cette conférence de travaux pratique s'adresse aux étudiants graduant en sciences médicales , il aborde les aspects élémentaires de la pratique au laboratoire de microbiologie ainsi que des aspects relatifs au diagnostic microbiologique.
La bactériologie médicale est une branche de la Biologie médicale qui consiste en l'analyse de divers liquides biologiques (parfois de tissus) dans le but d'isoler et/ou de caractériser une ou des bactéries pouvant être responsables de la pathologie suspectée à l'aide de techniques directes ou indirectes.
ce cours de systématique bactérienne s'adresse aux étudiants graduant en médecine ou en pharmacie. il s'interésse a la descritpion générale de la famille des Enterobacteriaceae et se focalisant sur les 4 genres les plus pathogènes a savoir : Escherichia coli , Yersinia , Salmonella et Shigella.
Les milieux de culture en BactériologieS/Abdessemed
Parmi les milieux de culture, on distingue : Les milieux d'isolement qui sont le plus souvent solides et de composition simples pour permettre le développement de plusieurs espèces bactériennes. Les milieux sélectifs qui favorisent artificiellement la croissance d'une espèce au détriment des autres.
Guide des bonnes pratiques de laboratoire. S/Abdessemed
La bonne pratique des analyses de biologie est une condition essentielle pour atteindre cette qualité.
Le présent guide constitue un instrument au service de cette qualité, s’adressant à toutes les catégories de personnel travaillant au sein du laboratoire d’analyse médicale.
Son but est double :
1- Aider à rationaliser le fonctionnement des laboratoires d’analyses médicales.
2- Rappeler un certain nombre de règles et de recommandations dont le but n’est ni d’imposer des contraintes, ni d’empiéter sur la compétence propre du biologiste : le choix de la méthode utilisée pour l’exécution d’une analyse particulière relève de sa seule compétence. Toutefois, il est important que cette méthode soit adaptée aux connaissances théoriques et pratiques du moment et qu’elle suive, dans la mesure du possible, les recommandations des Sociétés Savantes Nationales ou Internationales afin d’assurer la qualité requise...
Anton VAN LEEUWENHOEK (1632-1723), drapier hollandais et grand amateur de loupes et instruments
d'optique, découvre et décrit entre 1674 et 1687 le monde microbien (« les
animalcules »). Mais celui-ci n'est véritablement reconnu qu'à partir du milieu du XIXe siècle à la
suite des travaux de Louis PASTEUR et de ses élèves.
En 1866, HAECKEL crée le terme de protistes pour désigner, entre le monde animal et le monde
végétal, les êtres unicellulaires et les êtres pluricellulaires sans tissus différenciés. Les protistes
sont classés en deux catégories :
• Les protistes supérieurs ou eucaryotes qui possèdent un noyau entouré d’une membrane, des
chromosomes, un appareil de mitose et une structure cellulaire complexe (mitochondries notamment).
• Les protistes inférieurs ou procaryotes qui ont un chromosome unique sans membrane nucléaire
et sans appareil de mitose, et une structure cellulaire élémentaire (pas de mitochondries).
Les bactéries font partie des protistes procaryotes.
La bactériologie médicale est une branche de la Biologie médicale qui consiste en l'analyse de divers liquides biologiques (parfois de tissus) dans le but d'isoler et/ou de caractériser une ou des bactéries pouvant être responsables de la pathologie suspectée à l'aide de techniques directes ou indirectes.
ce cours de systématique bactérienne s'adresse aux étudiants graduant en médecine ou en pharmacie. il s'interésse a la descritpion générale de la famille des Enterobacteriaceae et se focalisant sur les 4 genres les plus pathogènes a savoir : Escherichia coli , Yersinia , Salmonella et Shigella.
Les milieux de culture en BactériologieS/Abdessemed
Parmi les milieux de culture, on distingue : Les milieux d'isolement qui sont le plus souvent solides et de composition simples pour permettre le développement de plusieurs espèces bactériennes. Les milieux sélectifs qui favorisent artificiellement la croissance d'une espèce au détriment des autres.
Guide des bonnes pratiques de laboratoire. S/Abdessemed
La bonne pratique des analyses de biologie est une condition essentielle pour atteindre cette qualité.
Le présent guide constitue un instrument au service de cette qualité, s’adressant à toutes les catégories de personnel travaillant au sein du laboratoire d’analyse médicale.
Son but est double :
1- Aider à rationaliser le fonctionnement des laboratoires d’analyses médicales.
2- Rappeler un certain nombre de règles et de recommandations dont le but n’est ni d’imposer des contraintes, ni d’empiéter sur la compétence propre du biologiste : le choix de la méthode utilisée pour l’exécution d’une analyse particulière relève de sa seule compétence. Toutefois, il est important que cette méthode soit adaptée aux connaissances théoriques et pratiques du moment et qu’elle suive, dans la mesure du possible, les recommandations des Sociétés Savantes Nationales ou Internationales afin d’assurer la qualité requise...
Anton VAN LEEUWENHOEK (1632-1723), drapier hollandais et grand amateur de loupes et instruments
d'optique, découvre et décrit entre 1674 et 1687 le monde microbien (« les
animalcules »). Mais celui-ci n'est véritablement reconnu qu'à partir du milieu du XIXe siècle à la
suite des travaux de Louis PASTEUR et de ses élèves.
En 1866, HAECKEL crée le terme de protistes pour désigner, entre le monde animal et le monde
végétal, les êtres unicellulaires et les êtres pluricellulaires sans tissus différenciés. Les protistes
sont classés en deux catégories :
• Les protistes supérieurs ou eucaryotes qui possèdent un noyau entouré d’une membrane, des
chromosomes, un appareil de mitose et une structure cellulaire complexe (mitochondries notamment).
• Les protistes inférieurs ou procaryotes qui ont un chromosome unique sans membrane nucléaire
et sans appareil de mitose, et une structure cellulaire élémentaire (pas de mitochondries).
Les bactéries font partie des protistes procaryotes.
ce document s'adresse au étudiants en médecine dentaire et est une introduction simple au fonctionnement d'une bactérie et des méthodes utilisés pour leurs études.
