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rLARDY Jean-Pierre
Université LYON 1
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Sommaire
Le chercheur doit :
–S’informer
–Publier
–Archiver
–Évaluer et se faire évaluer
–Gérer so...
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S’informer
S’informer pour explorer un sujet :
 état de l’art avant de commencer une
thèse
 fair...
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S’informer
Suivre l’actualité scientifique :
• générale
Source d’information  quelques publicatio...
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S’informer
Rechercher une information ponctuelle :
• données numériques
• Propriétés physiques et ...
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S’informer
Savoir ce que font les autres :
• par l’information informelle
rencontres et discussion...
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S’informer
Faire de la veille
DSI = Diffusion Sélective de l’Information
Source d’information  le...
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S’informer
Les fonctions d’alerte des bases de données ou des collections de
jounaux électroniques...
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S’informer
• alerte sur profil = elle est basée sur un ou plusieurs
termes de recherche
Ex Science...
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S’informer
De nouvelles sources sont apparues
dernièrement :
– Google Scholar http://scholar.goog...
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Le web évolue : blogs et wikis
Les blogs
Définition : Pages web constituées de textes ...
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Les wikis
Définition : c’est un site web dynamique permettant à tout individu
d'en mod...
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Les fils RSS ou Atom permettent de récupérer
automatiquement :
• les tables des matièr...
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Les fils RSS ou Atom permettent de récupérer
automatiquement :
• les résultats d'une r...
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Publier
Tout chercheur doit publier pour la
reconnaissance de son travail :
C’est le fameux « pub...
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En sciences exactes et
biomédicales, l’article de
périodique est devenu le
média principa...
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Diffuser les connaissances scientifiques, c’est
– éclairer les décisions des acteurs publ...
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Valoriser la recherche en
– trouvant des partenaires : société de
valorisation
Ex : EZUS ...
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Les nouveaux moyens de publication
 le mouvement Accès Libre
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• Open Access : principe d'accès gratuit aux publications
scientifiques avec un ...
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• Public Library of Science - PLoS
http://www.plos.org
• Biomed Cen...
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De nouvelles pratiques :
EDP Sciences expérimente différentes formules :
• période de mis...
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Réactions des éditeurs
Pour convaincre les
chercheurs que les éditeurs
commerciaux admettent
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• HighWire Press
http://highwire.stanford.edu
Plus de 1 342 000 articles en texte intégra...
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Les bibliothèques numériques : une bibliothèque
numérique est une collection organisée de...
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Archiver
Différents types d’archives :
Par discipline :
• arXiv en physique lancé en 1991 arXiv.o...
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Evaluer
Depuis plus de 40 ans, l’ISI comptabilise les co-
citations.
– Journal Citation Reports (...
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• Citations
Web of Science est composé de 3 bases
interrogeables séparément ou simultaném...
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Evaluer
Il existe d’autres ressources d’évaluation
des articles et journaux.
Faculty of 1000,
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Evaluer
Des bases de données récentes proposent aussi les co-
citations  voir http://urfist.univ...
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Evaluer
Scholar Google
On retrouve le même article :
Risk of cardiovascular events and rofecoxib
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Evaluer
HighWire : certaines références donnent le lien
View Citation Map View Citation Map
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Gérer l’information
Un logiciel de gestion de bibliographie permet :
• La saisie et l’importation...
20 juin 2011 LARDY JP 35
Gérer l’information
Il existe des solutions commerciales :
• EndNote est le plus connu
http://www...
20 juin 2011 LARDY JP 36
Pour approfondir
Mouvement Accès Ouvert :
• http://www.inist.fr/openaccess/
• http://snhs-plin.ba...
