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Protocole de Nagoya : 
principes et pratique
Jean‐Louis Pham
Comité Nagoya IRD
& UMR Diversité, Adaptation et Développement des 
plantes (DIADE), IRD Montpellier
nagoya@ird.fr
jean‐louis.pham@ird.fr
Séminaire IST Montpellier 05 décembre 2019 2
www.idlo.int/news/events/course‐establishing‐measures‐
implement‐nagoya‐protocol‐2017‐2018
https://naturaljustice.org/regional‐workshop‐on‐awareness‐raiding‐and‐
capacity‐building‐to‐support‐the‐abs‐mechanism‐under‐the‐nagoya‐
protocol‐chengdu‐china/
https://fr‐
fr.facebook.com/pg/ASEANBiodiversity/posts/
?ref=page_internal
Genèse de l’APA et principes
Le protocole de Nagoya
Un autre accord: le Traité International sur les ressources 
phytogénétiques
Enjeux pour la recherche et sa valorisation
Années 80
5
6
EO Wilson, BioScience 1985
La Convention sur la diversité biologique (CDB) ‐ 1992
7
Rencontre de plusieurs mouvements :
Prise de conscience de l’érosion de la biodiversité 
La connaissance scientifique
L’économie du vivant : Développement des biotechnologies et de 
la brevetabilité du vivant
Marché et droits de propriété intellectuelle (brevets)
L’affirmation de l’autochtonie et des savoirs locaux
Cristallisation des tensions : accusations de biopiraterie
http://gregoryzynda.com/
https://sites.duke.edu/amazonbiopiracy/policy‐issues/
1992, Convention
sur la Diversité Biologique (CDB)
8
Article premier 
• Conservation de la diversité biologique
• Utilisation durable de la diversité biologique
1992, Convention
sur la Diversité Biologique (CDB)
9
Article premier 
• Conservation de la diversité biologique
• Utilisation durable de la diversité biologique
• Partage juste et équitable des avantages découlant de 
l’utilisation de ressources génétiques
Ressource génétique au sens de la CDB:
 matériel biologique d’origine animale, végétale, 
microbienne ou autre
 de valeur effective ou potentielle
10
La CDB redistribue des droits pour favoriser la 
conservation et l’utilisation durable
de la biodiversité
Les états deviennent souverains sur leurs ressources 
génétiques
Les connaissances des populations locales et 
autochtones sont reconnues
CDB prend acte des droits de propriété intellectuelle sur 
les innovations biotechnologiques
Mécanisme : Accès aux ressources génétiques et aux 
connaissances traditionnelles associées et Partage juste 
et équitable des Avantages découlant de leur utilisation 
(APA)
(Access and Benefit‐Sharing – ABS)
La CDB est un accord multilatéral, mais l’APA s’organise sur la 
base d’accords bilatéraux entre le pays fournisseur et 
l’utilisateur
Les états étant souverains sur leurs ressources génétiques 
=> il leur revient d’organiser les modalités de l’APA, et 
d’encadrer ou non l’accès à leurs ressources génétiques
d’après L’APA pas à pas (FRB, 2017) 
Accès aux ressources génétiques et Partage juste et
équitable des Avantages découlant de leur
utilisation
(en anglais : Access and Benefit-Sharing – ABS)
d’après L’APA pas à pas (FRB, 2017) 
Accès aux ressources génétiques et Partage juste et
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(en anglais : Access and Benefit-Sharing – ABS)
PIC: Prior Informed Consent
MAT: Mutually Agreed Terms
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Le Protocole de Nagoya 
(COP 2010, entré en vigueur 
en 2014) précise les 
dispositions APA de la CDB et 
le cadre réglementaire :
• Accès
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Périmètre du Protocole de Nagoya
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Toute ressource génétique contenant des unités fonctionnelles 
de l’hérédité, à l’exception des cellules et tissus humains et 
autres ressources sous régime spécifique
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Dérivé : tout composé biochimique qui existe à l’état naturel 
résultant de l’expression génétique ou du métabolisme de 
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Connaissances traditionnelles associées
Utilisation 
activités de recherche et de développement sur la composition 
génétique et/ou biochimique de ressources génétiques, 
notamment par l’application de la biotechnologie
Benefit‐sharing
Examples of Monetary Benefit‐Sharing
 Access fee per sample collected
 Licence fees in case of commercialization
 Research funding
 Joint ownership of relevant intellectual property rights
 …
Examples of Non‐monetary Benefit‐Sharing
 Sharing of research and development results
 Contribution in education and training
 Access to scientific information relevant to biodiversity 
conservation
 Access to collections and databases
 … 18
Le Protocole de Nagoya 
(COP 2010, entré en vigueur 
en 2014) précise les 
dispositions APA de la CDB et 
le cadre réglementaire :
• Accès
• Partage des avantages
• Conformité
Les pays parties
• Mettent en place une autorité compétente
• Précisent les conditions d’accès à leurs 
ressources génétiques (=> certitude juridique)
• S’assurent que l’utilisation de ressources 
génétiques sur leur territoire est conforme 
aux exigences du pays fournisseur
20
PIC: Prior Informed Consent
Permit from the 
national competent
authority
Prior Informed Consent
Mutually Agreed Terms
USER 
of genetic resources
or associated
traditional
knowledge
PROVIDER
of genetic resources
or associated
traditional
knowledge
ACTIVITIES OF 
RESEARCH &
DEVELOPMENT
Monetary and non‐
monetary BENEFIT‐
SHARING for the 
conservation and the 
sustainable use of genetic
resources and associated
traditional knowledge
From FRB 2017
ABS Clearing House
https://absch.cbd.int/
IRCC
internationally recognized
certificate of complianceEnsuring legal certainty
Protocole de Nagoya = Régime général
Mais il existe des régimes spécifiques reconnus par 
le protocole
21
Une réponse aux
risques de ralentissement 
des échanges de ressources 
phytogénétiques et de 
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tout en restant compatible 
avec la CDB
Le TIRPAA
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Le Système Multilatéral du TIRPAA
 Le Système Multilatéral s’applique à une liste d’espèces 
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23
24
Système multilatéral
P
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Enjeux (1)
L’esprit et la lettre des règlementations APA ont un impact sur les 
activités de recherche et de valorisation
Accès
 Je ne suis pas libre de collecter  n’importe quoi n’importe où sans autorisation
Utilisation
 Les termes du contrat précisent l’utilisation que je peux faire du matériel biologique et des 
connaissances traditionnelles associées
Distribution
 La distribution à un tiers de matériels ou connaissances traditionnelles associées est 
subordonnée aux conditions agréées avec le fournisseur d’origine (Collections : attention !)
