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QUELLE GÉNÉTIQUE POUR
UN ÉLEVAGE DURABLE
DES PETITS RUMINANTS ?
Indexation lait et maturité en lien
avec la longévité fonctionnelle
chez les caprins laitiers
(projet MALO)
Mathieu Arnal, Bertrand Bluet, Nicole Bossis,
Virginie Clément, Priscilia Crouzet, Isabelle Palhière
La responsabilité du ministère en charge de
l’agriculture ne saurait être engagée.
Une durée de vie productive qui décroit
Magazine Capgènes n°7 (I.Palhière)
Vie
productive
en
jours
Année de naissance
Entre 1991 et 2011
-346j en Saanen
-326j en Alpine
Une évaluation génomique de la longévité
fonctionnelle est en cours
• Longévité fonctionnelle : longévité corrigée pour la production laitière
• Modèle développé par Isabelle Palhière (INRAE)
• Index disponibles en 2022 (dans le cadre de MALO), pour les mâles d’IA
uniquement
• Des index dont la précision est modérée :
• Héritabilité faible
• Il faut attendre qu’un grand nombre de filles aient fini leur carrière pour avoir un
index précis du bouc ( ± 6 ans)
Des caractères liés à la longévité en cours
d’étude
• Résistance aux strongles (programme APIS GENE TEPACAP)
• Collecte de données sur des caractères de santé- bien-être à l’échelle individuelle
(projet Smarter)
• Enregistrement des causes de réforme dans quelques élevages, afin de mieux
comprendre la longévité (projet Smarter)
• Etude du déterminisme génétique des kystes et déséquilibres mammaires
• Observatoire national des anomalies génétiques en petits ruminants (CASDAR
« PRESAGE » 2021-2024)
La maturité un caractère en lien avec la
longévité fonctionnelle
• Projet financé par Apis gène : Projet Malo (juillet 2021-décembre 2022)
• Indexation actuelle lait (LACT) : un index lait pour toutes les lactations
• Possibilité d’obtenir un index lait par rang de lactation (MULTI)
• Un Index lait carrière composé des 3 index lait : 0.49*L1+0.61*L2+0.63*L3
• Maturité : différence de production L1/L3 : -0.83*L1+0*L2+0.55*L3
2 chèvres Saanen : une courbe verte, l’autre courbe rouge
Index lait à la lactation actuels similaires : -99 pour la verte, -105 pour la rouge
Maturité : différence de production L1/L3
1ière Lactation 2ième Lactation 3ième Lactation
2 chèvres Saanen : une courbe verte, l’autre courbe rouge
Index lait à la lactation actuels similaires : -99 pour la verte, -105 pour la rouge
Index lait L1 différents :
( +4 pour la verte, -5 pour la rouge)
Production:
(2255 kg pour la verte, 913 kg pour la rouge)
Index lait L2 proches
( -2.7 pour la verte, -1.2 pour la rouge)
Production:
(848 kg pour la verte, 1127 kg pour la rouge)
Index lait L3 différents:
( -7 pour la verte, +1 pour la rouge)
Production:
(481 kg pour la verte, 1403kg pour la rouge)
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1ière Lactation 2ième Lactation 3ième Lactation
Index lait carrière : -6.377 pour la verte et -2.152 pour la rouge
Index maturité opposés: -8 pour la verte, +5 pour la rouge
Index longévité opposés: -96 pour la verte, +49 pour la rouge
Longévités phénotypiques différentes : 3 Lactations pour la verte (3585kg), 6 lactations pour la rouge (7114kg)
2 chèvres Saanen : une courbe verte, l’autre courbe rouge
Index lait à la lactation actuels similaires : -99 pour la verte, -105 pour la rouge
Index lait L1 différents :
( +4 pour la verte, -5 pour la rouge)
Production:
(2255 kg pour la verte, 913 kg pour la rouge)
Index lait L2 proches
( -2.7 pour la verte, -1.2 pour la rouge)
Production:
(848 kg pour la verte, 1127 kg pour la rouge)
Index lait L3 différents:
( -7 pour la verte, +1 pour la rouge)
Production:
(481 kg pour la verte, 1403kg pour la rouge)
Maturité : différence de production L1/L3
Corrélations entre la longévité et les index laitiers
