UMTeBIS_conf - 20221013 - 4_Caractères vf.pptx
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Présentation sur les "Nouveaux caractères", bialn des thématiques abordées lors du WCGALP 2022, présenté par Hélène Leclerc INRAE-UMT eBIS
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- 1. Nouveaux caractères Bilan des thématiques abordées au WCGALP H. Leclerc
- 2. La santé 2 • 2 sessions dédiées « santé et bien-être » et 2 sessions sur les « maladies infectieuses », mais thématique présente dans de nombreuses présentations d’autres sessions • Et côté UMT ? • M.-P. Sanchez : développement d’une évaluation Single Step incluant des mutations causales candidates pour la résistance à la paratuberculose en race Holstein (Webinaire de Mars 2022) • P. Martin : analyse génétique des compétences immunitaires innées chez les veaux Holstein • H. Leclerc : valorisation génétique de données des carnets sanitaires et évaluation single step pour 4 caractères de santé • S. Mattalia : utilisation d’un indicateur de variation des performances laitières mensuelles du troupeau comme un indicateur de résilience • Santé des veaux • Santé des pieds • Acétonémie • Santé de la mamelle à partir des données de robot • La résistance aux tiques
- 3. L’efficacité alimentaire 3 • 2 sessions dédiées « efficacité alimentaire » mais thématique sous jacente d’autres sessions axées sur le challenge à relever en terme de phénotypage • Des aspects plus méthodologiques • L’utilisation de proxies à partir du MIR du lait • Et côté UMT ? • T. Tribout : liens entre la mobilisation corporelle en début de lactation et la production laitière sur la lactation • R. Lefebvre : utilisation de l’index état corporel pour limiter la mobilisation corporelle en début de lactation • P. Martin et V. Ducrocq : intérêt de collaborer pour augmenter le nombre de données (4000 vaches provenant de 4 pays) et développements méthodologiques adaptés à l’analyse génétique du RFI
- 4. L’efficacité alimentaire - phénotypage 4 • Opportunités de l’analyse de données issues de capteurs et d’images vidéo • Alternatives de phénotypage de l’efficacité alimentaire, la mesure directe de l’ingestion étant trop coûteuse et complexe • Analyse de vidéo : automatisable, mesure en continu Vikings Genetics Mais qui comporte des défis pour : • Identifier l’animal • Estimer l’ingestion et le poids corporel • Traiter en continu les images • Gérer le volume de données générées
- 5. Diverses thématiques • 2 Sessions « Bovins allaitants », 3 sessions bovins laitiers dont une intitulée « le phénotype est roi » et une session « communications libres » • Survie des jeunes • Résilience • Fertilité • Stress thermique • Qualité de la viande… 5 • Et côté UMT ? • S. Taussat : précocité sexuelle des génisses Charolaises
- 6. Environnement et GES 6 • 2 sessions dédiées autour de l’environnement et les GES, mais également une session sur les solutions génétiques pour atteindre la neutralité carbone en élevage • Sur la précision de la mesure, sur son mode d’expression • Différentes analyses génétiques (h² et corrélations avec les caractères de production, d’efficacité alimentaire) sur des données issues de GreenFeed, Sniffers • L’utilisation de proxies à partir du MIR du lait • Lien entre le microbiote ruminal et les émissions de GES
- 7. Avec les aspects réchauffement climatique et l’étude des interactions GxE • Pas de session spécifique sur l’adaptation / tolérance à la chaleur • Mais thématique présente dans de nombreuses sessions • Nombreuses analyses de résilience des animaux face à la chaleur sur divers caractères • Lien méthodologique avec l’intégration des GxE dans les modèles d’évaluation génétique • Et côté UMT ? • A. Vinet : interactions Génétique x Index Température-Humidité (THI) sur les caractères de production et de santé de la mamelle en Montbéliarde (cf présentation suivante) • S. Aguerre : interactions GxE avec un environnement défini par les effets troupeau en lait et cellules sur les caractères de santé de la mamelle en Normande
- 8. Merci de votre attention 13 octobre 2022 UMT e-Bis contact@umt-e-bis.com
Notes de l'éditeur
- Bonjour à tous, Je vais vous présenter les différents sujet d’intérêt du WCGALP autour de la thématique nouveaux caractères
- Nous avons eu 2 sessions dédiées sur la santé, mais également 2 sur les maladies infectieuses avec des aspects méthodologiques sur lesquelles Chris reviendra… La thématique santé était également disséminée dans de nombreuses autres sessions. Elle allait de l’étude spécifiques à différents stades de vie comme la santé des veaux à celles de pathologies comme les lésions podales, l’acétonémie, l’utilisation de données de robot comme la conductibilité du lait pour des caractères de santé de la mamelle, la résistance aux tiques, jusqu’aux aspects sur les interactions sociales entre bovins au sein des troupeaux, jusqu’aux attentes sociétales en terme de santé et bien-être. Du côté de l’UMT, il y a eu des présentations De Marie-pierre sanchez sur le développement… qui vous a été présenté lors d’un précédent webinaire, De Pauline Martin sur l’analyse … obtenu dans le cadre du projet Healthycalf, où des régions et de possible gènes candidats ont été mis en évidence De moi-même sir la valorisation qui a permis de développer une évaluation SS pour 4 caractères de santé dans un cadre privatif Et de Sophie Mattalia sur l’utilisation…
