SERVICE : Pr. BEN AISSA Ridha Chef de Service (Professeur H.U. de Microbiologie) - COLLABORATEURS TECHNIQUES Mme BEN HAMIDA TROUDI Henda Infirmière Principal « Surveillante » Mme JEDIDI Ines Technicienne Supérieure Principal Melle Ben OMRANE Hela Technicienne Supérieure Principal Mr GHARBI Becher Technicien Supérieur Principal Mme FRAYOU Imen Technicien Supérieur Melle MEGDICH Besma Technicienne Supérieure Melle CHAIBI Khaoula Technicienne Supérieure Mme ZERGUINI Fatma Infirmière Principal - SECRETAIRE Mme ABDELHAK ép. GHOUILA Amel - ENTRETIEN Mr CHAALIA Samir Ouvrier Mr OUNI Khaled Ouvrier RESUME Le Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires est spécialisé dans l’analyse Bactériologique des Eaux, des Aliments et dans l’étude des Bactéries entéropathogénes. Le Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires contribue aux activités de Santé Publique suivantes : Diagnostic de l’étiologie et Prévention des maladies diarrhéiques par la recherche et l’étude des entéropathogénes. Epidémiosurveillance des entéropathogénes par l’identification des marqueurs épidémiques des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholerae, (Centre de Référence). Surveillance de la qualité sanitaire des eaux de boisson, de baignade et de l’environnement dans les gouvernorats de Tunis, Ben Arous, Ariana et Manouba par l’analyse bactériologique des eaux. Surveillance de la qualité sanitaire des produits alimentaires et Prévention des Toxi-infections alimentaire par l’analyse bactériologique des produits alimentaires desservis et commercialisés dans les gouvernorats de Tunis, Ben Arous, Ariana et Manouba et/ou destinés à l’exportation. RAPPORT D’ACTIVITE – ANNEE 2020 Au cours de l’année 2020, le laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires, a poursuivi sa mission de Santé Publique regroupant les activités suivantes : Recherche des Bactéries entéropathogènes (Tableau I) Centre National des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholerae (Tableau IIa, IIb, IIc, IId, IIe, IIf) Contrôle de la Qualité Bactériologique des Eaux et Denrées Alimentaires (Tableaux III, IV et V) Dans le cadre de ces activités, le Laboratoire a répertorié en qualité de Centre National des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholérae : 758 souches ont été reçu. Au niveau du Contrôle de la qualité bactériologique des Eaux et Denrées Alimentaires, le Laboratoire a poursuivi sa collaboration aux programmes du Ministère de la Santé Publique de Surveillance Sanitaire des Eaux et Consommation (eaux de distribution publique, eaux de puits) des
- 114. eaux de baignade(eaux de mer, piscine …) et des denrées alimentaires (desservies dans les régions de Tunis, Ben Arous, Manouba et Ariana). Le Laboratoire répond aussi aux besoins du secteur privé (industrie agroalimentaire, importateurs et exportateurs de produits alimentaires, producteurs d’eaux minérales et bureaux d’études …). Les chiffres clés du laboratoire en 2020 1 Participation à des Jury 1 Commission Nationale et Internationale 1 Diplôme soutenu 1 Formation continue réalisée en Tunisie 14 297 Analyses et Tests réalisés
- 115. Laboratoire de laRage Composition de l’équipe Nom et Prénom Position Mariem HANDOUS Médecin Vétérinaire Sanitaire Samia Ben MAÏZ Ingénieur En Chef Jihène BEN SALEM Infirmière principale Farah BASSALAH Technicienne supérieure occasionnelle Mohamed SOLTANI Ouvrier Khaled GHOUILI Ouvrier Présentation générale du laboratoire Les activités du Laboratoire de la Rage sont les suivantes : Activités de Biologie Clinique et de Santé Publique : les analyses de diagnostic spécialisé de la rage animale et humaine y sont assurées. Cette activité constitue une des composantes essentielles du Programme National de Lutte contre la Rage, où le Laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis constitue actuellement le seul laboratoire de référence pour le diagnostic de la rage en Tunisie. Le laboratoire participe également aux activités de la Commission Nationale de Lutte Antirabique (formations, enquêtes, consultations…). Activités de recherche sur la rage : Les activités de recherche entreprises dans le cadre du Laboratoire de Recherche financé par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique, figurent dans le rapport des activités du Laboratoire de Microbiologie et d’Epidémiologie Vétérinaire. Activités de contrôle Activités de formation et d’encadrement Activités de diagnostic et de santé publique : - Durant l’année 2020 toutes les analyses pour diagnostic de la rage animale ont été effectuées au Laboratoire de la Rage de l’IPT ; par conséquent tous les cas de rage animale ont été confirmés dans notre laboratoire. De ce fait, l’analyse des résultats du diagnostic de la rage effectué à l’IPT permet d’évaluer la situation épidémiologique de cette enzootie et d’effectuer le suivi de son évolution dans le temps et dans l’espace chez les différentes espèces animales sensibles au virus. Les techniques utilisées sont les techniques de référence, recommandées par l’Organisation Mondiale de la Santé et l’Office International des Epizooties (Organisation Mondiale de la Santé Animale), à savoir l’immunofluorescence directe (IFD) et l’isolement viral par inoculation aux cultures cellulaires de neuroblastomes murins N2a, (IVCC). A. Résultats du diagnostic de la rage animale à l’I.P.T. : Tous les prélèvements d’animaux (têtes ou cadavres entiers) envoyés à notre Laboratoire pour diagnostic de rage suite à une suspicion ou dans le cadre d’une surveillance épidémiologique, subissent en premier lieu, après autopsie et prélèvement des échantillons appropriés, le test d’IFD. S’ils se révèlent négatifs en IFD, les échantillons font l’objet d’une épreuve d’isolement viral sur culture cellulaire (IVCC) par recours à l’inoculation aux cultures de neuroblastomes murins N2a. Au total 837 prélèvements ont été analysés en 2020 (issus de tous les gouvernorats de la Tunisie), 296 se sont révélés positifs (soit 36.4% des prélèvements animaux ou en moyenne 1 animal révélé positif chaque jour), 518 étaient négatifs (en IFD et IVCC) et les résultats de 23 prélèvements reçus en état de putréfaction étaient non interprétables. Ainsi, le taux de positivité a augmenté de 9.6% par rapport à 2019 et le nombre de prélèvements a diminué de -20.2% essentiellement en raison de la pandémie Covid-19. Concernant les espèces, 192 chiens se sont révélés positifs soit 53.6% des prélèvements de chiens reçus et 64.9% des cas de rage animale. La deuxième espèce la plus touchée est l’espèce bovine (55 bovins positifs) suivie de l’espèce ovine (20 ovins positifs). Parmi les 370 prélèvements de chiens reçus, 265 étaient mentionnés comme « non vaccinés » soit 71.6% et 29 seulement étaient mentionnés comme « vaccinés » soit 7.8%. Parmi les chiens mentionnés comme « vaccinés », 9 étaient positifs (soit 3% des chiens positifs).
- 116. Parmi les prélèvementscanins reçus, 68 étaient mentionnés issus de « chiens errants » dont 38 se sont révélés positifs soit 19.8% des prélèvements canins positifs. Ainsi, 80.2% des chiens révélés positifs avaient un propriétaire ou appartenaient à une institution. 703 des prélèvements reçus étaient issus d’animaux ayant eu un contact avec des humains soit 84%. La carte de répartition des cas de rage animale enregistrés en 2020 est représentée dans la Figure n°1. Les gouvernorats comptant le plus grand nombre de cas de rage animale sont Ariana (35 cas), Beja (33 cas), Nabeul (28 cas), Sfax (26 cas) et Bizerte (23 cas). Les gouvernorats qui n’ont pas compté de cas de rage animale sont Kebili, Tozeur, Médenine et Tataouine. La figure n°2 représente l’évolution mensuelle des cas de rage animale pour l’année 2020 Figure n°1 : Répartition Géographique des gouvernorats comptant des cas de rage animale enregistrés en Tunisie durant l’année 2020
- 117. Figure n°2 :Evolution mensuelle des cas de rage animale enregistrés en Tunisie durant l’année 2020 B. Résultats du diagnostic de la rage chez l’Homme à l’I.P.T. : Le diagnostic de la rage chez l’Homme en Tunisie étant exclusivement réalisé dans notre Laboratoire, toutes les suspicions de rage établies par les différents services hospitaliers sont suivies d’envoi d’échantillons appropriés (matière cérébrale pour le diagnostic en post-mortem et LCR, appositions cornéennes et salive pour le diagnostic en intra-vitam). Les autopsies sont réalisées par les services de Médecine Légale Régionaux et les prélèvements en intra-vitam sont réalisés par les services médicaux des hôpitaux où ont été hospitalisés les patients ayant fait l’objet d’une suspicion de rage. Les échantillons biologiques sont adressés à l’Institut Pasteur de Tunis et sont analysés pour confirmer ou infirmer l’étiologie rabique. Les techniques utilisées sont les techniques de référence, recommandées par l’OMS, à savoir l’immunofluorescence directe et l’isolement viral sur culture cellulaire. Durant l’année 2020, trois (03) prélèvements pour diagnostic de rage humaine (deux en intra-vitam et un en post-mortem) ont été reçus et tous ont été révélés négatifs. Il est à signaler qu’un cas clinique de rage humaine a été répertorié à Thibar, gouvernorat de Béja chez un enfant de 14 ans ayant été mordu au niveau de l’œil par le chien des voisins alors qu’il sortait de l’école. Le chien a été abattu le 03/12/2020 et confirmé positif par le laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis le 04/12/2020. Le défunt a présenté des hallucinations, de la fièvre, de l’hydrophobie et enfin un état comateux. La mort est survenue le 22/12/2020 environ une semaine après l’apparition des symptômes. Ainsi le nombre de cas de rage humaine en 2020 est de un cas : un cas clinique. Nous réitérions l’obligation d’effectuer une autopsie et d’envoyer les prélèvements d’hippocampe, de moelle allongée, de cervelet et de cortex cérébral au laboratoire pour le diagnostic de certitude en cas de mort du patient suspect de rage et d’envoyer les prélèvements de salive (au moins 3 prélèvements à 4 heures d’intervalles), de LCR et d’apposition cornéenne en cas de suspicion de rage en intra- vitam. Participation à un Essai Inter-Laboratoires Sérologie : En 2020, le Laboratoire de la Rage de l’IPT a participé à un Essai Inter-Laboratoires (EIL) international pour la Sérologie antirabique organisé par l’ANSES – Nancy Laboratoire de la Rage et
- 118. de la FauneSauvage qui est à la fois le Laboratoire de référence Européen pour la Rage, Laboratoire collaborateur de l’OMS pour la Lutte contre les Zoonoses et le Laboratoire de Référence de l’Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE). Les résultats du Laboratoire de la Rage de l’IPT étaient « Favorables » ce qui permet au Laboratoire de la Rage de l’Institut Pasteur de Tunis de réaliser le titrage des anticorps antirabiques pour les animaux partant à l’étranger (pays exigeant ce certificat). La fiche des résultats de l’EIL Sérologie 2020 pour le Laboratoire figure ci-dessous : Activités de contrôle : Dans le cadre de la collaboration avec le Service des Vaccinations anti-rabiques et internationales, un contrôle systématique de la réponse en anticorps neutralisants chez les personnes vaccinées en préventif (personnel des laboratoires de l’IPT exposés à la rage et qui sont pris en charge par le Service des Vaccinations antirabique et internationale de l’IPT) est effectué, ainsi que pour certains cas particuliers pris en charge pour un traitement antirabique en post-exposition. Ces contrôles sont effectués par des titrages des anticorps neutralisants en utilisant la technique de séro-neutralisation sur cellules (RFFIT). Au total 47 sérums ont été titrés par la technique RFFIT en 2020. Dans le cadre de la collaboration avec les Services de Production des Sérums antirabiques de l’Institut Pasteur de Tunis, Laboratoire de la Rage de l’IPT a livré 02 cryotubes de virus rabique, souche « CVS » pour permettre les titrages des sérums antirabiques. Activités de formation et d’encadrement : - Une étude sur la séroépidémiologique de la rage chez les chiens en Tunisie est en cours.
- 119. - Vingt étudiantsde l’Ecole Nationale de Médecine Vétérinaire ainsi que quatre pharmaciens en stage de résidanat ont été reçus pour un stage de courte durée pour initiation aux techniques de diagnostic de la rage. En raison de la pandémie covid19, il n’y a pas eu d’encadrement de travaux de fin d’étude pour l’année 2020. Congrès, journées et formations : - Participation à l’organisation du Hackathon en ligne “Yezzina Melklabb” : coaching des équipes et préparation de l’événement en septembre 2020 avec la coordination de la municipalité de la Marsa, Tunisia cinema foundation et d’autres partenaires et sponsors. - Acceptation du projet de jumelage OIE IPT-ANSES Nancy dans le but d’acquérir le statut de laboratoire régional OIE pour la Rage et démarrage des activités. - Pré kick-off meeting virtuel en présence du représentant sous-régional de l’OIE pour l’Afrique du Nord, des représentants de la Direction Générale des Services Vétérinaires et des membres du Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de l’ANSES-Nancy. - Rédaction et approbation de 3 procédures dans le cadre de l’amélioration du système de management qualité. - Participation au meeting du REMESA OIE/FAO le 28 septembre 2020. - Participation au meeting OIE Afrique du Nord le 10 novembre 2020. Les chiffres clés du laboratoire en 2020 837 analyses pour le diagnostic de la rage animale dont 296 positifs 01 cas clinique de rage humaine 47 sérums humains titrés 01 essai inter-laboratoire réussi
- 120. Laboratoire des ToxinesAlimentaires Responsable du laboratoire : KHARRAT Riadh Titre : Biologiste Principal Téléphone : 71 783 022 Télécopie : 71 791 833 Email : riadh.kharrat@pasteur.rns.tn 1-COMPOSITION DE L’EQUIPE Personnel scientifique Marrouchi Riadh biologiste adjoint Faten Aloui Mobidoc Zeineb MARZOUGUI : étudiante en thèse Personnel technique : Dziri faten : Surveillante du laboratoire Mohamed Kamel Ferchichi : Personnels ouvriers : Houki hassen Houki hassen Diagnostic et santé publique Contrôle de la qualité et de la salubrité des coquillages afin de permettre aux conchyliculteurs l'écoulement de leurs marchandises sur le marché tunisien avec une garantie d'absence de biotoxines .Trois groupes de phycotoxines sont contrôlés. ; liposolubles. , paralysantes et amnésiantes Méthode de référence d’analyse Le dépistage sur souris des toxines liposolubles à partir des glandes digestives de coquillages sont effectués selon la méthode d’analyse dite de Yasumoto et al. 1984 modifiée, reconnue au plan international. Les coquillages sont considérés contaminés si on observe, sur une période de 24 heures, la mort d'au moins deux souris sur les trois inoculées avec des extraits de glandes digestives (ou de chair totale) des échantillons à tester. Ceci signe la présence, dans des proportions supérieures aux limites fixées, d’une ou de plusieurs toxines (acideokadaïque, dinophysistoxines, pecténotoxines, yessotoxines et azaspiracides). La méthode de référence pour l’analyse des phycotoxines paralysantes est un bio-essai sur souris selon la méthode validée par l’AOAC (Association of Official Analytical Chemist) référencée 959-08 (AOAC, 1990).Les coquillages sont considérés impropres à la consommation lorsque l’échantillon analysé contient plus de 80 μg équivalent saxitoxine pour 100 g de chair totale La méthode d’analyse des phycotoxines amnésiantes est une analyse chimique en chromatographie liquide haute performance couplée à une détection par UV. Un résultat est considéré comme positif lorsque l’échantillon contient plus de 20 μg d’acide domoïque/g de chair. Activité de Recherche Phycotoxines produites par des micro-organismes Le Laboratoire des Toxines alimentaires de l’Institut Pasteur de Tunis (IPT) étudie depuis quelques années l'impact potentiel des toxines phytoplanctoniques et fongiques d'origine marine au niveau des parcs conchylicoles de la lagune de Bizerte (Tunisie). Cette lagune a une production estimée à 2.000 tonnes d’huîtres et de moules par an, avec une importance économique considérable pour la région. De même, la France est un pays européen pour lequel la production conchylicole représente une force économique non négligeable et qui bénéficie d’un dispositif sanitaire performant mis en place depuis 1984 pour le suivi des contaminations par toxines phytoplanctoniques. Cependant, d’autres composés que ces phycotoxines peuvent être à l’origine de la toxicité des coquillages comme cela est régulièrement observé en France et en Tunisie. De plus, ces dernières années, les responsables de certains parcs de la lagune de Bizerte constatent une croissance plus faible et une mortalité plus importante des coquillages. Les analyses effectuées sur des prélèvements de zones touchées ont prouvé, notamment, l’absence de phytoplancton toxique, de bactéries toxinogènes, de phycotoxines et de contaminants chimiques (métaux lourds, hydrocarbures …). Les résultats d’analyses révèlent
- 121. que les épisodesde toxicité sont associés à la présence de champignons microscopiques marins (Fusarium sp., Aspergillus sp. et Trichoderma sp.). De plus, grâce à des méthodes de séparation chromatographique et de spectrométrie de masse, la présence de sphinganine-C17 (C17-SAMT, pour C17 Sphinganine Analogue MycoToxin), une mycotox. Notre projet de recherche a pour but de contribuer à l’évaluation du processus de contamination par la C17-SAMT, ainsi que de déterminer les propriétés structurales, pharmacologiques et toxicologiques de cette toxine. En particulier, des études visant à (i) tester sa bio-accumulation chez les animaux, (ii) étudier sa toxicité in vivo et in vitro et (iii) déterminer son mode d’action sont nécessaires. Dans ce contexte, nous proposons : D’identifier le(s) micro-organisme(s) producteur(s) de la C17-SAMT D’étudier les caractéristiques environnementales associées à la production de toxine D’étudier son transfert aux coquillages De purifier et de caractériser physicochimiquement la toxine et d’autres isoformes D’évaluer ses propriétés toxicologiques et pharmacologiques à l’aide d’études in vitro et in vivo concernant en particulier Caractérisation des effets toxiques in vivo et in vitro Investigation du potentiel génotoxique Implication du métabolisme humain Identification des cibles moléculaires et détermination du mécanisme d’action sur le système neuromusculaire Les chiffres clés du laboratoire en 2020 1 Publications dans des revues internationales 3 Diplômes soutenus
- 122. Laboratoire de Parasitologie-Mycologie Listedu personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Bouratbine Aïda Professeur hospitalo-Universitaire : Chef de Service LR 11-IPT-06 Aoun Karim Professeur hospitalo-Universitaire LR 11-IPT-06 Siala Emna Professeur hospitalo-Universitaire LR 11-IPT-06 Ben Abdallah Rym Maitre de conférences Agrégé LR 11-IPT-06 Ben Abda-Driss Imen Maitre de conférences Agrégé LR 11-IPT-06 Zribi-Saadi Lilia Vétérinaire Biologiste LR 11-IPT-06 Zallaga Najette Infirmière principale (Surveillante) Souissi olfa Technicienne supérieure Maatoug Rania Technicienne supérieure Boulahmi Nada Technicienne supérieure Ghazouani Habib Ouvrier INTRODUCTION / OBJECTIFS Le Service de Parasitologie-Mycologie est un laboratoire hospitalo-universitaire spécialisé en Parasitologie-Mycologie qui a des activités de diagnostic biologique et d’encadrement. Il est également le laboratoire de référence national pour le paludisme et travaille en étroite collaboration avec certaines directions du ministère de la santé publique (DSSB, DHMPE, DMSU) dans le cadre de programmes nationaux de contrôle des maladies parasitaires en Tunisie (Paludisme, bilharziose et leishmaniose). Il reçoit des prélèvements du secteur privé (médecins et vétérinaires de libre pratique) mais également du secteur public (hôpitaux universitaires et régionaux, CRDA). A coté de l’activité de diagnostic biologique, l’encadrement est l’une des missions principales du service. Elle consiste en l’initiation à la parasitologie, l’acquisition de techniques parasitologiques et au perfectionnement en biologie de stagiaires originaires de diverses structures universitaires. En particulier, le service de Parasitologie-Mycologie encadre régulièrement chaque année des résidents en Médecine et en pharmacie. Il encadre également des étudiants en 3ème année Médecine et des étudiants en biologie de l’Ecole Supérieure des Sciences et techniques de la Santé de Tunis. Il est organisé en 5 sous unités : 1- Unité de diagnostic parasitologique direct : Cette unité assure dans son activité routinière la recherche de parasite dans les selles (coprologie parasitaire), dans les urines, le sang (hématozoires), la peau et et la moelle osseuse (leishmanies). Il s’agit essentiellement d’examens microscopiques (directs ou après concentration et/ou coloration), de cultures de parasites (sur milieux spécifiques in vitro) et de tests rapides (paludisme). 2- Unité de Mycologie : Cette unité assure dans son activité routinière la recherche des champignons et des ectoparasites dans les prélèvements de la peau et des phanères. 3- Unité de Sérologie : Cette unité assure dans son activité routinière les examens de sérologie parasitaire. Il s’agit essentiellement de sérologies toxoplasmiques mais également de sérologies à la recherche d’anticorps anti-hydatique, anti-leishmaniens (chez l’homme et le chien), anti-plasmodium, anti-aspergillaires, anti Toxocara canis ou anti-amibiens. 4- Unité de Biologie moléculaire : La PCR quantitative est actuellement pratiquée dans le diagnostic anténatal de la toxoplasmose congénitale et le diagnostic de la leishmaniose viscérale et cutanée. Les techniques moléculaires de diagnostic d’Entamoeba histolytica, d’Entamoeba dispar, des microsporidies, des cryptosporidies et des 3 espèces de leishmanies présentes en Tunisie sont également entreprises en pratique courante. La PCR quantitative est également pratiquée pour le diagnostic de la leishmaniose canine.
- 123. 5- Unité derecherche de parasites dans les eaux usées traitées : Elle assure la recherche des œufs d’helminthes dans les eaux usées traitées. Parmi les points forts du laboratoire on cite : Le diagnostic de la toxoplasmose materno-fœtale, des leishmanioses humaines et canine, du paludisme, des parasitoses digestives et des mycoses superficielles. En effet, le laboratoire propose de nombreux tests sérologiques et moléculaire permettant de diagnostiquer et de dater une toxoplasmose maternelle (ELISA IgG, ELISA IgM, Avidité IgG) et de faire le diagnostic d’une toxoplasmose congénitale en période anténatale (PCR) et/ou en période néonatale et postnatale (ISAGA IgM, profils comparés mère-enfant en WB). Pour la leishmaniose cutanée, le laboratoire propose des tests classiques (prélèvement, examen direct et culture) et des tests moléculaires (PCR quantitative, PCR-RFLP et PCR-séquençage). Une prise en charge personnalisée de la leishmaniose canine est proposée par un vétérinaire biologiste. Le diagnostic biologique du paludisme repose sur un panel de tests rapide et classiques. Le diagnostic des parasitoses digestives repose sur des techniques classiques mais également sur des techniques moléculaires pour l'identification des espèces. Enfin, pour les mycoses superficielles et les leishmanioses cutanées les prélèvements sont effectués par un personnel expérimenté et formé à ces taches. REALISATIONS DANS LE CADRE DES ACTIVITES DE DIAGNOSTIC : Les réalisations entreprises dans le cadre des différentes unités sont rapportés par les tableaux ci- dessous. 1- Unité de diagnostic parasitologique direct : Nombre d’analyses/an 2016 2017 2018 2019 2020 Recherche de parasites dans les selles (payants) 945 1399 1413 1474 1073 B50 Recherche de parasites dans les selles (convention) 544 449 500 598 380 B25 Scotch test anal 28 22 22 27 20 B10 Examens parasitologiques des urines 388 702 745 994 726 B15 Recherche d’hématozoaires (Plasmodium) par goutte épaisse 602 901 892 1141 765 B30 Recherche d’hématozoaires (Plasmodium):par test rapide 150 182 117 771 765 B40 Recherche des leishmanies par examen direct et culture (leishmaniose cutanée) 133 115 119 197 88 B70 2- Unité de Mycologie : Nombre d’analyses/an 2016 2017 2018 2019 2020 Prélèvements mycologiques 511 450 257 527 290 B70 Scotch test cutané 45 48 22 52 22 B10 Recherche d’ectoparasites 46 34 14 46 22 B50 Activité de contrôle mycologique 11 16 15 09 06 B70 3- Unité de Sérologie : Nombre d’analyses/an 2016 2017 2018 2019 2020 Toxoplasmose : recherche d’IgG + IgM 1257 1417 1120 1177 1157 B120 Toxoplasmose : avidité des IgG 39 47 45 39 41 B120 Toxoplasmose : profils comparés par western blot 58 83 32 56 38 B300 Leishmaniose viscérale : sérologie 44 40 49 44 26 B60 Leishmaniose canine : sérologie 450 410 456 706 768 B60 Kyste hydatique : sérologie 151 138 102 119 65 B80 Aspergillose : sérologie 78 72 66 67 21 B120 Amibiase : sérologie 09 03 04 4 05 B60
- 124. Larva migrans :sérologie 63 47 44 48 52 B120 Paludisme : sérologie 05 01 04 - - B120 Sous traitance (Cerba) Bilharziose, anguillulose, distomatose, ascaridiase, filariose 24 45 39 12 09 4- Unité de Biologie moléculaire : Nombre d’analyses/an 2016 2017 2018 2019 2020 B Recherche d’ADN toxoplasmique dans le liquide amniotique 30 36 31 33 23 B400 Recherche d’ADN toxoplasmique dans le sang + LCR - - - 4 03 B400 Recherche d’ADN de Leishmania par PCR (LV + LC) 48 56 49 91 33 B400 Recherche d’ADN de Leishmania par PCR (L canine) 20 32 31 54 72 B400 identification moléculaire des espèces E. histolytica/E.dispar 1 1 2 02 02 B400 identification moléculaire des espèces de microsporidies - - - - - B400 identification moléculaire des espèces de cryptosporidies - - - - - B400 5- Unité de recherche de parasites dans l’eau : Nombre d’analyses/an 2016 2017 2018 2019 2020 B Analyse parasitologique des eaux usées 3 08 0 0 0 B50 ACTIVITES D’ENCADREMENT ET DE FORMATION : Le service de Parasitologie-Mycologie encadre régulièrement chaque année des résidents en Médecine et en pharmacie (6 par semestre). Il encadre également des étudiants en 3ème année Médecine et des étudiants en biologie de l’Ecole Supérieure des Sciences et techniques de la Santé de Tunis. Les chiffres clés du laboratoire en 2020 6463 Analyses effectuées
- 125. Laboratoire d’Epidémiologie Médicale Listedu personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Jihène Bettaieb Maître de conférences Agrégé Hospitalo-Universitaire Chef de service LTCII Ghassen Kharroubi Assistant hospitalo-Universitaire LTCII Wissem Ghawar Biologiste adjoint LTCII Aicha Boukthir Technicien Sup Major Surveillant LTCII Nebil Bel Haj Hmida Technicien Sup Major LTCII Adel Gharbi Technicien LTCII Mongi Dellagi Technicien contractuel LTCII Mohamed Ali Snoussi Technicien Vétérinaire Principal LTCII Sana Chaâbène Ingénieur contractuel LTCII Rihab Yazidi Ingénieur contractuel LTCII Hayet Mhenni Gestionnaire contractuelle LTCII Sadok Salem Technicien supérieur contractuel LTCII Inès Chérif Résidente en médecine LTCII Intitulé : Laboratoire d’épidémiologie médicale LES ACTIVITES DE RECHERCHE menées au sein du service Le service d’Epidémiologie Médicale à l’Institut Pasteur de Tunis est une structure hospitalo- universitaire qui assure les activités suivantes : i) Participation à l’amélioration des connaissances sur le profil épidémiologique des maladies transmissibles prioritaires en Tunisie par la réalisation d'études épidémiologiques populationnelles dans le but de proposer des mesures de contrôle et de prévention efficaces et appropriées. ii) Renforcement du système national de surveillance épidémiologique par le développement et la mise en place des systèmes d’alerte précoce pour la gestion des maladies transmissibles à potentiel épidémique. iii) Promotion des bonnes pratiques, cliniques et de laboratoires dans la recherche biomédicale et en épidémiologie du terrain par la formation universitaire et post-universitaire aux niveaux régional, national, et international. Nos principales activités concernent : A. Les systèmes de surveillance épidémiologique L'équipe d’Epidémiologie participe à l'élaboration et la mise en place des nouveaux systèmes de surveillance et de veille sanitaire qui incorpore en plus des données temporelles sur les maladies (essentiellement celles à déclaration obligatoire, les maladies émergentes et ré-émergentes et les maladies à potentiel épidémique), des informations démographiques, écologiques et géographiques superposées dans des cartes électroniques à plusieurs couches. Ces outils permettraient la modernisation et l'amélioration de la performance des systèmes d'informations sanitaires actuels pour une meilleure gestion des risques sanitaires. Cette activité se déroule désormais en collaboration avec la Direction des soins de santé de Base et le laboratoire de référence de la grippe au CHU Charles Nicole pour mettre à niveau le système de surveillance épidémiologique. Dans le cadre de cette collaboration un projet intitulé "Renforcement de la surveillance de la grippe en Tunisie", financé par le CDC d’Atlanta, USA a été mis en place en 2014. Ce projet vise à améliorer les performances du système de surveillance sentinelle actuel d’ici 2021. Ainsi les objectifs, les
- 126. composantes et l'organisationdu dispositif national de surveillance de la grippe ont été révisés afin de renforcer ses capacités, en utilisant des méthodologies et des procédures normalisées. Ce nouveau système de la surveillance de la grippe en Tunisie a pour objectifs de : Suivre la tendance de l’infection grippale dans le temps et dans l’espace en Tunisie. Détecter les épidémies saisonnières à leurs débuts. Décrire l’épidémie de grippe dans le temps (= établir la courbe épidémique) et pour différents groupes d’âge et identifier, éventuellement, les sous-groupes de population à risque. Evaluer la sévérité et l’impact de l’épidémie dans la population : sur les hospitalisations et les décès en Tunisie par la mise en place des sites de surveillance SARI:" severe acute respiratory infection". Identifier les virus circulants et leurs principales caractéristiques. Détecter précocement les changements dans les virus de la grippe et l’apparition des nouveaux variants ou sous-types de virus grippal. Détecter des virus respiratoires émergeants (ex : Mers-Cov) Dans ce contexte une étude d’évaluation des performances techniques de l’ancien système de surveillance a été conduite et a couvert la période 2012-2015. L’évaluation a couvert la structure, l’organisation, le processus et les produits du système de surveillance et de riposte et devra pouvoir implémenter les mesures correctives permettant d’atteindre les objectifs fixés. Cette étude, dont les résultats ont été publiés dans la revue BMC Public Health, a permis d’identifier les priorités pour l'amélioration du système de surveillance et a fourni des indicateurs de référence pour des futures évaluations. Par ailleurs, l’application informatique du nouveau système électronique de gestion des données de surveillance de la grippe (IMS : Information management System) qui va permettre de relier tous les intervenants dans la surveillance de la grippe en Tunisie à travers une plateforme en ligne avec un recueil et gestion des données épidémiologiques et virologiques de la surveillance en temps réel a été, effectivement, mise en place en 2019. Cette application a été déjà présentée aux différents acteurs impliqués dans la surveillance et installée au niveau des centres sentinelles de surveillance. L’exploitation de ce système a commencé et on est en train de recueillir le feedback des différents utilisateurs afin d’améliorer la performance de la plateforme. Par ailleurs, l’application a été validée par le centre informatique du ministère de la santé (CIMS) qui désormais, en collaboration avec tous les partenaires, prend en charge la résolution des problèmes rencontrés afin d’améliorer les performances de la plateforme. Parmi les défaillances notifiées, la génération des rapports d’analyse des données et la qualité de la connexion internet étaient au centre des préoccupations. Des réflexions sont en cours pour prendre les mesures nécessaires B. Le vaccin de la grippe saisonnière La vaccination antigrippale est considérée comme le moyen le plus efficace pour prévenir la grippe saisonnière et limiter ses complications. De ce fait, l’OMS recommande la vaccination antigrippale à certains groupes cibles dont les professionnels de santé, qui de par la nature de leur métier ont un risque important de contracter la grippe et de la transmettre à leurs patients. Les personnes âgées et les femmes enceintes représentent aussi des groupes prioritaires pour recevoir le vaccin contre la grippe. En dépit de ces recommandations, un faible taux d’adhésion au vaccin antigrippal a été observé chez les groupes cibles de la vaccination dans divers pays, notamment la Tunisie. Dans cette activité menée en étroite collaboration avec l’ONMNE, on s’intéresse à comprendre ces réticences afin d’essayer d’y pallier en mettant en œuvre les mesures de sensibilisation adéquates. Plus précisément, à travers des enquêtes descriptives transversales se basant sur une approche mixte (quantitative et qualitative), on vise à : Identifier et décrire les obstacles à la vaccination antigrippale, en étudiant les connaissances, les attitudes et les pratiques des groupes cibles envers le vaccin contre la grippe saisonnière Estimer la couverture vaccinale contre la grippe saisonnière auprès des trois groupes cibles de la vaccination antigrippale:(Femmes enceintes, Professionnels de la santé, Patients âgés (≥65 ans) et atteints de maladies chroniques) Au total, 1231 personnels de santé, 1191 sujets âgés et 1157 femmes enceintes ont été inclus dans l’étude. Ils étaient sélectionnés selon un échantillonnage stratifié à plusieurs degrés auto-pondéré
