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Sommaire
L’Institut Pasteur de Tunis .......................................................................................... 2
Gouvernance.............................................................................................................. 3
Liste des laboratoires, services, directions et comités en 2020 .................................. 6
Les chiffres clés de l’IPT en 2020............................................................................... 8
Structures de Recherche.......................................................................................... 12
Services d’investigation clinique et de Santé Publique........................................... 109
Production de vaccins et sérums thérapeutiques ................................................... 145
Soutien technique................................................................................................... 161
Soutien logistique ................................................................................................... 189
Comités .................................................................................................................. 207
Administration......................................................................................................... 215
L’Institut Pasteur de Tunis
Lutter contre les maladies pour la Santé de Tous
Statuts, missions, historique
Etablissement Publique de Santé, l’IPT est la seule institution tunisienne
réunissant les missions de recherche et formation, diagnostic et santé
publique, production de vaccins. Intimement liées, elles ont fait de l’IPT
une structure de référence dans le domaine de la recherche
biomédicale.
Depuis l’époque de Charles Nicolle (directeur de l’IPT de 1903 à 1936 et
prix Nobel de médecine en 1928) l’IPT occupe une place prépondérante
dans l’histoire de la médecine en Tunisie avec d’importantes découvertes dans le domaine des maladies
infectieuses, (cycles de transmission de la toxoplasmose, le vecteur du typhus, la leishmaniose
viscérale, ainsi que le développement du concept original des infections inapparentes). L’IPT a participé
à l’éradication de plusieurs maladies endémiques en Tunisie comme le paludisme, aux campagnes
nationales de vaccination et continue de collaborer activement dans les programmes de santé publique.
Diagnostic et Santé Publique
La mission du département de santé publique de l’IPT tourne autour
de deux activités principales.
La première comporte la vaccination (plus d’une quinzaine de vaccins),
le conseil aux voyageurs ainsi que le traitement antirabique.
La seconde activité est destinée aux prélèvements et aux examens biologiques
courants et spécialisés. Ces analyses sont réalisées dans les 18 laboratoires de
diagnostic et de santé publique de l’IPT. La plupart de ces laboratoires participent à
des programmes de santé publique nationaux et internationaux (enquêtes
épidémiologiques, suivi des programmes de vaccination et certains sont des
laboratoires de références nationaux ou régionaux OMS.
Recherche et Formation
L’activité de recherche de l’IPT se déroule dans 9 laboratoires. Ces équipes de
recherche sont multidisciplinaires (biologistes, hospitalo-universitaires, médecins de
la santé publique, vétérinaires) et réunissent plus d’une centaine de cadres
scientifiques et plus de 200 étudiants.
Nos domaines de recherche :
- Épidémiologie des maladies infectieuses ;
- Immunologie des maladies infectieuses de l’homme et de l’animal ;
- Etude des maladies causées par un déficit génétique et/ou immunitaire ;
- Biochimie/immunologie des venins et toxines ;
- Développement biotechnologique.
Production
L’Institut Pasteur de Tunis produit des vaccins et sérums thérapeutiques
pour les besoins du pays. Ses locaux de 700 m² sont conformes aux
normes internationales de bonnes pratiques de fabrication. C’est la seule
unité de ce type à l’échelle nationale. Actuellement, l’Institut Pasteur de
Tunis produit du vaccin BCG intradermique, du vaccin BCG frais pour
immunothérapie du cancer de la vessie et des sérums thérapeutiques
(anti-vipérin, anti-scorpionique et anti-rabique).
Gouvernance
Le conseil d’administration
Ses missions
Selon l’article 3 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière
ainsi que les modalités de fonctionnement de l'Institut Pasteur de Tunis. Le conseil d'administration est
investi des pouvoirs les plus étendus pour agir au nom de l'institut conformément à la législation et à la
règlementation en vigueur. Il a notamment pour attribution :
- La création, suppression et transformation des services médicaux et pharmaceutiques, des
laboratoires de recherche, d'analyse, de production et de contrôle et des unités d'enseignement ;
- L'organisation des différents services administratifs et techniques de l'institut et l'établissement de son
règlement intérieur ;
- L'approbation des contrats-programmes et le suivi de leur exécution, conformément à la législation en
vigueur ;
- La prise des décisions relatives aux emprunts, conformément à la législation en vigueur.
- L'approbation, dans le cadre de la règlementation en vigueur, de la passation des marchés par le
directeur général.
Composition du conseil d’administration
Prénom, Nom Affiliation, Représentations
Fayçal Ben Salah Président du conseil d'administration/Ministère de la Santé Publique
Mohamed Faouzi Kooli Ministère des Finances
Ramzi Chnoufi Ministère du Développement Régional et de la Planification
Mokhtar El Hammadi Ministère de l'enseignement et de la Recherche Scientifique et des
TIC
Mohamed Hammami Ministère de l’Enseignement et de la Recherche Scientifique et des
TIC
Sameh Ben Mbarka Ministère de l'industrie et du commerce
Amira El Nechi Ministère de l'Agriculture, des ressources hydrauliques et de la
pêche
Henda Triki Chef de service
Ahlem Amouri Chef de service
Nizar Laabidi Chef de service
Mehdi M’rad Représentant des médecins
Dhafer Laouini Représentant des scientifiques
Leïla Barbouche Représentant des pharmaciens
Lilia Zribi Représentant des médecins vétérinaires
Imen Ferchichi Représentant des ingénieurs
Taoufik Jendoubi Représentant du corps para médical
Le conseil scientifique
Ses missions
Selon l’article 10 du décret n°95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière
ainsi que les modalités de fonctionnement de l'institut Pasteur de Tunis. Il est institué un conseil
scientifique de l'institut Pasteur de Tunis qui a pour mission de :
- donner son avis sur toutes les questions relatives à la politique scientifique de l'établissement,
l'organisation, la programmation et le suivi de la recherche, à la production, à l'enseignement et
l'encadrement des résidents, des stagiaires et des étudiants.
- donner son avis sur les créations, suppressions et regroupements des laboratoires et sur les
propositions de candidature pour les bourses d'étude et de stages à caractère scientifique dans les
limites des crédits alloués.
- donner son avis sur les propositions de conventions et de coopération scientifique avec les
établissements et réseaux scientifiques nationaux, maghrébins, étrangers ou internationaux.
- répondre à toute demande d'avis scientifique formulée par le ministre de la santé publique ou le conseil
d'administration
Composition du conseil scientifique élargi*
Prénom, Nom Affiliation
Hechmi Louzir Institut Pasteur de Tunis (Président du Conseil)
Samia Mnif Institut Pasteur de Tunis
Helmi Mardassi Institut Pasteur de Tunis
Najet Srairi Institut Pasteur de Tunis
Makram Essafi Institut Pasteur de Tunis
Slimane Ben Miled Institut Pasteur de Tunis
Ahlem Amouri Institut Pasteur de Tunis
Kais Ghedira Institut Pasteur de Tunis
Nizar Laabidi Institut Pasteur de Tunis
Amel El Gaied Ministère de l'enseignement et de la recherche scientifique
Marc Bonneville Institut Mérieux
Ines Fradi Ministère de la Santé Publique
Arnaud Fontanet Institut Pasteur Paris
Claude Leclerc Institut Pasteur Paris
Lilia Messadi Ministère de l'Agriculture des Ressources Hydrauliques et de la Pêche
Salem Chouaib Institut Gustave Roussy
*Selon l’article 12 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, le conseil scientifique tient une
réunion élargie à l'occasion de la session annuelle d'évaluation des activités scientifiques de
l'établissement. A cet effet, le conseil comprendra, outre ses membres prévus à l'article 11
du présent décret, huit autres membres choisis hors de la communauté scientifique de
l'institut, reconnus pour leur compétence dans le domaine de la
Liste des laboratoires, services, directions et comités en 2020
2019
Services d’investigation clinique et de santé publique
LABORATOIRE ET SERVICES RESPONSABLE
Laboratoire de Bactériologie Clinique
et Hormonologie
Imen Kraiem
imen.kraiem@pasteur.tn
Laboratoire de Biochimie Clinique
Afef Bahlous
afef.bahlous@pasteur.tn
Laboratoire d’Immunologie Clinique
Mélika Ben Ahmed
melika.benahmed@pasteur.tn
Laboratoires de recherche
LABORATOIRES DE RECHERCHE RESPONSABLE
Microbiologie moléculaire, vaccinologie
et développement biotechnologique
Helmi Mardassi
helmi.merdassi@pasteur.tn
Transmission, contrôle
et immunobiologie des infections
Ridha Barbouche
medridha.barbouche@pasteur.tn
Epidémiologie et microbiologie vétérinaire
Abdejelil Ghram
abdeljelil.ghram@pasteur.tn
Epidémiologie moléculaire et pathologie
expérimentale appliquée aux maladies infectieuses
Ikram Guizani
ikram.guizani@pasteur.tn
Génomique biomédicale et oncogénétique
Sonia Abdelhak
sonia.abdelhak@pasteur.tn
Parasitologie médicale, biotechnologies
et biomolécules
Aïda Bouratbine
aida.bouratbine@pasteur.tn
Hématologie moléculaire et cellulaire
Samia Menif
samia.menif@pasteur.tn
Molécules Venins et Applications théranostiques
Najet Srairi
najet.srairi@pasteur.tn
Bioinformatique, biomathématiques, biostatistiques
Alia Benkahla
alia.benkahla@pasteur.tn
Virus, Vecteurs et Hôtes
Ali Bouattour
ali.bouattour@pasteur.tn
Laboratoire de Cyto-immunologie
Ridha Barbouche
Ridha.barbouche@pasteur.tn
Laboratoire de Contrôle des Eaux et
Denrées Alimentaires
Ridha Ben Aissa
ridha.benaissa@pasteur.rns
Laboratoire de Virologie Clinique
Henda Triki
henda.triki@pasteur.tn
Laboratoire des Mycobactéries
Helmi Mardassi
helmi.merdassi@pasteur.tn
Laboratoire d’Anatomo-Patologie Humaine
et Expérimentale
Samir Boubaker
medsamir.boubaker@pasteur.tn
Laboratoire de Radio-Immunologie
Afef Bahlous
afef.bahous@pasteur.tn
Laboratoire de la Rage
Mariem Handous
meriem.handous@pasteur.tn
Service des Vaccinations Internationales et
Anitrabique
Samy Khoufi
samy.khoufi@pasteur.tn
Services des Consultations Externes
Radhia Ammi
radhia.ammi@pasteur.tn
Laboratoire d’Hématologie
Samia Mnif
samia.mnif@pasteur.tn
Laboratoire des Mycoplasmes
Boutheina Mardassi
boutheina.mardassi@pasteur.tn
Laboratoire de Parasitologie Clinique
Aïda Bouratbine
aida.bouratbine@pasteur.tn
Laboratoire Histologie et Cytologénetique
Ahlem Amouri
ahlem.amouri@pasteur.tn
Laboratoire des Toxines Alimentaires
Riadh Kharrat
riadh.kharrat@pasteur.tn
Laboratoire de Pathologie Animale
Abdeljelil Ghram
abdeljelil.ghram@pasteur.tn
Laboratoire d’Epidémiologie et d’Ecologie
Parasitaire
Karim Aoun
Karim.aoun@pasteur.tn
Laboratoire de Médecine Nucléaire
Chokri Maktouf
chokri.maktouf@pasteur.tn
Service d’Epidémologie Médicale
Jihène Bettaieb
Jihene.bettaieb@pasteur.tn
Soutien logistique
SERVICE RESPONSABLE
Bibliothèque de l’Institut Pasteur de Tunis
Habib Karoui
habib.karoui@pasteur.tn
Unité spécialisé « Comunication, Science
et Société »
Hichem Ben Hassine
hichem.benhassine@pasteur.tn
Unité spécialisée « Grants office »
Najet Hadhri
najet.hadhri@pasteur.tn
Unité spécialisée « valorisation
et transfert technologique »
Oussama Ben Fadhel
oussama.benfadhel@pasteur.tn
Direction informatique
Wassim Ben Salah
Wassim.bensalah@pasteur.tn
Comités
COMITE RESPONSABLE/COORDINATEUR
Ethique bio-médicale
Samir Boubaker
Samir.boubaker@pasteur.tn
Qualité
Sonia Damak
Sonia.damak@pasteur.tn
Formation et stages
Ali Bouattour
Ali.bouattour@pasteur.tn
Programmes Collaboratifs Internes
Hela Kallel
Dhafer.laouini@pasteur.tn
Centre Regional de Formation
Samir Boubaker
Medsamir.boubaker@pasteur.tn
Soutien technique
SERVICE RESPONSABLE
Unités animalières
Imen Degrach
imen.degrach@pasteur.tn
Cytométrie en flux
Ridha Barbouche
MedRidha.barbouche@pasteur.tn
Typage génétique
Rym Kéfi
rym.kefi@pasteur.tn
Direction technique
Naceur El Ouni
naceur.elouni@pasteur.tn
Service de production de milieux de
culture et reactifs
Ridha Ben Aïssa/Haifa Ben Sedrine
Unité d'Ecologie des Systèmes Vectoriels
Elyes Zhioua
Elyes.Zhioua@pasteur.tn
Unité spécialisée
Plate-forme Technique
Génomique, Protéomique et Imagerie
Sinda Zarrouk
Sinda.zarrouk@pasteur.tn
Administration
Administration RESPONSABLE
Direction des Ressources humaines
Jamel Ben Ammar
Jamel.benammar@pasteur.tn
Direction Financière et comptable
Mahrez Kallel
mahrez.kallel@pasteur.tn
Direction de l’Approvisionnement Rym Soltani
Rym.soltani@pasteur.tn
Service du secrétariat permanent
de la commission des marchés publics
Raja Riahi Hamdi
Raja.RiahiHamdi@pasteur.tn
Sous-direction commerciale et promotion
des activités
Amel Abbouz
Amel.abbouz@pasteur.tn
Sous-direction audit interne
Feten Ben Ali
Feten.benali@pasteur.tn
Service juridique
Chadly Tayari
Chadli.tayari@pasteur.tn
Production de vaccins et sérums thérapeutiques
SERVICE RESPONSABLE
Direction de la Production
Nizar Laabidi
nizar.laabidi@pasteur.tn
Service de production du vaccin et Immun
BCG
Nizar Laabidi
nizar.laabidi@pasteur.tn
Service de production des sérums
thérapeutiques
Sarra Ouahchi
Sarra.ouahchi@pasteur.tn
Service contrôle de qualité
Sana Masmoudi
Sana.masmoudi@pasteur.tn
Unité de production des plasmas bruts
Sana Bachraoui
sana.bachraoui@pasteur.tn
Service assurance quaité
Leila Barbouche
Leila.barbouche@pasteur.tn
Unité de maintenance Production
Hakim Ben Aissa
Hakim.benaissa@pasteur.tn
Les chiffres clés de l’Institut Pasteur de Tunis en 2020
Ressources humaines
Effectif global : 507 Scientifiques : 136
Effectif global : 507, dont 95 contractuels
Source : Bilan Social de l’Institut Pasteur de Tunis, 2019
Chiffres comprenant le personnel statutaire et contractuel
Publications
164 publications en 2020
Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis
Projets de recherche
Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis
Etudiants
Diplômes soutenus
Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis
Diplômes en cours/Nombre d’étudiants
Source : Rapports des laboratoires et services et du Comité Formation et stages de l’Institut Pasteur de
Tunis
Evénements (organisation ou contribution à l’organisation)
26
45
30
3 1 1 3
106
22
39
25
2 2 1 3
91
10
25 24
10
0 0
7
69
Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de
médecine
Thèses en
médecine
vétérinaire
Thèses de
pharmacie
HDR TOTAL
2018 2019 2020
139
26 15 7 0 0
187
125
22 13 9 0 0
169
138
29
13 9 3 1
193
Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de
médecine
Thèses en
médecine
vétérinaire
Thèses de
pharmacie
TOTAL
2018 2019 2020
Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis
Analyses, tests et services réalisés
Les analyses, tests et services sont réalisés par les laboratoires d’analyse de l’Institut. Les services sont
réalisés majoritairement par les services communs, le service des vaccinations internationales et
antirabiques, le service des consultants externes et certains laboratoires d’analyses.
Le chiffre d’affaires de l’activité des analyses, diagnostic et de sante publique, s’élève à 6 700 000 en 2020
enregistrant une hausse de 130℅ par rapport aux réalisations de l'année 2019.
Le chiffre d’affaires de la vaccination s’élève à 840 000 dinars. Il a enregistré une régression de 68%, en
numéraire, par rapport à ce qui a été réalisé au cours de l'année 2019 (suite aux restrictions des voyages à
l'échelle internationale).
Source : Rapports des services diagnostic et de santé publique, de soutien technique et de la direction
financière de l’Institut Pasteur de Tunis
Nombre de doses vendues par l’unité de production de vaccins et sérums
Le chiffres d’affaires s’élève à 928 700 dinars avec une diminution de 53% par rapport à ce qui a été
enregistré en 2019.
Source : Rapports de la direction de la production de vaccins et sérums thérapeutiques et de la direction
financière et comptable
14 14
24
16
68
10
17 15 18
60
5 4
25
10
44
Manifestations
scientifiques (colloque,
congrès)
Cours et ateliers pratiques Séminaires de formation
(conférences, journées
d'information)
Culture scientifique et
ouverture sur
l'environnement
TOTAL
2018 2019 2020
7253
1761
7500
50438
11429
78381
6561
2092 190
51985
13058
73886
7863
840 2020
32416
14004
57143
Sérums
antiscorpionique
Sérums antivipérins Sérums antirabique Vaccin BCG Immun BCG TOTAL
2017 2018 2019
Autres chiffres
46 conférences données par les scientifiques de l’Institut Pasteur en Tunisie et à l’étranger
86 vacations et cours rémunérés
87 analyses et tests nouvellement introduits
5 brevets déposés ou reconduits
76 participations à des jurys pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger
50 participations à des commissions nationales et internationales
36 communications orales ou affichées (dont 31 internationales)
68 formations continues (dont 15 à l’étranger)
Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis
Structures de Recherche
Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie
et Développement Biotechnologique
Composition de l’équipe :
Nom, Prénom Position/Fonction Affiliation
Mardassi Helmi Biologiste Principal, chef du laboratoire IPT
Kallel Héla Biologiste Principal, chef de groupe IPT
Bahloul Chokri Biologiste Principal, chef de groupe IPT
Mardassi Ben Abdelmoumen
Boutheina
Biologiste Principale/Chef de l’Unité des
Mycoplasmes
IPT
Ben Younes Abdelhak Professeur en médecine Vétérinaire IRVT/ENMV*
Aicha Elloumi Kallel Maitres de conférences Hôpital La Rabta
Rourou Samia Biologiste adjoint IPT
Znaidi Sadri Biologiste adjoint IPT
Trabelsi Khaled Ingénieur en chef IPT
Mohamed Boumaiza Post-Doctorale (HK) IPT
Wafa Mihoubi Post-Doctorale (HK) IPT
Meftahi Nedra Stagiaire Post-Doctorale (HM)
Université Tunis El
Manar
Dekhil Neira Stagiaire Post-Doctorale (HM)
Université Tunis El
Manar
Elhem Yacoub Stagiaire Post-Doctorale Bénévole (BM)
Université Tunis El
Manar
Ammi Radhia Médecin de la santé publique IPT
Béhija Mlik Technienne supérieure surveillante IPT
Nadine Khathraoui Technicienne supérieure IPT
Ines Akrouti Technicienne supérieure IPT
Meriem Ben Zakour Technicienne supérieure (sur projet de
recherche)
IPT
Amani chaabane Technicienne supérieure (sur projet de
recherche)
IPT
Besma Mhenni Technicienne supérieure surveillante IPT
Saloua Ben Fredj Technicienne supérieure IPT
Soumaya Mannai Secrétaire Administrative Contractuelle IPT
Maherzia Lahmar Ouvrière IPT
Lobna Belghuil Ouvrière IPT
Maher Bouraoui Ouvrier IPT
Laouini Elhem Ouvrier IPT
Mohamed Amine Skhairia Etudiant en Thèse es Sciences (HM)
Université Tunis El
Manar
Rim Gharbi Etudiante en Thèse es Sciences (HM)
Université Tunis El
Manar
Gnaien Mayssa Etudiant en Thèse (SZ)
Faculté des Sciences
de Tunis
Rebai Yasmine
Etudiant en Thèse (SZ)
Faculté des Sciences
de Tunis
Imen Chniba Etudiante en Thèse es Sciences (BM)
Université Tunis El
Manar
Sassi Mahfoudh Nessrine Etudiante en Thèse es Sciences (BM)
Université Tunis El
Manar
Rahali Nadia Etudiante en Thèse es Sciences (CB)
Université Tunis El
Manar
Kalthoum Sana Etudiante en Thèse es Sciences (CB)
Faculté des Sciences
de Tunis
Askri Hana
Etudiante en Thèse es Sciences (HK)
Université Tunis El
Manar
Iheb Boukari
Etudiante en Thèse es Sciences (HK)
Université Tunis El
Manar
Zeineb Choucha Etudiante en Thèse es Sciences (HK)
Université Tunis El
Manar
Ikram Ben Marzouk Mastère de recherche (SR) Université Tunis El
Manar
Amira Hammami Etudiante en Mastère (BM)
Université Tunis El
Manar
Rahma Belhédi Etudiante en Mastère (BM)
Université Tunis El
Manar
Nasri Amina Etudiant en Mastère (CB)
Faculté des sciences de
Bizerte
Yasmine Najar Etudiante en PFE (BM) ESSTST
Sarra Abassi Etudiante en PFE (BM) ESSTST
Ons Ailaoui Etudiante en PFE (BM) ESSTST
Arij Bouzaiene Etudiante en PFE (BM) ESSTST
Présentation du laboratoire et réalisations en 2020
Le Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique
(MMVDB) fut renouvelé, après son évaluation par le CNEAR, pour un troisième mandat 2020-2023.
Les activités de recherche sont structurées en cinq projets conduits par cinq groupes de recherche :
1. Groupe de Microbiologie moléculaire conduit par le Pr Helmi Mardassi
2. Groupe des Mycoplasmes conduit par la Pr Boutheina Mardassi
3. Groupe de Candida conduit par Dr Sadri Zneidi
4. Groupe de Vaccinologie et Veille Sanitaire conduit par le Pr Chokri Bahloul
5. Groupe de Développement Biotechnologique conduit par la Pr Héla Kallel
Thématiques principales de recherche
A travers son groupe de microbiologie moléculaire, le MMVDB vise à établir la structure
populationnelle, ainsi que l’exploration de la structure génomique des isolats cliniques : bacilles
tuberculeux et mycobactéries atypiques, mycoplasmes de l’homme et des animaux, et les
champignons pathogènes. Le séquençage du génome entier de ces pathogens modèles permettra
d’identifier les déterminants génétiques conférant à chaque lignée un pouvoir pathogène particulier
et à comprendre la persistence et la dissemination de certains clones au fil du temps. D’autre part, le
décryptage de la structure génomique des souches locales aidera à déceler de nouveaux
biomarqueurs, ou de nouvelles cibles thérapeutiques afin d’améliorer le diagnostic et le traitement
des infections. Quant au groupe, vaccinologie et veille sanitaire, il travaille sur l'établissement d'une
veille épidémiologique et sanitaire contre plusieurs pathologies virales animales et d’autres à potentiel
zoonotique, et s'implique à les combattre dans leurs régions d'endémicité afin d'empêcher leurs
diffusions aux régions autrement indemnes. Enfin le groupe sur le développement biotechnologique
vise le développement d’approches novatrices pour la culture de cellules de mammifères, de
bactéries et de levures, et œuvre à développer de nouveaux vaccins, soit par approche classique,
soit par génie génétique.
