Diversité Génétique, des repères pour agir - Satellite 3R - C. Grohs (INRA - UMR GABI)

1. Détecter l’émergence d’anomalies
génétiques : exemple en bovins
C. GROHS, UMR GABI, INRA
2 décembre 2015

2. • Définition : modification conduisant à un défaut du fonctionnement ou
de l’aspect d’un être vivant (visible ou non)
• Les causes peuvent être génétiques mais aussi toxiques,
infectieuses, traumatiques …
• Un même type d’anomalie peut avoir plusieurs causes
Palais fendu :
- Cause environnementale (Ingestion lupin pendant la gestation)
- Causes génétiques
Qu’est ce qu’une anomalie ?
A. Duchesne
JM Nicol ©

3. Remaniements chromosomiques
(ex: Cheiloschisis en Blonde d’ Aquitaine)
Mutation dominante avec mosaïcisme
germinal/somatique
(ex : BullDog en race Holstein)
Transmission liée à L’X
(50% des descendants mâles d’une femelle porteuse
atteints)
Mutation récessive
Fréquent
Rare
Les déterminismes génétiques
Transmission avec empreinte parentale
hétéroplasmie mitochondriale
déterminisme multiallélique,…
Cheiloschisis :
Translocation 6-20
BullDog
En brune
Caryotype
anormal
équilibré
Caryotype
normal

4. Rappels sur les anomalies récessives
Déterminisme récessif : l’expression de l’anomalie nécessite deux copies de
la mutation
+/- - /-+/+
ANIMAL SAIN
Homozygote
pour l’allèle sauvage
Hétérozygote
PORTEUR de la mutation
ANIMAL SAIN
Homozygote
pour la mutation
ANIMAL ATTEINT

5. +/- +/+
+ /- +/++/- +/+
+/- +/-
- /- +/-+/- +/+
• Présence d’un ancêtre commun dans les généalogies des
parents
• Émergence favorisée par la consanguinité
• Transmission durant un nb de générations élevé dans la
population avant observation des premiers homozygotes
• Faible fréquence dans la population générale (< 5 %)
• Fréquence élevée dans certains accouplements (max. 25%)
Rappels sur les anomalies récessives

6. Anomalies récessives et consanguinité
• Tout individu est porteur de quelques mutations récessives délétères (4-5 estimées chez
l’homme)
• Bien que l’incidence des anomalies génétiques est (très) faible en situation normale
(populations sauvages)
si fréquence allélique p=1%, la fréquence des cas est p2=0.01%
• Elle augmente avec la consanguinité, et les races animales sont des populations de petite
taille génétique => la probabilité d’apparition des cas est plus importante
• Pour conséquence, les cheptels sont confrontés à des crises aigües

7. Pour la filière, un coût important
• Probablement plus de 5% de pertes de fertilité
• Probablement plusieurs % de mortalité après naissance
• Des cas plus rares chez les adultes, mais bien plus coûteux
• Un coût probable de l’ordre de 50 à 100 millions € / an
• Souvent, une carrière interrompue prématurément pour les reproducteurs
• Des risques de contentieux
• Une mauvaise image auprès du public
=> Nécessité d’une gestion efficace de ces anomalies

8. Repérer ces anomalies, une surveillance spécifique
• Les dispositifs de contrôle de performances classiques sont peu adaptés
• La collecte d’information spontanée est réduite / l’auto-censure est forte
• Généralement peu de cas par élevage
• Les signes d’appel sont parfois difficiles à distinguer d’autres affections
(ex de CDH : veau qui s’étiole peu à peu vers 2 mois)
Rôle essentiel du vétérinaire pour une bonne caractérisation clinique et
l’élimination des causes non génétiques
Rôle essentiel de l’ONAB pour surveiller les émergences

9. Révolution des outils technologiques : le génotypage par
puce et le reséquençage complet de génomes
• Sur une puce à SNP, on obtient entre 10000 et 54000 typages /
individu  Possibilité de faire une
« Cartographie par homozygotie »
• Si l’anomalie est récessive, les atteints sont homozygotes à la
mutation causale, ainsi que pour un fragment chromosomique
entourant la mutation (un haplotype)
 On recherche un segment toujours homozygote chez les atteints
et rarement homozygotes chez les normaux : c’est la région portant
la mutation
• Plusieurs milliers de mutations par reséquençage complet, dont
seulement 1 est unique aux animaux atteints, et située dans un gène
dont la fonction fait sens

10. Détection d’une mutation : la situation aujourd’hui
• Une mutation peut être localisée en quelques semaines/mois à partir de
quelques cas (5 à 10 en général) !
• Création d’un premier test génétique à partir de marqueurs de la région
• En revanche, l’identification de la mutation reste aléatoire mais elle peut
déboucher en quelques mois, grâce à l’évolution du séquençage d’ADN
• Si la mutation est identifiée, un second test est développé, soit spécifiquement
(~25€ / animal), soit sur une puce multi-objectifs
• Screening de la population, identification des porteurs
• Elimination progressive de l’anomalie

11. Sur le terrain, comment procéder ?
• Un éleveur, technicien, ou vétérinaire détecte une anomalie (animal mort ou
vivant, à la naissance ou après)
• Il remplit une déclaration (en ligne ou sur fiche papier) en observant l’animal
pour n’oublier aucun phénotype
• Il envoie la fiche avec ou sans prélèvements
Chaque fiche compte!
• Une fiche permet :
• D’avertir l’Observatoire, d’un cas même isolé
• De suivre statistiquement les types d’anomalies qui émergent
• Une seule fiche dans un élevage, mais plusieurs fiches dans toute la population :
l’anomalie prend de l’ampleur
L’Observatoire alerte les organismes concernés et lance un programme
pour récupérer des prélèvements