- 127. parmi les consultantset les travailleurs de la santé des structures publiques de santé suivantes : centres de santé de base, hôpitaux régionaux et hôpitaux de circonscriptions. Les résultats des analyses préliminaires ont révélé une faible couverture vaccinale contre la grippe, pour la saison grippale 2018-2019, chez les trois groupes cibles : Femmes enceintes : 4,4% (IC : à 95% [3,3-5,7]) Professionnels de la santé : 15,3% (IC : à 95% [13,3-17,2]) Patients âgés et atteints de maladies chroniques : 19,4% (IC : à 95% [14,1-21,9]) Le dépouillement des données est en cours pour affiner davantage les analyses afin d’identifier les obstacles à la vaccination antigrippale C. La pandémie COVID19 : L’équipe d’épidémiologie en coordination avec l’ONMNE et les DR de santé contribue à l’effort national de lutte contre le Sars-cov2 par la mise en place d’enquêtes transversales visant la mesure de la diffusion du SARS-COV-2 dans la population générale et parmi le personnel de santé. Pour cette fin, une étude séro-épidémiologique transversale de porte à porte dans deux zones d’incidences différentes (Hotspot et faible incidence) de la ville de Tunis sera menée en 2021. L’étude se basera sur un échantillon de la population générale tiré au sort par sondage en grappe à l’échelle des quartiers et sera donc constituée par l’ensemble des membres des foyers sélectionnés. Environ 800 personnes seront incluses par zone d’étude. Pour chaque participant un questionnaire sera administré et un prélèvement de sang sera effectué pour analyse sérologique avec la technique ELISA. Pour le personnel de santé, une étude séro-épidémiologique transversale exhaustive parmi le personnel de l’IPT sera menée à la fin de la saison grippale 2020-2021. L’ensemble des agents de l’IPT travaillant de façon permanente ou temporaire seront invités à participer à l’étude Le protocole des deux études a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au comité d’éthique de l’IPT. D. L’épidémiologie des hépatites virales L’Investigation clinique de l’infection par les virus des hépatites dans une région d’hyperendémicité relative pour l’hépatite C en Tunisie : la Région de Thala. Une étude transversale populationnelle de porte à porte a été menée dans la région auprès de 3233 individus, âgés de 5 à 75 ans sélectionnés à travers un échantillon aléatoire stratifié en grappe. Les objectifs spécifiques de cette investigation sont : i. Estimer la prévalence de l’infection par le VHC dans la population générale de Thala et identifier les facteurs de risque de contamination et les souches virales circulantes ; ii. Etudier la co- infection par les autres virus des hépatites notamment VHB, VHA et VHG. E. L’histoire naturelle de l’infection par les parasites Leishmania dans des foyers mixtes et émergents de Leishmaniose Cutanée du sud de la Tunisie La caractérisation des manifestations cliniques des parasites Leishmania et l’incrimination des réservoirs et des vecteurs impliqués dans le cycle de transmission dans des foyers émergents et mixtes de leishmaniose cutanée (Leishmania (L.) major et L. killicki (syn. tropica) dans le sud de la Tunisie (Tataouine). Cette activité se déroule dans le cadre d’un projet financé par le centre d’investigation clinique (CIC) de l’IPT intitulé «Maladies transmissible : histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement ». Ce projet a une structure matricielle comportant 4 volets scientifiques : 1er volet : humain (l'hôte humain). 2ème volet : rongeurs réservoirs suspects (C. gundi, Meriones spp. et Jaculus spp.). 3ème volet : entomologique, vecteurs (P. papatasi, P. sergenti, ...). 4ème volet : les différents éléments du cycle de transmission (homme, rongeurs, vecteus) Plus précisément, ce projet vise à : Décrire le profil épidémiologique et les manifestations cliniques des formes de la LC chez les humains par détection active des cas et isolement des parasites à partir des lésions pour un typage iso- enzymatique et moléculaire ;
- 128. Estimer la prévalencede l'infection chez les réservoirs suspects (C. gundi); Estimer le taux d’infection de la population phlébotomienne et étudier ses variations dans le temps par une étude entomologique ; Analyser génétiquement les souches isolées à partir des différents éléments du cycle (humains, vecteurs et hôtes réservoirs) pour élucider le cycle de transmission et étudier les conséquences de cette co-existence sur le plan génétique. F. L’Epidémiologie moléculaire des parasites « Leishmania» isolés de différents hôtes : effet du temps et de la répartition géographique sur le profil génétique des leishmanies Le groupe d’Epidémiologie continue à alimenter sa Bio-banque de souches de leishmanies collectées dans le cadre de ses enquêtes humaines et écologiques afin de tester des hypothèses en rapport avec la variabilité génétique des souches en fonction du type de rongeur, du vecteur et de l’expression clinique de la maladie chez l’homme. Des comparaisons entre le profil génétique des souches anciennes (collectées il y a plus de 20 ans) et des souches récentes a permis déjà d’étudier l’effet du temps et de l’appartenance géographique sur le profil génétique des souches de leishmanies. Les chiffres clés du laboratoire 4 Conférences 4 Participations à des Jury pour l’obtention de diplômes en Tunisie 2 Participation à des Commissions Nationales et Internationales 9 Communications orales et affichées dans des congrès internationaux 1 Publication dans des revues nationales 6 Publications dans des revues internationales 3 Diplômes soutenus et 1 en cours 9 Formation continue réalisée en Tunisie 5 Organisation ou contribution à l’organisation de Réunions et d’Evènements Scientifiques Nationaux
- 129. Laboratoire des Mycobactéries Prénom,Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Helmi Mardassi Médecin Vétérinaire, Biologiste Principal/Chargé du Service Besma Mhenni Technicienne supérieure majeure/Surveillante Saloua Ben Fredj Technicienne supérieure Maherzia Lahmar Ouvrière Présentation générale du laboratoire Le laboratoire des mycobactéries assure une activité de biologie clinique qui consiste à isoler et identifier les cas d’infections aux mycobactéries. En tant que laboratoire central, les tests de susceptibilité aux anti-tuberculeux de première et seconde ligne sont assurés. Le laboratoire reçoit des échantillons de la part de différents hôpitaux et instituts de la capitale ainsi que certains hôpitaux régionaux. Le laboratoire traite aussi les demandes d’analyse du secteur privé qui sont soient acheminées par différents laboratoires et cliniques privés, soit suite à la présentation du patient au centre de prélèvement de l’Institut Pasteur. Hormis les tests de diagnostic classiques (examen direct, culture en milieu solide et milieu liquide MGIT, identification et antibiogramme), nous avons introduit depuis 2002 plusieurs tests moléculaires dont : La technique PCR en complément à l’examen direct. Il s’agit d’une PCR « in house » qui cible la séquence d’insertion IS6110 La technique PCR ciblant le gène RecA pour la confirmation des mycobactéries atypiques La technique PRA pour l’identification des mycobactéries atypiques Le séquençage du gène rpoB (à la demande des cliniciens) lors d’une forte suspicion d’une transmission d’une souche MDR (multirésistante) Le séquençage du gène HSP65 pour l’identification des mycobactéries atypiques Les chiffres clés du laboratoire 1495 Analyses effectuées
- 130. Laboratoire de BiochimieClinique et d’Hormonologie Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Dr Afef BAHLOUS HADJ SALAH Professeur hospitalo-Universitaire - Chef de service Equipe de biochimie clinique Equipe d’hormonologie Prénom, Nom Position/Fonction Prénom, Nom Position/Fonction Sonia Bahri Médecin biologiste major Amel Hmida Technicien Major Principal-Surveillante Mehdi Mrad Assistant Hospitalo-Universitaire Henda Rasaa Technicien Major Principal Safaa Kalai Ingénieur principal Ilhem Mabrouk Technicien Major Amel Bayoudh Technicien Major Principal - Surveillante Mounira Sayedi Technicien Major – Secrétairemédicale Aouatef Trabelsi Technicien major Salma Oualha Technicien Major Marouen Taoueb Technicien major Nadia Meddeb Technicien principal Hanen Lamouchi Technicien principal Manel Mabrouk Technicien principal Hejer Trabelsi Technicien principal Ikram Driss Technicien principal Manel Soltani Technicien principal Asma Krir Résidente en médecine Soumaya Benna Résidente en médecine Firas Bouzakora Résident en médecine Amine Grati Résidente en médecine Safa Ben Ammar Résidente en médecine Rahma Raddaoui Résidente en pharmacie Fathia Yahyaoui Ouvrière Sirine Adhoum Résidente en médecine Présentation générale du laboratoire Activité de diagnostic : Le laboratoire de Biochimie Clinique et d’Hormonologie reçoit quotidiennement les prélèvements des malades de l’Institut Pasteur de Tunis ainsi que les prélèvements de sang provenant des différents hôpitaux pour des analyses sous-traités dans notre laboratoire. Les activités du laboratoire de Biochimie Clinique et d’Hormonologie comprennent : Dosages des paramètres de routine en biochimie clinique Le dosage des dérivés méthoxylés urinaires par chromatographie en phase liquide à haute performance (HPLC) pour le diagnostic et la surveillance du phéochromocytome et du neuroblastome. Détermination des oligoéléments : le zinc et le cuivre par spectrométrie d’absorption atomique. L’électrophorèse des protides dans les liquides biologiques. L’exploration hormonale de l’axe thyréotrope, gonadotrope, somatotrope et corticotrope. Le dépistage prénatal des trisomies 13,18 et 21 et des anomalies de fermeture du tube neural. Le dosage des IgE sériques totales et spécifiques contre une panoplie d’unecentaine d’allergènes. Dosage des Vitamines : vitamines A, B1, C, D, E Activité d’encadrement : Le laboratoire de Biochimie Clinique et d’Hormonologie assure l’encadrement de nombreux étudiants provenant de divers établissements : Des résidents en médecine et pharmacie pour un stage de formation de 6 mois Des élèves ingénieurs pour des stages d’initiation ou des projets de fin d’étude Des techniciens biologistes de l’école supérieure des sciences et techniques de la santé de Tunis pour un stage de formation
- 131. Des étudiants dela faculté des sciences de Tunis et de plusieurs instituts en Tunisie pourun stage d’initiation et de formation ainsi que des projets de fin d’étude et des mémoires de master ou de thèses. Activité de recherche : Le laboratoire de Biochimie Clinique et d’Hormonologie réalise des travaux de recherche portant essentiellement sur le métabolisme osseux et celui de la vitamine D. L’introduction des marqueurs osseux a permis d’enrichir l’activité du service de Biochimie Clinique et d’Hormonologie et ce, dans le but d’intégrer ces dosages prochainement dans le cadre d’activité de routine et de rendre le laboratoire de référence en Tunisie responsable de l’exploration du métabolisme osseux Dans ce sens, une collaboration avec le Laboratoire de Recherche Immuno-Rhumatologie LR05SP01 dans des projets de recherche axés sur l’étude de l’ostéoporose se fait dans 3 thématiques principales : Etude du remodelage osseux et du métabolisme de la vitamine D au cours de l’insuffisance rénale chronique terminale Etude du remodelage osseux et du métabolisme de la vitamine D au cours de la polyarthrite rhumatoïde Etude du remodelage osseux et du métabolisme de la vitamine D au cours de la maladie de Basedow Mise en place de l’accréditation ISO 15 189 v 2012 du laboratoire de Biochimie Clinique et Hormonologie : Suite à l’état des lieux réalisé dans le laboratoire de Biochimie Clinique et d’Hormonologie, un plan d’action a été dressé pour remédier aux principaux écarts constatés par rapport à la norme ISO 15189 v 2012 plusieurs axes prioritaires ont été dégagé : Elaboration du manuel de prélèvement en collaboration avec les différentes structures de diagnostic et le service des consultants externes La méthode 5S : Le projet fait suite à une réorganisation de l’espace de travail dans le but d’améliorer et de faciliter le fonctionnement du laboratoire. Cette réorganisation de l’espace detravail est faite dans le but d’améliorer les conditions de travail et de sécurité. Mise en place de la stratégie de contrôle qualité interne basée sur la méthode Six Sigma Renforcement de la stratégie d’évaluation externe de la qualité par la participation à des programmes internationaux d’évaluation externe de la qualité Suivi des performances pré analytiques du laboratoire et mise en place d’une stratégied’amélioration continue Les chiffres clés du laboratoire 3 Participations à des Jury 3 Vacations et Cours rémunérés 3 Publications dans des revues internationales 5 Diplômes soutenus et 4 en cours 60 042 Analyses effectuées
- 133. Service de VaccinationsAntirabiques et Internationales Liste du personnel du Service des Vaccinations Internationale et Antirabique Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Samy Khoufi Chef de Service Sonia Kechaou- Cherif Médecin Principal de La Santé Publique Anis Riahi Infirmier Major Anissa Khlifi Infirmière Ayoub Raddadi Infirmier Major Principal Chaima Zitouni Infirmière Major Fathia Sedki Infirmière Principale Hanène Dabboussi Infirmière Principale Kaouther El Ouni Infirmière Major Maroua Ben Ali Infirmière Major Principal Mourad Selmi Infirmier Major Rahma Jemai Infirmière Major Imène Mannai Technicienne de gestion contractuelle Rym Taabouri Préparatrice de pharmacie contractuelle Naceur Slimani Ouvrier Présentation Générale du Service : Le service des vaccinations internationales et antirabique est un service de santé publique. Il assure principalement deux activités, la vaccination des voyageurs et la prise en charge antirabique en post exposition. En effet, étant le seul centre agréé par l’OMS pour la vaccination contre la fièvre jaune, il couvre la vaccination de tous les voyageurs en partance vers les pays d’endémie amarile où la vaccination est obligatoire ou recommandé. Il couvre également la vaccination des pélerins lors des saisons de La Omra. Il assure également la vaccination des voyageurs souhaitant avoir des vaccins spécifiques et/ou des vaccins recommandés pour leurs voyages. Ces vaccins sont administrés suite à une consultation médicale dédiée à cet effet. Les consultations permettent également aux voyageurs d’avoir des conseils appropriés pour leur voyage et la prescription de médicaments si nécessaire notamment une chimioprophylaxie adaptée pour la prévention du paludisme. Le service des vaccinations est également le centre de référence pour la prise en charge antirabique en post exposition. Il assure, dans le cadre du programme national de la lutte contre la rage, la prise en charge du traitement antirabique des personnes exposées au virus de la rage provenant essentiellement du grand Tunis mais également celles provenant d’une autre région ou même d’un autre pays. Il participe aussi dans le cadre du programme national à la formation du personnel de santé humaine impliqué dans la lutte contre la rage et les actions de sensibilisation du grand public à la nécessité du recours aux soins dans la prévention de la rage. La vaccination internationale des voyageurs : Durant l’année 2020, au total 10619, actes de vaccination ont été faits soit une baisse de plus de 50% par rapport à l’année 2019 (29604) à cause de la crise sanitaire liée au COVID 19. Parmi ces actes, près de 6501 actes ont été fait dans le cadre de la vaccination des voyageurs en partance essentiellement vers les pays d’Afrique subsaharienne, mais aussi de l’Amérique, du sud est asiatique et certains pays de l’Europe. Seulement 4119 actes de vaccination contre la méningite A/C/Y/W135 ont été faits pour les voyageurs en partance vers l’Arabie Saoudite dans le cadre du petit pèlerinage (El OMRA) contre 14389 actes en 2019. En effet, l’activité de vaccination des pèlerins s’est arrêtée depuis le mois d’avril de l’année 2020 et n’a pas repris. Vaccinations Nombre d’actes Méningite ACYW135 5960 Fièvre jaune 2475
- 134. Hépatite virale B341 Hépatite virale A 318 Poliomyélite 239 Diphtérie-Tétanos 238 Diphtérie-Tétanos-Polio 171 Diphtérie-Tétanos-Polio-Coqueluche 24 Fièvre Typhoïde 323 Rougeole-Oreillons-Rubéole 167 Intradermoréaction à la tuberculine 253 Antirabique préventive 101 Antipneumococcique 9 Total 10619 Près de 300 voyageurs ont bénéficié d’une consultation pré-voyage et ont eu un programme de vaccination recommandée plus au moins complet. La Prise en charge antirabique La prise en charge antirabique en post exposition est une activité en rapport avec le programme national de la lutte antirabique. Il s’agit d’un service gratuit rendu à toute personne exposée au virus rabique par une morsure, griffure ou léchage sur une peau lésée par un animal qui peut transmettre la rage ou même ayant eu un contact avec un animal enragé. Durant l’année 2020, le service a pris en charge 7780 personnes exposées, soit une diminution de 7% par rapport à l’année 2019. Nombre de vaccinés Total Avec sérum Sans sérum Traitement d'observation 667 4404 5071 Traitement complet 568 2015 2583 Traitement de contact 2 126 128 Total 1237 6545 7782 La plupart des personnes agressées (83,5%) se sont présentées dans les 24 premières heures de l’agression pour la prise en charge antirabique. Cela dit, 11,2% des personnes se sont présentées entre 24 et 72h après l’agression et 5,3% après 3 jours de l’agression. Lorsque la sérothérapie est indiquée, le délai d’administration du sérum n’a pas dépassé les 24h dans 95% des cas et a été administré à J0 dans 93% des cas. Délai d’administration de la sérothérapie 0 - 24h 1175 24h – 72h 17 > 72h 45 Parmi les personnes agressées, 65% ont été agressées par un animal connu et observable. Un peu plus de la moitié (54%) d’entre eux ont fait la déclaration à J7 sur l’état de santé de l’animal mis sous observation. Dans 72,5% des cas, l’animal était vivant. Cependant, la documentation de la mise en observation de l’animal agresseur par un vétérinaire qui est systématiquement exigé par le service, n’a été fournie que dans 0,3%. Délai entre l’agression et la prise en charge Nombre de personnes 0 – 24h 6503 24 – 48h 635 48 – 72h 240 3j – 14j 316 > 14j 88
- 135. Parmi l’ensemble despersonnes prises en charge, il y a eu 195 personnes qui ont été exposés au virus par un animal confirmé enragé. Près de 60% (117) ont reçu un traitement de contact car ils n’avaient pas de lésion. Les 40% restants (78) ont présenté des lésions causées par des morsures et/ou des griffures et ont reçu une vaccination complète associée à une sérothérapie. Total des actes en vaccination : Nature de la vaccination Nombre total des actes Chiffre d’Affaire réalisé en 2020 (DT) Structures Pasteurienne d’Affiliation Vaccination internationale 6501 840123,444 Service des vaccinations internationale et antirabique Vaccination de la OMRA 4118 Service des vaccinations internationale et antirabique Vaccination antirabique 18716 Gratuit Service des vaccinations internationale et antirabique Les chiffres clés du laboratoire 3 Conférences 3 Commissions Nationales 1 communication orale dans des congrès internationaux 1 Evènements Scientifiques 29335 actes en vaccination effectués
- 136. Laboratoire d’Hématologie Liste dupersonnel de la structure désignée et sa position/fonction (exemple) Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Menif Samia Professeur /Chef de service LR16IPT07 Imen Kraiem Professeur agrégé Ines Safra Professeur agrégé LR16IPT07 Amina Dhahak Technicien Supérieur Major (surveillante) Rym El Elj Rhaiem Technicien Supérieur Principal Monia Kacem Technicien supérieur Mongia Braham Technicien Supérieur Principal Dorra Chaouachi Technicien supérieur principal Teber Mouheb Technicien supérieur principal Parti en coopération technique depuis 1er septembre 2020 Farrah Ahlem Technicien supérieur principal Hassiba Amouri Technicien supérieur Hind Ben Hadj Othmen Technicien supérieur Chaker Fouzai Technicien supérieur Mbarka Barmett Technicien supérieur Manel Khammessi Technicien Supérieur Mise en disponibilité depuis Aout 2018 Présentation générale du laboratoire : Le laboratoire d’hématologie de l’institut pasteur de Tunis assure des activités diagnostiques dans le domaine de l’hématologie et comporte 4 secteurs d’activité : Un secteur de diagnostic moléculaire des leucémies Un secteur d’immunophenotypage des leucémies Un secteur d’exploration du globule rouge et des enzymes érythrocytaires Un secteur de cytologie sanguine et exploration des troubles de l’hémostase Le diagnostic moléculaire des leucémies consiste à rechercher par RT-PCR les transcrits chimériques générés par les remaniements chromosomiques acquis au niveau du clone tumoral et ce dans un but diagnostique, pronostique et de suivi post thérapeutique. A ce jour, le diagnostic moléculaire des leucémies très utile pour la prise en charge des patients atteints d’hémopathies malignes n’est effectué qu’à l’institut pasteur qui draine de ce fait tous les malades du territoire national ainsi que des patients venant des pays voisins. Ces analyses sont effectuées au diagnostic dans un but pronostique puisque certaines anomalies sont de bon pronostic et autorisent de ce fait d’alléger les protocoles de chimiothérapie, d’autres anomalies sont au contraire de mauvais pronostic et imposent des protocoles thérapeutiques plus lourds pouvant aller jusqu’à la greffe de moelle osseuse. En cours de suivi des patients les anomalies moléculaires identifiées au diagnostic serviront de marqueur du clone tumoral et vont permettre un suivi fiable de la maladie résiduelle qui permet d’apprécier la réponse des malades au traitement et dépister précocement une éventuelle rechute. L’activité diagnostique au niveau de l’unité de l’immunophénotypage des leucémies couvre l’ensemble des applications hématologiques de la cytométrie en flux au diagnostic et au suivi de la maladie résiduelle des hémopathies malignes (les leucémies aigues, les syndromes lymphoprolifératifs, le myélome multiple et la recherche du clone HPN : hémoglobinurie paroxystique nocturne)
- 137. L’exploration du globulerouge comporte l’étude des anomalies de l’hémoglobine, l’exploration des enzymes érythrocytaires ainsi que les anomalies de la membrane des globules rouges dans les anémies hémolytiques. une activité de diagnostic prénatal des hémoglobinopathies est assurée en collaboration avec le service de génétique de l’hôpital Charles Nicolle qui se charge de l’extraction de l’ADN fœtal à partir de villosités choriales puis nous adresse ce prélèvement pour criblage mutationnel. Le secteur Cytologie & Hemostase assure les analyses de numération et formule sanguine, L’étude des troubles de l’hémostase est assurée pour explorer des pathologies thrombotiques et hémorragiques. A côté de cette activité diagnostique, nous réalisons des travaux de recherche dans le laboratoire d’hématologie moléculaire et cellulaire. Ces travaux consistent à une exploration fonctionnelle et moléculaire des mécanismes d’oncogenèse dans les hémopathies malignes (myélome multiple et Leucémie aigue myéloblastique) et une étude des anomalies moléculaires en rapport avec les pathologies du globule rouge. Par ailleurs nous accueillons et nous encadrons des étudiants stagiaires de la faculté de médecine et des autres facultés. Les chiffres clés du laboratoire en 2020 2 Conférences 2 Vacations et Cours rémunérés 1 Participations à des Jury 2 Communications orales et affichées dans des congrès internationaux 2 Publications dans des revues internationales Formation continue réalisée en Tunisie 11 680 Analyse effectuées
- 138. Laboratoire de BactériologieClinique Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Nom et Prénom Position Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation KRAIEM Imen Maître de Conférence Agrégé en Médecine Biologiste responsable Laboratoire d’Hématologie BAHRI Sonia Médecin Biologiste Major (Spécialité Biochimie) Biologiste Laboratoire de Biochimie Clinique Anissa ZARROUK Technicienne supérieure Major Surveillante - Labo Bactériologie Samiha BEN HADJ ALI Technicienne Supérieure Major principale Surveillante - LCBM Sihem BOURAS Technicienne Supérieure Major Analyses et Tests réalisés en 2019/2020 Nombre total d’analyses réalisées en 2019 / 2020 Nombre total de B réalisés en 2019 / 2020 Chiffre d’Affaire (DT) réalisé en 2019 / 2020 Structures Pasteurienne d’Affiliation 4826 / 3330 341675 / 225960 54668 / 36153 Laboratoire de Bactériologie clinique + Nombre d’analyses sous-traitées (CERBA) en 2019 = 448 (non inclus dans nbre total d’analyses). + Nombre d’analyses sous-traitées (CERBA) en 2020 = 467 (non inclus dans nbre total d’analyses). Le laboratoire de Bactériologie Clinique assure les activités suivantes : Les analyses de bactériologie médicale Les analyses de sérologie bactérienne L’analyse du sperme (spermogramme) Les analyses de bactériologie de l’environnement (services de production de l’IPT et les centres hospitaliers externes) Les tests de contrôles des milieux de culture (services de l’IPT et le Laboratoire National de Contrôle des Médicaments) Nous attendons toujours l’arrivée d’un biologiste spécialisé en Bactériologie pour prendre en main et développer les activités de diagnostic et de recherche. Clinical Bacteriology Laboratory provides the following medical services: Bacteriology analysis Bacterial serology analysis Semen analysis (sperm) Environment bacteriology analysis (for IPT production services and hospitals) Quality control of culture media (for services of IPT and the National Laboratory of Drug Control) We are still waiting for a biologist specialized in microbiology to develop diagnosis and research activities. Les chiffres clés du laboratoire en 2020 1 Communication orale et affichée dans des congrès internationaux 3330 Analyse effectuées
- 139. Laboratoire d’Histologie etde Cytogénétique Médicale Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Ahlem AMOURI Professeur Hospitalo- Universitaire/Chef de service Laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique (LR 16 IPT 05) Wiem AYED MCA Hospitalo-Universitaire Laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique (LR 16 IPT 05) Hend CHAKER Assistant Hospitalo-Universitaire (Pharmacienne en coopération à Abou Dhabi) Olfa SELMI Assistant Hospitalo-Universitaire Laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique (LR 16 IPT 05) Mohamed KLAI Résident en Pharmacie ; Etudiant en thèse Helmi GUERMANI Technicien Supérieur Principal - Surveillant Nabila ABIDLI Technicien Supérieur Principal Hédia CHERNI Technicienne Supérieure de la Santé (Remplacement d’Imen CHEMKHI) Imen CHARFI Technicienne contractuelle sur le LR. Début Novembre 2020 Rym OBAY Technicien Supérieur Principal (Congé longue durée, absente depuis Décembre 2017) Indicateurs de Performance 1. ACTIVITES DE DIAGNOSTIC : Notre service reste le laboratoire de référence pour le diagnostic de l’Anémie de Fanconi et représente l’unique laboratoire étatique réalisant tous les caryotypes médullaires du grand Tunis et du Nord de la Tunisie *La répartition des examens pratiqués en 2019 s’établit comme suit : ♦ Caryotypes onco-hématologiques : Caryotypes sur moelle osseuse 597 (B900) Caryotypes avec recherche d’instabilité chromosomique 31 (B900) Caryotypes sur sang de contrôle du chimérisme post greffe de Moelle osseuse 2.(B450) ♦ Caryotypes constitutionnels post natals (après consultation) : (B450) (Suspendus depuis Février 2018) Les chiffres clés du laboratoire en 2020 4 Conférences 1 Participation à des Jury 3 Encadrement Pédagogique en cours en 2020 1 Formation continue réalisée à l’étranger en 2020 710 Analyses et Tests réalisés en 2020
- 140. Laboratoire de Cyto-Immunologie Listedu personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Mohamed Ridha Barbouche Professeur hospitalo- Universitaire/Chef de service Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections (LR11IPT02)/Unité de Cytométrie Imen Ben Mustapha Professeur Hospitalo- Universitaire Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections (LR11IPT02) Najla Mekki Pr. Agrégée Hospitalo- Universitaire Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections (LR11IPT02) Afef Rais Assistante Hospitalo- Universitaire Laboratoire Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections (LR11IPT02) Zeineb Ben Lamine Résidente en Immunologie - Firas Bouzakoura Résidente en Immunologie - Beya Largueche Technicienne Supérieure Major/Surveillante Unité de Cytométrie Amira Safi Technicienne Supérieure Unité de Cytométrie Souad Hnena Technicienne Supérieure Unité de Cytométrie Jaweher Naoui Ouvrière - Au cours de l’année 2020 et en réponse à la pandémie COVID-19 le laboratoire s’est engagé à côté de ses activités habituelles dans l’investigation des enfants immunodéficients et immunocompétents infectés par SARS CoV-2 par l’investigation de leurs réponses immunes humorales et cellulaires. Le Laboratoire de Cyto-Immunologie a, par ailleurs, poursuivi au cours de l’année 2020 et en étroite collaboration avec les Pédiatres de tous les CHU de Tunis, Sousse, Sfax, Kairouan, Mahdia, Bizerte, Nabeul et Monastir, son activité de biologie clinique spécialisée orientée notamment vers l’exploration immunologique, cellulaire et moléculaire des enfants suspects de déficits immunitaires primitifs (DIPs). Cet effort a été étendu à la recherche de DIPs de l’adulte, en collaboration notamment avec les services de Médecine Interne du pays. L'exploration de ces patients est particulièrement intéressante dans notre population Maghrébine caractérisée par une forte endogamie. En effet, l'incidence de ces déficits immunitaires est beaucoup plus élevée que dans d'autres régions du monde, en raison de la fréquence des formes à transmission autosomale récessive favorisées par la consanguinité. L'exploration immuno-génétique de ces déficits permet de porter un diagnostic précis nécessaire à la prise en charge appropriée de ces patients à la fois curative (greffe de moelle osseuse, IVIg, IFNg…) et préventive (conseil génétique et diagnostic prénatal). En effet, à côté de la greffe de moelle osseuse lancée depuis quelques années au Centre National de Greffe de Moelle Osseuse pour des enfants atteints de DIPs, nous avons commencé à proposer un diagnostic prénatal aux familles affectées présentant un déficit en LFA1, en molécules HLA de Classe II ou un syndrome d’Omenn; ces pathologies sont caractérisées par l’existence d’un effet fondateur dans notre population avec une mutation unique responsable de la majorité des cas observés. En chiffres, l’activité du laboratoire en 2020 et malgré la situation sanitaire exceptionnelle du pays est restée assez stable avec un chiffre total en équivalents B de 482010. Nous avons ainsi effectué plus de 3500 explorations pour des patients suspects de DIPs incluant l’étude des sous populations lymphocytaires après immunomarquage et lecture au cytomètre en flux [sur PBMCs avec plusieurs
- 141. marqueurs étudiés (CD3,CD4, CD8, CD19 et éventuellement DR, LFA1/CD18, NK, RIFNg, Fas...) et sur lymphoblastes après stimulation PHA (DR, RIL12) ou PMA-IONO (Ligand du CD40), les tests de prolifération aux mitogènes et aux antigènes vaccinants et l’étude des fonctions des cellules phagocytaires (test semi-quantitatif NBT au LPS et au PMA et test quantitatif avec lecture en cytométrie en flux maintenant instauré en routine). Le dosage pondéral des immunoglobulines a été demandé pour tous les patients et effectué en sous-traitance à l'Institut. Les sérologies pré et post- vaccinales sont également pratiquées. Nous avons également introduit en 2020 une nouvelle exploration qui est le marquage intracytoplasmique de la protéine WASP pour confirmer le diagnostic de la maladie de Wiskott-Aldrich. Nous poursuivons également la recherche de mutations récurrentes. Le laboratoire s’est équipé en 2020 d’un cytomètre de paillasse BD-Lyric. Les chiffres clés du laboratoire en 2020 441 Analyses effectuées 1 Analyse et Test Nouvellement Introduit
- 142. Laboratoire d’Epidémiologie etd’Ecologie Parasitaire Composition de l’équipe Professeur Karim AOUN, MD, PHU - Présentation générale Le service de laboratoire d’épidémiologie et d’écologie parasitaires (LEEP) est une structure hospitalo- universitaire de santé publique traitant du de la Parasitologie médicale et de l’épidémiologie, l’écologie et le contrôle des maladies parasitaires endémiques et/ou d’intérêt en Tunisie. C’est une structure de surveillance, d’investigation, d’analyse, de proposition, de soutien et d’intervention sur les risques sanitaires liés aux parasites en Tunisie. Les activités et les objectifs actuels du service sont axés principalement sur : - la surveillance des maladies parasitaires d’intérêt en Tunisie - l’étude des facteurs de risque et des modalités de transmission des maladies en question - l’investigation et l’analyse des données épidémiologiques, écologiques et environnementales impactant la transmission et la distribution des maladies en question - la contribution et la participation à la stratégie nationale et aux actions menées contre ces maladies - la formation et l’encadrement des intervenants (médicaux, paramédicaux et autres) à tous les niveaux d’intervention (diagnostic, surveillance et contrôle) La grande diversité des axes sous citées témoigne de la multiplicité et de la multidisciplinarité des champs d’actions ce qui nécessite des nombreuses interactions et collaborations du service aussi bien au sein de l’Institut Pasteur de Tunis (IPT) qu’en dehors. Dans ce sens, les principaux échanges se fnt avec : - Le laboratoire de Parasitologie-Mycologie (LPM) d’IPT dont la plateforme et l’expertise dans le diagnostic biologique des maladies parasitaires sont actuellement fort utiles pour le fonctionnement du service et la réalisation de ses missions - Le laboratoire de recherche « Parasitoses médicales, Biotechnologies et Biomolécules » LR 16-IPT- 06 avec lequel s’organisent les activités de recherche dont la mise en place de certains protocoles et les investigations sur le terrain - La Direction des Soins de Santé de Base (DSSB) et ses différents départements particulièrement ceux en charges de l’épidémiologie et de la surveillance des maladies transmissibles et des zoonoses - Les Directions régionales de la Santé particulièrement celles de Kairouan, Zaghouan et Tataouine - Certains Commissariats Régionaux au Développement Agricoles avec lesquels s’organisent les activités sur les réservoirs zoonotiques de certaines parasitoses particulièrement ceux de Kairouan, Sidi Bouzid et Zaghouan - La Direction de l’Hygiène du Milieu et de la Protection de l’Environnement (DHMPE) du Ministère de la Santé (MS) avec laquelle s’organisent les activités écologiques et celles sur les arthropodes vecteurs - Les services hospitaliers particulièrement certains de Dermatologie, de Pédiatrie, de Maladies infectieuses et de Gastro-entérologie. - L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) via ses bureaux à Tunis et au Caire (EMRO) ainsi que certains programmes à Genève Lors de ces dernières années les activités ont surtout concerné 3 zoonoses endémiques et prioritaires en Tunisie à savoir la leishmaniose viscérale, la leishmaniose cutanée et l’hydatidose. Le Paludisme qui reste à risque de réintroduction en Tunisie malgré son élimination a été largement traité en 2020 dans le cadre de l’actualisation de certaines actions du programme national de contrôle de la maladie. - Principales activités réalisées en 2020 - Le poursuite, en partenariat avec la DSSB et l’OMS, de la surveillance de la prise en charge de la leishmaniose viscérale en Tunisie dans le cadre de l’application des directives de la circulaire 19/2018 du Ministère de la Santé. Les nouvelles dispositions auxquelles nous avons grandement participé intègrent d’une part le diagnostic biologique de la maladie par l’introduction des tests rapides et d’autre part la mise à disposition de l’Amphotéricine B liposomale dans le traitement. - La préparation en partenariat avec la DSSB et les partenaires régionaux de différentes disciplines de la phase opérationnelle de la nouvelle stratégie nationale globale validée pour le contrôle de la leishmaniose cutanée en Tunisie. La situation sanitaire en rapport avec la pandémie de COVID 19 a beaucoup perturbé la mise en place de ce projet.
