-Methodologie- Comment rédiger un bon article scientique

1. Ecrire un article scientifique
Dr Bernard Faye

2. Pourquoi publier?
• Pour faire connaître mes travaux de
recherche
• Pour justifier mon travail (évaluation)
auprès de mon institution (écriture =
production)
• Pour être connu par la communauté
nationale et internationale
• Pour confronter mes résultgats à ceux des
autres chercheurs

3. « To publish or to perish »

4. Strategie de valorisation
Quel type de
publication ?
• Quel est le public visé par ma publication: chercheurs,
étudiants, techniciens, professionnels, grand public?
• Quel public peut être impliqué par mes résultats en cas de
publication scientifique?
Quel type de journal?
• Quel langue? (langue maternelle, français ou angalis??)
Publications (journal, livre,…): Quel journal?
Actes de séminaires
Rapports d’expertises
Publications de transfert et de vulgarisation
Journaux professionnels

5. Les types de publication
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PhD and MSci reports
Publication in International journal with impact factor
Publication in national journal with reading committee
Publication in national journal without reading commitee
Communication in international conferences
Communication in national conferences
Books and chapter in books
Short communication in scientific meetings
Technical report
Transfer and extension report
Leaflets and brochures
Newspapers
Teaching documents
Multimedia tools
Website
Large public publications

6. Facteur d’impact et bases de
données
• Le facteur d'impact estime indirectement
la visibilité d'une revue scientifique. C’est
le nombre moyen de citations de chaque
article publié dans ce journal.
• Une revue indexée est un article répertorié
dans les bases de données internationales
(Scopus, ISI,….) donc accessible à la
communauté scientifique.

7. Quelques règles de publications
• Choisir la revue cible
• Télécharger et lire les instructions aux auteurs
(références, unités de mesure (/ml ou /mL ou
mL-1, forme des paragraphes…..)
• Commencer par rédiger le plus facile (matériel
et méthodes par exemple)
• Soumission en ligne ou papier (de plus en plus
rare)
• Qui sont les co-auteurs???

8. Quelques règles de publication
• Les types d’articles de périodiques:
– Articles originaux (expérimentations,
enquêtes,…)
– Communications courtes (observations, cas
cliniques,…)
– Revue de synthèse
– Méta-analyses

9. Les auteurs
• Ceux qui ont collecté les données et à les analyser
• Ceux qui ont contribué aux analyses de laboratoire (nontechniciens?)
• Ceux qui ont contribué à l’écriture
• Ceux qui ont inspiré le travail (directeur de thèse, chef
de laboratoire)
Les techniciens, les agents de terrain sont dans les
remerciements
Les co-auteurs de convenance sont à éviter

10. Quelques règles de publication
• TITRE
• Doit inclure les mots-clefs afin de faciliter
les interrogations pertinentes dans lmes
bases de données internationales (ex.
Camelus inclut les espèces dromadaire et
autruche…)
• Doit être clair, précis et pas trop long
• Demande parfois un « titre courant »

11. Exemple
• Je veux comparer la composition globale
du lait (MG, protéines, lactose, minéraux,
matière sèche) du lait de dromadaire et du
Bactriane du Kazakhstan en utilisant une
analyse discriminante sur des échantillons
de lait réalisés à 4 saisons dans
différentes régions du pays.
• Quel est le titre????

12. The titre est….
• Faye B., Konuspayeva G., Messad S., Loiseau
G., 2008. Discriminant milk components of
Bactrian camel (Camelus bactrianus),
dromedary (Camelus dromedarius) and
hybrids. Dairy Sci. Technol., 88, 607-617
• Le titre courant est: Discriminant milk’s
components of camel species

13. Quelques règles de publication
• ABSTRACT (Résumé)
• Doit être rédigé avec beaucoup d’attention
(Base de données): il doit donner l’envie de lire
le papier
• Il doit fournir les principaux résultats
• Il doit être court (nombre de mots généralement
fixé)
• Il doit éviter les généralités
• En principe, il est rédigé en dernier.

14. Exemple de résumé
•
In Kazakhstan, the cohabitation of Bactrian, dromedary and their
hybrids is a common feature even within farms. The physico-chemical
composition of 147 milk samples from 57 Bactrians, 70 dromedaries
and 20 hybrids was determined. The samples came from 4 different
regions and were collected at 4 different seasons within a year.
Compared to dromedary, Bactrian camel’s milk had significantly
higher fat (6.67 vs 5.94%), vitamin C (177 vs 152 mg.L-1), calcium (1.30
vs 1.16 g.L-1), and phosphorus (1.07 vs 0.91 g.L-1). Iodine index value
was significantly higher in dromedary milk (16.69) than in Bactrian’s
(14.99). To distinguish Bactrian milk from dromedary milk, a
discriminant analysis was carried out after discarding seasonal and
regional variability. The discriminant parameters were phosphorus
(linear discriminant coefficient = -1.00), pH (-0.408), vitamin C (-0.377)
and fat content (-0.226), in higher concentrations in Bactrian milk than
in dromedary’s. Iodine index (0.287) was higher in dromedary milk.
After quadratic discriminant analysis, milk composition can predict
species with 75.4% well-classed. The milk composition of the hybrids
was intermediary but with a low discriminant power.

