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Stickase
   Substrat


                       Etat de Transition        Produit


                       X    Si l’enzyme se lie au substrat
                            Aucune reaction ne se produit




L’enzyme ne reconner pas seulement le substrat,
Mais induire la formation de la transition d’état.
                                                     SV 3 (2010)
Nature de la Catalyse Enzymatique

● L’enzyme fournit une surface catalityque
● Cette surface stabilise l’état de transition
● Etat de transition transformé en produit

                        B
                 A

                  A    B     Surface Catalytique
L’enzyme stabilise l’état de transition
Energie changer
                                                      ST
    Energie éxigée (non catalyse)




                                                                                   Energie diminué
                                                     EST
                                           S

                                               ES
                                                                EP     P

                                                     Direction de Reaction
 T = Etat de Transition                                         quelle est la différence?
Le site Actif est une poche profonde

  Pourquoi l’energie necessaire pour atteindre
  l’état de transition est plus faible dans le site actif ?


                                      Magique poche
           +                     (1) Stabilize la transition
                                 (2) Expulse H2O
CoE (1)            (2)
                                 (3) Groupes Réactifs
(4)    -                         (4) Coenzyme
      (3)
Site Actif de l’Enzyme est plus profond que la
                liaison de Ac a Ag

 La liaison de Ac a Ag est   Le site actif de l’enzyme reconnait
 Complementaire.Aucune       le substrat, induire l’état de transition
 Reaction n’est produite.



            X
Le Site Actif évite l’influence de l’eau




                                    +
                                    -


Prevention de l’influence de H2O soutient la formation de liaison ionique stable
Cinetique Enzimatique




                                  Activité enzymatique
                Etudiant A
                      
Score




                   Etudiant B

                    Etudiant C


        0    1   2    3 4                                0   1   2     3          4
            Chapitres d’Examens                               [Substrat]

            Augmentation de la concentration de S,
            Changement de l’activité enzymatique
                                                                    SV 3 (2010)
Cinetique Enzimatique
Invertase (IT)
                                Sucre
Sucre non-reducteur                                        Energie reduite
                              Reducteur
                         IT
Saccharose                    Glucose + Fructose
HOCH2                           HOCH2                      HOCH2 HOCH2
              HOCH2 HOCH2         6                          6      1
     O                               O                          O
                   O                 5                       5
                                4              1                            2
         1        2
                                                                       3 OH
                                          2 OH                   4
         OH       HO                3              b                            b

                  H 2O                   CHO           1             H2C-OH
 HOCH2                              H-C-OH             2              C=O
              HOCH2 HOCH2
      O            O            HO-C-H                 3         HO-C-H
                                    H-C-OH             4             H-C-OH
              O                     H-C-OH             5             H-C-OH
                                    H2-C-OH            6         H2-C-OH
(temps fixe)
    S

    E

    P
    +

    ↓




                                     8
8




                                         Substrat (mmole)
7




                                     6
6
5




                                     4
4
3
2




                                     2
1
0




                                     0
      80

           60

                   40

                          20

                                 0
                Produit
Augmentation de la [Substrat]
Essentiel de la cinetique enzymatique

Theorie de l’état stationnaire


E+       S         E    S          E +P
Dans l’état d’équilibre,la production et la
consommation de l’état de transtion contenue dans
le meme niveau.
Constante ES a l’état stable


                    S
                                           P
Concentration




                              ES
                        E

                              Temps Réaction
Example d’Enzyme (Invertase)
1) Utilisation Enzyme → E
2) Ajouter S a differents [ ] → S
3) Mesure de Produit en Temps fixe (P/t)
4) (x, y) courbe hyperbolique , estimation → Vmax
5) y = 1/2 Vmax           → Km
                             Vmax
      1
      vo                          vo
                                 1/2
-1
Km            1
            Vmax
   Double reciproque1/S                Km Graph directe S
Cinetique Enzymatique
                                                              Graph Direct            Significance
  kcat /Km                               Vmax [S]                                       Ordre zero
                                     vo=
                                         Km + [S]                                       1 er ordre
      kcat
                                                                                               E3
 Turn over                                                                                     E2
  number                                                                                       E1



    k3 [Et]                        Vmax   &      Km
                                                                                       Competitive
     Unité                         Vitesse   Affinitée avec Double reciproque
  1 mole                          Maximum      le substrat




                                                                         Inhibition
   min
                                                                                      Non-competitive
Activitée spécifique
      unité            Activité
       mg
                                                                                      Uncompetitive