Résumé des résultats et des activités réalisées en 2020
1 Groupe de la tuberculose et des mycobactéries
− Expansion réussie de la sous-lignée de Mycobacterium tuberculosis (M. tb) L4.3/LAM (Latin
Amecrican Mediterrenean) grâce à un seul complexe clonal
En Tunisie, L4.3/LAM est la sous-lignée la plus répandue, représentant plus de 37% de tous les cas
de tuberculose (TB). Au sein de cette sous-lignée, le génotype LAM9 s'est avéré le plus courant. Au
Maroc, pays voisin du Maghreb, L4.3/LAM a encore plus de succès, représentant près de 50 % de la
population de M. tuberculosis. Par conséquent, il est possible de spéculer que L4.3/LAM est
particulièrement adapté aux Maghrébins. Afin de mieux comprendre la base moléculaire qui contribue
au succès relatif de ce génotype en Tunisie, nous avons procédé à un typage moléculaire MIRU-
VNTR de 252 souches et le séquençage de 31 génomes isolées dans les trois régions Tunis, Bizerte
et Zaghouan. L’approche Bayésienne implémentée dans le logiciel « STRUCTURE »a permis de
découvrir deux entités bien différenciées(65.07% vs 34.92%) : une sous-population très répandue
constituée d'un seul Complexe Clonal (TUN4.3_CC1) ; et une seconde sous-population, beaucoup
moins répandue, principalement représentée par TUN4.3_CC2. Les analyses phylogénétiques
basées sur MIRU-VNTR ont en outre confirmé la séparation génétique claire entre les deux principaux
CC (FST= 0,56).TUN4.3_CC1 est clairement en pleine expansion en Tunisie, représentant 61,5% de
la sous-lignée L4.3/LAM. La très faible proportion de résistance aux médicaments parmi les isolats
de ce CC est indicative de leur capacité intrinsèque à se propager avec succès dans la population
hôte. Les analyses génomiques ont montré que ce dernier présentait une richesse allélique moyenne
plus élevée que TUN4.3_CC2, indiquant une évolution plus ancienne. Conformément à son
expansion réussie, les souches du TUN4.3_CC1 ont présenté une distance génétique moyenne par
paire réduite entre les génomes. Les analyses WGS ont aussi confirmé la différenciation claire entre
les deux principaux CC, et ce résultat est cohérent avec le fait qu'ils peuvent être séparés en fonction
d’une délétion dans la région RD115 (une caractéristique de L4.3/LAM qui s'est étendue à l'échelle
mondiale à travers les migrations coloniales européennes). Ce travail est aussi complété par une
analyse de croissance In Vitro de deux souches représentatives des deux CCs. Les résultats
préliminaires ont montré une croissance plus rapide de la souche du TUN4.3_CC1 par rapport à celle
du TUN4.3_CC2.
− Génomique comparative des souches épidémique MDR de la région de Bizerte
Un total de 74 souches MDR (Multi Drug Resistant) provenant de la région de Bizerte ont été
assujetties à un séquençage génomique (Resequencing, HiSeq). L’analyse de génomique
comparative entre les isolats de patients ayant un lien épidémiologique évident a montré un nombre
important de SNPs(Single NucleotidePolymorphism) de différence, pouvant aller jusqu’à 12 SNPs.
Cette différence est considérée élevée pour un clone possédant le même profil MIRU, comparée à
d’autres souches épidémiques. Ceci nous laisse suggérer que ce dernier a la capacité de d’acquérir
très rapidement des mutations, facilitant son adaptation dans la population tunisienne.
2. Groupe Mycoplasmes
Dotés d’une nature distinctive du règne des bactéries au sein de l’empire des procaryotes, les
mycoplasmes accostent chez leurs hôtes en mode de parasitisme et opportunisme. Ils sont
ubiquitaires, commensaux, ou pathogènes. La plupart sont hôte-spécifiques et sont associés à des
infections chroniques et atypiques, aussi bien chez les animaux que chez l’homme. Chez les animaux
de rente, les mycoplasmoses engendrent des pertes économiques considérables. Chez l’homme,
elles se traduisent par l’atteinte des voies respiratoires et urogénitales. Des travaux réalisés par notre
groupe ont démontré l’association de ces bactéries à des problèmes de stérilité, à l’émergence de
l’antibiorésistance et au cancer génital chez l’homme. A tous cela, s’ajoutent la dissémination clonale
des souches cliniques et le changement du tropisme d’hôte. Dans le souci de mettre à nu l’importance
clinique et économique de ces microorganismes et établir la génétique des souches circulantes en
Tunisie, différents aspects ont été étudiés :
- Pathogénomique de Mycoplasma hominis associé à l’infertilité
Safa Boujemaa, Amina Ben Alaya, Béhija Mlik and Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi*An
expanded Multilocus Sequence Typing scheme (eMLST) for Mycoplasma hominis Tunisian
isolates reveals two population clusters associated with clinical manifestations.Scientific
Reports (Octobre 2018) 8 :14854.
L’étude phylogénétique a démontré l’appartenance des souches tunisiennes de M. hominis à deux
clones distincts. Un clone est associé à l’infertilité et le second est lié aux infections gynécologiques.
L’étude de leur sensibilité aux antibiotiques a révélé une résistance élevée des souches responsables
d’infertilité à la tétracycline. L’étude de la prévalence et de la distribution des 14 serotypes
d’Ureaplasma spp au sein de la population tunisienne a montré l’implication d’Ureaplasma parvum
avec le serotype 3 dans l’infertilité du couple. L’analyse de leur sensibilité aux antibiotiques a révélé
un taux élevé de souches multi résistantes. Cette multi résistance est plus fréquente chez les souches
d’Ureaplasma urealyticum.La détermination de données relatives à leurs structures génomiques et
aux facteurs responsables de leur évolution clonale et adaptation pour enclencher des manifestations
cliniques particulières constitue nos objectifs prioritaires.
- Etude d’une Potentielle Association entre les Mycoplasmes Urogenitaux et le Cancer de la
Prostate.
Osama Mohammed Saed Abdul-Wahab1, Mishari H. Al-Shyarba2 3, Boutheina Ben Abdelmoumen
Mardassi3, Nessrine Sassi3, Majed Saad Shaya Al Fayi4, Hassan Hotifi5 4, Abdullah Hassan Al
Murea6, Béhija Mlik3, Elhem Yacoub* Molecular Detection of urogenital Mollicutes in Prostate
Cancer Tissues. Infectious Agents and Cancer 16(6):1-11(2020)DOI:10.1186/s13027-021-00344-
9.
L’implication de certains microorganismes, notamment les mycoplasmes, dans le cancer, d’une façon
générale et l’inflammation chronique qui l’accompagne demeure mal définie. Dans un projet de
collaboration avec l’Arabie Saoudite, nous avons travaillé sur la mise en évidence d’une relation
potentielle entre les mycoplasmes urogénitaux et le cancer de la prostate chez des patients de la
région de Aseer au sud-ouest de l’Arabie Saoudite. Par amplification par PCR des gènes spécifiques
codant pour des antigènes de surface spécifiques de chacune des espèces des Mycoplasmes
d’intérêt, nous sommes parvenus à identifier Ureaplasma urealyticumetUreaplasma parvum. S’il
s’avérait que l’infection par U. parvumet par U. urealyticum est un, parmi les facteurs prédisposant
au CP, la détection de ces espèces pourrait orienter le diagnostic et par conséquent faciliter la
prévention et le traitement.
- Typage Moléculaire et Susceptibilité Antibactérienne de Mycoplasma gallisepticum
Imen Chniba, Safa Boujemaa, Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi* Clonal dissemination of
antibiotic resistance among Tunisian Mycoplasma gallisepticum isolates as revealed by
gene-targeted sequencing analyses. Avian Diseases, 65(1):102-112
(2020). https://doi.org/10.1637/aviandiseases-D-20-00080R1
Mycoplasma gallisepticumest responsable d’une maladie respiratoire chronique chez la poule, de la
sinusite infectieuse chez la dinde et de la chute des performances chez les deux espèces. Dix huit
isolats locaux ont fait l’objet d’une exploration génétique par la méthode eMLST. L’analyse des
séquences de ces gènes a permis de distinguer les souches locales en 5 eSTs (expanded sequence
type) eST1, eST2, eST3, eST4 et eST5. L’eST1 s’avère le plus dominant, puisqu’il renferme 8/18
isolats.
L’étude de la susceptibilité antibactérienne des 18 souches de M. gallisepticum a révélé qu’elles sont
toutes sensibles à l’aivlosine, alors que la tylosine présente moins d’efficacité vue la résistance totale
et intermédiare de 4 et 8 isolats, respectivement. Tous les isolats sont sensibles à la famille des
tétracyclines représentée par la doxycycline et l’oxytetracycline. Cette efficacité est retrouvée
également avec la tiamuline appartenant à la classe de pleuromutiline. L’exploration d’une éventuelle
relation entre un profil génétique déterminé et une susceptibilité antibactérienne chez les isolats de
M. gallisepticum nous a montré une résistance élevée à l’enrofloxacine et à la spiramycine de la
totalité du groupe eST1. Un tel résultat nous incite à explorer d’avantage cette relation et à remonter
à la source de dissémination de ce groupe.
3. Groupe Candida (Mycologie Moléculaire)
En 2020, les activités autour de la thématique de la mycologie moléculaire se sont principalement
axées sur trois volets : i) le typage et phénotypage d’isolats cliniques de Candida albicans colonisant
les voies respiratoires de patients atteints de mucoviscidose ; ii) l’étude des réseaux biologiques qui
contrôlent le pouvoir commensal et pathogène de C. albicans et iii) l’identification d’approches
thérapeutiques contre les champignons du genre Candida, notamment celles axées sur l’utilisation
des bactéries probiotiques.
Dans le cadre du premier volet, le laboratoire LR16IPT01 a obtenu deux soutiens financiers,
notamment une bourse doctorale d’alternance du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la
Recherche Scientifique (MESRS), ainsi qu’une bourse doctorale du Réseau International des Instituts
Pasteur (Bourses Calmette & Yersin). Ces soutiens financiers serviront à l’avancement d’une thèse
de doctorat intitulée «Étude des déterminants phénotypiques et moléculaires responsables de la
colonisation chronique par Candida albicans des voies respiratoires de patients atteints de
mucoviscidose», en collaboration avec l’Unité Biologie et Pathogénicité Fongiques à l’Institut Pasteur
à Paris. Par ailleurs, le financement par les Programmes d’Encouragement des Jeunes Chercheurs
(N°19PEJC06-02) des volets traitant de l’étude des réseaux biologiques du pouvoir commensal et
pathogène de C. albicanset des approches thérapeutiques a permis l’étude d’un sujet de thèse
doctorale dont le titre s’intitule « Étude des mécanismes d’adaptation du pathobionteCandida albicans
à l’environnement de l’hôte ». A ce stade, nous avons déterminé le profil d’inhibition de C. albicans
par la souche probiotique E. coliNissle 1917. D’autre part, nous avons établi une collaboration avec
l’équipe du Pr. Kalthoum Kallel (Hôpital la Rabta, UR17SP03), afin de caractériser les génotypes et
étudier les mécanismes de transmission potentiels de l’agent majeur responsable des
microsporidioses intestinales, Enterocytozoonbieneusi. Les microsporidioses sont des maladies
émergentes, provoquant une diarrhée chronique et un syndrome de dépérissement sévère chez les
patients immunodéprimés. L'épidémiologie moléculaire et les voies de transmission des infections à
E. bieneusi font l'objet de recherches approfondies, surtout en Tunisie où le nombre de cas est en
augmentation. Nous avons identifié une forte prévalence d'un génotype rarement détecté chez E.
bieneusi, appelé WL12, parmi les patients immunodéprimés positifs à E. bieneusi, qui sont
hospitalisés au complexe hospitalier de BabSaadoun (La Rabta, Institut Salah Azaiez, Hôpital
d’Enfants Béchir Hamza et au Centre National de Greffe de la Moelle Osseuse). Le génotype WL12
a été rapporté auparavant chez les animaux sauvages ainsi que dans des échantillons d'eaux usées,
ce qui suggère une potentielle transmission zoonotique ou à partir de l’environnement. Cette étude
codirigée par les Drs. Sadri Znaidi (LR16IPT01) et Kalthoum Kallel (UR17SP03) a été soumise pour
publication dans le journal Journal of Fungi (Facteur d’Impact 5.82). Nos analyses phylogéniques ont
permis de cartographier le génotype de toutes les souches d’E. bieneusi qui infectent notre population
de patients et suggèrent une source commune de transmission du génotype WL12, soulignant la
nécessité de mener une enquête épidémiologique plus large. Ce projet collaboratif d’intérêt majeur
pour la santé publique en Tunisie va être soutenu par nos deux laboratoires, en sollicitant des
opportunités de financement en 2021 par les organismes nationaux et internationaux.
4. Groupe Vaccinologie
- Mise au point d’un vaccin à base d’ADN contre le Covid-19
Avec l'émergence mondiale du Covid19, les scientifiques du monde entier se sont lancés dans une
course effrénée pour le développement d’un vaccin efficace. Les premières autorisations pour l’usage
humain de ces vaccins ont été issues au mois de décembre 2020. De notre part, depuis le début du
mois d'avril 2020, nous avons commencé à développer différents candidats vaccins à base d'ADN
contre le Covid-19. Nous avons construit, séquencé, purifié et établi des banques primaires de
plusieurs constructions qui codent pour l’intégralité ou une sous unité de la «Spike» du SARS-Cov2
ou pour la nucléocapside ou des constructions bicistroniques des deux valences à la fois.
Nous avons commencé par explorer nos différents candidats vaccins à base d'ADN dans le modèle
Balb/C. Cinq souris par groupe ont été administrées à chaque fois 100 µg du plasmide correspondant
et des prélèvements de sangs ont été effectués aux jours 14, 28 et 90 après l'immunisation. Les
résultats des tests ELISA (tapissage avec l'ectodomaine de la protéine recombinante Spike du SRAS
Cov-2, produite sur un système Bacculovirus) montrent que jusqu'à J28, la quasi-totalité des groupes
n'a pas montré des titres d'anticorps supérieurs à celui du groupe PBS. A J90, nous avons constaté
une augmentation significative des titres en anticorps des souris administrées de nos différentes
constructions plasmidiques comparativement aux souris administrées du PBS. L'augmentation est
quasiment la même lorsque la valence Covid-19 est IRES ou Cap dépendante. Les plasmides qui
codent pour le RBD ou la S1, semble être plus efficaces que ceux qui codent pour l’intégralité de la
« Spike ». En plus, la fusion du domaine transmembranaire en particulier avec la construction codant
pour la RBD semble pouvoir améliorer les réponses immunitaires humorales.
Compte tenu des résultats obtenus avec le modèle murin, nous avons adapté l'approche aux lapins
avec les différentes constructions. Des prélèvements de sangs ont été effectués aux jours 0, 14, 28,
50,90et 180. Les titrages des anticorps contre le SRAS Cov-2 ont été réalisés par ELISA soit après
un tapissage avec l’ectodomaine de la Spike recombinante produite sur un système Bacculovirus,
soit avec la Nucleocapsid recombinante produite dans un système procaryote. Ainsi, des faibles taux
d'anticorps ont été induits dans tous les groupes jusqu'à J50. Semblable à ce que nous avons obtenu
dans le modèle murin, nous devons attendre J90 pour avoir des réponses immunitaires humorales
plus élevées. Par conséquent, les souris des groupes 1 (deux doses de 100 µg du pCMV3ISS-S), 2
(une seule dose de 200 µg du pCMV3ISS-S), 3 (deux doses de 400 µg du pCMV3ISS-S), 5 (une
dose de 200 µg de pCMV3ISS-S1-TM-IC), 7 (une dose de 200 ug de pCMV3ISS-RBD-TM-IC) et 10
(une dose de 200 µg de pCMV3ISS-S1-IRES-N), ont montré des titres satisfaisants. Parmi eux, des
lapins du groupe 10, à qui on a administré une construction multivalente, ont également induit des
titres satisfaisants contre la nucléocapside recombinante, même si son expression est IRES
dépendante. De plus, 6 mois après la vaccination, il y a toujours une augmentation régulière des
réponses immunitaires humorales chez les lapins des groupes 1, 7 et 10.
5. Groupe Développement Biotechnologique
- Production de la protéine spike RBD (Receptor Binding Domain) du SARS cov2 par le système
baculovirus/cellules d’insectes (SF9) (Mohamed Boumaiza, Khaled Trabelsi, Amani
Chaabane, Mariem Ben Zakour, Ines Akrouti, Samia Rourou)
Nous avons réussi à produire la protéine spike RBD du SARS cov2 en utilisant le système
Baculovirus/cellules d’insectes. Le plasmide a été obtenu de l’Institut Pasteur de Hong Kong. La
protéine a été utilisée à échelle nationale (enquête nationale) et internationale (au sein du réseau des
instituts Pasteur).
- Développement d’une pIateforme à base d’adénovirus non répIicatif pour Ia production de
vaccins aviaires
Ce projet a été démarré depuis Décembre 2017 pour une durée de 30 mois (avec une extension de
6 mois). Il est mené en collaboration avec le Département de Bioprocédés de l’Université de McGill
(Montréal, Canada) et le National Veterinary Institute (NVI, Ethiopie). Il a reçu un financement de la
part du Centre de Recherche pour le Développement International (Montréal, Canada) suite à l’appel
à propositions intitulé « Global Call for Research Proposals : Innovations to improve livestock
vaccines ». L’objectif de ce projet est de développer un vaccin contre la maladie du virus de Newcastle
en utilisant un adénovirus non réplicatif comme vecteur. Le procédé mis au point a le potentiel d’être
exploité comme une plateforme pour développer d’autres vaccins. L’approbation de cette technologie
pour usage humain suite à l’épidémie SARS-COV 2 a ouvert les portes devant la technologie
adénovirus non réplicatifs. Au cours de ce projet, différents antigènes du virus ont été testés, en
l’occurrence les antigènes de surface F et HN. Divers promoteurs ont été évalués et le CMV a été
sélectionné. Nous avons tout d’abord étudié les différents adénovirus recombinants chez les souris
(IPT) puis chez les volailles (NVI). Ces études ont permis de conclure que les adénovirus
recombinants contenant les antigènes F sont les plus immunogènes. Ces vecteurs étaient plus
immunogènes que le vecteur bicistronique contenant les gènes des protéines F & HN. Par la suite,
le procédé de production de la protéine F-NDV par les cellules HEK293 a été optimisé en flacon agité
(erlenmeyer) puis en bioréacteur. Nous avons étudié les paramètres suivants : milieu de culture, MOI,
densité cellulaire à l’infection et stratégie de boost. La phase downstream a été également concernée.
Les paramètres optimisés seront par le site utilisé pour produire des vaccins expérimentaux pour les
études pré-cliniques (sur poules). Un transfert de technologie à l’IVI a été également proposé comme
deuxième phase de ce projet.
- Evaluation de la permittivité virale (virus rabique et virus de blue tongue) des cellules Vero
adaptées à la culture en suspension
Au cours des travaux antérieurs, nous avons développé un milieu sans produit d’origine animale (IPT-
AFM) pour la culture de cellules Vero en bioréacteur agité et la production du virus rabique. Ceci a
permis d’éviter l’utilisation du sérum et de la trypsine, produits d’origine animale qui peuvent être
source de contamination par des agents adventices.Nous avons par la suite réussi à obtenir les
cellules VeroS issues de l’adaptation des cellules Vero (ancrage dépendantes) à la culture en
suspension. Au cours de ce travail, on s’est intéressé à l’optimisation des conditions de production
des virus rabique (souche LP2061) et de blue tongue, sérotype 4 par les cellules VeroS dans le milieu
IPT-AFM et autres milieux commerciaux. Les résultats obtenus montrent que le titre maximal du virus
rabique était de l’ordre de 107FFU/ml (3 jours post-infection). Quand au virus de blue tongue, des
études préliminaires ont permis d’atteindre un titre prometteur, soit : 107 TCDI50/mL (après 5 jours
d’infection). Il est donc important de veiller à la caractérisation et la valorisation de la lignée VeroS
ainsi établie.
- Mise au point d’un vaccin multivalent contre le virus de la fièvre catarrhale ovine
Ce projet rentre dans le cadre de notre participation au projet européen PALE-Blu financé par la
communauté Européenne dans le cadre de l’appel à propositions H2020. Dans ce cadre, nous
contribuons au WP « développement de vaccin contre la fièvre catarrhale ovine », nous travaillons
sur la mise au point d’un vaccin multivalent contre les sérotypes 1, 4 & 8 du virus de la fièvre catarrhale
ovine isolés en Tunisie. Le virus de la fièvre catarrhale ovine appartient du genre Orbivirus de la
famille des Reoviridae, c’est un virus segmenté à ARN double brin, le génome code pour 10 protéines
structurales et 4 protéines non structurales. La protéine VP2 est responsable de la synthèse des
anticorps neutralisants chez l’hôte. Notre approche consiste à exprimer une protéine chimérique
composée de fragments de la protéine VP2 contenant les épitopes neutralisants de chaque sérotype
chez la levure Pichia pastoris. Le vecteur recombinant PICZ A a été construit puis linéarisé pour
transformer la souche Pichia Pastoris KM71H. Plusieurs clones recombinants ont été sélectionnés,
l’insertion de la cassette d’expression a été vérifiée par PCR et séquençage. L’analyse des
surnageants de culture des différents clones réalisées en plaque multi-puits sur milieu BMGY puis
BMMY, par dot-blot et Western blot, en utilisant des anticorps polyclonaux générés par l’équipe du
Pr. Peter Mertens (Université de Nottingham), a montré une réponse par dot blot. Nous sommes en
train d’optimiser les conditions de production pour passer aux essais pré-cliniques en collaboration
avec l’IRVT.
- Amélioration du procédé de production d’un vaccin antirabique à usage humain
Au sein de notre laboratoire nous avons déjà mis au point un procédé (upstream et downstream) pour
la production d’un vaccin antirabique à usage humain par culture de cellules Vero sur micorsupports
en bioréacteur agité dans des conditions ne contenant pas de produits d’origine animale. Pour
améliorer la stabilité du vaccin et optimiser la lyophilisation du produit en termes d’humidité résiduelle
et temps de dissolution, nous avons bénéficié d’un financement de la part du DMDI (Division of
Microbiology &Infection Diseases, NIAID, NIH, USA). Pour cela, nous avons fournit l’antigène
antirabique (virus inactivé) purifié à nos partenaires américains afin de définir une formulation du
produit optimale. Ainsi une formulation simple du vaccin a été identifiée. Nous avons aussi démarré
des travaux pour améliorer le procédé de purification du virus de la rage produit sur cellules Vero.
Notre objectif est de trouver une alternative à la purification du virus sur gradient de saccharose par
ultracentrifugation continue. En effet cette méthode présente plusieurs inconvénients, notamment sa
complexité, une difficulté de mise en œuvre et de standardisation. Pour cela, nous avons évalué de
nouveaux supports chromatographiques, il s’agit de membranes monolithiques qui permettent de
travailler à un débit élevé et de nouveaux supports de chromatographie d’exclusion. Une société
Turque est intéressée par ce vaccin (transfert technologique planifié).
- Développement de biosimilaires Deux projets de développement de biosimilaires ont été
démarrés au sein de notre groupe
Le premier projet a pour objectif de développer une forme recombinante de la gonadotrophine
chorionique humaine. Ce projet a été sélectionné pour financement par le Ministère de
l’Enseignement Supérieur et la Recherche Scientifique, MESRS dans e cadre de valorisation des
résultats de recherche, VRR. Il est réalisé en partenariat avec les Laboratoires MediS, une entreprise
pharmaceutique locale.
Le clonage a été réalisé avec succès et la partie transfection/sélection clonale est en cours de
réalisation. Une collaboration avec l’université d’Osaka, Japan est également planifiée.
Le second projet, également financé par le MESRS dans le cadre de l’appel à projet PAQ-Collabora.
Le programme PAQ-Collabora est un nouveau programme pilote lancé par le MERS pour financer
selon un mécanisme compétitif des projets collaboratifs au sein des technopoles. Notre projet a pour
objectif de développer des clones recombinants de cellules CHO exprimant un anticorps monoclonal
biosimilaire pour le traitement des maladies inflammatoires chroniques. Le consortium du projet est
composé des laboratoires TERIAK et de Biotechpole Sidi Thabet, en plus de l’Institut Pasteur de
Tunis. Le clonage a été réalisé avec succès et la partie transfection/sélection clonale est en cours de
réalisation.
Publications
Hernandez-Cervantes, A., Znaidi, S., van Wijlick, L., Denega, I., Basso, V., Ropars, J., Sertour, N.,
Sullivan, D., Moran, G., Basmaciyan, L., Bon, F., Dalle, F., Bougnoux, M-E., Boekhout, T., Yang, Y., Li,
Z., Bachellier-Bassi, S. and d'Enfert, C. (2020) A conserved regulator controls asexual sporulation in the
fungal pathogen Candida albicans. Nature Communications, 11(1):6224.a
Delarze, E., Brandt, L., Trachsel, E., Patxot, M., Pralong, C., Maranzano, F., Chauvel, M., Legrand, M.,
Znaidi, S., Bougnoux, M-E., d'Enfert, C. and Sanglard, D. (2020) Identification and characterization of
mediators of fluconazole tolerance in Candida albicans. Frontiers in Microbiology, 11:591140.
