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POURQUOI S’INTERESSER AUX
VIRUS ?
Pour la santé humaine :
 Les virus causent des maladies chez l’Homme:
 il faut donc limiter leur propagation et lutter contre les
maladies virales (vaccination et médicament antiviraux)
Pour l’agriculture et l’élevage :
 les virus infectent aussi les plantes cultivées et les
animaux d’élevages. Il faut limiter leur action
En industrie
 Les bactériophages: Pour préparer de nombreux
produits laitiers, on ajoute au lait des cultures de
bactéries (appelées levains).Un des problèmes majeurs
de cette industrie laitière est la présence de virus
(phages) qui détruisent les levains et empêchent la
production de continuer. L’industrie essaie donc de
surmonter ce problème en respectant des règles
d’hygiène strictes et en utilisant des bactéries résistant
aux phages.

 des bactéries utiles à l’industrie peuvent être infectées
et détruites par des virus. Il faut pouvoir éviter ces
infections.
définition
 Particule microscopique infectieuse possédant un seul
type d'acide nucléique (ADN ou ARN) qui ne peut se
répliquer qu'en pénétrant dans une cellule et en
utilisant sa machinerie cellulaire. Les virus sont en
général des germes pathogènes.
QU'EST-CE QU'UN VIRUS ?
1/ les virus ne contiennent qu’un seul type d’acide
nucléique (ADN ou ARN) qui constitue le génome
viral.
2/ les virus se reproduisent à partir de leur matériel
génétique et par réplication.
3/ les virus sont doués de parasitisme intracellulaire
absolu.
structure de virus
Virus herpes par microscope électronique
Le génome
 Un virus comporte toujours un génome qui est du
DNA ou du RNA, de sorte que dans la classification des
virus on distingue en premier lieu virus à
DNA et virus à RNA. Ce génome peut-être
monocaténaire (simple brin) ou bicaténaire (double
brin)
La capside
 Le génome est emballé dans une structure protéique
appelée capside, d'un mot grec, capsa, signifiant
boîte. La capside protège le génome. Elle a une
conformation géométrique qui, selon les virus est, soit
tubulaire, soit polyédrique.
 On appelle nucléocapside la structure compacte
formée par l'assemblage de la capside autour du
génome.
 nucléocapside tubulaire ou hélicoidale:
 nucléocapside polyèdrique: Ce n'est pas n'importe
quel polyèdre mais un icosaèdre : polyèdre à 20 faces
qui sont des triangles équilatéraux, et 12 sommets. Vu
sous un certain angle, l'icosaèdre présente un contour
hexagonal.
L'enveloppe
 c'est l'élément le plus externe de certains virus
 C’est une membrane, dérivée des membranes
cellulaires, cytoplasmique ou nucléaire
Virus et bactéries
Bacille Virus
Membrane plasmique X
Capside X
Capsule X
Cytoplasme X
Enveloppe virale X
Paroi X
Flagelle X
Un exemple de virus : le
bactériophageLe bactériophage est un virus nu puisqu’il ne possède pas
d’enveloppe. Sa capside à une forme de polyèdre. De plus, il
possède des fibres qui lui permettent de se fixer sur les
bactéries qu’il infecte
REPRODUCTION DES VIRUS
 Les virus ne peuvent pas se reproduire tout seul. Ils
sont obligés d’infecter des cellules : ce sont donc des
parasites
Les principales étapes du cycle de
reproduction d’un virus sont :
 L’adhésion du virus sur la cellule
 La pénétration du génome viral dans la cellule
 La multiplication du virus dans la cellule.
 La libération des nouveaux virus qui s’accompagne
parfois par la destruction de la cellule (lyse)
Pour les bactériophages, il existe deux types de
cycle selon l'immunisation de la bactérie :
 Le cycle lytique : L'ADN viral est rapidement
transcrit et entraîne la formation d'une enzyme qui va
dégradé l'ADN de la bactérie. Il y a ensuite production
des protéines structurales pour former les capsides,
puis production d'une enzyme qui va digérer la paroi
bactérienne et provoquer l'éclatement (ou lyse) de la
bactérie, permettant la libération des virus.