- 143. - La finalisation,en partenariat avec le service des vaccinations internationales de l’IPT, d’une étude sur la perception du risque de paludisme ainsi que le respect des mesures prophylactiques par le voyageur tunisien en partance vers les zones d’endémie d’Afrique sub-saharienne. L’analyse des résultats permettra une actualisation des recommandations nationales sur le sujet et une réflexion pour la promotion et l’organisation de la médecine des voyages en Tunisie, - La production de 2 documents pédagogiques nationaux sur le Paludisme sous l’égide de la DSSB et en partenariat avec la Société Tunisienne de Pathologie Infectieuse (STPI) et des experts nationaux sur la maladie. Le 1er document traite de la prise en charge de la maladie dans les structures sanitaires et le 2ème du diagnostic biologique dans les différents laboratoires d’analyses médicales. Ces documents sont destinés aux agents de santé impliqués sur le Paludisme en Tunisie (médecins, pharmaciens, techniciens en biologiste, infirmiers). - La Participation aux activités de diagnostic des maladies parasitaires particulièrement la leishmaniose viscérale, la leishmaniose cutanée et le paludisme au sein du Laboratoire de Parasitologie-Mycologie de l’IPT - La mise en place et l’exécution de multiples activités de recherche. Cela se fait dans le cadre protocoles et de projets nationaux et internationaux particulièrement avec le LR 11-IPT-06, l’IP de Paris- France, l’IP d’Algérie, l’Instituto Zooprofilattico Sperimentale della Sicilia-Italie et l’Université Fédérico II de Naples-Italie. Les thématiques traitées portent principalement sur les leishmanioses humaines et canines, les phlébotomes, le paludisme et le Microbiote intestinal et cutané. - L’encadrement et la formation de résidents en Médecine ainsi que de stagiaires tunisiens et étrangers sur des thématiques de santé publiques faisant partie des expertises disponibles et développées Les chiffres clés du laboratoire 1 Conférences 2 Vacations et Cours rémunérés 2 Participations à des Jury 1 Communication orale et affichées dans des congrès nationaux Publications dans des revues internationales 3 Diplômes en cours
- 144. Unité Spécialisée desMycoplasmes Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi Biologiste Principale, Responsable de l’Unité Spécialisée des Mycoplasmes Laboratoire de Recherche en Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique Nadine Khadhraoui Technicienne Supérieure Principale idem Béhija Mlik Technicienne Supérieure, Principale/Surveillante idem Elhem Laouini Agents ouvrier idem Mycoplasmes Humains et Covid-19 Compte tenu des circonstances particulières engendrées par la pandémie due au Coronavirus, SARS- Cov-2, responsable de la Maladie Infectieuse Respiratoire appelée Covid-19, il y’a eu une baisse notable des analyses des mycoplasmes. Toutefois, nous avons noté une demande accrue des analyses de Mycoplasma pneumoniae, un pathogène des voies respiratoires supérieures, chez des patients atteints du Covid-19. Les prélèvements ont émanés de différents centres hospitaliers du Grand-Tunis. Les résultats sérologiques obtenus ont montré des titres significatifs des anticorps dirigés contre Mycoplasma pneumoniae chez les patients positifs en Coronavirus. Réactivité, par western blot, des sérums des patients positifs en SARS-COV-2 avec l’antigène de Mycoplasma pneumoniae Puits1 : Témoin négatif Puits 2 : Témoin positif (Acs humains dirigés contre M. pneumoniae) Puits 3-9, 13 et 15 : Sérums des patients positifs en SARS-COV-2 réagissant avec l’antigène de M. pneumoniae. Puits 10, 11,12 et 14 : Sérums des patients positifs en SARS-COV-2 présentant une réaction négative avec l’antigène de M. pneumoniae. Puits 16 : Témoin positif ; Acs polyclonaux dirigés contre M. pneumoniae. Les chiffres clés du laboratoire 736 Analyses réalisées
- 145. Services des consultantsexternes Présentation générale du service Le service des consultants externes assure l'activité pré et post diagnostique. Il centralise l'ensemble des prélèvements à destination des différents laboratoires d'analyses biomédicales concernant tant les analyses de routine que les analyses spécialisées. Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction (exemple) Prénom, Nom Position/Fonction Dr Radhia Ammi /Responsable du Service Mme Amira Ammar/ Surveillante Du Service Mme Faiza Lajreb/Technicien Sup en Biologie Mme Mouna Maghrebi/Sage femme Mme Nesrine Ghannem/Infirmière Major Mme Fatma Khardeni/Infirmière Major Mr Sahbi Miraoui /Infirmier Major Melle Afef Rebhi/Infirmier Major Melle Amel Arraki/Infirmier Major Mr Issam Belghith/Technicien Supérieur Melle Takwa Chaachouai/Technicien Supérieur Mme Sana Gaaloul/ Ouvrière(Saisonnier) Melle Sabrine Toumi/ Ouvrière(Saisonnier) Mr Hamza Nasfi/ Ouvrier(Saisonnier) Mme Safa Trabelsi/ Ouvrière(Saisonnier)Ouvrière(Saisonnier) Chiffres clés de l’année 2020 65029 DT de chiffre d’affaire
- 146. Production de vaccinset sérums thérapeutiques
- 147. Direction de laproduction Liste du personnel Nom/Prénom Position / Fonction Nizar LAABIDI Docteur en Pharmacie Chef de service Pharmacien Responsable et directeur technique de l’unité Liste des services de l’unité DT : Direction technique PPB : Service de production des plasmas bruts ST : Service de purification des sérums thérapeutiques BCG : Service de production des vaccins BCG AQ : Service Assurance Qualité MN : Unité de Maintenance Production RD : Unité de recherche et développement production Liste du personnel de l’unité Fonction/nombre PPB ST BCG CQ AQ MN DT TOTAL Pharmacien 1 1 1 1 4 Vétérinaire 1 1 Ingénieur 1 1 1 3 Administrateur 0 0 Technicien supérieur 1 5 5 8 3 22 Infirmier 1 1 2 4 Secrétaire 1 1 2 Ouvrier 4 4 3 3 14 Total 8 12 11 13 3 5 2 50 Liste des produits de l’unité Vaccin BCG : vaccin utilisé à la naissance pour immunisation contre la tuberculose.
- 148. Immun BCG Frais: traitement curatif descancers primitifs de la vessie. SAR : Sérum antirabique : Médicament à administrer en cas d’exposition (morsure ou griffure) à un animal potentiellement enragé. SAS : Sérum antiscorpionique : Médicament à administrer en cas de piqure de scorpion. SAV : Sérum antivipérin : Médicament à administrer en cas de morsure de vipère. Nombre de doses vendues Type de produit Nombre de doses vendues en 2019 Nombre de doses vendues en 2020 Chiffre d’affaire en DT en 2019 Chiffre d’affaire en DT en 2020 Vaccin BCG intradermique 23870 18420 214830 165780 BCG frais pour immunothérapie 14004 13050 910260 848250 Sérums antiscorpionique 7863 151 275.670 6110 Sérums antivipérins 840 840 34.070 35.697 Sérums antirabique 2020 1010 60.600 32.100 TOTAL en DT 1235547 1161837
- 149. Figure 1 :Chiffre d'affaire unité de production 0 200000 400000 600000 800000 1000000 1200000 1400000 1600000 1800000 2000000 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Chiffre d'affaire
- 150. Service de Productiondu Vaccin et Immun BCG Liste du personnel Prénom, Nom Position Fonction Nizar Laabidi Pharmacien Responsable Technique Pharmacien Responsable de Fabrication (par interim) Imen Ferchichi Ingénieur Principal Rachid Khzémi Infirmier Principal Surveillant du laboratoire Abir Agoubi Technicien Supérieur _ Mariem Lahyéni Technicien Supérieur _ Soufiène Dhiflaoui Technicien Supérieur Contrat sur projet depuis le 2009 Kamel Abidi Aide soignant _ Saida Rouahi Infirmière _ Mohamed Ali Salhi Technicien Supérieur Contrat sur projet depuis le 2013 Ibtissem Helal Ouvrier Recruté au mois de 07/ 2013 Saida Helal Ouvrier _ Latifa Jlassi Ouvrier _ Wassim Ben Aziza Technicien Supérieur Contractuel occasionnel Indicateurs de Performance Type de produit Nombre de doses vendues en 2019 Nombre de doses vendues en 2020 Chiffre d’affaire en DT en 2019 Chiffre d’affaire en DT en 2020 Vaccin BCG intradermique 23870 18420 214830 165780 BCG frais pour immunothérapie 14004 13050 910260 848250 UNITE DE PRODUCTION DES SERUMS THERAPEUTIQUES : SAR : Sérum antiscorpionique Boite unitaire de 10 ml Boite de 10 ampoules de 10 ml SAV : Sérums antivipérin Boite unitaire de 10 ml Boite de 10 ampoules de 10 ml SAR : Sérum antirabique Boite de 10 ampoules de 10ml Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction (exemple) Prénom, Nom Position/Fonction Sarra Ouahchi Pharmacien Responsable du service Thouraya Hamza Technicienne supérieure principale Meherzia Mahjoub Technicienne supérieure principale Omrane Ben Mansour Technicien supérieure principal Imen Hazemi Technicienne supérieure principale Amira Zrig Infirmière Majdi Turki Technicien supérieur Nada Fourati Technicienne supérieure Ahmed Taib Ouvrier Mohamed Yacoubi Ouvrier Walid Ben Saida Ouvrier Nombre de doses vendues Type de produit Nombre de doses vendues en 2019 Nombre de doses vendues en 2020 Chiffres d’affaire en DT en 2019 Chiffres d’affaire en DT en 2020 Sérums antiscorpionique 7863 151 275.670 6.110 Sérums antivipérins 840 840 34.070 35.697 Sérums antirabique 2020 1010 60.600 32.100
- 151. TOTAL 10723 2001370.340 73.900 Service Contrôle qualité A- Liste du personnel Prénom, Nom Position Fonction Remarques Sana MASMOUDI Pharmacien Responsable Safa HAMDI Ingénieur principal - Emna SIOUD Technicien Supérieur Major Surveillante Surveillante du service depuis 2018 Emna GHRIBI Technicien Supérieur _ Olfa SASSI Technicien Supérieur _ Safia HAMDA Technicien Supérieur _ Maroua BEN KHEDER Technicien Supérieur _ Occasionnelle depuis octobre 2012 Mariem AOUADI Occasionnelle recrutée en Décembre 2018 Abdeljalil AMERI Ouvrier _ Ahmed AYARI Ouvrier _ Description des tâches : - Assurer le contrôle des matières premières et utilités entrant dans la fabrication des produits pharmaceutiques. - Assurer le prélèvement et le contrôle des produits à différents stade de la fabrication. - Contrôle microbiologique de l’environnement. - Rédaction des rapports d’évaluation périodique de la qualité de l’eau et de l’environnement. - Validation des méthodes d’analyse utilisées. - Rédaction des procédures relatives au laboratoire de microbiologie. B- Nombre d'analyses du laboratoire de contrôle qualité 1- Contrôles Invivo : Analyse Produit Stade Nombre d’analyse Total Titrage par seroneutralisation PAR Cheval 0 3 Clarifié 1 Vrac 1 PSF 1 PAS Cheval 0 10 Clarifié 4 Vrac 2 PSF 4 PAV Cheval 0 3 Clarifié 1 Vrac 1 PSF 1 Toxicité PAR Vrac 0 1 PSF 1 PAS Vrac 2 4 PSF 2 PAV Vrac 1 2 PSF 1 Solvant PSF 4 4 Recherche de mycobactéries virulentes immunBCG PSF 5 9 BCGid PSF 4
- 152. Hypersensibilité retardée du vaccinBCG BCGid PSF 0 0 Réactivité cutanée du vaccin BCG BCGid PSF 0 0 Hypersensibilité à la réception 54 54 Titrage du Venin BOT 0 0 AaH 0 Cc 0 VL 0 Titrage du CVS 0 0 * problème disponibilité cobayes Préparation Solution Désignation Nombre BSA 1% 01 Eau physiologique 01 PBS 01 2- Contrôle NUV : Produit Analyse Stade Nombre immunBCG Test de numération des unîtes viables Vrac 08 PSF 10 BCGid Test de numération des unîtes viables Vrac 0 PSF 0 Thermostabilité PSF 0 Référence NUV PSF 8 Lots essais NUV PSF 3 Préparation Solution et milieux de culture Désignation Nombre 7H10 11 Sauton 1/4 6 3- Contrôle microbiologique Type d’analyse Produit Stade Nombre Total Stérilité PAR Poche 0 4 Vrac 2 PSF 2 PAS Poche 59 70 Vrac 5 PSF 6 PAV Poche 19 22 Vrac 1 PSF 2 BCGid SM 4 12 Filtrat 4 Vrac 2 PSF 2 immunBCG SM 20 58 Filtrat 20 Vrac 8 PSF 10
- 153. Solvant Vrac 24 PSF 2 Préparation des milieux de culture : Désignation Nombre TCS bouillon 5 TG bouillon 5 R2A gélose 5 TCS gélose 0 Sabouraud gélose 0 4- Contrôle Physicochimique Type d’analyse Service Nombre Total Contrôle des matières premières ST 6 20 BCG 14 ST 2 3 Analyse Produit Type Nombre Contrôle de l’environnement (par boite) ST Aerobiocontamination 258 Sédimentation 200 Surface 124 Personnel emprunte 138 Personnel tenue 551 BCG Aerobiocontamination 60 Sédimentation 484 Surface 90 Personnel emprunte 598 Personnel tenue 850 Contrôle de l’eau EPPI Contrôle microbiologique 38 Endotoxines 38 Contrôle physicochimique 38 Eau purifiée Contrôle microbiologique 27 Contrôle physicochimique 38 Eau osmosée Contrôle microbiologique 38 Contrôle physicochimique 38 Eau potable Contrôle microbiologique 38
- 154. Contrôle des articlesde conditionnement BCG 1 Contrôle des protides ST 7 7 Electrophorèse des protides ST 9 9 Volume extractible ST 6 6 BCG immunBCG 8 10 Solvant 2 Teneur en eau des BCG id BCG 0 0 Préparation des solutions : Désignation Nombre Solutions non titrées 86 Solution titrées 22 Solutions tampons 29 5. dossiers analytiques émis : Désignation Nombre Dossier analytique BCG-id 4 Dossier analytique solvant BCG-id 5 Dossier analytique Immun BCG 8 Dossier analytique PAS 3 Dossier analytique PAV 1 Dossier analytique PAR 2
- 155. Service Assurance Qualitéde Production Liste du personnel Prénom, Nom Position Fonction Mr Nizar LAABIDI Directeur de Prodcuction Pharmacien Responsable Technique Mme Leila BARBOUCHE Pharmacien Responsable du service Responsable du service Mme Dorra Ben Abdessalem Ingénieur Principal - Mme Soumaya BEN AMOR Secrétaire - I. Gestion Documentaire II. Gestion Documentaire I.1 Procédures et enregistrements Procédures et enregistrements révisées et mise en application 2020 • Service de Production du Vaccin BCG - Révision de 32 procédures : • Assurance Qualite - Révision de 13 procédures : • Service de production des Sérums thérapeutiques - Révision de 9 procédures : 1.2 Fiches d’incidents : Nombre total des fiches d’incidents reçues en 2020 : 148 fiches d’incidents Service BCG : 4 fiches d’incidents Service ST : 43 fiches d’incidents Contrôle qualité : 93 fiches d’incidents Service de la maintenance : 02 fiches d’incidents Service de production des plasmas bruts : 04 fiches d’incidents Service de recherche et développement : 01 fiche d’incident
- 156. III. Libération deslots en interne 2020 Service de Production du vaccin BCG Service de Production des Sérums Thérapeutiques Vaccin BCG Immun BCG PAR PAS PAV 102/18 106/19 220 163 217 169 166 IV. Etalonnages et vérification V. Etalonnages et vérification • 1-Etalonnage en interne L’étalonnage et la caractérisation des équipements du service de production des vaccins BCG et des sérums thérapeutiques se fait annuellement pendant la période d’arrêt de production c’est à dire le mois de Juin 2020. Le tableau ci-dessous mentionne tous les équipements étalonnés en interne par le service métrologie de l’IPT. Laboratoire Equipement Marque Identification Étendue/plage d’utilisation BCG Autoclave LEQUEUX 1-11/019 121°C et 134°C Balance ADAM PW 214 1-11/082 0.01g à 210g Balance SARTORIUS 1-16/023 50g à 6100g Congélateur HETO 1-26/047 -80°C Congélateur REVCO 1-26/015 -80°C Congélateur SANYO 1-26/027 -25°C Congélateur THERMO 1-26/080 -80°C Congélateur KW 1-26/083 -30°C Enceinte Réfrigérée FIRLABO 1-16/032 4°C Enceinte Réfrigérée REVCO 1-26/042 4°C Enceinte Réfrigérée REVCO 1-02/078 4°C Etuve BINDER 1-02/011 32°C Etuve HERAEUS 1-16/045 37°C Etuve JOUAN 1-15/020 37°C Etuve MEMMERT 1-11/041 80°C Lyophilisateur EDWARDS 1-16/023 121°C Sérums Thérapeutiques Autoclave TELESTAR 2-02/035 134°C Etuve Réfrigérée REVCO 2-05/044 4°C Etuve Réfrigérée REVCO 2-05/043 4°C Etuve Réfrigérée REVCO 2-04/036 4°C Chambre Froide FRIGA BOHN 2-28/072 4°C Balance SARTORIUS 2-20/007 50g à 6100g Balance METTLER 2-20/008 0.5g à 1500g
- 157. CQ Autoclave LEQUEUXLC 033 121°C Autoclave SYSTEC LC087 121°C Etuve MEMMERT LC 005 22.5°C Etuve MEMMERT LC 006 32.5°C Balance ADAM PW 214 LC093 0.01g à 210g Etuve MEMMERT LC 007 56°C Etuve MEMMERT LC 008 32.5°C Etuve MEMMERT LC 009 37°C Enceinte ALMIA LC 073 2 à 8°C Enceinte Réfrigérée FAGOR LC 074 2 à 8°C Congélateur THERMO LC095 -80°C Baine Marie MEMMERT LC002 37°C Baine Marie MEMMERT LC039 37°C Réfrigérateur SABA LC 068 4°C Production des plasmas bruts Four poupinel MEMMERT PPB003 80°C Bain marie MEMMERT PPB004 37°C Chambre froide SABA PPB005 4°C Congélateur FAGOR PPB007 -20°C • 2-Etalonnage en externe Compte tenue du manque de matériel approprié, certaines opérations d’étalonnage sont effectuées en sous traitance. Une consultation externe est lancée chaque année pour le réétalonnage annuel des équipements mentionnés dans le tableau ci-dessous. Cette prestation a été effectuée en mois de Décembre 2020. N° Test à effectuer Qté 1 Caractérisation métrologique des cycles de dépyrogénisation de 3 fours : ST à240°C, BCG à 230°C et CQ à 250°C. 3 2 Caractérisation métrologique d’un four à moufle (0 à 1200°C ) 1 4 Etalonnage des manomètres de pression inclinés des ZAC 30 5 Etalonnage des manomètres numériques des centrales de traitement d’air 12 6 Validation physique et biologique des autoclaves 3 7 Validation physique et biologique des fours de dépyrogénisation. 3 • 3- Etalonnage des équipements de contrôle de l’environnement
- 158. Les équipements decontrôle d’environnement de l’unité de production des vaccins BCG et des sérums thérapeutiques sont étalonnés chez les sociétés sont suivants : • Compteur metone : chez KBS • Compteur light house : chez la société biomaghreb • Les 2 biocollecteurs MAS et MAS 100 : chez la société LT2E VI. Qualification des locaux Les systèmes à qualifier sont : Système Périodicité Centrales de traitement d’air 1 fois / ans ( Mois de Juin/juillet 2020) III- Habilitation à l’habillage : Année Personnes habilités (nouvellement récrutés) Date 2020 Malek douh 21/02/2020 Moez bali 28/02/2020 Rhiad Telmoudi 21/02/2020 Zahia Gohzzi 15/01/2021 IV- Formation du personnel : * Formation sur sensibilisation à la norme ISO 9001 v 2015 des correspondants qualités de l’unité de production en novembre 2020 V- Approbation des protocoles : - Révision de la liste des équipements de service BCG novembre 2020 - Révision de la liste des équipements de service CQ décembre 2020 - Révision de plan directeur de validation en décembre 2020 - Révision de protocole de validation des étapes aseptiques du procédé de fabrication du vaccin BCG intradermique en février 2020
- 159. Unité de Productiondes plasmas bruts Composition de l'équipe Nom/Prénom Position/Fonction Trifi Mounir Vétérinaire/Responsable de l'unité Kochbati Saber Technicien d'élevage Mabrouk Mohamed Ouvrier Nefzi Slim Ouvrier Laabidi Mohamed Omar Ouvrier saisonnier Hamrouni Kais Ouvrier occasionnel Présentation des activités de l'unité I/ Plasma antiscorpionique 475,5 litres de sérum antiscorpionique brut ont été livrés au laboratoire de purification de sérums thérapeutiques. Ils correspondent à la production de 10 chevaux hyperimmunisés par le venin d'Androctonus australis et Buthus occitanus II/ Plasma antivipérin 132,5 litres de sérum antivipérin brut ont été livrés au laboratoire de purification de sérums thérapeutiques. Ils correspondent à la production de 04 chevaux hyperimmunisés par le venin de vipères Cerastes cerastes et Vipera lebetina III/ Plasma antirabique 18 litres de sérum antirabique brut ont été livrés au laboratoire de purification de sérums thérapeutiques. Ils correspondent à la production de 07 chevaux hyperimmunisés par le vaccin antirabique. Pour cette rubrique, il faut bien noter qu'après concertation avec Monsieur le directeur de production, et en attente de la purification du stock considérable existant de plasma brut antirabique, on a bien opté pour l'arrêt provisoire de la saignée des chevaux producteurs de sérum antirabique brut et ce à partir du 12 juin 2019. Objectifs ➢ Principal et stratégique: satisfaire le besoin national en sérums thérapeutiques antiscorpionique, antirabique et antivipérin ➢ Afin d'améliorer les conditions et la qualité du travail une demande de renforcement de l'effectif par deux ouvriers a été lancée ➢ Une demande de recrutement d'un médecin vétérinaire a été lancée et ce pour palier et remplacer le vétérinaire responsable du service en cas d'empêchements ➢ En vue d'offrir les meilleures ambiances du bien être pour les chevaux, une demande de travaux de réaménagement au niveau des locaux du service de production des plasmas bruts a été fournie
- 160. Unité de rechercheet développement Liste du personnel Prénom, Nom Position Nizar LAABIDI Pharmacien Responsable Technique Emna BEN SNOUSSI Ingénieur Principal Description des tâches : - Analyser les dysfonctionnements du procédé de fabrication des sérums thérapeutiques et participer à la mise en place d'une démarche d'amélioration continue. - Validation des méthodes d’analyse utilisées - Mise au point et optimisation d’une technique de titrage des anticorps neutralisants le venin de vipère Vipera lebetina par ELISA. - Mise au point d’une méthode de numération des unités viables (NUV) du vaccin BCG intradermique alternatives à la méthode de référence spécifiée par l’OMS et qui est basée sur la NUV par culture sur milieu solide - Participer à la mise en place du système documentaire par la rédaction de procédure, fiches d’enregistrement et dossier d’AMM. - Indicateurs de Performance Nombre d'analyses de l’unité de recherche et développement Type d’analyse Nombre Titrage des anticorps anti-scorpionique 10 Titrage des anticorps anti-vipérin 10 Numération des unités viables dans le vaccin BCG intradermique 6 TOTAL 26 1- Titrage des chevaux producteurs de sérums : Effectuer un suivi mensuel de l’immunisation des 10 chevaux producteurs du PAS et 4 chevaux producteurs du PAV, afin de détecter à priori les baisses de la réponse immunitaire et d’échanger à propos de ces résultats avec le service producteur. De même, ce suivi est indispensable pour évaluer l’impact d’un éventuel changement de lot d’antigène et aussi en cas de survenue d’un incident quelconque (baisse du titre, changement de protocole, état de santé de l’animal…). Des solutions sont proposées pour maintenir un taux d’anticorps satisfaisant pour les prochaines étapes de purification. 0 10 20 30 217 215 308 309 janv-20 févr-20 avr-20 mai-20 juin-20 juil-20 sept-20 Suivi des chevaux PAV année 2020
- 161. 2- Contrôle dela Numération des unités viables dans le vaccin BCG intradermique : Mise au point d’une méthode de numération des unités viables (NUV) du vaccin BCG intradermique alternatives à la méthode de référence spécifiée par l’OMS et qui est basée sur la NUV par culture sur milieu solide 3- Gestion documentaire Assurer le reporting (tableau de bord, rapport d’activité…) pour son activité. Rédaction de 2 procédures : - Procédure d’immunisation des chevaux producteurs de plasma anti vipérin - Procédure d’immunisation des chevaux producteurs de plasma antiscorpionique Perspectives pour l’année 2021 - Analyser les écarts (produits, paramètres du procédé de purification des sérums thérapeutiques…) et identifier leurs causes, et proposer les mesures correctives ou les réajustements. - Etablir et contrôler les coûts analytiques de production et analyser les écarts. - Assurer la veille technologique pour l’amélioration du procédé de production actuel afin d’augmenter le rendement et de réduire les coûts de production. - Optimiser la NUV de l’immun BCG. - Participer à l’amélioration du système de management de la qualité. 0 10 20 30 40 50 135 136 130 133 131 140 141 142 143 144 janv-20 févr-20 mars-20 avr-20 juin-20 juil-20 sept-20 Suivi des chevaux PAS année 2020
- 162.
