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AGEDOR
Webinaire schémas de sélection ovins lait
C N B L
Comité National
Brebis Laitières
Jean-Michel Astruc, le 22 novembre 2022
Bassins / races
Les effectifs raciaux
85000
74000
81000
281000
1084000
0 200000 400000 600000 800000 1000000 1200000
Corse
Manech tête noire
Basco-Béarnaise
Manech tête rousse
Lacaune
Population des 5 races de brebis laitières en France
0
1000
2000
3000
4000
5000
6000
7000
10082 béliers
0
1000
2000
3000
4000
5000
6000
7000
2260 béliers
0
2000
4000
6000
8000
10000
12000
14000
16000
18000
15433 béliers
0
100
200
300
400
500
600
805 béliers
Nombre de béliers « actifs » dans SIEOL
2/3 LAC
Nombre de béliers « actifs » dans SIEOL
13
4
7
7
2
39
20
10
22
29
12
41
9
22
9
20
10
20
10
2
37
6
7
8
19
4
8
3
25
1
4
13
4
14
2
73
3
5
29
6
15
8
43
11
4
5
66
21
10 14
31
5
0
5
10
15
20
25
30
35
0103091519212431323342466365717273778087
Département
BB
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
0103071519212421252639445763676869707379
Département
T&M
0
1
2
3
4
5
6
09 15 38 62 68 69
Département
Brigasque
Nombre de béliers vs nombre d’exploitations :
des zones blanches ☺
La stratégie d’amélioration génétique des brebis
laitières en France
▪ Sélection des races locales dans leur milieu de production
(fromages AOP basés sur la race)
7
▪ Sélection à l’échelle de la population (et pas uniquement à
l’échelle des éleveurs du schéma de sélection)
Une sélection efficace nécessite un investissement collectif très
complexe à mettre en œuvre du fait de l’atomisation des structures de
production (les élevages) et des organismes techniques et
économiques qui gravitent autour.
Les outils de sélection
3 principes de base qui ont nourri la conception et le
développement des programmes de sélection ovin lait
1er principe : optimisation dans l’espace =
Le schéma pyramidal et les outils de sélection qui en résultent
2ème principe : optimisation dans le temps =
Progressivité des objectifs de sélection
3ème principe : optimisation technique et économique des outils de
sélection de sélection
Les programmes de sélection ovin lait sont en cela originaux
(et incompris) par rapport aux bovins et aux caprins
Optimisation dans l’espace des outils de sélection
1er principe : un schéma pyramidal strictement respecté
Contrôle performance officiel
Centre d’IA
NOYAU DE
SELECTION
Centre d'élevage
Station de contrôle
individuel
LAIT : contrôle laitier simplifié
ELEVAGES
UTILISATEURS
Diffusion des béliers (brebis) vers le reste de la population
Sélection des béliers d'IA et de monte naturelle
10 à 20% de la
population totale
à sélectionner
Optimisation technique et économique des outils de sélection
3ème principe : CLO et méthode AC pour noyau sélection
ALLAITEMENT
AGNELAGE SEVRAGE TARISSEMENT
TRAITE EXCLUSIVE BI-QUOTIDIENNE
CONTROLE MENSUEL DE LA QUANTITE DE LAIT
x x x x x x x
METHODE AC
(quantité de lait) à la traite du matin ajustée pour le lait du tank
11
Coefficient AC =
𝐿𝑎𝑖𝑡 𝑡𝑎𝑛𝑘 2 𝑡𝑟𝑎𝑖𝑡𝑒
𝑆𝑜𝑚𝑚𝑒 𝑙𝑎𝑖𝑡𝑠 𝑐𝑜𝑛𝑡𝑟ô𝑙é𝑠 à 𝑙𝑎 𝑡𝑟𝑎𝑖𝑡𝑒 𝑐𝑜𝑛𝑡𝑟ô𝑙é𝑒
Lait jour = Lait contrôlé x coefficient AC
12
Pour les éleveurs non sélectionneurs = utilisateurs :
le Contrôle Laitier Simplifié (CLS)
ALLAITEMENT
AGNELAGE SEVRAGE TARISSEMENT
TRAITE EXCLUSIVE BI-QUOTIDIENNE
CONTROLE MENSUEL DE LA QUANTITE DE LAIT
x x x
Quantité de lait
uniquement 2 à 4 contrôles
Résultats : classement intra-troupeau pour SELECTION INTRA-TROUPEAU
Basé sur moyenne des
contrôles ou sur lactation
C’est un outil d’appui
technique et de diffusion de
la génétique
13
• Taille importante des troupeaux
• Vitesse de traite (en lots) élevée
Le contrôle qualitatif ( TB et TP) est coûteux
à mettre en œuvre comparativement
à la marge brute par brebis
OBLIGATION DE RATIONALISATION
Contrôle qualitatif partiel
Brebis en L1 (LAC, ROLP, COR) et L2 (LAC)
(x) x x x
COMPOSITION DU LAIT TB, TP, CCS
le matin
▪ Raisonner les passages au troupeau pour optimiser 3 échantillons à la brebis.
Aide à la décision SIEOL. 14
Pour les éleveurs sélectionneurs (CLO) : le contrôle
laitier qualitatif partiel
ALLAITEMENT
AGNELAGE SEVRAGE TARISSEMENT
TRAITE EXCLUSIVE BI-QUOTIDIENNE
CONTROLE MENSUEL DE LA QUANTITE DE LAIT
x x x x x x x
METHODE AC
(quantité de lait) à la traite du matin ajustée pour le lait du tank
15
Pour les éleveurs sélectionneurs (CLO) : le contrôle
laitier qualitatif partiel
Les variables d’indexation sont les taux et les CCS au matin
• Seule une partie du troupeau est échantillonné
• Seule une fraction des contrôles sont soumis à échantillonnage
 Allègement (85% vs méthode A4)
PERTINENT POUR LA GENETIQUE
➢ Utilisation taux contrôle laitier pour appui technique pas valide.
Les taux individuels non comparables entre brebis => pas utilisables
simplement pour la sélection. De plus risque de décision de sélection non
pondérées vis-à-vis des autres critères => décisions éleveur difficiles => taux
non diffusés aux éleveurs
➢ Utilisable pour réformer les brebis à CCS très élevés
Centre d’élevage et centre d’IA
Centre d’élevage des jeunes béliers
• Lieu de passage des béliers « génétiques »
• Garantie sanitaire et génétique
Centre d’IA
• Insémination en semence fraiche, faiblement diluée.
• L’insémination d’un jour se fait avec les béliers qui donnent de la semence ce
jour => les éleveurs ne peuvent pas choisir les béliers.
• C’est peut-être un plus pour le schéma de sélection.
