CASDAR RUSTIC : La persistance de la lactation : analyse génétique d’indicateurs de type ratio à la lactation en caprins. Par Virginie Clément (IDELE)

1. Séminaire de restitution RUSTIC
Toulouse, 3 et 4 octobre 2019
Virginie Clément
Actions 3.1
Etude de la persistance laitière selon une
approche à la lactation
Espèce caprine

2. 2
Objectifs
1. Calcul de différents critères de persistance
2. Estimation des paramètres génétiques
→ Détermination d’un critère pertinent :
héritable
précoce
peu corrélé avec le lait
3. Mise en place d’une évaluation génétique
Séminaire de restitution Rustic3-4 octobre 2019

3. 3
Critères de persistance étudiés
• Variabilité des contrôles :
- Production max/production moyenne
- Ecart type des productions au contrôle
- Coefficient de variation : écart type productions au contrôles /moyenne
des productions au contrôle
• Ratios :
- Découpage durée de lactation en tiers :
• P(100j-200j) / P(1j-100j) ou P(90j-180j) / P(1j-90j)
• P(200j-300j) / P(100j-200j) ou P(180j-270j) / P(90j-180j)
• P(100j-200j) / P(60j-100j)
- Rapport production fin lactation sur production au pic
• P(fin lactation) / P(30j-60j)
• Pente : coefficient de régression entre la production et le stade (>50
jours)
Séminaire de restitution Rustic3-4 octobre 2019

4. Variabilité des contrôles
4
Production laitière
Temps
Production max
Ctl 1 Ctl 2 Ctl 3 Ctl 4 Ctl 5 Ctl 6 Ctl 7
Contrôles laitiers
Prod max/prod moy
Ecart type
Coefficient de variation
Séminaire de restitution Rustic3-4 octobre 2019

5. 5
Critères de persistance étudiés
• Variabilité des contrôles :
- Production max/production moyenne
- Ecart type des productions au contrôle
- Coefficient de variation : écart type productions au contrôles /moyenne
des productions au contrôle
• Ratios :
- Découpage durée de lactation en tiers :
• P(100j-200j) / P(1j-100j) ou P(90j-180j) / P(1j-90j)
• P(200j-300j) / P(100j-200j) ou P(180j-270j) / P(90j-180j)
• P(100j-200j) / P(60j-100j)
- Rapport production fin lactation sur production au pic
• P(fin lactation) / P(30j-60j)
• Pente : coefficient de régression entre la production et le stade (>50
jours)
Séminaire de restitution Rustic3-4 octobre 2019

6. Ratios
6
Production laitière
Temps
P(1j-100j) P(100j-200j) P(200j-300j)
100 jours 200 jours
Contrôles laitiers
300 jours
P(100j-200j) / P(1j-100j)
P(200j-300j) / P(100j-200j)
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

7. 7
Critères de persistance étudiés
• Variabilité des contrôles :
- Production max/production moyenne
- Ecart type des productions au contrôle
- Coefficient de variation : écart type productions au contrôles /moyenne
des productions au contrôle
• Ratios :
- Découpage durée de lactation en tiers :
• P(100j-200j) / P(1j-100j) ou P(90j-180j) / P(1j-90j)
• P(200j-300j) / P(100j-200j) ou P(180j-270j) / P(90j-180j)
• P(100j-200j) / P(60j-100j)
- Rapport production fin lactation sur production au pic
• P(fin lactation) / P(30j-60j)
• Pente : coefficient de régression entre la production et le stade (>50
jours)
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

8. Pente
8
Production laitière
Temps
Pente
Contrôles laitiers
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

9. Echantillon d’étude
• Contrôles élémentaires
• Campagnes de lactation de 1993 à 2015
• Races Alpine et Saanen
• Lactations de rang 1 à 5
• Lactations terminées
• Protocoles A, D, AT, AZ
• Pas de monotraite
• Pas de lactations longues
93-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