Znaidi, S. (2020) mSphere of Influence: Decoding transcriptional regulatory networks to illuminate the
mechanisms of microbial pathogenicity. mSphere, Volume 5 Issue 1 e00917-19.
Ghedira, K., Kouidhi, S., Hamdi, Y., Othman, H., Kechaou, S., Znaidi, S., Sghaier, H. and Rabhi, I. (2020)
Pathway Maps of Orphan and Complex Diseases Using an Integrative Computational Approach. BioMed
Research International, 2020:4280467.
Safa Boujemaa,1 Béhija Mlik,1 Helmi Mardassi,2 Boutheina Ben Abdelmoumen
Mardassi1ClonalSpreadTetracyclineResistanceAmong Mycoplasmahominis ClinicalStrains,
Tunisia2 July 2020 Volume 2020:13 Pages 2093—2097.Infection and Drug
Resistance.DOI https://doi.org/10.2147/IDR.S249630; https://doi.org/10.1186/s13756-020-0681
Imen Chniba, Safa Boujemaa, Boutheina Ben AbdelmoumenMardassi* Clonal dissemination of
antibiotic resistance among Tunisian Mycoplasma gallisepticum isolates as revealed by gene-
targeted sequencing analyses.Avian DiseasesOctober 2020. httpss://doi.org/10.1637/aviandiseases-
D-20-00080R1
Boujema S, Mlik B, Ben Allaya A, Mardassi H, Ben Abdelmoumen Mardassi B. Spread of multidrug
resistance among Ureaplasma serovars, Tunisia AntimicrobResist Infect Control. 2020 Jan
23;9(1):19. doi: 10.1186/s13756-020-0681-5. eCollection2020.PMID: 31998474
Omar Farnós 1 , Esayas Gelaye 2 , Khaled Trabelsi 3 , Alice Bernier 1 , Kumar Subramani 1 , Héla Kallel 3
, Martha Yami 2 , Amine A Kamen Establishing a Robust Manufacturing Platform for Recombinant
Veterinary Vaccines: An Adenovirus-Vector Vaccine to Control Newcastle Disease Virus Infections
of Poultry in Sub-Saharan Africa (2020)MDPI PMCID: PMC7350225 DOI:
10.3390/vaccines8020338
Boumaiza, Mohamed, Khaled Trabelsi, Zeineb Choucha, Ines Akrouti, Serena Leone, Delia Picone, et
Héla Kallel. « Production and characterization of a fusion form of hepatitis E virus tORF2 capsid
protein in Escherichia coli ». Preparative Biochemistry & Biotechnology, 23 octobre 2020, 1‑8.
https://doi.org/10.1080/10826068.2020.1836656
Mohamed Boumaiza, Samia Rourou, Paolo Arosio and Mohamed Nejib Marzouki. The Use of Ferritin
as a Carrier of Peptides and Its Application for Hepcidi December 4th 2020 DOI:
10.5772/intechopen.94408 From IntechOpen
Liste des projets en cours en 2020
Titre du projet Investigate
ur
Principal
Structures
pasteuriennes
impliquées
Agence de
financement
Valeur du
financeme
nt (DT)
Période
PHINDaccess
« Strengthening
Omics data analysis
capacities
inpathogen-host
interaction
Helmi
Mardassi
Laboratoire de
Microbiologie
Moléculaire,
Vaccinologie &
Développement
Biotechnologique
(LR16IPT01) et
l’ensemble de l’IPT
Commission
Européenne
H2020
2 463 499,
42 TND (3
ans)
Octobre
2018-
Septemb
re 2021
Projet PCI, Étude
génotypique et
phénotypique de
souches cliniques de
Candida albicans
isolées du tractus
respiratoire de
patients atteints de
mucoviscidose.
Sadri Znaidi Laboratoire de
Microbiologie
Moléculaire,
Vaccinologie &
Développement
Biotechnologique
(LR16IPT01)
Programme
collaborative
interne
finance par
l’IPT
40 000 DT
(2ans)
2019-
2021
PJC09, Cibler la
Dysbiose Fongique
par les Probiotiques
comme Approche
Thérapeutique contre
les Maladies
Inflammatoires de
L'intestin ".
Sadri Znaidi Laboratoire de
Microbiologie
Moléculaire,
Vaccinologie &
Développement
Biotechnologique
(LR16IPT01)
MERST 20 000 DT
(2ans)
2019-
2021
PALE-Blu:
Understanding
pathogen, livestock,
environment
interactions involving
bluetongue virus.
Héla Kallel Laboratoire de
Microbiologie
Moléculaire,
Vaccinologie &
Développement
Biotechnologique
(LR16IPT01)
Commission
européenne
H2020
420000 DT
(3 ans)
2017-
2020
A non-replicative
adenovirus vaccine
platform for poultry
diseases
Héla Kallel Laboratoire de
MicrobiologieMolécul
aire, Vaccinologie &
Développement
Biotechnologique
(LR16IPT01)
IDRC
(International
Development
Research
Center,
520000 DT
(3 ans)
2018-
2020
Montreal,
Canada)
Projet PQ-Collabora :
Développement de
clones recombinants
de cellules CHO
exprimant un
anticorps monoclonal
biosimilaire pour le
traitement de
maladies
inflammatoireschroniq
ues
Héla Kallel
Laboratoire de
Microbiologie
Moléculaire,
Vaccinologie &
Développement
Biotechnologique
(LR16IPT01)
Ministère de
l’Enseignem
ent
Supérieur et
de la
Recherche
Scientifique
300000 DT
2018-
2021
Dos
N°584/Mobilisation de
Doctorants pour la
Réalisation de
travaux de Recherche
Partenariale dans le
Milieu Socio-
Economique,
MOBIDOC
Laboratoire de
Microbiologie
Moléculaire,
Vaccinologie &
Développement
Biotechnologique
(LR16IPT01
Ministère de
l’Enseignem
ent
Supérieur et
de la
Recherche
Scientifique
2019-
2021
TOTAL des projets
en cours en 2020
07
Liste des projets obtenus en 2020
Titre du projet Investigateur
Principal
Structures
pasteuriennes
impliquées
Agence de
financement
Valeur du
financement
(DT)
Période
Développement
d’une stratégie de
réduction de la
tuberculose bovine
chez l’homme :
Concept One
Health
Helmi
Mardassi
Laboratoire de
Microbiologie
Moléculaire,
Vaccinologie &
Développement
Biotechnologique
(LR16IPT01)
Ministère de
l’Enseignement
Supérieur et de
la Recherche
Scientifique
150,000.000
TND
2019-
2021
Projet Valorisation
des Résultats de
Recherche, VRR:
Développement
d’une forme
recombinante de la
gonadotrophine
humaine à usage
pharmaceutique.
Samia Rourou Laboratoire de
Microbiologie
Moléculaire,
Vaccinologie &
Développement
Biotechnologique
(LR16IPT01)
Ministère de
l’Enseignement
Supérieur et de
la Recherche
Scientifique
2020-
2023
Projet « Production
de la protéine S-
RBD du virus
SARS Cov2 par la
technologie
baculovirus/cellules
d’insectes »,
Worpackages de 3
projets : PRF, Easi
et REPAIR
MESRS et
RIIP
TOTAL des
projets obtenus
en 2020
03
Les chiffres clés du laboratoire en 2020
1 Conférence
9 Publications dans des revues internationales
1 autre publication
7 projets en cours et 3 projets obtenus
8 Diplômes soutenus, 1 HDR et 11 diplômes en cours
Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections
Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction
Prénom, Nom Position/Fonction
Barbouche Mohamed Ridha
Professeurs Hospitalo-Universitaire / Chef de Laboratoire et
Chef d’Equipe
Louzir Hechmi Professeurs Hospitalo-Universitaire
Ben Salah Afif Professeurs Hospitalo-Universitaire
Laouini Dhafer Professeur d’enseignement supérieur
Zhioua Elyes Biologiste Principal
Ben Ahmed Malika Professeurs Hospitalo-Universitaire
Bettaieb Jihène
Maitre de conférences agrégé / Professeur Agrégé Hospitalo-
universitaire
Ben Mustapha Imen Professeurs Hospitalo-Universitaire
Essafi Makram Maitre de conférences
Ben Ali Meriem Maitre de conférences
Mekki Nejla Maitre de conférences agrégé
Zamali Imen Assistants Hospitalo-Universitaires.
Kharroubi Ghassen Assistant Hospitalo-universitaire
Ben Hmid Ahlem Assistants Hospitalo-Universitaires
Chelbi Ifhem Maitre de conférences
Ghawar Wissem Maitre Assistant/Biologiste adjoint
Ben Abdessalem Chaouki Maitre-assistant
Guerfali Fatma Zahra Maitre-assistant
Belghith Meriem Maitre-assistant
Boussoffara Thouraya Maitre-assistant
Aicha Boukthir Technicien Sup Major
Nebil Bel Haj Hmida Technicien Sup Major
Adel Gharbi Technicien
Mohamed Ali Snoussi Technicien Vétérinaire Principal
Hayet Mhenni Gestionnaire contractuelle
Mongi Dellagi Technicien contractuel
Sadok Salem Technicien contractuel
Jaouadi Kaouther Post-doc
Atri Chiraz Post-Doc
Rania Bouzeyen Post-Doc
Attia Hanene Post-Doc
Ben Farhat Khaoula Post-Doc
Marzouki Soumaya Post-doc
Ghouila Amel Post-doc
Haoues Mariem Post-doc
Rym Ouni Etudiant en thèse
Bahrini Khadija Etudiant en thèse
Magherbi Olfa Etudiant en thèse
Ben Fadhel Oussema Etudiant en thèse
Ben Cheikh Ali Etudiant en thèse
Habouria Sara Etudiant en thèse
Trimèche Malek Etudiant en thèse
Rekik Raja Etudiant en thèse
Tlili Aymen Etudiant en thèse
Sondes beji Etudiant en thèse
Hajer Lamari Etudiant en thèse
Roukaya Yaakoubi Etudiant en thèse
Bchiri Soumaya Etudiant en thèse
Marwa khedhiri Etudiant en thèse
Kaouther ayouni Etudiant en thèse
Zaraa ines Etudiant en thèse
Sondes beji Etudiant en thèse
Amal zmmeli Etudiant en thèse
Tira Meriam Etudiant en thèse
Bali Aymen Ingénieur Principal contractuel
Sadok Chlif Ingénieur statutaire
Rihab Yazidi Ingénieur contractuel
Sana Chaabane Ingénieur contractuel
Cherif Ines Résident en Médecine
Amal khalfallah PFE d’Ingénieur
Bekir Jihène Etudiant en Mastère
Ben Hamouda Wafa Etudiant en Mastère
Bouzguenda Yoldoz Etudiant en Mastère
Raghda Bsibes Etudiant en Mastère
Mejri Manel Etudiant en Mastère
Oumeima taamallah Etudiant en Mastère
Ben Hamouda Sonia Etudiant en Mastère
Cyrine Souissi Etudiant en Mastère
Khouloud Maghraoui Etudiant en Mastère
Hela Oueslati Etudiant en Mastère
Présentation du laboratoire et réalisations en 2020
Introduction
Le laboratoire de Recherche LR16IPT02 a fait suite en 2011 à l’ancien Laboratoire de Recherche
LR00SP06. Les thématiques de Recherche du Laboratoire sont centrées sur l’étude de la relation hôte-
pathogène dans plusieurs modèles de pathologies infectieuses. L’évaluation externe du deuxième mandat
(2016-2019) par le CNEARS a eu lieu le 15 Décembre 2020.
Les 3 équipes impliquées dans le Laboratoire ont ainsi continué leurs travaux de recherche sur leurs
thématiques respectives et ont une production scientifique en progression continue et significative. La
première équipe travaille sur l’épidémiologie, la surveillance et le contrôle des maladies infectieuses, la
deuxième sur l’immunobiologie des leishmanioses et la troisième sur les situations dysimmunitaires et
l’infection avec un intérêt particulier pour les mécanismes d’évasion, les déficits immunitaires innés et
l’auto-immunité.
A côté de ces 3 axes classiques faisant partie du contrat programme, le laboratoire s’est impliqué en 2020
et afin de contribuer à la réponse nationale à la pandémie COVID-19 par ses 3 équipes dans
l’épidémiologie, le séquençage de souches et le diagnostic immunologique de l’infection SARS CoV-2.
Thematiques essentielles de recherche
1ère équipe : Nom du responsable, grade : Jihène Bettaieb, MD, Professeur Agrégé.
Les axes de recherche du groupe 1 s’articulent autour de l’Epidémiologie, la Surveillance et le Contrôle des
maladies infectieuses qui posent un problème de santé publique en Tunisie. Plus spécifiquement, l’équipe
est engagée actuellement dans les projets de recherche suivants :
Projet 1 : La Leishmaniose Cutanée
Titre du projet : Histoire naturelle de l’infection par les parasites Leishmania dans des foyers mixtes et
émergents de Leishmaniose Cutanée du sud de la Tunisie.
Ce projet de recherche vise à explorer le rôle de Ctenodactylus gundi et Phlebotomus sergenti,
respectivement, comme hôte réservoir et vecteur de L. killicki potentiels et d'étudier l'épidémiologie et
l’expression clinique des deux formes de la LC qui co-circulent dans le foyer de Tataouine.
Le travail de collecte des données sur terrain s’est achevé courant 2020 pour les trois volets de l’étude
(humain, réservoir, vecteurs).
Au total :
– Volet humain : 268 patients atteints de LC consultant au centre de santé de base de Ghomrassen-
Tataouine ont été inclus, géo-localisés et suivis jusqu’à guérison des lésions.
– Volet réservoir : 240 rongeurs de l’espèce Gundi et 46 rongeurs appartenant au genre Jaculus ont été
capturés
– Volet vecteur : environ 10.000 phlébotomes ont été collectés
Les analyses épidémiologiques et biologiques (parasitologique, moléculaire, sérologique) des données et
des spécimens collectés sont en cours.
Projet 2 : La grippe saisonnière
Projet 2.1 : Titre : Connaissances, attitudes et pratiques des groupes à risque sur le vaccin de la grippe
saisonnière.
Les objectifs de ce projet étaient de décrire les connaissances, les attitudes et les pratiques des groupes
cibles envers le vaccin contre la grippe et d’estimer la couverture vaccinale contre la grippe saisonnière
auprès de trois groupes cibles.
Pour répondre à ces objectifs, une enquête nationale type CAP (Connaissances, Attitudes et Pratiques) a
été menée en 2019 auprès de trois groupes cibles de la vaccination antigrippale (femmes enceintes,
professionnels de la santé et sujets âgés de plus de 65 ans et atteints de maladies chroniques)
Au total, 1231 personnels de santé, 1191 sujets âgés et 1157 femmes enceintes ont été inclus dans l’étude.
Ils étaient sélectionnés selon un échantillonnage stratifié à plusieurs degrés auto-pondéré parmi les
consultants et les travailleurs de la santé des structures publiques de santé suivantes : centres de santé
de base, hôpitaux régionaux et hôpitaux de circonscriptions.
Les résultats des analyses préliminaires ont révélé une faible couverture vaccinale contre la grippe, pour
la saison grippale 2018-2019, chez les trois groupes cibles :
− Femmes enceintes: 4,4% (IC : à 95% [3,3-5,7])
− Professionnels de la santé : 15,3% (IC : à 95% [13,3-17,2])
− Patients âgés et atteints de maladies chroniques : 19,4% (IC : à 95% [14,1-21,9])
Le dépouillement des données est en cours pour affiner davantage les analyses afin d’identifier les
obstacles à la vaccination antigrippale.
Projet 2.2 : Titre : Préparation de la pérennité du système national de surveillance électronique de la grippe
en Tunisie.
Ce projet a pour objectif principal d'optimiser le fonctionnement du système de surveillance de la grippe en
Tunisie et d'accompagner l'installation et l'utilisation de l'application IMS (Information management System)
par les différents acteurs impliqués dans la surveillance afin de préparer la pérennité de la surveillance
électronique.
Cette activité se déroule en étroite collaboration avec la DSSB et entre dans le cadre d’un projet de
recherche financé par le CDC d’Atlanta ayant démarré en 2014. Dans ce contexte, l’application
informatique du nouveau système électronique de gestion des données de surveillance de la grippe (IMS) a
été, effectivement, mise en place en 2019.
Les différents acteurs impliqués dans la surveillance ont été formés à son utilisation et son exploitation a
commencé fin 2019. L’année 2020 a essentiellement consisté au recueil du feedback des différents
utilisateurs afin d’améliorer la performance de la plateforme et corriger les défaillances constatées. Par
ailleurs, l’application a été validée par le centre informatique du ministère de la santé (CIMS) qui désormais,
en collaboration avec tous les partenaires, prend en charge la résolution des problèmes rencontrés afin
d’améliorer les performances de la plateforme. Parmi les défaillances notifiées, la génération des rapports
d’analyse des données de surveillance et la qualité de la connexion internet étaient au centre des
préoccupations. Des réflexions sont en cours pour prendre les mesures nécessaires susceptibles de pallier
ces insuffisances, notamment l’installation de la fibre optique dans les différents centres de surveillance.
Projet 3 : La COVID 19
Projet 3.1 : Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 dans la population dans deux zones
caractérisées par un niveau d’incidence différent
L’objectif général de cette étude est d’estimer le niveau de diffusion du SARS-CoV-2 à l’issue de la 2ième
vague épidémique qui a touché le pays dans les zones de fortes incidences et dans les zones de faibles
incidences. Pour cette fin, une étude séro-épidémiologique transversale de porte à porte dans deux zones
d’incidences différentes (Hotspot et faible incidence) de la ville de Tunis sera menée en 2021.
L’étude se basera sur un échantillon de la population générale tiré au sort par sondage en grappe à l’échelle
des quartiers et sera donc constituée par l’ensemble des membres des foyers sélectionnés. Environ 800
personnes seront incluses par zone d’étude. Pour chaque participant un questionnaire sera administré et
un prélèvement de sang sera effectué pour analyse sérologique avec la technique ELISA.
Le protocole de l’étude a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au
comité d’éthique de l’IPT.
Projet 3.2. Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 parmi le personnel de l’Institut Pasteur de
Tunis
On cherche à travers cette étude à estimer le niveau de diffusion du SARS-CoV-2 à l’issue de la saison
grippale 2020-2021 parmi le personnel de l’IPT. Pour cela, une étude séro-épidémiologique transversale
exhaustive parmi le personnel de l’IPT sera menée à la fin du mois de Mars 2021. L’ensemble des agents
de l’IPT travaillant de façon permanente ou temporaire seront invités à participer à l’étude. La collecte des
données va comporter un questionnaire et un prélèvement de sang pour analyse sérologique avec la
technique ELISA.
Le protocole de l’étude a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au
comité d’éthique de l’IPT.
Projet 3.3 : Titre : Cinétique d’évolution tardive des anticorps du SARS-COV-2
Cette étude vise à définir la cinétique d’évolution des anticorps (Ac Totaux, IgG, IgA) contre le SARS-CoV-
2 chez les personnes ayant eu une confirmation diagnostic d’infection par un test PCR positif. Il s‘agit d’une
étude séro-épidémiologique type cohorte prospective (terme de suivi jusqu’à 12 mois après l’inclusion)
auprès d’un échantillon de convenance de personnes diagnostiquées + par des tests RT-PCR suite à
l’apparition de symptômes cliniques caractéristiques de COVID19. Les participants à l’étude vont subir des
prélèvements de sang selon une cinétique bien établie dans le temps après apparition des symptômes :
(J30, J60, J90, 6 mois et 12 mois) pour la mise en évidence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 de classes IgG
et IgA.
Le protocole de l’étude a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au
comité d’éthique de l’IPT.
2ème équipe : Nom du responsable, grade : Dhafer Laouini, PhD, Biologiste Principal Les axes de
recherche du groupe 2 sont essentiellement l’immunobiologie des leishmanioses et plus récemment
l’infection par SARS CoV-2.
Projet 1 : Analyse de l’immunogénicité des peptides issus de trois antigènes leishmaniens (Thouraya
Boussofara, Hechmi Louzir et collaborateurs):
Il s’agit d’un travail réalisé dans le cadre PL-VAC d’un projet en collaboration avec l’IRD (Montpellier,
France), financé par la SATT-AxLR. Ce projet avait pour objectif l’évaluation de l’immunogénicité de 11
peptides issus de trois protéines de Leishmania. Lesdits peptides ont été conçus sous trois formes
différentes avec des modifications post-traductionnels (palmitoylation ou acétylation) ou encore la
soustraction du groupe amine, afin d’améliorer leur stabilité et d’augmenter leur immunogénicité. Les
résultats des tests ELSIPOT spécifique d’IFN-, CBA utilisant le kit LEGENDplex (13 cytokines) et ceux par
cytométrie en flux, ont permis de sélectionner certains peptides prometteurs pour une potentielle
conception d’un vaccin multi-épitopique contre les leishmanioses.
Projet 2 : Caractérisation de la réponse immune chez les individus asymptomatiques ou ayant développé
une leishmaniose cutanée zoonotique (LCZ) à L. major (Thouraya Boussofara, Hechmi Louzir et
Collaborateurs):
Cette étude a été entamée dans le cadre du travail de mastère de Mlle. Hela Ouslati. Des cellules
mononucléées du sang périphérique (CMSP) prélevées chez des individus guéris d’une LCZ, des individus
infectés d’une manière asymptomatiques ainsi que des individus sains (contrôles négatifs). Les CMSPs
sont incubées en présence de promastigotes métacycliques de L. major à un rapport de 3 parasites/cellule.
L’ARNm extraite des CMSP stimulées ou pas par le parasite, est utilisée par la suite pour la quantification
des différents marqueurs des cellules effectrices (T-bet, Gata3, FoxP3, IL-4, IL-10, IL-17, IL-27 et GrzB)
par RT-qPCR. Les résultats obtenus laissent suggérer un potentiel rôle des cellules Treg dans la
pathogénie de la LCZ. Ce travail est poursuivi actuellement, en augmentant l’effectif de sujets et en
élargissant l’analyse à d’autres molécules cible.
Projet 3 : Étude fonctionnelle d’une protéine salivaire PpSP32 de Phlebotomus (Ph.) papatasi, vecteur de
Leishmania (L.) major (Melika Ben Ahmed Soumaya Marzouki, Hechmi Louzir et collaborateurs):
PpSP32 est une protéine salivaire de Ph. papatasi, vecteur de la LCZ due à L. major. Il s’agit de la protéine
immunodominante puisqu’elle est la cible des anticorps chez la majorité des individus vivant en zone
d’endémie de la LCZ et naturellement exposés à la piqûre de ce vecteur (Marzouki S, 2012, Mondragon-
Shem K, 2015). La présence d’anticorps humains dirigés contre cette protéine représente un facteur de
risque de la maladie (Marzouki S, 2011, 2012) d’où l’intérêt de l’utiliser comme biomarqueur prédictif de la
maladie chez des individus piqués par le phlébotome (Marzouki S, 2015). Récemment, nous avons
démontré l’implication de la salive de P. papatasi, et plus particulièrement de la PpSP32 dans
l’étiopathogénie du pemphigus (Zarra I, 2012 ; Marzouki S, 2020), En effet, nous avons démontré pour la
première fois, une interaction entre la protéine PpSP32 et les protéines épidermiques Dsg1 et 3, cibles de
la réponse immune au cours du pemphigus. Nos résultats soutiennent ainsi le rôle clé de la PpSP32 dans
l’initiation de la réponse auto-immune dans le pemphigus d’autant plus que nous avons démontré que les
souris immunisées contre la protéine PpSP32 développent au bout de deux mois des anticorps anti-Dsg1.
L’ensemble de ces données soulignent l’importance d’élucider les fonctions et la structure de la PpSP32
qui restent à ce jour méconnues. Ainsi, nous avons initié l’étude fonctionnelle de la PpSP32 en analysant
ses effets immuno-modulateurs (effets sur la prolifération des lymphocytes T et la production des cytokines
par les cellules lymphocytaires et monocytaires). Nos résultats montrent que la PpSP32 n’a aucun effet
sur la prolifération cellulaire des lymphocytes T. La PpSP32 ne semble pas non plus avoir d’effet sur
l’expression de CD86 et HLA-DR à la surface des monocytes. Par contre, cette protéine semble moduler
négativement les cytokines pro-inflammatoires TNF-α, IFN-γ, IL-6 et IL1-β et positivement la cytokine anti-
inflammatoire IL-10. L’ensemble de nos résultats suggèrent un effet anti-inflammatoire de la protéine
PpSP32. L’inclusion d’un nombre plus élevé de donneurs est en cours afin de confirmer ces résultats. Le
criblage des actions de la PpSP32 dans divers processus cellulaires tels que l’agrégation plaquettaire, la
coagulation, l'inflammation, la migration et la prolifération cellulaire sont également en cours.