Techniques de concentration en parasitologieS/Abdessemed
les nombreux et parfois volumineux débris alimentaires, la masse des cadavres bactériens, tout cela encombra la dilution et gène l'observation microscopique. En éliminant ces éléments inutiles, en éclaircit les préparation et simultanément on augmente la concentration des parasites..
Ainsi, privés des particules sans intérêt parasitaire, les œufs et larves de vers, de même que les kystes de protozoaires éventuellement contenus dans une masse fécale volumineuse se concentrent dans un faible volume et sont immédiatement décelables
ce cours s'adresse aux étudiants graduant en médecine et en pharmacie . il apporte les connaissances necessaires en matière de d"marche a suivre pour indiquer, pratiquer et interpreter une hémoculture
ce cours s'adresse aux étudiants graduant en médecine et en pharmacie, il regroupe des notions de base sur la famille des Mycobactériaceae et sur la principale pathologie qu'ils causent : La tuberculose.
La parasitologie médicale comporte des approches différentes mais complémentaires : - les parasites et champignons microscopiques en tant qu’agents pathogènes avec leurs morphologies et leurs biologies propres.
- le parasitisme forme particulière et dépendante entre deux organismes vivant en relation étroite.
- la maladie parasitaire ou mycosique et son environnement, résultats pathologiques du contact précédent entre le parasite ou champignon et son hôte. Cette relation entre l’hôte et son parasite se situe dans un environnement influant intervenant dans l’épidémiologie et la lutte contre les grandes endémies parasitaires exotiques.
Le microscope est un instrument de précision qui possède divers sous-systèmes :
optiques (lentilles, filtres, prismes, condenseurs),
mécaniques, pour contrôler la position de l’échantillon dans l’espace selon des coordonnées tridimensionnelles (X, Y, Z),
électriques (transformateur et source lumineuse),
et électroniques (appareil photo, enregistreur vidéo, etc.), qui interagissent pour agrandir et contrôler l’image d’objets non décelables à l’œil nu.
ce document s'adresse au étudiants en médecine dentaire et est une introduction simple au fonctionnement d'une bactérie et des méthodes utilisés pour leurs études.
Techniques de concentration en parasitologieS/Abdessemed
les nombreux et parfois volumineux débris alimentaires, la masse des cadavres bactériens, tout cela encombra la dilution et gène l'observation microscopique. En éliminant ces éléments inutiles, en éclaircit les préparation et simultanément on augmente la concentration des parasites..
Ainsi, privés des particules sans intérêt parasitaire, les œufs et larves de vers, de même que les kystes de protozoaires éventuellement contenus dans une masse fécale volumineuse se concentrent dans un faible volume et sont immédiatement décelables
ce cours s'adresse aux étudiants graduant en médecine et en pharmacie . il apporte les connaissances necessaires en matière de d"marche a suivre pour indiquer, pratiquer et interpreter une hémoculture
ce cours s'adresse aux étudiants graduant en médecine et en pharmacie, il regroupe des notions de base sur la famille des Mycobactériaceae et sur la principale pathologie qu'ils causent : La tuberculose.
La parasitologie médicale comporte des approches différentes mais complémentaires : - les parasites et champignons microscopiques en tant qu’agents pathogènes avec leurs morphologies et leurs biologies propres.
- le parasitisme forme particulière et dépendante entre deux organismes vivant en relation étroite.
- la maladie parasitaire ou mycosique et son environnement, résultats pathologiques du contact précédent entre le parasite ou champignon et son hôte. Cette relation entre l’hôte et son parasite se situe dans un environnement influant intervenant dans l’épidémiologie et la lutte contre les grandes endémies parasitaires exotiques.
Le microscope est un instrument de précision qui possède divers sous-systèmes :
optiques (lentilles, filtres, prismes, condenseurs),
mécaniques, pour contrôler la position de l’échantillon dans l’espace selon des coordonnées tridimensionnelles (X, Y, Z),
électriques (transformateur et source lumineuse),
et électroniques (appareil photo, enregistreur vidéo, etc.), qui interagissent pour agrandir et contrôler l’image d’objets non décelables à l’œil nu.
Nanomateriaux : Livre Blanc Caractérisation et Classification des Nanoparticu...Manuella Pigers
Intertek partage son expertise sur la Classification et la Caractérisation sur les Nanomatériaux selon la Recommandation Européenne (2011/696/UE), pour les filières agroalimentaires dans le cadre du Règlement INCO (N°1169/2011), les filières cosmétiques dans le cadre du Règlement N°12232/2009 etc.
la mesure des principales caractéristiques des signaux vibratoires a permis l’essor de l’analyse vibratoire. Cette nouvelle forme de diagnostic et de suivi repose sur des outils de traitement de signal comme l’analyse de Fourier (FFT), l’instrumentation et l’électronique. L'analyse vibratoire est indispensable aussi bien dans l’industrie que dans les laboratoires ainsi que dans la réglementation pour la santé publique et celle du travailleur.
Auteur : Philippe Fischer, président de la FSRM et Pierre Rossel, chef de projet Minnovarc
Réalisé lors du 4ème session du Think Tank de Minnovarc le 28 juin 2012 à Geneuille, France
Plus d'infos sur www.minnovarc.fr
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ce cours s'adresse aux étudiants graduant en pharmacie et en microbiologie . il se subdivise en 03 parties incluant des rappels biochimiques , les méthodes pratiques au laboratoire de microbiologie ainsi que les principaux milieux de culture et méthodes utilisés en microbiologie médicale.
this document is intended for pharmacy and microbiology students. the main objective is to understand the way bacterial metabolism is used to identify clinically relevant bacteria.in routine lab practice.
Dont forget that you can make a whole document translation through online translation apps ! do it and share the knowledge !
ce cours est destiné aux étudiants graduant en médecine et en pharmacie. il regroupe les principaux aspect taxonomiques , bactériologiques et cliniques relatifs aux cocci a Gram positif catalase négatifs prinxipalement le Genre Streptococcus.