• Cela évite aussi aux éleveurs de se leurrer …
Le contrat de sélection
➢ Discipline collective stricte, respectée
• Surveillance sanitaire des troupeaux
• Participation de tous, dans les mêmes proportions, à l’effort de
« testage » collectif des béliers, conservation d’un % de filles de jeunes
béliers
• Respect de la préemption des béliers par le collectif (et dans certains
cas de la propriété collective des béliers)
• Contrôle de performance, plan de monte, paternité
Quelques chiffres sur les schémas : le contrôle de performance
0%
10%
20%
30%
40%
50%
60%
70%
80%
90%
100%
Corse BB MTN MTR Lacaune
Nombre de brebis dans SIEOL
CLO CLS HCL
Corse BB MTN MTR Lacaune
CLO 19k 28k 11k 84k 193k
CLS 11k 10k 2.5k 31k 512k
HCL 55k 43k 61k 166k 379k
Nb élevages
CLO
53 85 32 205 380
Objectif : 20% des
éleveurs en sélection =
en contrôle de
performance officiel
Optimum technico-
économique
Quelques chiffres sur les schémas : la pratique de l’IA
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Corse BB MTN MTR Lacaune
%
IA : comparaison des différentes races
%IA adultes noyau % IA dans pop % IA diffusion
7661 IA
17143 IA
5446 IA
58442 IA
417851 IA
Quelques chiffres sur les schémas :
centre d’élevage et centre d’IA
MTR
780 Géno /
221 CE
186 IA
MTN
109 Géno /
34 CE
32 IA
BB
247 Géno /
76 CE
66 IA
Corse
375 CE
20 IA
Lacaune
3542 CE
309 IA
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000
Lacaune
♂ CE / mis à
l’IA
CE IA
0
100
200
300
400
500
600
700
800
900
BB MTN MTR Corse
Nombre de béliers CE / génotypés et mis à
l’IA
CE IA
27% 29%
5%
24%
9%
Quelques chiffres sur les schémas : les béliers améliorateurs
MTR
315
48 PAB
MTN 55
20 PAB
BB
114
26 PAB
Corse
26
12 PAB
Lacaune
659
72 PAB
0
100
200
300
400
500
600
700
Lacaune BB MTN MTR Corse
Nombre de béliers améliorateurs et de pères à béliers
PAB améliorateurs
Quelques chiffres sur les schémas
Corse BB MTN MTR Lacaune
Nombre total
IA
7661 17143 5446 58442 417 851
% IA noyau
(adultes)
48% 48% 43% 50% 86%
% IA (total) 9% 21% 7% 21% 39%
% IA diffusion 7% 27% 17% 31% 60%
Béliers CE 375 247 / 76 109 / 34 780 / 221 3542
Béliers
« testage »
20 66 62 186 309
Béliers
améliorateurs
26 114 55 315 659
Pères à béliers 12 26 20 48 72
SIEOL
Système d’Information en
Elevage Ovin Lait
▪ SIEOL : collecte, vérification, échange, stockage, valorisation
▪ Gestion au sein du même système des données génétiques et
d’appui technique des élevages ovins lait
▪ SIEOL est l’ossature sur laquelle s’appuie le service global apporté
aux éleveurs
▪ Outil collectif => accessible « gratuitement » (hors formation) – Sous
réserve adhésion CNBL …
SIEOL
TECHNICIEN
Cheptel
Contrôle Laitier (CLO, CLS)
Appui Technique
Outil mobile de saisie
CLEOPATRE, POMASIEOL
Extractions
INRAtion,
COUPROD,
Cap’2ER
Eleveur
éditions ou extraction
Outils
« organismes »
(hors périmètre SIEOL)
Venus, CBI
Régional
ARSOE – 1 seul ARSOE
(Soual) – optimisation
technico-économique
National
CTIG
SIEOL
ORGANISME
Client serveur : accès
base régionale en direct
Labo, OS, CIA
Laiteries (interpro)…
Organisation de SIEOL
ORGANISME
extractions
Indexation
CA 2A et CA2B
Ajaccio (2A) et
Bastia (2B)
OCL
SE Confédération Générale Roquefort
Millau (12)
ES & OCL
Ovitest
Rodez (12)
ES
Corsia
Aléria (2B)
ES
Les organismes de sélection
OS Upra Lacaune
Rodez (12)
OS Brebis Corse
Aléria (2B)
CDEO
Ordiarp (64)
ES & OCL
OS ROLP (races ovines
laitières des Pyrénées)
Ordiarp (64)
Unotec
Rodez (12)
OCL
EDE48 Mende (48)
MET81 Albi (81)
CA82 Montauban (82)
OCL
« Service global »
• Unité de l’organisme
• Unité du technicien
• OS/ES + CP + AT + IA
Les objectifs de sélection
Les objectifs et critères de sélection
Objectifs de sélection Critères de sélection
Augmenter la productivité laitière Production laitière à la traite
Améliorer la fromageabilité du lait TB et TP
Diminuer les infections mammaires Cellules somatiques
Améliorer la morphologie de la mamelle 4 postes (ANG, SIL, PLJ, POS ou ATT)
Diminuer le défaut de cornage Mesure à l’équerre des 2 cornes
Maintenir le standard de race Pointage des défauts
Rendre la race résistante à la tremblante PrP => ARR/ARR
Rendre la race résistante au parasitisme OPG (& HT)
Les objectifs et critères de sélection
1985
Lacaune
ROLP
Corse
2000 2016
2005
LAIT LAIT + RICHESSE LAIT + RICHESSE +
FONCTIONNEL
Organisation
du schéma
+ aptitudes
fromagères + aptitudes fonctionnelles et
résistance aux maladies
2022
ISOL = Index Synthétique Ovin Lait =
combinaison des index élémentaires
?
1965
+ efficience et
résilience
Les objectifs et critères de sélection : focus sur LAIT et TAUX
Objectif « laitier » principal : quantité de
matière sèche utile (liée à la quantité de
fromage)
Objectif « laitier » secondaire : taux de
matière sèche utile (liée au rendement
fromager)
LAIT QMSU
TMSU
R ~ 0.9
R ~ 0
R ~ -0.40
• La sélection laitière sélectionne la QMSU
(+ de fromages)
• Seule une sélection laitière efficace
dégrade le TMSU (- de rendement)
Les objectifs et critères de sélection
Lacaune
Lait
Taux
CCS
Mamelle
MTN Lait
Taux
CCS
Corse
Lait
Lait
Taux
CCS
Mamelle
ISOL = Index Synthétique Ovin Lait
BB,
MTR
Les objectifs et critères de sélection
Caractères hors ISOL (mais pour certains candidats à ISOL)
• Cornage (Corse)
• Morphologie fonctionnelle (béliers Lacaune)
• Résistance au parasitisme (BB et MTR)
• Standard
• Production de semence
Variabilité génétique - bien gérer les béliers (les familles), faire
attention aux accouplements interdits). Les brebis sont la source
de la variabilité (ATTENTION : il faut schéma de taille suffisante)
Sélection en ferme dans suffisamment d’élevages représentatifs
des systèmes d’élevage = garantie pour des animaux adaptés au
milieu, rustiques dans leur milieu
Les vertus de la sélection en ferme
▪ Les principaux caractères (Lacaune lait + Lacaune viande – aptitudes
maternelles) sélectionnés sont des caractères femelles. Donc mesurés en ferme.
▪ Lacaune lait : 190 sélectionneurs à Ovitest bien répartis dans le berceau de la
race, représentatifs des milieux pédoclimatiques et des systèmes d’élevage.
