Zotero
Gérer ses références bibliographiques
Urfist de Toulouse – 02/12/2013
François MAGNAN
francoismagnan@gmail.com
http://www.francoismagnan.info

Plan
• 1/ Présentation de l'outil
• 2/ Gérer les références présentes dans la bibliothèque
• 3/ Récupérer les références depuis catalogues, sites, et
autres façons d’intégrer des références
• 4/ Enrichir la bibliothèque
+ tri, recherche, (et sorties d’informations bibliographiques)
+ ajout de documents, notes et liens aux références
+ autres fonctionnalités : sauvegarde, marqueurs
• 5/ Insérer les références : liaison avec traitement texte
• 6/ Zotero en ligne

1/ PRÉSENTATION DE L'OUTIL

Version : Firefox ou Standalone
• Version extension Firefox
• Avantage : permet de voir le site ressource et
faire la capture en simultané = captures sur le
web facilitées
• Version : zotero standalone
• Permet d'utiliser Zotero indépendamment du
navigateur, se mettra en lien avec Chrome,
Safari grâce à des plugins, compatible Firefox

Faire apparaître/disparaître Zotero :
• soit raccourci clavier ctrl + alt + Z (windows)
• Soit clic sur icône "zotero" en bas à droite..
• Soit par menu outils zotero

Interface : 3 panneaux
• 1/ La bibliothèque et ses "collections » (dossiers)
• 2/ Liste des références du dossier sélectionné
• 3/ Pour la référence sélectionnée, champs qui
contiennent les informations bibliographiques

2/ Gérer les références
présentes dans la bibliothèque

Organisation des collections
• Classer les références dans les collections facilite le travail
• Le dossier nommé « ma bibliothèque » contient l’ensemble
des références réparties dans les collections, et les références
non classées….
• Dossier spécial pour les éléments non classés : clic droit et
création d’un dossier « Unfiled Tems/Documents sans
collection »

Organisation des collections
• Faire glisser une référence d'une collection à une autre : elle
est copiée (reste dans le dossier d'origine, une copie est faite
dans le dossier cible)

Retirer un élément d’une collection ou le
supprimer
• Dans une collection, clic droit sur une référence
• Retirer le document sélectionné de la collection => la
référence sera dans la bibliothèque, non classée, hors
collection
• Supprimer le document sélectionné de la bibliothèque =>
dans la corbeille

Supprimer une collection
• Seul le dossier de collection est supprimé, les
éléments contenus restent dans la bibliothèque.

Modifier les références
• Le 3ème panneau à droite indique le type du
document (livre, film, article de journal, page
web etc.)
• Pour modifier le type, clic dessus

• Pour modifier rapidement le contenu des champs :
raccourcis claviers :
• tab (tabulation) = vers le bas
• Shift (maj.) et tab en simultané = vers le bas

3/ Récupérer les références
depuis des catalogues, des sites..

Liste de sites compatibles
• Parmi les sites compatible :
Amazon, Arxiv.org, Citeseer, Biomed
Central, Pubmed, ScienceDirect, Sudoc, Googl
e Books et Google Scholar, Revues.org, etc..

Comment Zotero reconnaît les références
bibliographiques
• références incorporées dans les pages web : liste des
standards et formats compatibles
liste des standards : http://tinyurl.com/7jjcz8t
ou
www.zotero.org/support/fr/compatible_standards_and_software
• Des explications sur cette compatibilité
explications : http://tinyurl.com/7hfun2z
ou
http://www.zotero.org/support/fr/make_your_site_zotero_ready
(comment rendre le site compatible avec Zotero…)

Récupérer des références
• Il est préférable de sélectionner la collection cible
avant la récupération, ainsi les références seront bien
classées
• Si aucune collection n'est sélectionnée, les références
– non classées - iront dans "ma bibliothèque"

Récupérer la liste entière des
références sur une page
une icône jaune apparaît
Clic dessus pour récupérer les références de la liste
de résultat affichée par le navigateur (contenues
dans la page web affichée)

• Après le clic sur l’icône jaune, sélectionnez dans la
liste qui apparaît les références à récupérer

• Lorsque votre navigateur affiche la page de
description d’un et un seul document l'icône
propre au type précis (article, livre, film) de
l'œuvre apparaît
Un clic sur cette icône, et les références du
document seront enregistrées

• A chaque type de document son icône,
quelques exemples :

Exercices : récupérer des références
• Trouver et classer entre 20 et 50 références
Catalogue du Sudoc, en recherche avancée,
rechercher des références de thèses
•
Capturer des références sur la librairie
Amazon, ou site de votre choix : Revue.org,
Youtube, Flickr, etc...