• La longévité est moins négativement corrélée à la L3 qu’à la L1 ou les index carrière
• La maturité est corrélée positivement à la longévité
-0.24
-0.3
-0.16
-0.09
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Corrélations entre index pour des boucs ayant au moins 21
filles (n=371) en Saanen
• Index lait L1 et L3 augmentent au cours du temps (+2.5 écarts types)
• Années 80, index L3 > index L1
• Années 2010-2020 : index LA > index L3 => chute maturité (1.5 écart type)
• De -120 à +200 kg (différence de 320kg) pour l’index L1
• De +22 à -40 kg (différence de 62kg) pour la maturité
Index maturité
(boucs avec plus de 20 filles)
Index L1 L2 L3 pour la quantité de lait
(boucs avec plus de 20 filles)
Evolution des index maturité au cours du temps
Stage en lien avec le département d’économie
de l’institut de l’élevage
• Stage de fin d’étude (M2) de Priscilia Crouzet encadré par Bertrand
Bluet, Nicole Bossis et Mathieu Arnal (Avril-Septembre 2022)
• Objectif du stage: Etudier l’intérêt économique de la longévité chez
les éleveurs livreurs de l’Ouest et de l’Occitanie
Déroulé du stage:
• Étude du lien entre l’âge à la réforme moyen et différentes composantes
de l’élevage à partir des données du contrôle laitier et de l’indexation
(±400 élevages) pour les campagnes 2018, 2019, 2020
• Productions,
• Index moyens,
• Effets troupeaux..
• Même démarche mais pour les élevages du réseau INOSYS livreurs de
l’ouest et de l’Occitanie (36 élevages) en s’intéressant à de nouvelles
variables (quantité de concentré distribuée,…) en 2018, 2019, 2020
• Enquête qualitative auprès d’une dizaine d’éleveurs du réseau INOSYS afin
de comprendre leur perception de la longévité et des pratiques d’élevage
• Création d’un outil pédagogique afin d’estimer l’impact économique d’une
amélioration de la longévité
Travaux à réaliser
Etude de l’évolution de la précision des index
des boucs d’IA au cours de leur vie
• L’index maturité d’un bouc aura une précision élevée lorsque le bouc
aura eu des filles avec une deuxième / troisième lactation
• L’index maturité pourra t-il être utilisé comme prédicteur précoce de
l’index longévité ?
• L’évolution de la précision de l’index lait carrière, qui a un poids
important sur la troisième lactation, sera aussi comparée à l’index lait
actuel
Impact de l’introduction de la maturité dans
l’index de synthèse ICC (index combiné caprin)
• Il sera étudié l’impact de l’introduction dans l’ICC :
• de l’index maturité
• d’un changement de l’index lait actuel par un index lait carrière
• L’impact sera évalué en étudiant les changements de classements des
boucs et des chèvres utilisés dans le schéma de sélection
Conclusions
• La longévité en élevage qui se dégrade
• Différentes actions pour améliorer la longévité :
• Indexation de la fertilité à l’IA dont l’index a été ajouté au nouvel ICC
(en complément aux caractères morphologiques et cellules somatiques déjà présents dans
l’ICC et liés favorablement à la longévité)
• Indexation de la longévité fonctionnelle
• Réflexions autour de la maturité (MALO)
• Compréhension de la longévité (SMARTER)
• Etude des anomalies génétiques (PRESAGE)
• Etude du déterminisme génétique des kystes et déséquilibres
mammaires
• Etude de la résistance au parasitisme (TEPACAP)
Crédit photo: Guillaume Moy
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UMT GPR 02 projetMALO MArnal

  • 1. QUELLE GÉNÉTIQUE POUR UN ÉLEVAGE DURABLE DES PETITS RUMINANTS ? Indexation lait et maturité en lien avec la longévité fonctionnelle chez les caprins laitiers (projet MALO) Mathieu Arnal, Bertrand Bluet, Nicole Bossis, Virginie Clément, Priscilia Crouzet, Isabelle Palhière La responsabilité du ministère en charge de l’agriculture ne saurait être engagée.