This course is destined to students graduating in medicine and pharmacy and regroups general data on Gram positive Catalase negative cocci mainly the Genus Streptococcus
(Draft) Bacterial Zoonoses and Brucellosis / (brouillon)Zoonoses bacteriennes...Dr Taoufik Djerboua
DONT FORGET ! you can translate this document to your own language with online whole document translation tools! like and share the knowledge , let me know about your thoughts and ask any questions i'll be happy to answer them
This document is destined to graduation students in medical sciences. it adresses a very important topic : Zoonoses.
this document is a ctually a draft, yet it explains most aspects related to diseases inter-transmitted between humans and animals , also are explained the main lines on bio-terrorism and emerging disease. an example or a major zoonose is presented : Brucellosis with its epidemiology , diagnonsis and treatment.
ce document s'adresse aux étudiants graduant en sciences médicales et biologiques et est une ébauche sur les zoonoses et leurs impact majeur sur la santé humaine et environnementale.. il définit aussi lignes majeurs en matière de maladies émergentes et de bioterrorisme. enfin un exemple est étudié en détail qui n'est nul autre au la Brucellose.
this document is the same one but i translated it in turkish for my non english speaking fellow
i used whole document translation so please excuse any errors in translation
beta lactamases : structure , classification and investigationsDr Taoufik Djerboua
this is a simple introduction to the world of beta lactamase enzymes that i had the chance to present during my observership in turkey. it bears some introductive notions necessary to the unverstading of the function fo these enzymes and some tests usually used to invistigate bacteria producing these enzymes. the pictures were taken from Microbe-edu.com Bush et al classification of Beta lactamase, the EUCAST and CLSI recommandation for susceptibility testing documents.
Examen cytobacteriologique des prelevements genitaux et des infections sexuel...Dr Taoufik Djerboua
Ce fichier est destiné aux étudiants en graduation en sciences médicales et en première année de post graduation en microbiologie et biologie clinique.
il regroupe les cas les plus retrouvés en matière d'infections génitales et sexuellement transmissibles avec une approches compréhensive simplifée.
this file is destined to students graduating in medical sciences and post graduation in microbiology it regroupes the most frequent manifestation and diagnostic techniques used in genital infections and sexually transmitted diseases
Resistance aux antimicrobiens aux origines de l'emergence et de la propagatio...Dr Taoufik Djerboua
Cette slide a été présentée lors de la journée de sensibilisation a la résistance bactérienne aux antimicrobiens. l'objectif principal est de remettre les informations de l'audience en matière de résistance aux antibiotiques dans le contexte actuel du pays et de démontrer la complexité du processus de lutte qui ne se limite pas seulement a l'exes de prescription des antibiotiques.
This slide was presented during the antimicrobial resistance awarness day held in Nedir mohammed university hospital in 2018. my aim through this presentation was to update and most importantly o reorganise the audience's knowledge on this opic and to put in the country's contexte. also to demonstrate that fighting this global threat is more complexe then limiting antibiotic prescription.
Les eaux techniques en nettoyge desinfection et sterilisation / echnical wate...Dr Taoufik Djerboua
ce document regroupe les caractéristiques qualitatives et quantitatives relatives a la composition des eaux techniques destinés au domaine du nettoyage et de la stérilisation il cmprend aussi les caractéristiques physiques et chimiques détaillant les phénomènes liés a la vapeur d'eau. et le controle qualité fixé par la norme ISO 17 665.
this document regroups all the quantitative, qualitative physical and chemical caracteristics linked to thechnical waters and water vapor and their quality controle according to the ISO 17 665 norm. feel free to leave me any feed back.
Les tests de sensibilite aux antibiotiques / Antimicrobial susceptibility tes...Dr Taoufik Djerboua
Ce fichier destiné aux étudiants en graduation et en poste graduation en médecine et en pharmacie regoupe de manière détaillée la plupart des tests de sensibilité aux antibiotiques actuellement disponibles au laboratoire de microbiologie médicale. il aborde entre autre les différents aspects de normalisation de ces techniques.
this file is destined to graduation medicine and pharmacy students also microbiology post graduating residents.it regroups in detail the techniques used in microbiology laboratory to test the suceptibility of germs to antimicrobials. it also emphasizes the importance of standardization in this field
cette présentation est dédiée a l'autoclave, technique de stérilisation la plus utilisée dans le monde. elle regroupe les principes techniques et normatifs de l'usage des autoclaves ainsi qu'un résumé de leurs mise en fonction , controle /qualifications périodique et entretient comme recommandé par la norme ISO 17665.
this slide is dedicated to moist heat sterilization and steam sterilizers specially. it describes technical and normative/qualification aspect of the functionning of steam sterilizers according to ISO 17665 norm.
La preparation des dispositifs medicaux a la sterilisationDr Taoufik Djerboua
cette présentation décrit les étapes necessaires a la réussite de la stérilisation a savoir le nettoyage, la décontamination et l'emballage ainsi que les aspects normatifs et les controle qualité
this slides describes the steps performed prior to sterilization and necessary to it including cleaning decontamination and packaging and their quality controls according to ISO norms
ce fichier fournit les connaissances de bases sur la stérilisation et les techniques actuellement en industrie généralement et
pharmaceutique .spécialement
this file provides the basic knowledge about sterilisation in industry specially pharmaceuticals
Diagnostic micrbiologique des infections respiratoires basses et de la tuberc...Dr Taoufik Djerboua
Ce cours s'adresse aux étudiants de graduation en médecine et en pharmacie. il comporte les détails techniques sur les prélèvements et les approches diagnostiques utilisés actuellement pour le diagnostic des infections respiratoires basses et la tuberculose. dont forget to give feed back ! than you
ce cours s'adresse aux étudiants graduant en médecine , en pharmacie et en médecine dentaire et apporte les lignes directrices en matière du pour quoi, quand et comment confirmer l'origine virale d'une infection.
n'oubliez pas d'aimer mes cours si vous trouvez qu'ils vous apportent un plus, soyez libre de laisser un commentaire , une question ou une remarque.