Créer un nouvel élément à partir de la page
• Utile lorsque le site n'est pas compatible
• Possible de créer une référence à partir des
métadonnées de la page affichée (p.ex. titre
de la page)
Lorsque le document (pdf, ppt, html, etc.)
s’affiche dans le navigateur, clic sur l’icône
bleue « créer un nouvel élément à partir de la
page »

Application : créer un nouvel élément
à partir de la page
• Capturer les références d’une page web sur un site
non compatible avec la fonction « créer un nouvel
élément à partir de la page »
• Exercez vous sur des pages non reconnues par Zotero

Précision sur « créer un nouvel
élément à partir de la page »
• Si dans les préférences (générales) de Zotero,
"faire une capture automatique de la page lors
de la création d'éléments à partir de pages
Web" est sélectionné, le fichier ouvert (html,
pdf, etc.) sera récupéré en même temps et
attachée à la référence qui aura alors le statut
"page web »

Créer manuellement une référence
• 1 - avec l'icône verte, choisir le type de
document

Récupérer une référence par ISBN
• Insérer une référence par ISBN (International
Standard Book Numbers), DOI (Digital Object
Identifiers) or PMID (PubMed Identifiers)

Insérer des références d'une bibliographie
réalisée sur un traitement de texte
Passer par un outil de gestion des références bib. en ligne
: Wizfolio, coller les références bibliographiques
Les exporter depuis Wizfolio, puis les importer dans
Zotero
Voir explications en bas de page ici :
http://wikiurfist.unice.fr/wiki_urfist/index.php/ZOTERO_un_Logici
el_de_bibliographie_2.0
ou : http://bit.ly/d1Vzgj

4/ Enrichir la bibliothèque

Dédoublonnage
Doublons
répérés
automatique
ment
Clic pour fusion des
doublons

Tri
• Dans le deuxième panneau, il est possible de
trier les références par titre, créateurs, etc..
Positionner la souris sur l’intitulé du champs
et clic pour trier

• Pour un meilleur tri, il est possible de faire
apparaître davantage de champs

Recherche
• Pour une recherche de référence rapide dans tous les
champs, écrire un mot dans le champ recherche
• Explication complémentaires :
http://www.zotero.org/support/searching

• Recherche avancée, clic sur la loupe

• Il est alors possible d’enregistrer la recherche sous la
forme d'un dossier qui se mettra automatiquement à
jour avec les nouveaux éléments de Zotero s'ils
correspondent aux conditions de la recherche

sortie d'informations bibliographiques , depuis
la bibliothèque
• Sans liaison automatique avec le traitement de texte
• Choisir style bibliographique par défaut : préférences
de Zotero, puis exportation
• Sélectionner une collection ou des références. Clic
droit sur la sélection, puis choisir l'option « créer une
bibliographie »

Choisir le style
• Choisir le format de sortie : rtf, html, copier
dans presse-papier, impression directe

Rapport
• Clic droit sur la sélection, choisir l'option générer un
rapport
• Tous les champs non vides figurent sur le rapport, un
fichier html s’ouvre dans le navigateur

Exercice : sortie d'informations
bibliographiques, tri, recherche
Créer une bibliographie à partir d'un dossier
Créer une bibliographie de l'ensemble des références
capturées
Créer une bibliographie des réf. de thèses que vous
avez capturées, puis générez un rapport à partir de
ces thèses

• Générer un rapport sur les cinq dernières
références ajoutées dans la bibliothèque.
• Créer un dossier de recherche avec les thèses
récupérées, puis ajouter une nouvelle thèse
dans la bibliothèque. Se place t‘elle bien dans
le dossier de recherche adéquat ?

Capture de documents
• Zotero capture des documents web (thèse, article,
page html, image, etc.)
• le document est attaché à sa référence
41

Capture de la page qui s’affiche dans la
navigateur
Lorsque le document s’affiche dans le
navigateur, clic sur l’icône bleue « créer un
nouvel élément à partir de la page ». Une
référence (statut "page web") est alors créée.
Si dans les préférences de Zotero, "faire une
capture automatique de la page lors de la création
d'éléments à partir de pages Web" est sélectionné,
le fichier ouvert sera récupéré en même temps que
la référence
42

