Le document présente les étapes, attentes et stratégies de défense relatives au contrôle fiscal des crédits d'impôt recherche (CIR) en France. Il détaille les procédures de contrôle, les attentes en matière de justifications techniques et les risques associés aux projets non éligibles, tout en proposant des recommandations et des approches constructives pour faire face aux vérifications fiscales. Des conseils sur la gestion des preuves et la communication avec les experts sont également fournis pour minimiser les redressements fiscaux.

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Crédit d’Impôt Recherche :
Les bonnes pratiques face
À un contrôle fiscal

2. SOMMAIRE
• Le contrôle du CIR : étapes, attentes et voies de recours
• Identification des risques et stratégies de défense

3. LE CONTRÔLE DU CIR : ÉTAPES, ATTENTES ET VOIES DE RECOURS
UN DOUBLE CONTRÔLE
A.F. MESR ou DRRT
/ DIRECCTE *
MESR ou
DRRT /
DIRRECTE
Dans les 2 cas, seule l’AF est compétente pour procéder à des rectifications.À NOTER

4. LE CONTRÔLE DU CIR : ÉTAPES, ATTENTES ET VOIES DE RECOURS
Les étapes du contrôle fiscal
30j
+30j
30j
Comité consultatif
Conciliation fiscale
Médiation
Tribunal administratif
Réclamation préalable
contentieuse
AMR
Vérification de
comptabilité
Observations du
contribuable
Recours
hiérarchiques
1 32
ROC n° 3926PR 3924-SD
PR 2120-SD

5. LE CONTRÔLE DU CIR : ÉTAPES, ATTENTES ET VOIES DE RECOURS
Interventions du MESR ou de la DIRECCTE
Le MESR ou la DIRECCTE rend un AVIS
• Motivé, s’il est négatif
• Notifié à l’administration et au contribuable
Demande d’éléments
compléments
Demande d’éléments
compléments
Demande documents
justificatifs
30
jours
Rapport provisoire d’expertise
Rapport d’expertise définitif
Débat oral avec l’expert possible
30
jours
30 jours
+ 30
jours

6. Justificatifs financiers (éléments ayant permis
de définir le montant de CIR)
Justificatifs techniques (dossiers respectant la
trame imposée)
Présentation d’une démarche structurante de
R&D (identification & suivi des projets)
Indicateurs de R&D : PI, collaboration
publique/privée, subventions, docteurs…
CV / diplômes du personnel
LE CONTRÔLE DU CIR : ÉTAPES,
ATTENTES ET VOIES DE RECOURS
Les attentes
Justificatifs techniques (dossiers respectant la
trame imposée)
- État de l’art / du marché référencé
- Verrous technique clairement exposés
- Innovation technique quantifiée
- Démarche expérimentale justifiée
Éléments probants justifiant des travaux
(documentation projet)
CV / diplôme du personnel
Découpage des temps par tâche / projet
ADMINISTRATION FISCALE MESR / DIRECCTE
Si le projet n’est pas éligible toutes les dépenses associées seront redressées

7.  Le pendant de la Commission Départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires
 Une saisine à la suite de la réponse aux observations du contribuable
 Présence d’un agent du MENESR ou de la DIRECCTE disposant des compétences techniques adaptées
à la spécificité du CIR ou C2I et n'ayant pas eu à connaître du litige **
 Une analyse sur pièce puis une « audience » devant le comité
 Un avis consultatif est rendu, notifié au contribuable et à l’administration fiscale
Comité consultatif CIR/C2I*
LE CONTRÔLE DU CIR : ÉTAPES, ATTENTES ET VOIES DE RECOURS
Entrée en vigueur pour les PR adressées à compter du 1/07/2016
À NOTER
* Art. 46 de la loi n°2015-1786 du 29 décembre 2015 de finances rectificative pour 2015
** Art. 1653 F du CGI & 350 CA de l’annexe 3 du CGI

8. • Demande gratuite
• Une procédure simplifiée : formulaire en ligne, mail, ou
courrier postal
• Quand? après rejet total ou partiel d’une première démarche
auprès du service
• Instruction de la demande
• Avis rendu : une recommandation qui doit être acceptées des
deux parties
• Délai moyen d’instruction: 2 à 3 mois
Médiateurs des ministères économiques et financiers
LE CONTRÔLE DU CIR : ÉTAPES, ATTENTES ET VOIES DE RECOURS