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  • Serveurs de préprints
    http://bmiu.univ-bpclermont.fr/DOC_ELECTR/PageEnCours/PREPRINTS.htm
  • CRC handbook of chemistry and physics
    http://www.hbcpnetbase.com/
  • Thèse sur la communication en physique
    www.ujf-grenoble.fr/BUS/Ressources_Electroniques/
    Presentation_mai_2005_NPignard.pdf
    Mai 2005
    Nathalie Pignard-Cheynel
  • ALERT SERVICES
    http://marmaris.ku.edu.tr/sasrequest/alert_page/Alert.htm
  • AXIOM
    http://axiom.iop.org/
    ACM Digital Library
    http://portal.acm.org/
    BMJ
    http://bmj.bmjjournals.com/alerts/
  • Scholar Google
    http://scholar.google.com/
    Chercher : vioxx cardiovascular
    Peter Jacso
    http://www2.hawaii.edu/~jacso/scholarly/side-by-side2.htm
    --------------------------------
    OAIster
    http://oaister.umdl.umich.edu
    -------------------------------
  • URFIST.info
    http://www.urfist.info/
    Moteurs de recherche
    http://urfist.univ-lyon1.fr/risi/outils.htm
    The Role of RSS in Science Publishing
    Syndication and Annotation on the Web
    http://www.dlib.org/dlib/december04/hammond/12hammond.html
    D-Lib MagazineDecember 2004
    Volume 10 Number 12ISSN 1082-9873
  • URFIST.info
    http://www.urfist.info/
    Moteurs de recherche
    http://urfist.univ-lyon1.fr/risi/outils.htm
    The Role of RSS in Science Publishing
    Syndication and Annotation on the Web
    http://www.dlib.org/dlib/december04/hammond/12hammond.html
    D-Lib MagazineDecember 2004
    Volume 10 Number 12ISSN 1082-9873
  • Nature
    http://npg.nature.com
    What we do ?  newsfeed
    ---------------------------------
    American Institute of Physics RSS Feeds
    http://www.aip.org/rss.html
    Pour chaque journal, il y a plusieurs fils
    http://apl.aip.org/apl/rss.jsp
    ---------------------------------
    Pubmed
    http://pubmed.gov
    Send to : RSS feed
  • Nature
    http://npg.nature.com
    What we do ?  newsfeed
    ---------------------------------
    American Institute of Physics RSS Feeds
    http://www.aip.org/rss.html
    Pour chaque journal, il y a plusieurs fils
    http://apl.aip.org/apl/rss.jsp
    ---------------------------------
    Pubmed
    http://pubmed.gov
    Send to : RSS feed
  • Voir CNRS
    http://www.sg.cnrs.fr/drh/carriere/cherch/eval.htm
  • EDP
    http://www.edp-e-services.com
  • Serveurs de preprints
    http://bmiu.univ-bpclermont.fr/DOC_ELECTR/PageEnCours/PREPRINTS.htm
  • Faculty of 1000
    http://www.facultyof1000.com
  • SD
    pub-date > 1994 and pub-date < 2005 and TITLE-ABSTR-KEY(vioxx) and TITLE-ABSTR-KEY(cardio!)
    11 Articles Found That Cited:
    Risk of cardiovascular events and rofecoxib: cumulative meta-analysisThe Lancet, Volume 364, Issue 9450, 4 December 2004-10 December 2004, Pages 2021-2029
  • les outils du chercheur

    1. 1. Les outils du chercheu rLARDY Jean-Pierre Université LYON 1
    2. 2. 20 juin 2011 LARDY JP 2 Sommaire Le chercheur doit : –S’informer –Publier –Archiver –Évaluer et se faire évaluer –Gérer son information
    3. 3. 20 juin 2011 LARDY JP 3 S’informer S’informer pour explorer un sujet :  état de l’art avant de commencer une thèse  faire le point à la veille d’une publication ou d’une communication à un congrès Source d’information  les bases de données bibliographiques
    4. 4. 20 juin 2011 LARDY JP 4 S’informer Suivre l’actualité scientifique : • générale Source d’information  quelques publications peu nombreuses et multidisciplinaires comme La Recherche, Pour la Science, Science, Nature • sur un sujet particulier Source d’information  les bases de données Elles ont maintenant des mises à jour très rapides : quotidiennes et même en temps réel  les serveurs de pré-publications
    5. 5. 20 juin 2011 LARDY JP 5 S’informer Rechercher une information ponctuelle : • données numériques • Propriétés physiques et chimiques • techniques • réactions chimiques • …. Source d’information  handbooks, séries techniques …
    6. 6. 20 juin 2011 LARDY JP 6 S’informer Savoir ce que font les autres : • par l’information informelle rencontres et discussions aux congrès • le collège invisible : réseau de relations entretenu avec des chercheurs dans d'autres laboratoires • les outils PUSH (l’info arrive sur son poste de travail) : – Les listes de discussion – Les fils RSS des blogs