10. 1010
Variable Moyenne Ecart type Minimum Maximum
Race SAANEN (N=2 302 652)
Prod max/prod moy 1,35 0,19 1 6,20
Ecart type des contrôles 7,08 3,37 0 36,33
CV (Ecart type/moyenne) 0,25 0,11 0 1,43
Pente -0,06 0,07 -1,8 1,5
Race ALPINE (N=2 914 590)
Prod max/prod moy 1,39 0,20 1 4,89
Ecart type des contrôles 7,81 3,51 0 37,35
CV (Ecart type/moyenne) 0,28 0,11 0 1,41
Pente -0,08 0,07 -1,9 1,7
Valeur moyenne des critères
Variabilité des contrôles
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

11. 11
Variable Moyenne Ecart type Minimum Maximum
Race Saanen
Aire 100-200/Aire 0-100 0,92 0,20 0,15 5,90
Aire 200-300/Aire 100-200 0,84 0,25 0,14 5,84
Race Alpine
Aire 100-200/Aire 0-100 0,87 0,18 0,10 4,93
Aire 200-300/Aire 100-200 0,75 0,23 0,10 5,75
Valeur moyenne des critères
Méthode des ratios
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

12. 12
12
Prod max/prod moy Ecart type des contrôles
Evolution des critères en fonction du rang de
lactation
ALPINES
SAANEN
SAANEN
ALPINES
Comité de Pilotage Rustic
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

13. Estimation des paramètres génétiques
133-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

14. 14
Effets fixes – L1
• élevage*campagne
• âge*élevage*campagne
âge : 10 ; 11 ; 12 ; 13 ; 14 ; 15-18 ; 19-30
• mois*élevage*campagne
mois : sept à déc ; janv ; fév ; mars ; avril ; mai à août
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

15. 15
Héritabilité des critères en première
lactation
15
0
0.05
0.1
0.15
0.2
0.25
0.3
0.35
Ecarttype
Coeffvariation
Prodmax/prodmoy
Aire100-200/0-100
Aire90-180/0-90
Pente
Lait250jours
Héritabilitéestimée
Héritabilité en L1 Alpine
Saanen
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic
Ecart
type
CV Prod
max
Aire
100-200
Aire
90-180
Coeff variation
génétique (%)
Alpines 8,4 13,6 2,4 6,4 5,8
Saanen 11,7 15,7 2,5 5,8 5,7

16. 16
Héritabilité des critères en L1, L2, L3
0
0.05
0.1
0.15
0.2
L1 L2 L3 L1 L2 L3
Alpine Saanen
Héritabilitéestimée
Héritabilité en L1, L2, L3
Ecart type
Coeff variation
Prod max/prod moy
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

17. 17
Corrélation génétique entre rangs de
lactation pour les critères de persistance
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
L1-L2 L1-L3 L2-L3 L1-L2 L1-L3 L2-L3
Alpine Saanen
Corrélationgénétique
Corrélation entre rangs de lactation
Corrélation entre rangs de lactation Ecart type
Coeff variation
Prod max/prod moy
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

18. 18
Corrélation génétique avec le lait
-0.3
-0.2
-0.1
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8 Ecarttype
Coeffvariation
Prodmax/prodmoy
Aire100-200/0-100
Aire90-180/0-90
Pente
Corrélationgénétique
Corrélation génétique avec le lait
Alpine
Saanen
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

19. Conclusions
19
Héritabilité Corrélation
Ecart type - -
Coeff variation ++ ++
Prod max/prod moy - +
Aire 100-200/0-100 + +
Aire 90-180/0-90 + +
Pente + ++
3-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

20. Conclusions
• Paramètres génétiques : les variables CV et pente
semblent les plus pertinentes pour travailler sur la
persistance à la lactation (variables les plus héritables et
les moins corrélées à la production laitière)
• Evaluation génomique
• Autre approche : test-day (cf exposé Mathieu)
203-4 octobre 2019 Séminaire de restitution Rustic

21. Merci pour votre attention
21Séminaire de restitution Rustic3-4 octobre 2019