Nouvelle méthode d’indexation, déployée au printemps en bovins laitiers, fruit d’une collaboration entre la recherche, les Unités de Service et les utilisateurs. Elle permet d’évaluer tous les animaux, génotypés ou non, dans une seule et même étape. Pourquoi ce changement et quels sont les impacts.

1. Single-Step, un pour tous, tous pour un
pour la génétique des bovins
Amandine Launay - Idele
7 octobre 2022

2. Qu’est ce que le Single-Step ?
2
..1980 ….
+
Pedigree
Performances
Index polygéniques
EvaluationPolygénique
Estimation des valeurs
génétiques des animaux grâce
à leurs performances en ferme
7 octobre 2022

3. ..1980 …. 2009
Qu’est ce que le Single-Step ?
3
+
Pedigree
Performances
Index polygéniques
EvaluationPolygénique
Estimation des valeurs génétiques
des animaux grâce à leurs
performances en ferme
+
Génotypes
Performances
corrigées
Index génomiques
EvaluationGénomique
Prise en compte du génome de
l’animal pour estimer son
potentiel génétique
7 octobre 2022

4. Qu’est ce que le Single-Step ?
4
..1980 …. 2009 …. …. 2022
EvaluationPolygénique
Estimation des valeurs génétiques
des animaux grâce à leurs
performances en ferme
EvaluationGénomique
Prise en compte du génome de
l’animal pour estimer son
potentiel génétique
Pedigree
Performance
s
Génotype
s
Index single step
1
seule
étape
Le Single- Step
Evaluation des animaux avec
l’ensemble des informations
disponibles en une seule et même
étape.
7 octobre 2022

5. Qu’est ce que le Single-Step ?
•Concrètement
5
Pedigrees +
Performances +
Données zootechniques
Evaluation polygénique
Index « polygéniques »
Avant 2022
Performances précorrigées de la 1ère étape +
Génotypes
Evaluation génomique
Index « génomiques »
1
ère
étape
2
ème
étape
• Informations précoces sur de nombreux caractères
dès le plus jeune âge
• Sélection anticipée des animaux qui vont entrer en
production
• 2 index possibles, si performance et génotype
7 octobre 2022

6. Qu’est ce que le Single-Step ?
•Concrètement
6
Pedigrees +
Performances +
Données zootechniques
Evaluation polygénique
Index « polygéniques »
Avant 2022
Performances précorrigées de la 1ère étape +
Génotypes
Evaluation génomique
Index « génomiques »
1
ère
étape
2
ème
étape
• Informations précoces sur de nombreux caractères
dès le plus jeune âge
• Sélection anticipée des animaux qui vont entrer en
production
• 2 index possibles, si performance et génotype
Aujourd’hui
Pedigrees
Performances
Données zootechniques
Génotypes
Evaluation Single step
Index « single step »
• Meilleure interprétation des données
• Un seul index + précis
• En une seule étape
;
i
P
p
SINGLE STEP
7 octobre 2022

7. Qu’est ce que le Single-Step ?
•Concrètement
7
• Même Objectif: Quelle que soit la méthodologie, l’objectif des
évaluations est et restera toujours de calculer des index aux animaux
présents dans le système d’équations.
• L’index est une estimation du potentiel génétique de l’animal
animaux, c’est-à-dire ce qu’il peut transmettre à sa descendance
• Un index ≠ la performance de l’animal, sachant que la performance
de l’animal est impactée par de nombreux facteurs non génétiques
(alimentation, conduite de l’élevage, âge, climat, etc.)
On change:
• La méthodologie
On garde:
• Les mêmes données en
entrée
• Des index en sortie
P = G +E

8. Quels sont les bénéfices de ce
changement
• Bénéfice 1 : une revalorisation des index
8
+6 +4
♀
♂
Moyenne
descendance:
+5
Présélection génomique
+6
En élevage
+6
+6 +7
+5
+2
+5
Evaluation génomique
7 octobre 2022

9. Quels sont les bénéfices de ce
changement
• Bénéfice 1 : une revalorisation des index
• L’évaluation polygénique (étape 1 - avec performances) considère toujours que tous les
descendants d’un taureau ont reçu la moitié du potentiel de leur père de façon équilibrée,
or elle ignore que certains descendants ont été éliminés précocement !
=> Le niveau supérieur des animaux sélectionnés (étape 2) est attribué à des effets de
l’environnement plutôt qu’à la valeur génétique
=> sous-estimation du progrès génétique !
• Augmentation du biais avec les générations
• Un cercle vicieux s’installe alors avec un biais de plus en plus important avec le temps : les index
calculés et diffusés s’éloignent de plus en plus des vrais niveaux génétiques des animaux.
9
Effet de la présélection sur les évaluations
7 octobre 2022

