CASDAR RUSTIC : La longévité fonctionnelle : analyse génétique en caprins. Par Isabelle Palhière (INRA)

1. Modélisation et évaluation génétique
de la longévité fonctionnelle
Résultats caprins laitiers
Séminaire de restitution du programme CASDAR RUSTIC – Toulouse, les 3 et 4 octobre 2019
Isabelle PALHIERE, INRA GenPhySE, Toulouse
Stage
Ludivine
Doutre

2. Les différents critères de longévité

3. Les données utilisées
 Données contenues dans SIECL (Contrôle laitier officiel)
 Suppression des femelles avec >= 1 lactation longue (>450j)
 Etude des femelles nées entre 1990 et 2011, ayant toute leur carrière
connue et terminée
Alpine : 832 814 chèvres
Saanen : 666 665 chèvres

4. Différents critères de longévité (vraie)
ALPINE SAANEN
Durée de vie totale 1428j
(3,9 ans)
1381j
(3,8 ans)
Durée de vie productive 997j
(2,7 ans)
947j
(2,6 ans)
Nombre de jours en lactation 819j
(2,24 ans)
785j
(2,15 ans)
Nombre de lactations 3,23 3,11
Naiss. Réforme
1ere
mise-basNaiss. Réforme
Naiss. Réforme
1ere
mise-bas
L1 L2 L3
Moyenne sur l’ensemble des femelles
1.Critères sur l’ensemble de la carrière des femelles

5. Différents critères de longévité (vraie)
Nombre de jours de lactations à l’âge de 3, 4, 5 ans
 Beaucoup moins de variabilité entre individus
 Moyennement corrélé aux critères à l’échelle de
la carrière totale
==> critères à garder ?
2.Critères précoces, sur le début de carrière des femelles
Naiss. Réforme
1ere
mise-bas
L1 L2 L3
3ans
3.Critères « intermédiaires »
Durée de vie productive jusqu’à la L6
 Borne la longévité de 10% de femelles
 Très corrélé aux critères à l’échelle de la carrière totale
 Réduit le nombre d’effets à estimer dans le modèle d’indexation

6. Premières conclusions sur les critères
Tous les critères sur l’ensemble de la carrière sont très corrélés entre eux
Tous se dégradent au cours du temps
Le critère le plus variable entre individus est « la durée de vie productive »

7. Répartition des femelles selon leur durée de vie productive
Coefficient
de variation = 73%
34% pour le LAIT
Ensemble des femelles nées de 1990 à 2011

8. Les facteurs de variation de la longévité
Génétique
Facteurs
d’environnement
Performance :
?

9. ± longévité vraie
Numéro de lactation
Cheptel
Campagne
Taille x évolution de la taille
du cheptel
Age à la 1ere
mise-bas
Quantité de lait
Niveau TB
Niveau TP Région
Stade de lactation
Longévité fonctionnelle

10. Effet des numéro et stade de lactation
Risque de réforme au cours de la lactation / race Alpine / modèle de survie
Stade de lactation (jours)
Risquederéforme
L1
L2
L3
L4L5L6
X4

11. Effet du niveau de production laitière
Niveau de production intra élevage
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
- +
10 classes
Intra élevage x campagne
L1 vs L2 et +
Variable = cumul lait 250j

12. Effet du niveau de production laitière
Risque relatif de réforme selon la classe de production laitière / race Alpine / modèle de survie
Classe de référence = classe 4 camp 2008
Classe1Classe10

13. Les paramètres génétiques
Génétique
Facteurs
d’environnement
Performance :

14. Estimation de l’héritabilité
SAANEN ALPINE SAANEN ALPINE
Durée de vie totale 7,3% 8,2%
Durée de vie productive 7,2% 8,2% 10,2% 9,1%
Nombre de jours en
lactation au cours de la
carrière
7,5% 8,0%
Nombre de jours en
lactation à l’âge de 5 ans
6,6% 6,5%
Nombre de lactations 6,9% 7,7%
Modèle linéaire Modèle de survie
La génétique a une influence très modérée sur la longévité fonctionnelle
La sélection sur ce seul critère va être difficile

15. L’évaluation génétique

16. Ce qui a été fait dans RUSTIC
Modèle linéaire Modèle de survie
ALPINE
4 indexations
2016 à 2019
Sélection des pères pour
les lignées divergentes
INRA Bourges
(projet ActiveGoat)
SAANEN
1 indexation
2017
ALPINE
2 indexations
2018 et 2019
SAANEN
1 indexation
2018

17. Les principaux résultats
Pas d’évolution des index au cours du temps (donc la dégradation
phénotypique n’est pas liée à la génétique)
Précision des index :
 C’est le nombre de filles réformées qui impacte le CD
 Avec 50 filles réformées, CD ≈ 0,65 à 0,75

18. CD des mâles IA, indexés avec modèle de survie
– race Alpine
160 filles totales en moyenne par bouc
dont 70 réformées (24 à 200 selon le bouc)
Pas indexé en modèle linéaire
Mill. le + récent sur catalogue 2019
Aucun mâle indexé longévité

19. Les principaux résultats
Pas d’évolution des index au cours du temps (donc la dégradation
phénotypique n’est pas liée à la génétique)
Précision des index :
 C’est le nombre de filles réformées qui impacte le CD
 Avec 50 filles réformées, CD ≈ 0,65 à 0,75
Ecart entre les 2 x 5 boucs IA ayant les index « longévité » les plus
extrêmes : 135j de durée de vie productive (15%)
Corrélation index linéaire x index survie = 0,79

20. Les relations entre longévité et autres caractères

21. Corrélations entre index longévité (modèle survie)
et autres index - race Alpine
?

22. Conclusion
Le critère de sélection qui semble le plus approprié : durée de vie
productive
Héritabilité faible  la sélection va être difficile (si on utilise cet
index tel quel)
Les cellules et la morpho sont de très bons prédicteurs de la
longévité, mais…
Ne suffisent pas expliquer toute la variabilité qui existe entre les
chèvres  intérêt d’avoir un index « longévité »

23. Perspectives
Objectif principal : augmenter la précision des index
Réaliser une indexation génomique
Mettre au point une indexation multicaractère :
Index longévité fonctionnelle = durée de vie productive + cellules + morpho + ferti + …