  • 2. Une durée de vie productive qui décroit Magazine Capgènes n°7 (I.Palhière) Vie productive en jours Année de naissance Entre 1991 et 2011 -346j en Saanen -326j en Alpine
  • 3. Une évaluation génomique de la longévité fonctionnelle est en cours • Longévité fonctionnelle : longévité corrigée pour la production laitière • Modèle développé par Isabelle Palhière (INRAE) • Index disponibles en 2022 (dans le cadre de MALO), pour les mâles d’IA uniquement • Des index dont la précision est modérée : • Héritabilité faible • Il faut attendre qu’un grand nombre de filles aient fini leur carrière pour avoir un index précis du bouc ( ± 6 ans)
  • 4. Des caractères liés à la longévité en cours d’étude • Résistance aux strongles (programme APIS GENE TEPACAP) • Collecte de données sur des caractères de santé- bien-être à l’échelle individuelle (projet Smarter) • Enregistrement des causes de réforme dans quelques élevages, afin de mieux comprendre la longévité (projet Smarter) • Etude du déterminisme génétique des kystes et déséquilibres mammaires • Observatoire national des anomalies génétiques en petits ruminants (CASDAR « PRESAGE » 2021-2024)
  • 5. La maturité un caractère en lien avec la longévité fonctionnelle • Projet financé par Apis gène : Projet Malo (juillet 2021-décembre 2022) • Indexation actuelle lait (LACT) : un index lait pour toutes les lactations • Possibilité d’obtenir un index lait par rang de lactation (MULTI) • Un Index lait carrière composé des 3 index lait : 0.49*L1+0.61*L2+0.63*L3 • Maturité : différence de production L1/L3 : -0.83*L1+0*L2+0.55*L3
  • 6. 2 chèvres Saanen : une courbe verte, l’autre courbe rouge Index lait à la lactation actuels similaires : -99 pour la verte, -105 pour la rouge Maturité : différence de production L1/L3
  • 7. 1ière Lactation 2ième Lactation 3ième Lactation 2 chèvres Saanen : une courbe verte, l’autre courbe rouge Index lait à la lactation actuels similaires : -99 pour la verte, -105 pour la rouge Index lait L1 différents : ( +4 pour la verte, -5 pour la rouge) Production: (2255 kg pour la verte, 913 kg pour la rouge) Index lait L2 proches ( -2.7 pour la verte, -1.2 pour la rouge) Production: (848 kg pour la verte, 1127 kg pour la rouge) Index lait L3 différents: ( -7 pour la verte, +1 pour la rouge) Production: (481 kg pour la verte, 1403kg pour la rouge) Maturité : différence de production L1/L3
  • 8. 1ière Lactation 2ième Lactation 3ième Lactation Index lait carrière : -6.377 pour la verte et -2.152 pour la rouge Index maturité opposés: -8 pour la verte, +5 pour la rouge Index longévité opposés: -96 pour la verte, +49 pour la rouge Longévités phénotypiques différentes : 3 Lactations pour la verte (3585kg), 6 lactations pour la rouge (7114kg) 2 chèvres Saanen : une courbe verte, l’autre courbe rouge Index lait à la lactation actuels similaires : -99 pour la verte, -105 pour la rouge Index lait L1 différents : ( +4 pour la verte, -5 pour la rouge) Production: (2255 kg pour la verte, 913 kg pour la rouge) Index lait L2 proches ( -2.7 pour la verte, -1.2 pour la rouge) Production: (848 kg pour la verte, 1127 kg pour la rouge) Index lait L3 différents: ( -7 pour la verte, +1 pour la rouge) Production: (481 kg pour la verte, 1403kg pour la rouge) Maturité : différence de production L1/L3