Ce cours s'adresse aux étudiants graduant en médecine ou en pharmacie. il comporte toutes les connaissances de bases nécessaires a la compréhension de l’importance de ce groupe spécial de bactéries et son impacte en santé humaine et animale. ce cours s’intéresse aux deux groupes majeures classés cliniquement en anaérobies commensaux et sporulés environnementaux .
ce cours s'adresse principalement aux étudiants graduant en médecine et en pharmacie, il résume les aspects bactériologiques, cliniques et thérapeutiques relatifs aux infections causées par ces deux germes en particulier ceux associés aux soins
il s'agit d'une présentation faisant partie d'une journée de formation a l'intention des étudiants en pharmacie sur le logiciel de gestion bibliographique Endnote. dans cette présentation des notions élémentaires sur le logiciel sont présentés, de sorte a permettre a l'étudiant et au future scientifique de prendre son envol en matière de rédaction
ce cours de systématique virale s'adresse aux étudiants de graduation de médecine et de pharmacie et s'intéresse a la famille des poxviridae , famille importante notamment en matières de virus émergeant et réemergeants et de bioterrorisme
ce cours de systématique virale s'adresse aux étudiants de graduation de médecine et de pharmacie et s'intéresse a la famille des coronaviridae , famille importante notamment en matières de virus émergeant
ce cours s'adresse aux étudiants graduant en médecine ou en pharmacie. il comporte les notions de base de virologie nécessaire a l'étude de la pathologie virale
Joignez-vous aux lauréates 2024 des Bourses d’application des connaissances pour étudiants du Centre de collaboration nationale en santé publique (CCNMO) afin de prendre directement connaissance de leurs travaux essentiels permettant de combler l’écart entre la recherche et la pratique. Ces étudiantes et ces nouvelles diplômées dirigent des stratégies d’application des connaissances novatrices. Cette séance souligne leur excellence scolaire et met de l’avant des stratégies uniques et transférables pour s’attaquer aux priorités actuelles en matière de santé publique.
Hannah Bayne, Université de l’Alberta – Supporting tomorrow’s stewards: A knowledge mobilization project for climate-health literacy in Alberta elementary schools [Soutenir les intendants et intendantes de demain : un projet de mobilisation des connaissances en faveur de la littératie climat-santé dans les écoles primaires de l’Alberta]
Miranda Field, Université de Regina – Decolonized theory of place [La théorie du lieu décolonisée]
Jordan Chin, Université McMaster – The art of creation: An arts-based knowledge translation method to promote and advocate for a healthy start to life [L’art de la création : une méthode d’application des connaissances fondée sur les arts pour promouvoir et défendre un bon départ en santé]
1. NOTIONS DE PRATIQUE AU
LABORATOIRE DE
MICROBIOLOGIE MEDICALE
REPONSABLE DU MODULE :Dr T.DJERBOUA – CHARGEE DES TP : Mme BRAHIMI
CO-ENCADREURS : Melle BACHIRI, Melle HAOUCHINE,
Année universitaire : 2017-2018
UNIVERSITE MOULOU-MAAMERI DE TIZI-OUZOU
FACULTE DE MEDECINE
DEPARTEMENT DE MEDECINE
MODULE DE MICROBIOLOGIE
TRAVAUX PRATIQUE DE 3ème ANNEE MEDECINE
2. PLAN1) Introduction
2) La sécurité au laboratoire de microbiologie
3) La microscopie
*Les microscopes
*matériel de microscopie optique
*L’examen microscopique :
-l’examen a l’état frais
-l’examen après coloration
4) La culture et l’identification bactérienne
*Présentations des milieux de culture et du matériel de culture bactérienne
*les incubateurs
* principes et techniques d’identification bactérienne
-Les méthodes phénotypiques
- Les méthodes génotypiques
5) Les tests de sensibilité aux antibiotiques : l’antibiogramme
*méthode de diffusion en milieu gélosé
* Détermination de la concentration minimale inhibitrice
* Tests complémentaires de sensibilité aux antibiotiques
3. OBJECTIFS PEDAGOGIQUES
A l'issu du cours, l'étudiant sera capable de :
• Executer un examen microscopique a l’état frais et confectionner un frottis bactériologique
• Reconnaitre les formes cellulaires bactérienne et apprécier leurs affinité morpho-tinctoriale
• Nommer et décrire le matériel utilisé en routine au laboratoire de microbiologie
• Nommer et définir l’intéret des milieux de culture utilisés au laboratoire de microbiologie
• Connaitre les principales techniques de tests de sensibilité aux antibiotiques (TSA)
• Comprendre les condition fondamentales d’execution des TSA , les critères de choix des antibiotiques a tester et
des approches de détection de la résistance aux antibiotiques
4. I. LA MICROSCOPIE
DEFINITION: il s’agit de l’observation d’un échantillon sous microscope a la recherche d’éléments
invisibles a l’œil nu.
La microscopie dite aussi EXAMEN DIRECT , constitue la première étape du diagnostic microbiologique
d’une infection ,
En routine, la microscopie se fait a l’aide du microscope optique.
Selon la technique utilisée nous distinguons deux cas :
• L’examen a l’état frais : par observation directe de l’échantillon tel quel sans modification physique ou
chimique
• L’examen après coloration : procédure qui permet a l’aide d’une combinaison de facteurs chimiques
(colorants) et parfois physiques (chaleur) d’obtenir une coloration des différents constituants bactériens
5. I. LA MICROSCOPIE
1) LES MICROSCOPES
En fonction de la taille des éléments observés , nous distinguons deux types de microscopes :
*le microscope optique (MO) ou photonique : la taille des éléments et de l’ordre du micromètre (0,1 mm a
2.10-4 mm ou 0,2 µm), le grossissement limite est de X1000 voire X2000 pour les plus puissants
*le microscope électronique (ME): permet d’atteindre des résolutions 100 fois plus petites que celles du MO
. Elle va de 0,6 nm (0,0006 µm a 0,00006 nm pour les plus puissants) l’objet est ainsi grossi jusqu'à 5
millions de fois sa taille,
6. *dit aussi microscope photonique, il est l’outil d’observation le plus utilisé
au laboratoire de microbiologie.