- 163. Direction de laMaintenance et des Services Communs 1. COMPOSITION DE LA DIRECTION ET ORGANIGRAMME FONCTIONNEL : Service Nom et Prénom Grade Fonction/Poste DIRECTION Naceur El Ouni Ingénieur général Directeur de la maintenance et des services communs SOUS DIRECTION DE LA MAINTENANCE GENERALE Moncef Zaidi Ingénieur général Sous-directeur SERVICE DE MAINTENANCE DES EQUIPEMENTS SCIENTIFIQUES Nesrine Laaribi Ingénieur Principal Chef de service SERVICE DE MAINTENANCE DES EQUIPEMENTS SCIENTIFIQUES Ines Ben Moussa Technicien Technicienne en biomédicale SERVICE DE MAINTENANCE DES EQUIPEMENTS SCIENTIFIQUES Ghaieth Mahmoudi Attaché administratif Technicien en télécommunication et équipements bureautiques SERVICE DE MAINTENANCE DES EQUIPEMENTS SCIENTIFIQUES Arbi Rekaya Agent Technique Technicien en biomédicale SERVICE DE MAINTENANCE DES EQUIPEMENTS SCIENTIFIQUES Jalel Tiouiri Ouvrier Technicien en télécommunication et équipements bureautiques SERVICE DE MAINTENANCE GENERALE Bechir Doufani Technicien major Chef de service UNITE ELECTRICITE Akacha Ksouri Technicien principal Responsable unité d’électricité UNITE ELECTRICITE Wael Khmiri Technicien Technicien en électricité UNITE ELECTRICITE Houcine Bejaoui Ouvrier Technicien en électricité UNITE D’ENTRETIEN GENERAL Fadhel Essid Administrateur Responsable unité d’entretien général UNITE D’ENTRETIEN GENERAL Anis Hajri Ouvrier Ouvrier de peinture / menuiserie UNITE D’ENTRETIEN GENERAL Khaled El Elj Ouvrier Ouvrier de menuiserie UNITE D’ENTRETIEN GENERAL Mohamed Tebibi Ouvrier Ouvrier de menuiserie UNITE DE MAINTENANCE FROID Imed Aloui Ouvrier Responsable unité frigorifique UNITE DE MAINTENANCE FROID Med Ben Zakkour Ouvrier Frigoriste UNITE DE PLOMBERIE Ezzedine Taghouti Ouvrier Plombier/ Chauffagiste BUREAU D’ORDRE TECHNIQUE Faten Saalaoui Technicienne Chargé du BOT SERVICE METROLOGIE Dorra Ben Abdessalem Ingénieur en Chef Chef de service SERVICE METROLOGIE Wafa Agrebi Technicienne Technicienne en métrologie SERVICE METROLOGIE Lassaad Ayadi Technicien Technicien en métrologie SERVICE METROLOGIE Riadh Laajili Technicien Technicien en métrologie SERVICE HYGIENE ET SECURITE Safa Kalai Ingénieur principal Chef de service
- 164. SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme.AMEL GHANMI Ouvrière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme. CHIKHA HABIBI Ouvrière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme. NOURA FERCHICHI Ouvrière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme. LATIFA MEKNI Ouvrière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme. AHLEM BEN AISSA Ouvrière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme. MELIKA MAALAOUI Ouvrière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme. BADRA MAKNI Ouvrière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme. MONIA EL MAY Ouvrière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme. HELA ZAGHBIBI Ouvrière saisonnière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme. FATEN BEN SAIIDA Ouvrière saisonnière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme HAJER DHAWEDI Ouvrière saisonnière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme ABIR TRABELSI Ouvrière saisonnière Femme de ménage SERVICE HYGIENE ET SECURITE Mme RIHAB BEN MOUSSA Ouvrière saisonnière Femme de ménage 2. SOUS DIRECTION DE LA MAINTENANCE GENERALE : a. Objectifs, environnements et missions : L’objectif de la sous-direction de la maintenance est de d’assurer la disponibilité et la maintenabilité des Direction de la Maintenance et des services communs (M.Naceur Elouni) Direction de la Maintenance et des services communs (M.Naceur Elouni) Sous Direction de la maintenance Générale (M. Moncef Zaidi) Sous Direction de la maintenance Générale (M. Moncef Zaidi) Service Maintenance des Equipements Scientifiques (Mme Nesrine Laaribi) Service Maintenance des Equipements Scientifiques (Mme Nesrine Laaribi) Service de Maintenance Générale (M. Bachir Doufeni ) Service de Maintenance Générale (M. Bachir Doufeni ) Sous Direction Des Etudes Sous Direction Des Etudes Service Hygiène (Mme Safa Kalai) Service Hygiène (Mme Safa Kalai) Service Métrologie (Mme Dorra Ben Abdessalem) Service Métrologie (Mme Dorra Ben Abdessalem)
- 165. équipements, installations etinfrastructures de l’institut Pasteur aux moindres coûts et dans les délais demandés. Le diagramme suivant illustre l’environnement et les missions de la sous-direction de la maintenance générale : b. Service de maintenance des équipements scientifiques : Missions/objectifs : - Assurer la maintenance curative des équipements scientifiques ; - Assurer la maintenance préventive (systématique et conditionnelle) des équipements scientifiques ; - Préparation, planification et ordonnancement des travaux ; - Respect des règles de sécurité et respect de l’environnement. Indicateurs : -Taux de clôture des demandes de travaux (fréquence : annuel). c. Service de maintenance générale : Missions/objectifs : -Assurer la maintenance curative des infrastructures, installations et articles de plomberie, électricité, menuiserie et le chaut froid ; -Préparation, planification et ordonnancement des travaux ; -Respect des règles de sécurité et respect de l’environnement. Indicateurs : -Taux de clôture des demandes de travaux (fréquence : annuel). SOUS DIRECTION DE LA MAINTENANCE GENERALE Clients : Laboratoires et Services Fournisseurs D’équipements Prestataires de services externes Sous-direction des Approvisionnements Etat : Ministère de la Santé & CETEM BH Administration Recevoir les nouveaux équipements Assurer la disponibilité des équipements et installations Etre en vigueur avec La réglementation Respecter les limitations budgétaires Elaborer les caractéristiques des achats techniques Gérer et contrôler les interventions Commission Interne d’Achat Garantir le meilleur rapport Qualité-Prix pour l’achat des équipements
- 166. Indicateurs : d. Projetset réalisations : Appels d’offres / Consultations : 1/ Equipements : - Elaboration des cahiers des charges techniques pour l’acquisition du besoin de l’IPT en termes d’équipements de laboratoire. - Dépouillement, - Réception, validation et installation nouveau équipement, 2/ Travaux généraux : - Aménagement du circuit et de l’espace COVID dans le service des prélèvements avec création de guichets de réception et paiement : SERVICE Nombre de DT reçues Nombre de DT réalisées Taux de clôture Maintenance générale 603 357 59% Maintenance des équipements Scientifiques 210 168 80% Total 825 525 64% 0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% Taux de clôture des DT par service de maintenance Maintenance générale Maintenance des équipements Scientifiques
- 167. 3/ Remise en étatdu réseau RIA (Robinet Incendie Armée). 4/ Travaux de renforcement des portes et fenêtres en fer forgé et tôle perforée au site de l’IPT à Soukra. 5/ Inventaire des immobilisations de l’IPT : Démarrage de la mission d’étiquetage et d’inventaire des immobilisations : 2 bâtiments réalisés et conclus. Mission suspendue en raison du confinement et de la situation épidémiologique (risque d’infection par le COVID 19) 3/ Cahiers des charges pour projets de consultations/AO : - Elaboration d’un cahier des charges pour des travaux de menuiserie en aluminium dans différent laboratoires à l’IPT, - Elaboration d’un cahier des charges pour des travaux de réfection des regards à l’IPT Tunis et à Soukra, - Elaboration d’un cahier des charges pour préparation de contrat d’entretien et vérification des extincteurs, - Elaboration d’un cahier des charges pour des travaux d’aménagement des laboratoires d’hématologie au bâtiment Avicenne, - Elaboration d’un cahier des charges pour l’aménagement des bureaux pour le service technique au RDC bâtiment de finance, - Elaboration des cahiers des charges pour l’achat des équipements,
- 168. e. Analyse SWOT: 3. SOUS DIRECTION DES ETUDES : Service d’Hygiène, Sécurité et Environnement HSE a. Objectifs, environnements et missions : Interne Forces - Equipe polyvalente - Ancienneté et savoir faire des techniciens et responsables - Maitrise des différentes technologie dans le domaine biomédicale, chaine de froid et chaufagerie Faiblesses - Manque d'effectif (techniciens et ingénieurs) - Personnel partis en retraite non remplacés - Manque d'espace de travail (bureaux et ateliers de réparation) - Manque de moyens de transport et de manutention pour le transfert d'équipements - Manque de logiciel informatique de GMAO - Manque de formations professionnelles - Manque de vêtements de sécurité au travail - Faible budget alloué à l'infrastructure - Absence de gestion de stock et magasinier pour le magasin technique. Externe Opportunités - Possibilité d'échange de savoir faire entre les établissements de santé publique - Nouvelles technologies de diagnostique et de recherche en biomédicalde - Projet de certification de l'IPT en ISO 9001 Menaces - Situation sanitaire du pays instable - Service rendu par les fournisseurs et prestataires insatisfaisant (qualité, disponibilité et coût) - Situation économique du pays affecte le coût de la maintenance - Procédure d'achat non simplifiée et accélérée pour la sous-traitance des interventions de maintenance et l'acquisition des pièces de rechange.
- 169. Le service d’Hygiène,Sécurité et Environnement assure des missions en relation avec la prévention des risques sanitaires, l'hygiène générale des laboratoires, l’amélioration des conditions de travail du personnel et la protection de l'environnement. A cet effet, le service HSE a réalisé au cours de l'année 2020 les actions suivantes : - Rédaction des spécifications des produits de nettoyage et de désinfection - Mise en place d’un système documentaire dans le cadre du projet PAQ qui vise la certification de l’institut ISO 9001 :2015 - Promouvoir la culture de santé sécurité au travail au sein de l’institut - Veille réglementaire dans le secteur HSE particulièrement pendant la pandémie Covid-19 - Gestion des demandes de parties intéressées (ANPE, Ministère de la santé, la mairie de Tunis…) - Actualisation à la date du 20/05/2020 de la composition du comité de santé et de sécurité au travail conformément aux dispositions du code du travail (articles157, 161 et 169). Ce comité est chargé d’élaborer des projets de dispositifs et consignes en santé et sécurité au travail au sein de l’institution, de proposer des enquêtes de terrain et des programmes de prévention des risques professionnels et d’assurer l’information et la formation en la matière. - La coordination des opérations de collecte et de traitement des déchets à risques infectieux (DASRI) issus de l’activité des laboratoires et leur élimination par une entreprise agréée et suivi et ce conformément à la réglementation en vigueur. - Démarrage de l’établissement des filières de traitement des déchets chimiques dangereux : caractérisation des déchets chimiques produits par l’institution dans le but d’établir une convention avec une société agrée - La standardisation des opérations de nettoyage pour être en conformité avec les règles de biosécurité et formation du personnel - Suivi des opérations d’entretien quotidien des espaces communs et des locaux de l’institut (nettoyage, désherbage, taille des arbres...), - La désinsectisation et la lutte contre les nuisibles (blattes, rongeurs,…). - L’encadrement des étudiants (stages et projets de fin d’études). b. Participation du service HSE dans la gestion de la crise Covid-19 : - Campagne d’affichage dans tout l’institut pour la sensibilisation et marquage au sol dans les zones recevant du public - Mise à disposition des solutions hydro alcooliques et des EPI nécessaires - Sélection et validation de nouveaux produits/fournisseurs pour assurer continuité de l’approvisionnement des produits de nettoyage et de désinfection et les produits critiques - Mise en place du circuit COVID et gestion des accès aux zones critiques en collaboration avec les services concernés - Mise en place de planning de désinfection des locaux en collaboration avec le réfèrent Covid- 19 de l’institut et mise à jour des procédures de nettoyages - Gestion des DASRI produits par le P3 et la salle des consultants externes (consommables, autoclavage, collecte...) c. Le service HSE en chiffres : Indicateurs Résultats Tendance / période -1
- 170. Hygiène Taux de couverture Opérationsde désinfection Interventions de gestion des nuisibles 1 p / 632 m2 123 60 + 23.07% 1 p / 821.6 m2 en 2019 Sécurité IFR1 IFR2 3.19 9.57 Environnement Production de DASRI Cout de traitement 18 838 Kg 30 207.661 DTN +15.48 % (15 920 en 2019) + 64.65% 13 429.383 DTN en 2019
- 171. Service de Typagegénétique Rapport élaboré par : Rym KEFI, Safa ROMDHANE et Sihem BEN FADHEL Liste du personnel de la structure désignée, son titre et sa fonction Nom et Prénom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Rym KEFI Maître de conférences universitaire/Responsable du Service LR16IPT05 Safa ROMDHANE Technicienne Principale LR16IPT05 Sihem BEN FADHEL Technicienne Principale LR16IPT05 L'activité du service est également renforcée par le conseil scientifique et juridique composé par Prof Samir Boubaker et Mr Chedly Tayari. Mme Nesrine Ghanem, Mme Fatma Khardani, Mr Sahbi Miraoui Mme Amira Ammar et M. Amor El Arbi Baccouche assurent les prélèvements sanguins. Considérations générales et pratiques : Le service de typage génétique a été créé en 1998, il a pour mission de vérifier la filiation par analyse de l'empreinte génétique. Ce service répond aux demandes de recherche de paternité dans le cadre de la loi n°98-75 du 28 octobre 1998, relative à l’attribution d’un nom patronymique aux enfants abandonnés ou de filiation inconnue. Cette loi institue pour la première fois en droit tunisien, la possibilité pour l’enfant naturel ou abandonné, d’intenter une action pour la recherche de paternité par le biais de l’analyse génétique. Les laboratoires où sont exécutées les tests de paternités doivent répondre à des exigences très strictes, en infrastructure et équipement adaptés aux techniques de biologie moléculaire, une garantie d’absence de toute contamination, des locaux assurant une confidentialité absolue, un personnel compétent tels que défini dans la circulaire n° 52/99 relative à la réalisation de la recherche de paternité par analyse d’empreintes génétiques et justifiant de travaux ou d’expérience d’un niveau suffisant dans les activités d’application de la biologie moléculaire. En plus de la vérification de la filiation par analyse de l'empreinte génétique, le service de typage génétique fourni les analyses suivantes : ➢ Le contrôle de qualité des contaminations fœto-maternelle pour le diagnostic anténatal des maladies génétiques ➢ Confirmation de l’identité des personnes vivantes ➢ L’identification de reste humain sur du matériel biologique post-mortem dégradé. Le service de typage génétique de l’IPT est le seul service à Tunis qui fournit des résultats de test de paternité renforcés par un calcul statistique de probabilité de paternité/maternité. De plus, nous continuons à enrichir le service de typage génétique par de nouvelles analyses en réponse aux demandes des juges. Ainsi, nous avons introduit la vérification de liens de parenté entre la fratrie (test de fraternité) par analyse de l'empreinte génétique et en appliquant les probabilités de fraternité utilisées à l’échelle internationale. Notre expertise scientifique est sollicitée par les autres services de typage génétiques à Tunis (Hôpital Charles Nicolle et Hôpital Habib Thameur) et le laboratoire de police scientifique de Tunis avec qui nous avons des collaborations solides.
- 172. Cependant malgré l’excellencescientifique de l’équipe du service de typage génétique de l’IPT et le rayonnement de ce service à l’échelle nationale et internationale nous sommes confrontés à des difficultés que nous reprenons à chaque rapport annuel et qui ne sont pas encore surmontés : 1-Problème de locaux : Le service de typage génétique utilise en commun avec le Laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique (LR20IPT05) trois salles : ➢ Un bureau pour la technicienne et le secrétariat où sont maintenus les archives du service de typage et celles du laboratoire LR16IPT05. ➢ Une salle de Pré-PCR où s’effectuent les extractions d’ADN et PCR pour le typage génétique et les PCR pour le laboratoire LGBMO. Cette salle héberge également la banque de matériel biologique du laboratoire. ➢ Une salle de Post-PCR qui héberge le séquenceur automatique ABI3130, un serveur et 4 réfrigérateurs/congélateurs ce qui représente une surcharge en appareil électrique et une augmentation de la température de la salle. Les deux climatiseurs, qui fonctionnent continuellement pour maintenir une basse température de la salle, tombent souvent en panne ce qui nuit au bon fonctionnement du séquenceur automatique ABI3130 et conduit à des pannes fréquentes et des profils génétiques non interprétables. Ce qui nous oblige à refaire les réactions et engendre un surcout pour les réactions de génotypage. La salle qui nous a été accordée depuis 2012 (au rez de chaussée du bâtiment Etienne Burnet) pour installer le service de typage, n’a été libérée qu’en septembre 2019. L’aménagement de la salle avance très lentement. Les paillasses ont été installées. Le revêtement a été refait ainsi que la peinture. Nous attendons l’installation des cloisons pour séparer les différentes activités Pré-PCR et Post-PCR. 2-Problème d’équipement : L’utilisation de locaux et des équipements en commun avec le laboratoire LR20IPT05 entraine des difficultés de gestion et une surcharge de l’utilisation de l’équipement. Le séquenceur ABI3130 obtenu en 2006 suite à un don du ministère de la femme a vieilli est arrivé en fin de vie. Le séquenceur a connu une série de panne depuis octobre 2017. Pour assurer la continuité de l’activité du service, nous avons utilisé le séquenceur du laboratoire de la police scientifique depuis le 30/11/2017 et durant toute l'année 2019. Nous signalons que le service de typage génétique de Sfax et de l’hôpital Habib Thameur ont arrêté leurs activités en 2019 à cause de la panne de leurs séquenceurs (achetés par le ministère de la santé en 2006).Une partie de leurs dossiers ont été transférés à notre service. Le ministère de la santé a acheté un nouveau séquenceur pour l’hôpital Habib Thameur en 2020 sauf que leur activité de typage génétique n’a pas été reprise à cause de manque de personnel. L’activité du service de typage de l’IPT s’est arrêtée durant le confinement sanitaire en mars 2020. Après la reprise de l’activité, le séquenceur est tombé en panne en octobre 2020. Une demande d’achat d’un nouveau séquenceur a été adressée au ministère de la santé. Nous avons voulu finaliser les 11 dossiers en attente de réalisation, en utilisant le séquenceur de la police scientifique comme nous l’avons fait auparavant. Sauf que malheureusement le séquenceur de la police scientifique est tombé aussi en panne et à cause de la pandémie du COVID-19, il y a un grand retard dans l’achat des pièces de rechange et des réactifs. 3-Problème de ressource humaine : ➢ La responsable du service assure cette activité, bénévolement, en plus de son activité de recherche, d’encadrement et d’enseignement. ➢ La partie analytique est assurée par une seule technicienne Madame Sihem Ben Fadhel. Il est indispensable d'avoir une deuxième technicienne pour assurer la continuité de travail en cas d'absence de la première et pour la double lecture des allèles. En effet, la double lecture est assurée par la responsable du service, des doctorants sous la supervision de la responsable du service ou par les techniciennes du laboratoire de la police scientifique quand le typage génétique est réalisé au laboratoire de la police scientifique.
- 173. A cause dela pandémie COVID-19, la technicienne du service de typage génétique Madame Sihem Ben Fadhel a renforcé l’équipe du service de virologie clinique de l’IPT depuis novembre 2020. En attendant, l’achat du séquenceur est la reprise de la réalisation des tests de paternité, nous essayons de développer de nouveau test comme le test pharmacogénétique pour la réponse aux antidiabétiques oraux et le test génétique pour le diagnostic des formes monogéniques du diabète. 0 20 40 60 80 100 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Dossiers 44 37 46 49 88 88 100 70 86 82 86 89 12 Evolution du Service de Typage Génétique Figure 3 : Typologie des dossiers reçus en 2020 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Hors mariage 20 12 12 15 18 17 8 13 5 8 20 13 5 Conflit conjugal 17 20 27 23 52 55 74 45 70 51 49 68 6 Changement de bébé 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 2 0 0 Héritage 1 0 0 5 1 0 2 1 0 0 0 1 0 Inceste 1 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 Confirmation d'identité 0 1 4 3 10 12 11 8 8 22 14 7 1 Criminalistique et médecine légale 5 4 3 3 7 2 4 2 2 0 0 0 0 Total 44 37 46 49 88 88 100 70 86 82 86 89 12 Figure 2 : Evolution de l’activité du service de Typage génétique au cours des 13 dernières années. Tableau 1: Evolution du nombre de dossiers réalisés par le service de typage génétique pour la période 2008-2019 Figure 3 : Typologie des dossiers reçus en 2020 Chiffres clés du service en 2020 3 profils génétiques réalisés /11 dossiers non réalisé (équivalent à 8 dossiers payés et 3 sur la caisse d’Etat) 50% 42% 8% 0% Conflit conjugal Hors mariage Confirmation d'identité Héritage
- 174. Unité de Cytométrieen Flux Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Mohamed Ridha Barbouche Professeur hospitalo- Universitaire/Chef de service Laboratoire de Cyto-Immunologie Laboratoire de Recherche LR11IPT02 Beya Largueche Technicienne Supérieure Major/Surveillante Laboratoire de Cyto-Immunologie Amira Safi Technicienne Supérieure Laboratoire de Cyto-Immunologie Souad Hnena Technicienne Supérieure Laboratoire de Cyto-Immunologie En 2020, l’Unité a poursuivi son activité de service en cytométrie, utilisant le cytomètre 6 couleurs BD FACS Canto II. Le fonctionnement du matériel est optimal et la nouvelle organisation du travail sur ce matériel plus compact continue de faciliter l’accès à de plus en plus d’utilisateurs avec un choix de paramètres d’analyses plus large. Les interventions d’entretien régulier ont été effectuées comme prévu dans le contrat de maintenance. Les analyses de cytométrie en flux sont effectuées au profit des différents laboratoires de l’Institut incluant : - Tous les groupes du Laboratoire d’Immunologie pour les activités de diagnostic (DIPs, HIV…) et de recherche (DIPs, leishmaniose, adhésion leucocytaire…). - Laboratoire d’Anatomie pathologique et de Cytologie (cycle cellulaire et cytologie des LBA). - Laboratoire d’Hématologie (Phénotypage des leucémies, Etude de l’Hb fœtale intra-erythrocytaire). Plus de 10000 échantillons ont été analysés sur le cytomètre en 2020, incluant les activités de diagnostic et de recherche. Indicateurs de Performance Désigation de l’Analyse ou du Test Valeur en B du test Nombre de tests réalisés Structures Pasteurienne d’Affiliation Marquage intracytoplasmique WASP Hors nomenclature 13 Laboratoire de Cyto- Immunologie Total Analyses et Tests Nouvellement Introduits en 2020 01 Chiffres clés du service en 2020 10000 Services réalisés 1 Analyses et Tests Nouvellement Introduits en 2020
- 175. Unités animalières Composition del’équipe Personnel Scientifique Degrach Imen, Responsable Issam Ayari, technicien Personnel ouvrier CHIHI Adel, Catégorie V Faouzi Okbi, Hezzi Moncef Yassine Ben Laffa Bechir Ben Saad Missions Le Service des Unités Animalières a continué à assurer ses missions classiques : • Elevage des animaux de laboratoire dans les conditions requises, en fonction des particularités de l'espèce et de la souche, dans la limite des moyens mis à la disposition. • Fourniture aux utilisateurs internes des animaux de laboratoire (souris, rats ,lapins) dont ils ont besoin selon les caractéristiques d'espèce, de souche, de lignée, de sexe, d’âge ou de poids. • Vente des animaux pour les institutions de recherche et d’enseignement (universités, hôpitaux, lycées, laboratoires). • Hébergements et soins apportés aux animaux en cours d’expérimentation. • Assistance technique aux utilisateurs internes pour ce qui est de la manipulation des animaux au cours de la réalisation de leurs protocoles expérimentaux. • Assistance scientifique aux intervenants externes et internes pour la conception et la réalisation de certains protocoles expérimentaux sur leur demande. • Formation des utilisateurs en vue de leur habilitation à la manipulation des animaux. • Accueil de stagiaires dans le cadre de leur cursus universitaire (stages ouvriers, stages de fin d’études). 1 : Fourniture d’animaux : La répartition fine par espèce, souches et domaine d’utilisation est résumée dans le tableau suivant. Tableau : utilisation des rongeurs de laboratoire : Espèces Souches Destination Quantités S /Totaux Totaux Souris Swiss Utilisation interne 2386 2386 6001 vente LNCM 2900 3151 Autres 251 Balb/C Utilisation interne 364 424 Vente 60 C57BL/6 Utilisation interne 40 40 Vente 0 Rats Wistar Utilisation interne 230 1027 7028 Vente 797 2 : Encadrement et stage 3 : Formation pratique à la manipulation des animaux de laboratoire : Formation en interne : sur demande de leurs services d’accueil, Mme Degrach Imen , a assuré la formation d’ouvriers et étudiants à la manipulation et la prise de sang sur des animaux de laboratoire. 4 : Travaux réalisés à L’uni *Projet géré par les Drs Erij Messadi et Sadri Znaidi : Déterminer la relation de causalité entre le développement des Maladies Inflammatoires de l’Intestin (MII) et la sévérité de l’infarctus du myocarde (IDM), en utilisant un modèle animal de MII chez la souris, soumis par la suite à des expériences d’ischémie-reperfusion (IR). L’impact des déterminants pathogéniques de la MII (colite, dysbiose, prolifération fongique) sur l'IR est actuellement à l’étude. Les aspects mécanistiques associant MII et sévérité de l’IDM seront par la suite explorés, avec pour corollaire une meilleure prévention de l’IDM induit dans un contexte pathologique de MII.
- 176. *Projet géré parDr Ines Bini : Développement des modèles animaux de la sclérose en plaques (SEP). En effet, nous avons développé deux modèles murins qui miment deux phases de la SEP. Ainsi, l’administration chronique de la cuprizone chez la souris femelle de souche C57BL / 6 a permet la démyélinisation totale démontrée dans un premier temps par des tests comportementaux réalisés au sein de l’animalerie et dans un second temps par des tests biochimiques et moléculaires. Le deuxième modèle développé consiste à l’immunisation des souris males de souche C57BL / 6 par la protéine MBP en présence d’une toxine spécifique afin de mimer l’encéphalomyélite auto-immune. Dans un objectif thérapeutique, nous avons testé l’effet de différentes biomolécules dans ces modèles. - Etude de la toxicité des composés décavanadates in vivo chez la souris balb/c dans le cadre d’un projet de recherche fédérée. - Encadrement de deux mastères de recherche et un projet de fin d’étude. - Publication d’un article scientifique dans un journal à facteur d’impact où la partie expérimentation animale a été faite au sein de l’animalerie de l’IPT : Ines ELBini-Dhouib, Raoudha Doghri, Amenallah Ellefi, Imen Degrach, Najet Srairi-Abid, Asma Gati. 2021. Curcumin Attenuated Neurotoxicity in Sporadic Animal Model of Alzheimer’s Disease. Molecules (IF=3.267). *Projet géré par Dr Chokri Bahloul :
- 177. Unité d'Ecologie desSystèmes Vectoriels Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Elyes Zhioua Biologiste Principal LTCII Ifhem Chelbi Biologiste Adjointe LTCII Nourhen Mssalam Vétérinaire Imen Labidi Vétérinaire Saifedine Cherni Technicien Supérieur Mehdi Jemâai Ouvrier Mohamed Ouslati Ouvrier Walid Barhoumi Assistant Universitaire Khalil Dachraoui Assistant Universitaire Malek Trimèche Assistant Universitaire Mohamed Abbas Etudiant en thèse es Sciences Sonia Sakhria Etudiante en thèse es Sciences Khouloud Maghraoui Etudiante en thèse es Sciences Oumaima Jelassi Etudiante en thèse es Sciences Depuis sa création en 2002, l’Unité d’Ecologie des Systèmes Vectoriels (UESV) joue le rôle d’une plateforme d’élevage à l’Institut Pasteur de Tunis. Cette unité est une plateforme de production de phlébotomes destinés à la recherche. Elle a également la spécificité de produire des phlébotomes infectés artificiellement par des leishmanies à savoir Phlebotomus papatasi/Leishmania major et Phlebotomus perniciosus/leishmania infantum. En parallèle à la production de phlébotomes, cette unité possède également une activité de recherche sur l’écologie des phlébotomes et participe à des projets de recherche en collaboration avec des laboratoires au sein de l’IPT et avec d’autres laboratoires à l’étranger. Pourquoi les phlébotomes ? Les phlébotomes sont les vecteurs principaux des leishmanioses. En Tunisie, la leishmaniose sous ses différentes formes cliniques est la maladie à transmission vectorielle la plus importante et de ce fait elle représente un problème majeur de santé publique. Les parasites Leishmania infectant les mammifères dont l’homme sont transmis uniquement par la piqûre de femelles. But de la plateforme d’élevage Permettre aux collaborateurs scientifiques d’étudier les interactions entre les parasites Leishmania responsables des leishmanioses et leurs hôtes phlébotomes et mammifères. L’UESV produit en masse des phlébotomes du genre Phlebotomus en particulier Phlebotomus papatasi et Phlebotomus perniciosus vecteur principal respectivement de Leishmania major et Leishmania infantum. Les élevages de la plateforme répondent à différents objectifs scientifiques : 1. Certaines protéines de glandes salivaires de P. papatasi sont considérées comme vaccin contre L. major. Elles sont également utilisées comme indicateur d’exposition dans des enquêtes immuno-épidémiologiques qui tendent à montrer le degré de contact entre Homme- Vecteur et sa corrélation avec la protection. 2. L’utilisation du système P. papatasi/L. major dans les expériences de pré-immunisation et de challenge contre L. major dans le modèle murin. Cette méthodologie est nouvellement adoptée à travers le monde comme méthode de choix dans les expérimentations de pré-immunisations et de challenges pour des essais vaccinaux. 3. L’utilisation du système P. perniciosus/L. infantum dans les expériences de pré-immunisation et de challenge contre L. infantum dans le modèle canin. 4. Le développement de pièges à bases de phéromones sexuelles de P. papatasi et de P. pernicious. 5. L’étude des interactions leishmanies/phlébovirus au niveau du vecteur et du réservoir.
- 178. 6. L’impact deschangements environnementaux sur l’émergence de la leishmaniose viscérale zoonotique. 7. L’étude du mocribiome 8. Tester la résistance des phlébotomes aux insecticides Figure 1 : Infection artificielle des phlébotomes Projet de recherché financé Live attenuated vaccine against Leishmania infantum. 2018-2021. The Wellcome Trust, UK. WHO multi-centre laboratory study to determine discriminating concentrations of insecticides for monitoring resistance in sand-fly vectors. 2020. The World Health Organization. Chiffres clés du service en 2020 1600 services réalisés 1500 services réalisés pour les structures de l’IPT 18000 services réalisés pour les structures hors IPT 3 Publications dans des revues internationales
- 179. Plateforme Technologique IPT-OMICS Listedu personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position Fonction Sinda Zarrouk Biologiste Chef de la plateforme Neila Khabouchi Technicien Major Surveillante Mohamed Zouari Ingénieur Principal Ingénieur Saifeddine Azouz Ingénieur Principal Ingénieur TECHNOLOGIES UTILISEES AU SEIN DE LA PLATEFORME I. METHODES ET TECHNOLOGIES UTILISEES AU SEIN DU POLE GENOMIQUE : I.1 IPT-OMICS propose des prestations d’extraction et de purification d’acides nucléiques. Applications : • Purification des ARN totaux • Purification d’ADN génomique eucaryotes et procaryotes Nature des échantillons traités : Cellules en culture, tissus congelés ou FFPE, biopsies, fluides (sang, , liquide céphalo- rachidien, surnageants viraux). Services : • Extraction et Purification des ARN et/ou ADN. • Quantification et Contrôles qualités : • Les contrôles qualités des ADN portent sur la pureté (ratio absorbance 260/230 et 260/280) et l’intégrité qui est évaluée sur gel par électrophorèse capillaire. • Les contrôles qualités des ARN portent sur la pureté (ratio des absorbance 260/230 et 260/280), et l’intégrité qui est évaluée sur gel par électrophorèse capillaire. • La quantification des ARN et ADN est évaluée par spectrophotométrie (UV visible à microvolume) ou par fluorométrie. Équipements • QIAcube (Qiagen) • QIAxpert, (Qiagen) • Qubit (Invitrogen) • QIAxcel (Qiagen) I.2 IPT-OMICS offre un service complet de validation de Génotypage (CNV, SNP) à partir des technologies de PCR classique (Applied 7200 PCR system , LC 480 Roche) ou de HRM (High Resolution Melting) sur appareil LC 480 Roche et sur Genetic Analyzer AB 3500. Applications : Analyse du polymorphisme, des variations du nombre de copies allèlique, perte d’hétérozygotie, Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification « MLPA », Analyse de fragments d’une AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), Screening de SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), et Analyses de Microsatellites, Etude d’expressions de gènes par qPCR et analyse des ct. Services: • Aide au plan expérimental • Design des primers, utilisation de panel thématiques d’oligonucléotides • Dessin de plaques 96 puits • Contrôles qualités des ADN • Acquisition et Normalisation des données • Analyse par HRM (High Resolution Melting) • Analyse par PCR Classique • Analyse de fragment par GeneMapper
- 180. I.3 IPT-OMICS proposedes prestations d’analyse de miRNA (par qRTPCR (small RNA-pcr) sur la plateforme light cycler 480 (Roche). Applications: Détection et quantification des miRNA (eucaryotes et procaryotes), analyse de petits panel de miRNA. Services: • Aide au design expérimental, • Design des amorces spécifiques, choix des ARN de référence pour la normalisation des données • Design de plaques 96 puits • Extraction des ARN, quantification des ARN, contrôles qualités des ARN • Analyse par PCR sur Light cycler (Roche) • Extraction des signaux, normalisation des données à l’aide d’ARN de référence I.4. IPT-OMICS propose des prestations d’analyse du génotype par séquençage ou reséquençage de génome complet (WGS), de séquençage ou ré-séquençage d’exome complet (WES) ou de séquençage ou reséquençage d’amplicons (externalisation). Applications : Caractérisation de polymorphismes/mutations, translocations, Inversions, InDel, gène fusion, perte d’hétérozygotie, variation du nombre de copies chromosomiques/allèliques… Services : • Aide au plan expérimental • Extraction des ADN, Quantification et Purification des ADN, Qualité des ADN • Enrichissement d’exome par hybridation, enrichissement custom (chromosome spécifique, régions spécifiques) • Enrichissement par amplicons : panels thématiques, panels custom, gène ARN16S, technologie) • Construction de librairies, Quantification et qualification des librairies • Séquençage de génome complet (eucaryote et procaryote) en paired-end • Séquençage d’exome après enrichissement • en single-read ou paired-end • Séquençage d’amplicons en single read ou paired-end • Démultiplexage des données • Alignement des séquences sur génome de référence • Caractérisation des altérations I.5 IPT-OMICS offre un service complet d’analyse en métagénomique par séquençage complet (Méta- seq ou séquençage shotgun) de l’ensemble des génomes présents dans un échantillon (ou transcriptome). Applications : Analyse de la composition en génome (virus, génome eucaryotes, bactéries, champignons, phage etc..) dans un milieu complexe (tissus biologiques, eau, sols, air, etc), phylogénie. Analyse du métagénome fonctionnel Services : • Extraction de l’ADN/ARN à partir de milieu complexes ( tissus biologiques) • Quantification des ADN/ARN et contrôle qualité • Construction des librairies génome complet à partir d’ADN simple brin, double brin et circulaire • Construction des librairies ARN • Séquençage en single-read ou paired-end II. METHODES ET TECHNOLOGIES UTILISEES AU SEIN DU POLE PROTEOMIQUE: • Le pôle protéomique offre une réelle expertise et des moyens technologiques performants en biochimie, en spectrométrie de masse et en bio-informatique. Ces moyens nous permettent d’aborder de nombreux projets de recherche et de développement dans l’analyse différentielle des protéines et l’analyse des modifications post-traductionnelles.