    7. 7. 20 juin 2011 LARDY JP 7 S’informer Faire de la veille DSI = Diffusion Sélective de l’Information Source d’information  les bases de données bibliographiques et les collections de e-journaux NB : il faut obligatoirement s’enregistre c’est-à-dire avoir un compte (gratuit) pour chaque ressource Ex SciencDirect : Register or Login--------: Password:------ Pubmed : My NCBI[Sign In] [Register]
    8. 8. 20 juin 2011 LARDY JP 8 S’informer Les fonctions d’alerte des bases de données ou des collections de jounaux électroniques permettent de rester averti des dernières informations dans ses domaines de recherche. Les différents producteurs de ressources électroniques emploient une terminologie variée. Une alerte de recherche est une demande de recherche programmée pour fonctionner automatiquement à une fréquence choisie et fournir un avertissement par mail des résultats. De même, une alerte de table des matières de revue est une notification par mail d’une nouvelle édition d’un journal. Exemple d’aide http://marmaris.ku.edu.tr/sasrequest/alert_page/Alert.htm
    9. 9. 20 juin 2011 LARDY JP 9 S’informer • alerte sur profil = elle est basée sur un ou plusieurs termes de recherche Ex ScienceDirect Save Search | Save as Search Alert Pubmed : My Saved Searches • alerte basée sur un article particulier = pour être averti – de la citation d’un article – d’une correction – d’une discussion SD : Save as Citation Alert Science : Alert me when new articles cite this article • recevoir les tables des matières (ToC) SD : Alert me when new Journal Issues are available
    10. 10. 20 juin 2011 LARDY JP 10 S’informer De nouvelles sources sont apparues dernièrement : – Google Scholar http://scholar.google.com – Scirus http://www.scirus.com – Windows Live Academic http://academic.live.com – OAIster http://oaister.umdl.umich.edu – …
    11. 11. 20 juin 2011 LARDY JP 11 S’informer Le web évolue : blogs et wikis Les blogs Définition : Pages web constituées de textes affichées et archivées automatiquement par ordre ante- chronologique, susceptibles d’être commentées et enrichies de liens externes. Ex : URFIST.info http://www.urfist.info Il existe de nombreux moteurs de recherche spécialisés sur les blogs comme Technorati http://www.technorati.com
    12. 12. 20 juin 2011 LARDY JP 12 S’informer Les wikis Définition : c’est un site web dynamique permettant à tout individu d'en modifier les pages à volonté. Il permet de communiquer et diffuser des informations rapidement, et de structurer cette information pour permettre d'y naviguer commodément. Le meilleur exemple est Wikipedia, l’encyclopédie libre http://fr.wikipedia.org Exemples : URFIST de Nice http://www.unice.fr/urfist/ LYON 1 : École doctorale http://biomserv.univ-lyon1.fr/wiki/e2m2vie/moin.cgi Paris 5 http://wiki.univ-paris5.fr Fluwiki http://www.fluwikie.com
    13. 13. 20 juin 2011 LARDY JP 13 S’informer Les fils RSS ou Atom permettent de récupérer automatiquement : • les tables des matières des derniers numéros de revues électroniques ex : Fils RSS des revues du groupe Nature http://www.nature.com/nphys/newsfeeds.html American Institute of Physics RSS Feeds http://www.aip.org/rss.html EDP Sciences http://www.edpsciences.org/index.cfm?id_langue=1&niv1=rss
    14. 14. 20 juin 2011 LARDY JP 14 S’informer Les fils RSS ou Atom permettent de récupérer automatiquement : • les résultats d'une recherche bibliographique dans une base de données par un fil RSS ex : dans Pubmed, Proquest avec Dissertations & Theses, Engineering Village 2, ou XPLORE d'IEEE
    15. 15. 20 juin 2011 LARDY JP 15 Publier Tout chercheur doit publier pour la reconnaissance de son travail : C’est le fameux « publish or perish » La carrière des chercheurs s’appuient sur leurs publications avec toutes les dérives liées à ce principe, en particulier le copier/coller, la surabondance …
    16. 16. 20 juin 2011 LARDY JP 16 Publier
    17. 17. 20 juin 2011 LARDY JP 17 Publier En sciences exactes et biomédicales, l’article de périodique est devenu le média principal de publication, suivi des communications aux congrès et pour les doctorants des posters.