15. Quelques règles de publication
• INTRODUCTION
• Doit rappeler les objectifs de l’étude et son
contexte (background)
• Eviter la confusion entre objectifs, question de
recherche, hypothèse et méthodologie.
• L’introduction doit être courte
• EVITER LES GENERALITES!!!! (“Le dromadaire
est une espèce adaptée aux régions
arides……”)*
* Sauf si l’article parle des mécanismes d’adaptation

16. INTRODUCTION
• Hypothèse: Il y a une différence dans la
composition globale du lait entre le dromadaire
et le Bactriane car ce sont des espèces
différentes
• Question de recherche: Est-il possible de
déterminer l’origine spécifique d’un lait de
chamelle (dromadaire ou Bactriane) par la seule
analyse de sa composition globale?
• Objectif: Identifier les composants les plus
discriminants du lait afin de pouvoir distinguer
les espèces de camélidés

17. Quelques règles de publication
• MATERIEL ET METHODES
• Souvent, le plus facile à écrire
• Les moyens et la méthodologie pour répondre
aux objectifs, et les étapes (milestones) pour les
réaliser
• Spécifier clairement le matériel utilisé et les
(combien d’élevage, combien d’animaux, quels
types d’animaux, méthodes d’échantillonnage,
description des variables, types d’analyses
statistiques, analyses de laboratoire) afin de
juger de la pertinence des méthodes.

18. Quelques règles de publication
• Animaux: type et statut (race, stade physiologique, âge,
état sanitaire ou non, traitement ou non,…)
• Produits: origine, qualité, mode of préparation
• Echantillonnage: type (sang, lait, eau, sol,….), nombre,
rythme, place, procédure d’échantillonnage
• Analyses: type de détermination, appareil, méthodes
utilisés (référence ou description)
• Analyses statistiques: procédure, type d’analyses,
logiciel utilisé

19. Exemple (1)
• Procédure d’échantillonnage: “The samples
were randomly collected among Bactrian (n = 57),
dromedary (n=70) and hybrid (n=20) lactating she-camel
at the milking time in one private farm per region”
• Analyses de laboratoire: « Nitrogen (N) was
determined by the Kjeldahl method (Ref: ISO5983) and
the conversion N x 6.38 was used to quantify the total
protein. The density, skimmed dry matter and fat matter
were quantified using middle-infra-red
spectrophotometry equipment (Lactan-4). The iodine
index was measured by the Margoshes method [1]. The
iodine index expressed the mass of diiodin (I2) in gram
fixed by addition on 100 g of lipids”.

20. Example (2)
• Procédure statistique: “Because of the important number of
•
parameters describing the chemical composition of milk samples, their
various geographical and seasonal origins, and a secondary aim concerning
the comparison with hybrids, the statistical procedure followed 3 steps: (i)
The physico-chemical parameters candidates to the discrimination by factor
“species” were selected after the results of the adjustment of each
parameter by a simple linear model according to factors “species”,
“region” and “season” and the interactions of order one. (ii) For discarding
those effects, a data table including 127 milk samples from Bactrian camels
and dromedaries described by a set of parameters linked to species effect
was prepared. The elimination of regional and seasonal effects was
achieved with similar method described in detail by Doledec and
Chessel [9]; (iii) As the within-species covariance matrices were not equal,
a quadratic discriminant analysis was performed [30]. A discriminant
function was obtained. This function was a combination of the physicochemical parameters calculated so as to catch the maximum of proportion
of between-species variance”
“Statistical analyses were achieved with the MASS package [30] used with
the R statistical software [2]”.

21. Quelques règles de publication
• RESULTATS
• Doivent être précis sans excès (Eviter les doubles
informations texte/graphique/table).
• Doivent donner les points les plus importants
(commentaires sur les résultats statistiques par
exemple)
• Doivent fournir des pistes d’interprétation des résultats
• Les références bibliographiques ne sont pas admises
dans le chapitre « résultats »
• Eviter « les résultats sont rapportés dans le tableau
X…. »!!