- 181. Gel 2D etWestern Blot/ Spectrométrie de masse (externalisation) Équipements : • 2 unités d’électrophorèse (Bio-RAD), • Protean IEF Cell (Bio-RAD), • Densitomètre GS-800 (Bio-RAD), • Logiciel d’analyse 1-D (Quantity one) • Logiciel d’analyse 2-D (PD-Quest) • Système d'imagerie moléculaire pour western blot (en cours) III. METHODES ET TECHNOLOGIES UTILISEES AU SEIN DU POLE IMAGERIE : • Muse Cell Analyzer « Merck » est un instrument de cytométrie. Il fournit une grande variété d'optiques d'analyse cellulaire miniaturisées en utilisant la technologie micro-capillaire et offre une analyse quantitative des cellules moyennant des kits de (Détection rapide de l'activité de la caspase cellulaire, Détection précoce et sensible de la perturbation de la santé cellulaire, Détection rapide et sensible de l'apoptose avec mesure de l'activité de la caspase 3/7, Détection rapide et sensible de l'apoptose avec mesure de l'activité de l'annexine 5, Analyse de la phase du cycle cellulaire, Cinétique de la production d'oxyde nitrique intracellulaire et de la cytotoxicité dans l'activation des macrophages induite par les lipopolysaccharides et l'interféron-y, une approche quantitative pour l'interrogation de H2A.X et ATM de signalisation de dommages de l'ADN. • Microscope électronique (non fonctionnel) • Microscope Confocal (en cours) IV. FORMATION, ENCADREMENT, ANIMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNOLOGIQUE La plateforme participe et organise des formations théoriques, pratiques, individuel ou en groupe, des stages de perfectionnement et d’encadrements de collégiens, lycéens et étudiants sur le séquençage et génotypage avec traitements des données. V. PARTICIPATION DANS DES PROJETS NATIONAUX ET INTERNATIONAUX • Projets projet collaborative interne (PCI) • Projet LeiSHield-MATI • Projet Centre Investigation Clinique • Projet Phindaccess • Projet Covid IV. PARTICIPATION A DES FORMATIONS
- 182. • Participation au« The H3ABioNet 16S rRNA Microbiome Intermediate Bioinformatics course» • Formation Introduction to Python, NGS DNA seq et RNA seq dans le cadre du projet PHindAccess. V. PARTICIPATION A LA GESTION DES ACHATS EQUIPEMENTS SCIENTIFIQUES Participation à la Gestion des achats des équipements tels que Spectromètre de Masse triple Quad LC MS/MS, Equipements L3 etc…. Participation à l’élaboration du marché cadre pour le consommable du séquençeur 3500, l’élaboration de contrat de mise à disposition du workflow des équipements NGS et de la mise au point de la fiche technique du microscope confocal. VI. SERVICES REALISEE EN 2020 Séquençage Capillaire ADN 3500 Désignation de l’Analyse ou du Test Valeur en B du test Nombre de tests réalisés Structures Pasteurienne d’Affiliation Séquençage capillaire ADN 3500 Injection 0 576 Echantillons Laboratoire de Microbiologie moléculaire, vaccinologie et développement biotechnologique (LR11 IPT 01) Séquençage capillaire ADN 3500 Injection 0 64 Echantillons Laboratoire de Transmission, contrôle et immunobiologie des infections (LR11 IPT 02) Séquençage capillaire ADN 3500 Injection 0 184 Echantillons Laboratoire d’Epidémiologie et microbiologie vétérinaire (LR11 IPT 03) Séquençage capillaire ADN 3500 Injection 0 80 Echantillons Laboratoire d’Epidémiologie moléculaire et pathologie expérimentale appliquée aux maladies infectieuses (LR11 IPT 04) Séquençage capillaire ADN 3500 Injection 0 1800 Echantillons Laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique (LR11 IPT 05) Séquençage capillaire ADN 3500 Injection 0 272 Echantillons Laboratoire de Parasitologie médicale, Biotechnologies et biomolécules (LR11 IPT 06) Séquençage capillaire ADN 3500 Injection 0 312 Echantillons Laboratoire d’Hématologie moléculaire et cellulaire (LR11 IPT 07) Séquençage capillaire ADN 3500 Injection 0 8 Echantillons Laboratoire de Venins et biomolécules Thérapeutiques (LR11 IPT 08) Total Analyses et Tests Nouvellement Introduits en 2020 3296 Échantillons séquencés PCR en Temps réel Désignation de l’Analyse ou du Test Valeur en B du test Nombre d’heures des tests réalisés Structures Pasteurienne d’Affiliation PCR en Temps réel LC480 0 20h Laboratoire de Microbiologie moléculaire, vaccinologie et développement biotechnologique (LR11 IPT 01) PCR en Temps réel LC480 0 20h Laboratoire de Transmission, contrôle et immunobiologie des infections (LR11 IPT 02) PCR en Temps réel LC480 0 34h Laboratoire d’Epidémiologie et microbiologie vétérinaire (LR11 IPT 03) PCR en Temps réel LC480 0 46h Laboratoire d’Epidémiologie moléculaire et pathologie expérimentale appliquée aux maladies infectieuses
- 183. (LR11 IPT 04) PCRen Temps réel LC480 0 44 h Laboratoire de Génomique biomédicale et oncogénétique (LR11 IPT 05) PCR en Temps réel LC480 0 10 h Laboratoire de Parasitologie médicale, biotechnologies et biomolécules (LR11 IPT 06) PCR en Temps réel LC480 0 46 h Prestations de services PCR en Temps réel LC480 0 62 h Laboratoire d’Anatomie Pathologique Humaine et Expérimentale Total 282 h Chiffres clés du service en 2020 3296 Échantillons séquencés 282 h PCR en Temps réel
- 184. Service Métrologie Liste dupersonnel : Chef du service: Dorra Ben Adesselem, Ingénieur en chef Nom et Prénom Position Fonction Wafa AGREBI Technicien principal Technicien principal Lassaad AYADI Technicien principal Technicien principal Riadh AJILI Technicien principal Technicien principal I - Présentation : Le service Métrologie a été créé pour répondre aux exigences des différents référentiels de diverses activités de recherche, de production, de contrôle et de diagnostic des laboratoires de l’Institut. Chacun de ces référentiels (BPF,BPL,GBEA, ISO 17025,…) possède un nombre d’exigences en matière de caractérisation des équipements et de l’étalonnage des instruments de mesures, de contrôle et d’essai ayant un caractère critique. Le service comprend une équipe de trois techniciens polyvalents travaillant sous la responsabilité du , chef service Métrologie ,Mme Dorra BEN ABDESSALEM. Vous trouverez ci dessous les détails de notre activité durant l’année 2020 avec un plan d’action prévisionnel pour l’année 2021. II - Principales réalisations en 2020: 1. La grandeur Température : 1. Raccordement en température de notre chaîne de travail par rapport à la chaîne de référence : - Campagne 1 en juin 2020 : Raccordement de 10 étalons de travail - Campagne 2 en juin 2020 : Raccordement de 10 étalons (presse étoupes). 2. Vérification métrologique des équipements sur site des différents laboratoires de l’IPT: cette vérification se fait en se basant sur la norme NFX 15 140 pour les « Enceintes thermiques et climatiques», la norme EN 285 pour la « validations de routine » des stérilisateurs et la norme EN 554 « grands stérilisateurs ». 3. Etalonnages des thermomètres et des enregistreurs de températures des différents laboratoires de l’IPT. 4. Pour les équipements caractérisés, des rapports de vérification métrologique et des certificats d’étalonnages ont été établis et ils sont transmis aux responsables des laboratoires (Voir Annexe 1 et Annexe 2). 2. La grandeur Masse : Dans le cadre de notre activité métrologique au sein de l’IPT, nous continuons à élaborer, en collaboration avec tous les laboratoires, un programme d’étalonnage annuel pour toutes les balances et à définir l’organisation de notre intervention dans ce cadre.
- 185. Les balances, signaléesci-dessous ont été caractérisées et ce, selon un planning, une périodicité de réétalonnage fixée à une fois par an. Laboratoire / Service Marque BCG ADAM-PW214 SARTORIUS BP6100 Sérums Thérapeutiques SARTORIUS BP6100 METTLER. PB 1502 Contrôle Qualité ADAM.PW214 EU-C 2002-20 Toxines Alimentaires OHAUS Unité de la Rage OHOUS AP214C-20 Tableau 1 : Réalisations en Masse 3. La grandeur volume : ▪ La solution actuellement adoptée, consiste à intervenir sur demande sur les pipettes pour les vérifier, les calibrer, les entretenir et les réparer, en utilisant la méthode gravimétrique. III – Réalisations à entreprendre en 2021: Les actions prévisionnelles à entreprendre en 2021 sont : • Raccordement de nos étalons de référence (chaîne de référence de température et masses étalons).Ce raccordement aura lieu à l’LNE (Laboratoire National de métrologie et essai français). • Réétalonnage de la chaîne de travail par rapport à la chaîne de référence. • Recaractérisation des enceintes thermiques selon les dates préétablies. • Vérification périodique des micropipettes. • Amélioration des pratiques. • Etablissement d’un parc d’activité qui assurera la traçabilité de nos résultats de mesure. Annexe -1- : Conformité en Température 2020 Nombre Conforme 178 Non Conforme 12 Total 190
- 186. Annexe -2- :Conformité en Température des équipements caractérisés des Différents laboratoires en 2020 NC C
- 187. Service de Préparationde Réactif et milieux de culture 1- Présentation des activités du service : Le laboratoire de préparation des milieux de culture et réactifs assure la production de milieux de cultures gélosés ou bouillons, réactifs et colorants et ce à partir de matières premières ou de bases déshydratées prêtes à l’emploi. Ainsi, il approvisionne les services de bactériologie, parasitologie, denrées alimentaires, contrôle des eaux, entérobactéries et le centre nationale des salmonelles, shiguelles et vibrion chloriques en ces milieux déjà cités ainsi que quelle service de recherche .Le stockage de ces milieux ce fait dans une chambre froide dont la température est prélevé quotidiennement. Les lots sont livrés selon la loi du « first in first out ».des logs book sont instaurés à tous les niveaux : stock des bases déshydratés, préparation de milieu, conditionnement secondaires et primaire, autoclavage, envoi pour le contrôle, gestion de stock au niveau de la chambre froide et de la laverie. Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Nom et Prénom Position Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Pr. Ridha ben Aissa Professeur hospitalo- universitaire Chef de service Taoufik Jendoubi Infirmier Major Principal Surveillant Haifa ben Sedrine Technicien supérieure Major Principal Surveillant Surveillante du service assurance qualité Mayssa ben naceur Infirmière Major Infirmière Major Mouhamed el Ksouri Ouvrier Ouvrier Houda Jraidi Ouvrier Ouvrier LISTE DES PRODUITS PREPARES PAR LE SERVICE Nous avons donc Préparé 3455.47 litres de milieux
- 188. TABLEAU DES LIVRAISONSPAR SERVICE EN LITRE Denrée alimentair e Sce. des Eaux Sce. Des entérobactéries Sce. Parasitologie Sce. Bactériologie Sce. vétérinaire G.VRBL 337,48 Eau pep tonnée tamponné 1620 16 G.Baird parcker 100 4 G.OGA 112,2 Tryptone sel 118 G.TSC 149 RVS 59 RV 1 Mulluer Kauffuman 63 G.Hajna 8 5 Eau phisiologique 4 2 1 2 G.MH 1 2 10 Bouillon Nutritif 10,5 3 2 G.Nutritif 1 3 2 EP (ph8, 5) 4 EP (ph7, 2) 13 G.PCA 215 4 G.Chapman 5 G.Sabouraud Chloro 13,5 G.Sab Actidionne+ Chlorophénicol 8,5 Bouillon Staph 2 1 Sélénite sinple 10,3 Eau Distillé 1 2 G.Colombia 26 G.Manitol Mobilité 1 G.Drigalski 5 Rappaport Vassiliadise 1 R. Vassiliadise soja 59 G.TCS 400 ml Gélose Hécktoène 69,7 50 Gélose XLD 141,75 Gélose ENDO 48 Gélose MFC 60 Gélose Slanetz 50 Gélose pseudo- agar 11,5 Bile esculine 500 ml Violet de gentiane 1 0,5 0,5 0,5 2 0,5 Fushine Basique 1 0,5 0,5 0,5 2 0,5 Gélose SS Agar 70,29 60 Bleu de Methylène 1 Sèlènite double concentré 300 ml
- 189. Nom du produitNombre du Lot Nombre de Litre Gélose pseudo-agar 02 06 Bouillon nutritif 01 10 Baird Parker 06 103.5 Bouillon Staphylocoagulase 01 05 Bouillon Sélénite simple 01 06 Gélose Colombia 03 37.88 Gélose Chapman 07 18.5 Gélose Drygalski 06 17 Eau pep tonnée tamponnée 43 1533.04 Gélose ENDO 11 48 Eau Pep tonnée Ph=7.2 01 05 Eau Pep tonnée Ph=8.5 01 06 Eau physiologique 01 10 Eau distillée 01 05 Gélose Nutritive 01 03 Gélose Hecktoéne 09 119.7 Hajna Kligler 01 8.62 B.Muller Kaufmann 06 48 Gélose MFC 12 60 Gélose Muller Hinton 06 26.5 Mannitol Mobilité 02 08 Gélose OGA 10 125 Gélose PCA 09 219.51 B. Rappaport Vassiliadis 01 1.5 B. Rappaport Vassiliadis Soja 08 80 Gélose Slanetz 10 50 G.Sabouraud Actidione+Chloramphénicol 01 06 G.Sabouraud Chloramphénicol 02 08 Sélénite Simple 01 06 Tryptonsel 14 140 Gélose TSC 04 95.2 Gélose TCS 01 01 Gélose VRBL 26 337.48 Gélose XLD 15 141.75 Bile esculine 01 01 Sabouraud liquide 01 1.5 Le violet de gentiane 01 05 La fuscine basique 01 05 Gélose DNase 01 2.5 Sélénite double concentré 01 03 Gélose SS Agar 09 139.29 Bouillon Hypersalé 01 2
- 190.
- 191. Direction informatique Composition del’équipe Prénom, Nom Position/Fonction Wassim Ben Salah Analyste Principal en informatique/Responsable informatique Kamel Daassi Analyste Principal en informatique Mouna Maaroufi Technicienne en informatique Missions de la Direction Informatique La Direction Informatique met en œuvre la politique de l’évolution du système d’Information pour répondre aux objectifs liés à la stratégie de l’institut. Elle met à la disposition de tous les acteurs de l'institut les moyens informatiques d'intérêt général permettant de développer la recherche et d'accroître l'efficacité de la gestion de l'institut. Dans ce cadre, la Direction Informatique est chargée de gérer les ressources informatiques, d'être un pôle de compétences relatif aux nouvelles technologies de l'information et de la communication et d’offrir les services associés pour l’ensemble des usagers de l’institut. La Direction Informatique a pour principales missions : Mise en œuvre du système d’information global. Mise en œuvre des projets informatiques de l’institut. Maintenir et faire évoluer le système d'information, Elaborer et mettre en œuvre la politique de sécurité des systèmes d’information, et assurer la veille sur l'évolution des risques, Prendre en charge l’intégration des applications informatiques. Administrer et exploiter les serveurs administratifs et communs Gérer les serveurs d'annuaires et fournir des services numériques aux usagers (messagerie électronique, réseau sans fil, ...) Maintenir le parc informatique, planifier les interventions d'installation, de configuration et de dépannage de matériels mis à la disposition de l'administration et des chercheurs scientifiques, et gérer les priorités, Etablir l'inventaire du parc informatique et des logiciels en service dans tout l’institut Gérer le réseau informatique et faire évoluer l'infrastructure matérielle dans tous les bâtiments de l’institut. Etablir les schémas du réseau informatique. Gérer les équipements audiovisuels et les systèmes de visioconférence (IP et RNIS), Mettre en place une politique de sauvegarde et d'archivage des données, Assistance des utilisateurs dans tout ce qui touche à l'informatique au sens large. 2 Réalisations en 2020 Système d’Information : Applications SIGEP et SIGAST : Relancer le projet de développement et déploiement de l’application SIGAST (Système Intégré de Gestion des Achats et des Stocks) par la société Kleos en l’intégrant avec l’application SIGEP (Système intégré de Gestion des Projets de Recherche et de budget). Le développement de ces deux applications est fini, l’application est phase de test. L’implémentation et l’exploitation de cette solution est prévue pour le quatrième trimestre de 2021. Application de Gestion de la vaccination: Depuis des années l'IPT trouve des difficultés à gérer et à maintenir l'application "Gestion de la vaccination" qui a été développée par la société "Simac" depuis 2002 et qui refuse de faire le support technique, a cet effet l'IPT a lancé une consultation en novembre 2018 pour la mise en place d'une nouvelle solution pour la gestion de la vaccination, cette application sera intégrée avec l'application la gestion des Analyses Médicale "prolab", cette intégration nous garantit l'optimisation des processus de gestion et la cohérence et l'homogénéité des informations. L’implémentation et l’exploitation de cette solution a été réalisée depuis le mois de mars 2021. Application de GLPI (Gestion Libre du Parc Informatique): Mise ne place de la solution GLPI www.support.pasteur.tn/glpi
- 192. GLPI est unesolution d'inventaire de parc informatique et de helpdesk qui permet: - Suivez l’état de parc informatique, son obsolescence et son renouvellement. Garder une vision en temps réel du suivi de vos logiciels et licences. - Améliorez le service rendu des utilisateurs grâce au ServiceDesk compatible ITIL v2 de GLPI. Gérez les incidents, les demandes, les problèmes et les changements. - Visualisez l’état de parc en temps réel avec l’inventaire automatisé multiplateformes intégré à GLPI. Détectez les logiciels à mettre à jour ou les matériels à renouveler. L'exploitation de cette solution a été réalisée depuis le mois d’octobre 2020. Application Gestion des Rendez Covid 19 : Mise en place d’une plateforme de prise de rendez pour le test de diagnostic de la Covid 19 RT- PCR http://rdvanalyses.pasteur.tn/covid-19. Ce projet vise l’amélioration de la gestion des prises de rendez-vous dans l’IPT. Cela permettra la prise d’un rendez-vous, son report ou son annulation. Il sera ainsi question de réduire le flux de coups de fil dans l’IPT. L'exploitation de cette solution a été réalisée depuis le mois Mai 2020 Application de remise des résultats des analyses en ligne : Mise en place d’une plateforme de remise des résultats des analyses en ligne http://www.resultats.pasteur.tn/. L’IPT propose aux patients de recevoir leurs résultats d’analyse sur un serveur Web afin de leur éviter le déplacement. Un QR code figure sur le compte rendu pour assurer l’autencité du résultat L'exploitation de cette solution a été réalisée depuis le mois Mars 2020. Mise en place d'une nouvelle infrastructure Informatique dans le cadre du Projet PhindAccess: A fin d'atteindre les normes internationales en matière d'accès, de manipulation, de partage et d'analyses efficaces des données Omiques l'Institut Pasteur de Tunis à mis à niveau son infrastructure informatique après avoir lancer un appel d'offre national en mars 2019 pour l'acquisition des équipements nécessaires suivants: Matériel Model Marque Quantité Serveur PowerEdge R640 DELL EMC 1 Serveur PowerEdge R740 DELL EMC 5 Baie de stockage PowerVault ME4024 DELL EMC 1 Extension du Baie de stockage PowerVault ME412 DELL EMC 1 Switch Data Center Catalyst c9300-24L Cisco 2 Serveur NAS de Backup TS-1253BU QNAP
- 193.
- 194. 2- Mise enRack des équipements: La livraison des équipements, l'installation et la mise en service ont été réalisés en mois d'avril 2020. Aménagement d'une nouvelle salle de formation: L’Institut Pasteur de Tunis a transformé l’ancienne salle de TP du rez-de-chaussée du bâtiment du recherche en salle de formation à cet effet des travaux de câblage réseaux informatiques ont été réalisés et une solution interactive a été mise place.
- 195. Plan de lasalle de formation Câblage informatique Les travaux de câblage réseaux informatiques qui ont été réalisés sont constitués des éléments suivants : Produit Description Quantité Armoire informatique Armoire Réseau informatique 19'' 12 U 1 Switch Switch d’accés niveau 2 1 Bandeau électrique Bandeau électrique 2 8 port (2P+T) 1 Prise informatique Prise RJ45 UTP cat 6 (complet) 32 PLATINE-24P-CAT6-E Platines de brassage 19" 24 ports RJ45 Cat 6 (équipées) 2 GUIDE CORDON Guide cordon de brassage horizontal au format 19"- 1U 1 CORDON-UTP-CAT6-1M Cordon de brassage surmoulé RJ45, UTP, CAT6, 1m 32 CABLE-UTP-CAT6 Câble Informatique UTP, CAT6, PVC 800m Molure Molure 25/16 40 m Tube gorge Tube gorge diamètre 16 100 m
- 196. MAIN D'ŒUVRE Tirage decâble, câblage de connectiques, installation des prises, brassage, esthétique , étiquetage, 32 TEST Test et certification des prises et remise de rapport de test 32 Soltution interactive La solution interactive qui a été mise en place est constituée des éléments suivants : Produit Description Quantité Tableau blanc Tableau Blanc interactif avec support Murale 1 Vidéo Projecteur Vidéo Projecteur avec support Murale 1 Licence Licence pour Logiciel interactif 1 Câblage Câble HDMI 10 m, Câble HDMI 3 m, prise HDMI, molure pour prise HDMI 1 Installation et Mise en service Installation et mise en service y compris câble électrique 1 Formation Formation 2 x 1/2 journée sur l'utilisation du tableau 1
- 197. Bibliothèque de l’InstitutPasteur de Tunis Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Autres structures pasteuriennes d’affiliation Habib Karoui Biologiste Principal / Responsable du Service d'Information Scientifique et Publications Imen Ferjani Biologiste adjoint/chargée de mission au service information scientifique et responsable de la rédaction de la revue «Les archives de L’Institut Pasteur de Tunis» Abdelhakim Ben Hassine Gestionnaire Conseiller des documents et des archives Hayet Ammari Administrateur adjoint Rim Souissi Secrétaire Khaled Hamlaoui Ouvrier La Bibliothèque de l’Institut Pasteur de Tunis est un service chargé de rassembler, organiser, conserver et mettre à la disposition des utilisateurs les outils de recherche et les documents apportant une réponse à leur demande d’information. C’est une bibliothèque scientifique spécialisée, elle renferme les documents scientifiques se rapportant essentiellement à la biologie et à la médecine. Ces publications se déclinent sur plusieurs langues (Anglais, Français, Arabe, et même en chinois,…). Les domaines d’intérêt touchent l’enseignement et la recherche en Microbiologie, Immunologie, Parasitologie, Biologie, etc. …. La Bibliothèque de l’IPT est en relation d’une part avec d’autres bibliothèques universitaires et hospitalières et d’autres centres nationaux tels que la bibliothèque de la Faculté de médecine et le Centre Nationale Universitaire de Documentation Scientifique et Technique (CNUDST). Son public est constitué de médecins, pharmaciens, biologistes, chercheurs, étudiants, et occasionnellement des élèves du secondaire à la recherche de documents didactiques, etc. ... Fond documentaire La Bibliothèque de L’IPT contient un fond documentaire, constitué des monographies (ouvrages/livres), de périodiques, de thèses et de mémoires (DEA, Masters, Projet de fin d’études, etc.…). a. Les monographies Les monographies sont des documents qui comptent actuellement 970 ouvrages qui sont portés sur un registre manuel et répertoriés au sein d’une base de données (PMB).
- 198. b. Les périodiques Cesont des publications en séries, datés et dotés d’un titre unique, dont les livraisons comprennent généralement plusieurs articles, rapportés dans un sommaire et se succédant chronologiquement à des intervalles de temps généralement réguliers. Actuellement la Bibliothèque de L’IPT compte une vingtaine de titres de périodiques qui parviennent à l’IPT grâce à des abonnements (des commandes passées directement auprès des éditeurs ou bien par l’intermédiaire d’un diffuseur qui se charge de l’ensemble des opérations techniques et financières). Une centaine de titres nous parviennent sous la forme de don (remise d’un document à titre gratuit ou irrévocable) ou d’échange avec les «Archives de l’Institut Pasteur de Tunis» (cession réciproque de document estimés de valeurs équivalentes). La présence de l’IPT au sein réseau du CNUDST a contribué à la baisse du nombre de périodiques (version papier) acquis par abonnement. Nombre d’ouvrage s
- 199. c. Thèses etMémoires Ce sont des documents exposant une recherche scientifique originale et ses résultats qui sont présentés à un jury dans un établissement d’enseignement supérieur officiellement habilité, dans le cadre d’une soutenance publique en vue de l’obtention d’un grade ou d’un titre universitaire. La bibliothèque de L’IPT recense 116 mémoires et 101 Thèses. Un effort supplémentaire devrait être déployé en vue d’inciter nos étudiants à déposer leurs Thèses et mémoires, du moins la version numérique de leurs documents. d. Norme ou journal officiel de la Tunisie Ce sont des documents techniquement spécifiques approuvés par un organisme qualifié sur le plan national, qui sont accessibles au public depuis 1933 jusqu’à 2008. Depuis 2008, le JORT est disponible en ligne. A cet effet l’abonnement à la version papier a été annulé. e. Documents électroniques Ce sont des documents numérisés utilisables grâce à l’outil informatique. Il s’agit de documents capables de stocker des textes et des informations sous forme numérique ou analogique tels que des programmes sous forme de logiciels, des fichiers de donnée (documents de travail) … • Les accès aux documents électroniques : La Bibliothèque de L’IPT dispose quelques accès en ligne avec des éditeurs commerciaux comme ceux négociés avec des prix préférentiels. On cite comme exemple : _ L’éditeur springer (http : //www.springerlink.com) _ Les chercheurs de L’IPT peuvent bénéficier à travers la bibliothèque par des accès aux revues gérés par la plateforme (HINARI) affiliée à l’Organisation Mondiale de la Santé OMS : (www.who.int/hinari/fr/), dédiée à la documentation liée à la recherche en santé. _ Grâce à la présence de la Bibliothèque de L’IPT au sein du réseau du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique par l’intermédiaire du Centre Nationale Universitaire de Documentation Scientifique et Technique (CNUDST) nous avons pu bénéficier pour les chercheurs d’un accès par reconnaissance de l’adresse IP aux périodiques gérés par ce centre tels que Springer, Elsevier, Oxford … Nombre de Périodiques
- 200. • Avantage etinconvénients des accès en ligne o Avantage L’avantage des accès en ligne se résume essentiellement dans le gain d’espace. o Inconvénients Un accès en ligne n’est pas un document qui fait partie du fond propre de la bibliothèque. Le coût élevé des accès électronique est limité seulement pour quelques années. Pour cette raison l’IPT a adhéré au mouvement de l’open Access en rejoignant la plateforme HAL-RIIP). Base de données Afin de mieux gérer le fond documentaire de la bibliothèque et dans le cadre du lancement de projet de rénovation logistique, nous avons réalisé en 2017 la mise en place et l’installation d’une application de gestion documentaire (le PMB). PMB : Avant l’introduction de la gestion informatique, la Bibliothèque de l’Institut Pasteur de Tunis utilise des notices cartonnées afin de répertorier notre fond documentaire. Les traitements documentaires étaient manuels et fastidieux. En effet, grâce à une formation effectuée à L’INSAT, on a installé le logiciel (PMB) un système de gestion intégré de bibliothèque, permettant d’informatiser les fonctions effectuées au sein de notre bibliothèque à savoir : l’acquisition, le catalogage, le contrôle d’autorité, le prêt, la recherche documentaire, la gestion du
- 201. mouvement du cheminde livres (entrées, prêt, circulation…) et l’autorisation des tâches annexes (gestion des lecteurs…). De ce fait, nous pouvons dire que le PMB vise à faciliter la gestion informatique des tâches bibliothécaires, améliorer le fonctionnement interne de la bibliothèque et les services utilisateurs. L’open Access (HAL-RIIP) L’open Access (ou aussi «libre accès», ou encore «accès ouvert») à la littérature scientifique est un mode de diffusion des articles de recherche sous forme numérique et dans le respect du droit d’auteurs. Les établissements d’enseignement supérieur et de recherche sont, après les chercheurs, le second acteur clé du développement de l’open Access. Ils ont la possibilité de prendre toute une série de mesures allant dans le sens d’une diffusion ouverte du savoir scientifique. Dans le cadre de l’adhésion de l’Institut Pasteur de Tunis au mouvement de l’Open Access et vu l’importance de l’archive ouverte qui est destiné au dépôt et à la diffusion d’articles scientifiques émanant des établissements d’enseignement et de recherche Français ou étranger, La Bibliothèque de L’IPT à pris la charge de déposer des articles rédigés par les auteurs de notre Institution sur la plateforme Hal-RIIP (Plateforme qui permet le dépôt en ligne des travaux scientifiques réalisés par les chercheurs de l’Institut Pasteur de Tunis et leur consultation par la communauté Pasteurienne). A chaque enregistrement de document 3 chaines sont réalisés : - Choix du type de publications - Saisir les métadonnées décrivant le document - Saisir les métadonnées auteur Grâce à l’adhésion de L’IPT au mouvement de l’open Access nous avons alimentés la plateforme HAL- RIIP jusqu’au l’année 2021 par 1413 publications dont : - 419 documents qui sont en lignes. - 994 références bibliographiques en lignes Evolution de dépôts pendant les 4 dernières années. Coordination en information scientifique et technique avec le (CNUDST) :
- 202. Dans le butde faciliter la communication entre la communauté scientifique et le CNUDST, des coordinateurs en Information Scientifique et Technique ont été désignés au niveau des institutions universitaires et de recherche. Ces coordinateurs jouent le rôle d’un trait d’union tant entre les chercheurs et le CNUDST qu’entre ces mêmes chercheurs et les informaticiens et/ou bibliothécaires de leurs institutions. Le rôle de la Bibliothèque consiste à : - S’informer et informer les utilisateurs relevant de notre institution de toutes les nouveautés qui nous parviennent du CNUDST à travers son site cnudst.rnrt.tn, ou par e-mail (nouveaux abonnement, période de tests, événement …) - Répondre aux e-mails et informer le CNUDST en cas de changement d’identification. - Collecter les réclamations et les suggestions des utilisateurs et les transmettre au service du CNUDST (problèmes d’accès, propositions de nouveaux abonnements, etc.…). - Organisation des séries de formations avec des éditeurs internationaux en collaboration avec le CNUDST au sein de L’IPT : • Une formation a été effectuée le 11 Février 2019 par l’éditeur Springer How to get Published. • Une formation a été effectuée le 15 Avril 2019 par l’éditeur Taylor and Francis sur le thème : Comment publier chez Taylor and Francis. Activités Scientifiques : Participation du Service d’information Scientifque et Publication à la fête de la science Organisée le 30 octobre 2019 au sein de la cité de la Science, par une communication par affiche intitulée «Portrait de Charles Nicole : Premier Prix Nobel pour la Tunisie en 1928. (Auteurs : Dr. Imen Ferjani, Melle Imen Fathallah, Mr. Abdelhakim Ben Hassine et Dr.Mohamed Habib Karoui). Procédures : Mise au point d’une procédure de fonctionnement de la Bibliothèque de l’IPT en collaboration avec le service d’Assurance Qualité et la Sous Direction de l’Audit Interne. L’objet de cette procédure est d’identifier les mesures déployées par l’Institut Pasteur de Tunis, au niveau de la gestion de la bibliothèque, pour réaliser la consultation sur place et l’emprunt des documents ; l’acquisition de nouveaux documents pour la bibliothèque. Cette procédure s’applique à tous les utilisateurs des documents de la bibliothèque de l’IPT. Personnel de la bibliothèque Le personnel de la bibliothèque est constitué comme suit : - Un responsable de la bibliothèque : un Biologiste Principal qui supervise toutes les activités de la bibliothèque (acquisition, conservation, gestion du fonds documentaire, des ouvrages ou documents qui enrichissent le stock). Assurant la mise en place de nouveaux outils, informatiques et électroniques pour permettre à la bibliothèque et à ses utilisateurs de rendre le flux d’information, en croissance continue, et d’être un des moteurs indispensable au progrès de la recherche à l’Institut et au pays dans le domaine des sciences et de la santé. -Une Biologiste adjoint : chargée de mission de service information scientifique et responsable de la rédaction de la revue des archives de l’Institut Pasteur de Tunis. - un gestionnaire conseillé des documents et des archives qui est un spécialiste en bibliothéconomie. Il répertorie et indexe les livres et le produit documentaire selon les dernières technologies disponibles et maîtrise (bases de données, logiciels de classement et de recherche), répond au besoin du public, conseille et guide les utilisateurs dans leurs recherches, éveille la sensibilité et donne le goût de la découverte de lecture
- 203. et des livres.Et chargée de la gestion quotidienne de la Bibliothèque, collabore aux tâches de conservation des documents. - Un administrateur adjoint : Chargé de la gestion quotidienne de la Bibliothèque, collabore aux tâches de conservation des documents. - Une secrétaire : - Un ouvrier Locaux : La bibliothèque de L’I.P.T est constituée de deux parties : ❖ La bibliothèque centrale est formée d’une grande salle subdivisée en trois parties. - Une salle de lecture est réservée au public, aux utilisateurs et aux revues de l’année en cours, ceux- ci sont disposés sur des présentoirs. - Une salle pour les ouvrages où sont aussi classés les monographies, les thèses et les mémoires. - Une salle pour les périodiques reliés où les titres sont rangés par ordre alphabétique. ❖ La bibliothèque annexe de la Soukra où sont conservées les anciennes revues ainsi que les Archives de l’Institut Pasteur de Tunis.