*il est composé de :
1,1.1) UNE TETE (1) : qui porte l’oculaire par le quelle l’observateur
observe l’échantillon, l’espace observé est appelé « champ microscopique »
La plupart des microscopes utilisés sont binoculaires
L’occulaire est doté d’un grossissement x10
1.2.2) UNE POTENCE: qui porte
1,2,2,1) une tourelle: elle est le support des OBJECTIFS qui sont le
support principal du grossissement , un microscope d’usage courant possède
4
objectifs dont le grossissement est respectivement de X4, X10,X40 et X100
NB : la résultante du grossissement oculaire X objectif donne le
grossissement global du microscope qui va ainsi de X40 a X1000
1,2,2,2) les vis micrométrique et micrométrique: qui permettent
respectivement un réglage grossier et fin de l’image par des mouvement de
1
2
3
I. LA MICROSCOPIE
1,LES MICROSCOPES
1.1) LE MICROSCOPE OPTIQUE (MO)
7. 1.2) UNE POTENCE: (suite)
1,2,2.3) la platine: elle est le support sur lequel est mis l’échantillon (lame
porte-objet, hématimètre, boite de pétri…) l’objet est fixé grâce a des valet
ou a une surplatine guide objet.
La platine porte aussi un diaphragme et un condensateur (contrôle de la
luminosité)
Selon les microscopes la platine peut être dotée d’un mécanisme de
déplacement avant-arrière et gauche droite et d’une échelle micrométrique en
plus d’un vernier
,1.3) UN PIED:
Qui porte la source de lumière et son
régulateur d’intensité ainsi que le
bouton d’allumage
8. IL EXISTE DES VARIANTS DU MICROSCOPE OPTIQUE
CLASSIQUE , LES PLUS IMPORTANTS EN MICROBIOLOGIE
SONT
LE MICROSCOPE A FLUORESCENCE:
la source est une lampe a UV.
L’échantillon est préparé de telle façon a
émettre une fluorescence visible. Cout
élevé, necessité d’équipement
supplémentaire
LE MICROSCOPE A FOND NOIR LE
MICROSCOPE A CONTRAST DE PHASE:
Utilisent des approches d’optique pour augmenter le
contraste de l’image, permettant ainsi de aire
apparaitre des éléments transparents en MO
classique, leurs usage est limité est spécialisé,
9. n’est pas utilisé en pratique de routine du laboratoire de
microbiologie, il est réservé a des centres spécialisés pour l ’étude
de l’ultrastructure bactérienne et virale.
Sont principe est similaire au MO, sauf que la lumière est
remplacée par un faisceau d’élèctrons et les lentilles en verre sont
remplacés par un champ magnétique faisant office de (Lentilles
magnétiques). Les images sont observés après recueil des images
par un détecteur suivi de l’interpretation/corrections informatiques
des donnés.
La préparation des échantillons est totalement différente de ceux de
la MO
Les images obtenues sont en noir et blanc en fonction de la densité
aux électrons de la partie observée (plus les électrons sont absorbés
ou réfléchis plus l’objet est sombre) définissant ainsi sa
composition et son épaisseur
I. LA MICROSCOPIE
1,LES MICROSCOPES
1.2.LE MICROSCOPE ELECTRONIQUE (ME)
10. Selon le principe de fonctionnement , nous distinguons deux types de
microscopes électroniques utilisés en biologie:
1,2.1) Le microscope électronique a transmission (TEM) : le faisceau élargi
a la taille de l’échantillon par des lentilles magnétiques passe par l’echantillon
en donnant une seule image
1,2.2) Le microscope électronique a balayage (SEM): un faisceau
fin balaye l’ensemble de l’echantillon point par point,
En raison de leurs principes de fonctionnement , la SEM fournit des
images de 3D (parfois en couleur) et est adaptée a l’étude des surfaces
alors que la TEM fournit des images en 2D et est adaptée a l’étude
d’un échantillon en profondeur
11.
12.
13. Hormis le microscope lui-même, réaliser un examen microscopique necessite un certain nombre de besoin
I. LA MICROSCOPIE
2) LE MATERIEL DE MICROSCOPIE
L’ECHANTILLO
N
SUPPORT ET
OUTILS DE
DEPOT
D’ECHANTILLO
N
LES
COLORANTS
-Produit pathologique liquide ou
solide
-culture bactérienne liquide ou sur
milieu gélosé
-échantillon environnemental
etc…
-Anse de platine
-Pipettes Pasteur
-poire pour l’aspiration
-Pinces a épiler ou a dissection
-Lame porte objet
-lamelles
-hématimètre
-Boite de Pétri
LA PRORETE DE L’ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL EST ASSUREE PAR LA PRATIQUE AU
VOISINAGE DE LA FLAMME DU BEC BUNSEN
Un ou plusieurs selon la coloration
désirée
15. 3.1) L’ETAT FRAIS: il s’agit de l’observation directe d’un échantillon sans aucun traitement physique/chimique particulier
Ceci permet de voir les éléments présents dans l’echantillons dans leurs morphologie d’origine. Il permet entre autre
l’observation de la MOBILITE BACTERIENNE et la NUMERATION (comptage) des éléments observés comme les leucocytes
L’observation se fait au grossissement x400 le plus souvent
MODE OPERATOIRE:
-a l’aide de la pipette pasteur montée d’une poire ou a l’anse de platine, mettre quelques gouttes de l’échantillon
-recouvrir délicatement d’une lamelle en évitant l’introduction de bulles d’air
-effectuer un LUTAGE (sceller les cotés de la lamelle a l’aide de paraffine de bougie) , cette opération permet d’empecher les
mouvements liquidiens et de stabiliser les cellules.
-Observer au grossissement X400
NB: *l’état frais entre lame et lamelle permet une estimation semi-quantitative des éléments observés (rares, nombreux, très
nombreux…) qui est imprécise.