- Nous avons également eu 2 sessions dédiées à allocation des ressources, ingestion et efficacité alimentaire… mais cette thématique était également présentes dans d’autres sessions axées sur le challenge inhérent à ce caractère en terme de phénotypage. Il y a eu des présentations sur des aspects plus méthodologique, sur comment mieux modéliser ces données pour en tirer le meilleur, mais également sur l’utilisation de proxies à partir du MIR du lait Du côté UMT, on note notamment Une présentation de Thierry tribout sur les liens … De rachel lefebvre sur l’utilisation Et le travail de Pauline et Vincent Ducrocq sur l’intérêt d’une collaboration internationale pour accroitre le nombre de données disponibles (ici 4 pays et 4000 vaches pour lesquels nous disposions des ingestions et des poids vifs) et le développement d’un modèle plus perfomrant pour l’analyse génétique du RFI (résidual Feed intake)
- Je reviens un peu plus spécifiquement sur les aspects phénotypages. Ce n’est pas la première fois que ce type de présentation est faite dans le cadre du congrès mondial, mais de plus en plus d’équipes ont fait des présentations sur l’opportunité que nous offre l’analyse de données issues de capteurs et d’images vidéo, C’est une alternative pertinente aux phénotypage de l’efficacité alimentaire dont le phénotypage est complexe, coûteux et laborieux (en temps) car il nécessite à la fois des mesures de la matière sèche ingérée (DMI) et du poids corporel (BW), et est souvent limiter à des périodes de vie restreinte (phase de croissance, début lactation…) car généralement avec des auges individuelles L’analyse de vidéo a l’intérêt d’être automatisable, de mesurer en continu ; mais elle comporte certains défis : de savoir identifier l’animal, d’estimer l’ingestion et le poids corporelle, de traiter en continu des images mais aussi de gérer le volume de données ainsi généré.
- Il y a également eu des sessions avec des thématiques plus ouvertes et variées. 2 sessions spécifiques sur les bovins allaitants, 3 sessions sur les bovins laitiers dont une intitulée « le phénotype est roi » et une session de communications libres où nous avons eu des présentations sur … Et du côté de l’UMT, Sébastien Taussat a présenter les résultats de travaux sur la précocité sexuelle des génisses Charolaises obtenus dans le cadre du projet PRECAVAL sur la base de données issues des unités expérimentales INRAE
- Une dernière thématique d’importance concernait l’environnement et les Gaz à Effet de Serre avec 2 sessions dédiées mais également une session sur les solutions génétiques à développer en vue d’atteindre la neutralité carbone en élevage Il y a eu des présentations sur le besoin de précision de ces mesures d’émission de méthane et sur l’impact de la précision de ces mesures sur les résultats, mais également sur le mode d’expression. Faut-il exprimer les émissions par kg de poids vif, par kg de lait produit chez les vaches laitières, par kg d’aliment ingéré… Le mode d’expression orientant largement par sa présentation sur le sens de la sélection qui sera proposés. Il y a eu de premiers résultats sur les analyses génétiques faites dans différentes populations, avec différents matériels principalement GreenFeed et Sniffers, des présentations de corrélations génétiques entre les émissions de méthane et les caractères de production, d’efficacité alimentaire, malheureusement pas toujours concordante Également des présentations sur l’utilisation de proxies à partir du MIR du lait et sur le lien entre le microbiote ruminal et les émissions de GES
- En lien avec les aspects environnements, il y a eu de nombreuses présentations sur les aspects réchauffement climatique, mais pas de session spécifique sur l’adaptation, la tolérance à la chaleur Il y a eu également de nombreuses présentations sur l’analyse de la résilience des animaux face à la chaleur sur divers caractères et des présentations plus méthodologique sur l’intégration des interaction Genotype milieu dans les modèles d’evaluation génétique Du côté de l’UMT, Aurélie vinet a présenté ses travaux sur les Interactions GxE où l’environnement est défini en fonction de l’index Température-Humidité (THI) sur les caractères de production et de santé de la mamelle en Montbéliarde, qu’elle va vous présenter d’ici quelques instants Et enfin, Sophie Aguerre a présenté une étude où l’environnement est défini par les effets troupeau en lait et en cellules et son analyse sur la santé de la mamelle en race Normande. Voilà pour un bref résumé de cette large thématique sur les nouveaux caractères…. Et je laisse la parole à Aurélie