▪ Un bélier « testé » sur 40 filles réparties dans 5 à 10 élevages a un index robuste
pour tous les milieux.
▪ Les meilleurs béliers sont bons dans tous les systèmes.
→ La sélection en ferme est l’assurance qualité de la génétique car elle se
confronte à la diversité des fermes et des milieux. Elle atténue les éventuelles
interactions génétique x milieu
• Sélection laitière dans un milieu à « faibles contraintes »
• Sélection laitière dans un milieu à « fortes contraintes »
Gènes de production Gènes d’adaptation
Gènes de production Gènes d’adaptation
La sélection de la race locale dans son bassin de
production
La sélection génomique
Depuis 2015 en Lacaune
Depuis 2017 en ROLP
Depuis 2020 en Corse (avec palier en 2015 : pré-choix génomique mais testage)
Méthodologie d’indexation génomique : single step GBLUP
(Up-to-date – 7 ans d’avance sur les bovins)
Pedigree + performance + génotypages => index génomique
35
Schéma génomique vs schéma testage :
cas de la race Lacaune
6-mois
1.5 an
2.5 ans
3.5 ans
4.5 ans
5.5 ans
Diffusion
PAB et PAF
Attente résultats
Testage
Sélection ++
Génotypage agneaux (3-mois)
PAB & PAF génomiques
Sélection +++
Diffusion Sélection +
Sélection sur ascendance +
PrP des agneaux avant testage
Sélection sur ascendance + PrP des
agneaux avant génotypages
Diffusion :
Béliers d’IA + MN sélectionnés sur
ascendance
Diffusion :
Béliers d’IA + MN sélectionnés sur index
génomiques (les béliers « génomiques »)
Maintien pop ref
PAB et PAF
Schéma TESTAGE Schéma GENOMIQUE
36
Schéma génomique vs schéma testage :
cas des races ROLP et Corse
6-mois
1.5 an
2.5 ans
3.5 ans
4.5 ans
5.5 ans
Diffusion
PAB et PAF
Attente résultats
Testage
Sélection ++
Génotypage agneaux (3-mois)
PAB & PAF génomiques
Sélection +++
Diffusion Sélection +
Sélection sur ascendance +
PrP des agneaux avant testage
Sélection sur ascendance + PrP des
agneaux avant génotypages
Maintien pop ref
PAB et PAF
6.5 ans
Agneaux jeunes Agneaux jeunes
Diffusion :
Béliers d’IA + MN sélectionnés sur
ascendance
Diffusion :
Béliers d’IA + MN sélectionnés sur index
génomiques (les béliers « génomiques »)
Schéma TESTAGE Schéma GENOMIQUE
Pour un schéma (indexation) génomique, il faut disposer
d’une population de référence
Béliers
génotypés
Avec filles Profondeur
population référence
1er millésime
complet
Lacaune 28600 6707 1996-2022 2003
Manech TR 6343 3053 1998-2022 2000
Basco-Béarnaise 2089 969 1999-2022 1999
Manech TN 1160 621 1996-2022 1996
Corse 2175 344 2001-2022 2005
Béliers pour le CIA
(1/3 supérieur sur
IG)
= entretien pop réf
Béliers génomiques espoirs :
Mieux connus que les béliers
de MN d’élevages classiques,
avec possibilité d’acheter des
mâles + à +++
Béliers négatifs :
abattoir
+
++
+++
Erreur paternité
+ non assigné :
abattoir
Diffusion des index Lacaune, Corse et ROLP
Devenir des béliers génotypés
Classes (« croix ») selon ISOL
+, ++, +++
39
Sélection génomique : comment tirer parti du gain
génétique supplémentaire ?
➢ Appliquer une pression de sélection plus forte sur les caractères
actuellement sélectionnés
➢ Sélectionner de nouveaux caractères pour aller vers des
objectifs de sélection plus équilibrés (ex. adaptation &
résilience)
• challenge = phénotyper des nouveaux caractères
Surcoût pour le programme de sélection
Doit être pris en compte par l’ensemble de la filière
➢ Mieux gérer la variabilité génétique et la diversité génétique
avec les outil génomiques
Années 1960 à 1980
Organisation du schéma de sélection et quantité de lait
Années 1980-1990
Plus composition chimique du lait (aptitudes fromagères)
Années 1990-2020
Plus aptitudes fonctionnelles & résistance aux maladies
40
La sélection de nouveaux caractères
Quels caractères sélectionner ?
Quelles conséquences de la sélection laitière sur les
caractères fonctionnels?
Années 1990-2020
Plus efficience et résilience (transition agro-écologique et
changement climatique)
41
Intérêt affiché des organismes de sélection
pour ces nouveaux caractères
SMARTER et les caractères de résilience/efficience
42
Améliorer l’efficience … … en améliorant la résilience
Augmenter l’efficacité alimentaire
Optimiser la dynamique de la
mobilisation des réserves
corporelles
Diminuer les émissions de GES
Diminuer les maladies
Améliorer la reproduction,
La longévité, la survie des jeunes
Gérer les
compromis
Fermes expérimentales INRAe
+
Fermes privées
(15 en OL / 15 en caprins)
-Reproduction (incl. Échographie de gestation)
-Longévité, mortalité (périnatale), causes de
réforme
-Résistance aux parasites
-spectres MIR pour évaluer la santé au travers
du statut digestif et métabolique.
Caractères
d’efficience
Caractères de
résilience
Efficacité alimentaire
Émissions de gaz à effet de serre
Santé, résistance aux maladies
(dont parasitisme)
Comportement
Longévité
Survie du fœtus et du jeune
Documenter
l’environnement,
le milieu
Rations alimentaires, météo, données issues
de capteurs …
SMARTER et les caractères de résilience/efficience
Les résultats des schémas de sélection
Évolution comparée productivité laitière
0
50
100
150
200
250
300
350
400
1965
1966
1967
1968
1969
1970
1971
1972
1973
1974
1975
1976
1977
1978
1979
1980
1981
1982
1983
1984
1985
1986
1987
1988
1989
1990
1991
1992
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
2016
2017
2018
2019
2020
2021
Lait
(litres)
Campagne
BB
MTN
MTR
Lacaune
Corse
Toutes les races démarrent à 80-100 litres. Seule la brebis Corse est une race laitière.
Évolution génétique et du milieu - LAIT
% du progrès observé
sur la lait lié à la
génétique
BB – 80%
MTR – 63%
LAC – 93%
COR – 67%
Comment se construit le progrès génétique?