• l’étimation quantitative est possible en faisant usage d’un hématimètre, il s’agit d’une lame de Quartz gravée de puits
microscopiques de volume connu. En comptage des cellules dans un volume connu permet le calcule et l’expression en
N cellule/mm3 OU N cellule/ml etc…
I. LA MICROSCOPIE
3) LES TYPES D’EAMENS MICROSCOPIQUES: ASPECTS PRATIQUES
17. OBSERVATION AU MICROSCOPE OPTIQUE STANDARD
LEUCOCYTES OBSERVES ENTRE LAME ET LAMELLE
BACTERIES OBSERVES ENTRE LAME ET LAMELLE LEUCOCYTES ET BACTERIES DANS UN HEMATIMETRE
18. 3.2) L’EXAMEN APRES COLORATION: il s’agit de l’observation des différents éléments de l’échantillon après coloration de
leurs éléments constitutifs permettant une meilleure visualisation du contenu de l’échantillons. Il existe de très nombreuses
colorations, cependant il est rare de trouver une qui soit universelle, c’est pour cela que nous faisons recours a plusieurs
colorations pour le même échantillon, de manière sommaire on peut distinguer
I. LA MICROSCOPIE
3) LES TYPES D’EAMENS MICROSCOPIQUES: ASPECTS PRATIQUES
LES COLORATIONS SIMPLES: se
fait avec un seul colorant et en un seul
temps ex coloration au Bleu de
méthylène
Dans ce cas, les noyaux cellulaires et les
corps bactériens selon colorés en bleu.
C’est une technique simple et rapide mais
d’intérèt limité car n’apporte aucune
information sur la nature de la bactérie
MODE OPERATOIRE:
-a l’aide de la pipette pasteur, d’une anse de
platine ou d’un écouvillon, confectionner
un frottis bactériologique en étalant
l’échantillon en ELLIPSE DE 2 cm DE
LONG /1CM DE LARGE
ETALEMENT A
L’AIDE DE L’ANSE
DE PLATINE
TECHNIQUE DE
CONFECTION DU
FROTTIS
BACTERIOLOGIQUE
19. MODE OPERATOIRE (SUITE) :
-fixer le frottis en le plongeant en écrasant rapidement la flamme du Bec Bunsen 3 fois et ce pour éviter le décollement du frottis
lors de la coloration et que les éléments bougeant sous microscope.
-Inonder la lame de Bleu de méthylène filtré et attendre qulaques minutes (3-5 min)
-Rincer délicatement la lame jusqu’à ce que l’eau qui coule de la lame ne soit plus teintée en bleu (fin fil d’eau de robinet ou en
agitant délicatement dans un becher =) economie d’eau+++)
-sécher a l’air libre ou a l’aide de papier buvard toujours en manipulant délicatement pour ne pas décoller le frottis
-Mettre quelques gouttes d’huile a immersion et observer a l’objectif x100
I. LA MICROSCOPIE
3) LES TYPES D’EAMENS MICROSCOPIQUES: ASPECTS PRATIQUES
20. EXEMPLES D’OBSERVATION
PUS URETRAL X100 : notez les formes coccoides a l’intérieur du
polynucléaire , caractèristiques de Neisseria gonorrhoeae
ECOUVILLONAGE VAGINAL X100:
Nous observons deux cellules épithéliales est
des bacilles (flore de Doderline)
21. 2) LES COLORATIONS DIFFERENCIELLES: elles se font en plusieurs temps et utilisent plusieurs colorants, le principe est
basé sur l’affinité qu’a le colorant vis-à-vis d’un élément cellulaire. Ainsi , selon sa compostions , une cellule peut avoir plusieurs
couleurs.
L’exemple type en Bactériologie est la coloration de Gram , cette coloration est le pivot du diagnostic microbiologique, cette
coloration permet d’apprécier l’affinité morpho-tinctoriale de la bactérie = sa forme et sa structure
MODE OPERATOIRE:
-Préparer un frottis bactériologique puis le fixer
-1ère coloration : inonder la lame de Cristal Violet
(Violet de Gentiane) et laisser agir 01 minute
-Mordançage : chasser le violet de Gentiane par le
Lugol et laisser agir 30 secondes
-Rinçage : par de l’eau de robinet, délicatement
-Décoloration: avec de l’Alcool éthylique absolu
(pur), laisser agir 05- a 10 secondes
-Rinçage : par de l’eau de robinet, délicatement
-Contre-coloration : inonder la lame de Fuchsine
basique, laisser agir 01 minute
-Rinçage : par de l’eau de robinet, délicatement
-séchage a l’étuve ou au papier absorbant
-ajouter de l’huile a immersion et observation au
microscope Objectif x100
REACTIFS DE LA COLORATION DE
GRAM
De GAUCHE A DROITE :
LUGOL, ALCOOL ETHYLIQUE, CRYSTAL
VIOLET,ALCOOL ETHYLIQUE, FUCHSINE BACIQUE
22. LECTURE:
-Les bactéries qui sont insensibles a la décoloration (témoin de leurs peptidoglycane épais qui retient le cristal violet) apparaissent
en violet , ce sont les GRAM POSITIF
-Les bactéries décolorés ne sont colorés que par la fuchsine, elles apparaissent en ROSE, ce sont les GRAM NEGATIF.
BACILLES A GRAM+ : Corynebacterium diphteriae et Bacillus anthracis
BACILLES A GRAM- : Pseudomonas aeruginosa et Escherichia coliCocci a Gram -: Neisseria spp et VelIlonella Spp
Cocci a Gram +: Staphylococcus aureus et Streptococcus pyogenes
23. 3) LES COLORATIONS SPECIALES: ce sont des colorations qui ne sont utilisés dans le but de mettre en évidence des éléments
biens particuliers, il en existe de nombreux exemples en bactériologie certaines sont très complexes d’où leurs intérêt limité
Exemple 1 : Coloration May-Grunwald-Giemsa (MGG)
OBJECTIF: permet une meuilleure visualisation et reconaissance des leucocytes, les bactéries peuvent etre vues mais toutes ont
le meme teint (violet) a ne pas confondre avec des GRAM+ !