                                                                          SV 3 (2010)
Les Paramètres de la Cinétique Enzymatique
                               v0 = Vmax × K = k3 [Et] × K

Obtention   Vmax et Km                    Vmax [S]
                               vo =
                                         Km + [S]




                                                     Concentration de E
                                                     Proportionelle a la
          Ordre zero
                                           E3
                                           E2
      1er ordre                            E1
  [S] = faible→ élevée [S] = concentration fixée
Km: Affinité avec le Substrat

                   Vmax [S]                      Vmax
              vo =                       If vo =
                   Km + [S]                       2

Quand utilisant differents substrats    Vmax       Vmax [S]
 Vmax                                          =
              S2                         2         Km + [S]
         S1               S3
   1/2
                                        Km + [S] = 2 [S]
         S1 S2 S3
                                             Km = [S]
              Km    Affinités changes
Km: Example Hexokinase

 Glucose + ATP → Glc-6-P + ADP
nombre
       Glucose     Allose   Mannose Substrat
  1        CHO       CHO        CHO
  2      H-C-OH    H-C-OH   HO-C-H
  3    HO-C-H      H-C-OH   HO-C-H
  4      H-C-OH    H-C-OH     H-C-OH
  5      H-C-OH    H-C-OH     H-C-OH
  6     H2-C-OH   H2-C-OH    H2-C-OH



Km =     8        8,000       5        M
Turn Over Number, kcat

                        k1               k3
       E+S                        ES (v ) E + P
                        k2                o


Substrat en excé, k3 = kcat, turn over number (t.o.n)

Quand [substrat] est faible       (IV)            Deuxième ordre

            Vmax [S]              k3 [E][S]       k3
   vo =                       =               =        [E][S]
            Km + [S]              Km + [S]        Km
     Commence par eq M-M. Omettre le [substrat]    specificité Substrat
Turn Over Numbers of Enzymes


Enzymes                    Substrat            kcat (s-1)
Catalase                   H2O2            40,000,000
Anhydrase Carbonique       HCO3-               400,000
Acetylcholinesterase       Acetylcholine       140,000
 -Lactamase                Benzylpenicilline       2,000
Fumarase                   Fumarate                  800
proteine RecA (ATPase) ATP                                  0.4
     Le nombre de produit transformé de substrtat
     par une molecule d’enzyme en une seconde
Inhibition Enzymatique (Mechanisme)

                           I    Competitive                I    Non-competitive                    I    Incompetitive
                               Substrate                                                                E
    Dessin Guide




                                S                               S            E                I
                                                                                                    S

                                              E                          S         I                                      I
                                I
                                        Competition                                                         S      I
                            Inhibiteur Sur le site actif                       Site Different

                          E + S ← ES → E + P
                                →                               E + S ← ES → E + P
                                                                      →                            E + S ← ES → E + P
                                                                                                         →
Equation et Description




                           +                                     +       +                                  +
                           I                                     I       I                                  I
                          ↑
                          ↓                                     ↓↑      ↓↑                                 ↓↑
                          EI                                    EI + S →EIS                               EIS
                          [I] se lie seulement a [E]           [I] se lie a [E] libre ou au       [I] se lie seulement au complexe
                          libre,et se compite avec[S];          complexe [ES]                      [ES], augmentation [S] favorise
                          Augmentation [S] surmente            ; augmentation [S] ne peut         L’inhibition par[I].
                          L’Inhibition par[I].
                                                                surmenter l’inhibition [I].

                                                                                                            SV 3 (2010)
Inhibition Enzymatique (Graphiques)

                     I      Competitive                   I    Non-competitive                    I    Incompetitive
                                                   Vmax                                   Vmax                                  Vmax
                    vo                                        vo
                                                                                          Vmax’                                 Vmax’
graphiques




                                       I                                              I                                     I



                           Km Km’          [S], mM                 Km = Km’           [S], mM     Km’ Km                    [S], mM
                           Vmax inchangé                            Vmax diminué
                           Km augmenté                              Km inchangé                   Vmax & Km diminué
Double Réciproque




                                    1/vo   I                              1/vo    I                             1/vo
                                                                                                                        I
                                                                                                      Deux lignes
                         Intersecter                                                                  paralleles
                           a l’axe Y   1/ Vmax            Intersecter         1/ Vmax                               1/ Vmax
                                                            a l’axe X

                           1/Km            1/[S]                   1/Km           1/[S]                 1/Km            1/[S]

                                                                                                             SV 3 (2010)
Le Drogue Sulfamide est inhibiteur competitive
    Domagk (1939)