Projet 4 : Contribution à la lutte contre la COVID-19 (Fatma Guerfali, Chirza Atri, Aymen Bali, Ali Ben
Cheikh, Dhafer Laouini et collaborateurs) :
Depuis plus d’une année les activités du groupe ont été limitées à l’essentiel suite aux confinements
multiples imposés par le gouvernement et la direction de l’Institut. Par ailleurs, nous avons essayé, malgré
ces contraintes, à contribuer, dans nos domaines d’expertise, à la lutte contre la pandémie COVID-19, et
ce en développant des axes divers.
Projet 4.1. Mise en place de tests de diagnostic rapide du SARS-CoV-2. :
Parmi les méthodes qu’on développe dans ce cadre, le test LAMP, si bien optimisé montre une sensibilité
comparable à celle de la PCR. Les colorants fluorescents intercalaires sont compatibles avec la réaction
LAMP ce qui permet d’observer l'amplification en temps réel. De plus, un échantillon non purifié peut être
directement utilisé pour LAMP. Ceci indique qu'un test à grande échelle pour la détection du SARS-CoV-2
est possible lorsque l'utilisation d'un échantillon non purifié est combinée à une utilisation non instrumentale
(par exemple colorimétrique).
Notre travail vise à développer, optimiser et valider un test moléculaire rapide pour la détection du SARS-
CoV-2 en ciblant des séquences nucléotidiques spécifiques du virus incluant les gènes codant pour les
protéines E, N et RdRp du SARS-CoV-2. Après la conception de plusieurs amorces sur la base du génome
complet des différentes souches du SARS-CoV-2. Nous sommes actuellement à tester les amorces en une
étape afin de minimiser le temps de la réaction et ce sur une centaine d’échantillons positifs et négatifs.
Projet 4.2. Mise en place de formation et de séquençage profond du SARS-CoV-2 :
Nous avons entamé des discussions avec la Direction du Fogarty International Center (NIH, USA) qui se
sont concrétisées par l’organisation d’un cours en ligne, avec le concours de Johns Hopkins University,
USA, pour le séquençage par la méthode commercialisée par Oxford Nanopore Technologie (MinION).
Cette formation a bénéficié à une douzaine de jeunes scientifiques de l’IPT dont deux affiliés au Laboratoire
de Virologie Clinique, ainsi qu’à d’autres scientifiques appartenant à d’autres structures nationales (Centre
de Biotechnologie de Sfax et Centre National de Référence pour les Virus Respiratoires).
A la suite de cette action, notre groupe a reçu le nécessaire afin de contribuer à l’effort institutionnel pour
la surveillance moléculaire du SARS-CoV-2 et ses variants d’intérêt, et ce en collaboration avec le
Laboratoire de Virologie Clinique.
Projet 4 : Contribution dans le projet institutionnel PHINDaccess (Fatma Guerfali, Thouraya Boussofara,
Chiraz Atri, Dhafer Laouini):
Plusieurs membres de notre équipe sont activement impliqués dans la réalisation des objectifs du projet
institutionnel "Strengthening omics data analysis capacities in pathogen-host interaction" (811034- H2020-
EU.4.b). Ils sont particulièrement impliqués dans les workpackages 2 (enseignement et formation), 3
(infrastructure, 4 (excellence scientifique) et 6 (recherche translationnelle).
Projet 5 (Projet indépendant du Groupe 2): Immunogénicité et efficacité du vaccin Lmcen-/- dans le modèle
canin (Elyes Zhioua, Thouraya Boussoffara, Ifhem Chelbi):
Plusieurs groupes suggéraient qu’une infection contrôlée à la leishmanie atténuée, fournissant une gamme
complète d'antigènes du parasite, pourrait constituer une alternative pour le développement d'une immunité
protectrice. Par conséquent, les parasites vivants atténués, non pathogènes, devraient induire la même
immunité protectrice que la leishmanisation et constituer ainsi des vaccins efficaces. Dans ce contexte, des
leishmanies génétiquement atténués, tels que Ldcen-/-(L. donovani déficient en gène de la centrine), se
sont révélés efficaces dans plusieurs modèles animaux et pourraient constitués ainsi un potentiel candidat-
vaccin. Leishmania Centrine est une protéine cytosquelitique se liant au calcium, située dans le centrosome
/ corps basal et est impliquée dans la duplication ou la ségrégation des leishmanies. Cependant, l'utilisation
de L. donovani atténué vivant comme vaccin chez l'homme pourrait soulever des problèmes de sécurité en
raison du potentiel de viscéralisation de cette espèce de Leishmania. Par conséquent, une leishmanie
dermatotrophique atténuée, telle que L. major, conférant une protection croisée contre la LV, pourrait être
un vaccin plus sûr contre la leishmaniose, car les événements indésirables (développement d'une lésion
au site de vaccination, par exemple) seront faciles à surveiller et à traiter au moyen d'interventions topiques.
Notre travail porte sur l’analyse de l’immunogénicité et de l’efficacité du vaccin constitué par le parasite
Leishmania atténué (Lmcen-/-) en utilisant un modèle canin d'infection naturelle par le L. infantum. L'objectif
est de tester l'innocuité et l'efficacité du vaccin LmCen-/-, formulé sous deux formes différentes (avec ou
sans sérum) et produit dans des conditions GLP par notre partenaire Gennova (Inde). Pour ceci nous avons
procédé en deux étapes : 1) Analyse de l’immunogénicité du candidat vaccin et 2) étude de son efficacité
pour la protection contre l’infection naturelle par L.infantum. Nous avons commencé tout d’abord par
optimiser les conditions d’immunisation des chiens (dose, voie d’injection et nécessité de faire ou pas un
rappel). Le système ‘readout’ étant l’analyse de la réponse humorale et cellulaire chez ces chiens
immunisés, en plus des différents paramètres clinique, hématologique et biochimique. Cette étape nous a
permis de déterminer les conditions optimales d’immunisation et de démontré l’immunogénicité du candidat
vaccin. Pour l’étude de l’efficacité du candidat vaccin, des chiens immunisé avec GLP-Lmcen-/-, dans les
conditions optimales, ont été transférés dans un foyer endémique pour l’infection par L.infantum, agent
causal de Lcan, pendant la saison de transmission (Juillet- Octobre). L’exposition à l’infection naturelle a
été faite pendant deux saisons de transmission successives (2019 et 2020) afin de tester la nécessité de
faire un rappel annuel de vaccination. Un examen clinique ainsi qu’une analyse des différents paramètres
(hématologique, biochimique, parasitologique et immunologique) est réalisée à différentes cinétiques post-
challenge.
3- 3ème équipe : Nom du responsable, grade : Mohamed Ridha BARBOUCHE, MD/PhD, Professeur en
Immunologie
Les axes de recherche de l’équipe s’articulent autour de l’étude de situations dysimmunitaires et l’infection avec
un intérêt particulier pour :
Projet 1 : Etude de situations dysimmunitaires par échappement et modulation des réponses immunes
induites par les mycobactéries, biomarqueurs de l’infection et candidats vaccins et SARS CoV-2(Makram
Essafi et collaborateurs ; Chaouki Benabdessalem et collaborateurs).
Nous avons poursuivi la caractérisation des effecteurs immunitaires nécessaires à une réponse immune
robuste contre la tuberculose. Auparavant, nous avons démontré que l'apoptose des macrophages
humains infectés par le BCG est assurée par le facteur FOXO3 (Haoues et al, 2014). Nous avons aussi
démontré que FOXO3 inhibe l'expression de l'IL-10 dans les macrophages infectés par le BCG, favorisant
une réponse immune robuste du type M1/Th1 (Bouzeyen et al, 2019). Nous collaborons avec des
chercheurs Indiens (Projet de recherche Tuniso-Indien financé par le MES) afin d'évaluer l'effet de
l'activation de FOXO3 (utilisant un inhibiteur d'Akt) sur l'efficacité du BCG dans un modèle animal. Nos
résultats ont montré une induction d'une réponse Th1 lorsqu'on active FOXO3 au cours de la vaccination
par le BCG, conduisant à une meilleure protection contre l'infection par la souche sauvage Mycobacterium
tuberculosis (Bouzeyen et al, en révision dans Frontiers in Immunology). Nous continuons à explorer le rôle
de FOXO3 dans l'autophagie, un mécanisme de défense cellulaire contre les infections mycobactériennes,
dans le cadre de notre projet collaboratif avec des collègues de l'Afrique du sud (Projet financé par le
MESRS session 2019). Nous avons prouvé une régulation directe de l'expression de Sesn1 (facteur
autophagique) par FOXO3.
Nous continuons également l'exploration de l'impact de la tuberculose bovine sur la santé humaine dans
le cadre de notre projet PRF finacé par le MESRS.
Par ailleurs, nous avons déposé un brevet d’invention qui consiste à l’identification du fragment
extracellulaire de la protéine kinase B de Mycobacterium tuberculosis(Mtb), que nous avons nommé PPM,
en tant qu’un nouveau immunogène de Mtb et de son utilisation pour des finalités diagnostique et vaccinale.
PPM est un nouveau candidat pour le développement d’un vaccin de post-exposition afin de prévenir la
progression vers la tuberculose active ainsi que pour le développement d’un vaccin thérapeutique. Nos
résultats montrent pour la première fois que PPM est un antigène qui induit des réponses spécifiques
corrélant avec la protection de type CD8 cytotoxique chez l’humain ainsi que des réponses anticorps qui
peuvent inhiber la croissance de Mtb dans un modèle in vitro. De ce fait nous proposons le développent
d’un vaccin de type ARN de post-exposition pour la tuberculose.
L’investigation de la tuberculose ganglionnaire qui est un problème de santé publique en Tunisie avec une
prédominance de la forme cervicale a été poursuivie. Le diagnostic actuel pose un problème puisque les
manifestations cliniques de la lymphadénite cervicale tuberculeuse (LCT) imitent le tableau clinique
d’autres lymphadénites cervicales infectieuses et non infectieuses. Nous nous sommes intéressés à
identifier des biomarqueurs immunologiques potentiels pour améliorer le diagnostic. Les PBMCs de
patients suspects pour la LCT ont été stimulés par des antigènes mycobactériens (PPD, ESAT-6 et HBHA).
Les sécrétions de diverses cytokines et molécules cytotoxiques (Granzyme B, l’IFNγ, l’IL-1β et TNFα) ont
été quantifiées par la technique ELISA puis comparées entre deux groupes de patients (LCT vs LCNT).
Nos résultats préliminaires suggèrent que les marqueurs Granzyme B et IFNγ spécifiques à l’antigène
HBHA peuvent être utiles pour le diagnostic de la LCT Ce programme fait partie des activités du CIC
(Centre d’Investigation Clinique) de l’Institut.
Le développement de tests sérologiques fiables et robustes, pour détecter les anticorps anti-SARS-CoV-2,
est nécessaire pour des études de séroprévalence qui est requis pour mieux lutter contre la pandémie de
COVID-19. Dans le cadre de l’initiative Taskforce COVID19, lancée par le RIIP, nous avons eu un projet
qui consiste dans le développement des tests ELISA pour détecter les anticorps IgG dirigés contre la
nucléoprotéine N et le domaine S-RBD du virus SARS-CoV-2. Dans ce travail, nous avons réussi la
production et la purification d’une forme recombinante de la protéine N dans Escherichia coli ainsi que la
production du domaine S-RBD dans le système baculovirus/cellules d’insectes Sf9 qui ont servi pour le
développement et l’optimisation des tests ELISA. L’analyse par la courbe ROC montre une spécificité et
une sensibilité de 92% et 95% respectivement pour la protéine N et de 93.% et 96% pour le domaine S-
RBD. Nos résultats montrent également que la forte sécrétion des IgG dirigés contre la nucléoprotéine est
associée à la sévérité des symptômes. Par ailleurs, nous avons investigué une éventuelle interférence
entre l’infection par Mycobacterium tuberculosis et la réponse anticorps dirigée contre l’antigène N du
SARS-CoV-2, nos résultats montrent l’absence d’une réactivité croisée. Les tests ELISA développés au
cours de ce travail sont en cours d’être utilisés dans une enquête nationale ainsi que pour une étude
multicentrique de séroprévalence dans neuf pays Africains dans le cadre du projet REPAIR lancé par le
RIIP.
Projet 2 : Etude des dysfonctionnements du système immunitaire liés à une susceptibilité génétique de
l’hôte aux infections, dans des modèles à déterminisme monogénique (Mohamed-Ridha Barbouche, Imen
Ben Mustapha, Meriem Ben Ali, Najla Mekki et collaborateurs):
Investigation des bases immunologiques du syndrome Hyper IgE en Tunisie : Ce syndrome est un déficit
immunitaire primaire rare caractérisé par une triade de signes cliniques incluant des taux très élevés d'IgE
(> 2000 UI/ml), des abcès cutanés dus à des infections récurrentes à Staphylocoque et des pneumonies
récidivantes. Il existe deux formes du syndrome Hyper IgE : une forme autosomique dominante AD-HIES
qui représente plus de 70% des cas, elle est due à des mutations hétérozygotes du gène STAT3 (signal
transducer and activator of transcription3). La forme récessive la plus répandue est quant
à elle due à des mutations du gène PGM3 que notre groupe a contribué à son identification en 2014. Des
anomalies des sous-populations lymphocytaires sont observées avec fréquemment une inversion
CD4/CD8 et notamment une réponse TH1/TH2 déviée vers TH2. Nous avons observé que les patients
PGM3 déficients partagent certains signes cliniques avec les patients déficients en facteur de transcription
STAT3. La protéine STAT3 intervient dans la signalisation via le récepteur de l’interleukine-6 (IL6) dont
l’une des sous-unités (gp130) est hautement glycosylée. Nous avons pu démontrer que le chevauchement
des signes cliniques entre les patients STAT3 déficients et PGM3 déficients est en réalité dû à un défaut
d’expression de la protéine gp-130, le corécepteur de l’IL-6 et de l’IL-27, elle-même impliquée dans la voie
de signalisation de STAT3. Ce qui nous amène à émettre les hypothèses suivantes : 1) L’élévation des IgE
chez les patients PGM3 déficients pourrait être due au défaut de signalisation de l’IL-6 qui entrainerait un
défaut de production de l’IL-21 par les lymphocytes T CD4+ qui aura certainement des conséquences sur
le développement des lymphocytes B et sur la production des Ig-E par défaut de production de l’IL-4 et 2)
Le défaut de signalisation via l’IL-27 chez les patients PGM3 déficients pourrait entraîner un défaut de
phosphorylation de STAT1 qui contrôle la population TH1. Ceci pourrait expliquer la réponse immune
orientée vers un profil TH2 et par conséquences l’augmentation des IgE. Ces hypothèses font partie d’un
travail de thèse.
L’ALPS (Autoimmune Lymphoproliferative syndrome) et le syndrome IPEX (Immune Dysregulation,
Polyendocrinopathy, Enteropathy, X-linked) sont deux déficits immunitaires primitifs bien caractérisés avec
dysregulation immunitaire, considérés comme deux modèles de maladies auto-immunes monogéniques.
Ces deux entités peuvent présenter un chevauchement clinique vu que l'auto-immunité constitue leur
principale manifestation clinique. Le diagnostic différentiel se base classiquement sur l’utilisation de
plusieurs biomarqueurs immunologiques. Dans ce cadre, nous avons rapporté un patient qui présentait des
caractéristiques cliniques et des biomarqueurs répondant aux critères diagnostiques de l'ALPS. Un défaut
apoptotique sévère a également été observé au niveau des lignées cellulaires du patient et des
lymphocytes du sang périphérique activés par la PHA. Le séquençage Sanger du gène FAS n'a révélé
aucune mutation causale. Le screening par technologie NGS a révélé une mutation délétère située au
niveau du domaine N terminal répresseur de FOXP3 et aucune autre mutation n’a été retrouvée au niveau
des gènes impliqués dans la voie FAS. Par ailleurs, les cellules TEMRA (terminally differentiated effector
memory cells re-expressing CD45RA) et l'expression de PD1 étaient augmentées chez le patient, plaidant
en faveur de l'épuisement des cellules T qui pourrait être induit par l'activation effrénée des cellules
effectrices T en raison d'un déficit en Treg. De plus, le déficit en FOXP3 observé chez le patient pourrait
induire intrinsèquement une prolifération accrue et une résistance à l'apoptose au niveau des cellules
effectrices T. Cette observation élargit le spectre des déficits en FOXP3 et souligne le rôle du NGS dans la
détection des mutations qui induisent des phénotypes qui se chevauchent parmi les erreurs innées de
l'immunité avec dysregulation immunitaire. De plus, ces résultats suggèrent un lien potentiel entre les voies
FOXP3 et FAS.
Le déficit immunitaire commun variable est le plus fréquent des déficits immunitaires primitifs de l’adulte. Il
est caractérisé par un défaut de production d’anticorps responsable d’une hypogammaglobulinémie
primitive. Le phénotype clinique est hétérogène mais dominé par un tableau d’infections bactériennes à
répétition le plus souvent des voies aériennes. Des manifestations auto-immunes et lymphoprolifératives
peuvent être associées à ce tableau infectieux. Les symptômes peuvent débuter dans l’enfance ou à l’âge
adulte et le diagnostic est malheureusement souvent retardé d’une dizaine d’années en moyenne. A ce
jour, aucune étude clinique et immuno-génétique approfondie n’a été faite chez les patients tunisiens
atteints de ce déficit. Une telle étude permettra l’établissement d’un diagnostic précoce en vue d’une prise
en charge thérapeutique adaptée. Dans le cadre d’un travail de thèse en cours, nous nous sommes
proposés de : 1) Décrire le profil épidémiologique et clinique des patients Tunisiens atteints de déficit
immunitaire commun variable, 2) Caractériser leur phénotype immunologique et 3) Etudier les bases
moléculaires des patients atteints en fonction des données épidémiologiques et immunologiques en vue
d’établir des corrélations génotype-phénotype.
Le syndrome de Wiskott-Aldrich est un DIP complexe lié à l’X qui se caractérise par une triade de signes
incluant un eczéma, des infections récurrentes et une thrombopénie. Le phénotype clinique est très
hétérogène allant de formes modérées aux formes sévères compliquées de manifestations auto-immunes
et tumorales et nécessitant une prise en charge rapide et adéquate. Les explorations immunologiques de
base (numération formule sanguine, dosage pondéral des immunoglobulines, immunophénotypage
lymphocytaire et tests de prolifération lymphocytaire) qui sont habituellement réalisés en cas de suspicion
de DIP, montrent des signes qui ne sont ni spécifiques ni constants au cours du WAS et ne sont donc pas
suffisantes pour confirmer le diagnostic. Dans le cadre d’un projet de fin d’étude d’Ingénieur, nous avons
optimisé des explorations immuno-génétiques plus spécialisées qui sont l’étude par cytométrie de flux de
l’expression intra-cellulaire de la protéine WASP et l’étude moléculaire de WAS. L’introduction de ces
investigations approfondies dans l’activité de diagnostic de routine au laboratoire de Cyto-Immunologie de
l’Institut Pasteur de Tunis, qui est le seul laboratoire de référence à l’échelle nationale en matière
d’exploration des DIPs, permettra de poser le diagnostic positif de WAS. Ceci a pour but de proposer une
prise en charge rapide et adéquate associée à une approche préventive dans les familles affectées (conseil
génétique et diagnostic prénatal). Nous avons ainsi pu confirmer l’absence d’expression dans 3 cas (P1,
P2 et P3), la présence d’une expression résiduelle dans un cas (P4) et une expression normale chez les
deux restants. L’étude moléculaire du gène WAS nous a permis de confirmer la présence d’une mutation
à type de délétion d’un nucléotide au niveau de l’intron 3-4 (c.360 +1 delG). De façon intéressante, une
substitution touchant ce même nucléotide a été rapporté chez un patient iranien atteint de WAS avec un
phénotype clinique similaire à celui observé chez le patient P1 ici décris. D’autres études fonctionnelles
sont nécessaires afin de confirmer l’effet délétère de cette mutation. L’étude moléculaire des patients
restants est en cours.
Projet 3 : Etude des altérations immunologiques notamment cytokiniques, pouvant être liées au stress
infectieux, et leur contribution à la rupture de la tolérance au soi dans des pathologies auto-
immunes (Melika Ben Ahmed et collaborateurs, Mariem Belghith et collaborateurs):
Dans un travail antérieur du laboratoire, nous avons démontré formellement la présence d’un défaut de la
signalisation Smad-dépendante du TGF-β1 dans les lymphocytes T des patients atteints de LES en phase
active de la maladie. Ce défaut se situe en aval de la transcription des gènes cibles du TGF-β1. De telles
données suggèrent un mécanisme secondaire, éventuellement causé par une activation excessive des
voies inflammatoires en réponse à des facteurs de stress environnementaux. Nous tentons actuellement
de relier cette anomalie à l’activation accrue de la voie Ahr/IL-22 qui semble en effet hyperactivée au cours
du lupus et associée au défaut de la signalisation du TGF-β1 au cours du LES. Cette étude apporterait de
nouveaux éléments qui pourraient contribuer à l’amélioration de la compréhension de la pathogénie du
LES et ouvrir de nouvelles pistes pour avancer les approches thérapeutiques basées jusque-là
essentiellement sur une immunosuppression non spécifique.
Un défaut de régulation de la réponse immune a été également évoqué dans la pathogénie du vitiligo. Le
vitiligo résulte d’une destruction autoimmune des mélanocytes par des lymphocytes T CD8 cytotoxiques.
Dans un travail antérieur, nous avons démontré qu’il n’existe pas de défaut in situ des lymphocytes T
régulateurs, mécanisme clé du maintien de la tolérance immune. Une autre voie importante de régulation
de la réponse immune est la voie PD-1 (Programmed cell death-1). Son implication au cours du vitiligo est
très probable du fait que l’apparition cette pathologie semble être un effet indésirable de l’immunothérapie
anti-PD1 indiqué pour le traitement de certains cancers comme le mélanome. Ceci nous a amené à vérifier
s’il existe un défaut de la voie PD-1 au cours du vitiligo. Pour ce faire, une quantification de l’expression
des ARNm de PD-1 a été réalisée à partir des biopsies de peaux lésionnelle, périlésionnelle et saine de
patients atteints de différentes formes de vitiligo en comparaison avec la peau de patients sains et de
patients atteints d’une autre dermatose, la pelade. L’induction de PD-1 au niveau des cellules
mononucléées du sang périphérique après stimulation à travers le TCR a également été réalisée chez des
patients atteints vitligo en comparaison par rapport à des sujets sains. .Nos résultats montrent l’absence
d’induction de l’expression de PD-1 dans les peaux lésionnelles et périlésionnelles des patients atteints de
vitiligo avec une augmentation significative de FOXP3 dans la peau périlésionnelle des mêmes patients
contrastant avec une expression significative de PD-1 et de FOXP3 au niveau des peaux lésionnelles et
périlésionnelles des patients atteints de pelade. L’étude de l’expression de PD-1 et de FOXP3 in vitro, par
cytométrie en flux, chez deux patients atteints de vitiligo et deux témoins sains a montré que PD-1 est
normalement induit sur les lymphocytes T CD4+ alors qu’il ne l’est pas sur les lymphocytes T CD8+. Nos
résultats montrent un défaut d’induction de PD-1 in vivo et in vitro chez les patients atteints de vitiligo,
intéressant particulièrement les lymphocytes T CD8 impliqués dans la pathogénie de cette maladie. Une
confirmation de ces résultats chez un plus grand nombre de patients est en cours.
Nous avons poursuivi l’étude de la population sécrétrice d’IL10 chez les patients SEP et Neuro-Behçet (NB)
en début d’évolution de la maladie, à la recherche d’un biomarqueur discriminatif. Lors de l’étude de
différents marqueurs transcriptionnels et cytokiniques des cellules régulatrices et effectrices dans le sang
et le liquide céphalo-rachidien des patients, nous avons montré que la différence la plus importante entre
ces deux maladies est l’augmentation significative de l'expression de l'IL-10 chez les patients NB par
rapport aux patients SEP. Nous avons montré que cette cytokine n’est pas produite par les cellules T reg
car aucune corrélation entre l’expression de foxp3 et l’IL-10 n’est apparu. Nous avons mis en évidence
que la population sécrétrice d’IL-10 correspond à une population B reg (B10) dont la fréquence est élevée
dans le LCR et les PBMCs de patients souffrant de Neuro-Behçet.