- 204. Unité Spécialisée Valorisationet de Transfert Technologique Activités menées par le Chargé de projet en Transfert Technologique (CPTT) en 2019-20120 - Coordination et gestion des échanges de l'IPT avec la Direction des Applications de la Recherche et des Relations Industrielles de l'Institut Pasteur Paris, concernant les actifs de PI de l’IPT, ainsi que des projets de valorisation des résultats de recherche de l’IPT. - l’IPT est partenaire de l’initiative, WIPO Re Search, lancée depuis 2013, par l’Organisation Mondiale de la Propriété Intellectuelle (OMPI), pour l’identification des besoins institutionnels pour l’amélioration de la valorisation de la recherche et la gestion de la propriété intellectuelle de l’Institut dans le domaine des maladies négligées.. Cette initiative est coordonné à l’IPT par le CATT, est a permis, à travers le réseau de l’initiative, à l’un de nos chercheurs de démarcher un bailleur de fonds (US/ NIH pour réaliser une étape de développement d’une technologie issue des résultats de recherche à l’IPT). - Gestion et négociation de contrats de prestation de services, de recherche dans le cadre de collaborations internationales avec des industriels et des académiques (CDA, MOU, MTA etc.). Plus d’une 30aine de contrats ont été gérés par le CPTT en 2019. -Le fait de devenir membre de l’ASTP-Proton, présente de nombreux avantages, tout d’abord l’accès aux ressources disponibles en ligne sur le site de l’ASTP-Proton, Manuel de Transfert Technologique, Contrats types, etc. https://www.astp4kt.eu/ -Participation à la rédaction d’un projet européen Twining pour un coût total d’1 M d’euros : STRENGTHENING OMICS DATA ANALYSIS CAPACITIES IN PATHOGEN-HOST INTERACTION ; PHINDaccess (Pathogen- Host INteraction Data access) (impact, mise en œuvre et Work Package, WP) concernant le volet transfert technologique. Le projet qui a été accepté et dont le CATT est responsable du WP 6 UNLEASHING IPT’S FULL POTENTIAL FOR AN EFFICIENT TRANSLATIONAL RESEARCH. -L’accès à des bases de données et à diverses études, ainsi que des tarifs préférentiels pour participer à des conférences de partnering et à des formations certifiantes (RTTP, Registered Technology Transfer Professional et Certified Licensing Profesionnal, CLP). - Coordination avec la SATT AXLR, situé à Montpellier, concernant l’innovation qui a fait l’objet d’une demande de brevet déposée le 30 mai 2018 à l’INPI sous le n°FR1800533, basée sur une déclaration d’invention signée par le Porteur de Projet, par M. Jean-Loup Lemesre (IRD –Laboratoire Montpelliérain), par Mme Elodie Petitdidier-Lesin (IRD – Laboratoire Montpelliérain), et par Mme Amel Meddeb-Garnaoui (IPT – Laboratoire Tunisien) et portant sur des épitopes et composés peptidiques mono ou multi-épitopiques issus de différentes protéines excrétées de Leishmania, ainsi que des compositions pharmaceutiques et des vaccins destinés à être utilisés contre une ou plusieurs espèces de Leishmanies. En Décembre 2018 signature d’une LOI (Letter Of Intent) Encadre les conditions, notamment financières de l’intervention de la SATT AxLR, en vue du démarrage du projet de Maturation Initiale et d’une CMI (Convention de Maturation Initiale) SATT AxLR/IRD/IPT. -Coordination avec la SATT Lutech pour le dépôt d’une demande de brevet européenne à l’échelle brevet EP intitulée « Lebecetin, a C-type lectin, as neovascularization inhibitor », le lundi 12 décembre 2016 sous le n° EP16306661. En 2018, nous avons signé le projet de maturation avec une enveloppe budgétaire accordée à l’IPT pour réaliser une partie des travaux de développement. -Signature d’un accord de licence et d’un accord de copropriété avec la SATT Lutech lié au brevet EP intitulée « Lebecetin, a C-type lectin, as neovascularization inhibitor » en 2019 - Gestion contractuelle et de la propriété intellectuelle dans le cadre du projet « Rage : Développement d’un vaccin antirabique à usage humain produit » et du projet « BCG » de transfert de technologie à l’international. Négociation et gestion contractuelle dans le cadre de la collaboration avec un industriel indonésien, -Gestion de la valorisation du brevet tunisien déposé à l’INNORPI sous le numéro TN2016/0260 Formulation d’une pommade cicatrisante à base d’huile fixe de lentisque (Pistacia lentiscus). -Signature en 2019 d’un accord de licence avec un industriel turc concernant les vaccins BCG et antirabique de l’IPT
- 205. -Organisation de deuxévénements dans le cadre du WP6 du projet PHINDaccess dans les Task 6.1 et 6.3 en Juin 2019 (du 20- 21 et du 26-27 juin 2019 à l’IPT) ainsi que des séries de webinaires autour du TT en 2020 ➢ Des activités de prestation de services sont mise en place en collaboration avec des industriels (Merck, Cancer colorectal) ➢ l’IPT, structure porteuse de la BioTechPole de Sidi-Thabet (actionnaire majoritaire ) Projet Plateforme du Centre de Ressources technologiques (bio production selon les exigences Pré- GMP et GMP) ➢ Nouvelle collaboration avec la SIPHAT et le Ministère de la Santé . Une Joint Venture SIPHAT-IPT pourrait voir le jour lors du prochain mandat, autour de la production de produits de biotechnologies, avec un impact économique important pour le pays, sachant qu’il s’agit d’un domaine stratégique à forte valeur ajoutée. Task 6.2 Empowering Management of Intellectual Property Task 6.3 Fostering Fundraising and Cooperation in R&D Opportunities Task 6.4 Learning from concrete TT case studies Task 6.5 Rooting a sustainable cooperation with TT professionals 25 24/12/20
- 206. Unité Spécialisée «Communication, Science et Société » Composition de l’équipe : Hichem Ben Hassine Assistant de l’enseignement supérieur, Chef de l’Unité Spécialisée Meriam Belghith Maître assistante Sonia Abdelhak Biologiste principale Maria-Kabbage Post-doctorante Sonia Maatoug Assistante de l’enseignement supérieur Asma Ferchichi Assistante de l’enseignement supérieur Sonia Maatoug Assistante de l’enseignement supérieur Safa Romdhane Technicienne Rym Benkhalifa Biologiste Nadia Zitouna Post-doctorante Feten Ben Ali Sous-directrice, chargé de la gouvernance Meriem Ben Ali Biologiste Hayet Moussa Socio-anthropologue, Assistance de L’enseignement supérieur/ Youmna M’ghirbi Maître de Conférence Rym Soltani Sous-directrice, chargée de la Direction de l’approvisionnement Raja Riahi Sous-directrice, Chargée des marchés publics et de contrôle de gestion Mahrez Kallel Directeur Financier Olfa Bennour Administratrice Avec le lancement du nouveau contrat programme 2019-2023 avec le MERSR et les différents projets de recherche nationaux et internationaux de l’IPT, l’année 2020 s’annonçait très riche en activités, ce qui a été le cas les mois de janvier et février. Le 3ème Colloque Jeunes Chercheurs s’organisait, les projets InSPIRES et PHINDaccess accéléraient leur cadence, sans oublier les activités de communication institutionnelle et scientifique habituelles. La dynamique a été rompue par la pandémie de Covid-19 et il a fallu s’adapter au contexte pour maintenir nos activités, tout en répondant aux nouveaux besoins révélés par la gestion de l’épidémie en Tunisie. Mi-mars, nous avons donc lancé la communication autour du rôle de l’IPT dans l’épidémie de Coronavirus et informé le grand public. Des articles d’information ont été publiés sur le site web et systématiquement relayés sur nos réseaux sociaux. Nous avons répondu aux sollicitations des médias (TV, radio, internet, etc.) en sensibilisant le public à nos activités en lien avec la gestion de l’épidémie, les tests RT-PCR et les recherches scientifiques réalisés par l’IPT sur la Covid-19. Cette communication constante a permis à l’IPT de donner une visibilité supplémentaire à ses activités Dans le même temps, toutes les autres activités se sont déroulées en ligne jusqu’au mois de juin et nous avons pu assurer la continuité des activités des projets en cours. Par ailleurs, durant cette période de confinement, trois projets (H2020, Erasmus et bilatéral) ont été soumis, mais malheureusement aucun n’a été accepté. Enfin, des webinaires sur différentes thématiques en lien avec nos activités ont été mis en place avec l’Association des Jeunes Chercheurs de l’IPT : https://www.youtube.com/watch?v=6_63Nf8xCrA&list=PLVrvl5x1ZcZmcxExgK8nd16DLeuGOyERo Dès la fin du mois de mai, nous avons pu revenir à une activité normale et « rattraper » le retard accumulé notamment pour le projet InSPIRES et les projets de la Boutique des Sciences, tout en poursuivant l’activité de communication institutionnelle et autour de la pandémie. Nous avons, par ailleurs, été chargé de la coordination du WP5 (Science Sociale) du projet REPAIR sur la Covid-19, qui réunit les 10 instituts Pasteur d’Afrique.
- 207. Concernant la communicationdigitale de l’IPT qui est un aspect fondamental de notre communication, celle-ci est en constant développement et nécessite de plus en plus d’investissement. En effet, la communication via les réseaux sociaux notamment, a augmenté l’interaction public-IPT, à en juger par le nombre de messages reçus, soit sur le contact du site web, soit sur les réseaux sociaux (une vingtaine par jour). Les comptes sociaux de l’IPT se répartissent de la manière suivante. Facebook : 29 000 abonnés, Twitter : 4023, Linkedin (groupe+compagnie) : 10 077. L’IPT a également enrichi sa chaîne Youtube (646 abonnés) avec plusieurs vidéos, en accès libre. Par ailleurs, l’e-réputation de l’IPT reste toujours excellente. Selon le site web reputationvip.com, chargé de mesurer la réputation numérique d’institutions, la page Google « Institut Pasteur de Tunis » se maintient à un score autour de 100. Notre communication web nous permet une visibilité nationale internationale forte. Elle est notamment citée en exemple par le Réseau International des Instituts Pasteur et par différentes structures nationales. Une refonte du site web a débuté en 2020 et devrait être finalisée dans le courant de l’année 2022. Enfin, l’année 2020 marque un tournant dans l’activité de communication de l’IPT. Elle a vu la création de l’Unité Spécialisée « Communication, Science et Société » (http://www.pasteur.tn/index.php?option=com_content&view=article&id=767&Itemid=850). Cette Unité (US20IPT04) fait partie des quatre Unités spécialisées (http://www.pasteur.tn/index.php?option=com_content&view=article&id=765&Itemid=847) créées dans le cadre du contrat programme 2019-2023, avec le ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique. Sous la responsabilité du responsable communication de l’IPT, les activités de cette Unité sont séparées en cinq piliers 1. Communication institutionnelle et scientifique (Coordonné par Hichem Ben Hassine) 2. Engagement sociétal (coordonnée par Hichem Ben Hassine) 3. Éducation scientifique, Formation à la Recherche et à l'innovation Responsable (Coordonné par Meriam Belghith) 4. Formation et accompagnement Ethique (Coordonné par Maria Kabbage) 5. Gouvernance participative de la recherche (Coordonné par Sonia Abdelhak) Les objectifs de l’Unité Spécialisée • Guider et généraliser les bonnes pratiques de communication institutionnelle et scientifique • Initier des projets de recherche scientifique à partir de besoins sociétaux • Former aux standards de la recherche scientifique et responsable • Promouvoir la culture scientifique • Former à l’éthique de la recherche et accompagner les chercheurs dans leur démarche éthique • Analyser les pratiques et proposer de nouveaux modes de gouvernance participative Lors de cette première année, l’Unité a pour priorités le Mapping de l’existant et benchmarking sur les activités et le développement d’Actions pilotes ou la consolidation d’actions mises en place avant la naissance de l’unité Composée de pasteuriens qui ont accepté de dédier du temps à leur institution, l’Unité est tributaire de leur disponibilité. Elle aura besoin de ressources dédiées afin d’assurer la pérennisation de son activité.
- 208.
- 209. Comité Formation etStages Responsable du comité : Pr. Ali Bouattour Le comité de formation, d’enseignement et de stages de l’Institut Pasteur de Tunis, créé en avril 2012, est chargé de la gestion administrative et de l’encadrement des stagiaires et des jeunes chercheurs à l’Institut. Ce comité est impliqué dans les actions à entreprendre pour instaurer un système de management qualité (recherche et enseignement) dont l’objectif principal est d’obtenir l'accréditation selon les référentiels. Au cours de l’année 2020, le comité s’est occupé de l’inscription des étudiants stagiaires dont le nombre a atteint 288 répartis comme suit : 40 post-doctorants, 91 doctorants, 25 étudiants en Mastère, 18 étudiants inscrits pour réaliser leur projet de fin d’études (PFE) et 114 étudiants venus à l’IPT pour un stage de courte durée (15 jours à 3mois). Le nombre de doctorants et des étudiants préparant leur mémoire de mastère a sensiblement baissé cette année, et ce en raison de la limitation des inscriptions dans les mastères de biologie. Par contre, la politique de l’Institut Pasteur s’est orientée vers l’encouragement au recrutement de post- doctorants dont le nombre à tripler. Ces stagiaires ont été accueillis par les différents laboratoires de l’IPT ; ils sont en majorité issus des Facultés des Sciences de Tunis et de Bizerte. Ces étudiants stagiaires sont affectés en majorité dans un des 10 laboratoires de recherche de l’IPT, ainsi que dans les services de diagnostic et de production. Les laboratoires de recherche sont financés, d’une part par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique, d’autre part par les projets de collaboration. Au sein de ces laboratoires, les étudiants, de différents niveaux et profils, reçoivent une formation théorique et pratique. En plus des laboratoires de recherche, l’IPT accueille également, des stagiaires dans les services, technique (métrologie, appareillage…), informatique et administratif (comptabilité, gestion du personnel…). Cette année, l’activité des étudiants stagiaires à l’IPT a été entravée par la pandémie Covid19. Ainsi, et suite au confinement général décrété par les autorités sanitaires du pays, tous les stagiaires ont été contraints de rester chez eux. Cette pandémie a eu aussi des répercussions sur les stages à l’étranger ou dans les autres laboratoires de Tunisie. De même, toutes les manifestations scientifiques, rencontres et cours qui étaient destinés à nos stagiaires ont été annulés. Pour pallier à ce problème et éviter les rassemblements, nous avons encouragé nos étudiants à la participation aux manifestations scientifiques via internet (webinar). Par ailleurs, durant l’année 2020, le comité formation et stages a participé à toutes les réunions de l’Ecole Doctorale « Sciences de la vie et de la Terre ; faculté des sciences de Tunis » puisque l’IPT est membre de cette école. Ces réunions sont en relation essentiellement avec l’évolution des thèses des étudiants et la formation des doctorants pour acquérir les crédits nécessaires.
- 210. Comité Qualité Composition ducomité : La composition du comité est comme suit : Mme Sonia Damak : docteur en pharmacie et responsable du management de la qualité. Mme Sana Masmoudi : docteur en pharmacie et responsable du service de contrôle qualité de l’unité de production des vaccins et sérums thérapeutiques. Mme Ines Safra : maître de conférences agrégé en hématologie. Mme Afef Bahlous : professeur en médecine et chef service du laboratoire de biochimie clinique. Mme Imen Laarbi : médecin vétérinaire principal affectée au laboratoire de microbiologie vétérinaire. Mr Mahrez Kallel : administrateur en chef et responsable de la Direction Financière et Comptable. Mr Dhafer Laouini : biologiste principal affecté au laboratoire de Transmission, contrôle et immunobiologie des infections. Mme Sana Chaabane : ingénieur principal affectée au service d'épidémiologie médicale. Mme Leila Barbouche : docteur en pharmacie et responsable assurance qualité de l'unité de production des vaccins et sérums thérapeutiques. Mme Safaa Kalai : ingénieur principal affectée au laboratoire de biochimie clinique. Principaux objectifs : Ce comité a pour mission : • de finaliser la démarche qualité et d’assurer le suivi du SMQ. • d'assurer la mise à niveau des différentes structures de l'IPT selon les normes de qualité en relation avec leurs domaines d'activité. Principales missions : Plusieurs sous-groupes sont définis afin d'atteindre ces objectifs : 1- Sous-groupe chargé de la mise à niveau et du suivi des laboratoires de recherche, il est formé par Mme Sonia Damak, Mme leila Barbouche et Mr Dhafer Laouini. 2- Sous-groupe chargé de la mise à niveau et du suivi des laboratoires d'analyses et d'essai, il est formé par Mme Sana Masmoudi et Mme Imen Laarbi. 3- Sous-groupe chargé de la mise à niveau et du suivi des laboratoires d'analyses médicales ainsi que du service des consultants externes, il est formé par Mme Afef Bahlous, Mme Ines Safra et Mme Safa Kalai. 4- Sous-groupe chargé de la mise à niveau et du suivi des structures de support ainsi que du service des vaccinations internationales et antirabique, il est formé par Mme Sonia Damak, Mme Sana Chaabane et Mr Mahrez Kallel. Le RMQ est chargé de la coordination entre ces différents sous-groupes ainsi que les autres comités dont les activités se rejoignent : comité d'élaboration du manuel de procédures, comité qualité volet enseignement supérieur et recherche... Activités du comité pour l’année 2020 : Dans le cadre du projet PAQ CR2S (projet ayant pour objectif à terme la certification des centres de recherche selon l'ISO9001:2015), nous avons entamé la seconde phase qui consiste à la conception et à la mise en place du Système de Management de la Qualité. Plusieurs experts ont été recrutés pour assurer (i) la mission d'assistance et (ii) la mission de sensibilisation et de formation du personnel. ➢ La mission d'assistance : La mission a débuté effectivement en juin 2020, elle a été répartie en trois phases. • Phase 01 : la conception du SMQ et la définition du programme d’acquisition des compétences : le consultant a mené des séances de travail avec plusieurs intervenants (le comité de pilotage, les pilotes de processus...), ainsi la première phase de la mission d'assistance a été réalisée et son rapport de réalisation a été validé lors de la réunion du comité de pilotage en date du 26/08/2020. Les livrables de cette phase sont : le domaine d’application/périmètre choisi, les processus de l’IPT et leur cartographie, l'organigramme de l’IPT, le contexte de l’IPT, un draft de la Politique Qualité et la planification de la sensibilisation et de la formation.
- 211. • Phase 02: le développement de la structure documentaire d’appui au Système de Management. Malheureusement, l'avancement de cette phase du projet a été perturbé par la deuxième vague de la COVID-19 survenue au mois d'octobre 2020. Néanmoins, des réunions de travail entre le consultant et certains pilotes de processus ont été menées et ont abouti à l'élaboration de drafts des documents des processus suivants : - Processus : « Gouvernance et Pilotage » - Processus : « Amélioration » - Processus : « Hygiène, Sécurité, Environnement » - Processus : « Approvisionnement » - Processus : « Gestion des équipements et des locaux » • Phase 03 : le déploiement du SMQ, son suivi et son amélioration : système mis en place sur le périmètre retenu conformément à la norme ISO 9001:2015 La troisième phase est programmée pour l'année 2021. ➢ La mission de sensibilisation et de formation du personnel : Le programme de sensibilisation/formation a pour but de : - sensibiliser le personnel à la démarche qualité et l'impliquer dans ce projet institutionnel ; - développer les compétences du personnel, qui sera capable de planifier, exécuter et surveiller efficacement le SMQ. Les actions de sensibilisation, destinées à l'ensemble du personnel, ont été menées fin novembre et début décembre. Par ailleurs, les actions de formations, plus spécifiques destinées aux structures directement impliquées dans le projet de certification, ont été programmées pour l'année 2021. Thème Formateur Public cible Nombre de participants Date de réalisation Sensibilisation sur les exigences de la norme ISO 9001 Zouhaier Marrakchi Tout le personnel de l’IPT : cadres et personnel d'exécution 89 123 26-27 novembre 2020 03-04 décembre 2020 Les exigences de la norme ISO 9001 Zouhaier Marrakchi Pilotes de processus, membres du Comité Qualité, cadres administratifs... 18 14, 15 et 16 décembre 2020
- 212. Centre d’Investigation Clinique 1.PROJETS DE RECHERCHE FEDEREE (PRF) Maladies Transmissibles, Histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement I. Composition ➢ Equipe ➢ Corps A(1) ➢ Corps B(2) ➢ Doctora nts ➢ Cadres techniques de soutien(3) ➢ Activité transversal ➢ Henda Triki ➢ Monia Ardhaoui ➢ ➢ Anissa Nourry Projet 1 Afif Ben Salah Dhafer Laouini Mourad Mokni Jihène Bettaieb Wissem Ghawar Mokhtar Saidane ➢ ➢ Ghassen Kharroubi Wissem Zid Sana Chaabane Rihab Yazidi Aymen Bali Nabil BelHaj Hmida Adel Gharbi Mohamed Ali Snoussi Sadak Salem Mongi Dellagi Hayet Mhenni Said Chouchane Projet 2 Ikram Guizani Riadh Ben Ismail Kalthoum Kallel Akila Fathalla-Milli Insaf Bel Haj Ali Alya Yacoub Imen Mkada Emna Harigua ➢ Yusr Saadi Chema Zoghlemi Ahmed Chakroun Jomaa Chemkhi ➢ Projet 3 ➢ Ridha Barbouche Soumaya Rammeh Mamia bensalah Helmi Merdassi ➢ Chaouki ➢ Benabdes salem Amira Arfaoui Toumi Neyra Dekhil ➢ Rym Ouni Emna Romdhane ➢ Besma Mhenni Projet 4 ➢ Henda Triki Nabil Ben Mami Afif Ben Salah Msaddek Azzouz Imed Cheikh Nissaf Ben Alaya ➢ Wafa Aissi Jihène Bettaieb Anissa Chouikha Wissem Ghaouar Imene Ben Dhifallah Marouani Ridha ➢ Kaouth er Ayouni Marwa Khedhiri Hatem Triki ➢ Nabil Bel Hadj Hmida ➢ Hayet Mhenni ➢ Adel Gharbi ➢ Zina Meddeb ➢ Amal Sadraoui ➢ Walid Hammami Aicha Boukthir Sana Rajhi 1 Professeurs, maitres de conférences et grades équivalents ; 2 Maitres assistants, assistants et grades équivalents ; 3 Ingénieurs, technologues et grades équivalents. I. Résumé et objectifs visés du CIC Le CIC de l’Institut Pasteur de Tunis vise à contribuer à un meilleur contrôle de 3 maladies transmissibles les fréquentes en Tunisie par : i) Une meilleure compréhension de leur histoire naturelle et de
- 213. leurs déterminants ense basant sur des études populationnelles prospectives ; ii) Le développement d’outils appropriés et leur évaluation sur le terrain selon les normes de bonnes pratiques cliniques en vue de les enregistrer et d’assurer l’accès global en partenariat avec les compagnies pharmaceutiques afin de réduire l’inégalité face à la maladie et l’accès aux soins ; iii) La pérennisation de l’expertise par une formation intégrée dans ces projets « learning by doing », multidisciplinaire et pointue et un renforcement des capacités techniques dans les structures du réseau. Les objectifs généraux du CIC visent : ➢ Une meilleure compréhension de l’histoire naturelle des maladies transmissibles prioritaires en Tunisie en se basant sur des études populationnelles et prospectives ➢ Le développement d’outils appropriés pour le diagnostic, la prévention et le traitement et leur évaluation sur le terrain selon les normes de bonnes pratiques cliniques Les objectifs spécifiques visés par le programme scientifique 2017-2020 du PRF sont : Projet 1 : ➢ Evaluer l'importance relative et les manifestations cliniques des formes de la LC ➢ Estimer le taux d'infection chez le rongeur réservoir (C. gundi) et sa distribution avec l'âge et le temps ➢ Etudier le taux d’infection des vecteurs potentiel ➢ Analyser génétiquement les souches isolées à partir des différents éléments du cycle Projet 2 : ➢ Evaluer et valider deux outils de diagnostic moléculaire permettant une détection et une identification concomitantes du parasite Projet 3 : ➢ Evaluer les performances d’un test immunologique et d’un test moléculaire pour le diagnostic de la tuberculose ganglionnaire par rapport aux techniques classiques bactériologiques et histologiques ➢ ➢ Etudier la réponse immune locale et identifier des biomarqueurs spécifiques de la tuberculose ganglionnaire Projet 4 : Conduire des études populationnelles des infections aux virus des hépatites C et A dans une région d’hyperendémicité relative et dans le cadre des programmes nationaux d’élimination et de contrôle afin de : ➢ Documenter les prévalences actuelles des infections par le VHC et le VHA ➢ Proposer des stratégies adaptées de prévention pour le VHA ➢ Etudier les taux de réponse aux nouvelles molécules antivirales pour le VHC Maladies Transmissibles, Histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement Projet 1 : Dr Wissem Ghawar Incrimination des réservoirs et des vecteurs et caractérisation des manifestations cliniques des parasites Leishmania dans des foyers mixtes de leishmaniose cutanée dans le sud-est de la Tunisie (Tataouine): risque d’urbanisation et implications pour le contrôle Projet 2 : Dr Ikram Guizani : Evaluation comparée d’outils moléculaires de nouvelle génération pour le diagnostic moléculaire de la leishmaniose cutanée Projet 3 : Prof Ridha Barbouche : Evaluation de l’intérêt potentiel des nouveaux tests HBHG- IGRA et GeneXpert dans le diagnostic de la tuberculose ganglionnaire Projet 4 : Dr Henda Triki : Investigation clinique de l’infection par les Virus des Hépatites C et A dans le cadre des programmes actuel d’élimination et de contrôle en Tunisie
- 214. III- Activités réaliséesdurant l’année 2020-2021 III.1 Travaux de recherche Projet 1 Jusqu'au Février 2020, dans le cadre du WP1, l'équipe du projet a pu recruter 268 malades volontaires dans l'étude. Toutes les données cliniques et démographiques ont été collectées. En plus de l'examen clinique, le diagnostic parasitologique par examen direct de ces malades les à incriminer tous comme atteints de la LC. Par ailleurs, on a réussi à cultiver 73 souches du parasite Leishmania sur le milieu NNN. L'identification moléculaire de ces souches par la technique PCR-ITS1-RFLP a permis d'avoir 69 souches L. major et 4 souches L. killicki. De plus, le suivi des patients jusqu'à guérison a été réalisé selon le protocole du projet (Jour0, Jour 30, Jour 60, Jour 90 et Jour180) pour la majorité des patients recrutés, avec un taux d'abondance très faible. Une base de données renfermant toutes les données récoltées ainsi que les résultats des différents examens parasitologiques a été établie et validée. Dans le cadre du WP2, 240 rongeurs appartenant à l'espèce C. gundi, ainsi que 46 spécimens appartenant au genre Jaculus ont été capturés et autopsiés pour le prélèvement de certains nombres d'échantillons d'organes pour l'étude moléculaire de l'infection. Le diagnostic parasitologique de ces rongeurs a permis d'isoler deux souches Leishmania, identifié à savoir L. major, à partir de l'espèce C. gundi pour la première fois au monde. L'étude de la prévalence de l'infection en utilisant la technique PCR-ITS1-RFLP sur les organes internes de ces rongeurs est en cours de réalisation pour l'espèce C. gundi alors qu'elle a permis de détecter les parasites L. major pour la première fois chez les espèces appartenant au genre Jaculus. Dans le cadre du WP3, 10035 phlébotomes ont été capturé en utilisant la méthode des pièges CDC. La caractérisation et l'identification de tous ces spécimens en se basant sur les clés d'identification taxonomique a été réalisée. L'étude le d'infection de chaque espèce déterminée est en cours de réalisation. Projet 2 Durant l’année 2020, l’équipe de recherche à réaliser : -La mise en place d’une bio-banque d’ADN documentée par une base de données comprenant les données épidémiologiques, cliniques et parasitologues. - L’évaluation comparée de la PCR-HRM sur des prélèvements de patients (N=578) à trois standards (2 pour la détection et 1 pour l’identification) - La mise en place et évaluation comparée de la PCR multiplexe couplée à une hybridation sur bandelettes à trois standards (2 pour la détection et 1 pour l’identification) -La Rédaction des SOPs Projet 3 Jusqu‘à l’année 2020, l’équipe du projet 3 a pu recruter 129 patients. Les explorations immunologiques ont été achevées, l’étude histologique des fragments biopsiques a été réalisée pour 115 patients. Concernant l’étude bactériologique elle n’a été réalisée que pour 85 patients. L’intérêt du test HBHA-IGRA est en cours d’analyse. Concernant l’étude de la réponse immune locale et l’identification des biomarqueurs spécifiques de la tuberculose ganglionnaire, nos résultats montrent que les marqueurs Granzyme B et IFNγ spécifiques à l’antigène HBHA représentent des biomarqueurs utiles pour le diagnostic de la LCT. L’article est en cours de préparation. En perspective du projet CIC-3, Dr. Chaouki Benabdessalem a participé, en qualité de Co-PI, à la soumission d’un projet NIH-RO1 (NIH RFA-Al-20-057) en collaboration avec le Pr. Robert Modlin de UCLA, Los Angeles. On a proposé d'étudier l'architecture cellulaire et moléculaire du granulome au cours de la tuberculose en utilisant, notamment, des technologies de Cutting-edge (scRNA Seq et Spatial Seq). Projet 4 Durant l’année 2020, l’équipe de recherche à réaliser : - L’optimisation de 3 PCR nichées permettant l’amplification de 3 régions génomiques du VHA : la région 5’NC (623nt), la région VP1 (953nt) et la jonction VP1-2A (391nt). -Caractérisation génétique des souches de VHA afin d’étudier la diversité génétique et antigénique des souches de VHA circulantes en Tunisie entre 2013 et 2018, avant l'introduction du vaccin dans le programme national de vaccination. -L’étude a porté sur 103 sérums de patients atteints d’hépatite A aigue et testés positifs en IgM anti-VHA. qui nous sont parvenus dans le cadre du diagnostic de routine. -La détection du génome du VHA a été réalisée par RT-PCR nichée ciblant la région 5’NC, la jonction VP1- 2A et la région VP1 totale. Les produits d’amplification obtenus de la jonction VP1-2A et de la région VP1 ont été séquencés. - L’analyse phylogénétique a montré que les souches isolées durant la période 2013-2018, appartenait à un seul génotype, le génotype IA, au sein duquel une hétérogénéité génétique a été observée. Globalement, nos résultats ont montré la co-circulation de cinq variants génétiques en Tunisie et l’existence de plusieurs variants antigéniques. Nos résultats suggèrent qu'une variété des mutants et des variants antigéniques circule en Tunisie.