 Le cycle lysogénique : Dans ce cas, l'ADN viral s'intègre à
l'ADN de la bactérie hôte, on l'appelle alors prophage. Il y a
alors production d'une enzyme qui inactive les autres gènes
du prophage. Celui-ci sera répliquer à chaque division
bactérienne, permettant ainsi une multiplication du virus
sans provoquer la mort de la cellule hôte. Ce n'est que sous
l'influence de facteurs environnementaux que le prophage
est réactivé, et entraîne la lyse de la bactérie. Lors de sa
phase silencieuse, il est fréquent que le prophage perturbe
l'activité bactérienne. Ainsi certaines bactéries produisent
des toxines dans ces conditions (cas de la diphtérie)
Classification des virus
 Il en existe deux qui font autorité :
 la classification Baltimore, proposée par David Baltimore,
lauréat du prix Nobel de médecine en 1975, qui est basée
sur le type d'acide nucléique des virus (ADN ou ARN) et
son mode d'expression
 la classification de l'Mondial Committee on Taxonomy of
Viruses (ICTV), qui utilise une méthode assez comparable
à celle existant pour les êtres vivants où les virus sont
rangés par ordre, famille, sous-famille, genre et espèce.
 Ces deux méthodes de classifications ne sont pas
antagonistes et peuvent particulièrement s'intégrer l'une à
l'autre, car la classification de l'ICTV reprend certains
critères de la classification Baltimore.
Classification par type de génome
Virus à ADN
Groupe I - Virus à ADN à double brin
 Ordre des Caudovirales (bactériophages à queue).
 Famille des Myoviridæ - exemple phage T4
 Famille des Podoviridæ
 Famille des Siphoviridæ - exemple phage λ
 Non attribué
 Famille des hépadnaviridæ - exemples les virus humains de
l'hépatite B ou VHB
 Famille des Herpesviridæ - exemples les virus humains de
l'herpès ou le VZV (virus varicelle-zona)
Groupe II - Virus à ADN à simple brin
bactériophages non classés
 Famille des Inoviridæ
 Famille des Microviridæ
Virus non classés
 Famille des Geminiviridæ
 Famille des Circoviridæ
Virus à ARN
Groupe III - Virus à ARN à double brin
 Famille des Reoviridæ - exemples Rotavirus ou Orthoreovirus
 Famille des Hypoviridæ
Groupe IV - Virus à ARN simple brin à polarité
positive (Virus (+) ssARN ou de type ARN
messager)
 Ordre des Nidovirales (Virus "nidifiés")Famille des Arteriviridæ
 Famille des Coronaviridæ - exemple Coronavirus
Groupe V - Virus à ARN simple brin à polarité
négative
 Ordre Mononegavirales (virus à polarité négative non-
segmentés)Famille des Bornaviridæ - Borna disease virus
 Famille des Filoviridæ - exemple virus Ebola, virus de
la Fièvre hémorragique de Marbourg
 Virus à polarité négative segmentésFamille des Arenaviridæ -
exemples virus de la fièvre de Lassa, virus Junin (fièvres
d'Amérique du Sud)
 Famille des Bunyaviridæ -
exemple Bunyavirus Phlebovirus Hantavirus
 Genres non classés
 Genre Deltavirus - exemple virus de l'Hépatite delta
 Genre Ophiovirus - exemple Citrus psorosis virus
Groupe VI - rétrovirus à ARN simple brin
 Famille Metaviridæ
 Famille Pseudoviridæ
Groupe VII - Pararétrovirus à ADN double brin
 Famille Hepadnaviridæ - exemple virus de l'Hépatite B
 Famille Caulimoviridæ - exemple virus de la mosaïque du
choux-fleur
 Classifiacatio qui repose sur la nature de
nucleocapside
Exemple de virus grippe
 La famille des la famille des Orthomyxoviridae
 Cette famille se divise en deux genres : les
Influenzavirus et les Thogotovirus .
 Le genre Influenzavirus se distingue en trois types A, B
et C. Cette classification repose sur la nature
antigénique de la nucléocapside, tous les virus
appartenant à un même type possédant la même
nucléoprotéine .