MODE OPERATOIRE:
-Confectionner un frottis bactériologique SANS LE FIXER
-FIXATION +1ERE OLORATION: inonder la lame avec une quantité connue de MAY-GRUNWALD, y ajouter immédiatement
la meme quantité d’eau . Ex : mettre 4 millilitres sur la lame puis ajouter 4 millilitres d’eau. LAISSER AGIR 2 minutes
-Rincer délicatement a l’eau de robinet
-Inonder la lame au GIEMSA diluée au 20ème, laisser Agir 20 minutes
-rincer , sécher et observer a l’objectif X100
24. LECTURE: la morphologie et la couleur cellulaire, des noyaux et des inclusions sont visibles et permettent l’identification des
cellules. Les bactéries sont parfois visibles et ont un teint monotone foncé.
Coloration MGG x100: les leucocytes sont colorés en fonction de leurs
constituants cellulaires permettant leurs reconnaissance
Coloration MGG x100: aspect monotone des bactéries, ici nous observons des
cocci sans autre information sur leurs nature
25. 3) LES COLORATIONS SPECIALES: ce sont des colorations qui ne sont utilisés dans le but de mettre en évidence des éléments biens particuliers,
il en existe de nombreux exemples en bactériologie certaines sont très complexes d’où leurs intérêt limité
Exemple 2 : COLORATION ZIEHL-NEELSEN
OBJECTIF: mise en évidence des MYCOBACTERIES notamment Mycobacterium tuberculosis
PRINCIPE : les mycobactéries ont une paroi très épaisse et riche en acides gras a longue chaine. Ceci leurs confère la propriétée de garder leurs
coloration même face a un traitement agressif de décoloration par l’alcool et l’acide sulfurique. En meme temps , toute les autres bactéries perdent
totalement leurs couleur. Cette propriété est appelée « l’acido-alcoolo résistance » et les Mycobactéries sont dits Bacilles acido-alcolo-résistants
« BAAR »
MODE OPERATOIRE:
-Confectionner un frottis bactériologique et le fixer
1ère coloration : inonder la lame de FUCHSINE
PHENIQUEE
-a l’aide d’un coton imbibe d’alcool monté sur une tige
métallique, chauffer la fuchsine en faisant passer la torche
en bas de la lame et ce , jusqu’à émission de vapeur
-laisser agir 3 minutes
-répéter l’opération précédente 2 fois
-rincer a l’eau de robinet
DECOLORATION :
-inonder la lame d’acide sulfurique 20% et laisser agit 02
minutes puis rincer
-inonder la lame d’alcool ethylique absolue et laisser agir
03 minutes puis rincer
CONTRE COLORATION
-inonder la lame de Bleu de méthylène et laisser agir 01
minute puis rincer, sécher et observer a l’objectif X100
Au fil des decolorations seul les
BAAR Gardent la fuchsine phéniquee
26. LECTURE: Les BAAR apparaissent en rose sur fond bleu.
ZIEHL-NEELSEN X100 : le bacille tuberculeux est coloré en rose sur fond
bleu, les noyaux cellulaires apparaissent en bleu, les bactéries sont peu ou pas
colorés par le bleu de méthylène.
NB : l’examen microscopique est la clé de voute du diagnostic de la
tuberculose pulmonaire
27. UN MICROSCOPE BINOCULAIRE S’OBSERVE
AVEC LES DEUX YEUX !
I. LA MICROSCOPIE
4) RÉALISER LA MISE AU POINT
Quelque soit la forme du microscope , les oculaires
sont réglables (voir image) selon l’écart des yeux de
l’observateur =) chaque observateur doit régler
l’écart des oculaires !
La manière la plus simple d’obtenir une image
unique est de procéder ainsi:
1) Ecarter au maximum les oculaires
2) Mettre les mains sur les oculaires et rapprocher
les yeux des oculaires de sorte les deux champs
microscopiques
3) Rapprocher progressivement les oculaires
jusqu’à ce que les deux images n’en forme plus
qu’une !
28. I. LA MICROSCOPIE
RÉALISER LA MISE AU POINT
LE REGLAGE DE L’IMAGE DEPEND DE
L’OBJECTIF CHOISI !
La manière la plus simple d’obtenir une image en
fonction de l’objectif choisi1) Repérage de l’image microscopique :
*pour le grossissement X400 (objectif x40),en utilisant la vice micrométrique, faire descendre l’objectif jusqu’à une distance de 1
ou 2 millimètres de la lame
*pour le grossissement X1000 (objectif X100) : l’objectif doit être collé a la lame, le contacte entre les deux est réalisé en mettant
une grosse goutte d’huile a immersion sur la lame avant de la mettre dans le microscope
2) Corriger l’image grâce a la vice micrométrique, en la roulant délicatement dans un sens, si l’image deviens plus floue, faire
rouler la vice dans l’autre sens
EN BACTERIOLOGIE ,les objectifs utilises sont x40
pour les cellules humaines et autres eucaryotes
microscopiques et x100 pour les cellules bactériennes
Le réglage se fait grâce a :
• La vice Micrométrique : qui permet des mouvements
grossiers (grands) =) le repérage de l’image
• La vice micrométrique : qui assure des mouvements
fins =) correction de l’image
30. l’étude des bactéries par culture in vitro fait appelle a :
1) Des supports nutritifs appelés : milieux de culture
2) Divers instruments assurant l’environnement adéquat a la croissance bactérienne : les incubateurs
1) Les milieux de culture : il en existe une inifinie variété de milieux de cultures qui peuvent être classés en
1,1) SELON LA CONSISTANCE : milieux liquides en tube , milieux solides sur boite de Pétri
1,2) SELON LEURS INTERET :
1,2,1) les milieux d’isolement : se sont les milieux qui permettent d’avoir une culture visible sous forme de colonies , se sont des milieux solides.
1,2,2) les milieux d’enrichissement: se sont des milieux qui sont conçus de sorte a donner une culture bactérienne abondante. Se sont des milieux
liquides très enrichis en nutriments et en facteurs de croissance mais ne permettent pas de voir des colonies bactériennes.