- 215. III.2. Valorisation desrésultats Articles publiés : 1- Romdhane et al., Performance of GeneXpert ultra in the diagnosis of Tuberculous Cervical lymphadenitis in formalin fixed paraffin embedded tissues. Tuberculosis (Edinb) 2020 Dec;125:102012. doi: 10.1016/j.tube.2020.102012 2- Ayouni K, Kharroubi G, Mallekh R, Hammami W, Marouani R, Mhamdi M, Ben Salah A, Triki H, Bettaieb J. Seroprevalence of hepatitis A virus infection in Central-West of Tunisia. J Med Virol. 2021 Jun;93(6):3666-3671. doi: 10.1002/jmv.26563. Epub 2020 Oct 10. PMID: 32986240. 3- Ayouni K, Naffeti B, Ben Aribi W, Bettaieb J, Hammami W, Ben Salah A, Ammar H, Ben Miled S, Triki H. Hepatitis a virus infection in Central-West Tunisia: an age structured model of transmission and vaccination impact. BMC Infect Dis. 2020 Aug 26;20(1):627. doi: 10.1186/s12879-020-05318-7. PMID: 32842988; PMCID: PMC7477833. Articles soumis: 1- Ghawar, W., Chaouch, M., Ben Abderrazak, S., Snoussi, MA., Salem, S., Chouchen, S., Bouaoun, A., Ben Salah, A., Bettaieb, J. Intitulé: "Evaluation of the taxonomic status of Lesser Egyptian Jerboa, Jaculus jaculus, and the first potential description of Jaculus blanfordi in Tunisia."BMC. Evolutionary Biology 2- Anissa Chouikha,a,§, Amine Ghrabi a§, Amira Ghodhbane , Walid Hammemi , Marwa Khedhiri , Amel Sadraoui , Henda Touzi , Hichem Ben Hassine , Sonia Maatoug, Chaima Ben Saoud , Sonia Abdelhak , Samir Bouarrouj, Mariem Gdoura , Hedia Chaouachi, Henda Triki Distribution of HCV genotypes among people who inject drugs in Tunisia: New evidence for scaling up prevention and treatment towards national elimination goal Articles en phase de rédaction : 1- "Rodents species belonging to Jaculus genus as potentials reservoir hosts of Leishmania parasites in Tunisia." 2- Epidemiology evolution of the human cutaneous leishmaniasis in the South of Tunisia." 3- Clinical differentiation between patients with cutaneneous leishmaniasis due to L. major vs L. killicki." 4- Development and evaluation of a High Resolution Melting Analysis (HRM) assay for detection and identification of Old World Leishmania species Implication du CIC dans des projets internationaux • Projet RO1- NIH RFA-Al-20-057: Dynamics of the cellular and molecular architecture of human pulmonary TB granulomas.
- 216.
- 217. Direction Financière etComptable Responsable de service : Mahrez Kallel Cadres : 09 Agents de maitrise : 3 Agents d’exécution : 11 Organigramme : Principales missions : - Assurer la tenue de la comptabilité selon les conditions réglementaires - Assurer les règlements des fournisseurs - Assurer le suivi de la trésorerie - Assurer les prévisions et les suivis budgétaires - Assurer le suivi et le recouvrement des créances clients - Assurer la tenue et le suivi des comptabilités des projets de recherche Réalisations budgétaires : Les ressources Le total des revenus réalisés au titre de l'exercice 2020 s'élève à 17 391 000 dinars, ce qui représente un taux de réalisation de 97% des prévisions de l'année. Ce montant a enregistré une augmentation de 20% par rapport à ce qui a été encaissé pour l'année 2019. Cette augmentation est due particulièrement à l'augmentation des ressources de la part de l'IPT dans les ventes des sérums et vaccins de la pharmacie centrale. Les versements ont atteint 3 300 000 dt (2 100 000 dinars en 2019). En outre, l'activité d'exploitation a réalisé une augmentation de revenu de 13% par rapport à 2019, suite à l'augmentation du chiffre d'affaire des analyses (covid principalement). Les conséquences de la pandémie ont influencé par contre les recettes de la vaccination internationale qui a diminué de 68%. Le détail des recettes se partage comme suit : * 5 500 000 Dinars ressources au profit des projets de recherche scientifique, avec une croissance par rapport à 2019 de 15℅. * 6 700 000 dinars : Ressources des analyses biomédicales, enregistrant une hausse de 130℅ par rapport aux réalisations de l'année 2019. * 840 000 dinars : Ressources provenant de la vaccination, ayant enregistré une régression de 68%, en numéraire, par rapport à ce qui a été réalisé au cours de l'année 2019 (suite aux restrictions des voyages à l'échelle internationale). DIRECTION FINANCIERE ET COMPTABLE SOUS DIRECTION FINANCIERE SOUS DIRECTION COMPTABLE SERVICE DE GESTION DES PROJETS SERVICE DE LA COMPTABILTE GENERALE SERVICE DE LA COMPTABILTE ANALITIQUE UNITE BUDGET UNITE RECOUVREMENT
- 218. * 928 700dinars : Ressources provenant de la vente de produits pharmaceutiques (production), avec une diminution de 53% par rapport à ce qui a été enregistré en 2019, suite a des problèmes de disponibilité du plateau technique de l'unité de production. Les crédits délégués octroyés par le Ministère de la Santé au titre des salaires ont atteint 12 283 000 dinars Les emplois Le total des emplois au 31 Décembre 2020 a atteint 17 583 000 dinars, équivalent à 98% des estimations pour cette année, enregistrant une augmentation de 4% par rapport aux charges effectuées pour l'année 2019. Ces charges sont réparties comme suit : * 6 950 000 dinars : achats, enregistrant une diminution de 11% par rapport aux réalisations de 2019 en raison de la régression de l'activité et des achats de la vaccination. * 2 700 000 dinars : services extérieurs, avec une diminution de 30% par rapport aux réalisations de 2019. * 4 850 000 : charges de personnel répartis entre les projets de recherches 2 400 000 dinars et les ressources propres de l'IPT 2 450 000 dinars. Les crédits délégués (Ministère de la santé) sont de 12 283 000 dinars * 3 088 000 dinars : investissements (1 043 700 en 2019) avec une croissance de 196% et un taux de réalisation de 262% par rapport aux prévisions de 2020. Ce montant est supporté par les projets de recherche à 890 000 dinars et par les ressources propres de l'IPT à un montant de 2 189 000 dinars (dont 500 000 dt sous forme de participation au capital de la biotechnopole de SidiThebet) Répartition des charges selon les sources de financement : Source de financement Montant Ressources propres IPT 12 470 000 (70%) Projets de recherche 5 109 000 (30%) (31% en 2019) Résultat budgétaire : Le résultat budgétaire est déficitaire pour le budget autre que des projets de recherche d'un montant de (- 600 000) dinars contre un résultat excédentaire pour les projets de recherche de 403 000 dinars (l'activité de recherche est en réalité soldée. Le résultat global au 31/12 peut être influencé selon l'année de versement des différents projets). La fonction budget est affectée, fin de 2020, à la fonction de contrôle de gestion nouvellement créée. Situation de la trésorerie : La trésorerie est arrêtée, au 31/12/2020, à un montant de 4 900 000 dinars. Toutefois, les dettes de l'IPT s'élèvent à 7 millions de dinars (dont 3 millions pour la PCT, à payer à condition des encaissements de la PCT au titre de la quotte part de l'IPT de 9% dans ses ventes de sérums et vaccins). Le disponible des projets de recherche (crédit affectés) est de 6,5 millions de dinars, dépassant la trésorerie de 1,5 millions. Ainsi, le déficit de trésorerie est de 5,5 million de dinars. Mesures entreprises : - Création depuis 2017 de la cellule de recouvrement pour renforcer les efforts de l'unité de recouvrement ; - Renforcement de l'unité de recouvrement par un cadre pour les relances et la tenue de PV de reconnaissance de dettes (qui n'a pas trouvé de réactivité par les clients hôpitaux). - Suivis et relances par courriers et par des visites périodiques des clients ; - Transmissions périodiques de courriers au Ministère de la Santé ; - Contact direct à haut niveau (DG IPT-PDG PCT-MINISTRE DE LA SANTE) Données comptables (2019 avant certification): Le tableau suivant mentionne les principaux indicateurs comptables (en DT): indicateur valeur Total bilan 41 219 455
- 219. Charges d'exploitation 36333 013 Produits d'exploitation 29 704 056 Résultat d'exploitation - 6 628 958 Résultat comptable - 6 435 825 Gestion des projets de recherche Principale mission: Assurer la gestion financière de tous les programmes de recherche financés soit, par l'Institut Pasteur de Tunis (PCI), soit des tierces parties, qu'elles soient nationales ou internationales. Il S'agit de la gestion documentaire de tous les programmes de recherche dans leurs aspects de création, d'encaissement, de financement d'achat, de réalisation de stage, de mission de contrat ainsi que l'établissement des rapports financiers intermédiaires et des rapports finaux.
- 220. Sous-Direction Commerciale Responsable :Amel Abbouz Cadre : 01 Nombre de personnel : 05 Agents I. Missions de la sous direction commerciale : La sous direction commerciale assure la vente des sérums et vaccins fabriqués par la Nouvelle Unité de Production (NUP) de l’IPT, sous la supervision d’un pharmacien responsable. Par ailleurs, cette unité assure la vente d’autres produits de l’unité d’élevage de l’IPT : les petits animaux comme les cobayes et souris, sous la supervision d’un vétérinaire, qui serviront notamment pour les expérimentions et le contrôle des vaccins par le Laboratoire National de Contrôle des Médicaments. D’autres produits animaliers, fabriqués par d’autres laboratoires de l’IPT, comme le sang de cheval, le sang de mouton et le sang de poule sont également vendus par cette sous-direction. La sous direction commerciale s’occupe également de l’établissement des marchés, conventions et devis, la centralisation et la facturation des bons de commandes d’analyses à terme, le suivi de toutes les réclamations clients. Elle assure aussi la mise à jour et le contrôle des prix sur l’application PROLAB. L’élaboration des procédures de ventes et de gestion des analyses sont aussi de son ressort. Elle assiste aussi le médecin responsable du service vaccination dans ses responsabilités : le contrôle et la mise à jour des prix de vaccins, le suivi des réclamations clients et enfin la centralisation et l’envoie des factures aux clients. A côté de toutes ces activités, vient s’ajouter l’activité de recouvrement des impayés des clients ayant de grandes créances avec l’IPT. Le personnel affecté à cette sous direction est composé d’un directeur, d’un cadre gestionnaire et de cinq agents. II. Organisation et répartition des tâches des agents de la sous direction commerciale : a. Le Responsable de la Sous direction : Amel ABBOUZ Elle assiste, encadre, oriente et supervise tout le personnel qui est sous sa responsabilité dans l’accomplissement de ses tâches. Ses Principales tâches : • Elaboration des procédures de ventes des sérums, vaccins et petits animaux et des prestations d’analyses ; • Calcul et mise à jour des prix des prestations de vaccins après l’achat de nouveaux vaccins et après la réévaluation de la charge vaccinale ; • Calcul et mise à jour des prix des prestations d’analyses sous traitées à l’étranger ; • Suivi et Correction des prix sur le système « PROLAB » ; • Etablissement des marchés et conventions avec les clients de l’IPT ; • Elaboration des tableaux de bords, rédaction des rapports d’activités et des courriers en rapport avec les activités de la sous direction commerciale (ventes, analyses et recouvrement) ; • Réponse aux réclamations clients et courriers du Ministère de la Santé et de ses différentes structures ; • Formation, encadrement et supervision du personnel affecté sous sa responsabilité. b. Les Subordonnés : ➢ Sameh Taghouti ( grade : Administrateur ) : Recouvrement des grandes créances / facturation de bons d’analyses / Assistance du responsable commercial dans l’établissement des marchés et conventions / Etablissement des devis / Suivi des réclamations clients et fourniture des résultats d’analyses en cas de besoin / Suivi des bons de commandes manquants au niveau du service des consultants externes / Vérification des montants des factures d’analyses générées par le système PROLAB / Etablissement des tableaux de bords annuels des différentes activités de la sous direction / Assistance du responsable de la sous direction dans l’encadrement du personnel qui est sous sa responsabilité.
- 221. ➢ Sabrine Baghouri(grade: Technicien) : Facturation des ventes à terme de vaccins et sérums / Vente au comptant de vaccins et sérums entre 8:00 h et 10:00h / Elaboration du tableau de bord mensuel de la vente à terme / Acheminement des factures de ventes de vaccins et sérums, des prestations d’analyses et de vaccins vers les services de comptabilité et recouvrement accompagnés des tableaux de bords pour décharge / Classement des factures de ventes à terme et de vaccination / Envoi des factures de ventes à terme et de vaccination aux clients/ Vérification des données du fichier des ventes avec le service de comptabilité après saisie des factures. ➢ Anis Nefzi (grade : ouvrier catégorie 6) : Facturation de bons d’analyses / Elaboration des devis des clients / Suivi des réclamations clients / Fourniture des résultats d’analyses manquants / Recouvrement des grandes créances. Vérification des factures d’analyses générées par le système PROLAB. ➢ Sihem Daly (grade : commis de bureau) : Facturation de certains bons d’analyses / Dispatching, pointage et envoi des factures d’analyses / Vente des sérums et vaccins en cas de besoin. ➢ Ali Ben Abdelhamid (grade : Programmeur): Pointage, vérification et envoi des factures d’analyses. ➢ Walid Brahmi (grade : Infirmier) : Assure la vente au comptant des sérums et vaccins entre 10:00 h et 13:00 h ensuite entre 14:00h et 16h:30 / Elaboration du tableau de bord de la vente au comptant / Facture les bons d’analyses à terme de certains hôpitaux. III. Réalisations 2016 -2020 : Les principales actions effectuées en 2020 sont les suivantes : a. Les Analyses Biologiques : De 2016 à 2020, nous constatons une augmentation importante du chiffre d’affaires des analyses en notant quelques petites variations à la hausse ou à la baisse entre 2016 et 2018 de l’ordre de 4% et 6%. En l’espace de quatre années, le chiffre d’affaires des prestations d’analyses qui était de 3 517 898,026 D en 2016 a atteint un chiffre d’affaires avoisinant les 4 milliards en 2019, soit une augmentation de 10%. L’accroissement continu du chiffre d’affaires des analyses, entre 2016 et 2019, s’explique par plusieurs facteurs : • Des réunions périodiques ont été organisées avec le développeur de l’application « PROLAB» en vue d’optimiser l’utilisation de l’application en question en la généralisant à tous les laboratoires à l’exception de deux (Le laboratoire des eaux et denrées alimentaires et celui de bio toxines) ; • La mise en application, à tous les niveaux, du manuel de procédures Commerciales et Financières. Ceci, depuis la salle des consultants externes en passant par les laboratoires d’analyses jusqu’à la facturation et l’encaissement ; • La mise à jour des prix des analyses envoyés à l’étranger a permis de maintenir une croissance continue de l’activité. Quant à l’augmentation vertigineuse du chiffre d’affaires en 2020, elle s’explique par l’introduction d’un nouveau test (PCR du Covid-19) pendant la crise sanitaire.En effet, l’augmentation du chiffre d’affaires, entre 2019 et 2020 enregistrée, a été de l’ordre de 86,35 %. Evolution du C.A Global Année 2016 2017 2018 2019 2020 Analyses au Comptant 1 234 973,200 1 341 263,140 1 510 749,904 1 805 087,254 5 497 930,098 Nombre de factures 16 348 14 044 17 764 19 775 35 215 Analyse à Terme 2 295 486,455 1 951 218,380 2 017 271,215 2 055 544,001 1 578 979,193 Nombre de factures 1 600 1 587 1 178 1 095 861 Avoirs 12 561,733 2 933,320 104 200,506 71 872,753 42 007,556
- 222. Total Net 3517 897,922 3 289 548,200 3 423 820,613 3 788 758,502 7 061 804,759 Il est à remarquer que le chiffre d’affaires au comptant a évolué progressivement de 2016 jusqu’à 2019 et a fait un grand saut en avant en 2020 pour occuper 78,02% du chiffre d’affaires global. Ceci s’explique par le nombre élevé de tests PCR du Covid 19 réalisés pendant la pandémie. Part du C.A au Comptant dans le C.A Global 2016 2017 2018 2019 2020 35,10% 40,77% 44,12% 47,64% 78,02% b. La vaccination : Selon le graphe ci-dessous, nous constatons qu’entre 2016 et 2019, le chiffre d’affaires des prestations de vaccins est passé de 1 098 154 D,724 à 2 515 133D,320 soit, en l’espace de cinq ans, un taux d’accroissement de 130 %. Cet accroissement important s’explique par plusieurs facteurs : • En 2018 le vaccin contre la Méningite en flacons monodose ( Menveo) acquis auprès de la PCT à 90D,952 HT, a remplacé le vaccin multidoses ( Mencevac ACWY (8 doses réelles)) acquis à 237D,060 soit le coût de la dose est à 29D,632 HT. Par conséquent, le prix de la dose a été augmenté de 200%. • L’application du nouveau coût de la charge vaccinale qui passe à 15 D en 2018 au lieu de 8D,629 en 2017. • Le troisième facteur qui a été déterminant dans cet accroissement est l’augmentation du nombre de pèlerins à partir de 2018. Entre 2018 et 2019, l’augmentation du chiffre d’affaires n’est que de 11%. Elle s’explique par l’augmentation, en 2019, des prix d’achat des vaccins acquis auprès de la Pharmacie Centrale tels que, à titre d’exemple, le prix du vaccin Méningococcique conjugué ( Prevenar ) qui est passé de 106D,760 HT à 144 D,510 D HT, le Analyses au Comptant Analyses à Terme Total Net 2016; 35,10% 2017; 40,77% 2018; 44,12% 2019; 47,64% 2020; 78,02% 2016 2017 2018 2019 2020
- 223. prix du vaccinPneumococcique Polyosidique (Pneumo 23) qui est passé de 36 D,076 à 97 D,642 enfin, le prix du vaccin polio injectable qui est passé de 18D,318 ( Poliorix ) à 20D,310 ( Imovax Polio). En 2020, on constate une chute notable du chiffre d’affaires des prestations de vaccins passant de 2 515 133D,320 à 842 833D,610, due aux fermetures des frontières, notamment des aéroports à cause de la pandémie. CA Vaccination Année 2016 2017 2018 2019 2020 C.A Vaccins 1 098 154,724 1 280 000,000 2 266 612,131 2 515 133,320 842 833,610 c. Vente des sérums et vaccins : Entre 2016 et 2019, le chiffre d’affaires des sérums et vaccins a connu des fluctuations importantes : De 2016 à 2017, nous constatons un accroissement du chiffre d’affaires global. Il atteint son maximum en 2017, soit 1 999 419 D,107. A partir de 2017, il commence à baisser pour atteindre 1 725 098D,155 en 2018 et continue à baisser en 2019 pour rejoindre à peu prés le niveau de 2015, soit 1 377 171D,641. Cette chute brutale du chiffre d’affaires est due essentiellement à de baisses importantes d’une part, dans la production des Sérums Thérapeutiques de l’ordre de 81% et d’autre part, dans la production de BCG Intradermique de l’ordre de 39,84%. En 2020, on constate que le chiffre d’affaires a continué à baisser d’environ 32% par rapport à 2019. Conclusion : Il n’y a pas eu de décollage dans la production. Toutes ces fluctuations enregistrées, dans les ventes des sérums et vaccins entre 2016 et 2020, sont dues aux problèmes rencontrés dans la production de vaccins. En 2019, deux facteurs majeurs ont fait chuter le chiffre d’affaires : • Le vieillissement des chevaux de l’Institut Pasteur pour la fourniture de quantité suffisante de Plasma pour la production de sérums ; • Les pannes répétitives des machines de production de vaccins et sérums. Durant ces cinq dernières années, d’autres facteurs ont contribué à toutes ces variations telles que le départ de certains techniciens vu leur situation administrative précaire puisqu’ils ont été recrutés sur contrat. Par conséquent, la régularisation de leur situation administrative est une des solutions pouvant assurer une même cadence de production et l’augmenter. A cet effet, plusieurs écrits ont été envoyés au Ministère de la Santé demeurant jusqu’à ce jour sans suite. En résumé, les facteurs qui sont à maitriser pour augmenter la production sont : • Le renouvellement des machines est primordial vu le nombre de pannes limitant ainsi la production ; • L’achat de nouveaux chevaux pour augmenter la production de plasma ; • Le recrutement de ressources humaines qualifiées (vétérinaire, ingénieur, technicien supérieur) ; • La motivation du personnel de production pour éviter leur départ car le processus de production est lent et demande beaucoup d’heures de travail supplémentaires. Il est à noter aussi que la crise sanitaire du Covid 19 a accentué les problèmes de la N.U.P. CA Vente des sérums et vaccins Année 2016 2017 2018 2019 2020 Immun BCG 704 841,660 741 911,457 632 132,990 763 789,490 653 013,254 BCG Intradermique 779 784,575 601 107,650 475 558,240 286 078,593 208 585,800 2016 2017 2018 2019 2020
- 224. Sérums Thérapeutiques 327 842,647 658150,000 617 406,925 111 794,842 74 759,215 Total 1 812 468,882 2 001 169,107 1 725 098,155 1 161 662,925 936 358,269 Nombre de factures 1 804 2 049 1 770 2 325 1 771 Avoirs 0,000 1 750,000 0,000 854,514 0,000 Total Net 1 812 468,882 1 999 419,107 1 725 098,155 1 160 808,411 936 358 ,269 d. Vente de petits animaux de sang de cheval et Œufs traités : D’une manière générale, à partir de 2016 le chiffre d’affaires de l’animalerie a évolué progressivement. Il a atteint le double en 2019 puis il a subi par une légère baisse en 2020. Année 2016 2017 2018 2019 2020 Chiffre d’affaires : Petits animaux + Sang de cheval et Œufs traités 17 459,600 D (44 322,800) 74 000,000D (47 136,000) 72 481,382 D 86 850,630D 62 943,779 D En 2016, le Laboratoire National de Contrôle des Médicaments a omis d’émettre le bon de commande relatif aux œufs traités pour le contrôle des vaccins. La valeur de la facture non émise est de 26 863 200D,000. C’est ce qui explique cette différence de prix. Le chiffre d’affaires global de l’animalerie en 2016 aurait dû être de: 17 459D,600 + 26 863D,200 soit 44 322D,800 et celui de l’année 2017 réellement réalisé est de 47 136,800 D. Quant au chiffre d’affaires global de l’animalerie en 2018, il a considérablement augmenté par rapport aux années antérieures et a atteint 72 481D, 382. Cette hausse est due au coût d’importation des œufs traités et au glissement de la valeur du dinar par rapport à l’euro. En 2019, le chiffre d’affaires de l’animalerie a augmenté d’environ 20% par rapport à celui de 2018 pour atteindre 86 850D, 630. En effet, la demande en produits animaliers a commencé à reprendre son cours normal, à savoir celle de l’année 2017. Ceci, en raison de l’accroissement des activités de contrôle de vaccins et d’expérimentations. En 2020, la croissance de ces activités a été ralentie par la crise sanitaire du Covid-19 qui s’est matérialisée par la baisse du chiffre d’affaires avoisinant les 30% par rapport à celui de 2019. IV. Autres missions : Recouvrement des impayés relatifs aux prestations d’Analyses et à la Vente de Sérums et Vaccins En 2020, la crise sanitaire du Covid-19 a eu un impact négatif sur les activités médicales et administratives. En effet, les hôpitaux font moins d’analyses et n’arrivent plus à payer leurs arriérés. Par conséquent, le montant total recouvré, par la cellule de soutien au recouvrement, est dérisoire par rapport aux années antérieures et représente à peine 32 % du montant total recouvré en 2019 (799 189 D,355 en 2020 et 2 505 007 D,746 en 2019). La dette des hôpitaux, restant stagnante par rapport aux années antérieures, tourne autour de 5 000 000 D,000, soit 5 139 006 D,887 en 2020. Immun BCG BCG Intradermique Sérums Thérapeutiques
- 225. Les structures sanitairespubliques : • La DSSB a pratiquement payé toutes ses factures échues au 31/12/2020, hormis le montant des commandes hors marché des années 2013-2014 qui n’a pas été encore régularisé, soit 381 650D,000. • La PCT a payé toutes ses factures relatives aux prestations d’analyses échues à 6 mois au 31/12/2020. • La DGSV a une seule facture impayée au 31/12/2020. Celle-ci a été engagée pour paiement. V. Observations : • Ressources humaines très insuffisantes et absence de compétences spécialisées pour atteindre les nouveaux objectifs de la sous-direction qui sont : ➢ la prospection du marché en matière de prestations d’analyses en vue d’obtenir de nouveaux contrats et compenser par là, le manque à gagner généré par l’incapacité des hôpitaux à payer leurs dettes envers l’Institut Pasteur ; ➢ l’amélioration de la tâche de recouvrement des grandes créances pour pouvoir préserver les équilibres financiers de l’IPT. • Absence d’une application informatique pour la vente des sérums et vaccins ; • Superficie des locaux insuffisante pour assurer une meilleure organisation des activités de la sous direction ; • Moyens logistiques insuffisants (Fax, scanner, imprimantes performantes). Les Abréviations : IPT : Institut Pasteur PCT : Pharmacie Centrale de Tunisie DGSV : Direction Générale de la Santé Vétérinaire DSSB : Direction de Soins de Santé de Base LNCM : Laboratoire de Contrôle des Sérums et Vaccins NUP : Nouvelle Unité de Production. CNGMO : Centre de Greffe de Moelle Osseuse PetB : Lettres clefs pour le calcul le coût des analyses
- 226. Direction des approvisionnements Responsable: Rym Soltani Cadre : 03 Nombre de personnel : 13 Agents I. Introduction L’approvisionnement est au cœur des opérations des activités de soutiens de toutes entreprises. Elle est responsable du parcours des achats (fourniture de biens et services et travaux)de la détermination du besoin jusqu'à la satisfaction du demandeur. L’Institut Pasteur de Tunis est un établissement public de santé. Il gère les deniers publics ; donc il est invité obligatoirement de part la loi d’appliquer pour ses achats le décret 1039 du 13 mars 2014 régissant les marchés publics et autres textes réglementaires liés à l’achat public pour assurer la bonne gouvernance de ses achats. L’approvisionnement est classée dans le monde entier une zone à haut risque de corruption et de fraudes : c’est pour cette raison l’Institut pasteur de Tunis traite ses achats depuis 2019 à travers l’application nationale d’achat en ligne TUNEPS. Ce si lui permet d’assurer les principes fondamentaux de tout achat qui sont essentiellement la mise en concurrence ;la liberté d’accès à la commande publique ;l’égalité devant la commande public et la transparence et l’intégrité des procédures. II. Mission de l’approvisionnement Un approvisionneur a pour responsabilité de commander ce qui est nécessaire (Fourniture ; services et travaux) à son entreprise, et veille à respecter le plan qualité/Prix. Il vérifie ce qui a été commandé sur le plan qualitatif et les quantitatif en se référant aux offres reçues et veuille à ce que les dates de livraisons souhaitables soient respectées. L’approvisionnement comporte donc un élément d’achat et un élément de gestion de stock. Les missions universelles de l’approvisionnement sont les suivantes : 1. Pilotage et supervision des opérations d'achat et d'approvisionnement 2. Choix des prestataires et négociation 3. Gestion des stocks 4. Suivi/Contrôle des opérations d'achats et d'approvisionnement 5. Organisation et management du service approvisionnement 6. Définition des besoins 7. Pilotage des processus et des prestataires 8. Suivi des opérations d'approvisionnement III. La formation et les qualités d’un approvisionneur La formation requise pour être approvisionneur est généralement une fonction des métiers de la logistique. L'utilisation de l'informatique de gestion et de communication est impérative, il est nécessaire de connaitre la réglementation en vigueur régissant l’achat hors marché et les marchés publique. Pour exercer et réussir sa mission au sein de la direction d’approvisionnement ; le personnel doit être doté des qualités suivantes : ➢ Un solide bon sens, ➢ Facilité de communication, ➢ Un être autoritaire, ➢ Un commerçant, ➢ Un résistant au stress ; ➢ Organisé ; ➢ Un savoir faire preuve de sang-froid et de recul ; ➢ Un bon relationnel ; ➢ Esprit d'équipes ; ➢ Un bon négociateur IV. Les objectifs de l’approvisionnement : L’approvisionnement a deux grands objectifs : ✓ des objectifs de coûts : réduire les coûts d’achat et les coûts de stockage. Il faut faire une pression sur les fournisseurs pour obtenir les meilleurs prix et des délais de paiement importants. ✓ des objectifs de qualité : privilégier la qualité de l’approvisionnement. ✓ Il est aussi primordiale de nos jours d’ajouter un troisième objectif qui est la maitrise des risques par l’établissement d’une cartographie des risques. V. Présentation de La Direction
- 227. La direction d’approvisionnementest liée directement à la direction générale et se compose d’ : ➢ une sous-direction d’achat divisée en quatre unités qui sont : *Unité consultation *Unité achats locaux *Unité Transit *Unité achats locaux et étrangers sur projet de recherche ➢ Un service de gestion de stock Responsable de la Direction : Mme Rym SOLTANI AYADI Cadres administratifs : *Mme Sana KOUDHAI *Mme Mouna HELAL *Mlle Wided BOUGHANMI Nombre de personnel de la sous-direction des achats est huit (08) répartis comme suit : ➢ Service Achats Locaux : • Mme Sana Koudhai ; Cadre administratif contractuel • Mr Issam Ferchichi • Mme Sonia Ghouili (contractuel) • Mme Imen Chikhaoui • Mme Sana Sléma ➢ Unité Achats Locaux sur Projet et Etranger : • Mme Mouna Helal ; Cadre administratif contractuel • Mme Zeineb Boubaker(contractuel) ➢ Unité Transit : • Mme Mouna Helal ; Cadre administratif • Mr Riadh Ouakad • Mr Raouf El Ouni ➢ Unité de Consultation • Mme Sonia Douagi Nombre de personnel du service gestion de stock est six (06) répartis comme suit : ➢ Mlle Wided Boughanmi (chef de service) ➢ Mr Belgacem Djelassi ➢ Mr Nourredine amara ➢ Mr mohamed Khelaifi ➢ Mr Meher Ben Aissa ➢ Mr sofien Yousfi VI. Les tâches Les principales activités de la Direction des Approvisionnements sont : * Lancer la procédure d’achat, * Assurer la livraison et le dédouanement de la marchandise dans les délais prévus, * La gestion du stock qui permet d’éviter la rupture de stock et de satisfaire les différentes structures demandeurs de l’Institut est ceux dans le but de leur éviter le chômage technique et les conséquences néfastes qui se découlent. Elle est tenue de : ➢ établir un tableau de bord ou un rapport d’activité annuel (ci-joint le rapport). ➢ Enregistrer les demandes reçues des différents laboratoires et services. ➢ Consulter les fournisseurs pour faire jouer la concurrence (demande de prix/ consultation ou appel d’offre) ➢ Etablir les bons de commandes. ➢ Suivi des bons de commandes non satisfait dans les délais prévus (par mois). ➢ Etablir les contrats. ➢ Assurer le traitement et le suivi des dossiers d’importation et d’exportation. ➢ Eviter la rupture des articles stockables. A/ La Sous-Direction Des Achats VII. Présentation du rapport d’activité de la sous-direction des achats en 2018 ❖ Réalisations 2020
- 228. Les réalisations sontles suivantes : *Etablir un planning des achats communs. *Regroupement des achats étrangers. *Minimiser le nombre des bons de commande. *Organisation de la réception et transmission des Bons de Prélèvements. *Les réalisations figurent dans les tableaux ci-joints. • B/Le service gestion des stocks • Définition de la gestion des stocks : Le stock est la marchandise nécessaire au bon fonctionnement des activités des différentes structures de l’Institut .Il est géré dès la réception au magasin de gestion de stock jusqu‘au point de sortie dudit magasin que ce soit pour consommation au niveau des structures sus visée soit pour être détruit ou vendu selon des procédures spécifiques(cas de stock rossignol). Quant aux consommables tels que les fournitures de bureau, les produits de nettoyages, les fournitures d'entretien et autres articles qui sont consommables rapidement, ils sont stockés au magasin. Dans le service de gestion de stock Le chef de famille concerné des matériaux doit fournir régulièrement les différents services et départements, et cela doit être le résultat d'une demande présentée « bon de prélèvement » par le service concerné, avec stipulation de la nature des matériaux et de la quantité requise, et il sera signé par le responsable du service ou du département. Quant aux machines, équipements et tout ce qui concerne le mobilier de bureau, dès leur réception par le réceptionniste, ils sont livrés au service ou département concerné après avoir préparé une demande « bon de prélèvement » à cet effet, telle que celle indiquée ci-dessus. • Le service de gestion de stock est lié à la direction d’approvisionnement et il est divisé en unités réparties comme suit : • *Unité de dispatching des achats groupés à l’étranger : Mr Nourreddine Amara Mr Maher ben aissa • *Unité de Récéption locale : Mr Belgacem Jlassi Mr Maher ben aissa(remplaçant) • *Unité de vérification et de validation : Mlle Wided boughanmi *Unité de gestion des familles : Mlle Wided boughanmi : gère les bons de carburants et famille (17) Mr Noureddine Amara: famille (10;15) Mr Mohamed Khleifi: famille (13;34;36;37) Mr Maher Ben Aissa: famille (32) Mr Soufiene Youssfi : famille (30 ;11 ;12) Mr Belgacem Jlassi joue le rôle de médiateur c'est-à-dire comme un pivot pour les familles non stockables au magasin et qui sont acquises en quantité et nature bien déterminé pour le besoin d’une des structure de l’Institut et qui sont généralement des articles non prévisible et non permanent ( exp familles 20;51;50,33……). Mr Noureddine Amara gère la famille : produits chimiques et réactifs de laboratoires a savoir Chiffres de ces réactifs par rapport aux achats des articless 2 804 607MDT ce qui représente 51% La famille 10 « produits chimiques et réactifs de laboratoires » contient plus que 5000 articles spécifiques selon la chaine de froid et les diverses compositions. D’ où Mr Nourreddine Amara élabore plus que 1500 bon de sortie local par an. • • Les tâches du service de gestion de stock : • Les taches effectuées dans le magasin sont comme le suit : -Réception, stockage et préparation des produits destinés à être livrés à des services donnés (entrepôt, ou chambre réfrigéré). • - Réception des produits dans le magasin de stockage de l’institut. -Etablissement d’un tableau de bord pour budget de carburant tous les 3 mois.