 Les virus de type A sont classés en sous-types en
fonction de leurs antigènes de surface :
l’hémagglutinine (H ou HA) et la neuraminidase (N ou
NA).
 il existe seize hémagglutinines et neuf neuraminidases
recensées chez les oiseaux d’où un grand nombre de
sous-types d’Influenzavirus A
 Les virus Influenza sont désignés selon une
nomenclature officielle proposée par le Comité
d’experts de l’Organisation Mondiale de la Santé
(OMS). Leur dénomination comporte :
 - le type antigénique A, B ou C,
 - l’espèce animale dont le virus a été isolé,
 - la localisation géographique de l’isolement (pays ou
ville),
 - un numéro de référence ou un nom,
 - l’année d’isolement, - pour les virus Influenza type
A, l’identification des sous-types H et N
 exemple : A/Dinde/Angleterre/199/79 (H7N7) est un
virus de type A, isolé en 1979 chez la dinde en
Angleterre
 Structure
 Cycle de réplication du virus grippal
Virus de la grippe H5N1 Mode de transmission
Symptôme chez l’oiseau:
 Après une période d’incubation de 3 à 5 jours, l’oiseau
infecté manque d’appétit, ne pond plus et présente des
symptômes digestifs, respiratoires et nerveux.
 Les individus les plus sensibles meurent rapidement
au terme d’une septicémie hémorragique
Modes de transmission
 - par inhalation de gouttelettes infectées
 - par contact direct (présence du virus sur les mains
des malades et les surfaces inertes)
Diagnostique biologique de la
grippe aviaire
 Il repose sur la mise en évidence du virus grippal, ou de
ses antigenes, sur différents prélèvements :
écouvillonnage nasopharyngé, aspiration
nasale, expectoration et liquide de lavage nasal.
 L'immunofluorescence est une méthode largement
utilisée et d'une bonne sensibilité ; elle permet de
diagnostiquer soit la grippe A ou la grippe B, soit la
grippe A/B parmi cinq autres virus respiratoires.
 Les méthodes immunoenzymatiques (comme l'ELISA)
permettent la mise en évidence du virus influenza A
 L'utilisation de ces tests rapides n'est en général pas
recommandée par l'OMS pour le diagnostic des
infections humaines dues à un virus grippal aviaire. Ils
permettent le diagnostic d'une grippe de type A ou B.
 Technique de RT-PCR Elle permet d'amplifier
le genome viral, de détecter spécifiquement
un ARNviral et donc d'identifier le type et le sous-type
viral
traitement
 Antiviraux
 Ces molécules inhibent l’activité d’une enzyme du
virus, la neuraminidase. Elles peuvent être utilisées
en traitement curatif, et l’une d’elle en traitement
préventif.

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Virologie.

  • 1.
  • 3. Pour la santé humaine :  Les virus causent des maladies chez l’Homme:  il faut donc limiter leur propagation et lutter contre les maladies virales (vaccination et médicament antiviraux)
  • 4. Pour l’agriculture et l’élevage :  les virus infectent aussi les plantes cultivées et les animaux d’élevages. Il faut limiter leur action
  • 5. En industrie  Les bactériophages: Pour préparer de nombreux produits laitiers, on ajoute au lait des cultures de bactéries (appelées levains).Un des problèmes majeurs de cette industrie laitière est la présence de virus (phages) qui détruisent les levains et empêchent la production de continuer. L’industrie essaie donc de surmonter ce problème en respectant des règles d’hygiène strictes et en utilisant des bactéries résistant aux phages. 
  • 6.  des bactéries utiles à l’industrie peuvent être infectées et détruites par des virus. Il faut pouvoir éviter ces infections.
  • 7. définition  Particule microscopique infectieuse possédant un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN) qui ne peut se répliquer qu'en pénétrant dans une cellule et en utilisant sa machinerie cellulaire. Les virus sont en général des germes pathogènes.
  • 8. QU'EST-CE QU'UN VIRUS ? 1/ les virus ne contiennent qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN) qui constitue le génome viral. 2/ les virus se reproduisent à partir de leur matériel génétique et par réplication. 3/ les virus sont doués de parasitisme intracellulaire absolu.
  • 10. Virus herpes par microscope électronique
  • 11. Le génome  Un virus comporte toujours un génome qui est du DNA ou du RNA, de sorte que dans la classification des virus on distingue en premier lieu virus à DNA et virus à RNA. Ce génome peut-être monocaténaire (simple brin) ou bicaténaire (double brin)
  • 12. La capside  Le génome est emballé dans une structure protéique appelée capside, d'un mot grec, capsa, signifiant boîte. La capside protège le génome. Elle a une conformation géométrique qui, selon les virus est, soit tubulaire, soit polyédrique.  On appelle nucléocapside la structure compacte formée par l'assemblage de la capside autour du génome.