1,3) SELON LA RICHESSE EN NUTRIMENTS: on distingue les milieux de base (ne contiennent les nutriments de base ) et les milieux enrichis
(contiennent des facteurs de croissance apportés par l’ajout de sang de d’un mélange de vitamines par exemple)
1,4) SELON L’OBJECTIF D’UTILISATION:
1,4,1) les milieux non selectifs : liquides ou solides permettent la croissance de plusieurs bactéries a la fois
1,4,2) les milieux selectifs : se sont des milieux additionnés d’un ou plusieurs agents qui inhibent la croissance de certaines bactéries et favorisent
la croissance d’autres bactéries permettant de les sélectionner
1,4,3: les milieux d’identification : se sont des milieux permettant d’étudier le métobolisme bactérien , indispensable a leurs identification
NB : il existe d’autres milieux : tests de sensibilité aux antibiotiques, milieux de transport, milieux de
conservation….
LA CULTURE BACTERIENNE
31. QUELQUES DEFINITIONS :
1) ENSEMMENCEMENT: action de mettre des
bactéries sur un milieu de culture stérile, les bactéries
proviennent d’un prélèvement pathologique, de
l’environnement …
2) REPIQUAGE : action d’ensemmencer un d’isolement
a partir d’un milieu d’enrichissement
3) ISOLEMENT : il consiste a prélever une colonie
bactérienne précise et de l’ensemmencer sur un
milieu solide pour avoir une culture bactérienne pure
LA CULTURE BACTERIENNE
38. 1) IDENTIFICATION ET DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE: en complément de la morphologie, l’étude des besoins nutritifs, des
conditions de croissance et du métabolisme bactérien permet souvent de les identifier. ‘est ainsi que des « galeries biochimiques
d’identification » ont été mises au point
L’identification bactérienne peut se faire actuellement par biologie moléculaire et par spectrométrie de masse
LA CULTURE BACTERIENNE
39. LES TESTS DE SENSIBILITE AUX
ANTIBIOTIQUES
L ’ANTIBIOGRAMME
41. DEFINITIONS
• Les tests de sensibilité aux antibiotiques sont un ensemble de tests de laboratoire visant a
apprécier l’activité d’un antibiotique donné , d’une groupe d’antibiotiques et / ou d’associations
d’antibiotiques sur une ou plusieurs bactéries isolés d’un prélèvement pathologique le plus
souvent.
• L’exécution de ces tests obéit a des règles nationales et internationales bien codifiés et normalisés
• Ces tests sont de deux ordres :
• 1) des tests qualitatifs (diffusion en milieu gélosé)
• 2) des tests quantitatifs (détermination de la CMI et de la CMB)
42. DIFFUSION EN MILIEU GELOSE
st la plus simple. Elle consiste à ensemencer en
surface d'un milieu solide par inondation de la
souche à tester. Puis à déposer des disques de papier
buvard comprenant un antibiotique à une certaine
concentration.
Après solubilisation de l'antibiotique par l'humidité
du milieu gélosé, il s'établit un gradient de
concentration qui varie avec le temps.
La boite ainsi préparée est mise à incuber pendant
une nuit à 37°C. Il est possible de voir la croissance
bactérienne (au milieu de la boite) ainsi que des
zones d'inhibition de la croissance circulaires, à
proximité de chaque disque.
Plus la zone d'inhibition est grande, plus grande est
la sensibilité de la souche bactérienne testée vis-à-vis
de l'antibiotique étudié. Chaque zone peut être
mesurée selon divers moyens: règle, compas, pied à
coulisse.....
43. DETERMINATION DE LA CMI / CMB
Elle consiste a déterminer la concentration exacte
qui inhibe toute croissance bactérienne visible
C’est une technique donc le principe est simple maux
qui est plus laborieuse que la diffusion en milieu
gélosé (moins fréquemment pratiqué)
Elle peut être effectuée en milieu liquide (dilutions
en milieu liquide ou sur milieu solide (dilutions en
milieu solide ou ENCORE PAR TECHNIQUE E-test)
La concentration minimale bactéricide est définie
comme la concentration de l’antibiotique qui tue
99,99% des bactéries (0,01% de survivants) . Elle est
déterminé a partir de la CMI par culture des tubes
ou la culture bactérienne a été inhibée suivi d »un
comptage des bactérie survivantes
44. DETERMINATION DE LA CMI / CMB
Elle consiste a déterminer la concentration exacte
qui inhibe toute croissance bactérienne visible
C’est une technique donc le principe est simple maux
qui est plus laborieuse que la diffusion en milieu
gélosé (moins fréquemment pratiqué)
Elle peut être effectuée en milieu liquide (dilutions
en milieu liquide ou sur milieu solide (dilutions en
milieu solide ou ENCORE PAR TECHNIQUE E-test)
La concentration minimale bactéricide est définie
comme la concentration de l’antibiotique qui tue
99,99% des bactéries (0,01% de survivants) . Elle est
déterminé a partir de la CMI par culture des tubes
ou la culture bactérienne a été inhibée suivi d »un
comptage des bactérie survivantes
45. DETERMINATION DE LA CMI / CMB
Elle consiste a déterminer la concentration exacte qui
inhibe toute croissance bactérienne visible
C’est une technique donc le principe est simple maux
qui est plus laborieuse que la diffusion en milieu gélosé
(moins fréquemment pratiqué)
Elle peut être effectuée en milieu liquide (dilutions en
milieu liquide ou sur milieu solide (dilutions en milieu
solide ou ENCORE PAR TECHNIQUE E-test)
La concentration minimale bactéricide est définie
comme la concentration de l’antibiotique qui tue 99,99%
des bactéries (0,01% de survivants) . Elle est déterminé
a partir de la CMI par culture des tubes ou la culture
bactérienne a été inhibée suivi d »un comptage des
bactérie survivantes
NB : les antibiotiques dont la CMB est beacoup plus
supérieure que la CMI (X4) sont bactériostatiques ceux
dont la CMI est proche de la CMB sont bactéricides