- 229. • - Contrôlede la conformité des livraisons avec le bon de livraison et le bon de commande. - Suivi logistique de gestion des stocks (introduire les quantités à l’arrivée(les réceptionnées) puis valider par le responsable). - Contrôle de la rotation des produits (premier entre premier sorti) FIFO - Vérification de leur disponibilité et passer les demandes d’achat au service achat. -Distribution et établissement des bons de sorties. - Le suivi du logiciel de stocks de produits réceptionnés ou sortis. - le service affecté est responsable de la gestion des stocks en tenant des livres qui sont prêts à suivre l'état des biens mobiliers, en notant la date de réception du fournisseur et la date de livraison à l'intéressé ou au service concerné en plus de la nature du transfert et la quantité. • -La préparation au préalable de l’inventaire LES COMPETENCES RECQUISES DANS UN MAGASIN : -Une bonne connaissance de tous les produits référenciés dans les stocks de l’institut. -La maîtrise de l’informatique et du logiciel des gestions des stocks. LES QUALITES : • -Une bonne mémoire pour se rappeler de l’emplacement. -Un sens de l’organisation et de l’ordre. -Une bonne condition physique (pour assurer les travaux liés aux rangements et aux déplacements des articles). -Ne redoute pas les tâches répétitives. • REALISATION EN 2020 : • -Réapprovisionnement à temps des bons de carburant. -Introduction de la totalité des réceptions étrangères en dinars tunisien dans l’application gestion de stock. -La Réceptions locales est à jour (l’équipe magasin est arrivée à régulariser la réception de six mois de retard de façon concomitante avec les encours du mois de juillet et d’aout (vu le retard de la validation de l’inventaire de fin d’année du 31/12/2019). -Etablissement des étalages et amélioration dans l’aménagement du magasin. • Contraintes : -Souffrance d’un logiciel des stocks présentant des anomalies excessives. • -Les sorties manuelles émanant d’un prélèvement d’urgence toujours existantes. • -inexistence d’une commission permanente de l’inventaire. • -Absence de l’Inventaire tournant. C/Observations du responsable de la direction d’approvisionnement 1/ Contraintes • Mise en place d’une nouvelle application qui contient certaines anomalies. • La gestion des demandes d’achat urgentes. • 50% du nombre du personnel de la sous-direction des achats sont des contractuels et 100% des cadres sont des contractuels. • 80% du personnels de l’approvisionnement sont soit des ouvriers soit été un ouvrier. • Le personnel de gestion des stocks et non qualifiés et insubordonnés. • Le local de gestion de stock est non conforme et étroit. 2/ Propositions d’amélioration • Mettre à jour le manuel des procédures des achats qui permettra une meilleure organisation des commandes. • Mettre une application de gestion d’approvisionnements intégrés avec d’autres applications et qui répond aux spécificités de l’Institut. 3/Objectifs a réalisés en 2021 • Mettre à jour la procédure d’achat et de gestion de stock ; • Mettre à jour la liste des articles stockables ; • Rédiger la politique d’achat ; • Etablir le stock min des articles stockables au niveau du magasin ; • Etablir les fiches fonctions du personnel du service gestion du stock ; • La mise en place de la nouvelle application SIGAST.
- 230. TABLEAU DE SYNTHESEDES COMMANDES ETRANGERES ET LOCALES SUR PROJET DE RECHERCHE 2017 / 2018 / 2019 & 2020 ANNEE 2017 2018 2019 2020 RAPPORT 2020/2019 Nbre % Nbr e % Nbre % Nbre % Montant COMMANDES ETRANGERES SUR BUGET IPT 133 15,9 7% 110 12,1 3% 100 11,8 1% 79 14,16 % 8 341,000 -21,00% (1) COMMANDES ETRANGERES SUR PROJET 119 14,2 9% 104 11,4 7% 105 12,4 0% 66 11,83 % 505 568,000 -37,14% COMMANDES LOCALE SUR PROJET 581 69,7 5% 693 76,4 1% 642 75,8 0% 413 74,01 % 1 943 305,000 -35,67% COMMANDES ANNULEES 42 5,04 % 10 1,10 % 13 1,53 % 8 1,43 % / -38,46% TOTAL DES COMMANDES 833 100 % 907 100 % 847 100 % 558 100,0 0% 2 457 214,000 -34,12% FORMATIONS 49 5,88 % 88 9,70 % 83 9,80 % 31 5,56 % 76 055,000 -62,65% (2) BILLETS D'AVIONS 96 11,5 2% 114 12,5 7% 112 13,2 2% 19 3,41 % 37 790,000 -83,04% PARC AUTO 6 0,72 % 2 0,22 % 5 0,59 % 1 0,18 % 5 230,000 -80,00% AUTRES PRESTATIONS /////////// ///// //////// //// 58 6,39 % 132 15,5 8% 102 18,28 % 332 977,000 -22,73% (3) COMMANDES GROUPEES /////////// ///// //////// //// 145 15,9 9% 186 21,9 6% 162 29,03 % 1 516 056,000 -12,90% (1) NOMBRE TOTAL DES COMMANDES ETRANGERES EN 2020 EST DE 145 SOIT 26 % DU NOMBRE TOTAL DES COMMANDES ETRANGERES ET LOCALES SUR PROJET DE RECHERCHE. (2) POUR LES FORMATIONS, SUR LES 31 BONS DE COMMANDES, 6 COMMANDES ONT ÉTÉ ASSUREE AUPRES DE FOURNISSEURS ETRANGERS. (3) QUANT AUX AUTRES PRESTATIONS, ELLES COMPRENNENT LES REPARATIONS, LES FRAIS D'HEBERGEMENT, PAUSES CAFES ET RESTAURATIONS AINSI QUE LES FRAIS DE PUBLICATION DES ARTICLES DANS DES JOURNAUX INTERNATIONAUX (33 BC ETRANGERS)
- 231. Sous-Direction de l’Auditinterne Responsable : Feten BEN ALI Cadres : 01 Nombre de personnel : 02 I- PRESENTATION DE LA SOUS DIRECTION : 1- Organisation : La sous direction d’audit interne est créée par le décret n° 2010-287 du 15-12-2010 portant organigramme de l’IPT. Elle est rattachée à la Direction Générale de l’IPT. La Sous-Direction Audit est supervisée par un cadre ayant la fonction de Sous Directeur d’Administration Centrale. 2- Effectif : • II- POLITIQUE ET OBJECTIFS DE L’AUDIT INTERNE L’audit interne permet de donner à la Direction Générale une assurance sur le degré de maîtrise de ses opérations, et lui apporte ses conseils pour les améliorer, et contribue à créer de la valeur ajoutée. A cette fin titre, de La sous-direction d’Audit Interne évalue le système de contrôle interne de l’IPT et de la gouvernance en s’assurant de : - la conformité aux lois et règlements. - l’application des instructions et des orientations fixées par la Direction Générale. - le bon fonctionnement des processus internes de l’IPT, notamment ceux concourant à la sauvegarde des actifs. - la fiabilité des informations financières publiées. • III- MISSIONS • Evaluer l’activité des différentes structures de l’IPT conformément aux manuels des procédures et à la réglementation en vigueur. • Collecter les informations et les données, préparer les analyses selon une approche méthodique, et proposer les conseils et les recommandations concernant l’efficacité du système de contrôle interne appliqué dans les différentes structures de l’IPT. • Elaborer les rapports de missions d’audit qui lui sont confiées par la Direction Générale de l’IPT. • Suivre les plans d’action engagés par les audités quant à la levée des insuffisances relevées dans les rapports d’audit ainsi que les instructions de la Direction générale y relatives. • Coordonner les travaux entre l’auditeur externe et les différentes structures internes de l’IPT dans le cadre de la mission du commissaire aux comptes relative à l’évaluation du système de contrôle interne. IV- ACTIVITES DURANT L’ANNEE 2020 1- Programme de l’Audit interne : • • • Le programme de l’Audit interne de l’année 2020 n’a pas été élaboré à cause des effets de la crise COVD+ sur le fonctionnement des différents services en raison de l’application stricte du protocole sanitaire surtout au cours de la fin du premier et du deuxième trimestre 2020. 2- Réalisations : • Contrôle inopiné de la caisse : le 08-09-2020 • Suivi des recommandations du rapport de contrôle interne 2018 : Catégories professionnelles Grades Nombre Personnel administratif Administrateur en chef 01 Attaché de l’administration 01 TOTAL • 02
- 232. • -Au coursde l’année 2020, la Sous Direction d’Audit interne a assuré la coordination et le suivi des recommandations du rapport de contrôle interne au titre de l’année 2018. • Les résultats de ce suivi a fait l’objet d’un suivi périodique par le Conseil d’Administration de l’IPT. 3- Missions d’accompagnement : • La Sous Direction d’audit interne a été engagée durant l’année 2020 dans la préparation de l’inventaire physique des stocks au titre de l’année 2020 à travers les travaux d’accompagnement. La mission relative à l’accompagnement de l’inventaire physique des immobilisations au titre de l’année 2019 et qui a commencé en mars 2020 a été suspendu à cause de l’émergence de la crise sanitaire et ce à la fin du mois de mars 2020 V- OBSERVATIONS La fin de l’année a été marquée par le renforcement de la sous direction de l’audit interne par un agent ayant le grade d’attaché d’administration. Un renforcement des ressources humaines qui a parmi à la responsable de la sous direction d’audit interne de se détacher de certaines taches supplémentaires telles que : - La préparation des dossiers du conseil d’administration. - La centralisation des données statistiques annuelles émanant des différentes structures administratives et financières de l’IPT afin de les transmettre aux ministères de tutelle. - La centralisation des rapports d’activités des structures administratives et financières. Malgré ce renforcement, la sous-direction de l’audit interne n’arrive pas à satisfaire les objectifs fixés dans le programme annuel de l’audit interne et ne permet pas de couvrir toutes les activités et processus de l’IPT dans un délai raisonnable et ce par manque de personnel dédié à la fonction. 1- Recommandations : - la mise en place d’un manuel de procédure regroupant l’ensemble des processus et des procédures des différentes activités de l’IPT ainsi que les responsabilités de chaque intervenant. - la mise en place un système d’information permettant d’évaluer le dispositif de contrôle interne via la fonction informatique. - le renforcement des ressources humaines dans la sous-direction d’audit interne.
- 233. Service des affairesjuridiques et du contentieux Responsable : Chedly TAYARI Cadres : 01 Nombre de personnel : 00 I- PRESENTATION DU SERVICE: 1- Organisation : Le Service des Affaires juridiques et du contentieux est créé par le décret n° 2010-287 du 15-12-2010 portant organigramme de l’IPT. Il est rattaché à la Direction Générale de l’IPT. 2- Effectif : • • II- MISSIONS Selon l’organigramme annoté visé par le Ministre de la santé, le service juridique est chargé notamment de : • l’étude des différents dossiers juridiques ; • La gestion et le suivi des dossiers du contentieux. III- ACTIVITES DURANT L’ANNEE 2020 1- Gestion et le suivi des dossiers du contentieux : • • Le Service Juridique a été chargé de gérer et de suivre des affaires judiciaires au niveau des juridictions compétentes. Il s’agit notamment de suivre : • - 13 affaires judiciaires devant le juge administratif ;( appel de certaines décisions préliminaires). - 2 affaires judiciaires devant le juge du Droit commun. (décisions judiciaire rendue pour l’IPT) Le service des affaires juridiques a examiné aussi 4 plaintes auprès du Procureur de la république. 2- Gestion et suivi des dossiers juridiques : Il s’agit notamment de : - Représenter l’institut auprès des instances administratives et juridictionnelles par une lettre de procuration de la Direction Générale ; - Faire des consultations juridiques demandées par le personnel de l’IPT afin de protéger leurs droits. - Suivre les dossiers fonciers à travers la régularisation de la situation foncière de 5 biens immeubles de l’IPT auprès de l’administration de la propriété foncière de l’Etat. 3- Autres missions : - Gérer et suivre le dossier de l’octroi de voiture de service à usage personnel suite à la mission de contrôle effectuée par l’Instance de Contrôle Général du Domaine de l’Etat. - Gérer et suivre les dossiers relatifs à la cession des biens meubles de l’IPT conformément aux dispositions règlementaires en vigueur. - Elaborer une note de procédure pour décrire les différentes étapes de la gestion des analyses génétiques ; - Suivi de tous les dossiers liés à l’instance nationale de lutte contre la corruption. - Suivi de tous les dossiers liés à l’instance nationale de l’accès à l’information. Catégories professionnelles Grades Nombre Personnel administratif Administrateur en chef 01 TOTAL • 01
- 234. Secrétariat Permanent dela Commission de Contrôle des Marchés Responsable : Raja Riahi Nombre de personnel : 03 I- Composition de l’équipe : Nom/Prénom Position/Fonction Raja Hamdi Riahi Sous-Directeur Administrateur Conseiller, Chargée du SPCCM et de l’Unité de Contrôle de Gestion Emna Samet Mezgui Secrétaire de la Santé Publique Service SPCCM DhiaEddine Mezni Agent du Service SPCCM II/ Présentation : Le service Secrétariat Permanent de la Commission de Contrôle des Marchés SPCCM est crée par le décret n°2010-287 du 15 Février 2010 fixant l’organigramme de l’IPT. Il est rattaché à la Direction Générale de l’IPT. Le service SPCCM de l’IPT assure la coordination et l’exécution des procédures liées à la passation de l’ensemble des marchés publics conformément à la législation en vigueur, en coopération avec les différents services. III/Missions : 1- Le Secrétariat Permanent de la Commission de Contrôle des Marchés assure les missions Suivantes : • L’application de la législation de la règlementation et des procédures de passation des marchés publics, • La planification, l’examen le suivi et la mise en œuvre des différentes étapes des procédures de passation des marchés publics, • Veiller à la qualité des dossiers de passation des marchés ainsi qu’au bon fonctionnement de la Commission Interne de Contrôle des Marchés et la Commission spécifique aux achats à procédures simplifiées, • Veiller à la bonne expression des besoins, • L’appui aux différents services pour les opérations de passation des marchés et même son action en lien avec les différents services de l’IPT (notamment le service des approvisionnements, le service des affaires financières, le service technique et les services opérationnel). IV/Activités principales : Le SPCCM est notamment chargé de : - L’établissement du plan prévisionnel annuel de passation des marchés publics conformément au projet de budget et un calendrier défini et la notification de ce plan pour information aux Commissions de Contrôle des Marchés compétentes dans les délais règlementaires, - L’examen préalable des dossiers d’appel d’offres, des procès-verbaux de propositions d’attribution des rapports spécifiques aux commissions des marchés et des projets de contrat, pour les commandes dont les montants toutes taxes comprises sont supérieur ou égal à : - 200 000 dinars pour les travaux - 100 000 dinars pour les études et les fournitures de biens ou de services dans le secteur de l’informatique et technologies de la communication, - 100 000 dinars pour la fourniture de biens et services dans les autres secteurs - 50 000 dinars pour les études. - L’examen préalable de tout document à soumettre à l’autorité contractante ou à transmettre à des tiers en matière de marchés publics, - Conduire les procédures de publication, de passations, de négociation et d’exécution des marchés (mise en place, avenants, réunions de suivi, litiges, pénalités, révisions ou actualisations des prix, libérations de retenue de garantie,…) - L’insertion des avis et autres documents relatifs à la passation des marchés dont le système en ligne de passation des marchés Tuneps, - La tenue du Secrétariat Permanent de la Commission Interne de Contrôle des Marchés, - La réalisation et la tenue de tableaux de bord sur les délais de mise en œuvre des différentes étapes des procédures de passation des marchés. - Etudier, préparer et présenter aux Commissions des Marchés compétentes les dossiers de règlement définitifs des marchés.
- 235. - Suivre, vérifieret classer les différentes cautions bancaires : provisoires, définitives et de retenue de garantie. - Suivre des marchés : passation des avenants, renouvellement ou résiliations. V/Cadre règlementaire : Les achats de l’IPT sont régis par le décret 1039 du 13 mars 2014 portant règlementation des marchés publics. Différentes procédures pour la conclusion des marchés publics sont engagées : - Procédure d’appel d’Offres ouvert, - Procédure d’appel d’Offres à procédures simplifiées, - Procédure de marchés négociés. Les achats dont la valeur est inférieure aux seuils mentionnés par le décret 1039-2014 du 14 mars 2014 sont réalisés au niveau de la direction des approvisionnements de l’IPT. VI/ Les chiffres en 2020 L’activité de l’SPCCM en 2020 a réalisé un nombre d’appels d’offres ou de marchés négociés réalisés moins important que celui de 2019. Ceci est justifié par l’impact des conditions et les effets de la crise sanitaire en 2020 relative à l’épidémie COVID-19. L’épidémie de corona virus a des conséquences sur l’organisation de chacun et notamment sur la passation des procédures et l’exécution des prestations de marchés publics. Rappel sur la période d’état d’urgence sanitaire en 2020 : L’état d’urgence sanitaire a été déclaré par : • Décret loi du chef du gouvernement n°2020-2 du 14 avril 2020, portant suspension exceptionnelle et provisoire de certaines dispositions du code de travail. ces conditions avaient un impact sur la réalisation de certaines procédures de conclusion des marchés selon les prévisions du programme d’achat initial. • Décret gouvernemental n°208 du 02 mai 2020 portant fixation des prescriptions de confinement ciblé. • Circulaire gouvernemental n°10 du 31 mars 2020 portant sur les procédures exceptionnelles des marchés publics dans le cadre du confinement sanitaire général. En effet, faisant suite aux textes réglementaires mentionnés ci-dessus, une mise à jour des différents délais de la conclusion des marchés relatifs au programme prévisionnel 2020 de passation des marchés publics a été mise à jour. Sauf les besoins jugés nécessaires durant la période de conditions sanitaires. De plus, certains besoins relatifs à de activités dont le débit est influencé par ces conditions on été annulés et reportés pour 2021. D’autre part des dons ont été reçus pour les besoins imprévus et nécessaires au fonctionnement de certains services dont l’activité est liée par l’épidémie Covid-19. Nombre de procédures AO/Marché négocié 2020 2019 % d’évolution Nombre d’appel d’offres à procédures simplifiées 5 6 - 17% Nombre de marchés négociés 2 1 +100% Nombre d’AO ouverts 2 4 - 50% Total en nombre de procédures réalisées 9 12 - 0,25% • Durée des procédures : L’année 2020 est une année exceptionnelle sur le plan sanitaire. Ainsi, et suite aux textes réglementaires ci- dessus mentionnés il y a eu enregistrement des dépassements des délais initialement prévus au niveau du programme d’achat 2020. Concernant la durée moyenne des procédures de passation des marchés publics, la grande majorité des marchés est notifiée dans un délai nettement inférieur à 4 mois à compter de l’envoi de l’avis public à concurrence. Les procédures les plus longues concernent principalement les procédures d’appel d’offres suivantes : Année Nombre marchés Valeur globale des marchés conclus 2020 9 3 311 994,340 2019 38 3 982 366,361 Evolution en % - 76% - 16%
- 236. - IPT/2/2020 :l’acquisition de réactifs avec la mise à disposition d’un automate neuf (néphélomètre ou turbidimètre) de dosage des protéines (immunoglobulines, complément facteur rhumatoïde, chaines légères libres, etc…) pour les besoins du Laboratoire d’Immunologique Clinique en vue de conclure un marché cadre, en lot unique, - IPT/3/2020 : l’acquisition de Milieux de Culture (Boite de Gélose) pour les besoins de l’Unité de Production des Vaccins et Sérums Thérapeutiques de l’Institut Pasteur de Tunis. - IPT/5/2020 : La livraison, l’installation, la configuration et la mise en fonctionnement des équipements informatiques pour la 2ème fois. - IPT/10/2020 : Acquisition de Produits Chimiques pour la 2ème fois. • Liste des appels d’offres lancés en 2020 : N° d’Appel d’Offres et procédure Objet d’Appel d’Offres IPT/1/2020 مبسطة إجراءات Acquisition des animaux (scorpions et vipères) marché cadre renouvelable deux fois. Via Tuneps IPT/2/2020 عــاديــة إجراءات l’acquisition de réactifs avec la mise à disposition d’un automate neuf (néphélomètre ou turbidimètre) de dosage des protéines (immunoglobulines, complément facteur rhumatoïde, chaines légères libres, etc…) pour les besoins du Laboratoire d’Immunologique Clinique en vue de conclure un marché cadre, en lot unique. Via Tuneps. IPT/3/2020 مبسطة إجراءات l’acquisition de Milieux de Culture (Boite de Gélose) pour les besoins de l’Unité de Production des Vaccins et Sérums Thérapeutiques de l’Institut Pasteur de Tunis. Via Tuneps. IPT/4/2020 إجراءات عــاديــة Acquisition des animaux (scorpions et vipères) marché cadre renouvelable deux fois. Via Tuneps. IPT/5/2020 مبسطة إجراءات La livraison, l’installation, la configuration et la mise en fonctionnement des équipements informatiques pour la 2ème fois. IPT/8/2020 مبسطة إجراءات الصغرى للمؤسسات موجة Acquisition de Produits Chimiques. Via Tuneps. IPT/10/2020 مبسطة إجراءات Acquisition de Produits Chimiques pour la 2ème fois. Via Tuneps. Marché négocié avec Air Liquide Tunisie Services المباشر بالتفاوض إطارية صفقة Approvisionnement des établissements Hospitaliers et Sanitaires Publics en gaz médicaux et industriels en vrac et en conditionné. Via Tuneps. Marché négocié avec MICROM-EDIA المباشر بالتفاوض صفقة La livraison, l’installation, la configuration et la mise en fonctionnement des équipements informatiques. Via Tuneps. • Liste des marchés conclus en 2020 N°AO 2019 Objet marché Montant Marché en DT Fournisseur IPT/2/2020 عــاديــة إجراءات l’acquisition de réactifs avec la mise à disposition d’un automate neuf (néphélomètre ou turbidimètre ) de dosage des مدمجة االداءات جميع األدنى السنوي المبلغ .دينارا129 604,820 مدمجة االدءات جميع األقصى السنوي المبلغ دينارا 192 855,730 STIES
- 237. protéines (immunoglobulines, complément facteur rhumatoïde, chaineslégères libres, etc…) pour les besoins du Laboratoire d’Immunologique Clinique en vue de conclure un marché cadre, en lot unique. Via Tuneps االداءات جميع سنوات لخمس األدنى الجملي المبلغ .دينارا648 024,100مدمجة الجملي المبلغ جميع سنوات لخمس األقصى مدمجة االدءات .دينارا 964 278,650 IPT/3/2020 مبسطة إجراءات l’acquisition de Milieux de Culture (Boite de Gélose) pour les besoins de l’Unité de Production des Vaccins et Sérums Thérapeutiques de l’Institut Pasteur de Tunis. Via Tuneps مدمجة االداءات جميع األدنى السنوي المبلغ .دينارا90 106,800 مدمجة االدءات جميع األقصى السنوي المبلغ .دينارا117 203,100 االداءات جميع سنوات لثالثة األدنى الجملي المبلغ مدمجة .دينارا270 320,400 سنوات لثالثة األقصى الجملي المبلغ االدءات جميع مدمجة .دينارا351 609,300 VITALAB IPT/5/2020 مبسطة إجراءات La livraison, l’installation, la configuration et la mise en fonctionnement des équipements informatiques pour la 2ème fois 4 Pc portables Variante 2 8 089,200 MICROMEDIA 1 Imprimantes Couleur Jet d'encre 1 412,400 1 photocopieur Variante2 4 151,600 1 Scanner 888,100 1 Vidéo projecteur 1 048,600 IPT/10/2020 مبسطة إجراءات Acquisition de Produits Chimiques pour la 2ème fois. Via Tuneps األدنى السنوي المبلغ مدمجة االداءات جميع 17 017,000 .دينارا مدمجة االدءات جميع األقصى السنوي المبلغ 22 024,520 .دينارا االداءات جميع سنوات لثالثة األدنى الجملي المبلغ مدمجة 51 051,000 .دينارا االدءات جميع سنوات لثالثة األقصى الجملي المبلغ مدمجة 66 073,560 .دينارا Digital System مدمجة االداءات جميع األدنى السنوي المبلغ 3 882,018 .دينارا مدمجة االدءات جميع األقصى السنوي المبلغ 5 287,408 .دينارا االداءات جميع سنوات لثالثة األدنى الجملي المبلغ مدمجة 11 646,054 .دينارا جميع سنوات لثالثة األقصى الجملي المبلغ االدءات مدمجة Pharma Net
- 238. 15 862,224 .دينارا مدمجة االداءاتجميع األدنى السنوي المبلغ 23 800,000 .دينارا مدمجة االدءات جميع األقصى السنوي المبلغ 29 750,000 .دينارا االداءات جميع سنوات لثالثة األدنى الجملي المبلغ مدمجة 71 400,000 .دينارا المبلغ االدءات جميع سنوات لثالثة األقصى الجملي مدمجة 89 250,000 .دينارا Chimie Service مدمجة االداءات جميع األدنى السنوي المبلغ 5 331,200 .دينارا مدمجة االدءات جميع األقصى السنوي المبلغ 8 877,400 .دينارا جميع سنوات لثالثة األدنى الجملي المبلغ االداءات مدمجة 15 993,600 .دينارا االدءات جميع سنوات لثالثة األقصى الجملي المبلغ مدمجة 26 632,200 .دينارا TUNISIAN LABORATORY SERVICE مدمجة االداءات جميع األدنى السنوي المبلغ 999,600 .دينارا مدمجة االدءات جميع األقصى السنوي المبلغ 1 666,000 .دينارا االداءات جميع سنوات لثالثة األدنى الجملي المبلغ مدمجة 2 998,800 .دينارا االدءات جميع سنوات لثالثة األقصى الجملي المبلغ مدمجة 4 998,000 .دينارا Etablissement RACHED BOUATTOUR Marché négocié avec Air Liquide Tunisie Services إطارية صفقة المباشر بالتفاوض Approvisionnement des établissements Hospitaliers et Sanitaires Publics en gaz médicaux et industriels en vrac et en conditionné. Via Tuneps Air Liquide Marché négocié avec MICROM- EDIA بالتفاوض صفقة المباشر La livraison, l’installation, la configuration et la mise en fonctionnement des équipements informatiques. Via Tuneps 1 Ordinateurs de bureau variante 1 PT TTC : 2 444,950 MICROMEDIA 1 Pc portables Variante1 PT TTC : 3 424,000 3 Imprimantes laser Monochrome 3 en 1 PT TTC : 2 648,250
- 239. • Nombre deréunions de commission des marchés. Le nombre des réunions de commissions des marchés et d’achats réalisées en 2020 : Commissions 2020 2019 % Evolution Commission interne de contrôle des marchés 4 7 - 42,85% Commission spécifique d’achats à procédure simplifiées 5 6 - 16,66% Nombre total 9 13 - 30% • Le programme prévisionnel des marchés : Faisant suite à la création de l’unité de contrôle de gestion approuvée par le Conseil d’Administration du 10 Octobre 2019, décision n°734 du 11 mai 2020 dont la chargée de l’unité est le responsable du service SPCCM, une amélioration est enregistrée au niveau de la procédure de regroupement des achats. Procédure Nombre programmé 2020 Nombre programmé 2019 % Evolution Appel d’offres ouverts 6 9 - 33% Appel d’offres à procédures simplifiées 16 1 + 116% Marchés négociés 5 6 - 16% Nombre Total 27 16 - 68% • Le nouveau système d’achats en ligne : Pour plus de transparence, d’intégrité et la bonne gouvernance des marchés, depuis 1er septembre 2018 la procédure de passation des marchés publics par l’IPT est assurée par le système d’achat en ligne Tuneps et ce conformément à la règlementation en vigueur. • Activités associées : - Assurer une veille juridique sur les textes règlementaires relatifs aux commandes publiques, - Suivre et contrôler la régularité des procédures relatives aux achats hors marchés et ce dans le cadre de contrôle de gestion par décision du conseil d’Administration du 10 Octobre 2019.