          Acide Para-aminobenzoique (PABA)

                                        Les bacteris besoins de PABA
              H2N-           -COOH      Pour la biosynthèse de l’acide
                                        Folique

                                        acide             acide
Precurseur                             Folique         Tetrahydro-
                                                         folique

                                       Les Sulfamides ont une
              H2N-           -SONH2    Structure similaire avec
                                       PABA, inhibent la
                                       croissance Bacterienne.
                 Sulfanilamide
               (anti-inflammation)
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● drogue Sulfamide (anti-inflammatoire)
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● inhibiteur Protease          Maladie d’Alzheimer



● protease HIV est crucial au cycle de HIV
   HIV protease (homodimer):     s unité 1   s unité 2
↑inhibiteur pour traiter AIDS      As         As         Symétrie
                                   p          p
  → aspartyl-protease Humain :    domaine 1 domaine 2 asymétrie

           (monodimer)              As       As
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Cinetique enzymatique

  • 2.
  • 3. Stickase Substrat Etat de Transition Produit X Si l’enzyme se lie au substrat Aucune reaction ne se produit L’enzyme ne reconner pas seulement le substrat, Mais induire la formation de la transition d’état. SV 3 (2010)
  • 4. Nature de la Catalyse Enzymatique ● L’enzyme fournit une surface catalityque ● Cette surface stabilise l’état de transition ● Etat de transition transformé en produit B A A B Surface Catalytique
  • 5. L’enzyme stabilise l’état de transition Energie changer ST Energie éxigée (non catalyse) Energie diminué EST S ES EP P Direction de Reaction T = Etat de Transition quelle est la différence?
  • 6. Le site Actif est une poche profonde Pourquoi l’energie necessaire pour atteindre l’état de transition est plus faible dans le site actif ? Magique poche + (1) Stabilize la transition (2) Expulse H2O CoE (1) (2) (3) Groupes Réactifs (4) - (4) Coenzyme (3)
  • 7. Site Actif de l’Enzyme est plus profond que la liaison de Ac a Ag La liaison de Ac a Ag est Le site actif de l’enzyme reconnait Complementaire.Aucune le substrat, induire l’état de transition Reaction n’est produite. X
  • 8. Le Site Actif évite l’influence de l’eau + - Prevention de l’influence de H2O soutient la formation de liaison ionique stable
  • 9. Cinetique Enzimatique Activité enzymatique Etudiant A   Score  Etudiant B  Etudiant C 0 1 2 3 4 0 1 2 3 4 Chapitres d’Examens [Substrat] Augmentation de la concentration de S, Changement de l’activité enzymatique SV 3 (2010)
  • 11. Invertase (IT) Sucre Sucre non-reducteur Energie reduite Reducteur IT Saccharose Glucose + Fructose HOCH2 HOCH2 HOCH2 HOCH2 HOCH2 HOCH2 6 6 1 O O O O 5 5 4 1 2 1 2 3 OH 2 OH 4 OH HO 3 b b H 2O CHO 1 H2C-OH HOCH2 H-C-OH 2 C=O HOCH2 HOCH2 O O HO-C-H 3 HO-C-H H-C-OH 4 H-C-OH O H-C-OH 5 H-C-OH H2-C-OH 6 H2-C-OH
  • 12. (temps fixe) S E P + ↓ 8 8 Substrat (mmole) 7 6 6 5 4 4 3 2 2 1 0 0 80 60 40 20 0 Produit Augmentation de la [Substrat]
  • 13. Essentiel de la cinetique enzymatique Theorie de l’état stationnaire E+ S E S E +P Dans l’état d’équilibre,la production et la consommation de l’état de transtion contenue dans le meme niveau.
  • 14. Constante ES a l’état stable S P Concentration ES E Temps Réaction
