CASDAR RUSTIC : La persistance de la lactation : approche contrôles élémentaires en caprins. Par Mathieu Arnal (IDELE-INRA)

1. Développement d’une évaluation génomique
pour l’analyse de données répétées:
application aux contrôles laitiers caprins
Séminaire de restitution du programme CASDAR RUSTIC – Toulouse, les 3 et 4 octobre 2019
Encadrantes de la thèse :
Christèle Robert-Granié, équipe MG², UMR GenPhySE, Toulouse
Hélène Larroque, équipe GeSPR, UMR GenPhySE, Toulouse

2. Les données : Sélection à partir de la base nationale du contrôle laitier
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De 2000 à 2018 Alpine
Pedigree 1 021 665
Nombre contrôles Nombre lactations
1ière lactation 4 532 245 734 790
2ième lactation 3 495 849 563 710
3ième lactation 2 443 457 402 729
• Des protocoles avec les 2 traites journalières mesurées et d’autres avec une seule traite mesurée
• Roberta Rostellato (CDD RUSTIC) travail pour prendre en compte ensemble les deux types de contrôles
• Décision de multiplier par le coefficient « ki » mesuré à partir du tank par le technicien.

3. Des formes de courbes de lactations diverses
3
En fonction de la race et de la parité En fonction de l’année et de la parité
Classification des formes de
courbes caprines

4. Modèle contrôles élémentaires pour les 3 premières lactations
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𝐌𝐞𝐬𝐮𝐫𝐞 𝐝𝐮 𝐜𝐚𝐫𝐜𝐚𝐭è𝐫𝐞𝐣𝐨𝐮𝐫 = 𝐓𝐫𝐨𝐮𝐩𝐞𝐚𝐮 ∗ 𝐣𝐨𝐮𝐫 + 𝐟 𝐞𝐧𝐯𝐢𝐫𝐨𝐧𝐧𝐞𝐦𝐞𝐧𝐭 + 𝐟′(génétique) + f′(environnement permanent) + 𝜺
• f et f’: fonction du jour de lactation  évolution dans le temps
• Environnement : âge à la mise bas, mois de mise bas, durée de tarissement, gestation
• Génétique et environnement permanent:
2 composantes de la fonction f’:

5. Héritabilité du niveau et de la persistance
5
Niveau Persistance
• Héritabilités des niveaux: proches de héritabilités des caractères à la lactation totale
• Héritabilités pour la persistance comprises entre 0.10 et 0.20 pour la plupart des caractères

6. Qualité de prédiction des évaluations à la lactation et contrôles élémentaires, avec ou sans génomique
6
modèle à la lactation sans génomique
modèle RRM sans génomique
modèle à la lactation avec génomique
modèle RRM avec génomique
Lait MG MP TB TP SCS TB/TP
Corrélations entre DYD et index obtenus lors d’une
évaluation à la naissance des boucs candidats
• Mêmes résultats en Alpine
• La génomique augmente les précisions
• Index modèle lactation et Index modèle contrôles élémentaires sont très corrélés mais des écarts entre moyennes
d’Index selon le caractère

7. Mise en évidence de régions associées du génome
7
• Pour la persistance:
o Lait-MG-MP (chr19, primi, Saanen)
o TB (chr6, multi , Saanen)
o SCS et ratio TB/TP (chr6, primi-multi , Saanen)
o SCS (chr23, primi, Alpine)
• Pour le niveau: confirmation des régions mises en évidence avec les caractères à la
lactation

8. Temps de calcul et mémoire utilisée pour le Single-Step GBLUP
Modèle Caractère Temps réel en h
Maximum
Mémoire Utilisée
modèle RRM avec
génomique
LAIT 20.83 1.05GB
8
• Performances historiques supprimées
• Evaluation uniraciale
• Modèle d’évaluation optimisé
• Pas de préparation amont et aval
De 2000 à 2018 Alpine
Pedigree 1 021 665
Nombre contrôles Nombre lactations
1ière lactation 4 532 245 734 790
2ième lactation 3 495 849 563 710
3ième lactation 2 443 457 402 729

9. Illustration des index extrêmes pour le lait
9
Index extrêmes
+ Production
moyenne
Pour un même niveau de production à la lactation, des formes de courbes différentes

10. Corrélations des index génétiques quotidiens entre caractères
10
Saanen
Des corrélations entre index génétiques qui varient au cours du temps
Exemple index cellules somatiques
SCS-Lait
SCS-TP

11. Valorisation des effets d’environnement
11
3 élevages pris au hasardEffet de l’âge de la mise bas en 1ière lactation
• Des effets fixes qui peuvent être exploités à des fins zootechniques
• Peuvent permettre un suivi plus fin des élevages (comparaisons entre élevages d’un même
système…)

12. Corrélations entre index avec la longévité en Alpine
12
478 boucs Alpine nés entre 1994 et 2008 avec plus de 50 filles
-0.5
-0.4
-0.3
-0.2
-0.1
0
0.1
0.2
0.3
Niveau
Primipare
Multipare
-0.5
-0.4
-0.3
-0.2
-0.1
0
0.1
0.2
0.3
Lait
MG
MP
TB
TP
SCS
RatioTB/TP
Persistance
TP
LAIT
SCS

13. Corrélations entre index avec la fertilité en Alpine
13
836 boucs Alpine nés entre 1994 et 2008
avec plus de 50 filles
-0.3
-0.2
-0.1
0
0.1
0.2
0.3
Niveau
Primipare Multipare
-0.3
-0.2
-0.1
0
0.1
0.2
0.3
Lait
MG
MP
TB
TP
SCS
RatioTB/TP
Persistance
Primipare Multipare
TP
Lait

14. • Jeu de données particulier: chèvres avec un père d’IA et une mère connue
• Lactations longues: lactations de plus de 486 jours
• Alpine: différence index: normales – longues
• Des chèvres en lactation longue avec des index niveau et persistance plus élevés
Relations lactations longues et index niveau et persistance en Alpine
14
L1 L2 L3
L1 L2 L3
Lait Alpine Niveau Lait Alpine Persistance
Parité 1 2 3
Nombre de
contrôles
élémentaires
318 612 225 658 148 473
Lactations 49 849 34 859 23 207

15. Conclusion
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• Une indexation avec les mêmes résultats pour la lactation
totale, plus couteuse en temps de calcul mais avec de
nouvelles valorisations
• Des effets troupeaux plus précis à valoriser
• Une indexation de la persistance sans corrélation avec le
niveau de production
• La persistance faiblement corrélée:
– Positivement à la longévité
– Négativement avec la fertilité
Les chèvres avec des lactations longues ont des index persistance plus
élevés

16. 16
Merci pour
votre attention

17. 17