    18. 18. 20 juin 2011 LARDY JP 18 Publier Diffuser les connaissances scientifiques, c’est – éclairer les décisions des acteurs publics et privés - participer aux débats science/société - développer la culture scientifique et technique et vulgariser la science en direction du grand public Production  livres, expositions, conférences grand public…
    19. 19. 20 juin 2011 LARDY JP 19 Publier Valoriser la recherche en – trouvant des partenaires : société de valorisation Ex : EZUS à Lyon 1 http://www.ezus-lyon1.fr – créant son entreprise : incubateur Ex : Créalys http://www.crealys.com – déposant des brevets Ex : INPI http://www.inpi.fr
    20. 20. 20 juin 2011 LARDY JP 20 Publier Les nouveaux moyens de publication  le mouvement Accès Libre • Définition de l’Open Access (OA) C’est la disponibilité libre de la littérature validée par les pairs l'Internet public, permettant à tout utilisateur de lire, télécharger, copier, distribuer, imprimer, rechercher ou lier le texte des articles.
    21. 21. 20 juin 2011 LARDY JP 21 Publier Archiver • Open Access : principe d'accès gratuit aux publications scientifiques avec un comité de lecture. Les coûts d’une archive sont négligeables. C'est aussi comme cela qu'on appelle le mouvement, initié à Budapest en 2002 par des scientifiques. • Open Archive : stockage des publications scientifiques par les auteurs ou des médiateurs institutionnels (bibliothèques) sans comité de lecture sur des serveurs fonctionnant avec un logiciel « Open Source » (généralement E-prints), permettant une interopérabilité avec d'autres serveurs et offrant un accès totalement gratuit.
    22. 22. 20 juin 2011 LARDY JP 22 Publier De nouveaux acteurs : • Public Library of Science - PLoS http://www.plos.org • Biomed Central http://www.biomedcentral.com/ • BioOne http://www.bioone.org
    23. 23. 20 juin 2011 LARDY JP 23 Publier De nouvelles pratiques : EDP Sciences expérimente différentes formules : • période de mise en accès libre - actualités ou archives ; • modèles économiques comme par exemple le modèle mixte pour lequel le choix est laissé à l’auteur de rendre ou non son article disponible gratuitement à l’intérieur d’une revue. De même on trouve Springer Open Choice, Blackwell Publishing Online Open, Oxford Open (mai 2005)….