22. Exemple
 Composition du lait selon les espèces
 Selection des variables indépendantes pour l’analyse
discriminante
 Analyse discriminante prédictive
 Ananlyse discriminante incluant les hybrides
6,8
Parame
ter
s
FM.%
Bactrian
6.67
2.93
Dromeda
ry
5.94
2.26
Hybrid
P value
*
6,6
6,4
6.09
0.04
1.81
6,2
FM%
6
5,8
5,6
5,4
Bactrian
Drom.
Hybrid

23. Exemple
• Mean and standard
error of principal
components in camel
raw milk in
Kazakhstan according
to the species and
probability level from
ANOVA are reported
in table II
• The Bactrian milk had
significantly higher
fat, vitamin C, calcium
and phosphorus
contents than the
dromedary’s (Tab. II).

24. Quelques règles de publication
• DISCUSSION
• Ne pas rappeler les résultats (avec les seuil de
signification!) sinon pour resituer avec ceux de la
littérature
• Comparer avec les résultats de la littérature pour aider à
l’interprétation de vos résultats
• Faire une analyse critique de mes résultats
• Faire une analyse critique des résultats de la litérature
• Interpréter mes résultats (ne pas se contenter des
aspects “factuels”
• Vous discutez VOS resultats

25. Exemple (1)
• Comparer vos résultats à ceux de la
littérature: « On average, milk production
is higher in dromedary than in Bactrian
camel (Faye, 2004), especially in the
Arvana breed, well-known for its high dairy
potential (Cherzekov and Saparov, 2004).
So, the lower concentrations of
components in dromedary milk could be
attributed to a dilution effect”

26. Exemple (2)
• Faire une analyse critique de vos résultats:
“The positioning of the “hybrid” group and its low
well-classed percentage could be linked to the
high heterogeneousness of this group. In our
study, the hybridizing level was not known. The
hybrids included F1 (Iner or Nar) as well as F2
(Kospak or kurt) or F3 animals. The
crossbreeding of F1 animals being achieved
with pure breed (dromedary or Bactrian), it was
not surprising to find a high part of F2 hybrids
closely related to one or other species”.

27. Exemple (3)
• Faire une analyse critique des résultats de la
littérature: “According to Farah [12], the reported range
was 25-60 mg.L-1 which was lower than our results in the
both species. Ascorbic acid concentration differed
significantly between Sudanese camel breeds [23].
Ascorbic acid is highly unstable (especially with
temperature change). In our study, vitamin C was
determined in fresh milk, contrarily to the other authors
[13, 23] who had analyzed frozen milk. So, the observed
differences in vitamin C milk concentration could be
partly explained by the analytical conditions, and
probably also by the used methods”.

28. Quelques règles de publication
• REFERENCES
• Réaliser la bibliographie la plus complète
possible (mais pas forcément la plus ancienne)
• Limiter le nombre de références (sauf pour des
articles de revue ou des méta-analyses)
• Choisir les références pertinentes (ne pas citer
les synthèse biblio des étudiants!!!)
• Limiter les autocitations
• Respecter les instructions aux auteurs

29. Exemple
• Elamin F.M., Wilcox C.J., Milk composition of
Majahim camels, J. Dairy Sci. 75 (1992) 31553157
• Elamin, FM and Wilcox, CJ, 1992, Milk
composition of Majahim camels, J. Dairy Sci. 75:
3155-3157
• FM Elamin, CJ Wilcox. 1992. Milk composition of
Majahim camels. Journal of Dairy Sciences, 75,
3155-3157
• [1] Elamin F.M., Wilcox C.J., (1992). Milk
composition of Majahim camels, J. Dairy Sci. 75,
3155-3157

30. Cas particuliers
• Communication personnelle
• Citations en cascade (auteur x cité par
auteur y)

31. Quelques règles de publication
CONCLUSION
• Une conclusion n’est pas un résumé
• Une conclusion ouvre une perspective, donne
les limites des résultats
• Eviter les phrases « bateau » du type «Further
analysis are necessary for… »
• Eviter les références dans la conclusion

32. Exemple
“In similar environment and farming conditions,
Bactrian and dromedary camels’ milk had a
slight difference in their gross composition. The
most discriminating parameters concerned
chemical (main minerals, vitamin C, and fat
matter, iodine index) and physical (acidity)
aspects. Those results confirm that the
establishment of standard for camel milk must
take into account the different species”

33. Quelques règles de publication
ILLUSTRATIONS
• Les graphiques les plus clairs ne sont pas les
plus beaux (3D par exemple)
• Le graphique doit apporter une information
complémentaire du texte, mais la légende doit
être claire et exhaustive (elle doit se suffire à
elle-même).
• Un tableau est plus exhaustif qu’un graphique
mais souvent moins « lisible »