  • 13.  nucléocapside tubulaire ou hélicoidale:
  • 14.  nucléocapside polyèdrique: Ce n'est pas n'importe quel polyèdre mais un icosaèdre : polyèdre à 20 faces qui sont des triangles équilatéraux, et 12 sommets. Vu sous un certain angle, l'icosaèdre présente un contour hexagonal.
  • 15.
  • 16. L'enveloppe  c'est l'élément le plus externe de certains virus  C’est une membrane, dérivée des membranes cellulaires, cytoplasmique ou nucléaire
  • 18. Bacille Virus Membrane plasmique X Capside X Capsule X Cytoplasme X Enveloppe virale X Paroi X Flagelle X
  • 19. Un exemple de virus : le bactériophageLe bactériophage est un virus nu puisqu’il ne possède pas d’enveloppe. Sa capside à une forme de polyèdre. De plus, il possède des fibres qui lui permettent de se fixer sur les bactéries qu’il infecte
  • 20. REPRODUCTION DES VIRUS  Les virus ne peuvent pas se reproduire tout seul. Ils sont obligés d’infecter des cellules : ce sont donc des parasites
  • 21. Les principales étapes du cycle de reproduction d’un virus sont :  L’adhésion du virus sur la cellule  La pénétration du génome viral dans la cellule  La multiplication du virus dans la cellule.  La libération des nouveaux virus qui s’accompagne parfois par la destruction de la cellule (lyse)
  • 22. Pour les bactériophages, il existe deux types de cycle selon l'immunisation de la bactérie :  Le cycle lytique : L'ADN viral est rapidement transcrit et entraîne la formation d'une enzyme qui va dégradé l'ADN de la bactérie. Il y a ensuite production des protéines structurales pour former les capsides, puis production d'une enzyme qui va digérer la paroi bactérienne et provoquer l'éclatement (ou lyse) de la bactérie, permettant la libération des virus.
  • 23.  Le cycle lysogénique : Dans ce cas, l'ADN viral s'intègre à l'ADN de la bactérie hôte, on l'appelle alors prophage. Il y a alors production d'une enzyme qui inactive les autres gènes du prophage. Celui-ci sera répliquer à chaque division bactérienne, permettant ainsi une multiplication du virus sans provoquer la mort de la cellule hôte. Ce n'est que sous l'influence de facteurs environnementaux que le prophage est réactivé, et entraîne la lyse de la bactérie. Lors de sa phase silencieuse, il est fréquent que le prophage perturbe l'activité bactérienne. Ainsi certaines bactéries produisent des toxines dans ces conditions (cas de la diphtérie)
  • 24.
  • 25. Classification des virus  Il en existe deux qui font autorité :  la classification Baltimore, proposée par David Baltimore, lauréat du prix Nobel de médecine en 1975, qui est basée sur le type d'acide nucléique des virus (ADN ou ARN) et son mode d'expression  la classification de l'Mondial Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), qui utilise une méthode assez comparable à celle existant pour les êtres vivants où les virus sont rangés par ordre, famille, sous-famille, genre et espèce.  Ces deux méthodes de classifications ne sont pas antagonistes et peuvent particulièrement s'intégrer l'une à l'autre, car la classification de l'ICTV reprend certains critères de la classification Baltimore.
