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1. Restitution iSAGE - Paris, 4 février 2020
La valeur génétique d’un animal dépend-elle
du système dans lequel il est élevé ?
Diane BUISSON (Institut de l’Elevage) et Isabelle PALHIERE (INRAE)

2. Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
2
Animaux robustes, efficients,
adaptés aux conditions d’élevage d’aujourd’hui et de demain
Un animal adapté à tous les
systèmes d’élevage ?
Des animaux différents adaptés
à chaque système d’élevage ?
Objectif de sélection unique
Evaluation génétique actuelle fait cette hypothèse
Sélection

3. Un animal peut-il être adapté à tous les systèmes ?
L’hypothèse de la sélection actuelle est-elle vérifiée ?
• Etape 1 : caractériser les systèmes et réaliser une typologie
• Etape 2 : vérifier si la valeur génétique d’un animal dépend
du système dans lequel il est élevé
 analyse des interactions Genotype*Environnement (G*E)
Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
3

4. Caractérisation des systèmes d’élevage
Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
4
Caractéristiques de l’élevage et du système d’élevage
Performances des animaux
Données météorologiques
Evaluations génétiques
(index et effets élevage)
Campagnes 2014-2016
N=432 troupeaux
Caprin lait
(Alpine, Saanen)
Ovin lait
(Lacaune)
Campagnes 2012-2015
N=143 troupeaux
115 variables
25 variables
Analyses statistiques
-Méthodes factorielles
-Classification

5. Typologie des environnements en Lacaune
Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
5
Cluster 1 (38 troupeaux):
Ségala
Elevages hâtifs
Niveaux de début de traite bas
TB et TP élevés
Effets élevages bas pour le lait et
forts pour les taux
Cluster 2 (32 troupeaux) :
Rougiers/Ségala
Basse altitude (bonne pousse de
l’herbe au printemps)
Niveaux de début de traite élevés
Faibles coûts d’alimentation
Cluster 3 (33 troupeaux):
Lévezou
Altitude élevée (peu d’herbe au
printemps)
Quantités importantes de fourrages
et concentrés distributés
Coûts d’alimentation élevés
Cluster 4 (40 troupeaux):
Causses Sud
Elevages tardifs
Durée de traite plus courte
TB et TP faibles
Effets élevages faibles (QL, TB, TP)
Faible quantité de fourrages et
concentrés distribués
Ovin lait
(Lacaune)

6. Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
6
1
2
3
4
Cluster 1 (100 elv)
Eleveurs laitiers
Poitou-Charentes
Forte production laitière
Index + +
Grandes cultures
Cluster 3 (144 elv)
Eleveurs laitiers
Bretagne / Pays de la Loire
Grands cheptels
Forte production laitière
Ration ensilage maïs/herbe,
enrubanné
% IA élevé
Cluster 4 (69 elv)
Eleveurs fromagers
PACA / Languedoc / Rhones Alpes
Petits cheptels
Faible production laitière
Ration pâturage, foin, pastoralisme
Cluster 2 (119 elv)
Eleveurs laitiers, fromagers, mixtes
Centre / Rhones Alpes / Auvergne /
Bourgogne
Niveaux TB et TP élevés
Ration foin, affouragement en vert
% filles IA faible
Les 4 grands systèmes en caprins laitiers Chèvres
(Alpine, Saanen)

7. Interaction Genotype*Environnement
sous forme d’effet d’échelle ?
Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
7
≠
Héritabilités
Conséquence

8. Faible effet d’échelle en race Lacaune
Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
8
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
LAIT TB TP CCS
Héritabilité
Cluster 1
Cluster 2
Cluster 3
Cluster 4
L’héritabilité des caractères varie très peu entre les environnements
Ovin lait
(Lacaune)

9. Un effet d’échelle entre les éleveurs du Sud-Est et les autres ?
Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
9
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
LAIT - Alpine LAIT - Saanen
Héritabilité
Cluster 1
Cluster 2
Cluster 3
Cluster 4
L’héritabilité est statistiquement différente pour les éleveurs du Sud-Est en race Alpine
…mais reflète une moindre variabilité des performances
Caprin lait
(Alpine, Saanen)
Héritabilité =
variance génétique
variance phénotypique

10. Interaction Genotype*Environnement
sous forme de reclassement ?
Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
10
≠
Héritabilités
Corrélations
génétiques
<1
Conséquence Conséquence

11. Peu de reclassements en race Lacaune
Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
11
Bonnes corrélations génétiques entre les clusters
sauf pour la quantité de lait entre les clusters 1 et 3
sauf pour les CCS (peu de données)
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
QL TB TP CCS
Corrélationsgénétiquesentre
lesclusters
1-2 1-3 1-4 2-3 2-4 3-4
Peu de données
pour les CCS
Ovin lait
(Lacaune)

12. Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
12
Cluster 1 (100 elv)
Eleveurs laitiers
Poitou-Charentes
Forte production laitière
Index + +
Grandes cultures
Cluster 3 (144 elv)
Eleveurs laitiers
Bretagne / Pays de la Loire
Grands cheptels
Forte production laitière
Ration ensilage maïs/herbe,
enrubanné
% IA élevé
Cluster 4 (69 elv)
Eleveurs fromagers
PACA / Languedoc / Rhones Alpes
Petits cheptels
Faible production laitière
Ration pâturage, foin, pastoralisme
Cluster 2 (119 elv)
Eleveurs laitiers, fromagers, mixtes
Centre / Rhones Alpes / Auvergne /
Bourgogne
Niveaux TB et TP élevés
Ration foin, affouragement en vert
% filles IA faible
Chèvres
(Alpine, Saanen)Corrélations génétiques entre systèmes
0.87 Alpine
0.79 Saanen
0.77 Alpine
Corrélations inférieures à 0.90
Reclassement entre les éleveurs fromagers du Sud-Est et les clusters 1 et 3 ?
Difficile de conclure car estimation peu précise (faibles effectifs)
Intervalle de confiance (95%)
[0.56-0.97]

13. Quelle conséquence sur les index des mâles ?
Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
13
2.5% des pères
Indexés dans
le milieu 1
Exemple d’un situation entre 2 clusters ayant une corrélation génétique = 0.70 pour le LAIT
71% des mâles ne changent pas de catégorie quel que soit le milieu dans lequel ils sont indexés
La conséquence sur le reclassement des index des mâles semble modérée
Chèvres
(Alpine, Saanen)
Indexés dans
le milieu 2

14. Conclusion : la sélection actuelle génère
t’elle des animaux adaptés à tous les
systèmes ?
• Oui…mais :
• À vérifier sur un gros jeu de données en race Lacaune pour
les cellules et en caprins pour les éleveurs fromagers
• A étudier sur les autres caractères en sélection/en cours
d’étude : morphologie mamelle, fertilité, longévité, persistance laitière,
efficacité alimentaire,…
• Des études complémentaires peuvent être menées
pour comparer des modalités de système en particulier
: bio/pas bio, laitiers/fromagers, montagne/plaine,…
Interactions Génotype * Environnement en ovins et caprins laitiers en France - 04/02/2020 - Paris
14

15. Remerciements :
 Contributeurs à l’étude : Gilles Lagriffoul, Hélène
Larroque, Carla Gava, Aude Rolland, Audrey Combasteix
 Fournisseurs de données « système » : FCEL et Capgenes
 Merci à vous pour votre attention