Autre méthode
• Sélectionner la référence. Clic sur l’icône trombone sélectionner
« Joindre une capture »
• Autres choix :
– Joindre le lien : établit un simple lien hypertexte entre la
référence et le doc en ligne
– Attach Stored Copy of File : permet de faire une capture d’un
document disponible en local (la 3ème méthode…)
– Attach Link to File : lien entre référence et document local
– Le plus simple : réduire le navigateur, depuis le dossier qui
contient les fichiers, les faire glisser avec la souris jusqu’à Zotero
43

Capture des PDF
Récupérer les métadonnées du pdf
• Capture d’un document pdf : Clic-droit sur le PDF capturé,
choisir : récupérer les métadonnées du pdf pour que Zotero
créer une référence d’après les métadonnées du pdf. Ne
marche pas toujours…
• Sur certaines base de données d´articles scientifiques en
texte intégral (Science Direct) la capture des pdf est
automatique lors de la capture d’une simple référence, si
dans les options de Zotero « joindre automatiquement les
pdf » est coché
44

Récupérer les métadonnées PDF
• La méthode la plus directe que Zotero emploie est se servir du
DOI (Digital Object Identifier ou identifiant d'objet
numérique) inclus dans le document PDF, mais ce n'est pas la
seule.
• Si Zotero identifie le document PDF dans Google Scholar, il
crée un nouvel item dans la bibliothèque, télécharge les
métadonnées bibliographiques, et relie le document PDF à
ce nouvel item.
• Extraits de
http://www.zotero.org/support/fr/retrieve_pdf_metadata
ou http://tinyurl.com/bf5oql5

Zotfile étend les possibilités
de gestion des pdf de Zotero
• CF le blog francophone Zotero :
• http://zotero.hypotheses.org/467
• Permet
– de renommer (la manière de le faire est configurable) et
de gérer les attachements Zotero,
– de synchroniser des PDFs entre votre ordinateur et votre
tablette
– d’extraire les annotations faites dans le ficher PDF sur
votre tablette (ou ailleurs) pour les transformer en notes
rattachées à votre item zotero

Créer des notes
Zotero peut aussi gérer vos notes indépendantes
ou liées aux références
Clic sur cette icône pour créer une note
Note parente, ou dépendante d’une référence
Dans le 3ème volet, remarquer l’éditeur de notes
47

Créer une note « à la volée »
• Il est possible, en lisant un article sur le Web, de
sélectionner du texte que voulez capturer, puis clic-droit :
choisir Zotero, créer une note Zotero à partir de la sélection
Une référence est créée, une note l'accompagne contenant
le texte sélectionné (et la page web est capturée si l'option
"capture automatique" est cochée dans les préférences)
48

Exercices : notes
• Créer note indépendante et attachée.
• Créer une note à partir d'un texte sélectionné
49

Les marqueurs (1)
•Cette fonction permet d’ajouter/gérer des « tags »
ou mots-clefs à une référence
•Clic sur une flèche en bas du premier
panneau pour les faire apparaître/disparaître
50

Les marqueurs (2)
Le sélecteur de marqueur peut faire
apparaître tous les marqueurs utilisés
dans la bibliothèque,
Si clic sur un ou plusieurs
marqueurs, seules les références
contenant ces marqueurs apparaîtront
51

Les marqueurs (3)
Dans le troisième panneau, choisir l’onglet
« marqueurs »
•Vous pouvez alors ajouter les
marqueurs (mots-clefs) un par un
52

Les marqueurs (4)
• Pour ajouter un marqueur à plusieurs
références en même temps :
– Sélectionner plusieurs références dans le
deuxième panneau
– Les faire glisser vers un marqueur

Sauvegarde et export de la
bibliothèque
Usages :
• Sert à transférer des références d’un logiciel à
un autre (p. ex. Zotero vers Endnote
• Vers la bibliothèque d’une tierce personne,
aussi pour faire une sauvegarde régulière de
votre bibliothèque (choisir format Zotero RDF)
54

Export de la bibliothèque (2)
Clic droit sur « ma
bibliothèque ». Choisir
le format d’exportation
Seul le format Zotero
RDF permet une
sauvegarde complète,
avec les fichiers attachés.
55

5/ Insérer les références

Plugin de liaison avec
le traitement de texte
Version standalone le plugin est intégré à l’outil
Zotero sur Firefox : sur le site de Zotero,
www.zotero.org, clic sur Download puis word
processor plugins
Dans la page qui apparaît, clic sur « install… plugin »
qui correspond à votre système d’exploitation et
à votre logiciel (Open Office, Word)