    24. 24. 20 juin 2011 LARDY JP 24 Réactions des éditeurs Pour convaincre les chercheurs que les éditeurs commerciaux admettent l’auto-archivage, consultez le site : The SHERPA/ROMEO list http://www.sherpa.ac.uk
    25. 25. 20 juin 2011 LARDY JP 25 Publier • HighWire Press http://highwire.stanford.edu Plus de 1 342 000 articles en texte intégral issus de 942 journaux hébergés par HighWire • DOAJ http://www.doaj.org Répertoire de plus de 2 230 journaux, toutes disciplines et langues
    26. 26. 20 juin 2011 LARDY JP 26 Publier Les bibliothèques numériques : une bibliothèque numérique est une collection organisée de documents électroniques en accès libre et gratuit sur Internet, associée à une interface permettant la recherche et la consultation de ces documents. – NUMDAM http://www.numdam.org numérisation rétrospective des fonds mathématiques publiés en France – Persée http://www.persee.fr portail de revues scientifiques en sciences humaines et sociales
    27. 27. 20 juin 2011 LARDY JP 27 Archiver Différents types d’archives : Par discipline : • arXiv en physique lancé en 1991 arXiv.org • PubMed Central lancé en 1999 http://www.pubmedcentral.org/ Par institution : eScholarship - California Digital Library http://repositories.cdlib.org/ escholarship/ En France : • CDST http://hal.ccsd.cnrs.fr/ • La Cellule MathDoc http://mathdoc.emath.fr/
    28. 28. 20 juin 2011 LARDY JP 28 Evaluer Depuis plus de 40 ans, l’ISI comptabilise les co- citations. – Journal Citation Reports (JCR) permet la comparaison des périodiques de recherche à partir des citations tirées de plus de 8 400 périodiques de recherche. Il présente : – le facteur d'impact annuel par revue – l'évolution de l'impact des revues scientifiques – des informations statistiques basées sur des données de citations – une mesure qualitative des citations entre publications
    29. 29. 20 juin 2011 LARDY JP 29 Evaluer • Citations Web of Science est composé de 3 bases interrogeables séparément ou simultanément : – Arts & Humanities Citation Index – Science Citation Index Expanded – Social Sciences Citation Index On peut rechercher par référence citée – auteur cité (Cited author) – publication citée (Cited work)
    30. 30. 20 juin 2011 LARDY JP 30 Evaluer Il existe d’autres ressources d’évaluation des articles et journaux. Faculty of 1000, http://www.facultyof1000.com publié dans BMC, est un ensemble d'articles sélectionnés en sciences biologiques. Le classement est effectué par plus de 1000 chercheurs.
    31. 31. 20 juin 2011 LARDY JP 31 Evaluer Des bases de données récentes proposent aussi les co- citations  voir http://urfist.univ-lyon1.fr/cocitations.html ex ScienceDirect : http://www.sciencedirect.com pub-date > 1994 and pub-date < 2005 and TITLE-ABSTR-KEY(vioxx) and TITLE-ABSTR-KEY(cardio!) 11 Articles Found That Cited: Risk of cardiovascular events and rofecoxib: cumulative meta- analysis The Lancet, Volume 364, Issue 9450, 4 December 2004-10 December 2004, Pages 2021-2029
    32. 32. 20 juin 2011 LARDY JP 32 Evaluer Scholar Google On retrouve le même article : Risk of cardiovascular events and rofecoxib : cumulative meta-analysis P Jueni, L Nartey, S Reichenbach, R Sterchi, PA … - Lancet, 2004 - Peter Jüni, Linda Nartey, Stephan ... Cited by 49 -
    33. 33. 20 juin 2011 LARDY JP 33 Evaluer HighWire : certaines références donnent le lien View Citation Map View Citation Map
    34. 34. 20 juin 2011 LARDY JP 34 Gérer l’information Un logiciel de gestion de bibliographie permet : • La saisie et l’importation de références • L’interrogation de la base de données • La maintenance de la base de références • La liaison entre un document de traitement de texte et la base de données • La génération de bibliographie selon le style demandé par la publication
    35. 35. 20 juin 2011 LARDY JP 35 Gérer l’information Il existe des solutions commerciales : • EndNote est le plus connu http://www.endnote.com • RefWorks de CSA est disponible en ligne http://www.refworks.com Mais aussi des solutions Open source gratuites : • Bibus multi-plateforme http://bibus-biblio.sourceforge.net • Wikindx en ligne http://wikindx.sourceforge.net
    36. 36. 20 juin 2011 LARDY JP 36 Pour approfondir Mouvement Accès Ouvert : • http://www.inist.fr/openaccess/ • http://snhs-plin.barry.edu/Open_Access.htm Blogs, RSS • http://www.ccr.jussieu.fr/urfist/rss/index.htm Serveurs de pré-publications • http://bmiu.univ-bpclermont.fr/DOC_ELECTR/PageEnCours/PREPRINTS. Gérer sa bibliographie • http://urfist.univ-lyon1.fr/logiciels_gestion_doc.html

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