Progrès génétique (sur une voie)
=
Intensité de sélection x précision x écart-type génét. caractère
Intervalle entre génération
Différentielle de
sélection en unité
d’écart-type
Âge moyen des
parents des animaux
retenus
CD
ΔGglobal =
progrès MAB + progrès PAB + progrès PAF + progrès MAF
T MAB + T PAB + T PAF + T MAF
Mères à Béliers | Pères à Béliers | Pères à Filles | Mères à Filles
Quel progrès génétique peut-on attendre
d’un schéma de sélection efficace?
o 0.2 à 0.3 écart-type génétique par an (cas d’un schéma très efficace)
2 à 3% par an (C’EST CUMULATIF)
o Ex. d’écart-type génétique :
✓ production laitière : 30-35 litres en Lacaune
✓ TB : 4.9 g/l
✓ TP : 2.9 g/l
✓ CCS : équivalent à diminuer de 1/3 les CCS
o Possibilité de gagner 4 à 7 litres par an (selon les races) si sélection que sur le lait
o Si critère de sélection « équilibré » (lait + richesse + cellules + morphologie mamelle)
Gain espéré : 0,1 écart-type génétique maximum, soit 3 à 4 litres par an sur le lait
Le progrès génétique des races françaises
0,06
0,08
0,1
0,12
0,14
0,16
0,18
0,2
0,22
0,24
0,26
0,28
0,3
0,32
0,34
0,36
0,38
0,4
0,06
0,08
0,1
0,12
0,14
0,16
0,18
0,2
0,22
0,24
0,26
0,28
0,3
0,32
0,34
0,36
0,38
0,4
2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 2022
Gain
génétique
(en
écart-type
génétique)
Évolution du gain génétique depuis 2011
Lacaune MTR BB MTN Corse
Effet du
schéma
génomique
+61%
+25%
+6%
+31%
0.1 – 0.2
écart-type
génétique
0.3 – 0.35
écart-type
génétique
Évolution du taux de renouvellement
moyen selon les bassins
0,16
0,18
0,2
0,22
0,24
0,26
0,28
0,3
0,16
0,18
0,2
0,22
0,24
0,26
0,28
0,3
Évolution du taux de renouvellement selon les
bassins de production en OL
Rayon Corse Pyr-Atl
Forte stabilité du taux de renouvellement au cours du temps
Mais un peu plus ces dernières années
Schéma de sélection et démocratie
Les différences entre élevages : origine milieu
et origine génétique LAIT
0
50
100
150
200
250
300
350
400
450
500
Lac BB MTN MTR Corse
LAIT
(litre)
moyenne moy - 2 std P moy + 2 std P moy - 2 std G moy + 2 std G
Seulement 12 à 20 % des variations de LAIT entre
élevages sont d’origine génétique
Interactions Génotype x Environnement
52
Les béliers sélectionnés sont-ils adaptés à tous les systèmes d’élevage,
tous les environnement ?
Un objectif de sélection unique est-il pertinent ?
0
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
0,6
MY FC PC SCC
Heritability
System 1
System 2
System 3
System 4 0
0,2
0,4
0,6
0,8
1
MY FC PC SCC
Genetic
correlations
between
systems
1-2 1-3 1-4 2-3 2-4 3-4
Effet d’échelle limité Peu de reclassement entre
systèmes (caractères laitiers)
MY : milk yield
FC & PC : fat & protein contents
SCC : somatic cell score => La sélection est adaptée à la variété
des environnement où a race est élevée
Ex. Lacaune lait (Source: Buisson et al. EAAP 2020)
Amélioration génétique des
troupeaux hors bassins de
sélection : le possible
Contribution des différentes voies au progrès
génétique global (millésime 2022) - synthèse
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
MTR MTN BB Corse Lacaune
MAF
PAF
PAB
MAB
MAB + PAB = ~70% du progrès génétique, sauf Lacaune
MAF : 2.7 à 7.1% selon les races
• La sélection intra-troupeau (ou même entre 3 ou 4 troupeaux « voisins ») est peu
efficace à court / moyen terme.
• La voie femelle joue peu : les brebis sont un excellent carburant (réservoir de la
variabilité génétique) mais elles n’ont pas le moteur pour créer et surtout diffuser =>
il faut passer par les béliers.
• L’évolution génétique d’un troupeau dépend beaucoup plus de la qualité des béliers
utilisés pour la monte que de la pratique de la sélection des femelles intra-troupeau.
• Utiliser des béliers produits dans le noyau de sélection = bénéficier de tout l’effort de
sélection des sélectionneurs. De plus les béliers du noyau sont sélectionnés sur
l’ensemble des caractères d’intérêt.
• Plus le pool de gènes (voie mâles, voire voie femelles) sera issu du noyau de
sélection, plus l’écart génétique sera réduit avec le noyau de sélection.
(Attention aux problèmes sanitaires lorsqu’on introduit des brebis.)
50
100
150
200
250
300
350
400
Quantité
de
lait
(litres)
Année de production
Évolution de la quantité de lait (sélectionneurs – CLO - et
utilisateurs - CLS) En régime de croisière :
• Des courbes parallèles
=> les utilisateurs
progressent à la même
vitesse que les
sélectionneurs
• Diffusion par IA => 5-8
ans d’écart
➢ Une sélection collective
à l’échelle de la filière
(diffusion massive et
efficace)
Création et diffusion du progrès génétique
(exemple en Lacaune lait) 1/2
Les éleveurs utilisateur bénéficient pleinement du progrès créés par les
sélectionneurs, sous réserve d’utiliser des béliers nés et sélectionnés
dans la base de sélection
120
122
124
126
128
130
132
134
136
Richesse
du
lait
-
TMSU
(g/l)
Année de production
Évolution du TMSU (sélectionneurs – CLO - et
utilisateurs - CLS)
Campagne 1970 :
TMSU = 133 g/l
(source Cottier)
Niveau 1970
Création et diffusion du progrès génétique
(exemple en Lacaune lait) 2/2
Diffusion
Quel contrôle laitier hors bassins traditionnel ?
• Les éleveurs utilisateurs ont pour seule préoccupation le choix des mères à filles dans
leur élevage et l’élimination des moins bonnes laitières => un classement par tiers /
quart suffit.
• Le CLS est souple, flexible. Il permet un classement sur indice. Basé sur la moyenne des
contrôles (c‘est le plus robuste) ou sur un calcul de lactation (mais qui est faussé).
• Le contrôle qualitatif individuel pour la composition du lait (TB,TP) ne se justifie pas en-
dehors des élevages sélectionneurs => des taux en CLS ne permettraient pas une
mesure facilement utilisable. De plus, la relation entre quantité de lait et QMSU est
forte. La valeur ajoutée serait minime par rapport à l’approvisionnement en béliers de
qualité.
• Illusion des taux individuels : ATTENTION au critère de sélection pertinent : à l’échelle
troupeau, on ne sélectionne pas le TMSU mais la QMSU.
Quel contrôle laitier hors bassins traditionnel ?
MAIS :
• À l’instant t, seulement 10-15% des écarts entre troupeaux correspondent à des
différences de niveau génétique (85-90% dus aux effets de milieu -conduite,
technicité éleveur).
• => envisager des actions techniques complémentaires de la sélection
• Le suivi technique (incluant un contrôle laitier simplifié) est fondamental pour piloter
le troupeau (dont choix réforme et choix renouvellement).
• Les informations aux troupeau sont utiles à des fins de diagnostic : quantité de lait
produite chaque jour, effectif brebis traites, éventuellement analyse et suivi dans le
temps de la composition du lait du troupeau (par exemple toutes les semaines) en
tenant compte de la structure du troupeau.
• Des analyses de tank peuvent permettre de déclencher à bon escient un contrôle
individuel pour disposer des CCS (cas CCS de tank trop élevé).