10. Quels sont les bénéfices de ce
changement
• Bénéfice 1 : une revalorisation des index
• Avec le Single Step : Constat d’une correction de progrès génétique (ex: des mâles
évalués sur descendance pour le Lait)
10
Evaluations
Polygéniques
Evaluations
Single-Step
Le biais moyen augmente avec le temps :
- ~100 à 150 kg de Lait pour les naissances 2010
- ~300 à 350 kg de Lait pour les naissances 2014
Correction du biais
La correction est dépendante de
la race et du caractère : de la
date de démarrage de la
sélection génomique et de
l’intensité d’utilisation
7 octobre 2022

11. Quels sont les bénéfices de ce
changement
• Bénéfice 1 : une revalorisation des index
11
+6 +4
♀
♂
Moyenne
descendance :
+5
Présélection génomique
+6
En élevage
+6
+6 +7
+5
+2
+5
7 octobre 2022

12. Quels sont les bénéfices de ce
changement
• Bénéfice 2 : des prédictions génétiques plus précises
• Prise en compte en une seule fois de toutes les données disponibles
(pedigrees, performances, génotypes).
• Avant: les animaux non typés et avec performances n’étaient pas pris en compte dans
l’évaluation génomique
• BL, on limite la perte de performances car la quasi-totalité des taureaux sont typés et on peut
« résumer » les performances des filles non typées du taureaux chez le taureau-lui-même
• En BV, cette perte de performances est plus conséquente!
• Beaucoup d’animaux non typés sont liés à des animaux typés (au moins sur la voie male):
ils profitent de leur information génomique!
• Meilleure estimation de la valeur génétique vraie et du progrès génétique, via
la correction du biais de présélection
• L’index est une estimation avec le single-step, on se rapproche de la valeur génétique vraie.
12
7 octobre 2022

13. Quels sont les bénéfices de ce
changement
• Bénéfice 3 : Méthode reconnue et commune à toutes les
évaluations
• Le « single-step » sera très prochainement la méthode de référence
internationale en évaluation génétique bovine
• Cette méthodologie étudiée partout à travers le monde peut permettre de
corriger le biais de présélection !
• Pour toutes les filières (BL, BV), toutes les races, tous les caractères
• Toutes les races peuvent basculer en single-step, même celles qui disposent de
peu de typages
• Il n’y a plus de notion de « seuil » pour pouvoir commencer une évaluation
 Cela peut donc permettre à de nouvelles races d’accéder à la sélection
génomique. 13
7 octobre 2022

14. Quelles conséquences sur les
résultats
14
10 ans
7 octobre 2022

15. 1980 …. …. 2009 .... 2017 2019 2020 2021 2022
Le déploiement
15
EvaluationPolygénique
Estimation des valeurs génétiques
des animaux grâce à leurs
performances en ferme
Projetde finalisation(ASAP)
Etude de validation du logiciel de
calcul Single-Step
Travauxde Recherche
Développement du logiciel de calcul
Single-Step
Projet de déploiementdu Single-Step
(UniGéno)
Etude de l’ensemble des combinaisons race x
caractères en Single-Step
Implication des professionnels dans l’analyse
des résultats.
EvaluationGénomique
Prise en compte du génome de
l’animal pour estimer son potentiel
génétique
7 octobre 2022

16. Le déploiement
7 octobre 2022 16

17. 2009 .... 2017 2019 2020 2021 2022
Le déploiement
17
Projetde finalisation(ASAP)
Projetde déploiementdu Single-StepTravauxBL
(UniGéno)
Phase de Test:Pour développer les chaînes
d’évaluationet mesurer les impacts de ce changement
avec les professionnels (OS et ES)
Phase de Transition:Pour l’appropriation des résultats
par les OS et ES
8 races laitières
360 couples races x index
évalués et analysés
Travauxde Recherche

18. 2009 .... 2017 2019 2020 2021 2022
Le déploiement
18
Projetde finalisation(ASAP)
Projetde déploiementdu Single-StepTravauxBL
(UniGéno)
Phase de Test:Pour dévelopoer les chaînes
d’évaluationet mesurer les impacts de ce changement
avec les professionnels (OS et ES)
Phase de Transition:Pour l’appropriation des résultats
par les OS et ES
Mars-Avril 2022: Déploiement
du Single Step pour les 8 races
laitières, pour tous les caractères
Travauxde Recherche

19. Perspectives
• En BL, de nombreux autres pays devraient basculer leurs
évaluations en « single-step » dans les mois/années à venir
• Le passage au Single-Step en France va permettre à d’autres races
bovines d’accéder à la sélection génomique
• Mi parcours du projet de déploiement:
19
400 couples races x index
à évaluer et analyser en
BV
A partir de l’hiver 2023-2024:
Déploiement du Single Step
pour toutes les races
allaitantes, y compris celles
sans évaluation génomique
7 octobre 2022

20. Merci de votre attention
20
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idele.fr ou sur le site unigeno
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stand C1 (Hall 1)
D’autres questions: amandine.launay@idele.fr
7 octobre 2022