Mots clés :
Infection/Immunité /Epidémiologie/Leishmaniose/Immunodéficience/Mycobactéries/Auto-immunité.
A côté des 3 axes classiques ci-après détaillés et faisant partie du contrat programme, le laboratoire s’est
impliqué en 2020 et afin de contribuer à la réponse nationale à la pandémie COVID-19 par ses 3 équipes
dans l’épidémiologie, le séquençage de souches et le diagnostic immunologique de l’infection SARS CoV-
2.
L'équipe 1 contribue à l’amélioration des connaissances sur le profil épidémiologique de maladies
transmissibles prioritaires en Tunisie notamment les leishmanioses et les hépatites par la réalisation
d'études épidémiologiques afin de proposer des mesures de contrôle et de prévention efficaces et
appropriées. De plus, elle participe au renforcement du système national de surveillance épidémiologique
par le développement et la mise en place des systèmes d'alerte précoce pour la gestion des maladies
transmissibles à potentiel épidémique telles que la grippe.
L’équipe 2 s’intéresse à trois axes complémentaires essentiels pour la compréhension de la
physiopathologie des leishmanioses à travers l’étude (i) de l’Immunité et corrélats de protection contre
l’infection par Leishmania (L.), (ii) de l’interaction hôte-parasite par des approches génomiques,
transcriptomiques, protéomiques, régulomiques et métabolomiques et (iii) de l’immunobiologie du
phlébotome, vecteur de la leishmaniose.
L’équipe 3 a pour objectif de mieux comprendre le rôle que joue l’interaction hôte-pathogène dans
l’immunopathologie et l’expression clinique des maladies infectieuses et les manifestations
dysimmunitaires qui y sont associées. Cette approche pourrait contribuer à un meilleur contrôle de ces
maladies par le développement de stratégies d’intervention innovantes et plus adaptées en matière d’outils
diagnostic, d’approches vaccinales et d’immunomodulation.
Elles ont été créées en 2011, leur évolution est très satisfaisante comme l’atteste leur production scientifique.
BILAN GLOBAL DES ACTIVITES DE RECHERCHE
1- Nombre total de Publications : 237 (depuis 2011 date de création du LR)
2- Diplômes soutenus : 85
3-Brevets : 4
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Rapport 2020 Institut Pasteur de Tunis

  • 1.
  • 2. Sommaire L’Institut Pasteur de Tunis .......................................................................................... 2 Gouvernance.............................................................................................................. 3 Liste des laboratoires, services, directions et comités en 2020 .................................. 6 Les chiffres clés de l’IPT en 2020............................................................................... 8 Structures de Recherche.......................................................................................... 12 Services d’investigation clinique et de Santé Publique........................................... 109 Production de vaccins et sérums thérapeutiques ................................................... 145 Soutien technique................................................................................................... 161 Soutien logistique ................................................................................................... 189 Comités .................................................................................................................. 207 Administration......................................................................................................... 215
  • 3. L’Institut Pasteur de Tunis Lutter contre les maladies pour la Santé de Tous Statuts, missions, historique Etablissement Publique de Santé, l’IPT est la seule institution tunisienne réunissant les missions de recherche et formation, diagnostic et santé publique, production de vaccins. Intimement liées, elles ont fait de l’IPT une structure de référence dans le domaine de la recherche biomédicale. Depuis l’époque de Charles Nicolle (directeur de l’IPT de 1903 à 1936 et prix Nobel de médecine en 1928) l’IPT occupe une place prépondérante dans l’histoire de la médecine en Tunisie avec d’importantes découvertes dans le domaine des maladies infectieuses, (cycles de transmission de la toxoplasmose, le vecteur du typhus, la leishmaniose viscérale, ainsi que le développement du concept original des infections inapparentes). L’IPT a participé à l’éradication de plusieurs maladies endémiques en Tunisie comme le paludisme, aux campagnes nationales de vaccination et continue de collaborer activement dans les programmes de santé publique. Diagnostic et Santé Publique La mission du département de santé publique de l’IPT tourne autour de deux activités principales. La première comporte la vaccination (plus d’une quinzaine de vaccins), le conseil aux voyageurs ainsi que le traitement antirabique. La seconde activité est destinée aux prélèvements et aux examens biologiques courants et spécialisés. Ces analyses sont réalisées dans les 18 laboratoires de diagnostic et de santé publique de l’IPT. La plupart de ces laboratoires participent à des programmes de santé publique nationaux et internationaux (enquêtes épidémiologiques, suivi des programmes de vaccination et certains sont des laboratoires de références nationaux ou régionaux OMS. Recherche et Formation L’activité de recherche de l’IPT se déroule dans 9 laboratoires. Ces équipes de recherche sont multidisciplinaires (biologistes, hospitalo-universitaires, médecins de la santé publique, vétérinaires) et réunissent plus d’une centaine de cadres scientifiques et plus de 200 étudiants. Nos domaines de recherche : - Épidémiologie des maladies infectieuses ; - Immunologie des maladies infectieuses de l’homme et de l’animal ; - Etude des maladies causées par un déficit génétique et/ou immunitaire ; - Biochimie/immunologie des venins et toxines ; - Développement biotechnologique. Production L’Institut Pasteur de Tunis produit des vaccins et sérums thérapeutiques pour les besoins du pays. Ses locaux de 700 m² sont conformes aux normes internationales de bonnes pratiques de fabrication. C’est la seule unité de ce type à l’échelle nationale. Actuellement, l’Institut Pasteur de Tunis produit du vaccin BCG intradermique, du vaccin BCG frais pour immunothérapie du cancer de la vessie et des sérums thérapeutiques (anti-vipérin, anti-scorpionique et anti-rabique).
  • 5. Le conseil d’administration Ses missions Selon l’article 3 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'Institut Pasteur de Tunis. Le conseil d'administration est investi des pouvoirs les plus étendus pour agir au nom de l'institut conformément à la législation et à la règlementation en vigueur. Il a notamment pour attribution : - La création, suppression et transformation des services médicaux et pharmaceutiques, des laboratoires de recherche, d'analyse, de production et de contrôle et des unités d'enseignement ; - L'organisation des différents services administratifs et techniques de l'institut et l'établissement de son règlement intérieur ; - L'approbation des contrats-programmes et le suivi de leur exécution, conformément à la législation en vigueur ; - La prise des décisions relatives aux emprunts, conformément à la législation en vigueur. - L'approbation, dans le cadre de la règlementation en vigueur, de la passation des marchés par le directeur général. Composition du conseil d’administration Prénom, Nom Affiliation, Représentations Fayçal Ben Salah Président du conseil d'administration/Ministère de la Santé Publique Mohamed Faouzi Kooli Ministère des Finances Ramzi Chnoufi Ministère du Développement Régional et de la Planification Mokhtar El Hammadi Ministère de l'enseignement et de la Recherche Scientifique et des TIC Mohamed Hammami Ministère de l’Enseignement et de la Recherche Scientifique et des TIC Sameh Ben Mbarka Ministère de l'industrie et du commerce Amira El Nechi Ministère de l'Agriculture, des ressources hydrauliques et de la pêche Henda Triki Chef de service Ahlem Amouri Chef de service Nizar Laabidi Chef de service Mehdi M’rad Représentant des médecins Dhafer Laouini Représentant des scientifiques Leïla Barbouche Représentant des pharmaciens Lilia Zribi Représentant des médecins vétérinaires Imen Ferchichi Représentant des ingénieurs Taoufik Jendoubi Représentant du corps para médical
  • 6. Le conseil scientifique Ses missions Selon l’article 10 du décret n°95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financière ainsi que les modalités de fonctionnement de l'institut Pasteur de Tunis. Il est institué un conseil scientifique de l'institut Pasteur de Tunis qui a pour mission de : - donner son avis sur toutes les questions relatives à la politique scientifique de l'établissement, l'organisation, la programmation et le suivi de la recherche, à la production, à l'enseignement et l'encadrement des résidents, des stagiaires et des étudiants. - donner son avis sur les créations, suppressions et regroupements des laboratoires et sur les propositions de candidature pour les bourses d'étude et de stages à caractère scientifique dans les limites des crédits alloués. - donner son avis sur les propositions de conventions et de coopération scientifique avec les établissements et réseaux scientifiques nationaux, maghrébins, étrangers ou internationaux. - répondre à toute demande d'avis scientifique formulée par le ministre de la santé publique ou le conseil d'administration Composition du conseil scientifique élargi* Prénom, Nom Affiliation Hechmi Louzir Institut Pasteur de Tunis (Président du Conseil) Samia Mnif Institut Pasteur de Tunis Helmi Mardassi Institut Pasteur de Tunis Najet Srairi Institut Pasteur de Tunis Makram Essafi Institut Pasteur de Tunis Slimane Ben Miled Institut Pasteur de Tunis Ahlem Amouri Institut Pasteur de Tunis Kais Ghedira Institut Pasteur de Tunis Nizar Laabidi Institut Pasteur de Tunis Amel El Gaied Ministère de l'enseignement et de la recherche scientifique Marc Bonneville Institut Mérieux Ines Fradi Ministère de la Santé Publique Arnaud Fontanet Institut Pasteur Paris Claude Leclerc Institut Pasteur Paris Lilia Messadi Ministère de l'Agriculture des Ressources Hydrauliques et de la Pêche Salem Chouaib Institut Gustave Roussy *Selon l’article 12 du décret n° 95-186 du 23 janvier 1995, le conseil scientifique tient une réunion élargie à l'occasion de la session annuelle d'évaluation des activités scientifiques de l'établissement. A cet effet, le conseil comprendra, outre ses membres prévus à l'article 11 du présent décret, huit autres membres choisis hors de la communauté scientifique de l'institut, reconnus pour leur compétence dans le domaine de la
  • 7. Liste des laboratoires, services, directions et comités en 2020 2019 Services d’investigation clinique et de santé publique LABORATOIRE ET SERVICES RESPONSABLE Laboratoire de Bactériologie Clinique et Hormonologie Imen Kraiem imen.kraiem@pasteur.tn Laboratoire de Biochimie Clinique Afef Bahlous afef.bahlous@pasteur.tn Laboratoire d’Immunologie Clinique Mélika Ben Ahmed melika.benahmed@pasteur.tn Laboratoires de recherche LABORATOIRES DE RECHERCHE RESPONSABLE Microbiologie moléculaire, vaccinologie et développement biotechnologique Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.tn Transmission, contrôle et immunobiologie des infections Ridha Barbouche medridha.barbouche@pasteur.tn Epidémiologie et microbiologie vétérinaire Abdejelil Ghram abdeljelil.ghram@pasteur.tn Epidémiologie moléculaire et pathologie expérimentale appliquée aux maladies infectieuses Ikram Guizani ikram.guizani@pasteur.tn Génomique biomédicale et oncogénétique Sonia Abdelhak sonia.abdelhak@pasteur.tn Parasitologie médicale, biotechnologies et biomolécules Aïda Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.tn Hématologie moléculaire et cellulaire Samia Menif samia.menif@pasteur.tn Molécules Venins et Applications théranostiques Najet Srairi najet.srairi@pasteur.tn Bioinformatique, biomathématiques, biostatistiques Alia Benkahla alia.benkahla@pasteur.tn Virus, Vecteurs et Hôtes Ali Bouattour ali.bouattour@pasteur.tn Laboratoire de Cyto-immunologie Ridha Barbouche Ridha.barbouche@pasteur.tn Laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires Ridha Ben Aissa ridha.benaissa@pasteur.rns Laboratoire de Virologie Clinique Henda Triki henda.triki@pasteur.tn Laboratoire des Mycobactéries Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.tn Laboratoire d’Anatomo-Patologie Humaine et Expérimentale Samir Boubaker medsamir.boubaker@pasteur.tn Laboratoire de Radio-Immunologie Afef Bahlous afef.bahous@pasteur.tn Laboratoire de la Rage Mariem Handous meriem.handous@pasteur.tn Service des Vaccinations Internationales et Anitrabique Samy Khoufi samy.khoufi@pasteur.tn Services des Consultations Externes Radhia Ammi radhia.ammi@pasteur.tn Laboratoire d’Hématologie Samia Mnif samia.mnif@pasteur.tn Laboratoire des Mycoplasmes Boutheina Mardassi boutheina.mardassi@pasteur.tn Laboratoire de Parasitologie Clinique Aïda Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.tn Laboratoire Histologie et Cytologénetique Ahlem Amouri ahlem.amouri@pasteur.tn Laboratoire des Toxines Alimentaires Riadh Kharrat riadh.kharrat@pasteur.tn Laboratoire de Pathologie Animale Abdeljelil Ghram abdeljelil.ghram@pasteur.tn Laboratoire d’Epidémiologie et d’Ecologie Parasitaire Karim Aoun Karim.aoun@pasteur.tn Laboratoire de Médecine Nucléaire Chokri Maktouf chokri.maktouf@pasteur.tn Service d’Epidémologie Médicale Jihène Bettaieb Jihene.bettaieb@pasteur.tn
  • 8. Soutien logistique SERVICE RESPONSABLE Bibliothèque de l’Institut Pasteur de Tunis Habib Karoui habib.karoui@pasteur.tn Unité spécialisé « Comunication, Science et Société » Hichem Ben Hassine hichem.benhassine@pasteur.tn Unité spécialisée « Grants office » Najet Hadhri najet.hadhri@pasteur.tn Unité spécialisée « valorisation et transfert technologique » Oussama Ben Fadhel oussama.benfadhel@pasteur.tn Direction informatique Wassim Ben Salah Wassim.bensalah@pasteur.tn Comités COMITE RESPONSABLE/COORDINATEUR Ethique bio-médicale Samir Boubaker Samir.boubaker@pasteur.tn Qualité Sonia Damak Sonia.damak@pasteur.tn Formation et stages Ali Bouattour Ali.bouattour@pasteur.tn Programmes Collaboratifs Internes Hela Kallel Dhafer.laouini@pasteur.tn Centre Regional de Formation Samir Boubaker Medsamir.boubaker@pasteur.tn Soutien technique SERVICE RESPONSABLE Unités animalières Imen Degrach imen.degrach@pasteur.tn Cytométrie en flux Ridha Barbouche MedRidha.barbouche@pasteur.tn Typage génétique Rym Kéfi rym.kefi@pasteur.tn Direction technique Naceur El Ouni naceur.elouni@pasteur.tn Service de production de milieux de culture et reactifs Ridha Ben Aïssa/Haifa Ben Sedrine Unité d'Ecologie des Systèmes Vectoriels Elyes Zhioua Elyes.Zhioua@pasteur.tn Unité spécialisée Plate-forme Technique Génomique, Protéomique et Imagerie Sinda Zarrouk Sinda.zarrouk@pasteur.tn Administration Administration RESPONSABLE Direction des Ressources humaines Jamel Ben Ammar Jamel.benammar@pasteur.tn Direction Financière et comptable Mahrez Kallel mahrez.kallel@pasteur.tn Direction de l’Approvisionnement Rym Soltani Rym.soltani@pasteur.tn Service du secrétariat permanent de la commission des marchés publics Raja Riahi Hamdi Raja.RiahiHamdi@pasteur.tn Sous-direction commerciale et promotion des activités Amel Abbouz Amel.abbouz@pasteur.tn Sous-direction audit interne Feten Ben Ali Feten.benali@pasteur.tn Service juridique Chadly Tayari Chadli.tayari@pasteur.tn Production de vaccins et sérums thérapeutiques SERVICE RESPONSABLE Direction de la Production Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.tn Service de production du vaccin et Immun BCG Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.tn Service de production des sérums thérapeutiques Sarra Ouahchi Sarra.ouahchi@pasteur.tn Service contrôle de qualité Sana Masmoudi Sana.masmoudi@pasteur.tn Unité de production des plasmas bruts Sana Bachraoui sana.bachraoui@pasteur.tn Service assurance quaité Leila Barbouche Leila.barbouche@pasteur.tn Unité de maintenance Production Hakim Ben Aissa Hakim.benaissa@pasteur.tn
  • 9. Les chiffres clés de l’Institut Pasteur de Tunis en 2020 Ressources humaines Effectif global : 507 Scientifiques : 136 Effectif global : 507, dont 95 contractuels Source : Bilan Social de l’Institut Pasteur de Tunis, 2019 Chiffres comprenant le personnel statutaire et contractuel Publications 164 publications en 2020 Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Projets de recherche
  • 10. Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Etudiants Diplômes soutenus Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Diplômes en cours/Nombre d’étudiants Source : Rapports des laboratoires et services et du Comité Formation et stages de l’Institut Pasteur de Tunis Evénements (organisation ou contribution à l’organisation) 26 45 30 3 1 1 3 106 22 39 25 2 2 1 3 91 10 25 24 10 0 0 7 69 Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de médecine Thèses en médecine vétérinaire Thèses de pharmacie HDR TOTAL 2018 2019 2020 139 26 15 7 0 0 187 125 22 13 9 0 0 169 138 29 13 9 3 1 193 Thèses Mastères PFE/Ingénieurat Thèses de médecine Thèses en médecine vétérinaire Thèses de pharmacie TOTAL 2018 2019 2020
  • 11. Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis Analyses, tests et services réalisés Les analyses, tests et services sont réalisés par les laboratoires d’analyse de l’Institut. Les services sont réalisés majoritairement par les services communs, le service des vaccinations internationales et antirabiques, le service des consultants externes et certains laboratoires d’analyses. Le chiffre d’affaires de l’activité des analyses, diagnostic et de sante publique, s’élève à 6 700 000 en 2020 enregistrant une hausse de 130℅ par rapport aux réalisations de l'année 2019. Le chiffre d’affaires de la vaccination s’élève à 840 000 dinars. Il a enregistré une régression de 68%, en numéraire, par rapport à ce qui a été réalisé au cours de l'année 2019 (suite aux restrictions des voyages à l'échelle internationale). Source : Rapports des services diagnostic et de santé publique, de soutien technique et de la direction financière de l’Institut Pasteur de Tunis Nombre de doses vendues par l’unité de production de vaccins et sérums Le chiffres d’affaires s’élève à 928 700 dinars avec une diminution de 53% par rapport à ce qui a été enregistré en 2019. Source : Rapports de la direction de la production de vaccins et sérums thérapeutiques et de la direction financière et comptable 14 14 24 16 68 10 17 15 18 60 5 4 25 10 44 Manifestations scientifiques (colloque, congrès) Cours et ateliers pratiques Séminaires de formation (conférences, journées d'information) Culture scientifique et ouverture sur l'environnement TOTAL 2018 2019 2020 7253 1761 7500 50438 11429 78381 6561 2092 190 51985 13058 73886 7863 840 2020 32416 14004 57143 Sérums antiscorpionique Sérums antivipérins Sérums antirabique Vaccin BCG Immun BCG TOTAL 2017 2018 2019
  • 12. Autres chiffres 46 conférences données par les scientifiques de l’Institut Pasteur en Tunisie et à l’étranger 86 vacations et cours rémunérés 87 analyses et tests nouvellement introduits 5 brevets déposés ou reconduits 76 participations à des jurys pour l’obtention de diplômes en Tunisie et à l’étranger 50 participations à des commissions nationales et internationales 36 communications orales ou affichées (dont 31 internationales) 68 formations continues (dont 15 à l’étranger) Source : Rapports des laboratoires et services de l’Institut Pasteur de Tunis
  • 14. Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique Composition de l’équipe : Nom, Prénom Position/Fonction Affiliation Mardassi Helmi Biologiste Principal, chef du laboratoire IPT Kallel Héla Biologiste Principal, chef de groupe IPT Bahloul Chokri Biologiste Principal, chef de groupe IPT Mardassi Ben Abdelmoumen Boutheina Biologiste Principale/Chef de l’Unité des Mycoplasmes IPT Ben Younes Abdelhak Professeur en médecine Vétérinaire IRVT/ENMV* Aicha Elloumi Kallel Maitres de conférences Hôpital La Rabta Rourou Samia Biologiste adjoint IPT Znaidi Sadri Biologiste adjoint IPT Trabelsi Khaled Ingénieur en chef IPT Mohamed Boumaiza Post-Doctorale (HK) IPT Wafa Mihoubi Post-Doctorale (HK) IPT Meftahi Nedra Stagiaire Post-Doctorale (HM) Université Tunis El Manar Dekhil Neira Stagiaire Post-Doctorale (HM) Université Tunis El Manar Elhem Yacoub Stagiaire Post-Doctorale Bénévole (BM) Université Tunis El Manar Ammi Radhia Médecin de la santé publique IPT Béhija Mlik Technienne supérieure surveillante IPT Nadine Khathraoui Technicienne supérieure IPT Ines Akrouti Technicienne supérieure IPT Meriem Ben Zakour Technicienne supérieure (sur projet de recherche) IPT Amani chaabane Technicienne supérieure (sur projet de recherche) IPT Besma Mhenni Technicienne supérieure surveillante IPT Saloua Ben Fredj Technicienne supérieure IPT Soumaya Mannai Secrétaire Administrative Contractuelle IPT Maherzia Lahmar Ouvrière IPT Lobna Belghuil Ouvrière IPT Maher Bouraoui Ouvrier IPT Laouini Elhem Ouvrier IPT Mohamed Amine Skhairia Etudiant en Thèse es Sciences (HM) Université Tunis El Manar Rim Gharbi Etudiante en Thèse es Sciences (HM) Université Tunis El Manar Gnaien Mayssa Etudiant en Thèse (SZ) Faculté des Sciences de Tunis Rebai Yasmine Etudiant en Thèse (SZ) Faculté des Sciences de Tunis Imen Chniba Etudiante en Thèse es Sciences (BM) Université Tunis El Manar Sassi Mahfoudh Nessrine Etudiante en Thèse es Sciences (BM) Université Tunis El Manar Rahali Nadia Etudiante en Thèse es Sciences (CB) Université Tunis El Manar Kalthoum Sana Etudiante en Thèse es Sciences (CB) Faculté des Sciences de Tunis Askri Hana Etudiante en Thèse es Sciences (HK) Université Tunis El Manar
  • 15. Iheb Boukari Etudiante en Thèse es Sciences (HK) Université Tunis El Manar Zeineb Choucha Etudiante en Thèse es Sciences (HK) Université Tunis El Manar Ikram Ben Marzouk Mastère de recherche (SR) Université Tunis El Manar Amira Hammami Etudiante en Mastère (BM) Université Tunis El Manar Rahma Belhédi Etudiante en Mastère (BM) Université Tunis El Manar Nasri Amina Etudiant en Mastère (CB) Faculté des sciences de Bizerte Yasmine Najar Etudiante en PFE (BM) ESSTST Sarra Abassi Etudiante en PFE (BM) ESSTST Ons Ailaoui Etudiante en PFE (BM) ESSTST Arij Bouzaiene Etudiante en PFE (BM) ESSTST Présentation du laboratoire et réalisations en 2020 Le Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie et Développement Biotechnologique (MMVDB) fut renouvelé, après son évaluation par le CNEAR, pour un troisième mandat 2020-2023. Les activités de recherche sont structurées en cinq projets conduits par cinq groupes de recherche : 1. Groupe de Microbiologie moléculaire conduit par le Pr Helmi Mardassi 2. Groupe des Mycoplasmes conduit par la Pr Boutheina Mardassi 3. Groupe de Candida conduit par Dr Sadri Zneidi 4. Groupe de Vaccinologie et Veille Sanitaire conduit par le Pr Chokri Bahloul 5. Groupe de Développement Biotechnologique conduit par la Pr Héla Kallel Thématiques principales de recherche A travers son groupe de microbiologie moléculaire, le MMVDB vise à établir la structure populationnelle, ainsi que l’exploration de la structure génomique des isolats cliniques : bacilles tuberculeux et mycobactéries atypiques, mycoplasmes de l’homme et des animaux, et les champignons pathogènes. Le séquençage du génome entier de ces pathogens modèles permettra d’identifier les déterminants génétiques conférant à chaque lignée un pouvoir pathogène particulier et à comprendre la persistence et la dissemination de certains clones au fil du temps. D’autre part, le décryptage de la structure génomique des souches locales aidera à déceler de nouveaux biomarqueurs, ou de nouvelles cibles thérapeutiques afin d’améliorer le diagnostic et le traitement des infections. Quant au groupe, vaccinologie et veille sanitaire, il travaille sur l'établissement d'une veille épidémiologique et sanitaire contre plusieurs pathologies virales animales et d’autres à potentiel zoonotique, et s'implique à les combattre dans leurs régions d'endémicité afin d'empêcher leurs diffusions aux régions autrement indemnes. Enfin le groupe sur le développement biotechnologique vise le développement d’approches novatrices pour la culture de cellules de mammifères, de bactéries et de levures, et œuvre à développer de nouveaux vaccins, soit par approche classique, soit par génie génétique. Résumé des résultats et des activités réalisées en 2020 1 Groupe de la tuberculose et des mycobactéries − Expansion réussie de la sous-lignée de Mycobacterium tuberculosis (M. tb) L4.3/LAM (Latin Amecrican Mediterrenean) grâce à un seul complexe clonal En Tunisie, L4.3/LAM est la sous-lignée la plus répandue, représentant plus de 37% de tous les cas de tuberculose (TB). Au sein de cette sous-lignée, le génotype LAM9 s'est avéré le plus courant. Au Maroc, pays voisin du Maghreb, L4.3/LAM a encore plus de succès, représentant près de 50 % de la population de M. tuberculosis. Par conséquent, il est possible de spéculer que L4.3/LAM est particulièrement adapté aux Maghrébins. Afin de mieux comprendre la base moléculaire qui contribue au succès relatif de ce génotype en Tunisie, nous avons procédé à un typage moléculaire MIRU- VNTR de 252 souches et le séquençage de 31 génomes isolées dans les trois régions Tunis, Bizerte et Zaghouan. L’approche Bayésienne implémentée dans le logiciel « STRUCTURE »a permis de