Styles bibliographiques et Zotero
Zotero : outil créé pour répondre aux besoins
des chercheurs :
Styles bibliographiques de Zotero = styles de
revues scientifiques (très majoritairement)
standardisés grâce au langage CSL

Les styles bibliographiques peuvent être
séparés en deux grands groupes
le système dit de « Vancouver » avec des
citations numériques qui renvoient à un
numéro d'apparition dans la liste
bibliographique (classement par ordre
d'apparition dans le texte)

• le système de « Harvard » avec des citations « auteur-date » :
binôme (auteur + date) pour la citation dans le texte ,
références dans la liste bibliographique (par ordre
alphabétique et chronologique).
• En science exacte, la tendance est plutôt aux styles « auteurdate » bien que des revues prestigieuses (comme Science ou
Nature) maintiennent l'utilisation d'un style numérique plus
généralement utilisé en sciences humaines.
• http://infolit.be/LELiS/ch04s02.html
d'après Bernard POCHET- Université de Liège

• http://infolit.be/LELiS/ch04s02.html
• Bernard POCHET - Université de Liège – « Lire et écrire la
littérature scientifique » livre en accès libre :
http://www.infolit.be/LELiS/ar01.html

Styles numérotation : Les possibles insertions
de Zotero dans le traitement de texte (1)
Numéro d’appel
=> inséré par
icône
« citation »
Réf zone bas de page
par ordre de numéro
=> insérée par icône
« citation »
Bibliog. fin de document
par ordre alphab. auteur
=> insérée par icône
bibliography

Styles numérotation : Les possibles insertions
de Zotero dans le traitement de texte (1)
Styles CSL avec numéro d’appel, références numérotées en zone
bas de page et biblio finale classée selon ordre alpha. auteurs
Modern Humanities Research Association Note with bibliography
Chicago Manual of style (full note)
Chicago Manual of style (note)

Styles numérotation : Les possibles insertions
de Zotero dans le traitement de texte (2)
Numéro d’appel
=> inséré par
icône « citation »
Bibliog. fin de document
par ordre numérotation
=> insérée par icône
« bibliography »

Styles numérotation : Les possibles insertions
de Zotero dans le traitement de texte (2)
Styles CSL avec Numéro d’appel, (pas de références numérotées
en zone bas de page) et biblio finale classée selon ordre apparition
dans le texte
IEEE
Nature Journal
Vancouver

Styles au format (auteur date) proposés
par Zotero
American Anthropological Association
American Psychological Association 6th Edition
Cell
Chicago Manual of Style author date
Elsevier’s Harvard Style (with titles)
Modern Langage Association

Styles auteur date : Les possibles insertions de
Zotero dans le traitement de texte
Auteur et date
=> insérés par icône
« citation »
Bibliog. fin de document
par ordre alphab. auteur
=> insérée par icône bibliography

• Dans le document que vous rédigez, placez le curseur là où
vous souhaitez insérer l'appel
•
Cliquez sur le bouton d'insertion d'une citation (première
icône)
Choisir le style à utiliser

La barre d'outil Zotero apparaît dans le ruban compléments
1ère icône : insère la citation : choix du style (lors de la première
insertion,) choix de la référence et insertion de la citation
2ème : modifier une citation déjà insérée (le curseur doit être à
l’intérieur de la note de bas de page ou de fin de section)
3ème : pour insérer une bibliographie (récapitulative des insertions)
4ème modifier la bibliographie (si le curseur est à l’intérieur d'une
biblio.)
5ème : mettre à jour vos insertions par rapport à la base Zotero (si un
nom d’auteur modifié dans Zotero, le document se mettra à jour et
incorporera la modif.)
6ème : changer le style biblio. Affecte tout le document, mieux vaut le
sauvegarder avant.
7ème : Remove codes (attention, les insertions ne pourront plus être
mises à jour, mieux vaut sauvegarder le document avant)

Insertion d’une citation

Editeur de citations

• Editer une citation : il faut pour cela que le
curseur soit positionné dans la citation à
éditer
• Pour insérer la bibliographie, se positionner à
l'endroit où elle devra apparaître, et clic sur la
3ème icône.

Editer la bibliographie : pour cela, il faut positionner
le curseur dans une bibliographie insérée. Possibilité
d'ajouter des éléments ou d'en retirer.