CONCLUSION : a-t-on besoin d’une telle efficacité
génétique?
▪ Oui, sans nul doute.
▪ On a besoin d’efficacité génétique pour maîtriser la qualité du lait
(composantes fines du lait par exemple) et de la viande
▪ On a besoin d’efficacité génétique pour améliorer la forme de la
mamelle (bien-être de l’éleveur – du trayeur – et de la brebis)
▪ On a besoin d’efficacité génétique pour améliorer la santé des
animaux (cellules – parasitisme - résilience – longévité)
▪ On a besoin d’efficacité génétique pour construite la brebis de
demain, efficiente et résiliente, adaptée à la transition agro-
écologique.

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Webinaire schémas de sélection ovins lait

  • 1. AGEDOR Webinaire schémas de sélection ovins lait C N B L Comité National Brebis Laitières Jean-Michel Astruc, le 22 novembre 2022
  • 3. Les effectifs raciaux 85000 74000 81000 281000 1084000 0 200000 400000 600000 800000 1000000 1200000 Corse Manech tête noire Basco-Béarnaise Manech tête rousse Lacaune Population des 5 races de brebis laitières en France
  • 5. Nombre de béliers « actifs » dans SIEOL 13 4 7 7 2 39 20 10 22 29 12 41 9 22 9 20 10 20 10 2 37 6 7 8 19 4 8 3 25 1 4 13 4 14 2 73 3 5 29 6 15 8 43 11 4 5 66 21 10 14 31 5 0 5 10 15 20 25 30 35 0103091519212431323342466365717273778087 Département BB 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 0103071519212421252639445763676869707379 Département T&M 0 1 2 3 4 5 6 09 15 38 62 68 69 Département Brigasque
  • 6. Nombre de béliers vs nombre d’exploitations : des zones blanches ☺
  • 7. La stratégie d’amélioration génétique des brebis laitières en France ▪ Sélection des races locales dans leur milieu de production (fromages AOP basés sur la race) 7 ▪ Sélection à l’échelle de la population (et pas uniquement à l’échelle des éleveurs du schéma de sélection) Une sélection efficace nécessite un investissement collectif très complexe à mettre en œuvre du fait de l’atomisation des structures de production (les élevages) et des organismes techniques et économiques qui gravitent autour.
  • 8. Les outils de sélection
  • 9. 3 principes de base qui ont nourri la conception et le développement des programmes de sélection ovin lait 1er principe : optimisation dans l’espace = Le schéma pyramidal et les outils de sélection qui en résultent 2ème principe : optimisation dans le temps = Progressivité des objectifs de sélection 3ème principe : optimisation technique et économique des outils de sélection de sélection Les programmes de sélection ovin lait sont en cela originaux (et incompris) par rapport aux bovins et aux caprins
  • 10. Optimisation dans l’espace des outils de sélection 1er principe : un schéma pyramidal strictement respecté Contrôle performance officiel Centre d’IA NOYAU DE SELECTION Centre d'élevage Station de contrôle individuel LAIT : contrôle laitier simplifié ELEVAGES UTILISATEURS Diffusion des béliers (brebis) vers le reste de la population Sélection des béliers d'IA et de monte naturelle 10 à 20% de la population totale à sélectionner
  • 11. Optimisation technique et économique des outils de sélection 3ème principe : CLO et méthode AC pour noyau sélection ALLAITEMENT AGNELAGE SEVRAGE TARISSEMENT TRAITE EXCLUSIVE BI-QUOTIDIENNE CONTROLE MENSUEL DE LA QUANTITE DE LAIT x x x x x x x METHODE AC (quantité de lait) à la traite du matin ajustée pour le lait du tank 11 Coefficient AC = 𝐿𝑎𝑖𝑡 𝑡𝑎𝑛𝑘 2 𝑡𝑟𝑎𝑖𝑡𝑒 𝑆𝑜𝑚𝑚𝑒 𝑙𝑎𝑖𝑡𝑠 𝑐𝑜𝑛𝑡𝑟ô𝑙é𝑠 à 𝑙𝑎 𝑡𝑟𝑎𝑖𝑡𝑒 𝑐𝑜𝑛𝑡𝑟ô𝑙é𝑒 Lait jour = Lait contrôlé x coefficient AC
  • 12. 12 Pour les éleveurs non sélectionneurs = utilisateurs : le Contrôle Laitier Simplifié (CLS) ALLAITEMENT AGNELAGE SEVRAGE TARISSEMENT TRAITE EXCLUSIVE BI-QUOTIDIENNE CONTROLE MENSUEL DE LA QUANTITE DE LAIT x x x Quantité de lait uniquement 2 à 4 contrôles Résultats : classement intra-troupeau pour SELECTION INTRA-TROUPEAU Basé sur moyenne des contrôles ou sur lactation C’est un outil d’appui technique et de diffusion de la génétique
  • 13. 13 • Taille importante des troupeaux • Vitesse de traite (en lots) élevée Le contrôle qualitatif ( TB et TP) est coûteux à mettre en œuvre comparativement à la marge brute par brebis OBLIGATION DE RATIONALISATION
  • 14. Contrôle qualitatif partiel Brebis en L1 (LAC, ROLP, COR) et L2 (LAC) (x) x x x COMPOSITION DU LAIT TB, TP, CCS le matin ▪ Raisonner les passages au troupeau pour optimiser 3 échantillons à la brebis. Aide à la décision SIEOL. 14 Pour les éleveurs sélectionneurs (CLO) : le contrôle laitier qualitatif partiel ALLAITEMENT AGNELAGE SEVRAGE TARISSEMENT TRAITE EXCLUSIVE BI-QUOTIDIENNE CONTROLE MENSUEL DE LA QUANTITE DE LAIT x x x x x x x METHODE AC (quantité de lait) à la traite du matin ajustée pour le lait du tank
  • 15. 15 Pour les éleveurs sélectionneurs (CLO) : le contrôle laitier qualitatif partiel Les variables d’indexation sont les taux et les CCS au matin • Seule une partie du troupeau est échantillonné • Seule une fraction des contrôles sont soumis à échantillonnage  Allègement (85% vs méthode A4) PERTINENT POUR LA GENETIQUE ➢ Utilisation taux contrôle laitier pour appui technique pas valide. Les taux individuels non comparables entre brebis => pas utilisables simplement pour la sélection. De plus risque de décision de sélection non pondérées vis-à-vis des autres critères => décisions éleveur difficiles => taux non diffusés aux éleveurs ➢ Utilisable pour réformer les brebis à CCS très élevés
  • 16. Centre d’élevage et centre d’IA Centre d’élevage des jeunes béliers • Lieu de passage des béliers « génétiques » • Garantie sanitaire et génétique Centre d’IA • Insémination en semence fraiche, faiblement diluée. • L’insémination d’un jour se fait avec les béliers qui donnent de la semence ce jour => les éleveurs ne peuvent pas choisir les béliers. • C’est peut-être un plus pour le schéma de sélection. • Cela évite aussi aux éleveurs de se leurrer …