9. 1. EXPERTISE
4. DÉBLOCAGE DE DOSSIER
2. CONTRE EXPERTISE/ 2E EXPERTISE
LE CONTRÔLE DU CIR : ÉTAPES, ATTENTES ET VOIES DE RECOURS
Quels intérêts pour le CIR ?
3. RÉUNION ÉCHANGE AVEC L’EXPERT MANDATÉ
RETOUR D’EXPÉRIENCE:
• Saisine en l’absence d’expertise ou si une seule expertise
• Mettre en avant la transmission d’éléments nouveaux

10. LE CONTRÔLE DU CIR : ÉTAPES, ATTENTES ET VOIES DE RECOURS
Le contentieux fiscal
Réclamation préalable
contentieuse
Tribunal administratifAMR
30
jours
15
jours
Paiement Sursis de paiement Requête introductive d’instance
MEP
Instruction : 6 mois
Décision expresse
Rejet tacite
2
mois

11. • Copie des CV
• Fiche de poste / contrat mentionnant une activité de
R&D
• Document technique prouvant la participation du
personnel aux projets
• Liste des formations / acquis professionnels pour les
équivalents techniciens
Justification de la qualification technique du personnel ne
disposant pas d’un diplôme > BAC +*
* BOI-BIC-RICI-10-10-20-20, 6 juillet 2016
IDENTIFICATION DES RISQUES ET VOIES DE DÉFENSE
Les questions fréquemment posées
Détail des cotisations sociales retenues *
* BOI-BIC-RICI-10-10-20-20 n° 310 et suiv
Éligibilité des projets
Suivi des temps
• Rescrit
• Etat de l’art référencé
• Mise en évidence des verrous techniques
• Documentation technique
• Découpage par personne et par phase
• Copie des bulletins ou livres de paie

12. • Anticiper les besoins de l’AF en ayant préparé les documents
et justificatifs utiles
• Se tourner vers la résolution des points d’achoppement :
« Quels éléments vous apporter ? »
« Comment vous aider à évaluer ce point ? »
• Sans pour autant donner des éléments non demandés
explicitement
IDENTIFICATION DES RISQUES ET
VOIES DE DÉFENSE
Stratégie de défense
• Être factuel et avancer des éléments de preuve
• Toujours donner les justificatifs les plus aboutis possibles
(quitte à négocier un délai supplémentaire)
• Ne pas se contredire
PROACTIVITÉ BONNE FOI

13. 1. PROGRESSION DU CONTRÔLE
2. L’ISSUE DU CONTRÔLE VARIE DE MANIÈRE IMPORTANTE EN
FONCTION DE L’APPROCHE DU CONTRÔLEUR/EXPERT :
IDENTIFICATION DES RISQUES ET VOIES DE DÉFENSE
Les grands principes
3. LES ÉCHANGES ORAUX AVEC LES EXPERTS : À
RECOMMANDER MAIS À LA DISCRÉTION DES
EXPERTS
• Sécuriser progressivement
• Avoir une approche pragmatique («entonnoir»)
• Être prêt à céder sur les points non essentiels
• « ouverte » : dialogue possible et échange constructif
• « fermée » : possible redressement intégral du CIR sans dialogue possible

14. • Favoriser cette étape d'échanges afin de minimiser la
contestation post-proposition de rectification
• Assurer la maîtrise, le contrôle et la cohérence de toutes
les informations communiquées à l’administration :
contexte R&D, projets, valorisations
IDENTIFICATION DES RISQUES ET
VOIES DE DÉFENSE
Approche constructive
systématique • Définition conjointe d'une stratégie de défense en tenant compte des prochaines
étapes
• Réponse à chaque grief : projets, dépenses, indicateurs R&D
• Préparation des projets de courrier : scientifique & fiscaliste
• Défendre de façon méthodique et exhaustive (scientifique, finance, fiscalité) le dossier
pour préparer les éventuels recours hiérarchiques
VÉRIFICATION DE COMPTABILITÉ :
ARGUMENTATION PÉDAGOGIQUE DES
DIFFÉRENTES PRATIQUES
PROPOSITION DE RECTIFICATION : OBJECTIONS
JURIDIQUES
RECOURS HIÉRARCHIQUE :
TRANSACTION/NÉGOCIATION
• Préparation du recours : coaching et répartition des rôles (Stratégie de communication,
jeux de rôles / simulation, traitement des objections, support de présentation des
arguments)
• Appropriation des arguments de réponse par le client pour crédibiliser la démarche
• Minimiser le redressement définitif avant la phase contentieuse

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