  • 26. Classification par type de génome Virus à ADN Groupe I - Virus à ADN à double brin  Ordre des Caudovirales (bactériophages à queue).  Famille des Myoviridæ - exemple phage T4  Famille des Podoviridæ  Famille des Siphoviridæ - exemple phage λ  Non attribué  Famille des hépadnaviridæ - exemples les virus humains de l'hépatite B ou VHB  Famille des Herpesviridæ - exemples les virus humains de l'herpès ou le VZV (virus varicelle-zona)
  • 27. Groupe II - Virus à ADN à simple brin bactériophages non classés  Famille des Inoviridæ  Famille des Microviridæ Virus non classés  Famille des Geminiviridæ  Famille des Circoviridæ
  • 28. Virus à ARN Groupe III - Virus à ARN à double brin  Famille des Reoviridæ - exemples Rotavirus ou Orthoreovirus  Famille des Hypoviridæ Groupe IV - Virus à ARN simple brin à polarité positive (Virus (+) ssARN ou de type ARN messager)  Ordre des Nidovirales (Virus "nidifiés")Famille des Arteriviridæ  Famille des Coronaviridæ - exemple Coronavirus
  • 29. Groupe V - Virus à ARN simple brin à polarité négative  Ordre Mononegavirales (virus à polarité négative non- segmentés)Famille des Bornaviridæ - Borna disease virus  Famille des Filoviridæ - exemple virus Ebola, virus de la Fièvre hémorragique de Marbourg  Virus à polarité négative segmentésFamille des Arenaviridæ - exemples virus de la fièvre de Lassa, virus Junin (fièvres d'Amérique du Sud)  Famille des Bunyaviridæ - exemple Bunyavirus Phlebovirus Hantavirus
  • 30.  Genres non classés  Genre Deltavirus - exemple virus de l'Hépatite delta  Genre Ophiovirus - exemple Citrus psorosis virus Groupe VI - rétrovirus à ARN simple brin  Famille Metaviridæ  Famille Pseudoviridæ Groupe VII - Pararétrovirus à ADN double brin  Famille Hepadnaviridæ - exemple virus de l'Hépatite B  Famille Caulimoviridæ - exemple virus de la mosaïque du choux-fleur
  • 31.  Classifiacatio qui repose sur la nature de nucleocapside
  • 32. Exemple de virus grippe  La famille des la famille des Orthomyxoviridae  Cette famille se divise en deux genres : les Influenzavirus et les Thogotovirus .  Le genre Influenzavirus se distingue en trois types A, B et C. Cette classification repose sur la nature antigénique de la nucléocapside, tous les virus appartenant à un même type possédant la même nucléoprotéine .
  • 33.  Les virus de type A sont classés en sous-types en fonction de leurs antigènes de surface : l’hémagglutinine (H ou HA) et la neuraminidase (N ou NA).  il existe seize hémagglutinines et neuf neuraminidases recensées chez les oiseaux d’où un grand nombre de sous-types d’Influenzavirus A
  • 34.  Les virus Influenza sont désignés selon une nomenclature officielle proposée par le Comité d’experts de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS). Leur dénomination comporte :  - le type antigénique A, B ou C,  - l’espèce animale dont le virus a été isolé,  - la localisation géographique de l’isolement (pays ou ville),  - un numéro de référence ou un nom,  - l’année d’isolement, - pour les virus Influenza type A, l’identification des sous-types H et N
  • 35.  exemple : A/Dinde/Angleterre/199/79 (H7N7) est un virus de type A, isolé en 1979 chez la dinde en Angleterre
  • 37.  Cycle de réplication du virus grippal
  • 38. Virus de la grippe H5N1 Mode de transmission
  • 39. Symptôme chez l’oiseau:  Après une période d’incubation de 3 à 5 jours, l’oiseau infecté manque d’appétit, ne pond plus et présente des symptômes digestifs, respiratoires et nerveux.  Les individus les plus sensibles meurent rapidement au terme d’une septicémie hémorragique
  • 40. Modes de transmission  - par inhalation de gouttelettes infectées  - par contact direct (présence du virus sur les mains des malades et les surfaces inertes)
  • 41. Diagnostique biologique de la grippe aviaire  Il repose sur la mise en évidence du virus grippal, ou de ses antigenes, sur différents prélèvements : écouvillonnage nasopharyngé, aspiration nasale, expectoration et liquide de lavage nasal.  L'immunofluorescence est une méthode largement utilisée et d'une bonne sensibilité ; elle permet de diagnostiquer soit la grippe A ou la grippe B, soit la grippe A/B parmi cinq autres virus respiratoires.
  • 42.  Les méthodes immunoenzymatiques (comme l'ELISA) permettent la mise en évidence du virus influenza A  L'utilisation de ces tests rapides n'est en général pas recommandée par l'OMS pour le diagnostic des infections humaines dues à un virus grippal aviaire. Ils permettent le diagnostic d'une grippe de type A ou B.  Technique de RT-PCR Elle permet d'amplifier le genome viral, de détecter spécifiquement un ARNviral et donc d'identifier le type et le sous-type viral
  • 43. traitement  Antiviraux  Ces molécules inhibent l’activité d’une enzyme du virus, la neuraminidase. Elles peuvent être utilisées en traitement curatif, et l’une d’elle en traitement préventif.