12. Les prélèvements reçus au laboratoire
• Types : du sang, des biopsies d’oreille, des organes prélevés et
acheminés rapidement
• Coût : Au fil de l’eau aux frais du préleveur (si besoin, une facture peut
être envoyée). En cas d’émergence avérée, un dispositif organisé est mis
en place avec une collecte des prélèvements centralisée et un
dédommagement.
• Stockage et conservation : systématique
• Les données relatives : enregistrement sur plusieurs supports
• Identification : code-barres
• Photos ou films : réalisés et envoyés par mail

13. • Premiers cas reportés au printemps 2013
• Phénotype similaire à la dysplasie ectodermique anhidrotique (DEA)
chez l’Homme :
• Hypo-trichose (absence de poils)
• une ano- ou dys-odontie (absence partielle ou totale de dents)
• une hypo ou an-hydrose (absence de transpiration / glandes
sudoripares)
Un exemple d’anomalie récessive en détail :
les veaux « sans poils, sans dents » en race Charolaise
Capitan et al., in prep.

14. Un exemple d’anomalie en détail : les veaux
« sans poils, sans dents » en race Charolais
• L’anomalie chez l’homme est causée par la mutation de l’un des trois gènes de
la voie de l’ectodysplasine : (EDA, EDAR et EDARADD) protéine impliquée dans le
développement de diverses glandes dont les glandes mammaires ainsi que les
poils, les dents, les écailles et les plumes
• Chez les bovins, dans la littérature, des cas sporadiques décrits chez des mâles
de différentes races (issue fatale…) mais jamais de femelles rapportées jusqu’à
cette émergence
• 11 signalements dont 10 généalogies exploitables : 1 ancêtre commun sur les 2
voies !
 Déterminisme autosomal récessif supposé

15. • Génotypage des individus et parents sur puce à SNP 50K
• Mise en évidence d’une grande zone d’homozygotie (27 Mb) commune aux cas
et hétérozygote chez leurs parents
• Plus d’une centaine de gènes présents dans l’intervalle identifié
dont un gène candidat : EDAR, le récepteur à l’ectodysplasine!
Cartographie par homozygotie
http://edimerpharma.com

16. Séquençage d’un trio père-mère-cas et d’un animal contrôle non porteur
contrôle
cas
parents
Identification d’une insertion
d’un C qui modifie le cadre de
lecture du gène
La protéine mutée n’a plus de
domaine transmembranaire
permettant son interaction
avec EDARADD
Vérifications sur l’ensemble du pedigree…
Recherche de la mutation causale

17. La mutation s’est produite chez un
taureau né en 1993
Il existe des animaux bien portants
homozygotes à l’haplotype mais pas à la
mutation
La mutation est causale
Identification de la mut causale en – de 6
mois et le dvpt d’un test génétique est
en cours

18. Gestion des anomalies selon les cas
• Anomalie dominante => éradiquer immédiatement
• Anomalie récessive => éviter les accouplements à risque
• Avec une fréquence faible : garder les mâles non porteurs à N+1
• Avec une fréquence élevée : intégrer l’anomalie dans l’ISU (poids
économique)
• Dans tous les cas : limiter l’émergence passe par une augmentation de notre
réactivité
•Notre objectif : faire remonter les cas !
WWW.onab.fr

19. Résultats et Conclusion
• Plus de 30 projets de recherche ont été considérés depuis la création de
l’ONAB et traités par trois chercheurs, ainsi qu’une doctorante
• Une dizaine de ces anomalies a pu donner des résultats (test de dépistage,
gestion de troupeau / ou d’éradication, description fine des mécanismes
moléculaires  publication)
• Tout n’est pas récessif mais conséquences économiques supérieures
• Les anomalies génétiques touchent à la fois monte naturelle et IA ,
toutes les races (allaitantes/laitières; petits ou grands effectifs)
• Rapidité dans la détection d’anomalie grâce à la puissance des outils
technologiques !

20. Contacts
Cécile Grohs (cecile.grohs@jouy.inra.fr) Coralie Danchin-Burge (coralie.danchin@idele.fr)
INRA - Centre de Recherche de Jouy-en-Josas Institut de l'Elevage
UMR de Génétique Animale et Biologie Intégrative Variabilité Génétique
Equipe Génétique et Génomique Bovine 149 rue de Bercy 75595 PARIS CEDEX 12
Bâtiment 211, Domaine de Vilvert
78352 Jouy-en-Josas cedex https://www.onab.fr
Nos financements
• FGE : 1) caractérisation clinique par les écoles de Nantes (ONIRIS) et de Toulouse via la
rétribution de résidents 2) génotypages et séquençage d’animaux atteints 3) coordination
générale et communication
• l’ANR finance pour 5 ans le projet de recherche « BOVANO »
• identifier les mutations responsables d’anomalies génétiques dans les races
bovines françaises
• d’aller jusqu’à leur validation fonctionnelle pour certaines

21. L’application des sciences participatives au domaine des anomalies se décline en
3 objectifs :
- Obtenir des données sur les races françaises pour étudier leur état génétique
général (monitoring de long terme)
- Produire des outils de sensibilisation et d’éducation aux anomalies et à la
génétique
- Former une communauté et mobiliser autour d’enjeux liés à la gestion des
anomalies.
L’ONAB, un observatoire de sciences
participatives