  • 9. Corrélations entre la longévité et les index laitiers • La longévité est moins négativement corrélée à la L3 qu’à la L1 ou les index carrière • La maturité est corrélée positivement à la longévité -0.24 -0.3 -0.16 -0.09 -0.18 0.37 -0.4 -0.2 0 0.2 0.4 0.6 Corrélations entre index pour des boucs ayant au moins 21 filles (n=371) en Saanen
  • 10. • Index lait L1 et L3 augmentent au cours du temps (+2.5 écarts types) • Années 80, index L3 > index L1 • Années 2010-2020 : index LA > index L3 => chute maturité (1.5 écart type) • De -120 à +200 kg (différence de 320kg) pour l’index L1 • De +22 à -40 kg (différence de 62kg) pour la maturité Index maturité (boucs avec plus de 20 filles) Index L1 L2 L3 pour la quantité de lait (boucs avec plus de 20 filles) Evolution des index maturité au cours du temps
  • 11. Stage en lien avec le département d’économie de l’institut de l’élevage • Stage de fin d’étude (M2) de Priscilia Crouzet encadré par Bertrand Bluet, Nicole Bossis et Mathieu Arnal (Avril-Septembre 2022) • Objectif du stage: Etudier l’intérêt économique de la longévité chez les éleveurs livreurs de l’Ouest et de l’Occitanie
  • 12. Déroulé du stage: • Étude du lien entre l’âge à la réforme moyen et différentes composantes de l’élevage à partir des données du contrôle laitier et de l’indexation (±400 élevages) pour les campagnes 2018, 2019, 2020 • Productions, • Index moyens, • Effets troupeaux.. • Même démarche mais pour les élevages du réseau INOSYS livreurs de l’ouest et de l’Occitanie (36 élevages) en s’intéressant à de nouvelles variables (quantité de concentré distribuée,…) en 2018, 2019, 2020 • Enquête qualitative auprès d’une dizaine d’éleveurs du réseau INOSYS afin de comprendre leur perception de la longévité et des pratiques d’élevage • Création d’un outil pédagogique afin d’estimer l’impact économique d’une amélioration de la longévité
  • 14. Etude de l’évolution de la précision des index des boucs d’IA au cours de leur vie • L’index maturité d’un bouc aura une précision élevée lorsque le bouc aura eu des filles avec une deuxième / troisième lactation • L’index maturité pourra t-il être utilisé comme prédicteur précoce de l’index longévité ? • L’évolution de la précision de l’index lait carrière, qui a un poids important sur la troisième lactation, sera aussi comparée à l’index lait actuel
  • 15. Impact de l’introduction de la maturité dans l’index de synthèse ICC (index combiné caprin) • Il sera étudié l’impact de l’introduction dans l’ICC : • de l’index maturité • d’un changement de l’index lait actuel par un index lait carrière • L’impact sera évalué en étudiant les changements de classements des boucs et des chèvres utilisés dans le schéma de sélection
  • 16. Conclusions • La longévité en élevage qui se dégrade • Différentes actions pour améliorer la longévité : • Indexation de la fertilité à l’IA dont l’index a été ajouté au nouvel ICC (en complément aux caractères morphologiques et cellules somatiques déjà présents dans l’ICC et liés favorablement à la longévité) • Indexation de la longévité fonctionnelle • Réflexions autour de la maturité (MALO) • Compréhension de la longévité (SMARTER) • Etude des anomalies génétiques (PRESAGE) • Etude du déterminisme génétique des kystes et déséquilibres mammaires • Etude de la résistance au parasitisme (TEPACAP)
  • 17. Crédit photo: Guillaume Moy Merci de votre attention