34. Exemple: Les graphiques les plus clairs
ne sont pas les plus beaux
Stockage selenium
Stockage selenium
12000000
12000000
10000000
muscle
10000000
cerveau
8000000
foie
rein
pancréas
6000000
rate
poumon
4000000
cœur
8000000
Se organe
Se organe
ovaire
poumon
rate
6000000
pancréas
4000000
muscle
cœur
foie
ovaire
2000000
pancréas
2000000
poumon
0
0 mg 2 mg
0
0 mg
2 mg
4 mg
8 mg
niveau de supplementation
12 mg
4 mg 8 mg
16 mg
niveau de supplementation
foie
12
mg
16
mg
rein
ovaire
cerveau
muscle

35. Example: Un graphique doit apporter
des informations complémentaires au
texte
Discriminant limit
Texte: The function
discriminated by
plotting the distribution
of individual (milk
sample) scores
according each group
could be visualized
(Fig. 2).
Figure 2. Distribution of the discriminant scores of
Bactrian (group bactri) and dromedary milk’s
samples (group drom) around the discriminant limit
(black line).

36. Exemple: un tableau est plus exhaustif
qu’un graphique mais moins lisible
Feces
Urine
Serum
7000
6000
1554,478
518,523
844,127
309,453
4
1188,812
1366,253
413,206
8
3186,434
1435,464
426,187
12
3938,633
1389,390
5000
500
4000
400
3000
300
2000
200
100
120,745
565,588
excretion in ng/day
2
637,920
600
1000
0
700
0
0
0
2
4
8
12
Supplementation level (in mg/day)
16
4084,365
1795,977
623,522
Feces
Urine
Serum
16
Se serum
Se

37. Communications courtes
• Moins de pages (texte plus
court)
• Résultats et discussion
• Moins de références
Cas typique des cas cliniques
« un cas de babésiose généralisée
chez un dromadaire »

38. Revues de synthèse
• Souvent à la demande
des éditeurs pour des
auteurs connus
• Quasi-exhaustivité des
références
bibliographiques
• Nécessite une bonne
connaissance globale du
sujet
• Très lues

39. Méta-analyses
• Compilation de
résultats publiés
• Demande une bonne
maîtrise des analyses
statistiques
• Demande une lecture
approfondie des
références sur le plan
des méthodes
utilisées

40. Thèse - PhD
• Une thèse n’est pas un super article scientifique
• C’est une exercice où le postulant doit défendre
une THESE (une idée, un paradigme, un
message)
• C’est un exercice où le postulant doit donner
son point de vue et prendre part à la discussion
(notamment sur les points objets de débat….)
• La soutenance n’est pas un tribunal mais le
postulant doit faire la preuve de son
engagement!

41. Livre
• Investissement individuel ou collectif
• Effort de synthèse
• Compilation d’un grand nombre de références
(érudition vs plagiat)

42. Powerpoint
• Un powerpoint doit inclure peu de texte
(c’est un support au discours parlé, il ne
doit pas se substituer au discours)
• Pas trop d’animations (Cela devient trop
lourd à la présentation)
• Ne soyez pas fier de la forme si le contenu
est pauvre….

43. Powerpoint
A éviter…..
•
•
Because of the important number of parameters describing the chemical
composition of milk samples, their various geographical and seasonal
origins, and a secondary aim concerning the comparison with hybrids, the
statistical procedure followed 3 steps: (i) The physico-chemical parameters
candidates to the discrimination by factor “species” were selected after the
results of the adjustment of each parameter by a simple linear model
according to factors “species”, “region” and “season” and the interactions of
order one. (ii) For discarding those effects, a data table including 127 milk
samples from Bactrian camels and dromedaries described by a set of
parameters linked to species effect was prepared. The elimination of
regional and seasonal effects was achieved with similar method
described in detail by Doledec and Chessel [9]; (iii) As the within-species
covariance matrices were not equal, a quadratic discriminant analysis
was performed [30]. A discriminant function was obtained. This function was
a combination of the physico-chemical parameters calculated so as to catch
the maximum of proportion of between-species variance
Statistical analyses were achieved with the MASS package [30] used with
the R statistical software [2].
On lit plus vite que l’orateur……!!!!

44. Powerpoint
Suggestion:
• Sélection des
paramètres
• Ecarter les effets
saisonnier et
régionaux
• Paramètres
discriminants
Fonction discriminante
• Modèle
linéaire simple
•Analyse factorielle sous
contraintes (Doledec and
Chessel, 2002)
•Analyse discriminante
quadratique

45. Conclusion
• Publier, c’est
– Souffrir ?
– Exister ?
– Faire mon travail ?
– Se soumettre au jugement des pairs ?
– Vouloir être connu/reconnu ?
– Justifier mon salaire ?
– Etre évaluer ?
– Une obligation ?
– Autre???