CSL
• CSL (Citation Style Language ) : langage basé sur XML décrit
références et bibliographies finales utilisé par Zotero,
Mendeley, Qiqqa et Pandoc
Le projet CSL comprend un dépôt de styles
(https://github.com/citation-style-language/styles), qui
contient plus de 1500 styles correspondant à autant de
standards bibliographiques spécifiques. Il est possible
d'effectuer des recherches dans ces différents styles par le
biais du dépôt Zotero de styles : http://zotero.org/styles
2 versions de CSL
0.8.1, utilisée dans Zotero 2.0.x
1.0, utilisée dans Zotero 2.1 - Zotero 2.1 peut lire les styles
CSL 0.8 s’ils sont complètement valides

Eléments principaux de syntaxe
http://www.zotero.org/support/dev/citation_styles/csl_0.8.1_syntax et
http://citationstyles.org/downloads/primer.html
Dans chaque feuille de style, on retrouve les trois rubriques suivantes (après
les données d'identification classiques, du type "nom de l'auteur du style"
etc.) :
- les macros, éléments de code pré-assemblés que l'on ré-emploiera par la
suite. C'est là, que l'on créera une macro pour désigner l'auteur (ordre
entre le nom/prénom, initialisation, majuscules, etc.). Vous pouvez créer
les macros que vous voudrez, avec les noms que vous souhaiterez, dès lors
qu'elles incluent des éléments reconnus par Zotero, faisant référence aux
champs de chaque référence en bas à droite du volet Zotero (tels que les
catégories « type de documents », « titre », ou plus exactement leurs
équivalents anglais)
- une section consacrée aux notes de bas de page, dans laquelle on peut
reprendre tout ou partie des macros précédentes ;
- une section destinée à la bibliographie en fin de texte, dans laquelle on
peut reprendre, là encore, des macros élaborées dans la première section.

• Pour un aperçu des styles proposés par
Zotero, taper dans la barre d’adresse :
chrome://zotero/content/tools/cslpreview.xul
• Ou Préférences/avancées/CSL Preview
Cet outil crée des citations pour les
documents sélectionnés dans votre copie de
Zotero pour tous les styles CSL installé.

6/ Zotero outil en ligne
• bibliothèque en ligne, privée ou publique
• Travail collaboratif
• Réseau social : affichage possible des contacts,
messagerie en ligne
77

Ouvrir un compte sur le site Zotero
• http://www.zotero.org/
• Clic sur "register" pour ouvrir un compte ou
sur "login" pour accéder à un compte existant
78

Synchronisation local-distant
• A moins que vous ne choisissiez vous même
une option de synchronisation particulière,
vos données en local ne pourront pas être
perdues/écrasées.
• Il est plus prudent de faire par vous même des
sauvegardes en local en exportant la
bibliothèque
79

Synchronisation : fusion, option la plus
courante
• Le travail s’effectue en local, il est demandé à la
bibliothèque en ligne de se mettre automatiquement
à jour..
• => Par défaut, le processus de synchronisation de
Zotero fusionne les données du client (local) Zotero
et du serveur Zotero.
• Fusion : donnera toujours la priorité au local
80

Synchronisation
•
puis Préférences
• Icône
puis onglet "Settings" pour
s'identifier : login et mot de passe du compte
Zotero
• Fusion : clic sur l’icône verte de synchronisation
(ou laissez coché : synchro. Automatique dans les
préférences)
81

Le compte en ligne
Notez l'adresse : http://www.zotero.org/login
• Onglet My Library pour
afficher la bibliothèque
• Seul le titulaire du
compte peut voir la
librairie en ligne, sauf
modification des
paramètres
82

Rendre visible la bibliothèque
en ligne
• Sélectionner "Settings" puis onglet "Privacy"
– Vous pouvez spécifier que vos notes seront elles aussi
visibles
83

Groupes de travail
• le groupe a son adresse, ses membres :
bibliothèque commune
• Choix lors de la création du groupe :
– Visibilité publique, entrée libre
– Visibilité publique, entrée réservée
– Visibilité privée, entrée sur invitation
84

Groupe de travail
droit des membres et
réglages propres à la bibliothèque
• Le fondateur du groupe a un statut de propriétaire :
peut supprimer le groupe
• Membres sont soit admin, soit simples membres
• Réglages propres à la bibliothèque :
– Qui peut ajouter supprimer éléments : soit membres, ou admin
(par défaut)
– Qui peut accés au fichiers attachés : soit membres, ou admin (par
défaut)
85

Ressources
• Tutos vidéos zotero :
http://tinyurl.com/bcjalyy
• Blog Zotero francophone :
http://zotero.hypotheses.org
• Scoop-It (sélection d’infos) Zotero :
http://www.scoop.it/t/zotero