  • 17. Le contrat de sélection ➢ Discipline collective stricte, respectée • Surveillance sanitaire des troupeaux • Participation de tous, dans les mêmes proportions, à l’effort de « testage » collectif des béliers, conservation d’un % de filles de jeunes béliers • Respect de la préemption des béliers par le collectif (et dans certains cas de la propriété collective des béliers) • Contrôle de performance, plan de monte, paternité
  • 18. Quelques chiffres sur les schémas : le contrôle de performance 0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 100% Corse BB MTN MTR Lacaune Nombre de brebis dans SIEOL CLO CLS HCL Corse BB MTN MTR Lacaune CLO 19k 28k 11k 84k 193k CLS 11k 10k 2.5k 31k 512k HCL 55k 43k 61k 166k 379k Nb élevages CLO 53 85 32 205 380 Objectif : 20% des éleveurs en sélection = en contrôle de performance officiel Optimum technico- économique
  • 19. Quelques chiffres sur les schémas : la pratique de l’IA 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 Corse BB MTN MTR Lacaune % IA : comparaison des différentes races %IA adultes noyau % IA dans pop % IA diffusion 7661 IA 17143 IA 5446 IA 58442 IA 417851 IA
  • 20. Quelques chiffres sur les schémas : centre d’élevage et centre d’IA MTR 780 Géno / 221 CE 186 IA MTN 109 Géno / 34 CE 32 IA BB 247 Géno / 76 CE 66 IA Corse 375 CE 20 IA Lacaune 3542 CE 309 IA 0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500 4000 Lacaune ♂ CE / mis à l’IA CE IA 0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 BB MTN MTR Corse Nombre de béliers CE / génotypés et mis à l’IA CE IA 27% 29% 5% 24% 9%
  • 21. Quelques chiffres sur les schémas : les béliers améliorateurs MTR 315 48 PAB MTN 55 20 PAB BB 114 26 PAB Corse 26 12 PAB Lacaune 659 72 PAB 0 100 200 300 400 500 600 700 Lacaune BB MTN MTR Corse Nombre de béliers améliorateurs et de pères à béliers PAB améliorateurs
  • 22. Quelques chiffres sur les schémas Corse BB MTN MTR Lacaune Nombre total IA 7661 17143 5446 58442 417 851 % IA noyau (adultes) 48% 48% 43% 50% 86% % IA (total) 9% 21% 7% 21% 39% % IA diffusion 7% 27% 17% 31% 60% Béliers CE 375 247 / 76 109 / 34 780 / 221 3542 Béliers « testage » 20 66 62 186 309 Béliers améliorateurs 26 114 55 315 659 Pères à béliers 12 26 20 48 72
  • 23. SIEOL Système d’Information en Elevage Ovin Lait ▪ SIEOL : collecte, vérification, échange, stockage, valorisation ▪ Gestion au sein du même système des données génétiques et d’appui technique des élevages ovins lait ▪ SIEOL est l’ossature sur laquelle s’appuie le service global apporté aux éleveurs ▪ Outil collectif => accessible « gratuitement » (hors formation) – Sous réserve adhésion CNBL …
  • 24. SIEOL TECHNICIEN Cheptel Contrôle Laitier (CLO, CLS) Appui Technique Outil mobile de saisie CLEOPATRE, POMASIEOL Extractions INRAtion, COUPROD, Cap’2ER Eleveur éditions ou extraction Outils « organismes » (hors périmètre SIEOL) Venus, CBI Régional ARSOE – 1 seul ARSOE (Soual) – optimisation technico-économique National CTIG SIEOL ORGANISME Client serveur : accès base régionale en direct Labo, OS, CIA Laiteries (interpro)… Organisation de SIEOL ORGANISME extractions Indexation
  • 25. CA 2A et CA2B Ajaccio (2A) et Bastia (2B) OCL SE Confédération Générale Roquefort Millau (12) ES & OCL Ovitest Rodez (12) ES Corsia Aléria (2B) ES Les organismes de sélection OS Upra Lacaune Rodez (12) OS Brebis Corse Aléria (2B) CDEO Ordiarp (64) ES & OCL OS ROLP (races ovines laitières des Pyrénées) Ordiarp (64) Unotec Rodez (12) OCL EDE48 Mende (48) MET81 Albi (81) CA82 Montauban (82) OCL « Service global » • Unité de l’organisme • Unité du technicien • OS/ES + CP + AT + IA
  • 26. Les objectifs de sélection
  • 27. Les objectifs et critères de sélection Objectifs de sélection Critères de sélection Augmenter la productivité laitière Production laitière à la traite Améliorer la fromageabilité du lait TB et TP Diminuer les infections mammaires Cellules somatiques Améliorer la morphologie de la mamelle 4 postes (ANG, SIL, PLJ, POS ou ATT) Diminuer le défaut de cornage Mesure à l’équerre des 2 cornes Maintenir le standard de race Pointage des défauts Rendre la race résistante à la tremblante PrP => ARR/ARR Rendre la race résistante au parasitisme OPG (& HT)
  • 28. Les objectifs et critères de sélection 1985 Lacaune ROLP Corse 2000 2016 2005 LAIT LAIT + RICHESSE LAIT + RICHESSE + FONCTIONNEL Organisation du schéma + aptitudes fromagères + aptitudes fonctionnelles et résistance aux maladies 2022 ISOL = Index Synthétique Ovin Lait = combinaison des index élémentaires ? 1965 + efficience et résilience
  • 29. Les objectifs et critères de sélection : focus sur LAIT et TAUX Objectif « laitier » principal : quantité de matière sèche utile (liée à la quantité de fromage) Objectif « laitier » secondaire : taux de matière sèche utile (liée au rendement fromager) LAIT QMSU TMSU R ~ 0.9 R ~ 0 R ~ -0.40 • La sélection laitière sélectionne la QMSU (+ de fromages) • Seule une sélection laitière efficace dégrade le TMSU (- de rendement)
  • 30. Les objectifs et critères de sélection Lacaune Lait Taux CCS Mamelle MTN Lait Taux CCS Corse Lait Lait Taux CCS Mamelle ISOL = Index Synthétique Ovin Lait BB, MTR
  • 31. Les objectifs et critères de sélection Caractères hors ISOL (mais pour certains candidats à ISOL) • Cornage (Corse) • Morphologie fonctionnelle (béliers Lacaune) • Résistance au parasitisme (BB et MTR) • Standard • Production de semence Variabilité génétique - bien gérer les béliers (les familles), faire attention aux accouplements interdits). Les brebis sont la source de la variabilité (ATTENTION : il faut schéma de taille suffisante) Sélection en ferme dans suffisamment d’élevages représentatifs des systèmes d’élevage = garantie pour des animaux adaptés au milieu, rustiques dans leur milieu
