August 25th, 2016
THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION
Advanced data publishing
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Nicolas Noé
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Publication avancée de
données en utilisant l’IPT
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Content
●Cores and extensions
●Anatomy of a Darwin Core Archive
●Data Papers
●DOIs and citations
●Data filtering and trans...
Contenu
●Coeurs/Cores et extensions
●Anatomie d’un fichier Darwin Core Archive
●Data Papers
●DOIs et citation
●Filtrage et...
Available Core and extensions: overview
Apercu des coeurs et extensions disponibles
Core and extensions: concepts
●Each dataset has one and only one Core file
●Each core file corresponds to a dataset type:
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Coeurs et extensions: concepts
● Chaque jeu de données est composé d’un et un seul
fichier Coeur.
● Chaque coeur correspon...
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Coeurs et extensions: concepts
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Core and extensions: concepts
Examples:
●Core is Occurrence, with “multimedia” extension
●Core is Taxon, no extensions
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Coeurs et extensions: concepts
Exemples:
●Coeur Occurrence, avec extension multimédia.
●Coeur Taxon, pas d’extensions
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Anatomy of a Darwin Core Archive
Anatomie d’un fichier Darwin Core Archive
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Anatomy of a Darwin Core Archive
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Data papers
“... a searchable metadata document, describing a
particular dataset or a group of datasets, published in the
...
Data papers
“… un document de métadonnées référencé, décrivant un
(ou plusieurs) jeu(x) de données, publié sous forme d’un...
DOIs and citations
●On each registered dataset
●Also on data downloads
●Allows proper tracking/citations!
DOIs et citations
●Pour chaque jeu de données au GBIF
●Mais aussi sur les données téléchargées!
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translation
Filtrage et traduction des données
Advanced IPT features: connecting to a
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Connexion à une base de données
IPT Administration
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BID CE Workshop 1 - Session 13 - Advanced Biodiversity Data Publishing

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Presentation for a practical demonstration and discussion covering advanced IPT features and publication of a complex, sampling-event dataset. The emphasis will be put on the use of extensions and the core/extension relationship, but we will cover other topics such as database sources, row filtering / translation if time allows
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Présentation pour une démonstration pratique et discussion sur les fonctionnalités avancées de l’IPT et la publication d’un jeu de données complexe (données d’échantillonnage). L’utilisation des extensions et des relations coeur de standard/extensions sera particulièrement mise en avant, mais d’autres sujets seront également couverts comme la liaison de l’IPT à une base de données, le filtrage des lignes et la traduction en fonction du temps restant.

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BID CE Workshop 1 - Session 13 - Advanced Biodiversity Data Publishing

  1. 1. August 25th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Advanced data publishing using the IPT Nicolas Noé
  2. 2. August 25th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Publication avancée de données en utilisant l’IPT Nicolas Noé
  3. 3. Content ●Cores and extensions ●Anatomy of a Darwin Core Archive ●Data Papers ●DOIs and citations ●Data filtering and translation ●Connecting to a database ●IPT Administration
  4. 4. Contenu ●Coeurs/Cores et extensions ●Anatomie d’un fichier Darwin Core Archive ●Data Papers ●DOIs et citation ●Filtrage et traduction des données ●Connexion à une base de données ●Administration d’un IPT
  5. 5. Available Core and extensions: overview
  6. 6. Apercu des coeurs et extensions disponibles
  7. 7. Core and extensions: concepts ●Each dataset has one and only one Core file ●Each core file corresponds to a dataset type: Occurrence, Checklist or Sampling event. ●Each dataset can have one or more extensions file ●The aim of an extension is to add new data fields not present in the core. ●Each row in an extension file references one and only one row in the core (with an ID).
  8. 8. Coeurs et extensions: concepts ● Chaque jeu de données est composé d’un et un seul fichier Coeur. ● Chaque coeur correspond à un type de jeu de données: Occurrence, Checklist or Evenement d'échantillonnage. ● Chaque jeu de donnée peut avoir une ou plusieurs extensions. ● Le but d’une extension est d’ajouter des champs, en plus de ce qui est dans le coeur. ● Chaque ligne dans une extension référence une et une seule ligne dans le fichier coeur.
  9. 9. Core and extensions: concepts Implications of this relationship: Each entry in the core file is linked to zero, one or several rows in an extension file. Each row in an extension file reference one and only one core Row.
  10. 10. Coeurs et extensions: concepts Cette relation a des implications Chaque entrée dans le fichier coeur est liée à zéro, une ou plusieurs entrées dans un fichier d’extension. Chaque entrée dans un fichier d’extension référence une et une seule entrée dans le fichier coeur.
  11. 11. Core and extensions: concepts Examples: ●Core is Occurrence, with “multimedia” extension ●Core is Taxon, no extensions ●Core is Occurences, with multimedia and measurement extensions. ●Core is Event with Occurrence and Measurement extensions.
  12. 12. Coeurs et extensions: concepts Exemples: ●Coeur Occurrence, avec extension multimédia. ●Coeur Taxon, pas d’extensions ●Coeur Occurences, avec extensions multimédia et “mesures”. ●Coeur Event avec extension Occurrence et “mesures”.
  13. 13. Anatomy of a Darwin Core Archive
  14. 14. Anatomie d’un fichier Darwin Core Archive
  15. 15. Anatomy of a Darwin Core Archive
  16. 16. Anatomie d’un fichier Darwin Core Archive
  17. 17. Anatomy of a Darwin Core Archive
  18. 18. Anatomie d’un fichier Darwin Core Archive
  19. 19. Data papers “... a searchable metadata document, describing a particular dataset or a group of datasets, published in the form of a peer-reviewed article in a scholarly journal.”
  20. 20. Data papers “… un document de métadonnées référencé, décrivant un (ou plusieurs) jeu(x) de données, publié sous forme d’une revue à comité de lecture. ”
  21. 21. DOIs and citations ●On each registered dataset ●Also on data downloads ●Allows proper tracking/citations!
  22. 22. DOIs et citations ●Pour chaque jeu de données au GBIF ●Mais aussi sur les données téléchargées! ●Permet un suivi et des citations correctes des données.
  23. 23. Advanced IPT features: data filtering and translation
  24. 24. Filtrage et traduction des données
  25. 25. Advanced IPT features: connecting to a database
  26. 26. Connexion à une base de données
  27. 27. IPT Administration
  28. 28. Administration d’un IPT
  29. 29. August 25th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Advanced data publishing using the IPT Nicolas Noé
  30. 30. August 25th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Publication avancée de données en utilisant l’IPT Nicolas Noé

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