  • 15. Example d’Enzyme (Invertase) 1) Utilisation Enzyme → E 2) Ajouter S a differents [ ] → S 3) Mesure de Produit en Temps fixe (P/t) 4) (x, y) courbe hyperbolique , estimation → Vmax 5) y = 1/2 Vmax → Km Vmax 1 vo vo 1/2 -1 Km 1 Vmax Double reciproque1/S Km Graph directe S
  • 16. Cinetique Enzymatique Graph Direct Significance kcat /Km Vmax [S] Ordre zero vo= Km + [S] 1 er ordre kcat E3 Turn over E2 number E1 k3 [Et] Vmax & Km Competitive Unité Vitesse Affinitée avec Double reciproque 1 mole Maximum le substrat Inhibition min Non-competitive Activitée spécifique unité Activité mg Uncompetitive SV 3 (2010)
  • 17. Les Paramètres de la Cinétique Enzymatique v0 = Vmax × K = k3 [Et] × K Obtention Vmax et Km Vmax [S] vo = Km + [S] Concentration de E Proportionelle a la Ordre zero E3 E2 1er ordre E1 [S] = faible→ élevée [S] = concentration fixée
  • 18. Km: Affinité avec le Substrat Vmax [S] Vmax vo = If vo = Km + [S] 2 Quand utilisant differents substrats Vmax Vmax [S] Vmax = S2 2 Km + [S] S1 S3 1/2 Km + [S] = 2 [S] S1 S2 S3 Km = [S] Km Affinités changes
  • 19. Km: Example Hexokinase Glucose + ATP → Glc-6-P + ADP nombre Glucose Allose Mannose Substrat 1 CHO CHO CHO 2 H-C-OH H-C-OH HO-C-H 3 HO-C-H H-C-OH HO-C-H 4 H-C-OH H-C-OH H-C-OH 5 H-C-OH H-C-OH H-C-OH 6 H2-C-OH H2-C-OH H2-C-OH Km = 8 8,000 5 M
  • 20. Turn Over Number, kcat k1 k3 E+S ES (v ) E + P k2 o Substrat en excé, k3 = kcat, turn over number (t.o.n) Quand [substrat] est faible (IV) Deuxième ordre Vmax [S] k3 [E][S] k3 vo = = = [E][S] Km + [S] Km + [S] Km Commence par eq M-M. Omettre le [substrat] specificité Substrat
  • 21. Turn Over Numbers of Enzymes Enzymes Substrat kcat (s-1) Catalase H2O2 40,000,000 Anhydrase Carbonique HCO3- 400,000 Acetylcholinesterase Acetylcholine 140,000 -Lactamase Benzylpenicilline 2,000 Fumarase Fumarate 800 proteine RecA (ATPase) ATP 0.4 Le nombre de produit transformé de substrtat par une molecule d’enzyme en une seconde
  • 22.
  • 23. Inhibition Enzymatique (Mechanisme) I Competitive I Non-competitive I Incompetitive Substrate E Dessin Guide S S E I S E S I I I Competition S I Inhibiteur Sur le site actif Site Different E + S ← ES → E + P → E + S ← ES → E + P → E + S ← ES → E + P → Equation et Description + + + + I I I I ↑ ↓ ↓↑ ↓↑ ↓↑ EI EI + S →EIS EIS [I] se lie seulement a [E] [I] se lie a [E] libre ou au [I] se lie seulement au complexe libre,et se compite avec[S]; complexe [ES] [ES], augmentation [S] favorise Augmentation [S] surmente ; augmentation [S] ne peut L’inhibition par[I]. L’Inhibition par[I]. surmenter l’inhibition [I]. SV 3 (2010)
  • 24. Inhibition Enzymatique (Graphiques) I Competitive I Non-competitive I Incompetitive Vmax Vmax Vmax vo vo Vmax’ Vmax’ graphiques I I I Km Km’ [S], mM Km = Km’ [S], mM Km’ Km [S], mM Vmax inchangé Vmax diminué Km augmenté Km inchangé Vmax & Km diminué Double Réciproque 1/vo I 1/vo I 1/vo I Deux lignes Intersecter paralleles a l’axe Y 1/ Vmax Intersecter 1/ Vmax 1/ Vmax a l’axe X 1/Km 1/[S] 1/Km 1/[S] 1/Km 1/[S] SV 3 (2010)
  • 25. Le Drogue Sulfamide est inhibiteur competitive Domagk (1939) Acide Para-aminobenzoique (PABA) Les bacteris besoins de PABA H2N- -COOH Pour la biosynthèse de l’acide Folique acide acide Precurseur Folique Tetrahydro- folique Les Sulfamides ont une H2N- -SONH2 Structure similaire avec PABA, inhibent la croissance Bacterienne. Sulfanilamide (anti-inflammation)
  • 27. I E Sont Utilisés De manière Considérable ● drogue Sulfamide (anti-inflammatoire) inhibiteur competitive ● inhibiteur Protease Maladie d’Alzheimer ● protease HIV est crucial au cycle de HIV HIV protease (homodimer): s unité 1 s unité 2 ↑inhibiteur pour traiter AIDS As As Symétrie p p → aspartyl-protease Humain : domaine 1 domaine 2 asymétrie (monodimer) As As p p