  • 32. Les vertus de la sélection en ferme ▪ Les principaux caractères (Lacaune lait + Lacaune viande – aptitudes maternelles) sélectionnés sont des caractères femelles. Donc mesurés en ferme. ▪ Lacaune lait : 190 sélectionneurs à Ovitest bien répartis dans le berceau de la race, représentatifs des milieux pédoclimatiques et des systèmes d’élevage. ▪ Un bélier « testé » sur 40 filles réparties dans 5 à 10 élevages a un index robuste pour tous les milieux. ▪ Les meilleurs béliers sont bons dans tous les systèmes. → La sélection en ferme est l’assurance qualité de la génétique car elle se confronte à la diversité des fermes et des milieux. Elle atténue les éventuelles interactions génétique x milieu
  • 33. • Sélection laitière dans un milieu à « faibles contraintes » • Sélection laitière dans un milieu à « fortes contraintes » Gènes de production Gènes d’adaptation Gènes de production Gènes d’adaptation La sélection de la race locale dans son bassin de production
  • 34. La sélection génomique Depuis 2015 en Lacaune Depuis 2017 en ROLP Depuis 2020 en Corse (avec palier en 2015 : pré-choix génomique mais testage) Méthodologie d’indexation génomique : single step GBLUP (Up-to-date – 7 ans d’avance sur les bovins) Pedigree + performance + génotypages => index génomique
  • 35. 35 Schéma génomique vs schéma testage : cas de la race Lacaune 6-mois 1.5 an 2.5 ans 3.5 ans 4.5 ans 5.5 ans Diffusion PAB et PAF Attente résultats Testage Sélection ++ Génotypage agneaux (3-mois) PAB & PAF génomiques Sélection +++ Diffusion Sélection + Sélection sur ascendance + PrP des agneaux avant testage Sélection sur ascendance + PrP des agneaux avant génotypages Diffusion : Béliers d’IA + MN sélectionnés sur ascendance Diffusion : Béliers d’IA + MN sélectionnés sur index génomiques (les béliers « génomiques ») Maintien pop ref PAB et PAF Schéma TESTAGE Schéma GENOMIQUE
  • 36. 36 Schéma génomique vs schéma testage : cas des races ROLP et Corse 6-mois 1.5 an 2.5 ans 3.5 ans 4.5 ans 5.5 ans Diffusion PAB et PAF Attente résultats Testage Sélection ++ Génotypage agneaux (3-mois) PAB & PAF génomiques Sélection +++ Diffusion Sélection + Sélection sur ascendance + PrP des agneaux avant testage Sélection sur ascendance + PrP des agneaux avant génotypages Maintien pop ref PAB et PAF 6.5 ans Agneaux jeunes Agneaux jeunes Diffusion : Béliers d’IA + MN sélectionnés sur ascendance Diffusion : Béliers d’IA + MN sélectionnés sur index génomiques (les béliers « génomiques ») Schéma TESTAGE Schéma GENOMIQUE
  • 37. Pour un schéma (indexation) génomique, il faut disposer d’une population de référence Béliers génotypés Avec filles Profondeur population référence 1er millésime complet Lacaune 28600 6707 1996-2022 2003 Manech TR 6343 3053 1998-2022 2000 Basco-Béarnaise 2089 969 1999-2022 1999 Manech TN 1160 621 1996-2022 1996 Corse 2175 344 2001-2022 2005
  • 38. Béliers pour le CIA (1/3 supérieur sur IG) = entretien pop réf Béliers génomiques espoirs : Mieux connus que les béliers de MN d’élevages classiques, avec possibilité d’acheter des mâles + à +++ Béliers négatifs : abattoir + ++ +++ Erreur paternité + non assigné : abattoir Diffusion des index Lacaune, Corse et ROLP Devenir des béliers génotypés Classes (« croix ») selon ISOL +, ++, +++
  • 39. 39 Sélection génomique : comment tirer parti du gain génétique supplémentaire ? ➢ Appliquer une pression de sélection plus forte sur les caractères actuellement sélectionnés ➢ Sélectionner de nouveaux caractères pour aller vers des objectifs de sélection plus équilibrés (ex. adaptation & résilience) • challenge = phénotyper des nouveaux caractères Surcoût pour le programme de sélection Doit être pris en compte par l’ensemble de la filière ➢ Mieux gérer la variabilité génétique et la diversité génétique avec les outil génomiques
  • 40. Années 1960 à 1980 Organisation du schéma de sélection et quantité de lait Années 1980-1990 Plus composition chimique du lait (aptitudes fromagères) Années 1990-2020 Plus aptitudes fonctionnelles & résistance aux maladies 40 La sélection de nouveaux caractères Quels caractères sélectionner ? Quelles conséquences de la sélection laitière sur les caractères fonctionnels? Années 1990-2020 Plus efficience et résilience (transition agro-écologique et changement climatique)
  • 41. 41 Intérêt affiché des organismes de sélection pour ces nouveaux caractères
  • 42. SMARTER et les caractères de résilience/efficience 42 Améliorer l’efficience … … en améliorant la résilience Augmenter l’efficacité alimentaire Optimiser la dynamique de la mobilisation des réserves corporelles Diminuer les émissions de GES Diminuer les maladies Améliorer la reproduction, La longévité, la survie des jeunes Gérer les compromis Fermes expérimentales INRAe + Fermes privées (15 en OL / 15 en caprins) -Reproduction (incl. Échographie de gestation) -Longévité, mortalité (périnatale), causes de réforme -Résistance aux parasites -spectres MIR pour évaluer la santé au travers du statut digestif et métabolique.
  • 43. Caractères d’efficience Caractères de résilience Efficacité alimentaire Émissions de gaz à effet de serre Santé, résistance aux maladies (dont parasitisme) Comportement Longévité Survie du fœtus et du jeune Documenter l’environnement, le milieu Rations alimentaires, météo, données issues de capteurs … SMARTER et les caractères de résilience/efficience
  • 44. Les résultats des schémas de sélection
  • 45. Évolution comparée productivité laitière 0 50 100 150 200 250 300 350 400 1965 1966 1967 1968 1969 1970 1971 1972 1973 1974 1975 1976 1977 1978 1979 1980 1981 1982 1983 1984 1985 1986 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 Lait (litres) Campagne BB MTN MTR Lacaune Corse Toutes les races démarrent à 80-100 litres. Seule la brebis Corse est une race laitière.