  • 16. découvrir deux entités bien différenciées(65.07% vs 34.92%) : une sous-population très répandue constituée d'un seul Complexe Clonal (TUN4.3_CC1) ; et une seconde sous-population, beaucoup moins répandue, principalement représentée par TUN4.3_CC2. Les analyses phylogénétiques basées sur MIRU-VNTR ont en outre confirmé la séparation génétique claire entre les deux principaux CC (FST= 0,56).TUN4.3_CC1 est clairement en pleine expansion en Tunisie, représentant 61,5% de la sous-lignée L4.3/LAM. La très faible proportion de résistance aux médicaments parmi les isolats de ce CC est indicative de leur capacité intrinsèque à se propager avec succès dans la population hôte. Les analyses génomiques ont montré que ce dernier présentait une richesse allélique moyenne plus élevée que TUN4.3_CC2, indiquant une évolution plus ancienne. Conformément à son expansion réussie, les souches du TUN4.3_CC1 ont présenté une distance génétique moyenne par paire réduite entre les génomes. Les analyses WGS ont aussi confirmé la différenciation claire entre les deux principaux CC, et ce résultat est cohérent avec le fait qu'ils peuvent être séparés en fonction d’une délétion dans la région RD115 (une caractéristique de L4.3/LAM qui s'est étendue à l'échelle mondiale à travers les migrations coloniales européennes). Ce travail est aussi complété par une analyse de croissance In Vitro de deux souches représentatives des deux CCs. Les résultats préliminaires ont montré une croissance plus rapide de la souche du TUN4.3_CC1 par rapport à celle du TUN4.3_CC2. − Génomique comparative des souches épidémique MDR de la région de Bizerte Un total de 74 souches MDR (Multi Drug Resistant) provenant de la région de Bizerte ont été assujetties à un séquençage génomique (Resequencing, HiSeq). L’analyse de génomique comparative entre les isolats de patients ayant un lien épidémiologique évident a montré un nombre important de SNPs(Single NucleotidePolymorphism) de différence, pouvant aller jusqu’à 12 SNPs. Cette différence est considérée élevée pour un clone possédant le même profil MIRU, comparée à d’autres souches épidémiques. Ceci nous laisse suggérer que ce dernier a la capacité de d’acquérir très rapidement des mutations, facilitant son adaptation dans la population tunisienne. 2. Groupe Mycoplasmes Dotés d’une nature distinctive du règne des bactéries au sein de l’empire des procaryotes, les mycoplasmes accostent chez leurs hôtes en mode de parasitisme et opportunisme. Ils sont ubiquitaires, commensaux, ou pathogènes. La plupart sont hôte-spécifiques et sont associés à des infections chroniques et atypiques, aussi bien chez les animaux que chez l’homme. Chez les animaux de rente, les mycoplasmoses engendrent des pertes économiques considérables. Chez l’homme, elles se traduisent par l’atteinte des voies respiratoires et urogénitales. Des travaux réalisés par notre groupe ont démontré l’association de ces bactéries à des problèmes de stérilité, à l’émergence de l’antibiorésistance et au cancer génital chez l’homme. A tous cela, s’ajoutent la dissémination clonale des souches cliniques et le changement du tropisme d’hôte. Dans le souci de mettre à nu l’importance clinique et économique de ces microorganismes et établir la génétique des souches circulantes en Tunisie, différents aspects ont été étudiés : - Pathogénomique de Mycoplasma hominis associé à l’infertilité Safa Boujemaa, Amina Ben Alaya, Béhija Mlik and Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi*An expanded Multilocus Sequence Typing scheme (eMLST) for Mycoplasma hominis Tunisian isolates reveals two population clusters associated with clinical manifestations.Scientific Reports (Octobre 2018) 8 :14854. L’étude phylogénétique a démontré l’appartenance des souches tunisiennes de M. hominis à deux clones distincts. Un clone est associé à l’infertilité et le second est lié aux infections gynécologiques. L’étude de leur sensibilité aux antibiotiques a révélé une résistance élevée des souches responsables d’infertilité à la tétracycline. L’étude de la prévalence et de la distribution des 14 serotypes d’Ureaplasma spp au sein de la population tunisienne a montré l’implication d’Ureaplasma parvum avec le serotype 3 dans l’infertilité du couple. L’analyse de leur sensibilité aux antibiotiques a révélé un taux élevé de souches multi résistantes. Cette multi résistance est plus fréquente chez les souches d’Ureaplasma urealyticum.La détermination de données relatives à leurs structures génomiques et aux facteurs responsables de leur évolution clonale et adaptation pour enclencher des manifestations cliniques particulières constitue nos objectifs prioritaires. - Etude d’une Potentielle Association entre les Mycoplasmes Urogenitaux et le Cancer de la Prostate. Osama Mohammed Saed Abdul-Wahab1, Mishari H. Al-Shyarba2 3, Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi3, Nessrine Sassi3, Majed Saad Shaya Al Fayi4, Hassan Hotifi5 4, Abdullah Hassan Al
  • 17. Murea6, Béhija Mlik3, Elhem Yacoub* Molecular Detection of urogenital Mollicutes in Prostate Cancer Tissues. Infectious Agents and Cancer 16(6):1-11(2020)DOI:10.1186/s13027-021-00344- 9. L’implication de certains microorganismes, notamment les mycoplasmes, dans le cancer, d’une façon générale et l’inflammation chronique qui l’accompagne demeure mal définie. Dans un projet de collaboration avec l’Arabie Saoudite, nous avons travaillé sur la mise en évidence d’une relation potentielle entre les mycoplasmes urogénitaux et le cancer de la prostate chez des patients de la région de Aseer au sud-ouest de l’Arabie Saoudite. Par amplification par PCR des gènes spécifiques codant pour des antigènes de surface spécifiques de chacune des espèces des Mycoplasmes d’intérêt, nous sommes parvenus à identifier Ureaplasma urealyticumetUreaplasma parvum. S’il s’avérait que l’infection par U. parvumet par U. urealyticum est un, parmi les facteurs prédisposant au CP, la détection de ces espèces pourrait orienter le diagnostic et par conséquent faciliter la prévention et le traitement. - Typage Moléculaire et Susceptibilité Antibactérienne de Mycoplasma gallisepticum Imen Chniba, Safa Boujemaa, Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi* Clonal dissemination of antibiotic resistance among Tunisian Mycoplasma gallisepticum isolates as revealed by gene-targeted sequencing analyses. Avian Diseases, 65(1):102-112 (2020). https://doi.org/10.1637/aviandiseases-D-20-00080R1 Mycoplasma gallisepticumest responsable d’une maladie respiratoire chronique chez la poule, de la sinusite infectieuse chez la dinde et de la chute des performances chez les deux espèces. Dix huit isolats locaux ont fait l’objet d’une exploration génétique par la méthode eMLST. L’analyse des séquences de ces gènes a permis de distinguer les souches locales en 5 eSTs (expanded sequence type) eST1, eST2, eST3, eST4 et eST5. L’eST1 s’avère le plus dominant, puisqu’il renferme 8/18 isolats. L’étude de la susceptibilité antibactérienne des 18 souches de M. gallisepticum a révélé qu’elles sont toutes sensibles à l’aivlosine, alors que la tylosine présente moins d’efficacité vue la résistance totale et intermédiare de 4 et 8 isolats, respectivement. Tous les isolats sont sensibles à la famille des tétracyclines représentée par la doxycycline et l’oxytetracycline. Cette efficacité est retrouvée également avec la tiamuline appartenant à la classe de pleuromutiline. L’exploration d’une éventuelle relation entre un profil génétique déterminé et une susceptibilité antibactérienne chez les isolats de M. gallisepticum nous a montré une résistance élevée à l’enrofloxacine et à la spiramycine de la totalité du groupe eST1. Un tel résultat nous incite à explorer d’avantage cette relation et à remonter à la source de dissémination de ce groupe. 3. Groupe Candida (Mycologie Moléculaire) En 2020, les activités autour de la thématique de la mycologie moléculaire se sont principalement axées sur trois volets : i) le typage et phénotypage d’isolats cliniques de Candida albicans colonisant les voies respiratoires de patients atteints de mucoviscidose ; ii) l’étude des réseaux biologiques qui contrôlent le pouvoir commensal et pathogène de C. albicans et iii) l’identification d’approches thérapeutiques contre les champignons du genre Candida, notamment celles axées sur l’utilisation des bactéries probiotiques. Dans le cadre du premier volet, le laboratoire LR16IPT01 a obtenu deux soutiens financiers, notamment une bourse doctorale d’alternance du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique (MESRS), ainsi qu’une bourse doctorale du Réseau International des Instituts Pasteur (Bourses Calmette & Yersin). Ces soutiens financiers serviront à l’avancement d’une thèse de doctorat intitulée «Étude des déterminants phénotypiques et moléculaires responsables de la colonisation chronique par Candida albicans des voies respiratoires de patients atteints de mucoviscidose», en collaboration avec l’Unité Biologie et Pathogénicité Fongiques à l’Institut Pasteur à Paris. Par ailleurs, le financement par les Programmes d’Encouragement des Jeunes Chercheurs (N°19PEJC06-02) des volets traitant de l’étude des réseaux biologiques du pouvoir commensal et pathogène de C. albicanset des approches thérapeutiques a permis l’étude d’un sujet de thèse doctorale dont le titre s’intitule « Étude des mécanismes d’adaptation du pathobionteCandida albicans à l’environnement de l’hôte ». A ce stade, nous avons déterminé le profil d’inhibition de C. albicans par la souche probiotique E. coliNissle 1917. D’autre part, nous avons établi une collaboration avec l’équipe du Pr. Kalthoum Kallel (Hôpital la Rabta, UR17SP03), afin de caractériser les génotypes et étudier les mécanismes de transmission potentiels de l’agent majeur responsable des microsporidioses intestinales, Enterocytozoonbieneusi. Les microsporidioses sont des maladies émergentes, provoquant une diarrhée chronique et un syndrome de dépérissement sévère chez les patients immunodéprimés. L'épidémiologie moléculaire et les voies de transmission des infections à E. bieneusi font l'objet de recherches approfondies, surtout en Tunisie où le nombre de cas est en
  • 18. augmentation. Nous avons identifié une forte prévalence d'un génotype rarement détecté chez E. bieneusi, appelé WL12, parmi les patients immunodéprimés positifs à E. bieneusi, qui sont hospitalisés au complexe hospitalier de BabSaadoun (La Rabta, Institut Salah Azaiez, Hôpital d’Enfants Béchir Hamza et au Centre National de Greffe de la Moelle Osseuse). Le génotype WL12 a été rapporté auparavant chez les animaux sauvages ainsi que dans des échantillons d'eaux usées, ce qui suggère une potentielle transmission zoonotique ou à partir de l’environnement. Cette étude codirigée par les Drs. Sadri Znaidi (LR16IPT01) et Kalthoum Kallel (UR17SP03) a été soumise pour publication dans le journal Journal of Fungi (Facteur d’Impact 5.82). Nos analyses phylogéniques ont permis de cartographier le génotype de toutes les souches d’E. bieneusi qui infectent notre population de patients et suggèrent une source commune de transmission du génotype WL12, soulignant la nécessité de mener une enquête épidémiologique plus large. Ce projet collaboratif d’intérêt majeur pour la santé publique en Tunisie va être soutenu par nos deux laboratoires, en sollicitant des opportunités de financement en 2021 par les organismes nationaux et internationaux. 4. Groupe Vaccinologie - Mise au point d’un vaccin à base d’ADN contre le Covid-19 Avec l'émergence mondiale du Covid19, les scientifiques du monde entier se sont lancés dans une course effrénée pour le développement d’un vaccin efficace. Les premières autorisations pour l’usage humain de ces vaccins ont été issues au mois de décembre 2020. De notre part, depuis le début du mois d'avril 2020, nous avons commencé à développer différents candidats vaccins à base d'ADN contre le Covid-19. Nous avons construit, séquencé, purifié et établi des banques primaires de plusieurs constructions qui codent pour l’intégralité ou une sous unité de la «Spike» du SARS-Cov2 ou pour la nucléocapside ou des constructions bicistroniques des deux valences à la fois. Nous avons commencé par explorer nos différents candidats vaccins à base d'ADN dans le modèle Balb/C. Cinq souris par groupe ont été administrées à chaque fois 100 µg du plasmide correspondant et des prélèvements de sangs ont été effectués aux jours 14, 28 et 90 après l'immunisation. Les résultats des tests ELISA (tapissage avec l'ectodomaine de la protéine recombinante Spike du SRAS Cov-2, produite sur un système Bacculovirus) montrent que jusqu'à J28, la quasi-totalité des groupes n'a pas montré des titres d'anticorps supérieurs à celui du groupe PBS. A J90, nous avons constaté une augmentation significative des titres en anticorps des souris administrées de nos différentes constructions plasmidiques comparativement aux souris administrées du PBS. L'augmentation est quasiment la même lorsque la valence Covid-19 est IRES ou Cap dépendante. Les plasmides qui codent pour le RBD ou la S1, semble être plus efficaces que ceux qui codent pour l’intégralité de la « Spike ». En plus, la fusion du domaine transmembranaire en particulier avec la construction codant pour la RBD semble pouvoir améliorer les réponses immunitaires humorales. Compte tenu des résultats obtenus avec le modèle murin, nous avons adapté l'approche aux lapins avec les différentes constructions. Des prélèvements de sangs ont été effectués aux jours 0, 14, 28, 50,90et 180. Les titrages des anticorps contre le SRAS Cov-2 ont été réalisés par ELISA soit après un tapissage avec l’ectodomaine de la Spike recombinante produite sur un système Bacculovirus, soit avec la Nucleocapsid recombinante produite dans un système procaryote. Ainsi, des faibles taux d'anticorps ont été induits dans tous les groupes jusqu'à J50. Semblable à ce que nous avons obtenu dans le modèle murin, nous devons attendre J90 pour avoir des réponses immunitaires humorales plus élevées. Par conséquent, les souris des groupes 1 (deux doses de 100 µg du pCMV3ISS-S), 2 (une seule dose de 200 µg du pCMV3ISS-S), 3 (deux doses de 400 µg du pCMV3ISS-S), 5 (une dose de 200 µg de pCMV3ISS-S1-TM-IC), 7 (une dose de 200 ug de pCMV3ISS-RBD-TM-IC) et 10 (une dose de 200 µg de pCMV3ISS-S1-IRES-N), ont montré des titres satisfaisants. Parmi eux, des lapins du groupe 10, à qui on a administré une construction multivalente, ont également induit des titres satisfaisants contre la nucléocapside recombinante, même si son expression est IRES dépendante. De plus, 6 mois après la vaccination, il y a toujours une augmentation régulière des réponses immunitaires humorales chez les lapins des groupes 1, 7 et 10. 5. Groupe Développement Biotechnologique - Production de la protéine spike RBD (Receptor Binding Domain) du SARS cov2 par le système baculovirus/cellules d’insectes (SF9) (Mohamed Boumaiza, Khaled Trabelsi, Amani Chaabane, Mariem Ben Zakour, Ines Akrouti, Samia Rourou) Nous avons réussi à produire la protéine spike RBD du SARS cov2 en utilisant le système Baculovirus/cellules d’insectes. Le plasmide a été obtenu de l’Institut Pasteur de Hong Kong. La
  • 19. protéine a été utilisée à échelle nationale (enquête nationale) et internationale (au sein du réseau des instituts Pasteur). - Développement d’une pIateforme à base d’adénovirus non répIicatif pour Ia production de vaccins aviaires Ce projet a été démarré depuis Décembre 2017 pour une durée de 30 mois (avec une extension de 6 mois). Il est mené en collaboration avec le Département de Bioprocédés de l’Université de McGill (Montréal, Canada) et le National Veterinary Institute (NVI, Ethiopie). Il a reçu un financement de la part du Centre de Recherche pour le Développement International (Montréal, Canada) suite à l’appel à propositions intitulé « Global Call for Research Proposals : Innovations to improve livestock vaccines ». L’objectif de ce projet est de développer un vaccin contre la maladie du virus de Newcastle en utilisant un adénovirus non réplicatif comme vecteur. Le procédé mis au point a le potentiel d’être exploité comme une plateforme pour développer d’autres vaccins. L’approbation de cette technologie pour usage humain suite à l’épidémie SARS-COV 2 a ouvert les portes devant la technologie adénovirus non réplicatifs. Au cours de ce projet, différents antigènes du virus ont été testés, en l’occurrence les antigènes de surface F et HN. Divers promoteurs ont été évalués et le CMV a été sélectionné. Nous avons tout d’abord étudié les différents adénovirus recombinants chez les souris (IPT) puis chez les volailles (NVI). Ces études ont permis de conclure que les adénovirus recombinants contenant les antigènes F sont les plus immunogènes. Ces vecteurs étaient plus immunogènes que le vecteur bicistronique contenant les gènes des protéines F & HN. Par la suite, le procédé de production de la protéine F-NDV par les cellules HEK293 a été optimisé en flacon agité (erlenmeyer) puis en bioréacteur. Nous avons étudié les paramètres suivants : milieu de culture, MOI, densité cellulaire à l’infection et stratégie de boost. La phase downstream a été également concernée. Les paramètres optimisés seront par le site utilisé pour produire des vaccins expérimentaux pour les études pré-cliniques (sur poules). Un transfert de technologie à l’IVI a été également proposé comme deuxième phase de ce projet. - Evaluation de la permittivité virale (virus rabique et virus de blue tongue) des cellules Vero adaptées à la culture en suspension Au cours des travaux antérieurs, nous avons développé un milieu sans produit d’origine animale (IPT- AFM) pour la culture de cellules Vero en bioréacteur agité et la production du virus rabique. Ceci a permis d’éviter l’utilisation du sérum et de la trypsine, produits d’origine animale qui peuvent être source de contamination par des agents adventices.Nous avons par la suite réussi à obtenir les cellules VeroS issues de l’adaptation des cellules Vero (ancrage dépendantes) à la culture en suspension. Au cours de ce travail, on s’est intéressé à l’optimisation des conditions de production des virus rabique (souche LP2061) et de blue tongue, sérotype 4 par les cellules VeroS dans le milieu IPT-AFM et autres milieux commerciaux. Les résultats obtenus montrent que le titre maximal du virus rabique était de l’ordre de 107FFU/ml (3 jours post-infection). Quand au virus de blue tongue, des études préliminaires ont permis d’atteindre un titre prometteur, soit : 107 TCDI50/mL (après 5 jours d’infection). Il est donc important de veiller à la caractérisation et la valorisation de la lignée VeroS ainsi établie. - Mise au point d’un vaccin multivalent contre le virus de la fièvre catarrhale ovine Ce projet rentre dans le cadre de notre participation au projet européen PALE-Blu financé par la communauté Européenne dans le cadre de l’appel à propositions H2020. Dans ce cadre, nous contribuons au WP « développement de vaccin contre la fièvre catarrhale ovine », nous travaillons sur la mise au point d’un vaccin multivalent contre les sérotypes 1, 4 & 8 du virus de la fièvre catarrhale ovine isolés en Tunisie. Le virus de la fièvre catarrhale ovine appartient du genre Orbivirus de la famille des Reoviridae, c’est un virus segmenté à ARN double brin, le génome code pour 10 protéines structurales et 4 protéines non structurales. La protéine VP2 est responsable de la synthèse des anticorps neutralisants chez l’hôte. Notre approche consiste à exprimer une protéine chimérique composée de fragments de la protéine VP2 contenant les épitopes neutralisants de chaque sérotype chez la levure Pichia pastoris. Le vecteur recombinant PICZ A a été construit puis linéarisé pour transformer la souche Pichia Pastoris KM71H. Plusieurs clones recombinants ont été sélectionnés, l’insertion de la cassette d’expression a été vérifiée par PCR et séquençage. L’analyse des surnageants de culture des différents clones réalisées en plaque multi-puits sur milieu BMGY puis BMMY, par dot-blot et Western blot, en utilisant des anticorps polyclonaux générés par l’équipe du Pr. Peter Mertens (Université de Nottingham), a montré une réponse par dot blot. Nous sommes en
  • 20. train d’optimiser les conditions de production pour passer aux essais pré-cliniques en collaboration avec l’IRVT. - Amélioration du procédé de production d’un vaccin antirabique à usage humain Au sein de notre laboratoire nous avons déjà mis au point un procédé (upstream et downstream) pour la production d’un vaccin antirabique à usage humain par culture de cellules Vero sur micorsupports en bioréacteur agité dans des conditions ne contenant pas de produits d’origine animale. Pour améliorer la stabilité du vaccin et optimiser la lyophilisation du produit en termes d’humidité résiduelle et temps de dissolution, nous avons bénéficié d’un financement de la part du DMDI (Division of Microbiology &Infection Diseases, NIAID, NIH, USA). Pour cela, nous avons fournit l’antigène antirabique (virus inactivé) purifié à nos partenaires américains afin de définir une formulation du produit optimale. Ainsi une formulation simple du vaccin a été identifiée. Nous avons aussi démarré des travaux pour améliorer le procédé de purification du virus de la rage produit sur cellules Vero. Notre objectif est de trouver une alternative à la purification du virus sur gradient de saccharose par ultracentrifugation continue. En effet cette méthode présente plusieurs inconvénients, notamment sa complexité, une difficulté de mise en œuvre et de standardisation. Pour cela, nous avons évalué de nouveaux supports chromatographiques, il s’agit de membranes monolithiques qui permettent de travailler à un débit élevé et de nouveaux supports de chromatographie d’exclusion. Une société Turque est intéressée par ce vaccin (transfert technologique planifié). - Développement de biosimilaires Deux projets de développement de biosimilaires ont été démarrés au sein de notre groupe Le premier projet a pour objectif de développer une forme recombinante de la gonadotrophine chorionique humaine. Ce projet a été sélectionné pour financement par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et la Recherche Scientifique, MESRS dans e cadre de valorisation des résultats de recherche, VRR. Il est réalisé en partenariat avec les Laboratoires MediS, une entreprise pharmaceutique locale. Le clonage a été réalisé avec succès et la partie transfection/sélection clonale est en cours de réalisation. Une collaboration avec l’université d’Osaka, Japan est également planifiée. Le second projet, également financé par le MESRS dans le cadre de l’appel à projet PAQ-Collabora. Le programme PAQ-Collabora est un nouveau programme pilote lancé par le MERS pour financer selon un mécanisme compétitif des projets collaboratifs au sein des technopoles. Notre projet a pour objectif de développer des clones recombinants de cellules CHO exprimant un anticorps monoclonal biosimilaire pour le traitement des maladies inflammatoires chroniques. Le consortium du projet est composé des laboratoires TERIAK et de Biotechpole Sidi Thabet, en plus de l’Institut Pasteur de Tunis. Le clonage a été réalisé avec succès et la partie transfection/sélection clonale est en cours de réalisation. Publications Hernandez-Cervantes, A., Znaidi, S., van Wijlick, L., Denega, I., Basso, V., Ropars, J., Sertour, N., Sullivan, D., Moran, G., Basmaciyan, L., Bon, F., Dalle, F., Bougnoux, M-E., Boekhout, T., Yang, Y., Li, Z., Bachellier-Bassi, S. and d'Enfert, C. (2020) A conserved regulator controls asexual sporulation in the fungal pathogen Candida albicans. Nature Communications, 11(1):6224.a Delarze, E., Brandt, L., Trachsel, E., Patxot, M., Pralong, C., Maranzano, F., Chauvel, M., Legrand, M., Znaidi, S., Bougnoux, M-E., d'Enfert, C. and Sanglard, D. (2020) Identification and characterization of mediators of fluconazole tolerance in Candida albicans. Frontiers in Microbiology, 11:591140. Znaidi, S. (2020) mSphere of Influence: Decoding transcriptional regulatory networks to illuminate the mechanisms of microbial pathogenicity. mSphere, Volume 5 Issue 1 e00917-19. Ghedira, K., Kouidhi, S., Hamdi, Y., Othman, H., Kechaou, S., Znaidi, S., Sghaier, H. and Rabhi, I. (2020) Pathway Maps of Orphan and Complex Diseases Using an Integrative Computational Approach. BioMed Research International, 2020:4280467. Safa Boujemaa,1 Béhija Mlik,1 Helmi Mardassi,2 Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi1ClonalSpreadTetracyclineResistanceAmong Mycoplasmahominis ClinicalStrains, Tunisia2 July 2020 Volume 2020:13 Pages 2093—2097.Infection and Drug Resistance.DOI https://doi.org/10.2147/IDR.S249630; https://doi.org/10.1186/s13756-020-0681 Imen Chniba, Safa Boujemaa, Boutheina Ben AbdelmoumenMardassi* Clonal dissemination of antibiotic resistance among Tunisian Mycoplasma gallisepticum isolates as revealed by gene-