Partage des avantages
 Je contractualise ce partage (j’en fais déjà souvent sans le savoir) et je respecte le contrat
Enjeux (2)
Risques liés au non‐respect des 
règlementations APA
 Pénal : amendes, prison
 Financier : perte de contrats
 Scientifique : impossibilité de publier/valoriser sous peine d’accusation
 Réputation : perte de partenariats
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l’interprétation des textes et la diversité des procédures (ou 
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26
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Des états d’avancement variables, des règlementations multiples 
14/04/2006
revenu en droit 
commun le 
01/01/2018
08/09/09
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Rio 5/06/1992
FAO 29/06/2004
Nagoya 29/10/2010 
23/01/2012, 
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protocoles bio‐
communautaires
2014
Bonn 2000
28
Un foisonnement de textes et de procédures
En France : Grands principes structurant la loi pour la reconquête
de la biodiversité, de la nature et des paysages
https://www.legifrance.gouv.fr/eli/loi/2016/8/8/2016‐1087/jo/texte
 Un régime général pour la faune et la flore, sous la
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La loi prévoit un régime général pour les RG qui ne sont pas couvertes par un régime spécifique. Il s’agit
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 Une procédure déclarative pour l‘accès aux ressources génétiques sans objectif de développement commercial
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 Une procédure d’autorisation pour l’accès aux ressources génétiques ayant un objectif commercial
 Une procédure d’autorisation pour l’utilisation de connaissances traditionnelles associées aux ressources
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 Des régimes spécifiques (faune domestique, flore cultivée,
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Agriculture, Santé)
 RG des espèces végétales sauvages apparentées, des espèces domestiquées ou cultivées, des espèces objets
de sylviculture : MAA
 RG collectées par les laboratoires en vue de la prévention, la surveillance et la lutte contre les dangers sanitaires
concernant les animaux, les végétaux et la sécurité sanitaire des aliments, la prévention et la maîtrise des
risques graves pour la santé humaine : un décret en CE est en préparation par le ministère de la santé
Régimes spécifiques en France
Espèces domestiques
Espèces modèles
Micro organismes
Outremer
25/09/2018 Journée d'information et d'échanges : Premiers pas sur l'APA 31
Une multiplication des procédures pour la recherche
Une approche fragmentée et des négociations 
au cas par cas
projet par projet
fournisseur par fournisseur
©Franquin
http://biodiv.mnhn.fr/convention/le‐protocole‐
de‐nagoya‐sur‐l‐acces‐et‐le‐partage‐des‐
avantages/
www.abs‐initiative.info/abs‐simply‐explained/nagoya‐
protocol/
34
Science, 29‐06‐2018
Enjeux (3) Les publications
Risque à rendre publique une recherche mobilisant des 
ressources génétiques sans être en règle vis‐à‐vis des obligations 
APA (manquement éthique, accusations de biopiraterie)
Pas d’obligation formelle des revues (?)
 Obligations éthiques habituelles : consentement préalable 
Un élément du partage non‐monétaire des avantages
 Co‐signatures
 Partenaires/Public non académiques à mieux considérer: restitutions
35
Enjeux (4) Données de la recherche
« Statut APA »  des matériels biologiques et connaissances 
traditionnelles et de leur utilisation à l’origine des données : 
conformité avec la contractualisation 
Partage des avantages négocié
 Qui accède à quoi ? (Pendant et après, « As open as possible, as closed as 
necessary »)
 L’accès seul n’est pas en soi « juste et équitable »
• Renforcements des capacités des partenaires en analyse de données
• Pas si évdent
Plan de gestion de données : intégrer l’APA
36
Aujourd’hui non concernées par les réglementations sur l’APA
Revendications sur l’inclusion des DSI dans le périmètre de l’APA
 Intellectuellement fondées : si elle devait être réécrite aujourd’hui, la définition d’une 
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• Pour des raisons pratiques : Quantité et traçabilité des échanges
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 Levier de négociations : inclusion  cadre stratégique post 2020
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38
Enjeux (6)
39
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Organiser les conditions d'une recherche en 
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reconnaisse les droits et devoirs de chacun.
Projet CoEx : Gouvernance adaptative de la 
coexistence des systèmes de gestion de la 
diversité
Comité Nagoya IRD
Départements scientifiques
Direction des Affaires Juridiques
Service Innovation, Expertise et Valorisation
Direction des relations internationales et européennes
Personnes‐ressources (PSIP Biodiversité, SHS)
Piloté par
1 référent scientifique 
1 chargée de mission Nagoya/Ethique
41
Remerciements
Comité Nagoya IRD
Points APA Cirad, MNHN, UM, CNRS, Ifremer, Inra, FRB, Ministères Recherche, 
Agriculture, Environnement, …
25/09/2018 42

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