  • 46. Évolution génétique et du milieu - LAIT % du progrès observé sur la lait lié à la génétique BB – 80% MTR – 63% LAC – 93% COR – 67%
  • 47. Comment se construit le progrès génétique? Progrès génétique (sur une voie) = Intensité de sélection x précision x écart-type génét. caractère Intervalle entre génération Différentielle de sélection en unité d’écart-type Âge moyen des parents des animaux retenus CD ΔGglobal = progrès MAB + progrès PAB + progrès PAF + progrès MAF T MAB + T PAB + T PAF + T MAF Mères à Béliers | Pères à Béliers | Pères à Filles | Mères à Filles
  • 48. Quel progrès génétique peut-on attendre d’un schéma de sélection efficace? o 0.2 à 0.3 écart-type génétique par an (cas d’un schéma très efficace) 2 à 3% par an (C’EST CUMULATIF) o Ex. d’écart-type génétique : ✓ production laitière : 30-35 litres en Lacaune ✓ TB : 4.9 g/l ✓ TP : 2.9 g/l ✓ CCS : équivalent à diminuer de 1/3 les CCS o Possibilité de gagner 4 à 7 litres par an (selon les races) si sélection que sur le lait o Si critère de sélection « équilibré » (lait + richesse + cellules + morphologie mamelle) Gain espéré : 0,1 écart-type génétique maximum, soit 3 à 4 litres par an sur le lait
  • 49. Le progrès génétique des races françaises 0,06 0,08 0,1 0,12 0,14 0,16 0,18 0,2 0,22 0,24 0,26 0,28 0,3 0,32 0,34 0,36 0,38 0,4 0,06 0,08 0,1 0,12 0,14 0,16 0,18 0,2 0,22 0,24 0,26 0,28 0,3 0,32 0,34 0,36 0,38 0,4 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 2022 Gain génétique (en écart-type génétique) Évolution du gain génétique depuis 2011 Lacaune MTR BB MTN Corse Effet du schéma génomique +61% +25% +6% +31% 0.1 – 0.2 écart-type génétique 0.3 – 0.35 écart-type génétique
  • 50. Évolution du taux de renouvellement moyen selon les bassins 0,16 0,18 0,2 0,22 0,24 0,26 0,28 0,3 0,16 0,18 0,2 0,22 0,24 0,26 0,28 0,3 Évolution du taux de renouvellement selon les bassins de production en OL Rayon Corse Pyr-Atl Forte stabilité du taux de renouvellement au cours du temps Mais un peu plus ces dernières années
  • 51. Schéma de sélection et démocratie Les différences entre élevages : origine milieu et origine génétique LAIT 0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 Lac BB MTN MTR Corse LAIT (litre) moyenne moy - 2 std P moy + 2 std P moy - 2 std G moy + 2 std G Seulement 12 à 20 % des variations de LAIT entre élevages sont d’origine génétique
  • 52. Interactions Génotype x Environnement 52 Les béliers sélectionnés sont-ils adaptés à tous les systèmes d’élevage, tous les environnement ? Un objectif de sélection unique est-il pertinent ? 0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 MY FC PC SCC Heritability System 1 System 2 System 3 System 4 0 0,2 0,4 0,6 0,8 1 MY FC PC SCC Genetic correlations between systems 1-2 1-3 1-4 2-3 2-4 3-4 Effet d’échelle limité Peu de reclassement entre systèmes (caractères laitiers) MY : milk yield FC & PC : fat & protein contents SCC : somatic cell score => La sélection est adaptée à la variété des environnement où a race est élevée Ex. Lacaune lait (Source: Buisson et al. EAAP 2020)
  • 53. Amélioration génétique des troupeaux hors bassins de sélection : le possible
  • 54. Contribution des différentes voies au progrès génétique global (millésime 2022) - synthèse 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 MTR MTN BB Corse Lacaune MAF PAF PAB MAB MAB + PAB = ~70% du progrès génétique, sauf Lacaune MAF : 2.7 à 7.1% selon les races
  • 55. • La sélection intra-troupeau (ou même entre 3 ou 4 troupeaux « voisins ») est peu efficace à court / moyen terme. • La voie femelle joue peu : les brebis sont un excellent carburant (réservoir de la variabilité génétique) mais elles n’ont pas le moteur pour créer et surtout diffuser => il faut passer par les béliers. • L’évolution génétique d’un troupeau dépend beaucoup plus de la qualité des béliers utilisés pour la monte que de la pratique de la sélection des femelles intra-troupeau. • Utiliser des béliers produits dans le noyau de sélection = bénéficier de tout l’effort de sélection des sélectionneurs. De plus les béliers du noyau sont sélectionnés sur l’ensemble des caractères d’intérêt. • Plus le pool de gènes (voie mâles, voire voie femelles) sera issu du noyau de sélection, plus l’écart génétique sera réduit avec le noyau de sélection. (Attention aux problèmes sanitaires lorsqu’on introduit des brebis.)
  • 56. 50 100 150 200 250 300 350 400 Quantité de lait (litres) Année de production Évolution de la quantité de lait (sélectionneurs – CLO - et utilisateurs - CLS) En régime de croisière : • Des courbes parallèles => les utilisateurs progressent à la même vitesse que les sélectionneurs • Diffusion par IA => 5-8 ans d’écart ➢ Une sélection collective à l’échelle de la filière (diffusion massive et efficace) Création et diffusion du progrès génétique (exemple en Lacaune lait) 1/2 Les éleveurs utilisateur bénéficient pleinement du progrès créés par les sélectionneurs, sous réserve d’utiliser des béliers nés et sélectionnés dans la base de sélection
  • 57. 120 122 124 126 128 130 132 134 136 Richesse du lait - TMSU (g/l) Année de production Évolution du TMSU (sélectionneurs – CLO - et utilisateurs - CLS) Campagne 1970 : TMSU = 133 g/l (source Cottier) Niveau 1970 Création et diffusion du progrès génétique (exemple en Lacaune lait) 2/2 Diffusion
  • 58. Quel contrôle laitier hors bassins traditionnel ? • Les éleveurs utilisateurs ont pour seule préoccupation le choix des mères à filles dans leur élevage et l’élimination des moins bonnes laitières => un classement par tiers / quart suffit. • Le CLS est souple, flexible. Il permet un classement sur indice. Basé sur la moyenne des contrôles (c‘est le plus robuste) ou sur un calcul de lactation (mais qui est faussé). • Le contrôle qualitatif individuel pour la composition du lait (TB,TP) ne se justifie pas en- dehors des élevages sélectionneurs => des taux en CLS ne permettraient pas une mesure facilement utilisable. De plus, la relation entre quantité de lait et QMSU est forte. La valeur ajoutée serait minime par rapport à l’approvisionnement en béliers de qualité. • Illusion des taux individuels : ATTENTION au critère de sélection pertinent : à l’échelle troupeau, on ne sélectionne pas le TMSU mais la QMSU.
  • 59. Quel contrôle laitier hors bassins traditionnel ? MAIS : • À l’instant t, seulement 10-15% des écarts entre troupeaux correspondent à des différences de niveau génétique (85-90% dus aux effets de milieu -conduite, technicité éleveur). • => envisager des actions techniques complémentaires de la sélection • Le suivi technique (incluant un contrôle laitier simplifié) est fondamental pour piloter le troupeau (dont choix réforme et choix renouvellement). • Les informations aux troupeau sont utiles à des fins de diagnostic : quantité de lait produite chaque jour, effectif brebis traites, éventuellement analyse et suivi dans le temps de la composition du lait du troupeau (par exemple toutes les semaines) en tenant compte de la structure du troupeau. • Des analyses de tank peuvent permettre de déclencher à bon escient un contrôle individuel pour disposer des CCS (cas CCS de tank trop élevé).
  • 60. CONCLUSION : a-t-on besoin d’une telle efficacité génétique? ▪ Oui, sans nul doute. ▪ On a besoin d’efficacité génétique pour maîtriser la qualité du lait (composantes fines du lait par exemple) et de la viande ▪ On a besoin d’efficacité génétique pour améliorer la forme de la mamelle (bien-être de l’éleveur – du trayeur – et de la brebis) ▪ On a besoin d’efficacité génétique pour améliorer la santé des animaux (cellules – parasitisme - résilience – longévité) ▪ On a besoin d’efficacité génétique pour construite la brebis de demain, efficiente et résiliente, adaptée à la transition agro- écologique.