  • 21. targeted sequencing analyses.Avian DiseasesOctober 2020. httpss://doi.org/10.1637/aviandiseases- D-20-00080R1 Boujema S, Mlik B, Ben Allaya A, Mardassi H, Ben Abdelmoumen Mardassi B. Spread of multidrug resistance among Ureaplasma serovars, Tunisia AntimicrobResist Infect Control. 2020 Jan 23;9(1):19. doi: 10.1186/s13756-020-0681-5. eCollection2020.PMID: 31998474 Omar Farnós 1 , Esayas Gelaye 2 , Khaled Trabelsi 3 , Alice Bernier 1 , Kumar Subramani 1 , Héla Kallel 3 , Martha Yami 2 , Amine A Kamen Establishing a Robust Manufacturing Platform for Recombinant Veterinary Vaccines: An Adenovirus-Vector Vaccine to Control Newcastle Disease Virus Infections of Poultry in Sub-Saharan Africa (2020)MDPI PMCID: PMC7350225 DOI: 10.3390/vaccines8020338 Boumaiza, Mohamed, Khaled Trabelsi, Zeineb Choucha, Ines Akrouti, Serena Leone, Delia Picone, et Héla Kallel. « Production and characterization of a fusion form of hepatitis E virus tORF2 capsid protein in Escherichia coli ». Preparative Biochemistry & Biotechnology, 23 octobre 2020, 1‑8. https://doi.org/10.1080/10826068.2020.1836656 Mohamed Boumaiza, Samia Rourou, Paolo Arosio and Mohamed Nejib Marzouki. The Use of Ferritin as a Carrier of Peptides and Its Application for Hepcidi December 4th 2020 DOI: 10.5772/intechopen.94408 From IntechOpen Liste des projets en cours en 2020 Titre du projet Investigate ur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financeme nt (DT) Période PHINDaccess « Strengthening Omics data analysis capacities inpathogen-host interaction Helmi Mardassi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) et l’ensemble de l’IPT Commission Européenne H2020 2 463 499, 42 TND (3 ans) Octobre 2018- Septemb re 2021 Projet PCI, Étude génotypique et phénotypique de souches cliniques de Candida albicans isolées du tractus respiratoire de patients atteints de mucoviscidose. Sadri Znaidi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) Programme collaborative interne finance par l’IPT 40 000 DT (2ans) 2019- 2021 PJC09, Cibler la Dysbiose Fongique par les Probiotiques comme Approche Thérapeutique contre les Maladies Inflammatoires de L'intestin ". Sadri Znaidi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) MERST 20 000 DT (2ans) 2019- 2021 PALE-Blu: Understanding pathogen, livestock, environment interactions involving bluetongue virus. Héla Kallel Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) Commission européenne H2020 420000 DT (3 ans) 2017- 2020 A non-replicative adenovirus vaccine platform for poultry diseases Héla Kallel Laboratoire de MicrobiologieMolécul aire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) IDRC (International Development Research Center, 520000 DT (3 ans) 2018- 2020
  • 22. Montreal, Canada) Projet PQ-Collabora : Développement de clones recombinants de cellules CHO exprimant un anticorps monoclonal biosimilaire pour le traitement de maladies inflammatoireschroniq ues Héla Kallel Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) Ministère de l’Enseignem ent Supérieur et de la Recherche Scientifique 300000 DT 2018- 2021 Dos N°584/Mobilisation de Doctorants pour la Réalisation de travaux de Recherche Partenariale dans le Milieu Socio- Economique, MOBIDOC Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01 Ministère de l’Enseignem ent Supérieur et de la Recherche Scientifique 2019- 2021 TOTAL des projets en cours en 2020 07 Liste des projets obtenus en 2020 Titre du projet Investigateur Principal Structures pasteuriennes impliquées Agence de financement Valeur du financement (DT) Période Développement d’une stratégie de réduction de la tuberculose bovine chez l’homme : Concept One Health Helmi Mardassi Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique 150,000.000 TND 2019- 2021 Projet Valorisation des Résultats de Recherche, VRR: Développement d’une forme recombinante de la gonadotrophine humaine à usage pharmaceutique. Samia Rourou Laboratoire de Microbiologie Moléculaire, Vaccinologie & Développement Biotechnologique (LR16IPT01) Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique 2020- 2023 Projet « Production de la protéine S- RBD du virus SARS Cov2 par la technologie baculovirus/cellules d’insectes », Worpackages de 3 projets : PRF, Easi et REPAIR MESRS et RIIP TOTAL des projets obtenus en 2020 03
  • 23. Les chiffres clés du laboratoire en 2020 1 Conférence 9 Publications dans des revues internationales 1 autre publication 7 projets en cours et 3 projets obtenus 8 Diplômes soutenus, 1 HDR et 11 diplômes en cours
  • 24. Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction Prénom, Nom Position/Fonction Barbouche Mohamed Ridha Professeurs Hospitalo-Universitaire / Chef de Laboratoire et Chef d’Equipe Louzir Hechmi Professeurs Hospitalo-Universitaire Ben Salah Afif Professeurs Hospitalo-Universitaire Laouini Dhafer Professeur d’enseignement supérieur Zhioua Elyes Biologiste Principal Ben Ahmed Malika Professeurs Hospitalo-Universitaire Bettaieb Jihène Maitre de conférences agrégé / Professeur Agrégé Hospitalo- universitaire Ben Mustapha Imen Professeurs Hospitalo-Universitaire Essafi Makram Maitre de conférences Ben Ali Meriem Maitre de conférences Mekki Nejla Maitre de conférences agrégé Zamali Imen Assistants Hospitalo-Universitaires. Kharroubi Ghassen Assistant Hospitalo-universitaire Ben Hmid Ahlem Assistants Hospitalo-Universitaires Chelbi Ifhem Maitre de conférences Ghawar Wissem Maitre Assistant/Biologiste adjoint Ben Abdessalem Chaouki Maitre-assistant Guerfali Fatma Zahra Maitre-assistant Belghith Meriem Maitre-assistant Boussoffara Thouraya Maitre-assistant Aicha Boukthir Technicien Sup Major Nebil Bel Haj Hmida Technicien Sup Major Adel Gharbi Technicien Mohamed Ali Snoussi Technicien Vétérinaire Principal Hayet Mhenni Gestionnaire contractuelle Mongi Dellagi Technicien contractuel Sadok Salem Technicien contractuel Jaouadi Kaouther Post-doc Atri Chiraz Post-Doc Rania Bouzeyen Post-Doc Attia Hanene Post-Doc Ben Farhat Khaoula Post-Doc Marzouki Soumaya Post-doc Ghouila Amel Post-doc Haoues Mariem Post-doc Rym Ouni Etudiant en thèse Bahrini Khadija Etudiant en thèse Magherbi Olfa Etudiant en thèse Ben Fadhel Oussema Etudiant en thèse Ben Cheikh Ali Etudiant en thèse Habouria Sara Etudiant en thèse Trimèche Malek Etudiant en thèse Rekik Raja Etudiant en thèse Tlili Aymen Etudiant en thèse Sondes beji Etudiant en thèse Hajer Lamari Etudiant en thèse Roukaya Yaakoubi Etudiant en thèse Bchiri Soumaya Etudiant en thèse Marwa khedhiri Etudiant en thèse
  • 25. Kaouther ayouni Etudiant en thèse Zaraa ines Etudiant en thèse Sondes beji Etudiant en thèse Amal zmmeli Etudiant en thèse Tira Meriam Etudiant en thèse Bali Aymen Ingénieur Principal contractuel Sadok Chlif Ingénieur statutaire Rihab Yazidi Ingénieur contractuel Sana Chaabane Ingénieur contractuel Cherif Ines Résident en Médecine Amal khalfallah PFE d’Ingénieur Bekir Jihène Etudiant en Mastère Ben Hamouda Wafa Etudiant en Mastère Bouzguenda Yoldoz Etudiant en Mastère Raghda Bsibes Etudiant en Mastère Mejri Manel Etudiant en Mastère Oumeima taamallah Etudiant en Mastère Ben Hamouda Sonia Etudiant en Mastère Cyrine Souissi Etudiant en Mastère Khouloud Maghraoui Etudiant en Mastère Hela Oueslati Etudiant en Mastère Présentation du laboratoire et réalisations en 2020 Introduction Le laboratoire de Recherche LR16IPT02 a fait suite en 2011 à l’ancien Laboratoire de Recherche LR00SP06. Les thématiques de Recherche du Laboratoire sont centrées sur l’étude de la relation hôte- pathogène dans plusieurs modèles de pathologies infectieuses. L’évaluation externe du deuxième mandat (2016-2019) par le CNEARS a eu lieu le 15 Décembre 2020. Les 3 équipes impliquées dans le Laboratoire ont ainsi continué leurs travaux de recherche sur leurs thématiques respectives et ont une production scientifique en progression continue et significative. La première équipe travaille sur l’épidémiologie, la surveillance et le contrôle des maladies infectieuses, la deuxième sur l’immunobiologie des leishmanioses et la troisième sur les situations dysimmunitaires et l’infection avec un intérêt particulier pour les mécanismes d’évasion, les déficits immunitaires innés et l’auto-immunité. A côté de ces 3 axes classiques faisant partie du contrat programme, le laboratoire s’est impliqué en 2020 et afin de contribuer à la réponse nationale à la pandémie COVID-19 par ses 3 équipes dans l’épidémiologie, le séquençage de souches et le diagnostic immunologique de l’infection SARS CoV-2. Thematiques essentielles de recherche 1ère équipe : Nom du responsable, grade : Jihène Bettaieb, MD, Professeur Agrégé. Les axes de recherche du groupe 1 s’articulent autour de l’Epidémiologie, la Surveillance et le Contrôle des maladies infectieuses qui posent un problème de santé publique en Tunisie. Plus spécifiquement, l’équipe est engagée actuellement dans les projets de recherche suivants : Projet 1 : La Leishmaniose Cutanée Titre du projet : Histoire naturelle de l’infection par les parasites Leishmania dans des foyers mixtes et émergents de Leishmaniose Cutanée du sud de la Tunisie. Ce projet de recherche vise à explorer le rôle de Ctenodactylus gundi et Phlebotomus sergenti, respectivement, comme hôte réservoir et vecteur de L. killicki potentiels et d'étudier l'épidémiologie et l’expression clinique des deux formes de la LC qui co-circulent dans le foyer de Tataouine. Le travail de collecte des données sur terrain s’est achevé courant 2020 pour les trois volets de l’étude (humain, réservoir, vecteurs). Au total : – Volet humain : 268 patients atteints de LC consultant au centre de santé de base de Ghomrassen- Tataouine ont été inclus, géo-localisés et suivis jusqu’à guérison des lésions. – Volet réservoir : 240 rongeurs de l’espèce Gundi et 46 rongeurs appartenant au genre Jaculus ont été capturés
  • 26. – Volet vecteur : environ 10.000 phlébotomes ont été collectés Les analyses épidémiologiques et biologiques (parasitologique, moléculaire, sérologique) des données et des spécimens collectés sont en cours. Projet 2 : La grippe saisonnière Projet 2.1 : Titre : Connaissances, attitudes et pratiques des groupes à risque sur le vaccin de la grippe saisonnière. Les objectifs de ce projet étaient de décrire les connaissances, les attitudes et les pratiques des groupes cibles envers le vaccin contre la grippe et d’estimer la couverture vaccinale contre la grippe saisonnière auprès de trois groupes cibles. Pour répondre à ces objectifs, une enquête nationale type CAP (Connaissances, Attitudes et Pratiques) a été menée en 2019 auprès de trois groupes cibles de la vaccination antigrippale (femmes enceintes, professionnels de la santé et sujets âgés de plus de 65 ans et atteints de maladies chroniques) Au total, 1231 personnels de santé, 1191 sujets âgés et 1157 femmes enceintes ont été inclus dans l’étude. Ils étaient sélectionnés selon un échantillonnage stratifié à plusieurs degrés auto-pondéré parmi les consultants et les travailleurs de la santé des structures publiques de santé suivantes : centres de santé de base, hôpitaux régionaux et hôpitaux de circonscriptions. Les résultats des analyses préliminaires ont révélé une faible couverture vaccinale contre la grippe, pour la saison grippale 2018-2019, chez les trois groupes cibles : − Femmes enceintes: 4,4% (IC : à 95% [3,3-5,7]) − Professionnels de la santé : 15,3% (IC : à 95% [13,3-17,2]) − Patients âgés et atteints de maladies chroniques : 19,4% (IC : à 95% [14,1-21,9]) Le dépouillement des données est en cours pour affiner davantage les analyses afin d’identifier les obstacles à la vaccination antigrippale. Projet 2.2 : Titre : Préparation de la pérennité du système national de surveillance électronique de la grippe en Tunisie. Ce projet a pour objectif principal d'optimiser le fonctionnement du système de surveillance de la grippe en Tunisie et d'accompagner l'installation et l'utilisation de l'application IMS (Information management System) par les différents acteurs impliqués dans la surveillance afin de préparer la pérennité de la surveillance électronique. Cette activité se déroule en étroite collaboration avec la DSSB et entre dans le cadre d’un projet de recherche financé par le CDC d’Atlanta ayant démarré en 2014. Dans ce contexte, l’application informatique du nouveau système électronique de gestion des données de surveillance de la grippe (IMS) a été, effectivement, mise en place en 2019. Les différents acteurs impliqués dans la surveillance ont été formés à son utilisation et son exploitation a commencé fin 2019. L’année 2020 a essentiellement consisté au recueil du feedback des différents utilisateurs afin d’améliorer la performance de la plateforme et corriger les défaillances constatées. Par ailleurs, l’application a été validée par le centre informatique du ministère de la santé (CIMS) qui désormais, en collaboration avec tous les partenaires, prend en charge la résolution des problèmes rencontrés afin d’améliorer les performances de la plateforme. Parmi les défaillances notifiées, la génération des rapports d’analyse des données de surveillance et la qualité de la connexion internet étaient au centre des préoccupations. Des réflexions sont en cours pour prendre les mesures nécessaires susceptibles de pallier ces insuffisances, notamment l’installation de la fibre optique dans les différents centres de surveillance. Projet 3 : La COVID 19 Projet 3.1 : Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 dans la population dans deux zones caractérisées par un niveau d’incidence différent L’objectif général de cette étude est d’estimer le niveau de diffusion du SARS-CoV-2 à l’issue de la 2ième vague épidémique qui a touché le pays dans les zones de fortes incidences et dans les zones de faibles incidences. Pour cette fin, une étude séro-épidémiologique transversale de porte à porte dans deux zones d’incidences différentes (Hotspot et faible incidence) de la ville de Tunis sera menée en 2021. L’étude se basera sur un échantillon de la population générale tiré au sort par sondage en grappe à l’échelle des quartiers et sera donc constituée par l’ensemble des membres des foyers sélectionnés. Environ 800 personnes seront incluses par zone d’étude. Pour chaque participant un questionnaire sera administré et un prélèvement de sang sera effectué pour analyse sérologique avec la technique ELISA. Le protocole de l’étude a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au comité d’éthique de l’IPT. Projet 3.2. Titre : Mesure de la diffusion du SARS-COV-2 parmi le personnel de l’Institut Pasteur de Tunis On cherche à travers cette étude à estimer le niveau de diffusion du SARS-CoV-2 à l’issue de la saison grippale 2020-2021 parmi le personnel de l’IPT. Pour cela, une étude séro-épidémiologique transversale
  • 27. exhaustive parmi le personnel de l’IPT sera menée à la fin du mois de Mars 2021. L’ensemble des agents de l’IPT travaillant de façon permanente ou temporaire seront invités à participer à l’étude. La collecte des données va comporter un questionnaire et un prélèvement de sang pour analyse sérologique avec la technique ELISA. Le protocole de l’étude a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au comité d’éthique de l’IPT. Projet 3.3 : Titre : Cinétique d’évolution tardive des anticorps du SARS-COV-2 Cette étude vise à définir la cinétique d’évolution des anticorps (Ac Totaux, IgG, IgA) contre le SARS-CoV- 2 chez les personnes ayant eu une confirmation diagnostic d’infection par un test PCR positif. Il s‘agit d’une étude séro-épidémiologique type cohorte prospective (terme de suivi jusqu’à 12 mois après l’inclusion) auprès d’un échantillon de convenance de personnes diagnostiquées + par des tests RT-PCR suite à l’apparition de symptômes cliniques caractéristiques de COVID19. Les participants à l’étude vont subir des prélèvements de sang selon une cinétique bien établie dans le temps après apparition des symptômes : (J30, J60, J90, 6 mois et 12 mois) pour la mise en évidence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 de classes IgG et IgA. Le protocole de l’étude a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au comité d’éthique de l’IPT. 2ème équipe : Nom du responsable, grade : Dhafer Laouini, PhD, Biologiste Principal Les axes de recherche du groupe 2 sont essentiellement l’immunobiologie des leishmanioses et plus récemment l’infection par SARS CoV-2. Projet 1 : Analyse de l’immunogénicité des peptides issus de trois antigènes leishmaniens (Thouraya Boussofara, Hechmi Louzir et collaborateurs): Il s’agit d’un travail réalisé dans le cadre PL-VAC d’un projet en collaboration avec l’IRD (Montpellier, France), financé par la SATT-AxLR. Ce projet avait pour objectif l’évaluation de l’immunogénicité de 11 peptides issus de trois protéines de Leishmania. Lesdits peptides ont été conçus sous trois formes différentes avec des modifications post-traductionnels (palmitoylation ou acétylation) ou encore la soustraction du groupe amine, afin d’améliorer leur stabilité et d’augmenter leur immunogénicité. Les résultats des tests ELSIPOT spécifique d’IFN-, CBA utilisant le kit LEGENDplex (13 cytokines) et ceux par cytométrie en flux, ont permis de sélectionner certains peptides prometteurs pour une potentielle conception d’un vaccin multi-épitopique contre les leishmanioses. Projet 2 : Caractérisation de la réponse immune chez les individus asymptomatiques ou ayant développé une leishmaniose cutanée zoonotique (LCZ) à L. major (Thouraya Boussofara, Hechmi Louzir et Collaborateurs): Cette étude a été entamée dans le cadre du travail de mastère de Mlle. Hela Ouslati. Des cellules mononucléées du sang périphérique (CMSP) prélevées chez des individus guéris d’une LCZ, des individus infectés d’une manière asymptomatiques ainsi que des individus sains (contrôles négatifs). Les CMSPs sont incubées en présence de promastigotes métacycliques de L. major à un rapport de 3 parasites/cellule. L’ARNm extraite des CMSP stimulées ou pas par le parasite, est utilisée par la suite pour la quantification des différents marqueurs des cellules effectrices (T-bet, Gata3, FoxP3, IL-4, IL-10, IL-17, IL-27 et GrzB) par RT-qPCR. Les résultats obtenus laissent suggérer un potentiel rôle des cellules Treg dans la pathogénie de la LCZ. Ce travail est poursuivi actuellement, en augmentant l’effectif de sujets et en élargissant l’analyse à d’autres molécules cible. Projet 3 : Étude fonctionnelle d’une protéine salivaire PpSP32 de Phlebotomus (Ph.) papatasi, vecteur de Leishmania (L.) major (Melika Ben Ahmed Soumaya Marzouki, Hechmi Louzir et collaborateurs): PpSP32 est une protéine salivaire de Ph. papatasi, vecteur de la LCZ due à L. major. Il s’agit de la protéine immunodominante puisqu’elle est la cible des anticorps chez la majorité des individus vivant en zone d’endémie de la LCZ et naturellement exposés à la piqûre de ce vecteur (Marzouki S, 2012, Mondragon- Shem K, 2015). La présence d’anticorps humains dirigés contre cette protéine représente un facteur de risque de la maladie (Marzouki S, 2011, 2012) d’où l’intérêt de l’utiliser comme biomarqueur prédictif de la maladie chez des individus piqués par le phlébotome (Marzouki S, 2015). Récemment, nous avons démontré l’implication de la salive de P. papatasi, et plus particulièrement de la PpSP32 dans l’étiopathogénie du pemphigus (Zarra I, 2012 ; Marzouki S, 2020), En effet, nous avons démontré pour la première fois, une interaction entre la protéine PpSP32 et les protéines épidermiques Dsg1 et 3, cibles de la réponse immune au cours du pemphigus. Nos résultats soutiennent ainsi le rôle clé de la PpSP32 dans l’initiation de la réponse auto-immune dans le pemphigus d’autant plus que nous avons démontré que les souris immunisées contre la protéine PpSP32 développent au bout de deux mois des anticorps anti-Dsg1. L’ensemble de ces données soulignent l’importance d’élucider les fonctions et la structure de la PpSP32
  • 28. qui restent à ce jour méconnues. Ainsi, nous avons initié l’étude fonctionnelle de la PpSP32 en analysant ses effets immuno-modulateurs (effets sur la prolifération des lymphocytes T et la production des cytokines par les cellules lymphocytaires et monocytaires). Nos résultats montrent que la PpSP32 n’a aucun effet sur la prolifération cellulaire des lymphocytes T. La PpSP32 ne semble pas non plus avoir d’effet sur l’expression de CD86 et HLA-DR à la surface des monocytes. Par contre, cette protéine semble moduler négativement les cytokines pro-inflammatoires TNF-α, IFN-γ, IL-6 et IL1-β et positivement la cytokine anti- inflammatoire IL-10. L’ensemble de nos résultats suggèrent un effet anti-inflammatoire de la protéine PpSP32. L’inclusion d’un nombre plus élevé de donneurs est en cours afin de confirmer ces résultats. Le criblage des actions de la PpSP32 dans divers processus cellulaires tels que l’agrégation plaquettaire, la coagulation, l'inflammation, la migration et la prolifération cellulaire sont également en cours. Projet 4 : Contribution à la lutte contre la COVID-19 (Fatma Guerfali, Chirza Atri, Aymen Bali, Ali Ben Cheikh, Dhafer Laouini et collaborateurs) : Depuis plus d’une année les activités du groupe ont été limitées à l’essentiel suite aux confinements multiples imposés par le gouvernement et la direction de l’Institut. Par ailleurs, nous avons essayé, malgré ces contraintes, à contribuer, dans nos domaines d’expertise, à la lutte contre la pandémie COVID-19, et ce en développant des axes divers. Projet 4.1. Mise en place de tests de diagnostic rapide du SARS-CoV-2. : Parmi les méthodes qu’on développe dans ce cadre, le test LAMP, si bien optimisé montre une sensibilité comparable à celle de la PCR. Les colorants fluorescents intercalaires sont compatibles avec la réaction LAMP ce qui permet d’observer l'amplification en temps réel. De plus, un échantillon non purifié peut être directement utilisé pour LAMP. Ceci indique qu'un test à grande échelle pour la détection du SARS-CoV-2 est possible lorsque l'utilisation d'un échantillon non purifié est combinée à une utilisation non instrumentale (par exemple colorimétrique). Notre travail vise à développer, optimiser et valider un test moléculaire rapide pour la détection du SARS- CoV-2 en ciblant des séquences nucléotidiques spécifiques du virus incluant les gènes codant pour les protéines E, N et RdRp du SARS-CoV-2. Après la conception de plusieurs amorces sur la base du génome complet des différentes souches du SARS-CoV-2. Nous sommes actuellement à tester les amorces en une étape afin de minimiser le temps de la réaction et ce sur une centaine d’échantillons positifs et négatifs. Projet 4.2. Mise en place de formation et de séquençage profond du SARS-CoV-2 : Nous avons entamé des discussions avec la Direction du Fogarty International Center (NIH, USA) qui se sont concrétisées par l’organisation d’un cours en ligne, avec le concours de Johns Hopkins University, USA, pour le séquençage par la méthode commercialisée par Oxford Nanopore Technologie (MinION). Cette formation a bénéficié à une douzaine de jeunes scientifiques de l’IPT dont deux affiliés au Laboratoire de Virologie Clinique, ainsi qu’à d’autres scientifiques appartenant à d’autres structures nationales (Centre de Biotechnologie de Sfax et Centre National de Référence pour les Virus Respiratoires). A la suite de cette action, notre groupe a reçu le nécessaire afin de contribuer à l’effort institutionnel pour la surveillance moléculaire du SARS-CoV-2 et ses variants d’intérêt, et ce en collaboration avec le Laboratoire de Virologie Clinique. Projet 4 : Contribution dans le projet institutionnel PHINDaccess (Fatma Guerfali, Thouraya Boussofara, Chiraz Atri, Dhafer Laouini): Plusieurs membres de notre équipe sont activement impliqués dans la réalisation des objectifs du projet institutionnel "Strengthening omics data analysis capacities in pathogen-host interaction" (811034- H2020- EU.4.b). Ils sont particulièrement impliqués dans les workpackages 2 (enseignement et formation), 3 (infrastructure, 4 (excellence scientifique) et 6 (recherche translationnelle). Projet 5 (Projet indépendant du Groupe 2): Immunogénicité et efficacité du vaccin Lmcen-/- dans le modèle canin (Elyes Zhioua, Thouraya Boussoffara, Ifhem Chelbi): Plusieurs groupes suggéraient qu’une infection contrôlée à la leishmanie atténuée, fournissant une gamme complète d'antigènes du parasite, pourrait constituer une alternative pour le développement d'une immunité protectrice. Par conséquent, les parasites vivants atténués, non pathogènes, devraient induire la même immunité protectrice que la leishmanisation et constituer ainsi des vaccins efficaces. Dans ce contexte, des leishmanies génétiquement atténués, tels que Ldcen-/-(L. donovani déficient en gène de la centrine), se sont révélés efficaces dans plusieurs modèles animaux et pourraient constitués ainsi un potentiel candidat- vaccin. Leishmania Centrine est une protéine cytosquelitique se liant au calcium, située dans le centrosome / corps basal et est impliquée dans la duplication ou la ségrégation des leishmanies. Cependant, l'utilisation de L. donovani atténué vivant comme vaccin chez l'homme pourrait soulever des problèmes de sécurité en raison du potentiel de viscéralisation de cette espèce de Leishmania. Par conséquent, une leishmanie
  • 29. dermatotrophique atténuée, telle que L. major, conférant une protection croisée contre la LV, pourrait être un vaccin plus sûr contre la leishmaniose, car les événements indésirables (développement d'une lésion au site de vaccination, par exemple) seront faciles à surveiller et à traiter au moyen d'interventions topiques. Notre travail porte sur l’analyse de l’immunogénicité et de l’efficacité du vaccin constitué par le parasite Leishmania atténué (Lmcen-/-) en utilisant un modèle canin d'infection naturelle par le L. infantum. L'objectif est de tester l'innocuité et l'efficacité du vaccin LmCen-/-, formulé sous deux formes différentes (avec ou sans sérum) et produit dans des conditions GLP par notre partenaire Gennova (Inde). Pour ceci nous avons procédé en deux étapes : 1) Analyse de l’immunogénicité du candidat vaccin et 2) étude de son efficacité pour la protection contre l’infection naturelle par L.infantum. Nous avons commencé tout d’abord par optimiser les conditions d’immunisation des chiens (dose, voie d’injection et nécessité de faire ou pas un rappel). Le système ‘readout’ étant l’analyse de la réponse humorale et cellulaire chez ces chiens immunisés, en plus des différents paramètres clinique, hématologique et biochimique. Cette étape nous a permis de déterminer les conditions optimales d’immunisation et de démontré l’immunogénicité du candidat vaccin. Pour l’étude de l’efficacité du candidat vaccin, des chiens immunisé avec GLP-Lmcen-/-, dans les conditions optimales, ont été transférés dans un foyer endémique pour l’infection par L.infantum, agent causal de Lcan, pendant la saison de transmission (Juillet- Octobre). L’exposition à l’infection naturelle a été faite pendant deux saisons de transmission successives (2019 et 2020) afin de tester la nécessité de faire un rappel annuel de vaccination. Un examen clinique ainsi qu’une analyse des différents paramètres (hématologique, biochimique, parasitologique et immunologique) est réalisée à différentes cinétiques post- challenge. 3- 3ème équipe : Nom du responsable, grade : Mohamed Ridha BARBOUCHE, MD/PhD, Professeur en Immunologie Les axes de recherche de l’équipe s’articulent autour de l’étude de situations dysimmunitaires et l’infection avec un intérêt particulier pour : Projet 1 : Etude de situations dysimmunitaires par échappement et modulation des réponses immunes induites par les mycobactéries, biomarqueurs de l’infection et candidats vaccins et SARS CoV-2(Makram Essafi et collaborateurs ; Chaouki Benabdessalem et collaborateurs). Nous avons poursuivi la caractérisation des effecteurs immunitaires nécessaires à une réponse immune robuste contre la tuberculose. Auparavant, nous avons démontré que l'apoptose des macrophages humains infectés par le BCG est assurée par le facteur FOXO3 (Haoues et al, 2014). Nous avons aussi démontré que FOXO3 inhibe l'expression de l'IL-10 dans les macrophages infectés par le BCG, favorisant une réponse immune robuste du type M1/Th1 (Bouzeyen et al, 2019). Nous collaborons avec des chercheurs Indiens (Projet de recherche Tuniso-Indien financé par le MES) afin d'évaluer l'effet de l'activation de FOXO3 (utilisant un inhibiteur d'Akt) sur l'efficacité du BCG dans un modèle animal. Nos résultats ont montré une induction d'une réponse Th1 lorsqu'on active FOXO3 au cours de la vaccination par le BCG, conduisant à une meilleure protection contre l'infection par la souche sauvage Mycobacterium tuberculosis (Bouzeyen et al, en révision dans Frontiers in Immunology). Nous continuons à explorer le rôle de FOXO3 dans l'autophagie, un mécanisme de défense cellulaire contre les infections mycobactériennes, dans le cadre de notre projet collaboratif avec des collègues de l'Afrique du sud (Projet financé par le MESRS session 2019). Nous avons prouvé une régulation directe de l'expression de Sesn1 (facteur autophagique) par FOXO3. Nous continuons également l'exploration de l'impact de la tuberculose bovine sur la santé humaine dans le cadre de notre projet PRF finacé par le MESRS. Par ailleurs, nous avons déposé un brevet d’invention qui consiste à l’identification du fragment extracellulaire de la protéine kinase B de Mycobacterium tuberculosis(Mtb), que nous avons nommé PPM, en tant qu’un nouveau immunogène de Mtb et de son utilisation pour des finalités diagnostique et vaccinale. PPM est un nouveau candidat pour le développement d’un vaccin de post-exposition afin de prévenir la progression vers la tuberculose active ainsi que pour le développement d’un vaccin thérapeutique. Nos résultats montrent pour la première fois que PPM est un antigène qui induit des réponses spécifiques corrélant avec la protection de type CD8 cytotoxique chez l’humain ainsi que des réponses anticorps qui peuvent inhiber la croissance de Mtb dans un modèle in vitro. De ce fait nous proposons le développent d’un vaccin de type ARN de post-exposition pour la tuberculose. L’investigation de la tuberculose ganglionnaire qui est un problème de santé publique en Tunisie avec une prédominance de la forme cervicale a été poursuivie. Le diagnostic actuel pose un problème puisque les manifestations cliniques de la lymphadénite cervicale tuberculeuse (LCT) imitent le tableau clinique d’autres lymphadénites cervicales infectieuses et non infectieuses. Nous nous sommes intéressés à identifier des biomarqueurs immunologiques potentiels pour améliorer le diagnostic. Les PBMCs de patients suspects pour la LCT ont été stimulés par des antigènes mycobactériens (PPD, ESAT-6 et HBHA). Les sécrétions de diverses cytokines et molécules cytotoxiques (Granzyme B, l’IFNγ, l’IL-1β et TNFα) ont
  • 30. été quantifiées par la technique ELISA puis comparées entre deux groupes de patients (LCT vs LCNT). Nos résultats préliminaires suggèrent que les marqueurs Granzyme B et IFNγ spécifiques à l’antigène HBHA peuvent être utiles pour le diagnostic de la LCT Ce programme fait partie des activités du CIC (Centre d’Investigation Clinique) de l’Institut. Le développement de tests sérologiques fiables et robustes, pour détecter les anticorps anti-SARS-CoV-2, est nécessaire pour des études de séroprévalence qui est requis pour mieux lutter contre la pandémie de COVID-19. Dans le cadre de l’initiative Taskforce COVID19, lancée par le RIIP, nous avons eu un projet qui consiste dans le développement des tests ELISA pour détecter les anticorps IgG dirigés contre la nucléoprotéine N et le domaine S-RBD du virus SARS-CoV-2. Dans ce travail, nous avons réussi la production et la purification d’une forme recombinante de la protéine N dans Escherichia coli ainsi que la production du domaine S-RBD dans le système baculovirus/cellules d’insectes Sf9 qui ont servi pour le développement et l’optimisation des tests ELISA. L’analyse par la courbe ROC montre une spécificité et une sensibilité de 92% et 95% respectivement pour la protéine N et de 93.% et 96% pour le domaine S- RBD. Nos résultats montrent également que la forte sécrétion des IgG dirigés contre la nucléoprotéine est associée à la sévérité des symptômes. Par ailleurs, nous avons investigué une éventuelle interférence entre l’infection par Mycobacterium tuberculosis et la réponse anticorps dirigée contre l’antigène N du SARS-CoV-2, nos résultats montrent l’absence d’une réactivité croisée. Les tests ELISA développés au cours de ce travail sont en cours d’être utilisés dans une enquête nationale ainsi que pour une étude multicentrique de séroprévalence dans neuf pays Africains dans le cadre du projet REPAIR lancé par le RIIP. Projet 2 : Etude des dysfonctionnements du système immunitaire liés à une susceptibilité génétique de l’hôte aux infections, dans des modèles à déterminisme monogénique (Mohamed-Ridha Barbouche, Imen Ben Mustapha, Meriem Ben Ali, Najla Mekki et collaborateurs): Investigation des bases immunologiques du syndrome Hyper IgE en Tunisie : Ce syndrome est un déficit immunitaire primaire rare caractérisé par une triade de signes cliniques incluant des taux très élevés d'IgE (> 2000 UI/ml), des abcès cutanés dus à des infections récurrentes à Staphylocoque et des pneumonies récidivantes. Il existe deux formes du syndrome Hyper IgE : une forme autosomique dominante AD-HIES qui représente plus de 70% des cas, elle est due à des mutations hétérozygotes du gène STAT3 (signal transducer and activator of transcription3). La forme récessive la plus répandue est quant à elle due à des mutations du gène PGM3 que notre groupe a contribué à son identification en 2014. Des anomalies des sous-populations lymphocytaires sont observées avec fréquemment une inversion CD4/CD8 et notamment une réponse TH1/TH2 déviée vers TH2. Nous avons observé que les patients PGM3 déficients partagent certains signes cliniques avec les patients déficients en facteur de transcription STAT3. La protéine STAT3 intervient dans la signalisation via le récepteur de l’interleukine-6 (IL6) dont l’une des sous-unités (gp130) est hautement glycosylée. Nous avons pu démontrer que le chevauchement des signes cliniques entre les patients STAT3 déficients et PGM3 déficients est en réalité dû à un défaut d’expression de la protéine gp-130, le corécepteur de l’IL-6 et de l’IL-27, elle-même impliquée dans la voie de signalisation de STAT3. Ce qui nous amène à émettre les hypothèses suivantes : 1) L’élévation des IgE chez les patients PGM3 déficients pourrait être due au défaut de signalisation de l’IL-6 qui entrainerait un défaut de production de l’IL-21 par les lymphocytes T CD4+ qui aura certainement des conséquences sur le développement des lymphocytes B et sur la production des Ig-E par défaut de production de l’IL-4 et 2) Le défaut de signalisation via l’IL-27 chez les patients PGM3 déficients pourrait entraîner un défaut de phosphorylation de STAT1 qui contrôle la population TH1. Ceci pourrait expliquer la réponse immune orientée vers un profil TH2 et par conséquences l’augmentation des IgE. Ces hypothèses font partie d’un travail de thèse. L’ALPS (Autoimmune Lymphoproliferative syndrome) et le syndrome IPEX (Immune Dysregulation, Polyendocrinopathy, Enteropathy, X-linked) sont deux déficits immunitaires primitifs bien caractérisés avec dysregulation immunitaire, considérés comme deux modèles de maladies auto-immunes monogéniques. Ces deux entités peuvent présenter un chevauchement clinique vu que l'auto-immunité constitue leur principale manifestation clinique. Le diagnostic différentiel se base classiquement sur l’utilisation de plusieurs biomarqueurs immunologiques. Dans ce cadre, nous avons rapporté un patient qui présentait des caractéristiques cliniques et des biomarqueurs répondant aux critères diagnostiques de l'ALPS. Un défaut apoptotique sévère a également été observé au niveau des lignées cellulaires du patient et des lymphocytes du sang périphérique activés par la PHA. Le séquençage Sanger du gène FAS n'a révélé aucune mutation causale. Le screening par technologie NGS a révélé une mutation délétère située au niveau du domaine N terminal répresseur de FOXP3 et aucune autre mutation n’a été retrouvée au niveau des gènes impliqués dans la voie FAS. Par ailleurs, les cellules TEMRA (terminally differentiated effector
  • 31. memory cells re-expressing CD45RA) et l'expression de PD1 étaient augmentées chez le patient, plaidant en faveur de l'épuisement des cellules T qui pourrait être induit par l'activation effrénée des cellules effectrices T en raison d'un déficit en Treg. De plus, le déficit en FOXP3 observé chez le patient pourrait induire intrinsèquement une prolifération accrue et une résistance à l'apoptose au niveau des cellules effectrices T. Cette observation élargit le spectre des déficits en FOXP3 et souligne le rôle du NGS dans la détection des mutations qui induisent des phénotypes qui se chevauchent parmi les erreurs innées de l'immunité avec dysregulation immunitaire. De plus, ces résultats suggèrent un lien potentiel entre les voies FOXP3 et FAS. Le déficit immunitaire commun variable est le plus fréquent des déficits immunitaires primitifs de l’adulte. Il est caractérisé par un défaut de production d’anticorps responsable d’une hypogammaglobulinémie primitive. Le phénotype clinique est hétérogène mais dominé par un tableau d’infections bactériennes à répétition le plus souvent des voies aériennes. Des manifestations auto-immunes et lymphoprolifératives peuvent être associées à ce tableau infectieux. Les symptômes peuvent débuter dans l’enfance ou à l’âge adulte et le diagnostic est malheureusement souvent retardé d’une dizaine d’années en moyenne. A ce jour, aucune étude clinique et immuno-génétique approfondie n’a été faite chez les patients tunisiens atteints de ce déficit. Une telle étude permettra l’établissement d’un diagnostic précoce en vue d’une prise en charge thérapeutique adaptée. Dans le cadre d’un travail de thèse en cours, nous nous sommes proposés de : 1) Décrire le profil épidémiologique et clinique des patients Tunisiens atteints de déficit immunitaire commun variable, 2) Caractériser leur phénotype immunologique et 3) Etudier les bases moléculaires des patients atteints en fonction des données épidémiologiques et immunologiques en vue d’établir des corrélations génotype-phénotype. Le syndrome de Wiskott-Aldrich est un DIP complexe lié à l’X qui se caractérise par une triade de signes incluant un eczéma, des infections récurrentes et une thrombopénie. Le phénotype clinique est très hétérogène allant de formes modérées aux formes sévères compliquées de manifestations auto-immunes et tumorales et nécessitant une prise en charge rapide et adéquate. Les explorations immunologiques de base (numération formule sanguine, dosage pondéral des immunoglobulines, immunophénotypage lymphocytaire et tests de prolifération lymphocytaire) qui sont habituellement réalisés en cas de suspicion de DIP, montrent des signes qui ne sont ni spécifiques ni constants au cours du WAS et ne sont donc pas suffisantes pour confirmer le diagnostic. Dans le cadre d’un projet de fin d’étude d’Ingénieur, nous avons optimisé des explorations immuno-génétiques plus spécialisées qui sont l’étude par cytométrie de flux de l’expression intra-cellulaire de la protéine WASP et l’étude moléculaire de WAS. L’introduction de ces investigations approfondies dans l’activité de diagnostic de routine au laboratoire de Cyto-Immunologie de l’Institut Pasteur de Tunis, qui est le seul laboratoire de référence à l’échelle nationale en matière d’exploration des DIPs, permettra de poser le diagnostic positif de WAS. Ceci a pour but de proposer une prise en charge rapide et adéquate associée à une approche préventive dans les familles affectées (conseil génétique et diagnostic prénatal). Nous avons ainsi pu confirmer l’absence d’expression dans 3 cas (P1, P2 et P3), la présence d’une expression résiduelle dans un cas (P4) et une expression normale chez les deux restants. L’étude moléculaire du gène WAS nous a permis de confirmer la présence d’une mutation à type de délétion d’un nucléotide au niveau de l’intron 3-4 (c.360 +1 delG). De façon intéressante, une substitution touchant ce même nucléotide a été rapporté chez un patient iranien atteint de WAS avec un phénotype clinique similaire à celui observé chez le patient P1 ici décris. D’autres études fonctionnelles sont nécessaires afin de confirmer l’effet délétère de cette mutation. L’étude moléculaire des patients restants est en cours. Projet 3 : Etude des altérations immunologiques notamment cytokiniques, pouvant être liées au stress infectieux, et leur contribution à la rupture de la tolérance au soi dans des pathologies auto- immunes (Melika Ben Ahmed et collaborateurs, Mariem Belghith et collaborateurs): Dans un travail antérieur du laboratoire, nous avons démontré formellement la présence d’un défaut de la signalisation Smad-dépendante du TGF-β1 dans les lymphocytes T des patients atteints de LES en phase active de la maladie. Ce défaut se situe en aval de la transcription des gènes cibles du TGF-β1. De telles données suggèrent un mécanisme secondaire, éventuellement causé par une activation excessive des voies inflammatoires en réponse à des facteurs de stress environnementaux. Nous tentons actuellement de relier cette anomalie à l’activation accrue de la voie Ahr/IL-22 qui semble en effet hyperactivée au cours du lupus et associée au défaut de la signalisation du TGF-β1 au cours du LES. Cette étude apporterait de nouveaux éléments qui pourraient contribuer à l’amélioration de la compréhension de la pathogénie du LES et ouvrir de nouvelles pistes pour avancer les approches thérapeutiques basées jusque-là essentiellement sur une immunosuppression non spécifique. Un défaut de régulation de la réponse immune a été également évoqué dans la pathogénie du vitiligo. Le vitiligo résulte d’une destruction autoimmune des mélanocytes par des lymphocytes T CD8 cytotoxiques.
  • 32. Dans un travail antérieur, nous avons démontré qu’il n’existe pas de défaut in situ des lymphocytes T régulateurs, mécanisme clé du maintien de la tolérance immune. Une autre voie importante de régulation de la réponse immune est la voie PD-1 (Programmed cell death-1). Son implication au cours du vitiligo est très probable du fait que l’apparition cette pathologie semble être un effet indésirable de l’immunothérapie anti-PD1 indiqué pour le traitement de certains cancers comme le mélanome. Ceci nous a amené à vérifier s’il existe un défaut de la voie PD-1 au cours du vitiligo. Pour ce faire, une quantification de l’expression des ARNm de PD-1 a été réalisée à partir des biopsies de peaux lésionnelle, périlésionnelle et saine de patients atteints de différentes formes de vitiligo en comparaison avec la peau de patients sains et de patients atteints d’une autre dermatose, la pelade. L’induction de PD-1 au niveau des cellules mononucléées du sang périphérique après stimulation à travers le TCR a également été réalisée chez des patients atteints vitligo en comparaison par rapport à des sujets sains. .Nos résultats montrent l’absence d’induction de l’expression de PD-1 dans les peaux lésionnelles et périlésionnelles des patients atteints de vitiligo avec une augmentation significative de FOXP3 dans la peau périlésionnelle des mêmes patients contrastant avec une expression significative de PD-1 et de FOXP3 au niveau des peaux lésionnelles et périlésionnelles des patients atteints de pelade. L’étude de l’expression de PD-1 et de FOXP3 in vitro, par cytométrie en flux, chez deux patients atteints de vitiligo et deux témoins sains a montré que PD-1 est normalement induit sur les lymphocytes T CD4+ alors qu’il ne l’est pas sur les lymphocytes T CD8+. Nos résultats montrent un défaut d’induction de PD-1 in vivo et in vitro chez les patients atteints de vitiligo, intéressant particulièrement les lymphocytes T CD8 impliqués dans la pathogénie de cette maladie. Une confirmation de ces résultats chez un plus grand nombre de patients est en cours. Nous avons poursuivi l’étude de la population sécrétrice d’IL10 chez les patients SEP et Neuro-Behçet (NB) en début d’évolution de la maladie, à la recherche d’un biomarqueur discriminatif. Lors de l’étude de différents marqueurs transcriptionnels et cytokiniques des cellules régulatrices et effectrices dans le sang et le liquide céphalo-rachidien des patients, nous avons montré que la différence la plus importante entre ces deux maladies est l’augmentation significative de l'expression de l'IL-10 chez les patients NB par rapport aux patients SEP. Nous avons montré que cette cytokine n’est pas produite par les cellules T reg car aucune corrélation entre l’expression de foxp3 et l’IL-10 n’est apparu. Nous avons mis en évidence que la population sécrétrice d’IL-10 correspond à une population B reg (B10) dont la fréquence est élevée dans le LCR et les PBMCs de patients souffrant de Neuro-Behçet. Mots clés : Infection/Immunité /Epidémiologie/Leishmaniose/Immunodéficience/Mycobactéries/Auto-immunité. A côté des 3 axes classiques ci-après détaillés et faisant partie du contrat programme, le laboratoire s’est impliqué en 2020 et afin de contribuer à la réponse nationale à la pandémie COVID-19 par ses 3 équipes dans l’épidémiologie, le séquençage de souches et le diagnostic immunologique de l’infection SARS CoV- 2. L'équipe 1 contribue à l’amélioration des connaissances sur le profil épidémiologique de maladies transmissibles prioritaires en Tunisie notamment les leishmanioses et les hépatites par la réalisation d'études épidémiologiques afin de proposer des mesures de contrôle et de prévention efficaces et appropriées. De plus, elle participe au renforcement du système national de surveillance épidémiologique par le développement et la mise en place des systèmes d'alerte précoce pour la gestion des maladies transmissibles à potentiel épidémique telles que la grippe. L’équipe 2 s’intéresse à trois axes complémentaires essentiels pour la compréhension de la physiopathologie des leishmanioses à travers l’étude (i) de l’Immunité et corrélats de protection contre l’infection par Leishmania (L.), (ii) de l’interaction hôte-parasite par des approches génomiques, transcriptomiques, protéomiques, régulomiques et métabolomiques et (iii) de l’immunobiologie du phlébotome, vecteur de la leishmaniose. L’équipe 3 a pour objectif de mieux comprendre le rôle que joue l’interaction hôte-pathogène dans l’immunopathologie et l’expression clinique des maladies infectieuses et les manifestations dysimmunitaires qui y sont associées. Cette approche pourrait contribuer à un meilleur contrôle de ces maladies par le développement de stratégies d’intervention innovantes et plus adaptées en matière d’outils diagnostic, d’approches vaccinales et d’immunomodulation. Elles ont été créées en 2011, leur évolution est très satisfaisante comme l’atteste leur production scientifique. BILAN GLOBAL DES ACTIVITES DE RECHERCHE 1- Nombre total de Publications : 237 (depuis 2011 date de création du LR) 2- Diplômes soutenus : 85 3-Brevets : 4